"İşte, tam bize göre bir yer. Şehrimizi buraya kuracağız." dedi Komutan Mikrop. Mikroplar çılgınca alkışladılar başkanlarını. Komutan Mikrop, zeki ve kurnaz bir mikroptu. Eski topraklarından atıldıklarından beri, yeni yuvalarını bulmak için gece gündüz dürbünüyle etrafı gözetliyor; ölçümler yapıp haritalar üzerinde çalışıyordu.
Mikroplar tam ümitsizliğe kapılmış ve şikâyet etmeye başlamışlardı ki, komutan o çocuğu fark etti. Çocuk, bir gün içinde tam tamına ikisi çikolatalı ikisi çilekli olmak üzere dört dilim pasta, kucak dolusu şekerlemeyle fıstıklı lokum, beş gofret, kocaman vanilyalı bir top kek ile hepsinin üstüne bir külah karışık dondurmayı yemiş; ancak yatmadan önce ne ağzını yıkamış ne de dişlerini fırçalamıştı. Doğrusu çocuk, mikroplar için tam anlamıyla eşi bulunmaz bir nimetti. Çocuğu izledikçe, Komutan Mikrop'un da gözleri sevinç ve heyecanla parladı, ağzı sulandı. Gelecekteki mutlu günlerini düşünerek tatlı düşler kurdu.
Hemen kolları sıvamak gerektiğini bildiği için de, "Haydi, mikroplarım iş başına!" diyerek herkesi çalışmaya davet etti. Mikroplar da çabucak komutanlarının dediklerini yapmaya başladılar. Önce küçücük kulübeler yaptılar. Zaten Komutan Mikrop, günler öncesinden zayıf noktaları belirlediği için, kolayca çukurlar, tüneller açtılar; geniş yollar kazdılar. En sonunda sıra en önemli yapıya, mikrop kentin kalesine gelmişti.
Mikroplar mutluydular. Güle oynaya çalışıyor, her gün yeni binalar inşa ediyorlardı. Üstelik başka yerlerden mikroplar da akın akın yanlarına geliyordu.
Ancak, günün birinde bir sabah vakti büyük bir gürültüyle uyandı mikroplar. Yer yerinden oynuyor, çatılar, duvarlar yıkılıyor; mikroplar da korkuyla koşuşturuyorlardı. Komutan Mikrop ise evinin penceresinden olan biteni şaşkınlıkla izliyor ve neler olduğunu anlamaya çalışıyordu.
Tam arkadaşlarını uyarıp birkaç laf etmek için ağzını açmıştı ki; kocaman bir fırça Komutan Mikrop'u da arkadaşlarını da silip süpürdü. Mikroplardan geriye tek bir taş bile kalmadı. Evler, yollar, tüneller hepsi yok olup gitti. Çünkü çocuk nihayet ağzındaki çürükleri fark etmiş, güzelce dişlerini fırçalıyordu.