Knup, kariyerine 1986 yılında Basel kulübünde başladı. İki sezon sonra 1988 yılında Aarau takımına geçen Knup, burada sadece bir sezon geçirdi. Daha sonra Luzern takımında kariyerinin en iyi dönemlerini geçirdi ve iyi performansı sayesinde Bundesliga takımlarından Stuttgart'a transfer oldu. 1994 yılında Karlsruher takımına geçti. Burada takımıyla DFB-Pokal'da finale kadar çıktı fakat finalde Kaiserslautern şampiyon oldu. 1996 yılında Galatasaray'a transfer oldu fakat sadece yarım sezon sonra sözleşmesi feshedildi. 1997 yılı başında ilk kulübü Basel'e dönen Knup, 1998 yılında burada futbolu bıraktı.
Futbolu bıraktıktan sonra İsviçre televizyonlarında futbol yorumculuğu yapan Knup, 2007 yılında İsviçre millî futbol takımında antrenörlük yapmaya başladı. Fakat Euro 2008 sonrası görevinden ayrıldı.