Kaplıcaların çevresinde yapılan hafriyatlar sırasında ortaya çıkan mozaikler, yazılı taşlar sütun başlıkları, madeni paralar gibi tarihi eserler Gönen'in, yerleşim yeri olarak kullanılmasının Milattan Önce'sine dayandığını göstermektedir. M.S. 2. yüzyıl ait bulunan kitabelerde şehrin adı 'Sıcak Su Şehri, Thermi', hamamlarda 'Granikaion Hamamları' olarak geçmektedir. Bu kitabelerde, sıcak suyun şehir için önemli olduğu ve şifa dağıtan suyun insanlara sunulması için yardım yapan yönetici ve kişilerin isimleri belirtilmektedir. Antik çağlardaki isimleri Asepsus ve Artemea olan ilçe; tarih boyunca çeşitli medeniyetlere de ev sahipliği yapmıştır. Bu nedenle Gönen, oldukça zengin bir kültürel ve tarihi mirasa sahiptir.
MÖ 14. yüzyılda bir köy olarak kurulduğu tahmin edilen ilçede; Osmanlı dönemine kadar, Truvalılar, İyonlar, Lidyalılar, Persler, Helenler, Bergama krallıkları ile Roma ve Bizans devletlerine ait halkların yaşamlarını sürdürdükleri tahmin edilmektedir. Uzun süre Bizans yönetiminde kalan bölge, 13. yüzyılda Anadolu Selçuklularının eline geçmiş, bu Devletin dağılmasından sonra Karesi Beyliği yönetiminde kalmış ve nihayet 1334 yılında Osmanlı idaresine katılmıştır.
İlçe; Osmanlı hâkimiyetine girmesinden sonra, Bolu yöresinden gelen Akçaali, Rüstem ve Malkoç beylerine ait aşiretlerin yerleşimiyle, eski Artemea şehrinin kalıntıları üzerinde, 14 yüzyıl başlarında oluşmaya başlamıştır.
1859 (H. 1275) yılında Kırım ve Kafkasya'dan, 1877-1878 (H. 1293) yılında Rumeli ve Balkanlar ile Kafkaslardan gelen göçmenlerle nüfus artmış ve yeni mahalleler kurulmuştur (Plevne, Tırnova, Reşadiye). Göçle gelenlerin bir kısmı ilçe merkezine yerleşirken büyük bir bölümü köylere yerleşmiştir. 1382 yılına kadar Erdek Kazasına bağlı iken, 1398 yılında da müstakil kaza haline gelmiştir.
1881'de ilçe olan, 1885 yılında belediye teşkilatı kurulmuştur. Gönen; 1920'de Yunan işgaline uğramış, 6 Eylül 1922'de düşman işgalinden kurtarılmıştır.