Osmancık`ta doğmuştur. Genç yaşta ilim merakı ile Trablus, Tunus ve Cezayir`e kadar gitmiştir. Daha sonra İstanbul`a dönmüş ve akrabalarından Hacı Sefer Ağa vasıtası ile saraya girmiştir. Burada önce baltacı olmuştur. Güzel sesli olduğundan musikiye heveslenmiş ve müezzin olup "Mehmed Halife" namını kazanmıştır. Ardından katipliğe heveslenen Baltacı Mehmed Paşa, yazıcılığa ve 1703 Aralık ayında mirahurluğa tayin edilmiştir. 1704 yılının Kasım ayında kaptan-ı derya, 21 Aralık 1704`te de birinci kez sadrazam olmuştur. 3 Mayıs 1706`ta azledilip Sakız adası`na sürülmüştür. Daha sonra Erzurum valiliğine ve Sakız muhafızlığına getirilmiştir. 1709 yılının Ocak ayında Halep valiliğine atanan Baltacı Mehmed Paşa, 18 Ağustos 1710`da tekrar sadrazam olmuş ve Serdar-ı Ekrem sıfatıyla Rus seferine çıkmıştır.
Prut Savaşı sırasında, Deli Petro`nun ordusunun etrafını sarmışken, Çariçe Birinci Katerina`nın araya girmesi üzerine barışı kabul etmiştir. Baltacı ile Katarina arasında ne tür bir ilişki kurulduğuna dair zaman içinde geniş kapsamlı söylentiler, tartışmalar ve literatür oluşmuştur.
Prut seferinden dönüşünde azledilerek (Kasım 1711) önce Midilli`ye, daha sonra ise Limni adasına sürülmüştür. 1712 yılında 50 yaşındayken Limni adasında vefat etmiştir. Ortaköy`de yaptırdığı bir cami bulunmaktadır.