Fermentör, fermantasyon yoluyla istenen sonuçları elde etmeye yönelik bir sistemdir. Mikroplar fermantasyon için kullanılır. Bir fermentörün aksine, biyoreaktör, canlı organizmaları yetiştirerek istenen sonuçları elde etmek için bir sistemdir. Biyoreaktörlerde hayvan ve bitki hücreleri kullanılmaktadır.
Fermentör, yalnızca fermantasyonun gerçekleşebileceği kapalı tip bir kaptır. Bir biyoreaktör ayrıca birçok biyokimyasal reaksiyonun gerçekleşebileceği kapalı tip bir kaptır.
Aşı, ilaç, şarap ve bira gibi büyük ölçekli endüstriyel prosesler için fermenterler ve biyoreaktörler kullanılır. Hücre büyümesini ve verimliliğini korumak için sıcaklık, basınç, pH, oksijen ve nem değerleri sürekli kontrol edilmeli ve ölçülmelidir.