Sudan’da iç savaş sadece güney ve kuzey arasında değil, ülkenin Batısında Çad ile komşu olan Darfur bölgesinde de süregelmektedir. Fur’ların ülkesi anlamına gelen Darfur halkının %40’ dan fazlasını oluşturan ve Arap olmayan Müslüman halk kendisini Hartum yömetiminden çok, Çad’daki akraba halklarla özdeşleştirmektedir. Çad’da 1980’li yıllarda meydana gelen iç çatışmalar kaçınılmaz olarak Darfur’u da etkiledi ve Furlularla Darfur’daki diğer etnik grup olan Zaghawa’lılar arasında gerginliklere yol açtı.
Furlular arasında hakim olan, Merkezi hükümetin bölgedeki gerilla gruplarını desteklediği şeklindeki genel intiba, Furların merkezi hükümete ve onun bölgedeki varlıklarına saldırılar düzenlemelerine neden oldu. Hartum’a yönelik bu olumsuz tavır, bölgede 1984 yılından sonra başlayan açlık ve kıtlığa karşı hükümetin önlem almaması nedeniyle düşmanlıkların iyice artmasını da beraberinde getirdi.
Darfur bölgesi ile Kuzeydeki Arapların arasındaki anlaşmazlıklar Sudan’ın bağımsızlık öncesindeki bölgesel çekişmelere kadar uzanmaktaydı. Furlular, Arap olmamasına rağmen Arapçayı kabullenmişlerdi ve bunun altında yatan neden, kendilerine Arapça sayesinde Arap dünyasında yer bulabilecekleri umuduydu. Ancak, Araplar ülkedeki kısıtlı kaynakları Furlularla paylaşmaya hevesli değillerdi ve bu düşüncüleri bölgede petrol yataklarının bulunması ile daha da perçinlendi.
Furlar, 1983 yılında Nimeiri’nin şeriat kurallarını yürürlüğe koymasına ve Sudan’ın islamlaşma politikasına muhalefet etmeleri, bölgeyi merkezi hükümetten iyice uzaklaştırdı.
2003 yılında, militan gücü bölgedeki etnik grupların üyelerinden oluşan Sudan Özgürlük Ordusu (SLA) ve Adalet ve Eşitlik Hareketi (JEM) militanları, siyahlara yönelik baskı ve şiddet politikaları nedeniyle hükümet güçlerine saldırılara başladılar. Sudan, bu saldırılara başlangıçta kendi ordu birlikleri ile karşılık verdi ama SLA ve JEM birlikleri karşısında bir çok zayiat verdi ve bölgedeki kontrolü sağlayamadı.
Bir süre sonra, Sudan hükümeti stratejisini değiştirerek, kuzeyli etnik gruplardan oluşan Janjaweed (at üzerinde tüfekle savaşanlar anlamına gelmektedir) gerillalarını güçlendirerek isyancılara karşı kullanmaya başladı. Janjaweed, Darfur’daki sivil yerleşim yerlerine akınlar düzenleyerek, erkekleri öldürmeye, kadınlara tecavüz etmeye ve köylülerin mallarını yağma etmeye başladı.
Hükümet her fırsatta, Janjaweed ile bir ilgilerinin olmadığını açıklayarak, bu saldırılara karşı koymak için yerel milis kuvvetleri desteklediğini ilan etti. Ancak, sivil halka yönelik olarak düzenlenen Janjaweed saldırılarının hemen arkasından hükümet güçlerinin hava saldırısının başlaması nedeniyle Sudan hükümetinin bu iddialarının kabul görmedi.
Janjaweed grubunun saldırılardaki acımasızlığı ve Sudan’dan aldıkları destek sayesinde çatışmaların inisiyatifini ele geçirmesinin etkisiyle, 2006 Mayıs’ında SLA’nın br grubu hükümetle barış anlaşması imzaladı. Aynı yılın ağustos ayında BM tarafından, Sudan’a 26 bin kişilik silahlı bir barış gücü gönderilmesi yönünde bir karar alındı. Devlet başkanı Beşir, bu kararı kabul etmediklerini açıklayarak ertesi gün Darfur’daki yerleşim yerlerini hedef alan ağır bir saldırı başlattı. Tankların, uçakların ve topçuların katıldığı bu saldırıda köyler yakıldı, insanlar öldürüldü ve mallar yağmalandı.
Bu saldırılar müteakip dönemde de devam etti ve Sudan ordusunun ve Janjaweed gerillalarının sivil halka yönelik cinayetleri, tecavüzleri, yağmalamaları nedeniyle 2.7 milyon insanın mülteci konumuna düşerek, şehirlerin yanında daha güvenli yerlere göç etti. Mültecilerden 200 bini batıdaki Çad sınırını geçerek burada oluşturduğu çadır kentlerde yaşamaktadır. Ancak, Janjaweed militanları, bu kampların yakınlarında bekleyerek, kamptan yiyecek ve su aramak için uzaklaşanları da öldürmektedir. İç çatışmalar, açlık ve susuzluk gibi faktörlerden dolayı bölgede 300 bin kişinin hayatını kaybettiği tahmin edilmektedir.
Darfur olayları, bir çok ülke ve kuruluş tarafından soykırım ve etnik temizlik harekatı olarak tanımlanmaktadır. Uluslararası Savaş Suçları Mahkemesi, mart 2009’da, Darfur olaylarında işlediği savaş suçları ve insanlığa karşı suçlar nedeniyle Sudan Devlet Başkanı Beşir’in hakkında bir tutuklama kararı çıkardı. Beşir, bu kararı kabul etmediğini açıkladı ve bu açıklamaya bazı arap ülkelerinden destek verildi.