Nihal Atsız, 12 Ocak 1905'de İstanbul'da dünyaya geldi. Annesi Fatma Zehra Hanım, babası binbaşı Mehmet Nail Bey'dir. Ahmet Nejdet Sançar ve Fatma Nezihe Çiftçioğlu adlı iki kardeşi vardır. Fatma Zehra'nın hayatını kaybetmesi üzerine Mehmet Nail Bey, 1931 senesinde yeniden evlendi. Fakat 2 sene sonra eşinden boşandı. Atsız, ilk ve ortaöğrenimini Kadıköy'de tamamladı. Daha sonra ise Askeri Tıbbiye'ye girdi.
Bu dönemde Türkçülük akımının etkisine girmeye başladı. Bu yüzden yaşadığı sorunlardan dolayı 1925 senesinde Askeri Tıbbiye'den atıldı. Kısa bir süre sonra Kabataş Erkek Lisesi'ne yardımcı öğretmen olarak girdi.
Sonrasında şehirlerarası vapurlarda kaptan olarak çalıştı. 1926 senesinde yatılı olarak İstanbul Darülfünunu Edebiyat Bölümü'ne kayıt olan Atsız, bundan bir hafta sonra askerliğini yapmak için okula ara verdi. Üniversiteye geri dönünce, bir arkadaşıyla birlikte “Anadolu'da Türklere Ait Yer İsimleri” isimli bir makale yazdı. Bu makale Türkiyat Mecmuası'nda yayınlandı. 1930 senesinde mezun oldu.
Yazdığı makale, öğretmeni Mehmet Fuat Köprülü'nün dikkatini çekmişti. Bu yüzden Atsız'a bir şekilde yardımcı olmaya ve onu yanına almaya çalıştı. Atsız mezun olunca 8 sene boyunca liselerde mecburi hizmet yapmalıydı fakat Köprülü bu mecburi hizmeti affettirdi ve onu 1931 senesinde asistanı olarak üniversiteye aldı.
Asistanlık görevine başladıktan sonra Atsız, hocası Köprülü, Zeki Velidi Togan, Abdülkadir İnan gibi isimlerle birlikte “Atsız Mecmua” isimli Türkçülük yanlısı bir dergi çıkartmaya başladı. Fakat dergide yayınlanan “Dârülfünûn'un Kara, Daha Doğru Bir Tabirle, Yüz Kızartacak Listesi” makalesi yüzünden 1933 senesinde asistanlıktan uzaklaştırıldı.
Bu tarihte Atsız, öğretmenliğe dönmeye karar verdi. Malatya'ya tayini çıktı. Burada birkaç ay Türkçe öğretmenliği yaptıktan sonra yeni tayinle Edirne'ye gitti. Bu sırada “Türkçü Dergi” sıfatıyla “Orhun” adlı bir dergi çıkartmaya başladı. Bu derginin yayınına, ders kitaplarında okutulan tarihi açık ve ağır şekilde eleştirdiği için bakanlar kurulu tarafından son verildi.
Nihal Atsız 1934 senesinde İstanbul'daki Deniz Gedikli Hazırlama Okulu'na atandı. Burada 4 sene çalıştıktan sonra 1938 senesinde görevden alındı. Öğretmenliğe 1939 senesine kadar Özel Yüce-Ülkü Lisesi'nde devam etti. 1939-1944 seneleri arasında Boğaziçi Lisesi'nde görev yaptı. Bu sırada Orhun isimli dergiyi tekrar yayınlamaya başladı.
Bu seneler İkinci Dünya Savaşı'nın sonuna gelindiği ve Türkiye'de ideolojilerin çarpıştığı bir dönemdi. Atsız, Orhun Dergisi'nin bir sayısında o sırada başbakan olan Şükrü Saracoğlu'na bir çağrı yayınladı. Pertev Naili Boratav, Sabahattin Ali gibi isimlerin Marksist bir hareket içinde olduğunu öne sürdü ve Milli Eğitim Bakanı Hasan Ali Yücel'in istifa etmesini istediğini belirtti. Bu çağrı, birçok ilde Komünizm aleyhinde ufak çaplı ayaklanmaları tetikledi. Tepki uyandıran bu mektuptan sonra Atsız, Boğaziçi Lisesi'ndeki görevinden alındı ve Orhun Dergisi tekrar kapatıldı.
Sabahattin Ali, mektupta “vatan haini” olarak suçlanması sebebiyle Atsız'a bir hakaret davası açtı. Bunun üzerine 6 ay hapis cezasına çarptırıldı. 1944 senesinde dönemin cumhurbaşkanı İsmet İnönü, Nihal Atsız ve 34 arkadaşı aleyhine bir konuşma yaptı. Bunun üzerine grup yargılanmaya başladı ve Atsız 6.5 sene hapse mahkum edildi. Ancak karar temyize gidince bu süre 1.5 seneye indirildi.
Atsız, 2 sene kadar iş bulamadı. 1949 yılında bir arkadaşı milli eğitim bakanı olunca onun aracılığıyla bir kütüphanede çalışmaya başladı. Bu sırada Demokrat Parti'nin iktidara gelmesiyle Haydarpaşa Lisesi'ne atandı ve burada öğretmenlik yapmaya başladı.
1952 senesinde “Türkiye'nin Kurtuluşu” isimli konferansı üzerine bazı gazeteler Atsız'ın aleyhinde yazılar yazdı. Bunun üzerine Haydarpaşa Lisesi'ndeki görevinden alınarak tekrar kütüphaneye tayin edildi. Süleymaniye Kütüphanesi'nde emekli olduğu 1952 senesine kadar çalıştı.
Atsız, 1950 senesinde “Orkun” isimli dergide yazarlık yapmaya başladı. Bununla birlikte “Ötüken” isimli dergiyi de yayınladı. Bu dergilerde yazdığı bazı makaleler, genel anlamda “Markisitlerin Doğu'daki gizli çalışmaları” diye adlandırdığı yazıları tepki topladı. Bu sırada “Ötüken”deki yazıları yüzünden Atsız ve bir arkadaşı açılan dava sonucunda 15 ay hapse mahkum edildi. Bu mahkumiyet kararının ardından çalıştığı üniversitedeki öğretmen ve öğrencileri dönemin cumhurbaşkanı Fahri Korutürk'ten Atsız'ın affını istedi ve bu istekleri cumhurbaşkanı tarafından kabul edildi.
Nihal Atsız 1931 yılında ilk eşi olan Mehpare Hanım'la evlendi. 1936 senesinde evlenip 1975 senesinde boşandığı ikinci eşi Bedriye Hanım'dan 1939 doğumlu Yağmur Atsız ve 1946 doğumlu Buğra Atsız adlı 2 çocuğu olmuştur. Oğlu Yağmur'a 4 Mayıs 1941'de yazdığı vasiyetname çok konuşulmuştur.
Nihal Atsız, geçirdiği kalp krizi sonucu 11 Aralık 1975'de hayatını kaybetti.