Hollanda, 1568’de başlayan uzun bir mücadeleden sonra 1579 yılında İspanya’dan bağımsızlığını kazandı. Amerika, Asya ve Afrika kıtalarındaki eski Portekiz ve İspanyol kolonilerini ele geçirerek buralarda Hollanda sömürge imparatorluğunun temellerini attı. XVII. yüzyılda Hollandalılar Avrupa’nın en faal tüccarları arasına girdi.
Portekiz’in İspanyol hâkimiyeti altına girmesiyle 1580 yılında İspanya Kralının Portekiz limanlarını Hollanda gemilerine kapatması, Hollandalıları yeni pazarlar ve ticaret yolları aramaya sevk etti. Bu amaçla Doğu Hindistan Şirketi’ni (1602) ve Batı Hindistan Şirketi’ni (1621) kurdular. Bu şirketler Hollanda sömürge imparatorluğunu meydana getirdiler. Daha önce Portekizliler adına çalışan bazı Hollandalı tüccarlar, Amsterdamlı tüccarların ihtiyaç duydukları tüm bilgilere sahiptiler ve sahip oldukları birikimleri hemşehrilerine aktardılar.
Hollandalı tüccarların Doğu’ya ilk seferi 1594 yılında gerçekleşti. Bu sefer, Amsterdamlı dokuz zengin tüccar tarafından kurulan “Uzak Ülkeler Şirketi” adına yapılmıştı.
Bundan sonra birbiriyle rekabet eden çok sayıda Hollandalı tüccar ve gemici, doğunun baharatlarından pay kapabilmek amacıyla çeşitli seferler düzenlediler. Hollanda hükümetinin teşvik ve desteğiyle Hint Okyanusunda ticaret yapan tüm Hollandalı şirketler birleşerek asıl adı Birleşik Doğu Hindistan Şirketi olan Hollanda Doğu Hindistan Şirketi’ni kurdular. Şirket, askerî amaçla müfrezeler bulundurmak, gerektiğinde Hollanda adına savaş açmak, kaleler inşa etmek ve Asya’daki yerel reis ve hükümdarlarla antlaşmalar imzalamak gibi bağımsız bir devletin sahip olduğu yetkilere de sahipti.
Şirket ilk olarak Endonezya’nın doğusundaki Maluku Adalarındaki baharat ticaretini ele geçirmeye çalıştı ve Portekizlileri uzaklaştırdı. Burada hem bir ticaret merkezi kurarak hem de çevresindeki toprakları ilhak ederek Malay-Endonezya takımadalarında egemenlik kurmaya başladı. Şirketin genel valisi Jan Pieterszoon Coen 1619 yılında şirketin doğudaki ana merkezini Jayakarta’da (Cakarta) kurdu.
Birleşik Doğu Hindistan Şirketi, kısa sürede Hint Okyanusu ve Endonezya’daki adaların sahillerinde büyük garnizonlarca korunan ve etrafı kale duvarları ile çevrili birçok ticaret merkezi kurdu.
1636’dan sonra Antonio van Diemen’in genel valiliği sırasında ticarî menfaatlerini ve tekelini korumak için baskıcı bir politika takip eden şirket, Portekizlileri bugünkü Endonezya’nın doğusunda bulunan adalardan uzaklaştırarak buradaki adalar arası ticareti ve adaların dışarı ile yaptığı baharat ticaretini tamamen ele geçirdiler.
1633 yılından itibaren Malakka’yı abluka altında tutan Hollandalılar, nihayet 1641 yılında şehri Portekizlilerden aldılar. Şirket aynı yıl Açe Sultanlığı ile yaptığı anlaşmayla Açe’nin egemenliği altında bulunan Sumatra limanlarında gümrüksüz ticaret yapma hakkı elde etti.
Hollanda, böylece bölgedeki siyasî ve ticarî gelişmelerde en önemli aktör oldu. İngiliz ve Portekizli tüccarlar bölgeden tamamen uzaklaştırıldı. Elde ettikleri topraklar ve ticarî imtiyazlarla Hollandalılar Cava Denizi’nde tam olarak üstünlüğü sağladılar. Hollanda, 1675’te Borneo Adası’nın kuzeyine, Farmoza’ya (Tayvan) tüccar ve misyonerler göndererek Çin’e girmeye çalıştı.
