1897 yılında Bahriye Nazırı Hasan Hüsnü Paşa’nın emri, Miralay Hikmet Bey ve Yüzbaşı Süleyman Nutku’nun çabalarıyla İstanbul- Kasımpaşa’da ‘’Müze ve Kütüphane İdaresi’’ olarak kurulmuştur. 1914 yılında Bahriye Naziri olan Cemal Paşa, denizciliğin tüm kollarında olduğu gibi müzede de reform yapmış ve müdürlüğe Deniz Yüzbaşı Ressam Ali Sami Boyar'ı getirerek, bilimsel anlamda yeniden düzenlenmesine olanak sağlamıştır.