Roscosmos'ta açıklandığı gibi, Soyuz MS-09 gemisinde hava sızıntısının nedeni, geminin iç gövdesindeki üretim aşamasında açılan bir delikti. Bu deliği yapan çalışan, görünüşe göre, onun hatasını fark etti ve deliği özel bir yapıştırıcı ile kapattı. Bu nedenle, geminin sızdırmazlığa karşı muayenesinde hiçbir delik bulunamadı. Yetkili kaynaklara göre, yapıştırıcı bir uzay uçuşu sırasında basınç altında çökmüş ve çökerek hava sızıntısına neden olmuştur.
Bu olaydan sorumlu memur çoktan kuruldu. Roket ve Uzay Şirketi Energia bir iç soruşturma başlattı, özel bir komisyon kuruldu.
Daha önce, ISS'deki 30 August'un hava kaçağı tespit edildiği bildirildi. Tüm bölmeleri kontrol ettikten sonra, Soyuz MS-09 uzay aracının iç bölümünde basınçsızlaştırmanın başladığı tespit edildi. Rus kozmonotları, sızıntıyı gidererek deliği özel bir sızdırmazlık maddesiyle kapattı. Onarılmış delik, uzay aracının dünyaya geri dönüşünü tehdit etmiyor.