On bir sene müddetle Mudurnu'da kalan Muhammed Nasûhî Efendi, birçok talebe yetiştirdi. Hocasının emri üzerine İstanbul Üsküdar'a döndü. Üsküdar'da bulunduğu sırada iki sene müddetle Doğancılar meydanına yakın Çakırcı Hasan Paşa ve Süleyman Paşa camilerinde halka vaaz ve nasihat ederek onlara Allah?u Teala'nın ve Resûlü'nün rızasına kavuşturan yolun essalarını anlattı. Pekçok kimse vaaz ve sohbetleri sebebiyle hidayete erdi.
Hocası Ali Atvel Hazretleri de bu sıralarda Üsküdar'da Vâlide?i Atik dergahında kalıyor, insanlara İslamiyet'in emir ve yasaklarını anlatıyordu. Bir gün Muhammed Nasûhî Efendi, hocası Ali Atvel Hazretleriyle beraber geziyorlardı. Doğancılar Meydanında şimdiki Nasûhî dergahının bulunduğu yere geldiklerinde, Ali Atvel Hazretleri; "Oğlum inşâallah bu yer senin sebebinle mamûr hale gelir. Kıyamet gününe kadar da Muhammed Nasûhî Dergahı diye anılır" buyurdu.
Muhammed Nasûhî Efendi 1688 (H.1099) senesinde Üsküdar Doğancılar'da kendisi için b~|~ir dergâh inşâ ettirmeye başladı. Bu dergâhı yaptırırken Yeniçeriağası Hasan Paşa ona her türlü maddi ve manevi desteği sağlıyordu. Fakat bu sırada Hasan Paşa'nın Van Muhafızlığına tayin edilmesi, destekten mahrum kalmasına sebep oldu, beş kese altın borç alarak dergâhın inşâsını tamamladı. Bu borç sebebi ile bir müddet sıkıntı çektiyse de sonra kurtuldu.
Bu sıralarda daha önceden fethedilen Sakız Adasını Venedikliler yeniden istilâ etmişler, oradaki Müslüman halka eziyet ve işkencelerde bulunmuşlardı. Bunlara karşı Hüseyin Paşa komutasında bir donanma gönderildi. Bu donanma Sakız'ı almak üzere savaşa girdi. Osmanlı yiğitleri Sakız'da çarpıştıkları bir sırada, Nasûhî Efendi, Üsküdar'daki dergahında kırk gün süren bir halvete çekildi. Kimsenin olmadığı bir odada Allah?u Teala'yı zikreder, oruç tutar, namaz kılar, Kur'an?ı Kerim okuyarak ibadet ederdi. Bir gün yakın dostlarına; "Elhamdülillah Sakız Adası Ehl?i İslâma nasip oldu" buyurdu. Yakın dostları bugünün tarihini bir yere kaydettiler. Birkaç gün sonra fetih haberi duyuldu.