1963 yılında İzmir'de doğdu. 1984 yılında, Dokuz Eylül Üniversitesi Güzel Sanatlar Fakültesi Sinema Televizyon Bölümü'nden mezun oldu. Kariyerine reklam yazarı olarak başladı. 1990'ların sevilen dizilerinden Şehnaz Tango'da yönetmenlik yaptı. 2000 yapımı Herkes Kendi Evinde filmiyle ilk uzun metrajlı sinema yönetmenliğini yaptı.
Yumurta, Süt, Bal filmlerinden oluşan üçlemesiyle bilinirliği artan Kaplanoğlu 2015 yılında yönettiği Buğday filmiyle Tokyo Film Festivali'ndeki En İyi Film ödülü de dahil olmak üzere çeşitli ödüllerin sahibi oldu.