Kaltim Air melayani rute penerbangan berikut ini:

Indonesia

Kalimantan 
 Balikpapan - Bandar Udara Sultan Aji Muhammad Sulaiman
 Berau - Bandar Udara Internasional Kalimarau
 Bontang - Bandar Udara Bontang
 Mahakam Ulu - Bandar Udara Datah Dawai
 Malinau - Bandar Udara Internasional R.A. Bessing
 Nunukan - Bandar Udara Nunukan
 Samarinda - Bandar Udara Temindung/Bandar Udara Internasional Aji Pangeran Tumenggung Pranoto
 Tanjung Selor - Bandar Udara Internasional Tanjung Harapan
 Tarakan - Bandar Udara Internasional Juwata

Jawa 
 Tangerang - Bandar Udara Internasional Soekarno-Hatta
 Jakarta - Bandar Udara Internasional Halim Perdanakusuma

Sumatra 
 Lampung - Bandar Udara Internasional Radin Inten II

Referensi 

Kaltim Air