Kent,denizden 152 m. yüksekliğindeki Akropolis ile onun güneybatısındaki, yüksekliği yaklaşık 50 m. olan Küçük Kale'nin ve bu iki yüksek tepenin kuzeybatı eteklerinin oluşturduğu, denize bir dil gibi uzanan yarımada üzerine kurulmuştur. Arkaik ve Erken Klasik Çağlar'da Kaunos, Akropolis ve Küçük Kale'nin sırtlarından geçen sur ile Agora'daki Çeşme Binası arkasında uzanan sur arasındaki çanak içinde bulunuyordu.
Stoa'nın bulunduğu bölge ise, YÖ 5.yüzyılın başlarından itibaren, özellikle dinsel mimari için kullanıma açılmış olmalıdır. Çünkü, Kent'in her iki akropolünü Sivrihisar Tepesi ve Balıklar Dağı'na bağlayan berzah üzerine, en erken Hekatomnidler Dönemi'nde yayıldığını görüyoruz. Bu dönemle birlikte Kaunos, artık daha çok teraslar üzerine inşa edilmeye başlanmıştır. Takip eden dönemlerde, önceki teraslar onarılarak kullanılmaya devam ederken, yeni ve büyük teraslar da inşa edilmiştir. Üzerinde Agora ve onun bir parçası olan Stoa'nın yer aldığı doğal düzlükler, Liman çevresi boyunca dar bir alanda uzanmaktadır.
Yazılı belgelerde ilk kez Pers savaşları sırasında (İÖ 546) adı geçen Kaunos antik kentin yeri ilk olarak 1842 yılında İngiliz Arkeolog Hoskyn tarafından belirlenmiştir. Hoskyn, Dalyan'daki harabelerde bir halk meclisi tableti bulmuş, bu tablette yazılanların çözülmesiyle buranın Kaunos olduğu ortaya çıkmıştı. Kentteki arkeolojik kazılar, Baki Öğün başkanlığındaki bir Türk ekibiyle ilk kez 1966 yılında başlatılmıştır. Baki Öğün'ün 2001 yılında vefatından sonra proje başkanlığını Cengiz Işık üstlenmiştir.
"...İonya'ya başeğdiren Harpagos, Karyalılar, Kaunoslular ve Likyalılar üzerine yürüdü..." (Herodot 1,171). Bu pasaj, İÖ 6. yüzyılın üçüncü çeyreği içindeki Pers savaşları sırasında Kaunos'un tarihi coğrafyası ve siyasi önemi hakkında bizi bilgilendirmektedir: Karya ve Likya bir çok şehirleri ve köyleri içine alan geniş bölgelerdir ve Kaunos ismi, burada bu iki önemli bölge arasında ayrı bir bölge adı olarak geçmektedir. Bu da, Kaunos'un o zamanlar kendine bağlı şehirleri ve köyleri de içine alan ve kendi adını taşıyan bir bölgenin merkezi olduğu sonucunu ortaya koymaktadır. Kendilerinin Grit'ten geldiklerini söyleseler de, kentin kurucuları yerli Anadolu insanıdır. Çünkü, dilleri, adet ve görenekleri yanında, kendilerine öz tanrıları ile komşularından ayrılmakta ve Anadolu'nun bir başka yerli halkı olarak karşımıza çıkmaktadır. Kaunos'u kuranların yerli Anadolu insanı olduğu, arkeolojik buluntularla belgelenen onun yerel isminin farklılığı ile de ortaya konulmaktadır: Kbid. İÖ 4. yüzyılın sonlarına kadar kullanımda kalan bu ismin, daha İÖ 6. yüzyılda Kaunos olarak geçmesi, kentin Hellenler tarafından kolonize edilmesinin hemen ardından, diğer Anadolu kentlerinde uyguladıkları gibi, yerli isminin değiştirilmiş olmasıyla açıklanabilir. Kent'in Hıristiyanlık Çağı'nda da uzun ve önemli bir tarihi geçmişi vardır. Geç Antik Dönem'den başlayarak Orta Çağ'ın içlerine kadar Doğu Roma ve Likya Kilisesi Eyaleti'ne bağlı kalmıştır. Kent, iki Bişof ile temsil ediliyordu: Kalkedon Konsül Belgeleri ve Epiphanieus, bir Basilieos ve bir Antipatros'tan Kaunoslular'ın bişofu olarak bahseder. Bu dönemle birlikte kent artık iki isimle anılmaktadır: Kaunos-Hagia. Gittikçe bir köy hüviyetine giren Kaunos, 13. yüzyılın üçüncü çeyreğinden itibaren bölgeye hakim olan Uçtürkler'in, 15. yüzyılın başlarından itibaren ise Menteşoğulları'nın idaresindedir.