Çeşitli farklı bağırsak kanserleri tipleri vardır. Her biri, ortaya çıktığı hücre tipi ile tanımlanır. Bağırsak Kanserlerinin yaklaşık %95’i adenokarsinomlardır ve bağırsak duvarının iç kısmındaki bez hücrelerinde başlar. Diğer Bağırsak Kanseri türleri şunlardır:
Skuamöz Hücre Kanseri, bağırsakların iç kısmını oluşturan deri benzeri skuamöz hücrelerde başlayan nadir bir kanserdir.
Nadir görülen karsinoid tümörler, hormon üreten dokular tarafından üretilen ve yavaş büyüyen tümörlerdir. Genellikle sindirim sisteminde olmasına rağmen, bağırsak kanserinden farklı şekilde tedavi edilirler. Kolon duvarındaki Cajal'ın interstisyel hücrelerinden başlayan gastrointestinal stromal tümörler. Bu tümörlerin hepsi malign değildir. Genellikle lenf bezlerinde başlayan lenfomalar da bağırsaklarda veya diğer organlarda başlayabilir. Kan damarlarında, kaslarda ve bağ dokularında büyüyebilen tümörler ise sarkomlardır.