Blastulanın alt kutbundaki hücrelerin blastosöle doğru hareketiyle (çökmesiyle) başlayan ve farklılaşmış iki veya üç tabakalı embriyonun oluşmasıyla sonuçlanan olaylara gastrulasyon denir. Gastrulasyon evresinden meydana gelebn değişikler ise aşağıda sırasıyla ifade edilmiştir.
- İlk çökme (invaginasyon) ile meydana gelen açıklığa blastopor (ilk ağız) denir. Blastopordan, sonraki gelişme ile ağız meydana gelecektir.
- Çökmenin devam etmesi ile blastopordan sonra oluşan boşluğa gastrula boşluğu (gastrosöl = ilk sindirim boşluğu = arkenteron) denir. Gastrula boşluğundan, sonraki gelişme ile sindirim borusu meydana gelecektir.
- Gastrulasyonun başlaması ile blastopor ve gastrula boşluğu oluşurken blastosöl boşluğu ortadan kalkar.
- Çökme tamamlandığında iki tabakalı bir embriyo oluşur. Çöken hücreler embriyonun iç yüzünü (gastrula boşluğunu) örter, bu takabaya endoderm, dışta kalan hücre tabakasına da ektoderm denir. Bunlar farklılaşmış hücre tabakalarıdır.
- Çok basit yapılı hayvanlar olan süngerler ve sölenterlerde bütün vücut sadece ektoderm ve endodermden meydana gelir.
Süngerler ve sölenterlerin dışındaki hayvanlarda, ektoderm ve endodermden ayrılan hücreler üçüncü bir tabaka daha meydana getirir. Ayrılan hücrelerin bir kısmı, ektoderm ve endoderm arasında düzenli bir tabaka olan mezodermi meydana getirir. Bir kısmı da boşluklarda rastgele dağılırlar. Yıldız şeklindeki bu hücrelere mezenşim denir. Mezoderm ve mezenşim hücreleri çok yönlü farklılaşma yeteneğindedirler. Mezoderm iki embriyo tabakası arasında uzanan yassı bir kese şeklindedir. Mezodermin içindeki boşluğa sölom (vücut boşluğu = ikinci karın boşluğu) denir. Embriyonik sölom da kalıcı bir boşluk olup, sonraki gelişme ile iç organların yer aldığı göğüs ve karın boşluklarına dönüşür.
Hayvanlarda, embriyodan oluşan zarlar ve keseler (koryon, amniyon, allantoyis ve vitellus keseleri) ile bütün doku ve organlar, gastrulasyon sonucunda oluşan embriyo tabakalarının (ektoderm, mezoderm ve endodermin) daha ileri derecede farklılaşmasıyla oluşur.