Küçük bir sahil kasabasının tepesindeki bir mağarada, annesi Sariatu ile birlikte yaşayan Kubo, her gün kasaba halkına hikayeler anlatmakta, şamisen çalarak küçük sihir gösterileri yapmaktadır. Ancak bir gün annesinin uyarısını dinlemeyip hava karardıktan sonra eve dönmeyi unutunca, kötü kalpli ruhların saldırısına uğrar. Annesi, sihirinin yardımıyla Kubo'yu kurtarır. Artık Kubo, kayıp babasının zırhını bularak kötü güçlerle savaşmakla yükümlüdür, bu yolda ona bilge bir maymun yardımcı olacaktır.