Çoğu anal fissür cerrahi gerektirmez, ancak kronik fissürleri tedavi etmesi zordur ve cerrahi en iyi seçenek olabilir. Cerrahinin amacı fissürün iyileşmesini sağlamak için ağrı ve spazmları azaltan anal sfinkter kasının gevşemesine yardımcı olmaktır. Cerrahi seçenekler anal sfinktere Botulinum toksini (Botoks®) enjeksiyonu veya anal sfinkterin iç kısmının cerrahi olarak ayrılmasıdır (lateral internal sfinkterotomi). Her iki cerrahi de aynı gün ayaktan işlemler olarak yapılır.