Mitokondri, 1898’de Carl Benda tarafından hücre iç yapısı çalışmasından alınmıştır ve 1904 yılında Friedrich Meves tarafından hücrelerdeki bitkilerde ilk kaydedilen mitokondri bilgileri oluşturulmuştur.
1908’de Friedrich Meves ve Claudius Regaud, lipit ve protein içerdiğini gösterdi. Bununla birlikte, keşif hakkında iki spekülasyon vardır: otojen ve endosimbiyotik.
Otojen hipotezinde, prokaryotlar ile dallanma döneminde DNA’nın bir kısmını ökaryotik hücrenin çekirdeğinden ayırmak suretiyle mitokondri oluşturuldu; Bu DNA segmenti, proteinler tarafından geçilemeyen zarlarla sınırlanmış olurdu.
Endosimbiyotik, mitokondrilerin başlangıçta prokaryotik hücreler olduğunu, ökaryotik hücreler için gerçekçi olmayan oksidatif bileşenleri uygulamak için mükemmel olduğunu göstermektedir; Ökaryotta yerleşen endosymbionts’lara dönüştüler. Mitokondriler bakterilere benzer birçok özelliğe sahip olduğundan, endosimbiyotik hipotez genellikle kabul edilir.
Mitokondrinin bakterilerden kaynaklandığına inanılmasının başlıca nedeni, her şeye rağmen, bakteriyel DNA’ya benzeyen çok az miktarda DNA içermesi ve mitokondriyal DNA’nın yaklaşık 16.000 baz uzunluğunda olması ve bireylerde 37 gen bulunmasıdır.