Bazı futbol gözlemcileri, listenin oluşturulmasında izlenen yöntemleri eleştirlerdir. David Mellor, eski siyasi günümüzün futbol yorumcusu, Evening Standard gazetesindeki köşesinde, listenin, saf futbol sahalarında yapılanlardan çok siyasi etkilerle oluşturulduğunu hissettiğini yazmıştır. Mellor, listenin Pele tarafından değil de FIFA yönetim kurulunun kaleminden çıkmış gibi göründüğünü belirtmiştir. Mellor ayrıca listedeki oyuncuların geniş bir coğrafi yapıdan geldiğini, ancak gerçekte Güney Amerikalı ve Avrupa oyuncuların ezici bir çoğunlukla listeyi oluşturmaları gerektiğini söylemiştir. Diğer eleştiriler ise listenin sadece günümüzün oyuncularına odaklandığını iddia etmektedir.
Bir başka sorgulanması gereken FIFA yaptırımı ise listenin gerçekte "yaşayan futbolcu"'ları içermemesi , sadece faal futbol yaşantısı devam eden sporcularla sınırlı olmasıdır. Liste FIFA 100. yılını kutlarken gelmiş geçmiş en büyük futbolcuları içermemektedir. Örnek olarak Bobby Moore, Lev Yashin veya Garrincha listede olması gerektiği düşünülen isimlerdir.
Tartışılan listeye en dikkat çekici tepki ise Pele'nin eski takım arkadaşı ve Brezilya Milli Takımı eski orta saha oyuncusu Gérson'dan geldi. Gerson, FIFA 100 listesinde yer almamasını, listenin bir kopyasını bir Brezilya televizyonunda yırtarak gösterdi. Marco van Basten ve Uwe Seeler ise prensipleri nedeniyle projede yeralmayı reddettiler.