İstanbul'u aldıktan soma Fatih ilk iş olarak Ayasofya'ya gelerek burada toplanmış olan Bizans halkına hitaben can, mal ve din özgürlüklerinin kendi teminatında olduğu konusunda güvence verdi. Harap ve bakımsız durumda olan Ayasofya'yı camiye çevirerek onarıma aldırdı. Fatih ve ondan soma gelen Osmanlı Padişahları da fetih sembolü olarak kabul edilen Ayasofya'ya büyük önem verdiler ve bu konuda hiçbir fedakarlıktan kaçınmadılar. Ayasofya'nın kutsal hikmet manasına gelen Grekçe adının dahi değiştirilmediğini düşünürsek Türkler'in ne kadar hoş görülü oldukları daha iyi anlaşılır.
Özellikle II. Selim döneminde Mimar Sinan'ın yapmış olduğu destek payandaları ve onarımlar sayesinde yapının günümüze kadar ulaşması mümkün olabilmiştir. Ayrıca Sultan Abdülmecid döneminde Fossati kardeşlerin yaptıkları restorasyon çalışmaları da önemli yer tutar. Cami'ye çevrildikten sonra İslam inancı gereği Ayasofya'nın içinde bulunan figürlü mozaiklerin üzerleri ince bir sıva ile örtülmüş, bu uygulama ile bir bakıma bunların korunması sağlanarak günümüze kadar ulaşabilmeleri mümkün olmuştur.
Ayasofya'nın masrafları ve onarımları, Fatih tarafından kurulmuş olan vakıf gelirlerinden karşılanmıştır. Ayasofya'nın vakıfları şehir içindeki musakkafat, dükkanlar evler, menziller, değirmenler, hanlar, hamamlar ve özellikle Fatih tarafından yaptırılan bedestenlerden oluşmaktadır. 926 tarihli tahrir defterinde Ayasofya vakıflarının hasılatı 1.426.288 akçedir. O tarihlerde 40 akçe 1 flori olmakla, bu miktar 36.500 altın flori, bugünki para ile 2.500.000 liradan fazla tutar (Kapalıçarşı Akçalı Kuyumcusundan alınan bilgiye göre 1973 yılında 1 gr. Altın 19 TL. idi, 09.01.2003 günü 1 gr. Altın 19.000.000.-TL. dır. Bu hesaba göre kitabın basım tarihi olan 1973 yılının 2.500.000.- TL.sı bugünün 2500000 x
19000000 : 19 = 2.500.000.000.000.- "ikibuçuktrilyon" TL. dir.). Bu yüklü gelir sayesinde Ayasofya devamlı olarak imar edilip ayakta kalabilmiştir. Bugün de Kültür Bakanlığı tarafından Müze içinde onarım ve restorasyon çalışmaları aralıksız devam etmekte ve binanın korunması yolunda her türlü çalışma yapılmaktadır.
Çok iyi eğitim görmüş olan Şehzade Mehmed (Fatih) zamanın en iyi alimlerinden olan Molla Gürani ve Molla Hüsrev'den dersler aldı. Bilim ve eğitime büyük önem veren Fatih, İstanbul' u aldıktan sonra da ilk iş olarak Zeyrek'teki Pantakrotor Manastırı odaları ile Ayasofya'daki Papaz Odalarını medrese olarak açtı. Bu nedenle İstanbul külliyesi (Üniversitesi) medreselerinin 1453 yılında Zeyrek ve Ayasofya'da kurulduğunu söylemek yanlış olmaz. Medresenin ilk müderrisi de Fatih'in hocası Molla Hüsrev'dir.
Şam'lı Ebu Bahram'ın Atlas Minor tercümesinde İstanbul hakkında ilave olan bilgiler arasında "Fatih Ayasofya'nın şimal tarafından talebe-i ulum için vezayifi muayene ile bir darm tahsili ulum ve medrese-i aliye ihdas etmiştir." denmektedir. Bu eski saray tarihinden yani 1454 den evveldir. Bu nedenle Ayasofya medresesi'nin 1453 yılında Ayasofya Camii' nin kuzeyinde var olduğunu söyleyebiliriz
Fatih Külliyesi 'nin inşası üzerine bir süre boş kalan Ayasofya Medresesi II.Bayezid döneminde (1481-1512) tekrar kullanılmaya başlanmıştır. 1596 tarihli masraf defterinden anlaşıldığına göre, daha önce yıktmlan medrese, 1596 da yeniden ihya edilmiştir 4.Fatih'in yaptırmış olduğu tek katlı medresenin üstüne ıı. Bayezıd bir kat ve hücreler ilave ederek iki katlı bir medrese haline dönüştürmüştür. 1846-1849 yılları arasında Sultan Abdulmecid döneminde Mimar Fossati kardeşler tarafından yapılan Ayasofya restorasyonu sırasında medrese binası da restore edilmiş ve tamir sırasında köklü değişiklikler yapılmıştır.
