Genital HPV tipleri kanserle ilişkili olup olmadıklarına bağlı olarak iki ana kategoride sınıflandırılır: Kanserle bir bağlantısı bulunmayan düşük riskli HPV'ler ve kansere neden olabilen yüksek riskli HPV'ler. HPV cinsel yolla bulaşan en sık görülen enfeksiyondur. Yaklaşık 80 milyon kişi bu enfeksiyona sahipken her yıl yaklaşık 14 milyon yeni insan etkiler. Gerçekte cinsel aktivite yaşayan çoğu insanın hayatının bir döneminde HPV ile karşı karşıya kalma olasılığı vardır. Bu virüs cilt temasıyla kolayca bulaşabilir.
HPV her zaman belirti göstermez ve birçok taşıyıcısının durumdan haberi olmaz. Yeni HPV enfeksiyonlarının %90'ından fazlası tedavi edilmeden bile 2 yıl içinde kendiliğinden geçer veya tespit edilemez hale gelir. Ancak bazı HPV enfeksiyonları vücutta kalabilir ve genital siğillere dahil komplikasyonlara neden olabilir. Bu siğiller küçük ya da büyük düz ya da kabarık tekli ya da grup halinde bulunabilir ve genellikle karnabahar şeklindedir. En sık vulva adı verilen kadın dış genital organında ve penis üzerinde görülür. HPV enfeksiyonu belirli kanser türlerine yol açabilecek daha ciddi problemlere de sebep olabilir. 150'den fazla HPV suşu varken 40'ı genital bölgeyi etkiler fakat çoğunluğu sağlık açısından ciddi bir tehdit oluşturmaz. Bir kişi aynı anda birden çok HPV suşuna maruz kalabilir. Suşlar numara sistemi ile tanımlanır ve genellikle iki ana kategoriye ayrılır.
Düşük riskli HPV çeşitleri basit deri lezyonlarına ve siğillere neden olan 6-11 gibi tiplerdir. Ayrıca 42, 43, 44, 54, 61, 70, 72 ve 81 de düşük riskli HPV türlerini oluşturur. Birçok düşük tehlike seviyesine sahip genital HPV türünün enfeksiyonları belirti göstermez ve vücut virüse karşı bağışıklık kazanınca ortadan kalkar. Bu türler kanserle ilintili değillerdir fakat genital siğillere yol açabilir. Vulva ve penise ek olarak kadınlarda rahim ağzı veya vajinada, erkeklerde ise testis torbasında veya hem erkeklerde hem de kadınlarda anüs bölgesinde ve çevresinde siğiller görülme ihtimali bulunur. Ağızda ve boğazda da siğiller meydana gelebilir. Tip 6 ve 11'deki iki tür HPV, bu siğillere %90 oranında sebep olmaktadır. Cinsel aktif Amerikalıların sadece yaklaşık %1'inde tedavi gerektiren belirgin genital siğiller bulunur ki bunlar diğer genital bölgelere ve cinsel eşlere bulaşmayı önlemek için tedavi edilmelidir. Bazı düşük tehlike seviyesine sahip HPV türleri hafif servikal displaziye yani rahim ağzındaki hücrelerdeki anormal değişikliklere yol açabilir. Ancak bu değişiklikler pre-kanserli değildir.
6-18 tipi başta olmak üzere rahim ağzında kanser öncesi lezyonlara veya kansere neden olan gruba yüksek riskli HPV denir. Karsinojenik HPV olarak da bilinirler. Diğer en tehlikeli HPV tipleri ise Tip 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68, 73 ve 82’dir. Yüksek tehlike seviyesine sahip HPV enfeksiyonu geniş kapsamlı servikal displaziye ve belirli kanser türlerine neden olabilir. En azından on iki yüksek riskli suşi bulunan HPV'nin sadece iki tanesi - HPV tip 16 ve tip 18 - rahim ağzı, vagina, vulva, penis ve anüs dahil HPV ile ilişkili kanser vakalarının büyük bir bölümünü oluşturur. Yüksek tehlike seviyesine sahip HP suşları aynı zamanda orofaringeal kanser denilen boğaz dil ve bademcik kanseri türlerine de sebebiyet verebilir.