Mart 1921'de Mehmet Nuri Bey'le birlikte Almanya'ya silah alımına yollandı. Kendilerine Sovyetler Birliği'nden yardım olarak gönderilen 1 milyon altının 100 bini verildi. Saffet ve Nuri beyler bu altınlarla Almanya'da borsada oynayıp tümünü yitirdiler. Ülkeye dönüşlerinde amaçlarının borsada kazanıp daha fazla silah almak olduğunu savundular. Kötü niyetli olmadıkları kabul edilerek divanı harbe verilmediler.[1] Haziran 1921'de Garp Cephesi kurmay başkanlığına getirildi, aynı yıl sonlarında Moskovaataşemiliterliğine atandı.
1925-31 arasında Cumhuriyet Halk Partisi (CHP) genel sekreterliği görevini yürüttü. Bu görevi sırasında CHP'nin tek parti iktidarı yerleşti, parti ile devletin özdeşleşmesinin temelleri güçlendi.
1935-38 arasında Milli Eğitim Bakanlığı yaptı. Cumhuriyet Halk Partisi'nin 1935 yılında gerçekleşen 4. Kurultayı'nda, devlet eliyle başlatılan planlı endüstrileşme hareketine koşut olarak, planlı köyleri kalkındırma hareketinin başlatılması kararlaştırılmıştı.[2] Bakanlığı sırasında bu hareket doğrultusunda köyler için bir eğitim sistemi geliştirdi; eğitmen uygulamasına geçildi ve daha sonra köy enstitülerine dönüştürülecek olan köy öğretmen okulları kuruldu.[3]İsmet İnönü'nün Cumhurbaşkanı seçilmesinden 1,5 ay sonra, yeni kurulan Celâl Bayar kabinesinde yine Milli Eğitim Bakanı olan Saffet Arıkan sağlık nedenlerinden dolayı bakanlıktan ayrıldı. Arıkan, 1940'ta Köy Enstitüleri Kanunu'nun çıkartılmasında öncülük etti.