e-Defter ve beratları siber saldırı veya virüs gibi nedenlerle zarar görebilir. Hatta e-defterler daha baştan yanlış kayıtlara dayanıyor olabilir.
Kâğıt ortamında tutulan defterler için geçerli olan kurallar (süre, cezai yaptırımlar, vb.) e-defterler için de geçerlidir. Ancak, defterlerini elektronik defter biçiminde tutmaya başlayanlar, söz konusu defterlerini kâğıt ortamında tutamazlar.
6102 Sayılı Türk Ticaret Kanunu’nun Ticari Defterler başlıklı 5. kısmında düzenlenen defter tutma yükümlülüğüne göre ilgili mevzuatın 64. maddesinin 3. fıkrasında; “Yevmiye defterinin kapanış onayı, izleyen faaliyet döneminin altıncı ayının sonuna kadar, yönetim kurulu karar defterinin kapanış onayı ise izleyen faaliyet döneminin birinci ayının sonuna kadar notere yaptırılır” ifadesi yer almaktadır.
Tüzel kişi mükelleflerde hesap döneminin son ayına ait elektronik defterlerin beratının kurumlar vergisi beyannamesinin verildiği ayın sonuna kadar gönderilmesi gerekiyor.
Elektronik defter tutma zorunluluğu getirilen mükellefler kâğıt ortamında defter tutamazlar: Bu mükelleflerin kâğıt ortamında defter tutmaları halinde bu defterler hiç tutmamış sayılırlar.