Hipotiroidi tedavi edilmezse öncelikle ciddi iç organ sorunları meydana gelir. Bunların başında da damarların çok bol miktarda kolesterol ile tıkanması, şeker metabolizmasının bozulması sonucu gizli şeker ve daha sonra da şeker hastalığı, yağ metabolizmasının bozulması sonucunda şişmanlık, kalsiyum metabolizmasının bozulmasına bağlı olarak da kemik erimesi meydana gelmesi, kas ve eklem hastalıkları, beyinde çok küçük miktardaki değişikliklerin birikerek devam etmesi sonucu bazı psikolojik bozulmalar, üreme fonksiyonu bozulmasıyla da kısırlık meydana getirebilir.
Her tiroit hastası kısırdır şeklindeki bir kanı yanlıştır, bunlar tedaviyle düzelebilir. Tedaviyle düzelen hipotiroididen sonra kısırlık söz konusu olmaz.