Sedasyon, Endoskopik işlemler için benzodiazepinler ve/veya opioidlerin kullanıldığı bilinçli sedasyon (hasta sözel ve dokunma uyaranlarına cevap verebilir, kalp ve akciğer fonksiyonları korunur) yapılması çoğu kez yeterli olmaktadır. Yaşlılar, erkekler, işlem öncesi anksiyetesi düşük olanlar veya karın ağrısı öyküsü olmayan hastalar ÜGE ve kolonoskopiyi sedasyonsuz veya az bir sedasyon ile tolere edebilmektedirler. Kolonoskopi 60 yaşın üzerindeki hastalarda teknik olarak daha zor olmasına karşın hastalar işlemi genç ve orta yaşlı hastalardan daha iyi tolere edebilmektedirler.
Aşın sedasyon durumunda benzodiazapinler için flumazenil, opioidler için nalokson antagonisti olarak kullanılabilir. Endoskopik işlemler için derin sedasyon uygulanması (hastalar sadece ağrılı uyarana cevap verir) güncel ve tartışmalı bir konudur. Rutin endoskopik girişimler sırasında derin sedasyona gerek olmadığı ancak uzun süren terapötik girişimler, ERCP ve belki kolonoskopi için uygulanmasının maliyet ve riskler yönünden değerlendirildiğinde daha uygun olduğu düşünülmektedir. Derin sedasyon amacıyla kullanılan propafenol solunum depresyonu yapmasından dolayı sedasyonu uygulayacak kişinin endoskopistten farklı ve bu işlem için özel eğitim almış bir kişi olması gereklidir. Ayrıca hasta kapnografı ile C02 retansiyonu yönünden yakın takip edilmeli ve gerekirse hava yolu desteklenebileceği donanımın endoskopi ünitesinde olması gereklidir.