1966 yılında Adalıspor, Hürriyet gençlik ve Coşkunspor birleşme kararı alıp Akınspor’a katıldı. Bu amatör klüplerin birleşmesiyle Akınspor isimini değiştirerek Malatyaspor adını aldı. Klüp sarı- kırımızı olan formasını yalnızca bir sezon sarı- siyah olarak değiştirse de daha sonra eski formalara dönüldü ve bir daha hiç değiştirmedi. 1967- 1968 sezonlarında ikinci ligden başlayan klüp bir sezon 3.lige düştü. 19968 sezonundan 1973 sezonuna kadar 3. Ligde yeşil sahalardaydı. 1983- 1984 sezonunda yenilmeyerek birinci lige çıkmayı hak kazandı. 2004 yılında UEFA Kupasında oynamayı hak kazanan takım deplasmanda İsviçre takımını yenmesine karşın deplasman golü kuralı nedeniyle elendi.
2005- 2006 sezonunda birinci ligden düşerek ikinci ligin ilk grubunda yer aldı. Ancak 2008- 2009 sezonlarında ikinci ligin alt kümesine düştü. Borçları nedeniyle takımın ihtiyacı olan futbolcuları transfer edemedi ve takımdaki önemli oyuncuları kaybetmeye başladı. 2009- 2010 sezonunda üçüncü lige düştü. 2010- 2011 sezonunda bölgesel amatör lige kadar düşüş yaşadı. 2012- 2013 sezonu öncesinde ismi Yeni Malatyaspor olarak değiştirildi. Malatya 1. Amatör liginde 2013 sezonundan beri mücadele vermektedir. Türkiye liglerinde hiç şampiyon olamasa da bir kez 3.lük bir kez de 5.lik elde etmiştir. Bölgesinde UEFA Kupasına ve Balkan Kupasına katılmayı hak kazanan tek takımdır. Aynı sezonda 4 büyükleri birden yenmeyi başarmıştır.