Balıklı Rum Hastanesi, İstanbul'un Zeytinburnu ilçesinde Rum cemaat tarafından kurulmuş özel hastane. Balıklı Rum Hastanesi Vakfı tarafından yönetiliyor. Bünyesinde Türkiye'nin tek özel uyuşturucu tedavi kliniğini barındırıyor.
Hastanenin geçmişi 1454 yılında Karaköy’de 'Büyük Balıklı Han'ın bulunduğu yerde faaliyete geçen hastaneye dayanıyor. 18. yüzyılda veba salgını nedeniyle hastane surların dışına taşınıyor.Yedikule Hastanesi' adıyla bakallar esnafı locası tarafından 1753 yılında inşa ediliyor. Ahşap hastane binaları 1790 yılında çıkan yangında yok olunca Patrik 7. Neofitos’un ve Bab-ı Ali tercümanı Yorgo Humuzi’nin katkısı ile yeniden inşa ediliyor.
1794 yılında yapılan bir düzenleme ile kurum, kronik hastaları ve sokaklarda yaşayan insanlarla dilencileri kabul eden bir kurum haline geldi.
Balıklı Meryem Ana Kilisesi’nin yönetimi hastaneye veriliyor. Eğrikapı’daki Meryem Ana Kilisesi de, müştemilatında psikiyatri hastalarını kabul ettiği için 1816’da hastaneye bağlandı.
Sultan 2. Mahmut'un fermanıyla 1836-1838 yılında Yedikule Hastanesi ile birlikte İstanbul’daki diğer iki Rum hastanesinin hastalarının nakledileceği yeni bir hastane inşa edildi. Hastalar, 1839 başında hastaneye nakledildi.
1894 depreminde hastanenin zarar görmesi üzerine yeni binalar inşa edildi. Bugün hizmet veren binalar, o dönemde inşa edildi. Hastane, 1991 yılında restore edildi. 1994 yılında bünyesinde alkol ve madde bağımlılığı tedavisi için Türkiye’nin ilk özel kliniği kuruldu.