Şizofreni ve İlgi Çalışmaları
Bağlantı analizleri, belirli bir soyağacında gözlenen hastalık ve genetik odak belirleyicilerinin (lokus marker) birlikte görülmesinin hastalığa yatkınlıkta o odakla ilgisi olup olmadığını test eder. Basit anlamda bağlantının saptanması, aynı kromozomda hastalık geniyle işaretleyici lokusun birbirine yakın olduğunu gösterir. İnsan kromozomunun komşu kısımları anne-babadan çocuklara genellikle bütün bir birim olarak geçer, bu yüzden hastalığa yatkınlık yapan gen, aile içinde özel işaretleyici kalıtımıyla ilişkilidir. Bununla birlikte birbiriyle ilişkisiz ailelerde hastalık geni farklı işaretleyici içeren bir bölgede yer alabilir, bu da bağlantı çalışmaları için niçin aile çalışmalarına ihtiyaç olduğunu açıklamaktadır
Bilinmeyen genlerle uğraşırken en geçerli yöntem bağlantı analizleridir. Bağlantı analizlerinin yürütülebileceği üç yol vardır:.
1. Anormal bir proteinin belirlenmesi.
2. Özel bir nükleik asit dizisinin belirlenmesi.
3. Şizofreni ile ilişkili gen veya genlere bağlı. Bağlantı analizleri, çeşitli genetik belirleyicileri kullanır.
Bağlantı
çalışmalarında amaç; kromozomal lokasyonu belli olan bir DNA markeri taşıyan birkaç etkilenmiş bireye sahip ailelerde bu hastalığın birlikte geçiş (co-transmisyon) kalıbını çıkarmaktır. Başlangıçta şizofreni ile ilgili bağlantı çalışmalarının büyük bölümü etkilenmiş bireylerden üremiş geniş ailelerde yapılmıştır. Bu tip soyağaçlarına sahip ailelerin en azından bir kısmında allellerin yeterli güçte birbirinden ayrılması ve bulguların tekrar edilmesi ümit edilirdi fakat bu gerçekleştirilemedi. Büyük ailelerde tespit edilen bulgular başlangıçta pozitif sonuçlar vermiş ancak daha sonra bunların tekrarı gösterilememiştir (173). Birbiri ardına yapılan bir çok çalışma bağlantının tekrarlanabilir olduğunu gösterememiştir. Büyük uluslar arası kollaboratif çalışmalarda 22q11, 6p24-22 8p22-21 ve 6q kromozomlarında bazı bulgular elde edilmiştir (2, 106). Yine bazı bölgelerde 13q14.1-q32, 5q21-q31 ve 10p15-p11 kromozomlarında uluslar arası konsorsiyumlar tarafından yeterli bulunmayan diğer bazı bağlantı bulguları elde edilmiştir (21, 182). Bunların dışında kollaboratif çalışmalarla şu anda halen incelenmekte olan kromozomlar 1q21-q22 ile 18p22-p21 lokuslarıdır
Şizofreni ve İlgi Çalışmaları
Şizofrenide Asosiyasyon Çalışmaları
Genetik asosiyasyon çalışmaları bir grup hasta ve sağlıklı kontrol bireylerde genlerin allelik sıklıklarının karşılaştırılması esasına dayanmaktadır. Diğer bir deyişle asosiyasyon çalışmaları küçük etkili genleri kuvvetli bir şekilde tanımlamaya verilen addır. Bütün genomu asosiyasyon ile taramak günümüzde mümkün olmayacağı için araştırıcılar test etmek üzere spesifik genleri ve lokusları seçmek zorundadırlar. Bir gen ya fonksiyonel olarak adaydır yada pozisyonel olarak adaydır veya her ikisinin kombinasyonu söz konusudur
Hastalık geni henüz tanımlanmamış hastalıklarda (bipolar affektif bozukluk ve şizofreni gibi), bağlantı analizleri, ilişki kurma analizlerine göre çok daha üstündür, çünkü ilişki kurma analizlerinde tek bir gen lokusunun farklı allelleri araştırılır. Bireylerde polimorfizm gösteren lokuslar (HLA, kan grubu antijenleri vs.) bu yöntem için kullanılır (87, 90). Şizofrenideki bağlantı bulgularının sıhhatinden emin olunamadığı için günümüze kadar yapılan çalışmaların çoğu fonksiyonel aday genler üzerinde yoğunlaşmıştır. Fakat asosiyasyon çalışmaları bazı potansiyel problemleri beraberinde taşımaktadır. Etyolojisi bilinmeyen şizofreni hastalığı ve benzeri bozukluklar