Sejarah Indonesia meliputi suatu rentang waktu yang sangat panjang yang dimulai sejak zaman prasejarah berdasarkan penemuan "Manusia Jawa" yang berusia 1,7 juta tahun yang lalu. Periode sejarah Indonesia dapat dibagi menjadi lima era: Era Prakolonial, munculnya kerajaan-kerajaan Hindu-Buddha dan Islam di Jawa, Sumatra, dan Kalimantan yang terutama mengandalkan perdagangan; Era Kolonial, masuknya orang-orang Eropa (terutama Belanda, Portugis, dan Spanyol) yang menginginkan rempah-rempah mengakibatkan penjajahan oleh Belanda selama sekitar 3,5 abad antara awal abad ke-17 hingga pertengahan abad ke-20; Era Kemerdekaan Awal, pasca-Proklamasi Kemerdekaan Indonesia (1945) sampai jatuhnya Soekarno (1966); Era Orde Baru, 32 tahun masa pemerintahan Soeharto (1966–1998); serta Orde Reformasi yang berlangsung sampai sekarang.

Prasejarah 

Secara geologi, wilayah Indonesia modern (untuk kemudahan, selanjutnya disebut Nusantara) merupakan pertemuan antara tiga lempeng benua utama: Lempeng Eurasia, Lempeng Indo-Australia, dan Lempeng Pasifik (lihat artikel Geologi Indonesia). Kepulauan Indonesia seperti yang ada saat ini terbentuk pada saat melelehnya es setelah berakhirnya Zaman Es, sekitar 10.000 tahun yang lalu.

Pada masa Pleistosen, ketika masih terhubung dengan Asia Daratan, masuklah pemukim pertama. Bukti pertama yang menunjukkan penghuni awal adalah fosil-fosil Homo erectus manusia Jawa dari masa 2 juta hingga 500.000 tahun lalu. Penemuan sisa-sisa "manusia Flores" (Homo floresiensis) di Liang Bua, Flores, membuka kemungkinan masih bertahannya H. erectus hingga masa Zaman Es terakhir.

Homo sapiens pertama diperkirakan masuk ke Nusantara sejak 100.000 tahun yang lalu melewati jalur pantai Asia dari Asia Barat, dan pada sekitar 60.000 sampai 70.000 tahun yang lalu telah mencapai Pulau Papua dan Australia. Mereka, yang berfenotipe kulit gelap dan rambut ikal rapat, menjadi nenek moyang penduduk asli Melanesia (termasuk Papua) sekarang dan membawa kultur kapak lonjong (Paleolitikum). Gelombang pendatang berbahasa Austronesia dengan kultur Neolitikum datang secara bergelombang sejak 3000 SM dari Cina Selatan melalui Formosa dan Filipina membawa kultur beliung persegi (kebudayaan Dongson). Proses migrasi ini merupakan bagian dari pendudukan Pasifik. Kedatangan gelombang penduduk berciri Mongoloid ini cenderung ke arah barat, mendesak penduduk awal ke arah timur atau berkawin campur dengan penduduk setempat dan menjadi ciri fisik penduduk Maluku serta Nusa Tenggara. Pendatang ini membawa serta teknik-teknik pertanian, termasuk bercocok tanam padi di sawah (bukti paling lambat sejak abad ke-8 SM), beternak kerbau, pengolahan perunggu dan besi, teknik tenun ikat, praktik-praktik megalitikum, serta pemujaan roh-roh (animisme) serta benda-benda keramat (dinamisme). Pada abad pertama SM sudah terbentuk permukiman-permukiman serta kerajaan-kerajaan kecil, dan sangat mungkin sudah masuk pengaruh kepercayaan dari India akibat hubungan perniagaan.

Era Kerajaan-Kerajaan di Nusantara

Sejarah awal 

Para cendekiawan India telah menulis tentang Dwipantara atau kerajaan Hindu Jawa Dwipa di Pulau Jawa dan Sumatra atau Swarna Dwipa sekitar 200 SM. Bukti fisik awal yang menyebutkan mengenai adanya dua kerajaan bercorak Hinduisme pada abad ke-1 dan abad ke-5,  Salakanagara yang berdiri di jawa barat sekitar tahun 130 Masehi atau abad ke-1 sementara        

Kandis di sumatra dan kerajaan kerajaan pada abad ke-4 dan abad ke-5 mulai muncul seperti Tarumanagara yang menguasai Jawa Barat dan Kerajaan Kutai di pesisir Sungai Mahakam, Kalimantan. Pada tahun 425 ajaran Buddhisme telah mencapai wilayah tersebut.

Nusantara telah mempunyai warisan peradaban berusia ratusan tahun dengan dua imperium besar, yaitu Sriwijaya di Sumatra pada abad ke-7 hingga ke-14 dan Majapahit di Jawa pada abad ke-13 sampai ke-16, ditambah dengan puluhan kerajaan kecil yang acap kali menjadi vasal tetangganya yang lebih kuat atau saling terhubung dalam semacam ikatan perkawinan dan perdagangan (seperti di Maluku). Hal tersebut telah terjadi sebelum Eropa Barat mengalami masa Renaisans pada abad ke-16.

Kerajaan Hindu-Buddha 

Pada abad ke-4 hingga abad ke-7 di wilayah Jawa Barat terdapat kerajaan bercorak Hindu-Buddha, yaitu Kerajaan Tarumanagara yang dilanjutkan dengan Kerajaan Sunda sampai abad ke-16. Pada abad ke-7 hingga abad ke-14, kerajaan Buddha Sriwijaya berkembang pesat di Sumatra. Penjelajah Tiongkok, I Ching, mengunjungi ibu kota Sriwijaya, Palembang, sekitar tahun 670. Pada puncak kejayaannya, Sriwijaya menguasai daerah sejauh Jawa Barat dan Semenanjung Melayu. Abad ke-14 juga menjadi saksi bangkitnya sebuah kerajaan Hindu di Jawa Timur, Majapahit. Patih Majapahit antara tahun 1331 hingga 1364, Gajah Mada berhasil memperoleh kekuasaan atas wilayah yang kini sebagian besarnya adalah Indonesia beserta hampir seluruh Semenanjung Melayu. Warisan dari masa Gajah Mada termasuk kodifikasi hukum dan dalam kebudayaan Jawa, seperti yang terlihat dalam wiracarita Ramayana.

Kerajaan & Kesultanan Islam 

Kesultanan sebagai sebuah pemerintahan oleh penguasa Muslim hadir di Indonesia sekitar abad ke-12 dan membangun tamadun. Namun, sebenarnya Islam sudah masuk ke Indonesia pada abad ke-7 Masehi. Saat itu sudah ada jalur pelayaran yang ramai dan bersifat internasional melalui Selat Malaka yang menghubungkan Dinasti Tang di Tiongkok, Sriwijaya di Asia Tenggara, dan Bani Umayyah di Asia Barat sejak abad ke-7.

Menurut sumber-sumber Cina zaman Dinasti Tang, menjelang akhir perempatan ketiga abad 7, seorang pedagang Arab menjadi pemimpin permukiman Arab Muslim di pesisir pantai Sumatra. Islam pun memberikan pengaruh kepada institusi politik yang ada. Hal ini tampak pada tahun 100 H (718 M) Raja Sriwijaya Jambi yang bernama Srindravarman mengirim surat kepada Khalifah Umar bin Abdul Aziz dari Kekhalifahan Bani Umayyah meminta dikirimkan dai yang bisa menjelaskan Islam kepadanya. Surat itu berbunyi: “Dari Raja di Raja yang adalah keturunan seribu raja, yang isterinya juga cucu seribu raja, yang di dalam kandang binatangnya terdapat seribu gajah, yang di wilayahnya terdapat dua sungai yang mengairi pohon gaharu, bumbu-bumbu wewangian, pala dan kapur barus yang semerbak wanginya hingga menjangkau jarak 12 mil, kepada Raja Arab yang tidak menyekutukan tuhan-tuhan lain dengan Allah. Saya telah mengirimkan kepada Anda hadiah, yang sebenarnya merupakan hadiah yang takbegitu banyak, tetapi sekadar tanda persahabatan. Saya ingin Anda mengirimkan kepada saya seseorang yang dapat mengajarkan Islam kepada saya dan menjelaskan kepada saya tentang hukum-hukumnya.” Dua tahun kemudian, yakni tahun 720 M, Raja Srindravarman, yang semula beragama Hindu, menjadi masuk Islam. Sriwijaya Jambi pun dikenal dengan nama 'Sribuza Islam'. Sayang, pada tahun 730 M Sriwijaya Jambi ditawan oleh Sriwijaya Palembang yang masih menganut Buddha.

