Tahmin edilemeyecek kadar ani şekilde, esrarengiz bir düşman Mobile Suit'i, ReHOME mürettebatı ve "Red Frame" pilotu Lowe Guele ile karşılaşır fakat "Red Frame" gücünün doruğunda olmasına rağmen Lowe bununla başa çıkamaz ve bu düşmana karşı geri çekilmek zorunda kalır. Geri çekilen Junk Guild grubu ZAFT'a ait olan ve ağır hasarlı bir uzay istasyonuna rastlarlar: Az önce baskına uğrayan bu istasyonda hasarlı bir Gundam ve yanıbaşında baygın yatan bir çocuk bulurlar.
Lowe istasyondaki çocuğu ve yanındaki hasarlı Gundam'ı kurtarır. Bölgeye gelen Gai ve "Serpent Tail" takımı, Lowe'le gücünü birleştirse de yine de tekrar saldıran Mobile Suit'i yenmeleri mümkün olmaz: Nükleer enerji kullanan ve sadece Freedom ve Justice Gundam gibi elit Mobile Suit'lerde olan "N-Jammer Canceller" sistemine de sahip bu Gundam aynı zamanda enerji bariyerleri sayesinde her tür enerji bazlı silahtan 5 dakika boyunca hiçbir şekilde etkilenmemektedir.
Son ana kurtulmayı başaran Lowe ve Gai, kurtardıkları çocuğun Rau Le Creuset'in klonlarından biri olan Prayer Reverie olduğunu öğrenirler: Prayer, hatalı bir klon olarak doğmuş fakat ZAFT'ın saldırgan amaçlarını onaylamayan bir konsey üyesi tarafından rehabilite edilmiştir. Yanıt bekleyen soru ise karşılarındaki saldırganın kim ve amacının ne olduğudur.
Acaba Prayer'in sınırlı yetenekleri YMF-X000A Dreadnought Gundam'la birleştiğinde bu durdurulamaz gibi görünen düşman yokedilebilir mi? Herşey kısa süre içinde ortaya çıkacaktır.