Enner Valencia futbol kariyerine Ekvador'da Caribe Jr. futbol takımında başladı
2014 yılında 3.28M€ bonservis karşılığında Meksika liginde yer alan Pachuca takımına transfer oldu. Meksika'da 18 gol atarak ligin gol kralı oldu.
28 Ağustos 2020'de Fenerbahçe ile bonservis bedeli olmadan 3 yıllık sözleşme imzaladı.
Ekim 2016'da, çocuğunun nafakasını ödemediği için hakkında yakalama emri çıktı. Şili ile oynanan FIFA Dünya Kupası elemeleri'nde polisler Valencia'yı tutuklamak için saha kenarına geldi. Valencia durumun farkına varınca sahadan sakatlanma numarası yaparak kaçmaya çalıştı.[9]
Ağustos 2020'de Valencia'nın kız kardeşi Ekvador'un San Lorenzo şehrinde silahlı bir çete tarafından rehin alındı. Valencia'nın kız kardeşi 29 Ağustos'ta Ekvador polis ekipleri tarafından kurtarıldı.