Godzilla ve Kong: Yeni İmparatorluk, hem kendilerinin hem de insanlığın varlığını tehdit eden devasa bir tehlikeye karşı güçlerini birleştirip birlikte savaşmak zorunda kalan Kong ve Godzilla’nın hikayesini konu ediyor. Kudretli Kong ve korkunç Godzilla bilinmeyen bir tehlike ile karşı karşıyadır. Dünyada gizlenmiş, hem kendi türlerinin hem de insanlığın varlığını tehdit eden ölümcül bir tehlikeye karşı güçlerini birleştiren Kong ve Godzilla, kendilerini zorlu bir savaşın içerisinde bulur.