Yahya Efendi'nin bir ara kaybolduğu Kanuni Sultan Süleyman Han tarafından da duyulmuştur. O da büyük bir merakla sütkardeşinden haber beklemektedir.
Kendisine Yahya Efendi'nin Beşiktaş'ta olduğu duyurulunca sevinir. Ancak, İstanbul'a gelmemesine çok üzülür. Kendisine manzum bir şiir yazıp gönderir: "Niye bize cefa ediyorsunuz?" diye serzenişte bulunur, üzüntülerini dile getirir.
Kanuni Sultan Süleyman Han, Yahya Efendi'ye gönderdiği mektubunda kendisinden daha çok istifade edilebileceğini, tekrar geriye dönmesi gerektiğini yazar. Daha önceleri, Yahya Efendi'nin vermiş olduğu nasihatları da hatırlatarak O'nun:
"Padişah'a bu cihanda mülkünü gözler gerek, iki göz yetmez buna, daha nice gözler gerek."diye başlayan şiirini de iliştirerek özlemini dile getirir.
Beşiktaş'a yerleşiyor
Yahya Efendi, başta sütkardeşi olmak üzere pek çok kimsenin ısrarlarına rağmen İstanbul'a geri dönmeyeceğini kesin bir dille ifade eder ve şimdiki dergahının bulunduğu yere yerleşir. Ora~|~da inzivaya çekilir, bütün zamanını ibadet ve taatla geçirmeye başlar.
Bugün kabrinin bulunduğu yeri satın alarak etrafını çevirtir, deniz tarafına bir konak ve bir mescid bina ettirir. Çevresine de ayrıca medrese, hücreler ve hamam inşa ettirir. Yol üstüne de bir çeşme yaptırır.
Rivayete göre; Yahya Efendi'nin dergahının bulunduğu yer bir gayr-i müslime aitmiş. Dergahın bulunduğu yerde büyük bir asma ağacı bulunuyormuş. Yahya Efendi ve etrafındaki talebeleri her gün bu ağacın gölgesinde toplanırlar, sohbet ederlermiş. Arazi sahibi de bazan merakından, bazan da tesadüfen Yahya Efendi'nin sohbetlerine kulak misafiri olurmuş.
Bir gün bu adam, ticaret maksadıyla Karadeniz'e gitmek zorunda kalır. Dönüşünde gemi müthiş bir fırtınaya tutulur. Gemi batmak üzeredir. Çaresiz kalan adam, bildiği şekilde Allah'a yalvarmaya başlar. En sonunda aklına Yahya Efendi gelir. Allahu Teala'ya:
"Ey Allah'ım! Bizi bu korkunç dalgalardan Trabzonlu Yahya Efendi kulunun yüzü suyu hürmetine kurtar, selamete çıkar!" diye dua eder.