Hormon tedavisiyle ilgili en tartışmalı konulardan biri de tedavi süresidir. Uzun süreli takip verileri menapoz sırasında kullanılan 4-5 yıllık hormon tedavisinin meme kanseri riski ve mortalitesini arttırdığını, östrojen maruziyetinden sonra ara verilip kullanıldığında hafif daha geç başlangıçlı meme kanseri ile ilişkili olduğunu açıklığa kavuşturmuştur. Sadece östrojen ile hormon tedavisi (ET) ile ilgili olarak, erken postmenapozal dönemde kullanıldığında meme kanseri riskinde artış olmadığı ve östrojen maruziyetinden sonra ara verilip kullanıldığında meme kanseri insidansında azalma sağladığı belirtilmiştir. Uzun dönem ET kullanımının (15-20 yıl) hormon tedavisinden daha az derecede olmak üzere meme kanserini arttırması beklenebilir.
ET erken kullanımı ile birlikte olası koroner arter hastalığını önleyici yararları görülmüştür. ET çalışmasında, 50-59 yaş arasındaki kadınların koroner kalp hastalığı ve toplam myokardial enfarktüs riski belirgin az ve meme kanseri riskinde artış yoktur. Gözlemsel çalışmalar uzun süreli hormon tedavisi kullanımının koroner kalp hastalığı ve KKH ilişkili mortaliteyi azalttığını öne sürmektedir.
Hormon tedavisi başlandığında menapozdan daha uzak olan kişilerde ET ve hormon tedavileri ilk başta artmış koroner kalp hastalığı riski ile ilişkilidir. Bu bulgular kadının semptomlarına, tercihlerine ve mevcut yarar-risk profiline bağlı olarak daha uzun süreli ET kullanımına izin verir. EPT tedavisini bırakmayı deneyip başaramayan ve menapoz semptomlarından gördüğü faydanın olası risklerden daha fazla olduğuna karar veren, yüksek kırık riski altında olup diğer tedavi seçenekleri uygun olmayan ve kabul edilemez yan etkileri olan kadınlar gibi bazı özel durumlarda kadının olası fayda ve risklerin bilincinde ve klinik gözetim altında olduğu varsayıldığında EPT süresinin etkili en düşük dozda uzatılması kabul edilebilirdir.