Hiçbir parti, Emin Şirin'i tatmin etmedi
Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'a yakın gazetecilerden biri olan Nazlı Ilıcak ile evliyken AK Parti'ye katılan Emin Şirin, 3 Kasım 2002 seçimlerinden sonra İstanbul Milletvekili olarak Meclis'e girdi. AK Parti'de milletvekili olduğu 10 ay boyunca parti içindeki muhalif ses olarak bilinen Emin Şirin, Irak'a operasyonla ilgili hükümet tezkereleri başta olmak üzere birçok konuda hükümet uygulamalarını eleştirdi. Hükümet üyesi bakanlara yönelttiği soru önergeleriyle gündeme gelen Emin Şirin, 9 Eylül 2003 tarihinde AK Parti'den istifa etti. Emin Şirin'in parti içi muhalefetinden rahatsız olan Başbakan Erdoğan, istifayı "Gayet iyi oldu" sözleriyle değerlendirdi.
Emin Şirin, AK Parti'den istifa ettikten sonra Liberal Demokrat Parti(LDP) ile temasa geçti. Şirin, 14 Aralık 2003 tarihinde yapılan kongre ile Ercan Çalı'nın yerine LDP Genel Başkanlığı'na seçildi. 3 ay sonra 13 Şubat 2004 tarihinde LDP Genel Başkanlığı ve üyeliğinden istifa eden Şirin, istifa gerekçesini "LDP'nin dernek kimliğinden sıyrılarak kitle partisi görünümüne kavuşamayacağını gördüğüm için istifa ettim" şeklinde açıkladı.
LDP'den istifa ettikten sonra yaklaşık 1.5 yıl bağımsız kalan Emin Şirin, bu süre içinde gerek soru önergeleri, gerekse bilgi edinme kanunu çerçevesinde bakanlara sorduğu sorularla gündeme geldi. 26 Ağustos 2005 tarihinde Anavatan Partisi'ne katılan Emin Şirin, Genel Başkan Erkan Mumcu'nun teklifine rağmen parti yönetiminde görev kabul etmedi. Anavatan Partisi'nde olduğu sürece özellikle TMSF'den bilgi edinme kanunu çerçevesinde çeşitli konularda bilgi talep etmesiyle gündeme gelen Emin Şirin, TMSF Başkanı Ahmet Ertürk'ün "Meclis'te bir milletvekili Uzanlar adına çalışıyor" şeklindeki tepkisine neden oldu.
Emin Şirin, son partisi Anavatan'dan da, Genel Başkan Erkan Mumcu'nun "Gerilla öldürülerek terör önlenemez" şeklindeki sözlerine tepki göstererek istifa etti.