Ataşehir İlçesi, Kadıköy İlçesinden 7, Üsküdar İlçesinden 3 ve Kartal (Samandıra) İlçesinden 1 mahalle alarak 13 mahalleden oluşmak kaydıyla kurulmuştur. Ancak Ümraniye İlçesinden bağlanan Yeni Çamlıca Mahallesi, Ümraniye Belediye Meclisinin Kararı ve Valilik Makamının Onayıyla 4 mahalleye bölünmüştür. Bunlar; Yeniçamlıca, Mimar Sinan, Mevlana ve Yenişehir mahalleleridir. Yine Ümraniye'den ayrılarak Ataşehir İlçesine bağlanan Mustafa Kemal ve Namık Kemal Mahallelerinin bir bölümü, Ümraniye Belediye Meclisi Kararı ve Valilik Makamının Onayıyla, Mustafa Kemal Mahallesinin bir bölümü ile Namık Kemal Mahallesinin Ataşehir'de kalan bölümü birleştirilerek Aşık Veysel Mahallesi, diğer kısmı ise yine Mustafa Kemal Mahallesi olarak kalmıştır. Son haliyle İlçemiz 17 Mahalleden oluşmaktadır.
Şu anda Ataşehir İlçesine bağlı olan İçerenköy Mahallesinde taş devrine ait kalıntılara rastlanılmaktadır. Osmanlı Tarihi Bölümünde ise Orhan Gazi'nin 1331 yılında Kartal-Cevizlik'te Bizans Kralı III. Andronicus'u yenerek Üsküdar'a ulaştığı ve Orhan Gazi'nin Komutanlarından Konuralp'in de Aydos Kalesini, Kayışdağının batısındaki Ayazma Köyünü ve İçerenköy'ü alarak Orhan Gaziyle Üsküdar'da buluştuğu bilinmektedir.