Çırağan'ın bugün Beşiktaş ve Ortaköy arasında bulunan yeri 17. yüzyılda Kazancıoğlu Bahçeleri diye bilinirdi. 18. yüzyılda Beşiktaş kıyılarını süsleyen denize nazır saraylar ve bahçeler 'Lale Devri' diye bilinen 'Çiçek ve Müzik Aşkı' döneminin en öneli simgelerinden sayılmıştır. Bu dönem, bir eğlence olduğu kadar bir kültür parlaklığı devriydi. Dönemin hükümdarı olan III. Ahmet buradaki mülkünü gözde Vezir-i Azam'ı İbrahim Paşa'ya hediye etmiş ve ilk yalıyı İbrahim Paşa yaptırmıştır. İlk yalı Nevşehirli Damat İbrahim Paşa tarafından eşi Fatma Sultan (III.Ahmet'in kızı) için inşa ettirilmiştir. Kendisi burada Çırağan Şenliklerini döenilen meş'ale şenliklerini düzenletmiştir. İşte bu olaylar dolayısıyla bu alan Farsça'da ışık anlamına gelen 'Çırağan' ismiyle anımaya başlanmıştır. Sultan II. Mahmut 1834'te bu alanı yeniden yapılandırma kararı alır. Önce mevcut olan yalıyı yıktırır. Yapının etrafında bulunan okul ve camii ortadan kaldırılır ve mevlevihane yakında bulunan bir yalıya nakledilir. Yeni saray için büyük ölçüde ahşap kullanılır gibi görünmesine rağmen esas bölümün temelinin yapımında tamamen taş kullanılmıştır. 40 adet sütun dikilerek klasik bir görünüm verilmiştir. Sultan Abdülaziz'in kardeşi olan Sultan Abdülmecid 1857'de Sultan II. Mahmut'un yaptırdığı ilk sarayı yıktırmış, batı mimarisi tarzında bir saray yaptırmayı planlamış ancak 1863'te vefat ettiğinden ve parasal sıkıntılar yüzünden Saray yapımı yarım kalmıştır. Sultan Abdülaziz, yeni sarayın inşaatını 1871'de tamamlatmış ancak stil olarak batı değil, doğu mimarisi seçilmiş ve Kuzey Afrika İslam Mimarisi uygulanmıştır.
Sarayın müteahhitliğini Sarkis Balyan ve ortağı Narsisyan Kirkor yapmıştır. Eski Çırağan Sarayı'nın tahta binası yıkılarak yerine yenisinin taştan temelleri konmuş. Sarayın paha biçilmez işlemeli kapılarından bin altın değerinde olan biri Vortik Kemhacıyan'ın elinden çıkmış. Sultan II. Abdülhamit bu kapılardan bir tanesini onları çok beğenen dostu Almanya İmparatoru Kayzer Wilhelm II'ye armağan etmiştir. Dünaynın her yanından nadide mermer, porfir, sedef gibi maddeler getirtilerek sarayın yapımı için kullanılmış. Yalnız sahil inşaasında 400.000 Osamnlı lirası harcanmış. Yapımına 1863'te başlanan Çırağan Sarayı 1871'de bittirilirken 2.5 milyon altın harcanmış. Son kez 1876 yılının Mart ayında buraya gelerek bir süre dinlenen Sultan Abdülaziz halk arasında mevlevihanenin yıktırılarak saray arasasına katılmasını uğursuzluk getireceği gibi dedikodular çıkması üzerine Çırağan Sarayı'nı terk ederek Dolmabahçe Saray'ına yerleşmiştir. Sultan Albdülaziz'in yeğeni olan V. Murat 30 Mayıs 1876'da padişah olmuş, 31 Ağustos 1876'da tahttan aki dengesini yitirdiği için indirilmiş ve bugün Beşiktaş Lisesi olarak kullanılan Harem binasına nakledilmiştir. 29 Ağustos 1904 tarihinde de bu ikametgahında vefat etmiştir. 14 Kasım 1909'da Çırağan Sarayı Parlamento Binası olarak kullanılmaya başlanılmıştır. Bu dönemde sarayda II. Abdülhamid'in büyük sanat koleksiyonundan Rembrant ve Ayvazovsky'nin eserlerine yer verilmiştir.
