Koloniler, milyonlarca bireysel bakterilerden oluşan, bir ebeveynden geldikleri için genetik olarak birbirlerine benzeyen hücreler topluluğudur. Milyonlarca hücre, petri kabında veya başka medyumda birleşerek görsel olarak koloniler adını verdiğimiz renkli veya renksiz yapıları oluşturur.
Bir medyumda oluşan bu yapılar çıkıntılı, girintili veya daha başka formlarda olabilir. Aşağıda eklemiş olduğum resimdeki gibi farklı şekilde birbirine tutunmuş hücrelerden oluşan kolonileri görebilirsiniz. Kolonilerin boyutları bunları oluşturan hücreler bağlıdır. Yapıların yüzeyleri sert, yumuşak veya bu iki arasındaki bir yapıda olabilir.
Bakterilerin ve mantarların tanımlanmasında bir medya veya petri kabında nasıl olarak üretildiklerini önemi verilir. Bu şekilde , agar plakasında üreyen bakterilerin karakteristik özellikleri gözlemlenmiş olur. Bu yöntem koloni morfolojisi olarak da tanımlanır. Koloni morfolojisini ilk başta tespit etmek önemli değildir, ancak bakteriyi tanımlamak için çok değerlidir. Kolonilerin özelliklerin, bakterilerin kimliklerinin belirlenmesinde yardımcı olabilir. Farklı bakteri türleri farklı renklerde olabilir.