Perangkat Daerah adalah organisasi atau lembaga pada Pemerintah Daerah yang bertanggung jawab kepada Kepala Daerah dalam rangka penyelenggaraan pemerintahan di daerah.
Pada Daerah Provinsi, Perangkat Daerah terdiri atas Sekretariat Daerah, Dinas Daerah, dan Lembaga Teknis Daerah.
Pada Daerah Kabupaten/Kota, Perangkat Daerah terdiri atas Sekretariat Daerah, Dinas Daerah, Lembaga Teknis Daerah, Kecamatan, dan Kelurahan.

Perangkat Daerah dibentuk oleh masing-masing Daerah berdasarkan pertimbangan karakteristik, potensi, dan kebutuhan Daerah. Organisasi Perangkat Daerah ditetapkan dengan Peraturan Daerah setempat dengan berpedoman kepada Peraturan Pemerintah. Pengendalian organisasi perangkat daerah dilakukan oleh Pemerintah Pusat untuk Provinsi dan oleh Gubernur untuk Kabupaten/Kota dengan berpedoman pada Peraturan Pemerintah. Formasi dan persyaratan jabatan perangkat daerah ditetapkan dengan Peraturan Kepala Daerah dengan berpedoman pada Peraturan Pemerintah.

Dasar Pemikiran 
Dalam penyelenggaraan Pemerintahan Daerah, Kepala Daerah dibantu oleh Perangkat Daerah yang terdiri dari:
 unsur staf yang membantu penyusunan kebijakan dan koordinasi, diwadahi dalam Sekretariat;
 unsur pengawas yang diwadahi dalam bentuk Inspektorat;
 unsur perencana yang diwadahi dalam bentuk Badan;
 unsur pendukung tugas Kepala daerah dalam penyusunan dan pelaksanaan kebijakan daerah yang bersifat spesifik, diwadahi dalam Lembaga Teknis Daerah; serta
 unsur pelaksana urusan daerah yang diwadahi dalam Dinas Daerah.
Dasar utama penyusunan perangkat daerah dalam bentuk suatu organisasi adalah adanya urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah, yang terdiri dari urusan wajib dan urusan pilihan, namun tidak berarti bahwa setiap penanganan urusan pemerintahan harus dibentuk ke dalam organisasi tersendiri.

Penyelenggaraan urusan pemerintahan yang bersifat wajib, diselenggarakan oleh seluruh Provinsi, Kabupaten, dan Kota, sedangkan penyelenggaraan urusan pemerintahan yang bersifat pilihan hanya dapat diselenggarakan oleh Daerah yang memiliki potensi unggulan dan kekhasan Daerah, yang dapat dikembangkan dalam rangka pengembangan otonomi daerah. Hal ini dimaksudkan untuk efisiensi dan memunculkan sektor unggulan masing-masing Daerah sebagai upaya optimalisasi pemanfaatan sumber daya daerah dalam rangka mempercepat proses peningkatan kesejahteraan rakyat.

Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 41 tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah, implementasi penataan kelembagaan perangkat daerah menerapkan prinsip-prinsip organisasi, antara lain visi dan misi yang jelas, pelembagaan fungsi staf dan fungsi lini serta fungsi pendukung secara tegas, efisiensi dan efektivitas, rentang kendali serta tata kerja yang jelas. Hal ini dimaksudkan memberikan arah dan pedoman yang jelas kepada daerah dalam menata organisasi yang efisien, efektif, dan rasional sesuai dengan kebutuhan dan kemampuan daerah masing-masing serta adanya koordinasi, integrasi, sinkronisasi dan simplifikasi serta komunikasi kelembagaan antara pusat dan daerah.

Organisasi Perangkat Daerah (OPD) 
Pembentukan Organisasi Perangkat Daerah ditetapkan dengan Peraturan Daerah dengan berpedoman pada Peraturan Pemerintah. Peraturan daerah mengatur mengenai susunan, kedudukan, tugas pokok organisasi perangkat daerah. Rincian tugas, fungsi, dan tata kerja diatur lebih lanjut dengan peraturan Gubernur/Bupati/Wali kota.

