Başkanlık sisteminde yürütmenin başı doğrudan halkın oylarıyla seçilen başkandır, parlamenter sistemde ise yürütmenin başı TBMM üyeleri arasından cumhurbaşkanınca atanan başbakandır. Başkanlık sistemi ile parlamenter sistem arasındaki en büyük fark yürütmenin başının seçiliş şeklidir. Biri halk tarafından doğrudan seçilirken, diğeri yasama organı tarafından seçilir.
Başkanlık sisteminin üç temel özelliği vardır:
- Devlet başkanı doğrudan halk tarafından seçilir.
- Yürütme organı tek kişiden meydana gelir.
- Yürütme yasamanın güvenine dayanmaz.
Başkanlık sisteminde yasama organı ile başkanın farklı görüşlerde olduğu konularda kanun çıkarmak zordur. Başkan sadece halka cevap verir ve muhatabı halktır ve yasama organının başkanı tehdit etme veya görevden alma gibi bir durumu söz konusu değildir. Bundan dolayı başkan yasama organının iş yapmasını epey zorlaştırabilir.
Parlamenter sistemde ise eğer parlamento, başbakanı ve icraatlarını beğenmezse güvenoyu yoklaması ile onu görevden alabilir ve yerine başka birisini getirebilir. Bu da başbakanı parlamentonun üstünde değil aslında bir çalışanı haline getirir.
Parlamenter sistemde kuvvetler ayrılığı çok daha net ve belirgindir. Yasama organı yasa yapar ve yürütme organları bu yasaları yürütür. Karşılıklı denge ve fren politikası vardır. Yasama ve yürütme birbirini sınırlandırır. Biri diğerinin daha güçlü hale gelmesini frenler ve dengede tutar. Üçüncü bir göz olan yargı da bu ikisini kontrol altında tutar ve gözetir.
Başkanlık sisteminde seçimler kati olarak belirlenmiş tarihlerde yapılır. Başkanın görev yapma süresi bellidir ve bu görev süresi dolmadan görevinden alınamaz. Bu tarihe kadar seçim için beklenilir. Parlamenter sistemde ise seçimler değişkenlik gösterebilir. Başbakan yasama organı tarafından istenildiği zaman güvenoyu yoklaması ile görevden alınabilir ve yeni seçimlere gidilebilir.
Başkanlık sisteminde hem hükumetin hem de devletin başı aynı kişidir. Örneğin ABD’de tek başkan vardır şu an, o da Barack Obama. Fakat parlamenter sistemde devlet başkanı (cumhurbaşkanı) ile hükumetin başındaki kişiler farklıdır. Örneğin şu an Türkiye’de cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan iken hükumetin başı Ahmet Davutoğlu’dur.
Parlamenter sistemde büyük iki partinin haricinde diğer küçük partiler de söz hakkına sahiptir ve mecliste parti kurup hükumete zor anlar yaşatabilirler. Başkanlık sisteminde ise büyük iki parti vardır ve diğer küçük partiler marjinalize edilir ve devlet başkanı üzerinde pek bir etkileri yoktur.
Parlamenter sistemde hükumet partisi ya da koalisyon partileri istedikleri yasayı çıkarabilir ve istedikleri şekilde yönetebilirler. Başkanlık sisteminde ise yasama ve yürütme aynı hat ve çizgi üzerinde olmak zorunda değildir. Yasama ve yürütme birbirinden tamamen farklı görüşlere sahip olabilir. Ve genelde böyle olur ve birbirlerine karşı mücadele verirler. Yasa yapma ve uygulama çok daha zor olabilir.
Başkanlık sisteminde otoriter sisteme bir eğilim vardır. Parlamenter sistemde ise başbakan meclis tarafından kolaylıkla görevden alınabilir.