Napolyon'un emrindeki Fransızlar Mısır'dan çıktıktan sonra kölemen isyanlarını bastırmak ve genel disiplini sağlamak üzere Arnavut Tahir Paşa emrinde yeniçerilerle Arnavut başıbozuklarından kurulu bir kuvvet bırakıldı; Kavalalı da bu kuvvette serçeşme unvanıyla yer aldı (1801). Tahir Paşa sonradan vezir olan Hüsrev Paşanın valiliği sırasında Kavalalı'nın desteklediği bir isyan sırasında öldürüldü.
Hüsrev Paşa da Mısır'dan kaçmak zorunda kaldı. Yerine gönderilen Hurşid Paşayı da ortadan kaldırtan Kavalalı, İstanbul'daki taraftarları sayesinde Mısır valiliğine tayin edildi (1805). Avrupa'dan öğretmen ve uzmanlar getirterek Mısır'da güçlü bir ordu kurdu; harp ve tıp okulları açtırdı, tercüme heyetleri kurarak Avrupa kültürünün Mısır'da yayılmasını sağladı. Bu işleri yaparken de, Babı-ali'nin emirlerini yerine getirmeye çalıştı.
19. yüzyılın ilk yarısında Hicaz'ı istila eden Vehhabilere karşı Sultan İkinci Mahmud tarafından askeri harekete geçmekle görevlendirildi. Paşa, Vehhabilere karşı hazırladığı ordu ile yola çıkarken, kölemen beylerini hile ile ortadan kaldırdı ve bu suretle de Mısır'da kendi hakimiyetini kesin olarak kurdu (1 Mart 1811). Bu olaydan sonra Hicaz üzerine yürüdü. Mekke, Medine, Cidde ve Taif'i geri aldıktan sonra oğlu İbrahim Paşayı Vehhabi tehlikesini ortadan kaldırmakla görevlendirdi; kendisi geri döndü. Diğer oğlu İsmail Paşa vasıtasıyla de Sudan'ı ele geçirdi. O sırada Osmanlı Devleti Mora'da Yunan isyanı ile uğraşıyordu.
Mehmed Ali Paşadan Mora isyanının bastırılması için yardım istendi. Bunun üzerine Mehmed Ali Paşa, Vehhabi isyanını bastıran oğlu İbrahim Paşayı düzenli bir ordu ve donanma ile Mora'ya gönderdi, İbrahim Paşa bu görevde de başarı kazandı. Fakat tam bu sırada İngiliz, Fransız ve Rus gemilerinden ibaret bir filo, Osmanlı donanmasını Navarin limanında yaktı (1827). Bunun üzerine Mehmed Ali Paşa oğlu İbrahim Paşayı geri çağırdı.
Osmanlı devletinden oğlunun yaptığı büyük hizmetlere karşılık Suriye valiliğini istedi. Osmanlı hükümeti, Mısır'ın genişleme siyaseti izlediğini görerek Suriye'yi Paşaya vermekten çekindi; İbrahim Paşaya Girit valiliğini vermekle yetindi. Gizliden gizliye de Mehmed Ali Paşayı Mısır'dan uzaklaştırmak çarelerini aramaya başladı. Mehmed Ali Paşa, Osmanlı hükümetinin izlediği siyaseti gayet iyi bildiği için buna karşı, uzun zamandan beri düşündüğü fakat açığa vuramadığı planı uygulamaya karar verdi, ilk olarak, Suriye'nin kilidi olan Akka kalesini aldı (1831).
Mahmud II, Akka'nın kurtarılması için Ağa Hüseyin Paşa kumandasında bir ordu gönderdi. Fakat İbrahim Paşa bu orduyu büyük bir bozguna uğratarak sırasıyla Şam, Halep ve Adana'yı aldı. Üzerine gönderilen sadrazam Reşid Mehmed Pasa emrindeki ikinci Osmanlı ordusunu da Konya'da yendi; sadrazamı esir alarak Kütahya'ya kadar ilerledi (1833). Bu sırada başta Saruhan mütesellimi olmak üzere bazı ayanlar, İbrahim Paşaya bağlılıklarını bildirdiler.
Bu çok tehlikeli durum üzerine Mahmud II, Rus çarı Nikola'ya başvurmak ve ondan yardım istemek zorunda kaldı. Çar, bu yardım teklifini olumlu karşılayarak İstanbul'a donanma ve ordu gönderdi. Rus çarının bu hareketi, Fransa ve İngiltere'nin Akdeniz'deki üstünlüklerini tehlikeye soktuğundan, bu devletler araya girerek Mehmed Ali Paşayı Kütahya'dan çekilmeye zorladılar. Bunun sonucunda paşa ile Osmanlı devleti arasında Kütahya antlaşması yapıldı (1833). Bu antlaşma ile Mehmed Ali Paşaya Suriye ve Adana valilikleri verildi.
Mısır meselesi bu suretle halledildi. Ancak, Mehmed Ali Paşadan sonra Mısır'ı eline geçirecek kişinin kim olacağı konusunda bir anlaşmaya varılamadı. Bunun üzerine Mahmud II İngiltere ve Fransa'nın da teşvikleri ile Mehmed Ali Paşanın üzerine Çerkeş Hafız Mehmed Paşa kumandasında bir ordu gönderdi. Fakat bu Osmanlı ordusu da başarı kazanamadı; Nizip'te İbrahim Paşaya yenildi (1839).
Bu yenilgiden sonra ölen Mahmud II'nin yerine Sultan Abdülmecid tahta çıktı; sadrazamlığa eski Mısır valisi Koca Hüsrev Paşayı getirdi. Bu tayin olayı bazı kıskançlıklara sebep oldu. Nitekim Firarı Ahmed Paşa, kumandasında bulunan Osmanlı donanmasını İskenderiye'ye götürerek Mehmed Ali Paşaya teslim eti. Bu durum Mısır ile Osmanlı hükümetinin arasının tekrar açılmasına sebep oldu. Nihayet Avrupa devletleri, özellikle İngilizlerin aracılığıyla iki taraf arasında veraset konusunda da anlaşmaya varıldı.
Abdülmecid 1841'de bir fermanla Mısır'ı Mehmed Ali Paşaya ve onun ölümünden sonra da oğullarına verdi; buna karşılık Londra'da toplanan konferans, 1833 Kütahya antlaşması ile Mısır'a verilen Adana ve Suriye'nin Osmanlılara bırakılmasını karar altına aldı. Bu olaylardan sonra Mehmed Ali Paşa 1845'te İstanbul'a geldi Abdülmecid tarafından kabul edildi; padişaha bağlılığını bildirdi. Mısır'a dönüşünde Mısır valiliği, vekil olarak İbrahim Paşaya verildi. Fakat İbrahim Paşanın ani olarak ölümünden kısa bir süre sonra Mehmed Ali Paşa da öldü; Kahire'deki türbesine gömüldü. Adına İskenderiye'de, tunçtan bir heykel yaptırıldı.