Ortaçağ İslami kaynaklarda bu nehir Sayhoun (سيحون) ismiyle bahsedilir, böylece Cennet'teki dört nehirlerden biridir. Oğuzlar Yincü Öküz (İnci nehri), eski Türkler de bu nehire Yenchu-okuz derlerdi.[1], keza "İnci Nehir" anlamına gelirdi. Oğuzlar bu nehir boyunca birçok şehir kurmuşlardır. Bunlar Yenkent (Dizruyin), Cend, Sapran (Sepren), Sugnak ve Sitgün'dür. İlkçağ'da batı'da Jaxartes veya YaxartesYunanca'dan gelme ὁ Ιαξάρτης Irmağı olarak bilinirdi.
Seyhun'un üzerine birkaç defa tarımsal alanların sulanması ve Enerji üretimi amacıyla Barajlar için inşaa edilmiştir; bunlardan en büyüğü olan Kairakkum (Kajrakkum veya Kayrakum) Barajıdır. Bu barajın hacmi 520 km² ve gövde hacmi 4,16 milyar m³'tür. Seyhun nehrinin kıyılarında yerel halk kara kavak, söğüt ve kamış yetiştirirler.
Kâşgarlı Mahmud haritasında da Seyhun alt havzasını açıkça Oğuz şehirleri bölgesi olarak işaret eder[2].