Soruşturmayı yürüten özel yetkili savcı Cihan Kansız'ın, ilgili tebligatı Başbuğ'a gönderdiği öğrenildi. Sanıklar hükümeti hedef alan sitelerin emir-komuta zinciri içerisinde kurulduğunu belirtmiş ve Başbuğ'u işaret etmişlerdi. Eski Genelkurmay Başkanı'nın yargılanacağı mahkemeye ilişkin tartışmalar da netleşti. Dava konusu, görev suçu kapsamına girmediği için Başbuğ'un yargılama yeri Yüce Divan değil sivil mahkeme olacak.
İlker Başbuğ, Türk hukuk tarihinde sivil yargıda 'resmen şüpheli' olan ilk Genelkurmay başkanı. Yarın ifade vermesi için adliyeye çağrılan Başbuğ'la ilgili yargı sürecinin de hızlı olması bekleniyor. İnternet Andıcı ile ilgili belgeler, suçu ikrar eden sanık ifadeleri ortadayken, Başbuğ hakkındaki iddianame hazırlığının da kısa süreceği görünüyor.
Başbuğ'u yargılamada görevli olan mahkemenin hangisi olacağına ilişkin de tartışma başladı. Ancak 12 Eylül 2010'da yapılan referandum ile Anayasa'ya eklenen açık hüküm unutulmamalı. Daha önce Genelkurmay başkanlarını yargılayacak bir makam yoktu. Yeni düzenlemeye göre Genelkurmay başkanları 'görevleri nedeni ile meydana gelen suçtan' Yüce Divan'da (Anayasa Mahkemesi) yargılanacak. Ancak daha önce mahkemelerin de defalarca vurguladığı gibi, 'darbe teşebbüsü' görev suçuna girmiyor. Bu nedenle Başbuğ'un yargılama yeri de sivil mahkeme olacak.
İlker Başbuğ'u 'şüpheli' yapan süreç 2009'da başladı. Başbuğ, göreve geldiği günlerde medyaya sık sık konuşmayacağını belirtmişti. Aynı Başbuğ, bu beyanından daha bir yıl geçmeden çok önemli darbe soruşturmalarıyla ilgili hukuka aykırı beyanlarıyla gündeme geldi. 21 Nisan'da Poyrazköy'de Bedrettin Dalan'ın arazisinde başlayan kazılarda 15'i dolu 22 LAW silahı bulunmuştu. Yaklaşık 1 hafta sonra basının karşısına geçti. Dolu LAW'lara hiç değinmedi, boş olanlardan birini eline alarak, "Arkadaşlar bu LAW değil, boru." dedi. Ordunun başındaki ismin bu açıklaması, hâlâ süren ve iddianamesi yazılmamış bir soruşturma sürecine müdahaleydi. Yaklaşık iki ay sonra ise 'Kaos Planı'nı 'kâğıt parçası' olarak nitelendirmekten çekinmedi. Daha sonra ortaya çıkan orijinal belgenin gerçekliği de 4 ayrı resmi kurum tarafından 7 kez onaylandı.
Bu gelişmeler Başbuğ üzerinde soru işaretleri bıraktı. Ancak asıl soruşturma başlatılan konu 'İnternet Andıcı'nın TSK komuta kademesi talimatıyla hazırlanıp eyleme dökülmesi oldu. Kasım 2009'da bir ihbar mektubu eki olarak İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderilen 1 Nisan 2009 tarihli 'İnternet Andıcı' ile ilgili başlatılan soruşturma Temmuz 2011 yılında davaya dönüştü. Birçok sanık, andıcın emrinin Genelkurmay Başkanlığı'ndan geldiğini itiraf etti. Mahkemenin yaptığı suç duyurusu, soruşturmaya dönüştürüldü. Başsavcı vekilinin eşlik edeceği sorgudan sonra iddianamenin hazırlanıp hazırlanmayacağı netleşecek. Ortaya çıkan bilgilere göre iddianamenin hazırlanması daha ağırlıklı ihtimal.