XCAP kromozom kollarına özgü boyama probları insan kromozomlarında p ve q kollarını kesin bir şekilde hedef alarak farklı renklerde boyamaktadır. Normal boyama problarına göre genom üzerinde meydana gelen değişiklikler hakkında daha fazla bilgi verir. XCAP ‘ler kromozom içi değişimlere ek olarak kollar arası değişimlerde de (mesela perisentrik inversiyon) tercih edilmektedir. Bu prob kromozomların p kolunu direkt olarak yeşile, q kolunu ise direkt olarak kırmızı renge boyayarak işaretler.