Futbol kariyerine, Herta BSC-II takımıyla beraber 2000 yılında forvet mevkiinde başlayan Hakan, takımda sol bek pozisyonunda oyuncu olmadığı için, dönemin teknik direktörü tarafından sol bek mevkiisine yerleştirildi ve Futbol kariyerine sol bek olarak devam etti. 2000-2003 yılları arasında bu takımın formasını giyen Hakan, 2003 yılında Vestel Manisaspor takımının yardımcı antrenörü Ali Gültiken tarafından takibe alındı ve Manisaspor takımına transfer oldu.
Hakan, 20 yaşındayken Ali Gültiken'in tavsiyesi üzerine Süper Lig takımlarından Manisaspor'a transfer oldu. Manisaspor forması altında 4 yılda 128 resmi maçta 22 gol atan Hakan, Manisaspor takımında Sol bek ve sol açık mevkilerinde oynadı. 2007 Eylül başında Fatih Terim tarafından Malta ve Macaristan milli maçlarının kadrosuna alınan Hakan, 2007-2008 sezonu 1. transfer sezonunun son günü Galatasaray'a transfer oldu.
2007-2008 transfer sezonunun son gününde Galatasaray'a transfer olan Hakan'ın bonservisi için Galatasaray kulübü Vestel Manisaspor'a 800 bin euro ayrıca bonservisi ile Ferhat Öztorun'u ve Aydın Yılmaz ve Anıl Karaer'i 1 sene kiralık olarak verdi.
Galatasaray formasını ilk defa 16 Eylül 2007'de Galatasaray'ın 6-0 kazandığı Konyaspor maçında giyen Hakan, Galatasaray'daki ilk golünü ise Süper lig'in 7. haftasında Beşiktaş'a karşı attı. 2007-2008 sezonu boyunca Hakan Balta, 24'ü ilk onbir olmak üzere 33 maçta forma şansı buldu ve Galatasaray'da 3 gol attı aynı zamanda ilk sezonunda Süper Lig şampiyonluğu yaşadı. Ligin son haftasında Gençlerbirliği Oftaş'a uzaktan çok sert bir vuruşla attığı inanılmaz golle dikkatleri bir kez daha üstüne çekmiştir. Öyle ki, golün tekrar görüntüsünde dahi top görülememektedir. 200.3 km hızla ağlarla buluşan bu gol, aynı zamanda Turkcell Süper Lig tarihinin gelmiş geçmiş en sert gol vuruşu olarak tarihe geçmiştir.
2008-2009 sezonunda ise Galatasaray'ın en istikrarlı futbolcularından biri oldu. Galatasaray'ın oynadığı resmi maçların 41'i ilk onbir olmak üzere 43'ünde forma giyen Hakan Balta, 2008-2009 Sezonundaki Tek golünü ise sezonun ilk maçında Denizlispor karşısında ceza sahası dışından sol ayağıyla atmıştır ve 2008-2009 sezonunda sadece 2 sarı kart görerek Galatasaray'ın en az Sarı kart gören oyuncularından olmuştur.
Hakan Balta, 2009-10 sezonunda ise Frank Rijkaard ile beraber zaman zaman defansın ortasında görev yapmaya başladı ve aynı sezon, 35'i ilk onbir olmak üzere 39 maçta forma şansı buldu.
2010-2011 sezonunda ise teknik direktörlüğe Gheorghe Hagi'nin gelmesiyle tekrar sol bek mevkiine geçen Hakan, 2010-2011 sezonunda 18'i ilk onbir olmak üzere 20 maça çıkmış ve bu sezonda sadece 1 gol atmıştır.
2011-2012 sezonunda Beşiktaş'tan transfer teklifi almasına rağmen Fatih Terim'in isteğiyle Galatasaray'da kalan Hakan, 2011-2012 sezonundaki ilk golünü Fenerbahçe'ye karşı Süper Lig'in 31. haftasında 2-2 berabere biten karşılaşmanın 86. dakikasında atmıştır. 2011-2012 sezonunda 40 maçın 37'sinde görev yapan Hakan, bir gol atmış ve 3 asist yapmıştır. Son maç olan Fenerbahçe maçında da forma giyen Hakan sakatlanmış fakat kendi isteğiyle maçı tamamlamıştır ve Galatasaray formasıyla ikinci Şampiyonluğuna ulaşmıştır.
Hakan Balta, Ayhan Akman'ın takımdan ayrılmasının ardın takımın kaptanlarından biri olmuş ve 12 Ağustos 2012'de oynanan 2012 Türkiye Süper Kupası maçına kaptan olarak çıkmıştır. Ve Galatasaray sahadan 3-2 galip ayrılarak 2012 Süper Kupa Şampiyonu olmuştur.
Türkiye Milli Futbol Takımı'nda da oynayan Hakan Balta, ilk kez 17 Kasım 2007 günü Norveç Milli Futbol Takımı ile oynanan Avrupa Şampiyonası eleme maçında milli formayı giydi. İlk milli golünü ise 20 Mayıs 2008 günü Slovakya ile oynanan hazırlık maçında Türkiye adına tek golü atarak 1-0 galibiyette baş rol oynadı. Süper Lig'de gösterdiği performans ile 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası kadrosunda kendine yer buldu. Hakan Balta, Euro 2008'de Türk Milli Takımı'nın bütün maçlarında 90 dakika görev yapan tek oyuncudur. Bu başarılarından dolayı rüya gibi bir sezonu geride bıraktığını söylemiştir.