Hershey, Delbrück ve Luria, 1942'de basit fajlar olarak da adlandırılan bakteriyofajlarla ilgili araştırmalar hakkında bilgi alışverişine başladılar. Üç bilim adamı “faj grubu” olarak biliniyordu. 1945'te, ayrı deneylerde Hershey ve Luria, hem faj hem de Bakteri, konakçı hücrenin enfeksiyonundan sonra kendiliğinden mutasyona uğrar. 1946'da Hershey keşfetti ve Delbrück bağımsız olarak, konakçı hücrede çoğaltılan virüslerde genetik rekombinasyonun gerçekleştiğini doğruladı.
1952 yılında, Hershey ve asistanı Martha Chase, ünlü blender deneylerini gerçekleştirdiler. Sıradan bir mutfak karıştırıcısı kullanarak, bakteriyofajın sadece nükleik asidinin (genetik materyalin) enfeksiyon üzerine konakçı hücreye enjekte edildiğini ve protein kabuğunun bakterinin dışına bağlı kaldığını gösterdi.
1950 yılında Hershey, New York'taki Cold Spring Harbor'da Washington Genetik Bölümü Carnegie Enstitüsünün kadrosuna katıldı. Bölüm daha sonra Genetik Araştırma Birimi olarak değiştirildi ve Hershey 1962'den 1971'ye kadar yönetmen olarak çalıştı. Hershey 1997'de Syosset, New York'ta evinde öldü.