Besinlerden aldığımız proteinler, amino asitlerin birleşmesinden oluştukları için, sindirim sırasında da amino asitlere kadar parçalanırlar. Sindirimde proteini oluşturan amino asitler arasındaki bağın kopması, proteinin hidrolizine sebep olur. Bu ayrışma işi genellikle, asidik çözeltide gerçekleşir.
Protein sindirimi asidik bir ortam olan midede başlar. Midede salgılanan pepsin enzimi yardımıyla başlatılır.
Mide (asidik ortam): Proteinler +Su +Pepsin → Küçük polipetitler
Midede polipeptitlere kadar ayrılan proteinler buradan oniki parmak bağırsağına aktarılırlar. Polipeptitler oniki parmak bağırsağında tripin adlı enzimle (pankreastan gelen) dipeptit ya da amino asitler gibi daha ufak parçalara ayrılırlar. Oniki parmak bağırsağından ince bağırsağa geçen dipeptitler burada erepsin enzimi yardımıyla amino asitlere kadar parçalanıtlar.
Oniki parmak bağırsağı: Küçük polipeptitler + Su + Tripsin → Dipeptitler + Amino Asitler
İnce Bağırsak: Dipeptitler + Su + Erepsin → Amino Asitler
Tam hidroliz işlemiyle proteinler, kendilerini meydana getiren amino asitlere kadar ayrılırlar. Amino asitlerine ayrılan proteinler bağısaklar tarafından emilerek proteinin sindirimi tamamlanır.