Evlilik dışı ilişki yaşadığının ortaya çıkması nedeniyle geçen Kasım ayında görevinden istifa eden eski CIA Başkanı David Petraeus'un yerine, Brennan ya da şu anda CIA başkanlığı görevini vekaleten yürüten Michael Morell'in adı geçiyordu.
Amerikan medyasının, bir üst düzey yetkiliye dayandırdığı bilgiye göre Obama , seçimini yaparak, Brennan üzerinde karar kıldı. Brennan, 2009 yılından bu yana Obama'nın terörle mücadele ve iç güvenlik danışmanı olarak görev yapıyordu.