Türk cemaat bu tarihe kadar, 1913 Atina Anlaşması ve 1920 tarihli 2345 sayılı kanun gereği kendi müftülerini hür iradeleriyle seçebilmekteydiler. 2345/1920 sayılı kanuna göre müftülerin; Din İşleri Bakanlığı ve Bölge Valisi tarafından onaylanan bir adaylar listesinden, Müslüman azınlık tarafından seçilmesi, Geniş yönetsel-yargısal yetkilerle donatılan müftülerin görev bölgelerinde şeriat hükümlerini uygulayabilmesi, öğretim ve din görevlilerini denetleyebilmesi, Cemaat İdare Heyetlerinin evkaf gelirlerini kontrol edebilmesi, Müslümanlar arasında şahsın hukuku ve aile hukuku konusunda çıkan sorunları çözmekle yükümlü olup, evlenme, boşanma, nafaka, vesayet, velayet, miras gibi konularda karar verebilmesi, Kararlarının ilgili Yunan makamları tarafından tanınması ve yürürlüğe konabilmesi,Yunanistan'daki diğer din görevlileri gibi askerlikten muaf tutulmaları, Camilere ait vakıfları yöneten komisyona da başkanlık yapabilmeleri, öngörülmüştür.
Aynı yasa, müftüleri denetleyecek bir baş müftüden de söz etmektedir. Buna göre, Baş müftü Yunanistan'da yaşayan Müslümanların mezhep bakımından en büyük makamı olup karma usulle seçilmektedir. Yunanistan'daki bütün müftüler bir araya gelecekler ve çoğunlukla seçtikleri 3 adayı Dinişleri Bakanlığı'na sunacaklardır. Bakan tarafından seçilen kişi, Kral iradesi ile atanacaktır. Fakat bu sözü edilen baş müftü hiçbir zaman atanamamış, hatta söz konusu yasanın 12.madde dışında hiçbir hükmü yürürlüğe sokulmamıştır. Müftülerin seçimle gelme hükmü de yürürlüğe konmadığı için 1920'den sonra müftüler özel birer Kral İradesi ile atanmışlardır.
1984 yılında Gümülcine Müftüsü Hüseyin Mustafa Efendi'nin ölümü ile Yunan hükümeti bu pozisyona Müslüman azınlığa danışma gereksinimi duymadan Rüştü Ethem'i atamıştır. Bunun üzerine azınlık Ağustos 1990'da yeni ve resmi olmayan bir seçim yapmış ve Mehmet Emin AGA'yı İskeçe, İbrahim Şerif'i de Gümülcine Müftüsü olarak seçmişlerdir. Yunan Hükümeti'nin buna yanıtı 2345 sayılı kanunu kaldırıp, yerine 1920 sayılı kanunu getirmek olmuştur. Bu yeni kanun, müftülerin cemaat tarafından seçilmesini engellemekte ve müftü tayinini tümüyle Yunan idaresine bırakmaktadır.
2345/1920 sayılı kanunun 1.5. maddesine göre, devlet tarafından atanan bir genel sekreter başkanlığında, vali, Müslüman dini memurlar ve yörenin ileri gelen azınlık mensuplarının da katılacağı bir komisyon müftüyü seçecektir. Söz konusu komisyon, bir aday listesi hazırlayacak, bu liste devlet tarafından atanmış bir memur olan Trakya Genel Sekreteri tarafından Eğitim ve Din İşleri Bakanlığı'na gönderilecektir. Bakanlık, Cumhurbaşkanlık onayı ile nihai kararı verecektir. Türk azınlıktan gelebilecek herhangi bir tepkiye karşı önlem olarak da söz konusu komisyonun sadece başkanın varlığı ile dahi karar alabileceği, diğer üyelerin toplantıda bulunmasının şart olmadığı öngörülmüştür.
Yeni kanunun önceki kanundan bir diğer önemli farkı da müftülerin elinden vakıfların mal varlığını yönetme yetkisini geri almış olmasıdır.(5. madde). Bunlara ek olarak, 7. maddeye göre resmi yazışmalar da Yunanca yapılacaktır. Halbuki 2345 sayılı kanunda diğer Müslüman cemaatlerle ve Türklerle yapılacak yazışmaların Türkçe olmasına izin verilmiştir.
Şu anda Batı Trakya'da her cemaatin ikişer müftüsü vardır: ilk ikisi Yunan Hükümeti tarafından atanmış olan Gümülcine Müftüsü Cemali Meço ile İskeçe Müftüsü Mehmet Emin Sinikoğlu'dur. Diğer ikisi ise cemaat tarafından seçilmiş olan Gümülcine Müftüsü Mehmet Emin Aga ile İskeçe Müftüsü İbrahim Şerif'tir. Yunan Hükümeti, cemaatin seçtiği müftüleri "müftü" unvanını kanunsuz bir şekilde kullanmaktan ve otoriteye karşı çıkmaktan çeşitli defalar yargılamışlar ve hapse atmışlardır. 14 Aralık 1999'da Avrupa İnsan hakları mahkemesi İbrahim Şerif davasında, "Şerif'e karşı yürütülen idari işlemler Avrupa İnsan hakları Sözleşmesi'nin düşünce, din ve kanaat özgürlüğüne dair 9. maddesinin ihlali" olduğu gerekçesiyle Yunanistan'ı mahkum etmiştir.
Kaynak: Batı Trakya Türkleri Dayanışma Derneği