1575 senesinde ihtiyarlığı ve zayıflığı sebebiyle emekli oldu. 1578 senesinde Fatih Camiinde Cuma namazı kılarken hastalandı. Üç gün sonra vefat etti. Cenaze namazını, Müfti Kadızade Efendi kıldırdı. Kayınpederi sarıgürz'ün yaptırdığı mescidin haziresinde, bahçesinde defnolundu. Anadolu Hisarı'nda iki mescid ve Amasya'da bir cami inşa ettirmişti.
Sinaüddin Yusuf Ef~|~endi, zamanındaki, alimlerin ve velilerin yükseklerinden, ilim ve irfan sahibi bir zattı. Mütevazi bir bat olan Sinaüddin Yusuf Amasi, Ebüssü'üud Efendi vefat ettiği zaman Şeyülislamlığı teklif ettikleri halde kabul etmemişti. Yetiştiriği talebeleri kazasker oldukları halde gelip elini öperlerdi. İlmi üstünlüğü herkes tarafından kabul edilirdi. Tatlı dilli, güler yüzlüydü. Uzun ömrünü; ilim öğrenmek, ilim öğretmek ve eser yazmakla geçirmiştir. Kara Hüseyin ve Mehmed Çelebi adlarında alim ve fazıl iki oğlu vardı.
Eserlerinden bazıları şunlardır: 1) Haşiye?i Tefsir?i Kâdı Beydâvi: Çok kıymetli bir hâşiyedir. 2) Hidâye'nin muâmelat kısmına yazdığı hâşiyesi. 3) Şerh?i Mevâkıf, Miftah, Telvih ve Tecrîd adlı eserlerin kenarlarına yazdığı ta'likatı.