Ekologi Himalaya bervariasi tergantung iklim, curah hujan, ketinggian, dan tanah di suatu daerah tertentu. Iklim di Himalaya berkisar dari iklim tropis di kaki pegunungan hingga lapisan es permanen dan salju di ketinggian tertinggi. Jumlah curah hujan tahunan meningkat dari barat ke timur sepanjang bagian selatan. Keragaman iklim, ketinggian tempat, curah hujan, dan kondisi tanah di Himalaya mendukung keberagaman spesies tanaman dan hewan, seperti ngengat Plutodes flavescens, yang tersebar di Himalaya Timur.

Hutan dataran rendah 
Di Dataran Rendah Indo-Gangga di kaki pegunungan, terdapat dataran endapan sungai (aluvial) yang dialiri oleh Sungai Indus dan Gangga-Brahmaputra, vegetasi bervariasi dari barat ke timur berkaitan dengan curah hujan yang berbeda. Hutan semak-duri di baratlaut menempati dataran Pakistan dan Punjab India. Di wilayah yang lebih jauh ke timur terdapat hutan musim-lembap Dataran Gangga Atas di Uttarakhand dan Uttar Pradesh dan hutan musim-lembap Dataran Gangga Bawah di Bihar dan Benggala Barat. Hutan-hutan di daerah ini adalah hutan hujan, dengan pohon yang menggugurkan daun selama musim kemarau. Hutan semi-tropis Lembah Brahmaputra menempati dataran Assam. Di Assam, terdapat produksi apel yang sangat besar. Di Assam inilah pertanian berjalan.

Sabuk Terai 

Di atas dataran aluvial di kaki pegunungan, terdapat Sabuk Terai, zona berawa musiman dengan pasir dan tanah liat. Terai memiliki curah hujan yang lebih tinggi dari dataran aluvial, dan aliran sungai yang deras dari Himalaya menurun namun terlambatkan dan tersebar di zona Terai yang melandai, yang akhirnya mengendapkan lumpur yang subur selama musim hujan dan alirannya surut di musim kemarau. Terai memiliki dasar air tanah (water table) yang tinggi akibat air tanah yang meresap ke bawah dari wilayah sekitarnya yang banyak. Bagian tengah dari Sabuk Terai ditempati oleh padang rumput dan sabana Terai-Duar, gabungan dari padang rumput, sabana, hutan gugur, dan hutan cemara yang termasuk dari padang rumput dengan rerumputan tertinggi di dunia. Padang rumput Terai adalah habitat alami bagi badak India (Rhinoceros unicornis).

Sabuk Bhabhar 
Di atas sabuk Terai adalah dataran yang lebih tinggi yang disebut Bhabhar, zona dari tanah berbatu dan berpori besar yang terbentuk dari pencucian runtuhan batu dan material lain dari wilayah di atasnya. Bhabhar dan Shiwalik yang lebih rendah memiliki iklim subtropis. Hutan pinus subtropikal Himalaya terletak di ujung barat dari wilayah subtropis ini, dengan hutan yang didominasi oleh jenis pinus Chir (Pinus roxburghii). Bagian tengahnya merupakan tempat bagi hutan berdaun lebar subtropis, yang didominasi oleh pohon sala (Shorea robusta). Hutan ini terletak di kaki Himalaya ketika aliran sungai-sungai Himalaya mulai mencapai dataran.

Perbukitan Shiwalik 
Juga disebut sebagai Churia atau Perbukitan Margalla, Perbukitan Shiwalik adalah wilayah terluar dari deretan bukit kaki gunung yang membentang di seluruh wilayah Himalaya melalui Pakistan, India, Nepal dan Bhutan. Ketinggian umumnya 600 hingga 1.200 meter (2.000 hingga 3.900 kaki). Lereng di sebelah selatan yang lebih curam terbentuk di sepanjang zona patahan disebut Himalaya Frontal Thrust (HFT); sedangkan lereng di utara lebih landai. Batuan konglomerat dan batu-batu lain yang bersifat permeabel memungkinkan air hujan untuk meresap dan mengalir di bawah tanah (perkolasi) menuju Bhabhar dan Terai. Hutan pinus subtropis Himalaya dan hutan berdaun lebar berlanjut di sini.

Terai Dalam atau Lembah Dun 
Lembah Terai Dalam adalah lembah terbuka di utara Perbukitan Shiwalik atau terletak di antara subbarisan Shiwalik. Contohnya adalah Dehradun di India dan Chitwan di Nepal. Hutan berdaun lebar subtropis Himalaya juga tumbuh di sini.

