HSG komplikasyonlarının başında enfeksiyon riski yer almaktadır. Rahim ağzı steril olmadığından kateter ve enjekte edilen kontrast madde aracılığı ile bu alandaki mikroplar rahim boşluğu, tüpler ve oradan da karın boşluğuna itilebilir. Bu risk nedeniyle her hastaya işlem sonrası önlem-profilaksi amaçlı antibiyotik önerilmektedir. Kontrast madde allerjisi, işlem sonrası kanama ve ağrı da görülebilecek komplikasyonlardandır.