Önceleri bütün Hıristiyanların bağlı bulunduğu kiliselerin sayısı üçtü. Hz. İsa'nın havarilerinden Petrus'un kurduğu Roma Kilisesi, Paulus'un kurduğu Antakya Kilisesi ve Yuhanna'nın kurduğu İskenderiye Kilisesi. Roma İmparatorluğu ikiye ayrılıncaya kadar bu durum devam etti. Roma Kilisesi güçlendikçe doğu kiliseleriyle ayrılıklar baş gösterdi ve iyice keskinleşti. Sonunda 1054 yılında Roma ve Bizans kiliseleri birbirinden tamamen koptu; böylece Roma Kilisesi'nin başında bulunan papa bütün Katoliklerin; İstanbul'daki Ortodoks Kilisesi'nin başında bulunan patrik ise bütün Ortodoksların başı oldu.
Fener PatrikhanesiFatih Sultan Mehmet 1453'te İstanbul'u fethettiği zaman Ortodoks Kilisesi'ne dokunmadı, hatta ona bütün Hıristiyanlar üzerinde geniş yetki tanıdı. İlk patrikhane şimdiki Fethiye Camii olan Pammakaristos Kilisesi'ndeydi. 1586'da patrikhane Fener'deki Eflak Sarayı Kilisesi'ne, 1602'de Aya Yorgi Kilisesi'ne taşındı. 1720'de de patrik Yeremyands, patrikhanenin şimdi bulunduğu kiliseyi yaptırarak patrikhaneyi buraya yerleştirdi.
Patrikhane Birinci Dünya Savaşı ertesinde Türkiye aleyhine çalışarak Anadolu ve İstanbul'daki Rum ahaliyi kışkırttıysa da Kurtuluş Savaşı'ndan sonra, Anadolu Rumlardan arındığı için patrikhaneye dokunulmadı.