17 Ağustos 2004: MGK Genel Sekreterliği'ne İlk Sivil Genel Sekreterin Atanması
Milli Güvenlik Kurulu Genel Sekreterliği'ne Büyükelçi Yiğit Alpogan atandı. Alpogan, MGK'nın ilk sivil genel sekreteri oldu.Millî Güvenlik Kurulu, 1960 Darbecileri tarafından 1961 Anayasası'na göre Millî Güvenlik Kurulu ve Millî Güvenlik Kurulu Genel Sekreterliği adıyla dahil edilmişti.
Darbeci subayların hayati bulduğu noktalarda kontrolünü sürdürebilmesinin yollarından biri de anayasal yetkilerle donatılmış ve askerin hakim olduğu resmi kurumların oluşturulmasını sağlamaktır. Bunun en tipik örneğini, 1960 darbesi sonrasında Milli Birlik Komitesi tarafından hazırlatılmış olan 1961 Anayasası ile “Milli Güvenlik Kurulunun kurulması oluşturmaktadır.
Darbe Anayasasının 111. maddesine göre, "Milli Güvenlik Kurulu, kanunun gösterdiği Bakanlar ile Genelkurmay Başkanı ve Kuvvet Temsilcilerinden kuruludur. Milli Güvenlik Kurulu'na Cumhurbaşkanı başkanlık eder; bulunmadığı zaman, bu görevi Başbakan yapar. Milli Güvenlik Kurulu, Milli Güvenlik ile ilgili kararların alınmasında ve koordinasyonun sağlanmasında yardımcılık etmek üzere gerekli temel görüşleri Bakanlar Kurulu'na bildirir.
"Milli Güvenlik Kurulunun varlığı ülkemizde sivil iradeyi askeri iradeye bağlı kılma yönünde atılan önemli bir adımdır.Milli Güvenlik Kurulu Genel Sekreterliğinin oluşturulması, asker için en önemli çıkış garantisini teşkil etmekteydi. Asker, yönetimi sivillere bıraksa dahi, onu kontrol altında tutmaya devam edebilmektedir” (Dursun ve Yurttaş, 2006: 225-226).
1960 Darbesinden sonra kendi halkına karşı görev yapmaya ayarlı bu kurum, sürekli askeri vesayetin devamı için topluma karşı psikolojik harp planları uygulamış, özellikle 28 Şubat 1997 Darbesine zemin hazırlayan kurumlardan biri olmuştu.
MGK rejimi, sosyal, ekonomik ve siyasal yapıların bütün veçhelerini etkileyecek altı yüzden fazla kanun çıkarmıştır (siyasal partiler, sendikalar, dernekler, kamusal meslek örgütleri, üniversiteler, radyo ve televizyonlar, yerel yönetimler, yargı teşkilatı ve olağanüstü rejimlerle ilgili kanunlar dahil olmak üzere). MGK rejimi, nispeten kısa süresi hariç bazı yönlerden, Latin Amerika ve diğer ülkelerde görülen bürokratik otoriter askeri rejimleri hatırlatmaktadır.
Türkiye'nin siyasi rejimini Batı demokrasilerinden en belirgin biçimde ayıran özelliklerinden biri de budur. “Bu nedenle, 27 Mayıs sonrasında kurulmaya başlayan, 12 Eylül'de pekiştirilen milli güvenlik devleti Millet-i Müselleha anlayışının dolayısıyla, Prusya etkisinin günümüze kadar uzanan izlerinden birisi olarak görülebilir” (Gencer, 2010: 221).