Islam terus mengokoh menjadi institusi politik yang mengemban Islam. Misalnya, sebuah kesultanan Islam bernama Kesultanan Peureulak didirikan pada 1 Muharram 225 H atau 12 November 839 M. Contoh lain adalah Kesultanan Ternate. Islam masuk ke kerajaan di Kepulauan Maluku ini tahun 1440. Rajanya seorang Muslim bernama Bayanullah.

Kesultanan Islam kemudian semakin menyebarkan berbagai ajarannya ke penduduk dan melalui pembauran, menggantikan Hindu dan Buddha sebagai kepercayaan utama pada akhir abad ke-16 di Jawa dan Sumatra. Hanya Bali yang tetap mempertahankan mayoritas Hindu. Di kepulauan-kepulauan di Timur, rohaniawan-rohaniawan Kristen dan Islam diketahui sudah aktif pada abad ke-16 dan 17, dan saat ini ada mayoritas yang besar dari kedua agama di kepulauan-kepulauan tersebut.

Penyebaran Islam dilakukan melalui hubungan perdagangan di luar Nusantara; hal ini, karena para penyebar dakwah atau mubalig merupakan utusan dari negara-negara Muslim yang datang dari luar Indonesia, maka untuk menghidupi diri dan keluarga mereka, para mubalig ini bekerja melalui cara berdagang, para mubalig inipun menyebarkan Islam kepada para pedagang dari penduduk indigenos, hingga para pedagang ini memeluk Islam dan meyebarkan pula ke penduduk lainnya, karena umumnya pedagang dan ahli kerajaan lah yang pertama mengadopsi agama baru tersebut. Kerajaan Islam penting termasuk di antaranya: Kesultanan Demak Kerajaan Djipang Kerajaan Samudera Pasai, Kesultanan Banten yang menjalin hubungan diplomatik dengan negara-negara Eropa, Kesultanan Mataram, Kesultanan Iha, Kesultanan Gowa, Kesultanan Gorontalo, Kesultanan Ternate, dan Kesultanan Tidore di Maluku.

Era kolonial

Kolonisasi Portugis dan Spanyol 

Afonso (kadang juga ditulis Alfonso) de Albuquerque. Karena tokoh inilah, yang membuat kawasan Nusantara waktu itu dikenal oleh orang Eropa dan dimulainya kolonisasi berabad-abad oleh Portugis bersama bangsa Eropa lain, terutama Britania dan Belanda—juga Spanyol dalam waktu yang singkat.

Dari Sungai Tajo yang bermuara ke Samudra Atlantik itulah armada Portugis mengarungi Samudra Atlantik, yang mungkin memakan waktu sebulan hingga tiga bulan, melewati Tanjung Harapan di Afrika, menuju Selat Malaka. Dari sini penjelajahan dilanjutkan ke Kepulauan Maluku untuk mencari rempah-rempah, komoditas yang setara emas kala itu.

”Pada abad ke-16 saat petualangan itu dimulai biasanya para pelaut negeri Katolik itu diberkati oleh pastor dan raja sebelum berlayar melalui Sungai Tagus,” kata Teresa. Biara St Jeronimus atau Biara Dos Jeronimos dalam bahasa Portugis itu didirikan oleh Raja Manuel pada tahun 1502 di tempat saat Vasco da Gama memulai petualangan ke timur.

Museum Maritim atau orang Portugis menyebut Museu de Marinha itu didirikan oleh Raja Luis pada 22 Juli 1863 untuk menghormati sejarah maritim Portugis.

Selain patung di taman, lukisan Afonso de Albuquerque juga menjadi koleksi museum itu. Di bawah lukisan itu tertulis, ”Gubernur India 1509-1515. Peletak dasar Kerajaan Portugis di India yang berbasis di Ormuz, Goa, dan Malaka. Pionir kebijakan kekuatan laut sebagai kekuatan sentral kerajaan”. Berbagai barang perdagangan Portugis juga dipamerkan di museum itu, bahkan gundukan lada atau merica.

Ada sejumlah motivasi mengapa Kerajaan Portugis memulai petualangan ke timur. Ahli sejarah dan arkeologi Islam Uka Tjandrasasmita dalam buku Indonesia-Portugal: Five Hundred Years of Historical Relationship (Cepesa, 2002), mengutip sejumlah ahli sejarah, menyebutkan tidak hanya ada satu motivasi Kerajaan Portugis datang ke Asia. Ekspansi itu mungkin dapat diringkas dalam tiga kata bahasa Portugis, yakni feitoria, fortaleza, dan igreja. Arti harfiahnya adalah emas, kejayaan, dan gereja atau perdagangan, dominasi militer, dan penyebaran agama Katolik.

Menurut Uka, Albuquerque, Gubernur Portugis Kedua dari Estado da India, Kerajaan Portugis di Asia, merupakan arsitek utama ekspansi Portugis ke Asia. Dari Goa, ia memimpin langsung ekspedisi ke Malaka dan tiba di sana awal Juli 1511 membawa 15 kapal besar dan kecil serta 600 tentara. Ia dan pasukannya mengalahkan Malaka 10 Agustus 1511. Sejak itu Portugis menguasai perdagangan rempah-rempah dari Asia ke Eropa. Setelah menguasai Malaka, ekspedisi Portugis yang dipimpin Antonio de Abreu mencapai Maluku, pusat rempah-rempah.

Periode kolonisasai Portugis di Nusantara 
Periode 1511-1526, selama 15 tahun, Nusantara menjadi pelabuhan maritim penting bagi Kerajaan Portugis, yang secara reguler menjadi rute maritim untuk menuju Pulau Sumatra, Jawa, Banda, dan Maluku.

Pada tahun 1511 Portugis mengalahkan Kerajaan Malaka.

Pada tahun 1522, Portugis sudah sampai di Pelabuhan Sunda untuk menandatangani perjanjian dagang dengan Raja Sunda. Perjanjian dagang tersebut dilakukan pada tanggal 21 Agustus 1522. Pada hari yang sama dibangun sebuah prasasti yang disebut Prasasti Perjanjian Sunda-Portugal di suatu tempat yang saat ini menjadi sudut Jalan Cengkih dan Jalan Kali Besar Timur I, Jakarta Barat. Dengan perjanjian ini maka Portugis dibolehkan membangun gudang atau benteng di Sunda Kelapa.

Pada 1512, Afonso de Albuquerque mengirim sebuah ekspedisi yang terdiri dari dua kapal dan sebuah karavel di bawah pimpinan Antonio de Abreu untuk mencari kepulauan rempah-rempah.

Kehadiran Portugis di perairan dan kepulauan Indonesia itu telah meninggalkan jejak-jejak sejarah yang sampai hari ini masih dipertahankan oleh komunitas lokal di Nusantara, khususnya flores, Solor dan Maluku. Di Jakarta, terdapat Kampong Tugu yang terletak di antara Kali Cakung, pantai Cilincing, dan tanah Marunda. Penduduk kampung tersebut menamakan diri "orang Portugis" dan percaya bahwa mereka adalah turunan bangsa Portugis.

Bangsa Eropa pertama yang menemukan Maluku adalah Portugis, pada tahun 1512. Pada waktu itu 2 armada Portugis, masing-masing di bawah pimpinan Anthoni d'Abreu dan Fransisco Serau, mendarat di Kepulauan Banda dan Kepulauan Penyu. Setelah mereka menjalin persahabatan dengan penduduk dan raja-raja setempat - seperti dengan Kerajaan Ternate di pulau Ternate, Portugis diberi izin untuk mendirikan benteng di Pikaoli, yang terletak di antara Negeri Hitu Lama dan Mamala di Pulau Ambon sekarang. Namun hubungan dagang rempah-rempah ini tidak berlangsung lama, karena Portugis menerapkan sistem monopoli sekaligus melakukan penyebaran agama Kristen.

