Avrupa’da, 16. yüzyılın ilk yarısında Protestan Reformu, Roma Katolik Kilisesi’ne ciddi şekilde meydan okudu. Martin Luther, 1517’de kilisenin yolsuzluğu için “95 Tezlerini” duyurmadan önce, neredeyse tüm Avrupalılar Katolik Kilisesi’ne bağlı inançtaydı. Luther’in kiliseyle ilgili eleştirisi başlı başına yeni bir mezhep haline gelmişti. Katolik Kilisesi cevap vermeye zorlandı ve Karşı Reformasyon olarak bilinen bir dönem boyunca bunu çeşitli şekillerde yaptı.
Katolik Kilisesi’nin Reformu
Katolik Kilisesi, bazı Protestan eleştirilerinin geçerli olduğunu kabul etti ve 1545-1563 yılları arasında yapılan Trent Konseyi’nin oturumları bu sorunları çözmeyi amaçladı. Konsey, bağışlanma satışlarının yanı sıra, müsamaha satışı gibi konular da dahil olmak üzere kiliseyi rahatsız eden bazı yolsuzluklara baktı. Hangi zengin insanların günahları için bağışlama alabilecekleri konuları gibi.
Yeni Katolik Organizasyonlar (Cemaatler)
Katolik Kilisesi tarafından Reform’a verilen tepkilerin bir parçası olarak yeni örgütler kuruldu. Bazıları, üyelerinin maneviyatını geliştirmeye ve iyi işleri teşvik etmeye odaklanan, İtalyan merkezli İlahi Sevgi Işığı gibi, bu tarz organizasyonlar hem din adamlarına hem de insanlara açıktı. Diğer örgütler yalnızca din adamlarına açık, tamamen dini topluluklardı. Önemli bir örnek, 1540 yılında Katolik inançlarını yaymak için kurulan Cizvitler Cemiyetidir. Cizvitler insanları inanca getirmek için dünya genelinde Katolik okullar ve kolejler oluşturmaktan sorumluydu.
Askeri güç
Askeri güç kullanımı, Katolik krallar ve prensler Protestan hükümdarlarının topraklarını ele geçirmek ve aynı zamanda kendi mülklerini büyütmek istediklerinde Reformda seküler tepkimenin bir parçası haline geldi. Fransa Kralı ve Kutsal Roma İmparatoru Charles V tarafından desteklenen İspanya Kralı II. Filip, ufak Protestan prensliklerine karşı (bugün Belçika ve Hollanda) ve İngiltere’de Protestanlara karşı savaşta başarısız oldu. İngiltere’nin Protestan Kraliçesi Elizabeth, 1588 yılında İngiltere’yi işgal etmek için başlatılan 122 gemiden oluşan büyük orduyu İngiliz donanmasıyla yenip işgali durdurmuş oldu.
Roma Engizisyonu
Papa Paul III, teolojik düşünce ile ilgili akademik meseleleri ele almak için 1542’de Roma Engizisyonunu kurdu. 1559’da Engizisyon, ilk Yasak Kitaplar Dizini’ni yayınladı; etkili bir şekilde katoliklerin kilisenin heretical (heretik) yazı olarak kabul ettiği inançlara maruz kalmasını önlemeye çalıştı. Engizisyon ayrıca kilisenin kurallarını çiğnemiş sayılan insanları da yargılayarak suçlu bulunanları ölümüne mahkum etme yetkisine sahipti. Tarihçi Francisco Bethencourt, Roma Engizisyonunun amaçlarına ulaştığına inanmaktadır. 1580 yılına kadar İtalya’da Protestan direnişi ortadan kaldırıldı ve kilisenin kurallarına göre faaliyet gösteren diğer gruplar oluşturuldu.