Himalaya Kecil 

Disebut juga Pegunungan Mahabharata, Himalaya Kecil adalah pegunungan setinggi 2.000 hingga 3.000 meters (6.600 hingga 9.800 kaki) terbentuk sepanjang zona patahan Patahan Batas Utama, dengan lereng selatan yang curam dan leeng di utara yang lebih landai. Barisan pegunungan hampir saling berhubungan kecuali adanya ngarai sungai, dimana beberapa aliran sungai bergabung membentuk seperti kandil yang saling terhubung menjadi satu.

Pada ketinggian ini, keadaan biogeografi Himalaya secara umum dibagi oleh Ngarai Kali Gandaki di Nepal tengah, salah satu ngarai terdalam di dunia.

Dataran tengah 
Wilayah perbukitan disebut juga "Pahad", memiliki rata-rata ketinggian sekitar 1.000 meter (3.300 kaki) sebelah utara Pegunungan Mahabharata (atau Himalaya Kecil), kemudian ketinggian puncak naik menjadi sekitar 4.000 meter (13.000 kaki) setelah barisan sepanjang 100 kilometer (62 mil) di zona Patahan Tengah Utama, dimana Himalaya Besar (atau Pegunungan Himalaya itu sendiri) dimulai.

Di atas hutan berdaun lebar, di antara ketinggian , terdapat hutan konifer sedang, yang terbagi oleh Sungai Gandaki. Hutan konifer subalpin di Himalaya Barat berada di Pakistan utara, Jammu dan Kashmir, Himachal Pradesh, Uttarakhand, dan Nepal barat. Hutan konifer subalpin di Himalaya Timur ditemukan di timur Nepal, Sikkim, Bhutan, dan Arunachal Pradesh. Di sepanjang perbatasan antara Arunachal Pradesh dan Tibet, hutan konifer subalpin Timur menyatu dengan hutan konifer subalpin Timur laut. Cemara Himalaya Timur, cemara Himalaya Barat, dan semak hemlock Himalaya adalah beberapa jenis pohon yang terdapat hutan ini. Rhododendron sangat beragam di daerah ini, dengan lebih dari 60 spesies yang tercatat ditemukan di hutan konifer subalpin Himalaya Timurlaut.

Himalaya Besar 
Di bagian utara dari Patahan Tengah Utama, puncak tertinggi berkisar hingga  dengan tutupan alami salju dan es. Ketika jelur pegunungan Himalaya melebar dari timur ke barat, jumlah puncak berjajar meningkat. Misalnya, Puncak Kagmara dan Kanjiroba mencapai ketinggian lebih dari  di sebelah utara dari Dhaulagiri di Nepal tengah.

Tundra alpen terletak di atas hutan. Daerah ini umumnya secara alami semusim yang berupa padang rumput. Lereng-lereng curam terutama didominasi oleh rumput sedangkan padang rumput yang didominasi oleh spesies-spesies semak. Semak dan padang rumput Himalaya Baratlaut terdapat di daerah dengan elevasi yang tinggi seperti Pakistan utara, Jammu dan Kashmir, dan Himachal Pradesh. Ke bagian yang lebih timur, Semak dan padang rumput Himalaya Barat menutupi area yang luas di sepanjang perbatasan Tibet dengan Uttarakhand dan Nepal barat. Semak dan padang rumput Himalaya Timur tumbuh di atas hutan konifer subalpin Himalaya Timur, di sepanjang perbatasan antara Tibet dan Nepal timur, Sikkim, Bhutan, dan Arunachal Pradesh. Semak belukar di sini terdiri dari juniperus dan berbagai macam rhododendron, serta beberapa macam bunga liar. Taman Nasional Lembah Bunga di semak dan padang rumput alpin Himalaya Barat memiliki lebih dari 520 spesies tanaman, dengan 498 spesies adalah tumbuhan berbunga. Batas padang rumput terbentang dari barat ke timur, naik dari ketinggian  hingga . Padang rumput ini adalah habitat di musim panas bagi macan tutul salju (Uncia uncia) yang terancam punah.

Trans-Himalaya 
Trans-Himalaya adalah daerah aliran sungai di antara sungai-sungai yang mengalir ke selatan menuju sungai Gangga atau Indus dan sungai-sungai yang mengalir ke utara menuju Brahmaputra atau cabang utama Indus yang mengalir dari ujung pegunungan dan menuruni lereng. Sungai yang mengalir ke selatan membentuk lembah-lembah di wilayah ini, dengan sifat semi-kering karena merupakan daerah bayangan hujan. Di lembah-lembah ini terdapat beberapa desa tertinggi di dunia.

Referensi