Tetsuro dünyaya döneli iki yıl olmuştur ve artık insanlar ile makine-insanlar arasındaki savaş yüzünden dünya tam anlamıyla bir harabe haline dönüşmüştür. Bir haberci tarafından getirilen bir ses vericisi ile Tetsuro yeniden Galaxy Express 999a çağrılır. Maetalin çağrısını alan Tetsuro ne pahasına olursa olsun Galaxy Express 999a ulaşmanın bir yolunu bulacaktır. Çünkü sonunda Maetele ulaşacağını bilmektedir.