1814'te babası Mirza Mehemmedtağı ve annesi Nane Hanımla Tebriz yakınlarındaki Hamene kasabasına göçtü. 1825'te annesi ile Nuha'ya döndü. Burada annesinin amcası Ahund Hacı Alesker Fetali'yi evlatlığa kabul ederek onun talim ve terbiyesi ile kendisi meşgul olur.
1832'de Gence medresesinde, 1833'te Nuha Rus okulunda tahsil alır. 1834 yılından Tiflis'te Kafkas başkomutanlığında Şark dilleri tercümanı görevine atanır ve ömrünün sonuna kadar bu görevde çalışır.
Sanat hayatına "Sebuhi" takma adı ile yazdığı şiirlerle başladı.
1850-1855 yıllan arasında "Hekayeti-Molla İbrahimhelil Kimyager" (1850), "Hekayeti-Müsyö Jordan Hekimi-Nebatat ve Derviş Mesteli Şah Cadügüni-Meşhur" (1850), "Sergüzeşti-Veziri-Hani-Lenkeran" (1850), "Hekayeti-Xırs Quldurbasan" (1851), " Sergüzeşti-Merdi Hesis" (ikinci adı "Hacı Kara",1852), "Mürafie Vekillerinin Hekayeti" (1855) adındaki 6 komedisini yazdı ve Azerbaycan'da ve İslam dünyasında modern dramatürjinin temelini attı ve bir Türk dilinde tiyatroyu ilk yazan kişi oldu.
Yazarın dram yaratıcılığı; Kafkasya, Orta Asya ve Yakın Doğu ülkelerinin edebiyatları için de bir örnek teşkil etti. İlk Osmanlı ve İran tiyatro eserleri Ahundov'un komedilerinden sonra ortaya çıktı. Nihayet, bu komediler Azerbaycan Devlet Akademik Millî Dram Tiyatrosu'nun teşekkülü, Azeri halkı arasında çağdaş tiyatro sanatının yayılması için edebî malzeme rolünü oynadı.
1857'de tamamladığı "Aklanmış Kevakib" (ikinci adı “Hekayeti-YusifŞah”) eseri ile modern Azerbaycan edebiyatının kurucusu oldu.
Komedileri ve "Aldanmış Kevakib" adlı eseri 1859 yılında "Temsilat" adı ile Tiflis'te basıldı ve kısa süre içinde Ahundov'a büyük şöhret kazandırdı.
1857'den önce Arap alfabesinin sadeleştirilmesi ve daha sonra ise Arap alfabesinden tamamen vazgeçerek Türk dilleri için Latin alfabesi kullanılması fikrini ileri sürerek birkaç projesi hazırladı ve hayatının son yıllarına kadar onu meşgul eden bu projeler başta Osmanlı Devleti olmak üzere, hiçbir yerden destek görmedi.
1863 yılında İstanbul'a gitti ve buradaki Rus elçisinin vasıtasıyla Sadarzam Fuat Paşa'ya Farsça yazdığı kitabını, Azerbaycanca kaleme aldığı “Yusif şahın hekayeti” ile birlikte takdim etti. Türkiye de ona “Mecidiye” nişanı ve birtakım hediyeler veriidi. Bu dönemlerde Arap alfabesinden Latin alfabesine geçiş teşebbüsleri başlatsa da, yaşamı sırasında bu mümkün olmamıştır.
1873'te Rus ordusunda albay rütbesi alan Ahundov, Azerbaycan millî tiyatrosunun tarihi ve onun dram eserlerinin tiyatro tarihi ile başladı. 1873′te “Hacı Kara” komedisi manevî şakirtleri olarak adlandırılabilecek Hasanbey Zerdabi, Necefbey Vezirov ve Esgerağa Gorani tarafından Bakü'de gösterildi. Bu, aynı zamanda Azerbaycan millî tiyatrosunun doğuş günü sayılmaktadır.
10 Mart 1878'de Tiflis'te vefat etti ve burada Müslüman mezarlığında defnedildi.