Bu soruyu farklı seviyelerde inceleyeceğim çünkü tam olarak sormaya çalıştığın şeyden emin değilim...
İlk olarak şunu söyleyeyim evrendeki atom sayısı sabit değil. Örneğin nükleer füzyon sırasında birden fazla atom birleşerek tek bir atom oluşturduğu gibi nükleer fisyon sırasında bir atom bölünerek birden fazla atoma dönüşüyor ve dolayısıyla atom sayısı değişiyor.
İkinci seviyede hidrojenleri düşünürsek hidrojen dediğimiz şey aslında protondur. Yani soruyu "Şu an evrendeki protonlar bigbangden bu yana var olan protonlar mı?" olarak düşünürsek yine cevabımız hayır olacak. Örnek vermek gerekirsek yıldızlara bile gitmeye gerek yok birçok nükleer tepkime de açığa çıkan nötronlar ortalama 15 dk içinde protona bozuluyor dolayısıyla yeni bir proton oluşmuş oluyor. Gerek yıldızlarda gerekse diğer bir çok yerde çeşitli nükleer tepkimeler sonucu yeni protonlar oluşuyor. Ve bir protonun etrafına bir elektron geldiğinde buna hidrojen atomu diyoruz.
Başka bir açıdan bakarsak atomları oluşturan proton ve nötronlar birer baryondur ve evrendeki toplam baryon sayısı sabittir. Yani bigbangden (daha doğrusu nükleosentezden) beri baryon sayısı aynı. Bu arada proton kararlı olan tek baryon, diğer baryonlar çeşitli süreçlerle oluşuyorlar fakat zamanla protona dönüşüyorlar. Ayrıca evrendeki baryon sayısı derken antibaryonların (anti-maddenin yapı taşları) baryon sayısı negatif olarak alınmakta yani örneğin LHC(Large Hadron Collider - Büyük Hadron Çarpıştırıcısı)de iki proton (baryon sayısı 2) çarpıştırılıp 6 proton 4 anti proton oluşturulabilir (baryon sayısı 6-4=2)