Mustafa Şekip, Batı felsefesinde pozitivizm eleştirileri için önemli bir dönüm noktası sayılan I. Dünya Savaşı yıllarında Cenevre Üniversitesi’nde psikoloji öğrenimi gördü; pozitivizme yönelik eleştiriler onun entelektüel hayatını şekillendiren en önemli etkenlerden biri oldu.
İstanbul’da doğdu. 1905’te Vefa İdâdîsi’nden mezun oldu. Mülkiye Mektebi talebesiyken Fransızca öğrenmeye yoğunlaştı. Bu çabası onun psikoloji ve felsefeye yönelmesini etkiledi. II. Meşrutiyet’in ilân edildiği dönemde Mülkiye’yi bitirdi. Kısa bir süre sonra kişisel eğilimleri açısından daha verimli olacağını düşündüğü eğitimcilik mesleğine yöneldi; hayatını pedagoji, psikoloji ve felsefe alanlarına adadı. Eğitimcilik yönünde yaptığı bu seçim onun siyasal görüşlerini de biçimlendirdi. Dönemin radikal toplumsal değişim yanlısı görüşlerine karşı, toplumsal değişimin zorlama yollarla değil zaman içinde pedagojik yöntemlerle halkın seviyesinin yavaş yavaş yükseltilmesine dayanan bir politikayla gerçekleştirilmesi gerektiği düşüncesini benimsedi. Mustafa Şekip’in düşüncesinin bu yönde gelişmesinde Henry Bergson, William James ve Sigmund Freud’ün önemli bir yeri vardır. Toplumsal değişimde geçmişin önemi ve şimdiki zaman üzerindeki etkisi, politikada hayata rasyonalist gerçekleri dayatmak yerine terbiyeye önem verilmesi, toplumsal değişimi yaratıcı gelişmenin serbest yaşam hamlelerine bırakmak ve eğitimin salt zekâya dayandırılmasına dair bilinç felsefesi aksiyomlarını şüpheyle karşılayarak bilince de yer açmak gerektiği yönündeki başlıca görüşler onun düşüncesini biçimlendirdi.