1993'te RP'nin dışişlerinden sorumlu Genel Başkan Yardımcılığı görevine seçildi. Bu süre içinde Avrupa ve Amerika'daki birçok kuruluşta yaptığı konuşmalarla, partisinin görüşlerini aktardı. 1995'te yapılan genel seçimlerde, ikinci kez RP Kayseri Milletvekili seçildi.
1991?1995 tarihleri arasında TBMM Plan ve Bütçe Komisyonu Üyeliği yaptı. 1995 yılında TBMM Dışişleri Komisyonu Üyeliği'ne seçildi. Necmettin Erbakan'ın başkanlığında kurulan RP?DYP koalisyon hükümetinde (54. Hükümet), Devlet Bakanlığı ve Hükümet Sözcülüğü görevlerinde bulundu.Gül, RP'nin kapatılmasının ardından girdiği FP'de Genel Başkan Yardımcısı olarak görev aldı.
Yenilikçilerin genel
başkan adayı
18 Nisan 1999'da yapılan 21. Dönem Milletvekilliği Genel Seçimi`nde FP Kayseri Milletvekili olarak 3. kez parlamentoya giren Abdullah Gül, seçimden yaklaşık 1 yıl 1 ay sonra yapılan kurultayda, Recep Tayyip Erdoğan'ın da desteğini alarak partisinin genel başkanlığına adaylığını koydu. Gül, kongre öncesinde yaptığı açıklamalarda, "emanetçi" ve "icazetçi" olmayacağını, yetki ve sorumluluk alarak iş yapacak genel başkan olacağını ilan etti.
14 Mayıs 2000 tarihinde yapılan FP 1. Olağan Kongresi'nde 521 oy alarak Recai Kutan'ın (633) gerisinde kaldı. Kongre sonuçları, siyasi çevrelerce, "parti tabanının Yenilikçi olarak adlandırılan kanadı geniş ölçüde desteklediği, ancak partinin henüz bir yönetim değişikliğine hazır olmadığı" şeklinde yorumlandı.
Abdullah Gül, FP'nin Anayasa Mahkemesi'nce kapatılması sonrasında 14 Ağustos 2001 tarihinde kurulan AK Parti'nin kurucuları arasında yeraldı ve Genel Başkan Yardımcılığı görevini üstlendi.
3 Kasım 2002'de yapılan erken genel seçimlerde AK Parti'den Kayseri Milletvekili seçilen Abdullah Gül, İngilizce ve Arapça biliyor.
21 Ağustos 1980'de Hayrunissa Özyurt ile evlenen Abdullah Gül; Ahmet Münir, Kübra ve Mehmet Emre adlarında üç çocuk babası.