Selçuklu Türkleri, 1015 yılından itibaren Bizans İmparatorluğu egemenliğindeki Anadolu'da görülmeye başlamıştır. 1071 yılında Selçuklular Malazgirt Meydan Savaşı'nı kazanınca bölgeye daha çok akın yapmışlardır.
Anadolu Selçuk Devleti'nin kurucusu Kutalmışoğlu Süleyman Şah, İznik'ten sonra Çanakkale, Ege Denizi, Lidya ve İyonya taraflarını da ele geçirmiştir. 1076 yılında Sizik ve Aydıncık (Edincik) taraflarını da egemenliği altına almıştır. 1080 yıllarının sonunda bölge tekrar Bizans İmparatorluğu'nun eline geçer. 1090 yılında Bizans İmparatoru 1. Aleksios Komnenos, Misya'da yurt tutmaya çalışan Türkmenler (bugün Manavlar) üzerine kumandan Eufuryanis Alexaders'i yollar ve Manyas'ı kuşatan Bizanslılar kanlı savaşlardan sonra kale kumandanı İlhanı iç kaleye sığınmak zorunda bırakırlar. 1092 yılında bölge tekrar Selçuklulara geçer. 1099 yılında bölgeye Haçlılar gelir. I. Kılıç Arslan, Haçlılara karşı bölgeyi savunur. 1107 yılında I. Kılıç Arslan ölünce Türkler Batı Anadolu'dan çekilmek zorunda kalır. Misya'yı yeniden ele geçiren Bizanslılar, Marmara sahillerinde bulunan bütün Türkmenleri katletmişlerdir.
1115 yılına kadar bölgede Türk-Bizans çekişmesi yaşanmıştır. 1175 tarihinde Eskişehir ovasında toplanan 100.000 Türkmen Denizli, Bergama, Karya, Misya ve Edremit bölgelerine dağılmıştır. 1206 yılında Selçukluların Uç Beyliklerinden olan Misya kentine özellikle Edremit Körfezi civarına yerleşirler. 1260 yılında ise Moğollardan kaçan Türk kabileleri yine bu bölgeye yerleşmiştir.