arkeler ve bakteriler arasındaki benzerlikler Bu oldukça önemli bir konudur; çünkü aralarındaki benzerliklerin aksine pek çok farklılık saymak da mümkündür. Bunları sıralayacak olursak: Bakterilerde peptidoglikan Arkelerde sahte-peptidoglikan bulunur. Arkelerdeki metabolik süreçler (metabolic pathways) Bakteriler'den çok Ökaryotlar'a benzemektedir. ÖzellikleRNA'nın yazılması (transcription) ve okunması (translation) süreçleri Ökaryotlara oldukça benzer. Bu da Evrimsel süreçte Arkelerin Ökaryotlar ile daha yakın akraba olduklarını gösterir. Bakterilerin hücre zarında ester bağları bulunurken Arkelerin hücre zarında eter bağları bulunmaktadır. Bakteriler sporla da üreyebilirken Arkeler'de sporla üreme görülmez. Arkeler hücre yapılarından dolayı kanamycin chloramphenicol rifampicin ve anisomycin gibi antibiyotiklereBakterilerin verdiğinden farklı kimyasallarla tepki verirler. Ayrıca Arkeler Diptheria isimli toksine karşı hassaskenbakteriler değildir. DNA kopyalanmasını başlatan kimyasal olan başlatıcı (promoter) yapısı Arkeler ve Bakteriler'de farklıdır. Başka hiçbir Alan'daki canlı yapamazken Arkeler'e ait bazı türler metan oluşturabilirler ve buna metanogenez denir. Bazı Arkeler fotosentetiktir; ancak bunu kesinlikle klorofil bulunmadan yaparlar. Bakterilerdeki fotosentez ise kesinlikle klorofil ile yapılmaktadır. Bakteriler genel olarak "normal" ortamlarda bulunurken Arkeler genellikle ekstrem koşullar ile birlikte normal koşullarda da bulunabilmektedirler.