Günümüzde 'Yüksek Kilise' olarak bilinen 'ANALİPSİS TEPESİ' ve civarında çok miktarda işlenmiş obsidiyenden işlenmiş taş baltaları ve seramik parçalara rastlanması, bölgede 'Kalkolitik Çağı' insanının yaşadığını göstermektedir.
M.Ö. 2000'den itibaren Hititlerin yaşadığını Güzelyurt içerisinde Sivrihisar yolu üzerinde bulunan Kulaklı Tepe'deki kale kalıntısı ve Analipsis Tepesi'ndeki kilisenin üzerinde oturduğu duvarlardan anlıyoruz.
Güzelyurt'un da içinde bulunduğu bölge M.Ö. VI. yy. da Pers İmparatorluğuna katılmıştır. Büyük İskender' in bölgeyi işgalinde, İskender'e boyun eğmeyerek Pers soylularından birini kral kabul ettiler. M.Ö. 332 yılında Kapadokya Krallığı'nı kurdular. M.Ö. 17. yy. da bölge Roma İmparatorluğu topraklarına katıldı. Fakat kral gücündeki dini liderlerin (rahipler) yönetimi M.S. 2. yy.' a kadar azalarak da olsa devam etmiştir. Bu sıralarda köle durumunda bulunan halk arasında St. Paul'un bölgeye getirdiği Hıristiyanlık hızla yayılmaya başladı. Hıristiyanlık ilk yıllarda büyük tepki gördü. İmparatorluk tarafından resmi din olarak kabul edilinceye kadar bu dine inananlar, öncelikle Güzelyurt ve çevresi, Ihlara (Peristrema) Vadisi, Soğanlı gibi yerlerde saklanmışlardır. Güzelyurt'lu Gregorius Teologos ve Kayserili Basilus, birlikte ortaya koydukları fikirlerle zaman içinde ortodoks mezhebinin kurucuları durumuna gelmişler, buna bağlı olarak da ilk manastır hayatı Güzelyurt'ta başlamıştır. İmparator Teodosius tarafından Güzelyurt'ta 385 yılında Gregorius Teologos adına bir de kilise yaptırılmıştır.Güzelyurt hakkında ilk kesin bilgileri, Gregorius'un toprak ağası olduğunu ve başlangıçta İpsistariyo mezhebine bağlı olduğunu bazı mektuplardan anlıyoruz. Baba Gregorius, Hıristiyanlığı kabul ettikten sonra, Nazianzos Piskoposu olmuştur. Romanın din üzerindeki baskısı, İkonoklast akımının başlamasına sebep olmuştur. Bu dönemde Aziz Gregorios'un ortaya koymuş olduğu dini sistem o kadar kuvvetlidir ki, bölge bu hareketten yara almadan kurtulmuş ve İkonoklast akım'a karşı olan Hıristiyan din adamlarına sığınak olmuştur.
XII. yy. da Anadolu'ya hakim olan Selçuklular, toprağı işlemeyi iyi bilen Rumların göçünü önlemek için bazı imtiyazlar tanıdılar. Böylece Hıristiyan ve Müslüman halk bir arada yaşamaya başladılar. Belisırma'da bulunan St. Georges (Kırk Damaltı) Kilisesi buna iyi bir örnektir. Burada bulunan freskde bölgenin o dönemdeki beylerbeyi olan Basil Güyakupos, Türk kıyafetleri içinde resmedilmiş ve freskin kitabesinde Sultan II. Mesut hakkında'çok yüksek ve çok asil bir sultan' olarak söz edilmektedir.
1470 yılında Osmanlı hâkimiyetine giren Güzelyurt, bir müddet için Eratna ve Karaman beyliklerinin de toprağı olmuş, yine bu sıralarda Moğol akınlarına uğramıştır. Osmanlı döneminde Güzelyurt'taki hristiyan nüfus Lozan Antlaşması'na kadar daima Selçuklular döneminde buraya yerleştirilen müslüman nüfustan fazla olmuştur.Bu haliyle Güzelyurt, çok eskiden beri gelmekte olan ve kültürel geleneklerini sürdüren bir Rum köyüdür.1924 mübadelesi ile Yunanistan'a giden Rumlar, Kavala yakınlarında 'Nea Kalvari' adıyla yeni bir köy kurmuşlar ve Güzelyurt'taki kilisenin aynısını oraya inşa ederek, buradan götürdükleri kutsal eşyaların teşhir edildiği bir müze kurmuşlardır. Bugün göç edenler ve hala hayatta kalanlarla onların çocuk ve torunları Güzelyurt'u ziyarete gelmekte ve bir bayram havasıyla karşılanmaktadır. Rumların göç etmesiyle birlikte Yunanistan'dan gelen Türk göçmenler de Rumlardan kalan evlere yerleştirilmiştir.
Güzelyurt ve civarı günümüzde çok iyi tanınan Kapadokya bölgesinin tüm özelliklerini üzerinde toplar. Manastır Vadisi, iki taraflı yüksek kayaların arasında olan su ve söğüt ağaçları, ayrıca pek çok kiliseler Ihlara Vadisi Analipsis tepesi civarındaki 'Peri bacaları, Göreme, Zelve gibi Kapadokya bölgesi yüzey şekillerine iyi bir örnektir. Jeolojik açıdan volkanik bir yapıya sahip olan Güzelyurt'da pek çok mesire yeri olabilecek olan ve güzel görüntülü yerler mevcuttur.