Ergenekon davasında mahkeme heyeti tarafından okunan özet kararda, Başbuğ'un neticeden müebbet hapis cezası aldığı açıklanmıştı. Mahkemenin 503 sayfalık kararında Başbuğ'a 'Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs etmek' suçunun sabit olduğunu belirterek 'ağırlaştırılmış müebbet hapis' cezası verildiği ortaya çıktı.
Ancak mahkeme, yargılama sürecindeki tutum ve davranışları nedeniyle Başbuğ'un cezasını müebbet hapse indirdi. Müebbet hapis cezası alan Başbuğ, kararın Yargıtay tarafından onaylanması halinde 'Ceza ve Güvenlik Tedbirlerinin İnfazı Hakkındaki Kanunu' gereğinde 30 yıl hapis yatacak.
Öte yandan, mahkeme, İlker Başbuğ, Tuncay Özkan, Mustafa Balbay ve Doğu Perinçek'in de aralarında bulunduğu hapis cezası alan sanıklar hakkında TCK'nın 53. maddesinde düzenlenen babalık, seçme ve seçilme ve kamu görevlerinde çalışma hakkının yasaklamasını içeren maddeyi uyguladı. Eğer karar Yargıtay tarafından onanırsa bu sanıklar, cezaevinde kaldığı süre boyunca babalık ve diğer haklardan mahrum olacaklar.