Arnavut kökenli bir ailenin çocuğu olarak, halen Kosova toprakları içerisinde yer alan Gilan'da doğduktan sonra ailesiyle birlikte İsviçre'ye göç etti. SV Augst amatör ekibiyle başladığı kariyerine FC Basel altyapısında devam etti. FC Basel genç takımıyla beraber katıldığı 2007 15 yaş altı oyuncular Nike Kupası'nda turnuvanın en iyi oyuncusu seçildi. Gelecek vaad eden bu başarılı performansının ardından pek çok Avrupa devinin ilgisini çekmesine rağmen FC Basel'de kalmayı tercih etti. 2 Ocak 2009'da FC Basel kulübüyle ilk profesyonel sözleşmesini imzaladı.[1]
Profesyonel kariyerindeki ilk maçına ise FC Basel formasıyla 12 Temmuz 2009'da, ligin sezon açılış maçında FC St. Gallen karşısında çıktı. [2]9 Kasım 2009'da Neuchâtel Xamax karşısında alınan 4-1'lik galibiyette profesyonel kariyerinin ilk golünü attı.[3] 2009-2010 sezonu sona ererken Shaqiri, takımıyla beraber lig ve kupa zaferlerini yaşadı. 2010-2011 sezonunda ise yeniden lig şampiyonluğu zaferine ortak oldu.
9 Şubat 2012 tarihinde Bundesliga ekibi Bayern Münih ile 1 Temmuz 2012'den itibaren geçerli olacak şekilde dört yıllık sözleşme imzalamıştır.[4]
8 Ocak 2015 tarihinde Bayern Münih'ten Serie A ekibi Inter'e transfer olmuş ve İtalyan ekibiyle 4,5 yıllık sözleşme imzalamıştır.[5]