1715 yılını yani "Korsanlığın Altın Çağı" denilen dönemi konu alıyor. 1700'lü yılların başında İngiltere, İspanya, Portekiz, Hollanda ve Fransa devletleriarasında bir savaş hüküm sürmektedir. Bu devletlerin tek amacı ise denizleri ele geçirmek. Korsanlar da bu dönemde devletlere çalışıyorlar. Yani paralı askerler. Bir süre süren savaş 1703 yılında Utrecht Antlaşması'nın imzalanıp barışın ilan edilmesi ile sona erer. Bunun sonucunda ise korsanlar işsiz kalır. Ortada kalan korsanlar, ortak çıkarları için birleşirler ve tüm devletlere savaş açarlar. Bu birleşim sonucunda zorunlu kaldıkları için kendi aralarında kurallar oluştururlar. Böylece tarihin ilk gerçek anlamda ırk, din, cinsiyet ayrımı olmayan, demokratik toplumu oluşur. Korsanlar, sayıları arttıkça, devletlerin donanmalarından saklanabilecekleri bir yer bulmaya çalışırlar ve Karayipler'e yerleşirler. Buralarda şehirler, sığınaklar kurarlar.
Assassin's Creed'in asıl konu aldığı savaş olan tapınakçılar ve suikastçılar arasındaki savaş ise devam etmektedir. Tapınakçılar, suikastçıları alt edebilecek gücü ele geçirmek için Karayipler'e gelirler. Fakat suikastçılar Karayipler'e gelmiş ve korsanlar arasında sayılarını arttırmışlardır.
Oyunun ana karakteri Edward'ın hikâyesi bir gemide başlar. Edward'ın çalıştığı korsan gemisi ile bir İngiliz gemisi savaşmaktadır. Bir süre sonra Edward'ın gemisi ve İngiliz gemisi batar. Sadece Edward ve İngiliz gemisinden, Edward'ın gemisine geçerek kaptanı öldüren Duncan adlı tapınakçılara çalışan bir suikastçı sağ kalır. Edward, Duncan'ı uzun bir süre kovalar ve sonra da onu öldürürek kıyafetlerini alır. Kılık değiştirir ve Duncan'ın yerine geçer. Duncan'ın çalıştığı tapınakçıların arasına sızar ve tapınakçıların neyin peşinde olduğunu öğrenmeye çalışır.