1606 yılında Kuyucu Murat Paşa, Celâli isyanlarını bastırmakla görevlendirilince, Maraş Beylerbeyi de ona yardımda bulundu. Celâlilerin büyüklerinden olan Canbulatoğlu, Amik Ovası'nda mağlup edildi.
Maraş bölgesinde etkili olan isyanlardan biri de Kalender Çelebi isyanıydı. 1608 yılında Kalender Çelebi Maraş ve Göksun civarına geldi. Kuyucu Murat Paşa, Göksun Boğazı'nda Kalender Çelebi'yi ağır bir yenilgiye uğrattı.
1622 yılında Maraş Türkmenlerinden olan ve Trablusşam Valisi Seyfoğlu Yusuf Paşa, Genç Osman'ın katledilmesini bahane ederek isyan etti.
IV.Murat döneminde Maraş bölgesinde meydana gelen olaylardan biri de Abaza Mehmet Paşa isyanına Maraş Beylerbeyisi Kalavun Yusuf Paşa'nın katılmasıydı. Abaza'nın devletle barışıp anlaşması ile bu isyan sona erdi.
1654 yılında Seydi Ahmet Paşa Maraş valisi olarak atandı. Sadrazam İbşir Paşa tarafından kışkırtılan Ahmet Paşa daha sonra Anadolu valiliğine atandı.
1657 yılında Maraş valiliğine atanan Şam valisi Siyavuş Mustafa Paşa, Osmanlı Sadrazamı olmak için türlü entrikalar çevirdi. Bu yüzden Köprülü Mehmet Paşa onu valilikten azlederek İstanbul'da idam ettirdi. Köprülü Mehmet Paşa, İsmail Paşa'yı Maraş'a göndererek asayiş ve düzeni yeniden sağlandı.
XVIII. yüzyılda Maraş'ın dağlık Zeytun bölgesinde bulunan Ermeniler arasında asayişsizliğin ortaya çıkması ve isyan yolunu tutmaları sebebiyle 1780'de üzerlerine Maraş Valisi Ömer Paşa gönderildi. Zeytun'u kuşatan Ömer Paşa Ermenilerle girdiği çatışmada Şehit oldu. 1782 yılında Maraş valiliğine atanan Ali Paşa Ermenilerle yaptığı çatışmada geri çekilmek zorunda kaldı.
1808 yılında Maraş valiliğine Kalender Paşa atandı. Kalender Paşa Zeytun eşkıyasını dize getirerek bölgede düzeni sağladı. Bayazıdlı ailesinden olan Kalender Paşa valilikten azledildikten sonra affedilerek Kuşadası Muhafızlığı'na getirildi ve 1822 yılında öldü. Kalender Paşa'dan sonra Maraş valisi olarak Ahmed Şerif Paşa tayin oldu. Bundan sonra da Maraş valiliğine Derviş Hasan Paşa tayin edildi.
1819 yılında Maraş civarındaki Zeytun Ermenilerinin isyanı üzerine Yozgat Ayanı Çapanoğlu Celâl Mahmut Paşa, Ermenilerin üzerine kuvvet gönderdi ise de bir sonuç alınamadı.
1835-1839 yılları arasında Maraş valiliğinde Bayazıdoğullarından Kalender Paşa'nın oğlu Süleyman Paşa bulunmaktaydı. Ancak bunun zamanında Osmanlı Devleti'ne isyan eden Mehmet Ali Paşa'nın oğlu İbrahim Paşa Maraş'ı ele geçirdi. Antep üzerinden Kapıçam mıntıkasından Maraş'a giren İbrahim Paşa 40.000 kadar askerle Maraş'a girerek burayı işgal etti. 19 ay kadar Maraş'ta kalan İbrahim Paşa'nın zamanında Maraş'ta asayiş sağlandı. İbrahim Paşa yapılan anlaşma sonucu Maraş'tan çekilerek Mısır'a döndü. Bundan sonra Maraş Eyaleti iptal edilerek bir kaza haline getirildi. Ancak Maraş'ın idarî yapısında sık sık değişiklikler devam etti. Bu dönemde Maraş şehri bir ara kaza haline getirilip Adana Eyaleti'ne bağladı. Daha sonra Halep Eyaleti'ne bağlandı. Bir ara müstakil sancak oldu. Fırka-i Islahiye zamanında da kısa bir süre eyalet haline getirildi.
