‘Methodus Plantarum’da Linnee, bitki ve hayvanların sınıflandırılmasındaki genel özelliklerini içeren belli başlı prensipleri vermiş ve bitkilerin tayini için çeşitli kısımlarının açıklanmasını yapmıştır. Nomenklatatur, eşanlamlar, sistemin çeşitli kategorilerinin karakteristikleri üzerine çalışmıştır. Linnee'nin doğa anlayışı, dönemindeki düşünür ve bilim adamlarının düşüncelerinden farklıdır. O, asla Stahl Hoffmann ve Boerhaave gibi bir hayat fenomenleri geliştirmemiştir. Gençlik eserlerinde son derece sade bir doğa kavramı vardır. Linnee’ ye göre doğa, Tanrı'nın emri ile doğa var olmuştur ve onun rehberliğinde var olmaya devam etmektedir. Linnee, ‘Evrenin temeli nedir?’ sorusuna yanıt aramıştır; ona göre evrenin özü, eski çağ filozoflarında görüldüğü gibi dört element olan toprak, su, ateş ve havadır. Linnee, hayvansal hayatı, solunumla temin edilen eterik elektrik ateşi aracılığıyla korunan hidrolik bir makine olarak tanımlamıştır. Linnee'de Seneca'da görülen yarı-panteistic bir tanrı anlayışı vardır ve eserinde İncil'den alıntılar verir. Linnee'nin evren ve hayat ile ilgili görüşlerini Aristo, Cesalpino ve van Helmont'tan aldığı fikirlerle desteklemeye çalıştığı görülür.
Linnee devrinde Aristocu olmakla suçlanmıştır. Erken tarihlerde babasının bahçesinde çalışma imkânı bulmuştur. Linnee, birçok yerde tespit ettiği bitkileri kaydedip onları numaralandırmış ve bu bitkileri daha önce verilen birçok sisteme uygun bir şekilde ele alıp incelemiş, ancak bunlardan tatmin olmamıştır. Linnee, daha sonra bir gazeteden Camerarius'un bitkilerde cinsiyeti bulduğunu öğrenmiştir. Bunu öğrendiğinde çok heyecanlanmış ve derhal konuyu incelemeye başlamış ve bitkilerin stamen ve pistüllerinin onların en hayati organları olduğunu ve sistematiğin temeline konması gerektiğini öne sürmüştür. Bu, onun cinsiyete dayanan sınıflandırma sisteminin ortaya çıkmasına sebep olmuştur.
Linnee, her şeyden önce, döneminde bilinen bitki ve hayvan türlerini (bunlara Latince adlar vermeye başlamıştı) sınıflandırmasıyla tanınır. Bu iki kelimelik yapının ilk kelimesi o yaşam formunun ait olduğu cinsin ismidir. İkinci kelime ise o cinsin değişik türlerini belirtmek için kullanılan ve türün genel özelliklerine bağlı olarak seçilmiş bağımsız bir kelimedir. Bu yaklaşım şimdi kullanılan iki kelimelik isimlendirme için bir temel teşkil etmiştir. Bu iki kelimelik isimler türlere ait bilimsel isimler veya türlerin sistematik isimleridir. Türlerin ayırt edilmesini daha da kolaylaştırmak için üç kelimelik isimlendirme kullanılmaktadır. Bilimsel adların doğru yazılması için; cins isimleri büyük harfle başlamalı, tür isimleri küçük harfle başlamalı ve yazar ismi ve yayın notu eklenmelidir. Her canlı varlığı iki adla (1. cins adı, 2. Tür adı
Örnek: kedi için Felis cadus, fasulye için Phaseolus vulgaris) adlandırma yöntemi olan ikili adlandırma yöntemini bulan Linnee'dir. Linnea ikili adlandırma sistemini 1753'te geliştirmiştir. 1742'den sonra bazı bitkilerdeki değişiklikleri gözleyen Linnee, bir bölge ya da ülkenin bitki ve hayvan topluluklarını belirtmek için ilk kez flora (bitey) ve fauna (direy) terimlerini kullandı.
Linnaeus'dan önce, bazen bir tanımlayıcı sıfat içeren bazen ise farklı birçok kelimeden oluşan bir isimlendirme kullanılıyordu. Bilim insanları aynı tür için farklı isimlerde kullanabiliyorlardı. Bu adlandırma bilim dünyasında birçok karışıklığa neden oldu. Linnaeus'un sistemi bitki ve hayvan türlerine verilen bu farklı isimlendirmeleri bir standarda ve kolay anlaşılan bir şekle kavuşturdu. Linnaeus sistemini cins, takım, sınıf gruplarını ekleyerek daha da geliştirdi ve öldü.