Sophie, Nazi kamplarından kurtulmuş ve Nathan’ın varlığı ile yaşamak için bir neden bulabilmiş bir kadındır. Onun 1947’de geçen hikayesi, genç yazar Stingo’nun ağzından anlatılıyor. Stingo, bu ikili arasındaki inişli çıkışlı ve zorlu aşkın şahidi konumundadır. Sophie devamlı kabuslar ve huzursuzluk veren hayaller görürken, Nathan da soykırım takıntısı yüzünden şizofreniye varan şiddetli krizler ile baş etmeye çalışmaktadır. Stingo, kadının koluna damgalanmış numarayı görünce yaşadıklarını öğrenmek ister. Sophie deneyimlediklerini paylaştıkça, ilişki içindeki sorunların kaynağı da yavaş yavaş aydınlanmaya başlar: Sophie, kampta Naziler tarafından hayatı boyunca kendisinde derin yaralar bırakacak bir karar almaya zorlanmıştır. İkinci Dünya Savaşı’nı Yahudi kampları ve bir annenin çaresizliği üzerinden anlatan Sophie’nin Seçimi, savaş sonrası oluşan ruhsal etkilere de ışık tutuyor.