Matias adlı bir işadamı muhabir Jess Rubble'ı, ZAFT'ın eski gizli silahı GENESIS Alpha hakkında bilgi toplaması için kiralar fakat Jess bu sırada o bölgeyi korumak için görevlendirilmiş "Serpent Tail" üyeleri ve Canard Pars tarafından karşılanır. Bu sırada ortaya çıkan Lowe sayesinde serbest kalan Jess, Junk Guild tarafından işe alınır ve çeşitli olaylardan sonra pilotu olacağı ZAFT tasarımı bir model olan ve hem Strike hem de Impulse Gundam'ın tüm opsiyonel donanımlarını (ve daha fazlasını) kullanabilen melez bir Mobile Suit olan ZGMF-X12 Gundam Astray "Out Frame" Junk Guild'in verdiği görevleri yerine getirmeye başlar.
Lowe ile çıkacakları görevler onları GENESIS Alpha'yı ele geçiren grubun planlarını öğrenmekten Armory One baskınında sağ kalmaya çalışmaya, dünyaya doğru harekete geçirilen Junius Seven kolonisini durdurmak için zamana karşı bir mücadeleye ve son olarak beyni yıkanmış bir EAF pilotu olan Ash Grey'in nano makineleri silah olarak kullanan ZGMF-X12A Testament Gundam'ına karşı Mars'ta tek başına kazanamayacağı bir savaşa dek sürükleyecektir.
Notlar:
-Gundam SEED DESTINY Astray, Gundam SEED DESTINY'nin kısa süre öncesinde geçen bir yan öyküdür ve ileriki bölümlerde serinin ortalarına doğru sona ermektedir.