Hollanda, XVII. yüzyıl boyunca Doğu Hindistan Şirketi vasıtasıyla Hint Okyanusu’ndaki adalarda ve Hindistan sahillerinde Surat, Masulipatam gibi şehirlerde de önemli ticaret merkezleri kurdu. Bengal, Arakan, Burma (Myanmar) ve Siyam’da (Tayland) iş yerleri açarak Bengal ve Tayland körfezlerinden yapılan dış ticarette söz sahibi oldu. Hollandalılar, 1598’de Afrika’nın doğusundaki bugünkü Moritus Adası’na ilk defa uğradılar ve bu adada 1638 yılında küçük bir koloni oluşturdular. Ada 1710 yılında Fransızlara terk edildi.
Hollanda, Seylan (Srilanka) Adası’nda bir ticaret merkezi kurdu (1656). Ardından Portekizlileri buradan uzaklaştırdı. 1661’de Koçin ve Calicut limanlarını ele geçirerek askerî garnizonlar kurdu. Kanton Limanı’na ve Deşima Adası’na da yerleşerek buralarda koloniler oluşturdu. 1638 yılında Avrupalı tüccarların Japonya’yı terk etmeleri istendiğinde, ülkede yalnız Hollandalılara ikamet izni verilmişti. Hollandalılar, XVII. yüzyılın sonralarına doğru Malay-Endonezya takımadalarındaki baharat üretim bölgelerini tamamen kendi tekellerine aldılar. Ürünleri satarken en yüksek kârı amaçlayarak hareket ediyor, fiyatların düşmesini önlemek için mal arzını denetliyorlardı.
Şirket, başlangıçta yerel hükümdarlardan aldığı imtiyazlarla sadece ticaret merkezleri ve küçük koloniler oluşturmuştu. Ancak zamanla kurduğu merkezlerin savunmasını sağlamak ve diğer Avrupalı rekabetçiler karşısında üstünlüğünü korumak amacıyla toprak ilhakları yapmaya ve mahallî hükümdarların iç işlerine karışmaya başladı. Priangan bölgesini, Semarang Limanı çevresini ve Çeribon bölgesinin idaresini ele geçirdi. Orta Cava’daki Mataram Sultanlığı’nın Surakarta ve Yogyakarta olmak üzere iki küçük sultanlığa ayrılması sağlandı (1755). Bu bölünmeyle eski Mataram topraklarının büyük bir kısmı şirketin idaresi altına girmiş oldu.
1682’de Bentem’i bağımlı bir sultanlık hâline getiren Hollandalılar, 1753 yılında sultanlığı lağvederek tüm Bentem topraklarını şirketin yönetimi altına aldılar. Malezya’daki Cohor Sultanlığı ile imzalanan anlaşma ile Malay Yarımadası üzerinde sınırsız ticaret yapma ve ihracat tekelini elde ettiler.
XVIII. yüzyılın sonlarından itibaren İngiltere ve Fransa’nın sömürgeler elde etme ve dünya ticaretinde hâkim olma bakımından Hollanda’nın yerini almaya başlamasıyla birlikte, şirketin gücü zayıflamaya başladı. Şirket özellikle savaşlardan ve kötü yönetimden büyük zarar görmüştü. Hollanda hükümeti, 31 Aralık 1799 tarihinde şirketi feshetti ve tüm mal varlığını devlete intikal ettirdi. Tüm koloniler de Hollanda hükümetinin doğrudan yönetimi altına girdi.
Hollanda’nın batıdaki ticarî ve koloni faaliyetleri, Hollanda Batı Hindistan Şirketi tarafından yürütüldü. Şirket Doğu Hindistan Şirketi modelinde olup temel hedefi, Hollandalı tüccarlar tarafından batıda kurulan ticarî merkezlerin ve faaliyetlerin koordinesini sağlamak ve diğer Avrupalı, özellikle İspanyol ve Portekizli rekabetçilere karşı tüccarların menfaatlerini korumaktı.