Perangkat Daerah Provinsi adalah unsur pembantu Kepala Daerah dalam penyelenggaraan Pemerintahan Daerah yang terdiri dari Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Dinas Daerah dan Lembaga Teknis Daerah. Perangkat Daerah Kabupaten/Kota adalah unsur pembantu Kepala Daerah dalam penyelenggaraan Pemerintahan Daerah yang terdiri dari Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Dinas Daerah, Lembaga Teknis Daerah, Kecamatan, dan Kelurahan.

Sekretariat Daerah merupakan unsur staf. Sekretariat Daerah mempunyai tugas dan kewajiban membantu Gubernur, Bupati atau Wali kota dalam menyusun kebijakan dan mengoorDinasikan Dinas Daerah dan Lembaga Teknis Daerah. Pengertian pertanggung jawaban Kepala Dinas, Sekretaris DPRD, dan Kepala Badan/Kantor/Direktur Rumah Sakit Daerah melalui Sekretaris Daerah adalah pertanggungjawaban administratif yang meliputi penyusunan kebijakan, perencanaan, pelaksanaan, monitoring, evaluasi, dan pelaporan pelaksanaan tugas Dinas Daerah, Sekretariat DPRD dan Lembaga Teknis Daerah, dengan demikian Kepala Dinas, Sekretaris DPRD, dan Kepala Badan/Kantor/Direktur Rumah Sakit Daerah bukan merupakan bawahan langsung Sekretaris Daerah.

Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (Sekretariat DPRD) merupakan unsur pelayanan terhadap DPRD. Sekretariat DPRD mempunyai tugas menyelenggarakan administrasi kesekretariatan, administrasi keuangan, mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi DPRD, dan menyediakan serta mengoorDinasikan tenaga ahli yang diperlukan oleh DPRD sesuai dengan kemampuan keuangan daerah.

Badan Pengawasan Daerah yang selanjutnya disebut Inspektorat Provinsi, Inspektorat Kabupaten, dan Inspektorat Kota adalah unsur pengawasan daerah yang dipimpin oleh Inspektur, yang dalam pelaksanaan tugasnya bertanggung jawab langsung kepada Gubernur, Bupati atau Wali kota.

Badan Perencanaan Pembangunan Daerah merupakan unsur perencana penyelenggaraan Pemerintahan Daerah. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah mempunyai tugas melaksanakan penyusunan dan pelaksanaan kebijakan daerah di bidang perencanaan pembangunan daerah.

Dinas Daerah merupakan unsur pelaksana otonomi daerah. Dinas Daerah mempunyai tugas melaksanakan urusan Pemerintahan Daerah berdasarkan asas otonomi dan tugas pembantuan. Unit Pelaksana Teknis adalah unsur pelaksana tugas teknis pada Dinas dan Badan.

Lembaga Teknis Daerah merupakan unsur pendukung tugas Kepala daerah. Lembaga Teknis Daerah mempunyai tugas melaksanakan penyusunan dan pelaksanaan kebijakan daerah yang bersifat spesifik.

Rumah Sakit Daerah adalah sarana kesehatan yang menyelenggarakan pelayanan kesehatan perorangan secara paripurna yang menyediakan pelayanan rawat inap, rawat jalan, dan gawat darurat yang dikategorikan ke dalam Rumah Sakit Umum Daerah dan Rumah Sakit Khusus Daerah.

Kecamatan merupakan wilayah kerja camat sebagai perangkat daerah Kabupaten dan daerah Kota. Camat mempunyai tugas melaksanakan kewenangan pemerintahan yang dilimpahkan oleh Bupati/Wali kota untuk menangani sebagian urusan otonomi daerah, serta menyelenggarakan tugas umum pemerintahan. Kelurahan merupakan wilayah kerja lurah sebagai perangkat daerah Kabupaten/Kota dalam wilayah Kecamatan. Kelurahan dipimpin oleh lurah.

