Çikolata kelimesi Aztek dilinde; kakao çekirdeklerinin gürültülü bir şekilde havanda dövülmesinden dolayı, "gürültü" anlamına gelen "choco" ve "su" anlamına gelen "atle" kelimelerinden türemiştir. İspanyolların Amerikayı keşfetmeleriyle birlikte kıtadaki mevcut kitapları yakmaları nedeniyle kesin bilgiler olmasa da; çikolatanın tarihinin İ.Ö. 1500 yılına kadar gittiği sanılmaktadır. Eski Amerika uygarlıklarından Mayalardan önce Olmeclerin kakao ağaçlarından yararlandıkları bilinmektedir. Zaten "kakao" kelimesi de Olmec dilinden gelmektedir.
Kakao ağacına verilen önem Mayalar ile birlikte doruğa çıkmıştır. Mayalar kakaoya ilahi bir anlam yüklemiştir. Bu ürünün kendilerine tanrılar tarafından verilmiş bir ödül olduğunu düşünmektedirler. Zaten kakao ağacının bilimsel ismi "Theobroma Cacao" da "Tanrıların Yiyeceği" anlamına gelmektedir.Bugün insanların en sevdiği besin maddelerinden birisi olan ve yenildiği zaman insanda oluşturduğu mutluluk hormonu nedeniyle uzmanlar tarafından tavsiye edilen çikolatanın tarihi 1500'lü yıllara kadar uzanıyor.
İlk olarak 1528 yılında Don Cortez isimli İspanyol bir denizci tarafından keşfedilen ve ticari bir içecek haline getirilen çikolata, 1606 yılında İtalyaya, 1615 yılında Fransaya, 1657 yılında ise İngiltereye yayıldı. Tarihçilere göre 1700'lü yılların başında sadece Londrada 2 bin çikolata imalathanesi bulunuyordu ve kakaonun içine sütte ilave ediliyordu. İtalyada sütlü kakao özellikle din adamları arasında yaygınlaşırken, Papa 14. Clementin ölümüne neden olan zehrin Papanın severek içtiği sütlü çikolatasının içine atıldığı sanılıyor.
Yiyecek olarak çikolata ise ilk kez 19. yüzyılın ortalarında İngiltere ve İsviçrede görülmeye başlandı. 1828 yılında Van Houten adlı Hollandalı bir usta kakao çekirdeklerini presleyerek elde ettiği yağdan bazı maddeleri çıkardı ve bu ürünü değirmenden geçirerek kimyasal bir işleme tabi tuttu ve bu yolla kakao tozu elde etti. İlk çikolata ise 1876 yılında İngilterede imal edildi. İsviçreli Daniel Peter ise sütteki fazla suyu çıkarıp çikolatayla karıştırarak sütlü çikolatayı imal etti.
Temelde kakao, kakao yağı, şeker, lesitin ve vanilinden oluşan çikolata bitter, sütlü ve beyaz olmak üzere üçe ayrılıyor. Temel karışımdan "bitter" adı verilen tadı biraz acı çikolata çıkar. Bu karışımın içine süt tozu ilave edilirse sütlü çikolata, kakao çıkarılıp içine daha fazla süttozu eklenirse fildişi renginden dolayı beyaz çikolata elde edilir. Çikolatanın rengi içindeki kakao kütlesine bağlı olduğundan, kullanılan kakaonun oranı ve cinsi değiştikçe rengi ve tadı da değişir. Ustalara göre, iyi bir çikolata oda sıcaklığında sertliğini korumalı, ağızda ise erimelidir. Eriyen çikolata ağızda tanecikler ya da madeni bir tat bırakmamalıdır.
1730'larda makinelerin kullanıma başlanmasıyla seri üretime geçilmiş ve çikolata pahalı bir besin olmaktan çıkmıştır. 1828'de Hollandalı kimyager Conrad J. Van Houten, kakao presini (Dutch Process) icat ederek kakao yağını özünden (liköründen) ayrıştırmayı başarmıştır. Van Houten böylelikle modern çikolatanın şeklini almasına büyük katkıda bulunmuştur. Yenmesi için imal edilen ilk çikolata ise 1847'de Joseph Fry isimli bir İngiliz tarafından üretilmiştir.
1875'te İsviçreli Daniel Peter sekiz yıllık bir çabanın ardından çikolatanın özüne yoğunlaştırılmış süt katmanın yolunu bularak bugünkü sütlü çikolataya babalık etmiştir.