II. Murad, Varna Savaşı’nı kazandıktan sonra Manisa’ya çekilmişti. Ancak Veziriazam Çandarlı Halil Paşa, Sultan Murad’ın tekrar tahta çıkmasını arzulamaktaydı. II. Mehmed’i destekleyen Şehabeddin, Saruca ve Zağanos paşalarla anlaşamıyordu. Çandarlı’nın barışçı siyasetine karşılık, diğer vezirler II. Mehmed’i fetihlere, özellikle de İstanbul’un fethine teşvik ediyorlardı.
1446 yılında Edirne’de, Osmanlı tarihinin ilk yeniçeri ayaklanması gerçekleşti. İsyanın görünüşteki sebebi paranın değerinin düşürülmesiydi. Bu durumdan rahatsız olan asker ayaklanarak Rumeli Beylerbeyisi Şehabeddin Paşa’nın evine saldırıp, ardından da şehrin doğusundaki bir tepeye çekildi. İsyan yeniçerilerin maaşlarına yarım (buçuk) akçe zam yapılarak bastırılabildi.
Ancak asker tahtta II. Murad’ı görmek istiyordu. Aslında bu isyan Çandarlı Halil Paşa’nın tertipleriyle genç padişahı tahttan uzaklaştırmak için çıkarılmıştı. Padişahın yakınlarından olan Şehabeddin Paşa’nın evi hedef alınmış ve II. Mehmed’in hükümdarlığı tehlikeye düşmüştü. İktidar boşluğu meydana geldiği için Çandarlı’nın gizlice haber gönderdiği II. Murad, Edirne’ye gelerek tahta geçti.
II. Murad tahta geçtikten sonra 6 yıl devam eden bu yeni hükümdarlık döneminde, II. Kosova Savaşı’nda (1448) Haçlıları bir kez daha mağlup ederek, Balkanlar’dan gelebilecek tehlikeyi tamamen ortadan kaldırdı. Lalaları ile birlikte Manisa’ya gönderilen II. Mehmed bu durumu kabullenemedi ve padişah gibi davranmaya devam etti. Ayrıca kendisinin tahttan inmesine sebep olan Çandarlı Halil Paşa’nın bu hareketini unutmadı. İstanbul’un fethinden hemen sonra onu öldürterek intikamını aldı.