Kaplumbağa Kardeşler olarak bilinen ve yıllarca insanların dünyasından uzak tutulan bu dört kahraman, şimdi New Yorkluların kalbini kazanmak ve normal gençler gibi kabul edilmek için mücadele etmektedirler. Bu dört kaplumbağa, Leonardo, Donatello, Raphael ve Michelangelo, geçmişte sıradan bir kaplumbağadan farklılaşmış ve insanlarla iletişim kurabilen, dövüş yetenekleri gelişmiş mutantlara dönüşmüşlerdir.
Yeni arkadaşları April O'Neil, kendilerine yardım ederek onları gizemli bir suç örgütüyle mücadele etmelerinde destek olur. April, bir gazeteci olarak, bu suç örgütünün faaliyetlerini ortaya çıkarmak için elinden geleni yapmaktadır. Ancak, bu sırada kaplumbağa kardeşlerin üzerine bir mutant ordusu salınır ve işler iyice karmaşıklaşır.
Kaplumbağa Kardeşler, cesur davranışlarıyla tanınır ve her zaman birbirlerine destek olurlar. Birlikte, New York şehrinin sokaklarında suçla mücadele ederken, sıradan gençler gibi yaşamayı öğrenmek için de çaba sarf ederler. Yeraltında yaşamaları ve insanlarla etkileşim kurmaları gereken bu kaplumbağalar, hayatlarının zorluğuyla mücadele etmekte ve bir yandan da normal bir hayata adapte olmaya çalışmaktadır.
Kaplumbağa Kardeşlerin hikayesi, insanların sınırlarını zorlama, dostluğun önemi ve kötülüğe karşı verilen mücadele gibi evrensel temaları ele almaktadır. Bu dört kahramanın maceraları, izleyicileri heyecanlandırmakla kalmaz, aynı zamanda değerli yaşam dersleri sunar. Kaplumbağa Kardeşler, birçok neslin sevgisini kazanan eşsiz bir hikaye ve kahramanlardır.