Bayezid Medresesi (Havuzlu Medrese)- II. Bayezid külliyesinin önemli bir parçasıdır. Bayezid Camii’nin inşaatı bittikten sonra yapımına 1506 yılında başlandı. Bir yıl sonra tamamlanarak hizmete açıldı. Medrese camiin batısındadır. Ana planı, köşeleri doksan derecelik açılarla kırılmış, alt çizgisi doğuya bakan bir (U) harfi şeklindedir. Batıya bakan üstteki açıklık bir duvarla kapatılmış, bu duvarın ortasına dersane inşâ edilmiştir.
Ana girişi, yüksek bir taç kapıdır. Kapıdan girildikten sonra sağda on, solda on olmak üzere toplam yirmi oda vardır. Sol tarafta, köşedeki oda, sayılmazsa, ikinci ve üçüncü oda arasından uzunca bir koridordan medresenin tuvaletine gidilirdi.
Koridorun medresinin dışına açılan bir de kapısı vardı. Bu bölüm, bina kütüphane olarak değiştirilirken, 1926 yılında kaldırılmıştır. Girişin, odaların ve dersanenin üstü kubbelerle örtülmüştür. Odaların ortası şadırvanlı iç avluya bakan ön kısmı yine bir (U) harfi şeklinde ve revaklıdır. Dört köşeli 24 sütun ve 23 kemerli revakın üstünde de 25 tane ufak kubbe vardır. Medrese, kütüphaneye çevrilirken, sütunların arasındaki boşluklar camlarla kapatılmıştır.
Evliya Çelebi Seyahatname ’sinde, Bayezid Medresesinden şöyle sözedilmektedir.
“Bayezid Camii, Cami’e bitişik olan sağında ve solunda misafirler için iki tane yapılmış medreseler vardır. Sonradan bu iki bina camie katılmış ve camii iki tarafından da genişletilmiştir. Bundan dolayı genişliği boyundan uzundur. ”
Bir tarafında Bayezid Han’ın yetmiş kubbeli büyük bir medresesi vardır. Bu camiin nazırı şeyhülislâmlar olması itibariyle bu medresenin dersiamları da şeyhülislâmlardır. Haftada bir kere ders verirler.
Yine Camiin dış avlusu güneyinde de bir zamanlar Belediye Kütüphanesi olarak kulanılan bina da büyük medrese idi.
Eskiden giriş kapısının hemen sağ yanında dikdörtgen şeklinde büyükçe bir havuz vardı. Bu sebeble burası halk arasında “Havuzlu Medrese” diye de anılırdı. Bayezid Meydanı düzenlenirken, önce Havuz toprak doldurularak yer seviyesinin altında bırakıldı. Düzenlemelerden birisinde de havuz tamamen ortadan kaldırıldı.