Osmanlı İmparatorluğu'nun yıkılmasından sonra Hatay bölgesinde başlıca üç akım ortaya çıkmıştır. Bunlardan birisi yerli Hıristiyanların özlemle bekledikleri batılı devletlerin yöreyi işgalini savunan akımdı. Diğeri yerli Müslüman ve Alevilerin, kurulması için çalıştıkları dinsel bir devlet akımıydı. Sonuncusu ise Hatay'ın Türkiye'ye katılmasını savunan Türklerin yürüttüğü bağımsızlık hareketiydi. Hıristiyanlık, Araplık ve Türklük akımları biçiminde özetlenebilecek bu üç akım Hatay'ın geleceği için sürekli olarak birbirleriyle çatışıyordu. Mondros antlaşması imzalanınca 12 Kasım 1918 tarihinde Fransızlar İskenderun'a, İngilizler ise 3 Aralık 1918 tarihinde Antakya'ya girdiler. Bu arada Beyrut kentinde kurulan Fransız Yüksek Komiserliği Hatay'ı, İskenderun Sancağı adı altında ayrı bir yönetim olarak örgütlendirdi ve Beşir Tabare adlı bir Hıristiyan Arap'ı mutasarrıflığa atayarak, oluşturduğu yönetim açısından daha başlangıçta Mondros antlaşmasının dışına çıktı. Fransızlar gelir gelmez, bölgedeki Hıristiyan azınlığı koruyan ve onlardan yana görünen bir yönetim izlediler. Fransızların bu tutumu bölgede yaşayan azınlıkların taşkınlık yapmalarına ve Türklere saldırmalarına neden oldu. Bu davranışlar, Türklerin ve diğer Müslümanların Fransa'nın yönetimine karşı bir direniş eylemine kalkışmalarına yol açtı. Özerli yöresinden Dedebeyoğlu Hakkı, Seydibeyoğlu Hasan, Hocaoğlu Mevlüt ile Derviş Ağa'nın çocukları Mehmet ve İsmail, İskenderun kentine inerek buradaki Fransız ordusunun nakliye kolunu basarak Hatay Türklerinin kurtuluş savaşını başlattılar. Bir grup Türk'ün işgalci Fransız ordusuna karşı düzenledikleri bu askeri baskın olayı, bölgedeki bütün Türkleri silahlı olarak kurtuluş savaşına yönlendirdi. Mürsel ailesinin önde gelenleri Türkleri bir araya toplayarak işgalci Fransız ordusuna karşı direnişi daha düzenli ve örgütlü bir biçime kavuşturdular. 26 Ağustos 1921'de Fransızlar Halep de içinde olmak üzere Suriye bölgesini işgal ederek Faysal hükümetine son verince İngilizler Faysal'ı Irak'a götürerek orada kurdukları hükümetin başına geçirdiler. Sakarya savaşından sonra Fransızlar ile imzalanacak olan anlaşma için Faruk Cengiz, Tayfur Bey, Mehmet Şahin temsilci olarak Maraş'tan Ankara'ya doğru yola çıktılar. Fransızlar gerilla ve milis savaşlarıyla Hatay bölgesinde uğraşmaktan bıktıları için yapılacak anlaşmaya İskenderun sancağı ve bölgesinin de bir madde ile alınmasını elçileri aracılığı ile istediler. Ankara hükümeti bu öneriyi benimsedikten sonra Fransızlar bir süre için geri çekilmişlerdi. Ankara'da 1921 yılında yapılan anlaşmaya göre Fransızlar adana, Mersin, Osmaniye, Kilis ve Antep'i boşaltmayı kabullendiler ama, İskenderun sancağından çekilmeyi kabul etmediler ve bu bölgede özel bir yönetim oluşturulmasını önerdiler.
Anlaşmaya göre, kurulan özel yönetimde Türkçe resmi dil olacak, Türk bayrağına benzer bir bayrak olacak, okullarda resmi dil olarak Türkçe okutulacak, ayrıca bu bölgede Türk kültürünün gelişimi desteklenecekti. Daha sonraları Fransızlar bu anlaşmayı kağıt üzerinde bırakmışlardı. Hataylıların ısrarı üzerine Türkiye'nin istediği genel af maddesine Fransızlar karşı çıkmışlardır. Genel af önerisi benimsenseydi, Hatay'da ulusal kurtuluş savaşını yürüten Türk savaşçıları daha rahat bir konumda olacaklardı. Anlaşmaya alınamayan genel af daha sonra anlaşmanın protokolü içine alındı. 20 Ekim 1921'de anlaşma imzalandıktan bir hafta sonra Hatay kurtuluş savaşını yürüten Tayfur Bey ve arkadaşlarını Mustafa Kemal kabul etti. Bu görüşmede Atatürk, Türkiye'nin çok zor koşullar altında bir ulusal kurtuluş savaşı verdiğini, bu durumda düşmandan yalnızca Fransa ile bir anlaşma yapılabildiğini, Güney Anadolu'nun onlardan kurtarıldığını ve ayrıca önemli miktarda savaş malzemesi alınacağını, Hatay için haklarının güvenceye alınabildiğini, ileride koşullar düzeldiğinde Hatay için her şeyin yapılacağını Hatay heyetine anlattı. Hataylılar bu görüşmeden sonra Ankara'nın yardım sözünü alarak ülkelerine geri döndüler.
