Enstitülerde sürdürülen yüksek lisans ve doktora tezlerini ( ilgili yıl bütçe olanakları dahilinde) desteklemek amacıyla oluşturulan projelerdir. Lisansüstü tez projeleri, bir yüksek lisans tez çalışmasına bağlı olan “Yüksek Lisans Tez Projesi” veya bir doktora tez çalışmasına bağlı olan “Doktora Tez Projesi” şeklinde olabilir. Bu projelerin yürütücüsü, tez danışmanıdır. Ancak, tez danışmanı başka bir üniversiteden ise, ikinci danışman görevini üstlenecek Kırklareli Üniversitesinden bir öğretim üyesi proje yürütücüsü, tez danışmanı ise yürütücü yardımcısı olur. Yüksek lisans tez projeleri, ilgili tez konusunun Enstitü Yönetim Kurulu tarafından kabulünü, doktora tez projeleri ise ilgili tez önerisinin tez izleme komitesince kabulünü takip eden ilk iki başvuru döneminden birinde önerilebilir. Bu projelerin süreleri azami tez süresini geçemez. Lisansüstü tez projelerinin sonuç raporu, tez onaylandıktan sonra sunulmalıdır. Bu tür projelerde proje yürütücüsünün dışında sadece lisansüstü tez öğrencisi ile varsa ikinci danışman yer alır. Bu proje kapsamında birden fazla tez çalışmasını kapsayan birleştirilmiş tez projesi de verilebilir.