Crossing-over yalnızca X kromozomuna özgü bir durum değildir. Mayoz bölünme sırasında eşleşen homolog kromozomlar arasında meydana gelebilir. Eğer erkeklerde XY bulunmasından dolayı, X ve Y kromozomları arasında nasıl crossing-over meydana geldiğini soruyorsanız; Y kromozomu üzerinde PAR olarak adlandırılan Pseudoautosomal Region adı verilen bölgeler bulunmakta ve bu bölgeler mayoz esnasında X kromozomunda denk gelen bölgelerle eşleşerek crossing-over olayının meydana gelmesini sağlamaktadırlar.