1964 yılında, Bronx’daki St. Nicholas Kilisesi’nde o yıllar için pek de alışıldık olmayan bir olay gerçekleşmiş, okula ilk kez siyahi bir öğrenci alınmıştır. Kilisenin katı geleneklerini yıkmak için çaba gösteren Peder Flynn, yeni gelen öğrencisine karşı aşırı ilgi göstermektedir. Bu durum karşısında şüpheye düşen Rahibe Aloysius, şüphesinin pedere yansıtarak aralarında müthiş bir irade savaşının başlamasına sebep olur. Film izleyenleri şüphe, önyargı ve güven duygusu üzerine bir kez daha düşündürtüyor.