Kutsal Kitap'ta eşcinsellik, Tanrı'ya ve O'nun düzenlediği yaratılışa uymayan eylemler arasında değerlendirilir. Eşcinsel ilişki anatomik uygunsuzluğun yanında ruhsal kirlenmeyi de içermesi, Tanrı halkının kutsallığını bozması nedeniyle toplumun dışında tutulmak istemiştir (Tevrat, Lev. 20:13).Erkeklerin birbirleriyle, kadınların birbirleriyle ve hayvanlarla cinsel deneyimler yaşanması yasaklanmıştır (Tevrat, Lev. 18:6-30; Rom. 1:26,27).
İncil'de cinselliğin tek eşli evlilik ilişkisi içinde, erkek ve dişi arasında yaşanması gerektiği tartışmaya yer bırakmayacak kadar nettir. Ancak yapılan bazı çevirilerde ayetler özgün anlamlarına göre yorumlanmayarak, eşcinsel ilişki yaşayanların kişisel tercihleri kabul edilebilir biçimde sunulmaya çalışılmıştır. Örneğin, "Yemek mide için, mide de yemek içindir, bedensel ihtiyacı karşılar, görüşünü ileri süren bazı Korintliler yeme ve sindirmenin ruhsal yaşama etkisi olmadığından yola çıkarak aykırı cinsel ilişkilerin de kişinin ruhsal yaşamını etkilemeyeceği görüşünü savunmuşlardır (İncil, 1. Kor. 6:12-16)."[1]
Hristiyan ilahiyatında ise İsa Mesih'in ruhu (Kutsal Ruh) imanlının içinde konut kurduğundan ve aynı zamanda imanlı İsa Mesih ile özdeşleştiğinden tek eşli evlilik ilişkisi içinde, erkek ve dişi arasındaki cinsel paklık ayrı bir önem kazanmaktadır. İncil'de geçen "Bedenlerinizin Mesih'in üyeleri olduğunu bilmiyor musunuz? Mesih'in üyelerini alıp bir fahişenin üyeleri mi yapayım? Asla! Yoksa fahişeyle birleşenin, onunla tek beden olduğunu bilmiyor musunuz? Çünkü 'İkisi tek beden olacak' deniyor. Rab'le birleşen kişiyse O'nunla tek ruh olur. Fuhuştan kaçının. İnsanın işlediği bütün öbür günahlar bedenin dışındadır; ama fuhuş yapan, kendi bedenine karşı günah işler (İncil, 1. Kor. 6:15-18)" ayetleri erkek ve dişi arasındaki birlikteliğin cinselliğin ötesinde ruhsal boyutunu gösterir. Ve cinsel aykırılıklar ister parayla ister gönüllü yapılsın öteki günahlardan ayrı tutulmasına kaynak oluşturur.
İncil'de insanların bedensel-ruhsal özüne uymayan düşünce ve davranışlarının son günde, İsa Mesih'in ikinci gelişinde yargılanacağı yazılır. Yargı, sonsuza dek Tanrı'yla birlikte olmak ya da O'nun sevgisinden uzak kalmak olarak tanımlanabilir (İncil, Va. 20-22).
Kilisenin eşcinsellere ve benlikten kaynaklanan diğer cinsel, ruhsal bozuklukları yapanlara yönelik ölümcül ya da hapis gibi cezalandırma yetkisi yoktur. Ancak benlikten kaynaklanan diğer ruhsal bozukluklarda (örneğin bölücülük, dedikodu, yalan söylemek vd.) olduğu gibi, bunları yapanlar yürekten tövbe edene dek, kilisenin dışında tutularak, dua-danışmanlık hizmeti vermeye devam edilebilir.
[1] 50 yılı dolaylarında Korint, bugünkü Yunanistan'ın başkentiydi. Putperest tapınaklarda her türlü cinsel deneyim serbestti.