Ancak, insanlara sadece virüsün başak proteinini enjekte etmek, onları aşılamanın en iyi yolu değil. Bunun nedeni ise, başak proteinlerin bazen yanlış şekle girmesi ve bağışıklık sistemini yanlış antikorlar yapmaya sevk etmesi.
Diğer taraftan bu durum, Covid-19 salgınından çok önce ortaya çıktı. 2015 yılında başka bir korona virüsün neden olduğu MERS, ölümcül bir zatürre salgını başlattı. O zamanlar Dartmouth'daki Geisel Tıp Fakültesi'nde yapısal biyolog olan Jason McLellan ve meslektaşları buna karşı bir aşı yapmaya koyuldu.
Araştırmacılar başak, proteinini hedef olarak kullanmak istedi, ancak bu proteininin bir şekil değiştirici olduğu gerçeğini hesaba katmaları gerekiyordu. Protein bir hücreye kaynaşmaya hazırlanırken, lale benzeri bir şekilden, cirit benzeri bir şekle dönüşüyor.
Bilim insanları, bu iki şekle başakların prefüzyon ve postfüzyon biçimleri diyorlar. Prefüzyon şekline karşı antikorlar, korona virüse karşı güçlü bir şekilde çalışır, ancak postfüzyon antikorları bunu durduramıyor.