O dönemde, solcu kalemşörler hayli aktif ve saldırgan idiler. Etkinliklerinden rahatsız olan merhum Özdağ "Bab-ı Âli'den de geçeceğiz!" deyişiyle dikkatleri üzerine çekti. Aynı zamanda da basının boy hedefi oldu. Kızılcıklar, onun adını yazdıkları kum torbalarına aylarca yumruk salladılar.
Millî Birlik Komitesi'nde, partiler üstü yönetim fikrinde ısrar eden Alparslan Türkeş dahil 13 fikirdaşı ile birlikte 13 Kasım 1960 tarihinde tasfiye edildi. Onların isimleri "Ondörtler" olarak anıldı. Muzaffer Özdağ, Japonya'da hükûmet müşaviri olarak görevlendirildi. Orada görev yaptığı iki yol boyunca, Japon tarihini ve "Japon Mucizesi" olarak adlandırılan hızlı ve dengeli kalkınma programını inceledi.
14'lerin yurda giriş yasağı kalktıktan sonra, merhum Türkeş ile birlikte Cumhuriyetçi Köylü Millet Partisi saflarında yer aldı. Partinin tüzük ve program değişikliğini yapan komisyona başkanlık etti. Parti isminin de değişmesini ve Milliyetçi Hareket Partisi (MHP) olmasını teklif etti. Teklifi oybirliği ile kabul edildi. MHP'nin Genel Sekreterliğini ve Genel Başkan Yardımcılığını başarı ile yürüttü. Partinin yeniden organize olmasından sonraki ilk genel seçimde Afyon milletvekili seçildi.
Bir taraftan parlâmenterlik görevini sürdürürken diğer taraftan yeni kadrolar yetiştiriyordu. O yılların dar ve kısır ortamında, günümüzde aynı hizmeti verenlere oranla daha büyük başarılara ulaştı. Yarınlara güvenle bakmamızı sağlayan sağlam karakterli milliyetçi bir gençlik yetiştirdi.
1971 yılında politikadan çekildi. Serbest avukat olarak çalışmaya başladı. Aynı dönemde, fikrî çalışmalara ağırlık verdi. Tarih, millî güvenlik, strateji ve jeopolitik konularını Türk milliyetçiliği açısından inceledi, tebliğler sundu, makaleler yazdı, konferanslar verdi. Tebliğlerinden birinde şöyle diyordu: "Özgün ve kültürel varlık ve kimliği ile bağımsız millet ve devlet hayatını, tarihinin başlangıcından günümüze sürdüren yegâne millet, büyük Türk milletidir."
Muzaffer Özdağ, 1990 yılının hemen başında, Sovyet Sosyalist Cumhuriyetleri Birliği (SSCB)'nin dağılacağını, Kızıl Ordu'nun dağılmayı engelleyemeyeceğini, dünyaya ilân eden bir tebliğ sundu. Tebliğde, Millî Savunma konseptimizin ve dış politikamızın, özellikle Türk dünyasi ile ilgili stratejilerimizin bu gelişmelere göre şekillendirilmesi gerektiği belirtiliyordu. Sovyetler Birliği'nin dağılmasından sonra Türk cumhuriyetleri ve Türk toplulukları ile kültürel ilişkilerin geliştirilmesi için çalıştı. Şu cümlesi onun, konu ile ilgili görüş ve düşüncelerinin özetidir: "Sovyetler Birliği'nin dağılması ve çözülmesi ile doğan Türk cumhuriyetleri arasındaki siyasî sınır çizgileri, batılı sömürgeci güçlerin Afrika'da, Orta Doğu'da ve Arap coğrafyasında petrol ve nüfuz bölüşüm hesaplarına göre çizdikleri sınır çizgilerinden daha sun'idir. Rusluk, siyasî -idarî sınır çizmekle yetinmemiş, Türk toplumlarını kolay bölüp yutmak için birbirlerine yabancılaştıracak politikalar da izlemiştir. Eski dönemlerin izlerini silebilmek için Türklüğün yeni dünya nizamında varlığını ve hukukunu koruyabilmesi, saygın bir güce erişmesi ile mümkün olabilir". Merhum Özdağ bu amaçla Türkiye-Azerbaycan Dostluk Derneği'ni 1990 yılında kurdu ve Hakk'a yürüdüğü güne kadar Genel Başkanlığını yaptı.
Kendisinden çok milleti için yaşadı. Milleti ile ilgili ne kadar dâvâ-mesele var ise, hepsi aklında, yüreğinde ve sırtında idi. Eşine ender rastlanan bir dâvâ adamı olarak çalıştı, çalıştı. O, misyon adamı değil, bir misyonun adamı idi.
Aile reisi olarak, baba olarak da başarılı idi. Çizdiği yolda ilerleyecek, pırlanta değerinde, Özdağ soyadına kazandırdığı saygınlığı artırarak devam ettirecek evlâtlar yetiştirdi.
Bölücü Kürtçülerin simge olarak benimsedikleri yeşil-sarı-kırmızı renklerin, 7. asırdan 11. asra kadar yaşamış Türk beylerinin elbiselerinde ve Osmanlı ordularında kullanılan sancaklarda, bayraklarda ve tuğralarda yer aldığını Türk kamuoyuna duyuran ilk kişi Muzaffer Özdağ olmuştur.
Merhum, basılı eserleriyle de hizmetlerini yarınki nesillere ulaştırabilmek gayretleri içerisinde oldu. Bu eserlerinden bazıları şunlardır: 1- Türk Dünyası Gerçeği/Türkiye-Azerbaycan Dostluk Derneği Yayını (1997), 2- Türk Alevîliğinin Yükselişi /Türk Dünyası Araştırmaları Vakfı Yayını (1993), 3- Türkiye ve Türk Dünyası Jeopolitiği Üzerine/Avrasya Bir Vakfı-ASAM-Avrasya Stratejik Araştırmalar Merkezi Yayını, Ankara-2001.
Merhumun şairlik yönü de vardı. Azerbaycanlı şair Elmas Yıldırım'ın Kara Destan adlı şiirine nazire yazmıştı. Kara Destan 2 adını taşıyan şiirin 2 kıt'ası şöyledir:
.....................
Uluğ yurdun doğu yanı sarı selle kaplanmış
Kaşgarlı'nın sinesine kızıl mızrak saplanmış.
Çinleşmeye direnenler gettolarda toplanmış
Tez ölümü lütuf bilip bekleşirler, aman hey!
Uluğ Türk'ün düştüğü hal, yaman hey!
.....................
Başarılı ilk atılım süper güce erişmeye yetmedi.
Millî Misak ötesinde büyük çile bitmedi.
Türk Yurtları dert içinde boğuldu,
Sevenleri öldürüldü, diyar diyar kovuldu.
Uyan ey Türk! Bil ki soyun, halkın dağıldı.
Nerde birlik, bilim, teknik, iman hey!
Mümtaz insan Muzaffer Özdağ ile birlikte, Türk milliyetçiliğinin bir meşalesi daha söndü. Onun fikirlerinden oluşan meşaleler, dünya durdukça Türk milliyetçilerinin yolunu ve geleceğini aydınlatmaya devam edecek.
Ruhun şâd olsun değerli büyüğüm, aziz dostum. İnancı kavi, mü'min ve aydın bir Türk milliyetçisi idin. Mekânın cennettir inşallah.