Türkiye'de, ilk defa 1845 yılında medrese dışında bir yükseköğretim kumrunun açılması gündeme geldi. Geçici Maarif Meclisi, 1846 yılında yüksek okul düzeyinde eğitim verecek olan Darülfünun'un kurulmasını kararlaştırdı. Bu eğitim kurumunda Müslüman ve gayri Müslim çocukların birlikte modern bir üniversite öğrenimi görmeleri amaçlanmıştı.
Türkiye'de açılan ilk üniversite, 14 Ocak 1863 günü öğretime başlayan Osmanlı Darülfünunu'dur. İstanbul'da Ayasofya dolaylarında ünlü italyan mimarı Fosatti'nin yaptığı bu yapı, üç kat ve 25 odalıydı. Bu yapı, 1933 yılında yandı.
Türkiye'de Batılı anlamda ilk üniversite, Maarif Nazırı Saffet Paşa'nın uğraşı ile 1870 yılında Sultanahmet Türbesi yanında açıldı. Sınavla alınan 450 öğrenciyle öğretime başlayan bu yüksek okulun başına da "rektör" olarak Yanyalı Hoca Tahsin Efendi getirildi, öğretim üyeleri tarafından fizik, kimya, tabiî ilimler ve coğrafya konuları üzerine dersler verilen Darülfünun'un ömrü uzun olmadı. Tahsin Hoca'nın, bir güvercini fanusun içine koyarak, "havasız yerde canlıların yaşayamayacağını" kanıtlamaya çalışması ve Cemalettin Afganî'nin "Peygamberlik bir sanattır" şeklindeki konuşması, onların dinsizlikle suçlanmasına neden oldu. Medreselilerin de etkisiyle Darülfünun, 1871 yılında kapatıldı.
1900 yılında II. Abdülhamid döneminde Darülfünun-u Şahane adıyla yeniden açılan Darülfünun, 1933'te kapatıldı ve yerine günümüzdeki İstanbul Üniversitesi açıldı.