İlker Başbuğ, Türk Ceza Kanunu'nun 312'nci maddesinin 1'inci fıkrasından, (darbe teşebbüsünden) mahkûm oldu.
Başbuğ, Hürriyet'e yazdığı mektupta, "terör örgütü kuran veya yöneten kişileri cezalandıran" TCK'nın 314'üncü maddesinin 1'inci fıkrasından beraat etmediğini hatırlatarak, üzerine atılı "terör örgütü lideri" suçlamasının hâlâ devam ettiğini ileri sürüyor. Bu savını 2 gerekçeye dayandırıyor: "1) Terör örgütü yöneticisi suçlamasıyla açılan kamu davasının düşmesi için, mahkemenin, TCK'nın 314'üncü maddesinden beraat kararı vermesi gerekmekteydi. 2) Terör örgütü yöneticisi ya da üyesi gibi bir yapılanmayla münasebeti olmayan şahıslar Ergenekon davası içinde yer almaz."
Başbuğ, bir Genelkurmay Başkanı'nın terör örgütüyle ilişkilendirilmesinin toplumda yarattığı infialden yararlanmak istiyor gibi. Mahkeme, İlker Başbuğ'u ve birçok komutanı "darbe teşebbüsünden" müebbet hapis cezasına çarptırdı. Bunun yanı sıra, Genelkurmay İstihbarat Daire Başkanı İsmail Hakkı Pekin, Adli Müşavir Hıfzı Çubuklu, Muhabere Elektronik Bilgi Sistemi Başkanı Mehmet Otuzbiroğlu ile kara propaganda sitelerinde aktif rol oynayan birçok Bilgi Destek Şube Müdürünü "terör örgütü üyeliği"nden mahkûm etti. Anlaşılıyor ki, İlker Başbuğ, kara propaganda siteleriyle doğrudan ilişkili görülmedi. İrtica ile Mücadele Eylem Planı'ndan sorumlu tutuldu. Bu yüzden, yukarıda adını verdiğimiz bazı askerler 314/2'den, yani "Ergenekon üyeliğinden" ceza alırken, Dursun Çiçek, Hasan Iğsız, Nusret Taşdeler ve Başbuğ, doğrudan AK Parti hükümetini yıpratmaya yönelik Bilgi Destek Planı ve İrtica ile Mücadele Eylem Planı'yla ilişkilendirildiler. Ve darbe teşebbüsünden cezalandırıldılar.