Mustafa Kemal Paşa, Mondros Ateşkes Anlaşması’nın imzalanmasından sonra Osmanlı Hükûmetinin çağrısı üzerine İstanbul’a geldi (13 Kasım 1918).
Burada bir süre kendisine resmî görev verilmedi. Mustafa Kemal Paşa, bu süre içinde ülkeyi ve devleti kurtarma yollarını araştırdı. Bir dizi görüşmede bulundu. İstanbul’da kaldığı zaman diliminde Şişli’deki evinde, ülkemizin kurtuluşu ile ilgili olarak güvendiği arkadaşlarıyla toplantılar düzenledi.
Bu toplantılarda vatanı işgalden kurtarmak için kendi fikirlerini anlattı. Ancak İstanbul işgalci devletlerin sıkı denetimi altında bulunduğundan, burada bir şey yapmak mümkün değildi. Sonunda etkin bir savaşın Anadolu’da yapılabileceğini anlayarak Anadolu’ya geçiş yollarını aramaya başladı.
Bu dönemde Yunanlıların kışkırtmasıyla özellikle Trabzon ve Samsun’da bir Rum Pontus Devleti kurulması çalışmaları yapılıyordu. Ancak Amerika Birleşik Devletleri Başkanı Wilson’un Birinci Dünya Savaşı’na girerken ortaya koyduğu bazı ilkeler vardı.
Buna göre, burada bir devlet kurulması için en az beş yıl geçmesi ve bu beş yılın sonunda yapılacak halk oylamasında Rumların çoğunlukta olması gerekmekteydi. Fakat bu bölgede Türkler çoğunluktaydı ve beş yıl içinde de Rumların Türklerden fazla olmasına olanak yoktu. Bu yüzden Rumlar silahlı çeteler kurarak Türklere karşı büyük saldırılar düzenlediler.
Bu saldırılarla Türkleri bölgeden göçe zorlayarak çoğunluğa ulaşmayı amaçlamaktaydılar. Bu duruma karşılık bölgede yaşayan Türkler, silahlanarak kendilerini savunmaya başladılar. Silahlı direnişin, kendi planlarını altüst ettiğini gören Yunanistan, Rumların isteği üzerine İngiltere’ye başvurdu. Samsun ve Trabzon bölgesindeki Rumların, Türkler tarafından saldırıya uğradığını ileri sürdü ve saldırıların durdurulmasını istedi.
İngiltere, durumu araştırmadan Osmanlı Hükûmetine bir nota vererek bu bölgedeki silahlı Türk direnişçilerine engel olunmasını istedi. Aksi hâlde Mondros Ateşkes Anlaşması’nın 7. maddesi uyarınca bölgeyi işgal edeceğini bildirdi.
Osmanlı Hükûmeti, Samsun ve çevresindeki karışıklığı önlemek için bu görevi Mustafa Kemal Paşa’ya önerdi. Böylelikle Mustafa Kemal Paşa’yı İstanbul’dan uzaklaştırarak onun gizli çalışmalarını da önleyebilecekti. Mustafa Kemal Paşa, Anadolu’ya geçmek için bu öneriyi büyük bir sevinçle kabul etti.
Mustafa Kemal Paşa, Dokuzuncu Ordu Müfettişliğine atandı (30 Nisan 1919). Padişah Vahdettin ile altı defa görüşen Mustafa Kemal Paşa, Genelkurmaydaki arkadaşlarının yardımı ile geniş yetkilerle donatıldı. Yanına aldığı kurmay heyeti ile 16 Mayıs 1919’da İstanbul’dan Bandırma Vapuru ile ayrıldı. Üç gün süren yolculuktan sonra 19 Mayıs 1919’da törenle Samsun’a ulaştı. Mustafa Kemal Paşa’nın Samsun’a çıkışı ile Millî Mücadele başlamış oldu.
Mustafa Kemal Paşa, Samsun’a çıktıktan sonra Pontus çetelerine karşı gerekli güvenlik önlemlerini aldı. Bir süre sonra komutanlara, valilere ve millî kuruluşlara gönderdiği yazılarda ülkenin içinde bulunduğu durumu anlattı. Onun amacı, Türk vatanını düşman işgalinden kurtarmaktı. Yurdun içinde bulunduğu durumdan milletin haberdar edilmesi gerekiyordu. Düşmanla savaşmak için ise öncelikle silaha, araç-gerece ve işgalci kuvvetlerle savaşacak bir güce ihtiyaç vardı.
Mustafa Kemal, ülkenin düşman işgalinden nasıl kurtulacağının planını daha Anadolu’yu geçmeden önce yakın çalışma arkadaşları ile İstanbul’da yapmıştı. Türk milletini çağdaş milletler seviyesine çıkartmak için siyasal, sosyal ve ekonomik alanlarda ne gibi inkılaplar yapacağını Türkiye Cumhuriyeti kurulmadan yıllar önce planlamıştı. Mustafa Kemal, cumhuriyetin kurulması ile birlikte Türk milletine çağdaş bir yaşam sunmak için yıllar önce kafasında oluşturduğu bu düşünceleri yaşama geçirmesini bilen, planlı ve metotlu çalışan dâhi bir önderdi. Mustafa Kemal, bir işe başlamadan önce yapacağı işin detaylı bir planını yapar ve daha sonra uygulama aşamasına geçerdi. Mevcut sorunları her zaman bir plan dâhilinde çözüme kavuştururdu.