Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi İktisat ve Maliye bölümünü bitirdi. Paris ve Poitiers Üniversitelerinde doktora öğrenimini tamamladı. Doktora aşamasında ve sonrasında azgelişmişlik, emperyalizm, kapitalizmden sosyalizme geçiş sorunları üzerine birçok araştırma yaptı. Abant İzzet Baysal Üniversitesi İktisat Bölümü öğretim üyesi iken Paradigmanın İflası adlı kitabından ötürü Terörle Mücadele Yasası'na muhalefetten 20 ay hapis cezasına çarptırıldı. Daha sonra Özgür Üniversite'yi kuran Başkaya, çalışmalarını burada devam ettirmektedir. Düzenli olarak Özgür Üniversite'de yazılar yazamaya devam eden Başkaya'nın Yediyüz, Çığrından Çıkmış Bir Dünya, Azgelişmişliğin Sürekliliği gibi yayımlanmış çok sayıda kitabı bulunmaktadır.