Erdoğan Karakuş Fethiye’de doğdu. İlk ve orta öğrenimini Fethiye’de tamamladıktan sonra, Hava Askeri Lisesini ve Hava Harp Okulunu bitirdi. Karakuş, Hava Harp Okulundan sonra başladığı uçuş okulunu 1966 yılında bitirip jet pilotu olarak Eskişehir’e atandı. Eskişehir’de eğitim hayatını sürdüren Karakuş, Eskişehir İktisadi Ticari İlimler Akademisinin İşletme ve Muhasebe Bölümünden 1971 yılında mezun oldu. Karakuş; 1974 yılında Hava Harp Akademisini kazanıp, 1976 yılında kurmay subay olarak mezun oldu. Ardından 1979-1980 yılında Silahlı Kuvvetler Akademisini bitirdi. Karakuş, 1984-1985 eğitim yılında ABD’de en üst düzey askeri eğitim merkezi olan Hava Harp Kolejinden mezun oldu.
Karakuş, Hava Kuvvetleri Komutanlığı’nda değişik görevlerin yanı sıra filo komutanlığı görevlerinde ve üs komutanlığı görevlerinde bulundu. 1985-1988 yılları arasında Hava Harp Akademisinde Öğretim üyeliği de yapan Karakuş, 1990 yılında Londra Askeri Ateşeliği görevini yaptı. Ayrıca, Türk Hava Kurumu Genel Başkanlığı ve Hava Lojistik Komutanlığı görevlerini yapmış olan Karakuş halen Genelkurmay Askeri Tarih ve Stratejik Etüt Başkanı olarak Korgeneral rütbesi ile görev yapıyor.