Java Decompiler programı sadece class dosyalarını tersine mühendislik ile java dosyalarına çevirir. File menüsünden kaynak dosyalar olarak kaydedebilir ve değiştirebilirsiniz bütün dosyaları, ancak değiştirdiğiniz dosyaları tekrar derlemeniz gerekmekte bu da programı yazan kişinin kullandığı eklentiler ve kütüphaneleri kullanarak eclipse, netbeans veya direkt javac ile derleme yapmanızı gerektirir ki illa bir sorun çıkar bir yerinde. Ayrıca tersine mühendislik, kaynağı yayınlanmamış lisanslı yazılımlara uygulanırsa suç teşkil eder.