Mass Effect 3 Hikayesi
Mars'ta Shepard, Liara'dan Reapers'ı yok edebilecek bir Prothean süper silahı hakkında bilgi alır ve onun şemalarını, Cerberus'un Reapers'ı kontrol etme arzusunu ortaya çıkaran Illusive Man'den alır. Elinde şemalar varken, İttifak Pota olarak adlandırılan cihazın yapımına başlarken, Shepard'a galaksideki diğer türlerden destek alması emredilir.
Shepard, Palaven'in yörüngesinde dönen bir ay olan Menae'den çalışmaya başlar. Primarch, yalnızca Krogan Palaven'i savunmaya yardım ederse Shepard'a Turian desteğini taahhüt eder, ancak krogan lideri, genofaj tedavi edilmedikçe yardım etmeyi reddeder. Shepard ve Krogan lideri, verimli bir Krogan dişi olan Havva'dan bir tedavi formüle eden ve onu Shroud adlı bir kuleyi kullanarak dağıtmayı planlayan paralı bir bilim adamıyla buluşacakları Sur'Kesh'e seyahat ederler. Tuchanka'ya inmeden önce Shepard, Shroud'un bir tedavinin dağılmasını önlemek için sabote edildiğini ortaya çıkaran ve yalnızca sabotaj bozulmadan bırakılırsa hükümetinin desteğini sunan hükümetin lideri tarafından temasa geçilir. Shepard nihayetinde tedavinin devam etmesine izin verip vermeyeceğine karar vermelidir, bu durumda maaşlı bilim adamı bir karşı önlem uygulamak için kendini feda eder ve bu da Krogandan bir destek sözü alır. Alternatif olarak, Shepard bilim insanını öldürerek veya tedaviyi uygulamamaya ikna ederek onu durdurabilir, bu da Kroganı genofajın iyileştiğini düşünmesi için aldatır ve böylece hem Krogan hem de maaş desteği kazanır.
Tuchanka'daki olayların ve Cerberus'un Hisar'ı ele geçirmek için yaptığı başarısız darbenin ardından, Quarianlar, Shepard'ın Geth'ten anavatanları Rannoch'u geri almalarına yardım etmesi halinde Alliance'a desteklerini sunarlar. Shepard bir Geth Dretnotuna biner, esir bir Geth müttefikini kurtarır, ardından Geth üzerindeki Reaper kontrol sinyalini devre dışı bırakır. Shepard daha sonra Rannoch'ta bir Reaper üssü bulur ve yok eder, bu da Quarianlara savunmasız Gethlere saldırma fırsatı verir. Bununla birlikte, müttefik Geth birimi, Geth'i Quarianları yenmeye ve onların gerçek sezgiye ve özgür iradeye ulaşmalarını sağlayan Reaper teknolojisini kullanarak Geth'i yükseltmek için kendini feda etmeye niyetli olduğunu ortaya koyar. Shepard ya her iki taraftan da destek almak için ateşkes müzakeresi yapar ya da bir tarafı desteklemek zorunda kalır ve bu da diğerinin tamamen yok olmasına neden olur.
Shepard daha sonra konsey üyesi tarafından Kale'ye çağrılır. Asari'nin ana gezegeni Thessia'da, Shepard'ın Pota'yı tamamlamak için gerekli bir bileşen olan Katalizörü tanımlamasına yardımcı olabilecek gizli bir Prothean eseri olduğunu ortaya koyulur. Orada Shepard, Vendetta adında bir Prothean VI keşfeder, ancak Kai Leng gelir ve Thessia Reapers'a düşerken onu çalar. Vendetta'yı geri almak için çaresiz kalan Shepard'ın ekibi, Cerberus'un gizlice Orakçı kontrol teknolojisini araştırdığı insan kolonisi dünyası Horizon'daki Sanctuary tesisine kadar Leng'i takip eder. Shepard, Illusive Man'in karargahına giden bir izleme cihazı alır ve Alliance ile birlikte Cerberus uzay istasyonuna topyekün bir saldırı başlatır. EDI eşliğinde, Shepard merkez üsse ulaşır, Leng'i öldürür ve Vendetta'dan Katalizörün, Reaper'ların saldırıdan önce istasyonu terk eden Illusive Man'i başarılı bir şekilde besledikten sonra ele geçirdiği Kale olduğunu öğrenir.
Alliance ve müttefikleri, Dünya'yı geri almak ve Kale'ye katılarak Pota'yı etkinleştirmek için son bir çabayla Reaper'lara topyekün bir saldırı başlatır. Shepard sonunda Hisar'a girmek için bir Reaper nakliye aracına ulaşır ve Illusive Man ile savaştıktan sonra Shepard, Pota'yı etkinleştirmeye çalışır, ancak bunun yerine Kale'nin zirvesine kaldırılır ve kendisini ilan eden çocuksu bir yapay zeka ile tanışır. Bu yapay zeka, Katalizör ve Reapers'ın yaratıcısıdır. Shepard'ın Normandiya SR-2 ekibinin, Dünya'nın ve galaksinin geri kalanının nihai kaderi, oyuncunun Catalyst ile uğraşırken son seçimine ve son EMS puanlarına bağlıdır. Emeği geçenler sahnesi sonrası bir sahnede, Stargazer olarak bilinen bir kişi, Shepard'ın hikayesini genç bir çocuğa anlatır ve Shepard'ın mirasının çok uzaklarda yaşadığını ima eder.