Overview
Burada, yüzme gibi güçlü hareket sırasında ortaya çıkan C. eleganların davranışsal bir fenotipi olan SWIP'yi ölçmek için bir test sunuyoruz. Örnek protokolde hem el ile hem de otomatik çözümleme yaklaşımları ele alınmıştır.
Protocol
Aşağıdaki protokol, Caenorhabditis elegans, J. Vis. Exp. (2019)'da Dopamin Sinyallerini Değerlendirmek için Kudumala ve ark.
SWIP
NOT: AMPH ile tedavi edilen vahşi tip solucanlarda SWIP'yi değerlendirmenin manuel yöntemini açıklıyoruz. Ayrıca, daha önce Hardaway ve arkadaşları tarafından açıklanan otomatik bir solucan izleyicisi ve bir izleme yazılımı kullanarak solucanların izlenmesini ve solucan kinetiğinin daha fazla analizini kısaca tartışıyoruz.
-
SWIP için test etmek için manuel yöntem
- Aliquot 40 μL 200 mOsm/L sakkaroz çözeltisi ile veya 0.5 mM AMPH olmadan cam spot plaka içine. Stereoskop altında, kirpik veya platin ile 8-10 geç L4 aşaması solucanı seçin ve solucanlar kazmadan uzaklaşıp çözeltiye yüzene kadar çözeltiyi içeren plakaya batırın. Kuyuya toplanan solucanların sayısına dikkat edin, zamanlayıcıyı başlatın, her dakika işarette SWIP sergileyen solucanların sayısını gözlemleyin ve kaydedin.
- Ham verileri bir elektronik tabloya kopyalayın ve her dakika felç olan solucan sayısını test boyunca test edilen toplam solucan sayısına bölerek felç olan solucanların yüzdesini hesaplayın ve 100 ile çarpın. Yüzde değerlerini herhangi bir grafik ve istatistiksel yazılıma kopyalayın ve XY grafik biçimini kullanarak verileri Y ekseninde yüzde değerleri ve X ekseninde zaman ile çizin.
- Kontrol, AMPH grupları ve tedavi süresi arasında istatistiksel önemi test etmek için iki yönlü ANOVA ve ardından post-hoc analizi (örneğin, Bonferroni post-test) gerçekleştirin.
-
SWIP'nin otomatik analizi
- Aynı anda tek bir solucan üzerinde otomatik analiz gerçekleştirin. Kamera, solucan izleyici yazılımı ve izleme yazılımı analizini çalıştırmak için komut dosyası kurma protokolü Hardaway ve ark.
- Kısaca, bölüm 1.1.2'deki manuel yöntemde açıklandığı gibi, kirpik çekme kullanarak bir cam spot plakaya tek bir geç L4 aşaması hermafrodit yerleştirin. O sırada bir solucanın yüzme videolarını kaydedin ve vücut bükülmelerinin sıklığını hesaplamak için solucan izleyici yazılımını kullanın.
- Solucan kırbaçlama frekansı elde etmek ve solucan kırbaçlama verilerinden ısı haritaları oluşturmak için izleme yazılımı ile sağlanan komut dosyasını izleyin.
Materials
|Name||Company||Catalog Number||Comments|
|Amphetamine||Sigma||51-63-8|
|Depression glass spot plate||Corning||Corning, Inc. 722085|
|Eye lash|
|Graphing and statistical software||Prism||Graphpad 5|
|Osmometer||Advanced Instruments, Inc||Model 3320|
|Spreadsheet||MS office||Microsoft Excel|
|Stereo Microscope||Zeiss||Model tlb3. 1 stemi2000|
|Sucrose||Sigma-Aldrich||RB=S5016|
|Superglue||Loctite||1647358 .14 oz.|
|SwimR sofware||10.18129/B9.bioc.SwimR|
|Tracker 2||Worm Tracker 2.0||www.mrc-lmb.cam.ac.uk/wormtracker/|
|Video recording software||Virtualdub||http://www.virtualdub.org/|