1264 yılında rochester psikoposu walter de merton
tarafından kurulmuştur. işleyişi düzenleyen bir tüzüğe sahip ilk kolej olması sebebiyle oxford'un resmi ilk koleji olduğu iddia edilir. aslında kuruluş tarihi açısından university college
(1249) ve balliol college
(1263) daha eski olsalar da ilk kurulduklarında işleyişi düzenleyen tüzüklere sahip olmadıklarından ve bu tüzüklere sahip olmaları (ve bir görüşe göre resmi olarak kolej statüsü kazanmaları) 1264'ten sonra olması merton'ın en eski kolej olduğu görüşünün ana dayanak noktasıdır.
kuruluş yıllarının yakınlığı dolayısıyla balliol ile arasında hangi kolejin daha eski olduğuna dair yüzyıllardır devam eden bir rekabet vardır. 1642–1651 yılları arasında sivil savaşta mevcut parlementoyu desteklemiş olan tek oxford kolejidir. bu sebeple, bu dönemde kolej londra'ya taşınmış ve kolejin oxfrod'daki binaları 1. charles'ın karargahı olarak kullanılmıştır.