Okulumuz, temelleri Saint Jean-Baptiste de la Salle tarafından 1684 yılında Fransa'nın Reims şehrinde atılmış olan ”Institut des Frères des Ecoles Chrétiennes"e bağlı bir kurumdur.
Saint Jean-Baptiste de La Salle
Saint Jean-Baptiste de la Salle tarafından kurulan Frerler Cemiyeti (Lasalle Enstitüsü) Türkiye'ye ilk olarak 1841'de gelmiş ve İzmir ve İstanbul'da birer okul açmıştır. Enstitünün 80'den fazla ülkede 1800 okulu, 60.000 eğitimcisi ve 1 milyona yakın öğrencisi bulunmaktadır.
Okulumuzun temeli 1857 tarihinde (Hicrî 1274) Beyoğlu'nda, İmam Sokağında "Pensionnat Saint-Joseph" adıyla atılmıştır. 1864'te yer darlığından Moda'ya geçilmiş, binanın sahipleri tarafından satılması üzerine Beyoğlu'na dönülmüştür.
Mart 1864'te Sultan Abdulaziz'in zamanın Kadıköy Belediye Başkanı Emin Paşa'ya hitaben İrade-i Seniyesi'ni belirten fermanıyla, mektebin 3 hektarlık kendi arazisi üzerinde inşasına izin alınmıştır. Bu fermanın kaybolması üzerine, 1870 tarihli, yine Sultan Abdülaziz'in vezir Hüsnü Paşa'ya hitaben yazılan İrade-i Seniyesi'ni belirten fermanla inşaata başlanmıştır.
1870 Haziran'ındaki Beyoğlu yangınından sonra Kadıköy'deki şimdiki okul binasının ilk temel taşı 16 Ağustos 1870'de konmuş ve aynı yılın 2 Kasım'ında, daha boyalar kurumadan derslere başlanmıştır. Bu ahşap bina taş temel üzerine kuruluydu ve iki katlıydı, fakat taraça ve üçgen çatısı ile bugünkü merkez binasına çok benziyordu. Planlar daha geniş bir bina için yapılmıştı ve okulun şöhretinin hızlı biçimde yayılması sayesinde artan ögrenci sayısıyla orantılı olarak bu genişleme çabucak gerçekleştirildi.
1872'de bugünkü satranç odasını ve Lise Müdür Yardımcısı odasını kapsayan üç dört katlı güneydoğu kanadı yapıldı. "Dépense" ve revirde görülen iç pencereler bu binadan kalmıştır. Bu kanat, merkez binasından bir kat daha yüksekti.
1874'te tamamlanan güneybatıdaki kanat, Türk Müdür Başyardımcısı odasıyla (eski öğretmenler odası) tiyatro salonunu kapsıyordu. Genişleme yeterli görülünce sıra teneffüslerde kullanılacak bahçelere geldi. 1875 ve 1876 yıllarında, biri güneybatı kanadının devamında, diğeri güneydoğuda olmak üzere halen kullanılan "Préau"lar (Sundurma) yapıldı. 1885'te bugünkü Caporal Evi (eski fizik laboratuvarı) lojman olarak inşa edildi ve 1888'de güneydoğu kanadı "Préau"ya kadar genişletildi.
Denize açılan U harfi şeklindeki binanın ahşap merkezi, kanatlardakilerden bir kat eksikti. Bu geçici ana binanın yerine bir taş bina yapılmasına karar verildi. 1895'te, ana bina bir kat yükseltildi ve üç metre genişletildi.
1900 yılında Saint-Joseph'te 300 yatılı öğrenci vardı. Binalar sağlam ve genişti. Yüzyılın başlangıcını ve 300'üncü öğrencinin kayıt oluşunu kutlamak üzere tüm öğrencilerle vapurla boğazda Beykoz'a kadar bir gezi yapıldı.
1903'te kurulan Ticaret Enstitüsü, derslerin ciddiyeti ve mezunlarına iyi işlere yerleşme olanağı vermesiyle, büyük bir kitlenin başvurmasına yol açtı. Bu isteğe cevaben 1906'da Ticaret Enstitüsü için kuzeydoğudaki, 1907'de kuzeybatıdaki binalar inşa edildi ve 400'üncü öğrenci şerefine yine bir boğaz gezisi yapıldı. Oyun bahçelerinin tanziminden sonra okul bugünkü şeklini aldı. Ticaret Enstitüsü'nün ünü Sofya'dan Bağdat'a kadar öylesine yayıldı ki, 1910'da Osmanlı Devleti'nin Ticaret Veziri İstanbul'da açtığı Yüksek Ticaret Okulu'nun programı ve teşkilatı bu Enstitü örnek alınarak geliştirildi.
Yine aynı tarihte Haydarpaşa'da Saint-Joseph'in bir şubesi olan Saint-Louis (daha sonra Yeldeğirmeni Kemâl Atatürk Ortaokulu oldu) açıldı. Nihayet 1907'de kuzeybatı kanadının yapımıyla Saint-Joseph Lisesi'nin binası tam olarak meydana çıktı. Geriye birinci kısmın "Préau"sunu yeniden yapmak ve ikinci kısmın "Préau"sunu inşa etmek kalmıştı.
