1424 (H. 828) yılında Sultan İkinci Murâd Hân, onu ilk şeyhülislâm olarak tâyin etti. Bu vâzifeyi, adâlet ve hak üzere altı sene yaptı. Devletin mühim işlerinde, sultanlar ve devlet adamları kendisiyle istişâre ederek, ilminden ve isâbetli görüşlerinden istifâde etmişlerdi. Ders okutması yanında, fetvâ işlerini ve Bursa kadılığını da yürüten Molla Fenârî, bir mahkeme esnâsında, Sultan Yıldırım Bâyezîd Hânın şâhidliğini dahî kabûl etmemiştir. Şöyle ki: Mahkemede dâvâ konusu olan bir hâdisenin şâhidi olarak pâdişâhın da dinlenmesi îcab etmişti. Kâdı Molla Fenârî, huzûrunda duruşmaya çıkan Pâdişâhın şehâdetini, İslamiyetin aradığı şahitlik şartlarından biri kendisinde bulunmadığı için reddetmişti. O da, namazlarda Pâdişâhın cemâatte görülmemesiydi. Çünkü dînimizde, cemâat ile namaz kılmayı terk edenin mahkemedeki şâhidliği makbûl değildir. Bunun üzerine Yıldırım Bâyezid Han hemen oturduğu sarayın yanına bir câmi inşâ ettirerek, beş vakit namazı, cemâati hiç terk etm~|~eden kılmağa başladı.
Bursa'da müderrislik ve kadılık yapan Molla Fenârî kazzazlık (ipekçilik) yaparak da nafakasını temin etmeye çalıştı ve kazandığı paralar ile çok hayrât ve hasenâtta bulundu. Kale'de, Manastır mahallesinde ve Debbâğlar semtinde olan mescidler ile, Pınarbaşı'ndaki Dâr?ül?hâdîs, onun yaptırdığı eserlerdendir. Kudüs'te de bir medreseyi satın alıp, masraflarını, Anadolu'da yaptığı vakıfların gelirinden karşılamıştır. Vefâtında, çok para ve on binden çok kitap bıraktı.
1431 (H.834) senesi Receb ayında Bursa'da vefât etti. Kabri, Bursa'da Keşîş Dağı eteğinde, Maksem adı verilen semtte yaptırdığı mescidin yanındadır ve ziyâret edilmektedir. Kabri, Bursa'nın en yüksek semtinde bulunmaktadır. Câminin yanında bir de medresesi vardır. Ayrıca birçok hayır işleri de gerçekleştirmişti.
Molla Fenârî, tasavvufta Zeyniyye meşrebine mensûb idi. İpekçilikten çok iyi anladığından, kendisine yetecek kadar parayı sağlamak için bu işle uğraşır ve yiyeceği, giyeceği için lâzım olan parayı kendi emeği ile kazanırdı.
Süslü elbiselerle dolaşmaktan hiç hoşlanmazdı. Gâyet mütevâzi giyinir, başında bir dolama ile dolaşırdı. Böyle giyinmesinin sebebini soranlara; "Elimin kazancı, daha fazlasına yetmiyor" cevabını verirdi.
Şeyh Zeynüddîn?i Hâfi Hazretlerinin en büyük halîfesi Şeyh Abdüllatîf?i Makdisî, Anadolu'yu şereflendirdiğinde, Molla Fenârî onun gelişini parlak bir manzûme ve güzel bir şiirle kutlamıştı. Zeynüddîn?i Hâfi de, aynı bahr ve vezinde bir karşılık söyleyerek, pekçok övücü sözler yazmış ve Molla Fenârî'ye göndermişti.
Eserleri çok kıymetlidir. Başlıcaları şunlardır: 1) Ayn?ül?A'yân: Fâtiha sûresinin tefsîridir. 2) Füsûl?ül?Bedâyı fî Usûl?iş?Şerâyi', 3) İsâgûcî Şerhi: Mantık ilmine dâir, bir günde yazdığı çok kıymetli şerhtir. İsagûcî'ye yaptığı bu şerhi, mantık ilmini çok güzel açıklamaktadır. Buna, birgün sabahleyin başlamış, güneş batarken bitirmiştir. Bu mantık kitabı, medreselerde uzun zaman ders kitabı olarak okutulmuştur. 1886 (H.1304) yılında İstanbul'da basılmıştır. Bunlardan başka birçok metinlere, şerh ve hâşiyelere ve tâlikâtı var ise de, tedrîs, kâadılık ve müftîlik işleriyle meşgûliyeti, eserlerinin çoğunu temize çekmeye müsâade etmeyip, müsvedde hâlinde kalmıştır.