Şah Cihan, ağabeyi Hürrem Şahın beklenmedik ölümü üzerine yeniden fitili ateşlenen saltanat mücadeleleri içerisinde yer alarak diğer kardeşleri üzerinde baskın gelip Babür İmparatorluğunun hükümdarı olmuştu. Yeniden bir saltanat mücadelesi baş göstermemesi ve kendisine yeni bir rakip çıkmaması için büyük bir katliama imza atarak kendi oğulları hariç saltanat ailesindeki tüm erkekleri öldürttü ve hükümdarlığını güvence altına aldı.
Şah Cihan, kendi oğulları dışında tüm saltanat varislerini öldürtüp hükümdarlığını güvence altına aldıktan sonra ülkesinin idaresini üstlenebildi. Ancak Şah Cihanda babası Cihangir Han gibi sefahate düşkün bir hükümdardı. Hâkimiyeti döneminde hiçbir askeri ve idari başarı elde edemediği gibi yine babası Cihangir Han döneminde ortaya çıkan İngiliz Sömürgecilerin faaliyetlerine göz yumdu. Her ne kadar İngiliz sömürgecilerinin ticari faaliyetleri ülkeye önemli bir vergi geliri getirse de zamanla Hint yarımadasını zapt edecek İngilizler için bir köprü vazifesi gören ticaret yolları ve imtiyazlı ticaret anlaşmaları Babür İmparatorluğunun yıkımına sebep olan süreci hızlandırdı.
Şah Cihan, 30 yıllık hâkimiyeti döneminde devletin idari ve siyasi istikametine yön veremedi. 1658 yılında hastalanarak vefat edince yerine oğlu Evrengzip geçti (1658).