Bosna Hersek’in bağımsızlık ilan etmesini ardından, 6 nisan 1992’de önce Avrupa Topluluğu ve ardından ABD, Bosna Hersek’i bağımsız bir devlet olarak tanıdı. Bosna Hersek, 22 Mayıs 1992 tarihinde ise BM üyesi oldu.
Bağımsızlığın ardından, eski Yugoslavya’nın silahlandırdığı Bosnalı Sırplar, ülkede etnik temizliğe başladı. Kurulan toplama kamplarında, Boşnaklar’a yönelik işkence, katliam ve sistematik tecavüzlere giriştiler.
Ratko Mladic komutasındaki Sırp askerlerin 11 Temmuz 1995’te ülkenin doğusundaki Srebrenitsa şehrini ele geçirmesinin ardından sadece birkaç gün içinde 8 binden fazla Boşnak erkek katledildi. Prijedor, Foça, Zvornik, Vişegrad gibi birçok şehirde yapılan etnik temizlik sonucu neredeyse hiç Boşnak bırakılmadı. Kimi göç etmek zorunda kaldı, kimi öldürüldü.
Bosna Hersek’in cesur, entelektüel ve bilge lideri Aliya İzzetbegoviç, tam bu dönemde halkı ile beraber en ülkesinin özgürlüğü için mücadele etti.
Uluslararası toplumun gözleri önünde, Avrupa’nın kalbinde tam 3,5 yıl süren ve birçok katliamın yanı sıra ülkenin doğusundaki Srebrenitsa’da soykırımın işlendiği savaş, 1995 yılında imzalanan Dayton Barış Antlaşması ile sona erdi.
Nitekim Aliya İzzetbegoviç, savaşın ardından yapılan ilk seçimde bağımsız Bosna’nın ilk Cumhurbaşkanı olarak seçildi.
Bosna Hersek’in bilge lideri 19 Ekim 2003’te hayata gözlerini yumdu. Aliya, bağımsızlık için mücadele eden binlerce şehidin bulunduğu Saraybosna’daki aynı zamanda Osmanlığı Şehitliği de bulunan Kovaçi Mezarlığında ebedi istiratgahında dinleniyor.