1517’de Martin Luther, Almanya’da gerçekleştirdiği reformla Katolik Kilisesi’nden ayrıldı ve Protestan Kilisesi’ni kurdu. Reformdan önce, Latince metin tüm Katolik ayinlerinde okunur. Luther önce orijinal metni Almancaya tercüme ettirdi. Daha sonra Almanca metinler eski, tanıdık müziğin melodisine uyarlanır. Bu arada her ülke kendi dilinde konuşmaya, dua etmeye ve kendi dilinde müzik söylemeye başladı.
Luther Kilisesi’nin müzik dünyasına en değerli katkısı, ilahinin “koral” denilen biçimini getirmesi olmuştur. Fransa’da “mezmur”, İngiltere’de “marş” olarak bilinen bu form, saf müzikten kaynaklanmış ve geliştirilmiştir. Almanya’daki Luther Kilisesi’nin müziği, 18. yüzyılda Johann Sebastian Bach’ın besteleriyle doruk noktasına ulaşacaktı. İngiliz müziğinde etkisini hızla gösteren Islahat, Thomas Tallis ve William Byrd gibi bestecileri ortaya çıkaracaktı.
Reform, İtalya gibi Katolik ülkelerde Karşı Reform ile sonuçlandı. 1545-1563’ün ortalarında Kuzey İtalya’da toplanan bir konsül (trend consul) kilisedeki gevşekliğe karşı önlem almaya çalışıyor. Müzikle ilgili de şikayetler var: Kiliseye çok seslilik ve halk ezgileri girdikçe kutsal ortam bozuluyor. Çok sesli bir koroya sahip geniş bir enstrüman topluluğu, kutsal metnin anlaşılmasını imkansız hale getirecektir. 1562’de Papa, basit melodik gelenekteki sınırlı kalıplara geri dönülmesi ve eski kilise kurallarının uygulanması gerektiğini duyurdu.
Giovanni Pierluigi da Palestrina ise altı sesli Missa Papae Marcelli’yi besteleyip yayınlayarak çoksesliliğin sözcükleri anlamakla hiçbir ilgisi olmadığını ve böyle bir missa’nın yine de kutsal olabileceğini savunuyor. Çok sesliliğin sadece bir teknik, esere anlam verme yöntemi olduğunu savunuyor. Palestrina yüzden fazla missa, 375 motet, birçok dini madrigal ve ilahi besteledi. Yüze yakın din dışı sesli musiki eseri ve madrigali bulunmaktadır. Dini eserlerindeki koyu renkler, ortaçağ geleneğine bağlılığını göstermektedir. Bach’tan önce müzik tarihinde hiçbir besteci Palestrina kadar ünlü değildi. Bu arada İtalya’da birebir yıllarda yaşamış Gioseffo Zarlino da Aristoxenus ve Rameau arasındaki en değerli teorisyendir. Kontrpuan konusunda bilgi geliştirdi. “Le isstitutioni har moniche” onun en değerli eseridir.