20 Ocak 1910 yılında Milli Meclis Salonu'nun üst bölümünde ve çatı katındaki kalorifer bacasından çıkan bir yangınla saray 5 saat içerinde yanmıştır. Çok değerli antikalar, II. Abdülhamid'in özel koleksiyonu ve V. Murat'ın kütüphanesi de yanarak kül olmuştur. Birinci Dünya Savaşı sonunda İstanbul'un işgal altında bulunduğu dönem içerisinde ÇIrağan Sarayı harabeleri 'Bizo Kışlası' ismiyle bir Fransız istihkam kıtası tarafından kullanılmuıştır. 1930' Saray'ın bahçesi, Beşiktaş Futbol Kulübü tarafından ulu ağaçları kesilerek futbol sahası hailne getirilmiş ve daha sonradan da Prof. Bonatz ve ünlü Türk Mimarı Prof. Sedat Hakkı Eldem tarafından burası turistik bit otel yapılmak üzere tetkiklerde bulunulmuştur. 1946 yılında Saray'ın bodrum katında bulunan mevlevi dervişlerine ait mezarlar, bir istihkam yüzbaşısının altın aramak için yaptığı kazılarda tahrip edilmiş aynı yıl içerisinde Saray çıkarılan bir kanunala İstanbul Büyükşehir Belediyesi'ne bırakılmıştır. 1987 yılında otel olarak kullanılmak amacıyla Japon Kumagai Gumi ve Türk Yüksek İnşaat tarafından restorasyına başlanmış 1990 yılında otel 1992 yılında ise Saray hizmete açılmıştır. Uzun süren tasarım ve inşaat çalışmaları sonrasında Çırağan Sarayı Oteli 1990 yılında açıldı. Tarihi Saray ise kapılarını 1992 yılında açtı. Bu büyük sarayın görkemli açılışı şanına yakışır bir şekilde oldu. Saray'da bundan sonra yapılan rönovasyon ise 20 Nisan 2006'da bitirildi ve Saray süitleri tamamen yenilendi.
Haliç ve Boğaziçi’nin en güzel yerleri sultanlar ve önemli kişilere saray, köşkleri ve yapıtlar için tahsis edilmişti. Zaman içinde bunların bir çoğu yok olmuştur. Büyük bir saray olan Çırağan’da 1910 yılında yanmıştı. Önceki bir ahşap sarayın yerinde 1871 yılında Sultan Abdülaziz tarafından Saray Mimarı Sarkis Balyan’a yaptırılmıştı. 4 yılda 4 milyon altına mal olan yapının ara bölme ve tavanı ahşap, duvarlarda mermer kaplıydı. Yapımı için Avrupa devletlerinden borç alınmıştır.
Taş işçiliğinin üstün örnekleri sütunları zengin döşenmiş, mekanlar tamamlardı. Odalar nadide halılarla, mobilyalar altın yaldızlar ve sedef kalem işleri ile süslüydü. Boğaziçi’nin diğer sarayları gibi Çırağan’da birçok önemli toplantıya mekan olmuştu. Renkli mermerle süslenmiş cepheleri, abidevi kapıları vardı ve arka sırtlardaki Yıldız Sarayına bir köprü ile bağlanmıştı. Cadde tarafı yüksek duvarlar ile çevriliydi. Yıllar boyu harabe halinde duran kalıntı büyük tamirler sonunda yeniden ihya olmuş, yanına ilave edilen eklentiler ile 5 yıldızlı, güzel bir sahil oteline dönüştürülmüştür. Bahçesinde süs havuzu, iskele ve helikopter pisti bulunmaktadır. Günümüzde birçok sosyal aktiviteye ev sahipliği yapmaktadır.Özellikle İstanbul'a renk ve güzellik katıyor.
Yine birçok basın ve halkla ilişkiler ajansı tarafından hemen her gün bir başka basın toplantısına da ev sahipliği yapan Çırağan Sarayı; kokteyl menüsünün zenginliği ile dikkat çeker.