Maltepe Gençler Birliği adı altında 1923 yılında kurulmuştur.
1949 yılına kadar bu isimle mücadele eden Maltepespor bu tarihte Maltepe Gençlikspor adını almıştır.
1955 yılında kurulan Güneşspor daha sonra Ağaspor takımlarının Maltepespor adı altında birleşmesiyle bugünlere gelmiştir.
1923 yılından bu güne kadar çeşitli değişimler geçiren Maltepespor günümüzdeki haline 1987-1988 yılında gelmiştir.