Model persamaan struktural saat ini telah banyak diaplikasikan di berbagai bidang ilmu sosial, ekonomi, psikologi, pertanian, pendidikan, kesehatan, dan lain-lain.Dalam hal evaluasi, teknik ini dapat digunakan untuk menilai dampak suatu kebijakan, apakah sudah memberikan dampak positif bagi pembangunan, yang sesuai dengan teori. Dalam analisanya, teknik ini didukung oleh software AMOS dan LISREL.
Langkah pertama dalam SEM adalah melakukan identifikasi secara teoretis terhadap permasalahan penelitian. Topik penelitian ditelaah secara mendalam dan hubungan antara variabel-variabel yang akan dihipotesiskan harus didukung oleh justifikasi teori yang kuat. Hal ini dikarenakan SEM adalah untuk mengkonfirmasikan apakah data observasi sesuai dengan teori atau tidak.
Langkah keempat adalah memilih jenis matrik input dan estimasi model yang diusulkan. Jenis matrik input yang dimasukkan adalah data input berupa matrik varian atau kovarian atau matrik korelasi. Data mentah observasi akan diubah secara otomatis oleh program menjadi matriks kovarian atau matriks korelasi. Dalam langkah ini, ada dua tahapan yaitu estimasi model pengukuran dan model struktur persamaan. Estimasi Model Pengukuran (Measurement Model)Juga sering disebut dengan Confirmatory Factor Analysis (CFA). Yaitu dengan menghitung diagram model penelitian dengan memberikan anak panah dua arah antara masing-masing konstruk. Langkah ini adalah untuk melihat apakah matriks kovarian sampel yang diteliti mempunyai perbedaan yang signifikan atau tidak dengan matriks populasi yang diestimasi. Model Struktur Persamaan (Structure Equation Model) juga sering disebut dengan Full model, yaitu melakukan running program dengan model penelitian. Langkah ini untuk melihat berbagai asumsi yang diperlukan, sekaligus melihat apakah perlu dilakukan modifikasi atau tidak dan pada akhirnya adalah menguji hipotesis penelitian.
Langkah Ketujuh: Menginterpretasikan Hasil Pengujian dan Modifikasi Model. Peneliti dapat melakukan modifikasi model untuk memperbaiki model yang telah disusun, dengan sebuah catatan penting, yaitu bahwa setiap perubahan model harus didukung oleh justifikasi teori yang kuat. Tidak boleh ada modifikasi model tanpa adanya dukungan teori yang kuat.
Hubungan kausalitas diantara variabel tidak ditentukan oleh SEM, namun dibangun oleh teori yang mendukungnya.