Malta tarihi bugünkü Malta Cumhuriyeti topraklarının tarih öncesi dönemlerden günümüze kadar uzanan tarihini kapsar.
Malta'da ilk yaşayan insan belirtileri Yeni Taş Çağına dayanmaktadır. Yeni Taş Çağı insanlarının varoluş kanıtlarına Malta'nın güneyinde, Birzebbuga'nın yakınındaki Ghar Dalam mağarasında rastlanmaktadır. Arkeologlar bu bölgede önceki dönemlerden kalma geyik, hipopotam ve bodur fillerin kalıntılarını da keşfetmişlerdir. Bu kalıntılar, Malta'nın günümüz Avrupa ve Afrika kıtalarına bağlı olduğu dönemlere aittir. Takip eden koloniler, büyük ihtimalle Sicilya'dan geldikleri tahmin edilen, tapınak inşa eden ırklar (topluluklar) getirmişlerdir. O dönem yaşamış olan Maltalılar, binlerce yıldan sonra bile bugün hala ayakta kalabilmeyi başarmış, hayat tarzları ve medeniyet düzeyleri hakkında bizleri hayrete düşüren yapılar bırakmışlardır.
Araştırmacılar Ggantija'da (Gozo) bulunan tapınakların yeryüzünün en eski, tek başına ayakta durabilen abideleri olarak nitelendirmektedirler. Restorasyon çalışmaları nedeniyle geçici olarak kapalı olan Paola'daki Hypogeum, tarih öncesi dönem mühendisliğinin olağanüstü başarısının bir göstergesi olarak, kayalardan oyulmuş odalar ve labirent geçişleriyle türünün tek yeraltı tapınağıdır. Diğer tapınaklar Mnajdra, Hagar Qim, Tarxien görülmeye değer pek çok yer gibi Malta'nın Kutsal Ada oluşu teorisini doğrulamaktadır.