Kovac, Frankfurt'u çalıştırdığı 2017 yılında Almanya Federasyon (DFB) Kupası'nı kazandı. Ardından Bayern Münih'in başına geçti. İlk sezonunda Bavyera ekibini hem lig hem de kupa şampiyonu yaptı. İkinci sezona ise çok kötü bir başlangıç yaptı. Kasım ayında eski takımı Frankfurt'a 5-1 yenilince Bayern Münih'teki görevine son verildi. Kasım ayından beri boşta olan Kovac, sezon ortasında gelen teklifleri reddetmişti. Kovac bir süre önce katıldığı bir televizyon programında “Sanırım yazın bir şeyler olacak. Ben kendimi yaza hazırlıyorum” sözleriyle transferin olacağının mesajını vermişti.