Çoçukluk yıllarının bir kısmını Almanya'da geçirmiş olan Necati daha 14 yaşında ailesiyle beraber Türkiye'ye döndü. Memleketi olan İzmir'de Narlıdere Esnafspor altyapısında futbola başladı. Burada üç sene oynadıktan sonra İzmir'in güçlü ekiplerinden Altay'ın altyapısına transfer edildi. Burada önce ağırlıklı olarak PAF takımı için oynasa da ilk sezonundan itibaren A takımla antrenmanlara çıkmaya başladı ve Altay'da ilk resmî müsabakasını 16 Aralık 1997 tarihinde İstanbulspor'a karşı oynanan Türkiye Kupası maçında 46. dakikada Ömer Pehlivan'ın yerine oyuna girerek oynadı.[1] İlk lig müsabakasına da 18 Ocak 1998 tarihinde Bursaspor'a karşı oynanan Süper Lig müsabakasinda 56. dakikada oynuna sonradan girerek çıktı. Altay'daki ilk sezonunda genç yaşına rağmen 8 müsabakada görev aldı ve bu müsabakalarda iki gol kaydetti. Altay'da sonraki iki sezonu bu kadar olumlu geçmedi ve iki sezonda 14 müsabakada görev alabildi. Altay'daki üçüncü sezonunun devre arasından itibaren sezon sonuna kadar Aydınspor'a kiralık olarak verildi. Sezon sonu Altay'a geri döndükden sonra Altay'ın 1. Lig'e düşmesi ile düzenli olarak forma giyme fırsatı buldu ve 25 lig maçında 19 gol kaydetti. Bu başarısından dolayı tüm dikkatleri üzerine çekti ve büyük takımların onu istemesine rağmen 2001–02 sezonun ilk haftalarında Cem Uzan'ın destekledığı Adanaspor'a transfer oldu.
Adanaspor'da hiç uyum sorunu yaşamadı ve ilk sezonunda 32 müsabakada 17 gol atarak Adanaspor'un 1. Lig'i üçüncü sırada bitirip Süper Lig'e yükselmesine önemli katkıda bulundu. Adanaspor ile Süper Lig'deki ilk sezonunda oldukça başarılı bir performans sergiledi ve 33 maçta 18 gol atarak gol krallığında ikinci oldu. Bu başarısı sayesinde dört büyüklerin hepsinden transfer teklifi aldı. 2003-04 sezonunun devre arasında Galatasaray'a transfer oldu.
Galatasaray'da uyum sorunu yaşamadan takımda düzenli oynamaya başladı ve sezon sonuna kadar 14 müsabakada 9 gol kaydetti. Galatasaray'da ileriki üç sezonda takımın değişmez oyuncusu oldu ve millî takımda da düzenli olarak oynamaya başladı. 2007-08 sezonunda yeni teknik direktör Karl-Heinz Feldkamp ile büyük sorunlar yaşadı ve Feldkamp, Necati'yi takımında düşünmediğini defalarca dile getirdi. Başka bir sorun da yeni transfer Lincoln'a verilmek istenen 10 numarayı Necati'nin giymesi oldu. Neticesinde 24 Temmuz 2007 tarihinde, teknik direktör Karl-Heinz Feldkamp tarafından kadro dışı bırakıldı. Bunun üzerine Necati 2007-08 sezonunda yarım sezon Ankaraspor ve yarım sezon da İstanbul BB'de kiralık olarak oynadı. 2008-09 sezonunda Feldkamp'ın takımdan ayrılmasına rağmen özellikle başkan yardımcısı Adnan Sezgin'in ısrarla Necati'yi istememesinden dolayı İspanya'nın Real Sociedad takımına kiralık olarak verildi. Necati'nin Galatasaray ile olan sözleşmesi, 2009 yılında karşılıklı feshedildi.
1 Eylül 2008'de İspanya 2. Lig takımlarından Real Sociedad takımına kiralık olarak transfer olan oyuncu, bu takımda 10 numaralı formayı giydi. İlk defa dönemin teknik direktörü Juan Manuel Lillo tarafından Murcia maçı kadrosuna alınan Necati, Sociedad forması ile 12 maça ilk 11 başlarken 23 karşılaşmada ise sonradan oyuna dahil oldu. Sociedad teknik direktörünün Necati'ye orta sahada görev vermesi nedeniyle gol bölgelerinden uzakta kalan futbolcu sezonu 1 golle kapatırken 4 sarı kart görmüş, ilk ve tek golünü takımının Celta Vigo ile 2-2 berabere kalınan maçta atan oyuncu, gol pozisyonunda sakatlanmış ve bu nedenle oyunu terk etmiştir. Sezon sonunda Necati, Sociedad takımında beklenen performansı gösteremedi ve Galatasaray'a geri döndü.
2009-10 transfer döneminin son gününde Antalyaspor ile 1 yıllık sözleşme imzaladı. Antalyaspor'daki ilk sezonunda eski formunu yakalamasından dolayı birçok Süper Lig ekibinin transfer listesine girmeyi başardı ve özellikle Bursaspor ile uzun pazarlıklar yaptı. Fakat, Necati tercihini Antalyaspor lehine yaparak 2010-11 ve 2011-12 sezonları için Antalyaspor ile sözleşme yeniledi. 18 Ağustos 2010 tarihinde Ankaragücü ile oynanan Süper Lig karşılaşmasında iki gol atarak Süper Lig'deki gol sayısını 100'e çıkartarak 100'ler kulübü'ne girmeyi başardı.[2] Necati, 2011-12 sezonu başında da birçok klübün transfer listesine girdi fakat Antalyaspor'da kaldı. Ara transfer döneminin son gününde eski kulübü Galatasaray ile anlaştı. Galatasaray ile anlaşan Necati Ateş ayrıca 30 golle Antalyaspor tarihinin en skorer oyuncusu oldu.[3]
Necati, Türk Telekom Arena'da ilk ve tek golünü attığı Orduspor karşılaşmasında.
