Bekirağa Bölüğü, İstibdat ve II Meşrutiyet Döneminde siyasal suçlularının kapatıldığı askeri tutukevi. Adını, ilk müdürü olan Binbaşı Bekir Ağa’dan almıştır
Bekirağa Bölüğü, Harbiye Nezareti’ne bağlıydı ve bu nezaretin bulunduğu binanın (bugün İstanbul Üniversitesi merkez binası) avlusunda yer alıyordu. II. Abdülhamid döneminde binbaşılığa yükselen Bekir Ağa’nın (1817-87) komutasında özel bir zaptiye bölüğünce korunuyordu. Bekir Ağa ve askerleri, yönetim karşıtı siyasal tutuklulara burada ağır işkenceler uygulamıştır. Daha sonra Bekir Ağa’nın yerini alan Salim Bey de, işkence yaptığı kişilerin ayak tırnaklarını söktüğü için “Tırnakçı Salim” diye adlandırılmıştır.
II. Meşrutiyet ilan edilince (1908) buradaki çok sayıda tutuklu serbest bırakıldı. Ama bu kez de İttihat Terakki Fırkası karşıtları Bekirağa Bölüğüne kapatılmaya başladı. Mütareke döneminde tutuklanan İttihat ve Terakki ileri gelenleri Malta’ya sürülünceye değin burada alıkondular. Bekirağa Bölüğü binası 1950’den sonra yıkıldı.