St. Jean Kilisesi
St. Jean Anıtı’yla ilgili ilk restorasyon çalışmasına 1956 yılında Avusturya Arkeoloji Enstitüsü tarafından başlanmıştır. Kısa süre devam eden bu çalışmalarda kuzey nefe ait sütunlardan bir bölümü ayağa kaldırılmıştır. 1960-62 yıllarında Efes Müzesi Müdürlüğü’nün yaptığı çalışmalarda yine neflere ait sütunlar ile dıştaki tuğla duvarlar ve bazı girişlerin mermer lento ve söveleri ayağa kaldırılmıştır. Özellikle Takip Kapısı çevresinde ve kulelerde onarımlar yapılmıştır.
1974-2000 yılları arasında yine Efes Müzesi Müdürlüğü tarafından restorasyon çalışmaları dört ana başlık altında toplanabilir.
1. Birinci kat sütunları ve başlıkları tümüyle ayağa kaldırılmıştır.
2. Anıtın (Bazilikanın) çevre duvarları belli yüksekliğe kadar restore edilmiştir.
3. Mezar alanı ve Syntronon daha belirgin hale getirilmiştir.
St. Jean Kilisesi’de ilk restorasyon çalışmalarına 1957-1958 yıllarında F. Miltner tarafından başlanmıştır. Kilisenin kuzey nefi ile orta nefini ayıran sütun sırası ikinci kat sütunları dahil olmak üzere ayağa kaldırılmak istenmiştir. Bir bölümü gerçekleşen bu çalışmalar daha sonra durmuştur.
Kuzey bölümü 1957 ve 1977 yıllarında restore edilmiş olan neflerin bir bölümünde ikinci kat sütunları da yerlerine yerleştirilmiştir. Bu kısım kilisenin yüksekliği hakkında bir fikir vermektedir. Fakat bazen yanlış yönlenmeye neden olduğu için orta nefte, merkezde kilisenin yönüne göre yerleştirilmiş bir plan yapıyı doğru olarak algılamaya yardımcı olacaktır.
Kiliseyi sınırlayan tuğla duvarlar ve kubbe taşıyıcı fil ayakları sütun başlıkları seviyesine kadar mermer kaplamalıydı. Bunlarla ilgili kalıntılar azda olsa kuzeyde bazı yerlerde (özellikle kaplama altındaki kalın horasan harçları şeklinde) kalabilmiştir. Birinci - ikinci kat tonoz ve kemerlerinin tuğla ile inşa edildiği anlaşılmaktadır. Buraların sıvalı ve freskli olduğu 1977 yılında eski yerine yerleştirilen neflerin kuzey-doğu köşesindeki büyük blokta görülebilmektedir. Bu tuğla blok bize alt kat pencere ve tonozlarının tam yüksekliklerini vermiştir.