Terdapat 3 perguruan tinggi Islam swasta di Provinsi Papua yang semuanya berbentuk sekolah tinggi.

Sekolah Tinggi 

 Sekolah Tinggi Agama Islam Asy-Syafi'iyah Nabire (STAI Asy-Syafi'iyah), Nabire 
 Sekolah Tinggi Agama Islam YAMRA Merauke (STAI YAMRA), Merauke
 Sekolah Tinggi Agama Islam YAPIS Jayapura (STAI YAPIS), Jayapura

Pranala luar 
 Situs Resmi Kementerian Agama RI

Referensi 

Daftar perguruan tinggi di Indonesia
Daftar perguruan tinggi di Papua
Daftar perguruan tinggi swasta di Indonesia
Daftar perguruan tinggi swasta di Papua
Daftar perguruan tinggi Islam di Indonesia
Daftar perguruan tinggi Islam di Papua