Salah seorang misionaris terkenal adalah Fransiskus Xaverius. Tiba di Ambon pada tahun 1546, kemudian melanjutkan perjalanan ke Ternate. Persahabatan Portugis dan Ternate berakhir pada tahun 1570. Pada akhir tahun 1575, bangsa Portugis menyerah kepada Sultan Babullah.

Perlawanan rakyat Maluku terhadap Portugis, dimanfaatkan Belanda untuk menjejakkan kakinya di Maluku. Pada tahun 1605, Belanda berhasil memaksa Portugis untuk menyerahkan pertahanannya di Ambon kepada Steven van der Hagen dan di Tidore kepada Cornelisz Sebastiansz. Demikian pula benteng Inggris di Kambelo, Pulau Seram, dihancurkan oleh Belanda. Sejak saat itu Belanda berhasil menguasai sebagian besar wilayah Maluku.

Kedudukan Belanda di Maluku semakin kuat dengan berdirinya VOC pada tahun 1602, dan sejak saat itu Belanda menjadi penguasa tunggal di Maluku. Di bawah kepemimpinan Jan Pieterszoon Coen, Kepala Operasional VOC, perdagangan cengkih di Maluku sepunuh di bawah kendali VOC selama hampir 350 tahun. Untuk keperluan ini VOC tidak segan-segan mengusir pesaingnya; Portugis, Spanyol, dan Inggris. Bahkan puluhan ribu orang Maluku menjadi korban kebrutalan VOC.

Kemudian mereka membangun benteng di Ternate tahun 1511, kemudian tahun 1512 membangun Benteng di Amurang Sulawesi Utara. Portugis kalah perang dengan Spanyol maka daerah Sulawesi Utara diserahkan dalam kekuasaan Spanyol (1560 hingga 1660). Kerajaan Portugis kemudian dipersatukan dengan Kerajaan Spanyol. (Baca buku:Sejarah Kolonial Portugis di Indonesia, oleh David DS Lumoindong). Abad 17 datang armada dagang VOC (Belanda) yang kemudian berhasil mengusir Portugis dari Ternate, sehingga kemudian Portugis mundur dan menguasai Timor timur (sejak 1515).

Kolonialisme dan Imperialisme mulai merebak di Indonesia sekitar abad ke-15, yaitu diawali dengan pendaratan bangsa Portugis di Malaka dan bangsa Belanda yang dipimpin Cornellis de Houtman pada tahun 1596, untuk mencari sumber rempah-rempah dan berdagang.

Perlawanan Rakyat terhadap Portugis 
Kedatangan bangsa Portugis ke Semenanjung Malaka dan ke Kepulauan Maluku merupakan perintah dari negaranya untuk berdagang.

Perlawanan Rakyat Minahasa terhadap Portugis 

Perjuangan perlawanan Rakyat Perserikatan Minahasa melawan Portugis telah berlangsung dari tahun 1512-1560, dengan gabungan perserikatan suku-suku di Minahasa maka mereka dapat mengusir Portugis. Portugis membangun beberapa Benteng pertahanan di Minahasa di antaranya di Amurang dan Kema.

Perlawanan Rakyat Malaka terhadap Portugis 
Pada tahun 1511, armada Portugis yang dipimpin oleh Albuquerque menyerang Kerajaan Malaka. Usaha perlawanan kolonial Portugis di Malaka yang terjadi pada tahun 1513 mengalami kegagalan karena kekuatan dan persenjataan Portugis lebih kuat. Pada tahun 1527, armada Demak di bawah pimpinan Fatahillah/Falatehan dapat menguasai Banten,Sunda Kelapa, dan Cirebon. Armada Portugis dapat dihancurkan oleh Fatahillah/Falatehan dan ia kemudian mengganti nama Sunda Kelapa menjadi Jayakarta yang artinya kemenangan besar, yang kemudian menjadi Jakarta.

Perlawanan rakyat Aceh terhadap Portugis 
Mulai tahun 1554 hingga tahun 1555, upaya Portugis tersebut gagal karena Portugis mendapat perlawanan keras dari rakyat Aceh. Pada saat Sultan Iskandar Muda berkuasa, Kerajaan Aceh pernah menyerang Portugis di Malaka pada tahun 1615 dan 1629.

Perlawanan Rakyat Maluku terhadap Portugis 
Bangsa Portugis pertama kali mendarat di Maluku pada tahun 1511. Kedatangan Portugis berikutnya pada tahun 1513. Akan tetapi, Ternate merasa dirugikan oleh Portugis karena keserakahannya dalam memperoleh keuntungan melalui usaha monopoli perdagangan rempah-rempah.

Pada tahun 1533, Sultan Ternate menyerukan kepada seluruh rakyat Maluku untuk mengusir Portugis di Maluku. Pada tahun 1570, rakyat Ternate yang dipimpin oleh Sultan Hairun dapat kembali melakukan perlawanan terhadap bangsa Portugis, namun dapat diperdaya oleh Portugis hingga akhirnya tewas terbunuh di dalam Benteng Duurstede. Selanjutnya dipimpin oleh Sultan Baabullah pada tahun 1574. Portugis diusir yang kemudian bermukim di Pulau Timor.

Garis waktu kolonialisasi Eropa di Indonesia

Kolonialisasi Spanyol 

 1521 Spanyol mendarat di Sulawesi Utara
 1560 Spanyol mendirikan pos di Manado.
 1617 Gerakan perlawanan rakyat Minahasa di Sulawesi Utara untuk mengusir kolonial Spanyol.
 1646 Spanyol di usir dari Minahasa dan Sulawesi Utara. Tahun selanjutnya Spanyol masih mencoba memengaruhi kerajaan sekitar untuk merebut kembali Minahasa tapi gagal, terakhir dengan mendukung Bolaang Mongondow yang berakhir tahun 1692.

Kolonialisasi Portugis

1509 - 1520 
 1509 Portugis tiba pertama kali di Melaka.
 1511 April, Admiral Portugis Alfonso de Albuquerque memutuskan berlayar dari Goa ke Melaka.
 10 Agustus, Pasukan Albuquerque menguasai Melaka.
 Sultan Melaka, Mahmud Syah melarikan diri ke Riau.
 Portugis di Melaka menghancurkan armada dari kesultanan Demak di Jawa.
 Pati Unus berkuasa di Jepara.
 Desember, Albuquerque mengirim tiga kapal di bawah Antonio de Abreu dari Melaka untuk menjelajah ke arah Timur.
 1512 Perjalanan ekspedisi De Abreu dari Melaka menuju Madura, Bali, Lombok, Aru dan Banda.
 Dua kapal rusak di Banda. Da Breu kembali ke Melaka; Francisco Serrão memperbaiki kapal dan melanjutkan menuju ke Ambon, Ternate, dan Tidore. Serrão menawarkan dukungan bagi Ternate dalam perselisihannya dengan Tidore, pasukannya mendirikan sebuah pos Portugis di Ternate.
 1513 Pasukan dari Jepara dan Palembang menyerang Portugis di Melaka, tetapi berhasil dipukul mundur. Maret, Portugis mengirim seorang duta menemui Raja Sunda di Pajajaran. Portugis diizinkan untuk membangun sebuah benteng di Sunda Kelapa (sekarang Jakarta).
 Portugis menghubungi Raja Udara, anak dari Girindrawardhana dan penguasa bekas kerajaan Majapahit
 Portugis membangun pabrik-pabrik di Ternate dan Bacan.
 Udara menyerang Demak dengan bantuan dari Raja Klungkung dari Bali. Pasukan Majapahit dipukul mundur, tapi Sunan Ngudung tewas dalam pertempuran. Banyak pendukung Majapahit melarikan diri ke Bali.
 1514
 Ali Mughayat Syah mendirikan Kesultanan Aceh, dan menjadi Sultan Aceh pertama.
 1515
 Portugis pertama kali tiba di Timor.
 1518
 Sultan Mahmud dari Melaka mengambil alih kekuasaan di Johor.
 Raden Patah meninggal dunia; Pati Unus menjadi Sultan Demak.
 1520
 Aceh mulai menguasai pantai timur laut Sumatra.
 Rakyat Bali menyerang Lombok.
 Para pedagang Portugis mulai mengunjungi Flores dan Solor.
 Banjar di Kalimantan menjadi Kesultanan Islam.

