Camiler, medreseler ve tekkeler kapatıldı. Yıkılan ve tahrip olan camilerin tamir edilmesine izin verilmedi. İslami günlerde ve bayramlarda tatil yapılması yasaklandı. Bunun yanı sıra Müslümanların üzerinde yoğun bir dinsizlik ve Slavcılık propagandası başlatıldı. Çeşitli vesilelerle çok sayıda Müslüman hapse atıldı. Bunların birçoğu ağır işkencelere tabi tutuldu. Komünist rejimin bu baskı uygulamaları da çok sayıda Bosna Hersekli Müslümanı, Türkiye'ye veya çeşitli Avrupa ülkelerine sığınmak zorunda bıraktı.
1975'ten sonra yönetim Müslümanlar üzerindeki baskıyı kısmen hafifleterek bazı geleneksel İslami kurumların yeniden işlev kazanmasına imkân sağladı. Bu yumuşama üzerine bazı camiler ve medreseler yeniden açıldı. Küçük çapta da olsa bir yumuşamayla bazı dini kurumların yeniden hayata geçirilmesi Müslümanlar arasında hızlı bir İslami uyanışa zemin hazırladı. Sonraki yıllarda Doğu bloku ülkelerinde ortaya çıkan gelişmeler Yugoslavya yönetimini de çok partili demokratik sisteme geçmeye zorladı.
Bu fırsattan yararlanan Müslümanlar, daha önce İslami inanç ve düşüncesinden dolayı yıllarca hapiste kalmış olan Aliya İzzetbegoviç'in liderliğinde Demokratik Eylem Partisi'ni (SDA) kurdular. Bu parti Bosna-Hersek'te Aralık 1990'da gerçekleştirilen genel seçimleri kazanarak lideri Aliya İzzetbegoviç cumhurbaşkanı oldu. Yugoslavya'da demokratikleşme hareketinin başlaması ile birlikte bağımsızlık hareketleri de gün yüzüne çıktı. Yugoslavya birliğini oluşturan cumhuriyetlerin halkları bağımsızlıklarına kavuşabilmek için mücadeleler başlattılar. Bosna-Hersek de 1 Mart 1992'de gerçekleştirdiği referandum sonrasında bağımsızlığını ilan etti.
Ancak Sırplar hemen arkasından Bosna-Hersek yönetiminde söz sahibi olan Müslümanlara karşı savaş açarak bu yeni bir katliam hareketi başlattılar. Hırvatistan ve Slovenya'nın bağımsızlık mücadelesine destek olan Avrupa ülkeleri ve ABD Bosna-Hersek'i Sırp vahşeti karşısında yalnız bıraktı. Bosna-Hersek Müslümanlarını en çok sıkıntıya sokan da, Avrupa'nın üçüncü büyük ordusu Yugoslavya Federal Ordusu'nun Sırp çetnikleriyle birlikte hareket etmesi, onlara destek vermesiydi. Müslümanlarsa herhangi bir askeri destekten yoksun ve silah yönünden çok zayıftılar. Sonuçta Sırplar Bosna-Hersek'in önemli şehirlerini işgal ettiler. Bu işgal hareketi bir milyona yakın Müslümanı göçe zorladı. Sırplar işgal ettikleri yerlerde hem katliam hem de yıkım gerçekleştiriyorlardı. Özellikle camileri ve İslâmi izler taşıyan tarihi eserleri yıkmaya özen gösteriyorlardı.
Bosna-Hersek meselesinin çözümü için değişik tarihlerde gerçekleştirilen görüşmeler ve arabuluculuk çalışmaları da bir sonuç vermedi. 1994'e gelindiğinde Bosna-Hersek'teki iç savaşın aldığı can sayısı 250 bini, göçe zorladığı insan sayısı ise 1 milyonu aşmıştı. Nisan 1994'te Bosna-Hersek'te bir Boşnak-Hırvat Federasyonu oluşturuldu.
Dış ve iç problemleri: Ülkenin dış ve iç problemlerinin eksenini Sırpların bağımsız Bosna-Hersek yönetimini tanımamaları sonucu patlak veren iç savaş oluşturmaktadır. (Bu konuda "Tarih" kısmına bkz.)
İslami Hareket: Bosna-Hersek'te sosyalist dikta döneminde İslâmi çalışmalar sadece daha çok fikri ağırlıklı birtakım özel gayretlerle bazı gizli çalışmalardan ibaretti.
Yönetim İslâmi eğitime fırsat vermediğinden bazı yerlerde medrese eğitimi gizlice sürdürüldü. Bunun yanı sıra devlet denetiminde birkaç cami ve kurs bulunuyordu.
Meşihat dairesi ise tamamen devletin kontrolündeydi. Çok partili döneme geçilmesinden sonra Müslümanların haklarını savunmak ve kişisel çalışmaları örgütlü bir şekle dönüştürmek amacıyla Aliya İzzetbegoviç'in liderliğinde Demokratik Eylem Partisi (SDA) kuruldu. (Bu parti hakkında ayrıca "Tarih" ve "Siyasi partiler" kısmına bkz.) Partinin ilk yayınlanan programında Bosna-Hersek'te yaşayan Müslümanlara da diğer halklarla eşit hakların tanınması gerektiği vurgulanarak bu yolda çalışılacağı, bütün dinlerin mensuplarına inanç özgürlüğünün sağlanması ve herkesin dininin gereğini kolayca yerine getirebileceği bir ortamın hazırlanmasının amaçlandığı dile getiriliyordu. Çok partili demokratik sisteme geçilmesinden sonra Meşihat dairesi de çalışma alanını genişleterek çeşitli yayın faaliyetleri başlattı. Saraybosna'daki hem lise hem de fakülte seviyesinde eğitim veren Gazi Hüsrev Beg medresesini faaliyete geçirdi.
