Çölyak hastalığının kesin nedeni bilinmemektedir.
Vücudun bağışıklık sistemi gıdaya glutene aşırı tepki verdiğinde bağışıklık reaksiyonu, ince bağırsakta uzanan ince, saç benzeri projeksiyonlara (villus) zarar verir. Villi, yediğiniz yiyeceklerden alınan vitaminleri, mineralleri ve diğer besin maddelerini emer. Normalde, villalar mikroskobik ölçekte peluş halı derin yığını benzer. Çölyak hastalığından kaynaklanan hasar ince bağırsağın iç yüzeyini daha çok bir kiremit zeminine dönüştürür. Sonuç olarak vücudunuz sağlık ve büyüme için gerekli besin maddelerini ememez.
Bir çalışma, hastalığın sıklıkla tanı konulamamasına rağmen, ABD’de 141 kişiden 1’inde çölyak hastalığı olduğunu tahmin ediyor. Çölyak hastalığı Kafkasyalılarda en yaygındır.
Bazı gen değişiklikleri (mutasyonlar) hastalığa yakalanma riskini artırdığı görülmektedir. Ancak bu gen mutasyonlarına sahip olmak, çölyak hastalığı bulmanız anlamına gelmez – başka faktörlerin dahil olması gerekir.
Çölyak hastalığı cerrahi, gebelik, doğum, viral enfeksiyon veya şiddetli duygusal stres sonrasında bazen tetiklenir – veya ilk kez etkindir).