Ooku: The Inner Chambers, Edo döneminde, Japonya'da geçen farklı bir zaman çizgisine dayanmaktadır. Bu alternatif evrende, bulaşıcı bir hastalık Japonya'nın erkek nüfusunu büyük ölçüde azaltmıştır. Bu durum, kadınların toplumda en güçlü ve en etkili konumlara yükselmesine ve şogun olarak hükmetmesine yol açar. Ancak bu yeni dünya düzeni, erkeklerin şogunun haremi olarak bilinen iç odaların karmaşık ve tehlikeli politikası etrafında döner.