Juneau’da karasal iklim ve okyanus iklimleri yaşanmaktadır. Alaska’nın diğer yerlerine nazaran Pasifik Okyanusu’nun etkisiyle kış aylarında burası daha ılımandır. Nemli ve uzun geçen kış aylarında en düşük sıcaklık ortalaması -5 derecedir ve en soğuk ay ocaktır. İlkbahar, yaz ve sonbahar da soğuk ile ılıman arasında geçer. Temmuz ayında sıcaklıklar 18 dereceye kadar çıkar. İlkbahar yağışsız geçer. Eylül ve ekim aylarında ise çok yağış olur.