Anime, "Kidou Senshi Gundam MS IGLOO: Ichinen Sensou Hiwa"nın son bölümünün 2 hafta kadar sonrasında geçmektedir. Hikâye, Kidou Senshi Gundam'ın son bölümlerinde anlatılan A Baoa Qu savunmasını Zeon cephesinden anlatmaktadır.Olay akışı olarak orjinal Kidou Senshi Gundam'ın ortalarından başlayarak devam eden seri, zaman olarak orjinal serinin bitimiyle aynı dakikalarda sona ermektedir.
3 Ocak 0079'da "1 Yıl Savaşı" adıyla anılacak, toplamda her iki taraftan 500 milyon kişinin ölümüyle sonuçlanacak dönem başlamıştır. İlk karşılaşmanın tam bir zafer olmadığını düşünen Zeon ordusu, Federasyonu dünyaya koloniler düşürerek pes ettirmeyi planlamaktadır. Bu amaçla Federasyon birliklerinin ana karargâhı Jaburo'yu hedefleyen büyük çaplı bir koloni düşürme ve buna paralel bir dizi hava indirme harekâtı olan Operation British'i başlatırlar. Bu harekatlar dizisi başarısız olur ve Avrupa'daki en büyük yığınak noktası olan Odessa'nın düşmesi ile Zeon cephelerde ardarda gerilemeye başlar.
Zorlu Loum savaşının ardından terfi ettirilen Oliver ve Monique'nın yeni ekiplerindeki ilk görevleri uzay savaşlarına Jaburo'dan gidecek kruvazörleri savunmasız oldukları kalkış anında yoketmek için bir dalış operasyonu organize etmektir. Kısa süre sonra uzaydaki Astreoid üssü Solomon'un da düşmesi Zeon'un tüm gücüyle hesapsız saldırılara geçmesine neden olur. Oliver ve Monique, Solomon'dan arta kalan komutanların emir komuta zincirine dahil edilir ve bunun hemen sonrasında bu yeni birim altında Federasyon'a karşı kitle imha silahlarıyla donatılmış bir uzay savaşı silahı; bir "Mobile Armor" geliştirmek ve bunu Federasyon'a karşı kullanmak için bir test pilotu bulmakla görevlendirilirler. Test pilotu olmayı bir şekilde kabul eden idealist Oliver, inandığı değerlerin giderek sapmaya başladığını farkederken Monique'ın kısa süre önce ölen idalist kardeşinin intikamını alma hırsıyla hareket etmesi ikiliyi kaçınılmaz bir şekilde son savaşlarının ateşlerine doğru sürüklemektedir.