Beberapa perangkat daerah yang menangani fungsi pengawasan, kepegawaian, rumah sakit, dan keuangan, mengingat tugas dan fungsinya merupakan amanat peraturan perundang-undangan, maka perangkat daerah tersebut tidak mengurangi jumlah perangkat daerah yang ditetapkan dalam Peraturan Pemerintah Nomor 41 tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah, dan pedoman teknis mengenai organisasi dan tata kerja diatur tersendiri.

Besaran dan Variabel OPD 
Besaran organisasi perangkat daerah sekurang-kurangnya mempertimbangkan faktor keuangan, kebutuhan daerah, cakupan tugas yang meliputi sasaran tugas yang harus diwujudkan, jenis dan banyaknya tugas, luas wilayah kerja dan kondisi geografis, jumlah dan kepadatan penduduk, potensi daerah yang bertalian dengan urusan yang akan ditangani, sarana dan prasarana penunjang tugas. Oleh karena itu kebutuhan akan organisasi perangkat daerah bagi masing-masing daerah tidak senantiasa sama atau seragam. Demikian juga mengenai jumlah susunan organisasi disesuaikan dengan beban tugas masing-masing perangkat daerah.

Besaran organisasi perangkat daerah (OPD) ditetapkan berdasarkan variabel:
 jumlah penduduk;
 luas wilayah; dan
 jumlah Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD).
Adapun pembobotannya variabel tersebut adalah 40% (empat puluh persen) untuk variabel jumlah penduduk, 35% (tiga puluh lima persen) untuk variabel luas wilayah dan 25% (dua puluh lima persen) untuk variabel Jumlah APBD.

Pemerintahan Provinsi 
Jumlah Penduduk untuk Provinsi di Pulau Jawa
 kurang dari atau sama dengan 7.500.000 jiwa; nilai = 8
 7.500.001 - 15.000.000 jiwa; nilai = 16
 15.000.001 - 22.500.000 jiwa; nilai = 24
 22.500.001- 30.000.000 jiwa; nilai = 32
 lebih dari 30.000.000 jiwa; nilai = 40

Jumlah Penduduk (jiwa) untuk Provinsi di luar Pulau Jawa
 kurang dari atau sama dengan 1.500.000 jiwa; nilai = 8
 1.500.001 - 3.000.000 jiwa; nilai = 16
 3.000.001 - 4.500.000 jiwa; nilai = 24
 4.500.001 - 6.000.000 jiwa; nilai = 32
 lebih dari 6.000.000 jiwa; nilai = 40

Luas wilayah untuk Provinsi di Pulau Jawa
 kurang dari atau sama dengan 10.000 km persegi; nilai = 7
 10.001 - 20.000 km persegi; nilai = 14
 20.001 - 30.000 km persegi; nilai = 21
 30.001 - 40.000 km persegi; nilai = 28
 lebih dari 40.000 km persegi; nilai = 35

Luas wilayah untuk Provinsi di luar Pulau Jawa
 kurang dari atau sama dengan 20.000 km persegi; nilai = 7
 20.001 - 40.000 km persegi; nilai = 14
 40.001 - 60.000 km persegi; nilai = 21
 60.001 - 80.000 km persegi; nilai = 28
 lebih dari 80.000 km persegi; nilai = 35

Jumlah APBD Provinsi
 kurang dari atau sama dengan Rp500.000.000.000,00; nilai = 5
 Rp500.000.000.001,00 - Rp1.000.000.000.000,00; nilai = 10
 Rp1.000.000.000.001,00 - Rp1.500.000.000.000,00; nilai = 15
 Rp1.500.000.000.001,00 - Rp2.000.000.000.000,00; nilai = 20
 lebih dari Rp2.000.000.000.000,00; nilai = 25