Portekizlilerin elinden şeker kamışı ve köle ticaretini almaya çalışarak faaliyetlerine başlayan Batı Hindistan Şirketi, Portekiz ve İspanyol kargo gemilerine saldırılar düzenlemeye başladı. Hollandalı denizci Piet Pieterszoon Hein, 1626 ve 1627 yıllarında Brezilya kıyılarına yaptığı seferler neticesinde yeni koloniler oluşturmaya çalıştı. Portekizlilerin elinden Pernambuco’yu aldı ve iç kesimlere doğru ilerledi (1630). Buralardaki şeker kamışı üretimine iş gücü sağlamak için Portekizlilerin köle toplama merkezi olan Elmina’yı (1637) ve Angola’daki Portekiz yerleşimlerini ele geçirdi (1641). Ayrıca St. Martin, Curaçao, Aruba ve Bonaire’yi ele geçirerek bölgedeki tuz üretim merkezlerini denetimi altına aldı. Şirketin genel valisi Prens Maurice van Nassau, “Hollanda Brezilyası” adı verilen bu bölgede kereste ve şeker kamışı işletmeciliğini başlattı.
Hollanda, Brezilya ile Afrika’nın batı sahillerindeki kolonilerini uzun süre elinde tutamadı. Portekiz’in İspanya’dan ayrılarak yeniden bağımsızlığına kavuşması (1640) ve Hollanda-Portekiz savaşı (1641-1651) ile Brezilya’daki işçi ve köle ayaklanmaları, Hollanda Brezilyası’nın kaybedilmesiyle neticelendi. Recife Teslim Anlaşması (1654) ve Lahey Barış Anlaşması (1661) ile Brezilya sahillerindeki kolonilerinin tamamını Portekizlilere geri verdi. Köle toplama merkezi Angola’yı Portekizlilere teslim etmek zorunda kaldı (1648).
Kuzey Amerika’daki Hollanda kolonileri 1614-1618 yılları arasında Yeni Hollanda Şirketi tarafından yönetildi. Şirket, lağvedilince bölgedeki Hollanda koloni faaliyetleri Batı Hindistan Şirketi’nin yetkisine verildi. 1625 yılında New Amsterdam adıyla korunaklı bir yerleşim merkezi kurdular ve burada beyaz yerleşimi teşvik ettiler. Yeni İsveç kolonisi de Hollandalılar tarafından zorla ele geçirildi (1655) ve Yeni Hollanda kolonisine dâhil edildi.
Yeni Hollanda’yı meydana getiren bölgede, deri ticareti ve ziraat ile geçinen birçok sömürge şehri kuruldu. Bunlar arasında İngilizlerin sonradan New York adını verecekleri New Amsterdam da vardı. Hollanda, buradaki sömürge faaliyetlerine de uzun süre devam edemedi. İngilizler Yeni Hollanda’yı işgal ettiler (1664) ve Hollandalılar, imzalanan Breda Anlaşması (1667) ile Yeni Hollanda kolonisini İngilizlere bıraktılar. Karşılığında da bugünkü Surinam’ı aldılar.
Hollandalılar, Güney Amerika ve Karayip Adaları olarak da adlandırılan Batı Hint Adaları’nda kuzeye nazaran daha faal bir sömürgecilik faaliyeti yürüttüler. Buradaki tuz alanlarına göz diken Hollandalılar, adaları işgal etmeye başladıkları 1634 yılından sonra İspanyolları buralardan tamamen uzaklaştırdılar. Hollanda Guyanası adıyla anılan Surinam’ı 1667 yılında İngilizlerden alarak, Hollanda yönetimi altında önemli bir kahve, şeker, kakao ve pamuk üreticisi hâline getirdiler.
Batı Hindistan Şirketi, Batı Afrika kıyılarında kurduğu istasyonlar sayesinde çok sayıda köle elde etmiş ve bunları Amerika’daki sömürgelerine taşımıştı. Normal ticarî faaliyet yapmaktan çok İspanyol ve Portekizli rekabetçilerle mücadele etmek üzere kurulan şirketin kârları ticaretten çok talan ve yağmalardan gelmekteydi. Buna rağmen şirketin kâr haddi Avrupa’da cereyan eden Otuz Yıl Savaşları (1618-1648) sırasındaki aşırı kâr dönemleri hariç asla doğudaki benzerine ulaşamamıştı. 1674 yılında feshedildikten sonra sahip olduğu mal ve mülkler devlete intikal ettirildi.
