Ajansın organizasyon yapısı 5449 sayılı Kanun'un 7'nci maddesinde belirtilmiştir. Buna göre; Ajans Kalkınma Kurulu, Yönetim Kurulu, Genel Sekreterlik ve Yatırım Destek Ofisinden mütesekkildir. Ayni kanunun ilgili maddelerine göre Yönetim Kurulu karar organı, Kalkınma Kurulu danışma organı, Genel Sekreterlik icra organıdır. Kalkınma Ajansları Çalışma Usul ve Esasları Hakkında Yönetmeliğin 29. Maddesi gereğince Yönetim Kurulu'nun 12 Agustos 2009 tarih ve 1 sayılı kararı ile Ajansın teşkilat şeması aşağıda verilmektedir.