SARS-CoV-2’nin Başak Proteininin Atom Modeli Oluşturuldu
COVID-19 hastalığına neden olan SARS-CoV-2 virüsü ve başka RNA virüsleri, hücrelerimizi konak olarak kullanmanın yanında kendi RNA‘sını korumak ve yeni hücreleri enfekte etmek için proteinler üretir. Spike (Başak) adı verilen bu proteinin, teneffüs sistemimizdeki hücrelerde yaygın olarak bulunan ACE2 ismi verilen bir proteine bağlanarak, fonksiyonunu bozduğu biliniyor.
Daha evvelki araştırmalarda yeni tip koronavirüsün kelam konusu reseptöre, SARS hastalığına neden olan virüsteki (SARS-CoV) proteinden 10 kat daha güçlü bağlandığı belirlenmişti. Bu nedenle selefinden 10 kat daha süratli bulaşan SARS-CoV-2, birinci ortaya çıktığı Aralık 2019 tarihinden bu yana dünya çapında 8,5 milyondan fazla kişinin hasta olmasına neden oldu.
SARS-CoV-2'nin ürettiği başak proteini, solunum sistemimizdeki hücrelerde bulunan ve ACE2 ismi verilen bir proteine bağlanıyor
Güney Kore'deki Seul Ulusal Üniversitesi, İngiltere'deki Cambridge Üniversitesi ve ABD'deki Lehigh Üniversitesi'nden bir küme araştırmacı, ölümcül virüsün ürettiği başak proteininin birinci açık kaynaklı atom modelini geliştirmek için birlikte çalıştı. Bilim insanları, bu proteinlerin COVID-19'u engellemek maksadıyla geliştirilmeye aday aşı ve ilaçlar için en önemli amaç olduğuna dikkat çekiyorlar.
Lehigh Üniversitesi Biyolojik Bilimler ve Biyomühendislik Bölümü'nde profesör olan Wonpil Im tarafından geliştirilen CHARMM-GUI (grafik kullanıcı arayüzü), karmaşık biyomoleküler sistemleri kolay, hassas ve süratli bir halde simüle eden bir program olarak biliniyor. Im, kelam konusu programı bilim insanlarının diğer hiçbir biçimde gözlemlenemeyen moleküler seviyedeki etkileşimleri anlamalarını sağlayan bir “hesaplama mikroskobu” olarak tanımlıyor.
SARS-COV-2 başak proteini atom modeli
Birinci sefer tam uzunlukta glikosil olmuş SARS-COV-2 başak (S) protein modelleri ürettiklerini belirten Im, “Seul Ulusal Üniversitesi'nden Dr. Chaok Seok ve Cambridge Üniversitesi'nden Dr. Tristan Croll ile iş birliği yaptığım için şanslıydım. Takımımız bu modelleri çok dikkatli bir biçimde oluşturmak için gece gündüz çalıştı. Bu modelleme, COVID-19'un önlenmesi ve tedavisi için simülasyon temelli yeni araştırmalarda kullanılabilir” dedi. Araştırmanın ayrıntılarına buradan ulaşabilirsiniz.