Kaplumbağaların azılı düşmanı Shredder, cezaevine nakledilirken doktor Baxter Stockmanın yönettiği Foot Clan tarafından kaçırılmaya çalışılır. Bu esnada Shredder farklı bir boyuta geçerek Beyin (Krang) ile karşılaşır. Yaptıkları anlaşma gereği çok güçlü bir mutant bileşenini yanında götürür ve bunu kullanarak nakil aracında tanıştığı Rocksteady ve Bebopı çok güçlü mutantlara dönüştürür. Kaplumbağalar Shredder ve bu güçlü mutantların yanında Beyin ile de mücadele etmek ve New Yorkta güvenliği tesis etmek zorunda kalacaktır.