Ayasofya Medresesi'nde çok değerli bilim adamları ders vermişlerdir. Bunlardan biride Fatih zamanının en önemli alimlerinden Ali Kuşçu' dur. Ayasofya hakkında bir risale yazıp Fatih'e hediye etmiş olan Ali Kuşçu hakkında Süheyl Ünver şu bilgileri vermektedir. Fatih, Ali Kuşçu'yu 1473 de Uzunhasan seferine giderken yanında götürür. Dönüşte Ayasofya Medresesi 'ne günde 10 akçe, Nişancı Paşa'ya göre 200 akçe ile Müderris tayin eder. Ölünceye kadar Ayasofya Medresesi'nde müderrislik yapan Ali Kuşçu'nun mezarı Eyüp Sultandadır 5.
İstanbul 'un tarihi eserlerini çizmiş olan Gurlitt' in Ayasofya'nın genel planında 18 numara ile medresenin yeri belirtilmiştir. Prof. Dr. Süheyl Ünver'in "Ali Kuşci" risalesinde medresenin yıkılmadan önce çekilmiş olan resimleri ile planları yayınlanmıştır. Gurlitt'in planında ölçek olmasına rağmen medresenin ayrıntılı çizimi yoktur. Süheyl Ünver'in planında ise ayrıntı olmasına rağmen ölçek bulunmamaktadır. E. Hakkı Ayverdi Osmanlı mimarisinde Fatih devri adlı eserinin III. cildinde bu iki planı da yayınlanmıştır.
Ayasofya' da 1982 yılı onarımıarı sırasında tamamen toprak dolgu altında kalan, çalılık ve moloz yığınları altındaki medrese alanı önce temizlenmiş somada temel sondajlarına geçilmiştir. Onarım çalışmalarını yürüten Y.Müh. Mimar Alpaslan Koyunlu'nun araştırmaları sonucunda medresenin temel kalıntıları, bölme duvarları, su yolları, şadırvan kaidesi ile ana gezinti yolları ortaya çıkarılmıştır 6. Alpaslan Koyunlu tarafından yapılan çalışmalar sonucunda medresenin rölövesi hazırlanmış ve burada daha geniş bir kazı yapılması gerektiği belirtilmiştir.
Ayasofya'nın kuzeybatı köşesinde halen Ayasofya Medresesi'ne aİt temel kalıntılarının izlerine rastlanmakta olup, bu kısım çalı ve oHarla kaplanmıştır. Bu kısımda kazı yapıldığı takdirde medresenin planları hakkında daha ayrıntılı bilgiye sahip olabiliriz. Ancak resimler ile eski planlardan anlaşıldığına göre iki katlı, bir iç avluya sahip, ahşap revaklı bir yapıdır. Prof. Dr. Semavi Eyice'ye göre 19.yy'da yaygın olan batı üslubundan etkilenmiş görünen medrese binasının dar bodrum pencerelerinin üzerinde iki sıra halinde uzanan yarım yuvarlak kemerli büyük pencereler o güne kadar alışılagelmiş medrese mimarisinden çok uzaktır 7.
Ekrem Hakkı Ayverdi yukarıda bahsettiğimiz eserinin 321. sayfasında aynen şu ifadeler yar almaktadır. "..Gurlitt'in planı önde 50, arkada 47 m., derinlik 35 m.dir; iç avlu 14 x 23m. dir; iki kollu bir merdiveni vardır. Süheyl Ünver beyin planı Arkeoloji Müzeleri'nden almış; biz çok aradık yoktu; pek fazla bir ma'lümat vereceğini de tahmin etmiyoruz. Bu plana göre büyük tarafta bir katta 17 şerden 34, küçük avlu üzerinde 12 oda vardır. Büyük avlu ortasında ilk binadan kalma tonozlu bir mahzen vardır.