Fransızlar kısa bir süre sonra gene eskisi gibi bildiklerini yaptılar ve anlaşma ilkelerini uygulamadılar. Hatay kurtuluş savaşını yürüten kadro üyelerinin evlerini basarak yağmaladılar. Böylece çatışmalar yeniden başlayınca Türkler bir araya gelerek İskenderun ve havalisi Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti'ni kurdular. Lozan Konferansı'nın hazırlıkları Ankara'da yürütülürken, Hataylılar bir heyeti seçerek İsmet Paşa ile görüşmek üzere Ankara'ya gönderdiler. Lozan görüşmeleri sırasında Hatay sorununun yeterince ele alınmaması karşısında Hataylılar Lozan'da bulunan Türk heyetine telgraf çekerek gereken çabanın gösterilmesini istediler. 15 Mart 1923 günü Atatürk Adana'ya gelince yapılan törenlerde Hataylılar onun yolu üzerine çıkarak, “Gazi baba bizi de kurtar” diye bağırdılar. Atatürk de “Kırk yüzyıllık Türk yurdu, düşman elinde esir kalamaz” diyerek orada bir tarihsel konuşma yaptı. Bunun üzerine Tayfur Bey ve arkadaşları yeniden harekete geçerek ikinci Lozan Konferansı'ndan önce yeniden Türkiye'nin Lozan heyetine resmen başvurarak Hatay'ın anlaşmanın içine alınarak kurtarılmasını istediler. 1926 yılında Fransız Yüksek Komiserliği Suriye'ye bağlı olmak üzere bir yerel hükümet kurulmasına izin verdi. Türklerin hükümet başkanlığı için aday gösterdikleri Ahmed Türkmen benimsenmedi. Fransa kendi temsilcisi Durieux'u başkan seçti. Yeni başkan damilletvekili seçerek Şam'daki Suriye Meclisi'ne gönderdi. Böylece yeni bir dönem açıldı ve Şam'a bağlı bağımsız İskenderun Sancağı hükümeti çalışmalarına başladı
On yıl süren bu dönemde Hatay Türkleri bağımsızlık kavgasını sürdürdüler. Atatürk Hatay konusunda Türk Hükümeti'nin stratejisini saptadı. Mustafa Kemal'e göre, içinde bulunulan koşullarda en uygun çözüm, Fransız mandası altında Suriye'den ayrı bir devlet oluşturmak Türkler açısından en uygun çözümdü. Bu hedef belirlendikten sonra Türkiye ve Hataylı Türkler Hatay konusunu bu çizgi üzerinde götürmeye başladılar. Türkiye için o aşamada birinci hedef Hatay'ın Suriye'ye katılmasını önlemekti. Bağımsız devlet bu ilk amacı sağlayacak ve ileride koşullar düzeldiğinde Hatay'ın anavatana katılması sağlanacaktı. Türkiye Cumhuriyeti stratejisini belirledikten sonra Hatay konusunu Cemiyet-i Akvam'a götürdü. 2 Ekim 1936 tarihinde resmen başvuruda bulunan Türk hükümeti, Hatay'ın eski bir Türk vatanı olduğunu ve halkının çoğunun da Türk olarak anavatana katılmak istediğini bütün dünyaya duyurdu. Cenevre'den bir gözlemci heyet Türk Hükümeti'nin isteği üzerine Hatay'a geldi ve seçim çalışmalarını izlemeye başladı. Seçim çalışmaları sırasında Atatürk Suriye sınırına doğru bir gezi düzenleyerek sınır boylarından Hatay'daki gelişmeleri izledi. 27 Ocak 1937 tarihinde Milletler Cemiyeti kendi gönderdiği heyetin raporunu görüşerek kabul etti. Fransızların seçim çalışmalarına karşılık Türklerin tezi benimsenince Hatay'da bir plebisit yapıldı. Ne var ki, bir süre sonra plebisit kanlı bir ortama doğru sürüklendi. Fransa'nın temsilcisi olan Carraux'nun yan tutan tutumu işi giderek tehlikeli bir noktaya doğru sürüklüyordu. Onun bu tutumu üzerine Türk konsolosu Celal Karasapan görevini terkedebileceğini bir protesto ile Fransızlara bildirdi. Konsolosun sert tutumu Fransızların politikasının yumuşamasını sağladı. Konuya doğrudan doğruya Türk Hükümeti'nin müdahale etmesini istemeyen Fransa yumuşadı