Genelkurmay'ın İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne sunduğu Ergenekon şeması, 29 Aralık 2012 tarihli Habertürk'te yer aldı. Bu şema, 17 Mayıs 2006 Danıştay saldırısından hemen sonra 15 Haziran 2006'da çizilmiş. Danıştay saldırısını gerçekleştiren Alparslan Aslan'ın ilişkili olduğu kişiler şemada yer alıyor. Bunların arasında ilk sırada Doğu Perinçek ve Veli Küçük'ün ismine rastlıyoruz. Aynı sıradaki 2 ismin üzeri kapatılmış. Hemen altta, Muzaffer Tekin'in adı var; altında "Milliyetçi çevreleri yönlendiriyor" yazıyor. Alparslan Aslan (tetikçi) "yakalandı" ibaresiyle Muzaffer Tekin'e bağlanıyor. Alparslan Aslan'ın altında, Osman Yıldırım ve İsmail Sağır gibi tetikçiler sıralanıyor. Aynı şemada, Kemal Kerinçsiz, onunla bağlantılı Levent Temiz, Ümit Sayın ve Sevgi Erenerol'un adlarını da görüyoruz.
Danıştay saldırısını takip eden günlerde herkes olayı dincilerin üzerine yıkıp, protesto gösterileri yaparken, demek Genelkurmay, perde arkasında Veli Küçük, Muzaffer Tekin, Kemal Kerinçsiz, Doğu Perinçek gibi kişilerin olduğunu biliyormuş. Saldırıdan 1 ay sonra şemasını bile çizmiş.
Ümraniye'de, 12 Haziran 2007'de bombalar ele geçirilmeseydi, gerçek failler yakalanamayacaktı. Nitekim, Emniyet, Danıştay saldırısını gerçekleştiren Alparslan Aslan ile Muzaffer Tekin'in irtibatından şüphelenerek, bu emekli yüzbaşıyı gözaltına almış, fakat tam delillendirmediği için serbest bırakmak zorunda kalmıştı. O tarihte, Alparslan Aslan'ın 70 yaşında bir din adamı Hacı Salih Kunter'le ilişkisi olduğu ileri sürülüyor ve Danıştay'ın "türban kararı" sebebiyle Aslan'ın suikasta kalkıştığı belirtiliyordu. Hatta Aslan'ın arabasındaki Vakit gazetesi kupürü, cinayet teşebbüsünün dini duyguları rencide olan bir kişi tarafından gerçekleştirildiğinin kanıtı olarak kullanılmıştı. Kupürde, türban kararını veren Danıştay üyelerinin fotoğrafları mevcuttu.
Daha sonra, bir tertiple ayağı kaydırılan İstanbul İstihbarat Şube Müdürü Ali Fuat Yılmazer'in ısrarlı takibi olmasaydı, Muzaffer Tekin'e, Veli Küçük'e, Doğu Perinçek'e ulaşılamayacaktı. Veli Küçük, Sevgi Erenerol ve Kemal Kerinçsiz'in gözaltına alındığı ve operasyonun adının "Ergenekon" olarak konulduğu gün (22 Ocak 2008), Aydınlık gazetesinde "İşte Fethullahçı polisler" diye Yılmazer'in de isminin bulunduğu listenin yayınlanması bir tesadüf müydü?
Acaba ilk andan itibaren ilişkileri çözen Genelkurmay Başkanlığı Emniyet'e niçin yardımcı olmak istemedi? Tabii şunu da sormak hakkımız: Gerçeği kimler gizledi? Bu gizleyenler, örgütle ilişkili daha üst rütbeli komutanlar olamaz mı?