Habibie Cup 2006 atau Habibie Cup XVI merupakan edisi ke-16 dari kejuaraan sepak bola Habibie Cup. Pada edisi ini, Persipare Parepare untuk kesebelas kalinya bertindak sebagai tuan rumah pelaksana yang berpusat di Stadion Andi Makkasau, Kota Parepare. Tuan rumah Persipare Parepare berhasil menjadi juara untuk kesembilan kalinya pada edisi ini.

Peserta 
 Persipare Parepare
 Gasiba Bulukumba
 Gasman Majene
 Persiban Bantaeng
 Mamasa FC
 TBA
 TBA
 TBA
 TBA
 TBA
 TBA
 TBA

Babak grup

Grup A

Grup B

Grup C

Grup D

Babak gugur

Perempat final

Semifinal

Perebutan tempat ketiga

Final

Hasil akhir

Jersei tim peserta

Referensi 

Habibie Cup
Kompetisi sepak bola di Indonesia
Piala sepak bola nasional