1852-1853 yıllarında Münip Paşa Maraş Valiliği görevinde bulundu. Onun zamanında mahkeme, meclis idaresi ve tapu dairesi kuruldu. Yine Zeytun Ermenileri isyanı etti. Maraş valiliğinde bulunan İşkodralı Mustafa Paşa Ermenilerin üzerine asker sevk etmesine rağmen bir netice alınamadı.
1839 yılında ilan edilen Tanzimat Fermanı'nın getirdiği yenilikler ve gelişmeler ülkenin birçok yerinde uygulanmaya başlandı. Müslümanlar ve gayrimüslimler 1856'da ilan edilen Islahat Fermanı ile eşit hale geldiler. Ancak kendilerine geniş imtiyazlar tanınan gayrimüslimler Osmanlı ülkesinin her tarafında istedikleri şekilde sosyal, ticarî, ekonomik ve dinî faaliyetlerde bulundular. Buna karşılık Müslümanlar Islahat Fermanı'na tepki gösterdiler. 1856 Islahat Fermanı'na tepki olarak Maraş halkı isyan etti. Bu isyanda on bin kişi hükümet binasına yürüdü. İsyan sırasında ülkesine bir takım menfaatler sağlayan İngiliz Konsolos Vekili Hoca Guermani ve eşi öldürüldü. Bu yüzden Maraş mutasarrıfı Münip Paşa azledildi ve olayın failleri Adana'ya gönderildi.
İngiliz ve Ermenilerin isyan sırasında yaptıklarına tahammül edemeyen Maraşlılar iki nüfuzlu aile arasındaki çekişme yüzünden büyük sıkıntılar çektiler. Bu arada Kırım Savaşı'nın otorite boşluğundan istifade eden Tacirlü aşireti de Ahmet Paşa ve Kerim Bey öncülüğünde şehri bastı.
Bu arada Maraş'ın ileri gelen aileleri ile devlet görevlileri arasında husumet ortaya çıktı. Devlet idaresinin zayıflığı nedeniyle ortaya çıkan bu hadisede Maraş'ın ileri gelenleri Zeytun Ermeni eşkıyasını Maraş'a çağırdılar. 500-600 kişilik Ermeni eşkıyası Maraş'ı basarak yağmaladılar. 5-6 gün şehirde kalan Ermeniler büyük tahribat yaptılar. Bu olay üzerine Maraş Mutasarrıflığı'na Hurşid Paşa atandığından dolay olaya karışan Bayazıdlı beyleri kaçtılar ve onlardan sadece Kerim Bey tutuklandı. Bir süre sonra da Bâb-ı Âli'ye yapılan baskılarla Hurşid Paşa görevden alındı.
1860'ta Maraş Mutasarrıflığı'na Aziz Paşa atandı. Zeytun Ermenilerinin isyanı devam etti. Hatta Zeytun Ermenileri Fransa Cumhurbaşkanı III. Napolyon'a başvurarak Kilikya dağlarında 70.000 silahlı adamları olduğunu belirterek bağımsızlıklarının sağlanması için yardım istediler. Amaçları sayılarını abartarak bağımsızlık duygularını ön plana çıkarmak ve dünya kamuoyunu Osmanlı aleyhine çevirmekti.
1862 yılında Maraş Valiliği'nde Aşir Paşa atandı. Aşir Paşa; Ermenilerin saldırıları ile bozulan asayişi yeniden sağlayıp, yolları ve köprüleri tamir ettirdi. Ancak bu sırada Maraş'ta bir kıtlık ve arkasından da kolera salgını ortaya çıktı. 10.000 kişinin ölümüne neden olan bu salgın hastalıkta Maraş Mutasarrıfı Aşir Paşa da vefat etti.
1853 yılında Kırım Savaşı sırasında devletin asker sıkıntısı çekmesi sebebi ile Adana, Maraş ve Kozan dağları arasında kalan bölgedeki aşiretlerden asker talep edilmişti. Ancak bu istek bölgedeki aşiretlerin devlete muhalefetleri nedeniyle gerçekleşemedi. Savaştan sonra Osmanlı Hükûmeti hem orduya yeni asker kaynakları temin etmek, hem de bölgeyi itaat altına alıp güvenliği sağlamak, eşkıyalığa son vermek, vergileri düzenli bir şekilde almak ve bir çok karışıklığa yol açan konar - göçerleri yerleşik hayata geçirip ziraate teşvik etmek için 1865'te Fırka-i Islâhiye birliğini kurdu.