Denizli'nin ilk eleme maçında daha önce iki maç yapıp 8-0 ve 5-0 yenildiğimiz İngiltere ile Türkiye'de oynandı. İkinci İngiltere maçı ise hezimet oldu ve 3 yıl önceki gibi yine 8-0 kaybedildi. İkinci yarıdaki başarılı performans ile önce 13 Mayıs 2009 tarihinde Fenerbahçe ile oynanan maçta rakiplerini 4-2 yenerek Türkiye Kupası'nı kazandı. Toplamda 10 maçta forma giydi. Ancak sakatlığı yüzünden pek forma şansı bulamadı ve son sezonunda kariyerini sonlandırdı. Şampiyonlar Ligi ve Türkiye Kupası gruplarından çıkamayan Beşiktaş, ligde bir ara 2.liğe kadar gelse de son haftalarda aldığı puan kayıpları ile ligi dördüncü bitirdi. Sezona iyi başlayamayan Beşiktaş, ilk yarının ortalarında bir seri yakalasa da ilk yarıyı yine kötü bitirdi. Bu parlak başlanıça rağmen sezonun ilk yarısının sonunda Beşiktaş, lig 6.sı oldu. 21 Aralık 2012 tarihinde Mustafa Denizli, 1. Lig ekibi Çaykur Rizespor'la 1,5 yıllık anlaşma imzalayarak, Karadeniz ekibinin teknik direktörlüğüne getirildi. Ağustos 2006'da Denizli, bir başka İran takımı Persepolis FC'ye transfer oldu. Denizli ikinci yarıya başlamadan Fabian Ernst ve Yusuf Şimşek'i transfer ederek değişikliklerle başladı.
İlk sezonunda uzatmalarda Ankaragücü'ne üstünlük sağlayan Denizli ve Galatasaray Türkiye Kupası'nı kazandı. Sonraki sezon dört büyüklerin ardından 5. olarak, UEFA Intertoto Kupası'na katılmaya hak kazandı. Sezon sonu Beşiktaş'tan ayrılacağı söylentileri çıksa da, Denizli takımda kalmayı tercih etti. Aynı sezon sonu bir Türkiye Kupası daha kazandı. Denizli sezon sonunda takımı tamamen bıraktı. Mustafa Denizli de aynı ligde 3 takımı da şampiyon yapan ilk teknik adam oldu. Final maçında penaltıdan attığı golle kupayı kazandıran Mustafa Denizli, bu sefer kaptan olarak kupayı kaldırma başarısını gösterdi. Yardımcılığına Oğuz Çetin'i alan Denizli, sezona Almanya kampı ile başladı. Yardımcılığına eski Beşiktaşlı Ali Gültiken'i aldı. 1987 yazından Denizli, millî takımın yanında Galatasaray'ı da yönetmeye başladı. EURO 1996'dan sonra Fatih Terim'in Galatasaray'a geçmesi ile, Mustafa Denizli Kocaelispor'u bırakıp millî takımı yönetmeye başladı. Mustafa Denizli, İtalya, Belçika ve İsveç'ten oluşan grupta 1 galibiyet, 1 beraberlik, 1 mağlubiyet alarak grup ikincisi olarak çeyrek finale çıktı. Ayrıca ilk yarıda sonucundaki kötü tablo nedeniyle suçlanan Denizli, "26. haftayı bekleyin" demişti. 8 Aralık 1984'te Zoguldakspor ile oynanan bir maçta Derwall'in hastalığı nedeniyle takımı yönetti. 6 maçta 1 galibiyet 1 beraberlik 4 mağlubiyet aldı. Türkiye 8 maçta 5 galibiyet, 2 beraberlik ve 1 mağlubiyet ile grup ikincisi oldu. 5 Ocak 2012'de Malavan FC ile oynanan ilk maçında mağlubiyet ile tanıştı.
İkinci golünü ise 28 Ekim 1979'da Malta'ya karşı oynanan EURO 1980 elemelerinde kaydetti. 1980 yılında 12 gol ile ligin en çok gol atan oyuncusu olmuştur. 1949 yılında Çeşme, İzmir'de doğdu. Denizli, liginde sonuncu olan Aachen ile anlaştı. 1990-91 sezonunun başında Galatasaray ile tekrar anlaştı. 2004-05 sezonunun ikinci yarısı önceki sezonunun İran şampiyonu PAS FC takımı Mustafa Denizli ile anlaştı. 1989-90 sezonunda Alman 2. ligi 2. Fußball-Bundesliga'da oynayan Alemannia Aachen, Avrupa'daki başarıları ile ünlenen Mustafa Denizli'ye teklifte bulundu. Mustafa Denizli, Sağlam'ın yerine 9 Ekim 2008 tarihinde Beşiktaş'ın teknik direktörlüğüne getirildi. Denizli, böylece Galatasaray'dan sonra bir başka büyük takım olan Fenerbahçe'yi de şampiyon yapıyordu. Fenerbahçe, Kosice takımından sonra ilk kez grup seviyesinde 0 puan alan takım oldu. Böylece Avrupa'daki ilk golünü atmış oldu. Galatasaray'daki ikinci golünü 2 Ekim 1983'te penaltıdan Antalyaspor'a attı. Sonraki sene Kupa Galipleri Kupası'nda ilk turda Norveç ekibi Lyn Oslo'ya elenirken, deplasmanda 4-1 yenildikleri maçta takımın tek golünü attı. Türkiye, 8 maçta 4 galibiyet 2 beraberlik ve 2 mağlubiyetle grup üçüncüsü olup kupaya gidemedi. Maçta sahaya atılan yabancı maddeler ve PKK'nın sahaya girmesi gibi olaylar yaşandı.
1 yabancı kuralını unutarak maçın ikinci yarısı yaptığı değişiklikler sonucu sahaya 6 yabancıyla çıktı. Başkan Yıldırım Demirören, bu ayrılık konuşmasını yaparken 10 yıllık Beşiktaş yönetimi tarihinde yaptığı en zor konuşma olarak betimledi. 1987'de Galatasaray'ın yardımcı teknik direktörlüğünü yaparken Coşkun Özarı'nın yerine Türkiye Millî Futbol Takımı teknik direktörlüğüne atandı. 4 Mart 1987'de Romanya ile oynanan özel maç ilk maçı oldu. 14 Ağustos 1996'da Moldova ile oynanan hazırlık maçı ile Denizli dönemi başladı. Şampiyonlar adaylarından Gaziantepspor'a karşı ilk yarısını 3-0 kaybettikleri maçı 4-3'e çevirdiler. Grup birincisi Almanya'ya karşı bir galibiyet, bir beraberlik aldılar. Grup birincisi Hollanda'ya karşı oynanan maçlardaki başarılara rağmen Belçika mağlubiyetleri gruptan çıkmayı engelledi. 19 yaşında Galatasaray ile oynanan Türkiye Kupası maçında uzatmalarda attığı golle takımını finale taşıyıp kendini gösterdi. Denizli ve yönetim arasında sorunlar baş gösterdi. Yönetim ile anlaşamayan Denizli, teknik direktörlüğü bıraktı. Şampiyonluk mücadelesi devam ederken, 5 hafta kala Denizli, yönetimle anlaşamayıp görevi bıraktığını söyledi. Bir hafta sonra ise ilk galibiyetini aldı.