Herodotos, Aigai’yi Aiollerin Aiolis bölgesinde kurduğu 12 kent arasında saymaktadır. Antik yazarlar Aiollerin bölgeye gelişlerinin M.Ö. 1100 tarihlerinde başladığını ileri sürseler de kazı sonuçları şimdilik kentin kuruluşunun M.Ö. 8. yüzyılın sonlarından daha erkene gitmediğini göstermektedir. Kentin adı Herodotos’ta Aigaiai (I.149), Polybius’ta Aigaieon (His. XXXIII.13) Tacitus’da Aegaeates (Tac.Ann. II.47),Plinius’da Aegaeae (Nat.His., V.32), kentin bastığı sikkelerde ise, Aigeaion, Aigaion ve Aigeon olarak geçmektedir. Kentin adını anan diğer antik yazarlardan Strabon (XIII.3.5), Pseudo Skylax (98), ve Plinius (Nat.His., V.121), bu yerleşimin deniz kıyısında değil, iç kısımda ve dağlık bölgede olduğunu vurgulamaktadır.
Kent, komşusu olan Temnos ile birlikte M.Ö. 547 yıllarında ortaya çıkan Pers egemenliğine karşı direnmiş ve bağımsızlığını korumuştur (Ksenophon, Hell. IV.8.5). Plutarkhos’un aktarımına göre (Them. 26) ünlü Atinalı devlet adamı Themistokles, Yunanistan’dan kaçıp Kyme’ye doğru gelirken, yolunu Aigai’ye çevirmiş ve orada kimseye görünmeden, yakın arkadaşı Nikagenes tarafından dostça karşılanmış ve misafir edilmiştir. Daha sonra da kadın kılığına girerek, bir çadır arabasında Susa’ya doğru yoluna devam etmiştir. Aigai, M.Ö. 5. yüzyılda, Attika-Delos Deniz Birliği’ne vergi vermeyen kentler arasında yer almaktadır.
Anadolu’da Pergamon Krallığı’nın güçlü rakibi olan Seleukos Krallığı’nın generali Akhaios komutasında başlattığı saldırılar (M.Ö. 220-218) sonucunda Aigai ve Aiolis kıyıları Pergamon Kralı Attalos I’in elinden alınmıştır. Kısa bir süre sonra Antiokos III’e karşı ayaklanan Akhaios’un öldürülmesi ile (M.Ö. 216) Aigai ve çevresi yeniden Pergamon Krallığı’na katılmıştır. Polybius’un aktarımına göre (His. XXXIII.13), Bithynia kralı Prusias II ile Attalos II arasında gerçekleşen bir savaşta Aigai, Prusias II’nin ordusu tarafından tahrip edilmiştir (M.Ö. 156-154). Prusias II, savaş sonrasında yapılan barış antlaşması gereğince, tahrip etiği kentlere 100 talent ödemek zorunda kalmıştır (Polybius, His. 33.13.8).
Kent bu tarihten itibaren, muhtemelen Pergamon Krallığı’nın da desteğiyle, bölgede ekonomik ve kültürel bir çekim merkezi olmuş, Tiyatro, Kent Meclisi Binası (Bouleuterion) ve Agora gibi görkemli yapılarla donatılmıştır. Attalos III, M.Ö. 133 yılında, ölümünden önce, akılcı bir politik karar ile Pergamon Krallığı’nı Roma İmparatorluğu’na bağışlamıştır. Bu tarihten sonra Aigai varlığını Roma hâkimiyeti altında sürdürmüştür.
Hellenistik Dönem’in başlarından itibaren Pergamon ile sürdürülen yakın ilişki, Roma Dönemi’nde de devam etmiştir. Aigai’de Roma yönetimine ilişkin en erken bilgi M.Ö. 1. yüzyıla aittir. Roma İmparatoru Ceasar’ın güvenilir bir adamı ve yakın dostu olan Prokonsül Publius Servilius Isauricus, Asya Valisi olarak görev yaptığı sırada (M.Ö. 46-44) kente ve buradaki Apollon Khresterios Tapınağı’na önemli yardımlarda bulunmuştur. Aigai’de ele geçen bir heykel kaidesinin üzerindeki yazıtta, Publius Servilius Isauricus, yardımları nedeniyle Aigai’de onurlandırılmıştır. 17 yılında bölgede meydana gelen şiddetli depremin yerle bir ettiği kentler arasında Aigai de yer almaktadır. Tacitus (Tac.Ann. II.47) tarafından da sözü edilen bu depremin yaraları İmparator Tiberius’un cömert yardımlarıyla sarılmış ve depremden zarar gören kentler şükran ifadesi olarak İtalya’da imparatorun bir heykelini dikmişlerdi.
Aigai antik kentindeki yerleşim 3. yüzyılın sonlarına doğru terk edilmiştir. Got akınları ile ilişkili olduğunu düşündüğümüz bu terk ediliş döneminde kent tamamen, bilinçli olarak boşaltılmıştır. Kentte yerleşim tekrar 12. yüzyıl sonlarında başlamıştır. Bu döneme ait geç Bizans kale-iskânı 13. yüzyılın sonlarında Manisa ve çevresini ele geçiren Saruhanoğulları tarafından terke zorlanmış olmalıdır.