Hollandalıların XVII. yüzyıl ortalarına doğru dünyanın en büyük deniz ticaret filosuna sahip olmaları ve dünyanın her yerinde ticaret yapmaları, İngilizleri tedirgin etmekteydi. Sömürge rekabetinden dolayı; ilki 1652-1654, ikincisi 1664-1667 ve üçüncüsü 1672-1674 yıllarında olmak üzere üç defa İngiltere-Hollanda savaşı yaşandı.
Dünya deniz taşımacılığının ve ticaretinin büyük bir kısmını ele geçiren Hollandalılar başta gemi yapım sanayisi olmak üzere bazı endüstri dallarında birinci sırada idiler.
Hollanda, Dördüncü İngiliz-Hollanda Savaşı (1780-1784) sonucunda Seylan Adası’nı ve Cape Town kolonisini İngilizlere bıraktı. Fransız Devrim Ordusu 1795 yılında Hollanda’yı işgal edip kendisine bağlayınca, bunu gerekçe gösteren İngiltere Cape Town, Seylan ve Malakka, Karayip Adaları’nı ve diğer bazı Hollanda kolonilerini aldı. Fransa-İngiltere arasında imzalanan Amiens Anlaşması (1802) çerçevesinde Cape Town kolonisi ve Hollanda Batı Hindistan kolonileri tekrar Hollanda’ya verildiyse de Seylan İngiliz kolonisine dönüştürüldü. Hollanda, Waterloo Savaşı’ndan (1815) sonra Fransız işgalinden kurtularak bazı kolonilerini geri aldı. 1815 yılında İngiltere ile imzaladığı bir anlaşmayla Seylan, Cape Town kolonisi, İngiliz Guyanası, Tobago Adası hariç diğer bütün kolonilerini tekrar kazandı. İki ülke arasındaki anlaşmazlıklar Londra’da imzalanan İngiltereHollanda Anlaşmasıyla (1824) karara bağlandı. Buna göre Hollanda, Malay Malakka’dan vazgeçti, İngilizlerin denetimindeki Benkulen bölgesini aldı. Böylece Malay Yarımadası Malakka Boğazı sınır olmak üzere İngiliz nüfuz alanı, Cava ve Sumatra Adası Hollanda nüfuz alanı olarak kabul edildi. Açe Sultanlığı ise bağımsızlığını hâlâ korumaktaydı.
Fransız işgali sonrasında Hollanda’nın Amerika kıtasındaki sömürgeleri olarak Surinam ve Antil Adaları kaldı. Batı Hindistan Şirketi lağvedildikten sonra bu adalardaki Hollanda sömürgeleri idarî bakımdan Hollanda sömürge yönetimi altına girmişti. Ancak daha sonra idarî bakımdan Surinam ve Hollanda Antilleri olmak üzere iki ayrı Hollanda kolonisi oluşturuldu.
Kolonilerinin ekonomisi, İspanyol Amerika’sına yapılan köle ticareti ve mal ticaretine dayanmaktaydı. 1650-1820 yılları arasında Batı Afrika’dan Surinam’a 300 bin civarında zenci köle getirildi. XIX. yüzyıl başlarından itibaren Hristiyan misyonerlerin Surinam’da yoğun faaliyet göstermeleri neticesinde tüm köleler ismen Hristiyanlaştırılmış ve kölelik 1863 yılına kadar bu kolonilerde yasaklanmamıştı.
Köleliğin kaldırılmasıyla ortaya çıkan iş gücü ihtiyacını karşılamak için 1890-1939 yılları arasında Surinam’a çok sayıda Çinli, Cavalı ve Hindistanlı göçmen getirildi. Bunların büyük çoğunluğu, özellikle Cava’dan getirilenler Müslümandı. Böylece Surinam’da kendi dilleri, dinleri ve farklı etnik özelliklere sahip olan ve çoğunluğu daha önce köle statüsünde bulunan bir sömürge toplumu ortaya çıktı.
