Hakan Fidan, 1968 yılında Ankara'da dünyaya geldi.
Hakan Fidan, 1986 yılından 2001 yılına kadar Türk Silahlı Kuvvetleri'nde astsubay olarak görev aldı.
Türk Silahlı Kuvvetleri'ndeki görevini kendi isteği ile bırak Hakan Fidan, University of Maryland University College'den "Yönetim ve Siyaset Bilimi" alanında lisans eğitimi aldı
Hakan Fidan daha sonra Bilkent Üniversitesi'nde master ve aynı üniversitede 2006 yılında doktora yaptı.
Viyana'da Uluslararası Atom Enerjisi Kurumu'nda, Cenevre'de Birleşmiş Milletler Silahsızlanma Enstitüsü'nde ve Londra'da Verification Technologies Research Center'da akademik çalışmalarını sürdüren Hakan Fidan, Bilkent ve Hacaettepe Üniversitelerinde de akademisyenlik görevi yaptı.
Almanya'da bulunan NATO Süratli Reaksiyon Kolordusu Karargahı'nda da çalışan Hakan Fidan, 2001'den itibaren iki yıl Avustralya Büyükelçiliği'nde Kıdemli Siyasi ve Ekonomik Danışman olarak görevi yaptı.
Hakan Fidan 2003 yılında Başbakanlık Türk İşbirliği ve Kalkınma İdaresi Başkanlığı (TİKA) Başkanlığına atandı
14 Kasım 2007'de Başbakanlık müsteşar yardımcılığı görevine gelen Hakan Fidan, 2008 yılında ayında Uluslararası Atom Enerjisi Kurumu Yönetim Kurulu üyeliğine atandı.
17 Nisan 2009'da Millî İstihbarat Teşkilatı müsteşar yardımcılığına getirilen Hakan Fidan, Emre Taner'in görev süresinin dolmasının ardından, 25 Mayıs 2010 tarihinde MİT Müsteşarı görevine atandı.