Tarihiİlçenin MÖ 600 yıllarında kurulduğu sanılmaktadır. Şehrin eski adı Germanikopolis'tir. İlçeyi ilk kuranların Gaşkalar olduğu tahmin edilmektedir. Boy, uzunluk ya da kabile, soy, aşiret; abat, mağrur ya da imar edilmiş anlamına gelse de, bir zamanlar islam ve hristiyan dünyasının sınırında bir "serhat boyu kalesi" olduğundan adının Boy-Abad olarak yerleştiği sanılmaktadır. Bir başka söylentiye göre de "uzun ova" anlamı verilir. Boyabat sırasıyla Gaşka, Hitit, Paflagonya, Lidya, Pers, Makedonya, Roma, Bizans egemenliklerine girmiştir. Bu uygarlıklar sırasında şehre hakim büyük bir kayalık tepe üzerine yapılan Boyabat Kalesi zaman içinde şehrin öneminin artmasına ve gelişmesine büyük katkı sağlamıştır. Boyabat yöresi Danişment hükümdarı Gümüş Tegin tarafından Türk İdaresine katılmış, Selçuklu, Candaroğulları dönemlerinden sonra 1461 yılında Fatih Sultan Mehmet döneminde Osmanlı hakimiyetine girmiştir.
İlçe, Osmanlı zamanında Kastamonu Sancağına bağlı bir kadılıktır. Tanzimat devrinde Boyabat nahiyeye çevrilmiş, 1868 yılında da kaza yapılmıştır. İlçede Osmanlı Devleti'nden kalma birçok eser vardır. Akmescit Camii, şu anda harebe halinde olan Çay Mahallesindeki Medrese, Daylı Türbesi, AşıklıTekke Türbesi, Büyük Cami, Bekir Paşa Su Kanalı vs. İlçe Cumhuriyet döneminde Sinop iline bağlı bir ilçe olurken gelişmesini de hızla sürdürmektedir