1 Şubat 2012 tarihinde eski takımı olan Galatasaray'a geri döndü. Transferi sonrasında şu açıklamaları yaptı :
“
"Fatih hocamın bana olan ilgisi, alakası, beni çok istemesi transferimde her şeyin önüne geçti. İnşallah hocamın güvenini sarsacak bir şey yapmam. Bu doğrultuda da başarılı olacağıma inanıyorum. Galatasaray kadrosu çok kaliteli, Türkiye'nin en önemli hocası Galatasaray'ın başında. Mutlaka katkı sağlarım diye düşünüyorum. Paranın çok önemi olduğunu düşünmüyorum. Ben yuvama döneceğim, benim için önemli olan buydu.Bazen fedakarlık yapmak gerekiyor. Bu da onlardan biriydi. Bazen maddiyatın çok önemi yok, manevi duygular daha önde geliyor."
Necati Galatasaray'da 2. döneminde 77 numaralı formayı seçmiştir.
Galatasaray, Necati Ateş'in transferi karşılığında Antalyaspor'a 250 bin dolar transfer ücreti vermiştir. Necati, Galatasaray'la 2011-12 sezonu sonuna kadar anlaşmıştır ve Galatasaray'dan yarım sezon için 400 bin dolar ve maç başına 10 bin dolar almıştır.[5] Necati, transferi sonrasında 77 numaralı formayı tercih ettiğini çünkü Antalya'nın plakası olan iki tane 7'den oluştuğunu söylemiştir. 2. Galatasaray döneminde çıktığı ilk maçta takımının ilk golünü atıp durumu 1-1'e getirmiştir. Maç sonu ise Galatasaray deplasmanda Gaziantepspor'u 2-1 mağlup etmiştir. 3. maçında Mersin İdman Yurdu'na 2 gol atıp 1 de penaltı yaptırarak takımının 3-1 galip gelmesinde büyük pay sahibi olmuştur ve GS TV tarafından maçın adamı seçilmiştir. Galatasaray'a ara transfer döneminde katılan Necati,Sivasspor'a biri 30 metreden olmak üzere iki gol atmıştır ve gol sayısını beşe çıkarmıştır. Necati, Türk Telekom Arena'daki ilk golünü ise 31 Mart 2012'de Orduspor'a 33 metre uzaklıktan 110 km/s süratle attı. Ayrıca bu gol Türk Telekom Arena stadında atılan 50. gol oldu.[6] Necati attığı bu golden sonra şu açıklamalarda bulundu: “Taraftarımızın önünde gol atmak muhteşem bir duyguydu. Umarım bu gollerin devamı gelecek ve hep birlikte şampiyonluğu kutlayacağız.”[7] Ayrıca Necati, takımının Trabzonspor ile oynadığı Süper Final 3. hafta maçında 2 gol kaydederek takımının galip gelmesinde büyük pay sahibi oldu. 2011-12 sezonunu şampiyon bitiren Galatasaray'da 8 gol atan Necati, Galatasaray'ın Fenerbahçe ile Süper Final 6. haftasında oynadığı ve şampiyonluğunu ilan ettiği maçta da ilk 11 başladı. Temmuz ayında Necati Galatasaray ile olan sözleşmesini uzattı Galatasaray KAP'a gönderdiği yazıda Profesyonel futbolcu Necati Ateş'le 2012-2013 ve 2013-2014 (opsiyonlu) sezonları için anlaşmaya varılmıştır. Futbolcu 2012-2013 sezonunda 1.100.000 EUR sabit transfer ücreti ve 12.500 EUR maç başı ücreti alacak ve 2012-2013 sezonunda 30 resmi müsabakada oynaması durumunda sözleşmesi 2013-2014 sezonunda da aynı şartlarda devam edecektir. açıklamalarında bulundu.
Necati Galatasaray takımına Umut Bulut ve Burak Yılmaz'ın katılmasıyla kadroda şans bulamamış ve forvet arayışında olan Eskişehirspor'a transfer olmuştur.[8]
Ayrıca Necati'ye Trabzonspor ve Beşiktaş'ın da talip olduğu belirtilmiştir. Eskişehirspor resmî sitesinde ise
“
Türk futbolunun önemli futbolcularından Necati Ateş, Galatasaray kulübünden transfer edilerek 3 yıllığına Eskişehirspor'lu olmuştur. Kulüp Başkanımız Halil Ünal yönetiminde devam eden transfer görüşmeleri sonucunda tüm konularda anlaşma sağlanmış ve Necati kendisini 3 yıllığına Eskişehirspor'lu yapan imzayı atmıştır. Yurtiçinde ve yurtdışında birçok takımın istemesine rağmen, Eskişehirspor camiasında yer alma konusunda istekli ve içtenlikle davranan Necati'ye teşekkür eder Eskişehirspor'a hoşgeldin deriz. 4 Eylül Salı günü 18:00'da tesislerimizde Necati'nin katılacağı tören gerçekleştirilecektir.
”
açıklamalarında bulunulmuştur. Ayrıca Necati Ateş ilk maçında ilk golünü kaydetmeyi başarmıştır.
İlk kez 1998 yılında milli olan Necati Ateş, 2003 yılında A Milli takıma çağrıldı. 2 kez U-17, 10 kez U-18, 3 kez U-19, 4 kez U-20, 1 kez U-21, 6 kez A-2, 19 kez de A Milli olmak üzere 43 kez milli takım forması giyen Necati Ateş, bu maçlarda 5'i A Milli takımda olmak üzere toplam 9 gol attı.