Sistem modifikasi restriksi (, disingkat RM system) dapat ditemui pada bakteri dan organisme-organisme prokariota lainnya, dan sistem ini berfungsi sebagai pertahanan dari DNA asing (contohnya adalah bakteriofag).

Bakteri memiliki enzim restriksi (juga disebut endonuklease restriksi) yang memotong DNA beruntai ganda di titik tertentu menjadi potongan-potongan yang akan semakin terdegradasi oleh endonuklease-endonuklease lainnya. Dengan ini infeksi dapat dicegah, karena DNA asing yang dibawa oleh agen infeksi (seperti bakteriofag) dapat dihancurkan. Sekitar seperempat bakteri memiliki sistem modifikasi restriksi dan sekitar setengah memiliki lebih dari satu jenis sistem semacam itu.

Sekuens yang dikenali oleh enzim restriksi sangat pendek, alhasil bakteri hampir pasti akan memiliki beberapa di dalam genomnya. Untuk mencegah kehancuran DNA bakteri itu sendiri, gugus metil dapat ditambahkan.

Sistem modifikasi restriksi pertama kali ditemukan oleh Salvatore Luria dan Mary Human pada tahun 1952 dan 1953. Mereka mendapati bahwa bakteriofag yang tumbuh di dalam bakteri yang terinfeksi dapat dimodifikasi, sehingga ketika dilepas dan menginfeksi bakteri yang terkait, pertumbuhan bakteriofag menjadi terhambat.

Catatan kaki 

Sistem imun
Biologi molekuler
Bakteriofag