Trabzon Ayasofyası şehir girişinde sahile hakim bir tepede yer alıyor. Geç Bizans döneminin güzel örneklerinden biri olan yapı, Trabzon Komnenos Devleti kurucusu Kral 1. Manuel tarafından 1250- 1260 yılları arasında yaptırılmış. Fatih Sultan Mehmetin 1461 yılında Trabzonu fethinden sonra camiye çevrilmiş ve vakıf eser olmuş. 1864 yılında bir tamir görmüş. 1. Dünya Savaşı yıllarında depo ve hastane olarak kullanılmış. Daha sonra tekrar cami olarak hizmet vermeye devam etmiş.
1958- 1962 yılları arasında Edinburg Üniversitesi ve Vakıflar Genel Müdürlüğü işbirliğiyle restore edilerek bir oldu bittiyle müzeye çevrilmiş. (13/ 06/ 2013)