Wisconsin doğumlu Gunderson, 1963'te Johns Hopkins Koleji'nden mezun oldu, 1965'te Dartmouth Tıp Okulu'ndan MBS ve 1967'de Harvard Tıp Okulu'ndan MD derecesi aldı. 1967-1971 yılları arasında Stajyer Ruh Sağlığı Merkezinde Psikiyatride Yerleşik ve Massachusetts Ruh Sağlığı Merkezinde Psikiyatride Başhekim, 1971-1973 yılları arasında Washington Psikanalitik Enstitüsü'nde, Şizofreni Araştırmaları Merkezi Araştırma Görevlisi, Ulusal Zihin Sağlığı Enstitüsü Psikiyatrik Değerlendirme Bölümü ve Kestane Köşkü Sanitarium'da Misafir Adaydı. 1969-1980 yılları arasında Boston Psikanalitik Enstitüsünde Asistandı.
Gunderson, borderline kişilik bozukluğu ile ilgili kapsamlı çalışmalara öncülük etti. Borderline ve diğer kişilik bozukluklarıyla ilgili yaklaşık 250 makale, 100 inceleme ve 12 kitap yayınladı. Massachusetts General Hospital'a göre başarısı, sınır çizgisi kişilik bozukluğunun "babası" olarak adlandırılmasına yol açtı. Zihinsel Bozuklukların Tanısal ve İstatistiksel El Kitabı'nın (DSM) dördüncü baskısında kişilik bozukluklarını tanımlayan akademik gruba liderlik etti. Yakın zamanda, genel ruh sağlığı sağlayıcılarına bozukluğun tedavisinde rehberlik etmesi amaçlanan Good Psichiatric Management (GPM) adlı sınırda kişilik bozukluğu için bir tedavi modeli geliştirdi. 2009'da, McLean Hastanesi , ardından Cambridge'de bir tedavi merkezi seçti ve ardından “Gunderson Residence” adını verdi. Ocak 2019'da, 76 yaşında, Weston, Massachusetts’teki prostat kanserinden öldü.