Cumhurbaşkanı Abdullah Gül'ün görev süresinin son günlerinde, Köşk tarafından Türkiye'nin en çok tartışılan konulardan sivil-asker ilişkileri konusunda kritik bir rapor yayınlandı.
 Gül'ün himayesinde, asker ve sivil uzmanların birlikte hazırladıkları raporda, "Genelkurmay, Milli Savunma Bakanlığı'na bağlanmasın" önerisi yer aldı. Rapordaki bir diğer kritik öneri de Milli Güvenlik Kurulu konusunda geldi. Raporda, MGK'nın üye sayısının azaltılması ve Kurul'un Türkiye'nin milli savunma politikasının belirlen- mesinde daha etkin olması önerildi. Sivil otorite- nin askeriyeyle ilişkisine dair bir başka çarpıcı tespit ise, "TSK, herhangi bir genel müdürlük değil- dir" oldu. Raporda, "Siyasi otoritenin silahlı kuv- vetlerle ilişkisi diğer kamu kuruluşlarıyla olan ilişkilerine, örneğin herhangi bir genel müdürlükle olan ilişkilerine benzeyemez" denildi, sivil otoritenin askeri atama ve tayinlere karışmasının sakıncalı olabileceği mesajı verildi.