Dört fil ayağı üzerine oturan caminin kubbesi 53 metre yüksekliğinde ve 27,5 metre çapındadır. Bu ana kubbe, Ayasofya'da da görüldüğü gibi, iki yarım kubbe ile desteklenmektedir. Kubbe kasnağında 32 pencere bulunmaktadır. Caminin kıble tarafında içinde Kanuni Sultan Süleyman'ın ve eşi Hürrem Sultan'ın bulunduğu bir hazire mevcuttur. Kanuni Sultan Süleyman'ın türbesinin kubbesi yıldızlarla donanmış gökyüzü imajını vermesi için, içeriden, metalik plakalar arasına yerleştirilmiş pırlantalarla elmaslarla süslenmiştir.