Ruanda'daki muhalefet partileri koalisyonu Ruanda Ulusal Kongresi tarafından yapılan açıklamada, bir otel odasında boğulmuş halde bulunan Karegeya'nın ölümünden Ruanda Cumhurbaşkanı Paul Kagame'nin sorumlu olduğu öne sürüldü. Açıklamada, Johannesburg'daki Michelangelo Towers otelindeki odasında ölü bulunan Karegeya'ya suikast yapılması emrinin Kagame tarafından verildiği iddiası yer aldı.
Kongre koordinatörü Theogene Rudasingwa, AP haber ajansına yaptığı açıklamada, Karegeya'nın dün mü yoksa önceki gün mü öldürüldüğünün henüz açıklık kazanmadığını söyledi. Rudasingwa, Karegeya'ya yönelik saldırı şeklinin "daha önce Kagame'nin emriyle düzenlenen saldırılarla benzerlik gösterdiğini" ileri sürdü.
Ruanda'nın eski Genelkurmay Başkanı ve eski İstihbarat Teşkilatı Başkanı Faustin Kayumba Nyamwasa'ya karşı da yine Johannesburg'da silahlı kişilerce iki kez suikast girişiminde bulunulmuştu. Saldırıların Kagame'nin emriyle düzenlendiğine ilişkin iddialar Ruanda hükümeti tarafından şiddetle reddediliyor.
Ruanda'da 1994-2004 yılları arasında istihbarat şefi olarak görev yapan Karegeya, Kagame ile ters düşmesinin ardından 2006'da askeri mahkemede yargılanarak 18 ay hapis cezasına çarptırıldı ve albaylık rütbesi elinden alındı. Karegeya, 2007 yılında Ruanda'dan kaçmasının ardından yaptığı açıklamada Güney Afrika Cumhuriyeti istihbaratı için çalıştığını söylemişti.
Uganda'da çıkan The Observer gazetesine Ağustos 2010'da verdiği mülakatta Kagame'yi, "savaşla devrilmemesi durumunda iktidarı elinden bırakamayacak bir diktatör" olarak niteleyen Karegeya, aynı ay içinde BBC'ye verdiği demeçte de bir dizi siyasi cinayetin Kagame'nin emriyle işlendiğini öne sürmüştü.