Süper ajanlar doğmaz, yumurtadan çıkarlar. Madagaskar Penguenleri'nde seyirciler, dünyanın en eğlenceli ve gizemli kuşlarının sırlarını keşfedecek.
Çavuş, Kovalski, Rico ve Asker yeni bir casusluk örgütü olan ve Özel Ajan tarafından yönetilen Kuzey Rüzgarı'na katılmak zorunda. (Özel Ajan'ın adını söyerdik ama, sonra... biliyorsunuz) Birlikte, John Malkovich tarafından seslendirilen kurnaz ve hain Dr. Ahtapot Brine'in dünyayı ele geçirmesini engellemeye çalışacaklar.