Menggulirkan intellectual networking yang secara aktif melibatkan jaringan kampus, Lembaga Swadaya Masyarakat, media massa dan lain-lain untuk menolak fasisme atas nama agama.
Ketiga, mendukung dan menyebarkan gagasan keagamaan (utamanya: Islam) yang pluralis, terbuka, dan humanis.
Bila diteliti lebih jauh, sebenarnya wacana-wacana dan konsep-konsep yang dikumandangkan oleh para aktivis JIL, telah pernah dikembangkan sebelumnya oleh kalangan Orientalis Barat dan Misionaris Kristen dalam proses Sekularisasi dan Liberalisasi Islam. Atas dasar ini, maka sekilas sudah terlihat persamaan gagasan antara Orientalis Barat dengan apa yang sedang diusung JIL. Hal ini menimbulkan kecurigaan tentang misi yang sedang diperjuangkan JIL, apakah misi tersebut murni untuk merubah wajah islam, atau misi ini hanya sebuah pesanan.
Apalagi tokoh-tokoh yang sering dibanggakan oleh JIL adalah orang-orang yang telah mencatat sejarah hitam dalam Islam dengan menjadi perpanjangan tangan dari kaum Orientalis dalam upaya menggeroti Islam dari dalam. Oleh karena itu sangat wajar bila mayoritas Muslim Indonesia menyambut gerakan JIL dengan sikap yang kontra.
Diantara artikel-artikel yang dianggap sangat kontroversi adalah tulisan Ulil Abshar Abdala selaku kordinator JIL, ia menulis di media massa mengenai beberapa hal yang tergolong mendobrak tradisi beragama ummat islam saat itu. antara lain: menyegarkan kembali pemahaman islam, tidak ada hukum Tuhan di dunia ini, Nabi Muhammad adalah tokoh historis yang harus dikaji dengan kritis, dan lain-lain
Pernah suatu ketika, pemikiran dan gerakan ini menuai protes bahkan ancaman kekerasan dari lawan-lawan mereka. Bahkan masyarakat sekitar Utan Kayu pernah juga menuntut Radio dan komunitas JIL untuk pindah dari lingkungan tersebut. Karya-karya yang dicurigai sebagai representasi pemikiran liberal Islam dibicarakan dan dikutuk oleh lawan-lawannya, terutama melalui khutbah dan pengajian. Buku seperti Fiqih Lintas Agama (Tim Penulis Paramadina), Menjadi Muslim Liberal (Ulil Abshar-Abdalla), Counter-Legal Draft Kompilasi Hukum Islam (Musda Mulia dkk), Indahnya Perkawinan Antar Jenis (Jurnal IAIN Walisongo) dan banyak lagi artikel tentang Islam yang mengikuti arus utama pemikiran liberal.
Ide-ide yang dikemukakan kelompok JIL pada dasarnya berpijak pada AD/ART yang mereka anut. Tetapi dalam realitasnya, saat mereka menyampaikan ide-ide tersebut terkadang telah menampilkan suatu sikap ekstrim yang menurut mereka sendiri harus dihilangkan dari wacana publik. Karena mereka secara membabi buta menyerang habis-habisan apa yang telah dianut oleh ummat Islam. Sampai saat ini sudah sangat banyak gagasan yang dimunculkan JIL ke publik. Dalam uraian berikut ini, penulis hanya akan mengemukakan beberapa hal saja diantaranya, yaitu masalah-masalah yang sangat menyentuh tentang dasar-dasar agama, dan masalah yang telah disepakati ummat islam. Antara lain:
Menurut JIL, Islam tidak beda dengan agama kufur dan syirik manapun, semuanya masuk surga. Semua orang beragama adalah mukmin, oleh karena itu semua bersaudara dan halal saling menikahi. Meyakini Islam satu-satunya agama yang benar tidak boleh. Oleh karena itu dakwah Islamiyah pun tidak boleh. Wajib diganti dengan dialog, tukar menukar pengalaman dan kerja sama dalam bidang sosial keagamaan. Mereka disini cenderung mengartikan islam bukan nama sebuah agama, tetapi islam dalam pengertian etimologi yaitu tunduk dan patuh.
Karena ideologi ini, para tokoh JIL meyakini tentang kebebasan beragama. Menurut mereka, urusan beragama dan tidak beragama adalah hak perorangan yang harus dihargai dan dilindungi. Islam Liberal tidak membenarkan penganiayaan (persekusi) atas dasar suatu pendapat atau kepercayaan. Karena ini pula mereka menghalalkan pernikahan antar agama, sesorang muslim baik laki-laki maupun perempuan boleh saja menikah dengan non muslim.
Bila diteliti terhadap ide yang dilontarkan kelompok JIL diatas, jelas sekali terlihat bahwa sebenarnya ide tersebut tidak layak keluar dari mulut seorang muslim. Paham ini sebenarnya merupakan warisan pemikiran Harvey Cox, seorang pemikir Barat yang menggagas paham Sekularisme. Gagasan Sekularisasi yang dipopulerkan Cox mendapat sambutan hangat dari para pemikir Kristen lainnya, seperti Robert N.Bellah yang sebelumnya telah terpengaruh dengan gagasan Marxist.
