Kaplumbağa kardeşler, yıllardır insanların dünyasından izole edilmişlerdir. Ancak artık normal gençler olarak kabul edilmek ve New Yorkluların kalbini kazanmak istemektedirler. Nihayet bekledikleri gün gelir ve maceralı bir yolculuğa çıkarlar. Yeni arkadaşları April O'Neil, onlara yardımcı olacak ve gizemli suç örgütünü alt etmelerine destek olacaktır.Ancak işler hiç de bekledikleri gibi gitmez. Bir anda üzerlerine bir mutant ordusu saldırır.