Bizans kilisesinin kalıntıları üzerine Esekapı Mescidi'ni inşa eden Mimar Sinan, 1560 yılında da Vezir Hadim İbrahim Paşa’nın isteği üzerine yanına bir medrese yapmış.
Mescidin konumu ve arazinin yapısına göre Koca Sinan tarafından L şeklinde yapılan Medrese, Vakıflar tarafından restore edildi. Ortada büyük dersane ve 11 hücreden oluşan revaklı medresenin güney doğusunda bulunan mescit de yakın zamanda aslına uygun olarak inşa edilecekmiş. (12/ 11/ 2010)