Muzaffer Özdağ 1933'de Kayseri'nin Pınarbaşı ilçesinde doğdu. Babası Maliye memuru Kerim Özdağ, annesi ev hanımı Nuriye Özdağ'dır. Meslek olarak askerliği seçti. 1950'de Kuleli Askeri Lisesi'ni, 1952'de Kara Harb Okulu'nu, 1953-1954 yıllarında Meslek Hazırlama Sınıfını ve Piyade Okulunu birincilikle bitirdi. 1956 yılında Ankara Hukuk Fakültesi'nden mezun oldu.
Kit'a hizmetinde yoğun bir savaş eğitimi sürdürürken Ordu kurumu ve Silahlı Kuvvetlerin modernizasyonu üzerinde de çalışan Muzaffer Özdağ Kara Harp Akademisi'nden 1960 yılı Mayısında Cumhuriyet döneminin en genç kurmay subayı olarak mezun oldu.
Demokratik düzeni korumak ve iç barışı güvene almak için yasal bir zaruret halini alan 27 Mayıs 1960 müdahalesinin plânlama ve icrasında ön safta yer aldı. Milli Birlik Komitesi'nin (MBK) en genç üyesi oldu. Geçici olarak TBMM görevini yüklenen MBK için geçici anayasa ve iç tüzüğü hazırladı. MBK Başkanlık divanı üyesi ve basın sözcüsü olarak görevlendi.
Milli Birlik Komitesinin partiler üstü tarafsız ve inkılâpçı bir çizgiden ayrılmaması görüşünü savunduğu için, 13 Kasım 1960'da gerçekleşen bir karşı darbeden sonra Japonya'da Türkiye Büyükelçiliği nezdinde hükümet müşaviri unvanı ile atandı.
1961-62 yıllarında Japon modernizasyonunu inceledi. Türkiye için modern milliyetçi inkılâpçı bir siyasî parti programı hazırladı. 1963 yılında Türkiye'ye döndü.
Arkadaşları ile CKMP'ye girdi.
1965 yılında yapılan seçimde Afyon Milletvekili olarak parlamentoya giren Muzaffer Özdağ TBMM'ye sunduğu layihalarla bütün partileri gençliğin sürüklendiği ideolojik buhran, örtülü saldırı ve bölücü ihanet tehdidi konusunda uyardı. Partiler arası iktidar mücadelesinin hizmet yarışı olmaktan çıkarak cepheleşmeye yöneldiğini görünce 1969 seçimlerine katılmadı, politikadan çekildi. Serbest avukat olarak çalışmaya başladı. Türkiye, Türk dünyası jeopolitiği ve Türk kültürü ile ilgili bilimsel çalışmalara yöneldi.