Normal doğum sırasında bebek vajinal kanaldan geçerken öncelikle annenin vajinal dost bakterileri (vajinal florası) ile karşılaşır. Sezaryen olan bebek ise bu temastan mahrum kalır. Vajinal tohumlama, temiz bir tampon yardımıyla annenin vajinasındaki sıvıların ve yararlı olduğu düşünülen bakterilerin sezaryenle doğan bebeğe transferi işlemidir.
Alerjik hastalıklar, astım, bağışıklık sistemi ile ilgili hastalıklar, normal yolla doğan bebeklerde sezaryenle doğan bebeklere göre daha az sıklıkta görülür. Bu hastalıkların normal doğan bebeklerde daha az görülmesinin, vajinal kanaldan geçerken annenin dost bakterileriyle daha erken karşılaşması olduğu düşünülmektedir. Işte vajinal tohumlamanın arkasındaki asıl düşünce budur.
Sezaryen ile doğan bebeklerin vücütlarında daha farklı bir mikrobiyata(mikrobik ortam) olduğu bilinmektedir. Yapılan bir çalışmada sezaryende vajinal tohumlama yapılan bebekler ile yapılmayan bebekler karşılaştırıldığında, vajinal tohumlama yapılan bebeklerdeki ortamın tıpkı vajinal ortama benzediği bulunmuş.
Bu konuya olan ilgi giderek artmakta ve daha çok anne vajinal tohumlama talep etmektedir. Düşünce olarak vajinal tohumlama yapılması makul olmakla beraber bunun yarar ve zararlarıyla ilgili araştırma sonuçları henüz sınırlıdır. Ayrıca bakterilerin transferi yapılırken bebeğe zararlı olabilecek bakterilerin de bu yolla bebeğe bulaşabileceğini unutmamak gerekir.