Jefferson, George Washington’ın Başkanlık Dönemi’nde Birleşik Devletler Dışişleri Bakanı olarak hizmet verirken kendisine ait bir şifreleme yöntemi geliştirmiş. Ozamanlar devlet içi mesajlaşmada kullanılan “çark-şifresi” aslında Jefferson’ın fikriymiş.
Jefferson’ın buluşu, her biri yaklaşık _ inç kalınlığında birkaç yassı tahta diskin merkezinden geçirilen demir bir mil yardımıyla bir araya getirilmesinden oluşuyordu. (Gözünüzde canlandırmak için, bir mile geçirilmiş ve kenarları üzerinde dik duran bir grup boş CD düşünün. Yalnız CD’ler biraz daha kalın olmalı.) Alfabenin tamamı karışık bir düzenle disklerin kenarlarına yazılmıştı. Şifreli mesajın harfleri bir sıra üzerinde diskleri tek tek çevirerek yerleştirildiğinde ise, sistemin üzerindeki diğer sıralarda yirmi beş ayrı kodlanmış cümle (Alfabe 25 Harf) ortaya çıkıyordu. Bu cümleler arasından anlamlı olan seçilmeliydi.
Ancak aynı disk ve harf düzenine sahip olan kişi kodlanmış cümleyi şifre çarkı üzerinde harf harf yazdıktan sonra içlerinden anlamlı olanı çekip çıkarabilirdi. Jefferson’un bu dahice buluşu Amerika’nın kuruluş döneminde devlet içi mesajlaşmada büyük bir rol oynamıştır.