1992-93 sezonunda MKE Ankaragücü'nde profesyonel futbolcu oldu ve tüm kariyerine bu kulüpte geçirdi. 2006-2007 sezonunda MKE Ankaragücü futbol takımında futbolu bıraktı. MKE Ankaragücü'nde futbol oynadığı süre boyunca 6 başkan gördü.
2007-2008 sezonunda MKE Ankaragücü başkanı Cemal Azmi Aydın tarafından futbol takımının başına geçirildi. Ankaragücü ile Süper Lig'de 34 maça çıktı ve takımı 11 galibiyet, 10 beraberlik ve 13 mağlubiyet aldı. 36 gol atarak ve 44 gol yiyerek MKE Ankaragücü'ndeki ilk sezonunda takımı ligi 8. sırada tamamladı. 2009'da Denizlispor'un başına getirildi ama Denizlispor1. Lige düşünce görevine son verildi. Manisaspor'da 4 hafta art arda kaybettikten sonra başkanla görüşüp görevinden istifa etmiştir.
Aralık 2011'de ligde son sırada bulunan Ankaragücü'nde teknik direktör Ziya Doğan'ın istifasının ardından boşalan teknik direktörlük görevine getirilerek tekrar eski takımının başına geçmiştir.[1] Takımının mali krize girmesinden ötürü tüm as oyuncularını kaybetmesine rağmen sezon sonuna kadar takımı çalıştıran ancak lig sonuncusu olarak küme düşmeyi engelleyemeyen Hakan Kutlu, kulüp yöneticilerinin isteğiyle 16 Temmuz 2012'de görevi bıraktı.[2]
2013 yılında Süper Lig ekiplerinden Mersin İdman Yurdu'nu çalıştırmaya başlamıştır. 2012-13 sezonunu 18. ve son sırada tamamlayarak 1. Lig'e düşen takımdaki görevine ertesi sezon da devam etti. 2014'ün Mart ayında görevine son verildi.Daha sonra takımın başına tekrar getirildi ve play-off finalinde takımı Süper Lig'e yükseldi.[3][4]