Osmanlı askerinin Kıbrıs'a çıkması sırasında Venedik bütün Avrupa devletlerinden yardım istedi. Bunun üzerine Papa V. Piyer'in yoğun faaliyetleri netîcesinde İspanya Kralı II. Filip ve Malta Şövalyeleriyle Venedik arasında bir ittifak kuruldu. Bu ittifaka, Toskana, Ceneviz, Savoia ve Ferrara gibi küçük Hıristiyan devletçikleri de katıldı. İspanyol KralıFilip'in kardeşi Don Juan'ın komutasındaki 206 gemiden meydana gelen Haçlı donanması, 6 Ekim 1571'de İnebahtı önlerinde görüldü. Osmanlı harp meclisinde Kılıç Ali Paşanın şiddetli muhâlefetine rağmen, Kapdân-ı deryâ Müezzinzâde Ali Paşa, donanmada cenkçi ve kürekçi noksanlığını göz önünde bulundurmadan, düşmana saldırılması yönünde karar aldı. 7 Ekim'de başlayan muhârebe sonunda, Osmanlı donanması büyük bir yenilgiye uğradı. Sâdece sağ kanadı komuta eden Kılıç Ali Paşa, Düşmanın sol kanadındaki Malta donanmasını yok edip kayıp vermeden bölgeden çekildi.
Bu başarı Hıristiyanlara hiçbir kâr getirmedi. Hıristiyanlar kazandıkları bu zaferin şerefine heykeller dikmekle meşgûlken, bizzat Selim Hanın emriyle hummalı bir çalışma içine giren Osmanlı tersâneleri, 1571-72 kışı içinde İnebahtı'da kaybettiğinden daha büyük bir donanma vücûda getirdi. Müezzinzâde'nin eliyle kaptan-ı deryâlığa getirilen Kılıç Ali Paşa, 13 Haziran 1572'de büyük bir donanmayla İstanbul'dan ayrıldı. İnebahtı'da gâlip gelmelerine rağmen, donanmaları çok yıpranmış ve bir hayli de asker kaybetmiş olan müttefikler, kendilerini toparlayıp galibiyetin meyvelerini toplamak niyetindeyken bu müthiş Osmanlı donanmasının Akdeniz'de görünmesi, büyük bir şaşkınlıkla karşılandı. Müttefik donanması, Osmanlı donanmasının karşısına çıkmaya cesâret edemedi. İttifaktan ayrılan Venedik, Fransa aracılığıyla barış istedi. 7 Mart 1573'te imzâladığı antlaşma ile Kıbrıs'ın Osmanlı Devleti ne âit olduğunu kabul etti. Kânûnî devrinden beri vermekte olduğu yıllık 500 duka haraç, 1500 dukaya çıkarıldı. Ayrıca Kıbrıs Seferinin tazminâtı olarak üç senede ödenmek üzere üç yüz bin duka altını vermeyi taahhüt etti.