Bu bölgedeki en eski yaşam izleri İliryalılar döneminde (İ.Ö 1500), İllik kavimleri Otariatlar ve Ardiler'in yerleşimininden kalmadır. Kalıntıları yakınlarda bir yerde bulundu. Daha sonra bu bölge "Malavico" adıyla Roma Eyaleti'nin bir parçası haline geldi.
"Via Drina" adı verilen yol Drina nehri vadisini boydan boya geçiyordu ve o sırada Alman madencileri Saselerin de gelmesiyle bugün Višegrad'ın bir kısmı Sase olarak adlandırılmaktadır.
Constantinus I ve II olarak adlandırılan Roma sikkeleri, Višegrad nehri üzerinde bulunan Zupa'da keşfedilmiştir. Ayrıca VI. ve VII. yüzyıllarından kalma Slovenik seramik kalıntıları, Saraybosna'daki Doğa Bilimleri Müzesi tarafından 1966 yılında Mušići köyünde yapılan araştırmalar sırasında bulunmuştur. Bu kazıda, Slovenların bölgeye yerleşmesinin bir kanıtı olduğunu ortaya çıkardı. Sayısız ortaçağ Stećak yerleşim yerlerinden en ünlüleri Velika ve Mala Gostilja olan yakınlardaki Višegrad’dır.
Višgrad coğrafi, stratejik ve ekonomik konumu nedeniyle çok hareketli bir geçmişe sahip olup tarihte bir çok kez orduların hedefi olmuştur. Stefan Nemanja zamanında bütün bölge Sırp Nemanjići ülkesinin bir parçası haline geldi. 14. yüzyılın ortalarında Sırp kumandanı Nikola Altomanoviç'in kontrolü altındaydı. Daha sonra bölge, Bosnalı Kral Tvrtko tarafından yönetildi ve Bosna Krallığı'na katıldı.
Vişegrad'la ilgili ilk kayıtlar 1433'te Orta çağ şehri Dobrun'un güçlü Pavloviç hanedanı zamanından kalmadır. Tepenin üstünde ve hemen Drina köprüsünün yakınında eski şehrin izlerini ya da Pavlovina olarak da adlandırılan (Dük Pavle Radenković'in izinden) kalıntılarını görebilirsiniz.
Harabeler iki yerde bulunur ve "Gornji grad" ve "Donji grad" olarak adlandırılır. Stari gradın alt kısmında ve üstünde yaklaşılması zor kayaların tepesinde, Drina'nın nöbet kulesi olarak kullanılan "Kraljević Marko Kulesi" adlı bir yer alır. Kaçakçılığın önlenmesi ve Sırp ayaklanmalarını bastırmak için, Türk yönetimi sırasında taşlarla kaplanan yüksekliği 8 m olan oval bir cisimdir. Ünlü Türkseyyah Evliya Çelebi, Mehmed Paša'nın 1577 yılında Vişegrad kasabasını kurduğunu yazar ancak ancak şehrin biraz yukarısında Vişegrad olarak adlandırıldığını eski bir yerleşimin de olduğu sabittir.
Türk kaynaklarına göre kent, Osman Paşa tarafından 1544'te alındı ve kent, o tarihten sonra 1878'de bütün Bosna'nın Avusturya-Macaristan tarafından ele geçirildiği Berlin Kongresine kadar Türk yönetimi altında kaldı. Avusturya-Macaristan'ın gelişiyle Vişegrad daha derli toplu bir kent merkezi haline gelir. Su şebekesi inşa edilir, tapu kayıtları yapılır, dar ölçülü demiryolları ve diğer devlet binaları yapılır.
Birinci Dünya Savaşı'ndan sonra Vişegrad, Bosna ve Hersek'in de bir parçası olduğu Yugoslav Krallığı'nın bir parçası haline geldi.
Birinci ve İkinci Dünya Savaşı sırasında kent neredeyse tamamen yıkıldı, çoğu bina Drina köprüsü de dahil olmak üzere ağır hasar gördü.
Şu anda Vişegrad, Bosna-Hersek'te özerk Sırp Cumhuriyeti'nin bir şehridir.