Erdoğan Karakuş Muğla Fethiye doğumludur. İlköğretim ve Ortaokul eğitimini Fethiye’de tamamlamış ardından Hava Askeri Lisesi ve Hava Harp Okulunu tamamlamıştır. 1966 senesinde Jet Pilotu olarak Eskişehir’e atanan Erdoğan Karakuş 1971 yılında Eskişehir İktisadi Ticari İlimler Akademisi İşletme ve Muhasebe Bölümünden mezun olmuştur.
1974 senesinde Hava Harp Akademisini kazanmış ve 1976’da Kurmay Subay olarak mezun olmuştur. Ardından Silahlı Kuvvetler Akademisini bitirmiştir. 1984 ve 1985 yılları arasında ABD en üst düzeyde askeri eğitim merkezi olan Hava Harp Koleji’ni bitirmiştir. 3 yıl öğretim üyesi olarak bu akademide görev almış, ardından Londra Kıdemli Askesi Ateşeliği yapmıştır. 1991 yılında Tuğgeneral, 1996’da Tümgeneral olmuş üs ve filo komutanlığı gibi görevlerde bulunmuştur.
Bu dönemde Marmara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsünde Doktora yapmış İkinci Dünya Savaşı Öncesi İngiliz Belgelerinde Türk İngiliz İlişkileri konusu ile Tarih Doktoru ünvanını almıştır. Daha sonra THK Genel Başkanlığı, Muhabere Elektronik Bilgi Sistemleri Başkanlığı yapmış Korgeneralliğe yükselerek Hava Lojistik Komutanlığı görevine atanmış 2003 yılına kadar bu görevini devam ettirmiştir.
Evli ve bir kızı bir oğlu vardır. Erdoğan Karakuş Muğla doğumlu, aslen Çorum’ludur.