2013 yılında Ayrılıkçeşmesi ile Kazlıçeşme arasında seferlere başlayan Marmaray'da, ücret tarifeleri UKOME tarafından aktarma alır ve aktarma verir şekilde belirlenmişti. 2019 yılının Mart ayında Gebze-Halkalı arasında 43 istasyonun tamamı açılında önceki İBB yönetiminin aldığı UKOME kararıyla, Marmaray Hattı “aktarma almaz, aktarma verir” şeklinde değiştirildi.
Ancak, TCDD tarafından açılan davada; Temmuz ayında UKOME kararının yürütmesinin durdurulmasına karar verilse de, İBB, Bölge İdare Mahkemesi'ne itirazda bulundu ve koşulları oluşmayan yürütmenin durdurulması kararı kaldırıldı ve aktarma sistemi devam etti. 6 Kasım 2020 tarihinde ise İstanbul 10. İdare Mahkemesi TCDD'nin açmış olduğu davaya istinaden, “TCDD'ye ağır külfet getireceği ve bu düzenlemenin hangi sebeple yapıldığı somut tespitlere yer verilmediği” gerekçesiyle, yeniden yürütmenin durdurulmasına karar verdi. Eğer bu konuda yeni bir karar alınmazsa TCDD baskısıyla marmaray yeniden aktarma almaz, aktarma verir şekline dönmüş olacak.
Yarından itibaren Marmaray'da seyahat eden İstanbullular, hangi araçtan aktarma yaptığına bakılmaksızın ve ne kadar durak gittiği fark etmeksizin 7,00 TL ücret ödeyecek. Marmaray'dan sonra metro ve otobüs gibi diğer toplu ulaşım araçlarında yapılan yolculuklarda ise aktarma indirimi devam edecek. Böylece TCDD aktarma almadığı için tam ücret alırken, marmaraydan İETT hatlarına geçişte İBB aktarma ücreti olarak daha az bir ücret alacak.