Bergama Müzesi (Pergamonmuseum), 1910-1930 yılları arasında Ludwig Hoffmann tarafından Alfred Messel'in tasarımlarına uygun şekilde inşa edilmiştir. 1901-1909 yılları arasında bu alanda küçük bir bina bulunmaktaydı. Bu küçük binada, 1878 ve 1886 yılları arasında muhafazaya alından Bergama sunağının fresk plakaları gibi Berlin Müzeleri himayesindeki kazılarda bulunan objeler depolanmaktaydı. Ancak binanın temelinin yeteri sağlamlıkta yapılmamış olması kısa bir süre sonra binada hasarlara yol açtı. Bu nedenle daha Birinci Dünya savaşından önce bina zorunlu olarak yıkılmıştır.
Yeni ve daha büyük olan Bergama Müzesi, üç kanatlı bir bina olarak tasarlandı. Günümüzde bina üç müze barındırmaktadır: Yunan ve Roma mimari eserleri barındıran Antik Eserler Koleksiyonu (Antikensammlung), Ön Asya Müzesi (Vorderasiatisches Museum) ve İslam Sanatları Müzesi (Museum für Islamische Kunst). Arkeolojik yapı gruplarının heybetli rekonstrüksiyonu sayesinde – Bergama sunağı (Pergamonaltar), Milet Pazar Kapısı ve Babil'in alay yolu ile birlikte İştar Kapısı ve Maşatta sarayının dış cephesi – müze dünya çapında bir üne kavuşmuştur.
2013 yılından beri müzede tadilat çalışmaları gerçekleştirilmektedir. Bu onarım kapsamında Bergama sunağının sergilendiği salon 2014 yılı sonbaharından 2023 yılına kadar kapalı kalacaktır. Bergama Müzesi'nin İştar Kapısı'nı, alay yolunu ve Milet Pazar Kapısı'nı barındıran güney kanadı, ayrıca İslam Sanatları Müzesi açık kalacaktır.