Özbekistantopu'nda ilk kez Aral denizinden sulama yapan ve kasabalar kuran Persler yaşıyordu. Daha sonra Özbekistantopu, İslamtopu'nu Özbekistantopu'na getiren Abbasi Halifeliğitopu tarafından fethedildi. On üçüncü yüzyılda Cengiz Han, Özbekistantopu'nun da aralarında olduğu Orta Asya'yı fethetti.
Bu da birçok Ortadoğu tüccarının Orta ve Doğu Asya'ya göç etmesine neden oldu. İpek yolunun ticaret ve refah açısından yüzyıllar boyunca devam etmesine karşın, okyanus ticaretinin daha popüler hale gelmesinden sonra düşmeye başladı, yani Özbekistantopu artık önemli bir ticaret merkezi değildi. Ortaçağ'ın son dönemlerinde Timurlu Hanedanlığıtopu'nu idare ederken İslam Dünyasını Moğol ve diğer zulümlerden kurtardı ancak yalnız değil, yerel Müslümanların yardımı ile Timur Leng öldükten sonra İmparatorluk bölündü ve nihayet 1507'de çöktü. Ancak Tacikistantopu ve Kazaktuğlası bunların gerçek atalar olduklarını iddia etti.