Beş yıldan uzun süre sonra, ikinci nesil model orijinal modelin ortadan motorlu yapısını ve sürüş keyfini korudu ve aynı zamanda daha üst seviye bir pazara hitap etmeye başladı. Daha büyük ve daha egzotik görünümlü gövde, yüksek kaliteli iç mekan ve daha kaliteli ve konforlu bir sürüş MR2'nin daha da çekici olmasını sağladı ve bu sağlam temeller ile on yıl gibi inanılmaz bir süre boyunca ikinci nesil MR2'nin satışı ve araca talep sürekli olarak arttı.
Üçüncü ve son nesil aynı ada sahip olsa da (Japonya'da MR-S oldu) bu kesinlikle dolaylı bir değişimdi. Önceki modelin daha büyük, daha olgun kişiliği gitti ve yerine daha küçük, daha hafif ve daha uygun fiyatlı bir üstü açık roadster geldi. Yeni MR2 Roadster sonraki yüzyıl için saf ve dinamik bir spor araçta olması gereken tüm özelliklere sahipti.
MR2, Celica gibi dünya çapında spor araç pazarındaki durgunluktan nasibini aldı ve 2007 yılında üretimi sona erdi. Yirmi üç yıl boyunca üretilen MR2, o kadar çok insanın hayatını etkilemişti ki kolayca unutulmayacaktı.