Yamato, zalim İmparator Zordan ve "Comet İmparatorluğu" ile savaşının sonunda Dünyaya geri dönmüştür. Savaş sırasında gemiden ayrılan mürettebat hastaneden çıkışlarında Yamato'nun sağ salim geri döndüğünü görünce çok sevinir. Ancak, bu sevinç fazla uzun sürmez. Sonuçta, geride birçok kayıp bırakılmıştır. Anıt mezara gittiklerinde Tokugawa'nın oğlu Tasuke ile karşılaşırlar. Tasuke okuldan yeni mezun olmuştur ve eğitimi tamamlamak için diğer öğrenciler gibi Yamato'ya stajyer olarak başlar. Planda olmayan bir savaş ve gelen bir yardım sinyali ile eğitim iptal edilir. Gelen yeni emir ile birlikte Yamato savaşın içine girer.