Edirne Sancağına bağlı, köprülü olan bu iki kasabada, karışıklıkları önlemek amacı ile Ergene kentinin adı Cisr-i Ergene'ye çevrildi. Ancak halk bu değişikliği hiç bir zaman kabul etmeyerek, Uzunköprü adını benimsedi.
Ünlü seyyahlardan A.Dela Motraye; Avrupa, Asya ve Afrika adlı seyahatnamesinde (S. 396), 1727 yılında Cisr-i Ergene'ye geldiğini ve Türk'lerin bu kasabaya Usun Kupru (Uzunköprü) dediklerini yazar.
Keçeci Zade İzzet Molla da 1820 de Keşan sürgününden dönerken Uzunköprü'den geçer. Mihnet Keşan adlı yapıtında; Azimet edüp üzre heman göründü Uzunköprü çün ab-ı revan, diyerek halkın benimsediği Uzunköprü adını kullanmıştır.
1873 yılında Uzunköprü'den demiryolu geçer. Kasabanın adı Cisr-i Ergene olduğu halde, yeni istasyon binasına "Uzunköprü" levhası asılmış ve tren tarifelerinde de Uzunköprü yazılmıştır. Sonuçta 1917 yılında çıkan Devlet Salnamesinde, ilçenin resmi adı Cisr-i Ergene bırakılmış ve halkın benimsediği Uzunköprü adı kabul edilmiş oldu.
Ancak 1920 yılında Uzunköprü'yü işgal eden Yunanlılar kentin adını Makrifere'ye çevirdi. İki yıldan fazla bu adla anıldı. 18 Kasım 1922'de kurtuluştan sonra, kent Uzunköprü olan özgün adına kavuştu.