Antik çağın kentlerinde mezarlıklar; kente gelenlerin her biri bir anıt olan mezarları görsün, selamlasın diye kentin dışında ve genellikle yolun kenarında olurdu.1884 yılında kazıların sona erişinden sonra geçen zaman içinde, ortaya çıkarılan mezarların tümü tahrip olmuştur.1981' de yeniden başlayan çalışmalar ile birlikte eskilerinin de onarımına başlanmıştır.Assos' un iki Nekrapol'ü vardır.Birincisi ve asıl önemli olanı batı kapısına giden taş döşemeli yolun iki tarafına oturtulmuş Batı Nekrapolü; diğeri doğu kapısı önündeki Doğu Nekrapolüdür.Batıdakinde sıkça küp içine gömme yöntemi görülmektedir.Bir küp içine ikili gömme de yapılabilmektedir.
Batı Anadolu' da M.6. yüzyılda çok rastlanan, yakarak(kremasyon) gömme tekniği Assos' ta da görülmektedir.Kazı sırasında ölü küllerinin içine konduğu Urna adı verilen çömleklere çokça rastlanmıştır.Ortaya çıkarılan bu örnekler Çanakkale Müzesi'nde sergilenmektedir.