Balıkesir Üniversitesi'nin temeli 1910 yılında kurulan Karesi Muallim Mektebi'ne kadar uzanır. Bu okul Milli Eğitim Bakanı Mustafa Necati Bey'in özel ilgileri ile 1932 yılında bugün Necatibey Eğitim Fakültesi olarak faaliyet gösteren binaya taşınmıştır. 1982 yılına kadar Balıkesir'deki Yüksek Öğretim Kurumlarının sayısı dörde ulaşmıştır: Necati Eğitim Enstitüsü, Devlet Mühendislik Mimarlık Akademisi, Balıkesir İşletmecilik ve Turizm Yüksekokulu, Balıkesir Meslek Yüksekokulu. Bu kurumlar 1982 yılında 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile isim ve statü değiştirmişler ve Uludağ Üniversitesi'ne bağlanmışlardır. Necatibey Öğretmen Okulu 1932 - 1982 yılları arasında Necatibey Eğitim Enstitüsü adıyla öğretmen yetiştirmeye devam etmiş; 1981 yılında üç yıllık statüsünden çıkarılarak, 4 yıllık "Yüksek Öğretmen Okulu" statüsüne alınmış; 1982 yılında da Uludağ Üniversitesi'ne bağlanarak bu kuruma Necatibey Eğitim Fakültesi ismi verilmiştir. Aynı şekilde Balıkesir İşletmecilik ve Turizm Yüksekokulu'nun ismi Balıkesir Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu olarak değiştirilmiş, iki yıllık Balıkesir Meslek Yüksekokulu'nun ismi ise aynı kalmıştır. Uludağ Üniversitesi'nin çatısı altında on yıl kalmış olan bu kurumlar, sağlıklı ve istikrarlı bir gelişme ile Balıkesir Üniversitesi için güçlü bir alt yapı oluşturmuşlardır. Balıkesir Üniversitesi, 11 Temmuz 1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazete'de yayınlanan 3837 sayılı kanun gereğince kurulmuş olup; 1 Ocak 1993 tarihinden itibaren tüzel kişilik kazanarak bugün 11 Fakülte, 5 Enstitü, 5 Yüksekokul, 16 Meslek Yüksekokulu, 12 Araştırma Merkezi, 1 Araştırma Laboratuvarı, 4 Bölüm, 858 öğretim elemanı ve 34315 öğrenci ile faaliyetlerini sürdürmektedir.