1946'da Bursa'da doğdu. Lisans(B.A.) tahsilini İngiltere'nin Leicester Universitesi'nde 1968 yılında tamamlayan Çizakça, yüksek lisans eğitimine(M.A.) A.B.D.'de "University of Pennsylvania"da devam etmiş ve buradan da 1974 yılında mezun olup Türkiye'ye dönmüş ve 1974-75 yıllarında Bursa İktisadi ve Ticari Bilimler Akademisi'nde İktisat Kürsüsü Asistanlığı yapmıştır.
1975 ve 1982 yılları arasında Boğaziçi ünivesitesi Ekonomi Bölümü'nde Öğretim Üyeliği yapan Çizakça, bu sırada 1978 yılında İktisat Tarihi alanında doktorasını "University of Pennsylvania"da tamamlamıştır. Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti'nde kurulan Uluslarası İslam Bankacılık ve Ekonomi Enstitüsü'nde 1982-84 yılları arasında Öğretim Üyesi olarak çalışmıştır. 1992-93 yıllarında Boğaziçi Üniversitesi ve International Institute of Islamic Thought and Civilization Kuala Lumpur Malezya'da eş zamanlı Öğretim Üyesi olarak görevde bulunmuş olan Murat Çizakça, 1997-98 yıllarında Berlin Yüksek Araştırmalar Enstitüsü (Wissenscheftskolleg) üyesi olarak çalışmıştır.
Yabancı dil olarak İngilizce, Almanca, Hollandaca ve osmanlıca bilen Murat Çizakça, halen Fatih Üniversitesi'nde öğretim üyesidir.