İnternet Andıcı soruşturması kapsamında eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ'un tutuklanmasını değerlendiren Pamukoğlu, "Bu kadar insan komutanı işaret edince tutuklama çıktı. 'Benim altımdaki generaller bir haltlar karıştırdı' da diyemezsiniz. Haberiniz olmasa bile sizin bulunduğu karargahta bunlar yapıldıysa sorumlusunuz" dedi.
Pamukoğlu, şöyle devam etti:
"Bu siteler rahmetli Ecevit hükümetlerinde irtica ve terörle mücadele maksatlı kurulmuş siteler. 1999'dan 2008'e kadar 40 küsür site kurulduğu söyleniyor. İlker Paşa bu siteler için 'Benden önce kuruldu, ben kapattım' diyor. Sonra 4-5 tane yeni site... Herkes başka yere işaret ediyor. Peki bu siteler 99'dan beri var. O dönemde kimler var? Kıvrıkoğlu'ndan başlayacaksınız, Hilmi Özkök'e kadar... Oradan Yaşar Büyükanıt'a, İlker Başbuğ'a... Yaşar Büyükanıt 'Benden önce' diyecek... Amaçları, içerikleri, metinler farklı mı... Ama bu siteler var. Sitelerle ilgili iddialar da var. Yok edildiği, ortadan kaldırıldığı...
Benim anlamadığım şu. Bunlarla siyasi mücadele olmaz. Asker bu işte 'Siyasi propaganda yapacağım' dediği anda işin ölçüsü kaçabilir. Bu askerin işi değildir. Hükümetin işi. Bu üniforma içinde siyasete dahil olmaktır. Sonra bu siteler ne olacak? Gereksiz bir faaliyet. Ne derseniz deyin, bu ülkenin bir sistematiği var. Eğere bir şeyler varsa canınızı sıkan, terör, irtica ya da siyasi partilerin kanun dışında bir faaliyeti varsa... MGK var ya da randevu alır gidersiniz"