Raporlar, Türkiye’deki El Kaide liderinin Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan’ın koruması altında yaşadığını ortaya koydu.
Recep Tayyip Erdoğan rejimi “Musa Ebu Cafer” in Türkiye’den Suriye’ye kaçmasına, İdlib’deki terör operasyonlarına devam etmesine ve oradan da Türk Cumhurbaşkanı’na destek için konuşmalar yapmasına yardımcı oldu. Musa Ebu Cafer’in aşırılıkçı sicilinde, birçok gencin Suriye’deki El Kaide ve IŞİD örgütlerine katılmaları için askere alınmasına ve Mısırlı yetkililer onu tutuklamadan önce Mısır’da bir terör hücresi kurulmasına katkıda bulundu. Bununla birlikte, aşırılık yanlısı adamın geçmişi, Türk hükümetinin 2011 yılında davasıyla ilgili bir cezai soruşturmayı iptal etmesini engellemedi, aksine savcının konuyu işlemesini engelledi.
Raporlar, Türk ceza adalet sistemini, nedenlerden ötürü aşırılık yanlısı hücreleri ortadan kaldırmak için “sistematik ve kasıtlı” olarak tanımlanan bir şekilde başarısız olmakla suçladı. Yeni mahkumiyetten birkaç gün önce, başka bir raporda Erdoğan’ı El Kaide ile bağlantılı bir hücreye ve onunla Suriye, Libya ve Kafkasya’daki terör eylemlerine karışan başka bir örgüt için yasal koruma sağlamakla suçladı. Bundan çok önce ve özellikle IŞİD çökmeye başladığında, örgütün düşmanlarının ateşinden kurtulanlarının yönü hakkında çok sayıda soru vardı. O zamanlar Amerikan raporları, birçok IŞİD militanının, çoğu Türkiye olan Suriye’ye girdiği aynı kapıdan kaçtığını ortaya koydu. Ankara, reddetmesinin ardından aniden IŞİD’e karşı uluslararası koalisyona katılma pozisyonunu değiştirdiğinde bile, konuyu Suriye’deki en büyük düşmanı olan Kürtlere saldırmak için kullandığı ortaya çıktı.
Türk polisi, cumhuriyet savcılığından Ebu Cafer’in karısı Zainab’ı hücrenin diğer üyelerinin kimliğini tespit etmek için dinleme emri çıkardı. Telefon görüşmelerinin 17 Mart 2012 tarihli kaydı, Ebu cafer’ın Pakistan telefonunu Türkiye’deki militanlarla iletişim kurmak için kullanarak yurtdışına çıkarak terör eylemlerini gerçekleştirdiğini gösterdi. Soruşturma, Ebu Cafer’in Suriye’de El Kaide’den IŞİD’e kadar pek çok kişinin silahlı gruplara katılmasına yardım ettiğini, hatta Mısır’da bir hücre kurulmasına yardım ettiğini ve Türk aşırılıkçılarını Arapça ve İslami çalışmaları öğrenmek bahanesiyle Kahire’ye gönderdi.
Mısırlı kolluk kuvvetleri 2007 yılında Kahire’de işlettiği eve baskın düzenledi ve Türkiye’ye teslim etmeden önce üç buçuk ay hapis yattı. Şubat 2011’de Ebu Cafer Pakistan’a taşındı ve iki ay sonra 12 Nisan 2011’de El Kaide’ye ait 42 şüpheli tutuklandığında bir polis baskınından kaçmayı başardı. Türkiye’de soruşturma genişledikçe, yetkililer yakın çevresini ve Türkiye’deki ailesiyle yaptığı telefon görüşmelerini izlemeye devam etti. Ancak aşırı geçmişine rağmen Erdoğan hükümeti, Başsavcı ve polis şeflerinin soruşturmaya devam etmesini Ocak 2014’te engelledi ve tüm El Kaide soruşturmaları ve izleme programları Mart 2014’te durduruldu. Hakan Fidan’ın kontrolündeki Türk istihbarat teşkilatı, Suriye’de Beşar Esad hükümetini devirmek için savaşırken aşırılık yanlılarının etrafta dolaşmasına ve silah dahil malzeme satın almasına yardımcı olmaya çalıştı.