Daimon Kaito puzzle çözmekte dahi olan bir lise öğrencisidir. Birgün okul öğrenci konseyi başkanı Kaito’ya dijital bir puzzle aleti verir. Aletteki bütün puzzle’ları çözen Kaito Minotaur adlı kişi tarafından Sage Puzzle’a davet edilir.Sage Puzzle, POG adında gizemli bir grup tarafından yapılmıştır ve çözülememesinin sonucu ölümdür.Kaito daveti kabul eder ve ilk puzzle’ı çözer ve düşünme gücü %100 olur ve macera başlar!