Film, “Güvercin itikatı” sahnesiyle başlar. Bilimsel bir gözlemdir, güvercinin zekası olup olmadığını ölçmeye dayalıdır. “Bunu hak edecek ne yaptım ben?” Giriş sahnesiyle beraber film ardı ardına gelen flasbackler ile farklı tarzda kurgulanmış dört farklı ölümün meydana gelişini görürüz. Olay örgüsü biçimini aldığı vakit film 2092 yılıyla başlar, Doktar Feldheim’in sorular yönelttiği kahramanımız, “Siz Kimsiniz?” sorusuna “Hiç kimse” cevabını verir, bu filmin temel sorusudur aslında “Siz kimsiniz?” Kahramanımız bu soruya “Nemo Nobody” cevabını verir. Nemo, geçmişiyle alakalı hiçbir şey hatırlamaz, tek hatırladığı 34 yaşında olduğu ve 9 Şubat 1975 yılında doğduğudur. İnsanlık 2092 yılında ölümsüzlüğü bulmuştur ve Nemo son ölümlüdür. Nobody kendisinin 2009 yılında yaşadığına inanır. Feldheim ona “New New York Times” gazetesinin 9 Şubat 2092 tarihli sayısını uzatır ve başlık “Son ölümlü 118 yaşına giriyor”dur. Nemo bunu görünce “Uyanmak istiyorum” diye bağırır ve film Nemo’nun eski hayatına flasback olarak döner. Film Nemo’nun farklı farklı paralel evrenlerden oluşan hayatlarının gidişatlarını konu edinir ve bu ilk geniş dönüştür.
Nemo yataktan kalkıp ışığı açmaya çalıştığı vakit ilk düğme açılmaz ama sonraki düğme de ışık yanar, eve gelen postanın arkasından camdan baktığında postacının geri geri adımlarla ters giderek evden uzaklaştığını görür, gelen postadan başka paralel bir evrendeki hayatından ve ailesinden bir aile fotoğrafıdır ve Nemo küçük oğluna “Paul” diye seslenir, bu aslında diğer evrendeki oğludur. Film öteki evrendeki Nemo’nun evine döner ve “Paul” diye seslendiği oğlu Nemo’ya “Baba”der. Nemo bu evrendeki eşine “Elise” diye seslenir ama aslında seslendiği kişi o evrendeki eşi “Jean”dir. Nemo diğer ilk evrende daha mütevazi bir evde yaşarken bu ikinci evrende lüks havuzlu bir villada yaşamaktadır. Üçüncü evrene geçişimiz sırasında Nemo’yu ziyarete gelenler ve Nemo’nun onlardan kaçmak ve için çizdiği yeni yol televizyonda gördüğü bir patlama haberidir ve bu seferki geri dönüş patlama yerine olur. Nemo evlenmiştir ama eve giderken patlama olur.
Faldheim’in olduğu başat örgüye döndüğümüzde Nemo’nun zihnine girer ve onu uyutmaya çalışır, burada amaç Nemo’nun çocukluğuna inmektir ama daha öncesine gidilir ve Nemo’nun daha dünyaya gelmeden önceki ruhlar âlemindeki haline ulaşır, bu onun aslında oraya kadar bütün olayları hatırladığı ve bunları zihninde tuttuğunun işaretidir. “Çok uzun zaman önceyi doğumdan bile önceyi hatırlıyorum.” Bu ruhlar alemi sahnesinde çocukların her şeyi bildiği ama meleklerin parmaklarını onların dudaklarına getirip onlara bu bildiklerini unutturduklarını Nemo anlatır ama melekler onu gözden kaçırmıştır ve o bildiklerini aslında unutmamıştır. Nemo aile seçimi yapar bu sahneden sonra bu seçim aşamalarının hepsini hatırlamaktadır. Nemo ailesini babasının söylediği “Kelebek Etkisi” sayesinde eşleştik söylemine binaen tercih eder. Babasıyla annesi bir yaprağın ağaçtan kopup babasının ayağını kaydırması ve annesiyle o an tanışmasıyla devam eder film. Bu bölümleri Nemo kendi ağzından küçük bir çocuk sesiyle anlatır.
