“Ninja Assassin” dünyanın en ölümcül suikastçilerinden olan Raizo’yu (Rain) konu alıyor. Raizo, çocukken, varlığı bile bir söylence olarak kabul edilen gizli örgüt Ozunu Klanı tarafından sokaklardan alınıp bir ölüm makinesi olmak üzere eğitilmiştir. Arkadaşının klan tarafından acımasızca öldürülmesini bir türlü unutamayan Raizo, örgütten kaçar ve ortadan kaybolur. Şimdi intikamını almak için hazırlık yaparak beklemektedir.
Berlin’de, APT ajanı Mika Coretti (Naomie Harris) birçok siyasi cinayeti Uzak Doğu’daki bir yeraltı örgütüne bağlayan yüklü bir para davasıyla karşılaşır. Amiri Ryan Maslow’un (Ben Miles) emirlerini hiçe sayan Mika, cinayetlerin ardındaki gerçeği öğrenmek için çok gizli dosyaları karıştırmaya başlar. Araştırmaları onu hedef hâline getirir ve Ozunu Klanı onu öldürüp sonsuza dek susturması için Takeshi’nin (Rick Yune) liderliğinde bir suikast ekibi gönderir. Raizo, Mika’yı saldırganların elinden kurtarır, ama Klan’ın, ikisi de ölene dek durmayacağını bilmektedir. Kendilerini Avrupa sokaklarında bir kedi-fare oyunun içinde bulan Raizo ve Mika, hayatta kalmayı umuyorlarsa birbirlerine güvenmek ve sonunda ulaşılmaz Ozunu Klanı’nı alt etmek zorundadırlar.