Derinkuyu yer altı şehri Kayalara oyulmuş sekiz katlı bir şehirdir. Büyük bir topluluğu barındıracak ve ihtiyaçlarını karşılayacak alanlardan oluşur. Derinkuyu yer altı şehrinde misyonerler okulu, vaftiz havuzu, günah çıkartma yeri derin bir kuyu bulunur.
Derinkuyu yer altı şehrinde ilk yaşayanlar Asurlulara kadar uzanır. Dönemin de Roma İmparatorluğu'nun zulmünden kaçan ilk Hıristiyanlar Kapadokya'ya gelerek buraya yerleşmişlerdir. Yeraltı şehrini kuran Hıristiyanlar, girişleri kolayca fark edilemeyecek şekilde yapılmış bu yeraltı şehrinde saklanarak Romalıların zulmünden kurtulmuşlardır. Uzun süre dışarı çıkmadan yaşamak zorunda kalabilecekleri için havalandırma bacaları, erzak depoları, kiliseler, şarap imalathaneleri, manastırlar, tuvaletler ve su kuyuları yaparak olabildiğinde yeraltında yaşamaya çalışmışlardır.
Bu yeraltı şehirirlerinde bazı odalar bir insanın geçebileceği kadar dar tünellerle diğer yeraltı şehirlerine bağlanıyor. Tünellerin giriş ve çıkışlarında tünelin ağzını kapatmak için kullanılan büyük taş silindirler vardır.