Aşırı sağcı rakibi Norbert Hofer ise oyların yüzde 46.7'sini aldı.
Yapılan tahminler, Bellen'in yarışı açık bir farkla kazandığını gösteriyor.
Avusturya'da cumhurbaşkanlığı genel anlamda sembolik bir makam. Ancak cumhurbaşkanının parlamentonun alt kanadı Ulusal Konseyi lağvetme ve seçimleri yenileme yetkisi var.
Ekonomi profesörü olan Bellen, 72 yaşında ve bir dönem Yeşiller Partisi'nin liderliğini yaptı.
Bellen, seçim kampanyası sırasında kozmopolit ve özgür bir Avusturya istediğini, eski sınırların yeniden çekilmesine ise karşı olduğunu söylemişti.
Hofer, Nisan ayında yapılan ilk turu kazanmış ancak Mayıs ayındaki ikinci turda yaklaşık 31 bin oyla kaybetmişti.
Özgürlük Partisi 8 Haziran'da seçimlerde "büyük usulsüzlükler" yapıldığı gerekçesiyle sonuca itiraz etmiş ve Anayasa Mahkemesi Temmuz ayında bu itirazı kabul ederek, seçimleri iptal etmişti.
Kazanmış olsaydı, Hofer, İkinci Dünya Savaşı'ndan bu yana Avrupa'nın ilk aşırı sağcı devlet başkanı olacaktı.
Hofer seçim kampanyasında göç karşıtı bir strateji izlemiş ve AB'nin İngiltere'nin ayrılmasından sonra merkeziyetçi bir karakter benimsemesi ya da Türkiye'nin üye olması halinde, Avusturya'nın ayrılması gerektiğini savunacağını söylemişti.