Eğer kefir tanelerini hemen değil de birkaç ay sonra kullanmak istiyorsanız temiz suyun içerisine kefir tanelerini koyup buzdolabında +4 derecede saklama kabının içerisinde saklayabilirsiniz.
Eğer kefir tanelerini dondurmak istiyorsanız ilk önce taneleri temiz ve soğuk su ile iyice yıkayın. Daha sonra tanelerin temiz bir havlu ile nemini alın.
Sonra temizlediğiniz ve nemden arındırdığınız taneleri temiz kapalı bir kutu ya da saklama poşeti içerisine koyup üzerine tanelerin tamamen kapanmasını sağlayacak kadar süt tozunu poşetin ya da kutunun içerisine ekleyin. Sonrasında poşet ya da kutuyu buzluğa kaldırın. Bu şekilde sakladığınız taneleri en az 1 yıl kadar buzlukta saklayabilirsiniz.
Kefir tanelerini kurutarak saklamak istiyorsanız, taneleri soğuk su ile iyice yıkayın ve havlu ile üzerlerindeki nemi aldıktan sonra beyaz kâğıttan kesenin içine koyup güneşte kurumaya bırakın.
Güneşe kurutmaya alınan kefirler 4-5 gün süreyle güneş altında iyice kurutulmalıdır. Kurutulan kefirlerin rengi bazı durumlarda sarıya dönebilir. Bu kefirlerin kurutulma safhasında sıkça karşılaşılan normal bir durumdur.
İyice kurutulan kefirler buzdolabında ağzı kapalı bir saklama kabının içerisinde en az 1 ile 1,5 yıl boyunca saklanabilir.