1964 yılında Silifkespor adıyla kurulan ve amatör olarak faaliyet gösteren kulüp, 1991-92 sezonu öncesinde hükümetin isteğiyle kendisi gibi amatör kümede mücadele eden Sarıkamışspor, Antalya Ormanspor, Vezirköprüspor, Kırıkhanspor, Kadıköyspor, Pazarspor ve Ardeşenspor ile birlikte 3. Lig'e alındı. Böylece, tarihinde ilk kez 3. Lig'de mücadele etmeye başladı. 3. Lig'deki ikinci sezonu olan 1992-93 sezonunda, aynı şehrin takımı İçel Polisgücü'nün 6. sırada yer aldığı 4. Grup'ta sonuncu olarak amatör lige düştü.
Kulübün 50. kuruluş yılına denk gelen 2014 yılında Silifke Belediyespor adı altında Silifke Belediyesi tarafından himaye altına alınan ve yeniden faal hale getirilen kulüp, Temmuz 2015'te adını Medcem Çimento sponsorluğunda Medcem Silifke Belediyespor olarak değiştirdi ve 2015-16 sezonunda Mersin Süper Amatör Küme'yi şampiyon olarak bitirerek Bölgesel Amatör Lig'e çıktı.
2018-19 sezonu Bölgesel Amatör Lig 5. Grup'ta son haftaya namağlup giren Silifke Belediyespor, galibiyet veya beraberliğin şampiyon olması için yettiği son maçta evinde 68 Aksaray Belediyespor'a yenildi. İçelspor ve 68 Aksaray Belediyespor ile aynı puanla ligi bitiren takım, üçlü averaj neticesinde 3. olarak 3. Lig'e çıkma fırsatını kaçırmıştır. Statü gereği Bölgesel Amatör Lig'de kalmak için baraj maçı oynaması gereken takım, baraj maçında da İdman Yurdu 1925'e yenilince Mersin Süper Amatör Ligi'ne düştü. 2019-20 sezonunda Mersin Süper Amatör Ligi'ni tek yenilgiyle şampiyon tamamlayarak 2020-21 sezonunda tekrardan Bölgesel Amatör Lig'de mücadele etme hakkı kazanmıştır.