Ağrı'nın tarihi, Nuh Tufanı ile başlar. Tufanı anlatan hikâye ve efsanelere göre insan nesli, dağa oturan gemiden inerek, Ağrı'dan dünyaya yayılmıştır.
Coğrafî konumu ve Asya-Avrupa karayolunun buradan geçmesi, tarihini yüzyıllar öncesine götürür. Ağrı'nın tarihi, bir parçası olduğu Anadolu'nun tarihi kadar eskidir. Orta Asya'dan ve İran'dan gelen kalabalık kitlelerin batıya (Anadolu) geçmesini kolaylaştıran yollardan en önemlisi buradadır ve her devirde tarihî - stratejik bir konuma sahip olmuştur. Aynı zamanda Doğu Anadolu'ya gelen göç ve akınların ilk durağıdır. Küçük Asya'yı ele geçirmek isteyenler, Asya kavimleri, Kafkas sıradağlarından inemedikleri için hep İran üzerinden gelmişler ve Anadolu'nun ilk giriş kapısı (Ağrı) onlara geçiş yolu olmuştur. Bundan ötürü Ağrı devamlı bir kültür ve medeniyet merkezi olamamıştır. Geçit ve sınırda bulunması sebebiyle bölgede yaşayan
halk, sık sık değişmiş, baskınlar, savaşlar, maddî kültürle yerleşim yerlerini tahrip etmiştir.
Ağrı ve çevresine yerleşen en eski topluluk, Hititler'in bölgede güçlerini kaybetmesiyle ortaya
ıkan Hurriler'dir. Ağrı, M.Ö. 1340-1200'de Hurri krallığının kuzey doğu ucunda yer almıştır.Hurriler'den sonra bölgeye egemen olan Urartular (M.Ö. 1200-600) yaklaşık 500 yıl Ağrı
topraklarında yaşadılar. Urartular; Patnos, Aladağ, Tutak, Eleşkirt (Toprakkale) ve Doğubayazıt'ta önemli yerleşim yerleri kurdular, kaleler, saraylar, tapınaklar, su yollan yaptılar. Adı geçen bölgelerdeki Urartu kalıntılarının bir kısmı günümüze ulaşabilmiştir.Urartular önemli saray ve tapmaklarını Patnos'ta kurdular. Şehrin batısındaki Anzavur tepe ve doğusundaki Girik tepe nemli höyüklerdir.Girik tepede kale, kutsal Haldi kapıları ve tapınaklar vardır. Her iki tepede Ankara üniversitesince 1961-63 arasında kazılar yapılmıştır.Urartu devleti yıkıldıktan sonra Girik tepe önemini kaybetti ve Urartular'dan beri bölgeye yerleşenler bu kentte oturmadılar.
M.ö.680 yılında bölgeye gelen Sakalar Murat Nehri ve Doğubeyazıt çevrelerine kısa sürede yerleşmişlerdir. Daha sonraları Arsaklılar ve Artaksıyaslı Krallığı, Ağrı ve çevresine hakim olmuştur.
Araplar, Hz. Osman'ın halifelik yıllarında Ağrı ve çevresini fethederek bölgede etkili oldular. İslâm ordusu 645 ve 646 yıllarında Ağrı'ya, sonraki yıllarda Nahcivan'a kadar fetihlerde bulundu.Rivayetlerde ve halk arasında Hz. Ali'nin de Ağrı topraklarına akınlar yaparak, savaştığı anlatılmaktadır. Bu efsane ve anlatımlara ait kale, yer, taş ve kaya izleri, her ilçede mevcuttur.Bölge, 872 yılına kadar Abbasiler'in yönetiminde kaldı. 872-912 yıllarında doğudan gelen Türk boyu Taçoğulları buraya egemen oldular. Sonraki yıllarda etkinlik Bizanslılara geçti.X. yüzyılın sonunda Bagratlılar Beyazıt ve Eleşkirt havzalarına yerleştiler; zamanla bölgenin kontrolünü ele geçirdiler. Beyazıt (Gokovit) Sancağı, Bagratlılar'ın önemli bir merkezi idi.Bagratlılar 1064'e kadar bölge yönetimini ellerinde tuttular.Bizanslılar zaman zaman Ağrı topraklarına kadar uzanıp üstünlük ele geçiriyorlardı. XI. yüzyıla kadar Ağrı ve yöresi, Bizanslılar
ile, Türkler ve Araplar arasında birkaç kez el değiştirdi.
