Jennifer Morrison, 12 Nisan 1979’da Chicago, Amerika’da dünyaya geldi. Bir öğretmen olan David Morrison ve Judy Morrison'ın 3 çocuğunun en büyüğüydü, Julia ve Daniel adlı 2 kardeşi vardı. Prospect Lisesi'nden 1997’de mezun oldu, burada okul bandosunda klarnet çalıyor, koroda şarkı söylüyordu ve aynı zamanda da bir amigo kızdı. Liseyi bitirdikten sonra Loyola Üniversitesi'nde tiyatro bölümünde okudu, İngiliz Dili'nde de yan dal yaptı. Aynı zamanda da Steppenwolf Tiyatrosu'nda çalışıp, oyunculuk dersleri aldı. Üniversiteyi bitirdikten sonra kariyerini sinema ve televizyonda sürdürebilmek için Los Angeles’a taşınma kararı aldı.
Morrison, kariyerine çocukluk yıllarında bir model olarak başladı. Önemli markaların reklamlarında boy gösterdi. 10 yaşındayken Sports Illustrated dergisinin çocuk sayısının kapağında Michael Jordan’la birlikte poz verdi.
Film kariyerinin başlangıcı ise 15 yaşındayken gerçekleşti; Intersection (1994) adlı filmde Richard Gere ve Sharon Stone’un kızını canlandırdı. Daha sonra Miracle on 34th Street (1994) filminde ve Kevin Bacon’la birlikte 'Stir of Echoes'da (1999) rol aldı. İlk başrolünü 2000 yılında aldı; Urban Legends: Final Cut. Daha sonra The Zeroes (2001), Big Shot: Confessions of a Campus Bookie (2002), Nantucket (2002), Girl Fever (2002) ve Design (2003) geldi. Bu yapımlar dışında Adam Brody’yle Grind'de (2003), Ben Affleck’le Surviving Christmas'ta (2004), Brad Pitt ve Angelina Jolie ile Mr. and Mrs. Smith'te (2005) rol aldı.
Morrison, sinema filmleri dışında televizyon dizilerinde de rol aldı. Bunlar; Touched by an Angel, Dawson’s Creek, Any Day Now ve The Random Years idi. Ancak bu yapımların hiçbiri uzun süreli roller değildi, oyuncu bu dizilerin sadece bir, en fazla 2 bölümünde rol almıştı.
Morrison’ın ana kadrosunda olduğu ilk televizyon dizisi, 2004 yılında yayına başlayan House oldu. Bu yapımda Dr. Allison Cameron karakterini canlandıran oyuncunun başarı grafiği, dizinin tüm dünyaya yayılan ünüyle birlikte artmaya başladı. 2012'ye kadar bu rolü sürdürdü. Morrison aynı zamanda Nick Lachey'nin Shut Up, The Donnas grubunun Too Bad About Your Girl ve Jack’s Mannequin’in Dark Blue adlı parçalarının video kliplerinde oynadı.
2006'da gösterime giren Flourish filminde Jesse Spencer'la birlikte rol aldı. 2009'da Star Trek filminde Winona rolünde oynadı. How I Met Your Mother dizisinde Zoey Pierson adlı yan karakteri canlandıran Morrison, 2011'de başlayan Once Upon A Time dizisindeki Emma Swan karakteriyle ününü iyice artırdı. 2017 yapımı Amityville: The Awakening adlı korku filminde de Candice rolünde oynadı.
2000'li yıllarda House'dan rol arkadaşı Jesse Spencer ile birliktelik yaşayan, 2006'da nişanlanan Morrison, 2007'de Spencer'la yollarını ayırma kararı aldı. Daha sonra bir başka oyuncu Sebastian Stan ile birliktelik yaşamıştır.