Serinin üçüncü filminde, Üçüncü Çarpışma'dan bu yana 14 yıl geçmiştir. Ikari Shinji hatırlamadığı bir dünyaya gözlerini açar. Yaşlanmamıştır. Dünyanın büyük bir kısmı harabeye dönmüş, NERV dağıtılmış ve daha önce koruduğu insanlar ona karşı dönmüştür. Gizemli Nagisa Kaworu ile arkadaş olan Shinji meleklere karşı savaşmaya devam eder, hatta eski müttefiklerini bile karşısına alır ama sonradan fark eder ki bu savaşın biteceği yoktur. Karakterler, Meleklere ve birbirlerine karşı olan savaşların ortasında çabalarken, dünya kaçınılmaz sona doğu gidiyor olabilir.