1869 yılında, Karabağ'ın Şusa bölgesinde doğdu. Batı'da öğrenim gören ilk Azerbaycan Türkleri arasında yer alır. Hayatının çeşitli dönemlerinde profesyonel gazetecilik ve akademisyenlik yaptı ve siyaset alanında aktif olarak faaliyet gösterdi. Siyasal yaşamında ve yazılarında Batı uygarlığının bütünüyle benimsenmesi gereğini, Türkçülüğü ve liberal düşünceyi savundu. İrşad, Terakki, Fuyuzat gazetelerini yayımladı. İttihad ve Terakki'nin yayın organı olan Şura-yı Ümmet'e yazılar yazdı. Ağaoğlu, Batılı parlamenter düzene yakınlığını belirtmiş ve "bütüncü" toplumsal anlayışlara karşı, Batılı anlamda "birey" özgürlüğüne dayalı toplumsal ve iktisadi görüşleri savunmuştur. Gazete yazılarını topladığı Devlet ve Fert (1933) adlı kitabı ve bir ütopya denemesi olan Serbest İnsanlar Ülkesinde (1930) bu açıdan önem taşır. 19 Mayıs 1939'da İstanbul'da öldü.