Don Bosco Salesian Derneği, Francisco Marroquín Üniversitesi ile 1971'de bir Akademik İşbirliği Anlaşması imzaladı. 1972'den başlayarak, Don Bosco Salesians, Francisco Marroquín Üniversitesi tarafından desteklenen hümanist programlar geliştirdi. Kariyer, bölüm ve fakülteler oluşturuldu. Bu programlar arasında kayda değer olanlar şunlardır: Eğitim ve Eğitim Bilimleri Öğretmenleri, İlahiyat Öğretmenleri, İngilizce Öğretmenleri ve Tarih Öğretmenleri. İletişim Bilimleri Fakültesi büyük bir gelişme gösterdi ve Sosyal İletişimde Tekniker ve Fen Bilimleri Lisans, Reklamcılık Lisans ve Radyo ve Televizyon Prodüksiyon Lisansı kuruldu. Orada Mesoamerican University başlangıcı oldu.
Üniversite deneyimi ve elde edilen gelişimden yararlanılarak, yeni bir üniversite kurma prosedürleri 1996 yılında başlamıştır. Ekim 1999'da, Mesoamerican University Guatemala Yüksek Özel Öğretim Kurulu tarafından onaylandı. 2000 yılında yeni üniversite, İnsan ve Sosyal Bilimler ve Sosyal İletişim Bilimleri Fakülteleri ile faaliyet göstermeye başladı. Bir yıl sonra, Guatemala Yöneticiler Birliği ile stratejik bir ittifak içinde ESAG, Escuela Superior de Alta Gerencia, Yüksek Lisans Derecelerini öğretmek için kuruldu. 2002'de Quetzaltenango şehrinden 15 kariyer, Mesoamerican University parçası olarak birleştirildi. 2003 yılında, söz konusu merkezde Tıp Fakültesi yetkilendirildi.