Ancak bu cinsiyet kromozomları hamileliğin ilk haftalarında tamamen sessiz kalır. Bebekler erkek de olsa Y kromozomu etkisini göstermediği ilk haftalarda kız bebek olarak gelişmeye başlarlar ve daha sonra kız özelliklerinin bazılarını kaybederek erkek olurlar. Meme uçları bu gelişme sırasında kaybedilmeyen yapılardır.
9 ay sürecek olan anne karnındaki gelişim sürecinin 8. haftasından itibaren erkek bebeklerin Y kromozomları testosteron hormonunun ilk belirtilerini gösterir. O zamana kadar uniseks olan bebeğin birçok organı gibi beyni de erkek yapısına doğru dönüşmeye başlar. Uniseks olarak yola çıkmış beynin kızlarda görülen iletişim merkezlerinde azalma, erkeklerde görülen cinsiyet ve saldırganlık merkezlerinde ise büyüme görülmeye başlar. Kız üreme sistemi, daha karmaşık olan erkek üreme sistemine doğru değişim gösterir. Bu sırada erkek bebekler için testis ve prostat oluşur. Anne rahmindeki erkek bebeklerin kız bebeğin oluşumlarından farklılaşma göstermeleri için daha fazla hücre bölünmesi yaparak büyümeleri gereklidir.
Fazla hücre bölünmesi ve hızlı değişiklik beraberinde, risk getirebilir ve bölünme sırasında yanlış işlemler olasılığı artar. Kız bebekler için 2 adet X kromozomu ”back up” niteliğindedir. Örneğin bir X kromozomunda genetik bir hata varsa, ikinci X kromozomu destekçi olarak o hatayı kapatır. Fakat tek X kromozomuna sahip olan erkek bebek için böyle bir ikinci kopya şansı bulunmamaktadır. Kız bebeklerin bağışıklık sistemindeki kusurlar daha az olmaktadır.