Otoimmün bir enteropati olan çölyak hastalığı ise duyarlı kişilerde gluten alımı ile ortaya çıkan ve ince bağırsak lezyonları ile karakterize bir hastalıktır. Gluten; buğday, arpa, çavdar ve yulafta bulunan bir proteindir. Çölyak hastalığında tedavi; yaşam boyu sürecek katı-sıkı bir glutensiz diyetle sağlanabilir.
Tanı sonrası ilk dönemde eksikliği saptanan besin ögeleri (demir, B12 vitamini, folik asit, çinko, kalsiyum ve D vitamini) glutensiz diyete ek olarak verilmelidir.
İnce bağırsak epitelinin harabiyetine bağlı olarak gelişen laktaz eksikliği (laktozu sindirecek olan enzim); laktoz intoleransına neden olabilir. Ortalama 3 aya kadar sürebilen bu durumda diyetten laktoz çıkarılır. Laktoz doğal olarak sütün yapısında bulunur ve fermente edilmiş süt ürünlerinde ise büyük ölçüde azalır. Bu nedenle sütü, piyasada bulunan laktozsuz çeşitlerden tercih edebilir, daha çok yoğurt ve peynir tüketerek tanı sonrası ilk dönemi geçirebilirsiniz.