Hacı Yahya Camii tek kubbeliymiş. Manisa yangınından sonra yanına aynı ebatta bir bölüm daha ilave edilmiş ve bu yeni bölüm de eskisi gibi yüksek kasnaklı bir kubbeyle örtülmüş.
Ana mekândaki mihrap yakın zamanda yenilenmiş. Minber sonradan yapılan ve kemerli iki geçitle ana mekâna bağlanan yan bölüme konmuş. (02/ 09/ 2012)