Osmanlı Döneminde tıp eğitiminin modernizasyonu kapsamında, 11 Şubat 1894'te Mekteb-i Tıbbiye-i Şahane binasının inşaatına başlanmıştır. Yapının mimarları, Alexandre Vallaury ve Raimondo D’Aronco’dur. Bina, 6 Kasım 1903 tarihinde eğitime açılmıştır. 1909 yılında Askeri ve Sivil Tıbbiyeler, Haydarpaşa’daki Tıbbiye Binası' nda birleştirilerek Haydarpaşa Tıp Fakültesi adını almıştır. Fakülte Dekanı olarak Cemil Topuzlu Paşa seçilmiş 1933 yılındaki Üniversite reformunda Tıp Fakültesi Avrupa Yakasına taşınmış, Mekteb-i Tıbbiye binası Milli Eğitim Bakanlığı’na devredilerek, Haydarpaşa Lisesi’nin kullanımına geçmiştir. 1983 yılında ise Marmara Üniversitesi’ne tahsis edilerek içerisinde Tıp Fakültesinin de bulunduğu eğitim külliyesi olarak hizmet vermiştir. Marmara Üniversitesi adına tahsisli olan Haydarpaşa Külliyesi, 15 Nisan 2015 tarihli Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 27.03.2015 tarih ve 6639 sayılı Kanun gereğince sağlık temalı olarak kurulan ilk ve tek devlet üniversitesi olan Sağlık Bilimleri Üniversitesi’ne Mekteb-i Tıbbiyye-i Şâhâne adıyla hizmet vermek üzere tahsis edilmiştir. Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi 15.04.2015 tarihli ve 29327 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan "Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkında Kanun" un 5. Maddesi ile kurulmuştur ve aynı binada 2016-2017 Eğitim Öğretim yılında 82 öğrencisi ile tıp eğitimine yeniden başlamıştır.