Skibidi Toilet isimli oyunu oynarken, bilgisayarlar için "W, A, S, D" tuşlarını ve yön tuşlarını kullanarak karakterinizi hareket ettiriyorsunuz. Düşmanlara saldırmak için "SPACE" tuşuna basarak pompayı kullanabilirsiniz. Cep telefonları ve mobil tabletler için ise karakterinizi hareket ettirmek için parmağınızı ekranın sol tarafında sürüklemeniz yeterli olacaktır. Sağ tarafta gezdirdiğiniz parmağınızla görüş açınızı ayarlayabilirsiniz. Düşmanlara saldırmak için ise sağ alt köşeye dokunmanız gerekmektedir.
Oyunda, bir koridorda ilerleyerek kahrevenkli çıkış kapısını bulmaya çalışıyorsunuz. Düşman klozetler size doğru gelerek sizi öldürmeye çalışıyor. Ancak elinizdeki pompayı kullanarak düşman klozetlere saldırarak onları etkisiz hale getirebilirsiniz. Bu şekilde yok ettiğiniz her klozet için puan kazanırsınız. Kazandığınız puanı ekranın üst tarafındaki "SCORE" bölümünden, bulunduğunuz bölüm sayısını ise "LEVEL" bölümünden takip edebilirsiniz. Ayrıca elinizde kalan pompa sayısını da "ARROWS" bölümünde görebilirsiniz.
Pompaları kullanıp düşmanlara saldırdıkça "ARROWS" bölümündeki sayı 1 azalacaktır. Ancak koridorlarda bulunan pompaları toplayarak pompa sayınızı yeniden artırabilirsiniz. Çıkış kapısına ulaşarak bölümü tamamlayabilirsiniz. Her yeni bölümde farklı bir parkurda macera dolu anlar yaşayarak Skibidi Toilet oyununu oynamaya devam edebilirsiniz.