Tanı yöntemleri kistin varlığını kesin olarak ortaya koyar, ancak yapısını ancak tahminen belirleyebilir. Kesin tanı kistin laparoskopi (kapalı ameliyat) veya laparotomi (açık ameliyat) adı verilen yöntemle çıkarılması ve patoloji uzmanı tarafından incelenmesiyle konulabilir. Kistlerin tümü ameliyat gerektirmez. Bir kistin ameliyatla çıkarılmasını gerektiren durumlar şu şekilde özetlenebilir; Kistin şiddetli belirtilere neden olması veya tedaviye (doğum kontrol hapı) 3 ay süresince cevap vermemesi,Kistin torsiyon olma veya yırtılma (patlama) riskinin yüksek olması,Kistin bir yumurtalık kanseri olduğundan şüphelenilmesidir.
Yumurtalık kistleri uzun vadeli olarak şiddetli belirtilere neden olduklarında önceden gerekli incelemeler yapıldıktan sonra, planlı bir zamanda ameliyat edilirler. Torsiyon veya yırtılma gerçekleştiğinde acilen ameliyat edilirler.
Yumurtalık kistlerinin boyutları arttıkça içlerindeki basınç artar ve kendi etraflarında dönerek kendilerini boğmaları veya yırtılma riskleri artar. Boğulma ve yırtılma durumlarında genellikle oldukça hazırlıksız bir zamanda ve optimal olmayan acil şartlarda ameliyat gerçekleşir. Bu, yumurtalığın kaybedilme riskini artıran ve ameliyatın laparoskopi ile yapılma şansını belirgin olarak azaltan bir durumdur. Bu nedenle büyük kistlerde (genellikle 5 santimetre üzerindeki kistlerde) henüz bu tür durumlar gerçekleşmeden ameliyat edilmesi tercih edilir.
Özellikle çok genç kızlarda ve menopoza yakın dönemde veya menapoza girmiş kadınlarda var olan kistler doktor için oldukça rahatsız edicidir. Bu tür durumlarda ultrasonografi ve diğer görüntüleme yöntemleri ve tümör belirteçleri (markır) bir kanseri düşündürmese dahi, kesin tanının konulması için doktor genellikle ameliyat önerir.
Yine herhangi bir kadında ultrasonografide ve diğer görüntüleme yöntemlerinde kistin içinde sıvı dışında solid bir komponentin de bulunması veya tümör belirteçlerinde yükselme saptanması durumunda genellikle ameliyat önerilir.