Taşnak lider, halen Dağlık Karabağ'ın başkenti olan Stepanekert'in Ermenistan'ın da başkenti olması gerektiği yolunda son zamanlarda aşırılık yanlıları tarafından sıkça dile getirilen tartışmaya bambaşka bir iddiayla katıldı.
Hovhannisyan, Ermeni Civilitas Vakfı tarafından düzenlenen bir konferansta konuya ilişkin düşüncesini aktarırken, "Spepanekert'in Ermenistan başkenti olmasına karşı değilim, ancak ben Kars'ı tercih ederim. Ermenistan'ın başkenti Kars olmalı" dedi.