1071 Malazgirt Meydan Muharebesinden sonra ise bölge; sırasıyla Selçuklular, Hamitoğulları ve Osmanlıların hakimiyeti altına girmiştir.
Anadolu’ya yayılan Oğuz boyları muhtemelen 1075’lerde o zaman Psidia diye adlandırılan bölgeye ve Burdur’a yerleşmeye başladılar. İlk yerleşim yerleri Şekerpınarı-Hamam bendi mevkii olmuştur. Çoğunluğu Kınalı aşiretinden olan Türkmenler, en az 2000 çadırdan meydana gelen bir toplulukla yerleşim yerleri kurmaya başladılar. Başlangıçta kendi başlarına hiçbir devlete bağlı olmadan ve komşuları olan Bizanslılarla mücadele ederek varlıklarını sürdürdüler. Bu mücadelelerin en önemlisi Dinar yakınlarında Bizanslı Manüel Kommenos komutasındaki orduyu yenmeleridir.
Bilhassa Haçlı Seferleri döneminde Selçuklu Hükümdarı I. Mesut ve II. Kılıçarslan'ın Erle ovasında bu orduyu yenilgiye uğratması Selçuklu Hakimiyetini bu bölgede kolaylaştırdı. Selçuklu Hükümdarı II. İzzeddin Kılıçarslan Denizli, Uluborlu, Burdur ve Antalya'ya kadar olan bölgeyi ve Türkmen aşiretlerini idaresi altına aldı.
Fakat Türkmen aşiretleri üzerinde tam bir otorite sağlayamadı. Bölge; 1219 ve 1236 yıllarında tekrar I. Keykavus ve Alaaddin Keykubat tarafından alındı. Böylece, bölge kesinlikle Selçuklu hakimiyetine girmiş oldu. 1257 yılında Selçuklu Devleti üç kardeş arasında pay edildi. Fakat II. Alaaddin Keykubat ölünce, II.İzeddin ve IV. Rukneddin Kılıçarslan arasında paylaşıldı. Ama iki kardeş arasında çıkan şavaşta Rukneddin yenildi ve Burdur kalesine hapsedildi. 1259 tarihinde hapisten çıkarak Selçuklu tahtına oturdu. Rukneddin Kılıçarslan hapis dönemi olaylarının intikamını almaya başladı. Bu yüzden huzursuzluk arttı. Bu arada Baba İlyas ve Baba İshak isyanları da devletin otoritesini sarstı. Ve nihayet Selçuklu Devleti 1303 yılında tamamen ortadan kalktı.
Bu otorite boşluğundan istifade eden Selçukluya bağlı aşiret ve oymakların "Uç" Beyleri de kendi başlarına hükümet kurmaya başladılar.
Antalya ve Denizli'nin Türk hakimiyetine girmesinden sonra akın akın gelen aşiret ve oymaklar, bilhassa Kayı, Avşar, Bayındır, Büğdüz, Yazır, Yiva ve diğerlerinin toplamı 200 bin çadıra ulaşmıştı. Bu türkmen nüfusunun merkezi de Burdur olmuştur. Celaleddin Harzemşah'ın komutanlarından ve Yomut kabilesinden olan Hamit Bey, Selçukluların döneminde Burdur ve Çığralı'ya kadar olan bölgenin sınır beyiydi. Selçuklunun yıkılma dönemine denk gelen Hamitoğulları Beyliğinin esas kurucusu Hamit Bey'in torunu olan Felekeddin Dündar Beydir. Bir "Uç" beyi olan Dündar Bey, beyliğini Burdur'da ilan ederek, beyliğini dedesinin adına hürmeten "Hamitoğulları" olarak duyurdu. Hamitoğullarının en parlak dönemi Dündar Bey'in zamanıdır. Beyliğin sınırları genişlemiş, Antalya, Gölhisar ve Korkuteli beyliğe katılmıştır. Burdur ili, dönemin en önemli merkezi olmuştur. Sanat, ticaret ve nakliye gelişmiştir.
İlhanlılar Anadolu’ya geldiğinde diğer beylikler gibi Hamitoğulları da bağlılıklarını Başvezir Emirçoban’a bildirerek, İlhanlı fırtınasını kazasız atlatma yoluna gitmiştir. Emirçobanoğlu Timurtaş’ı (Demirtaş), Anadolu Valisi olarak atamıştır. Timurtaş Anadolu’daki beylikleri tek tek ortadan kaldırmaya başlamıştır. Hamitoğulları'nın da üzerine yürüdü. Dündar Beyi 1323 yılında Antalya’da öldürdü ve Hamitoğullarının toprağını ilhak etti. Bu durum karşısında Dündar Beyin oğulları memleketten kaçtılar. Bu hakimiyet 1327 yılına kadar devam etti. Oğlunun yaptıklarını tasvip etmeyen Emirçoban, Anadolu’ya gelerek oğlunu ortadan kaldırmak istedi. Timurtaş Mısır’a kaçtı, fakat orada öldürüldü.
