Samuel Eto'o 1996 yılında ülkesinin takımı olan Kadji Sports'tan Real Madrid'e transfer oldu ama sadece Real Madrid B takımında antrenmanlara çıktı. Real Madrid B takımı ise AB statüsünde olmadığı için Eto'o'yu, ikinci lig takımı olan Leganés'e yolladı.
1999-2000 sezonunda Real Madrid'in kadrosunda bulunan yıldız futbolcu henüz 19 yaşında ilk Şampiyonlar Ligi kupası sevincini yaşadı.
Çok kısa bir Espanyol macerası da olan Kamerunlu yıldız, Espanyol'da istediği kadar forma şansı bulamadı.
Sonraki iki sezon La Liga ekiplerinden Mallorca'ya kiralandı. Mallorca'da ki ikinci sezonunda 11 gol atarak ligde dikkatleri üzerine çekti. Sezon sonunda Eto'o Real Madrid'ten ayrılarak, Mallorca kulüp tarihinin o zamana kadar en pahalı transfer bedeli olan 4,4 milyon € karşılığında Eto'o'yu kadrosuna kattı.
2003 senesinde Eto'o'lu Mallorca, Copa del Rey'i kazandı. Finalde Recreativo takımını 3-0 yendi. 2 gol atan Eto'o kupanın kazanılmasında önemli bir rol oynadı. Eto'o 2004 yazında Barcelona'ya 24 milyon € transfer bedeliyle transfer olana kadar, Mallorca kulübüyle ligde 54 gol atarak kulüp tarihine geçti.
Barcelona'da harika sezonlar geçirdi. 2006 ve 2009 senelerinde Barcelona ile Şampiyonlar Ligi şampiyonu oldu. Her iki Şampiyonlar Ligi finalinde de gol atma başarısı gösterdi. 2005-2006 sezonunda 26 gol atarak La Liga da gol kralı oldu. 2008-2009 sezonunda 30 gol atmasına rağmen 32 gol atan Diego Forlan'ın arkasından 2. sırada kaldı.
Barcelona'da hep sorun çıkaran oyuncu olarak gösterilen Kamerunlu yıldız 2009-2010 sezonu başında Barcelona'nın ve Inter'in golcüsü Zlatan Ibrahimovic'i 40 milyon euro ve Samuel Eto'o karşılığında transfer etmesi sonucu takas yoluyla Inter'e transfer oldu.
Inter'de ilk senesinde Serie A şampiyonluğu, Coppa Italia ve Şampiyonlar Ligi şampiyonluğu yaşadı. 2009'da ayrıldığı Barcelona'nın ardından gittiği Inter takımıyla da Avrupa'nın en büyük kupasını kaldırmayı başardı.
Ağustos 2011'de Rusya'nın Anzhi Mahaçkala takımına transfer olan Eto'o, yeni takımıyla yıllığı 21 milyon eurodan 3 yıllık sözleşme imzaladı. Ayrıca Anzhi kulübü Eto'o için 30 milyon € bonservis bedeli ödedi. Yıldız golcü Anzhi ile çıktığı 67 maçta 36 gol, 16 asist yaptı.
Eto'o, Türkiye'de Galatasaray ve Trabzonspor formaları da giyen Rigobert Song ile yine Türkiye'de Gençlerbirliği ve MKE Ankaragücü formaları da giyen Geremi'den sonra Kamerun'da en çok milli olan 3.futbolcudur.
1997 yılında henüz 15 yaşındaken Milli formayı giymeye başlayan Eto'o, 2013 yılına kadar 16 yılda 118 maçta forma giyip 56 gol atarak Kamerun Milli Takım tarihinin en çok gol atan futbolcusu oldu.
2013-2014 sezonunda Chelsea'ye transfer olan Kamerunlu yıldız, mavilerde çıktığı 35 maçta 12 gol ve 9 asist başarısı gösterdi.
Chelsea'den sonra bir başka ada ekibi olan Everton'la 2 yıllık sözleşme imzaladı. Burada istediği performansı gösteremeyen Eto'o, yarım sezon sonunda Ocak 2015'te Serie A ekibi Sampdoria'nın yolunu tuttu.
Sampdoria'da da pek parlak bir görüntü çizemeyen Eto'o sezon sonu Türkiye'nin yolunu tutarak Antalyaspor'a transfer oldu.
Türkiye'ye geldiği ilk günden itibaren müthiş bir ilgi gören Samuel Eto'o, toplam iki buçuk sezon formasını giydiği Antalyaspor için 77 maça çıktı ve 44 gol 14 asist yaparak Antalyaspor tarihine geçti.
Kariyerinde çıktığı 718 maçta, 359 gol 116 asist sığdıran Eto'o, kariyerinde toplam 25 kupa kaldırdı. Ayrıca Eto, 4 Şampiyonlar Ligi kupası, 4 Gol Krallığı, 4 kez de Afrika yılın futbolcusu seçilerek ardından bu müthiş rakamları bıraktı.