Molekül maddenin tanecikleriyle, yani atomlarla ilgili bir kavramdır. Maddeleri oluşturan atomlar bazen yığınlar halde veya tek tek bulunurlar. Bunlar molekül sayılmaz. Bazı atomlar ise iki veya daha fazla sayıda bir araya gelerek gruplar oluştururlar. Bu gruplara molekül denir.
Doğada element ve bileşiklerin bazıları molekül halinde bulunurlar. Molekül haldeki bu yapılara moleküler yapı da denir.
Aşağıda moleküler ve moleküler olmayan yapılar gösterilmiştir.