Dündar Beyin oğlu Hızır Bey Eğirdir’e gelerek Hamitoğulları'nın topraklarının bir kısmında hakimiyet kurdu.
Hızır Beyin ölümünden sonra yerine, Dündar Beyin diğer oğlu İshak Bey geçti. İshak Beyin Beyşehir ve Akşehir’e kadar beyliğin sınırlarını genişlettiğini görüyoruz.
İshak Beyin 1335’te ölümünden sonra yerine oğlu Muzafereddin Mustafa Bey geçti. Onun da yerine oğlu Hüsameddin İlyas Bey 1349’da başa geçti. İlyas Bey Karamanoğullarıyla savaştı fakat, topraklarını kaybetti. Germiyanoğullarının yardımıyla topraklarını geri aldı.
Yerine geçen Kemaleddin Hüseyin Bey, Karamanoğulları’nın saldırısına uğradı. Ama Osmanlılar ve Germiyanoğulları’nın yardımıyla kurtuldu.
Bu sırada Anadolu’nun Söğüt Bölgesinde gittikçe büyüyen ve kuvvetlenen ve Osmanoğulları tarafından kurulan Osmanlı Devleti dikkat çekiyordu. Osmanlı padişahı Murat Hüdavendigar Kosova’da şehit olunca yerine oğlu Yıldırım Beyazıt geçmişti. Yıldırım Beyazıt’ın hükümdarlığını başta Karamanoğulları olmak üzere diğer beylikler de tanımadılar. Yıldırım Beyazıt Anadolu’ya geçerek bu beylikleri teker teker ortadan kaldırdı. Hamitoğulları Beyliğini de ortadan kaldırarak Anadolu Beylerbeyliğinin merkezi olan Kütahya’ya bağladı. (1391)
Böylece Hamitoğulları ve diğer beylikler ortadan kalkmış ve Anadolu’da Türk Birliği sağlanmıştır. Hamitoğullarının son beyi Kemaleddin Hüseyin Beyin oğlu Mustafa Bey, Osmanlı komutanı olarak görev almıştır. Böylece Burdur’un Osmanlı Dönemi başlamıştır
Osmanlı Şehzadelerinden I. Beyazıt ve ll. Selim Kütahya’da Beylerbeyi olarak bulundular. ll. Beyazıt zamanında Şah Kulu ayaklanması ortaya çıkmıştır. Şah Kulu Şehzade Korkut’un Antalya’dan Manisa’ya giden hazinesini yağmalamış, Antalya, İstanos, Elmalı, Burdur ve Keçiborlu’yu basarak, buraların kadılarını ve bir çok insanı öldürmüştür. Şah Kulu sonunda İran’a sığınmış ve böylece tehlike ortadan kalkmıştır.
XVl. yy'a kadar Burdur'da önemli olaylar olmamıştır. 1522’de de Burdur Tirkemiş İlçesi merkezi durumundadır. Bu dönemde şehir eskiye nazaran daha gelişmiştir.
XVl. yy'ın sonuna doğru şehir biraz daha büyümüştür. Ekonomi canlanmıştır. Bu bakımdan verilen vergiler fazlalaşmıştır.
1839 Tanzimat hareketinden sonra Burdur, Kütahya ilinden ayrılarak Konya ilinin Isparta kaymakamlığına bağlandı. 1850 yılına kadar bu bağımlılık sürdü.
Daha sonra başta Saden oğlu Hacı İsmail Ağa olmak üzere Burdur’un Sancak olması için uğraşmışlar ve 1872 yılında Burdur sancak olmuştur. Burdur’un ilk sancakbeyi Mehmet İzzet Paşadır.
Osmanlı Devleti 1914’de 1. Dünya Savaşına katılınca bütün yurtta seferberlik ilan edilmiş ve aynı yıl Burdur’da şiddetli bir deprem olmuş, yaklaşık 4000 kişi ölmüş ve şehrin önemli dini yapıları bu depremde yıkılmıştır.
Her iki felaket birleşmiş ve Burdurlular birkaç yıl bu kötü şartlar altında yaşamışlardır.
1920 yılında müstakil mutasarrıflık olan Burdur, doğrudan hükümet merkezi olan İstanbul’a bağlanmıştır. 1.Dünya Savaşının yenilgi ile neticelenmesinden sonra İtalyanlar Antalya’ya asker çıkardılar. Burdur’a gelerek merkez komutanlığı kurdular. Burdur düşmanın yurttan atılmasından sonra kurulan yeni Türkiye Cumhuriyetinde 1923 yılında İl olarak yerini almıştır