1862 yılında Bingazi’nin Defne bölgesi Batnan kasabasında doğdu. Küçük yaşta babası ölünce, Şeyh Ahmed el-Giryani’nin himayesinde tahsile başladı. Cağbub’da İslami İlimler Ensitüsü'ne kaydolarak tahsilini tamamladı. Alçak gönüllü, cesur, vakar sahibi ve ilim ehli bir kimse olarak çevresinde tanındı. İşgalci İtalya, 1911 yılında Trablusgarp ve Bingazi’yi işgal etti.. Libya halkı Osmanlı kuvvetleriyle birlikte işgalcilere karşı çarpışarak başarılı neticeler elde etti.
1912 yılında imzalanan Uşi Antlaşması'yla Osmanlı Devleti’nin Libya üzerindeki hakimiyeti resmen son buldu. Bu işgallere son vermek isteyen Libyalılar Ömer Muhtar’ın da içinde olduğu bir direniş gösterdiler. Örnek davranışlar ortaya koyarak mücahidleri teşvik edip cesaret verdiler. İtalyanlar Ömer Muhtar’ın şöhretini duymuş ona büyük makamlar ve maddi imkanlar sundular ama Ömer Muhtar bunları reddetti. 1922 yılında direniş kuvvetleri başkumandanlığına seçildi. 1930 yılında İtalyan cephelerinin merkezi durumunda olan bir karargahı basarak imha etti. 1931 yılında İtalyanlarla yapılan şiddetli çarpışmalar sonunda esir düşerek, idama mahkum edildi. 1931 yılında Bingazi yakınlarındaki Suluk’ta idam edildi.