Otizm, genetik ve çevresel faktörlerin birleşiminden kaynaklanıyor gibi görünmektedir, ancak genellikle hangi genetik ve hangi çevresel faktörlerin önemli olduğu belirsizdir. Otizm vakalarının yaklaşık %5-10’u , Frajil X veya tüberoz skleroz gibi tek bir ciddi genetik kusur veya bozukluğu içerir ve bu bireylerin çoğunda otizm belirtileri gelişir. Ancak vakaların %90-95’i tek bir ciddi kusur içermiyor; bunun yerine birçok genetik varyasyon ve çevresel faktörden oluşan karmaşık bir dizi gerektiriyor gibi görünüyor.
Kaliforniya’da 192 ikiz çifti üzerinde yapılan bir araştırma (Hallmayer 2011), tek yumurta ikizlerinden birinde otizm olduğunda, diğer ikizde sıklıkla otizm olduğunu (%50-78 şans) buldu. Ancak kardeşler de normal, hatta istisnai olabilir. Hallmayer çalışması, çift yumurta ikizlerinde otizmin birlikte görülme oranının çok daha düşük olduğunu, yaklaşık %21-36 olduğunu buldu. Bu sonuçlara dayanarak araştırmacılar, otizmin yaklaşık %38’ini genetiğin, %58’ini ise çevresel faktörlerin oluşturduğunu tahmin ettiler. Diğer bir yorum ise, belirli genetik varyasyonların belirli çevresel faktörlere karşı daha fazla hassasiyete neden olduğu yönündedir ancak genellikle hangi genetik faktörlerin ve hangi çevresel faktörlerin olduğu belirsizdir.
Ebeveynlerin otizmli bir çocuğu varsa, gelecekteki çocuklarında da otizm gelişmesi ihtimali kabaca %19’dur. Otizmli bir çocuğun kardeşleri de bazen fark edilmeyen konuşma bozuklukları ve bilişsel engeller açısından yüksek risk altındadır. Kardeşlerin yaklaşık %25’inde görülen olası konuşma gecikmeleri, gelişimsel gecikmeler ve disleksi gibi öğrenme güçlükleri açısından kardeşleri değerlendirin.
Hangi çevresel faktörlerin otizm riskini arttırdığı konusunda fikir birliği yoktur. “Otizm” kelimesi yalnızca belirli semptomları olan kişilere yönelik bir etiket olduğundan, bu semptomlara neden olabilecek çeşitli faktörlerin olması muhtemeldir. Bazı bilimsel kanıtların bulunduğu şüpheli çevresel nedenlerden bazıları şunlardır: gıda alerjileri, pestisitler, ağır metal toksisitesi, oral antibiyotiklerin aşırı kullanımı, temel besin maddelerindeki eksiklikler, doğum öncesi ultrason ve çok daha fazlası.
Bir çalışma, otizmli çocukların annelerinin yaklaşık %12’sinin fetal beyin dokusuna karşı antikorlara sahip olduğunu ve bu antikorların hayvanlarda tipik normal gelişimi bozduğu gösterilmiştir. Otizmli birçok çocuğun bağışıklık sisteminde anormallikler vardır ve bu anormallikler muhtemelen semptomlarına katkıda bulunur. Bağışıklık sisteminin yaklaşık %70’i bağırsaklarda bulunur ve otizmli çocuklarda da sıklıkla ciddi bağırsak sorunları görülür.
Bir çalışma, otizmli çocukların annelerinin yaklaşık %40’ının hem metilasyon kapasitelerinde (proteinleri açıp kapatır) hem de glutatyon üretme yeteneklerinde (önemli antioksidan ve toksik metallere karşı savunma) anormallikler olduğunu buldu. Bu sorunlar folinik asit (folik asidin özel bir formu) ve B12 vitamini ile tedavi edilebilir ve otizmli bir çocuğa sahip olma riskini azaltabilir. Bu sorunlar otizmli çocuklarda da oldukça yaygındır ve folinik asit ve B12 vitamini tedavisinin bu sorunları iyileştirdiği gösterilmiştir.