McLaren, 1988 gibi 1989’da da baskın takımdı. Japonya GP’sine girilirken Alain Prost’un Ayrton Senna önünde 16 puan liderliği vardı. Senna bu yarışı ve sonraki son yarış Avustralya’yı kazanırsa Prost’un konumu önemli olmaksızın şampiyon oluyordu.
McLaren’lar sıralama turlarını domine etti. Senna açıkça daha iyiydi ve takım arkadaşı Prost’un 1.73 saniye önünde polü elde etmişti. Gerhard Berger Ferrari’si ile üçüncü olurken onu takım arkadaşı Nigel Mansell takip etmişti.
Prost’un aracı yarış ayarlarına göre donatılmıştı, sıralamada geride kalsa bile yarışı kazanabilmesi için kalkışta Senna’yı geçmesi yeterliydi.
Kalkışta Prost umduğu gibi Senna’dan çok daha iyi kalkmayı başardı ve Brezilyalı’nın pole avantajını bitirdi. Senna’nın kalkışı öyle kötüydü ki, üçüncü sıradan kalkan Berger Senna’nın yanına kadar gelebilmişti. Ancak Senna’nın McLaren’ı ilk virajda içteydi ve Ferrari’yi arkasında tutmayı başardı. Yarış ayarı ile birlikte Prost yarışın ilk yarısında altı saniye kadar fark açabildi, Senna yavaş bir pit stop ile iki saniye daha kaybetti. Prost’un düzlükte hızlı olmaya ayarlı aracı pistin görünen tek geçiş noktası olan ana düzlükten önceki şikanda kendisine yeterince hız kazandırıyordu. Ancak yeni set lastiklerle güç dengesi değişti ve Senna Prost’a yaklaşmaya başladı.
Lider ikilinin ardında, Berger’in vites kutusu 34. turda sorun çıkardı ve takım arkadaşı Mansell’in Ferrari’sinin motoru da dokuz tur sonra patlayınca McLaren’ın hiçbir rakibi kalmadı. Senna ve Prost’un birbirleri dışındaki tek rakipleri Benetton’dan Alessandro Nannini idi. Nannini’nin aracı daha güçsüzdü, ancak çok daha dayanıklıydı.
Senna 40. turda nihayet Prost’u yakalamayı başardı. Prost’un kasıtlı olarak yavaşlayarak Senna’nın virajlarda arkasında lastiklerini bitirmesini amaçladığı anlaşıldı. Sonraki beş turda ikili arasındaki fark bir saniye olarak kaldı ve iki McLaren pilotu kendilerini taktiksel olarak konumlandırmayı tercih etti. Prost düzlüklerde daha yüksek hıza çıkabilirken, Senna’nın yüksek yere basma ayarları virajlarda kendisine avantaj sağladı. 46. turda Senna daha iyi viraj hızı ile çift apeksli Spoon virajında Prost’un hemen arkasına girmeyi başardı. Bu Senna’nın aracına arka düzlükte ciddi düzlük hızı kazandırdı. Meşhur 130R virajında Senna Prost’un hemen arkasına yanaştı ve artık rakibinin iki araç boyu peşindeydi.
130R’den bir sonraki viraj ise pistteki ikinci en yavaş yer olan şikandı. Prost şikan için fren yapmaya başlarken Senna içe daldı, ancak bu hareketi aynalarında gören Prost aracını yönlendirerek Senna’nın yolunu kapatmaya çalıştı. (Prost yarış öncesinde geçmişte Senna atak yaptığında iki aracı da yarış dışı bırakmamak için kapıyı açık bıraktığını, ancak bu yarışta bunu yapmayacağını söylemişti.) İki sürücü de geri çekilmeyince virajın apeksinden önce ikili çarpıştı, tekerlekleri birbirine takıldı ve motorları stop etti. İki araç da sürüklenerek şikanın kaçış yoluna girdiler. Araçlar tehlike içerdikleri için pist görevlileri koşarak araçları kaldırmaya çalıştılar. Prost kemerlerini çözmüş ve aracını terk ederken, Senna pist görevlilerine işaret ederek kendisini itmelerini istedi. McLaren ileri itildiğinde Senna hareket eden aracında motorunu yeniden çalıştırabildi ve kaçış yolundan geçerek piste geri döndü.
Aracı piste döndürebilen Senna’nın MP4/5’inin ön kanadı kazada hasar almıştı. Senna tam bir tur atarak pite geldi ve hasarlı ön kanadını değiştirdi.
McLaren’ın baskınlığı bundan sonra gözle görülebilmişti, kazaya ve motorunun çalışmadığı süreye rağmen, ön kanadının hasarlı olduğu tura ve değişim için pite girmesine rağmen Senna, yeni yarış lideri Alessandro Nannini’nin sadece beş saniye arkasında piste geri döndü.
Senna, sürüşü ile kısa sürede Nannini’nin Benetton’unu yakalamayı başardı. Pitten çıkışından iki tur sonra İtalyan pilotu Prost’a atak yaptığı yerde geçmeyi başardı. (Prost’un aksine Nannini önemli bir savaş vermedi, bir lastiğini kilitlemesi ve aracını agresif şekilde konumlandırması Senna’yı arkasında tutmak için ne kadar çalıştığının tek göstergesiydi.)
Üç tur sonra damalı bayrak sallandı ve Senna kazanmayı başardı. Nannini ikinci sırada bitirirken, onu Williams Renault’lardan Riccardo Patrese ve Thierry Boutsen takip etti. Derek Warwick, riskli bir kararla aracındaki neredeyse tüm yere basmayı kaldırmıştı ve son sıralarda kalkmasına rağmen yedinci sırada bitirmeyi başardı.
Senna yarıştan hemen sonra yarış hakemleri tarafından diskalifiye edildi. Sebep olarak da Prost ile olan kazasından sonra şikanı geçmeden piste dönmesi gösterildi. Senna kararın sebebinin FISA başkanı Jean-Marie Balestre’nin şampiyonluğu hemşerisi Prost’a vermek istemesi olarak yorumladı. Ancak yarış hakemleri ve Balestre bunun doğru olmadığı, kararın verildiği zaman toplantıda kendisinin bulunmadığını açıkladı. Yarış zaferi Nannini’ye giderken, Patrese ve Boutsen podyum seramonisine katıldılar. Bu sonuç Alessandro Nannini’nin tek Formula 1 zaferiydi.
Senna’nın diskalifiyesi artık matematiksel olarak Prost’un puanına ulaşamayacağı anlamına geliyordu ve Prost 1989 şampiyonu oldu.
Şikanı geçmeyerek herhangi bir avantaj kazanmamış olmasından dolayı, Senna ve McLaren diskalifiye kararına itiraz etti. McLaren patronu Ron Dennis Prost’un şampiyonluğunu engellemekle ilgilenmediklerini, kendilerinden hatalı bir kararla alınan zaferi geri kazanmak ve ödül ve ekstra sponsorluk ödemelerini alabilmeye çalıştıklarını söyledi.
Aynı hafta Paris’te toplanan FIA Senna’nın cezasını kaldırmak bir yana, ilave 100,000 dolar para cezası verdi ve Senna’yı tehlikeli sürüş yapmakla itham etti. Bu karardan sonra, Prost’un Senna’ya kasıtlı yöneldiğini düşünenler ve Senna’nın geçiş hareketinde aşırı iyimser davrandığını düşünenler arasında tartışmalar yaşandı. Kazanın iki küskün takım arkadaşı arasındaki basit bir yarış kazası olduğunu düşünenler de oldu.