Tarihi bir çerçeve içinde, öncelikle Antikçağ'da veya Hellenik dönemde, M.Ö. 6. ve 5. yüzyılların salt doğayı konu alan felsefesi, sonra da Yunan ve Hıristiyan Avrupa'da genel metafizik sistemlerin doğaya ilişkin açıklamadan meydana gelen dallardır.
Ontoloji "varolan"ı bir bütün olarak inceler; fakat "varolan" şeylerin çeşitli varlık alanlarına ayrıldığı da bir fenomendir. İşte bu varlık alanlarından birisi, doğal varlık alanıdır. Doğal varlık alanı terimi, dilimize "doğa" olarak yerleşmiştir. Doğa terimi de genellikle canlı doğa ve cansız doğa varlık alanlarını içine alır. Doğayı fizik, kimya, jeoloji, mineraloji vb. gibi bilimlerle biyoloji adı altında toplanan çeşitli blim dalları incelemektedir.
Fakat doğanın bir varlık alanı olarak nasıl bir yapıya sahip olduğunu, canlı ve cansız varlık alnları arsında, nasıl bir bağ bulunduğunu, doğada geçerlikte olan determinasyon tipleri ve ilkelerinin ne olduğunu hiçbir bilim araştırmamaktadır. Bütün bu ve bunkara benzer problemler yine özel bir felsefe disiplininin inceleme alanıdır. İşte biz bu felsefe disiplinine "doğa felsefesi" yada "doğa ontolojisi" adını veriyoruz.
Yeni ontoloji gbi, doğa felsefesi de bugünkü aslamıyla zamanımızda ortaya çıkam bir felsefe disiplinidir. Daha önceleri bu problem alanı da ya kurgusal metafizik bir problem olarak ele alınıyordu; yada ondokuzuncu yüzyılla yüzyılımızın başlarında olduğu gibi, doğa bilimlerinin bir yöntem bilimi, başka bir deyişle doğa bilimlerinin bir felsefesi olarak inceleniyordu. Böylece doğa denilen varlık alanının felsefesi yerine, bu varlık alanı ile uğraşan bilimlerin felsefesi geçiyordu. Halbuki bir bilimin yada bir bilim grubunun felsefesi değil, ancak bu bilimin daha bilimlerin incelediği varlık alanının bir felsefesi, "doğa felsefesi" adını almaya hak kazanır; yoksa bu felsefe bir yöntem bilim olmaktan ileri gidemez.
Gerçi doğa felsefesine, daha doğrusu doğa hakında ortaya atılan felsefe görüşlerine, her filozofun felsefesinde rastlanır. Fakat doğa felsefesi adı altında yazılan ilk felsefe kitabı, filozof Schelling tarafından yazılmıştır. Fakat bu yapıt yalnız adı bakımından bir doğa felsefesidir.