Biyolojik kirlenme, balık yetiştiriciliğinin ana sorularından biridir. Ağın tıkanmasına, dolayısıyla kafese giren su miktarının azalmasına ve oksijen seviyelesinin düşmesine neden olur. Böylelikle FCR ı da etkiler.
Biyolojik kirliliği önlemek için ağlara toksik olmayan özel bir boya sürülür. Bu boya ağın yüzeyini dikenli hale getirip organizmaların yerleşmesini önler. Tek hücreli canlıların, midyelerin ve çeşitli canlıların oluşturduğu larval organizmaları ve alglerin oluşmasının engeller.