"Muhteşem Yüzyıl" henüz yayınlanmaya başlamadan Osmanlı'nın mahrem yüzünü gözler önüne serdiği için eleştiri almıştı.
Zaman içinde o eleştiriler azaldı.
Dizideki cinsel içerikli sahneler kısmen azaltılırken muhafazakar kesimin dikkatini çekecek sahneler de eklendi.
Bunun son örneği son bölümde yaşandı. Hürrem'in doğurduğu Selim'i kucağına alan (ki Selim Kanuni'den sonra tahta çıkacak olan padişah) Kanuni oğlunun kulağına önce ezan okudu, sonra da ismini fısıldadı ve sonra da dua okudu. .
Halit Ergenç'in bu sahne için makam dersi aldığı anlaşılıyordu