Yine aynı şehirdeki tahrip olmuş bazı camilerin tamiri ve ibadete açılması için çalışmalar başlattı. Bunun yanı sıra camilerde yoğun bir tebliğ ve eğitim çalışması başlatıldı. Bütün merkezi camilerin yanına birer medrese açıldı. Tasavvufi cemaatler yeniden faaliyetlerini başlattılar.
Ancak iç savaş bütün bu gelişmeleri dumura uğrattı. İç savaşın başlamasından sonra İslâmi çalışmalar cephelere ve mülteci kamplarına kaydırıldı. Sırp saldırılarına karşı vatanı savunmak amacıyla Bosna-Hersek ordusunun yanı sıra bir de Müslüman Güçler adında bir milis güçler oluşturuldu.
Müslüman Güçler saflarında savaşanlara cephede aynı zamanda İslâmi bir eğitim de verildi. Değişik İslâm ülkelerinde faaliyette bulunan yardım kuruluşları da mülteci kamplarında toplanan Müslümanlarla ilgilendiler.
Ayrıca Bosna-Hersek'te de başta Merhamet Cemiyeti olmak üzere Müslümanların organize ettiği çeşitli yardım kuruluşları kuruldu.
Bütün bu kuruluşlar gerek kamplarda yaşayan ve gerekse kendi bölgelerinde mahsur kalan Müslümanlara bir yandan maddi yardımlar ulaştırdıkları gibi bir yandan da onların İslâmi yönden bilgilendirilmeleriyle ilgilendiler. Bu yardım ve eğitim çalışmaları Bosna-Hersek'teki İslâmi şuurlanmayı hızlandırdı.
Bunun yanı sıra bütün dünya ülkelerinin Bosna-Hersek'i Sırplar karşısında yalnız bırakmalarına rağmen değişik ülkelerden gönüllü Müslüman gençlerin sırf inançlarının vermiş olduğu bir hamasetle Bosna cephesine koşması da orada yaşayan Müslümanları etkiledi.
Ekonomi: İç savaş Bosna-Hersek ekonomisini ciddi şekilde sarsmıştır. Savaş öncesinde ülke ekonomisi başta sanayiye, madenciliğe, tarıma ve hayvancılığa dayanıyordu. Tarımdan elde edilen gelirin gayri safi yurtiçi hasıladaki payı % 11'dir ve çalışan nüfusun % 4'ü bu alanda iş görmektedir. 1992'de 1 milyon 350 bin tahıl, 300 bin ton yer bitkileri, 25 bin ton baklagiller, 170 bin ton meyve, 160 bin ton sebze üretilmiştir. Aynı yıl ülkede 830 bin baş sığır, 1 milyon 300 bin baş koyun, 600 bin baş domuz bulunuyordu. Orman yönünden zengindir. 1991'de 5 milyon 380 bin m3 tomruk üretilmiştir. Maden gelirlerinin gayri safi yurtiçi hasıladaki payı % 14'tür.
Para birimi: Yugoslavya dinarı.
Sanayi: İç savaş ülke sanayisinin büyük ölçüde durmasına yol açtı. Savaş öncesinde imalat sanayisinin gayri safi yurtiçi hasıladaki payı % 56'ydı ve çalışan nüfusun yaklaşık % 51'i sanayi sektöründe iş görüyordu. Birçoğu iç savaş dolayısıyla duran veya başka amaçlarla kullanılan sanayi kuruluşları ve fabrikalar genellikle şu sektörlerle ilgilidir: Otomotiv, tekstil, deri, gıda, mobilya, kereste, kâğıt, kimyasal maddeler ve inşaat malzemeleri üretimi, toprak ve madeni eşya üretimi, mekanik makine sanayi, elektrik gereçleri, büro malzemeleri ve bazı ev eşyaları üretimi.
Enerji: 1990'da 14 milyar 632 milyon kw/saat elektrik üretilmiş, 15 milyar 201 milyon kw/saat tüketilmiş ve aradaki fark ithalatla kapatılmıştır. Elektrik enerjisinin % 79'u termik santrallerden, % 21'i hidroelektrik santrallerinden elde edilmektedir. Kişi başına yıllık elektrik tüketimi ortalama 3497 kw/saattir.
Ulaşım: Sivil ulaşımda kullanılan tek havaalanı başkent Saraybosna'daki uluslararası trafiğe açık havaalanıdır. 1040 km. demiryoluna, 11.430 km.'si asfaltlanmış olmak üzere 21.170 km. karayoluna sahiptir. Bu ülkede ortalama 9 kişiye bir motorlu ulaşım aracı düşmektedir.
Eğitim: İç savaş öncesinde ülkede 2205 ilkokul, 238 ortaöğretim kurumu, 44 yüksek öğretim kurumu vardı. Okuma yazma bilenlerin oranı % 86'dır.
Sağlık: İç savaş öncesinde Bosna-Hersek'te 6930 doktor, 1370 diş doktoru vardı ve 625 kişiye bir doktor düşüyordu.