1521–1530 

 1521
 Unus memimpin armada dari Demak dan Cirebon melawan orang-orang Portugis di Melaka. Unus terbunuh dalam pertempuran. Trenggono menjadi Sultan Demak.
 Portugis merebut Pasai di Sumatra;
 Gunung Jati (dari Cirebon) meninggalkan Pasai berangkat ke Mekkah.
 Kapal terakhir dari ekspedisi Magelhaens mengeliling dunia berlayar antara pulau Lembata dan Pantar di Nusa Tenggara.
 1522
 Februari ekspedisi Portugis di bawah De Brito tiba di Banda.
 Mei, ekspedisi De Brito tiba di Ternate, membangung sebuah benteng Portugis.
 Kerajaan Sunda, yang masih beragama Hindu, meminta bantuan Portugis untuk menghadapi kemungkinan serangan Demak yang Muslim. Kontrak kerja sama ditandatangani dan sebuah padrao didirikan di Sunda Kalapa
 Sisa-sisa ekspedisi Magelhaens berkeliling dunia mengunjungi Timor.
 Portugis membangun benteng di Hitu, Ambon.
 1523
 Gunungjati kembali dari Mekkah, kembali ke Cirebon, dan menetap di Demak, menikahi saudara perempuan Sultan Trenggono.
 1524
 Gunungjati dari Cirebon dan anaknya Hasanuddin (di Banten) melakukan dakwah secara terbuka dan rahasia di Jawa Barat untuk memperlemah Kerajaan Sunda yang beribu kota di Pajajaran dan persekutuannya dengan Portugis. Pemerintah lokal di Banten, yang tadinya tergantung pada Pajajaran, masuk Islam dan bergabung dengan pihak Cirebon dan Demak.
 Aceh merebut Pasai dan Pedir di Sumatera Utara.
 1525
 Hasanuddin (dari Banten), anak dari Gunungjati (dari Cirebon), melakukan dakwah di Lampung.
 1526
 Portugis membangun benteng pertama di Timor.
 1527
 Demak menaklukkan Kediri, sisa-sisa Hindu dari kerajaan Majapahit; Sultan-sultan Demak mengklaim sebagai pengganti Majapahit; Sunan Kudus ikut serta.
 Demak merebut Tuban.
 Cirebon, dibantu Demak, menduduki Sunda Kelapa, pelabuhan Kerajaan Sunda. Fatahillah mengganti namanya menjadi Jayakarta. (Sukses ini dikatakan berkat pimpinan "Fatahillah"—atau, sesuai dengan kekeliruan ucapan Portugis, "Falatehan"—namun mungkin ini adalah nama yang diberikan kepada Sunan Gunungjati dari Cirebon) Para penjaga keamanan pelabuhan Kerajaan Sunda didorong mundur meninggalkan daerah pesisir. Dengan demikian pembangunan gudang atau benteng sesuai perjanjian dagang antara Portugis dengan Kerajaan Sunda batal terwujud.
 Kerajaan Palakaran di Madura, yang berbasis di Arosbaya (kini Bangkalan), menjadi Islam di bawah Kyai Pratanu.
 Ekspedisi dari Spanyol dan Meksiko berusaha mengusir Portugis dari Maluku.
 1529
 Demak menaklukkan Madiun.
 Raja-raja Spanyol dan Portugal sepakat bahwa Maluku harus menjadi milik Portugal, dan Filipina menjadi milik Spanyol.
 1530
 Salahuddin menjadi Sultan Aceh.
 Surabaya dan Pasuruan takluk kepada Demak. Demak merebut Blambangan, kerajaan Hindu terakhir di ujung timur Jawa.
 Gowa mulai meluas dari Makassar.
 Banten memperluas pengaruhnya atas Lampung.

1531–1540 
 1536
 Serangan besar Portugis terhadap Johor.
 Antonio da Galvão menjadi gubernur di pos Portugis di Ternate; mendirikan pos Portugis di Ambon.
 Portugis membawa Sultan Tabariji dari Ternate ke Goa karena mencurigainya melakukan kegiatan-kegiatan anti Portugis, menggantikannya dengan saudara-saudaranya.
 1537
 Serangan Aceh atas Melaka gagal. Salahuddin dari Aceh digantikan oleh Alaudin Riayat Syah I.
 1539
 Aceh menyerang suku Batak di selatan mereka.
 1540
 Portugis berhubungan dengan Gowa.
 Kesultanan Butung didirikan.

1541–1550 
 1545
 Demak menaklukkan Malang. Gowa membangun benteng di Ujung Pandang.
 1546
 Demak menyerang Blambangan namun gagal.
 Trenggono dari Demak meninggal dan digantikan oleh Prawata. Menantunya, Joko Tingkir memperluas pengaruhnya dari Pajang (dekat Sukoharjo sekarang).
 St. Fransiskus Xaverius berkunjung ke Manado dan Kema.
 1547
 Aceh menyerang Melaka.
 1549
 Sunan Prawata meninggal
 Arya Penangsang menggantikan Prawata sebagai Sultan Demak V
 1550
 Portugis mulai membangun benteng-benteng di Flores.
 1554
 Arya Penangsang meninggal, Kesultanan Demak runtuh.

1551–1560 

 1551
 Johor menyerang Portugis Melaka dengan bantuan armada Ratu Kalinyamat dari Jepara.
 Pasukan-pasukan dari Ternate menguasai Kesultanan Jailolo di Halmahera dengan bantuan Portugis.
 1552
 Hasanuddin memisahkan diri dari Demak dan mendirikan Kesultanan Banten, lalu merebut Lampung untuk Kesultanan yang baru.
 Aceh mengirim duta ke Suleiman I, Sultan Utsmaniyah di Istanbul.
 1558
 Leiliato memimpin suatu pasukan dari Ternate untuk menyerang Portugis di Hitu.
 Portugis membangun benteng di Bacan.
 Ki Ageng Pemanahan menerima distrik Mataram dari Joko Tinggir, memerintah di Pajang.
 Wabah cacar di Ternate.
 1559
 Para misionaris Portugis mendarat di Timor. Khairun menjadi Sultan Ternate.
 1560
 Portugis mendirikan pos misi dan perdagangan di Panarukan, di ujung timur Jawa.
 Spanyol mendirikan pos di Manado.

1561–1570 

 1561
 Misi Dominikan Portugis didirikan di Solor.
 1564
 Wabah cacar di Ambon.
 1565
 Aceh menyerang Johor.
 Kutai di Kalimantan menjadi Kesultanan.
 1566
 Misi Dominikan Portugis di Solor membangun sebuah benteng batu.
 1568
 Serangan yang gagal oleh Aceh di Melaka Portugis.
 1569
 Portugis membangun benteng kayu di pulau Ambon.
 1570
 Aceh menyerang Johor lagi, namun gagal.
 Sultan Khairun dari Ternate menandatangani sebuah perjanjian damai dengan Gubernur Lopez de Mezquita, tetapi agen Portugis membunuh Sultan Hairun. Baabullah menjadi Sultan Ternate (hingga * 1583), dan bersumpah untuk mengusir Portugis keluar dari benteng-benteng mereka.
 Maulana Yusuf menjadi Sultan Banten.

