Asıl adı Hasan’dır. Şer’î ilimlerdeki vukûfiyeti sebebiyle “Hâce”, İslâm’a hizmetleri nedeniyle Muînüddin, tasavvuf silsilesinde yer alan Ebu İshak Çiştî k.s.’a nispetiyle de “Çiştî” nisbesini almıştır. Horasan’da büyüyüp yetişen Muînüddîn-i Çeştî'nin babası Gıyâsüddîn Hasan, aslen Senceristanlı olup, sâlih ve müttekî bir zât idi. Üç evlâdı vardı. Muînüddîn on bir yaşında iken babası vefât edince, kalan mîrâs üç kardeş arasında taksim edildi. Bu taksimde, Muînüddîn-i Çeştî hazretlerine bir bağ düştü. Bağla meşgûl olduğu bir gün, İbrâhim Kunduzî adında bir velî yanından geçiyordu. Ayağa kalkıp ona hürmet gösterdi ve elini öptü. Sonra bağına dâvet edip gölgeye oturttu, üzüm ikrâm etti. Fakat o zât üzüme rağbet etmeyip, koynundan bir parça kuru ekmek çıkardı. Dişi ile biraz koparıp, Muînüddîn-i Çeştî'ye yedirdi. Ekmek parçasını yer yemez, kalbinde birdenbire bir nûr hâsıl oldu. Dünyâdan tamâmen soğudu. Kalbinde büyük bir zevk ve muhabbet-i ilâhî hâsıl oldu. Sonra, babasından kalan bağı ve diğer malları fakirlere sadaka verdi. İlim öğrenmek için seyâhatlere çıktı. Önce Horasan'a gidip orada Kur'ân-ı kerîmi ezberledi. Aklî ilimleri öğrendi. Buradan Semerkand'a geçti. Irak'a gitmek için yola çıktı. Yolu Hârun kasabasına uğradı ve zamanının en meşhûr velisi Osman Hârûnî hazretlerini tanımakla şereflenip talebesi oldu.
Senelerce hocası Osman Hârûnî'nin derslerine ve sohbetlerine devâm edip, tasavvufda yükseldi ve halîfesi oldu. Yedi günde bir, kuru ekmeği suya batırır ve öyle yerdi. Hırkasını yamayıp giyer, eskidikçe yine eski yamaları temizleyip, tekrar yamardı. Her gece ve gündüz bir hatim okurdu. Elli iki yaşına gelince, seyâhatlere çıktı. Bağdât'a gidiyordu. Yolculuğu sırasında, Sencer kasabasında büyük âlim Necmüddîn-i Kübrâ ile tanışıp, birlikte Bağdât'a geldi. Bir müddet kalıp, Hemedan'a geçti. Hemedan’da, mürşid-i kâmil Yûsuf Hemedânî'yi tanıyarak sohbetlerinde bulundu ve çok istifâde edip, feyz aldı. Buradan da Herat'a ve Belh'e giderek ilimde ve tasavvufta çok yükselip pek çok talebe yetiştirdi. Sefine-i Evliyâ adlı eserde nakledildiğine göre mana âleminde Efendimiz s.a.v. onu Hindistan’da görevlendirir. Bunun üzerine oraya yönelir. Muînüddîn-i Çeştî hazretleri, Hindistan meşâyihi arasında Çeştî tarîkatının imâmı sayılır. Çünkü Hindistan'da İslâmiyet, onun gayreti ve hizmetleri ile yayılmıştır. Hindistan’da Lahor şehrine giden Hâce Muînüddin Hasan Çiştî k.s., meşhur Keşfü’l-Mahcûb adlı eserin müellifi Hucvirî k.s. ’nin kabrinde on ay inzivada kalır. Bu inziva sırasında Hucvirî k.s. Den manevi yolla bâtın ilminin inceliklerini tahsil eder. Riyazet ve murakabe ile bezeli bu manevi eğitimin ardından Hint diyarına adeta bir güneş gibi doğar. Ecmir şehrine geçerek kitlesel bir irşada başlar. Milyonlarca putperest Hindu onun vesilesiyle müslüman olur. Dinini terk etmeyen Hindular dahi Hâce Muînüddin Hasan’a büyük saygı duyarlar. İrşadında her sûfî gibi zikri ve nefs terbiyesini merkeze alan Şeyh Hazretleri şu manadaki beyitleri söylemiştir: “Sana Âlem-i Kuds fezasında uçmak yaraşır. Fakat Allah’ın ismini (zikrini) kanat yapman şartıyla… Sevgiliye ne vakte kadar perde arkasında gizli kalacaksın diye sual ettim. Bana; ‘Perde yok. Perde görüyorsan o perde sensin (terbiye olmamış nefsin). Sen (nefsin var) oldukça bize karşı binlerce perde arkasındasın.’ cevabını verdi.”
Hicri 633 (m. 1236) yılında Ecmir’de Hakk’a yürüyen Pîr’in vefatı bütün bir Hint coğrafyasında hüzne sebep olmuştur. Sağlığında onu ziyaret edemeyenler kabrini ziyaret ederler Her sene vefat yıldönümünde “örs” adı verilen mevlide benzeyen merasimlerle anılan Şeyh, adeta vefatından sonra da irşadına devam etmiştir. Önceleri üzerine tahta bir türbe yapılan kabri, Halaci Hanedanı tarafından, sonraki asırlarda da Babür hükümdarlarınca büyük bir külliye haline getirilmiştir. Asırlar boyunca Hindistan’ın en önemli dinî merkezlerden biri olan türbe bugün de yüzbinlerin ziyaretgâhıdır. Allah Tealâ makamını âlî eylesin.