Roof'un suçlu bulunması halinde idam veya ömür boyu hapis cezası alabileceği belirtildi. Kameraların karşısına geçen ABD Adalet Bakanı Loretta Lynch, zanlının ırksal gerilimi artırarak Afrika asıllı Amerikalıların beyazlara karşı olduğu anlayışı ile hareket ettiğini belirtti. Roof'un intikam almak için saldırı düzenlediğini kaydeden Lynch, Afrikalı kökenli Amerikanların ırklarından dolayı öldürüldüğünü belirtti. Bakan, Roof için idam cezası isteyip istememe konusunda bir karara varmadıklarını da kaydetti.
Federal jüri, kilisede İncil okuyan insanları vuran Roof'u 33 ayrı suçtan yargılanması sonunda karar verecek. South Carolina'da 'nefret suçu'nun yasal yaptırımları olmayan bir eyalet olması nedeniyle, federal mahkemede yargılanacak. Bakan Lynch, şahsın, kurbanlarını ırklara göre seçmesi nedeniyle federal mahkemede 'nefret suçu'ndan yargılanacağını belirtti.
21 yaşındaki saldırgan, düzenlediği silahlı saldırı sonrası, Emanuel African Methodist Episcopal Kilisesi'ni, 200 yıllık geçmişi olması ve Afrikalı Amerikalılar için tarihsel bir öneme sahip olduğu için seçtiğini açıklamıştı.
Roof, eyalet mahkemesinde 17 Haziran günü 9 kişiyi öldürmekten yargılanıyor. Emanuel African Methodist Episcopal Kilisesi'ndeki saldırıdan sonra Roof'un ırkçı manifestosunu yayınladığı ve çeşitli fotoğraflarını paylaştığı bir internet sitesi ortaya çıkmıştı.