Haçova’dan sonra, düşmana öldürücü bir darbe vurulmadığı için savaş 10 yıl daha devam etti. Sınırın önemli kalelerinden Kanije 22 Ekim 1600’de antlaşma ile Osmanlılar’a teslim oldu. Avusturya Arşidükü Ferdinand, bir yıl sonra kaleyi geri almak için büyük bir orduyla şehrin önlerine geldi. Ancak kale kumandanı Tiryaki Hasan Paşa'nın üstün gayretleri sonucunda Avusturya ordusunu büyük bir bozguna uğrattı.
Bu dönemde 1603 yılında ölen III. Mehmed’in yerine I. Ahmed hükümdar oldu. Osmanlılar’ın yazın ele geçirdiği kaleler, kış gelince tekrar elden çıkıyordu. Avusturyalılar, Mart 1598'de sınır savunmasında önemli bir mevki olan Yanıkkale’yi ele geçirdiler. Asi Eflak Prensi Mihail, Avusturya’nın yardımıyla önce Erdel’i, ardından da Boğdan’ı işgal etti. Boğdan yüzünden Eflak Prensi ile Avusturya hükümdarı birbirine girince, Osmanlılar Lehistan ile birlikte hareket edip, üç prensliği de ele geçirdi. Bu bölgelere kendilerine tabi olan voyvodaları getirdiler.
Rumeli Beylerbeyi Lala Mehmed Paşa komutasındaki ordu, Avusturya işgaline girmiş Peşte’yi Eylül 1605'de geri aldı. Avusturya’nın işgal ettiği topraklarda Katolikliği baskı unsuru olarak kullanması, Protestanlar’ın Osmanlı safına geçmelerini sebep oldu. Lala Mehmed Paşa, Avusturyalılar’a karşı isyan edenlere yardım ederken, Estergon ve Vişegrad’ı fethetti. Akıncıların Avusturya topraklarına girmesiyle, Habsburglar Erdel’i tamamen boşalttılar.
Osmanlılar, savaşta üstün duruma geçmişlerdi ancak İran sınırında savaş ihtimali vardı. Avusturya İmparatoru da hakimiyeti altındaki Macar topraklarında isyanlarla uğraşıyordu. Bu şartlar altında 11 Kasım 1606’da Zitva Nehri ile Tuna’nın birleştiği Zitvatorok’ta antlaşma imzalanarak, savaşa son verildi.
Avusturya, hakimiyeti altındaki Macar toprakları için verdiği vergiyi son defa verecek ve yazışmalarda Osmanlı padişahı ile Avusturya hükümdarı denk sayılacaktı.