Ali Türkşen 1965 yılında Bursa'nın Mustafakemalpaşa ilçesinde doğdu. 1987 yılında Deniz Harp Okulu'ndan Makine Mühendisliği bölümünden mezun oldu.
1993 yılında gerçekleştirilen Lucky-S uyuşturucu gemisinin 14,5 ton uyuşturucu yüküyle ele geçirilmesinde ve 1996 yılında Türkiye ve Yunanistan'ı savaşın eşiğine getiren Kardak Krizi sırasında SAT Komando Tim Komutanı olarak görev aldı.
Balyoz davasında 16 sene hapis cezası verilen Ali Türkşen, üç buçuk sene Hasdal Cezaevi'ne kaldıktan sonra, Anayasa Mahkemesi'nin “hak ihlali” kararı ile 236 silah arkadaşıyla birlikte 19 Haziran 2014'te tahliye oldu.
2011-14 seneleri arasında toplam 3,5 seneye yaklaşan ve kamuoyunda “Balyoz” olarak bilinen dava kapsamında tutuklu kaldığı Hasdal Askeri Ceza ve Tutukevinde, “Kardak'ta Kahraman, Hasdal'da Esir” ve “1963'ten Günümüze SAT Komandoları ve Anılarım” adlı iki kitap yazdı.
2017 yılında Meral Akşener'in yeni partisi 'İyi Parti'nin kurucu üyeleri arasında yer aldı.