Moğollar 1230 yılında büyük bir imparatorluk kurarak Anadolu'ya kadar geldi. Anadolu sınırlarında bulunan komutanlarından biri de Baycu Noyan oldu.
Baycu Noyan, savaşçılarıyla ünlü olan Besud kabilesinde doğdu. Cengiz Han'ın büyük komutanlarında Jebe'nin de yeğeni de olan Baycu Noyan ilk zamanlarda Cormagon Noyan'ın himayesinde Kafkasya bölgesinde görevler aldı.
Burada kendini gösteren Baycu Noyan, 1241'de Cormagon Noyan'ın hastalanarak ölmesiyle Mugan'da bulunan Moğol birliklerinin başına atandı.
Anadolu'da isyanlar nedeniyle zayıflamasını fırsata çevirmek isteyen Baycu Noran 1242 senesinde Erzurum'a girdi. Burada büyük katliamlara imza atan Noyan, Ermeni ve Gürcüler de bulunan ordusuyla şehri de tarumar etti. Baycu Noyan, burayı yakıp yıktıktan sonra ordusunu da alarak Mugan'a döndü.
1243 yılında Kösedağ'da 2. Gıyaseddin Keyhüsrev komutasındaki Selçuklu ordusuyla savaştı. Bu savaş tarihe Kösedağ Savaşı olarak geçti. Galibiyetin ardından Selçuklu ordusunu yenilgiye uğratarak Sivas'ı ele geçirdi ve kenti tümüyle yakıp yıktı. Buradan ayrılarak Kayseri ve Erzincan'ı da yağmalayan Baycu Noyan, Azerbaycan'a döndü. Kösedağ Savaşı'yla Anadolu Selçuklu Devleti büyük yıkıma uğradı.
Çin'den Anadolu'ya büyük bir alana hakim olan Moğol Devleti, ulaşım ve yönetim güçlüğü nedeniyle İran ve İslam toprakları daha sonra İlhanlılar olarak anılacak Hülagü'ye bırakıldı. Bu bölgeyi devralan Hülagü ordusunu da toplayarak İslam topraklarını ele geçirmek için harekete geçti.
Bu dönemde bir komutan tarafında görevden alınan Baycu Noyan, o komutanın ölmesiyle tekrar görevine geri döndü. Noyan, İran birliklerinin başına getirildi. Bu görevi alan Baycu Noyan, öncü birlik olarak tekrar Anadolu'ya hareket etti.
1245'te Diyarbakır, Ahlat ve Aksaray bölgelerini ele geçiren Noyan, ordusuyla Anadolu Selçuklu Devleti'nin başkenti olan Konya'ya yürüdü.
Baycu Noyan 1256 yılında Konya'yı kuşatır. Halk tedirgin bir şekilde beklerken şehirde kalan tek Selçuklu komutanı Nizamettin Ali, Cuma hutbesinde kurtuluş için bir öneride bulunur. Halkın bütün mallarını Moğollara vererek kurtulabileceklerini söylemesiyle halk bu öneriye uyar. Halk bütün hazine ve mallarını Baycu Noyan'a vermesi için Nizamettin Ali'ye verir. Selçuklu komutanı da Baycu Noyan'a gider ve bu toplanan altın ve hazineleri vererek şehre dokunmamasını ister. Ancak Baycu Noyan, Batuhan'a Konya'yı yakıp yıkacağına dair söz vermesi nedeniyle şehri yıkacağını söyler. Nizamettin Ali ise Konya'nın surlarını yıkarak bu sözünü yerine getirmiş olacağını söyler. Baycu Noyan da bu teklifi kabul eder ve Konya'nın dış surlarını yıkar ardından şehre dokunmadan geri döner.
Hz. Mevlana'nın kaynaklarından olan Eflaki'nin rivayetine göre Baycu Noyan Konya'yı kuşattığı zaman ilginç bir hadise meydana gelir. Moğollardan korkan halk, Hz. Mevlana Celaleddin-i Rumi'nin yanına gelir. Kuşluk vakti evinden çıkarak halkı arkasına alan Hz Mevlana, Moğolların kuşattığı şehrin surlarına çıkmış ve yüksek bir alanda namaza durmuş, ilk etapta bu maneviyatı yüksek veliyi gören Moğol askerleri korkmuş ve panik içinde ok atmaya çalışmışlar, ancak bırakın ok atmayı okun yaylarını bile gerip atamamış ve oldukları gibi kalmışlar, bunun üzerine Baycu Noyan'a haber gönderilerek askerlerin öylece kala kaldıkları söylenmiştir. Baycu Noyan aldığı haber üzerine sinirlenerek okunu istemiş, okunu Hazreti Mevlana' ya doğrultarak atmış, ancak attığı oklar her seferinde geri dönmüş, attığı üçüncü okun sonunda ayakları kitlenmiş ve ok atmaktan vazgeçmiştir. Daha sonradan askerlerine dönüp "Bu şehri kuşatmaktan iyi ki vazgeçmişim, her şehirde böyle bir adam olsa hiçbir şehri alamazdık, bu adamın gazabından korkalım" dediği rivayet edilir.
Konya kuşatmasının ardından Elbistan'ı ele geçirdi. Buradan İran ve Bağdat seferlerine katıldı.
Baycu Noyan'ın nasıl öldüğüne dair kesin bir bilgi olmasa da iddiaya göre, Halife Mustasım Billah ile gizlice yazışarak Moğollara ihanet ettiğini öğrenen Hülagü tarafından 1260 yılında öldürüldü.
Çoğu tarihçiye göre Baycu Noyan, İlhanlılar devletinin kurulmasını sağlayan komutan olmuştur.
Baycu Noyan'ın tarihte Ertuğrul Gazi ile karşılaştığı ise bilinmemektedir.