Gıdaların pişirme de dahil herhangi bir yolla işlenmesi besin öğelerinde bir miktar azalmaya yol açar. Bu kayıplar uygulanan sıcaklığa ve sürenin uzunluğuna bağlı olarak artar. Tahıllar, kuru baklagiller, çoğu et ve patates, kereviz, patlıcan gibi bazı sebzelerin yenebilir duruma gelmesi için pişirilmesi gerekir. Pişme sonucunda daha yumuşak hale gelen bu gıdaların çiğnenmesi ve sindirimi kolaylaşır.
Ayrıca, pişirme gıdalar içinde bulunabilecek sağlığa zararlı mikrop ve diğer maddelerin yok edilmesini sağlar. Örneğin, çiğ yumurta salmonella bakterisinin, çiğ et çeşitli parazit ve bakterilerin, pastörize edilmemiş çiğ süt birçok hastalık mikrobunun vücuda girmesine neden olur.
Buna karşılık çiğ olarak yenebilen sebze ve meyvelerden besin öğelerini ve kanser, kalp gibi çeşitli hastalıklardan koruyucu maddeleri daha fazla alırız. Ayrıca, bu gıdaları çiğnerken artan tükürük, dişler arasında kalan artıkları temizlediği için diş çürümeleri azalabilir.
Ancak, likopen gibi bazı antioksidan maddeler pişmiş ve işlem görmüş domates ürünlerinde (salça, sos ve ketçap) çiğ domatese göre daha çoktur. Bu nedenle gıdayı çiğ veya pişmiş yemeye karar verirken olumlu ve olumsuz yönlerini bir teraziye koyup hangi kefe ağır basıyorsa ona göre davranmak gerekir. Örneğin, sütün pastorizasyonu ya da etin pişirilmesiyle oluşan besin kayıpları yanında mikropların ölmesi her zaman ağır basmalıdır.
Genelde gıdalardaki besin kayıplarını en aza indirmek için sıcaklığı düşük tutmak, kısa sürede ve az su içinde pişirmeye dikkat etmek en iyi yoldur.