Mutasyonlar bazen sadece hücre bölünmesi sırasında ikiye bölünme için genetik materyalin (DNA) replikasını yaparken yanlışlıkla birkaç nükleotid (A,C,G,T) eksik feya fazla veya yanlış bağlanmasıyla da oluşabiliyor. Bunu engellemek için DNA Polimeraz enzimi yapılan eşleşmeleri mekanik olaral kontrol eder ama buna rağmen yine de yanlışlıklar olabilir. Ya da DNA parçasının ters bağlandığı, aynı parçanın iki kere uç uca bağlandığı da oluyor. Bu da bölünmeden sonra hücrelerden birinin mutasyonlu kalmasına sebep olur. Bu mutasyonun matematiğini anlamak için linkteki makaleyi okumakra fayda var.
Verdiğiniz örneğe gelince: akciğerler solungaçtan evrimleşmemiş. Solungaçı çevreleyen bir doku/katman zamanla kese şeklini alıp bazılarında akciğere, bazılarında yüzme keselerine dönüşmüş. Solungaçlar insanlarda gırtlak, kulak kemikleri gibi organlara dönüşmüş.