Batı takvimine göre tarih 2220’yi göstermektedir. Dünya Federasyonu güneş sistemine doğru ilerlemekte olan bir kara delik yüzünden gezegeni boşaltma kararı almıştır. Ancak ilk tahliye filosuna kimliği belirsiz bir düşman tarafından hasar verilir. Dünya Federasyonu yeniden restore edilmiş efsane savaş gemisi Yamato’yu sefere gönderme kararı alır. Kaptan olarak ise Yamato’ya hiç de yabancı olmayan ve aldığı görevleri başarı ile yerine getiren kaptan Susumu Kodai atanır. Yeniden doğuş filmi, son hikâyeden 17 yıl ve ilk hikâyeden de 21 yıl sonrasını anlatmaktadır.