Haydar Kulu Han'ın ölümünden sonra Hacı Han Kengerli, Nahçıvan Hanı oldu. Ancak O'nun zamanında hanlık iyice zayıflayarak, İran'ın tesiri altına girdi. Hacı Han, Şiraz Hâkimi Kerim Han Zend tarafından Şiraz'a kaçırıldı ve burada hapsolundu. Kerim Han Zend'in İran'daki ve özellikle Azerbaycan'daki faaliyetleri Osmanlı Devleti'nin serhat görevlileri tarafından yakından tâkip ediliyor. Beklenmedik bir gelişmenin ortaya çıkması ihtimaline karşı hazırlıklı olunmaya çalışılıyordu.
İşte bu anlarda Türk Ordusu'nun Kafkasya'ya doğru hareketi başladı. Türk köy, kasaba ve şehirleri teker teker kurtarılarak 1828 sınır hattı aşıldı. 4 Haziran 1918'de Azerbaycan, Gürcistan ve Ermenistan arasında imzalanan Batum Andlaşması ile Gümrü ve Nahçıvan Osmanlı yönetimine alındı. Böylece 1917 yılının sonlarından itibaren kanlı olaylara sahne olan Nahçıvan bölgesi, tamamen kontrol altına alınarak, Türk ahaliyi yok etmeye çalışan Antranik gibi çeteciler tesirsiz hale getirildi. Böylece bölgede 1918 yılı Kasım ayı başlarına kadar devam edecek olan Osmanlı yönetimi teşkil edildi. Yeni bir idarî sistem oluşturularak, geçmişin kanlı izleri silinmeye çalışılıyordu. Nahçıvan Türk insanı defalarca gelmesi için davet ettiği Türk Ordusu'nu kendi topraklarında görmekten oldukça memnundu. Ancak savaştığı diğer cephelerde neticenin gittikçe aleyhine dönmesi nedeniyle İtilâf Devletleri ile barış yapmak umudu içerisinde olan Osmanlı Hükümeti, Azerbaycan'ı, Dağıstan'ı ve Batum Andlaşması ile elde edilen bölgeleri boşaltmaya karar verdi.
Kâzım Karabekir Paşa, başlangıçta gizli bir şekilde Nahçıvan'a yardım ederken, İstanbul'un işgalini müteakip, Halil Bey resmen 11. Tümen'in emrine girdi. Daha önce Beyazıt ile yapılan ve gizlilik nedeniyle suretleri yakılan telgraflar ve mektuplar artık açıktan gidip gelmeye başlamıştı. Bu tarihten sonra Millî Mücadele liderleri bölgeyi Ermenistan'a karşı mücalede ve Sovyetler ile ilişkilerde bir üs haline getirmek için harekete geçtiler. Nahçıvan'a bir müfreze gönderildi. Azerbaycan'a gelmiş olan Kızıl Ordu birlikleri de Nahçıvan'a davet edildi ve burada iki taraf kuvvetleri "Kızıl Kuvvetler" olarak bir araya geldi. "Emperyalist güçlere" karşı olarak askerî operasyonlar düzenlendi. Bölgedeki Türk Kuvvetleri görünürde de olsa Bolşevik gibi hareket ediyordu. Türk makamları Nahçıvan'da kurulan ilişki ile, Bolşeviklerin gönlünü kazanmayı düşünüyordu.
Nahçıvan'ın Azerbaycan himayesine bırakılmasının SSCB dönemi için pek ehemmiyeti olmadığını düşünenler var ise de, günümüz şartları düşünüldüğünde başta Mustafa Kemal Atatürk olmak üzere, Türk Milli Mücadele liderlerinin bu yöndeki gayretinin ne kadar büyük bir başarı ortaya çıkmaktadır.
Nahçıvan, ekonomik bakımdan çok geri kalmış bulunmaktadır. Bağlı bulunduğu Azerbaycan ile sınırının bulunmayışı ve özellikle Ermenistan ile çok uzun ve kapalı sınırlara sahip bulunuşu İran ile ekonomik ve ticari münasebetlerinin azlığı, ülkeyi kapalı ekonomik şartların hüküm sürdüğü bir konumda bırakmıştır. Ekonomik ve ticari ilişkilerinin en iyi olduğu ülke Türkiye'dir. Günlük ticari ilişkiler genellikle Iğdır ilimizle gerçekleştirilmektedir.Nahçıvan Özerk cumhuriyetinde eğitim hizmetleri oldukça gelişmiştir. Yeterli miktarda ilk ve orta dereceli okuldan başka, çeşitli meslek elemanları yetiştiren bir adet orta dereceli okul ile bir "Devlet Üniversitesi" ve üç de özel üniversite bulunmaktadır. Ayrıca ilim merkezi (Bilim Kurumu) olarak adlandırılan bir tür ilimler akademisi de mevcut olup, burada bilim adamları, kendi alanları ile ilgili bilimsel çalışmalar yapmaktadırlar.