Birkaç olasılık:
Falcon
Şahin ve şahin fermuarını açmayı deneyin. Bunlar tam olarak sizin sorununuz ve verileriniz için tasarlanmıştır: https://github.com/PacificBiosciences/FALCON
Falcon Değil
Haplotipleri bir araya getirdiğinizi düşünüyorsanız (ki bu yeterli kapsama verilmesini beklemek mantıklı görünüyor), iki haplotipi sadece kontiglerinizin tüm ikili hizalamalarını yaparak görebilmelisiniz. Haplotipler, diğer çiftlerden ÇOK daha benzer (çok sayıda haplotip farklılığı olsa bile) bitişik çiftler olarak görünmelidir. Bu tür çiftlerin tümüne sahip olduğunuzda, cilalamak için her çiftten birini seçmeniz yeterlidir.
Ayrıca Canu 'ya da gidebilirsiniz. Özellikle karmaşık popülasyon sıralaması için olmasa da uzun okunan montaj (hem PacBio hem de Nanopore) için tasarlanmıştır. Bir genomu kendi benzersiz bileşenlerine ayırmaya çalışır ve okumalardan iyi desteklenen bileşenlerden yollar oluşturur.
Parlatma ile ilgili olarak, cilalamanın işe yaramadığı görülüyor. yakınlaşır ve sadece iki olasılık arasında gidip gelen birçok değişken olacaktır. Ben ve bu yıl London Calling'den en az bir kişi için, üçüncü yinelemeden sonra parlatma doğruluğunda temelde hiçbir kazanç elde edilmedi. Kendi hata düzeltme algoritmamı kullandım, ancak Pilon ile daha "standart" cilalama kullandılar. Nanogözenekli WGS konsorsiyumu, değeri ne olursa olsun, Canu montajlarını cilalamak için Racon'u kullandı.