Bögü Kağan, Manihaizmi ne kadar devlet eliyle desteklemiş olsa da Uygurlar arasında yeni dine karşı olanlar da azımsanamayacak ölçüde güçlüdür. Özellikle Bögü Kağan'ın kuzeni Tun Bağa Tarkan Manihaizme karşı çıkanların başında gelmektedir. Nitekim Soğdlu rahiplerin etkisinde kalarak Çin'e saldırmayı düşünen Bögü Kağan'a bir suikast düzenleyerek onu öldürtür ve tahtı ele geçirir. Tun Bağa Tarkan'ın kağanlığı sırasında uyguladığı Çin yanlısı politikalar devleti zayıflatmış, Manihaistlerin etkisi de Uygurlarda zamanla önemini kaybetmiştir.