Shung Tsungun yenilgisi ardından, yenilgiyi hazmedemeyen Shung Tsung , Barakayı Wu Shi Academyi Tarkatan ordusu ile kuşatması için görevlendirir. Wu Shi Academyde Earthrealmı kurtarmış Johnny Cage, Lui Kang, Kung Lao ve Sonya Bladein ödül törenleri sırasında Kuşatma başlar. 4lü grup akademiyi korurken Sonya Blade kaçırılır ve birçok Shaolin Öğrencisi öldürülür. Sağ çıkan Lui Kang ve Kung Lao, arkadaşlarını bulup intikamlarını almak üzere harekete geçerler.