Mahalle mektebini bitiren İbrahim Refik, 1892 yılında Fatih Askerî Rüştiyesi'ne girdi. Buradan, 1896'da Çengelköy Askerî Tıbbiye İdadisi'ne (lise) geçti. Akabinde, girmiş olduğu Askerî Tıbbiye’den 22 Ekim 1905'de, 1225 numaralı diploma ile ve Hekim Yüzbaşı rütbesiyle mezun oldu. Mezuniyet sonrası klinik çalışmasını tamamlamak üzere Gülhane Hastanesi’ne verildi. 29 Temmuz 1907'de 3. Ordu emrine atanmasına rağmen bir yıl daha Gülhane'de kalarak Histoloji ve Embriyoloji şubesinde çalıştı.