Koç Üniversitesi'den mezun olduktan sonra Paris'te Sorbonne Üniversitesi'nde Fransızca dil eğitimi alan Ece Üner, Brüksel'de Avrupa Birliği konusunda eğitim aldı. Kariyerine Avrupa Birliği muhabiri olarak başlayan Üner, bir süre NTV 'de çalıştıktan sonra 2006'da CNN Türk'ün spor servisine geçti ve haftasonu haberlerini sundu. Daha sonra CNN Türk'te Orkun Yazgan ile birlikte Yeni Gün haber programını sunmaya başladı. Ağustos 2019'da Habertürk, 2010'da Olduğu Gibi tartışma programını, 2011'de Akşam Raporu haber programını sundu. 2012 yılından bu yana Enine Boyuna programının sunuculuğunu üstlenen Üner, 2014'ten itibaren Ece Üner Show TV Ana Haber'i sunmaktadır.