Sultan İkinci Selim 28 Mayıs 1524'de İstanbul'da doğdu. Babası Kanuni Sultan Süleyman, annesi Hürrem Sultan. Şehzadeliğinde mükemmel bir tahsil ve terbiye ile yetiştirildi. Devlet idaresini iyice öğrenmek için de Anadolu'nun çeşitli yerlerinde sancakbeyliği yaptı. Bu sırada tahsiline devam ederek, ilim ve tecrübesini arttırdı.
Sultan İkinci Selim, babası Kanuni Sultan Süleyman'dan 14. 892.000 km. kare olarak devraldığı İmparatorluk topraklarını, oğlu Sultan Üçüncü Murad'a 15.162.000 km. kare olarak bıraktı.
Babasının saltanatı sırasında diğer kardeşleri Şehzade Bayezid ve Şehzade Mustafa'nın bertaraf edilmesiyle kolayca tahta geçen Sultan İkinci Selim, adını aldığı dedesi Yavuz Sultan Selim ve babası Kanuni'ye göre oldukça silik bir idare sergilemiştir. Sokullu Mehmed Paşa devrin büyük devlet adamları sayesinde Osmanlı Devleti ihtişamını sürdürdü .
Sarı Selim olarak da anılan II. Selim, Kütahya sancakbeyi iken aldığı, babası Cihan padişahı Kanuni Sultan Süleyman'ın ölüm haberi üzerine İstanbul'a gelerek, 30 Eylül 1566 günü 42 yaşında iken tahta geçti.
1568 yılında vergilerini düzenli ödemeyen ve fırsat buldukça Osmanlı kuvvetlerine saldıran Cenevizlilerden Piyale Paşa komutasında gönderilen bir donanmayla Sakız Adası alındı. Piyale Paşa vezirliğe atandı.
1569 yılında Endonezya üzerine sefer düzenlendi.
1570 yılında Yemen'de çıkan ayaklanma bastırıldı.
1570 yılının Ekim ayında Kıbrıs'taki irili ufaklı tüm şehirler alınmasına rağmen Kıbrıs'ın en önemli kentlerinden olan Magosa henüz alınamamıştı. Lala Mustafa Paşa komutasındaki Osmanlı birlikleri yardımcı birliklerin de gelmesiyle, Magosa kalesini karadan ve denizden kuşatmaya başladı. Yaklaşık bir yıl süren kuşatmadan sonra 4 Ağustos 1571 tarihinde Magosa da teslim olmak zorunda kaldı Adaya Türkler yerleştirildi.
Kıbrıs'ın alınması Avrupa'da bir Haçlı donanmasının hazırlanmasına neden oldu ve Kaptan-ı Derya Ali Paşa, Pertev Paşa ve Uluç Ali Paşa'nın öncülüğündeki Osmanlı donanmasıyla Haçlılar 7 Ekim 1571'de Mora'nın kuzey, Orta-Yunanistan ile Karlıeli'nin güney kapılarında bulunan İnebahtı körfezinde karşılaştı Şiddetli çarpışmalardan sonra Kaptan-ı Derya Ali Paşa ve beraberindekiler şehit düştü.
Osmanlı donanması beklemediği bir darbe aldı ve çok sayıda gemisi batırıldı. Savaşta büyük başarılar göstererek gemilerini kurtarmayı başaran Uluç Ali Paşa Sokullu Mehmed Paşa tarafından, Kaptan-ı Deryalığa getirildi.
1574 yılında Osmanlılar Uluç Ali Paşa komutasındaki yeni hazırlanmış donanma ile Akdeniz'e indi. Venedikliler barış istediler. Ayrıca Tunus kıyılarında bazı bölgeler fethedildi.
Sultan İkinci Selim'in kendisi 8 yıl padişahlık süresi boyunca hiç sefere çıkmadı ve 15 Aralık 1574 günü vefat etti. Ayasofya'ya defnedildi. Sultan İkinci Selim İstanbul'da ölen ilk Osmanlı Padişahı oldu.