Aigai ören yerine ilişkin ilk çalışmalar Fransız araştırmacılar tarafından yürütülmüştür. Kentteki ilk araştırma 1881 yılında S. Reinach tarafından gerçekleştirilmiştir. Reinach, Nemrut Kalesi’ndeki yerleşmenin ilk kez kendisi ve W.M. Ramsay tarafından incelendiğinin söylemektedir. Kentteki ilk kazı çalışmaları ise 1882 yılının yaz ayında Fransız araştırmacı M.A. Clerc tarafından gerçekleştirilmiştir. Clerc, nekropolis alanında yürüttüğü kazı çalışmalarında 450 adet mezar açtığını ifade etmektedir. Mezarlarda ele geçen buluntular Louvre Müzesi’nde korunmaktadır. M.A. Clerc’in gerçekleştirdiği kazıların nekropolis ile sınırlı olmadığı, çalışmalar kapsamında Agora dükkânlarından birinin de boşaltıldığı anlaşılmaktadır. S. Reinach’ın anlatımlarından anlaşıldığı üzere, M.A. Clerc’in nekropolis kazılarını gerçekleştirdiği 1882 yazında, Hamdi Bey (Osman Hamdi Bey) ile birlikte Pergamon’dan Aigai’ye ziyarete gitmişlerdir.
Kentteki en kapsamlı çalışmalar Pergamon kazısı üyesi olan R. Bohn ve C. Schuchhardt tarafından gerçekleştirilmiştir. Bohn ve Schuchhardt tarafından 1886 yılının yaz ayında (9-30 Temmuz) gerçekleştirilen çalışmalar kapsamında kentin topografik haritası çıkarılmış, ayaktaki yapıların planları çizilmiş ve antik kalıntılar fotoğraflanmıştır. Daha sonrasında, gerçekleştirilen çalışmalara ilişkin olarak, 1889 yılında orijinal adı “Altertümer von Äigäi” olan kitap yayınlanmıştır. Aigai antik kentindeki son dönem kazıları, 2004 yılından 2018 yılına kadar Ege Üniversitesi, Arkeoloji Bölümü’nden Prof. Dr. Ersin Doğer başkanlığındaki ekip tarafından yürütülmüştür. 2018 yılından itibaren Aigai Antik Kenti Kazıları Manisa Celal Bayar Üniversitesi'nden Doç. Dr. Yusuf Sezgin'in başkanlığında yürütülmektedir.