Botoks uygulanacak alanları, ağrısını azaltmak amacıyla, bazı anestezik jellerle işlem gerçekleştirilir. Burada özellikle belirtilmesi gereken şey, botoksun enjekte edildiği enjektörel iğnenin değil, içeriye enjekte edilen sıvının kısmen yanma etkisi oluşturabildiğidir. Ancak, uygulama esnasında gözlenmiştir ki, bir çok kararlı ve istekli hasta için botoks uygulaması ağrılı da olsa, dayanılmayacak bir şey değildir ve kolaylıkla tolere edilebilmektedir.