Şamil Salmanoviç Basayev, 14 Ocak 1965 tarihinde Çeçenistan‘ın dağlık Vedeno bölgesi'nin Vedeno köyünde dünyaya geldi. Basayev'in ailesi Rus İhtilali‘nden (6 Kasım 1917) sonra Çeçenistan'dan Kazakistan'a sürülmüş fakat 1957 senesinde Kruşçev döneminde yurtlarına geri dönmüş bir aileydi.
Basayev, 1991 Ağustos’unda Moskova'daki hükümet darbesi sırasında Boris Yeltsin taraftarları arasında yer aldı. Bilahare Sovyetlerin dağılması üzerine bağımsızlığını ilan eden, ülkesi Çeçenistan'a dönerek Rus gizli örgütleri ile mücadele etmek üzere kurulan özel birlikleri yönetti.
Onun adı ilk defa Çeçenistan'da yaşananları dünyaya duyurmak için 1991 senesinde bir Rus yolcu uçağını kaçırarak Ankara'ya indirdiğinde duyuldu.
1992 senesinde Çeçenistan Cumhurbaşkanı Cahar Dudayev‘in emri ile Abhazya'ya gönderilen Çeçen birliklerin komutanı iken, Abhazya'nın Gürcü işgalinden kurtulmasında birinci dereceden etkili olan Kafkas Halkları Konfederasyonu birliklerinin komutanlığına getirildi.
Kafkasya‘da kurulacak bağımsız bir İslam devleti düşüncesine karşı olan Rusya, Dudayev'e karşı askeri birliklerini Çeçenistan'a gönderince, Basayev Abhazya'dan ayrılarak Çeçenistan'a döndü ve Dudayev'e karşı muhalefete geçen Rus yanlısı silahlı birliklerin dağıtılmasında etkili oldu.
En önemli Çeçen komutanlardan biri oldu
1994 senesi aralık ayında Ruslar'ın Çeçenistan'ı işgal etmesiyle Çeçen komutanların en önemlilerinden biri haline geldi. 1995 senesi başında Rus savaş uçakları Şamil Basayev'in Vedeno'daki evini bombalayarak ailesinden, eşinin ve çocuklarının da aralarında bulunduğu 11 kişinin ölmesine neden oldular.
Rus güçlerin sivillere karşı giriştikleri katliamların en üst seviyelere ulaştığı 15 Temmuz 1995 tarihinde, yaşananları dünya kamuoyuna duyurabilmek için Basayev ve Çeçen direnişçiler 63 kişilik özel birlikle Kafkasya'nın Stavropol (Şetkale) bölgesindeki Budenovsk şehrine baskın düzenleyerek aldığı 5000 kişilik rehineyle Rusları görüşme masasına oturtmuştu. Birkaç gün süren kuşatma sonunda 129 kişi hayatını kaybetti, 415 kişi yaralandı. Budenovsk operasyonu tüm rehinelerin serbest bırakılmasıyla sona erdi.
Şamil Basayev 1996 senesi Nisan ayında Çeçen Cumhuriyeti Silahlı Kuvvetleri Komutanlığı'na getirildi. Ve Rus güçlerinin Çeçenistan'dan çekilimesini sağlayan Cahar-Kale (Grozni) operasyonunu komuta etti. Rusya bölgeyi terk etti, 31 Ağustos 1996 tarihinde imzalanan Hasavyurt Antlaşması ile barış tesis edildi ve Aslan Mashadov devlet başkanı seçildi.
Basayev 1998 senesinde Cahar-Kale'de yapılan Çeçen-Dağıstan Halkları Kongresi'nde başkan seçildi. Kongrenin ikinci toplantısında alınan kararla 1 Ağustos 1999 tarihinde kurulan İslam Şûrâsı'nın başkanlığına getirildi.
Ruslar işgal edince Çeçenistan'a döndü
Rusya'nın I.Çeçen Savaşı ardından gelen barışı ihlal ederek Ekim 1999'da Çeçenistan'ı yeniden işgal etmesi üzerine Çeçenistan'a dönerek doğu cephesi komutanlığı görevini sürdürmeye başladı. İkinci savaş sırasında başkent Grozni'yi savunan Basayev, kentten çekilirken yaralanmış, bacağının bir kısmı kopmuştu. Basayev, Devlet Başkanı Aslan Mashadov'un emrinde Çeçenistan Silahlı Kuvvetleri Komutanlığı görevini sürdürmekteydi.
Basayev, 17 Haziran 2006'da Çeçen-İçkerya Devlet Başkanı Abdulhalim Sadullayev‘in şehit edilmesinden sonra yerine geçen Dokka Umarov‘un yardımcılığına getirildi.
Şamil Basayev, Devlet Başkanı Dokka Umarov'un emrinde Çeçenistan Silahlı Kuvvetleri Komutanlığı görevini sürdürmekteyken 10 temmuz 2006'da, İnguşetya Cumhuriyetinin Ekayeva köyü'nde, bulunduğu askeri konvoydaki bir patlayıcının kendiliğinden infilak etmesi sonucu yaşamını yitirerek en yüce makam olan şehadete erişti.