Muammer Sun, mezuniyetinden sonra Ankara, İzmir, İstanbul Devlet Konservatuvarlarında, GEE Müzik Bölümünde, Siyasal Bilimler Fakültesi Basın Yayın Yüksekokulu'nda, Ankara Radyosu'nda öğretmenlik yaptı. 1969 yılında, sanat kurumlarının temsilcisi olarak TRT Yönetim Kurulu üyeliğine seçildi.
TRT Ankara Radyosu Çoksesli Korosu'nu ve TRT Müzik Dairesini kurdu. TRT Kültür Sanat Ödülleri Sistemini (Murat Katoğlu ile birlikte) hazırladı, TRT'nin gerçekleştirmesini sağladı (1971).
1968'de atandığı Milli Eğitim Bakanlığı Müşavirliği sırasında, Çocuk ve Gençlik Koroları Yönetmeliği'ni hazırladı. Bütün Türkiye'de 166 çocuk ve gençlik korosu kuruldu. Koro şeflerine 1968 -1969 yazlarında, Gazi Eğitim Müzik Bölümü öğretmenleriyle birlikte, iki kez yaz kursu düzenledi. Bu kurslara Gazi Müzik bölümü'nde 40, Sinop kursunda 80 olmak üzere 120 müzik öğretmeni katıldı. (166 koro, ödenekleri kesinliği için 1970'de kapatıldı. Bu korolar ve kurslara katılan müzik öğretmenleri, bugünkü Türkiye'de yaygınlaşan çocuk ve gençlik korolarının temelini oluşturdu.)
Muammer Sun, 1967 ve 69'da, biri TRT adına; öteki de TRT ve ODTÜ adına, iki büyük folklor derlemesi düzenledi; kendisi de bu derlemelere uzman derleyici olarak katıldı. Haccettepe Üniversitesi Devlet Konservatuvarı Kompozisyon bölümü öğretim üyeliğinden Ekim 1999'da emekli oldu. Eylül 2004'de Sun Yayınevi'ni kurdu.
Çok önemli bir müzik adamı olan Muammer Sun, TRT'nin yapımını üstlendiği ve tarihsel olarak çok büyük önem taşıyan Kurtuluş ve Cumhuriyet filmlerinin film müziklerini de yapmıştır