Uzak bir gelecekte insanlık bir kez daha, 12 000 yıllık uykusundan uyanan efsanevi yaratıkların, Gölge Melekleri'nin tehditiyle karşı karşıya gelir. Şehirlere saldırıp, halkı kaçırarak yaşam enerjilerini kurutuyorlar. Onlarla savaşmak için, tüm dünyadan toplanan özel güçleri olan gençler, vektör makinelerini kullanmak için eğitiliyorlar. Üç antik vektör makine, birleşerek insanlığın harika silahı "Aquarion"u meydana getiriyor. Hikayemiz, insanoğlunu korumak için kendi ırkıyla savaşıp yenik düşmüş bi
r meleğin, yani Apolonius'un reenkarnasyona uğradığı, Apollo adındaki gencin etrafında dönüyor.