Günümüze yakın olanı Karain Tip Mousterien olarak isimlendirilmiştir. Bu tabakalarda ele geçen yontmataş aletler çok ince bir işçilik gösterirler. Kenar kazıyıcıların yoğunlukta olduğu aletler arasında dişlemeli ve çontuklu aletler, mekik aletler, ön kazıyıcılar, deliciler ve uçlar görülür. Yapılan yaşlandırma çalışmaları Karain Tip Mousterien seviyelerin G.Ö. 160.000- 60.000 arasında yer aldığını göstermiştir. Yine bu seviyelerde Orta Paleolitik dönem insanları olan Homo neanderthal insanına ait fiziki kalıntılarda ele geçirilmiştir. Orta Paleolitik dönemin ikinci ve daha eski olan evresi, Charentien Tip Mousterien olarak isimlendirilmiştir. Uranium-Thorium yöntemiyle yapılan yaşlandırma çalışmalarıyla, Orta Paleolitik dönemin ikinci evresi yaklaşık G.Ö. 350.000 civarına tarihlendirilmiştir. Orta Paleolitik dönemden sonra Alt Paleolitik döneme ait seviyeler gelir. Alt Paleolitik dönem hem iki yüzeyli alet içeren kültürlerle (Acheuleen) hem de yonga içeren kültürlerle (Clactonien, Tayacien) temsil edilir. 2007 yılında alt seviyelerde bulunan bir iki yüzeyli alet (elbaltası) Acheuleen kültürün varlığını kanıtlamasının yanında, bu aletin bulunduğu tabakanın G.Ö. 500.000-450.000 Uranium-Torium yaşı arasında olduğunun düşünülmesi ayrıca büyük bir önem taşımaktadır. Karain B Gözü'ndeki arkeolojik katlaşımın tabanını Orta Paleolitik dönem oluşturur. Yontmataş buluntular, E Gözünde olduğu gibi Karain Tip Mousterien'in tekno-tipolojik özelliklerini gösterirler. Bu seviyenin üzerinde C14 ile G.Ö. 39.000-22.000'e tarihlenen, omurgalı ön kazıyıcılar ve dufour dilgiciklerle nitelenen bir Üst Paleolitik dönem kendini gösterir.
İki seviyeli Epi-paleolitik dönem buluntuları geometrik olmayan mikrolitlerin varlığı ile belirginleşir. Kemik aletler ve bol miktardaki boncuklar da diğer önemli buluntu grubundandır. Bu seviyenin üzerinde ise; geç Neolitik-Erken Kalkolitik buluntular ele geçer. En genel buluntu grubunu kırık seramik parçaları oluşturur. Kalkolitik Çağ'a ait boyalı seramikler, Hacılar boyalıları ile büyük benzerlikler gösterir. Daha üstte Erken Bronz ve Geç Roma - Erken Bizans dönemlerine ait buluntular ele geçer. Mağaranın Geç Roma-Erken Bizans Döneminde bir tapınak olarak kullanıldığı, mağara duvarlarındaki adak kitabeleri ve nişlerden kolayca anlaşılmaktadır.
Ayrıca, kazılarda ele geçen Üst Paleolitik döneme ait hayvan kemiğinden yapılmış, stilize insan başı betimlemeli buluntusuyla Anadolu'daki ilk sanat yapıtlarına öncülük etmektedir. Karain Mağarası, Anadolu Paleolitik Çağ kronolojisinin oluşturulmasında yegane merkez olmasının yanı sıra, dolguları içinden ele geçen yontmataş kültürleri, fauna, flora, fosil insan kalıntıları ve mutlak yaşlandırma sonuçlarıyla da, Türkiye'nin Pleistosen dönem arkeolojisine büyük katkılar sağlamıştır. Karain Mağarası'nda yapılan kazılarda ele geçen buluntular, mağara yanındaki yer alan küçük bir müzede ve Antalya Müzesi'nde sergilenmektedir.