1935 yılında Versaillles antlaşmasının geçerliliğini yitirmesiyle Alman Donanması atağa kalktı. Aynı yılın yazında donanma komutanı Büyük Amiral Erich Reader, Dönitz`i Alman Denizaltı Komutanlığına getirdi. Tüm enerjisini etkili bir denizaltı filosu yaratmaya harcadı. 1937-1939 yılları arasında Kuzey Denizinde geniş çapta planlar hazırladı ve ünlü denizaltı taktiği Wolfpack(Kurt Kapanı)`i geliştirdi. Kurt Kapanı taktiği ile Alman U-Boot`ları 1939-1942 yılları arasında muazzam başarılar elde etti. Ocak 1943`e kadar denizaltı filosu kumandanlığını yapan Dönitz, bu ay içinde Erich Reader`in yerine geçerek Donanma Komutanlığına getirildi. Deniz üstü ve Denizaltı filosunun etkisinin azalmasına rağmen Dönitz, Hitler`in güvenini hiç kaybetmedi. Öyle ki Hitler onu kendisinden sonra devlet başkanı ilan edecekti. 30 Nisan 1945 de Dönitz resmen bu makama geldi.
Savaş sonrasında Nürnberg Mahkemesinde yargılandı ve 10 yıl ceza aldı. Hapisten çıktıktan sonra anılarını bir kitapta topladı. 1980 yılında hayata gözlerini yumdu.