Boston'da bulunan Brigham&Women's Hastanesi (BWH) bilimcilerinin liderliğindeki bir araştırma ekibi, aksolot semenderinin çeşitli dokularındaki her bir etkin geni gösteren bir katalog hazırladı. Transkriptom olarak adlandırılan bu katalog, aksolotlar üzerinde çalışan kişiler için önemli bir kaynak olacak.
Aksolotlar, hasar gören hatta kopan uzuvlarını yeniden büyütebilmeleri ile ünlü hayvanlar ve uzuv kaybeden insanlara umut olacak araştırmaların odağında yer alıyorlar. Ancak onlar hakkındaki genomik kaynaklar şu anda çok az. Bunun nedenlerinden biri, bu semender türünün genomunun büyüklüğü ve çokça yinelemeli doğası olsa gerek. Aksolot genomu, insan genomundan yaklaşık 10 kat daha büyük. Neyse ki, genomik dizilemede ve biyoenformatikte kaydedilen gelişmeler sayesinde, araştırmacılar aksolot genlerini tanımlayıp incelemek için alternatif bir yol buldu: Transkriptomlar.
"Bu yeni kaynak sayesinde, hem aksolot üzerinde çalışan araştırmacılar için, hem de bu organizmayı incelemeye başlamak isteyen diğer dallardaki bilimciler için aksolotların daha erişilebilir olmasını umuyoruz. Ne yazık ki, aksolot şimdiye dek bilimcilerin çoğunluğu için büyük ölçüde incelenmesi olanaksız bir konuydu," diyor BWH Ortopedi Bölümü'nden Dr.Jessica Whited. Bu amaçla ekip, ellerindeki veriyi bir web portalı aracılığıyla araştırmacılara açtı.
Son birkaç yıl içinde, bir avuç dolusu aksolot transkriptomu araştırması yayımlanmıştı. Bu son çalışmayı farklı kılan ise temsil edilen genler açısından ve uzuv rejenerasyonu ile ilgili kapsadığı doku çeşitliliği (kemik, kıkırdak, iskelet kası, kalo ve kan damarları dahil) bakımından neredeyse eksiksiz olması. Araştırmacılar ayrıca değişik blastema (uzuv kaybından hemen sonra oluşan ve yepyeni bir uzvun oluşumunu yöneten hücre kümeleri) kısımlarını da eklemiş.
Bu değerli kaynağı geliştirmenin yanı sıra, Dr.Whited ve çalışma arkadaşları önemli aksolot genlerini gün yüzüne çıkarmak ve genlerin potansiyel işlevlerini incelemek için de çalışıyor. İlgilerini çeken genlerden biri kazald1. Bu gen blastema hücrelerinde yüksek düzeyde zenginleştirilmiş. Memelilerde de bulunmasına ve hatta bazı tümör tiplerinde görülmesine rağmen, kazald1'in işlevi hakkında neredeyse hiçbir şey bilinmiyordu.Aksolotun nispeten uzun olan nesil süresi nedeniyle (döllenmiş embriyonun gelişimi, büyümesi ve çiftleşebilir duruma gelişi 9 ay alır), geleneksel yöntemin (geni silip, etkilerini anlamak) büyük ölçekli olarak uygulanması güçleşiyordu. Dolayısıyla makalenin baş yazarı olan lisansüstü öğrencisi Donald Bryant, sadece aksolot uzvundaki genleri düzenlemek (modifiye etmek) için yenilikçi bir yaklaşım geliştirdi. İleride yöntemin veriminin arttırılması umuluyor.
- EurekAlert, "New genomic tool for salamander biology could spur deeper understanding of tissue regeneration" https://www.eurekalert.org/pub_releases/2017-01/bawh-ngt011317.php
- Bryant DM et al. "A tissue-mapped axolotl de novo transcriptome enables identification of limb regeneration factors." Cell Reports. http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2016.12.063
Dilediğiniz miktarda aylık veya tek seferlik bağış yapabilirsiniz.Destek Ol