Sekiz dönemlik(4 yıl) ortodonti doktora eğitiminin ilk 4 dönemi teorik ve pratik derslerden oluşmaktadır. Bu dersler ile ilgili yapılan yazılı ara sınav, final sınavı, pratik uygulamalar ve ödevlerden başarılı olan öğrenciler 4. dönemin sonunda, yazılı ve sözlü iki bölümden oluşan doktora yeterlilik sınavına girmektedir. Öğrenci bu sınavda başarılı olduğu takdirde, tez önerisini en geç 6 ay içinde tez izleme komitesine sunmalıdır. Tez önerisi kabul edildiği takdirde, Sağlık Bilimleri Enstitü kuruluna bildirilir. Tez çalışması, Tez İzleme Komitesi tarafından izlenir. Öğrenci, doktora yeterlilik sınavından sonra yine 4 dönem sürecek doktora tez çalışmasını yapmakla yükümlüdür. Doktora programındaki öğrenci, elde ettiği sonuçları Senato tarafından kabul edilen yazım kurallarına uygun biçimde yazar ve tezini jüri önünde sözlü olarak savunur.