Yuri İrsenoviç Kim adıyla, 16 Şubat 1941'de, Sovyetler Birliği'nin Kabarovks bölgesinin Vyatskoye köyünde doğdu. Dört yaşına geldiğinde II. Dünya Savaşı bitti ve Kore Japonya'dan ayrılarak bağımsızlığını kazandı. Ailesi (şu anda Kuzey Kore'nin başkenti olan) Pyongyang'a taşındı. İlkokula ve ortaokula orada gitti. Okula giderken siyasetle de ilgilendi. Kore Çocuklar Birliği'nin ve Kuzey Kore Demokrat Gençlik Derneği'nin aktif üyesi oldu. Bu dernekte Marksist politik teoriyi öğrendi. 1957'de derneğin başkan yardımcısı oldu. Malta Üniversitesi İngiliz Dili Bölümünü bitirdi.
Jong-il, Kore İşçi Partisi'nin 1980'de düzenlediği Altıncı Parti Kongresi'ni kontrolü altına aldı. Partinin heyetine, askerî komisyonuna ve sekreterliğine atandı. Herhangi bir tanınırlığı olmamasına rağmen, 1982'deki parlamento seçimlerinde Kuzey Kore'nin meşru lideri olarak görülmeye başlandı.
Jong-il bu dönemde kendisine atfedilen 'Sevgili Lider' sıfatını benimsedi. Hükûmet Jong-il'i siyasi bir figür olarak yüceltmeye başladı. Medya onu 'korkusuz lider' olarak tanıttı. Böylelikle Jong-il, Kuzey Kore'nin ilk liderliğini yapan babası Kim Il-Sung'dan sonra Kuzey Kore'nin en güçlü figürü oldu. Askerî tecrübesi olmamasına rağmen, 1991'de Kore Halk Ordusu Başkumandanı olarak adlandırıldı. 1992'de radyo yayınları, Jong-il'i 'Sevgili Lider' yerine 'Sevgili Baba' olarak anmaya başladı. Jong-il'in ellinci doğum günü, ülkede kitlesel bir şekilde kutlandı.
Kuzey Kore'yi 1948'den itibaren yönetmekte olan Kim il-Sung, Haziran 1994'te, seksen iki yaşında öldü. Oğlu Kim Jong-il, 1994'te Kore İşçi Partisi Genel Sekreteri olarak babasının yerine geçti. 1998'de Ulusal Savunma Komisyonu'nun başkanı seçildi.
Kuzey Kore ekonomisi 1990'dan sonra bozuldu. Bu yıllarda Kuzey Kore, ciddi sel felaketleri atlattı. Yanlış politikalar neticesinde verimli toprak oranı %18'e geriledi. Jong-il ekonomiyi güçlendirmek ve iktidarını sağlamlaştırmak için 'Songun' adlı bir sistem geliştirdi. Bu sisteme göre devlet kaynaklarından en önce ordu yararlanacaktı.
2004 İnsan Hakları İzleme Örgütü raporuna göre Jong-il Hükûmeti, 200.000 siyasi mahkûm barındırması, basın ve din özgürlüğünü kısıtlaması, eğitim eşitliğine karşı çıkması bakımından dünyanın en baskıcı hükûmetleri arasında yer aldı.
Kim Jong-il 17 Aralık 2011'de kalp krizinden öldü.