Köprüde iki şeridin kapalı olmasından kaynaklanan yoğunluk, kazayla birleşince araç yoğunluğu Ataşehir'e kadar uzadı. TEM ve D-100 ayrımında trafiği gören sürücülerin Boğaziçi Köprüsü'ne ve Harem'deki arabalı vapura yönelmesi kısa sürede bu noktaların da yoğunlaşmasına neden oldu. Boğaziçi Köprüsü'nde yoğunluk Acıbadem sapağına, Harem'deki araç yoğunluğu ise araç yığılma alanına rağmen Selimiye Kışlası önüne kadar uzadı. Ancak sıkışıklık Avrupa'dan Anadolu'ya geçişi de kötü etkiledi. Avrupa yakasında köprü trafiği Boğaziçi'ye gidişte Okmeydanı sapağına kadar, Fatih'te ise Kağıthane sapağına kadar durma noktasına getirdi.
Karayolları 17. Bölge Müdürlüğü, 20 Haziran 2009 Cumartesi gecesi Fatih Sultan Mehmet Köprüsü'nde 40 gün sürecek olan "Genleşme derzlerinin değiştirilmesi çalışması" başlattı. Okulların kapanması, tatilcilerin kenti terk etmesi gitmesi nedeniyle trafikte rahat günler geçirmeyi bekleyen İstanbullular için 'trafik işkencesi' de böylece başlamış oldu. Çalışma nedeniyle köprünün Anadolu yakasından Avrupa yakasına geçiş yönündeki iki şerit trafiğe kapatılınca, ilk andan itibaren uzun konvoylar oluşmaya başladı.