Yoksul düșmüș soylu bir aileden gelen Alonso de Ojeda, 1466 yılında İspanya'nın Cuenca şehrinde doğdu. Dönemin Burgos Piskoposu Juan Rodríguez de Fonseca'nın himayesine girdi. Fonseca'nın yardımıyla 1493 yılında Kristof Kolomb'un Yeni Dünya'ya yaptığı ikinci seyahate katıldı.
Bu seyahat sırasında yerlilerle yapılan çarpışmalara katıldı. 1496'da İspanya'ya döndü.1499 yılında Yeni Dünya'ya doğru kendi komutasındaki üç gemiden oluşan yeni bir filoyla yolculuğa çıktı. Yanında Amerika'nın Asya'nın bir parçası değil de yeni bir kıta olduğunu keşfeden Amerigo Vespucci ve haritacı Juan de la Cosa vardı.
Ojeda, Orinoco Nehri'nin ağzının yakınlarında anakarayı gördü. Trinidad'a uğradıktan sonra günümüzde Maracaibo Gölü olarak bilinen körfezi keşfetti. Bölgede Wayuu halkına ait olan ayaklıklı evler Vespucci'ye İtalya'nın Venedik şehrini hatırlattı ve bu nedenle bölgeyi İtalyancada "küçük Venedik" anlamına gelen ''Venezuela'' olarak adlandırdı. Ojeda burada Guaricha adlı yerli bir genç kızla evlendi.
Venezula'dan ayrıldıktan sonra İspanyol kolonicilerin bulunduğu Hispaniola adasına gitti. Burada Kristof Kolomb'un keşif ayrıcalıklarını ihlal ettiği gerekçesiyle kötü bir biçimde karşılandı. 1500 yılında İspanya'ya dönüşünde köle olarak satmak üzere yanında çok sayıda yerli götürdü. Seyahat finansal olarak başarılı geçmedi ve 300 kişilik mürettebattan sadece 55 kişi sağ kalabildi.
Daha sonra Ojeda, Coquibacoa Valisi olarak atandı. 1502 yılında Cadiz'den yeni bir yolculuğa çıkmak üzere ayrıldı. Amerika kıtasında Santa Cruz adını verdiği bir yere vardı ve burada kısa süreliğine bir koloni kurdu. Çıkan bir ayaklanma sonucunda prangalı bir halde Hispaniola adasındaki Santo Domingo'ya geri dönmek zorunda kaldı.
Burada bir yargıç İspanya'ya dönmesine izin vermeden önce tüm yetkilerini ve mülklerini elinden aldı. Ardından yeniden Hispaniola'ya dönen Ojeda, günümüzde Kolombiya'nın bulunduğu topraklarda bir koloni kurma iznini aldı. İspanya'ya geri dönen Ojeda 1509 yılında 300 kişilik bir mürettebatla yola çıktı. Anakaraya varana kadar mürettebatı 70 kişiye kadar inen Ojeda, günümüzde Cartagena şehrinin bulunduğu yerde yerlilerle çatışmaya girdi ve çatışmada Ojeda ve bir diğer adamı dışında tüm mürettebat öldürüldü.
Alonso de Ojeda, yerlilere karşı vahşiliğiyle ünlüydü. Tarihçi Bartolome de las Casas'ın yer verdiği bir görgü tanığı ifadesinde ''İspanyollar o köyde inanılmaz bir katliama imza attı, kadınlar, çocuklar, bebekler de dahil olmak üzere hiç kimse sağ kalmadı. Daha sonra köyü yağmaladılar'' denmektedir.
Çok sayıda yerliyi köle olarak alan Ojeda, Hispaniola adasında önemli bir kabile reisinin kulağını kesti, yerel bir kral olan Caonabo'yu zincirleyerek İspanya'ya götürdü. Daha sonra San Sebastian adlı bir başka yerleşim kuran Ojeda, erzak sıkıntısı çekilmeye başlanınca Hispaniola adasına doğru yola çıktı.
Yolda gemisi battı ve büyük sıkıntılar içinde Santo Domingo'ya ulaştı. Alonso de Ojeda, 1515 yılında hastalıktan öldü. Venezuela'daki Ciudad Ojeda şehrine adı verilmiştir.