Mikroorganizmalar kendiliklerinden daha büyük nesneler gibi gölgeler oluşturmazlar. Gölgeler, bir nesnenin ışığı engellemesi sonucu arkasındaki alanın daha karanlık oluşmasıyla oluşur. Mikroorganizmalar son derece küçük ve saydam oldukları için genellikle yeterince ışığı engellemezler, bu nedenle fark edilir gölgeler oluşturmazlar.
Ancak, mikroorganizmalar ışığı saçan bir ortamda bulunuyorlarsa, ışığın o ortamdan nasıl geçtiğini etkileyebilirler. Bu durum parlaklık veya renkteki değişikliklere neden olabilir[1], ancak bu, daha büyük ve opak nesnelerin oluşturduğu tipik gölgelerle aynı değildir.