Başkent Üniversitesi, Prof. Dr. Mehmet Haberal’ın 1980 yılında Türkiye Organ Nakli Yanık ve Tedavi Vakfını, 1982’de Diyaliz Merkezini, 1985’te ilk hastaneyi ve 1986 yılında Haberal Eğitim Vakfını kurmasının ardından; yükseköğretim kurumlarına olan gereksinimi karşılamak ve çağdaş bir eğitim sistemi kurmak amacı ile 14 Eylül 1993 tarihli 515 sayılı Kanun Hükmündeki Kararnameye dayalı olarak 13 Ocak 1994 tarihli Resmi Gazetede yayınlanan 3961 sayılı Kanun ile kurulmuştur.