Çok titiz çalışan ve planladığı gözlemlerin tümünü bitirip, düzenlemeden çalışmalarını yayımlamak istemeyen Flamsteed’in Greenwich’teki yılları güçlüklerle doluydu. Bunların başında da Newton ve Halley ile çekişmesi geliyordu.Bu dönemde Newton’ tn araştırmalarıyla astronomi birden çok hızlı geliş-nelere tanık olmuştu. Flamsteed’in verilerine gereksinme duyan Newton ve yakın arkadaşı ünlü astro-ıom Halley gözlemlerin yapıldıktan kısa bir süre sonra açıklanmalarını istiyorlardı. Bu nedenle, oldukla yavaş çalışan ve elindeki verilerin her şeyden önce Kendisine ait olduğunu savunan Flamsteed ile Newton’ın arası bir hayli bozuldu. 1704’te Danimarka Prensi George’un, Flamsteed’in üzerinde çalıştığı yıldız katoloğunun basım giderlerini üstlenmesi üzerine, prensin 1708’de ölmesine ve Flamsteed’in karşı çıkmasına karşın, Halley’nin yayma hazırladığı katalog 1712’de basıldı. Flamsteed yapıtın kendisine
sorulmadan yayımlandığını ileri sürerek basılan 400 kitaptan 300 kadarını eline geçirerek yaktı. Hastalığına karşın kendi istediği düzeyde ve yetkinlikte hazırlanması için yoğun bir çaba gösterdiği kataloğu-nu bitirmeye ömrü yetmedi. Yapıtı asistanı tarafından düzenlenerek 1725’te Historia coelestis Britannica (“Ingiliz Gök Tarihi”) adıyla üç cilt olarak yayımlandı. Yapıtın ilk iki cildi Flamsteed’in Derby ve Greemvich’te yaptığı gözlemleri, üçüncü cildi ise yaklaşık 3.000 yıldızı içeren “İngiliz Kataloğunu” kapsar.
Flamsteed’in gözlemleri kendisinden önce yaşamış en büyük gözlemci olan Danimarkalı astronomi bilgini Tycho Brahe’ninkilerden çok daha duyarlı ve ayrıntılıydı. Kataloğu, James Bradley’nin Yer ekseninde ılımın yanı sıra bir de üğrüm hareketi olduğunu bulmasına yardımcı olmuş, Netvton’m kuramsal araştırmalarına da büyük ölçüde destek sağlamıştır.