TAGUTFilmin ilk sahnesinde genç Bruce Wayne ve Rachel Dawes'in Wayne Malikanesi'nin dışında koştukları görülür. Bruce, Rachel'ın elinde ne olduğunu merak eder ve ondan ne olduğunu göstermesi için rica eder. Rachel avucunu açar ve Bruce onun elindeki taşı alıp kaçmaya başlar. Ardından bir yere saklanıp, Rachel'ın onu aramasını izler. Bruce saklandığı yerden bir mağaraya düşer ve Rachel malikaneye yadım istemeye gider. Thomas Wayne oğlunu oradan kurtarır ve malikaneye götürür. Onunla ilgilendikten sonra yatağına yatırır ve oğluna, eşi Martha'ya aldığı kolyeyi gösterir. Bruce ve ailesi, oyuncuların yarasa olarak giyindikleri gösteriye gider. Yarasalardan rahatsız olan Bruce, babasına dışarı çıkmak istediğini söyler. Wayne ailesi gösteriyi terkedip dışarı çıkarlar. Onlar yürürken Joe Chill adlı hırsız onları soymaya kalkar. hill tabancasını çekip, cüzdanları ve değerli eşyaları ister. Martha Wayne, kolyeyi almaya uğraşan Chill'e ona engel olur. Chill de tabancasıyla ilk önce Martha'yı sonra da Thomas'ı vurur ve kaçar. Thomas, Bruce'a korkmamasını söyler. Ardından polisler gelir. Thomas ve Martha Wayne'nin cenazesinden sonra William Earle, Bruce'a şirketin emin ellerde olduğunu söyler.
Bruce birkaç yıl sonra, Princeton Üniversitesi'nden Gotham şehrine döner. Wayneleri öldürdüğü için hapse giren Joe Chill'in, Carmine Falcone'nin hakkında ifade verip, yardım etmesi için salıverilme duruşması yapılacaktır. Duruşmada yargıç, Chill'e, Bruce Wayne'in de salonda olduğunu söyler. Duruşmayı terkeden Bruce, salonun çıkışında Joe Chill'i öldürüp intikam almak için elinde bir tabanca ile bekler. Chill dışarı çıkınca onu vuran Bruce değil, Falcone'nin adamlarından biri olur. Rachel Dawes, Bruce'u dışarı çıkartır. Rachel, adalet sisteminin kokuşmuş olduğunu söyleyen Bruce'a Gotham'ın kirlenmiş sokaklarını gezdirir ve ailesini öldürenin Falcone olmasa da, onların uğruna savaştığı şeyi öldürdüğünü söyler. Bruce, arabada niyetinin Chill'i öldürmek olduğunu söyler. Bu duruma çok içerleyen Rachel ona tokat atar ve ailesinin bu durumdan utanç duyacağını söyler. Bruce arabadan iner ve Falcone'nin yanına gider. Falcone'ye ondan korkmadığını söyleyen Bruce, hakimlerin ve polislerin onun emrinde olduğunu görür. Falcone'nin adamları Bruce'u dışarı atar. Sokaklarda yaşayan fakir bir adamın yanına giden Bruce, cebindeki parayı ve paltosunu ona verir. Ardından bir gemiye binip dünyayı gezmeye başlar. Hırsızların psikolojisini ve dövüşmeyi öğrenen Bruce, Bhutan topraklarında hapse düşer. Sabah yemeğinde altı adam ile dövüşen Bruce, hücresine götürülür. Orada Henri Ducard ile tanışır. Ducard, Bruce'a hapisten kurtulduğunda, intikamcı bir grup olan Gölgeler Birliği'ne katılması için davet eder ve mavi bir çiçek verir. Bruce hapisten çıktığında, Gölgeler Birliği'nin yerine gider. Burada birliğin lideri olan Ra's Al Ghul ile tanışır. Henri Ducard, Bruce'a eğitim verir ve bir dövüş türü olan ninjutsuyu öğrenir. En sonunda ondan, komşusunun toprağına göz diken bir hırsızı öldürmesi istenir. Bruce, hırsızı öldürmek yerine orayı yakar. Kaçmaya çalışırken Ra's Al Ghul ile dövüşür. Ghul'u yenen Bruce, uçurumdan aşağıya düşmek üzere olan Henri Ducard'ı kurtarır ve bir köylünün evine götürür.
