Ali Bardakoğlu, 1952'de Kastamonu'nun Tosya ilçesinde doğdu.
İlköğrenimini Tosya'da tamamladı. 1970'de İstanbul İmam Hatip Lisesi'nden mezun oldu.
1974 senesinde İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü'nden, 1975'de İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nden mezun oldu. Bir süre öğretmenlik ve stajyer hakimlik yaptıktan sonra 1977'de Kayseri Yüksek İslam Enstitüsü'nde Fıkıh Asistanlığı vazifesine getirildi.
1982'de Atatürk Üniversitesi İslami İlimler Fakültesi'nde doktora tezini verdi.
Erciyes Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nde İslam Hukuku yardımcı doçentliğine atandı ve 1986 yılında doçentlik aldı.
1993'de Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'ne atanan Bardakoğlu, 1994'de İslam Hukuku Ana Bilim Dalı'nda profesör oldu.
Çeşitli ulusal ve uluslararası sempozyumlara müzakereci olarak katılan Bardakoğlu, 28 Mayıs 2003'de Diyanet İşleri Başkanlığı'na getirildi.
11 Kasım 2010'da görev süresinin bitmesine kısa bir zaman kala Diyanet İşleri Başkanlığı görevinden emekliliğini istedi ve istifa etti.
Halen İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi bünyesindeki KURAMER'in müdürlük vazifesini yürütmektedir.
İyi seviyede İngilizce ve Arapça bilen Bardakoğlu üç çocuk babasıdır.