Alkol, sigara, zevk verici maddeler (esrar, kokain, LSD), lityum (depresyon ilacı) ve tetrasiklin (antibiyotik) gibi ilaçlar, haşere ilaçları, petrol ürünleri, kurşun ve civa gibi ağır metaller, kafein ve aspirin gibi reçetesiz ilaçlara annenin maruz kalması cenine zarar verir ve bunlar tam olarak bırakılamıyorsa da azaltılmalıdır. Son çalışmalar, yüksek homosistein seviyelerine sahip olan (kalp kriziyle ilişkili bir amino asit), aşırı kilolu olan veya idrar yolu enfeksiyonları olan annelerin bebeklerinde doğuştan bozuklukların riskinin arttığı görülmüştür.
Annenin alkol kullanımının cenini yüksek derecede etkilediği iki dönem vardır: 12. hafta ile 18. hafta arası ve 24. hafta ile 36. hafta arası. A.B.D. Alkol Kullanımı ve Alkolizm Ulusal Enstitüsü uzmanları, günde 3-4 bira veya 3-4 kadeh şarabın aşağıdaki bozukluklardan birine veya daha fazlasına yol açacağını belirtmektedirler: zihinsel gerilik, hiperaktivite, kalp hırıltısı, yüzsel bir anormallik (küçük baş, alçak kulaklar gibi). Gebelikte az miktarda alkol tüketimi dahi, yeni doğan bebeklerin ilerideki hayatlarında davranış sorunları yaşamalarına sebep olabilir. 506 kadının katıldığı bir çalışmada, araştırmacılar, gebelikte haftada bir kokteyl veya eşdeğer miktarda alkol içen annelerin çocuklarının üç kat daha fazla oranda agresiflik gibi davranış bozuklukları sergilediklerini belirtmişlerdir. 6 veya 7 yaşlarına gelindiğinde, gebelikten doğuma kadar alkol kullanımından kesin olarak kaçınan annelerin çocuklarına kıyasla dikkat sorunları yaşadıkları görülmüştür.
Sigara tüketimi, anne kanındaki oksijen seviyesini azaltır ve fetal dokuları doğrudan etkiler. Araştırmalar, günde 13 veya daha fazla sigara içen annelerin bebeklerinin sigara içmeyenlere göre daha ufak tefek ve fiziksel olarak zayıf olduklarını belirtir. Ayrıca, en güncel çalışmalar, gebelik esnasında ve daha sonra, çok miktarda sigara içen annelerin (günde 15 veya daha fazla) bebeklerinin iki kat daha fazla infantil kolik geliştirdiğini ve daha huysuz olduklarını belirtir.
Araştırmalar, ayrıca, yüksek homosistein seviyesinin gebelik esnasında, preeklampsi ve umblikal plasental vasküler hastalığın belirtisi olabildiğini belirtir. Ayrıca, annelerinde homosistein seviyeleri yüksek olan bebekler daha erken doğar ve doğumda daha zayıf olurlar. Homosistein doğum bozukluklarına da yol açabilir.
Gebelikten önce şişman veya obez olan annelerden doğan bebekler normal kiloda kadınlardan doğan bebeklere göre 36% oranda daha sık doğum kusuruna sahip olmaktadır. Araştırmacılar obezitenin yaygınlaşma hızı düşünülünce çalışmanın önleyici etkilerinin olduğunu belirtmektedir.
Hastalık Kontrol ve Korunma Merkezleri, yakın zamanda yayınladığı bir raporda kadınların akne ilacı Accutane’ı kullanırken hamile kaldıklarını, ancak ilacın ciddi doğum kusurlarına yol açabileceğini ve bunun ilacın ambalajında da belirtildiğini söylüyor. Rapora göre kadınlar bu uyarıyı tam olarak anlayamıyor.
Yeni araştırmalara göre, gebeliğin ilk üç ayında, idrar yolu enfeksiyonları görülür ve tedavi edilmezse bebeklerde zihinsel gerilik riski %40 artmakta, düşük riski iki katına çıkmaktadır. Bu enfeksiyonlar bütün gebeliklerin 5%-7%’sinde görülür. Ancak, araştırmalar, belirtilerin (idrar esnasında yanma hissi ve/veya sık sık idrara çıkma gereksinimi) ilk birkaç gününde antibiyotik tedavisi alan kadınların bebeklerinde zarar görme riskinde artış olmadığını da ortaya koymaktadır.
Aspirin gibi reçetesiz ilaçlar, gebeliğin ilk yarısında alındığında, bebeklerin ortalama IQ’lerinde gerilemeye yol açmaktadır. Tavuklarda Valium ilacının etkileri üzerindeki bir araştırma, yavrularında kas-hücre gelişimini gerilettiğini belirterek ve insan gebeliğinde aynı riski yaratabileceğini ortaya koyar.
Böcek öldürücüler, kurşun gibi çevresel faktörler ve ebeveynin giysisine bulaşarak eve getirilen kimyasallar gebelik esnasında bir bebeği olumsuz etkileyebilir. Annenin X-ışınlarına maruz kalması ve babanın gebelikten önce X-ışınına maruz kalması zararlıdır.