Tapınak ilk olarak Mısır’ın güneyindeki Aswan kentinin 15 km dışında , ilk Nil Şelaleri’nin ve büyük bir dini merkezin yakınında yapıldı.
İlk yerindeki inşası, milattan önce ikinci yüzyılın başlarında Meroe kralı Adikhalamani döneminde başladı.
O dönemde, tanrı Amun’a adanmış olan küçük ve tek odalı bir şapel olarak tasarlanan tapınak, Meroe’nin bir başka tapınağı olan Dakka’yla çok benzer şekilde düzenlendi.
Ptolemy VI, Ptolemy VIII, Ptolemy XII’nin saltanatları sırasında şapel dört tarafından da genişletildi ve İsis’e adanan 12 x 15 metrelik ufak bir tapınak haline geldi.
Mısır’ın Antik Roma İmparatorluğu tarafından fethinin ardından, İmparatorlar Augustus, Tiberius ve büyük ihtimalle Hadrianus inşaatı tamamlattı.
1960 yılında Aswan’ın yeniden yapılanması sırasında anıtlar ve arkeolojik alanlar büyük zarar görmeye başlayınca UNESCO uluslararası bir çağrı yaparak ülkeleri zengin tarihi efsaneyi korumaya çağırdı. Bu çağrıya cevap İspanya’dan geldi.
Mısır hükûmeti Abu Simbel Tapınakları’nı koruması karşılığında Debod Tapınağını İspanya’ya bağışladı.
Mısır’dan İspanya’ya taşınan tapınak, eskiden askeri kışlaların bulunduğu Madrid’in yakınındaki Campo del Moro ve Parque del Oeste bölgelerindeki Parque de Rosales’e yeniden inşa edildi ve 1972’de halka açıldı.
Ziyareti ücretsiz olan Tapınak’a aynı anda sadece 15 kişi alındığından zaman zaman uzun sıralar oluşsa da, böylesine ilginç bir öyküye sahip yapıyı görmek isteyenler bu zorluktan pek de yakınmıyor.