2005 yılında TOBB (Türkiye Odalar ve Borsalar Birliği) tarafından yap-işlet-devret modeli ile Türkiye'nin sınır kapılarında başlatılan modernizasyon çalışmaları kapsamında geçiş ve işlemlere daha hızlı cevap verecek şekilde yenilenmiş, yeni idari ve ticari binalar ile donatılmıştır. Türkiye Odalar ve Borsalar Birliğine bağlı olarak kurulan Gümrük ve Turizm İşletmeleri Tic. AŞ. tarafından işletilmektedir.
Kapıkule gümrük kapısı Trakya Gümrük ve Ticaret Bölge Müdürlüğü'ne bağlıdır.