Lise öğrencisi Yuji Kaidoya yeni ve tedavisi olmayan bir hastalığın teşhisi konulur. Gencin bu umutsuz gibi görünen durum karşısında tek bir seçeneği vardır: geleceğin bir tedavi olanağı sağlaması ihtimali. Kararını verir ve yapay bir "kış uykusuna" yatırılır. 20 yıl sonra, uyandığında ise Dünya kesinlikle hatırladığı gibi değildir.
2013 yılı savaşların, umutsuzluğun ve ölümün yaşandığı bir devirdir. O uyuduğu sırada Dünya Blue denilen uzaylı yaratıklar tarafından istila edilmiştir. Nesli tükenmek üzere olan insanoğlunun tek çaresi Blueyu yok etmektir.
Aralarında Yuji de dahil olmak üzere insanlar arasından seçilen belirli kişiler Second Earth (İkinci Dünya) ismindeki uzay üssüne gönderilir. Yuji, burada kendisinin ve diğer uyuyanların Blueyu yok etmekte önemli bir rol oynayacaklarını öğrenir ve böylece Yuji sadece kendisi için değil, bütün insanlık için mücadele etmeye başlar.