Bu sırada yalnız Müslüman ve Türk devletlerin değil, bütün dünya tarihinin kaderi üzerinde derin izler bırakacak yeni bir devlet doğuyordu. Bu da Çingiz tarafından kuralan Moğol Devleti idi. Önce Hârezmşâh Alâeddîn, sonra da 1218'de Çingiz bir elçi heyeti göndermiş, her iki devlet arasında barış ve ticarî münasebetler kurulmuştu. Daha sonra Otrar şehrine gelen bir Moğol ticaret kervanının, bu şehrin valisinin İnalcık tarafından öldürülerek mallarına el konulması, dünya tarihinin akışını değiştiren olayların başlamasına farsat vermişti.
Sultan Alâeddîn Muhammed'in Çingiz'in İnalcık'ın teslimi ve malların tazmin edilmesi hususundaki isteğini reddetmesi, Moğollar ile Hârezmşâhlar arasında bir ölüm-kalım savaşının başlamasına yol açtı. Bu savaş Türk ve İslâm dünyasında yüzbinlerce kişinin ölümüne, bir çok şehirlerin yakılıp yıkılmasına ve bir çok eserlerin yok olmasına sebep olmuştu, tabii ki, bunda Alâeddîn'in mes'ûliyeti çok büyüktü.
Çingiz uzun bir hazırlıktan sonra Hârezmşâh Devleti'ne karşı harekete geçti. Onun kuvveti aşağı yukarı 150-200 bin kişi ve ilk hedefi de tabiatiyle Otrar şehri idi. Sultan Alâeddîn'in kuvvetleri belki de Moğollardan fazla idi. Ancak onun bir meydan savaşına cesaret edememesi, ordusunu büyük şehir ve kalelere dağıtarak parçalaması ve kendisinin Horasan'a çekilmesi büyük bir hatâ idi. Moğollar sür'atle Mâverâünnehr'deki müstahkem yerleri ele geçirdiler, bunlar arasında mukavemete çalışanları ise müthiş bir şekilde tahrip ettiler.
Belh şehrinde bulanan Sultan Alâeddîn Muhammed önce Tus şehrine, daha sonra da Hemedân civarında 30 bin kişilik bir ordu ile bekleyen oğlu Rükneddîn Gursantçı'nın yanına kaçtı. Ferrezîn kalesi önünde konakladığı sırada âniden Moğol kuvvetlerinin hücumuna uğradı. Alâeddîn Muhammed Moğolların elinden burada da kurtuldu ve onları şaşırtarak nihayet Hazar Denizi'nin güneydoğu sahillerine yakın bir yerde bulunan Abeskun adalarından birine sığındı ve biraz sonra hastalanarak öldü (1220). Sultan Alâeddîn zamanında Hârezmşâhlar Devleti en geniş sınırlarına ulaşmış, fakat yine aynı hükümdarın hatalı davranışları sonucu bir anda dağılıp gitmişti.