için potansiyel aday genlerin, insan genomunda bulunan yaklaşık 30-35 bin gen arasında aranması zorunluluğu nedeniyle bu asosiyasyon çalışmaları sınırlı bir etkinliğe sahip olmaktadır. Her bir genin şizofrenide rol alması açısından düşük bir öncelik ihtimaline sahip olması nedeniyle bu çalışmalardan pozitif sonuç almak bir hayli güçtür (138). Diğer bir problem de, bir çok araştırıcının, çalışma için seçilen vakaların ve kontrol gruplarının genetik yapılarındaki bilinmeyen farklılıklara bağlı olarak yanlış pozitif sonuçlara ulaşılabileceği ihtimalini ekarte edememesidir. Bu tür problemler aile temelli çalışma metotlarında ön plandadır fakat bütün aile üyelerinden alınacak yeterli sayıda örneği toplamak bir hayli güçtür (134). Son iki problem ise; pozitif bulguların tekrarlanabilirlilik yorumlarıyla ilişkilidir. İlk çalışma eğer yanlış pozitif (false positive) ise tekrarlanabilirlilik problemli hale gelir. Bununla beraber, daha sonraki çalışmalar yanlış negatif (false negative) olabilir. Bu açılardan bakıldığında günümüze kadar yapılan şizofreni asosiyasyon çalışmaları, küçük genetik etkileri güvenilir bir şekilde ortaya koyabilmekten uzaktır. Buna rağmen son teknolojik gelişmelerle çalışmalara ayrılan zamanın bir hayli kısaltılması, genom çapında tarama yapabilmeyi mümkün hale getirmektedir. Bu teknolojik gelişmelerden bir tanesi DNA mikroarray sistemleridir ki bunlar bir deneyde binlerce SNPs’in genotipini ortaya koymak için spesifik olarak dizayn edilmiş sistemlerdir. Asosiyasyon çalışmalarında en çok kullanılan testlerden birisi ise geçiş dengesizliği (transmission disequlibrium) testidir. Bu test özellikle vaka kontrol çalışmalarında eskiden kullanılan testlerle karşılaştırıldığında daha güvenilir sonuçlar vermektedir
Çalışmanın Amacı
Kanser oluşumuyla sonuçlanan temel anormallik hücrelerin kontrolsüz proliferasyonudur. Başlıca 3 grup genin mutasyonunun buna neden olduğu bilinmektedir. Bunlar; onkogenler, tümör baskılayıcı genler ve DNA tamir genleri olarak sınıflandırılmaktadır. Tümör baskılayıcı genlerden biri olan p53’de oluşan mutasyonlar tüm kanserlerde görülen en yaygın değişikliklerdir. Şizofreni dünya popülasyonunun %1’ini etkileyen nöröpsikiyatrik bir bozukluk olarak karşımıza çıkmaktadır. Birçok fizyolojik, çevresel, biyokimyasal ve genetik faktörler etyopatogenezinden sorumlu tutulmakla birlikte henüz kesin olarak ortaya konulabilmiş bir sebebi yoktur. Şizofrenik hastalarda kanser insidansı düşüktür.
Özellikle şizofrenik hastalarda akciğer kanser insidansı, genel popülasyonunkinden daha düşüktür. Bu beklenilmedik bir durumdur, çünkü şizofrenili hastalarda sigara içenlerin oranı, genel popülasyonunkinden çok yüksek olarak bulunmuştur.
p53 tümor baskılayıcı gen, genetik yatkınlık için aday bir gen olarak düşünülmektedir. p53 gen, akciğer kanserini de kapsayan bütün kanser tiplerinde en fazla mutasyona uğrayan genlerden biridir. p53’de yaygın olarak belirlenen polimorfizmler genellikle kodon 72’de gerçekleşmektedir. Bu çalışmada p53 gen dizisindeki iki polimorfik bölgenin incelenmesi planlanmaktadır. Bu bölgeler; 4. ekzonda kodon 72’de BstUI RFLP ve 6. intronda MspI RFLP’dir. BstUI RFLP; ya prolini (CCC, allel A1) ya da arginini (CGC, allel A2) şifreleyen kodon 72’deki SNP’yi tanır. PCR ve restriksiyon enzim analizleriyle (BstUI veya MspI) tanımlanabilmektedir. p53 RFLP ve SNP’lerine dayalı yöntemler, bireysel yatkınlığın tespit edilmesine ve akciğer kanseriyle, p53 genindeki bu polimorfik bölgelerin ilişkisinin tespit edilmesine imkan sağlamaktadır.