Pemerintahan Kabupaten 
Jumlah penduduk untuk Kabupaten di Pulau Jawa dan Madura
 kurang dari atau sama dengan 250.000 jiwa; nilai = 8
 250.001 - 500.000 jiwa; nilai = 16
 500.001 – 750.000 jiwa; nilai = 24
 750.001 – 1.000.000 jiwa; nilai = 32
 lebih dari 1.000.000 jiwa; nilai = 40

Jumlah penduduk untuk Kabupaten di luar Pulau Jawa dan Madura
 kurang dari atau sama dengan 150.000 jiwa; nilai = 8
 150.001 - 300.000 jiwa; nilai = 16
 300.001 – 450.000 jiwa; nilai = 24
 450.001 – 600.000 jiwa; nilai = 32
 lebih dari 600.000 jiwa; nilai = 40

Luas Wilayah untuk Kabupaten di Pulau Jawa dan Madura
 kurang dari atau sama dengan 500 km persegi; nilai = 7
 501 - 1.000 km persegi; nilai = 14
 1.001 – 1.500 km persegi; nilai = 21
 1.501 – 2.000 km persegi; nilai = 28
 lebih dari 2.000 km persegi; nilai = 35

Luas Wilayah untuk Kabupaten di luar Pulau Jawa dan Madura
 kurang dari atau sama dengan 1.000 km persegi; nilai =
 1.001 – 2.000 km persegi; nilai =
 2.001 – 3.000 km persegi; nilai =
 3.001 – 4.000 km persegi; nilai =
 lebih dari 4.000 km persegi; nilai =

Jumlah APBD Kabupaten
 kurang dari atau sama dengan Rp200.000.000.000,00; nilai = 5
 Rp200.000.000.001,00 – Rp400.000.000.000,00; nilai = 10
 Rp400.000.000.001,00 – Rp600.000.000.000,00; nilai = 15
 Rp600.000.000.001,00 – Rp800.000.000.000,00; nilai = 20
 lebih dari Rp800.000.000.000,00; nilai = 25

Pemerintahan Kota 
Jumlah penduduk untuk Kota di Pulau Jawa dan Madura
 kurang dari atau sama dengan 100.000 jiwa; nilai = 8
 100.001 - 200.000 jiwa; nilai = 16
 200.001 - 300.000 jiwa; nilai = 24
 300.001 - 400.000 jiwa; nilai = 32
 lebih dari 400.000 jiwa; nilai = 40

Jumlah penduduk untuk Kota di luar Pulau Jawa dan Madura
 kurang dari atau sama dengan 50.000 jiwa; nilai = 8
 50.001 - 100.000 jiwa; nilai = 16
 100.001 - 150.000 jiwa; nilai = 24
 150.001 - 200.000 jiwa; nilai = 32
 lebih dari 200.000 jiwa; nilai = 40

Luas Wilayah untuk Kota di Pulau Jawa dan Madura
 kurang dari atau sama dengan 50 km persegi; nilai = 7
 51 - 100 km persegi; nilai = 14
 101 - 150 km persegi; nilai = 21
 151 – 200 km persegi; nilai = 28
 lebih dari 200 km persegi; nilai = 35

Luas Wilayah untuk Kota di luar Pulau Jawa dan Madura
 kurang dari atau sama dengan 75 km persegi; nilai = 7
 76 - 150 km persegi; nilai = 14
 151 - 225 km persegi; nilai = 21
 226 – 300 km persegi; nilai = 28
 lebih dari 300 km persegi; nilai = 35

Jumlah APBD Kota
 kurang dari atau sama dengan Rp200.000.000.000,00; nilai = 5
 Rp200.000.000.001,00 –Rp400.000.000.000,00; nilai = 10
 Rp400.000.000.001,00 –Rp600.000.000.000,00; nilai = 15
 Rp600.000.000.001,00 –Rp800.000.000.000,00; nilai = 20
 lebih dari Rp800.000.000.000,00; nilai = 25

Besaran OPD Provinsi 
Besaran organisasi perangkat daerah dengan nilai kurang dari 40 (empat puluh) terdiri dari:
 Sekretariat Daerah, terdiri dari paling banyak 3 (tiga) Asisten;
 Sekretariat DPRD;
 Dinas paling banyak 12 (dua belas); dan
 Lembaga Teknis Daerah paling banyak 8 (delapan).

