Öncelikle şunu netleştirelim; Javascript bir dildir. Node.js'te buna bağlı bir kütüphanedir.
Javascript esas itibariyle sunucu tarafında çalışmıyor, veritabanı işlemleri vs. gibi özellikleri yok haliyle. Bu noktada devreye sonradan ortaya çıkan kütüphaneler giriyor. Node.js'te bunlardan bir tanesi.
Ne gerek var sorusuna gelirsek, Javascript anne, node.js yavrusu. Her biri zaten aynı şey node.js kullandığında zaten javascript kullanmış oluyorsun.
Umarım açıklayıcı olmuştur