II. Mehmet (Fatih Sultan Mehmet), 1461’de Trabzon’u ele geçirdi ve 257 yıllık Trabzon Kommeneos Prensliğini ortadan kaldırdı. Osmanlı idaresindeki Sümela’nın konumunda bir değişiklik olmadı. Hatta Fatih Sultan Mehmet, bu kültürel ve entelektüel merkezi ziyaret etmek istedi. O, süvari muhafızları ile birlikte Sümela’ya gitti. Bir ferman yayınlayarak manastıra imtiyaz verdi. Manastırların bütün arazi ve mallarının rahiplere ait olduğunu açıkladı. Rahipler, vergilerden muaf tutuldular. Onların kişisel yaşamları da himaye edilerek sigortalandı. Trâbzon fethedildikten uzun bir süre Osmanlı eyalet sistemi dışında yer aldı. Bağımsız idareciler ve kumandanlar vasıtası ile idare edildi. Trabzon, II. Beyazıt ve I. Selim (Yavuz Sultan Selim) zamanlarında Osmanlı yönetiminin dikkatini çekti. Trabzon ile ilgili ilk Osmanlı kayıtları da 16. yüzyıl başlarında tutuldu. Yavuz Sultan Selim, Sümela’ya beş tane kandil gönderdi. Kandiller helezonlu biçimde üzeri değerli mücevherlerle süslendi. Ayrıca, üzerlerine I. Selim’in mührü işlenmişti. Bu kandillerden üçü 1900 yılında Sümela’da korunuyordu.
I. Selim Dönemi’nde Trabzon’da gayri menkul ve menkul sayımı yapılıyordu. Sayımın en büyük hedefi Trabzon’un Osmanlı malı sistemi içine çekilmesiydi. Buna göre, Trabzon’un güvenliğini sağlayan askerlerin harcamalarını karşılayabilmek için vakıflar ve devlet arazileri oluşturuldu. Önceki tarihlerde manastırların vakfı içinde olan Samarohsa ve Mesaiya Köyü gelirleri devletleştirildi. Maçka’ya bağlı İstilaho Köyü halkı bütünüyle Hristiyanlardan oluşuyordu. Bu köydeki manastır vakıfları ile Rumeli’ye sürülmüş bir Rumun arazisi de devletleştirildi.
II. Selim (1566-1574) Sümela Manastırı’na cömertçe davrandı. O, Sina Dağı Manastırı’nda bulunan On Emir’in yazma nüshasını Sümela’ya hediye etti. Bu yazma eser, manastırın ders programlarına dahil edildi. Bu hediye, 1900 yılında manastırın hâzineleri arasındaydı ve müfredat listesinde ismi bulunuyordu. 1621 yılında Trabzon’da Hristiyanlara ait iki vakıf bulunuyordu. Bunlar, Ortodoks Kilisesi’nin nüfuzu sayesinde desteklendi. Bu vakıflardan biri, Trabzon Metropolitlik’i idi. Diğeri ise, Maçka’nın güney bölgesindeki yüksek dağlarda bulunan ve kırsal bir manastır olan, Meryem Ana (Sümela) Manastırı’ydı.
Sümela Manastırı’na verilen imtiyazlar, her Osmanlı padişahı döneminde yenileniyordu. Manastırda görevli papazların “berat” adı verilen bir belgeleri vardı. Bu beratlar her yeni iktidar döneminde yenilenirdi. Manastırlar ve din adamları ile ilgili anlaşmazlıklarda resmi belgelere başvurulurdu.
Mehmet, I. Selim, II. Beyazıt, II. Selim’den sonra belirli aralıklarla iktidara gelen Murat, İbrahim, IV. Mehmet, II. Süleyman, I. Mustafa ve III. Ahmet tarafından verilmiş fermanlar bulunuyordu. IV. Murat, manastır kovuğunun önünde bulunan dışarı taşkın şapelin damını bakırla kaplatmıştı.
XVII. yüzyılda Sümela Manastırı’nı pek çok patrik ziyaret etti. Onlar, manastırın hâzinesine mühürlerini bıraktılar. 1672’de İstanbul Patriği ve 1675’de de Kudüs Patriği Sümela’yı ziyaret ettiler. Kudüs Patriği, Sumela’yı, manastırların en ünlüsü ve en şereflisi ilan etti. Osmanlı Sultanları ve Osmanlı Devleti’nin çeşitli bölgelerinde görev yapan dini liderlerin Sümela’yı ziyareti, manastırın tarihinde entelektüel birikimler oluşturdu. Dolayısıyla, bölge halkının Sümela’ya karşı olan ilgi ve güveni arttı.
IV. yüzyıl ortalarında Sümela’nın kütüphanesi Trabzon’dan gelen kitaplarla zenginleşti. Yorgi Ayboson adlı bir Rum, Trabzon’daki Rum okulundan aldığı 72 ciltlik Rumca kitabı kendi tasarrufuna almıştı. O dönemde, bu kitapların korunması sorun olmuş, sonunda Sümela Manastırı’na gönderilmişti.
XVIII. yüzyılın ikinci yarısından itibaren Eflak ve Boğdan prensleri Sümela ile yakından ilgilendiler. Moldovya Prensi John Scartalos ve Leh Prensi John Ipsilanti’den, 1755 yılında Sümela’ya altın işlemeli tayin beratları geldi. John Ipsilanti, Trabzon’un eski ailelerinden birinde doğan bir prensti. Osmanlı Devleti’ne tabi bu prensler, Sümela’ya devamlı yardım ve yazılar gönderdiler.
Sümela’nın gezgin keşişleri çok çeşitli bölgelere kadar gittiler. Osmanlı topraklarında rahatça dolaşabilmeleri için ellerine izin belgeleri verildi. Onlar, seyahatini tamamladıktan sonra tekrar manastıra dönüyordu. Çünkü onlar, manastırın daimi kadrosunda yer alıyorlardı. Bu keşişler arasında Ortodoks geleneklerine aykırı hareket edenleri de vardı. Mesela 1754 yılında, Sümela’ya bağlı papaz olan Kirilyos, Tokat’ta yaşayan Rumlar’ı suça teşvik etti. O, düşünceleriyle Rumların arasında dedikodu çıkardı. Bu suçundan dolayı Kirilyos yakalandı ve Sümela’ya geri gönderildi. Fakat, O tekrar Sümela’dan ayrıldı ve Tokat’a gitti. Bu bölgede dolaşarak eskisinden daha fazla Rum geleneklerine zarar verdi. Kirilyos tekrar yakalandı ve eskisi gibi Sümela’ya gönderildi. Fakat bu defa o, sürgün cezalısı olarak manastırda hapsedildi.
XVII. yüzyılda, rahiplerin sayısı yüze ulaşmış ve sahip oldukları arazi Sultan Abdülhamid’in ihsanlarıyla daha da genişleyerek, manastır çevredeki 15 köyün sahibi olmuştur.
Kısacası, Komnenoslar’ın kilise ve manastır vakıfları Osmanlılarca çoğunluğu padişahlara has biçimde olmak üzere mal edilirken, Maçka’daki Komnenos sisteminin en önde tuttuğu Sümela Manastırı’nın gücünün olduğu gibi bırakılması önemli bir durumdur ve bu durum dini, etnik, toplumsal önemli sonuçlar doğurmuş, Trabzon’da Ortodoks Rum kültürünün yaşamasına hizmet etmiştir.