İç narteks bölümünden ana mekâna geçişi sağlayan ve 6. yüzyıla tarihlenen kapı, Ayasofya’nın en büyük kapısıdır. 7 m. boyundaki İmparator kapısı, bronz çerçeveli olup, meşe ağacından yapılmıştır. Kanatlarının üzeri tunç levhalarla kaplı olan kapı, yalnız İmparator ve mahiyeti tarafından kullanılırdı. Doğu Roma kaynaklarında, kapının, Nuh’un Gemisi’nin tahtalarından yapılmış olabileceğinin yanı sıra, Yahudilerin kutsal levhalarının saklandığı sandığın tahtası da olabileceği bilgisi geçmektedir.