Era ini dimulai dari diangkatnya Soeharto sebagai presiden, dan berakhir dengan adanya 'kudeta tidak berdarah' yang dipelopori oleh beberapa elemen politik bangsa, khususnya kaum islamis, akademisi dan kaum tertindas.
Pemerintahan pada era ini bergaya represif dan spirit militeristik. Dengan prioritas stabilitas pertahanan dan keamanan, demi tercapainya tujuan pembangunan nasional. Kaum ekstrimis, baik islamis (ektrim kanan) maupun sisa-sisa kaum komunis (ektrim kiri) ditekan dan 'dipenjarakan' , sehingga pembangunan nasional bisa berjalan dengan mulus tanpa hambatan. Sampai menguatnya kelas sosial baru muslim santri sebagai politisi, pengusaha, dan akademisi. Dan mereka inilah yang merancang terjadinya reformasi birokrasi dan pemerintahan. Sehingga terjadi era yang disebut era reformasi.
Orde reformasi ini merupakan pembaharuan orde baru, dan terjadi di masa pemerintahan presiden Abdurrahman Wahid dan Megawati Soekarnoputri. Pada era ini bangsa Indonesia masa perubahan model dan gaya kepemimpinan dan birokrasi. Dari gaya militeristik represif ke dalam pemerintahan sipil liberalistik. Kebebasan terjadi dalam sebagian besar kehidupan bermasyarakat dan berbangsa. Bahkan kelompok - kelompok ektrim kanan dan kiri yang dipenjara oleh orde baru juga dibebaskan untuk hidup dan berkembang biak di negeri ini. Pilar-pilar tirani mayoritas dan feodalisme diruntuhkan. Bahkan egaliterian betul-betul menjadi primadona moralitas bangsa. Sehingga di era ini suara rakyat, suara publik atau suara masyarakat adalah suara 'tuhan' di dunia.
Berbagai sekte dan aliran dalam Islam, masuk dengan mudah dan nyaman di Indonesia. Sekte dan aliran pemikiran barat modern juga dengan lancar tumbuh subur di negeri ini, bahkan berbagai macam atheisme dan komunisme juga tumbuh dan berkembang kembali di Indonesia ini. Walaupun demikian tidak semua aliran dan sekte tersebut bisa bertahan hidup di negeri ini. Beberapa sekte dan aliran dalam Islam yang kemudian tumbuh subur di negeri ini antara lain; Hizbut Tahrir, Ikhwanul Muslimin, Jam'iyyah Tabligh, Salafi dan Wahabiyah, Serta Syiah. Mereka inilah yang selanjutnya turut mewarnai keislaman bangsa Indonesia. Orde reformasi ini merupakan titik awal pemerintahan sipil dan demokrasi yang sesungguhnya. Sehingga wujud dan keberadaan serta warna baru umat Islam Indonesia masa kini (Islam kontemporer) adalah buah dari tanaman di era reformasi ini.