Nainggolan (Surat Batak: ) adalah salah satu marga Batak Toba yang berasal dari Nainggolan, Samosir.

Silsilah

Silsilah dari Si Raja Batak 

 Guru Tatea Bulan atau dikenal juga sebagai Naimarata

 Raja Isumbaon

Dari Garis keturunan Guru Tateabulan lahirlah 7 orang anak dan 1 boru, salah satunya ialah Tuan Sariburaja. Perkawinan Tuan Sariburaja dengan Si Boru Pareme ada 3 orang anak yaitu, salah satu anaknya yaitu Si Raja Lontung, Si Raja Lontung punya 7 anak laki-laki dan 2 anak perempuan. Ketujuh anak laki-laki tersebut yaitu:
 Sinaga
 Situmorang
 Pandiangan
 Nainggolan
 Simatupang
 Aritonang
 Siregar

Dan Kedua Anak Perempuan Dari Si Raja Lontung dengan Siboru Pareme br. Naimarata  yaitu:

 Si boru Pandan Nauli br. Lontung yang menikah dengan Raja Toga Sihombing

 Si boru Panggabean br. Lontung yang menikah dengan Raja Toga Simamora.

Sering disebut Lontung si Sia Marina (7 anak & 2 boru), na pasiahon boruna Sihombing - Simamora Silsilah dari Toga Nainggolan 

Nainggolan mempunyai 2 orang anak  yaitu:
 Si Batu 
 Si HombarSi Batu mempunyai 2 orang anak yaitu:
 Sibatuara ParhusipMengenai siapa anak nomor satu antara Parhusip dan Batuara, terdapat beberapa pendapat dikalangan keturunan Si Batu sebagai berikut:

Versi 1: Sibatuara adalah anak pertama.

Versi 2: Berdasarkan cerita (turiturian).

Berdasarkan sejarah (turiturian), baik Parhusip maupun Sibatuara sama-sama memperistri anak dari Raja Sijorat Panjaitan. Keturunan Parhusip bernama Lindi Ni Aek menikahi sang kakak (Pintaomas), sedangkan Keturunan Sibatuara yakni Panguluraja menikahi adik (?). Sibatuara memohon ijin ke Parhusip agar dapat menikahi adik perempuan istrinya. Hal inilah yang dipakai oleh keturunan Sibatuara sebagai dasar, bahwa Parhusip melakukan klaim, hak kesulungan.Parhusip mempunyai anak 2 orang yaitu:

 Tuan Marnaning
 Manahan Laut

Manahan Laut yang menjadi Silali dari marga Siregar, sebagai gantinya anak perempuan Siregar yang bernama Sitatap Birong menjadi anak perempuan dari Parhusip. Sitatap Birong ini menikah dengan marga Sihotang Sigodang Ulu Sorga Ni Musu. Pertukaran anak ini menjadi suatu perjanjian (padan) antara marga Parhusip dengan marga Siregar, keturunannya tidak boleh menikah satu sama lain. Hal ini berlaku dan dihormati hingga sampai sekarang.Si Hombar' mempunyai 3 orang anak yaitu: 

1. Raja Nahor (keturunannya marga Lumban Nahor dan Sirumahombar) 

2. Tungkup Raja (keturunannya marga Lumbantungkup dan Lumbanraja) 

3. Raja Padot (Keturunannya marga Lumbansiantar dan Hutabalian)

Turunan Marga 
Batuara
Siampapaga
Parhusip
Siahaan
Lumbannahor
Lumbantungkup
Pusuk
Buaton
Mahulae
Lumbanraja
Lumbansiantar
Hutabalian

Tokoh 
Beberapa tokoh yang bermarga Nainggolan, di antaranya adalah:

 Azas Tigor Nainggolan
 Boyke Nainggolan
 Cassanova Alfonso Nainggolan
 Derby Romero Nainggolan
 Elfin Elyas Nainggolan
 Framly Nainggolan
 Jafar Nainggolan
 Marlon Renaldy Nainggolan
 Pantas Nainggolan
 Parman Nainggolan
 Radja Nainggolan
 Restika Pardamean Nainggolan
 Rony Parulian
 Rustam Effendy Nainggolan
 Suwondo Nainggolan
 Syahganda Nainggolan
 Tiarsen Buaton
 Yohanna Nainggolan

Referensi 

Marga Batak
Marga Batak Toba
Si Raja Lontung
Marga Nainggolan