3218 sayılı Serbest Bölgeler Kanununun geçici 3 üncü maddesinin birinci fıkrasının (a) bendi uyarınca, 06.02.2004 tarihine kadar (bu tarih dahil) serbest bölgelerde faaliyette bulunmak üzere faaliyet ruhsatı almış mükelleflerin, ruhsatlarında belirtilen süre ile sınırlı olmak üzere bölgelerde gerçekleştirdikleri faaliyetler dolayısıyla elde ettikleri kazançlar gelir veya kurumlar vergisinden müstesnadır. Aynı fıkranın (c) bendinde de serbest bölgelerde faaliyette bulunan gelir veya kurumlar vergisi mükelleflerinin bu bölgelerde imal ettikleri ürünlerin satışından elde ettikleri kazançları Avrupa Birliğine tam üyeliğin gerçekleştiği tarihi içeren yıllık vergileme döneminin sonuna kadar gelir veya kurumlar vergisinden müstesna tutulmuştur.
1 seri No'lu Kurumlar Vergisi Genel Tebliğinin "22.214.171.124. İmalat faaliyetlerine uygulanacak istisna" başlıklı bölümünde, "Serbest bölgelerde imalat faaliyetinde bulunan mükelleflerin bölgelerde imal ettikleri ürünlerin satışından elde ettikleri kazançları, Türkiye'nin Avrupa Birliğine tam üyeliğinin gerçekleştiği tarihi içeren yıllık vergileme döneminin sonuna kadar kurumlar vergisinden istisnadır. Bu istisnadan, bölgede yeni faaliyete geçen mükellefler ile faaliyet ruhsatlarında yer alan sürenin dolmasıyla normal vergileme rejimine tabi olacak mükellefler yararlanacaktır.
Ancak,
- Üretim dışı faaliyetlerden,
- Serbest bölge dışında üretilen malların satışından,
- Faaliyet ruhsatında belirtilen alan dışında üretilen malların satışından,
- Serbest bölgede veya serbest bölge dışında fason olarak imal ettirilen ürünlerin satışından
elde edilen kazançlar istisna kapsamında değerlendirilmeyecektir. İstisna uygulamasında, imal edilen ürünün yurt dışına ya da yurt içine satılmasının bir önemi bulunmamaktadır.
Serbest Bölgeler Kanununun geçici 3 üncü maddesinin ikinci fıkrası uyarınca, serbest bölgelerde faaliyet gösteren mükelleflerin imal ettikleri ürünlerin satışından elde ettikleri kazançların gelir veya kurumlar vergisinden istisna edilebilmesi için;
- Bölgelerde "imalat" faaliyetinde bulunmak üzere almış oldukları ruhsatın bir örneğini,
- Sanayi sicil belgesi ve kapasite raporunun bir örneğini,
- İmalat faaliyetinde kullanılacak araç parkını gösteren bir listeyi
yeni mükellefiyet tesis ettirenler mükellefiyet tesisinde, durum değişikliklerinde ise (yeni bir alanda imalata başlayacak mükelleflerin bu durumu ruhsatlarına işlettirdikten sonra) değişikliği müteakiben verecekleri ilk geçici vergi beyannamesi ekinde, ilgili vergi dairesine vermeleri gerekmektedir."
Bu açıklamalar doğrultusunda serbest bölge faaliyet ruhsatında belirtildiği şekilde üretim faaliyetiyle sınırlı olmak üzere bu bölgelerde gerçekleştirdiği faaliyetleri dolayısıyla elde edilen kazançlarının, 3218 sayılı Serbest Bölgeler Kanunu Genel Tebliği ile 1 seri no.lu Kurumlar Vergisi Genel Tebliğinde belirtilen şartları taşıması halinde, Avrupa Birliğine tam üyeliğin gerçekleştiği tarihi içeren yıllık vergileme döneminin sonuna kadar kurumlar vergisi istisnasından yararlanması mümkün bulunmaktadır. Faaliyet Ruhsatında belirtilenlerin dışında bir üretim yapılması ve bu üretimden bir kazanç elde edilmesi halinde Kurumlar Vergisi İstisnası uygulanmayacaktır.