Cengiz Han’ın hakimiyetine dini temeller atmasına yardımcı olan Şaman Kökçü ile erken dönemde girişilen mücadele şöyle idi: Şaman Kökçü kendisini dokunulmaz zannederek küstahça davranışlar sergilemişti. Devleti bazen Cengiz Han’ın bazen de kardeşi Kasar’ın yöneteceği gibi saçma bir kehanette bulunarak, Cengiz Han ile Kasar’ın arasını açmıştı. Bunun üzerine Cengiz Han kardeşini zapturapt altına almak için harekete geçti.
Anneleri Höelün bu durumu düzelterek Kasar’ı kurtardı. Bir başka olay ise bazı halkların Şaman Kökçü’nün etrafında toplanmaya başlamasıydı. Şaman bir keresinde de Cengiz Han’ın en genç kardeşi Otçigin’i önünde diz çöktürerek küçük düşürmüştü. Cengiz Han’ın eşi Börte şunları söyleyerek eşini uyarmıştı:
”Kardeşlerine böyle hakaret edilmesine izin verirsen, ölümünden sonra halk çocuklarına karşı isyan edecektir”.
Bunun üzerine Cengiz Han şamanın öldürülmesini istedi. Bu dini otorite ile imparatorluk arasında önemli hadiselerden biri idi. Şamanın vücudu güya göğe doğru yükselerek yok olmuştu.
Bu durum Cengiz Han tarafından, kardeşler arasına nifak soktuğu için Tanrı’nın gazabına uğradığı ve ruhu ile birlikte vücudunun kaybolduğu şeklinde tabiatüstü bir hadise olarak açıklanmıştı.