Üniversitenin kökleri, 19 Ağustos'da Santo Tomás de Aquino adı altında Şili'nin ilk üniversitesi olarak kurulduğu 1622 yılına kadar uzanır. 28 Temmuz1738 İspanyol Kral Felipe V'in onuruna üniversitenin adı Real Universidad de San Felipe olarak değiştirilir. Halk arasında Casa de Bello (tr.: Bello'nun evi– ilk rektörü, Andrés Bello'dan gelir) olarak da bilinir.