Profesyonel futbol hayatına bakmadan önce altyapı kariyerine bakmakta fayda var. Hugo Almeida, 1997 yılında başlayan Naval altyapısında 3 yıl boyunca oynadı ardından Porto altyapısına geçti. 2000 yılında başlayan Porto altyapı kariyeri 2 yıl sürdü. Altyapıda gösterdiği performansından dolayı Porto'nun B takımına çağrıldı ve profesyonel kariyeri böylece başladı.
Porto B takımı yükselişinin en önemli göstergelerinden biri oldu. Porto B takımı ile çıktığı 25 maçta 21 gole ulaştı ve bu sayede birçok kulübün de takibine girmeyi başardı. 2002 ile 2005 yılları arasında oynadığı Porto B takımında belli bir süre kiralık olarak başka takımlarda da oynadı. 2003 yılında transfer olduğu Porto takımında ise genelde yedekte oturdu ya da kiralık olarak oynadı. 2006 yılında transfer olduğu Werder Bremen'in as oyuncularından biri haline geldi. Werder Bremen forması ile 100'den fazla maça çıktı ve bu maçlarda 41 gole ulaştı.
Werder Bremen'de gösterdiği performansın ardından Beşiktaş'ın transfer listesine giren Almeida, Beşiktaş ile anlaşma yaparak bu takımın formasını terletmeye başladı. Taraftarlar tarafından sevilen Hugo Almeida, 88 maça çıktı ve 37 gol ile buluştu. 2014 yılında Beşiktaş ile yollarını ayırdıktan sonra Cesena forması giymeye başladı.