Giriş sol tarafında hediyelik, hatıra eşyaları ve kitapçı reyonundan sonra Osman Hamdi Bey hatıra salonu sonrada Sayda Krallar Nekrapolü'nden bizzat kendisinin kazıp, çıkarttığı eserlerin salonları uzanır. İlk üç lahit Sayda kralı Tabnit ailesine aittir. Benzersiz bir Likya lahdi ile Satrap lahdi de buradadır. Sonraki bölümde M.Ö.4 yy.a tarihlendirilen, dünya ünlüsü İskender lahdi ile Ağlayan kadınlar lahdi vardır. Büyük İskender'e ait olduğu zannedilmiş olan lahitin 4 tarafı Makedonyalılar ile Persler arasında savaş ve av sahnelerini gösteren yüksek kabartmalar ile süslenmiştir. Yeni ek bina girişi yan duvarında Assos Athena mabedinin ön yüzü bire, bir ölçülerde canlandırılmıştır. "İstanbul Çevre Kültürleri" bölümü, değişik çağlara ait civar buluntu ve tümülüs kazılarında ortaya çıkarılmış şahane eserlerin modern ve güzel biçimde sergilendiği ilk salondur. Bizans devri eserleri salonu da buradadır. "Çağlar boyu Istanbul" bölümü ve üst katlarda, karşılıklı vitrinlerde çağdaş eserlerin yer aldığı, "Çağlar boyu Anadolu ve Truva" , "Anadolu ve Komşu Ülkeler Medeniyetleri": Filistin, Suriye ve Kıbrıs eserleri kronolojik sıralama ile teşhir edilmektedir.
1883 yılında Osman Hamdi Bey tarafından ülkemizdeki ilk Sanayi-i Nefise Mektebi (Güzel Sanatlar Akademisi) olarak yaptırılan binanın içinde bulunan Eski Şark Eserleri Müzesi; Fatih Sultan Mehmet tarafından 1472 yılında yazlık köşk olarak yaptırılan ve ülkemizin en zengin ve önemli Müzesi, 1992 yılında Avrupa'da 45 müzenin katıldığı yarışmada birinci olarak Avrupa Konseyi tarafından "Yılın Müzesi" seçilmiştir.