Niki adalah maskapai yang melayani destinasi sebagai berikut (Pada 31 Juli 2010)  :

Afrika 
 Mesir
 Hurghada - Bandar Udara Internasional Hurghada
 Marsa Alam - Bandar Udara Internasional Marsa Alam
 Sharm el-Sheikh - Bandar Udara Internasional Sharm el-Sheikh

Eropa 
 Austria
 Graz - Bandar Udara Graz
 Innsbruck - Bandar Udara Innsbruck
 Linz - Bandar Udara Linz [musiman]
 Salzburg - Bandar Udara Salzburg Kota Fokus
 Wina - Bandar Udara Internasional Wina Hub

 Bulgaria
 Sofia - Bandar Udara Sofia

 Denmark
 Kopenhagen - Bandar Udara Kopenhagen

 Prancis
 Nice - Bandar Udara Nice Côte d'Azur
 Paris - Bandar Udara Internasional Charles de Gaulle

 Jerman
 Frankfurt - Bandar Udara Frankfurt
 Munich - Bandar Udara Munich
 Nuremberg - Bandar Udara Nuremberg

 Yunani
 Corfu - Bandar Udara Internasional Corfu [musiman]
 Heraklion - Bandar Udara Internasional Heraklion [musiman]
 Kos - Bandar Udara Internasional Pulau Kos [musiman]
 Rhodes - Bandar Udara Internasional Rhodes [musiman]
 Samos - Bandar Udara Internasional Samos [musiman]
 Zakynthos - Bandar Udara Internasional Zakynthos [musiman]

 Eslandia
 Reykjavik - Bandar Udara Keflavik [musiman]

 Irlandia
 Shannon - Bandar Udara Shannon

 Italia
 Cagliari - Bandar Udara Cagliari-Elmas [musiman]
 Milan - Bandar Udara Malpensa
 Olbia - Bandar Udara Olbia - Costa Smeralda [musiman]
 Roma - Bandar Udara Leonardo da Vinci-Fiumicino

 Portugal
 Funchal - Bandar Udara Madeira [musiman]
 Lisbon - Bandar Udara Portela

 Rumania
 Bucharest - Bandar Udara Internasional Henri Coandă
 Constanta - Bandar Udara Constanta

 Rusia
 Moskow - Bandar Udara Internasional Domodedovo

 Serbia
 Beograd - Bandar Udara Nikola Tesla

 Spanyol
 Barcelona - Bandar Udara Barcelona
 Fuerteventura - Bandar Udara El Matorral
 Ibiza - Bandar Udara Ibiza [musiman]
 Jerez de la Frontera - Bandar Udara Jerez [musiman]
 Lanzarote - Bandar Udara Lanzarote
 Las Palmas - Bandar Udara Gran Canaria
 Malaga - Bandar Udara Malaga [musiman]
 Palma de Mallorca - Bandar Udara Son Sant Joan
 Tenerife - Bandar Udara Tenerife Selatan
 Valencia - Bandar Udara Valencia [mulai 3 Februari]

 Swedia
 Stockholm - Bandar Udara Stockholm-Arlanda

 Swiss
 Zürich - Bandar Udara Zürich

 Turki
 Antalya- Bandar Udara Antalya

 Britania Raya
 Edinburgh - Bandar Udara Edinburgh [musiman - mulai 2011]

Niki