Yeditepe Üniversitesi Tarih Doktora Programı tarih alanında ulusal ve uluslararası düzeyde katkı sağlayacak birikim ve beceri sahibi akademisyenler yetiştirmeyi hedeflemektedir.
Tarih Doktora Programı'nın eğitim dili Türkçe olup ayrıca ana bilim dallarına ayrılmamakla beraber kapsamı açısından Orta Asya ve Orta Çağ Türk Tarihi'nden Bizans Tarihi'ne, Osmanlı Tarihi'ne, Milli Mücadele ayrıca Cumhuriyet ve sınırlı sayıda doktora programında ele alınan pek çok konuda dersler içermektedir.