Oldsmobile Army tehlikesinin ortadan kaldırılmasından sonra S.R.N.I. Formula Projesi'ne kaldığı yerden devam etmektedir. F90 serisinin sonraki aşaması olan RXF-91 Silhouette Gundam'ın tamamlanmasının hemen sonrasında test takımına düzenlenen Crossbone Vanguard saldırısı sonrasında S.R.N.I. gemisi "Bladewood" yakındaki boş bir koloniye inmek durumunda kalır: Yıllardır Federasyon'un kontrolü altında bulunan ve Neo Zeon savaşlarından beri terkedilmiş durumdaki "Zebra Zone" kolonisinde yeni MS'in yüzey testleri gerçekleştirilecektir. Fakat koloni sanıldığının aksine pek de boş değildir.
Ekibe saldıran 30 yıllık bir Neo Zeon MS'inin durdurulmasından sonra sağ ele geçirilen Layla Lagior adlı bir kızın anlattıkları yılar önce yaşanan bir katliamı da ortaya çıkartacaktır: S.R.N.I. test pilotu Tokio Randall şimdi bir başka Federasyon ekibi tarafından kolonide tutulan RX-99 Neo Gundam'la yüzleşerek olası bir savaşı durdurmak zorundadır.