ABD Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) ve GDO’ların mühendisliğini yapan biyoteknoloji şirketleri, bunların güvenli olduklarında ısrar etse de, birçok gıda güvenliği savunucusu, GDO kullanımının güvenliğini doğrulamak için şimdiye kadar hiçbir uzun vadeli çalışma yapılmadığına işaret ederken, bazıları Hayvan çalışmaları, GDO tüketmenin iç organ hasarına, beyin büyümesinin yavaşlamasına ve sindirim sisteminin kalınlaşmasına neden olabileceğini göstermiştir. GDO’lar, insanlarda artan gıda alerjenleri ve gastrointestinal problemlerle ilişkilendirilmiştir. Pek çok kişi bir bitki veya hayvanın DNA’sını değiştirmenin kanser riskini artırabileceğini düşünse de konuya ilişkin araştırmaların şu ana kadar sonuçsuz kaldığını belirtmek gerekir.