1983 yılında askeri yönetim altında Panama'nın başına geçen Noriega, ABD'nin Merkezi İstihbarat Teşkilatı (CIA) ile beraber çalışıyordu. Pablo Escobar gibi uyuşturucu kaçakçılarıyla çalıştığı ortaya çıkan Noriega'nın baskıcı rejiminin gücünü artırması üzerine ABD 1989 yılında Panama'yı işgal etmiş, bunun üzerine Noriega görevden alınmıştı. ABD'nin Panama'yı işgali sırasında ev ev aranan Noriega, Vatikan'ın diplomatik misyonuna sığınmıştı.
Noriega 3 Ocak 1990'da yakalandıktan sonra ABD'de uyuşturucu ticareti ve kara para aklama suçlarından 17 yıl hapis yattı. 2010 yılında Fransa'ya iade edilen Noriega, yolsuzluk, cinayet ve insan hakları ihlallerinden ötürü yargılanmak üzere Panama'ya gönderildi. Panama'da hapis yatan Noriega, bu yılın Ocak ayında beyninde bir tümörün bulunmasının ardından ameliyat olması için hapishaneden çıkarılmıştı. Ameliyatın ardından beyin kanaması geçiren Noriega, ikinci bir ameliyata alındı. Ancak ameliyatın ardından durumunun kötüleşmesi üzerine hayatını kaybetti.