Sebastien Frey, 18 Mart 1980 yılında Fransa'da doğdu. Frey, kariyerine 17 yaşında Cannes takımında başladı. İlk resmi maçına 20 Eylül 1997 tarihinde Stade Rennais ile oynanan maçta çıktı.
Inter'in gözlemcisi Walter Zenga'nın raporları doğrultusunda 1998 yılının yaz aylarında Internazionale'nin yolunu tuttu. Frey, Inter'deki ilk sezonunda Gianluca Pagliuca ve Andrea Mazzantini'nin ardından takımın üçüncü kalecisi olarak görev yaptı. Ocak ayında Mazzantini'nin Perugia'ya gitmesiyle takımın ikinci kalecisi oldu. Inter'in formasını ilk kez 19. yaş gününden üç gün sonra 21 Mart 1999'da 4-0 kaybedilen Sampdoria maçında giydi.
1999-00 sezonunda Verona'ya kiralanan Frey, burada oynadığı dönemde haftalık futbol dergisi Guerin Sportivo tarafından Guerin d'Oro ödülüne layık görüldü. Ertesi sezon Inter'e dönmesine karşın, beklentileri karşılayamayınca 2001-02 sezonu başında Sergio Conceiçao karşılığında Parma'ya transfer oldu. Parma'nın Frey'i transfer etmesinde ki en büyük etken ise Gianluigi Buffon'un Juventus'a gitmesiydi. Parma'da deneyim ve yeteneklerini tekrar göstererek adeta yeniden doğdu. Takımıyla 2001-02 sezonunda İtalya Kupası şampiyonluğu yaşadı.
Frey, 24 Haziran 2005 tarihinde Hellas Verona ve Parma'dan eski teknik direktörü olan Cesare Prandelli tarafından ilk olarak bir yıllığına kiralık, daha sonra ise 5.000.000€ karşılığında bonservis bedeliyle Fiorentina'ya alındı.[1] 10 Ocak 2006'da Juventus ile oynanan İtalya Kupası maçında girdiği bir mücadelede sol diz ve ön çapraz bağlarından sakatlanarak o sezonun ikinci yarı maçlarında oynayamadı. 1 Ağustos 2008 tarihinde Fiorentina takımıyla olan sözleşmesini 2013 yılına kadar uzattı. Ancak 2011-12 sezonu öncesi Genoa ile 5 yıllık sözleşme imzaladı. Frey 2013-14 sezonunda Bursaspor ile anlaştı.