Bu bölüm oyuncuyu 2047 yılına götürüyor. Asıl kahraman, Ceph ve Hücre şirketi adlı uzaylı bir yarışa karşı savaşan bir nanosuitin sahibi olan Prophet. Şirket yüzünden New York’ta dev bir kubbe beliriyor. İçinde Seven Wonders adında farklı bir mikro kozmos var. Prophet, Cell’in planları hakkındaki gerçeği öğrenmek ve daha önceki olaylardan intikam almak için bu yere sızmaya karar verir.