Artık Anadolu'ya geçerek Millî Mücadele bayrağını açmak gerekiyordu. İşte bu sıralarda, Mustafa Kemal Paşa'yı İstanbul'dan uzaklaştırmak amacıyla, kendisine Dokuzuncu Ordu Müfettişliği teklif edildi. Mustafa Kemal Paşa, kendisine geniş salâhiyetler tanıyan bu vazifeyi kabul etti.
16 Mayıs 1919 günü Bandırma vapuru ile İstanbul'dan hareket eden Mustafa Kemal Paşa,19 Mayıs 1919 sabahı Samsun'da Anadolu topraklarına ayak bastı. Kendisinin Anadolu'ya gönderiliş gerekçesi, Samsun ve çevresindeki asayişsizliği yerinde görüp incelemek ve tedbir almaktan ibaretti. Hükûmete verilen İngiliz raporlarında, bu bölgede Türklerin, Rumlara karşı gerilla hareketine giriştikleri ve bölgenin asayişini bozdukları bildirilmekte ise de durum tam tersine idi. Bu bölgede, Pontus Rum Devleti kurma amacına yönelik geniş bir Rum faaliyeti vardı. Baskı gören Rumlar değil, Türklerdi. Rum Patrikhanesinden idare edilen Mavri Mira Cemiyeti bu bölgede kurduğu çeteler vasıtasıyla Türk köylerini basıyor, katliamlar yapıyor, yerli halkı yıldırmak istiyordu. Bu girişimlere karşı vatansever Türkler de mukabil çeteler oluşturmuşlar; bölge Rumları ile mücadeleye başlamışlardı. Bütün bu gerçeklere rağmen Mustafa Kemal Paşa'ya verilen talimat gereğince bölge Türklerinin direnmeleri önlenecekti. Mustafa Kemal Paşa, görevi kabul için Ordu Müfettişliği sıfatı ve geniş salâhiyetler istedi. İstanbul Hükûmeti bu istekleri de kabul etti.
Saray ve İstanbul Hükûmeti, Mustafa Kemal Paşa'nın bu görevi yapacağını zannetmişti. Oysaki Mustafa Kemal'in düşünceleri tamamen başka idi. Ama bu görev, kuşkuları çekmeksizin Anadolu'ya geçmek için değerlendirilmesi gereken bir fırsattı. Kendisine verilen yetkileri de, geri alınıncaya kadar milletin menfaatleri adına kullanmak vicdanî bir davranış idi. Esasen olayların akışı da kısa zamanda bunu ispatlayacaktı. Mustafa Kemal Paşa, İstanbul'dan ayrılmadan önce başta sadrazam olmak üzere kabine azalarının hemen hepsi ile ve en sonunda Padişah'la görüşmüştü. Fakat bu kişilerin hiçbirinde memleketi içinde bulunduğu badireden kurtaracak bir enerji, bir ümit ışığı görmemiş, görememişti. İstanbul Hükûmeti'nin ve Padişah'ın davranışlarında İtilâf Devletleri'ni gücendirmemek görüşünün ağır ezikliğini hissetti. Oysaki onların kararlarına uymak değil, karşı koymak lâzımdı. İşte Anadolu'ya bu gaye ile gidiyordu. Mustafa Kemal Paşa'nın İstanbul'dan ayrılırken yakın arkadaşlarına söylediği şu sözler bu bakımdan büyük önem taşımaktadır: "Düşman süngüsü altında millî birlik olamaz. Ancak hür vatan topraklarında memleketin istiklâli ve milletin hürriyeti için çalışılabilir. Bu gayeyi tahakkuk ettirmek üzere Anadolu'ya gidiyorum".
Mustafa Kemal Paşa, Anadolu'ya geçer geçmez plânını uygulamaya başladı. 21 Mayıs 1919'da Kâzım Karabekir'e telgraf çekti. Telgrafta bu davranışını şöyle belirtiyordu: "Umumî durumumuzun aldığı vahim şekilden pek müteessirim. Millet ve memlekete borçlu olduğum en son vicdani vazifeyi yakından müşterek çalışma ile en iyi şekilde yerine getirmek mümkün olacağı kanaati ile bu son memuriyeti kabul ettim".
Mustafa Kemal Paşa, Samsun'a çıktıktan 2 gün sonra, 21 Mayıs 1919'da Genelkurmay Başkanlığına Samsun ve çevresindeki asayişsizliğin sebeplerini açıklayan İstanbul Hükûmeti'nin ve İtilâf Devletleri temsilcilerinin hoşlanmadığı şu telgrafı çekti: "Rumlar bu bölgede, Pontus Hükûmeti teşkili gibi bir safsata etrafında toplanmış ve Rum çeteleri hemen kâmilen siyasî bir şekle dönüşmüştür". 22 Mayıs 1919'da Samsun'dan Sadaret'e gönderdiği raporu da şu cümle ile noktaladı: "Millet birlik olup hâkimiyet esasını, Türklük duygusunu hedef almıştır". Bu anlamlı ifadede Anadolu'da beliren Millî Mücadele azmini sezmemek mümkün değildir. İşte bu raporlar İstanbul'a geldikten sonradır ki İtilâf Devletleri temsilcileri İstanbul Hükûmetinden sordu: "Tanınmış bir Türk generalinin Anadolu'da ne işi vardır?" Bunun üzerine İstanbul Hükûmeti, Anadolu'ya gönderdiği müfettişi geri çağırma girişimlerine başladı.