Bugüne kadar göçmenlere yönelik uluslararası hukuka aykırı pek çok yasadışı uygulamayla anılan Frontex, denetçiler tarafından üye devletlere yönelik kaçak göçü önlemede ve sınır ötesi suçlarla mücadelede yetersiz kaldığı gerekçesiyle eleştirildi. Raporda, Frontex’in sınır muhafızlarının sayısını 10 bine çıkarma ve görev kapsamını önemli ölçüde genişletme planlarını hayata geçirme konusunda da kuşkuların oluştuğuna işaret edildi. Frontex’e yönelik başka bir eleştiri ise operasyonların etkinliği ve maliyetleri hakkında raporlama eksikliği oldu. Raporda, ajansın çalışmalarını nadiren gözden geçirdiği, son dış incelemenin ise 2015 yılında yapıldığı vurgulandı.