MİT, rüzgâr santrallerinin elektronik sistemleri etkilediği gerekçesiyle yatırımdan önce kendi görüşünün de alınması için Enerji Bakanlığı'na başvurmuştu. MİT'in talebini incelemeye alan Bakanlık, ortak protokol hazırladı. Hazırlanan protokol Enerji Bakanlığı, EPDK, MİT ve TÜBİTAK'ın imzasıyla yürürlüğe girdi. Zaman, söz konusu protokol hazırlığını 18 Haziran 2012 tarihinde kamuoyuna duyurmuştu. Yeni protokolle EPDK, lisans başvurularını TÜBİTAK'a gönderecek. TÜBİTAK da MİT-Genelkurmay'ın görüşüne göre EPDK'yı bilgilendirecek ve lisans süreci olumlu veya olumsuz sonuçlanacak. Enerji yönetiminden bir kaynak şunları söyledi: "Artık rüzgâr enerjisinin önündeki engeller kaldırıldı. MİT kendisi ile ilgili görüş beyan edecek. Çok az da olsa analiz sonucuna göre türbinlerde koordinat değişikliğine ihtiyaç duyulabilir. Ama yatırımla ilgili süreç netleşmiş oldu."
Rüzgâr enerjisi yatırımında izin sürecinin uzaması yatırımcıları hasta ediyor. RESYAD Başkanı Selahattin Baysal, yatırım sürecinin uzamasını yabancı yatırımcı ve finansörlere anlatmakta zorluk çektiklerini söyledi. Baysal'a göre EPDK, Bakanlık, TÜBİTAK (4 kuvvet komutanlığına soruyor) ve şimdi de MİT'e sorulacak olması lisans sürecini uzatacak. Baysal şunları kaydetti: "1 Kasım 2007'de lisans başvurusu yapıldı. Şimdi şundan izin al, bundan da al. Son olarak da MİT. Zaten süreç hızlı yürümüyor, şimdi daha da uzayacak. Oysa yapılacak iş, lisans şartlarının önceden belirlenmesi. Devlet kuralları koyar, ona göre izin alınır. Ama uygulamada tam tersi oluyor."