Kereta api 

Kereta api merupakan alat transportasi utama di Jepang, terutama untuk menghubungkan kota-kota utama dan alat angkut komuter di kota-kota besar seperti Tokyo dan Osaka. Tujuh buah perusahaan regional kereta api Jepang atau yang disebut Japan Railways, meliputi hampir sebagian besar kota dan desa di Jepang. Selain Japan Railways, terdapat juga perusahaan kereta api swasta, pemerintah daerah, dan patungan swasta dengan pemerintah daerah.

Panjang total rel kereta api di Jepang sekitar 23.670 km, sebagian besar dilengkapi aliran listrik.

Peta jalur kereta api 

Fukuoka, Kobe, Kyoto, Nagoya, Osaka, Sapporo, Sendai, Tokyo dan Yokohama memiliki sistem metro, yaitu sistem kereta api untuk mengangkut para penumpang yang sebagian besar komuter.

Transportasi jalan raya 
Jepang memiliki 1.152.207 km jalan raya, termasuk jalan nasional, jalan daerah, dan jalan bebas hambatan/jalan tol yang menghubungkan kota-kota utama di Honshu, Shikoku, dan Kyushu.

Transportasi laut 
Untuk menghubungkan kota-kota pelabuhan di Jepang, dan juga untuk menghubungkan pulau-pulau kecil dengan pulau lainnya, digunakan feri dan kapal laut.

Ada 22 pelabuhan utama yang ditetapkan sebagai pelabuhan penting oleh Kementerian Lahan, Infrastruktur, dan Transportasi Jepang termasuk Chiba, Fushiki/Toyama, Himeji, Hiroshima, Kawasaki, Kitakyushu, Kobe, Kudamatsu, Muroran, Nagoya, Niigata, Osaka, Sakai/Senpoku, Sendai/Shiogama, Shimizu, Shimonoseki, Tokyo, Tomakomai, Wakayama, Yokkaichi, dan Yokohama.

Jalur pipa 
Jepang memiliki 84 km jalur pipa untuk minyak mentah, 322 km untuk bahan bakar, dan 1,800 km untuk gas alam.

Transportasi udara 

Bandar udara utama di Jepang meliputi:
 Bandar Udara Internasional Narita
 Bandar Udara Internasional Tokyo atau Bandar Udara Haneda
 Bandar Udara Internasional Osaka atau Bandar Udara Itami
 Bandar Udara Internasional Kansai
 Bandar Udara Internasional Centrair Chubu dekat Nagoya
 Bandar Udara Nagoya atau Bandar Udara Komaki (J-Air)
 Bandar Udara Chitose Baru dekat Sapporo
 Bandar Udara Fukuoka
 Bandar Udara Naha atau Bandar Udara Okinawa
 Bandar Udara Hiroshima
14 buah heliport diperkirakan terdapat di Jepang (1999).

Dua maskapai penerbangan utama di Jepang adalah All Nippon Airways dan Japan Airlines.

Pranala luar 
   Hyperdia - Untuk merencanakan perjalanan di Jepang
   Jorudan  - Untuk merencanakan perjalanan di Jepang
  Toei Transportation Information  - Informasi kereta bawah tanah di Tokyo
   JR East Website - Informasi kereta yang dioperasikan oleh JR East