LindemannHanover Krallığının başkenti olan Hanover'de doğdu. Babası, Ferdinand Lindemann, Hanover'de bir spor salonunda modern diller öğretiyordu. Annesi, Emilie Crusius, Spor Salonunun müdürünün kızıydı. Daha sonra ailesi Schwerin'e taşındı, burada genç Ferdinand okuluna gitti. Lindemann Göttingen'de, Erlangen'de ve Münih'te Matematik okudu. Erlangen'de Felix Klein'in denetimi altında olmayan-öklit geometrisi hakkında doktora yaptı. Lindemann sonradan Würzburg'ta Freiburg Üniversitesi'nde öğretmenlik yaptı. Freiburg'ta olduğu sırada, Lindemann'ın icadı olan π sayısının transandantal bir numara olduğunu kanıtladı. Freiburg'taki diğer zamanlarında ise Lindemann, Königsberg Üniversitesi'ne transfer oldu. Königsberg'te profesörken, Lindemann David Hilbert, Hermann Minkowki ve Arnold Sommerfeld'in doktora tezleri için danışman olarak görev yaptı.