Japonya’da köpek nüfusu gittikçe artış göstermektedir ve bununla beraber köpek gribi salgını da çoğalmış ve iyice yayılmıştır. İnsanları bu salgından korumak için köpeklerin karantina altına alınmasına karar verilir ve köpekler çöple dolu olan bir adaya gönderilir. Köpek Adasında Spots adında adaya bırakılmış olan bir köpeği bulmak için Atari Kobayashi adındaki 12 yaşında olan küçük bir çocuk tüm cesareti ile adanın yolunu tutar. Atari’nin Spots’u bulmasına adada bulunan diğer köpekler de yardım eder ve bunu yetkililerden gizlemek için gerekeni yaparlar.