1571–1590 

 1571
 Alaudin Riyat Shah meninggal, kekacauan di Aceh hingga 1607.
 1574
 Jepara memimpin serangan yang gagal di Melaka.
 1575
 Sultan Babullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate. Karena itu Portugis membangun sebuah benteng di Tidore.
 1576
 Portugis membangun benteng di kota Ambon sekarang.
 1577
 Ki Ageng Pemanahan mendirikan Kota Gede (dekat Yogyakarta sekarang).
 1579
 Banten menyerang dan meluluhlantakkan Pajajaran merebut sisa-sisa Kerajaan Sunda, dan melakukan Islamisasi. Raja Sunda terakhir yang enggan memeluk Islam, yaitu Prabu Ragamulya atau Prabu Suryakancana, meninggalkan ibu kota Kerajaan Sunda tersebut dan meninggal dalam pelarian di daerah Banten.
 November, Sir Francis Drake dari Britania, setelah menyerang kapal dan pelabuhan Spanyol di Amerika, tiba di Ternate. Sultan Babullah, yang juga membenci orang-orang Spanyol, mengadakan perjanjian persahabatan dengan Britania.
 1580
 Maulana Muhammad menjadi Sultan Banten.
 Kerajaan Portugal jatuh ke tangan kerajaan Spanyol dibawah Raja Philip II; usaha-usaha kolonial Portugis tidak dipedulikan.
 Drake mengunjungi Sulawesi dan Jawa, dalam perjalanan pulang ke Britania.
 Ternate menguasai Butung.
 1581
 Sekitar saat ini, Kyai Ageng Pemanahan mengambil alih distrik Mataram (yang telah dijanjikan kepadanya oleh Joko Tingkir, yang menundanya hingga Sunan Kalijaga dari Wali Songo mendesaknya), mengubah namanya menjadi Kyai Gedhe Mataram.
 1584
 Sutawijaya menggantikan ayahnya Kyai Gedhe Mataram sebagai pemerintah lokal dari Mataram, memerintah dari Kota Gede.
 1585
 Sultan Aceh mengirim surat kepada Elizabeth I dari Britania.
 Kapal Portugis yang dikirim untuk membangun sebuah benteng dan misi di Bali karam tepat di lepas pantai.
 1587
 Sutawijaya mengalahkan Pajang dan Joko Tingkir meninggal; garis keturunan beralih kepada Sutawijaya. Gunung Merapi meletus.
 Portugis di Melaka menyerang Johor.
 Portugis menandatangani perjanjian perdamaian dengan Sultan Aceh.
 Sir Thomas Cavendish dari Britania mengunjungi Jawa.
 1588
 Sutawijaya mengganti namanya menjadi Panembahan Senopati; merebut Pajang dan Demak.
 1590
 Desa asli Medan didirikan.

1591–1659 

 1591
 Senopati merebut Madiun, lalu Kediri.
 Sir James Lancaster dari Britania tiba di Aceh dan Penang, tetapi misinya gagal.
 Ternate menyerang Portugis di Ambon.
 1593
 Ternate mengepung Portugis di Ambon kembali.
 1595
2 April, ekspedisi Belanda di bawah De Houtman berangkat ke Hindia Belanda.
 Suriansyah menjadikan Banjar di Kalimantan sebuah Kesultanan (belakangan Banjarmasin).
 Portugis membangun benteng di Ende, Flores
 1654
 Orang Minahasa mengizinkan Belanda membangun loji di Manado.

Kolonisasi VOC 

Mulai tahun 1602 Kongsi dagang VOC yang didirikan di Republik Persekutuan Tujuh Provinsi bersaing dengan kerajaan Portugal dan Kerajaan Spanyol dalam dominasi perdagangan rempah di Hindia Timur (Nusantara), secara perlahan-lahan menjadi penguasa wilayah yang kini adalah Indonesia, dengan memanfaatkan Perselisihan dan perpecahan di antara kerajaan-kerajaan kecil yang telah menggantikan Majapahit. VOC berhasil mengeliminasi Kongsi dagang EIC yang didirikan oleh kerajaan Inggris yang bertahan di bengkulu hingga 1824, satu-satunya koloni Portugal yang masih bertahan hingga abad 20 adalah Timor Portugis, yang tetap dikuasai Portugal hingga 1975 ketika berintegrasi menjadi provinsi Indonesia bernama Timor Timur.

Pada abad ke-17 dan 18 Hindia Belanda tidak dikuasai secara langsung oleh pemerintah Belanda namun oleh perusahaan dagang bernama Perusahaan Hindia Timur Belanda (bahasa Belanda: Verenigde Oostindische Compagnie atau VOC). VOC telah diberikan hak monopoli terhadap perdagangan dan aktivitas kolonial di wilayah tersebut oleh Parlemen Belanda pada tahun 1602. Markasnya berada di Batavia, yang kini bernama Jakarta.

Kongsi Dagang VOC dan dilanjutkan oleh pemerintah kolonial Belanda mendominasi Indonesia selama hampir 350 tahun (antara 1602 dan 1945), kecuali untuk suatu masa pendek di mana sebagian kecil dari Indonesia dikuasai Britania setelah Perang Jawa Britania-Belanda (perpanjangan dari perang Napoleonik di Eropa) dan masa penjajahan Jepang pada masa Perang Dunia II. Pada masa penguaasaan VOC terhadap nusantara banyak penduduk di nusantara menderita akibat monopoli, peperangan dan pajak dari VOC, salah satu perusahaan terbuka yang terbesar dalam sejarah, Setelah VOC bangkrut pada 1799 dan aset-asetnya di nusantara diambil alih oleh kerajaan Belanda dalam bentuk pemerintahan kolonial, Belanda mulai mengembangkan Hindia Belanda menjadi salah satu kekuasaan kolonial terkaya di dunia. 350 tahun penjajahan Belanda bagi sebagian orang adalah berlebihan karena banyak wilayah di Indonesia seperti Aceh dan Papua baru ditaklukkan secara penuh oleh Belanda mendekati abad ke 20.

Tujuan utama VOC adalah mempertahankan monopolinya terhadap perdagangan rempah-rempah di Nusantara. Hal ini dilakukan melalui penggunaan dan ancaman kekerasan terhadap penduduk di kepulauan-kepulauan penghasil rempah-rempah, dan terhadap orang-orang non-Belanda yang mencoba berdagang dengan para penduduk tersebut. Contohnya, ketika penduduk Kepulauan Banda terus menjual biji pala kepada pedagang Inggris, pasukan Belanda membunuh atau mendeportasi hampir seluruh populasi dan kemudian mempopulasikan pulau-pulau tersebut dengan pembantu-pembantu atau budak-budak yang bekerja di perkebunan pala.

VOC menjadi terlibat dalam politik internal Jawa pada masa ini, dan bertempur dalam beberapa peperangan yang melibatkan pemimpin Mataram dan Banten.

Kolonisasi pemerintah Belanda

Era Napoleon (1800-1811) 
Setelah VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie) jatuh bangkrut dan dibubarkan pada akhir abad ke-18, tepatnya adalah pada tahun 1 Januari 1800 dan setelah Belanda kalah Perang Eropa dan dikuasai Prancis, maka Hindia Belanda jatuh ke tangan Prancis, walaupun secara pemerintahan masih di bawah negara kesatuan Republik Belanda (hingga 1806), kemudian dilanjutkan Kerajaan Hollandia (hingga 1810). Sejak saat itu dimulailah perang perebutan kekuasaan antara Prancis (Belanda) dan Britania Raya, yang ditandai dengan peralihan kekuasaan beberapa wilayah Hindia Belanda dan perjanjian, antara lain Persetujuan Amiens hingga Kapitulasi Tuntang.

Dalam masa ini Hindia Belanda berturut-turut diperintah oleh Gubernur Jenderal Overstraten, Wiese, Daendels, dan yang terakhir adalah Janssens. Pada masa Daendels dibangunlah Jalan Raya Pos (jalur Pantura sekarang), kemudian meluaskan daerah jajahan hingga ke Lampung, namun kehilangan Ambon, Ternate dan Tidore yang direbut Britania. Tahun 1810 ketika Prancis menganeksasi Belanda, maka bendera Prancis dikibarkan di Batavia, dan Daendels kembali ke Eropa untuk berperang di bawah Napoleon. Janssens, penggantinya, tidak memerintah lama, karena Britania di bawah Lord Minto datang dan merebut Jawa dari Belanda-Prancis.

Interregnum Britania (1811-1816) 
Setelah Britania menguasai Jawa, pemerintahan beralih sementara dari Belanda ke Britania, hingga akhir perang Napoleon pada 1816 ketika Britania harus mengembalikan Hindia Belanda kepada Kerajaan Belanda. Lord Minto menjadi Gubernur Jenderal pertama yang bermarkas di India, sedangkan Raffles diangkat menjadi Wakil Gubernur yang memimpin Jawa. Raffles kemudian membenahi pemerintahan di Jawa sesuai sistem pemerintahan Britania.

