Kök ucunun kesilerek etrafındaki yangılı dokuların uzaklaştırılması işlemine ?apikoektomi” ya da “kök rezeksiyonu” denilmektedir. Aşağıdaki durumlarda kök rezeksiyonuna gereksinim duyulmaktadır:
- Kökün uç kısmında bulunan eğriliğin, kanalın tam doldurulmasına engel olması,
- Kanalda kırılan alet parçasının, kök ucundan dışarı uzanması,
3- Kök ucunun kırılıp, pulpanın nekroze olması,
4. Kök kanalı sağaltımına karşın, periapikal lezyonun giderilememesi.
Rezeksiyonu planlanan kök kanalının yerleşimi ve lezyonun durumu radyografiyle belirlenir. İlgili kökün üzerindeki yumuşak dokular bir lambo kaldırılarak kemiğe erişilir (Resim 37). Kemik kesildikten sonra kök ucu ortaya çıkarılır. Kökün vestibül yüzeyi kök ucundan itibaren 4 mm kadar açılır (Resim 38). İnce bir fissur freziyle, kök ucu mesial ve distal taraftaki kemikten ayrılır. Bu işlemler esnasında steril frezler kullanılmalı, frezin ısınmasının önüne geçmek için steril su damlatılmalıdır. Kök uzaklaştırıldıktan sonra yangılı yumuşak dokular, steril serumlar ya da antiseptik solüsyonlarla temizlenmelidir. Bu işlemler bittikten sonra lambo yerine konur ve basit ayrı dikişlerle kapatılır (Resim 39).