Mr Holmes, 1947 yılında, iyileştirici güçleri olan nadir bir bitki aramak için Japonyaya gider. Burada nükleer savaşın yol açtığı hasara tanıklık eder. Yaşı geçkin olan Sherlock Holmes hafıza sorunlarıyla mücadele etmektedir. Deniz kıyısındaki ıssız çiftlik evinde son günlerini bekleyip arılarıyla ilgilenen Holmesa, temizlikçisi ve onun genç oğlu Roger eşlik etmektedir. Holmes, emekli olmasına neden olan faili meçhul vakayı düşünürken çok geç olmadan hayat ve sevginin gizeminin cevaplarını aramaya koyulmuştur. Bu arayışta Roger ona eşlik edecektir.