Eski İzmir’in yerleşimi her ne kadar M.Ö. 3000 yılından çok daha geriye uzanmakta ise de yapılan en son kazılarda henüz M.Ö. 3000 yıllarına kadar gidilmiştir. Kazılarda elde edilen bilgiler ışığında ilk İzmir yerleşikleri evlerini höyüğün en üst düzeyinde denizden 3 ile 5 metre yukarıdaki kayalar üzerine oturtmuşlardır. Bu ilk yerleşme Eski Tunç Çağı dönemine aittir. Bulunan çanak ve çömlekler Troya dönemi ve kültürüyle (M.Ö. 3000-2500) benzerlikler göstermektedir. Birinci yerleşim tabakasının üstünde Orta Tunç Çağı dönemi yer alıyordu. Burada bulunan keramik eserler Troya II kentinde ortaya konulan sanatsal eserlerle hemen hemen özdeştir (M.Ö. 2500-2000). Üçüncü yerleşme katı Troya VI ve Hitit dönemi ile çağdaştır (M.Ö.1800-1050). Bu katta elde edilen büyük ve sağlam bir vazo, Afyon ve Uşak kentlerinin güneyindeki Beyce Sultan kazılarında elde edilen kapların türündendir. Ayrıca birçok kap biçimi Orta Anadolu ile olduğu ölçüde Troya VI kap kaçağı ile de benzerlikler taşımaktadır. Bundan başka yine Troya VI’da gün ışığına çıkan `Minyas’ tipi vazolar Bayraklı’da da ele geçmiş, bir de 4-5 Myken seramik parçasına rastlanmıştır. Açılan sondajlar küçük olduğundan evler hakkında geniş bilgi elde edilememiştir. Tunç Çağı’nda İzmir’de yaşayan yerli halkın dili konusunda herhangi bir fikir elde edilmesi mümkün olmamıştır. `Minyas’ türü keramiğin ele geçmesi birçok Anadolu kentinde olduğu gibi, burada da 2000’lerde Akalılara (Achaioi: Myken) ait bir ticaret kolonisinin bulunduğuna ilişkin ipuçları verebilir.