1585-1598 yılları arasında Japonya'nın yönetimini elinde bulunduran Hideyoshi'nin (Kinoşita Tokichiro) (17 Mart 1537 - 18 Eylül 1598) vefatından sonra ülke 2 gruba ayrılır. Matsudaira Hirotada'nın oğlu Tokugawa İeyasu tarafından desteklenen doğu grubu ve Toyotomi Hideyoşi'nin oğlu Toyotomi Hideyori tarafından desteklenen batı grubu.
Her iki ordu 21 Ekim 1600'de Gifu'da bulunan Sekigahara'da çarpışır. Batı grubundaki birçok daimyo'nun saf değiştirmesiyle savaş doğu grubunun zaferiyle sonuçlanır. 24 Mart 1603'de Tokugawa Ieyasu; İmparator Goyozei tarafından ülkenin üçüncü ve sonuncusu olacak, 1603 yılından 1868 yılına değin Japonya'yı yöneten Tokugawa şogunluğun kurucusu olarak seçilir. Tokugawa şogunluğu; 1868 yılında Japonyo'nun modernleşmesinde önemli bir rol alan İmparator Komei'nin oğlu İmparator Meiji tarafından da sonlandırılır.
Sekigahara savaşından sonra ülkenin başına geçen Tokugawa Ieyasu ülkede barışı ve huzuru sağlar, neticede klanlardaki samuraylar ise dağıtılır. Ronin olan ve savaşsız bırakılmayı gururuna yediremeyen birçok samuray seppuku yapar. Şunu da belirtmekte fayda var, seppuku genel manada harakiri olarak bilinse de tam olarak değildir. Seppuku ritüel bir ayin şeklinde yapılan onurlu bir ölümdür ancak harakiri basit bir intihardan başka birşey değildir. Seppukuyu herkes yapamaz, belli bir izne tabidir. Samuray ancak klan lordu tarafından izin verilirse bu hakkı kazanabilir.
Tam da bu dönemi, samuray Hanshiro Tsugumo karakterinin gözünden epik bir dille anlatan, Japon sinemasının klasiklerinden biri olan ve yönetmen Masaki Kobayashi tarafından çekilen, 1962 gösterim tarihli Harakiri (Seppuku) 2011'de yeniden gösterimde olacak.