Erken yumurtalık yetmezliği bir çok olguda neden ortaya çıkarılamamaktadır. Ancak, aynı ailelerde, birinci derece akrabalarda (anne, abla gibi) sıklıkla görülmesi, o aileyi etkileyen bir genetik faktörün önemli olduğunu göstermektedir. Yine, kromozom bozuklukları özellikle X kromozomunun kırıkları, eksiklikleri, mutasyonları %5 ila 10 olguda sorumlu tutulmaktadır. Bunun dışında da, üreme fonksiyonları ile ilgili diğer genlerde ve kromozomlardaki bazı değişikliklerin erken yumurtalık yetmezliği ile ilgili olduğu bilinmektedir. Diğer yandan, özellikle vücudun diğer hormon üreten organlarının, örneğin tiroid bezi, böbrek üstü bezi veya şeker metabolizması ile ilgili organların hastalıklarında, bu durumla daha sık karşılaşılması, vücudun hormon üreten organlara karşı genel bir tepki hastalığının (otoimmun hastalıklar) olabileceğini bize göstermektedir.
Erken yumurtalık yetmezliğinde, üzerinde durulması gereken bir diğer faktörde iatrojenik yani dışardan oluşturulan yetmezliklerdir ki, bunlar arasında en önemli sırayı kanser veya başka hastalıklar nedeniyle kullanılan ilaçların, kemoteröpatik ajanların yumurtalık üzerine yaptığı zararlı etkiler ve yumurtalıklara çeşitli nedenlerle yapılan operasyonlar gelmektedir.