Diş kökünün 1/3 uç kısmında, kanal tedavisi ile iyileşmesi mümkün olmayan iltihabi dokunun veya küçük çaplı kistin, hasta kök ucuyla birlikte cerrahi olarak çıkarılmasıdır. Kanal tedavisinin tam olarak yapılamasına engel eğri ya da kırık kök uçları bulunması veya kök ucunda kanal aletlerinin kırılması durumunda da kök ucu cerrahi olarak çıkarılabilir. Kök ucu cerrahisi planlanan dişe önceden veya aynı seansta kanal tedavisi yapılır. Bu şekilde dişin geri kalan kısmının sağlıklı olarak ağızda kalması ve fonksiyon görmesi sağlanır.