Özellikle pediatrik dönemdeki astım gelişimi ile mikrobiyom arasında büyük ilişkiler bulunmuştur. Başta bağırsak olmak üzere, nazal ve akciğerlerdeki mikrobiyal çeşitliliğin çocukluk çağı hastalıkları ile ilişkisi yakından incelenmektedir.
İnsan bağırsak mikrobiyomu matürasyonunu yaşamın ilk yılı içerisinde neredeyse tamamlanır. 2018 yılında yayınlanan 690 çocuk ile yapılan araştırmada olgunlaşmamış mikrobiyal kompozisyona sahip 1 yaşındaki çocukların; 5 yaşında astım riski taşıdığı belirtilmiştir.
2017 yılındaki bir araştırmada nazal mikrobiyatadaki değişiklik artmış astım riski ile ilişkilendirildi. Kırsal alanda yaşamayan çocuklardan alınan nazal sürüntülerde artmış moraxella kolonizasyonu astım ile ilgili bulundu.
Başka bir çalışmada nazal mikrobiyatadaki prevotella türü bakterilerin immunmodulator özellikte olan kısa zincirli yağ asitlerini üreterek ve hemophilus cinsi bakterilerin zararlı etkilerini önleyerek astım risikini azalttığı öne sürülmüştür.
Bir kohort çalışması; yaşamın ilk yıllarında geçirilen üst solunum yolu enfeksiyonlarının sıklığı üst solunum yolu mikrobiyatasını değiştirip ileriki dönemlerde astım riskini arttırabileceğini öne sürmüştür.
Bağırsak mikrobiyatasındaki laktobasillus, bifidobakterilerin azalması ve candidanın artışının 4 yaşında astım riskini arttırdığı ile ilgili çalışma 2016 yılında natüre medicine dergisinde yayınlanmıştır.
Bebeklik döneminde RSV enfeksiyonuna bağlı erken yaş akut respiratuvar enfeksiyon sırasında nazofarengeal sürüntüdeki artmış laktobasillus türünün ilk iki yaştaki wheezing infant riskini azalttığı belirtilmiştir.
Mikrobiyatanın çocukluk çağı hastalıkları ilişkisi hala tam olarak çözülememiş olup; çalışmalar olabildiğince devam etmektedir.