Arafat, 1960'ların sonu ile 1970'lerin başında, el-Fetih bir iç savaş sırasında Ürdün ile açıkça karşı karşıya kaldığında olduğu gibi sürekli anlaşmazlıkların ortasında kaldı. Ürdün'den dışarı zorla çıkarılan ve Lübnan'a yerleşen Arafat ve el-Fetih, ülkenin işgal edildiği 1978 ve 1982 yıllarında İsrail'in hedefi oldu. Siyasi görüşleri ne olursa olsun Filistinlilerin çoğunluğu Arafat'ı bir özgürlük savaşçısı ve şehit olarak tanımlarken, İsraillilerin çoğu, örgütünün sivillere karşı giriştiğini savunduğu birçok eylem nedeniyle terörist olarak görmektedir.
Hayatının son dönemlerinde Arafat, FKÖ ile İsrail arasında onyıllardır süren anlaşmazlığı sona erdirmek için İsrail hükümeti ile bir dizi müzakereye girişti. Bunların arasında 1991 Madrid Konferansı, 1993 Oslo İlkeler Anlaşması ve 2000 Camp David Zirvesi bulunur. İslamcılar ve FKÖ'nün bazı sol kanat mensupları yozlaştığını ve İsrail hükümetine çok fazla taviz verdiğini söyleyerek kınamış ve muhalif olmuşlardı. 1994 yılında Arafat, Oslo'da yapılan müzakerelerden ötürü İzak Rabin ve Şimon Peres ile birlikte Nobel Barış Ödülü'ne layık görüldü. Bu esnada Hamas ve diğer militan örgütlerin gücü eline geçirerek el-Fetih ve Arafat'ın talep ettiği otoriteyi sarstı.
2004 yılının sonlarında Ramallah'da bulunan binalarda iki yılı aşkın bir süredir İsrail Ordusu tarafından zorla tutulmaktayken Arafat hastalandı ve komaya girdi. Gerçek ölüm sebebi tam olarak bilinmese de doktorlar idiyopatik trombositopenik purpura ve sirozdan söz etti ama otopsi yapılmadı. Arafat 11 Kasım 2004'te 75 yaşında öldü.