Tarihçiler Merzifonlu’nun hataları olarak şunları gösterirler:
a. Şehrin zorla alınma ihtimali varken, yağma olmaması ve Viyana’nın tahrip edilmemesi için kuşatmayı ağırdan alması.
b. Jan Sobiesky Viyana’nın imdadına yetiştiğinde, ona karşı koymak için askerin önemli bir kısmını siperlerden çıkarmaması ve kuşatmayı bozmamak için düşmana az bir kuvvet ile karşı koyması.
c. Viyana’ya yardıma gelen orduyu küçümsemesi.
d. Büyük topların getirilmemesi.
e. Düşman ordusunun ateşli silahların kullanımında nicelik ve nitelik bakımından Osmanlılardan üstün olması