Salah satu penemuan penting pada pemerintahan Raffles adalah penemuan kembali Candi Borobudur, salah satu candi Buddha terbesar di dunia, dan Gunung Tambora di Sumbawa meletus, dengan korban langsung dan tidak langsung mencapai puluhan ribu jiwa

Pemerintahan Kerajaan Belanda (sejak 1816) 
Setelah Kongres Wina mengakhiri Perang Napoleon dan mengembalikan Jawa ke Belanda, sejak 16 Agustus 1816 pemerintah Kerajaan Belanda berkuasa dan berdaulat penuh atas wilayah Hindia Belanda yang tertulis dalam Undang-Undang Kerajaan Belanda tahun 1814 dan diamendemen tahun 1848, 1872, dan 1922 menurut perkembangan wilayah Hindia Belanda, hingga 1942 ketika Jepang datang menyerbu dalam Perang Dunia II.

Dalam masa ini, terjadi pemberontakan besar di Jawa dan Sumatra, yang terkenal dengan Perang Diponegoro atau Perang Jawa, pada tahun 1825-1830, dan Perang Padri (1821-1837), dan perang-perang lainnya. Setelah tahun 1830 sistem tanam paksa yang dikenal sebagai cultuurstelsel dalam bahasa Belanda mulai diterapkan. Dalam sistem ini, para penduduk dipaksa menanam hasil-hasil perkebunan yang menjadi permintaan pasar dunia pada saat itu, seperti teh, kopi dll. Hasil tanaman itu kemudian diekspor ke mancanegara. Sistem ini membawa kekayaan yang besar kepada para pelaksananya - baik yang Belanda maupun yang Indonesia. Sistem tanam paksa ini adalah monopoli pemerintah dan dihapuskan pada masa yang lebih bebas setelah 1870.

Pada 1901 pihak Belanda mengadopsi apa yang mereka sebut Politik Etis (bahasa Belanda: Ethische Politiek), yang termasuk investasi yang lebih besar dalam pendidikan bagi orang-orang pribumi, dan sedikit perubahan politik. Di bawah gubernur-jenderal J.B. van Heutsz pemerintah Hindia Belanda memperpanjang kekuasaan kolonial secara langsung di sepanjang Hindia Belanda, dan dengan itu mendirikan fondasi bagi negara Indonesia saat ini.

Gerakan nasionalisme 

Pada 1905 gerakan nasionalis yang pertama, Serikat Dagang Islam dibentuk dan kemudian diikuti pada tahun 1908 oleh gerakan nasionalis berikutnya, Budi Utomo. Belanda merespon hal tersebut setelah Perang Dunia I dengan langkah-langkah penindasan. Para pemimpin nasionalis berasal dari kelompok kecil yang terdiri dari profesional muda dan pelajar, yang beberapa di antaranya telah dididik di Belanda. Banyak dari mereka yang dipenjara karena kegiatan politis, termasuk Presiden Indonesia yang pertama, Soekarno.

Perang Dunia II 

Pada Mei 1940, awal Perang Dunia II, Belanda diduduki oleh Nazi Jerman. Hindia Belanda mengumumkan keadaan siaga dan di Juli mengalihkan ekspor untuk Jepang ke Amerika Serikat dan Britania. Negosiasi dengan Jepang yang bertujuan untuk mengamankan persediaan bahan bakar pesawat gagal di Juni 1941, dan Jepang memulai penaklukan Asia Tenggara di bulan Desember tahun itu. Di bulan yang sama, faksi dari Sumatra menerima bantuan Jepang untuk mengadakan revolusi terhadap pemerintahan Belanda. Pasukan Belanda yang terakhir dikalahkan Jepang pada Maret 1942.

Pendudukan Jepang 

Pada Juli 1942, Soekarno menerima tawaran Jepang untuk mengadakan kampanye publik dan membentuk pemerintahan yang juga dapat memberikan jawaban terhadap kebutuhan militer Jepang. Soekarno, Mohammad Hatta, dan para Kyai memperoleh penghormatan dari Kaisar Jepang pada tahun 1943. Tetapi, pengalaman dari penguasaan Jepang di Indonesia sangat bervariasi, tergantung di mana seseorang hidup dan status sosial orang tersebut. Bagi yang tinggal di daerah yang dianggap penting dalam peperangan, mereka mengalami siksaan, terlibat perbudakan seks, penahanan sembarang dan hukuman mati, dan kejahatan perang lainnya. Orang Belanda dan campuran Indonesia-Belanda merupakan target sasaran dalam penguasaan Jepang.

Pada Maret 1945 Jepang membentuk Badan Penyelidik Usaha Persiapan Kemerdekaan Indonesia (BPUPKI). Pada pertemuan pertamanya di bulan Mei, Soepomo membicarakan integrasi nasional dan melawan individualisme perorangan; sementara itu Muhammad Yamin mengusulkan bahwa negara baru tersebut juga sekaligus mengklaim Sarawak, Sabah, Malaya, Portugis Timur, dan seluruh wilayah Hindia Belanda sebelum perang.

Pada 9 Agustus 1945 Soekarno, Hatta dan Radjiman Widjodiningrat diterbangkan ke Vietnam untuk bertemu Marsekal Terauchi. Mereka dikabarkan bahwa pasukan Jepang sedang menuju kehancuran tetapi Jepang menginginkan kemerdekaan Indonesia pada 24 Agustus.

Era kemerdekaan

Proklamasi kemerdekaan 

Mendengar kabar bahwa Jepang tidak lagi mempunyai kekuatan untuk membuat keputusan seperti itu pada 16 Agustus, Soekarno membacakan "Proklamasi" pada hari berikutnya. Kabar mengenai proklamasi menyebar melalui radio dan selebaran sementara pasukan militer Indonesia pada masa perang, Pasukan Pembela Tanah Air (PETA), para pemuda, dan lainnya langsung berangkat mempertahankan kediaman Soekarno.

Pada 18 Agustus 1945 Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia (PPKI) melantik Soekarno sebagai Presiden dan Mohammad Hatta sebagai Wakil Presiden dengan menggunakan konstitusi yang dirancang beberapa hari sebelumnya. Kemudian dibentuk Komite Nasional Indonesia Pusat (KNIP) sebagai parlemen sementara hingga pemilu dapat dilaksanakan. Kelompok ini mendeklarasikan pemerintahan baru pada 31 Agustus dan menghendaki Republik Indonesia yang terdiri dari 8 provinsi: Sumatra, Kalimantan (tidak termasuk wilayah Sabah, Sarawak dan Brunei), Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Sulawesi, Maluku (termasuk Papua) dan Nusa Tenggara.

Perang kemerdekaan 

Dari 1945 hingga 1949, persatuan kelautan Australia yang bersimpati dengan usaha kemerdekaan, melarang segala pelayaran Belanda sepanjang konflik ini agar Belanda tidak mempunyai dukungan logistik maupun suplai yang diperlukan untuk membentuk kembali kekuasaan kolonial.

Usaha Belanda untuk kembali berkuasa dihadapi perlawanan yang kuat. Setelah kembali ke Jawa, pasukan Belanda segera merebut kembali ibu kota kolonial Batavia, akibatnya para nasionalis menjadikan Yogyakarta sebagai ibu kota mereka. Pada 27 Desember 1949 (lihat artikel tentang Pengakuan tanggal kemerdekaan Indonesia oleh Belanda), setelah 4 tahun peperangan dan negosiasi, Ratu Juliana dari Belanda memindahkan kedaulatan kepada pemerintah Federal Indonesia. Pada 1950, Indonesia menjadi anggota ke-60 PBB.

Demokrasi parlementer 

Tidak lama setelah itu, Indonesia mengadopsi undang-undang baru yang terdiri dari sistem parlemen di mana dewan eksekutifnya dipilih oleh dan bertanggung jawab kepada parlemen atau MPR. MPR terbagi kepada partai-partai politik sebelum dan sesudah pemilu pertama pada tahun 1955, sehingga koalisi pemerintah yang stabil susah dicapai.

