2006 yılından AS Monaco'dan Lyon'a transfer edilen Squillaci, takımının son iki sezonda kazandığı iki lig şampiyonluğu ve bir Fransa Kupası şampiyonluklarında büyük rol oynamıştı. Fransa Milli Takımı'nın 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası Finalleri kadrosuna da çağrılan Squillaci, buna karşın turnuva boyunca oynama şansı bulamamıştı. Sevilla'ya transferin 6 milyon euroya mal olduğu bildirildi.