1934 yılında Gaziantep'te doğdu. İlk ve orta öğrenimini burada tamamladıktan sonra 1948 yılında Kuleli Askerî Lisesi'ne gitti. 1953 yılında Harp Okulu'nu bitirdi ve 1967'de askerlikten ayrıldı. 1961 yılında mezun olduğu İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi'nde asistan oldu. 1965'te doktor, 1971'de doçent unvanı aldı. 1971 yılında MİT'e atandı ve 1980'de bu teşkilattan emekliye ayrıldı. 1982'de üniversiteye döndü. 1989 yılında iktisat profesörü olduğu Gazi Üniversitesi'nden 1993 senesinde emekliye ayrıldı. Yayınlanmış dört kitabı ve çeşitli makaleleri bulunan Mahir Kaynak evli ve üç çocuk babasıdır.