Sunduğumuz bu araştırma konusuna ilişkin oldukça sınırlı sayıda literatür kaynağı mevcuttur. Bu nedenle konunun daha geniş sayıda bilimsel çalışma ile desteklenmesi, şizofreninin kanserle ilişkisinin moleküler genetik boyutunun ve patogenezinin aydınlatılmasında bilimsel düzeyde anlamlı katkı sağlayacaktır.
Bu çalışmanın amacı;
1. p53 genindeki kodon 72 polimorfizminin şizofreni ve akciğer kanseriyle ilişkisini ortaya koymak için şizofrenik ve akciğer kanserli hastalar ve sağlıklı kontrol gruplarında bu polimorfizmin Türk popülasyonundaki insidansını araştırmak,
2. Türk toplumunda şizofreni ve akciğer kanserli hastalarda p53 geninin iki restriksiyon bölgesindeki polimorfizmi araştırmak,
3. Şizofrenik bozukluk ve kanser arasındaki ilişkiyi tespit etmek,
4. Türk popülasyonunda akciğer kanser ve şizofrenik hastalarda p53 kodon 72 polimorfizminin genotipik insidansını araştırmak ve akciğer kanser riski ve prognozunun bu polimorfizmle ilişkisini ortaya koymaktır
Şizofrenide Riskli Genleri Tanımlamak için Kullanılan Yöntemler
Günümüze kadar şizofreninin genetik yönünü tam olarak ortaya koyabilmek için birbirinden farklı birçok yol izlemiş ve bu konuda oldukça ileri mesafeler katedilmiştir. Özellikle son yıllarda moleküler genetik analizlerin çok komplike olanlarının kolayca yapılabilir hale gelmesi ile birçok hastalıkta olduğu gibi şizofrenide de etyopatogeneze yönelik hayli fazla sayıda genetik teori ortaya atılmıştır. Şizofrenide moleküler genetik risk faktörlerini araştırmak üzere birbirini tamamlayıcı özelliğe sahip üç çalışma stratejisi izlenmiştir: Ayrışma (segregasyon), bağlantı (linkage) ve ilişki kurma (assosiasyon) analizlerini içeren istatistiksel analizler, hastalığın kalıtım şeklini ve genlerin kromozomal yerleşimini araştırmak için kullanılır. Her ne kadar şizofreni spektrumunda tanısal karışıklıklar gün geçtikçe artsa da bağlantı ve asosiyasyon çalışmaları probandların diyagnostik durumlarının kesin bir şekilde 2 temel kategoriye indirgenmesini gerektirir: etkilenmiş bireyler ve etkilenmemiş bireyler. Bu da hayli zorluk çekilen konulardan biridir
Şizofrenide Sitogenetik Anormallik Çalışmaları
Translokasyonlar ve delesyonlar gibi kromozomal yeniden düzenlenmeler ile şizofreni arasında bir ilişkinin olduğu ileri sürülmektedir. Velo-kardiyo-fasiyal sendromlu bireylerde daha fazla oranda şizofreni görüldüğü rapor edilmiştir (126). Bu sendromda kromozom 22q11’de küçük interstisyel delesyonlar (2-3 Mb uzunluğunda) olduğu tespit edilmiştir. Bu bölge aynı zamanda bir şizofreni popülasyonunda SNP markerleri kullanılarak yapılan aile temelli bağlantı dengesizliği (linkage disequilibrium) haritalamasında da gösterilmiştir (108, 180). Bu bağlamda geniş bir İskoçyalı ailede dengeli bir resiprokal translokasyonun t(1;11) kalıtıldığı bulunmuştur. Görüldüğü gibi bu translokasyon 1 numaralı kromozom üzerinde bulunan ve fonksiyonu bilinmeyen iki geni bölerek direkt olarak etkilemektedir
Şizofrenide Moleküler Genetik Çalışmaları
Şizofrenide Ayrışma (Segregasyon) Çalışmaları
Ayrışma analizleri, bir soyağacında gözlenen hastalık sıklığını, öne sürülen kalıtım yoluyla karşılaştırarak doğruluğunu test eder. Şizofreninin genetik kalıtımı göz önüne alındığında majör bir genin varlığının gösterilemeyişi, bu yöntemin değerini ve güvenilirliğini azaltmaktadır