Akciğer mikrobiyotası uzun süredir bilinmiyordu çünkü sağlıklı akciğerlerin steril olduğu yaygın olarak kabul edilmişti. Çeşitli insan mikrobiyotalarının keşfi ile bu düşünceye şüphe düşmüş oldu.Solunum sistemi mikrobiyotasının bileşimi, hiçbir şekilde her noktada aynı değildir ve üst solunum yolu(burun, ağız) ile alt solunum yolu (akciğerler, bronşlar vb) arasında ciddi şekilde değişkenlik gösterir.