Sultan Üçüncü Murad 4 Temmuz 1546 günü Manisa'nın Bozdağ yaylasında dünyaya geldi. Babası, Sultan İkinci Selim, annesi Afife Nur Banu Sultan.
Babasının 1558 yılında, Manisa sancak beyliğinden Karaman valiliğine tayin edilmesi üzerine, dedesi Kanuni Sultan Süleyman tarafından Alaşehir sancakbeyliğine tayin edildi. Babası Sultan İkinci Selim padişah olduktan sonra da tekrar Manisa sancakbeyliğine atandı.
Şehzadeliği sırasında bulunduğu Manisa'da devrin en değerli ulemasından dersler aldı. Babası Sultan İkinci Selim'in vefatı üzerine Manisa'dan İstanbul'a gelerek 22 Aralık 1574 tarihinde tahta geçti. Ancak o da babası Sultan İkinci Selim gibi devlet işlerine fazla müdahil olmadı. Bürokrasi ve hükümet daha ziyade Sokullu Mehmed Paşa tarafından idare edildi. Bunda Sokullu'nun tecrübe ve dirayeti ile Sultan İkinci Murad'ın idare tarzı büyük rol oynamıştır.
Sokullu Mehmed Paşa'nın ağırlığını hissettirdiği III. Murad döneminde, Osmanlı toprakları en geniş sınırlarına ulaştı. Babası İkinci Selim'den devraldığı 15. 162.151 km kare ülke toprağını, 19.902.000 km kareye çıkardı.
Sultan Üçüncü Murad'ın isteği üzerine Erdel Beyi Bathary Lehistan'a kral oldu. Lehistan ile bir antlaşma yapıldı ve bu siyasi gelişmeler sonunda Osmanlı Devleti'nin kuzey sınırı güvenli bir hal aldı.
1584 yılında Trablusgarp Valisi Ramazan Paşa ve ailesi İstanbul'a getiren Amiral Emmo komutasındaki Venedik gemileri Osmanlı gemisine Kefalonya açıklarında saldırdı ve 250 kadar Osmanlı askeri öldürüldü, kadınlara tecavüz edildikten sonra denize atıldı. Bu olay İstanbul'da duyulunca Venedik Senatosu'na bir ültimatom gönderildi.
Osmanlı Devleti'nin gücünden çekinen Venedik Senatosu şartlara uymak zorunda kaldı ve Amiral Emmo derhal asılarak İstanbul'a gönderildi. Ayrıca Ramazan Paşa'nın hanımı, çocukları ve malları da eksiksiz olarak Preveze kadısına teslim edildi.
Bu dönemde İngilizlerle de dostane ilişkiler geliştirildi. İlk İngiliz Kapitülasyonunun verilmesiyle İstanbul'a daimi İngiliz elçisi gönderildi. 1572 Bartalameos katliamı ile birlikte Katoliklerden yüz çevirmeye başlayan Osmanlı hükümeti, Papa'nın koyduğu (barut, kalay, top güllesi gibi) stratejik harp malzemesi ambargosunu kırabilmek için, önce Protestan olan İngiltere'ye yakınlaştı. Daha sonra bu ittifaka Hollanda da dahil edildi. Böylece Akdeniz'de İngiliz-Fransız rekabeti başlamış oldu. Bu rekabetten Osmanlı Devleti de birçok siyasi menfaat kazanmış oldu.
1578 yılında Fas sultanının da ricası ile Fas'a giden Ramazan Paşa komutasında ki Osmanlı kuvvetleri Vadi-üs Sebil'de yapılan savaşta Portekiz kuvvetlerini yendiler ve böylece Fas Sultanlığı Osmanlı himayesine alındı.
İran'da çıkan taht kavgalarından yararlanmak isteyen Van Beylerbeyi, İran'a saldırılması gerektiğini bildirdi. Sokullu Mehmed Paşa savaş taraftarı değildi ama, yönetimde etkin olan Sinan Paşa ve Lala Mustafa Paşa İran seferine başkomutan olmak istiyorlardı.
Sokulluya rağmen başlatılan İran savaşının ilk evresi 1577-1589 yılları arasında on iki yıl sürdü. Özdemiroğlu Osman Paşa komutasındaki Türk birlikleri İran kuvvetlerini Çıldır'da yendi. Bu savaştan sonra tüm Gürcistan fethedildi. 1578 yılında Tiflis ve Şirvan Osmanlı vilayeti durumuna getirildi
Bu gelişmeler üzerine İran barış istemek zorunda kaldı. 21 Mart 1590 tarihinde yapılan Ferhad Paşa Antlaşmasına (İstanbul) göre; Kars, Tebriz, Tiflis, Gence, Şehrizur, (Azerbaycan, Gürcistan, Dağıstan ve Kuzey Kafkasya) Osmanlı Devletinde kaldı. Bu antlaşma ile Osmanlı devleti doğuda en geniş sınırlarına ulaştı.
Sultan Üçüncü Murad döneminde Telli Hasan Paşa Hırvatistan sınırındaki Siska kalesini kuşatma altında tutuyordu. Çok şiddetli geçen çarpışmalar sonunda Osmanlı Kuvvetleri ağır kayıplar verdi. Hasan Paşa ve binlerce askerle birlikte Hersek Sancakbeyi de şehit düştü. Bunun üzerine Sinan Paşa'nın ısrarıyla 1593 yılında Avusturya'ya savaş ilan edildi.
Yapılan savaşlar sonunda Avusturyalılar Tuna'yı geçerek Rusçuk'a saldırdılar
29 yaşında çıktığı tahtta 20 yıl kalan Sultan Üçüncü Murad 16 Ocak 1595 tarihinde felç geçirdi ve vefat etti. Ayasofya Camii'nin avlusuna defnedildi.