Rotary, hizmet programlarını yürütmek amacıyla kulüp, bölge ve uluslararası düzeyde organize olmuştur. Rotaryenler kendi kulüplerinin üyesidirler ve kulüpler de Uluslararası Rotary olarak bilinen dünya çapındaki birliğin üyesidirler. Her kulüp kendi yöneticilerini seçer ve uluslararası Rotary'nin standart tüzüğü ve iç tüzüğü çerçevesinde bağımsız olarak hareket ederler.
Bütün kulüpler her birisi Uluslararası Rotary'nin görevlisi ve yöredeki temsilcisi olan bir Bölge Guvernörü tarafından yönlendirilen 530 adet Rotary Bölgesi içerisinde gruplandırılmıştır. Doğrudan bölgedeki kulüpler tarafından belirlenen Bölge Guvernörü Uluslararası Rotary Konvansiyonda bir araya gelen bütün dünya kulüpleri temsilcilerince resmen seçilerek görev yapar.
Uluslararası Rotary'yi uluslararası başkan ve gelecek dönem başkanının da üye olduğu 19 kişilik bir yönetim kurulu yönetir. Bu yöneticiler de konvansiyonda seçilir; yöneticilerin ve başkanlık için aday belirleme komitesinin seçim prosesi her birisi yaklaşık 15 bölgeyi kapsayan alan esasına dayanır. Yönetim kurulu, genel politikaları belirlemek üzere 3 ayda bir toplanır.
Uluslararası Rotary'nin en üst düzey yöneticisinin UR Başkanı olmasına rağmen, Uluslararası Rotary'nin en üst idari yöneticisi Chicago'da (Evanston,Illinois,USA) bulunan uluslararası merkezi ve dünya çapında yer alan yedi uluslararası ofisindeki 600 den fazla personeli yöneten genel sekreterdir.