Sencer Ayata, 1981 yılından itibaren ODTÜ Sosyoloji Bölümü'nde öğretim üyesi olarak çalışmaktadır. 1997-2003 yılları arasında Sosyoloji Bölümü Başkanlığı görevini yürüttü. 2003-2010 yılları arasında ODTÜ Sosyal Bilimler Enstitüsü Müdürü olarak görev yaptı. ODTÜ'de Senato ve Üniversite Yönetim Kurulu üyeliği görevlerinde bulundu.
Sencer Ayata, Harvard Üniversitesi, Oxford Üniversitesi, Manchester Üniversitesi ve Wissenschaftszentrum Berlin für Sozialforschung gibi dünyanın önde gelen kurumlarında misafir öğretim üyesi olarak bulundu.
Sosyal demokrasi, Türk siyasal hayatı, yeni orta sınıflar, kentleşme, kent kültürü, yoksulluk, yerel yönetimler ve bilgi ekonomisi üzerinde görüşleriyle tanındı.
Prof. Dr. Sencer Ayata, 1970'li yıllarda CHP Gençlik Kolları, Özgür İnsan dergisi ve Sosyal Demokrasi Dernekleri Federasyonu çerçevesinde siyasete girmiş, sosyal demokrat düşünce ve örgütlenmeye katkı sağlamıştır. 1980 sonrası dönemde Türkiye Sosyal Ekonomik Siyasi Araştırmalar Vakfı ve Sosyal Demokrasi Derneği gibi kuruluşlarda görev aldı.
Sencer Ayata CHP'nin 23 Mayıs 2010 tarihinde gerçekleştirilen 33. Olağan Kongresi'nde en yüksek ikinci oyu alarak Parti Meclisi'ne ve sonrasında CHP Bilim ve Kültür Platformu'nun başkanlığına seçildi. 3 Kasım 2010 tarihinde AR-GE ve Bilim, Yönetim ve Kültür Platformu’ndan sorumlu Genel Başkan Yardımcısı olarak atanmıştır.
Sencer Ayata, 12 Haziran 2011 genel seçiminde CHP'nin Ankara 1. Bölge 1. sıra milletvekili adayı olarak seçimlerde milletvekili seçildi.
Sencer Ayata Kitapları
1987 Kapitalizm ve Küçük Üreticilik
1991 Sermaye Birikimi ve Toplumsal Değişim
1996 Konut, Komşuluk ve Kent Kültürü
1996 Konut, Komşuluk ve Kent Kültürü