Anayasaya uyum düzenlemesi olan tasarıdaki hükümler, zaten bir süre önce fiilen uygulanmaya başlanmıştı. AKP ve DYP sözcüleri ise tasarıda, Başbakan'dan sonra Genelkurmay Başkanı'nın yazılmasından rahatsız olduklarını, başbakan yardımcılarının öne alınmasını istediler. Hiçbir değişiklik yapılmadan kabul edilen tasarıya göre, Adalet Bakanı MGK'nın asıl üyesi yapılırken, başbakan yardımcılarına da oy hakkı getirildi. Tasarıya göre, MGK, tespit ettiği görüş, tedbir ve esaslar ile tavsiye kararlarını Bakanlar Kurulu'na bildirecek ve yasalarla verilen diğer görevlerini yerine getirecek.