Hollanda deniz ticaretinin gelişmesine ve sömürge faaliyetlerinin artmasına paralel olarak Hollanda yerleşim merkezleri kurmuştu. En yoğun yerleşme Afrika’nın güney ucunda yer alan Kaapstad (Cape Town) şehrinde gerçekleşti. İlk Hollanda kafilesi 6 Nisan 1652 tarihinde Ümit Burnu’na ayak basarak buradaki ilk beyaz yerleşiminin temellerini attılar. Bu tarih daha sonra Güney Afrika’daki eski Hollanda kökenli beyazlar tarafından ulusal bayram olarak kutlanacaktı. Portekizlerden alındıktan sonra Kaapstad adıyla anılan Hollanda kolonisi, Avrupa ile Hint Okyanusu arasındaki deniz yolu güzergâhında gemiler için önemli bir ikmal merkezi ve depo olarak da hizmet etmekteydi. Buralarda “çiftçi” anlamına gelen Boerler adıyla bilinen ilk Hollandalı yerleşimciler, dindar hayat yaşıyor, ticaretten pek hoşlanmıyor, Güney Afrika topraklarında tahıl ekip biçiyor, at yetiştiriyorlardı.
1795 yılında Hollanda’nın Fransa tarafından işgalini fırsat bilerek Ümit Burnu’nu ele geçiren İngiltere, burayı süratle Afrika’daki en önemli merkezlerden biri hâline getirdi. Ümit Burnu’nun Amiens Anlaşması (1802) ile Hollanda’ya verilmesini, 1806 yılında tekrar İngilizlerin eline geçmesi ve Paris Anlaşması (1814) ile kalıcı olarak İngiliz kolonisi hâline getirilmesi takip etti. Boerler, İngilizlerin sahile yerleşmesiyle, az sayıdaki Alman ve Fransız’la birlikte iç kesimlere doğru göç ederek Natal, Transval ve Orange adlarıyla küçük bağımsız cumhuriyetlerini kurdular. 1899-1902 yılları arasında Boerler Savaşı adıyla bilinen İngiliz-Boer çatışmaları meydana geldi. Boerlerin yenildiği savaşın neticesinde iç bölgeler de doğrudan İngiliz hâkimiyetine girmiş oldu.
Hollanda, XVIII. yüzyıl sonları ile XIX. yüzyıl başlarında Hint sahilleri, Seylan, Malay Yarımadası ve Singapur, Cape Town kolonilerini kaybettikten sonra Endonezya adalarına daha fazla önem verdi. İlk defa 1596 yılında Endonezya adalarına ayak basan Hollandalı denizci ve tüccarlar, Hollanda Doğu Hindistan Şirketi vasıtasıyla bölgede ticaret yapmaya başladılar.
Ancak Hollandalılar bu adalardaki fiilî işgalin genişlemesi ve doğrudan sömürge yönetiminin kurulmasıyla birlikte, Cava ve Sumatra’da çeşitli ayaklanmalar, Sulavesi, Borneo ve Maluku adalarında da kuvvetli direniş hareketleri ile karşılaştılar. Borneo’nun doğu ve batısındaki bazı küçük sultanlıklar daha kolay sömürge yönetimi altına alınırken güneyindeki Bancarmasin zorlu bir savaş (1859-1863) sonucu koloniye dâhil edilebildi. Hollandalılar, 1816’dan sonra Cava Adası’nın tamamını doğrudan sömürge yönetimleri altına almaya çalışınca, Yogyakarta merkezli büyük bir ayaklanma ile karşılaştı. Tarihe Cava Savaşı (1825-1830) olarak geçen bu ayaklanma neticesinde, Hollanda Yogyakarta ve Surakarta’ya bağlı tüm toprakları da ilhak ederek Cava’nın tamamını doğrudan kendi yönetimi altına aldı. Sumatra’nın batısındaki Minangkabau bölgesinde Pedriler ile Hollanda ordusu arasında çıkan Pedri Savaşları da (1821-1838) bölgede Hollanda idaresinin kurulmasıyla neticelendi. Sumatra’nın kuzeyindeki Açe Sultanlığı’nın toprakları da Açe Savaşı (1873-1905) neticesinde sömürge idaresi altına alınabildi. Hollandalılar, Avrupa’daki Napolyon Savaşları’ndan sonra Endonezya’da Hollanda sömürge idaresinin 1816’da tekrar kurulmasıyla birlikte yeni bir ekonomik politika benimsediler. 1825’te Hollanda ile Endonezya arasındaki ticareti tekellerine almak için Hollanda Ticaret Şirketi adıyla yeni bir sömürge şirketi kurdular.
