Borobudur dibangun dengan gaya Mandala yang mencerminkan alam semesta dalam kepercayaan Buddha. Struktur bangunan ini berbentuk kotak dengan empat pintu masuk dan titik pusat berbentuk lingkaran. Jika dilihat dari luar hingga ke dalam terbagi menjadi dua bagian yaitu alam dunia yang terbagi menjadi tiga zona di bagian luar, dan alam Nirwana di bagian pusat.
Kamadhatu terdiri dari 160 relief yang menjelaskan Karmawibhangga Sutra, yaitu hukum sebab akibat. Menggambarkan mengenai sifat dan nafsu manusia, seperti merampok, membunuh, memperkosa, penyiksaan, dan fitnah.
Rapadhatu terdiri dari galeri ukiran relief batu dan patung buddha. Secara keseluruhan ada 328 patung Buddha yang juga memiliki hiasan relief pada ukirannya.
Menurut manuskrip Sansekerta pada bagian ini terdiri dari 1300 relief yang berupa Gandhawyuha, Lalitawistara, Jataka dan Awadana. Seluruhnya membentang sejauh 2,5 km dengan 1212 panel.
Tiga serambi berbentuk lingkaran mengarah ke kubah di bagian pusat atau stupa yang menggambarkan kebangkitan dari dunia. Pada bagian ini tidak ada ornamen maupun hiasan, yang berarti menggambarkan kemurnian tertinggi.
Serambi pada bagian ini terdiri dari stupa berbentuk lingkaran yang berlubang, lonceng terbalik, berisi patung Buddha yang mengarah ke bagian luar candi. Terdapat 72 stupa secara keseluruhan. Stupa terbesar yang berada di tengah tidak setinggi versi aslinya yang memiliki tinggi 42m diatas tanah dengan diameter 9.9m. Berbeda dengan stupa yang mengelilinginya, stupa pusat kosong dan menimbulkan perdebatan bahwa sebenarnya terdapat isi namun juga ada yang berpendapat bahwa stupa tersebut memang kosong.
Selama restorasi pada awal abad ke 20, ditemukan dua candi yang lebih kecil di sekitar Borobudur, yaitu Candi Pawon dan Candi Mendut yang segaris dengan Candi Borobudur. Candi Pawon berada 1.15 km dari Borobudur, sementara Candi Mendut berada 3 km dari Candi Borobudur. Terdapat kepercayaan bahwa ada hubungan keagamaan antara ketiga candi tersebut namun masih belum diketahui secara pasti proses ritualnya.
Ketiga candi membentuk rute untuk Festival Hari Waisak yag digelar tiap tahun saat bulan purnama pada Bulan April atau Mei. Festival tersebut sebagai peringatan atas lahir dan meninggalnya, serta pencerahan yang diberikan oleh Buddha Gautama