III. Mustafa eline saltanat üyelerinin kanı bulaşmadı. O yolu tercih etmedi ama Sadrazam Köse Bahir Mustafa Paşa fazla servet sahibi olması nedeni ile Midilli'ye sürgün edildi. Midilli'ye gittikten birkaç gün sonra başı kesilmek suretiyle öldürüldü ve kesik başı İstanbul'a getirilerek teşhir edildiği gibi malına, mülküne, para ve altınlarına el konuldu. Yağlıkçızade Hacı Mehmet Emin Paşa Serdar-ı Ekrem iken azledildi. Sürüldüğü Dimetoka'ya giderken uğradığı Edirne'de başı kesilmek suretiyle öldürüldü. Devletin baş tercümanı Bogdan prensi Kalimakimade kafası kesilerek idam edildi. III. Mustafa eceli ile ölen Padişahlardan biridir.