Hakem Jon Moss'un Southampton'a penaltı verme kararını tartışmalı bir şekilde bozup City defans oyuncusu Kyle Walker'ı ikinci yarıda oyundan attıktan sonra durum Guardiola'nın tarafı için daha da kötü olabilirdi.
City son üç iç saha maçında 16 gol atmıştı, ancak şampiyonların genellikle güçlü hücumları Southampton'ın iyi hazırlanmış savunması tarafından bastırıldı.
Raheem Sterling, City adına son nefesini vererek zaferi yakaladığını düşündü ancak ofsayt bayrağını kaldırdı ve VAR kararı onayladı.
Sonuç, City'yi lider Liverpool'un üç puan gerisinde bıraktı, Manchester United ve Chelsea Pazar günü yenilgiyi önlerlerse üstlerine geçebilirler.
En azından Guardiola, hafta ortası taraftarlarla yaptığı tartışmanın ardından kapasiteye yakın bir kalabalık tarafından sıcak bir şekilde karşılandı.
Guardiola, Etihad'da Çarşamba günü Şampiyonlar Ligi'nde Leipzig'i 6-3 yenen 38.062 maçın ardından daha fazla destek isteyerek City'nin hayran kitlesinin bir bölümünü rahatsız etmişti.
Bu düşük sayı, kısmen Leipzig taraftarlarının neredeyse tamamen yokluğundan kaynaklanıyordu ve katılım, Etihad'ın Southampton'ın ziyareti için 55.000 kişilik kapasiteye çok daha yakındı.
Taraftarlar, Guardiola'nın toplanma çığlığı, İspanyol'un adını haykırması ve oyuncular bir kez bile ayağa kalkmasalar bile takımlarını kükremesinin ardından canlı bir atmosfer yarattı.
City ilk yarıda hedefe şut atmayı başaramadığı için net fırsatlar çok değerliydi.
Sonunda bir kontrol önlemi almaya başladılar ve Sterling, İlkay Gündoğan'ı kalede oynadı, ancak Saints kalecisi Alex McCarthy tehlikenin üstesinden gelmek için hızlıydı.
Sezonun açılış gününden bu yana ilk ligine başlayan Sterling ve Gabriel Jesus zaman zaman iyi bir uyum sağladı.
Southampton, Che Adams'ın golü bir çabayı sürüklemesiyle yeniden başladıktan sonra tempoyu artırdı.
Tartışma, Walker'ın Adam Armstrong'un arkasına toplanmış gibi görünmesinden sonra Southampton'a bir penaltı verilmesiyle patlak verdi.
Moss, noktayı göstermekte tereddüt etmedi ve Walker'a kırmızı kartı göstermekte gecikmedi.
Ancak hakem, VAR kontrolünün ardından tüm olayı monitörde tekrar gözden geçirmeye davet edildi.
City'i rahatlatacak şekilde, cezayı iptal etmeye ve göndermeyi bozmaya karar verdi.
Guardiola, galibiyete Kevin De Bruyne, Riyad Mahrez ve Phil Foden'ı arka arkaya yedek kulübesinden çıkararak karşılık verdi.
Yine de Southampton, Adams'ın şutunu genişleterek pres yapmaya devam etti.
City, McCarthy'nin Foden'ın kafa vuruşunu dışında tutmasının ardından Sterling'in geri tepmeyi eve indirdiğinde bir çıkış yolu bulduklarını düşündü.
Moss ofsayt girişimini reddetti ve VAR kararı onaylamadan önce gergin dakikalar yaşandı.