500. Yıl Vakfı tarafından topluma Türk Yahudilerinin gelenekleri ve tarihi açısından bilgi sunmak amaçlı kurulmuştur. 25 Kasım 2001'de açılmıştır. 500. Yıl Vakfı 1989'da 113 Yahudi ve Müslüman’dan oluşan Türk vatandaşları tarafından Sefaradların 500 yıl önce Osmanlı İmparatorluğu'na gelişini kutlamak için kuruldu. Müze fikri, müzenin ilk küratörü olan Naim Güleryüz tarafından ortaya atıldı ve Kamhi ailesinin maddi destekleriyle açıldı.
Galata'da, tarihi Zülfaris Sinagogu binasında açılmış olan 500. Yıl Vakfı Türk Musevileri Müzesi, 20 Eylül 2015 tarihinde Şişhane Neve Şalom Sinagogu yanına taşınarak 14 Ocak 2016 tarihinde yeni yerinde faaliyetine başladı.