Tonya İlçesinin ilk kuruluşu hakkında kesin bir bilgi olmamakla birlikte, ilçenin kuruluşunun 13. yüzyılın sonları ile 14. yüzyılın başlarında olduğu anlaşılmaktadır. 1461 yılında Trabzon'un Türkler tarafından alınması ile Rum Pontus Devletinin egemenliği sona erer. Bölge tamamen Türklerin eline geçer. Bundan sonra Bayburt, Gümüşhane, Erzurum ve diğer yörelerden gelen Türk boyları Tonya'da yerleşirler.
Osmanlı dönemi yerli Rumlarla, göçmen olarak gelen Türklerin kaynaşması ile geçmiştir. Bu dönem içerisinde gerek Rum kültürü, gerek Türk kültürü birbirlerini etkilemişlerdir. Bu etkileşim şimdi bile kendini göstermektedir. Yerli halkın bazı inançları, gelenek ve göreneklerinde bu etkileşimin izlerini görmek mümkündür.
İlçemize bağlı 15 köy bulunmaktadır. Ayrıca merkeze bağlı 5 mahalle ve İskenderli Beldesine bağlı 2 mahalle olmak üzere toplam 7 mahalle mevcuttur.Tonya, Vakfıkebir İlçesine bağlı bir bucak merkezi olarak yönetilmiştir. Osmanlı Devleti döneminde Tonya'da derebeylik egemendi. 19.yüzyıl derebeylerin tamamen egemen olduğu bir dönem olmuştur. Bu derebeylerinden en önemlisi Ali Ağa, kendisine ait topraklarda özel asker besler, kendi savunmasını bunlarla yapardı. İlçeye bağlı Kaleönü Mahallesinin güney yönünde bulunan ormanlar içerisindeki yüksek kaya Ali Ağa kalesi olarak bilinir. Bu kayada halen iskân edildiğine dair izler görünmektedir.
Tonya, 1854 yılında bucak merkezi olarak teşkilatlanmışsa da, bucak yönetimi yıllarında bile derebeylik egemenliğini sürdürmüştür.
Birinci Dünya Savaşından sonra Osmanlı Devleti toprakları İtilaf Devletleri tarafından paylaşılmaya başlanınca Doğu Karadeniz bölgesini de Ruslar istila etmişlerdi. Rusların bu istilasına karşı Tonya'nın yerli halkı düzenli ordu kuvvetlerine yardımcı olarak aylarca savunmada bulunmuşlar ve bunda da oldukça başarılı olmuşlardı. Harşit Cephesinde bulunan Türk Kuvvetleri bozulunca Ruslar bütün güçleriyle Tonya üzerine yürümüş ve yerli halk batıya doğru göç etmek zorunda kalmıştır. 16 Temmuz 1916 tarihinde Tonya işgal edilmiş ve Rus kuvvetlerinin 17 Şubat 1918 tarihinde çekilmesiyle Tonya düşman işgalinden kurtulmuş oldu.
5 Mart 1954 tarihinde 6324 sayılı kanun ile Tonya İlçe olarak teşkilatlanınca Vakfıkebir'den ayrıldı. Aynı yıl içinde belediye teşkilatı kuruldu. Tonya'nın ilçe olarak teşkilatlandığı yıllarda adı Orta Mahalle olarak geçer. Bu ad o yıllarda belediye teşkilatının içine almış olduğu merkez mahallenin adından gelmiştir.
"Tonya" adının ilçeye verilişi ile ilgili çeşitli söylentiler olmakla birlikte bunlardan gerçeğe uygun olarak görüleni şöyledir:
Bölgeye ilk yerleşen Rumlar döneminde bir Rum Beyi Tonya adındaki kızına bölgeyi çeyiz olarak vermiş, bundan böyle bu bölgenin adı da kızın adına ithafen Tonya olarak kalmış. Ayrıca Tonya ilçesinin merkezine yöre halkı tarafından Konakyanı adı da verilir.
Bu deyiş derebeylik döneminde merkezde bulunan derebeyin konağından gelmektedir. Konağınyanı söyleyişi zamanla Konakyanı olarak kalmıştır.