Osmanlı donanması inanılmayacak kadar kısa bir sürede inşa edilmişti. Ancak gemi yapımı için normal süreç dışına çıkıldığı için daha sonra problemler yaşanacaktı. Gemi yapımı için imparatorlukta malzemeler bolca vardı. Ahşap kısımlar ve yelkenlerin de bir kusuru yoktu. En önemli eksiklik mürettebattı. Yetenekli denizciler İnebahtı’da kaybedilmişti ve bu eksiğin telafisi yoktu. Özellikle yetenekli gemi reisleri bulmak neredeyse imkansızdı.
Gemi yapımı sırasındaki en büyük zorluklardan biri, ağaçların kesimindeydi. Ağaçlar ne zaman gerek duyulursa o zaman sadece o anki ihtiyaç için kesilir, asla önceden yeterli miktarda kurumuş ağaç depolanmazdı. Bu yüzden çoğunlukla henüz yaşken ve yeşilken biçilip, işlenmeye başlanırsa, gemiler daha suya salındıkları gibi kurumaya, çürümeye veya su almaya başlarlardı. Zinkeisen’in, dönemin İtalyan gözlemcilerinden aktardığı bilgilere göre Osmanlı donanması yapıldıktan bir süre sonra kullanılamaz hale gelmişti.