Yönetmelikle, başkanlığın teşkilat yapısındaki sıralı amirler listesinde değişiklik yapılırken, bu liste "Sayıştay Başkanı ve sırasıyla başkan yardımcısı, bölüm başkanı, birim başkanı ile birim amiri" olarak belirlendi. Daha önce sıralı amirler arasında yer alan başsavcıya ise yer verilmedi.
Düzenlemeye göre, birim başkanlıkları ve birim amirliklerinin hangi sıralı amire bağlanacağı Sayıştay Başkanı tarafından belirleniyor.