REFAHYOL hükümetinin uygulamaları Türk siyasal yaşamında önemli izler bıraktı. Devlet yönetiminde partiler, kurumlar ve toplum kesimleri arasında belirli gerilimler yaratarak rejimin istikrarını sarstı. Özellikle RP'nin tutumunun bu konuda belirleyici bir etkisi oldu.
Taksim Meydanına büyük bir cami inşa etme projesinin yeniden gündeme getirilmesi, üniversitelerde uygulanan türban yasağının siyasal malzeme yapılması, tarikat şeyhlerinin başbakanlık konutunda "görüş alışverişi" için ağırlanması, Ankara'nın Sincan ilçesinde RP'li belediye başkanı tarafından düzenlenen "Kudüs Gecesi"nde Filistin'e destek gösterisinin dinsel bir devlet düzenine özlem mesajına dönüştürülmesi, bazı radikal dinsel grup ve akımların izinsiz protesto eylemleri, RP'nin iktidarda bulunmasının verdiği cesarete bağlandı ve "laiklik karşıtı" gelişen bir tehlike olarak görüldü. 3 Kasım 1996'da Susurluk'ta meydana gelen ve bazı siyasetçi, bürokrat, resmi görevli ve sivillerin yasal olmayan gizli ilişkilerinin ortaya çıkmasına neden olan trafik kazası, devlet yönetiminde şeffaflık* tartışmalarını ön plana çıkararak siyasal yaşamın istikrarının bozulmasında önemli rol oynadı. Kazanın ardından kamuoyunda çeşitli protesto eylemleri başladı ve siyasal otoriteye gösterilen güven tartışma konusu edildi.
Bütün bunlar, MGK'nın 28 Şubat 1997 tarihinde yaptığı toplantıda tartışıldı ve ülkenin içine düşmüş olduğu durum bir bildiri metniyle hükümete anlatıldı. Bildiri metni, üstü örtülü de olsa, genelde hükümeti, ama özellikle hükümetin RP kanadını sorumlu tutuyor ve onun destek verdiği varsayılan olayları ele alıyordu. RP genel başkanı ise Necmettin Erbakan'dı. Dolayısıyla, MGK'nın bir üyesi olarak başbakanın böyle bir metnin altına imza atması, RP'nin sorumluluğunu kabul etmek anlamına geliyordu. Başbakanın imzalayıp imzalamayacağı uzun süre tartışıldı, ama sonunda metin kamuoyuna açıklandı.
Laiklik tartışmaları
28 Şubat metninin temel vurgusu, "laik" devlet düzeninin "çağdışı" rejim aleyhtarı bazı faaliyetlerle tehlikeye düşürülmesi üzerineydi. Türk Silahlı Kuvvetleri (TSK) laiklikle ilgili tehlikelere daha kesin bir üslupla dikkat çeken ve bu tehlikeleri besleyen tutum, düşünce ve politikaları yeren bir başka metin yayımladı. Tarihe "28 Şubat Kararları" olarak geçen ve Türk siyasal yaşamını yeni bir dönemece getiren bu metindir. Bu kararlar basında "demokratik gelenekler" açısından eleştirildi ve ordunun siyasete yaptığı bu "ince ayar" (askeri bir yetkili kararları "demokrasinin balans ayarı" olarak tanımlamıştı), "postmodern darbe" olarak nitelendi. TSK'nın laiklik konusundaki duyarlılığının siyasetçiler üzerindeki etkisi kısa sürede hissedildi. Koalisyon liderleri, başta erken genel seçim kararı olmak üzere siyasal tansiyonu düşürücü çareler aradılar. En etkin çare olarak akla gelen ise Erbakan'ın başbakanlıktan istifası oldu ve Erbakan istifa etti.
REFAHYOL hükümeti protokolünde parti liderlerinin ikişer yıl süreyle "dönüşümlü" başbakanlık yapmaları öngörüldüğü için, Çiller başbakan olarak atanmayı bekliyordu. Ancak Cumhurbaşkanı Demirel ANAP lideri Mesut Yılmaz'ı hükümeti kurmakla görevlendirdi. Mesut Yılmaz, CHP'nin dışarıdan desteğini sağlayarak DSP ve DTP ile ANASOL-D koalisyon hükümetini kurdu. ANASOL-D hükümeti Türkiye'yi erken seçime götürmek üzere kurulan bir hükümet olmasına rağmen, "28 Şubat Kararları"nda değinilen sorunları çözmek üzere bazı politikaların uygulanmasını da hedef alıyordu. Bunların başında İmam-Hatip okullarında orta eğitimi fiilen sona erdirecek olan "8 Yıllık Kesintisiz Eğitim" projesi geliyordu. Ne var ki bu proje, hem ANAP içindeki muhafazakâr kanadın etkisi, hem de RP'nin Meclis'teki direnci, ayrıca projeyi dinsel değerleri eritmeye yönelik olarak gören grupların eylemleriyle uzun tartışma ve gerilim konusu oldu. İstanbul başta olmak üzere büyük kentlerdeki birçok camide cuma namazı sonrası yapılan yoğun protestolar, laik/laik olmayan karşıtlığını kışkırtıcı bir işlev gördü. Buna rağmen, projenin daha sonra yasalaşarak yürürlüğe girmesi önlenemedi.