İlk bölüm geçildiğinde artık Nemo’nun çocukluk evrenine girmiş bulunuruz, Doktor onun zihnine girmiştir ve onu çözmeye çalışmaktadır, bilmediği nokta ise Nemo’nun zihni geçmişiyle alakalı olarak doktora farklı biçimde seneryolar ve olay örgüleri sunacak olmasıdır, aslında temelde Nemo’nun kim olduğunu bilmemelerinin sebebi de budur. Nemo olayları önceden bildiğinden geçmişine doğru dönüldüğünde de olayları tekrardan yaratıp yeni kurgular meydana getirebilme yeteneğine sahiptir, Nemo olayları kendi isteği doğrusunda bükmeye çalışır ama yanıldığı noktalar vardır.
Seçtiği ailesi tek değiştiremediği noktadır, ailesini bir kere seçebilmektedir ama sonraki kombinasyonlar hep bu seçimiyle bağlantılı olacaktır. “Neden ben benim de başkası değilim?” Nemo yeni yürümeye başladığında bu soruyu sorar, bu onun bebekliğinden farklı oluşunun ilk işaretidir.
“Püreyle salçayı karıştırırsanız, sonradan onları birbirinden ayıramazsınız. Mümkün değildir. Duman, babamın sigarasından çıkar; ama asla geri dönmez. Biz de geri dönemiyiz. Bu yüzden seçim yapmak zordur. Doğru seçim yapmanız gerekir. Hiçbir seçim yapmadığınız sürece her şeyi mümkün kılarsınız.” Bu sahne Nemo’nun çocukken geleceğini belirleyecek seçimlerinin kritikliğini ve ortaya çıkacak sonuçları üzerine özet mahiyetindedir, Nemo daha on yaşlarında iken potansiyel eş adaylarını “Anna”, “Elise”, ve “Jean”i bir arada görür ve onlara selam verir, aslında tercihlerine selamıdır bu. Nemo her biriyle tek tek flasbacklerle evlenir. Bu evliliklerin hepsi kilisede gerçekleşir ve kilisenin üç kapısı vardır, Nemo bu üç kapıdan ayrı ayrı her evlendiği eşiyle çıkar, bu üç tercihi hayatının gidişatının resmedildiği üç tercih yoludur.
Nemo Anna’ya aşık olur, bu tüm kombinasyonlara hakim olan kanattır. Havuz sahnesinde aşık olduğu Anna’yı bulmak için havuza atlar ama boğulma tehlikesi geçirir ve onu Jean kurtarmaya gelir, bu da Jean’in onu sevdiğine işarettir. Jean Nemo’nun hayatına kurtarıcı mahiyette girer.
Nemo’nun hayatındaki en büyük kırılma noktası annesinin babasını aldatması olayıdır, bu olay Nemo için geri dönüşü olmayan kombinasyonlar yaratır. Annesinin babasını aldattığı kişi Anna’nın babasıdır, kaderi Nemo’yu Anna’ya doğru itmektedir. Bu aldatma hikayesi sonrası filmin kırılma sahnesi gelir. Tren istasyonu sahnesi, Nemo babasından ayrılan annesinin gitmekte olduğu ve babasının kaldığı bir noktada ortadadır ve ikisi arasında tercih yapmak zorundadır aslında bu tercih onun hayat dilemmasının temelini teşkil eder. Tercihi ona farklı hayatlar vadetmektedir. Nemo film boyu bu tercihlerin her birini birer birer dener ve farklı sonuçlar çıkarmak için uğraşır. Nemo kombinasyonları kurarken ilk olarak annesiyle gittiği sonra babasıyla kaldığı sahneyi kafasında canlandırır, babasıyla kaldığı sahnede “kelebek etkisi” görülür, âdi ipten yapılan ayakkabı bağcığı kopar ve Nemo trene yetişemez. Filmin sonuna doğru Nemo hiç birini tercih etmemeyi de deneyecektir. Nemo’nun tercihleri trenin ray değiştirmesi gibidir.
Nemo’nun annesiyle beraber gittiği evrende okulunda Anna vardır. Anna bir gün su kenarında Nemo’ya “yüzecek misin” diye sorar. Nemo arkadaşlarıyla yüzmek istemediğini onların gerizekalı olduğu söyler, bu ilk kombinasyonun sonucunda Nemo Anna’yı tamamen kaybeder. Anna ile uzun bir zaman sonra tren garında karşılar ve Anna evlenmiştir ve iki çocuğu vardır, ilk sahneden Nemo, Anna’yı kaybetmiştir. Tek bir söz bir ömür hissedilen pişmanlığa neden olmuştur. Nemo cüzdanında taşıdığı o gün çektiği su kenarı fotoğrafını çıkarır ve tekrar o güne geri döner ve Anna tekrar yanına gelir “yüzecek misin?” diye sorar. Nemo “yüzme bilmiyorum” diye cevap verir. Anna bu cevap sonrası Nemo’nun yanından ayrılmaz ve onunla kalır. Harry, Nemo’nun annesinin yeni kocasıdır ve onun kızı da Anna’dır. Nemo on beş yaşında Anna’ya aşıktır ve aynı evdelerdir, annesi ve babası evlenmiştir. Nemo hayatı boyunca Anna ile yaşadığı aşkın devamını aramıştır bu arayış hali onun kombinasyonlarının odak noktasıdır.