Peran Islam di Indonesia menjadi hal yang rumit. Soekarno lebih memilih negara sekuler sementara beberapa kelompok Muslim lebih menginginkan negara Islam atau undang-undang yang berisi sebuah bagian yang menyaratkan umat Islam takluk kepada hukum Islam.Demokrasi Parlementer, adalah suatu demokrasi yang menempatkan kedudukan badan legislatif lebih tinggi daripada badan eksekutif. Kepala pemerintahan dipimpin oleh seorang Perdana Menteri. Perdana menteri dan menteri-menteri dalam kabinet diangkat dan diberhentikan oleh parlemen. Dalam demokrasi parlementer Presiden menjabat sebagai kepala negara.

Demokrasi terpimpin 

Pemberontakan yang gagal di Sumatra, Sulawesi, Jawa Barat dan pulau-pulau lainnya yang dimulai sejak 1958, ditambah kegagalan MPR untuk mengembangkan konstitusi baru, melemahkan sistem parlemen Indonesia. Akibatnya pada 1959 ketika Presiden Soekarno secara unilateral membangkitkan kembali konstitusi 1945 yang bersifat sementara, yang memberikan kekuatan presidensil yang besar, dia tidak menemui banyak hambatan.

Dari 1959 hingga 1965, Presiden Soekarno berkuasa dalam rezim yang otoriter di bawah label "Demokrasi Terpimpin". Dia juga menggeser kebijakan luar negeri Indonesia menuju non-blok, kebijakan yang didukung para pemimpin penting negara-negara bekas jajahan yang menolak aliansi resmi dengan Blok Barat maupun Blok Uni Soviet. Para pemimpin tersebut berkumpul di Bandung, Jawa Barat pada tahun 1955 dalam KTT Asia-Afrika untuk mendirikan fondasi yang kelak menjadi Gerakan Non-Blok.

Pada akhir 1950-an dan awal 1960-an, Soekarno bergerak lebih dekat kepada negara-negara komunis Asia dan kepada Partai Komunis Indonesia (PKI) di dalam negeri. PKI merupakan partai komunis terbesar setelah Uni Soviet dan Tiongkok.

Nasib Irian Barat 

Pada saat perjuangan kemerdekaan, pemerintah Belanda mempertahankan kekuasaan terhadap belahan barat pulau Nugini (Papua) . Pada perundingan Meja Bundar di Den Haag pada 1949, dicapai kesepakatan bahwa status Koloni belanda di belahan barat nugini (Papua) akan dibicarakan setahun setelah pemindahan kedaulatan dari Kolonial Belanda ke Republik Indonesia Serikat telah dilakukan (2 November 1949). Namun setelah perundingan Meja Bundar mencapai kesepakatan, Kolonial Belanda di Nugini mengizinkan langkah-langkah menuju pemerintahan-sendiri dan pendeklarasian kemerdekaan penduduk Nugini Belanda pada 1 Desember 1961.

Negosiasi susulan antara pemerintah Republik Indonesia dengan Kerajaan Belanda mengenai penggabungan wilayah tersebut dengan Indonesia gagal mencapai kata sepakat, dan pasukan penerjun payung Indonesia mendarat di Irian dan terjadi pertempuran antara pasukan Indonesia dan Belanda pada 1961 dan 1962. Pada 1962 Amerika Serikat menekan Belanda agar setuju melakukan perbincangan tertutup dengan Indonesia yang menghasilkan Perjanjian New York pada Agustus 1962, dan Indonesia mengambil alih kekuasaan terhadap Irian Jaya pada 1 Mei 1963.

Konfrontasi Indonesia—Malaysia 

Soekarno menentang pembentukan Federasi Malaysia dan menyebut bahwa hal tersebut adalah sebuah "rencana neo-kolonial" untuk mempermudah rencana komersial Inggris di wilayah tersebut. Selain itu dengan pembentukan Federasi Malaysia, hal ini dianggap akan memperluas pengaruh imperialisme negara-negara Barat di kawasan Asia dan memberikan celah kepada negara Inggris dan Australia untuk memengaruhi perpolitikan regional Asia. Menanggapi keputusan PBB untuk mengakui kedaulatan Malaysia dan menjadikan Malaysia anggota tidak tetap Dewan Keamanan PBB, presiden Soekarno mengumumkan pengunduran diri negara Indonesia dari keanggotaan PBB pada tanggal 20 Januari 1965 dan mendirikan Konferensi Kekuatan Baru (CONEFO) sebagai tandingan PBB dan GANEFO sebagai tandingan Olimpiade. Pada tahun itu juga konfrontasi ini kemudian mengakibatkan pertempuran antara pasukan Indonesia dan Malaysia (yang dibantu oleh Inggris).

Gerakan 30 September 

Hingga 1965, PKI telah menguasai banyak dari organisasi massa yang dibentuk Soekarno untuk memperkuat dukungan untuk rezimnya dan, dengan persetujuan dari Soekarno, memulai kampanye untuk membentuk "Angkatan Kelima" dengan mempersenjatai pendukungnya. Para petinggi militer menentang hal ini.

Pada 30 September 1965, enam jenderal senior dan beberapa orang lainnya dibunuh dalam upaya kudeta yang disalahkan kepada para pengawal istana yang loyal kepada PKI. Panglima Komando Strategi Angkatan Darat saat itu, Mayjen Soeharto, menumpas kudeta tersebut dan berbalik melawan PKI. Soeharto lalu menggunakan situasi ini untuk mengambil alih kekuasaan. Lebih dari puluhan ribu orang-orang yang dituduh komunis kemudian dibunuh. Jumlah korban jiwa pada 1966 mencapai setidaknya 500.000; yang paling parah terjadi di Jawa dan Bali.

Era Orde Baru 

Setelah Soeharto menjadi Presiden, salah satu pertama yang dilakukannya adalah mendaftarkan Indonesia menjadi anggota PBB lagi. Indonesia pada tanggal 19 September 1966 mengumumkan bahwa Indonesia "bermaksud untuk melanjutkan kerjasama dengan PBB dan melanjutkan partisipasi dalam kegiatan-kegiatan PBB", dan menjadi anggota PBB kembali pada tanggal 28 September 1966, tepat 16 tahun setelah Indonesia diterima pertama kalinya.

Pada 1968, MPR secara resmi melantik Soeharto untuk masa jabatan 5 tahun sebagai presiden, dan dia kemudian dilantik kembali secara berturut-turut pada tahun 1973, 1978, 1983, 1988, 1993, dan 1998.

Presiden Soeharto memulai "Orde Baru" dalam dunia politik Indonesia dan secara dramatis mengubah kebijakan luar negeri dan dalam negeri dari jalan yang ditempuh Soekarno pada akhir masa jabatannya. Orde Baru memilih perbaikan dan perkembangan ekonomi (Pelita) sebagai tujuan utamanya dan menempuh kebijakannya melalui struktur administratif yang didominasi militer namun dengan nasihat dari ahli ekonomi didikan Barat. Selama masa pemerintahannya, kebijakan-kebijakan ini, dan pengeksploitasian sumber daya alam secara besar-besaran menghasilkan pertumbuhan ekonomi yang besar namun tidak merata di Indonesia. Contohnya, jumlah orang yang kelaparan dikurangi dengan besar pada tahun 1970-an dan 1980-an.

Irian Jaya 

Setelah menolak supervisi dari PBB, pemerintah Indonesia melaksanakan "Act of Free Choice" (Aksi Pilihan Bebas) di Irian Jaya pada 1969 di mana 1.025 wakil kepala-kepala daerah Irian dipilih dan kemudian diberikan latihan dalam bahasa Indonesia. Mereka secara konsensus akhirnya memilih bergabung dengan Indonesia. Sebuah resolusi Sidang Umum PBB kemudian memastikan perpindahan kekuasaan kepada Indonesia. Penolakan terhadap pemerintahan Indonesia menimbulkan aktivitas-aktivitas gerilya berskala kecil pada tahun-tahun berikutnya setelah perpindahan kekuasaan tersebut. Dalam atmosfer yang lebih terbuka setelah 1998, pernyataan-pernyataan yang lebih eksplisit yang menginginkan kemerdekaan dari Indonesia telah muncul.

Timor Timur 

Dari 1596 hingga 1975, Timor Timur adalah sebuah jajahan Portugis di pulau Timor yang dikenal sebagai Timor Portugis dan dipisahkan dari pesisir utara Australia oleh Laut Timor. Akibat kejadian politis di Portugal, pejabat Portugal secara mendadak mundur dari Timor Timur pada 1975. Dalam pemilu lokal pada tahun 1975, Fretilin, sebuah partai yang dipimpin sebagian oleh orang-orang yang membawa paham Marxisme, dan UDT, menjadi partai-partai terbesar, setelah sebelumnya membentuk aliansi untuk mengkampanyekan kemerdekaan dari Portugal.

