Mutasyonlar SARS-CoV-2 Bulaşıcılığını Güçlendirdi
Michigan Eyalet Üniversitesi’ndeki araştırmacılar tarafından geliştirilen yeni bir makine öğrenimi modeli, SARS-CoV-2 genomundaki mutasyonların virüsü daha bulaşıcı hale getirdiğini öne sürüyor.
Matematik ve Biyokimya ve Moleküler Biyoloji bölümlerinde profesör olan baş araştırmacı Guowei Wei tarafından geliştirilen model, 20.000’den fazla viral genom örneğinden SARS-CoV-2 genotiplemesini analiz etti. Araştırmacılar, birincil olarak enfeksiyonu kolaylaştırmaktan sorumlu bir protein olan başak proteinindeki mutasyonları analiz ettiler ve bilinen altı virüs alt tipinden beşinin artık daha bulaşıcı olduğunu buldular.
Herhangi bir virüste olduğu gibi, çoğu mutasyon nihayetinde iyi huyludur ve enfekte hastalar için çok az risk oluşturur veya hiç yoktur. Hatta bazı mutasyonlar bulaşıcılığı azaltır. Ancak bazı mutasyonlar daha bulaşıcı bir virüse yol açar.
Wei ve ekibi, Ocak ayında yakalanan resmi viral genom örneğindeki değişiklikleri takip ederek, aylarca mutasyon kalıplarını ve konumlarını incelediler ve analiz ettiler.
Wei, “Gelecekteki SARS-CoV-2 alt tiplerinin halk sağlığı için yakın bir tehlike oluşturup oluşturmayacağını bilmek son derece önemlidir.” dedi. “Bu amaçla, RBD (receptor-binding domain:reseptör bağlanma alanı) boyunca 194 olası mutasyon sahasında olası 3,686 gelecekteki mutasyonların tümünün sistematik bir taramasını gerçekleştirdik.”
Wei’nin modeli, RBD’nin bir bileşen alanı olan reseptör bağlanma motifi üzerindeki birden çok kalıntının, daha bulaşıcı COVID-19 suşlarına dönüşme şansının yüksek olduğunu tahmin ediyor.
Yapay zeka temelli tahminler mevcut deneysel bulgularla tutarlı olsa da, COVID-19’a halk sağlığı tepkisi için hayati önem taşıyan COVID-19 bulaşıcılığı üzerindeki mutasyon etkilerini tam olarak anlamak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç olduğu konusunda uyarıyor.
Wei ve ekibi araştırmalarının bir parçası olarak, dünya çapında yayılan yeni koronavirüsün 2003 yılında keşfedilen orijinal SARS virüsünden biraz daha bulaşıcı olduğunu tahmin ediyor.
Wei, sonuçların Florida’daki Scripps Araştırma Enstitüsü’ndeki araştırmacılar tarafından yakın zamanda yayınlanan başka bir çalışmanın sonuçlarıyla uyumlu olduğunu söyledi. Bu çalışma, bir laboratuvar ortamında başak protein mutasyonlarını inceledi ve ayrıca virüsün bulaşıcılığını artıran şekillerde mutasyona uğradığını buldu.
Çeviri:Simge KARA
Kaynak:Chen et al., Mutations strengthened SARS-CoV-2 infectivity. arXiv:2005.14669v1 [q-bio.BM]. arxiv.org/pdf/2005.14669.pdf
The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity. www.scripps.edu/_files/pdfs/news-and-events/The%20D614G%20mutation%20in%20the%20SARS-CoV-2%20spike%20protein%20reduces%20S1.pdf https://msu.edu/