İkisi de farklı amaçlara hizmet ediyor.
Eğer sitenin içeriği zamanla değişecekse Web site seçmelisin. Yani sayfaların kendisi değişecekse. Bu tarz bir site için herhangi bir proje dosyası yoktur ve site direkt olarak dosyalar bütünü olarak deploy edilir.
Eğer Web application seçeceksen, içeriğin sadece bir uygulama ise seçmelisin. Sitenin dinamik kısmı bir database'de tutuluyor olabilir. Web site ile karşılaştıracak olursak, application daha karmaşık bir mantık üzerine kurulu çünkü içerisinde data entry'leri için bir dizi form tutuluyor. Website'nin aksine, web application'un bir proje dosyası mevcut (konfigürasyonu daha sıkı kontrol etmek için ) ve içerisindeki kodlar, derlenmiş dll dosyaları olarak tutuluyor.