Besaran organisasi perangkat daerah dengan nilai antara 40 (empat puluh) sampai dengan 70 (tujuh puluh) terdiri dari:
 Sekretariat Daerah, terdiri dari paling banyak 3 (tiga) Asisten;
 Sekretariat DPRD;
 Dinas paling banyak 15 (lima belas); dan
 Lembaga Teknis Daerah paling banyak 10 (sepuluh).

Besaran organisasi perangkat daerah dengan nilai lebih dari 70 (tujuh puluh) terdiri dari:
 Sekretariat Daerah, terdiri dari paling banyak 4 (empat) Asisten;
 Sekretariat DPRD;
 Dinas paling banyak 18 (delapan belas); dan
 Lembaga Teknis Daerah paling banyak 12 (dua belas).

Besaran OPD Kabupaten/Kota 
Besaran organisasi perangkat daerah dengan nilai kurang dari 40 (empat puluh) terdiri dari:
 Sekretariat Daerah, terdiri dari paling banyak 3 (tiga) Asisten;
 Sekretariat DPRD;
 Dinas paling banyak 12 (dua belas);
 Lembaga Teknis Daerah paling banyak 8 (delapan);
 Kecamatan; dan
 Kelurahan.

Besaran organisasi perangkat daerah dengan nilai antara 40 (empat puluh) sampai dengan 70 (tujuh puluh) terdiri dari:
 Sekretariat Daerah, terdiri dari paling banyak 3 (tiga) Asisten;
 Sekretariat DPRD;
 Dinas paling banyak 15 (lima belas);
 Lembaga Teknis Daerah paling banyak 10 (sepuluh);
 Kecamatan; dan
 Kelurahan.

Besaran organisasi perangkat daerah dengan nilai lebih dari 70 (tujuh puluh) terdiri dari:
 Sekretariat Daerah, terdiri dari paling banyak 4 (empat) Asisten;
 Sekretariat DPRD;
 Dinas paling banyak 18 (delapan belas);
 Lembaga Teknis Daerah paling banyak 12 (dua belas);
 Kecamatan; dan
 Kelurahan.

Penyusunan dan Perumpunan 
Penyusunan organisasi perangkat daerah berdasarkan pertimbangan adanya urusan pemerintahan yang perlu ditangani. Masing-masing urusan pada prinsipnya tidak mutlak dibentuk dalam lembaga tersendiri, namun sebaliknya masing-masing urusan dapat dikembangkan atau dibentuk lebih dari satu lembaga perangkat daerah sesuai dengan prinsip-prinsip organisasi, kebutuhan dan kemampuan daerah masing-masing. Dalam hal beberapa urusan yang ditangani oleh satu perangkat daerah, maka penggabungannya sesuai dengan perumpunan urusan pemerintahan yang dikelompokkan dalam bentuk Dinas dan Lembaga Teknis Daerah.

Perangkat daerah yang dibentuk untuk melaksanakan urusan pilihan, berdasarkan pertimbangan adanya urusan yang secara nyata ada sesuai dengan kondisi, kekhasan dan potensi unggulan daerah. Pelaksanaan tugas dan fungsi staf, pelayanan administratif serta urusan pemerintahan umum lainnya yang tidak termasuk dalam tugas dan fungsi Dinas maupun Lembaga Teknis Daerah seperti bidang hukum, organisasi, hubungan masyarakat, protokol dan pelayanan administratif, serta fungsi pemerintahan umum lainnya antara lain bidang penanganan perbatasan dan administrasi kerja sama luar negeri, yang termasuk sebagai bagian dari urusan pemerintahan, diwadahi dan dilaksanakan oleh Sekretariat Daerah.

