Waldkirchen (bahasa Bayern: Woidkira) adalah kota yang berada di Freyung-Grafenau, Regierungsbezirk Niederbayern, Bayern, Jerman.

Geografi 
Waldkirchen terletak dekat jalur perdagangan bersejarah Goldenen Steig dari Bohemia. Kota yang berada 9 km dari Freing ini adalah kota paling timur di Bayern dan kota berpenduduk terbanyak di Freyung-Grafenau.

Desa dan permukiman 
Di samping desa utama, desa dan permukiman lain di Waldkirchen adalah: Appmannsberg, Atzesberg, Auerbach, Bernhardsberg, Böhmzwiesel, Dickenbüchel, Dorn, Erlauzwiesel, Hauzenberg, Höhenberg, Holzfreyung, Karlsbach, Kühn, Lämmersreut, Manzing, Mitterleinbach, Oberfrauenwald, Oberhöhenstetten, Oberleinbach, Oberndorf, Pilgramsberg, Pollmannsdorf, Ratzing, Reut, Richardsreut, Sassbach, Schauerbach, Schiefweg, Sickling, Solla, Stadl, Stierberg, Stocking, Unholdenberg, Unterhöhenstetten, Werenain dan Wotzmannsreut.

Kota kembar 
 Serrara Fontana, Italia
 Volary, Republik Ceko
 Landshuad, Jerman
 Prachatice, Republik Ceko