Cuenca’da dört mevsim de görülmektedir. Dolayısıyla her mevsimde ziyaret edilebilir. Yılın en sıcak ayları temmuz ve ağustostur. Geceleri nispeten daha serin olmakla birlikte, şehrin en huzurlu olduğu dönem de bu aylardır.
Ama Cuenca’ya gitmek için en uygun zamanlar ilkbahar (nisan sonu, temmuz başı) veya sonbahar (eylül-ekim) dönemidir. Kentte hava şartları zorlayıcı değildir. Ayrıca birçok festival bu zamanlarda gerçekleşmektedir. Soğuk geçen kış aylarında çok tipik olmasa da kar yağışı görülmektedir.