1816’dan sonra Hollanda otoritesini yerleştirmek için yapılan askerî seferler ve Cava Savaşı’nın getirdiği ağır borç yükü elde edilen gelirlerle karşılanamadı. Bunun üzerine ekonomide yeni bir sömürge siyaseti benimsendi. 1830 yılında Cava çiftçilerine yönelik sadece pirinç gibi yiyecek ürünü değil bilakis dünya pazarlarında aranan yüksek fiyatlı ihraç ürünlerinin ekilmesini teşvik eden bir tarım sistemini uygulamaya koydular. “Kültür sistemi” adıyla bilinen bu sistem çerçevesinde Endonezyalı köylü ve çiftçiler verimli arazilerinin beşte birini hükümetin istediği ihraç oranı yüksek olan değerli ürünlere ayırmak, bunları resmî gözetim altında ekmek ve arazi vergisi olarak da ürettikleri üründen ödeme yapmak zorundaydılar. Toprak sahibi olmayanların da yılda 66 gün devletin arazilerinde ücretsiz çalışması gerekiyordu. Kültür sistemi çiftçilere angaryaya ve kötü muameleye dönüşen ağır zorluklar yüklemişti. Ürünlerin dünya pazarlarına taşımacılığı Hollanda Ticaret Şirketi tarafından gerçekleştirilmekte, karşılığında da Cava’ya Hollanda’dan ithal mal getirilmekteydi.
Hollanda’daki 1848 devriminden sonra liberal ekonomik sistemi savunan yeni bir tüccar sınıfı oluşmaya başlamıştı. Bunlar, kolonide liberal prensiplere dayalı yeni bir sömürge ekonomisinin kurulması yönünde taleplerde bulunmaktaydılar. Kültür sisteminin olumsuzluklarına karşı yöneltilen ağır eleştirilerin artması üzerine, hükümet bunu kademeli olarak kaldırmaya başladı. 1860’lardan sonra devlet denetimi altında üretim kaldırıldı. Toprak kanunuyla (1870) yeni bir sömürge politikası başlatıldı. Devlet arazileri özel sektör tarafından işletilmeye başlandı. Angaryanın 1882’de yasaklanmasını ücretli işçi gücü uygulamasına geçilmesi takip etti.
XX. yüzyılın başlarından itibaren “Ahlâkî Politika” adı verilen yeni bir sömürge politikası uygulamaya kondu. Ahlâkî Politika, Hollandalıların Endonezyalılara karşı “şeref ve vicdan borcu” nu ödemelerini öngörmekte ve bir bakıma “beyaz insanın yükü”nün Hollanda tipini oluşturmaktaydı. 1901 yılında resmen ilan edilen bu siyasetin temel hedefi, sömürgelerde yaşayan halkın refahını artırmak ve onların sağlık ve eğitim imkânlarını geliştirmekti. Bu çerçevede ilk ve orta öğretim seviyesinde çeşitli idarî, teknik ve mesleki okullar açılmaya başlandı. Çiftçiler ve isçiler kapitalist sömürü sisteminden korunmaya çalışıldı; sulama kanalları, kara ve demir yolları yapımı gibi bazı altyapı hizmetlerine önem verildi.
I. Dünya Savaşı öncesinde ve sonrasında Endonezya’da Budi Utomo ve Sarekat İslam gibi sömürge aleyhtarı millî ve dinî hareketler ortaya çıkmaya başladı. Hollanda, giderek yükselen Endonezya milliyetçiliğinin taleplerini karşılamak amacıyla bazı tavizler vermek zorunda kaldı. 1916 yılında çıkarılan bir kanunla, üyelerinin yarısı Hollandalılardan yarısı da mahallî meclisler tarafından seçilecek olan istişari bir meclisin kurulmasına karar verildi. Bu kanun gereğince Halk Meclisi adında bir meclis kuruldu (1918). Milliyetçi liderlerden Ahmed Sukarno’nun başkanlığında, Endonezya’nın tam bağımsızlığını amaçlayan Endonezya Milliyetçi Partisi kuruldu (1927).
