Ömer el-Beşir 1 Ocak 1944 tarihinde, Sudan'ın Hosh Bannaga bölgesinde doğdu. İlk eğitimini bu köyde aldı. Daha sonra ailesi ikinci eğitimini alacağı yere, Hartum'un taşındı. El-Beşir, 16 yaşında Sudan ordusuna katıldı. Kahire'deki askeri akademide eğitim aldı, 1966'da Sudan Askeri Akademisi'nden mezun oldu. Paraşütçü subay oldu. Sonra, el-Beşir 1973 yılındaki Yom Kippur Savaşı'nda, Mısır'ın İsrail'e saldırması sonucu Mısır ordusunda görev yaptı.
1989'da tuğgeneral rütbesiyle görev yaptığı Sudan ordusu kansız bir darbeyle hükümeti devraldı ve Ekim 1993'te cuntanın kendisini feshetmesinden sonra devlet başkanlığına getirildi. Ömer el-Beşir, 4 Mart 2009 tarihinde Savaş Suçları Mahkemesi'nce Darfur'daki çatışmaların sorumlusu olarak resmen suçlandı. Birleşmiş Milletler'e göre, çatışmalar sırasında 300 bin kişi öldürülmüş ve 2 milyon 700 bin kişi de evlerini terk etmek zorunda kalmıştır.
1973 savaşında İsrail'e karşı Mısır ordusunda savaşan Beşir, ülkenin güneyinde faaliyet gösteren Sudan Halk Kurtuluş Ordusu'na karşı mücadelede görev yaptı.
1975 yılında, el-Beşir, Sudan askeri ataşesi olarak Birleşik Arap Emirlikleri'ne gönderildi. Yurda dönüşünde bir garnizon komutanı yapıldı. 1981 yılında, zırhlı paraşüt tugay komutanı oldu.
Sudan'a döndüğünde, Sudan Halk Özgürlüğü Ordusu'nda görev aldı. 1980'lerde general olurken, el-Beşir 1989 yılında demokratik yollarla seçilen devlet başkanı Sadık el-Mehdi'yi devirecek olan askerî darbede yer aldı. Ardından tüm siyasi partileri kapadı, basını sansürledi ve parlamentoyu feshetti. Yasamaya ilişkin ve ülkenin üzerinde yürütmeyle ilgili güçle yeni kurulan bir organ olan Devrimci Hareket Konseyi'nde kürsü başkanı oldu.
Beşir, 2005'te 21 yıllık iç savaşı sona erdirmek için Sudan Halk Kurtuluş Hareketi lideriyle barış anlaşması imzaladı, ancak bunun bir yenilgi olmadığını vurgulamak için hayli çaba sarf etti.
Beşir' Sudan'ın birlik ve bütünlüğünü korumaya çalışırken barış anlaşmasının bir parçası olarak ülkenin güney bölümünün 2011'de ayrılmak için referanduma gitmesine engel olmak istedi.
Dolar taşımanın idamla cezalandırılabildiği ülkede, petrol gelirleriyle cepler dolarla dolunca kontroller gevşetildi ve telekomünikasyon sisteminde devrimci yenilikler yapıldı.
14 Temmuz 2008'de Uluslararası Ceza Mahkemesi (UCM) Savcısı Luis Moreno-Ocampo, Ömer el-Beşir'in soykırım, insanlığa karşı suç ve Darfur'da savaş suçu işlediği gerekçeleriyle suçladı ve tutuklanmasını talep etti. Bunun üzerine Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (UCM) savaş suçu ve insanlığa karşı suç işlemekten el Beşir hakkında tutuklama emri çıkarttı. Sudan Devlet Başkanı resmi olarak suçlanırsa Ömer el-Beşiriçin görevi başında bulunurken hakkında dava açılacak ve ilk UCM zanlısı devlet başkanı olacak.