Thomas Walkup kolej kariyerini, basketbol programı açısından pek de başarılı bir okul olmayan SFA Lumberjack’te geçirdi. Şöyle örneklendirelim; SFA Lumberjack kolej tarihinde sadece 2 NBA oyuncu çıkardı. Bu isimlerin sonuncusu da 1970 NBA Draft’ında seçilmiş. Toplamda 4 kez NCAA Turnuvası’na katılan SFA Lumberjack, bunların üçünü üç yıl üst üste gerçekleştirdi ve Thomas Walkup bu üç yıl da kadroda yer aldı.2016 yılındaki NCAA Turnuvası’nda ise Notre Dame’e şanssız şekilde kaybetmişlerdi. Thomas Walkup iyi bir sezon geçirdikten sonra o maçta da çok iyi performans gösterince bir anda “Acaba NBA yolcusu olur mu?” denmişti. Kolejdeki ilk yılının sonundan itibaren ciddi bir gelişim gösterdi. İkinci yılından itibaren ilk beşe yerleşti ve mezun olana kadar da tüm maçlara ilk beşte başladı. Aynı zamanda ilk beşte başladığı 3 sezonda da takımını NCAA Turnuvası’na taşıdı. Oyununu geliştirse de kolej kariyerinde üç sayı performansı Walkup’a hep sorun yarattı.