MERSİS yasal dayanağını 6102 sayılı Türk Ticaret Kanunu’nun 24/2, 26, 1525, 1526, 1527 sayılı maddelerinden almaktadır. Bir çok veritabanını birbirine bağlayıp kayıt dışı vergi ile mücadele için kurulmuş olup bunun yanında şirketler için kontrol amacı adına MERSİS projesi tasarlanmıştır. Bunun yanında internet üzerinde yani bilgisayar desteği ile de şirketin şubeleri açılmakta olup aynı zamanda kapatılabilmektedir.