M.Ö. 400 ile M.S. 106 yılları arasında Nebatiler'e başkentlik yapmıştır. Roma İmparatorluğu tarafından işgal edilene kadar başkent olarak varlığını sürdürmüştür. M.S. 400 yıllarından sonra deprem ve ekonomik sıkıntılardan dolayı kent gözden düşmüş ve zaman içinde unutulmuştur. Petra'nın ilk yapın amacı tarihçiler tarafından bulunamamıştı. Ancak yapılan son araştırmalarda Petra'nın altında gizli gömülü bir bölüm olduğu ve bu bölümün kral mezarları olduğu araştırmalar sonucunda kesinleşmiştir.