Galatasaray PAF takımı 1996-97 sezonunda PAF Ligi'nin kurulmasıyla faaliyete geçti. Bu takımda A takımda oynayamayan ya da alttan gelen ancak yaş kategorilerine uymayan oyuncuların oynayabileceği açıklandı. Galatasaray'da bunun üzerine 90'lı yılların sonlarında içlerinde Stephen Appiah ve Richard Kingson olmak üzere birçok yabancı futbolcuyu denemek üzere takıma çağırdı. Bu oyuncular denendi ve sadece Appiah beğenildi. O dönemde ise A takıma Orkun Usak ve Sabri Sarıoğlu gibi isimler verildi.
Kadroda, U21 Ligi statüsü gereği 1994 sonrası doğmuş futbolcular ile 1993 ve öncesinde doğmuş 3 profesyonel futbolcunun yer alacağı belirtilmiştir. U21 Ligi'nde ayrıca A takım kadrosunda bulunan 3 yabancı futbolcu forma giyebilmektedir.
Galatasaray, Avrupa'nın kulüpler bazında en iyi altyapılarından biri olarak gösterilmektedir. Bununla birlikte Ajax ve Barcelona'nın da olduğu pek çok konferansa katılmıştır. 2002-03 sezonunda Galatasaray Yıldız Takımı, Avrupa şampiyonu olarak Türkiye'de bir ilki başarmıştır. 2004-05 sezonunda ise Galatasaray PAF takımı ilk kez şampiyon olmuştur. 2007 sezonuna kadar üç sene üst üste şampiyon olan PAF takımı, Temmuz 2010'da ise Sparta Rotterdam'ı yenmiş ve dostluk kupasını kazanmıştır.[1] Aynı sezon lig kupasını da kazanmıştır. 2013-14 sezonunda ise Galatasaray U-19 takımı Gençler Şampiyonlar Ligi'ne katılmış ve bu turnuvaya katılan ilk Türk takımı olmuştur. Roberto Mancini'nin A takım teknik direktörü olmasının ardından A takımda süre alamayan oyuncular da bu takımda oynamaktadır. 2014 yılında ise yeni düzenlemelerle U-21 adını almıştır.
UEFA Gençlik Ligi 2015-2016 Sezonunda, 15 Eylül 2015 tarihinde, Galatasaray kendi sahasında Atletico Madrid'e 3-1 mağlup oldu.30 Eylül 2015 tarihinde, Astana'yı deplasmanda 3-0 mağlup etti.21 Ekim 2015 tarihinde, UEFA Gençlik Ligi'nde mücadele eden Galatasaray U19 takımı, Benfica'ya 11-1 mağlup olarak büyük bir hüsran yaşadı. Bu sonuç, organizasyon tarihinin en farklı skoru olarak tarihe geçti.[2] 3 Kasım 2015 tarihinde, deplasmanda Benfica'ya 2-0 mağlup oldu.8 Aralık 2015 tarihinde, kendi sahasında Astana'yı 3-0 mağlup etti. 6 puan ile grubu 3.tamamlayan Galatasaray. UEFA Gençlik Ligi'ne veda etti.