Edirne’de çok büyük tahribat yapan 1165 (1752) zelzelesinde harap olan Ayasofya bundan sonra tamir edilmediğinden gitgide yıkılmaya yüz tutmuş ve nihayet 1899’da kubbesi çökmüştür. XIX. yüzyıl sonlarında henüz ayakta kalabilen kısımları da malzemesinden faydalanılmak üzere yıktırılmış, 1902’de ise son harabesi ortadan kaldırılmıştır. Osman Nuri Peremeci’ye göre Ayasofya Kaleiçi’nde, Keçeciler Kapısı yolu üstünde imiş.Camii olarak kullanıldığında ismi Halebi medrese camii imiş,.