Kırcaali medresesi'nin toprağı 1920 yılında bölge müslüman encumenlığı tarafından satın alınmış. 1923 -1928 yılları yine onlar tarafından inşa edilmiş. Önce 2 katı yapılmış ve para yetersizliğinden inşaatı durdurulmuş. 1928 den itibaren bazı odaları kiraya verilmiş. 1939 - 1945 yılları arası binanın yarısı askeriye tarafından kiralanmış. 1947 yılında müslüman encumenliği tarafından tapu çıkarılması istenmiş ancak devlet tarafından rededilmiş. 1950 yılında devlet tarafından el konulmuş ve devlet malı tapusu çıkarılmış. Devlet Türk İlkokulu olarak devam etmiş. Devlet yardımıyla diğer katları inşa edilmiş. 1980 yılına kadar ilk okul olarak devam etmiş. 1980-1986 yılları yapılan büyük tamirden sonra Kırcaali Bölge Müzesi olarak şu ana kadar kullanılmaktadır. Medreseyi geri almak için Sofya Başmüftülüğü tarafından 1992 yılı Mali Bakanlığının reddinden sonra Yüksek Mahkemeye başvuruldu, ancak mahkeme başvuruyu redetti. O zamandan bu yana medresenin geri verilmesi için bir gelişme yok.