Babasıyla olan kombinasyonu da dener, babası hastadır, Nemo burada daha sorumluluk sahibidir, babasına bakar, markette çalışır. Nemo babasına ruh halinin çok iyi olduğunu söylese de aslında değildir, bunu yalnızlığında görürüz. Burada ki Nemo yazardır, yalnızlığını bilimkurgu romanı yazarak yaşar. Bu da bir kombinasyon yaratır, babasıyla kaldığı kombinasyonun odak noktası “Elise”dir. Nemo, Elise’i aramaktadır, hikayeyi onun üzerine kurgulamaktadır ama Elise başkasını sevmektedir. Nemo Elise’e kavuşmak için türlü türlü kombinasyonları deneyecektir, Elise ondan ölürsem söz ver küllerimi Mars’a götüreceksin sözünü alır. Nemo, Elise için her şeyi dener. Babasına bakan Nemo içine kapanaktır ve duygusaldır. Elise mektup götürürken evinin önünde onu sevgilisiyle görür ve mektubu veremez, geri motorla evine dönerken üzgündür, kırgındır ve motoru hiddetle sürer ve kaza yapar, bu kaza onu bitkisel hayatta yaşadığı bir kombinasyona sürükler, Nemo bu kombinasyonu tekrar yazmak için geri döndüğünde Elise’in evinden çıkan, Elise’in sevgilisini görmez ve Elise’e mektubu götürür. Nemo bu sahnede Elise’e “Tek bir şeye inanıyorum. Sevdiğimiz insanlara her zaman “seni seviyorum” demeyiliz bence.” der ve mektubu verir. Elise bundan etkilenir ama Stefano’yu sevdiğini söyler ve yanından ayrılır, bu kombinasyonda da Elise gitmiştir ve Nemo kendisi o gece dansa kaldıran kişiyle evleneceğini babasına söyler ve gece onu dansa kaldıran kişi Jean’dir. Jean ve Nemo kombinasyonu böyle başlar ve devam eder, Nemo Elise kavuşamaz ve kilisenin üç kapısından birinden çıktığı Jean ile evlenir, Nemo o gece hayat hakkından daha gerçekçi kararlar alır, işini ve geleceğini ilgilendiren kararlardır bunlar ve bunları tek tek elde eder ama gerçek mutluluğa ulaşamaz. Aklı Elise de ve geçmişinde kalmıştır. Jean, Nemo’ya “Senin için bir değerim var mı?” diye sorar ve onun yazdığı bir yazıyı ona okur, “Gün gelir, hayattaki her şey çekilmez görünür göze. Seçimler çoktan yapılmıştır. Elimden ancak hayatıma devam etmek geliyor." Nemo Jean ile Elise unutmak için evlenmiştir, bu evlilik ona mutluluktan çok, geçmişi hatırlama ve ondan sıyrılamama haline neden olmuştur.
