Mehmed Ali Paşa 4 Mart 1769 tarihinde Yunanistan'ın Kavala şehrinde doğdu. Ataları toprak meselesi yüzünden Konya'dan Kavala'ya göç etmiştir. Babası İbrahim Ağa'nın 17 çocuğundan hayatta kalan tek çocuğuydu. Babası ile birlikte tütün ticareti yapıyordu. Babasının genç yaşta ölümünden sonra amcası Tosun Paşa'nın himayesinde tütün ticaretine devam etti.
Amcasının Osmanlı Devleti tarafından idamından sonra kimsesiz kaldı. Bu dönemde Leon isimli Fransız bir tüccarla tanıştı ve işine devam etti. Napolyon'un 1798'de Mısır'ı işgali sırasında Fransızlar'ı bölgeden çıkarmakla yükümlü kaptan-ı derya Küçük Hüseyin Paşa, Kavala Çorbacısı Hüseyin Ağa'dan bir miktar kuvvet istemiştir.
Hüseyin Ağa içlerinde yeğeni Mehmet Ali'nin de bulunduğu 200 askerini göndermiştir. Mısır'ın geri alınmasından sonra Mehmet Ali Paşa tahsili olmamasına rağmen burada kalarak kısa zamanda tüm başıbozuk askerlerin serçeşmeliğine getirildi. Mısır Valisi Hüsrev Paşa'nın başıbozuk askerleri tahliyeye teşebbüsü üzerine; askerin maaşlarını alamamalarını bahane ederek isyan çıkardı ve paşayı firara mecbur bıraktı. Mısır valiliğini elde etme hayali kuran Mehmet Ali Paşa buraya vali olarak gönderilen Hurşid Paşa'yı da bir bahane ile atlatarak 1804 yılında vezirlikle istediği makama ulaştı.
Vali olduktan sonra ciddi ve radikal işlere teşebbüs eden Mehmet Ali Paşa, Mısır'da nüfuz sahibi kölemenleri ortadan kaldırdı. Avrupa'dan getirttiği hocalarla kendine güçlü bir ordu kurdu. 1811 yılında yönetimde halen etkili durumda bulunan Memlük beylerine karşı harekete geçerek Mısır'daki Memlük egemenliğine kesin olarak son verdi. Daha sonra 1811-1818 yılları arasında orduları Osmanlı sultanı adına Arabistan Yarımadası'nda Vahhabilere karşı savaştı.
Mekke ve Medine'yi Vahhabiler'in elinden alarak şöhretini tüm bölgeye yaydı. 1815 yılında Kahire'de bulunan Arnavut askerleri kısa süreli bir ayaklanma çıkardılar. Ali Paşa, başını ağrıtabileceğini düşündüğü 25.000 Arnavut askerini, Sudan'ın fethi için 1821 yılında Func Devleti'nin üzerine gönderdi. Böylelikle Sudan, Mısır'ın kontrolü altına girdi. Mora'da patlak veren uzun süredir Osmanlı Devleti'nin bastırmakta güçlük çektiği Mora İsyanı'nı seçkin askerleri ile bastırdı. 1828 yılındaki Rus seferinde 12,000 asker göndereceğini vadettiği halde sözünde durmadı. Buna karşılık para göndermesi, uzun süredir devletçe hakkında olan şüpheleri artırarak Mehmet Ali Paşa'nın yola getirilmesine karar verildi.
Fakat Ali Paşa'yı yola getirmek kolay değildi. Emrinde yaklaşık 20-30 bin kadar asker ve 15-20 gemilik donanma bulunuyordu. Amacı Suriye'yi Mısır'a bağlamaktı. Bu sıralarda Mehmet Ali Paşa'nın Osmanlı Devleti'yle savaşmasına vesile olacak bir fırsat meydana geldi. Suriye hakkındaki maksadını belirterek oğlu İbrahim Paşa komutasında Akka'ya asker sevketti ve sahillere de donanma gönderdi.
Devletin uyarılarına kulak asmayan Mehmet Ali Paşa'nın üzerine Edirne Valisi Ağa Hüseyin Paşa'nın komutasında bir ordu gönderildi. Hüseyin Paşa, Halep ile Humus arasında Mısır ordusuna yenildi. Daha sonra Arnavutluk'taki meselelerle uğraşan Sadrazam Reşid Mehmed Paşa kumandan tayin edildi. Ağa Hüseyin Paşa'yı mağlup eden Mısır ordusu komutanı Kavalalı İbrahim Paşa, Toros Dağları'nı aşarak Konya'ya girdi ve Konya Ovası'nı ordugah belirledi.
Acele bir şekilde Konya'ya gelen Reşid Mehmed Paşa, Mısır Ordusu ile şiddetli bir savaşa girdi. Başta Mısır Ordusu'nu bozmayı başarsa da hava karlı ve dumanlı olduğundan kendi askerleri zannıyla düşman arasına girerek esir düşmüştür.
Osmanlı Ordusu'nu dağıtan Mısır birlikleri hiçbir direnişle karşılaşmadan Kütahya'ya kadar geldi. Reşid Mehmed Paşa'nın esir olmasından dolayı Anadolu Valisi ve Karahisar-Menteşe Sancakları mutasarrıfı Mehmed Emin Rauf Paşa ikinci defa sadrazamlığa davet edildi. Bunun üzerine Rauf Paşa, aceleyle İstanbul'a hareket etti.
II. Mahmud, Büyük Britanya ve Fransa'dan yardım istedi. Ancak Fransa'nın Mehmet Ali Paşa'yı desteklemesi, İngiltere'nin de Osmanlı'nın iç işlerine karışmak istememesi üzerine beklediği yardımı alamadı ve Rusya'dan yardım istemek zorunda kaldı. Rusya ile 8 Temmuz 1833 tarihinde Hünkar İskelesi Antlaşması imzalandı ve Rus donanması İstanbul'a demirledi.
Boğazların Rusya'nın eline geçmesinden endişe eden İngiltere ve Fransa'nın araya girmesiyle 14 Mayıs 1933'de Kütahya Antlaşması imzalandı. Antlaşmaya göre Mısır, Suriye ve Girit valilikleri Kavalalı Mehmet Ali Paşa'ya, Cidde ve Adana valilikleri de oğlu İbrahim Paşa'ya verildi.
Antlaşmadan her iki taraf da hoşnut olmadı. II. Mahmut Mısır valisini ortadan kaldırmak ve kaybettiği toprakları geri almak istiyordu. Osmanlı ordusu ile Mısır ordusu Nizip'te karşılaştı. Osmanlı ordusu yeniden bozguna uğrayınca Rusya'nın soruna el atmasından ve Mehmet Ali Paşa'nın güçlenmesinden çekinen Avrupa Devletleri konuyu görüşmek için Londra'da konferans düzenledi.
Londra'da imzalanan antlaşmaya göre Suriye, Girit ve Adana Osmanlı Devleti'ne geri verildi, Mısır ise Kavalalı Mehmet Ali Paşa ve soyundan gelenlere bırakıldı. Kavalalı Mehmet Ali Paşa başta antlaşmayı kabul etmese de İngiltere ve Avusturya'nın Beyrut'a asker çıkarması ve İngiliz donanması'nın Lübnan kıyılarını topa tutması üzerine antlaşmayı kabul etmek zorunda kaldı. 1845 yılında İstanbul'a gelip padişaha bağlılığını bildirdi.
Kavalalı Mehmed Ali Paşa, 2 Ağustos 1849 tarihinde Kahire'de öldü.