Bütün sistemdeki en zengin madenlerin kontrolünü elinde tutan Morialı kolonistler, yeni kurulan Konfederasyonun işlerine burnunu sokacağından endişeliydiler. Önlem olarak Kel-Moria Birliği’ni kuran ve Konfederasyonla çıkar çatışması yaşayan bütün loncaları koruması altına alan Morialılar, böylece Terran Konfederasyonuyla olan gerginliğin büyümesine sebep oldu.Kel-Moria madenlerine istihbarat birimleri yollayıp gözlem yaptıran ve sudan sebepler yaratmaya çalışıp durumu düzeltmek adına madenlere saldıran Konfederasyon da Moria’nın zenginliklerinde gözü olduğunu açıkça belli etmiş oldu.
2485’te, Terran Konfederasyonu Onuru Sigma’da bulunan Noranda Buzulu vespene rafinerisinde Kel-Moria Birliği’yle yüzleşti. Kel-Morialıların bir işler peşinde olduğuna inanan Konfederasyon, Yüzbaşı Edmund Duke tarafından yönetilen Alfa Birliği’ni ve Yüzbaşı Arcturus Mengsk tarafından yönetilen 33. Piyade Saldırı Birimi’ni bölgeye gönderdi. Ancak Konfederasyon güçleri rafineride pusuya düşürüldü. Yüzbaşı Duke, kendi biriminden pervasız davranan birçok askeri kaybetti. Bu sırada Yüzbaşı Mengsk ise Wraith hava desteği çağırmakla meşguldü. Destek için gelen Wraith’ler vespene dolu bir kamyona saldırınca bütün tesis havaya uçtu, ancak Mengsk’in biriminin eskort ettiği Alfa Birliği bu sayede tamamen yok olmaktan kurtulmuş oldu. Noranda Buzulu Muharebesi olarak bilinen bu olay, aynı zamanda Lonca Savaşları’nın da ilk cephesi olarak anılır.
Savaşın başlamasıyla Sonyan gezegenine çekilen 33. Piyade Saldırı Birimi, Güney Kreen Madenleri’nde Kel-Moria Birliği’ne karşı kılpayı bir zafer kazandı. Konfederasyon Üsteğmeni Horace Warfield, Kel-Moria sığınaklarından birine yapılan saldırıyı başarıyla yönetip bu sırada omzuna aldığı üç mermi yarasına rağmen bölgeyi kazanmayı başarınca iyice ön plana çıktı. Bu başarılarından sonra derhal Yüzbaşı Arcturus Mengsk’in hemen altına Üsteğmen olarak atandı.
Lonca Savaşlarının patlak vermesinden sadece bir sene sonra, Konfederasyon sınır dünyalarındaki Zerg istilalarının ilk izlerini görmeye başladı. O sırada zaten bir cephede savaşmakta olan Konfederasyon, daha fazla sorun yaratmasını önlemek ve bu uzaylı ırkın varlığını gizlemek adına genetik olarak üzerinde oynanmış bir vebayla bu gezegenlerdeki bütün nüfusu ortadan kaldırdı.
2487 yılının sonlarına doğru, Koprulu Sektöründeki beş bölgeden üçünde Konfederasyon ve Kel-Moria Birliği mücadelesi yaşanmaktaydı. Bariz silah ve askeri üstünlüğe sahip olan Konfederasyon, gerilla taktikleriyle kendilerini yıpratmayı başaran Kel-Moria Birliği’ne karşı koyabilmek için kemer sıkmaya başladı. Vergiler yükselip, kaynaklar tükenmeye başlarken, ordunun askere alma politikası da daha agresif bir hale geldi. 2488 yılında Lonca Savaşları bir kez daha kızıştı. Oldukça büyük bir Kel-Moria grubu, Turaxis II gezegenindeki Konfederasyon silahlı üssü Howe Hisarı’na bir muazzam bir baskın düzenledi. Üsse kuzeyden saldıran çok sayıdaki Kel-Morialı, akademiden daha yeni mezun olmuş bir piyade konvoyunu Topçuüssü Zulu yakınlarında fena halde sıkıştırmayı başardı. Konvoya ait iki araç Topçuüssü Zulu’ya doğru devam ederken, iki piyade grubu ise yaya olarak konvoyu korumakla görevlendirildi. Konvoyları koruma görevi sırasında grubu yöneterek üstün başarı gösteren Er Jim Raynor, Onbaşı rütbesiyle ödüllendirildi. Howe Hisarı’nı almak için ilk girişimleri başarısız olan Kel-Moria’lılar geri püskürtüldü, ancak bu püskürtme çabası aynı zamanda kalenin boş kalmasına sebep oldu. Bunu fırsat bilen Konfederasyon Yarbayı Javier Vanderspool, Kel-Moria Çavuşu Aaron Pax’a ağzına kadar Konfederasyon askeri materyaliyle dolu iki kamyonu çalmayı ve ganimeti bölüşmeyi teklif etti. Plan basitti: Pax, zaten neredeyse boşaltılmış olan Howe Hisarı’na ufak bir saldırı timini yönlendirecekti. Vanderspool’un adamlarıysa saldırı sırasında buldukları bir boşluktan iki kamyonu kaçıracaktı. Bütün bu olayın suçu da Kel-Moria saldırısına kalacağı için Vanderspool bu olaydan rahatlıkla sıyrılabilecekti. Ancak işler tam olarak beklendiği gibi gitmedi. Bunu altın bir fırsat olarak gören Kel-Moria kumandanı Scaggs, sürpriz bir saldırıyla kalenin doğusundan saldırarak Kel-Moria gemilerine iniş sahası yaratmayı ve birliklerini kalenin içine indirmeyi planlayarak iki ayrı takımla Howe Hisarı’na saldırdı.
