Kontluğun yıkılmasından sonra Urfa topraklarında bir Türk hanedanı Begtiginler 1144-1233 yılları arasında hüküm sürmüştür. Urfa daha sonra Türk Memlük hakimiyetine girmiştir. Urfa ve etrafının kesin olarak Osmanlılara geçmesi, 1516 yılındadır. Yavuz Sultan Selim, Mısır seferine başlamış bu sürede Urfa’yı topraklarına katmıştır. Osmanlı zamanında Urfa, Osmanlı idaresinde Rakka Beylerbeyliği denilen eyaletin merkezi olmuştur. Bu devirde Ruha denilen şehir zamanla Urfa olarak anılmıştır.