Manifest'in ikinci sezonunun ilk bölümünde, yolcuların geri dönüşünden üç ay sonra geçen olaylar anlatılıyor. Yolcular arasında gizemli bir bağlantı olduğunu keşfeden Ben, bu durumu çözmeye çalışırken Manifest adlı bir grup kurar. Bu sırada, bir yolcu kaybolur ve tüm ekip onu bulmak için çabalar. Yolcuların geçmişteki ölümleriyle bağlantılı olan bu kayıp, büyük bir sırrı açığa çıkaracak ve herkesi şaşırtacak. Ayrıca, Michaela ve Jared arasındaki gerilim de artar ve aralarında beklenmedik bir olay yaşanır.