Kabupaten Manatuto adalah sebuah bekas kabupaten yang pernah berdiri di provinsi Timor Timur, Indonesia pada masa pendudukan dahulu, antara tahun 1976-1999. Setelah Timor Timur merdeka dari Indonesia, daerah definisi Kabupaten Manatuto dilanjutkan oleh distrik Manatuto dengan pusat pemerintahan berada di Kota Manatuto.

Pemerintahan

Daftar Bupati

Daftar kecamatan 
 Barique-Natarbora
 Laclo
 Laclubar
 Laleia
 Manatuto
 Soibada

Bekas kabupaten di Indonesia
Timor Timur