Dünya, paralel bir gezen olan Illumidus imparatorluğu tarafından işgal edilmiştir. Özellikle Japonya, bu işgalden ciddî bir şekilde nasibini almış ve halk köle olarak kullanılnaya başlanmıştır. Çok az kişi bu yönetime baş kaldırır; Maya yaptığı korsan radyo yayını ile insanları, içlerindeki özgürlüğü kaybetmemeleri gerektiği konusunda inandırmaya çalışmaktadır. Kaptan Harlock, görevini tamamlayıp Dünya'ya dönmüştür ve Maya tarafından başlatılan büyük bir isyanın başında yer alacaktır. İsyanı bastırmaya çalışan Illumidus başkanı tarafından başlatılan çatışmalar sırasında Maya yakalanır ve idam edilmek üzere Emeraldas ile birlikte tutuklanır. Kaptan Harlocka, geri dönmemesi halinde bu esirlerin idam edileceği mesajı yollanır ancak Harlock sessizliğini korumaktadır. İdam sırasında başlayan isyanda yaşanan çatışmalarda Maya yaralanır, artık ayrılmadan önce Harlocka verdiği çantanın açılma zamanı gelmiştir ve Kaptanın emriyle bayrak çekilir. Şimdi Kaptan Harlock, bütün evrene korku salacak olan Korsan Kaptan Harlock ismini almış bulunmaktadır.