2010 yılında Kutsal Britannia İmparatorluğu, ilk kez bir savaşta kullanılan yeni Knightmare Frames ile 1 ay süren işgalin ardından Japonya'yı ele geçirir. Adını, bayrağını ve haklarını kaybeden ülkenin adı "Area 11", insanları ise "Elevens" olarak anılmaya başlanır.
Bu olaylar sırasında Japonya'da sürgünde olan Britannia genci Lelouch Lamperouge ve arkadaşı Kururugi Suzaku'nun yolları işgalin ardından mecburen ayrılır fakat Lelouch, Suzaku'ya Brittania'yı yok edeceğine dair yemin eder.
Aradan yedi yıl geçmiştir. Kızkardeşi Nunnally ile birlikte yaşayan ve Ashford Akademisi'ne giden Lelouch için hayat son derece monoton geçmektedir; Britannia'yı yok etmek ise uzun vadeli bir plandır. Soylulara karşı satranç maçları oynayan ve para kazanan Lelouch, gene bu şekilde geçirdiği günlerden birinin sonunda okula döndüğünde Japon öğrencilerin protestosu ile karşılaşır. Britannia öğrencilerini istemeyen Japon öğrenciler kavga çıkartmak üzereyken onları durduran kişi Suzaku olur.
Lelouch, ertesi gün okula giderken gökyüzünde askeri bir uçağın düştüğünü görür. Birinin kendisini çağırdığını hissederek enkez alanına gider ve burada kendisi dahil bir çok insanın hayatını etkileyecek bir anlaşma yapacağı gizemli C.C. ile karşılaşır.
Notlar:
Code Geass mangalarındaki olaylar ve karakterler, animedekinden farklılıklar gösterirler ve alternatif evrenlerde geçerler. Bu mangada Lelouch Lamperouge ana karakterdir.
Code Geass'ın manga serilerinin her biri farklı mangakalar tarafından kaleme alınmıştır. Bu versiyonun mangakası Majiko!'dur.