Ermenistan 27 Eylül tarihinde Azerbaycan'ın sivil yerleşim yerlerini hedef alarak çatışmaları başlatan taraf oldu. Kendisini savunmaya geçen Azerbaycan ordusu Ermenilere sahada ağır bir yenilgi yaşatırken, Erivan yönetimi istediği tüm ateşkesleri ihlal ederek sivilleri katletmeye devam etti.
Bu durum karşısında Ermenilere cephede karşılık veren Azerbaycan yaklaşık olarak 300 yerleşim yerini işgalden kurtardı. Dağlık Karabağ'ın kalbi olarak nitelendirilen Şuşa'nın da işgalden kurtarılmasıyla birlikte savaşı kaybeden Ermenistan Başbakanı Nikol Paşinyan, Azerbaycan ve Rusya liderleriyle anlaşarak bu yenilgiyi kabul etti.
Anlaşma kapsamında Ağdam'dan çıkan Ermenistan askerleri bölgeye Azerbaycan'a bıraktı. Bu kapsamda Azerbaycan 27 yıldır işgal altında bulunan Ağdam'a girdi.
Bu arada, Ağdam bölgesinden çekilen Ermenistan ordusu, kullandığı karakol, bina ve kontrol noktalarını ateşe verdi.
Ağdam ilinin yaklaşık yüzde 77'lik kısmı 1993'te Ermenistan ordusu tarafından işgal edilmişti. İşgal nedeniyle yaklaşık 200 bin Azerbaycanlı doğduğu toprakları terk etmek zorunda kalmıştı.
İşgal döneminde Ermenilerce yağmalanan ve yıkılan Ağdam kent merkezi ve köylerinin çoğu harabe ve ıssız durumda kalmıştı.