Soru işaretinin kökeni hakkındaki görüşler çeşitlidir. Noktalı virgülden (üst kısmı büyütülerek) türediğini söyleyenlerin yanında orijininin “sol anahtarı” türü müzik işaretleri olduğunu, sorduğu sorunun cevabını bekleyen bir kulağa veya kedi kuyruğuna benzetilerek ortaya çıkarıldığım ileri sürenler de var.
Kedi severlerin üzerinde durdukları teoriye göre, bir şeyi merak eden kedinin kuyruğunu kıvırdığını, kızdığında veya heyecanlandığında dik tuttuğunu keşfeden eski Mısırlılar, kutsal kabul ettikleri kedinin kuyruğunun aldığı bu şekilleri soru ve ünlem ifadeleri olarak kabul etmişler. Hikâye güzel ama bilimsel kanıtlara dayanmadığından doğru kabul etmek mümkün değil. Soru işaretinin kökeni ile ilgili olarak en akla yakın gelen görüş Latince ile ilgili olanıdır.
Başlangıçta yazılar belge olarak saklanmak için değil, daha ziyade yüksek sesle okunmak için yazılıyor, yazanlar sadece kendilerine söylenenleri ardı ardına yazıya döküyordu. Bu nedenle ilk noktalama işaretlerini yazıyı yazanlar değil okuyanlar kullandılar. Okuyacaklar yüksek sesle başkalarının önünde okumadan önce, duracakları, nefes alacakları, vurgu yapacakları yerleri belirliyor, kelimeleri ayırıyor, paragraflar oluşturuyor, bunlar için bazı notlar, şekiller ve işaretler kullanıyordu. Bu uygulama, günümüz noktalama işaretlerinin başlangıç noktası olarak kabul edilebilir.
Ortaçağda Latince tüm Avrupa için ortak dildi. Latincede bir cümle anlam olarak soruyu içeriyor ise cümlenin sonuna soru anlamında “Quaestio” yazılıyordu. Her soru cümlesinin sonuna bu kelimenin yazılması zaman aldığından bir süre sonra bu kelimenin kısaltması “Qo” kullanılmaya başlandı. Bu kısaltma da soru cümlesinin son kelimesinin bir uzantısı gibi algılanıp yanlış anlamalara yol açınca, bu sefer “Q” üstte, “o” altta olacak şekilde yazılmaya başlanıldı. Çeşitli aşamalardan sonra da günümüz soru işaretine (?) dönüştü.
Benzer şekilde cümlelerin sonunda sevinç, acı, korku, şaşma gibi bir duyguya vurgu yapmak için kullanılan ünlem (!) işaretinin Latince bir eğlence ünlemi olan “io”dan (i üstte o altta yazılarak) “ve” anlamında kullanılan (&) işaretinin de yine Latincedeki “ve” anlamındaki “et” kelimesinden türediği kabul ediliyor.
Soru işaretinin gelişim tarihinde bir aralar, cevabı beklenilmeyen suallerde farkı belirtmek için baş aşağı soru işareti konulmaya başlanıldı ama tutmadı. îspanyollar soru cümlesine baş aşağı soru işareti ile başlayıp düzü ile bitirmeyi denediler ama onlar da kısa sürede vazgeçtiler. Yunanca ve Kilise Slavcası gibi dillerde soru işareti yerine noktalı virgül kullanılırken, her ikisi de sağdan sola yazılan Arapçada soru işaretinin ayna yansıması ters şekli, İbranicede ise düz şekli kullanılır. Japoncada soru işareti gerekli değildir çünkü cümle sonunda kelime “ka” ile bitiyorsa zaten soru demektir.
Söylenilen sözün şüpheli görüldüğü veya anlaşılamadığını belirtmek için cümle arasına da soru işareti konulabilir. Ne demek istenildiği sorulan, beğenilmeyen veya şaşılan yerlerde aşırılığı vurgulamak için bir kaç soru işareti (???) kullanılabilir, ancak dilbilgisi uzmanları böyle yerlerde soru işaretinin ünlemle beraber (!?) kullanılmasının daha doğru olacağını söylüyor. Cümle sonu ile soru işareti arasında boşluk bırakmak Fransız âdetidir, genelde noktalama işaretleri ile cümle sonu arasında boşluk bırakılmaz.