Türkiye'nin en yüksek dağı olan Ağrı Dağı (5165 m.) eskiden beri bilginlerin, dağcıların, serüvencilerin ilgisini çekmiş ve birçok hikaye, türkü ve efsaneye konu olmuştur. İncil ve Tevrat'ta da adı geçen dağa, turizm açısından önemli bir konum kazandıran yaygın inanca göre; Nuh Peygamber zamanında yeryüzünü kötülükler kaplamıştır. İnsanlara bir ders vermek amacı ile Tanrı, Nuh'a bir gemi yapmasını emreder. 300 arşın boyunda, 50 arşın genişliğinde ve 30 arşın yüksekliğinde yapılacak gemiye, Nuh Peygamber, eşi, oğulları, oğullarının eşleri ile birlikte yeryüzünde bulunan bütün canlı türlerinden 7 erkek, 7 dişi, sürüngenlerden 2 erkek, 2 dişi, yeterli yiyecek de alarak binecektir. Nuh Peygamber, Tanrının emri doğrultusunda gemiyi yapar ve canlılarla beraber gemiye girer. 7 gün sonra 40 gün 40 gece süren tufan sonucunda gemidekilerin dışında kalan tüm canlılar yok olur. Suların çekilmesi ile gemi, Ağrı Dağı'na oturur ve içindeki canlılar sevinçle gemiden ayrılarak yeryüzüne dağılır. Bu; yönüyle dini açıdan çok özel olan dağ, düz bir arazide aniden yeryüzünden göğe doğru yükselen heybetli görünümü, yazın bile karlı dorukları, bitki örtüsü ve barındırdığı hayvan türleri ile etkileyicidir.
Osmanlı döneminde şorbulak olarak anılan ilin adı, Ermenilerin zamanında Karakilise olarak değiştirilmiştir. Kazım Karabekir Paşa zamanında karakilise ismi değiştirilerek Karaköse diye adlandırılmıştır. Nuh Tufanı ilgisinden dolayı Tevrat ta adı geçen Ararat Dağı ve Ülkesinin, Ağrı ve çevresinin olduğu sanılması dolaysıyla, Ağrı ya batılılar tarafından, Ararat ta denilmektedir. 1834 yılında bucak, 1869 yılında ilçe olan Ağrı, 1927 yılında il merkezi olmuştur. 5165 m. Yüksekliğiyle Türkiye nin en büyük dağı olan Ağrı Dağı'ndan dolayı da Ağrı adını almıştır.
Ağrı İsyanı
16 Mayıs 1926'da Soğanlı, Kızılbaşoğlu, Sori, Cilkanlı, Bilhanlı ve Cinganlı aşiretleri; Ağrı'daki Brosonlu İbrahim ve adamları ile birleşerek ayaklandılar. İran'daki Yusuf Taso ile beraber 1.000 kadar atlının İran sınırını geçip Brosonlu'nun yardımına gelmesi üzerine ayaklanma büyüdü. Bunun üzerine başlatılan askeri harekat ilk başlarda başarısız oldu. Doğubeyazıt'a çekilen ordu birlikleri Haziran ayında, ikinci bir harekata başladı. Bunun üzerine isyancılar İran'a kaçtı. İran hükümetinden sınırda gerekli önlemleri alması ve geçişleri önlemesi istendi.
5 Ekim 1927'de Taşnak lideri Vahan Papazyan'ın desteğiyle bugünkü Lübnan'da Bihamdun'da Hoybun örgütü kurulmuştu. Hoybun sadece Kürdistan'ın bağımsızlığını değil, "Yüce ulusal organ... Tüm güçleri ve uluslararası güce sahip güç" formuna dönüştürmüştür.
1928'e gelindiğinde, İstanbul'da askeri eğitim alup Cumhuriyeti Ordusu'nun yüzbaşıyken 1924 Beytüşşebap'da firar eden İhsan Nuri (daha sonra Îhsan Nûrî Paşa), Zilan Bey lakaplı Ardeşir Muradyan, Suriye'de konuşlanmış olan Hoybûn (Xoybûn) Cemiyeti'nin de desteğiyle yeni bir isyanı planlamaya başladılar. Bunlar küçük bir grup kurarak gruptaki askerleri modern silahlarla donattı ve askeri taktikler çalıştırdı. Bu grup Ağrı Dağına doğru giderek Hoybûn ayaklanmasını başlatmışlardır. Bu grup sadece Ağrı dağına gitmemiş dahası giderken Bitlis, Van ve Van gölü etrafındaki çoğu yerleşim yerini ele geçirmişlerdir. İhsan Nuri, 1929-1930 yıllar arasında Agrî gazetesini yayınladı.