Kombinasyonlar arası geçişler zihinsel birer aktivite gibi gerçekleşirken, Anna ile yaşayan Nemo, Jean ile yaşayan Nemo’nun duyuları bazı sahnelerden birbirine karışır. Duyu sınırı ortadan kalkmış hissizleşmiş olan Jean’li Nemo’dan mutluluktan sarhoş olan Nemo’ya geçerken elini muma koyan birinci Nemo elinin yandığını dahi hissetmezken, ikinci Nemo’ya geçişte o acıyı çok kuvvetli bir biçimde hisseden bir Nemo vardır. Mutluluk hissiyatı kuvvetlendirirken öbürkünde köreltmiş ve ortadan kaldırmıştır. Tabi her mutluluk hayatta sonsuz değildir, Nemo’nun annnesi ve Anna’nın babası evliliklerini yürütemedikleri gerekçesiyle ayrılma kararı aldıkları vakit, Nemo ve Anna için keder çanları da çalmaya başlamıştır, bu geri dönüşü olmayan bir karardır. Anna ve Nemo her Pazar günü deniz fenerinin orada bir ömür boyu buluşmak üzere sözleşirler. Anna’nın gidişi Nemo için büyük bir yıkım olur, bu yıkım onu bir ömür boyu takip eder. Hayatı boyunca Anna’yı arayıp bulmak için uğraşır, bu arayış hali zihnini hapseder. Deniz fenerinde onu bekler ama Anna gelmez, Anna’dan gelen mektupları ise annesi yırtıp atar. (Bütün kombinasyonlarda Nemo’nun yüzme bilmemesi üzerine bir konuşma geçer, Jean ile olan kombinasyonda öğrenmek istediğini dahi dile getirir, bu durum Nemo’nun Anna’ya yüzme havuzunda aşık olması ve aslında temelde hep ona ulaşma istenci içinde olduğuna bir delildir. Jean’li kombinasyonda büyük bir havuz satın alacak kadar paraya kavuşur, Anna’dan ayrıldığında ise havuz temizleme işlerinde çalışır.) Nemo Anna’yı bulmak için tren garına her gün gider ve bir gün onunla karşılar kader onları tekrardan bir araya getirir gibi olur.
Bitkisel hayatta ki Nemo, zihininde Elise ulaşmış ve onunla evlendiği gün filmin ilk sahnesinde gördüğümüz patlamada onu kaybetmiştir, yıllar yılı onun küllerini ona söz verdiği gibi Marsa saçmak için bekler ve bir gün uzay seyahatleri yapılmaya başlandığında onun küllerini Marsa götürmeye karar verir ve bunu gerçekleştirir.
Elise’i ikna edip onunla evlenen Nemo ise Elise’in yaşadığı ruhsal sıkıntılarla mücadele etmektedir. Nemo, Elise sevmesine rağmen bu kombinasyonda iyi aile babası olmasına karşın Elise bu zorlama evlilikten mutsuzdur, Stefano’ya olan aşkından dolayı hayatı büyük bir keder içinde geçmektedir. Aile hayatlarında çocukları annelerinin halinden rahatsızdır, mutsuzdurlar. Elise bu kombinasyonda bir gün evi terk eder ve Stefano’yu bulmaya gider. Bu kombinasyonun en dikkat çeken sahnesi araba yıkama sahnesidir, Nemo aracın içinde arabası yıkanırken sudan korkar evine geldiğinde Elise’i yağan yağmurun altında deliler gibi dolaşırken evi terk etmek ister halde bulur, Elise kendini tokatlar haldedir, Nemo’nun koruyabilmek için mücadele ettiği evliliği aslında ona hayatı boyunca daima mutsuzluk getirmiştir. Nemo bu kombinasyonda aracıyla ışıklarda beklerken Anna ile karşılar, Anna evlidir ve çocukları vardır, kader onları daima karşılaştırma eğilimi içindedir. Aslında mutsuzluklarımızın temeli karşımıza çıkan fırsatları kaçırıp ve zorlama süreçlerde diletmemiz olduğunu görürüz bu kombinasyonda, Nemo başından sonuna kadar Elise ulaşmak için hikayeyi hep başa sarma eğilimi içinde olmuştur, bu onun bu ilişkiyi ne kadar fazla istediğinin ama kaderin ona hep engeller çıkarma gayreti içinde olduğunun bir kanıtıdır, ışıklarda karşılaştığı Anna ise kaderinin ona bir mesajıdır.
Hayatı Anna’yı aramakla geçen Nemo, Anna’yı bir gün tren garında görür, onu görmesine sebep olan olay ise “Kelebek Etkisi”dir, Nemo her gün aynı saatte Anna’yı görmek için gittiği istasyonda para dilenen kadına para verir, o gün kadın para dilenirken ölmüştür, Nemo cenazeyi alması için ambulans çağırır ve onları bekler bu bekleme süresi ona Anna’yı görme fırsatı tanır. Zaman onlar için durmuştur, yıllardır süren arayış sona ermiştir. Bu kombinasyonun kırılma noktası yıllardır Nemo’yu bekleyen Anna’nın aslında hayata bakışında gelişen ürkekliktir, bir ömür yaşamaktan çok yaşıyormuş taklidi yapmak zorunda kalan Anna ürkektir, kavuşmanın verdiği mutluluğu kaybetmenin onda açacağı büyük hüsrandan korkmaktadır ve Nemo’dan zaman ister ve ona numarasını verir, iki gün sonra deniz fenerinde buluşma sözü ile ayrılır. Kağıda yazıp verdiği telefon numarası yine “Kelebek Etkisi” ile iki ay önce işsiz bir Brezilyalı’nın kaynattığı yumurtanın ortaya çıkardığı yağmurla ıslanmış ve numara silinmiştir. Eski bir Çin atasözünün dediği gibi “Tek bir kar tanesi, bambunun yaprağını bükebilir.” Nemo yine Anna’nın izini tamamen kaybeder, onu deniz fenerinin kıyısında beklemeye başlar.
