Höyüklerde her yerleşim yeri bir kat oluşturur. Böylece, olarak günümüze en yakın yerleşme en üstte olmak üzere derine inildikçe daha eski yerleşim yerlerine ulaşılır. Her katta sur, ev, dinsel yapı kalıntılarına rastlanabilir.
larda kerpiç kullanıldığı için birçok höyük vardır. Höyüklere iç bölgelerde daha çok rastlanır. Anadolu höyüklerinin en önemlilerinden biri Çanakkale'de Hisarlık yöresindeki Truva'dır. Bu höyük, 19. yüzyılın ikinci yarısında Homeros'un destanlarını, kazılardan elde edilecek bulgularla yeniden değerlendirmeye çalışan Alman arkeolog Heinrich Schliemann tarafından kazıldı. Daha sonraki kazılarla bu höyükte dokuz ortaya çıkarıldı. Orta Anadolu'da ise en çok Kızılırmak'ın çizdiği geniş yay içinde höyüklere rastlanmaktadır. Bir başka büyük höyük topluluğu da Kayseri'den Niğde, Konya ve Burdur'a kadar uzanır. Yozgat yakınlarında Alişar ve Hashöyük, Çorum yakınlarında Alacahöyük, yakınlarında Ahlatlıbel, Karaoğlan, Etiyokuşu ve Yas-sıhöyük (Gordion), Konya yakınlarında Çatalhöyük, Burdur yakınlarında da Hacılar höyükleri bulunur. 'da bu alanda henüz yeterince araştırma ve çalışma yapılmamıştır. Bu yörede bilinen başlıca höyükler Van yakınlarındaki Tilkitepe, Erzurum yakınlarındaki Karaz ile Keban bölgesindeki höyüklerdir. 'da ise Gedikli, Sakçagözü, Tilmen ve Çayönü höyükleri bir grup oluşturur. 'nde ise Samsun dolaylarındaki höyükler önemli sayılabilir. Anadolu'da toplam 20 bin kadar höyük bulunduğu sanılmaktadır.