Menurut para aktivis JIL al-Qur’an adalah teks, dan cara terbaik dalam menggali teks adalah pendekatan hermeneutika. Dengan pendekatan hermeneutika kita dapat mengetahui bukan makna literal saja dari al-Qur’an, tetapi juga semua makna al-Qur’an dari berbagai aspek.
Awalnya, para Teolog Yahudi dan Kristen mempertanyakan apakah Bibel itu kalam Tuhan atau produk manusia? Ini karena banyaknya versi bibel dengan pengarang yang berbeda, dan saling bertentangan. Ketika hermeneutika dipakai dalam menafsirkan al-Qur’an, persoalannya menjadi lain. Sebab, setidaknya ada tiga persoalan besar ketika hermeneutika diterapkan pada teks al-Qur’an. Hal ini terjadi karena adanya spirit yang inheren dalam hermeneutika itu sendiri.
Kedua, hermeneutika cenderung memandang teks sebagai produk manusia, dan mengabaikan sifat transedentalnya.
Dalam memahami al-Qur’an, kelompok JIL juga mengajak ummat Islam untuk meninggalkan kitab-kitab tafsir klasik. Bila diteliti, ajakan tersebut adalah pertanda kerancuan berpikir yang sangat jelas, karena komunikasi dengan pemikiran para mufasir klasik itu sangat diperlukan justeru antara lain untuk memahami konteksnya, dan memahami konteks masyarakat mereka. Dan pemahaman konteks itu adalah anjuran dari hermeneutika. Jadi, kalau kitab-kitab klasik tidak diperlukan lagi, sebenarnya bertentangan dengan anjuran penggunaan hermeneutika itu sendiri.
Dari berbagai kerancuan yang terdapat dalam gagasan JIL tentang metode memahami al-Qur’an dengan pendekatan hermeneutika, dan meninggalkan tafsir-tafsir lama, menimbulkan berbagai pertanyaan, siapa sebenarnya mereka, dan apa motif dibalik gerakan mereka? Jangan-jangan kampanye aktivis JIL yang semakin berani dan terbuka ini merupakan pesanan Orientalis dan Missionaris. Karena sudah jelas metode yang mereka tawar diadopsi dari Orientalis dan Missionaris. Dan karenanya wajar saja ada fatwa tentang kemurtadan orang-orang JIL karena meragukan kebenaran al-Quran.
Selanjutnya bila dilihat dari ungkapan mereka yang saling bertentangan satu sama lainnya, maka tidak salah kalau sebagian orang mengklaim bahwa sebenarnya orang-orang JIL itu tidak mengerti dengan apa yang mereka ucapkan. Atas dasar ini, sangatlah disayangkan sikap sebagian intelektual muslim sekarang ini yang membela dan memuji JIL sebagai kelompok pembaharu Islam.
Sebagai contoh, beberapa tahun lalu seorang Orientalis Kristen yang bernama Robert Morey menulis buku yang diberi judul Islamic Invasion. Dalam buku ini, sebagaimana dikutip Hartono Ahmad Jaiz, Robert menyerang dan menghina Rosuulullooh صلى الله عليه وسلم secara habis-habisan, sampai ia mengatakan dalam bukunya “Kalau kita perhatikan kehidupan Muhammad, kita akan menemukan bahwa dia merupakan manusia biasa yang juga bergelimang dengan dosa seperti halnya dengan kita semua. Dia berbohong, menipu, dipenuhi nafsu birahi, mengingkari janji, membunuh, dan lain-lain”.
Menurut kelompok JIL, sebagaimana yang pernah diutarakan oleh Luthfi as-Syaukani (dosen Universitas Paramadina), bahwa syari’at Islam itu sebenarnya tidak ada. Syariat Islam hanya karangan orang-orang yang datang belakangan yang memiliki idealisme yang berlebihan terhadap Islam. Semua hukum yang diterapkan oleh sebuah masyarakat pada dasarnya adalah hukum positif, termasuk yang diberlakukan oleh Nabi صلى الله عليه وسلم. Kalaupun sumber konstitusinya berasal dari al-Qur’an, hal ini karena Muhammad صلى الله عليه وسلم adalah seorang Rosuul dan tidak memiliki sumber konstitusi yang lebih baik dari al-Qur’an saat itu.
Pada dasarnya penolakan terhadap syari’at Islam merupakan isu yang diangkat oleh kalangan Orientalis dengan dalih pelanggaran HAM (Hak Asasi Manusia). Hal ini pernah terangkat dalam satu diskusi antar agama yang diadakan di IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Saat itu, Prof. Olaf Schumann dari Universitas Hamburg Jerman yang sekaligus seorang Pendeta Gereja Lutheran menyatakan, bahwa penerapan syari’at Islam dalam suatu negara Islam merupakan ketidakadilan terhadap pemeluk agama lain, dan ini bertentangan dengan konsep pluralisme dan humanisme.