Babak kedua kualifikasi Liga Champions UEFA 2013–14 adalah pelengkap bagi artikel Liga Champions UEFA 2013–14 pada bagian babak kedua kualifikasi.

Seluruh waktu mengacu pada CEST (UTC+2).

Jadwal pengundian dan pertandingan 
Seluruh proses pengundian untuk babak kualifikasi dan play off dilaksanakan di markas UEFA di Nyon, Switzerland.

Format 
Setiap babak memainkan sepasang pertandingan kandang-tandang. Hasil dari kedua pertandingan akan dijumlahkan untuk menentukan hasilnya. Jika terjadi hasil imbang, maka ditentukan dari jumlah gol tandang, dimana klub yang mampu mencetak gol lebih banyak saat bermain di kandang lawan menjadi pemenangnya. Jika masih imbang, maka pertandingan kedua dilanjutkan dengan perpanjangan waktu, dalam dua babak masing-masing 15 menit. Jika kedua klub mencetak gol pada masa perpanjangan waktu sehingga hasilnya imbang, maka klub tandanglah yang menjadi pemenang. Jika tidak terjadi gol maka pemenang ditentukan dengan adu penalti.

Klub peserta 
Babak kedua kualifikasi ini diikuti oleh 34 klub. terdiri atas 2 klub pemenang babak pertama kualifikasi dan 32 klub yang lolos langsung ke babak kedua kualifikasi. 17 klub pemenang akan mengikuti babak ketiga kualifikasi pada jalur juara bergabung dengan 3 klub lain yang langsung lolos ke babak ketiga pada jalur juara dan 10 klub lain yang lolos pada jalur liga.

Pengundian 
Pengundian untuk babak pertama dan kedua dilakukan pada tanggal 24 Juni 2013. Pertandingan pertama dimainkan pada tanggal 17 dan 18 Juli 2012, dan pertandingan kedua dilaksanakan pada 24 dan 25 Juli 2012.

† Pemenang babak sebelumnya yang belum diketahui ketika dilakukan pengundian babak ini.

Pertandingan 

|}
 
Catatan

Pertandingan pertama

Pertandingan kedua 

Shakhter Karagandy menang 2–0 secara agregat.

Elfsborg menang 11–1 secara agregat.

Sheriff Tiraspol menang 6–1 secara agregat.

Nõmme Kalju menang 2–1 secara agregat.

Molde menang 3–0 secara agregat.

Skënderbeu Korçë menang 1–0 secara agregat.

Dinamo Tbilisi menang 9–2 secara agregat.

Maccabi Tel Aviv menang 4–1 secara agregat.

Steaua București menang 5–1 secara agregat.

Celtic menang 5–0 secara agregat.

Dinamo Zagreb menang 6–0 secara agregat.

Viktoria Plzeň menang 6–4 secara agregat.

FH menang 3–1 secara agregat.

Ludogorets Razgrad menang 4–2 secara agregat.

Maribor menang 2–0 secara agregat.

Legia Warsaw menang 4–1 secara agregat.

1–1 secara agregat. Partizan menang melalui gol tandang

Referensi

Pranala luar 
 UEFA Champions League (situs resmi)

Liga Champions UEFA 2013–2014