Balkan harbinden sonra, birçok Türk ailesi gibi, kızı Makbule ile birlikte Selanik'ten göç etti ve İstanbul'a gelerek Beşiktaş-Akaretler'de bir eve yerleşti. Milli Mücadele yıllarında Ankara'ya gelen Zübeyde Hanım, 1919'da ayrılmak zorunda kaldığı oğlunu, yıllar sonra Ankara'da yeni cumhuriyetin kurucusu olarak gördü. 14 Ocak 1923'te tedavi amacıyla gittiği İzmir'de 66 yaşında vefat etti.
Ulu önder M. Kemal Atatürk’ün annesi Zübeyde Hanım’ın kabri Karşıyaka İstasyondan Soğukkuyu tarafına giden Zübeyde Hanım Caddesi üzerindeki bir parkta yer almaktadır. Kabir, Ferik Osman Paşa Camii avlusu içindedir. Mezarın mevcut şekli bizzat Atatürk tarafından belirlenmiştir. Mezar anıt şeklinde olup, 1940 yılında İzmir Belediyesi tarafından yaptırılmıştır.