Genel Bilgi
Oligonükleotidler, kısa DNA dizileridir. Oligonükleotitler (primerler), PCR gibi birçok moleküler ve genetik işlemde kullanıldıkları gibi bir DNA zincirindeki baz dizilerini belirlemek ve DNA’daki mutasyonları tanımlamak için de kullanılabilirler.
Sentebiolab olarak moleküler biyoloji çalışmalarında kullanılabilecek uygun maliyetli ve yüksek kaliteli nükleotid dizileri sentezliyoruz. Ürettiğimiz primerler kalite kontrol testine tabi tutulmaktadır. Oligonükleotid sentez prosesi, fosforamidit monomerlerle tetrazol katalizine dayanır.
Fosforamiditler, trityil gibi koruyucu gruplar içermeleri dışında normal nükleotidlerdir. Bu gruplar reaktif amin, hidroksil ve fosfat gruplarını bloke eder. Koruyucu gruplar istenmeyen yan reaksiyonları önler ve istenen ürünün yüksek performansla üretimini sağlar. Sentez işlemi tamamlandıktan sonra, bu koruma grupları uzaklaştırılır.
İlk fosforamidit molekülü 3′ ucundan katı bir yüzeye bağlanır ve sentez 3′ ucundan 5′ yönüne doğru ilerler. Korunan nükleotidlerin bağlandığı yüzey olarak, gözenekleri ve kontrollü boyuttaki kanalları olan 5 mikrometrelik cam boncuklar kullanılır.
Fosforamid bazlı sentez, 4 aşamalı siklusların seri tekrarı ile gerçekleştirilir ve bir sonraki nükleotidin 5′ ucuna bağlanmasıyla tamamlanır. Bu 4 adım, sırasıyla koruma kaldırma, bağlama, koruma ekleme ve stabilizasyondur.
Primer saflaştırma teknikleri:
Bu bölüm, uygulamanız için en uygun saflaştırma yöntemini seçmenize yardımcı olmak üzere tasarlanmıştır. Oligo sentezi sırasında, her nükleotit büyüyen zincire ardarda eklenir. Her bir döngüde, nükleotitler oligo zincirlerinin küçük bir kısmına eklenemez. Bu, hem tam uzunlukta hem de kısa dizilerin bir karışımının üretilmesi ile sonuçlanır. Oligo sentezi sırasında destek ve koruma gruplarının koparılması, saflaştırma ile uzaklaştırılan kalıntı ürünler ile sonuçlanır.
Bazı uygulamalar için, sadece tam uzunlukta (n) oligoların kullanılması çok önemlidir. Diğer uygulamalar için daha kısa oligoların (n-1, n-2, vb.) da ortamda bulunması deney sonuçlarını etkilemez.
Sentez, Teslim ve Saklama Koşulları
|Saklama Koşulları||Sıcaklık||Maksimum Depolama Süresi|
|Liyofilize||-20 °C||< 1 yıl|
|Liyofilize||Oda sıcaklığı||≤ 1 ay|
|Çözünmüş||-20 °C||< 6 ay|
|Çözünmüş||Oda sıcaklığı||≤ 1 hafta|
Saflaştırma seçenekleri arasında standart saflaştırma, OPC (RP-HPLC seviyesi) ve IO-HPLC bulunmaktadır.
Her oligonükleotid için standart tuzdan arındırma (küçük moleküllü safsızlıkların giderilmesi) uygulanabilmektedir. Talep edilmesi halinde, Ankara içindeki siparişler için, 100 µM normalize stok solüsyonu halinde soğuk zincir yoluyla teslim edilebilir.
Kurutma işlemi öncesi, OD ve A260 değerleri hesaplanır ve stok çözeltisi üretmek için eklenecek gerekli TE veya H2O miktarı belirlenerek, bu bilgi, ürün tesliminde rapor olarak teslim edilir.