Gubernur, Bupati/Wali kota dalam melaksanakan tugasnya dapat dibantu staf ahli. Dengan jumlah paling banyak 5 (lima) staf ahli. Staf ahli diangkat dan diberhentikan oleh Gubernur, Bupati/Wali kota dari pegawai negeri sipil. Tugas dan fungsi staf ahli Gubernur, Bupati/Wali kota ditetapkan oleh Gubernur, Bupati/Wali kota di luar tugas dan fungsi perangkat daerah.

Perumpunan urusan adalah penanganan urusan pemerintahan yang terdiri dari urusan wajib dan urusan pilihan yang dapat digabung dalam satu perangkat daerah. Untuk perangkat daerah yang berbentuk Dinas, misalnya urusan koperasi dan usaha mikro, kecil dan menengah digabung dengan urusan perindustrian dan perdagangan. Untuk perangkat daerah yang berbentuk badan dan/atau kantor, misalnya urusan perencanaan pembangunan digabung dengan urusan penelitian dan pengembangan.

Perumpunan urusan yang diwadahi dalam bentuk Dinas terdiri dari:
 bidang pendidikan, pemuda dan olahraga;
 bidang kesehatan;
 bidang sosial, tenaga kerja dan transmigrasi;
 bidang perhubungan, komunikasi dan informatika;
 bidang kependudukan dan catatan sipil;
 bidang kebudayaan dan pariwisata;
 bidang pekerjaan umum yang meliputi bina marga, pengairan, cipta karya dan tata ruang;
 bidang perekonomian yang meliputi koperasi dan usaha mikro, kecil dan menengah, industri dan perdagangan;
 bidang pelayanan pertanahan;
 bidang pertanian yang meliputi tanaman pangan, peternakan, perikanan darat, kelautan dan perikanan, perkebunan dan kehutanan;
 bidang pertambangan dan energi; dan
 bidang pendapatan, pengelolaan keuangan dan aset.

Perumpunan urusan yang diwadahi dalam bentuk badan, kantor, inspektorat, dan rumah sakit, terdiri dari:
 bidang perencanaan pembangunan dan statistik;
 bidang penelitian dan pengembangan;
 bidang kesatuan bangsa, politik dan perlindungan masyarakat;
 bidang lingkungan hidup;
 bidang ketahanan pangan;
 bidang penanaman modal;
 bidang perpustakaan, arsip, dan dokumentasi;
 bidang pemberdayaan masyarakat dan pemerintahan desa;
 bidang pemberdayaan perempuan dan keluarga berencana;
 bidang kepegawaian, pendidikan dan pelatihan;
 bidang pengawasan; dan
 bidang pelayanan kesehatan.

Pembinaan dan Pengendalian 
Pembinaan dan pengendalian organisasi perangkat daerah Provinsi dilakukan oleh Pemerintah. Pembinaan dan pengendalian organisasi perangkat daerah Kabupaten/Kota dilakukan oleh Gubernur. Pembinaan dan pengendalian organisasi dilaksanakan dengan menerapkan prinsip koordinasi, integrasi, sinkronisasi, dan simplifikasi dalam penataan organisasi perangkat daerah sehingga masing-masing Pemerintah Daerah taat asas dan taat norma dalam penataan kelembagaan perangkat daerah.

Yang dimaksud dengan “koordinasi” adalah peran serta para pemangku kepentingan dalam menata organisasi perangkat daerah sesuai dengan lingkup kewenangannya, baik lintas sektor maupun antarstrata pemerintahan. Yang dimaksud dengan “integrasi” adalah penyelenggaraan fungsi-fungsi Pemerintahan Daerah yang dilaksanakan secara terpadu dalam suatu organisasi perangkat daerah. Yang dimaksud dengan “sinkronisasi” adalah konsistensi dalam penataan organisasi perangkat daerah sesuai dengan norma, prinsip, dan standar yang berlaku. Yang dimaksud dengan “simplifikasi” adalah penyederhanaan penataan organisasi perangkat daerah yang efisien, efektif, rasional, dan proporsional.

