Endonezyanın tarihi hakkında bilinen en eski bilgiler, 4-5 bin yıl kadar önce, Malaysiadan halkın gelip yerleştikleri hakkındadır. Eski çağlardan beri ülkenin üzerinde bulunduğu adaların deniz ticaretinde ehemmiyeti çok büyük olmuştur. Bu sebepten, halk genellikle denizci veya tüccardı. Tarih çağlarında ülke, Çin, Hindistan, İran ve Bizans İmparatorluğunun deniz ticaret yolu idi. Halen bu özelliğini muhafaza etmektedir.
Eski çağlarda ticaret gemileri buraya uğrar, baharat, reçine ve değerli kereste alırlardı. Ticaretteki bu ehemmiyeti sebepiyle, dünyanın çeşitli yerlerinden Endonezyaya gelip yerleşen insanlar ülkede yeni fikir ve geleneklerin yerleşmesine sebep olmuşlardı. Miladın ilk yıllarına kadar halk aşiretler halinde yaşıyorlardı. Bu zamanda artan Hint tesiri neticesinde halk arasında Allahü tealanın emrettiği hakiki yol olmayan, putperestlik, Budizm ve Hindu dinleri yayıldı.
Bu devirlerde ülkede aşiret idareleri krallık haline geldi. Öyle ki her ada ayrı bir krallıktı. Yedinci ve on üçüncü asırlara kadar bölgenin en güçlü krallıkları, Sumatra ve Java krallıkları idi. Güçlü olmalarının bir neticesi olarak da bölge ticaretine hakimdiler. On ikinci ve on beşinci asırlarda Hindistan ve Malaysiadan ticaret için buraya gelen Müslüman tacirler hak din olan İslamiyetin yayılmasına vesile olmuşlardı. Halk İslamiyeti hiçbir zorlama olmaksızın kabul edip benimsemişti. Bundan dolayı daİslamiyet, Endonezyada süratle yayıldı.
Avrupanın sömürgecilik zihniyeti, Endonezyayı 1511 senesinde yakaladı. Bu sene Portekiz Malakkayı işgal etti. Bundan sonra İspanya, Hollanda ve İngilizler ülkeyi istila ettiler. Bu devletler Endonezyayı sömürmenin yanısıra Hindistanı da sömürgelerine katmak için üs olarak kullanmakta idiler. On altıncı asrın sonlarında Hollandalılar, Doğu Hindistan, Java ve Molukda kurdukları şirketlerle bölge ticaretini ele geçirdiler. Bunun yanısıra Cakartaya üs kurmalarıyla Hollandinın bölgedeki nüfusu arttı.
Diğer sömürgeci devletlerin anlaşmaları neticesinde 18. asrın sonlarında Hollandaülkeyi tam manasıyla tek başına ve insafsızca kendi menfaatine kullanmaya başladı. 1900lü senelerin başlarından itibaren gün geçtikçe antiemperyalist fikirlerin kuvvetlenmesi sonucu Hollanda sömürgeciliğine karşı, milliyetçilik ve bağımsızlık mücadelesi fiilen başladı. Bu mücadelenin önde gelen liderlerinden Ahmed Sukarno 1927de kurulan Milliyetçi Partinin başkanı oldu. Endonezya halkının başlattıkları ve her geçen gün kuvvet kazanan bağımsızlık mücadelesi karşısında Hollanda endişeye düştü.
Halk tamamen Hollandalı sömürgecilerin menfaatleri doğrultusunda yönetilmekteydi. Milliyetçilik ve bağımsızlık hareketlerini yatıştırmak ve sömürgeciliğini devam ettirmek için Hollanda siyasi bir oyun olarak yerli halka idarede kısmen iştirak hakkı tanıdı. Bu oyuna kanmayıp tam bir bağımsızlık isteyen halkın mücadelesi çok kanlı bir şekilde bastırılmaya çalışıldı.
Mücadelenin liderlerinden Ahmed Sukarno ve arkadaşları yakalanarak sürgüne gönderildi. İkinci Dünya Savaşında Japonya, Endonezyayı işgal etti. Siyasi olarak Japonlar ülke halkının Hollandalılara karşı yaptıkları bağımsızlık mücadelesini desteklediler. Japonlar, milliyetçilerin hükümet kurmalarına müsaade etti.
17 Ağustos 1945te Japonların teslim olmalarıyla Endonezyada Ahmed Sukarno başkanlığında bir hükümet kurularak bağımsızlıklarını ilan ettiler. Hollanda, Endonezyanın bağımsızlığını tanımadı. Endonezya ve Hollanda arasında bu sebepten başlayan mücadele, Endonezyanın zaferiyle neticelendi. Hollanda, Endonezya, Birleşik Devletlerini resmen tanımak zorunda kaldı.
1950 senesinde devletin adı Endonezya Cumhuriyeti olarak değiştirildi. Ülkenin kurulu olduğu adalardan Yeni Gine Hollandalıların elinde kaldı. Endonezya ancak 1962 senesinde adanın batı kısmını Hollandalılardan kurtardı. Çin ve Rusya bütün antikomünist ülkelerde yaptıkları gibi, genç Endonezya Cumhuriyetini de yıkıcı ve bölücü faaliyetlerle kendi sömürgeleri, peykleri haline getirmeye çalıştılar. Ülke idaresini ellerine geçirmek için hükümet darbesi girişiminde bulundular.
1965 senesinde vuku bulan bu ayaklanma kanlı bir iç savaşa sebep oldu. 1.000.000 civarında insanın öldüğü iç savaşta komünistler, milliyetçiler ve ordu tarafından bertaraf edildi. Devletin kuruluşundan itibaren meydana gelen hadiselerde oldukça yıpranan Ahmed Sukarno iktidarı, 1967de General Suharto tarafından yapılan hükümet darbesi ile son buldu. Darbe sonunda başa geçen General Suharto daha sonra yapılan seçimleri de kazandı. 1982de Sebker seçimleri kazandı. 1983te Suharto dördüncü defa 10 Mart 1988de beşinci defa başkan seçildi.