Majör Depresif Bozukluğun tedavisinde antidepresanların etkinliği ve yan etkileri hakkında tartışmalar devam ederken, tedavi süresini, maliyetini ve başarısız tedavi girişimlerini azaltacak yöntemler üzerine çalışılmaktadır.
Farmakogenetik, kişiye özel tedavi uygulanmasını mümkün kılmıştır; ilaca verilen tepkinin ve yan etkinin öngörülmesini sağlar. Örneğin bir genetik test, hastanın antidepresan kullanımı sırasında intihar düşüncesi geliştirmesini öngörebilir ve bu hastaya özel farklı bir tedavi uygulanabilir.
Depresyon üzerine yapılan farmakogenetik çalışmalarda serotonin taşıyıcı iki genin (5-HTTLPR, STin2) işlevi tanımlanmıştır. Sıra numaralarını değiştirmenin (silme, ekleme, kopyalama vs. ile) antidepresan kullanımı sırasında genetik işlevleri değiştirdiği görülmüştür. Ancak yine de depresyonun, genetik ve çevresel faktörlerin etkileşiminden ortaya çıkan karmaşık bir hastalık olması, farmakogenetik incelemeleri kısıtlamaktadır.
Genetik incelemeler, majör depresyonda kalıtımın önemini, ailede olması durumunda görülme riskinin %37 oranıyla, 2-3 kat arttığını rapor etmiştir. Genetik haricindeki etkenleri kontrol etmek için de epigenetik araştırmalar kullanılmaktadır. Epigenetik, sadece kalıtsal faktörleri değil çevresel faktörleri de (yaş, beslenme, sigara içme vb.) inceleyerek genetik modifikasyonları yorumlar.
MDB tedavisinde aynı ilaca, zamanla farklı tepkiler verildiği gözlenmiştir. Epigenetik bunu şöyle yorumlar: çevresel etkenler ve antidepresanlar genlerde modifikasyona sebep olur ve değişen genetik yapı ilerleyen zamanlarda aynı antidepresanın aynı etkiyi göstermesini engeller. Buna göre, hasta olumlu sonuç aldığı bir antidepresanı bir dahaki kullanışında aynı etkiyi hissetmeyebilir. Bu durum, antidepresan tedavisinde rehber olarak farmakogenetik bilgileri kullanmanın (örn. tükürük testi) önemini gösterir.