Batı Afrika’nın tarihini belirleyen Sahara Çölü ve ekseninde gelişen altın, tuz ve köle ticareti Mali’nin de geçmişini oluşturur. İlk büyük güç olarak bölgede hâkimiyet kurmuş olan Gana İmparatorluğu devenin kullanımı ile birlikte bölgede büyük ve sistemli bir ticaret ağı oluşturmuş, bölgeyi düzenli hale getirmiştir. Gana İmparatorluğu coğrafyası zamanla İslam dinini benimsemiş ve Kuzey Afrika’nın kültürüyle daha sıkı ilişkiler geliştirmiştir. 12. yüzyıl itibariyle Gana yerini Mali İmparatorluğu’na bırakır. Ticaret ağının daha da güçlendiği bu devirde zengin bir krallık göze çarpar. Songhai İmparatorluğu bölgede aynı dönemde gelişen diğer bir güçtür.
16. yüzyıl itibariyle Fas güçleri bölgeye hâkim olur ve sonrasında ise batılı devletlerin ticareti ele geçirmesiyle bölge değerini yitirmeye başlar. Kolonileşme tarihi olarak 19. yüzyıl sonları gösterilir. Fransız güçleri bölgeyi pamuk üretimine odaklar ve 1960’lara kadar Fransız Sudan’ı olarak isimlendirilir. Daha sonra 1959’da birkaç aylığına Mali Federasyonu ismiyle Senegal ve Mali birliği şeklinde bir devlet kurulur. 1960 yılından itibaren Mali bugünkü sınırlarına ulaşır. 1991 yılından bu yana ise demokratik atılımlar gerçekleştirir. 2012 yılı itibariyle ülkenin kuzeyinde kalan Sahara bölgesi aşırı örgütler tarafından ele geçirilmiş olsa da, Fransa ve dünya kamuoyunun desteği sayesinde sorun aşılmıştır.