Ligde 26. hafta sonunda attığı 27 gol ile gol krallığında açık ara önde bulunan Burak Yılmaz, PSV Eindhoven karşısında gol atması halinde Avrupa Kupaları'nda bordo-mavili takım forması altında ilk golünü kaydedecek.
Burak, ligdeki başarısına karşın Avrupa Kupaları'nda şanssız bir sezon geçirdi. UEFA Avrupa Ligi'ndeki Athletic Bilbao maçının 6. dakikasında kırmızı kart görüp 3 maç ceza alan bordo-mavili futbolcu, Avrupa'da çıktığı 6 maçta gol kaydedemedi.
Burak Yılmaz, ilk olarak UEFA Avrupa Şampiyonlar Ligi 3. ön eleme turunda Benfica ile yapılan iki karşılaşmada da gol atamadı.
Daha sonra UEFA Avrupa Ligi'nde Athletic Bilbao ile yapılan maçın 6. dakikasında rakibine yaptığı faul sonrası kırmızı kart ile cezalandırılan ve 3 maç ceza alan bordo-mavili futbolcu, cezasının bitmesinin ardından tekrar UEFA Avrupa Şampiyonlar Ligi'ne alınan Trabzonspor'da, Inter, Lille ve CSKA Moskova maçlarında oynadı ancak gol atma başarısı gösteremedi.