Dalam sejarahnya, Estonia merupakan negara Protestan Lutheran, tetapi kini merupakan salah satu negara paling tidak beragama di dunia dan hanya 14% warga yang menyatakan agama sebagai hal penting dalam kehidupan mereka.

Dari antara mereka yang beragama, sebagian besar menganut agama Kristen. Terdapat paling tidak 90 denominasi Kristen yang diikuti, dan yang paling penting adalah Kristen Ortodoks dan Lutheranisme. Menurut Ringo Ringvee, "agama tidak pernah memainkan peranan yang penting dalam medan tempur politik atau ideologis", sementara "kecenderungan hubungan erat antara negara dengan gereja Lutheran pada akhir tahun 1930-an diakhiri oleh pendudukan Soviet pada tahun 1940". Ia juga menyatakan bahwa "ikatan tradisi agama di sebagian besar keluarga terputus" akibat kebijakan ateisme negara Uni Soviet. Sebelum Perang Dunia II, 80% penduduk Estonia tercatat menganut agama Protestan.

Ortodoks Timur telah menggantikan Lutheranisme sebagai denominasi Kristen terbesar di Estonia antara sensus tahun 2001 hingga 2011 karena semakin banyak orang Estonia yang tidak beragama. Lutheranisme masih menjadi agama yang paling populer di antara orang Estonia yang beragama (11% beragama Lutheran), sementara agama Ortodoks Timur kebanyakan dianut oleh minoritas Slavia (sekitar 45% beragama Ortodoks). Menurut hasil penelitian Universitas Tartu, orang Estonia yang tidak beragama belum tentu ateis; malahan pada tahun 2010-an jumlah penganut kepercayaan Neopagan, Buddhisme dan Hindu bertambah di antara mereka yang menyatakan diri "tidak beragama".

Data sensus 

1Berusia lebih dari 15 tahun.

Berdasarkan kelompok etnis

Catatan kaki