RepeatMasker ile birlikte RepBase kitaplıklarını, özellikle de yeri değiştirilebilen öğeler için genom çapında tekrarlanan öğe ek açıklamaları almak için kullanıyorum.
Bu yeterince iyi çalışıyor ve görünüyor Bu alanda fiili standart olmak.
Ancak, RepBase kullanımıyla ilgili iki sorun var, bu yüzden ben (ve diğerleri) alternatifler arıyordum (şimdiye kadar başarılı olamadık):
-
RepBase açık veri değildir. Akademik lisans sözleşmeleri, RepBase'den elde edilen verilerin yayılmasını açıkça yasaklayan bir madde içerir. Bunun ne ölçüde bağlayıcı / uygulanabilir olduğu açık değil, ancak kullandığım ve oluşturduğum verilerin en azından bir kısmının yayınlanmasını etkili bir şekilde engelliyor. Bu, açık bilim için kabul edilemez.
- Buna bağlı olarak RepBase'in abonelik modeli, RepBase'i tam otomatikleştirilmiş ardışık düzenlere entegre etmeyi imkansız kılıyor çünkü kullanıcı etkileşimi gerekli. RepBase'e abone olmak ve oturum açma kimlik bilgilerini sağlamak için.
-
RepBase büyük ölçüde manuel olarak seçiliyor. Bu hem iyi hemde kötü. İyi, çünkü sıra verilerinin manuel olarak iyileştirilmesi genellikle en güvenilir iyileştirme biçimidir. Diğer taraftan, manuel küratörlük doğası gereği önyargılıdır; ve daha da kötüsü, bu önyargıyı ölçmek zordur - bu RepBase yöneticileri tarafından kabul edilmektedir.