Şöyle... Öncelikle fosilin yaşını öğrenmek gerekli. Ne kadar zaman önceden kalmış bir fosil bu? Bunu yapınca fosilin fiziki yapısına bakıyoruz, neye benziyor? Omurgalı mı, kabuklu mu, uçucu mu, sürünücü mü, kazıcı mı? Bunu tespit ediyoruz. Ettikten sonra da o fosili, hem o türün akrabalarının arasında hem de tür üzerine sahip olduğumuz evrimsel çizginin üzerinde konumlandırıyoruz. Ondan daha yaşlı ve genç fosiller ile karşılaştırıyoruz. Yapboz gibi. Eksik bir parça yerine konuyor.
Ara tür, ana tür sıfatları aslında birer yakıştırma. Tüm türler ara tür zaten. Hepsi bir şeyden başka bir şeye geçişin arasında. Ana tür ile ara türün farkı, ana türün, evrimsel değişime maruz kalacak çevresel etkiler altında kalmaması sonucu uzun bir süre evrim geçirmemesi nedeni ile o türe uygun görülen bir mertebe. Ana tür dediğimiz tür, sarsıcı çevresel etkilere maruz kalıp doğal seçilim baskısı görseydi ara tür olurdu zaten.
Özetle fosilin yaşını ve canlı taksonomisindeki yerini belirliyoruz. Sonra onu, zaman çizgisinde ait olduğu yere koyuyor, sonra da öncesi ve sonrasında yer alan fosillerle karşılaştırıyoruz. Benzer fosillerin atıyorum 1 milyon ve 500 bin yıllık örneklerini görürsek diyoruz ki "bu tür, 500 bin yıl evrim geçirmemiş" Ona ana tür diyoruz. Ama bazen de 700 bin yıl yaşındaki örnekle 800 bin yaşındaki bir örnek yapı olarak birbirinden farklı olunca diyoruz ki "bu bir ara tür" Çünkü uzun süre evrim geçirmeden kalamamış, değişen çevresel etkiler ile evrimsel baskıya uğramış.
Kabaca çizdiğim bu çerçeveye uyum sağlamayan tek bir örnek bulunmadı bugüne kadar. Eksikler var ama aykırı örnek yok. O nedenle evrim araştırmaları ve benimsenen yöntemler oldukça güvenilir.