Doğum kontrol hapı, çok büyük bir kitle tarafından kullanılan ve başarı oranı yüksek bir korunma yöntemidir. Ancak, her şeyde olduğu gibi, doğum kontrol hapının da çok uzun süreli kullanımı sıkıntılara sebep olabilir.
Kan pıhtılaşmalarına ve dolayısıyla damar tıkanıklıklarına sebep olur.
özellikle yeni kullanılmaya başlandığında şiddetli baş ağrılarına sebep olur. Zamanla migreni tetikler ve bu hastalığı taşıyanlarda ciddi ataklara sebep olabilir.
Karaciğer, ilacın yan etkilerini yok etmekle görevlidir. Uzun zaman ilaç alındığında, karaciğer fazlaca yorulur ve hastalıklara sebep olabilir.
Doğum kontrol hapları, hormon kontrolünü yaparak gebeliği engeller. Bu sebeple bazen hormon hastalıkları tetikleyebilir. Progesteron içeriği, mantar oluşumlarına sebep olabilir.