Kuzey yönünde yaklaşık 30 km boyunca Türkiye-Suriye sınırını oluşturacak şekilde akan Asi Nehri, Türkiye topraklarına girdikten sonra batıya döner ve bugün kurutulmuş olan Amik Gölü'nün ayağı Küçük Asi ile birleştikten sonra güneydoğu doğrultusuna yönelir ve Samandağ'ın güneyinde Akdeniz'e dökülür. Antik Çağ'ın Orontes'i olan Asi'nin kaynağı, Lübnan Dağları'dır. Antik çağda küçük tonajlı nehir gemilerinin seyrüseferine imkân veren ve Antakya'yı asırlar boyu Akdeniz'e bir su yolu ile bağlanmış olan Asi Nehri'nin bugün akıttığı ortalama su miktarı, kentin içinde 5.04 m³/sn.dir. Antakya içinden geçen ve bir kanal haline getirilmiş olan yatağı, yaklaşık 2 km uzunluğunda ve 30-35 m genişliğindedir.
Eski Antakya, Asi Nehri ile Habib Neccar Dağı arasında kalan doğu kısmıdır. Asi üzerinde, şehrin iki yakasını bağlayan bir dizi köprü vardır. Eski köprülerden biri olan, Amik Gölü'nün kurutulması projesi çerçevesinde, Asi'nin genişletilmesi ve yatağının taranması çalışmaları sırasında kentin Roma Çağı'ndan beri ayakta duran ünlü taş köprüsü (ki Diocletian zamanında yapıldığı tahmin edilir), 1972 yılında dönemin belediye başkanı tarafından hunharca yıkılarak yerine bugünkü betonarme köprü inşa edilmiştir.