Sinüzit hastalığı ilaçlarla tedavi edilemediğinde sinüzit ameliyatı gerekli olabilir. Eğer sinüzite bağlı bir komplikasyon yoksa, akut iltihaplı dönemde sinüzit ameliyatı yapılmaz. Mukoza örtüsünün yatıştığı, kan dolaşımının azaldığı, olabilecek en sağlıklı dönemde sinüzit ameliyatı yapılmalıdır.
Bu dönemde yapılan sinüzit ameliyatlarında kanama riski düşer, şişmelerin azalmasıyla da daha geniş ve temiz bir çalışma alanı sağlanmış olur. Bu şekilde yapılan sinüzit ameliyatının başarısı da yükselir. Polipli sinüziti olan hastalarda da en doğru zaman kortizonlu ilaçlar ve spreylerle poliplerin olabildiğince geriletildiği zamandır.