Günümüzde kullandığımız atom kavramını ilk kez ünlü düşünürler leukippos ve demokritos adlı düşünürler ortaya atmıştır.Bu düşünürler doğada bulunan her maddenin, fiziksel açıdan bölünmeyen atomlardan oluştuğunu ifade etmişlerdir. Ayrıca atomların arasında boş uzay bulunduğunu ve devinim halinde olduklarını belirtmişlerdir.
Aristotelesin maddeyi görüşü, kendisinden önce yaşamış düşünürlere tepkisini ifade etmektedir. Empedoclesin düşüncesine katılmıştır ve bütün herşeyin 4 tane ana maddeden yapıldığını savunmuştur.
Bu zamanı izleyen zamanlarda bu yazılan düşüncelere ilaveler yapılmadı. İlk kez 19. yy’da John dalton modern atom kavramını ortaya attı. Kimyasal reaksiyonlarda maddenin tam sayılarla belirlenen oranda tepkimeye girebilidiğini gösterdi ve maddenin atom adı verilen sayılabilir ama bölünmez parçalardan yapıldığını ifade etti. Ayrıca buna ek olaran, atomların ağırlıklarını ortaya koyan bir çizelge hazırlandı.
J.J Thomson 1897 yılında elektronu keşfetti. 1900 lü yıllara gelindiğinde ise Ernes Rutherford günümüz atom modelinin temelini oluşturan yapıyı ortaya çıkarttı. Atom kütlesinin büyük kısmını oluşturan çekirdek ve çekirdeğin çevresinde dönen elektronlardan oluşmaktaydı. Rutherford çekirdeği oluşturan bu pozitif yüklü parçaya proton isimini verdi.