Bağırsakların genel işlevi yediğimiz gıdanın emilmesini sağlamaktır. Bağırsaklarda sindirim sisteminin kronik olarak iltihabını içeren hastalıklar gelişebilir. Bunlar; ülseratif kolit ve crohn hastalığı olarak adlandırılır. Divertiküller, spastik kolon ve polipler de çeşitli bağırsak hastalıkları arasındadır.
İnce bağırsağın bir kısmı olan 12 parmak bağırsağındaki ülser ve çölyak hastalığı gibi hastalıklar, iştah kaybı ve ishale neden olabilir. Yine bu hastalıkların da tanı ve tedavisi gastroenterolji doktoru yapmaktadır.