Sonunda, darbe, 1973 Eylül'ünde ordunun en aşırı sağcı faşist unsurlarının öncülüğünde, amansız bir vahşetle geldi. Ailen de öldürüldü. (Kimi CIA savunucuları, hâlâ Allende'nin makineli tüfekle kendini vurarak intihar ettiğini öne sürüyorlar!) Bazı bakanlar katledildi, üniversiteler askeri denetim altına sokuldu, muhalefet partileri yasaklandı, binlerce Şilili işkenceden geçirildi ve öldürüldü. Çoğu kişi CIA'nın verdiği listelere göre "aşırı" diye damgalandı.
General Pinochet başkanlığındaki askeri cunta döneminde, muhaliflere işkence, özellikle Colonia Dignidad adlı tüyler ürpertici cezaevinde düzenli bir iş haline geldi. Cunta, Güney Amerika'nın dört bir yanında sürgündeki Nazileri topladı. Bu Nazilerden biri, bir kurbanına, Nazi ölüm kamplarında yapılan işin Colonia Dignidad'da sürdürüldüğünü söyledi.
CIA, istediği kadar Şili darbesiyle ilişkisini inkâra çalışsın. Demokratik, barışsever bir ülkeyi mezbahaya çevirdi.