Fransızca gibi görünen ismine rağmen, fondü Bourguignonne İsviçre kökenlidir. Her şey yemek yemek için eve dönmeye vakti olmayan saha çalışanları ile başladı. Tarlaya yağ kapları getirmeye başladılar ve mola sırasında et parçalarını (Fransa, Burgonya’dan ithal edilen sığır eti, dolayısıyla adı) pişirdiler.
Bugün sığır eti bu fondü için en geleneksel seçenektir, ancak domuz eti, tavuk ve karaciğer gibi etlerin kullanıldığı karışık etli fondüler de oldukça popülerdir ve tencereye çeşitli sebzeler de eklenebilir. Kızgın yağa bağlı kazaları önlemek için sabit bir fondü kabı kullanmak önemlidir.