Özellikle hızlı reaksiyon gösteren besin allerjileri, yaşam boyu süren bir durumdur. Besin intoleransı durumunda ise intolerans oluşturan besin, belirli bir süre elimine edildikten sonra, semptomlarda azalma oluşabilir, aylar sonra veya bir yıl sonra bile, intolerans oluşturan besine karşı reaksiyon oluşmaz. Fakat bu besine karşı reaksiyonun herhangi bir zamanda ortaya çıkabileceği her zaman akılda tutulmalıdır. Eğer intoleransa neden olan besin, her gün tüketilmeye devam edilirse, intolerans bir ay içerisinde bile tekrar ortaya çıkabilir. Viral enfeksiyonlar, besin intoleransının yeniden ortaya çıkmasına neden olabilir. Bazen de Bİ nedeniyle oluşan reaksiyonlar, intoleransa neden olan besinin elimine edilmesiyle hemen kaybolabilir ve hasta normal diyetine geri dönmesine rağmen, reaksiyon tekrar oluşmayabilir. Bu durum çocuklarda daha sık yaşanır.
Genelde, uzun süre intoleransa neden olan besinler elimine edildiği zaman, kişi, kendisini çok iyi hissedebilir. Bireylerin sağlığını olumlu etkileyen bu durum, eliminasyon diyeti ile birlikte diğer çevresel faktörleri de (havada uçan allerjenler veya sentetik kimyasallar) kontrol altına almakla oluşur, rahatsızlıklar yavaş yavaş azalır, iyileşme sürekli hale gelir, vücudun direnci artar ve besinlere karşı oluşan hassasiyetler azalır.
Bİ’nın tespiti ve buna uygun eliminasyon diyetlerinin uygulanmasının, kronik hastalıklarda iyileşmeye neden olabileceği konusu araştırılmaktadır.
Besin intoleransı olan kişiler, eliminasyon diyeti uygularken, suçlu besini bir haftadan daha fazla diyetlerinden çıkardıkları zaman, reaksiyon önemli ölçüde azalır. Bu eliminasyon periyodundan sonra, intolerans oluşturan besin, tekrar yenildiğinde, reaksiyon tekrar ve bu kez daha da artmış bir şekilde başlayabilir ki bu durumda bazı kişilerde, kusma, kızarıklık, kaşıntı, burundan ani müküs akıntısı gibi daha hızlı reaksiyonlar oluşabilir. Besin allerjileri nedeniyle oluşan hızlı reaksiyonlar; aniden dudakta ve dilde şişme şeklinde olabilir fakat Bİ olanlarda genel olarak, intoleransa neden olan besinler elimine edildikten sonra, bireylerideki reaksiyonlar iyileşebilir. Bİ olanlarda eliminasyon diyetlerinin uygulanması ile oluşan durumun mekanizması henüz açıklığa kavuşmamıştır.
Kişinin bir besine intoleransı varsa, intoleransı olan besinle birlikte, bu besini gizli olarak içeren besinlerden de kaçınmalıdır. Örneğin; kişinin yumurtaya intoleransı var ise, yumurta ve yumurta içeren tüm besinlerin tüketilmemesi gerekir. besinler ve yumurta içeren besinler, diyetten elimine edilmelidir. Yumurta yerine kıvam arttırıcı olarak aşağıdaki besinlerden ve/veya besin karışımlarından herhangi birisinin kullanılması önerilebilir.