Olaylar bu minvalde sürerken Çar Aleksey Mihayloviç, 1680 de Başkurtlara Hıristiyan dini kabul etmeleri için çağrıda bulundu. Dini duyguları rencide olan Başkurtlar 1680 yılında Kalmuk Hanı Ayuka ile Samarayı zabtetmek için anlaştılar. 30 Temmuz 1680’de 3.000 Tatar, Nogay, Kalmuk ve Çerkez Penza şehrini kuşattılar. Çar, Başkurtlara yaptığı çağrı ile de kalmadı ve 16 Mayıs 1681’de zorla Hıristiyanlaştırılmaları için emir yayınladı.
Emre göre Hıristiyanlığı kabul etmeyen Başkurtlar daha önceki mücadeleleri ile aldıkları toprak sahibi olma gibi haklarını kaybediyor ve köle durumuna düşüyorlardı. Çar bununla da kalmadı ve 27 Kasım 1681’de Ufa’da piskopos dairesi kurulması kararını yayınladı. Bunun üzerine olaylar iyice alevlendi ve Başkurtlar 1681’de Tobol civarını ateşe verdiler. Başkurtlar çarın yayınladığı kararı geri aldırmayı da başardılar.
Çar Ekim 1682’de kararını geri çekerek Başkurtların, zorla Hıristiyanlaştırılmasının ve Başkurt topraklarına tecavüzü suç sayan yeni bir karar yayınladı. 1683 yılında Ruslar, çok büyük bir güçle gelerek Kalmukları itaat ettirdiler ancak Başkurtlar bir yıl daha hareketlerini sürdürdüler. Ne var ki, sonunda Ruslar, bu Başkurt istiklal hareketini çok kanlı bir şekilde bastırdılar.
İstiklal hareketinin ilk lideri ve daha sonra hanın yanında 23 yıl mücadelesini sonuna kadar veren Kahraman Sayet (Seyit) Batır’ın Kazak Türklerine sığındığı sanılmaktadır.Bu istiklal hareketine “Seyit Kıyamı” dedirten kahramanın oğullarının gelecek yıllardaki isyanlara Kazakistan’dan gelerek katılmaları bu fikri doğurmaktadır.