Eyüp Defterdarda yer alan külliye Kanuni Sultan Süleyman’ın veziri Zal Mahmud Paşa ve karısı Şah Sultan tarafından Mimar Sinan’a yaptırılmıştır. Haliç kıyı şeridindeki külliye, bir cami, bir medrese, türbeler ve bir çeşmeden oluşur. Cami, medrese ve türbeler üzerinde kitabe bulunmadığından yapıların kesin inşa tarihi bilinmez. Bu konuda net olan ve kesin tarih veren HadîkatÜl-CevâmÎye. göre ise külliye 1577’de yapılmıştır.
Külliyeye banisi Mahmud Paşa’nm lakabı Zal, çok kuvvetli bir güreşçi olduğundan kendisine Kanuni Sultan Süleyman tarafından Firdevsi’nin Şehnamesinde RüStem-i Zal’a atfen verilir. Zal Mahmud Paşa, Osmanlı tarihinde bir saltanat trajedisi olarak nitelendirilebilecek Şehzade MuSlafa’nm boğdurulmasında oynadığı rolle hatırlanır.
1553 yılında Iran seferine çıkan Kanuni Sultan Süleyman, öldürtmeye karar verdiği oğlu Mustafa’yla yolda buluşur. Amasya’dan orduya katılmak üzere yola çıkan, her şeyden habersiz Şehzade Mustafa, el öpmek için babasının otağına girer, fakat Kanuniyi göremez, karşısında cellatları bulur, onlara direnir, bu arada arkasından saldıran Zal Mahmud Ağa şehzadenin direncini kırar ve ölümünü hızlandırır. Bu hizmetinin ödülü olarak da paşalığa yükselir.