Yapı, 1924 tarihindeki mübadeleye kadar yöredeki Rum halk tarafından kilise olarak kullanılmış. Mübadele sonrası Rum halk yöreyi terk edince işlevsiz kalmış, yeni yerleşen Müslüman halkın ihtiyaçları doğrultusunda cami olarak işlevlendirilmiş. İlk dönemlerde mevcut çan kulesinin minare olarak kullanıldığı köyün yaşlı sakinlerinden öğrenildi. Daha sonra çan kulesi kaldırılıp, 1956 senesinde bugünkü mevcut betonarme minare inşa edilmiş. Kilisenin batısına inşa edilen modern betonarme cami 1978 senesine tarihlenir. Caminin güneybatı cephesinde yer alan minare 1982 senesinde inşa edilmiş. 1978 senesinde yapılan yeni cami ile mevcut yapının kullanımı azalmış, sadece özel ve kalabalık günlerde açılır olmuştur. Tam senesi bilinmemekle birlikte yaklaşık 2002-2003 senelerinde mekânın bir kısmının depo olarak kullanımını sağlamak amacıyla, ana mekan beton tabliye atılarak ikiye bölünmüş. Zemin kat depo olarak işlevlendirilmiş, üst kat ise yapılan ek bağlantı yapısı ile yeni camiye bağlanmış, ibadet alanı genişletilmiş.
SON DURUMU: Boğazköy Camii Restorasyonu Tamamlanmıştır.