1595 yılında III. Mehmet padişah olunca padişah çocuklarının vali olma geleneği kaldırıldı. Bu tarihten sonra Manisa'nın yönetimi Anadolu beylerbeyine bağlı sancak beylerine bırakıldı. Osmanlı İmparatorluğu yönetim bakımından Rumeli ve Anadolu olmak üzere iki eyalete bölünmüştü. Eyaletler Sancaklara, Sancaklar kazalara ayrılmıştı.
1836 yılında yapılan idari değişiklikte Saruhan sancağı Anadolu eyaletinden alınıp. İzmir ve Menteş sancakları ile birlikte Aydın eyaletine bağlandı.
1845 yılında Saruhan sancağı Aydın eyaletinden ayrılarak Saruhan Eyaleti oldu.
1847 yılında ise yeniden Aydın eyaletine bağlandı.
1867 yılında eyalet sistemi kaldırılarak vilayet şeklini almıştır bu tarihte Saruhan sancağı Aydın'ın ilinin sınırları içerisinde idi. Kurtuluş Savaşı'ndan sonra Aydın'dan ayrılarak bağımsız bir sancak haline getirildi.
1924 yılında bütün Mutasarrıflıkların vilayet sayılması nedeni ile Saruhan Sancağı da Vilayet oldu. 24 Ekim1926 Tarih ve 4248 Sayılı kararname ile haberleşme ve işlemlerde kolaylık sağlanması amacı ile Saruhan ilinin adı Manisa olarak değiştirilmiştir.