Roma, Katolik Kilisesi’ne karşı gelenleri yargılamak amacıyla ortaya çıktığı varsayılan Engizisyon’un işkenceleri, sadece dini alanda değil, Kilise otoritesine karşı gelen bilim adamları üzerinde de uygulandı. Engizisyon, Ortaçağ Hristiyan dünyasında din sapkınlarını (heretik, rafizi) veya dini esaslara başkaldıranları, kısmen de din değiştirip Hristiyanlığı kabul ettikten sonra, tekrar eski inançlarına dönmek isteyen Yahudileri (konvertolar) cezalandırmak için kurulmuş bir mahkemedir. ‘Bezdirici, baskıcı soruşturma ve sorgulama’ anlamına gelen Engizisyon sözcüğü, önceleri Fransa’da duyulmaya başlandı. Daha sonraları İtalya, İspanya, Almanya, Bohemya, Macaristan, Slav ve İskandinav ülkelerine kadar yayılan Engizisyon uygulamaları, İngiltere dışında, bütün Katolik ülkeleri kapsadı. Engizisyon özellikle, Avrupa’daki mevcut düzeni sarsmaya başlayan ve Roma Kilisesi tarafından ‘sapkın’ ilan edilmiş Katharlar tarikatına son vermek için kuruldu; 13. Yüzyıl boyunca da bu tarikata karşı mücadele etti.
1184’te Verone Konsili’nde III. Lucius ile imparator I. Friedrich Barbarossa’nın sapkınlara karşı daha ciddi yaptırımlar uygulanması konusunda anlaşmaya varmalarından sonra, 4 Kasım’da ilan edilen bir kararnameyle, Engizisyon kurumunun temelleri atıldı. Bu kararname ile, her piskoposa kendi gölgesindeki sapkınları araştırmak ve sorgulamak yetkisi veriliyordu. Verona’da alınan kararlara göre, bu mezhep taraftarları aşağılanarak teşhir edilecek ve görevlerinden de uzaklaştırılacaklardı. Mallarına da el konulacak,; sürgün, evden uzaklaştırma ve vatandaşlıktan çıkarılma gibi çeşitli cezalar verilecekti. Baron ve kontlarla sivil yöneticiler de bu konuda piskoposlara yardımcı olacaklardı. Engizisyon Mahkemesi resmen Papa IX. Gregorius (1227-1241) zamanında, 1231’de kurulmuş olsa da Papa III. İnnocentius (1198-1216) döneminde de Katolik inanca karşı çıkanlar hakkında soruşturmalar yapılıyor ve bu kişiler ölümle cezalandırılıyorlardı. Bu dönemde, özellikle Yahudilere uygulanan baskılar arttı. Papa, Yahudilerin aşırı faiz ve kar yoluyla büyük servet edindiklerini, Roma Kilisesi’ne vergi vermediklerini ve Hristiyanları aşağıladıklarını ileri sürerek, IV. Lateran Konsili’nde Yahudiler aleyhine kararlar çıkardı. Yine bu dönemde, Güney Fransa’daki Languedoc’ta Hristiyanlıktan uzaklaştıkları iddiasıyla, Albililere karşı 1209’da ‘Haçlı Seferi’ ilan edildi. Yirmi yıl süren bu dönem boyunca, çok sayıda Kathar tarikatı mensubu yakıldı; bölge halkı katliamlara uğradı. Kasım 1220’de Almanya’da tahta çıkan, merkezi İtalya’nın büyük kısmını ve Sicilya’yı da elinde bulunduran İmparator II. Friedrich, Hristiyanlıktan uzaklaşmayı devlete ihanetle bir tutarak, Lombardia’da suçlu bulduğu bazı kimseleri yaktırdı; bazılarının da dillerini kestirdi.
