Özet
Son Meleğin yenilgisinden sonra Shinji Ikari derin bir depresyona girer. SEELE, JSSDF’ye NERV’in karargahına sürpriz bir saldırı düzenlemesini emrettiğinde, Gendo Ikari Rei Ayanami ile birlikte Terminal Dogma’ya çekilir ve İnsan Araçsallığı Projesi için kendi planlarını geliştirmeye başlar. Sonunda, Shinji, insanlığın kaderine karar vermek zorunda kaldığı için akıl sağlığının sınırlarına itilir.