Multifaktöriyel kalıtımlı hastalıklar, genetik faktörler ve çevresel faktörlerin etkileşimi ile ortaya çıkan hastalıklardır. Mendeliyen kalıtım esaslarına uymayan bu hastalıklarda tekrarlama riskleri tek gen hastalıklarına göre düşük olmakla birlikte değişkenlik gösterir. Kesin tekrarlama risklerini hesaplamak zordur. Bu nedenle de multifaktöriyel hastalıklarda ampirik riskler söz konusudur. Multifaktöriyel bir hastalık saptanmış çocuğa sahip çiftlerin yeni gebeliklerinde tekrarlama riski yaklaşık %5 olarak ifade edilir.
Multifaktöriyel hastalıklarda, indeks olgunun 2. derece akrabalarında hastalığın ortaya çıkma riski 1. derece akrabalarından daha düşüktür. Bir ailede hastalığın görüldüğü kişi sayısı arttıkça yeni gebeliklerdeki riskler de yükselmektedir. Multifaktöriyel hastalıklarda hastalığın şiddeti arttıkça tekrarlama riskide artmaktadır. Ayrıca, bazen hastalığın daha az görüldüğü cinsiyetteki kişilerde hastalığın ortaya çıkabilir. Hastalığın, daha fazla duyarlı olmaları nedeniyle bu kişilerin akrabalarında görülme riski hastalığa sahip diğer cinsiyetteki kişilerin akrabalarına göre daha fazladır.
Sık karşılaşılan multifaktöriyel hastalıklardan birisi nöral tüp defektleridir (anensefali, spina bifida, ensefalosel). Nöral tüp defekti, kafatası ve omurilikte değişik derecelerde kapanma defekti ile kendini gösterir. Gebelik döneminde açık nöral tüp defektlerinde amniotik sıvıda alfa fetoprotein seviyesi yükselir.
Nöral tüp defektlerinin saptandığı çocuklara sahip kadınlarda gebelik öncesindeki ve sonrasındaki 2-3 aylık dönemde folik asit tedavisi uygulanmalıdır. Ayrıca gebelik ultrasonografi ile takip edilmeli ve 15-16. haftada maternal kanda ve amniosentez ile amnion sıvısında alfa fetoprotein (AFP) düzeyleri kontrol edilmelidir.