DNA Mikroarray teknolojisi, aynı deneyde binlerce genin sadece tanımlanmasını değil aynı zamanda ekspresyon seviyelerinin de ölçülmesini hedefler. Bu amaçla, hedef sekansı tamamlayıcı binlerce DNA iplik parçası küçük bir cam destek üzerine bağlanır, sentezlenir ya da beneklenir. Sıklıkla kullanılmakta olan iki çeşit DNA mikroarrayi bulunmaktadır: spot mikroarrayleri ve oligonükleotit mikroarrayleri. Bir spot mikroarrayi önceden üretilmiş cDNA parçalarının genellikle cam bir yüzeye nokta nokta dizilmesi ile üretilirken, yüksek yoğunluklu bir oligonükleotit mikroarrayi oligonükleotitlerin in situ olarak sentezlenmesi ile üretilir.
Epigenetiks Genetik Biyoinformatik Yazılım A.Ş.’de gerçekleştirilen mikroarray analizlerinde Affymetrix şirketi tarafından üretilen oligonükleotit mikroarrayleri kullanılmaktadır. Affymetrix teknolojisinin sağladığı en önemli avantaj, DNA sekansları doğrudan doğruya array üzerinde sentezlendiği için, kompleks bir array oluşturulurken küçük bir miktar belirteç kullanımının yeterli olmasıdır.
Bu teknoloji bilim insanlarına, tek nükleotid polimorfizmlerinin ve metilasyon desenlerinde meydana gelen anomalilerin tespit edilmesinden, hastalıkların gelişimlerinin incelenmesi ve hatta ilaç hedeflerinin belirlenmesine kadar pek çok konuda yardımcı olmaktadır.