Babak kedua kualifikasi Liga Eropa UEFA 2012–13 adalah pelengkap bagi artikel Liga Eropa UEFA 2012–13 pada bagian babak kedua kualifikasi.

Seluruh waktu mengacu pada CEST (UTC+2).

Pengundian 
Seluruh proses pengundian untuk babak kualifikasi dan play off dilaksanakan di markas UEFA di Nyon, Switzerland.

Pertandingan dapat dilaksanakan pada Selasa atau Rabu daripada hari Kamis dengan memperhatikan terjadinya konflik penjadwalan.

Format 

Setiap babak memainkan sepasang pertandingan kandang-tandang. Hasil dari kedua pertandingan akan dijumlahkan untuk menentukan hasilnya. Jika terjadi hasil imbang, maka ditentukan dari jumlah gol tandang, dimana klub yang mampu mencetak gol lebih banyak saat bermain di kandang lawan menjadi pemenangnya. Jika masih imbang, maka pertandingan kedua dilanjutkan dengan perpanjangan waktu, dalam dua babak masing-masing 15 menit. Jika kedua klub mencetak gol pada masa perpanjangan waktu sehingga hasilnya imbang, maka klub tandanglah yang menjadi pemenang. Jika tidak terjadi gol maka pemenang ditentukan dengan adu penalti.

Klub peserta 
Babak kedua kualifikasi ini diikuti oleh 80 klub. terdiri atas 37 pemenang babak pertama dan 43 klub yang langsung lolos ke babak kedua. 40 klub pemenang babak kedua akan mengikuti babak ketiga kualifikasi bergabung dengan 18 klub lain yang langsung lolos ke babak ketiga.

Pengundian 
Dalam pengundian setiap babak, klub peserta disusun berdasarkan koefisien klub UEFA tahun 2012, kemudian dibagi menjadi dua yaitu klub unggulan dan non-unggulan. Setiap klub unggulan akan bertanding melawan non-unggulan, dimana penentuan kandang-tandang dilakukan secara acak. Untuk mempersingkat waktu maka pengundian untuk babak kedua kualifikasi dilakukan sebelum hasil pertandingan babak pertama diketahui.

Untuk memudahkan proses pengundian maka UEFA membagi peserta menjadi 8 grup sehingga dapat menghidarkan tim dari asosiasi yang sama bertemu di babak kedua.
 

† Pada saat proses pengundian dilaksanakan pemenang babak sebelumnya belum diketahui sehingga diperhitungkan berdasarkan kofisien tertinggi di antara kedua klub yang bertanding. (Klub yang "ditulis miring" adalah yang mengalahkan klub dengan koefisien klub lebih tinggi, sehingga koefisien lawannya yang digunakan dalam pengundian ini)

Pertandingan 

|}
Catatan
 Cat. 2: Pelaksanaannya dibalik daripada hasil pengundian sebelumnya.

Pertandingan pertama 

Catatan
 Cat. 25: Naftan Novopolotsk memainkan pertandingan kandangnya di Central Sport Complex, Vitebsk karena Atlant Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 26: Anzhi Makhachkala memainkan pertandingan kandangnya di Saturn Stadium, Ramenskoye karena masalah keamanan di kota Makhachkala dan daerah Republik Dagestan.
 Cat. 27: Renova memainkan pertandingan kandangnya di Milano Arena, Kumanovo karena Gradski stadion Tetovo tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 28: Lokomotiv Plovdiv memainkan pertandingan kandangnya di Lovech Stadium, Lovech karena Lokomotiv Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 29: Metalurgi Rustavi memainkan pertandingan kandangnya di Mikheil Meskhi Stadium, Tbilisi karena Poladi Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 30: Inter Baku memainkan pertandingan kandangnya di Dalga Arena, Baku karena Shafa Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 31: Differdange 03 memainkan pertandingan kandangnya di Stade de la Frontière, Esch-sur-Alzette karena Stade du Thillenberg tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 32: Tirana memainkan pertandingan kandangnya di Qemal Stafa Stadium, Tirana karena Selman Stërmasi Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 33: Bnei Yehuda memainkan pertandingan kandangnya di Ramat Gan Stadium, Ramat Gan karena memiliki kapasitas lebih besar daripada Bloomfield Stadium.
 Cat. 34: Stadion Ruchu kapasitasnya menjadi 4.000 tempat duduk karena proses renovasi.
 Cat. 35: Maccabi Netanya memainkan pertandingan kandangnya di HaMoshava Stadium, Petah Tikva karena Sar-Tov Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 36: Mura 05 memainkan pertandingan kandangnya di Športni park, Lendava karena Fazanerija City Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.

