14 Ocak 1965 yılında Çeçenistan’ın Vedeno bölgesinde yer alan Vedeno köyünde dünyaya gelen Şamil Basayevin tam adı Şamil Salmanoviç Basayevdir.
Öğrencilik yıllarında devrimci kişiliği ile ön planda olmuştur. 1987 yılında Moskova’da başladığı mühendislik fakültesini tamamlamamıştır.
1991 yılının ağustos ayında Moskova Hükümeti’ne karşı gerçekleştirilen darbede Yeltsin tarafında yer almıştır.
Sovyetler Birliğinin dağılması sonucu 1991 yılının eylül ayında Çeçenistan bağımsızlığını ilan etmiştir, fakat Rusya Çeçenistana ambargo uygulamış ve bağımsızlığını tanımamıştır.
Şamil Basayev adını ilk kez Çeçenistanda yaşanılanları dünyaya duyurmak için bir Rus uçağını kaçırıp, Ankara’ya indirmesiyle duyurmuştur.
1992 yılında Abhazyadaki Çeçen birliklerinin komutanı olan Şamil Basayev, Abhazya Gürcü işgalinden kurtulunca Kafkas Halkları Konfederasyonu (KHK) komutanı olmuştur.
Ruslar 1994 yılının aralık ayında Çeçenistan’ı işgal etmiştir. Şamil Basayev bu işgalden sonra en çok aranan Çeçen liderlerinden biri haline gelmiştir. Şamil Basayev 1995 yılında Rusların Vedenoda yer alan evini bombalamasının ardından eşi ve çocukları dahil, ailesinden 11 kişiyi kaybetmiştir.
Rusların artan katliamlarının üzerine Şamil Basayev Budennovsku kuşatmış ve Ruslara Çeçenistandan çekilmelerini söylemiştir. Bu kuşatma birkaç gün sürmüş 129 kişinin ölümü, 415 kişinin yaralanmasıyla sonuçlanmıştır. Daha sonra tüm rehineler serbest bırakılmıştır.
1996 yılının nisan ayında Çeçen Cumhuriyeti Silahlı Kuvvetleri Komutanlığına getirilen Şamil Basayev, Rusyayı Çeçenistandan çekilmeye mecbur bırakan Caharkale operasyonunu komuta etmiştir.
Rusyanın geri çekilmesiyle, 31 Ağustos 1996 yılında Hasavyurt Anlaşması imzalanmış ve barış sağlanmıştır.
Hasavyurt Anlaşmasının ardından Aslan Mashadov başkan seçilmiştir.
1998 yılında yapılan Çeçen-Dağıstan Halkları Kongresinde başkan seçilen Şamil Basayev, 1 Ağustos 1999 da kurulan İslam Şurası’nın başkanı olmuştur.
Dağıstandaki ayaklanmayı bahane eden Rusya, 1999 yılı ekiminde tekrar Çeçenistanı işgal ederek barışı bozmuş ve II. Çeçen Savaşı’nı başlatmıştır.
Şamil Basayev devlet başkanı Aslan Mashadovun bilgisi dahilinde olmaksızın, 23 Ekim 2002 yılında Rusların Çeçenistandan çekilmesini talep etmek amacıyla Moskova Tiyatro Baskınını yönetmiştir.
Şamil Basayev 2004 yılında gerçekleştirilen ilkokul saldırısını da üstlenmiştir.
Hayatı özgürlük mücadelesiyle geçen Şamil Basayev kimi zaman eleştirilmiş, sorunları diplomatik yollarla çözmek isteyen Aslan Mashadov ile fikir ayrılıkları yaşamıştır.
Son olarak 17 Haziran 2006 tarihinde Çeçen devlet başkanı Doklo Umarovun yardımcılığına getirilen Şamil Basayev, Çeçenistan Silahlı Kuvvetleri Komutanlığı görevindeyken bulunduğu konvoydaki patlayıcının infilak etmesiyle yaşamını kaybetmiştir.