Bitkilerle ilgili en yaygın ve en büyük yanılgı; hiçbir yan etkiye neden olmadıkları, doğal oldukları için tamamen zararsız olduklarıdır.
Bazı bitkiler doğada bakteri, virüs, mantar. böcek gibi doğal düşmanlarından korunmak için güçlü toksik maddeler üretir. Hatta digitoksinler gibi bazı bitkisel toksik maddeler çok düşük dozda tedavi edici etkinlik de gösterebilir. Bunlar fitoterapinin değil, farmakognozinin konusudur ve digitoksin gibi toksik maddeleri bulunduran bitkiler fitoterapi uygulamalarında kullanılmaz. Fitoterapide kullanılan bitkiler düşük-orta etkili bitkilerdir. Gelgelelim bu bitkiler de çeşitli yan etkilere neden olabilmektedir. Bu yan etkiler deri, karaciğer-gastrointestinal, pulmoner, kardiyovasküler, endokrinal, renal, hematolojik, nörolojik tüm organ ve sistemleri tutabilir.
Bu istenmeyen durumlar kişinin yaşı, cinsiyeti, genetik yapısı, beslenme durumu, mevcut hastalıkları ve aldığı diğer tedavilere bağlı olarak farklı şekillerde seyretmektedir. Örneğin dermatitten anaflaksiye kadar uzanan deri reaksiyonları ve ışığa duyarlılık meydana gelebilir, veya kabızlık için sıklıkla kullanılan antranoid laksatif molekülleri içeren sinameki bitkisi uzun süre kullanıldığında kolorektal kanserlere dahi neden olabilir.
Paracelsus'un sözünü asla unutmayalım: "Toksik etki oluşturmayan hiçbir madde yoktur, ilaçla zehri birbirinden ayıran yegane fark dozdur."