Başbakanlık Kupası, ilk kez 1944 yılında oynanmaya başlanmıştır. 5 yıl devam eden kupa, Türkiye Futbol Birincisi ile Millî Küme Şampiyonu arasında oynanmıştır. 1950 yılında Millî Küme'nin son bulması ile Başbakanlık Kupası da 1966 yılına kadar yapılmamıştır.
1966 yılında Türkiye Futbol Federasyonu uygulamayı yeniden başlatmıştır. İkinci Lig Şampiyonu ile Amatör Şampiyon arasında oynanmıştır. Bu format 1970'e kadar devam ettirilip 1971 yılında kupa yine yeni bir sistemle oynatılmıştır. Bu kez 1. Lig ikincisi ve Türkiye Kupası ikincisi arasında final oynanır. Bu arada kupa maçlarına 1982, 1983, 1984 yıllarında ara verilmiştir.
Son kez 14 Mayıs 1998 tarihinde Fenerbahçe'nin bu kupayı kazanmasından sonra Başbakanlık Kupası tekrar kaldırılmıştır.