Mucizevi Pokémon ait bir yumurta, korsan Phantom tarafından denizde bulunur, ancak daha sonra Phantom'un mürettebat üyelerinden birinin kılığında olan Jack "Jackie" Walker tarafından geri püskürtüldü. Walker, Marina Grubu'nun soyundan gelen Su Halkları tarafından yaptırılan bir denizaltı saray olan Samiya'ya Manaphy Egg sunmak için Su Türleri konusunda uzmanlaşmış seyahat eden bir sirk ailesi olan Marina Group'a katılır. Pokémon Eğitmeni Ash Ketchum, Pikachu ve arkadaşları Brock, May ve Max, yolculuklarında kaybolur ve Marina Grubu ile su aramaya başlarlar ve yanlışlıkla Walker'ın görevine karışırlar.