Ne var ki yerine padişah olan Genç Osman'ın öldürülmesi üzerine ikinci defa padişah oluyor ve bir buçuk yıl saltanatta kaldıktan sonra deli olması nedeni ile Şeyhülislâm Yahya Efendi ve devlet erkânının anlaşmaları sonucu tahttan indiriliyordu. Böylece I. Mustafa tahttan indirilen ikinci padişah oluyordu. I. Mustafa'nın çocuğu olmadığı gibi eli de kana bulaşmadı.