Yukarı Agora
Bazilikanın güneyinde bulunan yukarı agora, Roma döneminde M.Ö 1. yyda inşa edilmiştir. Bu agoranın, aşağı agoranın aksine çarşı olarak değil daha çok iş ve devlet işleri için kullanıldığı düşünülmektedir.
Yapılan kazılarda, yukarı agoranın alt katmanlarında, M.Ö 7-6.yy la tarihlenen çok sayıda mezar bulunmuştur. Bu sebeple bu alanın bir önceki Efes şehrinin mezarlığı olduğu düşünülmektedir.
Yukarı agoranın hemen yanında, şehir için büyük önemi olan bir su sarnıcı vardır. Bu sarnıca su, Polio Akuadükü ( su kemeri) sayesinde gelmektedir. Su kemerinin kalıntıları Selçuk Aydın yolu üzerinde Efes şehrinden 5 km uzaklıkta görülebilmektedir.
Yukarı agora 160 x 73 metre büyüklüğünde olup üç kenarı stoa denen sütunlu yollarla ve ortada bir tapınak ile zenginleştirilmiştir. Tapınak Mısır tanrısı İsis' e adanmıştır. Roma imparatoru Agustus döneminde yıkılan tapınak, Agustus'un Mısır kültürünü sevmemesi nedeni ile bir daha tadilat görmemiş ve ve inşa edilmemiştir.