Pembantaian Gereja Suai terjadi pada 6 September 1999, di Suai, Cova Lima, Timor Timur di barat daya Timor Leste, dua hari setelah hasil referendum kemerdekaan diumumkan.

Pembantaian 
Menurut Komisi Penyidikan Internasional tentang laporan Timor Leste kepada Sekretaris-Jenderal Perserikatan Bangsa-Bangsa, beberapa ratus orang berniat mengungsi ke gereja Ave Maria dari serangan militia Laksaur pro-Indonesia di kota tersebut. Dengan dukungan militer Indonesia, militia tersebut kemudian membunuh lebih dari 200 orang. Dua puluh enam jasad teridentifikasi bahwa mereka telah dikuburkan di sepanjang perbatasan dengan Timor Barat, tetapi para saksi mata mengklaim bahwa beberapa orang lainnya dibunuh.

Lima perwira Indonesia—Letkol Liliek Kusardiyanto, Kapten Ahmad Syamsudin, Letnan Sugito, Kolonel Gatot Subiaktoro, dan Kepala Distrik Herman Sedyono—diadili di Indonesia atas kejahatan tersebut namun kemudian dibebaskan.

Pranala luar 
 ETAN (East Timor and Indonesia Action Network) page, including excerpts from the UN report and eyewitness accounts
 Human Rights Watch page discussing acquittal of the five implicated Indonesian officials 
 Suai Church Massacre drawing by Suai youth & Photograph of Church
 Drawings of Massacre by Suai Youth 2000
 Short Documentary about Suai Church Massacre

Timor Leste dalam tahun 1999