Gelişmeler üzerine Ankara Hükümeti aynı yıl il merkezinin Doğubeyazıt'tan Karaköse'ye taşınmasına karar vererek direnişçileri, onların yakın dostları aracılığıyla direnişten caydırmaya çalıştı. 1928 yılında ayaklanmanın liderleri ile askeri ve sivil idareciler arasında ayaklanmanın sona ermesi amacıyla yapılan görüşmelerden bir sonuç alınamadı.
13 Eylül 1927'de başlatılan harekatıyla Türkiye ordusu İran sınırına kadar ilerledi.
Tendürek Harekatı: Türk Ordusu, 14-27 Eylül 1929 tarihlerinde Tendûrek harekatı ile İran kökenli Şeyh Abdulkadir (Şêx Ebdulqadir)'in isyanına katılmasını önledikten sonra Hükümet, hareketi bastırmak için 28 Aralık 1929'da aldığı bir kararla 1930 Haziranında Ağrı’ya bir kuvvet gönderdi. Salih Omurtak komutasindaki birlikler ilk başlarda fazla başarı elde edemediler. 26 Mayıs-9 Haziran 1930 tarihleri arasında Savur harekatı ile Savur, Midyat ve Cizre istikametini güvenliğini korumaya çalıştı. Ağrı Türk-İran sınırı boyunca devam etmekteydi. 1930'lara gelindiğinde, Türk güçleri üstünlük kurmaya başlamışlardı. Mayıstan başlayarak, Türk güçleri atağa geçti ve Ağrı dağını 10.000 askerle Haziranda kuşattı. İki tarafta da asker sayıları gittikçe artıyordu. Kürt aşireti Türkiye devletine karşı toplamda 60.000 asker toplamıştı. Türk önceliğine göre Barzani 500 adamla Musul'dan ve diğer Kürt gruplarda örneğin Hatcho ve Simqu gibi gruplar da Suriye'den 1930'da Hoybun'a yardıma geldiler
Zeylan Ayaklanması
20 Haziran - 12 Temmuz 1930 tarihleri arasında Van ile Karaköse (Ağrı) arasında Zeylan harekatı gerçekleştirerek harekatlarını pekiştirmeye çalıştı.
Bu harekat sırasında 'Gelîye Zîlan' katliamı (Zeylan Deresi katliamı)'nın yaşandığı söylenmektedir. Rivayetlere göre 300'den 5.000'e kadar siviller öldürülmüştü
3. Ağrı Harekatı:
İhsan Nuri ve 'Zilan Bey', Hesik aşiret reisi İbrahim Ağa (Îbrahîm Hêsîkê Têllo)'nın aşiretiyle birlikte İran sınırını aşarak yeni bir isyan başlattı. Askeri birimlerin yetersiz kalması sonucu isyancılar, içinde Doğubeyazıt'ın da bulunduğu bir bölgeyi denetimi altına aldı. Kontrolleri altına aldıkları bölgede, Hoybun Cemiyeti'nin desteğiyle Ağrı Cumhuriyeti'ni ilan ettiklerini açıkladılar.
Ancak Türkiye, o dönemde İran sınır içinde bulunan Küçük Ağrı Dağı'nın arkasına kadar birliklerini ilertmek için izni aldı (Sınır ötesi harekatı). Böylece isyancıların İran yolu kapanmış oldu. Daha sonra bu İki ülke arasında bir sınır düzenlemesi yapılarak Van'ın Kotur kasabasını İran’a verilip, Küçük Ağrı Dağı Türkiye sınırları içine alınacaktı. 1 Temmuz'de Türkiye Ordusu Ağrı Dağı'nın kuşatmasını tamamlandı ve 7 Eylül 1930'da genel taarruzu başlattı. 25 Eylül'e kadar süren Ağrı Dağı Muharebesi esnasında 14 Eylül'de Kire (Büyük Ağrı Dağı ile Küçük Ağrı Dağı arasında bulunan ova)'de İbrahim Ağa öldü ve İhsan Nuri de İran'a sığındı.
Daha sonra Adana Ağırceza Mahkemesi'nde yapılan yargılamalarda 34 kişi idam cezasına çarptırıldı. 1938'de Karaköse olan ilin adı, Ağrı olarak değiştirildi.