Berikut ini adalah daftar sungai yang mengalir di provinsi Papua Pegunungan di pulau Papua yang berada di wilayah Indonesia.
Untuk provinsi lain di Papua wilayah Indonesia lihat Daftar sungai di Papua bagian barat. Untuk Papua bagian timur, lihat Papua Nugini.

Menurut abjad 
Sungai Baliem (Vriendschaps)
Sungai Brazza
Sungai Pulau (Eilanden)

Lihat juga 
 Daftar sungai di Indonesia
 Daftar sungai di Papua bagian barat

Referensi 

Papua Pegunungan
Daftar bertopik Papua Pegunungan
Sungai di Papua Pegunungan