Liyofilize primerler oda sıcaklığında saklanabilir.Çözünmüş primerler -20 °C’de saklanmalıdır. Uzun süreli depolama için TE Buffer ile çözmeniz ve donma-çözülme döngülerinden kaçınmanız tavsiye edilmektedir. Optimal sonuçlar için seyreltilmiş çözeltilerin küçük hacimli parçalar halinde saklanması en optimal sonuçları sağlayacaktır.
Sipariş Bilgileri
-
Pazartesi, Çarşamba ve Perşembe günleri sentez yapılmaktadır.
-
40 bazdan kısa ve 50 nmol ölçeğindeki oligo siparişlerinin Pazartesi ve Çarşamba günleri saat 10:00’a kadar verilmesi halinde, siparişler ertesi gün saat 16:00’da hazır olacaktır.
- 40 bazdan kısa ve 100 nmol ölçeğindeki oligo siparişlerinin Pazartesi ve Çarşamba günleri saat 16:00’a kadar verilmesi halinde, siparişler ertesi gün saat 16:00’da hazır olacaktır.
-
40 bazdan uzun ve 200 nmol ölçeğindeki oligo siparişlerinin Perşembe günleri saat 16:00’a kadar verilmesi halinde, siparişler ertesi gün saat 16:00’da hazır olacaktır.
-
Siparişler, alındıkları sırayla üretilir. Sentez kapasitesi o gün dolmuşsa, siparişiniz bir sonraki senteze eklenecektir.
-
40 veya daha fazla oligo için siparişler toplu sipariş olarak kabul edilir. Teslim süresi için lütfen bizimle iletişime geçin.
-
OPC ile saflaştırılan oligonükleotidler, sentezden iki gün sonra teslim edilecektir.
-
40 bazdan uzun oligonükleotidler uzun oligolar olarak kabul edilir. Teslim süresi için lütfen bizimle iletişime geçin.
Sipariş vermek için lütfen formu doldurup firstname.lastname@example.org adresine e-posta ile gönderiniz.
Uygulamaya Göre Ölçek ve Saflaştırma Seçim Önerisi
|Tuzdan arındırma||OPC (RP-HPLC Derecesi)||IE-HPLC|
|40 baza kadar||60 baza kadar||150 baza kadar|
|50 nmol||PZR||–||–|
|100 nmol||PZR, RT-PZR||PZR, dizileme, RT-PZR, Yeni nesil dizileme, Mikrodizi (Microarray)||–|
|200 nmol||PZR, RT-PZR||PZR, dizileme, RT-PZR, Yeni nesil dizileme, Mikrodizi (Microarray)||Dizileme, RT-PCR, Aptamer|
|senteligo™||–||PZR, dizileme, RT-PZR, Yeni nesil dizileme, Mikrodizi (Microarray)||–|
Garanti Şartları
Sentebiolab tarafından sentezlenen primerler 3 ay garantilidir. Bir problem yaşanması halinde primerler 3 aylık garanti süresi içinde yeniden sentezlenebilir. 15 bazdan kısa veya 40 bazdan uzun primerler garantiye dahil değildir. Sipariş edilen sekansta kullanıcı kaynaklı hatalar olması durumunda veya teslimattan sonra saklama koşullarına depolanmaması halinde primerler garanti kapsamında değildir.
Garanti kapsamı için ek koşullar:
- Primer dizisinin çalıştığı daha önceden gösterilmiş olmalıdır.
- Primer dizisi uluslararası bir dergide yayınlanmış olmalıdır.
Kalite Kontrolü
Sentezlenmiş primerler, tek bir bandın üretildiğinden emin olmak için jel elektroforezi ile rutin olarak kontrol edilir. Ayrıca, PCR ve gen sentezi deneyleri ile kalite kontrol işlemleri gerçekleştiriyoruz. Her oligo üretiminde, gerçekleştirilen deblock adımlarının her birinde sentez verimliliği tritil analizi ile kontrol edilir. Sentez sonuçları NanoDrop spektrofotometre ile ölçülen OD 260 değeri ile birlikte bir rapor olarak sunulur. Aylık LC-MS analizi, sürekli kalite güvencesini sağlar.