Sniper 3D Assassin oyununu oynarken bilgisayarlar için fareyi kullanarak oynuyorsunuz. Fare sağ tuşuna tıkladığınızda dürbünü açabilir ve sol tuşa tıkladığınızda ateş edebilirsiniz. Cep telefonları ve mobil tabletlerde ise oyunu parmağınızı ekranın ortasında yukarı-aşağı ve sağa-sola kaydırarak oynayabilirsiniz. Oyunun sol tarafındaki 1X, 2X gibi yazılara dokunarak dürbünü açabilir ve yakınlaştırma ayarını yapabilirsiniz. Sağ taraftaki kurşun resmine dokunarak ateş edebilirsiniz.
Her bölüme başladığınızda, öldürmeniz gereken hedefler veya suçlular hakkında bilgi ekranın sağ tarafında görüntülenir. Ekranın sağ üst köşesindeki "TARGET" bölümünde hedefinizle ilgili daha fazla ayrıntıyı görebilirsiniz. "START MISSION" düğmesine tıklayarak görevi başlatabilirsiniz. Her bölüm için belirli bir süre verilir. Bu süre içinde görevi tamamlamazsanız, başarısız olursunuz ve aynı bölümü tekrar denemek için "RETRY" düğmesine tıklayarak yeniden başlayabilirsiniz.
Hedefinizi başarıyla yok edip görevi tamamladığınızda altın ve elmas kazanırsınız. Bu altın ve elmasları kullanarak "WEAPONS" ve "LOADOUT" bölümünden silahınızın özelliklerini yükseltebilir veya yeni keskin nişancı silahları satın alabilirsiniz. Bu şekilde, sonraki bölümlerde hedeflerinizi daha kolay yok edebilir ve görevleri daha kısa sürede tamamlayarak "Sniper 3D" oyununu oynamaya devam edebilirsiniz.