Pada 7 Desember 1975, pasukan Indonesia masuk ke Timor Timur dalam sebuah operasi militer yang disebut Operasi Seroja. Indonesia, yang mempunyai dukungan material dan diplomatik, dibantu peralatan persenjataan yang disediakan Amerika Serikat dan Australia, berharap dengan memiliki Timor Timur mereka akan memperoleh tambahan cadangan minyak dan gas alam, serta lokasi yang strategis.

Pada masa-masa awal, pihak militer Indonesia (ABRI) membunuh hampir 200.000 warga Timor Timur—melalui pembunuhan, pemaksaan kelaparan dan lain-lain. Banyak pelanggaran HAM yang terjadi saat Timor Timur berada dalam wilayah Indonesia.

Pada 30 Agustus 1999, rakyat Timor Timur memilih untuk memisahkan diri dari Indonesia dalam
sebuah pemungutan suara yang diadakan PBB. Sekitar 99% penduduk yang berhak memilih turut serta; 3/4-nya memilih untuk merdeka. Segera setelah hasilnya diumumkan, dikabarkan bahwa pihak militer Indonesia melanjutkan pengrusakan di Timor Timur, seperti merusak infrastruktur di daerah tersebut.

Pada Oktober 1999, MPR membatalkan dekret 1976 yang mengintegrasikan Timor Timur ke wilayah Indonesia, dan Otorita Transisi PBB (UNTAET) mengambil alih tanggung jawab untuk memerintah Timor Timur sehingga kemerdekaan penuh dicapai pada Mei 2002 sebagai negara Timor Leste.

Krisis ekonomi 

Pada pertengahan 1997, Indonesia diserang krisis keuangan dan ekonomi Asia (untuk lebih jelas lihat: Krisis finansial Asia), disertai kemarau terburuk dalam 50 tahun terakhir dan harga minyak, gas dan komoditas ekspor lainnya yang semakin jatuh. Rupiah jatuh, inflasi meningkat tajam, dan perpindahan modal dipercepat. Para demonstran, yang awalnya dipimpin para mahasiswa, meminta pengunduran diri Soeharto. Di tengah gejolak kemarahan massa yang meluas, serta ribuan mahasiswa yang menduduki gedung DPR/MPR, Soeharto mengundurkan diri pada 21 Mei 1998, tiga bulan setelah MPR melantiknya untuk masa bakti ketujuh. Soeharto kemudian memilih sang Wakil Presiden, B. J. Habibie, untuk menjadi presiden ketiga Indonesia.

Era reformasi

Pemerintahan Habibie 

Presiden Habibie segera membentuk sebuah kabinet. Salah satu tugas pentingnya adalah kembali mendapatkan dukungan dari Dana Moneter Internasional dan komunitas negara-negara donor untuk program pemulihan ekonomi. Dia juga membebaskan para tahanan politik dan mengurangi kontrol pada kebebasan berpendapat dan kegiatan organisasi.

Pemerintahan Wahid 

Pemilu untuk MPR, DPR, dan DPRD diadakan pada 7 Juni 1999. PDI Perjuangan pimpinan putri Soekarno, Megawati Sukarnoputri keluar menjadi pemenang pada pemilu parlemen dengan mendapatkan 34% dari seluruh suara; Golkar (partai Soeharto - sebelumnya selalu menjadi pemenang pemilu-pemilu sebelumnya) memperoleh 22%; Partai Persatuan Pembangunan pimpinan Hamzah Haz 12%; Partai Kebangkitan Bangsa pimpinan Abdurrahman Wahid (Gus Dur) 10%. Pada Oktober 1999, MPR melantik Abdurrahman Wahid sebagai presiden dan Megawati sebagai wakil presiden untuk masa bakti 5 tahun. Wahid membentuk kabinet pertamanya, Kabinet Persatuan Nasional pada awal November 1999 dan melakukan reshuffle kabinetnya pada Agustus 2000.

Pemerintahan Presiden Wahid meneruskan proses demokratisasi dan perkembangan ekonomi di bawah situasi yang menantang. Di samping ketidakpastian ekonomi yang terus berlanjut, pemerintahannya juga menghadapi konflik antar etnis dan antar agama, terutama di Aceh, Maluku, dan Papua. Di Timor Barat, masalah yang ditimbulkan rakyat Timor Timur yang tidak mempunyai tempat tinggal dan kekacauan yang dilakukan para militan Timor Timur pro-Indonesia mengakibatkan masalah-masalah kemanusiaan dan sosial yang besar. MPR yang semakin memberikan tekanan menantang kebijakan-kebijakan Presiden Wahid, menyebabkan perdebatan politik yang meluap-luap.

Pemerintahan Megawati 

Pada Sidang Umum MPR pertama pada Agustus 2000, Presiden Wahid memberikan laporan pertanggung jawabannya. Pada 29 Januari 2001, ribuan demonstran menyerbu MPR dan meminta Presiden agar mengundurkan diri dengan alasan keterlibatannya dalam skandal korupsi. Di bawah tekanan dari MPR untuk memperbaiki manajemen dan koordinasi di dalam pemerintahannya, dia mengedarkan keputusan presiden yang memberikan kekuasaan negara sehari-hari kepada wakil presiden Megawati. Megawati mengambil alih jabatan presiden tak lama kemudian. Kabinet pada masa pemerintahan Megawati disebut dengan Kabinet Gotong Royong.

Tahun 2002, Masa pemerintahan ini mendapat pukulan besar ketika Pulau Sipadan dan Ligitan lepas dari NKRI berdasarkan keputusan Mahkamah Internasional.

Pemerintahan Yudhoyono 

Pada 2004, pemilu satu hari terbesar di dunia diselenggarakan, dengan Susilo Bambang Yudhoyono terpilih sebagai presiden pertama yang dipilih secara langsung oleh rakyat, kemudian membentuk Kabinet Indonesia Bersatu. Pemerintah ini pada awal masa kerjanya telah menerima berbagai cobaan dan tantangan besar, seperti gempa bumi besar di Aceh dan Nias pada Desember 2004 yang meluluh lantakkan sebagian dari Aceh serta gempa bumi lain pada awal 2005 yang mengguncang Sumatra.

Pada 17 Juli 2005, sebuah kesepakatan bersejarah berhasil dicapai antara pemerintah Indonesia dengan Gerakan Aceh Merdeka yang bertujuan mengakhiri konflik berkepanjangan selama 30 tahun di wilayah Aceh.

Pemerintahan Joko Widodo

Catatan kaki

Lihat pula 
 Sejarah nama Indonesia
 Sejarah Lembaga Kepresidenan Indonesia
 Garis waktu sejarah Indonesia

Sumber dan bacaan lebih lanjut 
  Ideals without Heat: Indonesia Raya and the Struggle for Independence in Malaya, 1920-1948
  Ricklefs, M.C. 2001. A history of modern Indonesia since c.1200. Stanford: Stanford University Press. ISBN 0-8047-4480-7
  Taylor, Jean Gelman. 2003. Indonesia: Peoples and histories. New Haven: Yale University Press. ISBN 0-300-09709-3
  Schwarz, Adam. 1994. A Nation in Waiting: Indonesia's Search for Stability. 2nd Edition. St Leonards, NSW: Allen & Unwin.
  Sebagian isi artikel ini berasal dari Library of Congress.
  Sunanto Musyrifah. ''Sejarah Peradaban Islam indonesia, 2005, Rajawali Press, hal. 8-9.
  Mansur Suryanegara, Menemukan Sejarah, 1998, cet. IV, Mizan, hal 92-93
  Hadi Arifin, Malikussaleh: Mutiara dari Pasai, 2005, PT. Madani Press, hal. Xvi

Pranala luar 
  Sejarah Indonesia ; alur waktu dalam sejarah indonesia
  Film dokumenter Hindia Belanda 1602-1949

 
Indonesia

bn:ইন্দোনেশিয়া#ইতিহাস