Evrimci biyologların, Archæopteryx’i ara geçiş formu olarak gösterirken dayandıkları en önemli iki nokta ise, bu hayvanın kanatlarının üzerindeki pençeleri ve ağzındaki dişleridir.
Archæopteryx’in kanatlarında pençeleri ve ağzında dişleri olduğu doğrudur, ancak bu özellikleri canlının sürüngenlerle herhangi bir şekilde bir ilgisi olduğunu göstermez. Zira günümüzde yaşayan iki tür kuşta, Touraco corythaix ve Opisthocomus hoatzin’de de dallara tutunmaya yarayan pençeler bulunmaktadır. Ve bu canlılar, hiçbir sürüngen özelliği taşımayan, tam birer kuştur. Dolayısıyla Archæopteryx’in kanatlarında pençeleri olduğu ve bu sebeple de bir ara form olduğu yolundaki iddia geçersizdir.
Archæopteryx’in ağzındaki dişler de yine bu canlıyı bir ara form kılmaz. Evrimciler bu dişlerin bir sürüngen özelliği olduğunu öne sürerek insanları yanıltmaktadırlar. Çünkü dişler sürüngenlerin tipik bir özelliği değildir. Günümüzde bazı sürüngenlerin dişleri varken bazılarının yoktur. Daha da önemli olan nokta, dişli kuşların Archæopteryx’le sınırlı olmamasıdır. Günümüzde dişli kuşların artık yaşamadıkları bir gerçektir, ancak fosil kayıtlarına baktığımız zaman gerek Archæopteryx ile aynı dönemde gerekse daha sonra, hatta günümüze oldukça yakın tarihlere kadar “dişli kuşlar” olarak isimlendirilebilecek ayrı bir kuş grubunun yaşamını sürdürdüğünü görürüz.
İşin en önemli yanı ise, Archæopteryx’in ve diğer dişli kuşların diş yapılarının, bu kuşların sözde evrimsel ataları olan dinozorların diş yapılarından çok farklı olmasıdır. Martin, Stewart ve Whetstone gibi ünlü kuşbilimcilerin yaptıkları ölçümlere göre, Archæopteryx’in ve diğer dişli kuşların dişlerinin üstü düzdür ve geniş kökleri vardır. Oysa bu kuşların atası olduğu iddia edilen Theropod dinozorlarının dişlerinin üstü testere gibi çıkıntılıdır ve kökleri de dardır. (L. D. Martin, J. D. Stewart, K. N. Whetstone, The Auk, cilt 98, 1980, s. 86) Aynı araştırmacılar, aynı zamanda Archæopteryx ile onun sözde ataları olan Theropod dinozorların bilek kemiklerini karşılaştırmışlar ve arada hiçbir benzerlik olmadığını ortaya koymuşlardır. (L. D. Martin, J. D. Stewart, K. N. Whetstone, The Auk, cilt 98, 1980, s. 86; L. D. Martin “Origins of Higher Groups of Tetrapods”, Ithaca, New York: Comstock Publising Association, 1991, s. 485, 540)
Archæopteryx’in dinozorlardan evrimleştiğini iddia eden ve bu konudaki önde gelen otoritelerden John Ostrom’un, bu canlı ile dinozorlar arasında var olduğunu öne sürdüğü bazı “benzerlik”lerin ise gerçekte birer yanlış yorum olduğu Tarsitano, Hecht ve A. D. Walker gibi anatomistlerin çalışmalarıyla ortaya çıkmıştır. (S. Tarsitano, M. K. Hecht, Zoological Journal of the Linnaean Society, cilt 69, 1985, s. 178; A. D. Walker, Geological Magazine, cilt 177, 1980, s. 595)
Tüm bunlar, Archæopteryx’in bir ara geçiş formu olmadığını; sadece “dişli kuşlar” olarak isimlendirilebilecek ayrı bir sınıflandırmaya ait olduğunu gösterir. Bu canlıyı Theropod dinozorlarla ilişkilendirmek ise son derece tutarsızdır. Amerikalı biyolog, Richard L. Deem Demise of the ‘Birds are Dinosaurs’ Theory (“Kuşlar Dinozordur” Teorisinin Sonu) başlıklı makalesinde, kuş-dinozor evrimi iddiası ve Archæopteryx hakkında şunları yazmaktadır:
Son çalışmaların sonuçları göstermektedir ki, Theropod dinozorların elleri (önkol kemiklerindeki) birinci, ikinci ve üçüncü hanelerden türemiştir. Ama kuşların kanatları, ikinci, üçüncü ve dördüncü hanelerden türer… ‘ Kuşlar dinozordur’ teorisiyle ilgili başka problemler de vardır. Theropodların ön ayakları Archæopteryx’e kıyasla, vücutlarına göre çok küçüktür. Bu canlıların ağır vücutları da düşünüldüğünde, bir tür “ön-kanat” (proto-wing) geliştirmeleri olası gözükmemektedir. Theropod dinozorların çok büyük bölümü (kuşlarda bulunan) semilunatik bilek kemiğinden yoksundur ve Archæopteryx’te hiçbir benzeri bulunmayan bazı bilek parçalarına sahiptir. Bütün Theropodlarda V1 sinirleri diğer bazı sinirlerle birlikte kafatasını yandan terk eder, kuşlarda ise aynı sinirler kafatasını ön taraftan kendilerine ait bir delikten geçerek terk eder. Bir başka sorun ise, Theropodların çok büyük kısmının Archæopteryx’ten daha sonra ortaya çıkmış olmalarıdır.” (Richard L. Deem “Demise of the ‘Birds are Dinosaurs’ Theory”, http://www.yfiles.com/dinobird2.html)
Kısacası Archæopteryx’in birtakım özgün özellikleri, bu canlının bir “ara form” olduğunu göstermemektedir. Nitekim bugün evrim teorisinin ünlü savunucularından Harvard Üniversitesi paleontologları Stephen Jay Gould ve Niles Eldredge de, Archæopteryx’in farklı özellikleri bünyesinde barındıran bir “mozaik” canlı olduğunu, ama bir ara form sayılamayacağını kabul etmektedirler. (S. J. Gould & N. Eldredge, Paleobiology, cilt 3, 1977, s. 147)