Saygın bir yazılım şirketinde çalışan Thomas Anderson (Keanu Reeves), gecelerini "Neo" adı altında program kırarak ve Matrix'i araştırarak geçirir. Esrarengiz şekilde Trinity (Carrie Ann Moss) ve Morpheus (Laurence Fishburne) ile tanışan Neo, yaşadığı dünyanın aslında beyninde gerçekleşen bir simulasyon olduğu gerçeğini öğrendikten sonra ordan kurtarılır ve Morpheus'un önderliğindeki ekibe katılır.
Neo gerçek dünyada ilk nefesini aldıktan sonra simulasyona tekrar girerek Matrix'in ne olduğunu kavrayacak ve kurtarılma nedenini öğrenerek gelişen olaylar çerçevesinde yeni kimliğini tanımaya çalışacaktır.