İç Anadolu Bölgesi'nin en önemli akarsuları Kızılırmak, Sakarya Nehri, Porsuk ve Delice çayları¤dır. Bu bölge akarsuları kapalı havzada akan sel rejimli akarsulardır. İlkbahar yağışlarıyla taşar, ya¤zın kuruyacak hale gelir.
İç Anadolu Bölgesi'nin güney kesimleri sularını deniz¤lere gönderemez. Bu nedenle kapalı havzalar geniş bir alan kaplar. Kapalı havzaların geniş olanları, Kon¤ya Ovası, Tuz Gölü ve Akşehir - Eber gölleri çevre¤sinde yer alır. Seyfe Gölü, Sultan Sazlığı (Yaygölü) gibi küçük kapalı havzalar da bulunmaktadır. İç Ana¤dolu Bölgesi'nin büyük bir bölümü sularını Kızılırmak, Sakarya ve Yeşilırmak'ın kolu olan Çekerek suyu sa¤yesinde Karadeniz'e gönderir. Güneydoğusundaki Uzunyayla yöresi, sularını Seyhan'ın kolu olan Zamantı suyu sayesinde Akdeniz'e gönderir. Sel rejimli akarsuların en fazla bulunduğu bölgedir.
Bölgenin en büyük gölü Tuz Gölü'dür. Bu göl bu¤harlaşmanın etkisiyle yazın büyük ölçüde kurumakta¤dır. Tuz Gölü, tektonik oluşumludur. Derinliği fazla de¤ğildir. Gölün alanı kışın ve ilkbaharda fazla alan kapla¤dığı halde, yazın buharlaşma ve beslenme yetersizli¤ğinden dolayı kapladığı alan azalır. Tuz ihtiyacımızın %30'unu karşılar. Diğer önemli gölleri ise Akşehir, Eber, Ilgın (Çavuşçu), Tuzla, Seyfe, Mogan ve Sultanısalak-i mekip gölleridir. Sakarya nehri üzerinde ise Sarıyar ve Gökçekaya barajları bulunur.