Alexis Ajinça profesyonel kariyerine 2006 yılında 18 yaşında Fransız takımı Pau-Orthez kulübünde başladı. İlk sezonunda çok az dakika bulabilen oyuncu maç başına 1 sayı ortalaması ile oynayıp kötü bir yıl geçirdi.
Ajinça 2007 yılında Hyères-Toulon takımına transfer oldu ve 2007-08 sezonunda biraz daha dakika alma şansı buldu maç başına 5.0 sayı 3.1 ribaunt ortalamalarıyla oynadı. Uzun boyu ribaunt konularındaki beceriliği ve topu pota altında aldığı zaman bitiriciliğiyle dikkat çeken Fransız pivot 2008 NBA Seçmeleri'ne katılıp 20. sıradan Charlotte Bobcats tarafından seçildi.
Ajinça daha sonra Bobcats takımıyla 2 yıllık sözleşme imzaladı ve ilk sezonunda pekte açıcı olmayan ortalamalar yakaladı 2008-09 sezonunda çıktığı 31 NBA maçında maç başına 5.9 dakika süre alıp 2.3 sayı 1.0 ribaunt ortalamaları ile oynadı. Fransız dev Pivot oyuncu Sioux Falls Skyforce takımında kiralık olarak geçirdi ve burda maç başına 11.9 sayı ortalaması ile oynadı.
2009-10 sezonunda NBA'de sadece 6 maçta forma giyebildi ve Charlotte takımının formasıyla o maçlardada 1.7 sayı 1.0 ribaunt ortalamalarıyla oynadı. Ajinça 2009-10 sezonunun tamamını neredeyse Maine Red Claws takımında kiralık olarak geçirdi ve burda çıktığı 24 maçta 16.4 sayı 7.4 ribaunt ortalamaları ile başarılı bir performans sergiledi.
2010-11 sezonunda FransızPivot13 Temmuz, 2010 tarihinde Tyson Chandler, Erick Dampier, Matt Carroll, Eduardo Najera, ile birlikte Dallas Mavericks takımına takas edilmiştir. Ajinça Mavericks formasıyla sezonu maç başına 7.5 dakika süre alıp 2.9 sayı 1.7 ribaunt ortalamalarıyla oynayarak kötü bir sezon ilk yarısı geçirmiştir.
Ajinça'nın 3 yıllık bir NBA kariyeri olmasına rağmen 2013 yılından önce hiç milli takımı tarafından çağrılmamıştır. Nihayet 2012-13 yılında gösterdiği harika performansıylan EuroBasket 2013'te mücadele edicek Fransa Milli Basketbol Takımı kadrosuna çağrıldı. Ajinça turnuvada takımıylan birlikte altın madalya kazanma başarısı gösterdi ve oda turnuvada çıktığı 11 maçta maç başına 9.1 sayı 7.0 ribaunt ile kendisinden beklenen katkıyı verdi.