Japonya Yüksek Mahkemesi (Japonca: 最高裁判所 Saikō-Saibansho), Japonya'nın, adli yönetiminden ve hukuk eğitiminden sorumlu, yargısal denetim yetkisi olan en yüksek dereceli mahkemesi.
1947'de, ABD işgali sırasında, ABD Yüksek Mahkemesi örnek alınarak oluşturulmuştur. 1875'te kurulan ve 1890'da Meici Anayasası (1889) çerçevesinde ceza ve hukuk davalarının temyiz mercii olarak yeniden düzenlenen Daişin-in adlı yüksek mahkemenin ardılı sayılır. Bu mahkemenin tersine yürütmeden bağımsız çalıştığı gibi yasaların ve idari kararların anayasaya uygunluğunu denetleme yetkisi de vardır.