Pilates 9 Aralık 1883 yılında Almanya’ da doğdu. Çocukluğunda astım, raşitizm geçirdi ve bunların yanında solunum sistemi problemi de yaşadı. Bütün hayatını fiziksel iyileşmeye adadı. Babası onu jimnastik ve vücut geliştirmeyle tanıştırdı. Bunlarla birlikte eskrim, boks ve güreşle de uğraştı. Pilates aslında jimnastik ve vücut geliştirmeyle uğraşıyordu. 1912 yılında İngiltere’ye taşındı ve hayatını, profesyonel boksla, sirklerde çalışarak ve polis okullarında savunma dersleri vererek, sürdürdü.
Birinci Dünya Savaşında Lanchester yakınlarında bir kampta gözaltına alındı ve savaş süresince burada tutuldu. Kampta kaldığı süre boyunca orada sürgün edilen kişilere her gün egzersiz yaptırdı. Joe’nun söylediğine göre 1918-1919 yıllarında çıkan İspanyol gribinde, onun egzersiz ve beslenme programını uygulayan kişiler bu salgından etkilenmedi. Kampta daha sonra ‘’ kontroloji ‘’ ismini alacak olan, minimum ekipman gerektiren mat egzersiz sistemini geliştirmeye ve öğretmeye başladı. Daha sonra Man adasında Knockaloe ‘deki başka bir kampa gönderildi. Bu gönülsüz molası sırasında, kendisinin ‘’kontroloji’’ adını verdiği bütünleyici ve kapsamlı fiziksel egzersiz kavramını yoğun şekilde geliştirmeye başladı. Pilates egzersizinin ilk zamanlarında savaşta ağır yaralanan gazilerin rehabilitasyonda kullandığı metotları kullandı.
Birinci Dünya Savaşından sonra Almanya’ya döndü ve orada Rudolf Laban gibi dans ve fiziksel egzersiz konularında uzman isimlerle çalıştı. Hamburg’da polis memurlarını eğitti. 1925 yılında Amerika Birleşik Devletlerine taşınırken, gemide, hemşire olan eşi Clara ile tanıştı. New York’ta bir stüdyo açtılar ve orada öğrencilerine 1960’lara kadar eğitimler verip danışmanlık yaptılar.
Joseph ve Clara kısa süre sonra New York’ta dans ve gösteri topluluklarında sağlam ve sadık bir takipçi kitlesi oluşturdular. Tanınmış dansçılarla çalışmaya başladılar ve bu dansçılar da öğrencilerini bu stüdyoya gönderdiler. Bu egzersiz yöntemi güç, dayanıklılık ve esneklik kazandırdı. Özellikle balerinlerin bu stüdyoya gittiğini duyan şehrin sosyetik kesimi Pilates’in stüdyosuna gitmeye başladı.
Joseph Pilates 1967 yılında, NewYork’ta 83 yaşında hayatını kaybetti.
Joe ilk olarak hastanede çalıştığı yıllarda hastalara aynı anda yetişemediği için hasta yataklarına yaylar taktı ve ilk cadillac böyle oluştu. Böylece hastalar kendi egzersizlerini yapmaya başladılar. Kendi pilates stüdyosunu açtıktan sonra sürekli yeni egzersiz aletleri üretmeye devam etti. Reformer, Wunda Chair, Ladder Barrel, Spine Corector ve daha bir çok ekipman dizayn etti. Kendi için dizayn etmiş olduğu bu ekipmanları daha sonra hastalarına modifiye etti. Joe’nun yapmış olduğu bu ekipmanların çoğu şuan çalışır durumdadır.
Joe her zaman zihin ve beden bütünlüğünü öngören metodunun askeri eğitimlerden ilkokullara çok geniş bir yelpazede tanınmasını istemiş ve bunu başarmıştır.