HSYK tarafından meslekten ihraç edilen Mehmet Ali
Pekgüzel'in, duruşma savcısı olduğu Ergenekon davasının başlamasının ardından, 2008'de sessiz sedasız Diyarbakır
'a gelerek E Tipi Kapalı Cezaevi'nde tutuklu bulunan PKK'lı Şemdin Sakık'ı, gizli tanık olması için ikna ettiği ortaya çıktı. Pekgüzel'in, Sakık'ın "Deniz" kod adı verilerek gizli tanık yapılmasının ardından da başta Bingöl'de 33 askerin öldürülmesi olmak üzere bölgedeki terör olaylarıyla ilgili Ergenekon davasında yargılanan rütbeli askerler aleyhine ifade vermeye zorladığı tespit edildi. Sesi değiştirilen ve görüntülü yüzü mozaiklenen Şemdin Sakık Ergenekon duruşmasında, "Devlet benim o tarihte Diyarbakır'ın Kulp ilçesi kırsalında olduğumu biliyordu. Bu planlanmış bir şeydir. Her gün telsizleri dinleyen, nerede ne kadar kişi olduğumuzu bilen, hatta 200 kişi olduğumuzu bilen güvenlik güçleri, bu taburu yola çıkarırken, eylem
yapılacağını bildiği halde neden tedbir almadılar. Ergenekon, Balyoz ve KCK davaları olmasaydı bugün kan oluk oluk akacaktı. Bu nedenle hayırlı bir iş yaptığıma inanıyorum" şeklinde ifade vermişti. 2004-2007 yılları arasında Diyarbakır'da özel yetkili savcı olarak görev yapan Pekgüzel aynı yıl yaz kararnamesiyle İstanbul Beşiktaş adliyesine atanmıştı. Atamasının hemen ardından da Zekeriya Öz, Fikret Seçen ve Ercan Şafak ile birlikte Ergenekon soruşturmasını yürütmeye başlamıştı.