Matrix nedir? sorusuna net bir cevap veriyor.
Yeşil ve siyah WB logosu, üst ekrandan aşağı doğru akan yeşil kod çizgileri, birtelefon kulübesi, yarı otomatik silahlı polisler ve siyah deri elbiseli tuhaf birkadın.Tüm bunlar 1999'da piyasaya giriş yapan The Matrix efsanesinin açılış sahnesini oluşturuyordu.
Tam I8 yıl aradan sonra yeni film de böyle başlar.
Neo ve Trinity önceki Matrix üçlemesinde insan ırkını kurtarırken ölmüş olsalar da film başlarken her ikisi de canlı ve iyi durumdalar. Neo bir kez daha Thomas Anderson olarak hayatına devam ederken, Trinity ise kendini sıradan bir kadın olarak görüyor. Bu ikilinin yolu en sevdikleri Simulatte adlı bir Cafe'de kesişir.
Bu hikaye net olmayabilir, ancak film her zaman Neo ve Trinity arasındaki bağlantıyı odakta tutuyor sonuçta önemli olan da bu.