Havza'nın doğusunda yer alan Lerdüge tümülüslerinde yapılan arkeolojik araştırmalar ilçenin tarihinin MÖ. 100 yıllarına kadar uzandığını göstermektedir.
Havza'da Romalıların ve Bizanslıların yaşadığı da bilinmektedir. Eski tarihçiler ilçedeki şifalı suların o dönemlerde çok meşhur olduğunu hatta Romalıların buraya (Thermee) Phoseemeomitarem adını verdiklerini belirtmişlerdir.
Kasaba şifalı suları nedeniyle yıllarca büyük krallar ve beyler arasında el değiştirmiştir.
Adını 1156'da Amasya hükümdarı olan Kavz Han'dan almıştır. Kavz adının 1245 tarihinde Selçuklu hükümdarlarından Sadi Paşa tarafından Havza olarak değiştirildiği ileri sürülmektedir. Beylikler döneminde Havza Canik Beylerinden Taşanoğulları tarafından idare edilmiştir.
Osmanlılar ülkede birliğin sağlanması için beyliklerin kendi egemenliğine girmelerini amaçlamıştır. Bu amaçla Amasya valisi II. Murat, Yögüç Paşayı görevlendirerek, Taşanoğullarının egemenliğindeki Havza yöresini Osmanlı egemenliği altına almıştır. Böylece Havza 1430 tarihinde Osmanlı topraklarına katılmıştır.
Osmanlılar döneminde Amasya iline bağlı olarak yönetilen Havza 1882 tarihinde ilçe haline getiriliyor. 1926 yılında ise Samsun'a bağlanıyor.