1930’lu yıllarda uluslararası ekonomik buhranın etkileri Endonezya’da da hissedildi. Ücretler aşağı indirilerek vergiler yükseltildi. Halkın ağır ekonomik sıkıntılar çekmesi, millî hareketlerin halk arasında giderek daha da yaygınlaşmasına zemin hazırladı. Japonlar, II. Dünya Savaşı sırasında Endonezya’ya saldırdığı zaman, Hollanda Doğu Hindistan donanması Mart 1942 yılında Cavada batırıldı ve Endonezya Japonlar tarafından işgal edildi.
1945 yılında ana vatan Hollanda Alman işgalinden, Endonezya kolonisi de Japon işgalinden kurtuluncaya kadar sürgündeki Hollanda hükümeti donanmanın geri kalanı, ticaret gemileri ve batıdaki sömürgeleri üzerindeki denetimi vasıtasıyla otoritesini sürdürdü. Savaş sonrasında Hollanda için en büyük problemi Endonezya teşkil etti. 15 Ağustos 1945 tarihinde Japonların teslim olmasıyla birlikte Ahmed Sukarno ve Muhammed Hatta 1945 yılının günümüzde de bayram olarak kutlanan 17 Ağustos gününde Cakarta’da Endonezya’nın bağımsızlığını ilan ettiler. Sukarno’nun başkanlığında kurulan Endonezya Cumhuriyeti hükümeti, Cava ve Sumatra adalarında kısa sürede otoriteyi ele geçirdi. İngiliz ve Avustralyalı askerî birliklerden oluşan müttefik kuvvetlerin yardımıyla adalara geri dönen Hollanda birlikleri de önce Cava ve Sumatra dışında kalan tüm adaları, daha sonra da cumhuriyet hükümetinin yönetimi altında bulunan bu iki adayı kademeli olarak işgal ettiler. Aralık 1948’de Hollanda, Sukarno liderliğindeki cumhuriyeti yıkmak gayesiyle yeni bir askerî harekât başlattı. Bu harekât, Birleşmiş Milletler’in müdahalesiyle sona erdirilmesine rağmen gerilla savaşı devam etti. En sonunda Birleşmiş Milletler gözetiminde Lahey’de Hollanda hükümet temsilcileri ile cumhuriyetçi ve federalist Endonezyalı liderlerin katıldığı toplantı sonunda bir barış antlaşması imzalandı ve Hollanda 27 Aralık 1949 tarihinde Endonezya’nın bağımsızlığını tanıyarak bu ülkeden çekildi. Endonezya Cumhuriyeti hükümeti, diğer federal Endonezya devletlerini birleştirdi ve Hollanda ile birlik anlaşmasını tek taraflı olarak feshetti (1954). Eylül 1969’da yapılan bir referandumla son Hollanda kolonileri de Endonezya’ya katıldı.
Aralık 1954’te yeni bir egemenlik kanunu çıkarılarak batıdaki Hollanda kolonilerinden olan Surinam’ın ve Hollanda Antil Adalarının doğrudan sömürge yönetimi statüsü lağvedildi. Bu eski koloniler; savunma, dışişleri ve vatandaşlık hususları hariç içişlerinde özerk statüye kavuştular. Hollanda Karayipleri adıyla da tanınan Hollanda Antilleri, Hollanda’nın sömürgesi olarak kalmaya devam etti. 10 Ekim 2010 tarihinde Hollanda Antilleri de lağvedilerek Curaçao ve St. Martin Hollanda Krallığı içinde ülke statüleri kazandı ve Bonaire, St. Eustatius ve Saba adalarına da aynı statü verildi.
Hollandalı tüccar ve denizcilerin dünyanın çeşitli yerlerinde gittiği ve uzun asırlar koloni olarak tuttuğu ülkelerde birçok yapı, kale kalıntısı, yer adı ve koloni mirası bulunmaktadır. Güney Afrika’daki Boerler ve Cape kolonisindeki Hollanda menşeili beyazlar, bugün Afrikano halkı olarak adlandırılmakta ve Afrikanca dilini konuşmaktadırlar. Eski bir Hollanda kolonisi olan bugünkü ABD’deki New York şehri ve civarındaki birçok yer adı, Güney Afrika’daki Johannesburg, Kaapstad, Vereniging, Bloemfontain gibi şehir adları ile Surinam ve Hollanda Antilleri’ndeki yer adlarının çoğu Hollanda menşeilidir.