Kıyıya birkaç yüz kilometre batmış bir balıkçı teknesinin keşfedilmesinden sonra, Arjantin deniz kuvvetleri temsilcileri San-Juan dizel-elektrik denizaltının kaybolmasının nedenlerinin bir başka versiyonunu aldı. Bu versiyon şöyle yazıyor: San Juan dizel-elektrikli denizaltılar, batık cisimlerden herhangi birine, nispeten sığ bir derinlikte bir gövdesiyle dokunmuş olabilir, bu da kasanın ölümcül şekilde zarar görmesine ve denizaltının iç alanının hemen hemen suyla dolmasına neden olabilir.
Son iletişim sinyalinin denizaltı besleme alanında, bu tip bir denizaltının derinliğine karşılık gelecek bir derinlikte herhangi bir alt alan olup olmadığını göstermez. Denizaltının neden engelleri "farketmediği" konusunda da yorum yapılmamıştır.
Bu arada, Arjantin'deki sosyal ağların segmentinde, San Juan dizel-elektrikli denizaltısının, yabancı bir denizaltı tarafından silah kullanımının kurbanı olabileceği versiyonunu hala tartışıyorlar. En sık suçlanan suçlamalar, Arjantin'in Malvinas (Falkland) Adaları için savunduğu İngiltere'ye karşı.