Zeyrek Camii, 15. yüzyılda medreseye dönüştürülen (önceden Pantokrator Manastır Kilisesi), sonradan cami olarak kullanılan, üç bölümlü orta Bizans dönemi yapısı. İstanbul’da Zeyrek semtinde, Atatürk Bulvarı’na bakan yüksek bir teras üstündedir. 1118-24 arasında burada bir kilise manastır kuran İmparatoriçe Eirene en güneydeki kiliseyi yaptırdı. Onun 1124’te ölmesinden sonra kocası II, İoannes Komnenos bu ilk yapının biraz kuzeyine Theotokos (Tanrı Anası) Meryem’e adanan Zeyrek (Kilise) Camisi’nin planı ikinci bir kilise kurdurdu. 1136’da da bunların arasındaki boşluğu dolduracak gibi imparator ailesi için bir mezar şapeli inşa edildi ve aradaki duvarlar açılarak üç yapı birleştirildi. Güney kilisesinin narteksinin önündeki dış narteksin de bu dönümde eklendiği sanılır. II. Mehmed (Fatih) kenti fethettikten sonra manastırı medrese haline getirdi. Fatih Külliyesi tamamlanıp medreseleri açıldıktan sonra bu medrese kapatıldı; kiliseler cami olarak kullanılmaya başladı.
Kuzey ve güney kiliseleri kapalı Yunan haçı planlıdır. Orta mekânları yüksek kasnaklı birer kubbeyle örtülüp dört yandan haçın kollarını oluşturan birer beşik tonozla çevrilmiştir. Kubbeleri taşıyan dörder mermer sütun 18. yüzyılın sonunda ya da 19. yüzyılın başında kaldırılarak yerlerine kare kesitli taştan ayaklar yapılmıştır. Her iki kilisede de haçın doğuya bakan kolu uzun tutularak bir bema bölümü oluşturulmuş, bunun ucuna da yarım daire biçiminde dışa taşan bir apsis eklenmiştir. Bu apsislerin iki yanında birer küçük apsis daha vardır. Hem kuzey, hem de güney kilisesinin batı cephelerinde narteks bölümü yer alır. Güney kilisesine sonradan dış narteks eklenirken, iç narteksteki üst galeri ortadan kesilmiş, bu noktada çatıya da kasnaklı bir kubbe eklenmiştir.
İki kilisenin arasını dolduran mezar şapeli doğu-batı doğrultusunda sıralanmış iki kubbeyle örtülüdür. Güney kilisesinin narteksi kuzeye, kuzey kilisesininki de güneye doğru taşıp birleşerek mezar şapelinin önünü tümüyle örter.
Yapıların taş ve tuğla almaşık örgülü duvarları pencerelerden başka nişler, sağır kemerler ve silmelerle hareketlendirilmiştir. Zamanında iç duvarları kaplayan mozaikler ve pencerelerdeki renkli camlar günümüze ulaşmamış, yalnızca son yıllarda izleri bulunmuştur. Güney kilisesinin tabanındaki renkli mermerlerle yapılmış mozaik 1953’te tümüyle ortaya çıkarılmıştır. Cumhuriyet’ten sonra birkaç kez onarım gören yapının orta bölümü bugün cami olarak kullanılmaktadır.İki bayram ayı arasında kalan, oturma ayı da denilen Hicri takvimdeki 11. ay