2009'da Türkiye Kupası'nın formatı değişmiştir. Turnuvaya toplam 71 takım katılmaktadır. Turnuvaya, bir önceki sezon Turkcell Süper Lig, Bank Asya 1. Lig, TFF 2. Lig ve TFF 3. Lig Yükselme gruplarında mücadele etmiş bütün takımlar ile TFF 2. Lig klasman gruplarını ilk iki sırada, TFF 3. Lig klasman gruplarını ilk sırada tamamlamış takımlar katılır.
Fortis Türkiye Kupası Eleme ve Kupa olarak iki farklı aşamaya ayrılır. Turkcell Süper Ligi ilk 4 sırada tamamlamış takımlar kupa aşamasının başlangıcı olan grup maçlarına doğrudan katılırlar. Eleme aşaması 1. ve 2. kademe ile play-off eleme müsabakalarından oluşur ve aşamalardaki karşılaşmalar tek maçlı eleme usulüne göre oynanır. 1 kademe maçları TFF 3. Lig ve TFF 2. Lig'den gelen toplam 35 takım arasında yapılır. 2. kademe maçları ise 1. kademeyi geçen 18 takım ile geçen sezon TFF 1. Lig'de mücadele edipSüper Lig'e yükselemeyen 15 takım ve Süper Lig'de son üç sırayı alan 3 takımın katılımıyla toplam 36 takım arasında oynanır. Play-off, 2. kademeden gelen 18 takım ile geçen sezon Süper Lig'i 5.-15.'lik arasında bitiren ve Süper Lig'e yükselen 3 takımın katılımıyla toplam 32 takım arasında gerçekleşir. Bu kademeyi de geçen toplam 16 takım, diğer 4 Turkcell Süper Lig takımıyla beraber, grup maçlarına katılırlar.
Grup maçları, 4 gruba ayrılan 20 takım arasında tek devreli lig usulüne göre oynanır. Her takım ikisi iç saha, ikisi de deplasman olmak üzere toplam dört maç yapar. Gruplarını ilk iki sırada tamamlayan takımlar çeyrek finale yükselirler. Çeyrek ve yarı final maçları çift maçlı eleme sistemine göre oynanırken final maçı tarafsız sahada tek maç üzerinden oynanır. Türkiye Kupası şampiyonu olan takım ise gelecek sezon formalarına Türk Bayrağı'nı koyma hakkı kazanır.