512'de (1118) Mardin'de doğdu. Soy itibariyle Kudüslü bir aileden gelmektedir. Artukoğlu Necmeddin İlgazi Kudüs'ü fethedince dedesi Abdurrahman'ı Mardin'e davet etmiş ve aile burada yerleşmiştir. Babası kadıdır. Artukoğulları yönetiminin hoşgörülü ortamında yetişen İbnü's-Salâh'tan (Necmeddin Ebü'l-Fütûh Ahmed b. Sırrî) felsefe okudu. Aslen Hemedanlı olan bu filozof, Hüsâmeddin Timurtaş b. İlgazi b. Artuk'un daveti üzerine hânedanın himayesinde felsefe okutmuş ve Fahreddin'i de bu alanda yetiştirmiştir (İbn Ebû Usaybia, s. 402, 638-639). Döneminin en meşhur âlimlerinden olan Bağdat Adudüddevle Hastahanesi'nin başhekimi Emînüddevle İbnü't-Tilmîz'den tıp tahsil etme imkânı bulan Fahreddin böylece iki sahada uzmanlaştı. Özellikle hocasıyla birlikte İbn Sînâ'nın el-Ḳānûn fi'ṭ-ṭıbb'ı üzerine yaptıkları inceleme ve tashihler daha sonra Mardînî'nin el-Ḳānûn uzmanı olarak tanınmasını sağladı. Buna karşılık kendisi de İbnü't-Tilmîz'e İbn Sînâ mantığını okuttu.
Ömrünün büyük bir kısmını Hînî (Hani) şehrinde Necmeddin İlgazi'nin yanında geçiren Fahreddin el-Mardînî seferde dahi emîrin yakınında bulundu ve ona tıp öğretti. Bir aralık Dımaşk'a gitti ve İbn Ebû Usaybia'nın Dahvâr olarak da bilinen hocası ünlü hekim Mühezzebüddin Abdürrahîm b. Ali'ye el-Ḳānûn fi'ṭ-ṭıbb'ın bir kısmını okuttu. Burada fazla kalmak istemeyen Mardînî, bu öğrencisinin yüklü bir maaş karşılığında Dımaşk'ta kalarak eserin tamamını okutması teklifini hoş karşılamadı ve ilmin para ile satılamayacağını söyleyerek şehri terketti (589/1193). Mardin'e dönerken Halep'e uğradı, burada el-Melikü'z-Zâhir Gāzî ile tanıştı ve emîrin ısrarı üzerine iki yıl kadar Halep'te ilmî faaliyetlerde bulundu. Bu süre içinde emîrin verdiği para ile hayatını müreffeh bir şekilde geçirdi. Fahreddin 21 Zilhicce 594 (24 Ekim 1198) tarihinde Mardin'de vefat etti. Ölümünden önce çok değerli eserlerden oluşan kütüphanesini, kendisi de bir filozof olarak tanınan Artukoğlu Hüsâmeddin'in inşa ettirdiği medreseye vakfetti.
Fahreddin el-Mardînî'nin tıp ve felsefe alanındaki öğrencileri arasında Sedîdüddin İbnü'r-Rakīka'nın adı sıkça geçmektedir. İbn Ebû Usaybia'nın Mardînî hakkındaki ilk kaynağını teşkil eden İbnü'r-Rakīka da Hînî doğumludur ve Artukoğlu hânedanı mensupları ile yakınlık kurmuştur. Onun hocasının yerini başarıyla dolduran bir âlim olduğu anlaşılmaktadır (ʿUyûnü'l-enbâʾ, s. 703, 705). İbnü'r-Rakīka'dan nakledildiğine göre İşrâkīlik olarak anılan felsefî ekolün kurucusu Sühreverdî el-Maktûl genç yaşlarında Mardînî ile görüşmüş, onun öğrencileri arasına girmiş ve gerek zekâsı gerekse fikrî cüretkârlığı bakımından Mardînî'nin dikkatini çekmiştir. Sühreverdî'nin yaygın telakkilere aldırmadan giriştiği felsefî incelemelerin başına iş açacağını ifade eden Mardînî onun katledildiği haberini alınca korktuğunun başına geldiğini söylemiştir (a.g.e., s. 641-642).
Fahreddin el-Mardînî'ye iki eser nisbet edilmektedir. Bunlardan birinin İbn Sînâ'nın el-Ḳaṣîdetü'l-ʿayniyye'sine bir şerh, diğerinin de kendisinin yanlış yolda olduğunu ileri sürenlere karşı eleştiri mahiyetinde bir risâlesi olduğu belirtilmektedir (a.g.e., s. 403).
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi