Balyoz davası ile ilgili yürütülen soruşturma kapsamında şüpheli olarak gözaltındıktan sonra çıkarıldığı mahkemece tutuklanarak cezaevine gönderildi.
Mehmet Baransu'nun Emniyet ifadesinde, savcılığın Genelkurmay Başkanlığı'na sorduğu soruya da yer verildi. Savcılığa Baransu tarafından teslim edilen belgeler arasında "gizli belge" olup olmadığı yönündeki soruya Genelkurmay, belgeler arasında Egemen Harekat Planı'nın da bulunduğu 118 adet 'çok gizli' belge bulunduğunu belirtti. Genelkurmay'ın ayrıca, 11 ve 17 no'lu CD'ler içerisinde yer alan Balyoz, Suga, Çarşaf vb. isimlerle hazırlanmış olanların ise TSK'ya ait belgeler olmadığı yanıtını verdiği öğrenildi.
Mehmet Baransu'nun, ifadesinde, ismini bilmediğini iddia ettiği kişiden aldığı belgelerin orijinallerini savcılığa teslim ettiğini anlatarak, "Ben ve gazetede belgeleri inceleyen hiçbir arkadaş orijinal belgeleri imha etmedik. Bu orijinal belgeleri devlete teslim ettim. Bu belgelerin orijinallerinin hepsi mahkemede. Biz gazetedeki bütün kopya CD'leri imha ettik" dediği öğrenildi.
Kendisine yöneltilen suçlamaları kabul etmeyen Baransu, "Devletin güvenliğini ilişkin belgeleri tahrip etme, amacı dışında kullanma, hile ile alma, çalma" ve "Devletin güvenliğine ilişkin gizli belgeleri temin etme" suçlarından tutuklanarak Metris Cezaevi'ne konuldu.