Mode transportasi paling umum di Indonesia termasuk feri dan kapal lainnya, dan juga berbagai macam kendaraan jalan, dengan pelayanan jalur kereta api yang terbatas, dan pelayanan penerbangan komersial yang luas.

Transportasi air 

Karena Indonesia merupakan negara kepulauan, transportasi air merupakan sarana penting yang menghubungkan banyak tempat di negara ini. Kapal yang banyak digunakan termasuk kapal kontainer besar, berbagai jenis feri, kapal penumpang, kapal layar, dan kapal bermotor kecil.

Banyak ferry melayani selat-selat antara pulau yang berdekatan, terutama antara pulau Sumatra dan Jawa, dan juga antara pulau Jawa dan pulau-pulau di Kepulauan Sunda Kecil. Di penyeberangan sibuk antara Sumatra, Jawa, dan Bali, feri yang mengangkut kapal dioperasikan 24 jam per hari. Ada juga beberapa feri internasional yang melayani Selat Malaka antara Sumatra dan Malaysia, dan juga Singapura, dan pulau-pulau kecil Indonesia seperti Batam.

Beberapa jaringan juga melayani hubungan laut yang lebih panjang ke daerah pulau-pulau terpencil, terutama yang terletak di timur Indonesia. Pelni melayani jalur tersebut dengan jadwal antara dua sampai empat minggu. Kapal-kapal ini merupakan sarana yang terhitung murah untuk hubungan jarak jauh antar pulau. Dan ada juga kapal-kapal swasta lain yang melayani di berbagai jalur lainnya.

Di beberapa pulau, sungai utama merupakan kunci transportasi karena ketiadaan jalan yang layak. Di Kalimantan, kapal panjang menjalani sungai-sungai dan merupakan satu-satunya cara untuk mencapai banyak tempat di dalam pulau. Indonesia memiliki jalur air yang dapat dijalani sepanjang 21.579 km (pada 2004), sekitar setengahnya di Kalimantan, dan masing-masing seperempat di Sumatra dan Papua.

Pelabuhan utama terdapat di Cilacap, Cirebon, Jakarta, Kupang, Palembang, Semarang, Surabaya, dan Makassar.

Transportasi darat

Jalan dan jalan tol 

Pelayanan bus terdapat di banyak wilayah yang dihubungi oleh jalan, terutama di Sumatra, Jawa, dan Bali. Di daerah yang lebih kecil transportasi jalan banyak dilayani oleh minibus atau van kecil. Bis dan van juga transportasi umum di dalam kota.

Banyak kota memilik sarana tranportasi sendiri yang dapat disewa, seperti taksi, bajaj, becak, ojek motor, delman, dll.

Mobil pribadi terhitung sangat mahal bagi mayoritas penduduk Indonesia, dan hanya umum di kota-kota besar saja, seperti Jakarta, Bandung, Surabaya, dll.

Indonesia memiliki sekitar 158.670 km jalan beraspal, dan sekitar 184.000 km jalan biasa. (perkiraan pada 1999).

Kereta api 

total:
6.458 km
narrow gauge:
5.961 km 1.067-m gauge (101 km listrik; 101 km rel ganda); 497 km 0.750-m gauge (1995)

Perpipaan 
Jalur pipa:
minyak mentah 2.505 km; produk petroleum 456 km; gas alam 1.703 km (1989)

Transportasi udara 

Bandara:
446 (perkiraan 1999)

Bandara - dengan landas pacu beraspal:
total:
127
lebih 3.047 m:
4
2.438 sampai 3.047 m:
12
1.524 sampai 2.437 m:
39
914 sampai 1.523 m:
41
di bawah 914 m:
31 (perkiraan 1999)

Bandara - tanpa landas pacu beraspal:
total:
319
1.524 sampai 2.437 m:
5
914 sampai 1.523 m:
33
di bawah 914 m:
281 (perkiraan 1999)

Maskapai penerbangan nasional:
 Garuda Indonesia