Klinik çalışmaya başlamadan önce araştırma ekibi bir araştırma planı oluşturur. Araştırma planı aynı zamanda “protokol” olarak adlandırılır. Protokolde aşağıdaki konular tanımlanır:
- Çalışmanın uzunluğu,
- Çalışmaya katılabilecek ya da katılamayacak kişilere dair kurallar,
- Test, prosedür, ilaç ve dozajlara ilişkin plan,
- Araştırmacıların tedavi hakkında toplamak istedikleri bilgiler.
Klinik çalışmanın yapıldığı her lokasyona bir araştırma ekibi yönlendirilir. Araştırma ekibinde genellikle doktorlar, hemşireler ve diğer sağlık meslek mensupları yer alabilir.
Çalışma hastalığı olan insanların katılımı açısından güvenli olmasını sağlamak üzere genellikle bağımsız bir grup bilim insanı ve diğer profesyoneller tarafından değerlendirilmektedir. Protokol onaylandığında klinik çalışma başlayabilir ve katılımcılar katılabilir.
Klinik çalışma sırasında katılımcılar protokole göre tedavi görmekte ve testler yaptırmaktadır. Bazı çalışmalarda yeni bir tedavi ile daha önce mevcut olan standart bir tedavi karşılaştırılır. Diğer çalışmalarda tedavi ile bir plasebo karşılaştırılır. Plasebo bir tedaviye benzer ancak içerisinde herhangi bir ilaç bulunmaz. Bazı çalışmalar, herhangi bir karşılaştırma yapılmaksızın sadece bir tedaviyi incelemektedir. Araştırma ekibi çalışma sırasında katılımcılardan bilgileri toplar. Bu bilgiler çalışmada kullanılan tedavilerin ne kadar güvenli ve etkili olduğunun bulunmasına yardımcı olur.
Klinik çalışmalar hastaneler, üniversiteler, muayenehaneler veya sağlık ocakları gibi birçok lokasyonda gerçekleştirilebilir.