Kuzeybatı-güneydoğu doğrultusunda tasarlanan kutsal alan, Arkaik Dönem surlarıyla çevrili akropolisin batı köşesinde yer almaktadır. Kutsal alan, tiyatronun doğusunda yükselen teras üzerindeki hakim konumu ve planlaması açısından Pergamon’daki Athena Kutsal Alanı ile benzerlik gösterir. 2017 yılında başlanan çalışmalar sırasında alanda MÖ 7.-6. yüzyıllardan Geç Bizans Dönemi’ne kadar uzanan geniş bir tarih aralığına sahip buluntular ele geçmiştir.
Kutsal alanın batı ucunda yer alan Athena Tapınağı 11,60x20,20 m. genişliğinde ve kuzeybatı-güneydoğu aksında bir podium üzerinde yükselmektedir ve tapınağın kendisi 7,15x14,45 m. ölçülerindedir. Tapınak, 5,46x5,77 m. iç genişliğindeki bir pronaos ve 5,46x8,11 m. iç genişliğindeki bir cella tarafından iki bölüme ayrılmıştır. Dorik düzendeki tapınak peripteros plana sahiptir ve girişi doğu kenarda yer almaktadır. Tapınağın cella temelinin 2,30x3,73 m. ölçülerinde dört eşit parçaya bölünmesi Pergamon Zeus Altarı’nda görülen ızgara planlı temel sistemini anımsatmaktadır. Alt yapı sistemini desteklemek için tapınak ile podium duvarları arasında, 60-70 cm. kalınlığında ve 1,30 m. uzunluğunda birbirlerine paralel duvarlar yerleştirilmiştir. Bu duvarlar, yapıya ait yükü taşıyacak şekilde güçlendirilmiş bir temel kasnağı yaratmıştır.
Pronaosun kuzey duvarının temizliği sırasında, duvarın içine bilinçli olarak yerleştirilmiş 17 adet bronz sikke ele geçmiştir. Tamamı MÖ 2.-1. yüzyıllar arasına tarihlenen sikkeler tapınağın yeniden inşa ya da onarımı sırasında adak olarak bırakılmış olmalıdır. İ.Ö. 280 civarına ait bir yazıtta kentteki Athena Kutsal Alanı’nın varlığından söz edilmektedir. Diğer yandan Tapınağın defineciler tarafından oldukça derin şekilde kazılmış olan naos bölümünde ele geçen seramik buluntular görünürdeki Hellenistik tapınağın altında muhtemelen Arkaik Döneme kadar geri giden erken bir tapınağın varlığını düşündürmektedir.
Tapınağın güney kenarında yürütülen çalışmalarda dağınık olarak ele geçen buluntular arasında çok sayıda Zeus ve Athena’ya ait pişmiş toprak figürin parçaları ele geçmiştir. Kutsal alanda, Athena Tapınağı’nın 10 m. güneydoğusunda başka bir yapının kalıntıları bulunmaktadır. Athena kutsal alanlarında genellikle Zeus kültünün Athena’ya eşlik ettiği bilinmektedir. Ayrıca, I. Seleukos Nikator ile oğlu I. Antiokhos Soter’in MÖ 281 yılındaki Kouroupedion Savaşı sonrası Aigailılar tarafından onurlandırıldığı bir yazıt önceki yıllarda açığa çıkartılmıştı. Söz konusu yazıtta, iki kopya halinde hazırlanan stellerden birinin Kurtarıcı Zeus Altarı’nın hemen yanındaki Athena Kutsal Alanı’na dikildiği ifade edilmektedir. Dolayısıyla, mevcut yapı kalıntılarının Kurtarıcı Zeus’a adanmış bir altara ait olması kuvvetle muhtemeldir.
40x100 m.lik bir teras üzerinde yer alan kutsal alanın etrafı “L” planlı bir stoa ile çevrelenmiştir. 63 m. uzunluğunda ve 6,50 m. genişliğindeki kuzey stoanın 30 m. uzunluğundaki doğu stoa ile birleştiği noktadaki enkazda kalp formlu köşe sütun tamburları tespit edilmiştir. Dor düzenindeki stoaların iç kısmında İon sütun sırası uzanıyor olmalıdır. Kesme blok taşlarla yapılan ortostatik görünümlü pseudo-isodomik duvar örgüsü, geison ve sütun stilleri açısından Atina’daki II. Attalos Stoasıyla benzerlikler görülmektedir. Bu alan, MÖ 156-154 tarihindeki II. Prusias tahribatı sonrası gerçekleşen imar faaliyetleri sırasında son şeklini almış olmalıdır.