Lisede yalnız yaşayan birine yarı zamanlı modern bir ninja olma görevi verilir. II. Dünya Savaşı'ndan sonra Japonya'daki Müttefik Karargâhı, terörizm ve şiddet yanlılarına karşı bir örgüt kurdu. Örgüt ninjalardan oluşuyordu ve başlangıçta sadece iç işleriyle ilgilendiler. Ve örgüt yıllar boyunca bünyesine ninjaları katarak 20.000 üyeye kadar çıktı. Bu ninjalardan biri de Kudo. On yedi yaşındaki liseli ezik, yabancı suikastçilere karşı ülkenin savunmasında rol oynuyor.