Busou Shinki: Armored War Goddess'ın 1. sezonunun 10. bölümü olan "Karanlık Sırlar"da, Neo Raphiel'in geçmişi ve gerçek kimliği ortaya çıkıyor. Raphiel'in bulunduğu bir laboratuvarın patlaması sonucu, onun geçmişi ve yaratılış amacıyla ilgili şok edici gerçekler ortaya çıkıyor. Diğer Shinkiler, Raphiel'in bu sırlarını öğrendikçe, onunla olan ilişkileri değişiyor ve birlikte bu sırları çözmek için harekete geçiyorlar. Raphiel ise kendi kimliğine ve amacına dair yeni bir anlayışla mücadele ediyor. Bu bölümde, Shinkilerin dostlukları ve birbirlerine olan bağlılıkları sınanırken, Neo Raphiel'in karanlık sırları da gün yüzüne çıkıyor.