Bonsai ağacı fiyatları dükkandan dükkana ve ülkeden ülkeye değişme eğilimindedir. Ucuz ağaçlar (yaklaşık 100 tl) dünyanın her yerindeki bahçe merkezlerinde mevcuttur, ancak daha kaliteli ağaçların mevcudiyeti çok daha sınırlıdır. Ve en yüksek kalitedeki ağaçlar (genellikle Japonya’da nesiller boyu tutulan çok yaşlı ağaçlar) çok nadirdir.
Sıkı ithalat kısıtlamaları ile bu kaliteli ağaçların Japonya’dan ABD ve Avrupa’ya akışı sınırlıdır. Çoğu ağaç türünün çıplak köklenmesi ve aylarca (hatta yıllarca) karantinaya alınması gerekir. Çıplak köklenme yaşlı ağaçlar için yüksek bir risktir, sadece birkaç ağaç türü buna dayanabilir. Basit ekonomi; sınırlı kullanılabilirlik ile fiyatlar artar.