Zekeriya Kurşun, 1960 senesinde Rize'de dünyaya geldi.
1978 senesinde Rize İmam Hatip Lisesi'nden mezun oldu.
1984 senesinde Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nden mezun oldu.
İlahiyat mezuniyetinden 2 sene sonra aynı üniversitenin Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü'nde asistan oldu.
2006-10 yılları arasında Marmara Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü Başkanlığı yapan Kurşun, aynı zamanda Marmara Üniversitesi Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü müdürlüğü de yapmıştır. Bunların yanı sıra, Marmara Üniversitesi Ortadoğu ve İslam Araştırmaları Enstitüsü Siyasi Tarih ve Uluslararası İlişkiler bölümü başkanlığını ve aynı enstitünün yönetim kurulu üyeliğini yürütmüştür. Ayrıca Ortadoğu ve Afrika Araştırmacıları Derneği'nin (ORDAF) başkanıdır.
İyi seviyede İngilizce ve Arapça bilen Zekeriya Kurşun, 2016 senesinde Marmara Üniversitesi'nden emekliye ayrılmıştır.
Şu an Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü Başkanı olarak görev yapmaktadır. Aynı zamanda Yeni Şafak gazetesinde köşe yazıları yayınlanmaktadır.