Nemo evlendiği gün patlamada kaybettiği Elise’i kurguladığı kombinasyonda evini bir laboratuvara çevirmiştir, meyvelerin sebzelerin çürüme hallerini kayıt altına almıştır. Elise’in ölmediği ama ruhsal sorunlar yaşadığı kombinasyonda ise arabasını temizlediği için ona çıkışan Elise’e onu sevdiğini göstermek için arabasını ateşe verir. Nemo’nun hayat çizgisi aslında iki pencerelidir, annesiyle olan çizgiyi Anna, babasıyla olan çizgiyi ise Elise oluşturmaktadır. Tercihlerin farklılıkları Nemo’da birbirinden farklı karakterler meydana getirmiştir.
Nemo için en zorlama kombinasyonun Jean olduğu çok açıktır, Nemo Jean’nın kahvesini şekerli içip içmediğini dahi bilmez. Nemo bu kombinasyonda hayatla bağlarını koparmak için girişimlerde bulunur. İntihar etmek için tren rayları üzerinde durur ama yazı tura atar ve sonuç intihar etmemesi yönündedir. Mr. Jones isminde birinin yerine geçer, bu kişi aranan biridir ve bir gün otel odasındayken küvetin içinde uyurken burası kaderin bir mesajıdır, Mr. Jones’ı öldürmeye gelen biri tarafından öldürülür.
Nemo’nun bitkisel hayattaki kombinasyonunda, Nemo Mars seyahatini zihninde yazar. Elise’in küllerini Mars toprağı ile buluşturur ve dünyaya dönmek için tekrardan uzay aracına biner. Uzay aracında karşılaştı kişi yine Anna’dır. Uzay aracına çarpan meteor yağmuru sonucu Anna ve Nemo burada beraberce ölürler.
Elise, Nemo’yu terk ettikten sonra bir kuaför dükkanında çalışmaya başlar, kuaför sahnesinde, sahne duraklar gibi olur ve o sahneye girerken sinema salonunda Nemo’nun çocukluğu film izliyormuş gibi bu sahneyi izler ve daktilosunda yazmayı kestiğinde sahne duraksar ve yazmaya devam ettiğinde de sahne devam eder, bu hikayenin aslında bir zihin ürünü olduğunun kanıtıdır, Elise ile Nemo’nun kavuşması ve ayrılığı normal hayat akışına aykırıdır. Bu kombinasyonun sahnesi de bu şekilde kapanmış olur.
Patlama sonucu Elise’in öldüğü ve onun yasıyla bir ömür geçiren Nemo kombinasyonunda Nemo’nun iş yerinde çalışan Peter göle arabasıyla uçar ve ölür, cenaze merasiminde Peter’ın eşinin Anna oluduğunu öğreniriz, kader Nemo’yu çok farklı bir açıdan Anna’ya tekrardan bağlar, burada Peter’ın aracıyla göle düşüp boğularak ölmesi de kaderin bir başka mesajıdır.
Bitkisel hayatta ki Nemo’nun ölüm vakti geldiğinde onun zihninde oluşturduğu bu komibinasyonların hepsi de birer birer çöker. “Hayat bir oyun bahçesidir ya da hiçbir şeydir.”
“Seçilen her yol doğru yoldur. Yaşanılanlar bambaşka şekillerde vuku bulabilirdi ancak öyle olsa dahi yine de aynı mana ve değeri taşırdı.” Tennessee Williams
Nemo kendisini bir seçim yapma zorunluluğu içinde bırakan anne ve babasından farklı olarak filmin sonunda seçim yapmadığı noktaya yönelir. Ve geri çekilir, kaçar, ormanda bulduğu çınar yaprağına üfler ve yaprağı deniz fenerinin orada ki Nemo’ya yollar, Nemo ile Anna kavuşur. Nemo tüm kombinasyonlardan en doğru sonucu bulur, ona kendince en doğru gelen zamanı geriye çevirir, artık Anna’ya nasıl kavuşacağını bilmektedir.