Kutu grafiklerini ve PCA grafiğini kullanmalısınız. RUV belgesine bir göz atalım:
Normalleştirmeden önce ve UQ normalleştirmesinden sonra :
Kitaplıklar tedaviye göre beklendiği gibi kümelenmez. ... UQ ile normalleştirilmiş sayımlar için. UQ normalizasyonu, örneklerin daha iyi kümelenmesine yol açmaz ...
Normalleştirmeden önce, kutu grafiğindeki medyanlar, kopyalar arasında açıkça çok farklı görünüyor.
Sonra UQ normalizasyonu, medyanlar daha yakından bakıyor ancak Trt.11 bir aykırı değer gibi görünüyor. Ayrıca, tedaviler PCA grafiğinde kümelenmemiştir. Kopyalar oldukları için, olay örgüsüne yakın olmalarını istersiniz.
RUV normalizasyonundan sonra
... RUVg, Aykırı değerlere karşı sağlamlık önererek, Kütüphane 11 için ifade ölçülerini kütüphaneler genelinde medyana doğru küçültür. ... Kitaplıklar işlemden beklendiği gibi kümelenir. ...
RUV, dağıtımı daha sağlam hale getirdi ve örnekleri PCA grafiğine yaklaştırdı. Ancak, tedavilerden biri ilk bilgisayardaki diğer ikisine yakın olmadığı için hala mükemmel değil.
Bioconductor
RUVSeq için vinyetler iki işlevi açıklar:
plotRLE ve
plotPCA .