Çene eklemi rahatsızlıklarının birkaç nedeni vardır ve mevcut rahatsızlık bu nedenlerden herhangi biri ile ilişkili olabilir. Eklem içerisindan kaynaklanan (klik sesi, çenenin kilitlenmesi) problemler çeşitli travma türleriyle ilişkili olabilir. Çene alınan darbe gibi kaba travmalar, eklemin iç yapılarını değiştirerek eklem seslerine yol açabilir. Ayrıca yemek yeme, esneme, bağırma, diş sıkma, diş gıcırdatma veya uzun süre ağzın açık kalması gibi eklem içerisindeki bağlarda gerilme ve yırtılmalara sebep olabilecek hafif yaralanmalar da eklem rahatsızlıklari ile ilişkilendirilebilir.
Hastanın şikayeti kas ağrısı olduğunda, travma dışındaki etiyolojik faktörlerde göz önünde bulundurulmalıdır. Çiğneme kaslarındaki ağrı, boyun ve sırttaki diğer kas ağrısına benzer nedenlere sahiptir. Duygusal stres, birçok hastada kas ağrılarında önemli rol oynamaktadır.
Travma ve duygusal strese ek olarak, çene ekleminde ve çiğneme kaslarında herhangi bir patoloji varlığı veya dişlerin kapanışında herhangi bir bozukluk olup olmadığı, çene eklemi rahatsızlıklarında değerlendirilmesi gereken diğer kriterlerdir.