Kanuni Sultan Süleyman, yaşı ilerleyince oğullarından hangisinin tahta çıkacağı yönünde bir çekişme başladı. Hürrem Sultan, Kanuninin ilk oğlu Şelzade Mustafayı devre dışı bırakıp kendi oğullarından birini tahta çıkarmak için bir strateji izlemeye başlamıştı. Bu arada Hürrem Sultan, kızı Mihrimah Sultanı Rüstem Paşa ile evlendirdi. Daha sonra veziriazamlığa yükselecek olan Rüstem Paşa, Şehzade Mustafanın bertaraf edilerek yerine Hürrem Sultanın oğullarından birisini veliaht tayin ettirmesinde en büyük yardımcısı olacaktı.
Ulema, halk ve yeniçeriler Şehzade Mustafanın padişah olmasından yanaydılar. Ancak Hürrem Sultan ile Kanuni, Şehzade Mehmedi istiyorlardı. Veliahtlık meselesi ile ilgili dedikodular yapılmaya başlayınca, yanındakilerin de teşviki ile Şehzade Mustafa saltanat merkezine daha yakın olan Manisa sancakbeyliğinden alınarak yerine Şehzade Mehmed tayin edildi. Şehzade Mustafada Amasyaya gönderildi. Ancak 1 yıl sonra Şehzade Mehmedin beklenmedik ölümü, Şehzade Mustafayı tekrar şanslı duruma getirdi. Yine de saraydaki entrikalar bitmek bilmiyordu. Ard arda yapılan iftiralar yavaş yavaş padişahın şahzadeye karşı olumsuz bir fikre kapılmasını sağlayacaktı. Bunda, Sadrazam Rüstem Paşanın etkisi büyüktü.
Rüstem Paşa, gizlice şehzadenin mührünü kazıttı. Şehzade Mustafanın ağzıyla İran Şahı Tahmasba bir mektup yazdı. Şahın cevaben yazmış olduğu mektubu da ele geçirdi. Gerektiğinde bu sahte mektupları padişaha gösterecek ve şehzadenin sonunu hazırlayacaktı. 1552 yılında Rüstem Paşa Doğu Seferine gidecek ordunun başına getirildi. Rüstem Paşa, sefer sırasında Anadoluda herkesin Şehzade Mustafayı desteklediğini gördü. Askerler arasında da, artık 60 yaşına gelmiş olan Kanuninin kocadığı, zaten son on yıldır ordunun başında sefere bile çıkmadığı, yerini bu işi gerçekten hak eden Mustafaya bırakması yönünde dedikodular yayılmaya başladı.
Rüstem Paşa, bir adamını İstanbula göndererek meydana gelen olayları ayrıntısıyla Kanuniye iletti. Bu arada daha önce Şah Tahmasba yazdığı sahte mektupları da Şehzade Mustafanın aleyhine delil olarak gönderdi. Rüstem Paşa, Kanuniyi tamamen oğluna düşman etmişti. Özellikle tahtı bırakması yönündeki dedikoduları duyan Kanuni, iyice sinirlenmiş ve üzülmüştü.
Kanuni Sultan Süleyman derhal Rüstem Paşayı geri çağırarak seferin ertesi yıl bizzat kendi idaresinde yapılacağını bildirdi. Ertesi yıl 1553′te İran Seferine padişah kendi çıktı. ordu, 5 Ekim 1553 yılında Konya Ereğlisi yakınındaki Aktepe denilen mevkide konakladı. Padişahın yanında Şehzade Cihangir ve yolda orduya katılan Şehzade Selim bulunmaktaydı. Kendisine orduya katılması talimatı verilen Şahzade Mustafa, babasının kendisiyle ilgili düşüncelerinden habersiz, orduya katıldı. Kendisini çok seven ikinci vezir Kara Ahmed Paşanın ikazlarıyla bazı şeylerin ters gittiğini fark etti.
Akşama doğru babasının otağından kendisine doğru üzerinde kağıt bulunan bir ok atıldı. Kağıtta, babasının otağına kesinlikle gitmemesi, aksi halde babasının onu öldüreceği yazılıydı. Şehzade Mustafa bunu Rüstem Paşanın kendisine karşı bir hilesi olarak düşündü. hem otağa gitmemenin babasına karşı bir saygusuzlık olacağını düşündü. Ayrıca Şehzade Mustafa, babasının kendisini öldürebilecek büyüklükte bir suç işlemediğini ve Rüstem Paşa dahil hiç kimsenin , babasının kendisine ölüm kararı verebilecek derecede etkileyebileceğine inanmıyodu.
Çadıra giren şehzadeye yedi dilsiz cellat saldırdı. Şehzade Mustafa mücadele etmesine rağmen, cellatlar tarafından boğularak öldürüldü. Şehzade Mustafanın ölümü ordu arasında derin bir üzüntü ve hoşnutsuzluk meydana getirdi. Şehzadenin başına gelenlerin sorumlusu olarak tepkiler Rüstem Paşaya yönelince, padişah ortamı yatıştırmak için Şehzade Mustafaya yakınlığı ile bilinen Kara Ahmed Paşayı veziriazamlığa getirdi. Şehzadenin cenazesi Bursaya gönderilerek İkinci Murad türbesine defnedildi.
Şehzade Mustafanın adına bir çok mersiye yazıldı. Bunların en meşhuru, padişahı suçlayan Taşlıcalı Yahyanınkidir.