İlk abluka sırasında Valorum, Federasyon'la müzakere etmeleri için Qui-Gon Jinn ve Obi-Wan Kenobi adlı iki Jedi gönderdi. Fakat Sidious, Federasyon'un Jedi'ları öldürmesini ve kuvvetlerini Naboo'ya sevk etmesini emretti. Jedi'lar kaçtılar ve KraliçePadmé Amidala'yı Federasyon'dan kurtardılar. Ablukadan kaçarken gemileri hasar gördüğü için yolculuk sırasında, Hutt Klanı tarafından kontrol edilen Tatooinegezegenine sığınmak zorunda kaldılar. Orada Jinn, kaderinde Güç'e denge getireceği yazılı olan Seçilmiş Kişi olduğuna inandığı çocuk köle Anakin Skywalker ile karşılaştı.
Hasarlı gemilerini onardıktan sonra grup, Cumhuriyet başkenti Coruscant'a gitti. Amidala başkentte Galaktik Senato önünde yardım diledi. Fakat Cumhuriyet'in bürokrasisi Amidala'ya yardım edemez durumdaydı. Bu yüzden Amidala, Şansölye Valorum için güvensizlik oyu talep etti ve Cumhuriyet'i Palpatine'in en gözde aday olduğu bir Şansölye seçimine götürdü. Coruscant'ta yardım bulamayacağını anlayan Amidala, Jedi'larla beraber Naboo'ya döndü ve Federasyon'u kendi başına yenmeyi planladı.
Naboo'ya varınca Amidala, Naboo'nun okyanuslarında yaşayan yerli tür Gunganlar ile buluştu ve onlarla bir ittifak kurdu. Böylece Gunganlar da Federasyon'a karşı savaşmayı kabul etti. Nihai savaşta Gunganlar bir oyalama hamlesi olarak Federasyon ordusuyla savaştı, bir yıldız savaşçısı filosu yörüngedeki droid kontrol gemisine saldırdı, Amidala ve Jedi'lar ise Federasyon genel valisi Nute Gunray'i yakalamak amacıyla kraliyet sarayına sızdı. Savaşın sonunda Skywalker Federasyon kontrol gemisini yok etmiş, Gunganlar savaş meydanından zaferle ayrılmış, Gunray yakalanmış, ve Jinn savaş sırasında hayatını kaybetse de Sith Lordu Darth Maul yenilmişti.
Naboo Krizi, nihayetinde Palpatine'in hedeflerine ulaşmasını sağladı. Yüksek bir sempati oyuyla Palpatine Yüce Şansölye seçildi. Sonraki on yıl boyunca da, Cumhuriyet'i tamamen ele geçirip Jedi'ları yok etme planlarını ilerletti. Klon Savaşları'nı başlattı ve bu sayede Galaktik İmparatorluk'u kurup Jedi Düzeni'ni yıkmayı başardı.