Senin Nasibin Diyar-ı Rum' dadır
Niyâzî-i Mısrî, devamlı ibâdet ve tâatla meşgûl olduğu sırada, bir gece rüyâsında Seyyid Abdülkâdir-i Geylânî hazretlerini gördü. Seyyid Abdülkâdir-i Geylânî hazretleri büyük bir taht üzerinde oturmaktaydı. Etrâfına talebeleri toplanmıştı. Niyâzî-i Mısrî, kendisini onların arasın da görünce, hayâsından dışarı çıkmaya yol ve fırsat aradığı bir sırada, Seyyid Abdülkâdir-i Geylânî hazretleri, onu yanına çağırıp, bir kese altın hediye verdi ve; "Senin nasîbin diyâr-ı Rûm'dadır. Mısır'da değildir." buyurdu.
Ertesi gün Niyâzî-i Mısrî bu rüyâsını hocasına anlatın ca, hocası hemen ona hilâfet verdi ve duâ etti. Bunun neticesinde Niyâzî-i Mısrî 1646 sene sinde Mısır'dan ayrılarak İstanbul'a gitti. İstanbul'da Sultanahmed Câmii civârında Sokullu Mehmed Paşa dergâhında ikâmet edip, uzun süre riyâzette kaldı. Kaldığı odada çok gözyaşı döktü. Halîl Paşa, Niyâzî-i Mısrî hazretlerinin kaldığı odanın döşemelerini yenilemek için teşebbüste bulunduğu zaman, Niyâzî-i Mısrî hazretlerini rüyâsında gördü. Rüyâda "Gözlerimin yaşı ile yıkanmış olan tahtaları muhâfaza ediniz." diye emretmesi üzerine, tahtalarını muhâfaza etmek sûretiyle odayı tâmir etti.
Niyâzî-i Mısrî, bir süre Uşak ve Afyon'da insanları doğru yola sevk etmeye çalıştı. Sonra Bursa'ya gitti. Halkın isteği üzerine, Şeker Hoca Câmiinde Cumâ geceleri vâz verdi. Niyâzî-i Mısrî, namazını cemâatle kılmaya dikkat ederdi. Ekseriyetle Ulu Câmide Kur'ân-ı kerîm okur ve imâmlık yapardı. Bâzan vâz ve nasîhat ederdi. Dördüncü Sultan Mehmed Hânın dâveti üzerine İstanbul'a tekrar giden Niyâzî-i Mısrî, Ayasofya Câmiinde vâz ve nasîhat vermeye memur edildi. Ayasofya Câmiinde, Sultan Dördüncü Mehmed, âlimler, tasavvuf büyükleri ve devlet erkânının da hazır bulunduğu bir gün, vâz kürsüsünden tasavvuf yolunun hak olduğuna, onların yaptıkları zikirlerin İslâm dînine aykırı olmadığına dâir hakîkatı gâyet açık bir şekilde anlattı. Herkes îzâhına hayran oldu. Tasavvufun, Allahü teâlânın emir ve yasaklarını seve seve yapmaya yardımcı olduğunu anladılar.
Niyâzî-i Mısrî, tekrar Bursa'ya döndü. İnsanları doğru yola sevk etmek için vazifesine devâm etti.Niyâzî-i Mısrî'nin şöhreti günden güne arttı. 1669 senesinde Bursa'daki dergâhı yapıldı. Allahü teâlâya kavuşmak isteyen ilâhî aşk sâhibleri bu dergâhta toplanmaya başladı. Birçok ilim tâliblisi, ilim öğrenmek için dergâha koştular. Rusya ile harb başlayınca, Sadrâzam Köprülüzâde Fâzıl Ahmed Paşa, pâdişâh nâmına Niyâzî-i Mısrî'yi Edirne'ye dâvet etti. Niyâzî-i Mısrî üç yüz talebesi ile orduya katılmak için Edirne'ye gitti. Sonra tekrar Bursa'ya döndü. 1671 senesinde Kamaniçe seferinde ikinci defâ Edirne'ye gitti. Oradaki Eski Câmide vâz ederken, yapılan muhârebenin millet ve devlet üzerindeki acı tesirlerini anlattı. Niyâzî-i Mısrî hazretleri nin bu vâzı yanlış anlamalara sebep oldu. Kendisini çekemeyenlerin şikâyeti üzerine Rodos'a gönderildi. Dokuz ay sonra mecbûri ikâmet şartıyla Bursa'ya dönmesine izin verildi. Yine Bursa'daki vâzı sırasında bâzı konuşmaları sebebiyle Limni Adasına gönderildi. 1692 senesinde tekrar Edirne'ye gitti. Selimiye Câmiinde kaldı. Ziyâretine gelen kalabalık halka vâz ve nasîhat ederken, devlet işlerine dâir söylediği bâzı sözlerden dolayı tekrar Limni'ye gönderildi. Bir sene sonra da vefât etti.
Şeyh Abdüllatîf Gazzî Efendi, Vâkıât adlı eserinde şöyle yazmaktadır: "Birisi şeyhülislâmın huzûruna varıp, Niyâzî-i Mısrî hakkında tenkid mevzû olan sözü kastederek; "Efendim bu sözü söyleyenlerin cezâsı nedir ve dinde ne lâzım gelir." diye suâl edince, ârif ve kâmil bir zât olan şeyhülislâm; "Bu sözü Niyâzî-i Mısrî hazretlerinden başka kim söylerse, katlolunur. Fakat Niyâzî-i Mısrî söylerse, bir hikmet ve gizli bir sır vardır. O, zâhirî ilimlerde de kemâl mertebesindedir. Onların böyle sözleri söylemesinde bir hikmet vardır. Biz onlara dil uzatmağa kâdir olamayız." diyerek, o şahsı susturdu.