Balıkpazarı Üç Horan Ermeni Kilisesi'nin güney-batısında, İngiliz Konsolosluğu'nun arka tarafında, Aynalı Çeşme semtinde, Protestan Ermeni cemaatine ait Surp Yerrortutyun adı ile kutsanmış bir kilise mevcuttur. Bu, Ermeniler arasında ilk Protestan hareketleri başladığında 1845'te örgütlenmiş İstanbul'un ilk Protestan kilisesidir. Olasılıkla ahşap ilk kilise binası daha sonra yandığından, aynı yerde yeni bir okul ve kilise yapımı için, padişah Sultan Abdülmecid'in (1839-1861) Mart 1861 tarihli fermanıyla bir arsa satın alınmış ve 1870'te bir duvarla çevrilmiştir. 9 Ağustos 1904 tarihli bir fermanla 27 Aralık 1905'te temeli atılan kilise 7-20 Ekim 1907'de ibadete açılmıştır. Cemaatin yardımlarıyla yapılmış olan kilisenin açılış töreninde Amerikalı resmi temsilciler ve Ermeni cemaatinin resmi kurumları hazır bulunmuşlardır. Önceleri kalabalık bir cemaati bulunan kilisenin Hagopos Cecizyan ve Arsen Şmavonyan gibi çok ünlenen vaizleri olmuştur. Kilisenin alt tarafında bulunan geniş kat, okul için ayrılmıştı.
Aynalıçeşme, Amenasurp Yerrortutyun Protestan Ermeni Kilisesi, İstanbul 1920 adlı belgeselde; o yıllarda bir orga ve koroya, üç yüz kişilik oturma yerine sahip, iyi ısıtılan temiz ve aydınlık bir bina olarak tanımlanmaktadır. Yine bu kaynağa göre, 1920'li yıllarda, kiralanmış bir ruhban evi bulunan kilisenin altmış üyesi mevcut olup, pazar ayinine yüz-yüz elli kişi, perşembe akşamları yapılan dua toplantısına yirmi-yirmi beş kişi katılmaktaydı. Kendi kendine yeten ve borcu olmayan Aynalıçeşme Kilisesi'nin yıllardır düzenli bir rahibi bulunmamakta, mevcut rahip Krikor Boğosyan, az bir maaş almakta, aynı zamanda İsviçre Misyonu için çalışmaktaydı. Kilise binasında dört oda ve bir toplantı salonu mevcuttu. Kiliseye bağlı bir kadınlar derneği, bir kızlar kulübü, erkek izciler grubu ve bir pazar okulu vardı. Kimi zaman yoksullara ve yetimlere para yardımı yapılmaktaydı. Günümüzde ibadete açık olan kilisenin cemaati 30 kişi kadardır.
Emin Camii ve Gümüş Küpe Sokaklarının kesiştiği noktada yer alan Protestan Ermeni Kilisesi batıdan, madeni korkuluklarla tamamlanan bir avlu duvarıyla çevrilidir. Kilisenin anıtsal batı cephesi, çan kulesinde de tekrarlanan baldaken formlu köşe kuleli ve merdivenli bir avlu girişiyle Emin Camii Sokağı'na açılır. Bir bodrum ve bir zemin katı üzerine oturtulmuş olmasından ötürü kilise heybetli bir izlenim verir. Batı cephesi, keskin profillerle dışa taşkın giriş aksı, kompozit başlıklı köşe payelerine oturan, üçgen alınlıklı sivri kemerli portali, galerinin vitraylı büyük gül penceresi ve çan kulesiyle dikkat çeker. Bu cephe kompozisyonu simetrik sivri kemerli ve küçük madalyon pencereler, portal alınlığı üzerindeki taştan küçük haç motifi ve kemer aynasında kilisenin yapım kitabesiyle tamamlanır. Batıdan itibaren rozet dolgulu özgün bir saçak süslemesi tüm cepheleri dolanır. Özenle ele alınmış olan rustik görünümlü, derzli düzgün kesme taş bloklarla örülü dış cephelerin köşe bağlantılarını vurgulayan taş kaplamalar, saçak üstündeki küçük süs kuleleriyle taçlanır. Saçakta pencere açıklıklarını karşılayan küçük dikdörtgen kuleler sıralanır.
Gümüş Küpe Sokağı’na bakan kuzey cephesinde, zemin katının kompozit başlıklı iki pilastıra oturan geometrik formlu taş alınlıkla açılan kapısı, mimarinin genel tasarımına uyumlu bir görsellikle yansıtır. Kilit taşlı silmelerle çevrili sivri kemerli pencerelerde ve giriş kapısında gotik madeni şebekeler bulunur. Torkomyan'a göre bir okul için ayrılmış olan bu katta bir oda Alman Havariler Kilisesi mensuplarının ibadetine tahsis edilmiştir. Kilisenin güneybatısında Alman Protestan Kilisesi vardır.
Kilisenin, dış mimarisinin görkemine karşın daha yalın olan tek nefli bazilikal planlı iç mekânı, Katolik ve Apostolik Ermeni Kiliselerinden farklı bir liturji ile tasarlanmıştır. Alışılagelen narteks-naos ilişkisi bu kilisede görülmez. Narteksten naosa geçiş gotik tasarımlı merkezi ahşap bir kapıyla sağlanır. Narteksteki yan bölümlerden kuzeydeki mekân depo, güneydeki mekân ise üstteki galeri katına ve alttaki zemin katına yol veren merdiven sahanlığı olarak değerlendirilmiş ve birer kapıyla naosa bağlanmıştır. Dıştan üç cepheli taşkın apsisin yarım kubbesi ve bema duvarı silmelerle kartuşlanmış ışınsal bir görünüm yansıtır. Tonoz eteklerinde kartuş çerçeveler sıralanır. Gotik bezemeli saçak kornişleri tüm iç mekânı sarar. Hiçbir dinsel simgeye yer verilmemiş olan kilisede ahşap bir platformla yükseltilmiş apsisteki haç işlemeli perde kutsal mekâna işaret eder. Sunak masası yerini sadece ahşap bir kürsüye bırakır. Kilisenin vitray işlemeli tüm pencereleri, mimari plastik ve eşyalar gotik bezeme ögeleri ile biçimlenmiştir. Yapının üst örtüsü basık beşik tonoz, zemini ahşap döşemelidir. Yüksek kabartma dört büyük konsolla iç mekâna açılan galeri katında, yerini elektronik bir orga bırakmış olan, boruları kalem işi bitkisel süslemeli, körüklü tarihi bir org bulunur.
Simetri ve uyumla tasarlanmış Amenasurp Yerrortutyun Kilisesi, Ermeni Protestan cemaatinde beğeni bulmuş olan Gotik mimarinin 20. yüzyıl başında bir Ermeni kilisesindeki yorumu olarak karşımıza çıkar. Diğer taraftan dış cephelerde Ermeni mimarisine gönderme yapan kimi detaylar dikkati çekmektedir.