Makineler tek ve son şehir olan Zion'un nerede olduğunu öğrenmişlerdir.Şehri yok etmek için binlerce yaratık göndermeye karar vermişlerdir.Bunu engellemek için Neo ve arkadaşlarının makinelerin tüm sırlarını bilen anahtarcıyı bulmaları gerekir.Fakat anahtarcı hayalet gibi yok olup tekrar ortaya çıkan ikizler adı verilen yaratıklar tarafından korunmaktadır. Neo'nun yok ettiği Ajan Smith tekrar ortaya çıkmış,kendini daha da geliştirmiştir.Kendini kopyalayabilmekte ve böylece daha da güçlenmektedir.