Sebastian Rudy kariyerine 2003'de Stuttgart II'de başladı. 2007 Yılında a takıma yükseldi ve ilk sezonunda Sevilla FC karşısında ilk UEFA Avrupa Ligi maçına çıktı 2007-08 sezonunda 3 maça çıkabildi. Rudy 2008-09 sezonunda ilk defa UEFA Şampiyonlar Ligi'nde mücadele etti ve Stuttgart formasıyla ilk golünü Glasgow Rangers ile oynanan şampiyonlar ligi maçında attı. Sezonu toplamda 19 maçta 1 gol ile kapadı. Rudy 2009-10 sezonuna UEFA Avrupa Ligi play off maçında gol atarak fırtına gibi başladı ancak devamı gelmedi forma şansı bulamamaya başladı.