Friedrich, bütün çabalara rağmen bir türlü ortadan kaldırılamayan ve artık sürekli bir ‘tehlike’ haline gelen Katharlar meselesiyle, doğrudan Papalık tarafından ilgilenilmesi gerektiğini düşünüyordu… Çünkü Güney Fransa, kaynakları zengin bölgelerin başında geliyordu. Böylece 1229’da Toulouse’da toplanan bir konsilde, sapkınları araştırmak ve cezalandırmak için özel bir mahkeme kurulmasına karar verildi. Buna göre, her ruhani çevrede bir rahip ve 2-3 sivilden oluşan bir komisyon kurulacak, bu komisyon sapkınları araştıracak, tespit ettikleri bu tür kişileri piskoposa ve bölgedeki senyöre bildirecekti. Papa IX. Gregorius, Şubat 1231’de sapkınlara karşı bir mahkeme kurulduğunu ilan etti. Aynı ay, Roma senatörü Annibeldo, bazı Kathar tarikatı mensuplarının ilk dava soruşturmalarını yaptı. İlk olarak burada, Latince ‘inquisitor’ kelimesi ‘engizisyoncu’ anlamında kullanıldı. Senatör, burada sapkınların tüm mallarına el konulacağını, evlerinin de yıkılacağını, bunları ihbar etmeyenlerin para cezasına çarptırılacaklarını, bu cezayı ödemeyenlerin de sürgüne gönderileceklerini ilan etti. Nisan 1233’te elçilerini tüm Fransa’daki sapkınları takibata almakla görevlendiren Papa, 21 Ağustos 1235’te Languedoc dışında, krallığın genel engizisyoncusu olarak tanındı. Bu mahkemenin yargılama usulleri çok sertti. Suçlanan kişinin kendisini savunma imkanları sınırlı olduğu gibi, suçlayan tarafı öğrenmesine de izin verilmezdi. Bu mahkemede, normalde şahitliği kabul edilmeyen hırsızlar, yalan yere yemin edenler ve aforoz edilmiş olanların da tanık olarak kabul görmesi ilginçtir… Mahkumiyet için iki şahit yetiyordu ve suçlu şahitlerle hiç karşılaştırılmıyordu. Engizisyon mahkemesi suçlu bulduğu kimselere, duruma göre; mallarına el koyma, aforoz, hapis, kürek cezası, ayin anında kırbaçlama, idam gibi cezalar verirdi. Ama en korkunç ceza yanan odun yığınları üstünde diri diri ateşe atılmaktı. Hafif şüpheli sanıklar, Haçlı seferine katılarak canlarını kurtarabiliyorlardı. Ağır bir suçlama söz konusu ise, yargılanan kişinin pişmanlık ifadesi vermesi halinde, ömür boyu hapisle yetinilirdi. Ancak pişmanlık duyduğunu belirtmeyen sanığa verilen ceza ateşte yakılma olurdu…
Engizisyoncu, ‘sapkın’ olduğu belirlenen ve suçunu da ısrarla inkar eden bir kimseyi itirafa yöneltmek için ona baskı uygulanırdı. Örneğin suçlu zincire vurulur, uzun süre aç bırakılır ya da uzun süre uyutulurdu. Dikkat çekici bir nokta da, sapkınlıkla suçlanan kişinin ölü olsa bile, yargıdan kurtulamadığıydı: Mezardan çıkarılan ölü, suçlu bulunursa cesedi yakılır, bıraktığı mirasa da el konulurdu; üstelik bu kimsenin hayatta olan yakınları da, aforoz edilerek ömür boyu hapis cezasına çarptırılırlardı. Ölüler dahi sapkınlık sebebiyle yargılanabiliyor; mezarlarından çıkarılan kemikleri sokaklarda sürükleniyordu. Engizisyon, 14. Yüzyılda Fransa’da Kral IV. Philippe tarafından Templier tarikatına karşı etkili bir araç olarak kullanıldı. Ekim 1307’de Fransa’daki tarikat mensupları dini sapkınlık suçlamasıyla tutuklanarak Engizisyon mahkemesinde yargılandılar. Bu tutukluların çoğu baskı ve işkence altında suçlarını kabul ederek itirafta bulundular. Bu sorgulamalar sırasında, 34 tarikat üyesi işkence altında öldü. Tarikatlarını savunmak için daha sonra itiraflarını geri almış olan 54 Templier Şövalyesi de, yalan yere yemin etmek ve sapkınlığa geri dönmekten suçlu bulundukları için, yakılarak öldürüldüler. İtiraflarını doğrulayıp pişmanlıklarını dile getirenler bağışlandılar. Tarikatın son büyük üstadı Jacques de Molay’ın cezası ise, kazığa bağlanarak yakılmak oldu (1314).
Engizisyon, en yoğun bir biçimde ve en uzun süre, etkinliğini İspanya’da gösterdi. 1478’de yeniden kurulan ve doğrudan krala bağlanan İspanyol Engizisyonu, Hristiyanlıktan uzaklaşanları, Hristiyanlaştırıldıktan sonra tekrar eski dinlerine dönmek isteyen Yahudileri ve Müslümanları hedef aldı.