ve oradaki komutanları Collet'nin aracılığı ile Türkiye'nin aday gösterdiği Abdurrahman Melek'in valiliğe getirilmesini benimsedi. Böylece bir Türk'ün vali olmasıyla Türkiye Hatay konusunda önemli bir yol almış oluyordu. Yönetimin Türkleşmesi üzerine Türkler direnişlerine son verdiler ve böylece Hatay'da savaş sona erdi, huzurlu bir ortama geçildi. Gözlemci kurulun Hatay'dan olumlu bir kanı ile dönmesi üzerine Milletler Cemiyeti Hatay'da Millet Meclisi seçimlerinin yapılmasına karar verdi. Milletvekili seçiminde Fransızların müdahale etmelerini önlemek üzere Genelkurmay İkinci Başkanı Orgeneral Asım Gündüz başkanlığında bir gözlemci kurulun Hatay'da bulunmasını Türk Hükümeti istedi. Uzun görüşmelerden sonra Albay Şükrü Kanatlı komutasında bir Türk tugayı Hatay'a girdi. 24 Ağustos tarihinde Türk ve Fransız ordularının denetiminde Hatay Meclisi seçimleri yapıldı. 2 Eylül 1938'de Hatay Meclisi ilk toplantısını yaparak Tayfur Sökmen'i Cumhurbaşkanlığına seçti. Yemin töreninden sonra yeni Cumhurbaşkanı Dr. Abdurrahman Melek'in Başbakanlık'a atadı. Başbakan Abdurrahman Melek, hükümet üyelerini seçti ve genel müdürleri atadı. Böylece Hatay Devleti kurularak çalışmalarına başladı.
Hükümet 6 Eylül 1938 tarihinde çalışmalarına başladı. Kurulan güvenlik örgütü aracılığı ile ülkenin her köşesine devlet hizmetleri götürülmeye çalışıldı. Hatay'da yavaş yavaş dönen bir devlet çarkı oluşturuluyordu. Fransızlar ise bazen aşırılık yaparak haberleşmeyi de denetliyorlardı. Fransızların bu tutumu üzerine Türk yönetimi karşılık verince Hatay'ın Suriye sınırını Fransız askerleri kapattılar. 20 Ekim 1938 günü ortaya çıkan bu olay havayı gerginleştirdi. Sınırın kapanması ulaşım ve ticareti durduracaktı. Fransızların Suriye sınırını kapayınca Hatay Cumhurbaşkanı da kendi sınırlarını kapattırarak güney bölgesi ile ilişkileri kestirdi. Fransa'nın anlayışsız tutumu Hatay devletine bağımsızlık yolunda önemli bir adım atma şansı daha vermiş oluyordu. Suriye sınırının kapanmasından kısa bir süre sonra Türkiye kendi sınırını Hatay'a açtı. Böylece Türkiye ile ticaret ilişkileri başlamış oluyordu. Fransızlar bu durum karşısında yanıldıklarını anlayarak geri dönmek için elçi gönderdiler, ne var ki Hatay devleti artık eskiye dönülmeyeceğini kesin bir dille ortaya koydu. Bu sıralarda sürekli olarak Fransa ile Türkiye Cumhuriyeti'nin yürüttüğü görüşmeler olumlu sonuçlandı ve varılan anlaşmaya göre Türkiye ile Suriye arasında bir sınır düzeltmesi yapılarak Hatay Türkiye sınırları içerisine alındı. 23 Haziran 1939 tarihinde yapılan bu anlaşma Hatay Cumhuriyetine bildirildi. Antlaşmanın onaylanması için hazırlanan yasa tasarısı Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlığı'na verildi.
Bu durum üzerine Hatay Milli Meclisi de 29 Haziran 1939 günü olağanüstü olarak toplandı. Tüm milletvekillerince imzalanan Hatay Cumhuriyeti'ne son verme ve anavatan olan Türkiye Cumhuriyeti ile birleşme konusundaki önerge okunarak oybirliği ile benimsendi. Devlet feshedilince hükümet etme görevi olağanüstü Türk temsilcisi olarak oraya giden Cevat Açıkalın'a verildi. Meclisin önünde düzenlenen törende Türk bayrağındaki beyaz yıldızın içine konan bir kırmızı parça ile yapılmış Hatay bayrağı direkten indirildi ve beyaz yıldızın içindeki kırmızının üzerine beyazla kapatılıp Türk Bayrağı biçimine getirildi ve yeniden direğe çekildi.