Berikut ini adalah daftar pesantren di Kota Madiun, baik salafiyah, ashriyah, atau kombinasi:

 Pondok Pesantren Baitul Jannah Jl . Tombro No 12 Mangunharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Gading Mangunharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al Irsyad Al Islamiyyah Jl. Diponogoro No.112 A Mangunharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Annajahiyyah Jl. Maleo Gang Masjid 86 Mangunharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Baitul Jannah Jl. Tombrono No.12 Mangunharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Gading Jl. Urip Sumaharjo 115 Mangunharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Jemaat Ahmadiyah Jl . MT Haryono 74 B Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al Mutaqin Jl . Nogososro 26 Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al Hidayah Jl. Serayu 74 B Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al-Mujaddaiyyah Jl. Setinggil No.1 Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Hidayatullah Jl . Mulya Bakti 23 Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Jemaat Ahmadiyah Indonesia Jl. M.T. Haryono No.74 Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Mujaddadiyyah Jl. Demangan Taman Madiun Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Muttaqin Jl. Nogososro 26 Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Nashrus Sunnah Koperasi 68 A Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Riyaadlul Jannah Jl. Jambu No.16 Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Riyadlul Jannah Jl. Jambu No 16 Taman Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al Hikmah Jl. Manggala Mulya Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al Musthofa Jl . Jarana Mulya No 9 Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al Hikmah Jl. Manggala Mulya Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al Huda Jl. Trengguli 60 B Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al Ikhlas Jl. Sulawesi No.19 Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al Mustofa Jl. Sarana Mulya No. 9 Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al Ummah Jl. Trengguli 18-F Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Al-Huda Trengguli No. 48 B Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Cokroaminoto Jl. Jend. Sudirman No.15 B Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Kanzul Ulum Jl . Sri Rejeki 23 Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Sabilil Muttaqien Jl. Jend.Sudirman No. 90 B Kertoharjo Kota Madiun
 Pondok Pesantren Sabillilah Jl. Widi Mulya No. 6 Madiun Kertoharjo Kota Madiun

Lihat pula 
 Pesantren

Referensi 

Pesantren di Jawa Timur
Pesantren di Indonesia