Arabacıoğlu, Hala Sultan İlahiyat Koleji'nin açılışı konusunda Cumhuriyet Meclisi'nde yaptığı konuşmanın hem duygularının hem de düşüncelerinin yansıması olduğunu söyledi:
"Biz ilahiyat kolejine karşı değiliz. Lisede de devam edebilir... Ancak birçok sorun var... Yurtların yönetimi kimde olacak belli değil... Protokolde bağlayıcılık sorunu var"
Hala Sultan İlahiyat Koleji'nin açılışına katılanlara yöneltilen eleştirilere de değinen Arabacıoğlu, sorunların uzak durarak çözülemeyeceğini kaydetti:
"Örneğin 1200 kişilik bir okula ihtiyaç var mıydı? Birçok sorun var orada. Oraya gitmekten dolayı eleştirildik. Sorunlara uzak duramayız"
Arabacıoğlu, Milli Eğitim Bakanı olarak İlahiyat Koleji'nin açılışı ve ODTÜ Kuzey Kıbrıs kampusu eğitim yılı açılışında gördüğü ilgi ve değeri de kıyasladı:
"Cuma günü açılış oldu. Sonra ODTÜ'nün eğitim yılı açılışına gittim... İlgi çok başka"
Mustafa Arabacıoğlu, Hala Sultan İlahiyat Koleji'ni yaptıran sermaye grubunun baskısı konusuna da dikkat çekti:
"Verilen paranın karşılığı olarak eğitimin şekillenmesine baskı yapıyorlar"
Arabacıoğlu ihtiyaç olan bölgelere cami yapılmasına karşı olmadığını, caminin okul ile bağlantılı olmasına karşı olduğunu sözlerine ekledi.