Okulun ünlü "Tabiat Bilgisi Müzesi"ni Frère Possesseur Jean ve Frère Paramont-Félix, yıllarca Türkiye'nin ve dünyanın her tarafından topladıkları böcek ve taş parçaları ile 1910'da kurdular. Günümüzde bu müzede 1200 çeşit taş ve maden ile 10.000 çeşit böcek, kuş ve hayvan bulunmaktadır.
1912'de Balkan Savaşı'nda, zamanın Okul Müdürü şimdiki Caporal Evi'ni cepheden gelen yaralıların tedavisi amacıyla Kızılay'a tahsis etti. Frère'ler ve Soeur'ler buraya kurulan hastanenin Başhekimi Doktor Süreyya Paşa'ya yardım ettiler.
1913'te mekanik fırın açıldı ve 1940 yılına kadar ekmek okulumuzda pişirildi. Gündüzlü ve yatılı her öğrenciye saat 16.00'da küçük bir francala ile bir parça çikolata verilmeye başlandı. Bu küçük ekmeğin (Petit-Pain) eski mezunların hatıralarında bıraktığı tatlı izden ötürü mezunlar gününe Petit-Pain adı verildi.
25 Eylül 1914'ten 1919 Şubat'ına kadar savaş sebebiyle okul "Yüksek Eğitim Enstitüsü" olarak kullanıldı.
Kuruluşundan bugüne kadar okulumuzda öğrenim gören öğrencilerin sayısını kesin olarak tespit etmek olanaksızdır, çünkü 1. Dünya Savaşı esnasında okul boşaltıldığından 1920'den önceki evrak kaybolmuştur. Ancak 1922'den bu yana kayıt tutulabilmiştir. Okulumuzun, 1921 yılında 50., 1971'de 100., 1996'da 125. kuruluş yıldönümü kutlandı. Okulumuzun öğrenci sayısı zaman içinde 30-40 tan başlayarak 1000'e kadar çıktı. Yabancı ilkokulların kapatılması ve bu okulların geleceği hakkındaki tereddütler ile birçok öğrenci Türk liselerine geçmeye başladı ve öğrenci sayısı 750 - 800'e düştü. Günümüzde 1000 civarında devam etmekte.
Okulumuzda 1975 yılına kadar 15 dakikalık teneffüslerde ve öğle teneffüslerinde voleybol ve basketbol oynanması zorunluydu.
Saint-Joseph Lisesi, voleybolda 1974'ten 1982'ye kadar aralıksız 9 yıl Türkiye Liseler Şampiyonu olmuştur. Ayrıca, Türkiye'nin 6 defa katıldığı Dünya Liselerarası Voleybol Şampiyonası'nda 5 kez Türkiye'yi temsil etmiştir. 1974'te İzmir'de 4.lük, 1976'da Hollanda'da Dünya Liseler Şampiyonluğu, 1978'de Belçika'da 3.lük, 1980'de İngiltere'de 10.luk, 1982'de Belçika'da 2.lik kazanmıştır. 1983'te yeniden İstanbul Liseler Voleybol Şampiyonluğu'nu elde ederek 10 kez üst üste şampiyon olarak kırılması güç bir rekora imza atmıştır.
Okulumuzda halen birçok spor etkinliği yapılmaktadır.
Kalkan oyunu. Okulumuzda uzun süre oynanan kalkan oyunu artık nostaljik oyunlar arasında yerini almıştır.
Değnekler üzerinde oynanan bu oyun da artık oynanmamaktadır.
Raketlerle oynanan bu oyun da artık oynanmamaktadır
1935 yılına kadar her yıl, binlerce seyircinin katılımıyla Spor Bayramı yapılmıştır. Okul bandosu eşliğinde gerçekleştirilen bu oyun ve gösteriler büyük ilgi toplamıştır.
Okul orkestramız 1965 yılına kadar her yıl klâsik müzik konserleri vermiştir. Okul orkestrası 2009 yılında yeniden yaşama geçirilmiştir ve okul içi konserlerine devam etmektedir.
1976-1977 öğretim yılına kadar yatılı olan okulumuz bu tarihten itibaren gündüzlü olmuştur.
1987 yılına kadar Erkek Lisesi olan Saint-Joseph, o yıl kapılarını kız öğrencilere de açarak karma oldu ve ilk kız mezunlarını 1996'da verdi.
Özel Saint-Joseph Fransız Lisesi Türk Millî Eğitim Bakanlığı'nın denetimi altında, Özel Öğretim Kurumları Genel Müdürlüğü'ne bağlı olarak öğretimini sürdürmektedir. Gayesi Türkiye'ye iyi vatandaş ve üniversitelere iyi öğrenci yetiştirmektir. Mezunları arasında ünlü askerler, politikacılar, profesörler, büyükelçiler, iş insanları, sporcular, yazarlar, sanatçılar ve üst düzey yöneticiler vardır.
Günümüzde, 1971 yılında kurulan Saint-Joseph'liler Derneği, 1992 yılında kurulan Saint-Joseph Lisesi Eğitim Vakfı ve Okul Aile Birliği okulumuzla dayanışma içinde Saint-Joseph Fransız Lisesi'ni daha iyiye ulaştırmaya çalışmaktadırlar. Saint-Joseph Lisesi Eğitim Vakfı 1998'de Özel Küçük Prens Anaokulu'nu, 1999'da Özel Küçük Prens İlköğretim Okulu'nu ve 2013'te Özel Küçük Prens Lisesi'ni açmıştır.