Kent, Orta Çağ ve Yeni Çağ'da, Seandos; Nissa ve Muşkara adıyla anılıyordu. Anadolu, Büyük Selçuklu Devleti'nin elindeyken eski adı Nissa'nın yerinde Muşkara adında bir köy vardı. Muşkara sağlam yapılı anlamındadır. 18 evlik küçük bir köy olan Muşkara, Ürgüp'e bağlıydı.
Tarihçi Charles Texier'e göre; 12. yüzyıl sonlarına doğru, yani Selçuklular zamanında, Nissa şehri halkı yavaş yavaş şehirden ayrılarak, başka bir yere göç etmişlerdir. Çevre ile ilgili bilgi veren tarihçiler, bu yeni göç yerinin Muşkara olduğunu yazarlar.
Osmanlılar döneminde ise Muşkara yerine Nevşehir kullanılmaya başlandı. IV. Mehmet'in oğlu Şehzade III. Ahmet'in sır katibi, Muşkaralı İbrahim, Nevşehirli Damat İbrahim Paşa olarak sadrazamlığa getirildiğinde doğduğu kent olan Muşkara'da büyük bayındırlık hareketine girişti. İmaretler, camiler, medreseler, hamam ve çeşmeler yaptırdı. Muşkara adını değiştirerek, kente Yenişehir anlamına gelen Nevşehir adını verdi.