Çaykur Rizespor maçında 22, Beşiktaş karşısında da 16 dakika forma şansı bulan Emmanuel Emenike, Antalyaspor karşısında mücadeleye ilk 11'de başladı.
Son olarak 24 Ekim 2016 tarihinde deplasmanda oynanan Atiker Konyaspor mücadelesinde ilk 11'de sahaya çıkan ve bu maçta attığı golle takımının 1-0 galip gelmesini sağlayan Nijeryalı oyuncu, tam 23 hafta sonra Fenerbahçe formasıyla ilk 11'de sahaya çıktı. Teknik Direktör Dick Advocaat, Robin van Persie'yi yedek soyundururken, bu futbolcunun yerine Emenike'yi ilk 11'de oynattı.