İç Savaşın ikinci perdesi 25 Mayıs 2012'de Şebbiya'nın Hula'da kadın ve çocukların dahil olduğu 108 kişiyi öldürmesiyle başladı. Özgür Suriye Ordusu katliama karşı bir ultimatom yayınlayarak hükümete karşı geniş kapsamlı bir saldırı başlattı. Başer Esad bu kalkışmayı ezeceğini beyan ederek cevap verdi.
12 Haziran tarihinde Birleşmiş Milletler Suriye'de yaşananları ilk kez "İç Savaş" olarak tanımlayacak, Şam ve Halep şehirlerinde de esnafın da katıldığı grevler yaşanacaktı.
22 Haziran tarihinde Türkiye'ye ait bir F-4 uçağı Suriye Ordusu tarafından düşürüldü. Uçağın uluslararası sularda olup olmadığı tartışılırken Başer Esad uçağın düşürülmesi nedeniyle Türkiye'den özür diledi.
10 Temmuz tarihinde Suriye Ordusu'na bağlı birimler El Kusayr ve Sarakeb şehirlerini ele geçirirken Suriye'nin tamamına yayılan çatışmalarda 16.000'den fazla insan hayatını kaybetmişti.
Eylül ayında Özgür Suriye Ordusu karargahını Türkiye'den Suriye'ye taşıdı. Ekim ayında muhalif güçler Şam'ın gecekondu semtlerine de girmişti.
Hükümetin cevabı sert oldu. Ağırlaşan hava bombardımanı ile saldırılar gerçekleştirilirken 2012 yılının sonunda muhalifler de Suriye Ordusu da savaşı kendi lehlerine döndürebilecek stratejik bir zafer elde etmekten uzaktı.
2013 yılında savaşın yönü El Nusra ve IŞİD'in etkinliğinin artması ile değişti. El Nusra'nın Taftanaz Hava Üssü'nü ele geçirmesi ve 6 Mart'ta Rakka'nın düşmesi savaşı farklı bir faza sokarken, hükümet de Hizbullah ile birlikte çalışmaya başlayacak ve Şii güçler muhaliflere karşı saldırılarını yoğunlaştıracaktı.
2013 yılı sonuna gelindiğinde çatışmalar devam ediyor, Suriye'nin şehirleri taraflar arasında el değiştiriyordu. 2014 yılında El Nusra ile de yollarını ayıran IŞİD bölgede hakimiyet kurmaya başladı. Muhalif güçlerle çatışan grup, bazı şehirleri ele geçirdi. Muhalif gruplar IŞİD kontrolündeki Rakka'yı 6 Ocak tarihinde kısa süreli ele geçirseler de, IŞİD kısa sürede şehri geri aldı.
Mart ayında IŞİD Idlib Vilayetinden tamamen çekilerek burayı muhaliflere bıraktı ve kendi hakimiyetini farklı alanlara doğru genişletmek için harekete geçti. 5 Haziran'da IŞİD Irak'ta yaptığı yoğun saldırılar sonucunda Irak Ordusu'ndan ele geçirdiği silahlarla bazı petrol bölgelerine ve şehirlere yönelik bir saldırı gerçekleştirdi. Halep'e yönelik saldırılar şiddetle karşılık buldu. 17 Ağustos'ta Suriye Hava Kuvvetleri Rakka'yı vururken, 26 Ağustos'ta bu sefer hedef yine IŞİD kontrolündeki Dar Ez Zor şehriydi.
Eylül ayında IŞİD'in artan hakimiyetine karşı ABD güçleri hava operasyonu başlattılar. Ekim ayında IŞİD Kobane'ye saldırırken, çatışmaların geleceği hala belirsizliğini koruyordu.