Celali isyanları
1) Murad Paşa'nın ilk üzerine yürüdüğü Celâlî Konya'daki Saracoğlu Ahmed'dir ve çevresine 30.000 kişi toplayacağını söyleyen bu eşkıya hemen idam edilmiştir. Bunu Silifke ve Adana'yı işgal eden Cemşid ve Muslı Çavuş eşkıyalarını temizlemek takip etmiştir.
2) İkinci önemli işi bir türlü durdurulamayan Canbolad Oğlu ve de Lübnan ile Suriye taraflarında baş kaldıran Dürzi eşkıyalardır. Canbolad Oğlu ile 1607 yılında İskenderun yakınlarında yaptığı muharebeyi kazanan Murad Paşa Canbolad Oğlu'nun İstanbul'a teslim olmaya ve Dürzi liderlerini de kaçmaya mecbur etmiştir.
3) Asıl problem olan Kalenderoğlu Pîrî veya Mehmed'e gelince aslında eski bir çavuş kethüda ve hatta mütesellim olarak görev yapan bu şahıs 1604'de isyan etmiş ve Anadolu Beylerbeyini mağlup ederek Manisa ve çevresini hâkimiyeti altına almıştı. Üzerine yürüyen Murad Paşa'dan çekinen Kalenderoğlu önce Ankara sancak beyliğini kabul etmiş ancak halk kabul etmeyince yeniden isyan ederek ve de Canboladoğlu kuvvetlerinden kaçanları da çevresine toplayarak 30.000 kişilik bir kuvvetle Bursa ve çevresini yakıp yıkmıştır (1607). Bu olay İstanbul'da duyulunca büyük heyecan uyandırmıştır. İstanbul'a gelmesinden korkulan Kalenderoğlu'nun üzerine gönderilen Osmanlı kuvvetleri bozguna uğramış ve komutanları öldürülmüştür. Bu bozgun Ege'deki bir çok şehrin de yakılıp yıkılmasına sebep olmuştur. Kovalamacalar sonunda Murad Paşa 1608 yılında Göksun taraflarında Kalenderoğlu ile karşı karşıya gelmiş ve kuvvetlerini dağıtınca Kalenderoğlu destek aldığı İran'a sığınmıştır. Nitekim ona destek veren Tavil'in kardeşi Meymun ve benzeri eşkıyalar da neticede İran Şah'ına iltica etmişlerdir.
4) Murad Paşa'nın görevi bununla da bitmemektedir. Bayburt'ta Murad Hânîler ve Beyşehir'de ise Emîr Şâhî denilen eşkıyayı tamamen ortadan kaldırmıştır. Kısaca bir asra yakın Osmanlı Devleti'ni alt üst eden Celâlî isyanlarını Murad Paşa sona erdirmiştir. Tarihlerin kaydettiğine göre Kuyucu Murad Paşa'nın üç sene süren bu eşkıya temizleme hareketi sırasında 50.000 küsur eşkıya öldürülmüştür. Elbette ki bunlar arasında masum olanlar da vardır ve bulunabilir. Ancak aleyhteki ithamlar tamamen mezhep taassubundan kaynaklanan ve tek taraflı olan abartmalardır .
IV. Cağaloğlu (Cigala-zâde) Sinan Paşa'nın dönme ve hâin olduğu ve Celâlî isyanlarına onun sebep olduğu şeklinde iddialar ve ve bu iddiaların gerçek yönü
Cigala İtalyan asıllı büyük bir komutan olan Visconte di Cicala'dır. Oğlu Scipione Cicala 1560 yılındaki Cerbe zaferi sırasında İslâm gazileri tarafından esir edilmiş ve Kanuni'nin döneminde Enderun'a verilmiştir. Daha sonra Yeniçeri ağalığı beylerbeyilik ve kaptan-ı deryalık gibi görevlere gelen ve adı da Müslüman olması hasebiyle Cigala-zâde Sinan Paşa olan bu zat Lala Mustafa Paşa zamanında vezirlik makamına getirilmiş ve özellikle İran ile yapılan savaşlarda büyük bahadırlıklar göstermiştir. III. Murad zamanında 1596 yılında kazanılan Haçova Zaferinde gösterdiği kahramanlıklar sebebiyle Hoca Sa'deddin Efendi ve Kızlarağası Gazanfer Ağa'nın etkisi ile vezir-i azam olur. Ancak 45 gün süren bu görev tekrar İbrahim Paşa'ya iade edilir.
Tarihçilerin kaydettiklerine göre Cigala-zâde Sinan Paşa'nın tenkit edilen üç önemli kusuru bulunmaktadır:
Birincisi Haçova zaferinden kısa bir süre önce ordu bozgunla karşı karşıya gelme ihtimali üzerine önemli sayıda askerler kaçmıştı. Zaferden sonra kaçanları tesbit etmek üzere yoklama yaptırması ve 30.000 askerin dirliğini kesmesi ve hatta bir kısmını öldürmesi asker içinde büyük kargaşalara sebep oldu.
İkincisi Haçova Savaşına gelmediğini ileri sürerek Kırım Hanı Gâzî Giray'ı azlederek yerine acemi olan kardeşi Fetih Giray'ı getirmesi ve bunun da Kırım'da büyük kargaşalara vesile olmasıdır.
Üçüncüsü ve bizce en önemlisi sert mizaçlı ve fazla tenkitçi birisi olması ve makamına uygun düşmeyecek şekilde "Yakın geldin uzak durdun" gibi sudan sebeplerle insanları çokça tenkit etmesidir.
Özellikle Osmanlı Devleti'ni Türk düşmanı dönmelerin istila ettiğini iddia eden ve Osmanlı Devleti'nin ümmet anlayışını tenkit eden bazı araştırmacılar Cigala-zâde'nin Türk düşmanı Papa VII. Clement'in ajanı olduğunu bu konuda Rinieri adlı bir müellifin 1898 yılında VIII. Clement ve Cağaloğlu Sinan Paşa adlı eser yazarak bunu belgelerle ispatladığını ileri sürmektedirler. Osmanlı tarih kaynaklarında onun ahlakı ile alakalı güzel şeyler söylenmese de ajanlığı ve Hıristiyanlığı ile ilgili tek kelime zikredilmemektedir. Bu tür iddiaların ve hatta adı geçen kitabın Papa'nın Fâtih'e gönderdiği mektuplar gibi olması da mümkündür. Yani Papa böyle bir Osmanlı devlet adamını kullanmak istemiş olabilir. Ancak kullandığına ve bu zatın da Hıristiyanlıkta devam ettiğine dair Osmanlı kaynaklarında bilgi bulunmamaktadır. Ancak 1593'de kardeşi Carlo'nun İstanbul'a gelmesi ve ertesi yıl da kendisinin doğum yeri olan Messina'ya gitmesi bu çeşit dedikoduların çıkmasına sebep olmuştur .