Çavuş Tychus Findlay ve emrindeki ufak birlik, saldırının haberini alır almaz Onbaşı Jim Raynor’ın tavsiyesiyle Kel-Morialıların saldırması en muhtemelen olan cephaneliğe doğru ilerledi. Yolda iniş sahası yaratmaya çalışan Kel-Morialılarla karşılaşan grup, ufak bir çatışmanın ardından galip gelerek Kel-Morialıların planını engelledi. Aynı zamanda çalınan malların da farkına varan grup, hızlı davranarak materyallerin yüklendiği iki kamyonu da ele geçirdi. Ancak Çavuş Findlay, kamyonları geri götürmek yerine kendisi el koymaya karar verdi ve Raynor’la birlikte kamyonları Whitford kasabasına doğru kaçırmaya karar verdiler.
Vanderspool, bu “zaferi” için Albay rütbesine terfi ettirildi ve (her ne kadar kendisinden şüphelense de) daha az değerli materyallerin olduğu kamyonla birliğine geri dönen Findlay’i sağ kolu yaptı. Ancak Kel-Morialı Aaron Pax bu “çalınma” hikâyesine inanmayarak Vanderspool’un kendisine ihanet ettiğine inandı. Böylece Kel-Moria Birliği Howe Hisarı Savaşı’ndan tamamen eli boş ve yenilmiş olarak dönmek durumunda kaldı.
Howe Hisarı’ndaki savaşın dışında başka gezegenlerde de Kel-Moria Birliği ve Konfederasyon çatışmaları devam etmekteydi. Örneğin sektörün en zengin hammadde yataklarından birine sahip olan Char, hem Konfederasyon hem de Kel-Morialılar tarafından göz konulmuş gezegenlerden biriydi. Hatta Konfederasyon, Char’ı “ana koloni dünyalarından” birisi olarak tanımlıyordu. İki taraf arasındaki çatışmalar o kadar şiddetliydi ki, nükleer silahların da kullanılmasıyla birlikte gezegenin yüzeyinde uykuda bulunan yanardağlar aktif hale geçerek yaşanamaz hale getirdi. Benzer şekilde Dylar IV gezegeninde Kel-Moria özel operasyon timi bir Konfederasyon üssüne başarılı bir baskında bulunarak yedi piyadeyi öldürüp, bir tanesi çok ağır olmak üzere dört piyadeyi de yaralamayı başardılar. Raydin III’teki savaşta ise savaş alanından galip ayrılan Konfederasyondu. İrili ufaklı bir ton çatışma yaşanırken, Vanderspool’un kurduğu “Özel Taktik ve Görev Müfrezesi” Kel-Moria esir kamplarına saldırılar düzenleyerek esir alınan Konferderasyon askerlerini kurtarmaktaydı. Daha sonraları “Cennetin Şeytanları” (Heaven’s Devils) olarak anılmaya başlanan grupta ilk bölüğünde Tychus Findlay ve Jim Raynor yer alıyordu.
En nihayetinde, daha savaş resmi olarak bitmeden Konfederasyon zaferi zaten belli olmuştu. Nisan 2489’da Konfederasyon temsilcileri Kel-Moria Birliği’yle Ateşkes Antlaşması yapmaya razı oldular. Bu antlaşma sonucunda Moria bağımsız kalmaya devam etti, ancak Moria’yı destekleyen loncalar Konfederasyona katıldı. Konfederasyonun yaptıklarıyla şoka uğrayan Umoja ise Umoja Protektora’sını kurarak “Konfederasyon tiranlığından” uzak kalmayı tercih etti. Lonca Savaşları’nın bitişiyle, Konfederasyon güçleri Terran sektöründeki dominant güç olduğunu kanıtlamış oldu.