Sondaj kuyusundan çıkarılan su çamurlu olarak geliyorsa, suyun debisi düşmüşse, su kumlu ve çakıllı olarak geliysa artık sondaj kuyusunun temizlenmesi gerekmektedir. Sondaj kuyularında çamurlu su gelmesinde kuyunun içine yüksek debili su basıncı verilerek kuyu duvarları yıkanır. Bu işlem kuyunun içindeki çamur, toz, kum gibi atıkların yukarıya doğru filtre edilmesi prensibi ile çalışır. Kuyudan gelen su berraklaşana ve verimi yükselene kadar işleme devam edilir. Sondaj kuyuları, kuyununun durumuna göre 1-2 yılda bir yapılması gerekir.