1996'da Çin'in girişimleriyle Rusya, Kazakistan, Kırgızistan ve Tacikistan Şanghay Beşlisi'ni oluşturdu. Ancak 2001'de Özbekistan'ın katılımıyla örgüt Şanghay Beşlisi olan adını genişleme vizyonuyla Şanghay İşbirliği Örgütü olarak değiştirdi.
ŞİÖ'nün kuruluş amacı öncelikle sınırlarda karşılıklı askeri güven tesisi ve sınır kuvvetlerinin tedrici olarak azaltılması olarak belirlendi. Potansiyel iç karışıklıklarda bölücü unsurlara karşı ortak hareket etmek, iki öncü üyesi yakın tarihte iç karışıklarla mücadele eden Rusya ve Çin olan örgütün 'oy birliğiyle' belirlediği bir diğer amaçtı.