1848 de 25 yaşında üniversiteyi bitirdiği zemân, hıristiyanlık dînine karşı temâmen isyân etdi ve düşüncelerini (Bilimin Geleceği) adlı kitâbda topladı. Fekat bir isyân mâhiyyetinde olan bu kitâbı, hiç bir matba’a basmağa cesâret edemedi ve bu kitâb ancak 42 sene sonra 1890 târîhinde basılabildi.
Renan, her şeyden evvel Îsâ aleyhisselâmın Allahın oğlu olmadığını söylüyordu. Kendisi Versailles üniversitesine felsefe profesörü olarak ta’yîn edildiği zemân, bu fikri yavaş yavaş açıklamağa başlamışdı. Fekat en büyük isyânını Collége de France’a, İbrânîce profesörü ta’yîn olduğu zemân gösterdi. Dahâ ilk dersde:(Îsâ aleyhisselâm, saygı değer ve diğer insanlardan çok dahâ üstün bir beşer idi. Fekat hiç bir zemân Allahü teâlânın oğlu değildi) demek cesâretini gösterdi. Bu sözü bir bomba te’sîri yapdı. Başda papa olmak üzere, bütün katolikler ayaklandılar. Papa, Renanı bütün dünyâ önünde resmen aforoz etdi. Fransa hükûmeti onun vazîfesine son vermek zorunda kaldı. Fekat Renanın bu sözleri bütün dünyâda büyük aksler yapdı. Kendisine pek çok tarafdâr buldu. (Din târîhi üzerinde denemeler), (Tenkîd ve Ahlâk üzerinde etüdler), (Felsefe sohbetleri) ve (Îsânın hayâtı) gibi eserler yazdı ve bu eserler kapışıldı. Fransa Akademisi bunun üzerine onu a’zâlığına (1878 de) kabûl etdi. Fransa hükûmeti de, Renanı tekrar vazîfeye da’vet ederek, onu Collége de France’a müdîr ta’yîn etdi.
Renan, (Îsânın Hayâtı) ismindeki eserinde, Onu bir insan olarak inceledi. Renanın fikrine göre, (Îsâ aleyhisselâm, bizim gibi bir insandır. Anası hazret-i Meryem, Yûsuf adlı bir marangoz ile nişanlı idi. Îsâ aleyhisselâm, dahâ küçük bir çocukken söylediği sözlerle birçok âlimleri hayretde bırakacak kadar üstün bir insan idi. Allahü teâlâ, Onu Peygamberliğe lâyık gördü ve Ona bu vazîfeyi verdi. Îsâ aleyhisselâm hiç bir zemân, (Ben Allahın oğluyum) dememişdir. Bu bir iftirâdır ve papazlar tarafından uydurulmuşdur.)
Katolik papazları ile Renan arasındaki mücâdele uzun sürdü. Katolikler onu dinsizlikle ithâm ederken, o da onları, yalancılık ve mürâîlik ile ithâm ediyordu. Renan, (Hakîkî nasrânîlik, Allahü teâlâyı bir olarak ve Îsâ aleyhisselâmı da, ancak insan ve Peygamber olarak kabûl eden bir dindir) diyordu. Renan öldüğü zemân, kilisede dînî merâsim yapılmamasını ve cenâze alayına râhiblerin katılmamasını vasiyyet etmişdi. 1892 de öldüğü zemân, cenâze alayına yalnız onu seven dostlarıyla, onu takdîr eden büyük bir cemâ’at katıldı.