Berikut ini adalah daftar kota otonom di Indonesia. Kota otonom adalah kota yang sudah memiliki pemerintahan sendiri atau setara dengan Kota madya. Kota otonom bukan bagian dari suatu kabupaten atau menjadi ibu kota suatu kabupaten. Tidak semua ibu kota provinsi di Indonesia berupa kota otonom walaupun sering disebut sebagai kota, terdiri dari Tanjung Selor, Mamuju, Timika, Merauke dan Manokwari.

Daftar 
Berikut adalah daftar 98 kota otonom dan 5 kota administrasi di Indonesia per .

Referensi

Lihat pula 
 Daftar kabupaten dan kota di Indonesia
 Daftar Kabupaten dan Kota di Indonesia menurut PDRB
 Daftar Kabupaten dan Kota di Indonesia menurut IPM
 Daftar kecamatan dan kelurahan di Indonesia
 Daftar kota di Indonesia menurut kepadatan penduduk
 Daftar kota di Indonesia menurut jumlah penduduk
 Daftar kota di Indonesia menurut provinsi
 Daftar lambang kota di Indonesia

Pranala luar 

 
Indonesia