Şanghay Beşlisinin hedefi ilk aşamada üye ülkeler arasında güvenin arttırılması, sınır bölgelerinin silahsızlandırılması ve bölgesel işbirliğinin teşvik edilmesiydi.
Bundan sonra Şanghay Beşlisi yıllık görüşmeleri sırasıyla 1998'de Almatı'da, 1999'da Bişkek'te, 2000'de ise Duşanbe'de yapıldı.
2001 yılında ise görüşmeler ŞİÖ’nün kuruluşu ile sonuçlandı. Beş devlet ile başlayan örgütün tam üye sayısı sonra altıya ulaştı: Rusya, Çin, Kazakistan, Tacikistan, Kırgızistan, Özbekistan.
Haziran 2001'de üye devletler Saint Petersburg Zirvesinde örgütün amaç, prensip, yapı ve işleyişini belirleyen ŞİÖ Beyannamesini imzaladı. Ayrıca zirvede bir "anti-terör ajansı"nın kurulmasını öngören bir anlaşma daha imzalandı.
ABD karşıtı ilk ciddi adım, 2005’te atılmıştır. ŞİÖ zirve toplantısında, ABD’ye Orta Asya’daki askeri varlığına son verme çağrısı yapılmıştır. Bunun üzerine, Özbekistan’daki ABD askerleri ülkeyi terk etmişlerdir.
Ağustos 2007'de ŞİÖ'ye üye altı ülke, Rusya'nın Ural Dağları'nda 'Barış Misyonu 2007' adıyla ortak bir askeri tatbikat gerçekleştirdi.
ŞİÖ öncelikli olarak üye ülkelerin Orta Asya güvenliği ile ilgili sorunlarına eğilme amacını taşımaktadır; başlıca tehditler olarak terörizm, ayrılıkçılık ve aşırılıkçılığı gösterir. Taşkent'te yapılan ŞİÖ 16-17 Haziran 2004 zirvesinde, Bölgesel Antiterörizm Yapısı (RATS) kuruldu. 21 Nisan 2006'da, ŞİÖ antiterörizm kapsamı altında uluslararası uyuşturucu suçlarıyla mücadele etme planını açıkladı.
ŞİÖ genel sekreteri Grigory Logninov Nisan 2006'da ŞİÖ'nün askeri bir blok olma niyetinin bulunmadığını açıkladı; bununla birlikte "terör, aşırılıkçılık, ayrılıkçılık" tehdidinin artışının kapsamlı bir askeri müdahaleyi zorunlu kıldığını da belirtti.
ŞİÖ birkaç defa ortak askeri tatbikat düzenlemiştir. İlki 2003 yılında tatbikatın ilk aşaması Kazakistan'da, ikinci aşaması ise Çin'de gerçekleştirildi.
Güvenlik, ekonomi ve kültür alanlarında iş birliği öngören Şanghay İşbirliği Örgütü’nde 7 ana organ faaliyet göstermekte ve örgütün işleyişini sağlamaktadır. Bunlar;
Devlet Başkanları Konseyi, Hükümet Başkanları Konseyi, Dışişleri Bakanları Konseyi, Ulusal Koordinatörler Konseyi, Temsilcilikler Konseyi, Sekretarya, Bölgesel Anti-Terör Ajansı olarak sıralanabilir.
İran örgütün gözlemci üyesi olarak Devlet Başkanları ve Başbakanlar zirvesinde katılmaktadır.
Organizasyonun en üstünde yer alan Devlet Başkanları Konseyi yılda bir kez toplanan ve devlet başkanlarının katıldığı en üst düzeyli ve nihai karar mekanizmasıdır. Diğer konseyler önceden istişare ettikleri önemli meseleleri karara bağlanması için Devlet Başkanları Konseyi’ne havale etmektedirler.
ŞİÖ'ne devletler 2003 yılında ekonomik iş birliğini genişletme amacıyla bir çerçeve anlaşması imzalamıştır. Aynı toplantıda Çin başbakanı Wen Jiabao, bölgede ticaretin geliştirilmesi için bir an önce tedbirlerin alınmasıyla birlikte, ŞİÖ'de uzun vadede bir serbest ticaret bölgesi oluşturulması hedeflenmesini önerdi. Ardından bir yıl sonra 23 Eylül 2004'te 100 maddelik bir plan imzalanmıştır.
25 Ekim 2005, ŞİÖ Moskova zirvesinde, ŞİÖ'nün ortak enerji projelerine öncelik tanıyacağı açıklanmış, özellikle de petrol ve gaz sektörüyle ve su kaynaklarının ortak kullanımı üzerinde durulacağı belirtilmiştir. Ortak projelerin finansmanı için bir ŞİÖ Interbank'ının kurulması kabul edilmiştir. ŞİÖ İnterbank kurumunun ilk toplantısı Şubat 2006'da Pekin'de yapıldı. 30 Kasım 2006'da, Almatı'da düzenlenen ŞİÖ konferansında Rus Dışişleri bakanı ŞİÖ'nün bir "Enerji Kulübü" kurulması konusunda planlar yaptığını belirtmiştir. Bu kulüp ihtiyacı Kasım 2007 ŞİÖ zirvesinde yinelenmiş, ancak diğer üyeler tarafından pek ilgi görmemiştir.
İRNA