Pembinaan dan pengendalian organisasi perangkat daerah dilakukan melalui fasilitasi terhadap rancangan peraturan daerah tentang organisasi perangkat daerah yang telah dibahas bersama antara Pemerintah Daerah dengan DPRD. Rancangan peraturan daerah disampaikan kepada Gubernur bagi organisasi perangkat daerah Kabupaten/Kota dan kepada Menteri bagi organisasi perangkat daerah Provinsi. Pemerintah dapat membatalkan peraturan daerah tentang perangkat daerah yang bertentangan dengan peraturan perundang-undangan dengan konsekuensi pembatalan hak-hak keuangan dan kepegawaian serta tindakan administratif lainnya. Yang dimaksud dengan ”fasilitasi” adalah pemberian pedoman dan petunjuk teknis, arahan, bimbingan teknis, supervisi, Asistensi dan kerja sama serta monitoring dan evaluasi terhadap penyusunan dan pelaksanaan peraturan daerah tentang organisasi dan tata kerja satuan kerja perangkat daerah.

Dalam pelaksanaan pembinaan dan pengendalian organisasi perangkat daerah, pemerintah senantiasa melakukan fasilitasi melalui Asistensi, pemberian arahan, pedoman, bimbingan, supervisi, pelatihan, serta kerja sama, sehingga sinkronisasi dan simplifikasi dapat tercapai secara optimal dalam kerangka Negara Kesatuan Republik Indonesia.

Daerah Istimewa dan Otonomi Khusus 
Daerah yang memiliki status istimewa atau otonomi khusus, pembentukan perangkat daerah untuk melaksanakan status istimewa dan otonomi khusus berpedoman pada peraturan Menteri dengan pertimbangan dari menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang pendayagunaan aparatur negara. Walau demikian pembentukan perangkat daerah bagi daerah yang ditetapkan sebagai daerah istimewa dan daerah otonomi khusus secara umum tetap berpedoman pada Peraturan Pemerintah Nomor 41 tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah.

Lembaga Lain 
Dalam rangka melaksanakan tugas dan fungsi sebagai pelaksanaan peraturan perundang-undangan dan tugas pemerintahan umum lainnya, Pemerintah Daerah dapat membentuk lembaga lain, seperti sekretariat badan narkoba Provinsi, Kabupaten dan Kota, sekretariat komisi penyiaran, serta lembaga lain untuk mewadahi penanganan tugas tugas pemerintahan umum yang harus dilaksanakan oleh Pemerintah Daerah, sebagai bagian dari perangkat daerah. Organisasi dan tata kerja serta eselonisasi lembaga tersebut ditetapkan oleh Menteri setelah mendapat pertimbangan dari menteri yang menyelenggarakan urusan di bidang pendayagunaan aparatur negara. Pemerintah Daerah yang membentuk perangkat daerah sebagai badan layanan umum berpedoman pada peraturan perundang-undangan.

Lintas Sektor 
Untuk meningkatkan dan keterpaduan pelayanan masyarakat di bidang perizinan yang bersifat lintas sektor, Gubernur/Bupati/Wali kota dapat membentuk unit pelayanan terpadu. Unit pelayanan terpadu tersebut merupakan gabungan dari unsur-unsur perangkat daerah yang menyelenggarakan fungsi perizinan. Unit pelayanan terpadu didukung oleh sebuah sekretariat sebagai bagian dari perangkat daerah. Pedoman organisasi dan tata kerja unit pelayanan terpadu ditetapkan oleh Menteri setelah mendapat pertimbangan dari menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang pendayagunaan aparatur negara.

Lihat pula 
 Pemerintahan daerah di Indonesia
 Pemerintah daerah
 Sekretariat daerah
 Dinas daerah

Pemerintahan daerah di Indonesia