Mehmed Beyin öldürülmesinden sonra Karaman-oğullarının başına kardeşi Güneri Bey geçmiştir. III.Gıyasüddin'in annesi ile anlaşan Güneri Bey, emîrlik menşuru aldi (1283); Güneri Bey Beylerbeyi, Eşref-ogullarindan Süleyman Bey de nâib tayin edildi. Bir müddet sonra, Sahip Ata Fahrüddin'e cephe açan Karamanoğulları, Eşref-ogullari ile işbirligi yaparak birkaç defa Konya önlerine gelmişlerdir.
Güneri Bey, 1286 yılında Ermenilerin elinde bulunan Tarsus üzerine yürüdü ve Ermenek tekfuru III.Leon'un müdahalelerine rağmen buraları tahrip etti. Kilikya Ermeni kralı III.Leon, Karaman-oğullarını İlhanlı hükümdarı Argun'a şikayet etti. İlhanlılar, Karaman iline bir ordu sevkettiler. Güneri Bey sarp bölgelere çekildi ise de Moğollar, ona ait olan bölgeleri özellikle Lârende ve çevresini harab ettiler. Moğolların çekilmesinden sonra Güneri Bey, intikam almak için harekete geçmişse de muvaffak olamamıştır. Güneri Beyi ele geçirmek isteyen Ilhanli kumandanı Geyhatu daha sonra İlhanlı hükümdarı) idaresindeki ordular, Güneri Beyi ele geçirememişler ama Karaman iline girerek bölgeyi tahrip etmişler ve Lârende'yi ateşe vermişlerdir.
1293'de Ermeniler, Kıbrıs şövalyeleriyle birleşerek, Alaiye kalesini ele geçirmişlerse de 1294 yilinda Güneri Bey, kaleyi geri almıştır. İlhanlı taht mücadelelerinde de taraf olan Güneri Bey, İlhanlı hükümdarı Gazan Han'a isyan eden Moğol emîri Baltu'ya, daha sonra da yine Gazan Han'a isyan eden Emîr Sülemiş'e destek verdi.
Güneri Bey 1300 yılında vefat etmiştir.