Berikut ini adalah daftar sungai yang mengalir di pulau Jawa dan pulau-pulau kecil di sekitarnya.

Menurut lokasi 
 Bagian barat

 Angke
 Baru Barat
 Baru Timur
 Buaran
 Cakung
 Ci Asem
 Ci Baliung
 Ci Banten
 Ci Beet
 Ci Buni
 Ci Durian
 Ci Gentis
 Ci Herang
 Ci Kaengan
 Ci Kapundung
 Ci Lamaya
 Ci Leuleuy
 Ci Liman
 Ci Liwung (Ciliwung)
 Ci Manceuri
 Ci Mandiri
 Ci Manuk
 Ci Muntur
 Cipinang
 Ci Punegara
 Ci Sadane
 Ci Sanggarung
 Ci Tanduy
 Ci Tarum
 Ci Ujung
 Grogol
 Jati Kramat
 Krukut
 Mookervart
 Pesanggrahan
 Sunter

Bagian tengah

 Bengawan Solo

 Kali Bodri
 Kali Bogowonto
 Sungai Cacaban

 Sungai Cibeureum

 Kali Code
 Sungai Comal

 Kali Gede

 Kali Gung
 Kali Ijo
 Sungai Jali
 Sungai Brengkok
 Sungai Jatinegara
 Sungai Kemit
 Sungai Juwana

 Sungai Kebuyutan

 Kali Klawing
 Kali Krasak

 Kali Lasem
 Kali Logawa
 Sungai Luk Ulo

 Sungai Opak
 Sungai Oyo
 Kali Pelus
 Sungai Pemali

 Kali Progo

 Kali Randugunting
 Selokan Mataram

 Kali Sengkarang
 Sungai Serang
 Kali Lusi
 Sungai Serayu
 Kali Tajum
 Kali Sragi

 Kali Tinalah
 Sungai Tipar
 Sungai Tuntang

 Kali Winongo

Bagian timur

Menurut mulut sungai 

Berikut adalah daftar sungai menurut arah aliran: pantai barat, utara, selatan atau timur pulau Jawa.

Pantai barat Jawa 
Sungai berikut mengalir ke arah pantai barat pulau Jawa bermuara di Selat Sunda.
 Ci Liman

Pantai utara Jawa 
Sungai-sungai berikut mengalir ke arah pantai utara pulau Jawa bermuara di Laut Jawa.

 Ci Banten
 Ci Durian
 Ci Liwung
 Ci Manceuri
 Ci Sadane
 Ci Asem
 Ci Tarum
 Ci Beet
 Ci Kapundung
 Ci Ujung

 Kali Bodri
 Ci Manuk

 Sungai Pemali
 Kali Serang
 Kali Lusi
 Bengawan Solo
 Bengawan Madiun
 Sungai Brantas
 Kali Mas
 Sungai Porong
 Kali Widas

Pantai utara Jakarta 
Daerah Khusus Ibukota Jakarta di pantai utara Jawa bagian barat meliputi wilayah tanah seluas  dan  perairan. Tidak kurang dari tiga belas sungai melintasi daerah ini, yaitu:

 Kali Angke
 Kali Maja
 Kali Buaran
 Kali Baru Barat
 Kali Baru Timur
 Kali Cakung
 Ci Liwung
 Kali Cipinang
 Kali Grogol
 Kali Jatikramat
 Kali Krukut
 Kali Mookervaart
 Kali Pesanggrahan
 Kali Sunter

Pantai selatan Jawa 
Sungai-sungai berikut mengalir ke arah pantai selatan pulau Jawa bermuara di Samudra Hindia.

 Ci Baliung
 Ci Buni
 Ci Kaengan
 Ci Tanduy

 Ci Mandiri
 Sungai Opak
 Sungai Oyo
 Sungai Progo

 Ci Sarayu

Pantai timur Jawa 
Sungai berikut mengalir ke arah pantai timurpulau Jawa bermuara di Selat Bali.
 Kali Setail

Menurut provinsi

Banten

Jakarta

Jawa Barat

Jawa Tengah

Jawa Timur

Yogyakarta

Lihat pula 
 Daftar daerah aliran sungai di Indonesia
 Daftar sungai di Indonesia
 Wilayah sungai

Referensi 

Jawa
Daftar bertopik Jawa