Mehmet Eymür, 1943 yılında İstanbul'da doğdu. 1970'lerde, THKP-C üyesi Ulaş Bardakçı'nın İstanbul'da, Mahir Çayan ve arkadaşlarının Kızıldere'de etkisiz hale getirildiği operasyonlarda görev aldı.
1983 yılında, MİT Kaçakçılık Şubesi'nin başına müdür olarak atandı ve Emniyet Kaçakçılık ve Harekât Dairesi Başkanı Atilla Aytek ile birlikte ünlü ‘Babalar Operasyonu'na imza attı.
Silah kaçakçılığına yönelik çalışmaları ve uluslararası operasyonlardaki rolü ile bilinen Eymür, 1988'de eski Genelkurmay Başkanı Necdet Üruğ, Ünal Erkan ve Mehmet Ağar'ı hedef alan bir MİT raporu hazırladıktan sonra kurumdan ayrıldı.
Mehmet Eymür, kısa bir süre sonra MİT'e geri döndü ve 1995'te Kontrterör Daire Başkanı olarak görev yaptı.
1997 yılında Washington'a gönderildi ve bir yıl sonra Türkiye'ye çağrıldı. MİT'ten ayrıldıktan sonra Şeker Fabrikası'na atandı ve bu atamaya karşı dava açtı.
Emekli olduktan sonra ABD'ye taşındı ve "atin.org" isimli bir internet sitesi kurdu. 2002'de Türkiye'ye döndükten sonra Ergenekon operasyonları sırasında hakkında gözaltı kararı çıkarılan Eymür, 81 yaşında İstanbul’da hayatını kaybetti.