Sarah Connor'ın (Linda Hamilton) Skynet tarafından gelecekten gönderilen Terminator'ün elinden kurtulmasından on yıl kadar sonra bu kez T-1000 (Robert Patrick) modeli yeni birTerminator, insan direnişçilerin gelecekteki lideri ve Sarah'nın oğlu John Connor'ı hedef alır. Ölümcül T-1000, kendini istediği şekle sokabildiği için yok edilmesi neredeyse imkansız bir düşmandır. İnsanlığın geri kalanını yok etmekle görevlendirilen Terminator'lerin varlığından haberdar tek insan olan Sarah ise bir akıl hastanesine kapatılmıştır. Direnişçiler geçmişe T-800 modeli (Arnold Schwarzenegger) bir Terminator göndermeyi başarırlar. T-800'ün görevi, Sarah'yı akıl hastanesinden kaçırmak ve John'u T-1000'den korumaktır. Özgürlüğüne kavuşan ve yanına T-800 ile John'u da alan Sarah'nın tek amacı, gelecekte dünyayı kontrolü altına alacak bir yapay zeka sistemini geliştirecek olan Cyberdyne firmasının en önemli bilim adamlarından Miles Dyson'ı, gelecekteki felaketleri önlemek için keşiflerini yok etmeye ikna etmektir.