Bu sefer de ustaca kılıç kullanan Türk kuvvetleriyle eşit duruma düşüp büyük çoğunluğu yok oldu. Türk Soyundan gelen Uzlar, Peçenekler ve Kıpçaklar; Afşin Bey, Artuk Bey,Kutalmışoğlu Süleyman Şah gibi Selçuklu komutanları tarafından verilen Türkçe emirlerden etkilenen bu süvari birlikleri de soydaşlarının yanına katılınca Bizans ordusu süvari gücünün önemli bir kısmını kaybetti. Sivas'ta soydaşlarına yaptıklarının acısını çıkartmak isteyen Ermeni askerleri herşeylerini bırakıp savaş alanından kaçınca Bizans ordusu için durumun vahameti arttı. Ordusunun dağıldığını ve komuta etme olanağının kalmadığını gören Romen Diyojen yakın birlikleriyle kaçmaya kalktıysa da artık bunun imkânsız olduğunu gördü. Sonuçta tam bir bozgun havasına giren Bizans ordusunun büyük bölümü akşam hava kararıncaya kadar yok edildi. Kaçamayıp sağ kalanlar teslim oldular. En sonuna kadar mertçe savaşan imparator omzundan yaralı olarak ele geçirildi. Tüm dünya tarihi için büyük bir dönüm noktası niteliğinde olan bu savaş zafer kazanan komutan Alp Arslan'ın yenik İmparator IV. Romen Diyojen'le antlaşma yapmasıyla son buldu. İmparatoru bağışlayan ve ona iyi davranan Sultan antlaşmaya göre İmparatoru serbest bıraktı. Antlaşmaya göre imparator kendi fidyesi için 1.500.000 dinar, vergi olarak da her yıl 360.000 dinar ödeyecek1 ayrıca Antakya, Urfa, Ahlat ve Malazgirt'i de Selçukluya bırakacaktı. Tokat'a kadar kendisine verilen Türk birliği eşliğinde Konstantinopolis'e doğru yola çıkan imparator Tokat'ta toplayabildiği 200.000 kadar dinarı kendisiyle birlikte gelen Türk birliğine verip Sultan'a doğru yola çıkardı. Tahta kendi yerine VII. Mikhail Dukas'ın çıktığını öğrendi. Romen Diyojen ise geri dönmekte iken Anadolu'ya dağılmış ordunun kalanlarından derme çatma bir ordu düzenlemiş ve kendisini tahttan indirenlerin ordularına karşı iki çatışma yapmıştır. Her iki muharebede yenilerek Kilikya'da bir küçük bir kaleye çekildi. Orada teslim oldu; keşiş yapıldı; katır üzerinde Anadolu'dan geçirildi; gözlerine mil çekildi; Proti (Kinalıada)'daki manastıra kapatıldı ve orada birkaç gün içinde yaraları ve enfeksiyon nedeni ile öldü.
Romanos Diogenes'in Esareti
İmparator IV. Romanos(Romen Diyojen) Alp Arslan'ın huzuruna çıkarılınca, Alp Arslan ile aralarında şu dialog gerçekleşmiştir: Alp Arslan: "Eğer ben senin önüne esir olarak getirilseydim ne yapardın?" Romanos: "Ya öldürürdüm, ya da zincire vurup Konstantinopolis sokaklarında gezdirtirdim." Alp Arslan: "Benim vereceğim ceza çok daha ağır. Seni affediyorum, ve serbest bırakıyorum." Alp Arslan ona makul bir naziklikle muamele etti ve ona savaştan önce de yaptığı gibi barış antlaşması önerdi. Romanos bir hafta boyunca Sultan'ın esiri olarak kaldı. Cezası sırasında, Sultan şu diyarların teslim olması karşılığında Romanos'a Sultan'ın masasında yemek yemek izni verdi: Antakya, Urfa, Hierapolis (Pamukkale yakınlarında bir kent) ve Malazgirt.5 Bu antlaşma hayatî önem taşıyan Anadolu'yu sağlama alacaktı. Alp Arslan Romanos'un hürriyeti için 1.5 milyon altın istedi, fakat Bizans bir mektupla bunun çok fazla olduğunu belirtti. Sultan da 1.5 milyon istemek yerine her yıl toplam 360.000 altın isteyerek kısa-vadeli harcamalarını kesmiş oldu.5 Sonunda, Alp Arslan Romanos'un kızlarından birisiyle evlendi. Sonra Sultan Romanos'a bir sürü hediyeler verdi ve Konstantinopolis yolunda onun yanına eskort olarak iki komutan ve yüz adet Memlük askeri verdi. İmparator planlarını yeniden kurmaya başladıktan sonra, otoritesinin sarsılmış olduğunu gördü. Özel muhafızlarına zam vermesine karşın Doukas ailesine karşı savaşlarında üç kez yenildi ve tahttan indirilip, gözleri çıkartılıp Proti adasına sürüldü; az bir vakit sonra gözleri kör edilirken bulaşan bir enfeksiyon sonucu öldü. Romanos savunmak için çok çaba sarf ettiği Anadolu'ya son ayak bastığında yüzü yara bere içindeyken eşeğe bindilip gezdirilmişti.5
Sonuç
VII. Mikhail Dukas, Romanos Diyojen'in imzaladığı antlaşmanın geçersiz olduğunu ilan etti. Bunu haber alan Alparslan da ordusuna ve Türk Beylerine Anadolu'nun fethi emrini verdi. Bu emir doğrultusunda Türkler Anadolu'yu fethe başladılar. Bu saldırılarda sonu Haçlı Seferleri ve Osmanlı İmparatorluğu'na varacak bir tarihi süreci başlamıştır. Bu savaş, Anadolu'nun Türklerin eline geçmesi için, savaşçı olan Türklerin, eski Cihad Akınlarını tekrar başlatacağını gösteriyordu. Abbasiler döneminde biten bu akınlar, Avrupayı İslam tehdidinden kurtarmıştı. Ancak Anadolu'yu ele geçiren ve Hıristiyan Avrupa ile Müslüman Ortadoğu arasında tampon bölge oluşturan Bizans devletinin çok büyük bir güç ve toprak kaybına neden olan Türkler, aradaki bu bölgeyi ele geçirerek Avrupa'ya başlayacak yeni akınların habercisi oluyordu. Ayrıca İslam dünyasında büyük bir birlik sağlamış olan Türkler bu birlikteliği Hıristiyan Avrupa'ya karşı kullanacaktı. Bütün İslam dünyasının Türklerin önderliğinde Avrupa'ya akın başlatmalarını önceden gören Papa, önlem olarak Haçlı seferlerini başlatacak ve bu da kısmi olarak işe yarayacaktı. Ancak yine de Türklerin Avrupa'ya yaptığı akınları durduramayacaktı. Malazgirt savaşı, Türklere Anadolunun kapılarını açan savaş olarak bilinir.