Klinik bir denemenin planmasında en önemli unsurlardan birisi kontrol grubu seçimidir.
Kontrol grubu deney grubu ile yaş, cinsiyet, eşlik eden faktörler gibi özellikler bakımından benzer özelliklere sahip olmalıdır. Randomizasyon yönteminin doğru uygulanması sayesinde seçim yanlılığının elimine edilmesi mümkündür. Klinik çalışmalarda genellikle randomizasyon yanlış uygulanmaktadır.
Ayrıca çalışmanın sonlandırma kriterlerinin belirlenmesi, interim analizler, körleme gibi bileşenlerde klinik denemelerin planlanırken dikkate alınmalıdır.