İkincil ağıziçi iltihapları, genel bir hastalığa bağlı olarak ortaya çıkar. Kızıl, kızamık, kızamıkçık ve suçiçeği gibi döküntülü hastalıklar, iskorbüt ve hemofili gibi kanamalı hastalıklar, lösemi, agranülositoz ve B12 vitamini eksikliğine bağlı kansızlık gibi kan hastalıkları, civa, bizmut, kurşun, gümüş, bakır gibi kimyasal madde zehirlenmesine bağlı çeşitli meslek hastalıkları sırasında görülür.
Özgül mikropların neden olduğu başlıca ağıziçi iltihapları şunlardır: Frengide birinci evre lezyonu, ikinci evreye özgü kabartı ya da kızarıklıklar ve üçüncü evreye özgü göm (yumuşak şişkinlikler) ve ülserler biçiminde iltihaplar (frengi stomatiti); veremde ülserler ve çatlaklarla birlikte görülen iltihaplar (verem stomatiti); cüzamda zamanla ülserleşen derin düğümcük oluşumlan (cüzam stomatiti); belsoğukluğunda hastalık etkeni olan gonokoklara bağlı iltihaplar; difteri, yılancık ve impetigo etkenlerine bağlı ağıziçi iltihapları.