Kamulaştırılmış Klingon uzay gemisinde Vulcan'dan eve dönerken, Kirk ve ekibi en kötüsünü önceden hazırlıyor. Şeref borcunun yerine getirilmesi ve Spock'in yine canlı ve sağlıklı olmasına rağmen, özellikle tesadüfen ortaya çıkan suiistimalleri hatırlamaya başladıklarında, ekibin sevinmek için bir sebebi yok. Excelsior tarafından sabote edilen düzen, ele geçirilen ve daha sonra kendi kendini tasfiye edilen şirkete uyumsuzluk, tüm bunlar onları Dünya'nın kendileriyle neyle karşı karşıya kalacağı hakkındaki yanardöner varsayımlardan uzaklaşmaya zorluyor. Ancak gerçekliğin çok daha karanlık olduğu ortaya çıkıyor - bilinmeyen tasarımın devasa bir uzay aracı, Dünya'ya yaklaştı, balinaların dilinde gezegen sorgularına, 23. Yüzyılın sonunda soyu tükendi. Garip bir gemi, sürekli sürekli sağanak, gök gürültülü fırtına, kasırga ve kasırgaları düzenleyen hava şartlarını etkileme yeteneğine sahiptir. Durumun analizi, bazı mucize sayesinde, balinaların Dünya'da yeniden ortaya çıkması halinde durumun istikrara kavuşması ve yaklaşan çatışmanın çözülmesini önerir. Ve sizce kim bir mucize yaratabilir? Doğal olarak, Kaptan Kirk ve ekibi! Balinaları bulmak ve tüm gezegeni kurtarmak uğruna onları geleceğe ulaştırmak için geçmişe gitmeye hazırlar.