Klinik pilates, hamile olan kadınlar tarafından da yapılabilmektedir. Doğru nefes alma tekniklerinin öğretilmesi ve kasların esnemesine yardımcı olması sayesinde gebeliğin daha kolay geçmesini sağladığı bilinmektedir. Ayrıca klinik pilates, doğum sırasında da anne ve bebeğe kolaylık sağlamaktadır. Ancak hamile olan kadınların, egzersizlere başlamadan önce mutlaka kadın doğum uzmanlarına danışması gerekmektedir. Riskli olan gebeliklerde klinik pilates yapılması önerilmemektedir.