Bilgisayar Mühendisliği, Dilbilim, Felsefe ve Psikoloji Bölümlerinin katkıları ile oluşturulmuş olan Bilişsel Bilim Yüksek Lisans Programı, öğrencileri bilişsel süreçlerin çeşitli yönleri ile tanıştırmayı amaçlamaktadır.
Programdan mezun olmak için öğrencilerin, en az 26/32 kredilik ders alarak başarılı olmaları ve akademik danışmanlarının gözetiminde bir yüksek lisans tezi hazırlayıp sunmaları gerekmektedir. Öğrenciler, programda temsil edilen dört bölümden ikisini seçerek, bu iki alanın her birinden üçer ders, ve bunlara ilaveten iki de serbest seçmeli yüksek lisans dersi olmak üzere tam sekiz ders almak zorundadırlar. COGS 579 Lisansüstü Seminer dersi dışındaki yüksek lisans dersleri ilgili bölümlerin kendi öğrencileriyle birlikte alınır (Örneğin, bir öğrenci Dilbilimi iki alanından biri olarak seçtiyse, LING501 dersini Dilbilim öğrencileriyle birlikte alır). İkinci yıllarında, ilk yıl uzmanlaştıkları iki alanın örtüştüğü bir konuda tez hazırlamaları gerekmektedir.
Öğrencilerin, seçmiş oldukları alanlardan alacakları derslerin belirlenmesinde program danışmanı kendilerine yardımcı olur ve her dönem için ders listesi, danışmanın onaylaması ile kesinleşir.
Programa girdikleri ilk yıl öğrencilerin bilimsel hazırlık yılıdır ve bu yıl içinde, programa hazırlanmak üzere lisans düzeyinde en fazla sekiz ders almaları gerekmektedir. Bu sekiz dersten dördü bilimsel hazırlık yılının ilk döneminde, programda temsil edilen dört alandan birer tane olmak üzere alınır. İkinci dönemde ise, öğrenciler dört alandan ikisini seçerek bu iki alandan ikişer ders almak zorundadırlar. Dört alandan herhangi birinden lisans derecesine sahip öğrenciler, diğer üç alandan ikisini seçmek durumundadırlar. Bilimsel hazırlık yılında ayrıca COGS 500 Bilişsel Bilime Giriş dersi alınacaktır. Bu dersleri (veya muadili dersleri) daha önce lisans programında almış öğrenciler danışman onayıyla bir veya daha çok dersten muaf sayılabilir.