Mürekkepler içlerine boya maddesi katılıp, katılmayan diye ikiye ayrılır. Dolma kalemlerde kullanılan mürekkebin içine boya katılmaz sebep boya dolma kalemin ucunu tıkayabilir ve yazı yazarken ucundan akabilir.
Yazı mürekkeplerinin birçoğu meşe mazısı adı elde edilen asitler ile birlikte içinde demir bulunan kimyasal maddelerin karıştırılmasıyla elde edilir. Siyah görünümde olan bu mürekkebin rengi, başka kimyasallarla maddeler ile farklı renkler açılabilir.
Kâğıt üzerine yazılmış mürekkep, zaman geçtikçe her durumda koyulaşır. Bu mürekkep ile yazılmış belgelerin yaşımı ve ömrü saptamada araştırmacıların sıkça başvurduğu önemli bir yöntemidir.
İçinde boya maddesi bulunan mürekkepler ise tükenmezkalem diye bilinen kalemlerde kullanılabilir. İçlerine su katılmayan bu tip mürekkepler ise dolma kalemlerin kıyasla aksine oldukça koyu rengindedirler. Keçeli kalemlerde kullanılan boya ise katkılı mürekkeplerde kurumayı önlemek için alkol kullanılabilir.
Gizli mürekkep
Bu mürekkep çeşidi ise özel ve gizli iletiler için tercih edilir. Normal durumlarda görünmez olan bu mürekkepler ile yazılan yazılar, sadece ortam elverişli olduğu zaman görülebilir.
Baskı amaçlı mürekkep
Günümüzde en çok tercih edilen mürekkep türü matbaa mürekkebi yada baskı mürekkebidir. Kitap, gazeteler, paralar, pullar afiş ve broşürler üzerinde yazılan ve çizilen resimlerin hemen hepsi bu mürekkepler ile hazırlanır.
Bu tür baskı, matbaa işlemlerinde mürekkebin kuruma hızı çok önemli bir noktadır. Basım işlemlerinde kullanılan mürekkep kâğıt üzerine geçirildikten hemen sonra havadaki tüm oksijeni soğurarak kururmaya geçer.