1997 yılında iki taraf arasında ateşkes görüşmeleri başladı. 2012 yılında ise barış müzakerelerinin başlamasıyla hükumet ile MİKC arasında ateşkes ilan edildi. Ateşkesin ardından Malezya, hükumet ile MİKC arasında arabuluculuk yaptı. Görüşmeler sonucunda Mindanao’da bağımsız bir devlet kurmaktan vazgeçildi ve Bangsamoro adlı yeni bir özerk bölge kurulması için anlaşmaya varıldı.
Moro Müslümanları 20. yüzyıla kadar kendi ülkelerinde bağımsız bir biçimde yaşamlarını sürdürdü, fakat toprakları 1946’da ABD sömürge yönetimi tarafından Hristiyan Filipinler devletinin idaresine bırakılınca bağımsızlıklarını kaybetti. Manila hükümeti daha sonra bölgeyi Hristiyan yapma politikası çerçevesinde adalarda yaşayan Müslümanlara baskı yapmaya başladı.
Müslüman halk ilk önce siyasi yollar ile bağımsızlıklarını kazanmayı denedi fakat hükümet güçleri etnik saldırıya başlayınca silahlı mücadele başlatmak zorunda kaldı. Bu amaçla 1970’li yıllarda Moro İslami Kurtuluş Cephesi (MİKC) kuruldu. Filipinler ordusu ile Moro Müslümanları arasında yaklaşık 40 yıl süren çatışmalarda 120 binden fazla insan öldü ve 2 milyon kişi mülteci oldu.
MİKC 2017’de hükümet ile vardıkları barış anlaşması dahilince hazırlanan Bangsamoro Temel Yasa Tasarısı’nı Devlet Başkanı Duterte’ye sundu ve kongre de bu yasayı onayladı. 21 Ocak 2019’da bir referandum yapılması kararı alındı.
Referandum sonunda çoğu üyesi Moro İslami Kurtuluş Cephesi’nden oluşacak 80 kişilik bir meclis kurulacak ve başbakan da kendi içlerinden seçilecek. MİKC üyelerinin %30’u silah bırakacak ve sivil hayata dönecek. Seçilen yönetim 2022 yılına kadar bölge idaresini yürütecek ve silahlı grup da silahlarını tamamen bırakacak.