Atın yakalanabileceği hastalıkların büyük çoğunluğu mikroplu hastalıklardır. Kimi at hastalıları kötü bakım veya bakımsızlıktan, beslenme bozukluğundan ve ağır işlerden meydana gelir. Mikroplu at hastalıklarının en önemlisi ruam (Sakağı, ya da mankafa) hastalığıdır. Bu hastalık hem bulaşıcıdır, hem de büyük at kıranlarına yol açar. Attan başka, eşeğe, katıra, hatta insana bile bulaşma ihtimali vardır. Öldürücü bir hastalıktır. Özellikle Asya ülkelerinde çok görülmektedir. Yurdumuzda yapılan sürekli çalışmalar sayesinde, bir çok yerde ruam hastalığı büyük ölçüde azaltılmıştır. At frengisi ise çiftleşme sırasında hasta olan attan sağlam olana bulaşır; at yetiştiriciliğinde büyük kayıplara yol açabilir, açmıştır. Ayrıca, mide kurdu, at solucanı, şerit ile deri altında yaşayan uyuz böcekleri de atlar da önemli hastalıklar yapabilir. Bulaşıcı at hastalıklarından biri de at vebasıdır. Bu hastalık çok sayıda atların ölmesine yol açar. Gece sinekler, veya kenelerle bulaşır. Atların iç hastalıklarından biri de soluğan (kornaj) adı verilen soluma hırıltısıdır. Bu hastalık, çok zorlanan atlar da görülmektedir. Atların iç hastalıklarından biri de, lekeli tifodur. Ayrıca, atlarda sık sık görülen bir hastalık belirtisi de sancılanmasıdır. Atların kalın bağırsakları yer yer genişleyip daraldığından, sancılanmaya çok elverişlidir.