Bhutan tarihinin ilk dönemleri konusunda yeterli bilgi bulunmamaktadır. Ancak 7. yüzyılda Budizm’in benimsendiği bilinmektedir. 1630’larda Tibetli mülteci Drukpa Lama kendisini ilk Dharm Raca olarak ilan etmiştir. 19. yüzyılda ise dinsel yetkileri elinde tutan Dharm Raca ile dünya işleriyle ilgili yetkileri elinde tutan Deb Raca, güçlü Tangsa ve Paro valileri arasındaki mücadelenin aracı durumuna geldiler.
17.-18. yüzyıllarda sık sık Tibetlilerin saldırısına uğrayan Bhutan, bu saldırılara karşı koyarak iç özerkliğini korumayı başarmıştır. İngilizler, Bhutan’a 1772-1773’te ve 1865’te saldırdılar. 1907’de İngilizlerin onayıyla Tongsa Valisi Ugyen Dorji Vangçuk, bir monarşi kurdu. 1910’da iki ülke arasında imzalanan antlaşmayla Bhutan’a tümüyle iç özerklik verildiyse de, dış işlerinde Büyük Britanya’ ya danışma zorunluğu getirildi. 1949′da yapılan bir antlaşmayla denetim yetkisi Hindistan’a geçti. Çin Halk Cumhuriyeti’nin 1950’de ülkeyi işgal etmesi ve 1958’de toprak istemlerinde bulunması, Bhutan’ı, Hindistan’a yaklaştırdı. 1950-1970 yılları arasında Hindistan ile sıcak ilişkiler korundu. Bhutan’ın ilk mihracesi (Druk Gyalpo “Drukpaların Kralı”) Ugyen Dorji Wangçuk, günümüzde süregelen hanedanı 1907’de kurmuştu. Wangçuk’un yerini 1927’de oğlu Jigme Wangçuk, 1952’de de torunu Jigme Dorji Wangçuk aldı. 1969’dan başlayarak, yönetimde meşruti monarşiye geçildi. Ardından 2008 yılında parlamenter monarşi düzenine geçildi ve kral elindeki yetkileri devretti.