Karaköy Camii veya Merzifonlu Kara Mustafa Paşa Camii; İstanbul Boğazı’nın Rumeli yakasında Karaköy Kemeraltı Caddesi cepheli olarak Karaköy meydanının ortasında 1903 tarihinde Sultan II. Abdülhamit tarafından inşa ettirilmiştir. Bugün bu yapı yoktur. Önceleri bu alanda Fatih Sultan Mehmet zamanında yapılmış bir tekke bulunuyordu. Tekke zamanla harap olunca, 17. yüzyılda yerine, Merzifonlu Kara Mustafa Paşa tarafından bir mescit inşa edildi. Zamanla bu caminin de harap olması üzerine, 1893’te İstanbul’a gelen ve daha sonra saray baş mimarı olan İtalyan mimar Raimondo D’Aronco’dan aynı alana yeni bir cami inşa etmesi istendi. Mimar D’Aronco 1903’te, Sultan II. Abdülhamit’in emriyle, 20. asır başlarında moda olan ve İstanbul’da pek çok örneği bulunan “Art Nouveau” tarzında bir cami inşa etti.
1956’da dönemin başbakanı Adnan Menderes tarafından başlatılan “İstanbul’da İmar Hareketi” kapsamında Karaköy Meydanı’ndaki tarihi caminin de yerinden sökülerek Kınalıada’da yeniden inşa edilmesine karar verildi. Meydanın genişletilmesi için yerinden sökülen caminin parçaları tek tek numaralandırıldıktan sonra Kınalıada’ya götürülmek üzere bir gemiye bindirildi. Ancak geminin yan yattığı ve parçaların Boğaz’ın sularına gömüldüğü açıklandı. Bu şekilde bir Camiyi boğaz sularına gömme başarısını elde ettik.