Eçmiyazin kilisesi, Ermeniler'in eski dini merkezi olması sebebi ile Sis Katagikosu da Ermeni mezhebince kutsal sayılan emanetleri yanında bulundurması ve eski Katogikoslar'ın neslinden gelmesi sebebi ile birbirlerine karşı üstünlük iddiasında bulunuyorlardı. Ermenilerin büyük kısmının mensup olduğu mezhebe, Ermeni kilisesinin esaslarını kuran Gregor'un adına izafeten Gregoryen denilmiştir. Ermeni Gregoryen kilisesi, Doğu kilisesi (Ortodoks) içinde yer almaktadır. Gregoryenler, Ortodoks mezhebi akidelerinden genelde ayrıldıkları için Ermeniler, Gregoryen kilisesi'nin bulunmadığı yerlerde dini vecibelerini, Ortodoks kilisesi'ne giderek yerine getirmektedirler .
Ermeniler, kendilerine sunulan rahat ortamda, kültürlerini koruyarak kendilerini geliştirmişler, Osmanlı toplum hayatına uyum sağlayarak zamanla kendilerine birçok ayrıcalık sağlamışlardır. Barış zamanında Osmanlı Devlet yöneticilerinin güvenini kazanan Ermeni toplumu, bu sayede, bürokraside önemli görevlere gelmiştir.
XVIII. yüzyılın sonlarında gücünü korumak isteyen Gregoryan kilisesinin giriştiği milliyetçilik propagandası ve Katolik misyonerlerin çalışmalarıyla asgari seviyede sürdürülmeye çalışılan Ermeni toplumunda siyasallaşma çabaları XIX. yüzyılın başlarında Osmanlı yenilik hareketlerinin canlanması, Fransız inkılâbının yaydığı fikirlerin etkisi ve nihayet Protestan misyonerlerin faaliyete başlamasıyla
birlikte hız kazanacaktır .
Ermenilerin kendilerine bir tarih yaratma çalışmalarının, VIII. yüzyıldan itibaren kilise mensupları ve rahipler tarafından başlatıldığını söylemek yanlış olmayacaktır. Ermeni devleti fikrini doğuranlar, Ermeni toplumu değil, Ermeni kilisesi ve ruhban sınıfı olmuştur. Van ve Bitlis'te Rus Başkonsolosluğu yapmış olan General Mayewski de bu gerçeği şöyle ifade etmektedir: "Ermeni ruhani reislerinin
din hususunda çalışmaları hemen hemen yok gibidir. Fakat buna karşı, milli fikirlerin yayılması hususunda pek çok hizmetleri geçmekte idi".
Kültür alanında da büyük gelişmelerin yaşandığı XVII. ve VXIII. yüzyıllarda önce tarih alanında, biri 1669'da Arakel Tavrijetsi, diğeri ise 1695'te Amesterdam'da Mouses Ghorenatsi (Khorenli) tarafından yazılmış iki kitap basılmıştır. Bunlar tesadüfî çalışmalar değildir. Tavrijetsi, Ermenistan'da ve dışarıda, 1586'dan sonra gelişen yakın tarihli olayları aktaran en önemli ve en donanımlı tarihçi olduğu için, henüz hayatta iken kitabı basılmıştır. Ghoreanatsi ise Ermenilerin kökenlerini araştıran ilk tarihçi olup, aynı zamanda "Ermeni tarihçiliğinin babası" olarak görülmektedir. O yüzden kitabının seçilmesi bilinçlidir ve Ermeni kimliğinin yeniden inşası için büyük bir öneme haizdir .
Trabzon, sahip olduğu coğrafi konum ve barındırdığı Ermeni ve Rum azınlıklar itibarı ile misyonerlerin ilgisini çeken Osmanlı Devleti'nin önemli yerlerinden birisiydi. Şehirdeki misyonerlik faaliyetleri aynı zamanda Osmanlı Devleti'nde yaşanan politik ve iktisadi çekişmenin de kendisini gösterdiği diğer bir faaliyetti. Bu yüzden önce Katolik misyonerlerin daha sonra da Protestan misyonerlerin çalışmalarına sahne olmuştur. XIX. yüzyılda Trabzon genel olarak Osmanlı Devleti'ni bu dönemde meşgul eden pek çok hadisenin de gözlenebileceği bir bölge olmuştur. Bu yıllarda yaşanan olaylar Ermenileri dış güçler için birer araç haline getirdiği için bu toplumun bütünlüğü önemli bir darbe yemiş, Ermenilerin kendi cemaatleri içerisinde de pek çok çekişmenin yaşanmasına neden olmuş ve Ermeniler değişik mezheplere bölünmüşlerdir .
Osmanlı Devleti'nin, kilise'ye yönelik herhangi bir baskısı veya kötü muamelesi söz konusu değildir. Bu durumun tam aksine idareciler, görevini yapan Ermenileri çeşitli şekillerde ödüllendirmiştir. Trabzon Vilayet İdare Meclisi azasından ve Katolik milleti ileri gelenlerinden Mısıryan Bogos Efendi'nin iyi hizmetleri nedeniyle ödüllendirilmesi uygun bulunmuştur. Ayrıca Trabzon Ermeni cemaatinden, Papaz Tiryakiyan'a gözlerinin kör ve muhtaç durumda bulunması nedeniyle maaş tahsis edilmesi düşünülmüştür .
Ermenilerin bazılarının Katolik misyonerlerin etkisi ile din değiştirmeye başlamaları, ülke çapında olduğu gibi, Trabzon'da da cemaat temsilcileri arasında huzursuzluk kaynağı olmuştur. Sultan II. Mahmut bunun üzerine 1834 yılında bir fermanla Hıristiyanların mezhep değiştirmesini yasaklamıştır. Fakat II. Mahmut'un çok doğru bir öngörü ile koyduğu mezhep değiştirme yasağı, Tanzimat Fermanı'nın ilanından sonra İngiltere ve Fransa'nın baskıları sonrasında kaldırılmıştır. Ancak yine de idareciler mezhep değişikliği için yapılan başvuruları kabul etmemektedir. Mesela, Trabzon ve civarında Katolik ve Latin olmak için bazı başvurular olmuş ve yetkililere bu başvuruların kesinlikle kabul edilmemeleri gerektiği bildirilmiştir .