AKP'nin Genel Kurul'da verdiği ve çıkan anlaşmazlık yüzünden geri çektiği önerge şöyle:“Devlet üniversitelerinde rektör, Yükseköğretim Kurulu tarafından önerilecek, profesör olarak en az üç yıl görev yapmış üç aday arasından Cumhurbaşkanınca atanır. Bir aylık sürede önerilenlerden birisinin atanmaması ve Yükseköğretim Kurulu tarafından, iki hafta içinde yeni adaylar gösterilmediği takdirde Cumhurbaşkanınca doğrudan atama yapılır. Rektörün görev süresi 4 yıldır. Süresi sona erenler aynı yöntemle yeniden atanabilirler. Ancak aynı Devlet üniversitesinde iki dönemden fazla rektörlük yapılamaz. Rektör, üniversite veya yüksek teknoloji enstitüsü tüzel kişiliğini temsil eder.Vakıflarca kurulan üniversitelerde rektörün atanması Yükseköğretim Kurulunun uygun görüşü üzerine ilgili mütevelli heyet tarafından yapılır. Rektörün görevi atandığı usule göre sonlandırılabilir.Rektörlerin yaş haddi 67 yaştır. Ancak rektör olarak atanmış olanlarda görev süreleri bitinceye kadar yaş haddi aranmaz.
Rektör, kendi görev süresince sınırlı olmak üzere çalışmalarında kendisine yardım etmek üzere, üniversitenin aylıklı profesörleri arasından en çok üç kişiyi rektör yardımcısı olarak seçer. Ancak, merkezi açıköğretim yapmakla görevli üniversitelerde, gerekli hallerde rektör tarafından beş rektör yardımcısı seçilebilir. Rektör yardımcıları, rektör tarafından atanır.
Bu maddeye göre atanan üniversite rektörleri, Yükseköğretim Kurulunun teklifi üzerine Cumhurbaşkanı tarafından geçici olarak görevden uzaklaştırılabilir veya görevine son verilebilir.”