Pertandingan kedua 

Bnei Yehuda menang 3–0 secara agregat.

Rosenborg menang 4–3 secara agregat.

Dila Gori menang 5–2 secara agregat.

Servette menang 5–1 secara agregat.

Ruch menang 6–1 secara agregat.

Metalurh menang 11–2 secara agregat.

2–2 secara agregat. KuPS menang melalui gol tandang

Gomel menang 2–1 secara agregat.

Aktobe menang 5–4 secara agregat.

Twente menang 6–1 secara agregat.

Elfsborg menang 2–1 secara agregat.

Vojvodina menang 5–1 secara agregat.

Rapid menang 5–1 secara agregat.

Anzhi menang 5–0 secara agregat.

Aalesund menang 6–1 secara agregat.

Anorthosis menang 6–1 secara agregat.

Kalmar menang 6–1 secara agregat.

1–1 secara agregat. Mura 05 menang melalui gol tandang

2–2 secara agregat. Asteras Tripolis menang 4–2 melalui adu penalti.

1–1 secara agregat. Ried menang melalui gol tandang

Tromsø menang 1–0 secara agregat.

1–1 secara agregat. Young Boys menang 4–1 melalui adu penalti.

Gent menang 4–2 secara agregat.

APOEL menang 3–0 secara agregat.

Lech Poznań menang 2–1 secara agregat.

3–3 secara agregat. Zeta menang melalui gol tandang

Vitesse menang 7–5 secara agregat.

Viktoria Plzeň menang 5–1 secara agregat.

Spartak Trnava menang 4–2 secara agregat.

Hajduk Split menang 2–1 secara agregat.

Red Star Belgrade menang 7–6 secara agregat.

1–1 secara agregat. Videoton menang melalui gol tandang

Legia Warsaw menang 7–3 secara agregat.

Eskişehirspor menang 3–1 secara agregat.

Slaven Belupo menang 10–2 secara agregat.

St Patrick's Athletic menang 3–2 secara agregat.

Sarajevo menang 3–2 secara agregat.

Admira Wacker Mödling menang 6–2 secara agregat.

AIK menang 2–1 secara agregat.

Mladá Boleslav menang 4–0 secara agregat.

Catatan
 Cat. 37: Ordabasy memainkan pertandingan kandangnya di Central Stadium, Almaty karena Kazhimukan Munaitpasov Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 38: Dila Gori memainkan pertandingan kandangnya di Mikheil Meskhi Stadium, Tbilisi karena Tengiz Burjanadze Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 39: Gandzasar memainkan pertandingan kandangnya di Republican Stadium, Yerevan karena Gandzasar Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 40: Metalurg Skopje memainkan pertandingan kandangnya di Milano Arena, Kumanovo karena Železarnica Stadium tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 41: CSKA Sofia memainkan pertandingan kandangnya di Vasil Levski National Stadium, Sofia, tidak di stadion kandangnya Balgarska Armia Stadium.
 Cat. 42: Zeta memainkan pertandingan kandangnya di Stadion Pod Goricom, Podgorica karena Stadion Trešnjica tidak memenuhi kriteria UEFA.
 Cat. 43: Þór Akureyri memainkan pertandingan kandangnya di Akureyrarvöllur, Akureyri karena Þórsvöllur tidak memenuhi kriteria UEFA.

Referensi

Pranala luar 
 UEFA Europa League (situs resmi)

Liga Eropa UEFA 2012–13