2 sezon sonra takım arkadaşı Jose Maria Quevedo ile birlikte Atletico Madrid'e gitti. 1995-1996 sezonunda Atletico Madrid'in hem La Liga hem de Kral Kupası'nda şampiyon olmasında büyük pay sahibi oldu.
2000 yılında Atletico Madrid, küme düştüğünde takımdan ayrılmadı.2 sezon ikinci ligde mücadele etti. 2002 başında transfer olduğu Extremadura'da 11 maç forma giyip futbolu bıraktı.
Kiko, 1992 Barcelona Olimpiyatlarında da İspanya Millî Takım formasını giydi. Olimpiyatda attığı 6 gol ile İspanya adına en golcü, genelde ise en golcü 2. futbolculardan biri oldu. Final maçında Polonya'ya son dakikada attığı gol ile İspanya'nın 3-2 kazanmasını sağladı ve olimpiyat altın madalyası aldı.