Başlangıçta yalnızca folklor ve efsane olduğu düşünülen “gerçek sihir”in dünya çapında yaygın bir teknoloji haline gelmesinin üzerinden bir yüzyıl geçti. Japonya’daki dokuz büyü akademisinden biri olan First National Magic University Bağlı Lisesi (First High), iki yetenekli kardeşi (Miyuki ve Tatsuya Shiba) akademiye kabul ediyor. First High, öğrencilerini giriş sınavı puanlarına göre Kurs 1 ve Kurs 2 olmak üzere iki gruba ayırır. Bu, Kurs 2 öğrencileri için, kendilerine alternatif olarak “Çiçekler” diyen Kurs 1 öğrencileri tarafından “Yabancı Otlar” olarak etiketlendiklerinden bariz bir küçümsemeye neden olur.
Tatsuya, Kurs 2’ye kabul edilirken, kız kardeşi Miyuki, Kurs 1’e onur öğrencisi olarak katılır. Miyuki, First High’a erkek kardeşinin beceriksiz olarak etiketlenmesine rağmen, dünyanın en iyi sihirbazları arasında olduğunu göstermek istiyor.
Mahouka Koukou no Yuutousei , Mahouka Koukou no Rettousei’nin hikayesini Miyuki ve diğer kadın karakterlerin bakış açısından yeniden anlatıyor.