Peptid Bağı Nedir?
Bir peptid bağı, iki amino asit arasında oluşan bir kovalent bağdır. Bir peptid bağı oluşturmak için, bir amino asidin bir karboksil grubu başka bir amino asidin amino grubuyla reaksiyona girer. Sonuç olarak, bir su molekülü de serbest bırakılır. Buna yoğunlaşma reaksiyonu denir. Ortaya çıkan bağ bir CO-NH bağıdır ve bundan böyle bir peptid bağı olarak ifade edilir. Ek olarak ortaya çıkan molekül bir amid olarak adlandırılır.
Konunun İçeriği
Peptid Bağ Oluşumu
Bir peptid bağı oluşturmak için, söz konusu amino asitlerin molekülleri, bir amino asitin karboksilik asit grubunun başka bir amino asitin amin grubuyla reaksiyona girebilmesi için yönlendirilmelidir. En basit şekilde, bu, bir dipeptide, en küçük peptidi (diğer bir deyişle sadece 2 amino asitten oluşur) oluşturmak için bir Peptid bağı oluşturmak suretiyle birleştirilen iki yalnız amino asit ile gösterilebilir.
Dahası, herhangi bir sayıda amino asit, yeni peptidler oluşturmak üzere zincirler halinde bir araya getirilebilir: genel bir kılavuz olarak, 50 veya daha az amino asit, Peptid olarak, 50-100’e poliPeptidler denir ve 100’den fazla amino asidi olan peptidler genel olarak Proteinler denir.
Hidroliz (bir reaksiyonun suyla reaksiyona girmesinden kaynaklanan bir kimyasal parçalanması), bir Peptid bağını parçalayabilir. Reaksiyonun kendisi oldukça yavaş olmasına rağmen, Peptidler, polipeptidler ve proteinler içerisinde oluşan Peptid bağları, suyla temasa girdiklerinde (kararlı bağlar) kırılmaya duyarlıdır. Bir Peptid bağı ile su arasındaki reaksiyon yaklaşık 10 kJ / mol serbest enerjiyi serbest bırakır. Bir peptid bağı için absorbans dalga boyu 190-230 nm’dir.
Biyolojik alanda, canlı organizmalar içindeki enzimlerin her ikisi de Peptid bağlarını oluşturabilir ve parçalayabilir. Bir dizi hormon, antibiyotik, antitümör madde ve nörotransmitter peptidlerdir ve çoğu protein olarak adlandırılır (içerdiği amino asitlerin sayısına bağlı olarak).
Peptid Bağının Yapısı
Bilim adamları, Peptid bağlarının fiziksel özelliklerini belirlemek için birkaç küçük peptid için x-ışını kırınımı çalışmaları yaptılar. Bu tür çalışmalar, peptid bağlarının katı ve planer olduğunu gösterdi. Bu fiziksel özellikler temel olarak amidin rezonans etkileşiminin bir sonucu olarak türetilmiştir: amid azotu tek elektron çiftini karbonil oksijene delocalize edebilir.
Bu rezonans Peptid bağının yapısını doğrudan etkiler. Nitekim, Peptid bağının N-C bağının N-Cα bağından gerçekten daha kısa olması ve C = O bağının normal karbonil bağlarından daha uzundur. Peptidde, karbonil oksijen ve amid hidrojen bir cis konfigürasyonunda değil trans konfigürasyonundadır; Böyle bir konfigürasyon, cis konfigürasyonunda sterik etkileşim ihtimalinden ötürü daha enerjik olarak elverişlidir.
Peptid Bağının Polaritesi
Genellikle, serbest dönüş, bir karbonil karbon ve amid azotu, bir Peptid bağının yapısı arasındaki tekli bir bağ hakkında gerçekleşebilir olmalıdır. Bununla birlikte, bu durumda azotun yalnız elektron çifti vardır. Bu elektronlar bir karbon-oksijen bağına yakındır. Sonuç olarak, çift bağın karbon ve azotu birbirine bağladığı makul bir rezonans yapısı çizilebilir. Sonuç olarak, oksijen negatif yüklüdür ve azot pozitif bir yüke sahiptir. Bu nedenle, peptid bağı çevresinde dönme, rezonans yapısı tarafından engellenmektedir. Ek olarak, gerçek yapı bu iki yapının ağırlıklı bir hibritidir. Rezonans yapısı, gerçek elektron dağılımını gösteren önemli bir faktördür: Peptid bağı yaklaşık % 40 çift bağ karakterine sahiptir. Sonuç olarak, katıdır.
Ücretler, kalıcı dipolü olan peptid bağı ile sonuçlanır. Oksijen bir -0,28 yüklüdür ve rezonans sonucunda azotun +0,28 şarjı vardır.