kaynaklara göre 13. Yüzyıla kadar İslamlaşma süreci tamamlanan Doğu Türkistan Türk tarihinde birçok devletin kurulduğu bir coğrafyaydı. Bu coğrafyada Türk Devleti olan Çağataylılar, Timurlular ve son olarak Doğu Türkistan Cumhuriyeti adı altında devletler kuruldu. Ancak birbiri ardına gelen bu Türk Devletleri silsilesi Çin Mançu İmparatorluğu'nun Doğu Türkistan'ı tam anlamıyla işgali ile sekteye uğradı. İşgalin gerçekleştiği 1757 yılı sembolik olarak 751 yılında gerçekleşen ve Türklerin(Karluklular) Çinlilere (Tang Hanedanı) karşı Müslümanları(Abbasi Devleti) desteklediği ve Çin'in ağır bir yenilgiye uğradığı Talas Savaşı'nın da bininci yılına denk geliyordu.
Doğu Türkistan'ın işgalinden sonra bölgede güven ortamı tamamen sarsıldı ve hem sınır boylarında hem de ülke içinde büyük ihtilaflar yaşandı. Meskun Uygurlular gerçekleşen işgale karşı birçok ayaklanmada bulundular. Bu ayaklanmalar ülke geneline yayıldığında büyük ölçüde beklenen sonuçları verdi ve ilk olarak Yakup Han liderliğinde Kaşgariye Devleti 1865 yılında kuruldu. Ancak 1878 yılında Rus İmparatorluğu'nun desteğini alan Çin Devleti daha ağır bir harekat ile ülkeyi tekrar işgal etti. Ağır işgal politikası 1884 yılında ülkenin isminin Çince'de Yeni Devlet anlamına gelen Xinjiang ile değiştirilmesine kadar ilerledi. Kısmen aralıklarla ayaklanmalar olsa da 1884 yılından sonraki en büyük olaylardan biri 17 Kasım 1933'te çıktı ve neticesinde Doğu Türkistan İslam Cumhuriyeti'nin ilanı gerçekleşti ancak Sovyetlerin desteğiyle bu devlet 5 yıl sonra sert bir müdahale ile Çinliler tarafından tekrar işgal edildi. Takip eden süreçte 1944 yılında yeni bir başkaldırı ile Doğu Türkistan Cumhuriyeti kurulur ancak aynı şekilde 5 yıl sonra tekrar gerçekleşen işgalde 26 Eylül 1949 yılında Çin bölgede hakimiyetini kurdu. Doğu Türkistan 13 Ekim 1949 tarihinden bu yana Çin devletinin işgali altındadır. Komünist Çin Yönetiminin Kızıl Ordu ile 1955'te kurulan Xinjiang Uygur Özerk Bölgesi günümüze dek gelen süreçte Çin Halk Cumhuriyeti'ne bağlı 5 büyük otonom yapısından en büyüğü durumundadır. Bölgenin resmi isminde “özerk” tabiri olmasına rağmen Uygurların kendilerini yönetme ve temsil etme hakları bulunmamaktadır. Doğu Türkistan'daki bütün önemli siyasi, yönetim ve ekonomik pozisyonların %90'ı Çinlilerin elindedir. Çin – Uygur ihtilafı sürekli olarak Budistlerin Müslümanlara yönelik katliamı olarak gündeme gelse de aslında sorunun temelinde dini ya da inanç farklılığından kaynaklanan bir gerekçe olmadığı söylenebilir. Her ne kadar sürekli olarak dini semboller üzerinden söylem geliştiriliyor ve inanç temelli ayrımlar ile iç savaşlarda çatışmalar yaşanıyor olsa da Çin – Uygur münasebetlerinin ilk tetikleyicisi bölgenin stratejik konumundan kaynaklanıyor. Artık kültürel mimariler, okullar, bankalar, giyim mağazaları da birer işgal enstürmanı. Modern işgal süreci doğrudan Doğu Türkistan halkının bedenin dahi iş gücü olarak kullanılması üzerinden işliyor. Bu işgal yalnızca top ve tüfekle yapılmıyor; Kaşgar vilayetinde olduğu gibi birkaç yıl önce başlayan yıkımlarla şehir kentsel dönüşüm bahanesi ile tamamen Çin mimarisi ile donatılıyor, Çince'nin 1950'li yıllarda seçmeli ders olarak belirlenmesinden sonra şuanda Çince zorunlu bir ders olarak eğitim kurumlarında dikte ediliyor. Ancak buna ek olarak dini sembollerin ortaya çıkışı gibi sorunun ortaya çıkmasında temel bir gerekçe sunmuyor. Sistematik şekilde Çin'deki Han soyundan olan Çinlilerin Doğu Türkistan'a iskan edilmesi ve gelinen noktada ülke nüfusunun neredeyse yarı yarıya paylaşılması kimlik tartışmalarını da gündeme getirdi.Doğu Türkistan'da yaklaşık olarak 20 milyon Uygur yaşamaktadır. Kadim Uygur dili bugünkü Uygurların da dilidir. Günümüzde Doğu Türkistan'ın resmi yazı dili Uygurca-Arapça alfabesiyle yazılmaktadır.