İlk bölümünde Shredder'ı yenerek hapse tıkan 4 kardeşin bu bölümdeki macerası daha heyecanlı olacak. Pizza ve basketbolu çok seven 4 kardeş tam da basketbol maçı izledikleri sırada O Neil Donatello’yu arar. Ninja Kaplumbağalar 2 Gölgelerin İçinden Online izle Çok zeki bir profesörün Shredder'ı kaçırma planlarını anlatır. Kaçışı engellemek için çöp kamyonundan araçlarıyla olay yerine giderler. Profesör ışınlama cihazıyla Shredder'ı kaçıracaktır fakat olaylar beklendiği gibi gelişmez. Kaplumbağaların azılı düşmanı Shredder, cezaevine nakledilirken doktor Baxter Stockman'ın yönettiği Foot Clan tarafından kaçırılmaya çalışılır. Bu esnada Shredder farklı bir boyuta geçerek Beyin (Krang) ile karşılaşır. Yaptıkları anlaşma gereği çok güçlü bir mutant bileşenini yanında götürür ve bunu kullanarak nakil aracında tanıştığı Rocksteady ve Bebop'ı çok güçlü mutantlara dönüştürür. Kaplumbağalar Shredder ve bu güçlü mutantların yanında Beyin ile de mücadele etmek ve New York'ta güvenliği tesis etmek zorunda kalacaktır.