Köktürk devletinin 744 tarihinde yıkılmasıyla onun yerine geçen Uygur hakimiyeti devresi kültürel faaliyetler ve gelişmeler yönünden İslamiyet öncesi Türk tarihinin en parlak ve dikkate değer dönemini oluşturur. Çin, Hint ve İran kültürlerinin de etkisiyle kültür hayatına öncelik, renk ve hareketlilik getiren Uygurlar, kağıdı ve matbaayı da alıp kullanmışlardır. Bu arada kullanılagelen Köktürk alfabesini bırakarak Sogd alfabesi kökenli yeni bir alfabe düzenlemişlerdir. Uygur alfabesi, Sogd kökenli olup, bazı değişikliklerle Türkçe'ye uygulanmıştı.
Uygurlar, eserlerinin çok azını Soğd alfabesiyle, diğerlerini Soğd alfabesinden ıslah edilmiş haliyle oluşturmuşlardır. Soğd alfabesini ilk defa Karabalgasun abidesinde kullanmışlardır. Araştırmacılar, bu alfabeyi görünce Uygur alfabesi sanmışlardır. Daha sonra bu yazının Soğd yazısı olduğunu anlamışlardır. Bundan sonraki dönemlerde Soğd alfabesinden ıslah edilmiş 18 harfli Uygur yazısı oluşturulmuştur. Bu yazı sağdan sola doğru yazılır ve harflerin KB, KO, KS yazılışı farklıdır. Sonradan, muhtemelen Çincenin tesiriyle yazının istikameti yukarıdan aşağıya olacak şekilde değiştirilmiştir. Uygur yazısını Türklerden Moğollar almışlardır. Kiril alfabesine geçinceye kadar Uygur alfabesini kullanmışlardır.
Bu alfabenin ne zaman kullanılmaya başlandığı kesin olarak tesbit edilememiştir.. Bugün için bilinen, bu yazı ile yazılmış en eski metinlerin IX. yüzyıl sonlarına ait olduklarıdır. Buna karşın, söz konusu alfabe Uygurların siyasi varlıklarını yitirmelerinden sonra da yüzyıllar boyunca kullanılmıştır. Türklerin İslamiyet'e geçişleri ve Arap kökenli yeni bir alfabenin kabulünden sonra da Türkistan ve Kırım`daki Türk devletlerinde bu alfabe varlığını koruyabilmiştir. Timur İmparatorluğu ve onun kollarında Uygur yazısının kullanıldığı bilinmektedir.
Ebu Said Mirza`nın 1468`de Uzun Hasan’a gönderdiği mektup Uygur harfleriyle yazılmıştı. Osmanlı İmparatorluğu`nda da sarayda Uygurca bilen kâtipler vardı ve Orta Asya`daki Türk hükümdarlarına gönderilen mektuplarla kimi yarlıkları bunlar yazıyorlardı. Örneğin, Fatih Mehmet`in Otlukbeli Savaşı`ndan sonra Özbek Hanına gönderdiği zafername Uygur alfabesiyle yazılmıştı. Böylece Orta Asya Türkleri arasında olduğu kadar Osmanlı merkez yönetiminde de geçerliliğini koruduğu anlaşılan Uygur alfabesi, varlığını bir süre daha devam ettirmiş ve 18. yüzyılda tamamıyla unutulmuştur.
Osmanlılarda Uygur alfabesinin kullanımı 1402 yılında Ankara savaşının kaybedilmesinin ardından Anadolu beyliklerinin ve Osmanlı hanedanına mensup şehzadelerin Temürlülere tabi olması sebebiyle kullanılmaya başlanmış olabilir. Fatih Sultan Mehmed devrinde yeniden tam bağımsız olmalarından sonra sarayda Uygur alfabesi kullanan katip bulundurma geleneği sona ermiştir.