Başta Halil İnalcık olmak üzere, Osmanlı tarihi araştırmacıları XVI. yüzyılın sonlarında Osmanlı İmparatorluğu’nun düzeninin bozulmasını şu şekilde açıklarlar:
a- Nüfus artışı: XVI. yüzyılda Osmanlı İmparatorluğu’nda şehirlerde %80-90, köylerde ise %40-60 civarında bir nüfus artışı meydana geldi. Bu büyük nüfus artışı yüzünden topraksız kalan köylülerin askeri mesleklere ve medreselere girmeleri devletin dengesini altüst etti.
b- Askeri sistemdeki değişim: Kanuni döneminde meydana gelen Şehzade Bayezid isyanından sonra İstanbul’un dışındaki şehirlerde de asayişi sağlamak için yeniçeriler yerleştirildi. Gittikçe yaygınlaşan bu durum yeniçerilerin imtiyazından faydalanmak isteyen insanların da bu askeri zümreye akın etmelerine yol açtı. XVI. yüzyılın sonlarına doğru Avrupa’daki askeri sistemlerde büyük bir değişim başladı. Bu dönemde atlı askerler yerine tüfekli piyade ön plana çıktı. Osmanlılar, 1593-1606 yılları arasında Avusturya ile yaptıkları savaşlarda timarlı sipahilerin silah ve çarpışma şekilleri açısından artık uygun olmadığını fark etmeye başladılar. Devrin şartlarına cevap vermeyen timarlı sipahilerin yerlerini tüfekli askerler aldı. Yeniçeri sayısı arttı. Kanuni döneminde 24 bin olan Kapıkulu askeri sayısı XVII. yüzyılın başlarında 40 bine ulaştı. Aynı dönemde timarlı sipahi sayısı ise 80 binden 20 bine düştü. Kapıkulu sayısını artırmanın yanısıra saruca-sekban adı altında Anadolu’dan ücretli tüfekli asker toplandı.
c- Celali isyanları: Savaşların bittiği dönemlerde veya bağlı bulundukları sancakbeyi ve beylerbeylerinin azli gibi bir durumda işsiz kalan saruca-sekbanlar eşkıyalık yaparlardı. Bu grupların ve savaşlara gitmedikleri için ordudan atılan timarlı sipahilerin meydana getirdiği Celali isyanları 1596-1610 yılları arasında Osmanlı İmparatorluğu’nun bütün sistemini altüst etti. Celali korkusundan Anadolu’da on binlerce insan köyünü, kasabasını bırakıp İstanbul’a, Kırım’a, Rumeli’ye kaçtı. Bu yüzden devletin vergi gelirleri düştü. Bu gelirleri toplayarak askerlik hizmeti veren timarlı sipahiler, vergi alacak insan bulamadıkları için seferlere gidemediler. Seferlere gitmeyince ordudan atıldılar. O zaman da celali oldular.
d- Mali buhran: XVI. yüzyılın son çeyreğinde Amerika’dan Avrupa’ya akan altın ve gümüş Eski Dünya’daki bütün ekonomik dengeleri alt-üst etti. Fiyatlar ihtilali denilen enflasyon her tarafı sarstı. Bu durum Osmanlılar’ı da etkiledi. Avrupa’dan gelen bol miktarda gümüşün Osmanlı topraklarında fiyatların artmasına, Osmanlı parasının
değerinin düşmesine, faizciliğin yaygınlaşmasına sebep olup, fiyatlardaki artışlar sabit gelirli askerî zümreleri doğrudan etkilediği ve bu yüzden birçok isyan çıktığı iddia edilir.
Özellikle Barkan’ın bu durumu Osmanlı tarihinde bir dönüm noktası olarak göstermesi, son yıllarda yapılan çalışmalarda tenkit edilmiştir. Hamilton’un, fiyat artışlarının Avrupa’da kapitalizmin yükselişine sebep olduğu iddiası bugün kabul görmemektedir. Şevket Pamuk da, fiyat artışlarının Osmanlı tarihine etkisinin sınırlı olduğunu, bir dönüm noktası olmadığını belirtmektedir. Osmanlı İmparatorluğu, bu yıllarda azalan gelirlerini çoğaltmak için yeni vergiler koydu. Daha önce savaş zamanlarında alınan “Avarız” vergisi daimi bir vergi hâline geldi. Merkezi idare, ayrıca mahalli yöneticilerden dolaylı makam vergileri (caize, avaid, bohça) almaya başladı. Bu yüzden bir kısım yöneticiler devletin onlardan talep ettiği bu vergileri ödeyebilmek için halktan kanunsuz olarak “nalbaha”, “selamlık”, “aylık”, “cerime”, “pişkeş” gibi adlar altında vergi toplama yoluna gittiler. Ancak bu uygulamalar halkı iyice ezdi.
e- Dünya iktisadi sistemindeki değişiklikler: XVI. yüzyılda dünyanın ekonomik düzeni değişti. Akdeniz bölgesinde Hindistan bağlantılı ekonomik sistem ortadan yavaş yavaş kalktı. Osmanlılar, Portekizlilerle yaptıkları mücadele sonucunda Hindistan ticaretini bir süre daha canlı tutabildiler. Ancak XVII. yüzyıldan itibaren İngiliz ve Hollandalıların bu ticarete el atmaları Akdeniz ekonomilerine, dolayısıyla da Osmanlı İmparatorluğu’na büyük bir darbe vurdu. İran ve Rusya ticaretinde İngilizler’in oynadıkları aktif rol, bu bölgelerle yakın ilişki içerisinde olan Osmanlılar’ı olumsuz etkiledi. Bu dönemde dünyada aynî ekonomiden nakdî ekonomiye de geçilmeye başlandı. Bu yüzden aynî ekonomiye dayanan timar sisteminin yerini zamanla gelirlerin merkez için toplandığı iltizam sistemi aldı.