Hz. Peygamber'den gelen adını ve Ebü'l-Kāsım künyesini baba bir ablası olan Hz. Âişe vermiştir (İbn Abdülber, III, 1366). Esmâ önce Ca'fer b. Ebû Tâlib'le, onun şehid düşmesinin ardından Hz. Ebû Bekir'le, onun vefatından sonra da Ca'fer'in kardeşi Hz. Ali ile evlendi. Annesinin Hâşimîler'e iki defa gelin gitmesi ve üç yaşında iken yetim kalarak Hz. Ali'nin terbiyesiyle büyümesi onun Hâşimîler'e ve özellikle Hz. Ali'ye bağlılığında önemli rol oynamıştır.
Muhammed b. Ebû Bekir'in adı kaynaklarda ilk defa, Hz. Osman'a karşı onun himayesinde yetişen Muhammed b. Ebû Huzeyfe ile birlikte Mısır'da yürüttüğü faaliyetler münasebetiyle geçer (Taberî, IV, 457-458). Hz. Osman'ın yönetimine duyulan genel hoşnutsuzluk sebebiyle Medine'ye gelen bir grup Mısırlı, Hz. Ali'nin de aracılığı ile Muhammed'in eyalete vali tayin edilmesini sağladı. Ancak Muhammed ve Mısırlılar yolda halife tarafından eski vali Abdullah b. Sa'd b. Ebû Serh'e hitaben yazılmış, kendilerinin cezalandırılmasını isteyen bir mektup ele geçirince geri döndüler ve diğer muhaliflerle birlikte görevinden ayrılması için halifenin evini kuşattılar; bekledikleri gerçekleşmeyince de saldırıya geçtiler. İçeriye ilk önce Muhammed girdi ve Hz. Osman'a hakarette bulundu. Fakat onun, "Baban Ebû Bekir sağ olsaydı senin bu davranışından memnun kalmazdı" demesi üzerine yanından ayrıldı (İbn Sa'd, III, 73); daha sonra da halife şehid edildi. Muhammed âsileri halifeye karşı kışkırtanlar arasında yer almakla birlikte bizzat onun katillerinden biri olmamıştır (İbn Abdülber, III, 1367). Hz. Âişe'nin Mekke'de oluşturduğu muhalif gruba katılmayan Muhammed, Kûfe'ye giderek halkı ona karşı Hz. Ali'nin yanında savaşmaya çağırdı (Taberî, IV, 485). Cemel Vak'ası'nda da Hz. Ali'nin ordusunda çarpıştı ve Kûfeliler'in galibiyetiyle sonuçlanan savaşın ardından esirler arasında bulunan Hz. Âişe'yi halifenin emriyle Basra'ya götürdü.
Mısır valiliğine tayin edilmiş olmasına rağmen makamına oturamayan Muhammed b. Ebû Bekir, Hz. Ali'nin ilk Mısır valisi Kays b. Sa'd'ın geri çağrılmasından sonra tekrar Mısır valiliğine getirildi (a.g.e., IV, 555). Görev mahalline ulaşınca bir yandan Muâviye b. Ebû Süfyân'a tehdit ve hakaret dolu mektuplar gönderirken (a.g.e., IV, 557) bir yandan da eyaletteki Hz. Osman taraftarlarına çok sert davranarak kısa sürede düşmanlıklarını kazandı.
Muhammed b. Ebû Bekir'in de katıldığı Sıffîn Savaşı sonrasında gerçekleşen tahkimde istediği neticeyi alan ve kendisini halife ilân eden Muâviye'nin ilk hedefi Mısır'ı ele geçirmek oldu. Muâviye'nin niyetini öğrenen Muhammed halifeden yardım talebinde bulundu. Hz. Ali ise onun tecrübesizliği sebebiyle Şamlılar'la baş edemeyeceğini düşünerek valiliğe Mâlik el-Eşter'i tayin etti; Muhammed'e de bir mektup yazıp gönlünü yapmaya çalıştı (a.g.e., V, 97). Eşter'in Mısır valiliğine getirildiğini haber alan Muâviye onu daha yolculuğu sırasında zehirletti. Bunun üzerine Hz. Ali, henüz görevini bırakmamış olan Muhammed'e bir mektup göndererek valiliğini sürdürmesini ve Şamlılar'la savaşa hazırlanmasını emretti. 6000 kişilik ordusuyla Mısır'a doğru yola çıkan Amr b. Âs'a eyalette bulunan Hz. Osman taraftarları da katıldı. Amr askerî harekâta girişmeden önce Muhammed'e şehri terketmesini, aksi takdirde öldürüleceğini bildirdi. Muhammed ise tekrar halifeden yardım istedi. Hz. Ali verdiği cevapta ona yardım yollayacağını bildirdi ve askerin başına Kinâne b. Bişr'i geçirmesi tavsiyesinde bulundu. Muhammed, Kinâne b. Bişr'i 2000 kişilik bir kuvvetle Amr b. Âs'a karşı gönderdi. Ancak askerlerin tamamı kumandanlarıyla birlikte kılıçtan geçirildi; durumu öğrenen Mısırlılar valinin etrafından dağıldılar. Muhammed b. Ebû Bekir, Fustat'tan kaçtıysa da Amr'ın kumandanlarından Muâviye b. Hudeyc onu bir mağarada yakaladı ve öldürdükten sonra cesedini yaktırdı. Halifenin yolladığı yaklaşık 2000 kişilik kuvvet de Mısır'a hareketinden beş gün sonra Muhammed'in öldürüldüğü haberini alınca geri döndü. Safer 38'de (Temmuz 658) meydana gelen bu olay Hz. Ali'yi derinden etkilemiş, Hz. Âişe de kardeşine yapılan muameleden dolayı çok üzülmüştür. Muhammed b. Ebû Bekir babasından hac menâsikiyle ilgili bir hadis rivayet etmiştir (İbn Mâce, "Menâsik", 12).
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