Prison Break 4.Sezonun ana hikayesi, Anayurt Güvenlik ajanı Don Self tarafından Scylla’yı elde etmek için işe alınan bir ekip hakkında . Her ne kadar ekip başlangıçta Şirketin “kara defteri” olduğuna inansa da, daha sonra gelişmiş bir yenilenebilir güç hücresi hakkında bilgi içerdiği ortaya çıktı. Sezonun ilk yarısında, takım Scylla’ya erişmek için kartlar alır ve çalmak için Şirket merkezine girer, Sara’nın hayatta olduğu keşfedilir, Bellick kendini feda ettiğinde ölür ve Self’in çift ajan olduğu ortaya çıkar Scylla’yı en yüksek teklif verene satma niyeti. İsteksizce, Lincoln geri almak için Şirkete katılmaya karar verirken, Michael hipotalamik bir hamartomdan muzdarip. Şirket tarafından muamele edilir ve işletilir. Michael daha sonra annesinin Christina’nın hala hayatta olduğunu ve Scylla’yı en yüksek teklif sahibine satmak için satın aldığı ortaya çıkan Şirket’in bir ajanı olduğunu öğrenir . Sonunda, dizinin son 4 sezonun ana hikayesi, Scylla’nın Michael ve ekibi, General ve Şirket tarafından alınıp Sara’nın Christina’yı öldürdüğü Miami’de sona eriyor.