Plasmid Replikasyonu
Plasmidler, hücre içinde, aynen bir bakteri kromozomu gibi replikasyon modeline sahiptirler. Üzerinde en fazla çalışılan ColE 1 plasmidin replikasyonu hakkında kısa ve özlü bilgiler verilecektir.
ColE I plasmidi (4.3x106 dalton), sirküler, süpersarmal, çift iplikçikli bir DNA molekülüdür. E. coli 'de yaklaşık 15 kopyası bulunur ve her bir 30000 molekül ağırlığında 8 proteini kodlayabilir. Replikasyonu için tümden konakçı proteinlerine gereksinimi vardır. Kendisi ayrıca, Colicin E1 proteinin de kodlarına sahiptir. Bu plasmidin bakteri içinde replikasyonu tek yönlüdür (unidireksiyonal).
Replikasyonun başlangıcında, konakçıya ait RNA polimerase enzimi replikasyon orijininden 555 nukleotid çifti (bp) kadar sol tarafa (5' -ucuna doğru) yerleşerek RNA II sentezini başlatır ve replikasyon için primerlerin sentezi gerçekleştirilir. Bu primerler, Okazaki segmentleri için basamak oluştururlar. Replikasyonun başlangıç noktasında plasmid DNA'sında açıklık (aralık) meydana gelerek ve polimerizasyon (yeni iplikçik sentezi) oluşan bu açıklık içinde ve tek yöne (unidireksiyonal) doğru gelişerek parental iplikçiklerin karşısında yeni iplikçikler sentezlenerek devam eder ve tekrar orijin noktasına kadar ilerleyerek son bulur. Replikasyonun mekanizması aynen bakterilerde olduğu gibidir. Yani, parental iplikçiğin 5'-ucu karşısındaki yeni sentezlenen iplikçik kesintilidir (ters yöndedir, 3'¬ 5'), buna karşın parental iplikçiğin 3'-ucunun karşısında sentezlenen yeni iplikçik ise 5' ® 3' yönündedir. Bu yön polimerase enziminin aktivite yönüne uygun olduğu için sentez kesintisizdir. Diğer iplikçikte ise, primerler ve Okazaki segmentleri meydana gelir. R-plasmidlerinden olan R1, R100 ve R6-5'de unidireksiyonal replikasyon tarzı bulunmaktadır.
E. coli 'ye ait bazı plasmidlerin (özellikle konjugatif karakterde olanlar) replikasyonu iki yönlü olabilmektedir (bidireksiyonal). Bu model replikasyon, bakteri kromozomunun sentezine aynen uymaktadır. Replikasyon çatalı iki yönde ilerleyerek belli bir noktada birbirleriyle birleşirler.
Plasmidlerde replikasyon orijini genellikle, tek olmasına karşın bazı F-plasmidinde iki ve R6K'de ise 3 tane RO'nun bulunduğu açıklanmıştır.