1782-1783 yıllarında donanmanın yeni gereksinmeleri göz önünde tutularak Camialtı’nda Hasan Paşa tarafından yeni bir Mühendishane binası yaptırılmış, bu okul 1795’te Halıcıoğlu’ndaki Kara Mühendishanesi Mühensihane-i Amire ile birleştirilmiştir.
1834 yılında giderek artan öğrenci mevcudunun bir bölümünü oluşturan Gemi Seyir kısmı Heybeliada’da bulunan ve II. Mahmut’un yaptırdığı Kalyoncu Kışlası'na taşınmıştır.
Daha sonra, halen Kasımpaşa Deniz Hastanesi’nin bulunduğu yerdeki Cezayirli Gazi Hasan Paşa Konağı satın alınmış, burada 1838 yılında tamamlanan 400 öğrenci kapasiteli yeni bir Deniz Mühendishanesi yapılarak tüm okulun yeniden bir arada eğitim ve öğretime başlaması sağlanmıştır.
1839 yılında Tanzimat Fermanı’ndan sonra okulun eğitim ve öğretiminde çeşitli yenilikler yapılmış, adı Mekteb-i Bahriye-i Şahane olarak değiştirilmiştir.
Okul 1851-1852 Eğitim yılında ikinci kez ve yine Heybeliada’da Kalyoncu Kışlası'na taşınmış, 1853 yılında 4 sınıflı İdadi (lise) kısımları açılmıştır.
1928 yılında Bahriye Mektebi'nin adı Deniz Harp Okulu ve Deniz Lisesi Komutanlığı olarak değiştirilmiştir.
Deniz Lisesi 1963 yılında Deniz Harp Okulu’ndan ayrılmış, 1963-1964 Eğitim yılında Deniz Eğitim Komutanlığı’na ait binanın bir bölümünde öğretime başlamıştır. Bu bina 1971 yılında Deniz Lisesi Komutanlığı’na bırakılmıştır. Deniz Harp Okulu’nun 1985 yılında Tuzla’daki tesislere yerleşmesinden sonra Deniz Lisesi Komutanlığı, Deniz Harp Okulu ve Deniz Eğitim Komutanlığı’na ait binalarda konuşlanmıştır.
Deniz Lisesi Komutanlığı Aşağı Komplekste yeni eğitim öğretim binalarının inşasının tamamlanmasını müteakip 9 Şubat2004 tarihinden itibaren Hazırlık Sınıfı Yukarı Komplekste Lise Sınıfları Aşağı Komplekste olacak şekilde öğretim faaliyetlerine bir süre devam etmiştir. Ancak yukarı okul kompleksinin deniz astsubayların ingilizce eğitim alacakları( 30/06/2010)bir yer olması nedeniyle uzun bir süreden sonra ilk defa tüm sınıflar aşağı okulda okuyacaklardır. Bu liseye ALS sınav aracılığıyla girilmektedir.Ve 2008-2009 öğretim yılından itibaren 5 yıla çıkarılmıştır..