Mustafa İsen , 3 Aralık 1953 yılında Sakarya Ferizli'de dünyaya geldi. Babasının ismi Rahmi, annesinin ismi Fatma'dır. Erzurum Atatürk Üniversitesinden mezun oldu.
Mustafa İsen, Çeşitli üniversitelerde öğretim üyeliği, yöneticilik ve mütevelli heyet başkanlığı görevlerinde yer aldı. Kültür ve Turizm Bakanlığı Müsteşarı, Cumhurbaşkanlığı Genel Sekreteri, Cumhurbaşkanlığı Başdanışmanı ve YÖK Genel Kurul Üyesi olarak görev aldı. Türk Dünyası Akil Adamlar Meclisinde Türkiye'nin Aksakalı'dır.
İyi derecede İngilizce bilen Mustafa İsen, evli ve üç çocuk babasıdır.