Neo yaşadığı hayat boyunca hep birşeylerden şüphe duymuştur. Trinity ve Morpheus ile tanıştıktan sonra yaşadığı dünyanın aslında gerçek olmadığını ve gerçek dünyanın çok farklı olduğunu öğrenmek üzeredir. Morpheus aslında bir rüyada olduğunu ve bu rüyadan uyandığında asıl gerçeklikle tanışması için ona bir fırsat verir. Matrixin henüz ne olduğunu bilmeyen Neo onun gerçekte içine girmeden ne olduğunu hiç bilemeyecektir.