Haniye, 2006 yılında Filistin Otonom Yönetimi'nin başkanlık seçimlerinde Gazze Şeridi'nden bağımsız bir aday olarak seçimlere katıldı ve kazandı. Ancak, bu seçim sonucu, Filistin'de siyasi bir krize yol açtı ve Hamas ile Fetih arasındaki siyasi gerilimi artırdı. Bu kriz nedeniyle Gazze Şeridi'nde 2007 yılında bir iç savaş patlak verdi ve Hamas, Gazze Şeridi'nde kontrolü ele geçirdi. İsmail Haniye, Hamas'ın Gazze Şeridi'ndeki hükümetinin başbakanı olarak görev yapmıştır.
Haniye, Filistin meselesinde İsrail ile olan çatışmanın çözümüne dair farklı görüşlerle tanınmıştır. İsrail ve Birleşik Devletler tarafından terör örgütü olarak kabul edilen Hamas'ın liderlerinden biri olarak, İsrail ile barış görüşmelerine karşı çıkmış ve şiddetli bir İsrail karşıtı tutum sergilemiştir.