Ankara Başsavcılığı, Genelkurmay eski Başkanı İlker Başbuğ'un ifadesinin alınması için İstanbul Anadolu Başsavcılığı'na talimat yazısı gönderdi. Başbuğ'un "2009'da askeri özel yetkili mahkemelerde yargılanmasının önünü açan yasa teklifini" verenlerin FETÖ'cü olabileceğini ima etmesinin ardından Cumhurbaşkanı Erdoğan, AKP'li milletvekillerinin Başbuğ hakkında suç duyurusunda bulunmasını istemişti.
Genelkurmay eski Başkanı İlker Başbuğ'un Ocak ayında FETÖ'nün siyasi ayağına yönelik tartışmada askerlerin sivil mahkemelerde yargılanmasının önünü açan yasa teklifine işaret etmesinin ardından Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan Başbuğ'a sert tepki göstermişti. Başbuğ'un görev yaptığı sırada "lav silahı" ile düzenlediği basın toplantısına göndermede bulunarak "Bu boru göstermeye benzemez, parlamentonun hukuku boru ile sindirilemez!" demiş ve AKP'li milletvekillerinden suç duyurusunda bulunmasını istemişti.
Başbuğ, FETÖ'nün siyasi ayağına ilişkin bir soru üzerine, "26 Haziran 2009'da bu iki konuyu içeren kanun teklifini kim hazırladı? Ben bilmiyorum. 'Araştırsınlar' diyorum. Ben bir ipucu veriyorum. Bu kanun teklifinin FETÖ'nün emriyle, direktifiyle hazırlandığını düşünüyorum. Çünkü ikisinde de FETÖ komplolarıyla bağlantılı bir olayla karşı karşıyayız" demişti.
Başbuğ, AKP ve Erdoğan'ın iddialarına, kendi internet sitesinden "Suçlamalara karşı gerçekler" başlığıyla yaptığı açıklamayla yanıt vermişti. 28 Ağustos 2008'de Genelkurmay Başkanlığı görevine başladığını anımsatan Başbuğ, FETÖ liderine gönderilen bir mektupta "yeni Genelkurmay Başkanı'nın Zatı Alinize ve yapılan hizmetlere bakışı son derece menfidir" ifadesinin yer aldığını belirtmişti. Başbuğ, "Bu göreve başladığım ilk günlerden itibaren FETÖ'nün hedefine konulduğumu açıkça göstermektedir. Görevde bulunduğum 2 yıl FETÖ tarafından Türk Silahlı Kuvvetlerine karşı kurulan komplolara karşı mücadele ile geçti" demişti.
Başbuğ söz konusu yasal değişiklikle ilgili önergelerin 26 Haziran gece yarısı 00.59'da hükümet tarafından sunulduğuna işaret etmişti. Söz konusu önergelerin ilkinde, "asker olmayan kişilerin askeri mahkemelerde yargılanmasına son verilmesi", ikinci önergede ise bir kelime değişikliği ile askeri şahısların askeri mahallerde işledikleri suçlar nedeniyle sivil mahkemelerde yargılanmasının önünün açıldığına dikkat çekmişti.