Trakai’de karasal iklim hakimdir. Kış ayları soğuk ve kar yağışlı, yaz ayları ise sıcak ve nemli geçmektedir. Yıllık ortalama hava sıcaklığı 6 derecedir. Ocak ayında ortalama sıcaklık -5 derece iken, Temmuz ayında bu ortalama 17 dereceye çıkmaktadır. Yaz aylarında gündüz sıcaklıkları 24 dereceye kadar yükselmektedir. Bu sebeple Trakai’ye gitmek için en uygun dönem yaz aylarıdır.