20.07.1982 tarihinde yürürlüğe giren Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı hakkındaki 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnameyle kurulmuş olan Anadolu Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 18.08.1993 tarihinde yürürlüğe giren 496 sayılı Kanun Hükmünde Kararnameyle yeni kurulan Osmangazi Üniversitesine devredilmiştir. Aynı Kanun Hükmünde Kararname ile Anadolu Üniversitesi bünyesinde Fen Bilimleri Enstitüsünün yeniden kurulması öngörülmüş ve Anadolu Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 1993-1994 Öğretim yılı Bahar Yarıyılında eğitim-öğretime başlamıştır.