Bu haliyle binanın Dar'ül-Hilat'ül-' Aliye Medresesi olarak 1924 senesine kadar kulanıldığı bilinmektedir. 1934 Ayasofya Suikasdını ta'kıyben Müze Müdüri (Aziz Ogan) tarafından gayretkeşlik ve emir kulluğu zoruyla yıktmlmıştır; mezkur Müdürin bir Su' ale cevaben yazdığı mektubun sureti elimize geçti; bundan binanın temamen muhdes olduğu ve binaen'aleyh "Ayasafya gibi tarihi mühin:ı bir abidenin yanında olması hasebiyle yıkılmasının zaruri" bulunduğu ifade edilmektedir.
Bina orta yok ki ne derece muhdesdi cevap verelim. Amma xıx. asırdan olursak muhakkak yıkılır diye bir kaa'ide mi vardı ki kurtarılması cihedine gidilmesi' Ve bir an evvel ortadan kaldırılmak telaşı içinde palas pandıras yıktırıldı. Bina yeni de olsa Fatih'in yaptırdığı ilk İstanbul Medresesi idi. Fekat bunu vicdanının en derin yerinde hissetmek için bizden olmak gerektir. Bir tek duvar kalsa Ayasofya'nın yanında bırakılacaktı, işte o kadar."
1924' e kadar medrese olarak kullanılan bina bir ara Vilayetin emrinde kimsesizler yurdu olarak kullanılmış, ancak; 1934 yılında harap olduğu ve Ayasofya'nın görünümünü bozduğu gerekçesiyle zamanın Antikiteler ve Müzeler Umum Müdürü Aziz Ağan'ın emri ile yıktırılmıştır.
1924'den 1934'e kadar kimsesizler yurdu olarak kullanılan medrese yıkılmadan önce resimleri çektirilip, planları mimar Nihat'a çizdirildikten sonra birer nüshaları Evkaf Müdürlüğü'ne ve Kültür Bakanlığı'na gönderilmiştir. Muhtemelen bir nüshası da Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü'nde kalmış olup, Süheyl Ünver de "Ali Kuşci" kitabındaki medrese hakkındaki bilgileri buradan almış olmalıdır.
E. Hakkı Ayverdi'nin fikirlerine tamamen katılmakla birlikte önemli olan bundan sonra neler yapılabileceğidir. Süheyl Ünver, Ekrem Hakkı Ayverdi ve Gullitt' in plan ve bilgilerinin yanısıra Alpaslan Koyunlu tarafından yapılmış olan rölöve ile İstanbul Arkeoloji Müzeleri fotoğraf arşivinden edindiğim medresenin eski fotoğraflarından yararlanarak Ayasofya Medresesinin restitüsyon planı yapılarak rekonstürüksüyon (yeniden inşası) yapılabilir. Böylece İstanbul'un fethinin 550. yıl dönümünü kutlayacağımız bu yıl içerisinde Fatih' in anısını da yaşatmış olmakla birlikte Ayasofya Müzesinin depo, ofis gibi yer ihtiyaçlarının karşılanması da mümkün olacaktır. Ayrıca yapıya kültür amaçlı bir fonksiyonda kazandırılabilir.
Medresenin yıkılmadan önce 1934 ve 1935 yıllarında Eski Eserler Encümeni tarafından çekilmiş olan fotoğrafları elde ettiğim İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü'ne, müzenin fotoğraf bölümü şefi Arkeolog Turan Birgili ve mimari konularda yardımlarını esirgemeyen İstanbul Rölöve ve Anıtlar Müdürlüğü mimarı Hüseyin Kaya'ya teşekkürü bir borç bilirim.
Bu arada Türk kültürüne büyük hizmetleri geçen yukarıdaki bilgilere ulaşmamızı sağlayan Ekrem Hakkı Ayverdi ve Süheyl Ünver hocalarımızın yanı sıra; Ayasofya içinde görmekte olduğumuz Kazasker Mustafa İzzet Efendi'nin yazdığı 7,5 metre çapındaki dünyanın en büyük levhalarını Ayverdi'ye onartarak, kendi çabasıyla tekrar yerine astıran eski Müdürümüz Arkeolog Muzaffer Ramazanoğlu'nu saygı ve rahmetle anıyoruz. Ayverdi, Ünver ve Ramazanoğlu gibi Türk kültürüne hizmeti geçmiş bilgili ve cesur insanlar sayesinde kültür değerlerimiz korunmuş ve günümüze ulaşabilmiştir. Başka milletlerin değerlerine sarılan kişi_erse onların adi birer kopyası olmaktan öteye gidememişlerdir.