Bazı tarih kitaplarında, Yeniçeri Ocağı’nın Hacı Bektaş-ı Veli’den dua alınarak kurulduğu iddia edilirse de, bunun aslı yoktur. Hacı Bektaş-ı Veli, Osmanlı Beyliği’nin kurulmasından önce XIII. yüzyılın ikinci yarısında ölmüştü. Osmanlı sultanları gaziler arasındaki güçlü kült sebebiyle ocağı ona bağladılar. XIV. yüzyılın ikinci yarısında Yeniçeri Ocağı, kendisini Hacı Bektaş geleneğine bağlarken, XV. yüzyılda ise ocak, tarikatla resmen birleşti.
Yeniçeri Ocağı’nda, Hacı Bektaş-ı Veli Zaviyesi’ni temsil eden bir babanın bulunması, ocakla Bektaşi tarikatı arasındaki bağı devam ettirdi. Yeniçerilerin, Bektaşililikle bağlantısı sebebiyle ocaklarına, Ocağ-ı Bektaşiyan, kendilerine ise Taife-i Bektaşiye, Zümre-i Bektaşiyan, ocaktaki terfi silsilesine de Silsile-i Tarik-i Bektaşiyan da denilirdi. Yeniçeri Ocağı’nın kaldırılmasından en fazla etkilenen topluluk, onlarla olan ilişkilerinden dolayı Bektaşiler’di.
Bazı Bektaşi babaları idam edildi. Bektaşi tekkeleri ise kapatıldı, yıktırıldı veya başka tarikatlara verildi. Bektaşi kitapları yakıldı ve Hacı Bektaş şeyhi de Amasya’ya sürüldü. Birçok Bektaşi de yerlerinden alınıp, ülkenin başka kesimlerine gönderildi. Gönderildikleri yerde gözetim altında tutuldular. Bu kargaşa ortamında Bektaşi olmayan birçok kişi de aynı muameleye maruz kaldı.