Eski doğu bloku ülkesi, yeni NATO üyesi Çek Cumhuriyeti'nde halkın yüzde 60'ından fazlası, Rusya'nın cevap olarak askeri adımlar atma ihtimalini ve terörün hedefi haline gelme olasılığını gerekçe göstererek projeye karşı çıktı. Projeye muhalefet, ABD Başkanı George Bush'un, Çek yetkililerle konuyu görüşmek üzere Prag'a gelmesiyle de kendisini gösterdi ve Bush, yüzlerce kişinin katıldığı protesto gösterisiyle karşılandı. Gösterilerin bugün de Bush ile Çek Cumhuriyeti Başbakanı Mirek Topolanek ve Devlet Başkanı Vaclav Klaus arasındaki görüşmelerin yapılacağı, orta çağdan kalma Prag Kalesi civarında sürmesi bekleniyor.
ABD'nin, Prag'ın güneybatısındaki Brdy askeri bölgesinde füze savar radar üssü kurma planı, Rusya'nın sert tepkisine neden olmuştu. Rusya Devlet Başkanı Vladimir Putin, misilleme yapabileceklerini, hatta nükleer silahlarının yönünü, ABD'nin Avrupa'daki üslerine çevirebileceği uyarısında bulunmuştu.