Ölüm öncesi hastalığı sırasında kendisini ziyarete gelen kimselere hastalığının şiddetinden bahsetmediği gibi, aksine iyi olduğundan bahsederdi. Hatta vefat ettiği gün, akrabaları izin isteyip köylerine gittiler. Çünkü sıhhatinin yerinde olduğunu gördüler. O günlerde çorba suyundan başka bir şey yemiyordu. Hastalığı sırasında hiç uyumuyor, sadece kıbleye karşı oturuyor, bazan sağına, bazan sol tarafına yaslanarak murakabede bulunuyordu. Ölüm hastalığı sırasında hiç inlemedi. Sekerat?ı mevti~|~nden önce yerine bıraktığı oğlu Behaeddin'i yanına çağırdı, "Evladım! Talebelerim sana emanet. Onları büyük bir itina yetiştir. Gözün gibi koru. Sohbet ve teveccühlerini üzerlerinden esirgeme. Sakın şöhret isteme. Allah?û Teâlâ'nın emirlerini yap, yasaklarından kaçın. Dine muhalif iş yapma. Seni yetiştiren hocanı ve Allah?û Teâlâ'nın dostlarını incitme, onların her zaman gönüllerini almayı ihmal etme" buyurdu. Dostlarıyla vedalaştıktan sonra da, "Ben ölünce arkamdan ağlamayınız" buyurdu. Sonra bir müddet murakabe halinde kaldı.
İki küçük oğlunu Nur Muhammed ve Burhan'ı zahiri ve manevi terbiyeleri için Molla Abdurrahman Efendiye teslim etti. Taha Hazretlerinden naklederek: "Kılıç kınından çıkmadıkça, bir şey kesemez" buyurdu. Vefat ettiği Cumartesi günü öğleden sonra Sekerat?ı mevt haline girdi. Bu halinde yanına giren Abdurrahman Tagi ve Molla Abdurrahman Meczub, sessizce "Yasin" sûresini okudular. "Beni doğrultun" buyurdu. Doğrulttular. Tekrar: "Beni yatağıma uzatın" buyurdu.