Selamlar, öncelikle bu konuda yazı bulamamış olman normal çünkü artık production sunucularında değişiklik yapan pek bulunmuyor :)
Sorunun cevabına gelecek olursak, geliştirme ortamında gulp bir çok işlem yapıp (minify, concatenation vb) build hazırladığı için her değişikliği bu sürece uygun yapmalısın. Bununda yöntemi; geliştirmeyi dev ortamında yapıp, gulp’un sunduğu buildi sunucuya göndermelisin. Tersini yapmaya çalışmak doğru olmayacaktır.
Umarım yardımcı olabilmişimdir, sevgiler.