Dibangun sekitar tahun 1990-an, tak lama setelah pelabuhan Merak beroperasi, Stasiun Merak telah menjadi andalan transportasi masyarakat Banten dan sekitarnya yang menghubungkan Tangerang-Jakarta. Dengan penambahan perjalanan kereta api jarak jauh rute Merak-Kediri PP, semakin meningkatkan citra stasiun ini.
Stasiun ini berada di lintasan jalur kereta api Tanah Abang-Merak, dan terletak di antara dua stasiun, yaitu Stasiun Krenceng dan Stasiun Terminus. Jalur Tanah Abang-Merak sendiri merupakan jalur double track dari Stasiun Tanah Abang menuju Stasiun Maja.