Uzunköprü kenti Sultan II.Murat tarafından Ergene Şehri adı ile kuruldu. Uzunköprü ile ilgili, ilk yazılı metin, Sultan II. Murad'ın vakfiyesi "Vakfı Sultan Murat Der Ergene" başlığını taşır. Hoca Sadettin Tacü't Tevarih (C.II. S.164) adlı yapıtında "Orasını konaklanacak düzenli bir yer haline getirdi. 174 yüksek kemer üzerine uzatılmış eşsiz bir köprü yaptırdı ki, cihana örnek oldu. Köprünün bir başında Ergene adı ile anılan bir kasaba kondurup." diyerek bu kasabanın adını Ergene olduğunu belirtir. Kanuni Sultan Süleyman dönemine kadar bu adla anıldı.
Kanuni'nin Sadrazamı Mustafa Paşa 1529'da Mimar Sinan'a Bulgaristan 'da Meriç üzerinde yirmi kemerli Cisr-i Mustafa Paşa Köprüsünü yaptırdı. Bu köprünün başındaki kasabaya da Cisr-i Mustafa Paşa kazası (Svilengrad) dendi.
Edirne Sancağına bağlı, köprülü olan bu iki kasabada, karışıklıkları önlemek amacı ile Ergene kentinin adı Cisr-i Ergene'ye çevrildi. Ancak halk bu değişikliği hiçbir zaman kabul etmeyerek, Uzunköprü adını benimsedi.Ünlü seyyahlardan A.Dela Motraye;Avrupa,Asya ve Afrika adlı seyahatnamesinde (S. 396), 1727 yılında Cisr-i Ergene'ye geldiğini ve Türk'lerin bu kasabaya Usun Kupru (Uzunköprü) dediklerini yazar.
Keçeci Zade İzzet Molla da 1820 de Keşan sürgününden dönerken Uzunköprü'den geçer. Mihnet Keşan adlı yapıtında; Azimet edüp üzre heman göründü Uzunköprü çün ab-ı revan, diyerek halkın benimsediği Uzunköprü adını kullanmıştır.
1873 yılında Uzunköprü'den demiryolu geçer. Kasabanın adı Cisr-i Ergene olduğu halde, yeni istasyon binasına "Uzunköprü" levhası asılmış ve tren tarifelerinde de Uzunköprü yazılmıştır. Sonuçta 1917 yılında çıkan Devlet Salnamesinde, ilçenin resmi adı Cisr-i Ergene bırakılmış ve halkın benimsediği Uzunköprü adı kabul edilmiş oldu.
Ancak 1920 yılında Uzunköprü'yü işgal eden Yunanlar kentin adını Makrifere'ye çevirdi. İki yıldan fazla bu adla anıldı. 18 Kasım 1922 'de kurtuluştan sonra, ilçemiz Uzunköprü olan özgün adına kavuştu.