Mississippi Yanıyor, bütün isimlerin değiştirilmesine karşın alında 1964'te Ku Klux Klan'ın üç tane sivil haklar savunucusunu öldürmesiyle ilgili. Bu üç insanın kaybolmasıyla araştırma başlatan FBI, iki ajanı görevlendiriyor: Anderson (Gene Hackman) ve Ward (Willem Dafoe). Anderson, yaşlı ve tecrübeli, Ward da çocuk ve idealisttir. Olayı çözme yöntemlerinin ve yaklaşımlarının sıradışı olması, FBI'ın o zamanda içinde nasıl ikileme düştüğünü gösteriyor.