Terdapat 15 perguruan tinggi Islam swasta di Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta di bawah Naungan Daop 6, yang terdiri dari 4 universitas dan 11 sekolah tinggi.

Universitas 

 Universitas Ahmad Dahlan (UAD), Yogyakarta 
 Universitas Cokroaminoto Yogyakarta (UCY), Yogyakarta 
 Universitas Islam Indonesia (UII), Sleman 
 Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY), Bantul

Sekolah Tinggi 

 Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Muhsin Yogyakarta (STAI Al-Muhsin), Bantul 
 Sekolah Tinggi Agama Islam Alma Ata (STAI Alma Ata), Bantul 
 Sekolah Tinggi Agama Islam Masjid Syuhada Yogyakarta (STAIMS Yogyakarta), Yogyakarta 
 Sekolah Tinggi Agama Islam Sunan Pandanaran (STAISPA), Sleman 
 Sekolah Tinggi Agama Islam Terpadu Yogyakarta (STAIT Yogyakarta), Yogyakarta 
 Sekolah Tinggi Agama Islam Yogyakarta (STAIYO), Gunung Kidul 
 Sekolah Tinggi Ekonomi Islam Hamfara (STEI Hamfara), Bantul 
 Sekolah Tinggi Ekonomi Islam Yogyakarta (STEI Yogyakarta), Yogyakarta 
 Sekolah Tinggi Ilmu Al-Qur'an An-Nur Yogyakarta (STIQ An-Nur), Bantul 
 Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Wates (STITM), Kulon Progo 
 Sekolah Tinggi Pendidikan Islam Bina Insan Mulia Yogyakarta (STPI BIM), Sleman

Pranala luar 
 Situs Resmi Kementerian Agama RI
 Situs Resmi UAD
 Situs Resmi UCY
 Situs Resmi UII
 Situs Resmi UMY
 Situs Resmi STAIT Yogyakarta

Referensi 

Daftar perguruan tinggi di Daerah Istimewa Yogyakarta
Daftar perguruan tinggi swasta di Daerah Istimewa Yogyakarta
Daftar perguruan tinggi Islam di Daerah Istimewa Yogyakarta