Kaya oyma yerleşim yerlerindeki mağara yaşamının ne zaman başladığı bilinmiyor. Hitit, Asur medeniyetinin, özellikle 9. ve 13 yüzyıllarda Hristiyanların en önemli yerleşim ve dini merkezlerinden biri olan bölge, tarihte rahiplere ilk dini seminerlerin de verildiği yer olarak biliniyor.
Zelve Vadisi'nin en önemli özelliği kubbe şeklinde bir kaya kütlesi içine oyulmuş manastır kompleksidir. Ayrıca Kutsal Haç Kilisesi önemli dini merkezlerdendir. Vadideki köy meydanında Selçuklu tarzı minaresi olan bir köy cami bulunuyor.
1952 yılına kadar iskan edilmiş olan Zelve Vadideki erozyonun tehlike arz etmesi sonucu terk edilmiştir. Bugün Açıkhava Müzesi olarak ziyarete açık.