Çiçeronun, tarihin babası olarak tanımladığı Heredot; M.Ö 5.yy da bugün Bodrum olarak bilinen, antik Halikarnas ta doğmuş ve yaşamıştır.
Dor kolonistlerinin M.Ö 546 yılında Halikarnasa geldiklerinde, şehir Delos Konfederasyonuna bağlı bir Karya yerleşimi idi. Halikarnas, batı Anadoludaki diğer Yunan şehirleri gibi, Perslerin kontrolüne girmiştir. Pers hakimiyeti altındaki dönemde Mylas (Milas) Karya nın başkentidir.
Kral Mausolus döneminde, yüksek vergi toplanmış, şehir surları inşaa edilmiş ve yine bu dönemde meşhur mezar anıt inşaatına başlanmıştır.
Kral Mausolus, başkenti Milastan, Halikarnasa taşımıştır. Kral, M.Ö 352 yılında ölmüş, yerine kızkardeşi ve aynı zamanda karısı olan 2. Artemis geçmiştir. Artemis ülkeyi 3 sene süre ile yönetmiştir. Bu süreçte iki önemli başarıyı gerçekleştirmiştir.
1.Başarısı; Antik dünyanın yedi harikasından biri olan ünlü anıt mezar inşaatını bitirmiştir.
2.Başarısı ise; 1.Artemisle yaptığı savaşı zeki bir yöntemle kazanmış olmasıdır.
Tapınağın dörtbir tarafı zamanın ünlü sanatçılarının yaptığı son derece başarılı fresklerle donatılmıştır. Moselenin muhteşem bir yapı olmasının nedeni bu duvar freskleridir. Bazı fresk örnekleri bugün British Museum da sergilenmektedir.
Büyük İskender, Halikarnas halkının koşulsuz teslim olmayı reddetmesi üzerine, ceza olarak M.Ö 334 yılında herşeyin yığınlar halinde yakılmasını emretmiştir. İskender daha sonra Küçük Ada prensliğinde varlığını devam ettirmiştir.
İskender'in Halikarnası yakmasından sonra, şehir bir daha eski gücünü kazanamamıştır. Halikarnas, M.Ö 3. yy savaş gemilerini bu şehirde inşaa ettiren Mısır Kralı 2.Pitoleme'nin kontrolu altına girmiştir. Roma nın Mısırı M.Ö 190 yılında fethetmesiyle, Halikarnas da özgürlüğüne kavuşmuştur.
M.S 400 yılında, Roma'nın düşüşü ve Hıristiyanlığın yükselişiyle Halikarnas, Afrodisyas Başpiskoposluğuna bağlı bir piskoposluk bölgesine dönüşmüştür. 13.yyda Menteş Beyliği hudutlarındaki şehir, 1392 yılında Osmanlı İmparatorluğu kontrolu altına girmiştir. Bu dönemde Aziz John şövalyelerinin kalesi Simirna'daydı (İzmir), Moğol lideri Timulenk 1402 yılında, Osmanlı ile yaptığı savaşta, Simirna harap olmuş yakılıp yıkılmıştır.
Mehmet Çelebi, Simirnada yaşıyan şövalyelere Halikarnası vermiştir. Aziz John şövalyeleri, Halikarnasta yeni bir kale inşaa ettiler. Bu eyalet, Osmanlı tarafından, MESİ ismi ile anılırdı. Şövalyeler 1523 yılına kadar Halikarnası yönetmiştir. Fatih döneminde şehir tamamen Osmanlı kontrolunda idi.
Bodrum, 1770 yılında, Rus donanması tarafından top ateşine tutuldu. Şehir, 1824 yılı Yunan ayaklanmasında, Osmanlının deniz üssüdür.
1.Dünya savaşında, DUPLEX isimli Fransız savaş gemisi şehri top ateşine tutmuş ancak halk; Fransız askerinin karaya çıkmasını engellemiştir.
Bodrum, 1919 yılında İtalyan işgalindedir, ancak Ulusal Kurtuluş savaşı sonucunda tekrar özgürlüğüne kavuşmuştur.
Bodrum Kalesi içinde bulunan; Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi, dünyada benzeri az olan 'Yaşayan müzeciliğinin' heyecan verici örneklerinden biridir.
Kuruluşundan itibaren büyük emekleri olan müze müdürü Oğuz Alpözen ve Dr.George Bass, çok önemli sualtı varlıklarını müzeye kazandırmıştır. Serçe Limanında yapılan sualtı arkeolojik çalışmalarda, M.S 1025 yılına ait gemi batığından çıkarılan; mücevher, amfora ve cam eşyadan oluşan objeler müzede sergilenmektedir. Müze 1978 yılında, benzer sualtı bulgularının sergilendiği müzeler arasında Yılın Müzesi seçilmiştir.
Roma dönemine ait tiyatronun restorasyon çalışmaları, rahmetli Prof. Ümit Serdaroğlu tarafından gerçekleştirilmiştir.