Kherson, Ukrayna’nın en büyük deniz ve nehir limanlarından biridir. Şehir, Dinyeper’in sağ kıyısında, Karadeniz’in Dinyeper halicinin birleştiği noktadan 25 kilometre uzaklıkta yer almaktadır.
1778 yılında kurulan Kherson limanı burada bulunuyor. 19. yüzyılın sonunda nakliye kanalı derinleştirildi ve liman büyük trafiğe açıldı. Nehir, liman ile etkileşim halindedir. Koshevaya Nehri’nin sağ kıyısında yer almaktadır. Bu liman, Dinyeper’in yıl boyunca seyrüseferine sahip tek nehir ağzı limanıdır.
Kherson’un güney kesiminde, derin Dinyeper birçok göl oluşturdu. Dinyeper’in birkaç kolu şehrin güney kesiminde dolaşıyor. Güneybatı ve kuzeydoğuda üzüm bağları ve bahçeler büyür. Kuzeybatı kenar mahalleleri, Novonikolaevskoye karayolu ile yerleşim alanlarından ayrılmış bir sanayi bölgesidir. Ostrovskoe otoyolunun bir parçası olan otomobil köprüsü, Dinyeper’in sol ve sağ kıyılarını birbirine bağlar.