1998 ve 99 Yamaha YZF-R1 adından çok söz ettiren ve en çok yaşayan modellerden biridir.
150 beygir (hp) gücü ile 1989’da liderliği devraldığı FZR1000’in liderliğini devralmıştır. EXUP sonrası R1’ler çıktı. Ve hala liderlik koltuğunda yerini koruyor.
Yuvarlak hatlar kazanmaya başladıktan sonra alıcılar tarafından daha fazla tutulmaya başladı. Torkuna yetişilemeyecek bir konuma geldi. 2003 modellerde fren tesisatı değişikliğine gidildi.
Aynı yıllarda R1’i arkasından kovalayan GSX-R1000 ile Suzuki, arkadan yetişen Honda FireBlade ününü zorlamaya başladı.