Prehistorik dönemden Osmanlı Dönemi'ne kadar yerleşim yeri olarak kullanılan Kadıkalesi/Anaia, Ege deniz ticaretinde çok önemli bir role sahip olan Samos Boğazı'na hakim bir mevkiide kurulmuş.
12. yy. ile tarihlenen kalenin içinde yer alan kilise-manastır kompleksi görkemli boyutları ve benzersiz alt yapısıyla kentin Bizans Dönemi'nde önemli bir alan olduğunu gösteriyor.