1071 Malazgirt Savaşı'ndan sonra, Bizans yönetiminde oluşan otorite boşluğundan yararlanan ve Harput çevresinden Çukurova'ya kadar olan bölgede egemenlik kuran Ermeni Fhilaretos/Fileratos, bir [müddet direnirse de bölgede fazla tutunamaz. Sultan Melikşah tarafından Diyarbakır'ı (Amid) fethetmeye gönderilen Fahr al-Davla Muhammed bin Cuhayr (Fahrüd-Devle), yanında Çubuk Bey ve Artuk Bey ile birlikte Diyarbakır'ı kuşatır. Kuşatmanın uzun sürmesi üzerine; Fahrüd Devle, Çubuk Bey'i Harput ve civarını fet-petmeye gönderir-". 1087 yılında Çubuk Bey, 300 atlı süvari ile Filera-los'un elinde bulunan Harput'u alır. Selçuklu geleneklerine göre bir bey, bir yeri fethettiğinde, merkeze bağlı olmak koşulu ile kendi beyliğini kurabilirdi. Çubuk bey, bu gelenek gereği Harput ve civarında, Çubukoğuları adıyla anılan kendi beyliğini kurar. Çubuk Bey'in Harput'taki egemenliğinin ne kadar sürdüğü tam olarak bilinmezse de; oğlu Mehmet bey'in, 1106-1113 yılında Harput Hükümdarı olduğu bilinmektedir. 26 yıl süren Çubukoğulları Dönemi'nden' günümüze ulaşan yapısal kalıntının olmaması; bu dönemde yeni yapılaşma olmadığını, mevcut iç kale ve içindeki yapıların kullanıldığını gösterir. İbadet ihtiyacı için, yine kale içinde uygun bir yapının kullanıldığını ya da küçük bir mescid inşa edildiğini düşünebiliriz. Beyliğe adını veren Emir Çubuk, Anadolu’nun fethinde ve özellikle Amid’in (Diyarbakır) ele geçirilmesinde önemli rol oynamıştır. Bir ara Selçuklular adına Amid askerî valiliğine de getirilen Emir Çubuk, Harput merkez olmak üzere Palu, Arapkir ve Çemişkezek’te kendi hükûmetini kurmuştur. Oğlu Mehmed Bey zamanında Artuklu Belek Gazi, Harput’u ele geçirerek beyliğe son vermiştir (1113).