Babası Akkoyunlu aşîretinin İmamoğulları ailesinden gelen Mehmed Ali Ağa, annesi Mekke'den göç etmiş, Ben-î Hattab aşîretinden Nazlı Hanım'dır. Altı aylıkken öksüz kalan Mehmed Âtıf, dedesi Hasan Kethüdâ efendinin himayesinde yetişmiştir.
Köy hocasından başladığı tahsiline 1891'de îtibâren iki sene İskilip’te devam etti. 1893 Nisan ayında gelerek ve medrese eğitimine burada devam etti. 1902’de medresedeki öğrenimini iyi derece ile bitiren Atıf Hoca, ve aynı yıl mesleki kariyer sınavı kazanıp, ertesi sene Fatih Camiinde ders vermeye başladı.
Bu sıralarda Dâr-ül Fünûn'un İlâhiyat Fakültesine girdi ve 1905’te buradan mezun olarak Kabataş Lisesi Arapça öğretmenliğine başladı.
Şapka Kanunu'ndan iki yıl önce yazmış olduğu "Frenk Mukallitliği ve Şapka" adlı kitabında Şapka Kanunu'na muhâlefet ettiği gerekçesiyle tutuklanmıştır.[1] İstiklal Mahkemeleri'nde yargılanmış ve 4 Şubat 1926 tarihinde îdam edilmiştir. Bazı çevreler, Teâlî-i İslâm Cemiyeti'nin üyesi olması nedeniyle idam edildiğini söyleseler de yargılama sırasında "Bağlı olduğunuz bir cemiyet var mı?" sorusuna şu cevabı vermiştir.[1]
Bir ara Teali İslam Cemiyetine de girmiştim. Arz ettiğim gibi yalnız okumak ve okutmakla meşgulüm.
—Teâlî-i İslam Cemiyeti'nden neden ayrıldınız?
Bu cemiyete saf mânâda dîne hizmet etmek, İslamiyet'e inkişaf vermek için ilmî bir gâye uğrunda girmiştim. Adının da delâlet ettiği gibi cemiyetin de esas gâyesi de esâsen buydu. Fakat bir müddet sonra bâzı cemiyet mensupları hedefi bulandırdılar. Yanlış yola saparak ilmî gâyeden uzaklaştılar. Cemiyeti siyâsete âlet etmek temayülüne düştüler. Bunun üzerine cemiyetin gidişini ilmî gâyeme uygun görmediğim için çekilmek zorunda kaldım.
Ayrıca Mustafa Sabri'nin beyannâmesini de tekzip ettiğini söylemiştir.
Yargıç: Sen ne karanlık günlerde Teâlî-i İslâmcılık yap, Mustafa Sabri'nin yanında yer al da sonra karşımıza şöyle böyle söyle. Sözleriniz hiç bir gerçeğe uygun değildir.
Hoca: Bu husus için size belge gösterdim.
Yargıç: Ne belge?
Hoca: Mustafa Sabri ile bu beyannâme meselesini görüşse idim, tekzîb etmezdim.
Yargıç: Bilakis bu sizin kasdınızın devâmı için yapılmış bir tertib olur.
Hoca: Niçin öyle olsun, ben de onlarla beraber olur, beyannâmeyi tasdik için ısrar ederdim ve imzâ ederdim. Hâlbuki açıkça muhâlefet etmişimdir. Resmî vesîka gösteriyorum. Hakkımda olumlu kanaat sâhibi olmak lâzım gelir ve gelmelidir. Tasdik etmeyelim diye en fazla ısrar eden oldum. Eğer Mustafa Sabri ile alâkam olsaydı ısrar etmezdim.
Yargıç: Belge göster.
Hoca: Belgeyi arzediyorum. Vakit Gazetesi'nin 1034. nüshasında tekzibnâmem duruyor. Şimdi bu durup dururken bendenize vesîka sormak bilmem nasıl olur.
Yargıç: Sen bu tekzibnâmeyi bir gizli maksad için yaparsın.
Hoca: Ne maksadı beyefendi?
Yargıç: Çünkü gördünüz ki bunlar Yunan teyyareleriyle atıldı ve aksi te'sir yaptı. Anadolu Halkı Millî Mücadele'ye daha fazla destek vermiştir. Siz de bu kötü durumdan kurtulmak için bunu yaptınız.
Hoca: Eğer öyle olsaydı onlarla berâber olurdum, cemiyete devam ederdim. Hâlbuki devam etmedim. Bu da bir delildir. Eğer devam etseydim bu düşünceniz akla gelebilirdi.
İskilipli Âtıf Hoca'nın savcı tarafından üç yıl hapis istemiyle başlayan yargılanmasının idâmla sonuçlanan ve hukûkun esaslarına ters olan bu hukuk skandalı, İskilipli Âtıf Hoca filmine konu olmuştur.