20 yaşında Ecole Normal'e giren Boutroux, Jules Lachelire'nin talebesi oldu. Bergson ve Blondel'in hocası olan Boutroux'nun temel eseri Doğa yasalarının Olumsallığıdır. Felsefe, metafizik alanında radikal bir olumsallık ve belirsizlik anlayışı geliştirmiş ve doğada zorunluluğun yalnızca görünüşte varolduğunu öne sürmüştür.
Nitelik görüşünün niceliği temele alan görüşe baskın çıkması gerektiğini, amaçlılığın mekanik hareketin üstünde olduğunu, neden-sonuç bağlantılarının ötesinde ise olumsallık ve ilerlemenin bulunduğunu öne süren Boutroux, Maine de Biran'ın da etkisiyle dini tecrübenin psikolojik ve sosyolojik bir yaklaşımla ele alınmasına şiddetle karşı çıkmıştır.
Emile Boutroux, 22 Kasım 1921 tarihinde Paris'te öldü.