Apoptoz, hem anne karnında hem de erken çocukluk döneminde ve hatta yetişkinlik evresinde temel sinapsları etkileyebilir. Nöral budama veya kontrollü sinir hücresi ölümü, gelişen beynin değişen çevreye doğal olarak uyum sağlamasına ve ihtiyaç duymadığı sinapsları atarak daha verimli hale gelmesine imkan sağlar.
Doğum öncesi dönemde, her dakika çeyrek milyon kadar yeni hücre oluşur ve saniyede 1,8 milyon bağlantı yapar, ancak hücrelerin yaklaşık yarısı daha sonra kurur ve ölür (apoptozis) ve geride bizim tarafımızdan güçlendirilenler kalır.
Beyninizin içi de dahil olmak üzere vücudunuzun çoğunda, bağışıklık sisteminiz üstündür. Beyniniz, potansiyel olarak yapıcı ve yıkıcı bağışıklık sistemi ile ilgili molekülleri alır ve onları bir mimar gibi çalışmaya, ağlara veya nöronlara ince ayar yapmaya ve istenen bağlantıları eklemeye veya istenmeyen bağlantıları kaldırmaya zorlar.
Beyniniz sürekli olarak bağlantılarını günceller, bir beceri öğrenirken yeni dallar ekler veya yeni anılar ya-ratır ve ihtiyaç duymadıklarını keser. Bu hiç durmadan devam eden güncelleme olmazsa, beyin, birbiriyle mücadele halinde olan bilgiler ve çapraz bağlar nedeniyle "duyusal bunalım" adı verilen sersemlik riskiyle karşı karşıya kalır. Eski sinapsları yutan, beyindeki mikroglial hücrelerdir. Yıkıcı bağışıklık sistemi ile ilgili molekül olan C1q'nin fazlalığından kaynaklanan birçok sinaps kaybı, yetişkinlerde Alzhemeir veya şizofreniye, çocuklarda ise şizofreni veya otizme neden olabilir. Annenin bağışıklık sistemine tepkisi de gelişmekte olan beyni etkileyebilir.