Hicrî 915 senesinin Rebiülahir ayının 25. Salı gecesi (l4 Agustos l509) Memaliki-Rûm denilen Amasya, Tokat, Sivas, Çorum ve havalisinde başlayıp 45 gün şiddetle devam eden depremde halk, iki ay kadar dışarda çadır ve örtüler altında kalıp hayatını devam ettirmek zorunda kalmıştı. Bu deprem, aynı şiddette İstanbul ve Edirne'de de oldu. Gerçekten, l4 Eylül l509'da İstanbul, Osmanlı tarihinin kayd ettigi en şiddetli ve hızlı depremine maruz kalmıştı. Küçük kıyamet denilen bu depremde İstanbul'da yüz dokuz cami ve mescid ile bin yetmiş ev harab olmustu. Halktan da beş bin kadar insan ölmüstü. İstanbul'un, Eğrikapı'dan Yedikule'ye kadar olan üç kat suru yıkıldığı gibi, Yedikule'den de başlayıp deniz kenarındaki İshak Pasa Semti kapısına kadar harab oldu. Bunlardan başka Fâtih Camii'nin kubbesi ve direklerinin başları çatladığı gibi imâret, hastahane ve Sahn Medreseleri'nden bazıları ile diğer medreseler den bir kısmının kubbeleri yıkıldı.
Fâtih civarındaki Karaman Mahallesi, bastan basa harab oldu. Sultan Bâyezid Camii'nin kubbesi dağıldı. Hadim Ali Pasa Camii'nin (Divanyolundaki Atik Ali Pasa Camii) kubbesi düştüğü gibi Atmeydanı'ndaki sütunlardan altı tanesi devrildi. Yeni Saray (Topkapı Sarayı )'ın deniz tarafı yer yer harab oldu. Bu büyük depremde binlerce insan yıkıntılar altında gömülü kalmıştı. Sadece Vezir Mustafa Paşa'nın konağında atları ile birlikte üçyüz süvari hayatlarını kayb etmişti. Köpürmüş ve azgın bir hal almış olan deniz dalgaları, İstanbul ve Galata surlarını asarak sokaklarda tufan meydana getiriyordu. Bu arada eski su bentleri de yıkılmıştı. Sultan II. Bâyezid, sarayının duvarlarına güvenemediğinden bahçesinde gayet hafif ve tehlikesiz bir çadır kurdurarak orada on gün kadar ikamet eder. Kırkbeş gün kadar aralıklarla devam eden bu deprem, İstanbul, Rumeli ve Anadolu eyaletlerinin sâkinlerini sürekli bir heyecan içinde yaşattı. Çorum halkının üçte ikisi, şehirlerin deki toprak kaymaları yüzünden yarılıp açılan topraklar içinde yok oldular. Yine bu esnada Gelibolu istihkâmlari da yıkıldı. Sultan II. Bâyezid'in doğduğu şehir olan Dimetoka bir toprak yığını halini almıştı. Sultan Bâyezid, bu deprem (zelzele) münasebetiyle devletin ikinci payitahtı olan Edirne'ye gittiyse de ayni sene Receb ayinin dokuzunda, yani İstanbul zelzelesinden l5 gün sonra İstanbul'dakinin benzeri olan ve ayni şiddette bir deprem meydana geldi. Mimar Hayreddin, onbeş gün içinde Pâdişah için Edirne'de ahşab bir ev yaptı. Pâdişah, bu ahşab evde ikamete başladı. Ayni sene Şaban'in üçünde Edirne'de yine benzer şiddette bir deprem daha oldu. Tunca Nehri taşarak ve yatağını da asarak depremin yıkıntılarını kapladı. Üç gün geçit vermeyen Tunca'nın taşmasıyla da bir çok insan öldü.İstanbul'un tamiri için neler yapılmaşı gerektiği hususunda ilgililerle istişarede bulunur. İstişare sonunda Istanbul'da yıkılan yerleri yeniden yapmak veya tamir etmek için yirmi evden bir kişi ve ev başına yirmi ikişer (yirmi beşer olduğu görüsü de bulunmaktadır) akça takdiriyle "Cerahor", yani ücretli amele tedarik edildi. Bu şekilde Anadolu'dan 37 bin, Rumeli den de 29 bin cerahor çıkarılıp üç bin kadar mimar ve marangoz getirildi. Bunlardan başka "Yaya”lardan sekiz bin, "Müsellem"lerden de üç bin kişi kireç yakmakla görevlendirildi. Böylece devlet ve millete ait olan yerlerin insaatı, 9l5 senesinin l8 Zilhiccesi'nde ( 29 Mart l5l0) başlamış ve altmış beş günde sona ermişti. Bu inşaat ve tamiratta, İstanbul surlarından başka Galata'daki mahzenler, Galata kulesi, Kız kulesi, Rumeli ve Anadolu hisarları fenerlik leri, Çekmece köprüleri ile Silivri kalesi gibi önemli yerler de vardı. Sultan II. Bâyezid'in bu çabaları üzerine İstanbul kısa bir sürede adeta yeniden inşa edilmiş oldu. Bu inşaat, bütünüyle Mimar Hayreddin'in nezâreti altında yapılmıştı. İnşaatın tamamlanmasından sonra hükümdarın emri üzerine üç gün ve gece, fakirlere yemek dağıtıldı.