Fâtih Sultan Mehmed Han tarafından 1453 (H. 857) târihinde İstanbul feth edilince câmiye çevrildi. Fâtih Sultan Mehmed Han kubbeye kadar çıkıp, bina ve çevresini harap görüp tamire karar verdi. Burada ilk Cuma namazını büyük âlim Akşemseddîn kıldırdı. Fâtih Sultan Mehmed Hân Ayasofya’yı hayrâtının ilk eseri olarak, kıyamete kadar câmi kalmak şartıyla vakf etti. Câminin yanına da bir medrese yaptırdı. Bu medresede ilk defa büyük âlim Molla Hüsrev ders okuttu. İlk olarak batıdaki yarım kubbenin yanındaki baskı kuleciklerinden güneydekinin üstüne ahşap bir minare yapıldı. Bu minare 1574 tarihindeki tamirde kaldırılarak, câminin güneybatı köşesine tuğladan bir minare yaptırıldı. Fâtih Sultan Mehmed Han’dan sonra pâdişâh olan ikinci Bâyezîd Han da saray kapısı köşesindeki İkinci minareyi yaptırdı ve Fâtih’in kurduğu medreseyi genişletti. Kânûnî Sultan Süleymân Han, Budin’in fethinden sonra oradaki baş kiliseden alınan tunç şamdanlar üzerine manzum birer kitabe yazdırarak 1526’da mihrabın iki yanına yerleştirdi. Kânûnî Sultan Süleymân Han’ın oğlu ikinci Sultan Selîm Han da câminin etrafını saran ve yapıya zarar veren evleri yıktırarak sedlerle tahkim ettirdi ve kuzey tarafına iki minare yaptırdı.
(Alıntı:http://osmanli-devleti1299.tr.gg/)