Ağaçların kesilme ya da taşınma işlemi 2012'de başlayan restorasyon öncesinde kurul kararı ile yapıldı. Gerekçe ise ağaçların caminin temeline zarar vermesi ve yapının havalandırmasını engellemesi.
O dönem Fatih Belediye Başkanı Mustafa Demir konuyla ilgili şunları söylemişti: "Medreselerde restorasyon çalışmaları sürerken, yaklaşık 35 bin metrekarelik alan için de proje hazırladık. Bu proje için Anıtlar Kurulu’ndan izin alındı. Burada bulunan 3-5 yaşlarındaki niteliksiz ağaçlar işaretlenerek yerlerinden söküldü. Bu ağaçlar başka alanlarda değerlendirilecek ya da proje tamamlandığında belki de söküldükleri yere dikilecekler."