Müze 13 teşhir salonu, çocuk bölümü ve açık hava galerilerinden oluşmaktadır. Tamamı yöreye ait olan eserler genellikle kronolojik ve yer yer konularına göre teşhir edilmektedir.
Tabiat Tarihi ve Prehistorya Salonu
Jeolojik zamanlara ait çeşitli fosillerin yer aldığı üç vitrinin dışında; Anadolu'nun en eski yerleşmesi olan ve Alt Paleolitikten Roma Çağına kadar tüm kültürlere ait kesintisiz stratigrafi veren Karain Mağarası'nda bulunan yontuk çakıllar, el baltaları, kazıyıcılar, kemik aletler sergilenmektedir.
Küçük Eserler Salonu-I
Çömlekçi çarkının icadından sonra büyük aşamalar gösteren seramik sanatındaki teknik gelişmeler, vazo formları, çeşitli bezeme üslupları M.Ö. 12. yüzyıldan M.Ö. 3. yüzyıla dek uzanan bir süreç içinde sergilenmektedir. Bu bölümdeki iki vitrin ise, ilginç bulgular olan makyaj malzemeleri ile takılara ayrılmıştır.
Tanrılar Salonu
Baştanrı Zeus'un çevresinde sıralanan Aphrodite, Tykhe, Athena, Artemis, Nemesis, Hygieia, Hermes, Dioskurlar ile; bunların karşısında yer alan Mısır kökenli Serapis, İsis ve oğulları Harpokrates salondaki tanrıları oluştururlar. Heykeller Grek orijinallerinin M.S. 2.yüzyıla ait Roma kopyalarıdır ve tamamı Perge kazılarında bulunmuştur.
DİĞER SALONLAR KÜÇÜK ESERLER SALONU-II, İMPARATORLAR SALONU, MEZAR KÜLTÜRLERİ SALONU, MOZAİK VE İKONA SALONLARI, SİKKE SALONU, ETNOGRAFYA SALONLARI.