Bu üretim süreçlerinin yüksek basınç ve ısıya maruz kalarak gerçekleştirildiği ve böylece yoğun enerji ve sıklıkla asitler ya da çözücülerin kullanıldığı kimyaya göre önemli bir farktır. Mikroorganizmaların metabolik oranları nispeten düşük olduğundan onlar için metabolik işlemin optimal çalışmasına izin verecek bir ortam yaratmak gereklidir. Bu koşulların bazıları çok özeldir, aralıklı veya sürekli çalıştırılabilen biyoreaktörlerden (fermentörler), oluşturulur.