Bölgedeki çalışmaların öncülleri olarak, 1943'ten beri faaliyet gösteren Patagonya Popüler Üniversitesi, Comodoro Rivadavia'da bir grup sakininin kamu yararının kurulması gibi çeşitli girişimlerden bahsedilebilir. 1950'ye kadar teknik ve uzmanlaşmış orta seviye öğretimi ve patolojik konularda araştırma ve yayma yapma.
1947'de, o zamanki Comodoro Rivadavia Askeri Hükümeti'nin bir girişimi olarak, Patagonya tarihi üzerine yayınlarla olumlu bir araştırma görevi yürüten Yüksek Patagonya Araştırmaları Enstitüsü kuruldu. Eylül 1949'da Senatörler Odası, merkezi Comodoro Rivadavia'da ve okulları Trelew, Esquel ve Río Gallegos'ta bulunan Ulusal Patagonya Üniversitesi'ni oluşturma projesini onayladı, ancak girişim Temsilciler Meclisi'nde başarılı olamadı. Mayıs 1959'da, Comodoro Rivadavia'da 11 Ocak 1959 tarihli 6,403 sayılı kararname ile yetkilendirilen Patagonya Üniversite Enstitüsü açıldı. Bir Konsey, bir Rektör ve Bilimler ve Beşeri Bilimler Okulları ile organize edildi. Bu özel Enstitü'nün yaratılmasındaki temel nedenlerden biri, gençlerin ülkenin diğer bölgelerine göçünü durdurmak, iklimi veya kültürleri nedeniyle daha cazip hale getirmek ve böylece Patagonya gerçekliği ile kesin bir anlaşmazlıktan kaçınmaktı. Bu enstitü, 18 Nisan 1963 tarihli ve 2.850 sayılı kararname ile Ulusal Yürütme Gücü tarafından tanınan San Juan Bosco Patagonya Üniversitesi haline geldiği yıl olan 1961 yılına kadar faaliyet göstermiştir.