Bruce olayın ardından Gotham'a geri döner. Carmine Falcone, şehirdeki gücünü daha da arttırmıştır. Arkham Akılhastanesi'nin psikaytrlarından Jonathan Crane, yargılanan suçluları delirtmektedir. Bölge savcısının asistanı Rachel Dawes ve polis memuru James Gordon da suça karşı mücadele verenler arasındadır. Wayne Şirketi'ni yöneten William Earle, şirketi halka açmıştır. Gotham'ı bulunduğu bataklıktan kurtarmak isteyen Bruce Wayne, suç ile mücadele edebilmek için bir imge arayan Bruce, küçüklüğünde korktuğu yarasalardan ilham alarak Batman olur. Gerekli teçhizatları, Wayne Şirketi'nin mühendisi Lucius Fox'tan temin eder. Malikanenin altında bulunan yere, Yarasa Mağarasını inşa eder ve şirkete ait olan arabayı Batmobile haline getirir. Birgün, Bölge Savcısı öldürülür ve Wayne Şirketi'ne ait olan Su Buharlaştırıcı çalınır. Jonathan Crane'nin çevirdiği işte ona yardım eden Falcone, pay istedğini söyler. Crane diğer hastalarına yaptığı gibi Falcone'yi delirtir. Crane'nin görüştüğü her suçlunun delirmesinden rahatsız olan Rachel, ona kendi getirdiği bir doktorun da hastaları muayene edeceğini söyler. Crane bu durum karşısında Rachel'ı da delirtmeye çalışır. Fakat Batman olay yerine gelir ve Rachel'ı oradan alır. Panzehiri vermek için onu araca bindirip malikaneye götürmeye çalışan Batman'in peşinden polisler de gelir. Batman, polislerden kurtulup Rachel'ı malikaneye getirir.
Malikanesinde şehrin elit insanlarını toplayarak parti düzenleyen Bruce Wayne, Ra's Al Ghul ile tanışır. Onun öldüğünü söyleyen Bruce, Ghul'un aslında Henri Ducard olduğunu öğrenir. Ghul'un amacı, Su Buharlaştırıcısını kullanarak Crane'nin ilacını şehrin suyuna karıştırıp, Gotham'ı yoketmektir. Bruce, hiç de kibar olmayan bir tavırla konuklarını malikaneden kovar. Ardından Ra's Al Ghul'un adamları malikaneyi ateşe verir. Onları durdurmak isteyen Bruce'nin tepesine tahta düşer. Alfred, Ghul'un adamlarından birinin kafasına vurur ve bayıltır. Bruce'un yanına gidip ona yardım eder. Batman kostümlerini giyen Bruce, Ghul'un planını bozmak için harekete geçer. Batman, arabasını Gordon'a bırakıp Ghul'un yanına gider. Suçlular tarafından öldürülmek üzere olan Rachel ve onun himayesindeki küçük çocuğu kurtarır. Rachel'ın yanından uzaklaşırken gerçek kimliğine dair ipucu verir. Batman, Ghul'un bulunduğu metroya binip, planını engellemek için dövüşmeye başlar. Ghul, Batman'e planın gerçekleşmesini önleyemeyeceğini söyler. Batman'de ona engellemeye çalışmaktan bahsetmediğini söyler. Batmobile'in içindeki Gordon, metronun yol aldığı raylara ateş eder. Batman de, Ghul'a onu öldürmeyeceğini, ama yardımda etmeyeceğini söyler ve oradan uzaklaşır. Metronun içinde kalan Ghul ölür.
Bir halk kahramanı olan Batman, gazetelere çıkar. Lucius Fox, Wayne Şirketi'nin yeni CEO'su olur. Bruce, şirketi bazı paravan vakıflar kullanarak satın alır. Batman, Yarasa Sinyali'ni çalıştıran Gordon'un yanına gelir. Gordon şehri suçtan temizlemenin zor olacağını söyler ve son dönemlerde ortaya çıkan bir suçludan bahsederek Batman'e, onun ortalıkta bıraktığı Joker kartlarını verir. Batman icabına bakacağını söyleyip gecenin karanlığında kaybolur.