Liseli, hiç arkadaşı olmayan bir çocuğa, görevi uluslarası suikastler gerçekleştirmek olan part-time modern bir ninjalık işi verilir. 2. Dünya Savaşı'ndan sonra, Japonya'daki Müttefik Komutanlığı, Pasifik bölgesindeki terörizm ve şiddetle başa çıkmaya yardımcı olacak yeni bir ajans geliştirmiştir. Bu ajansta görevli olarak ninjalar vardır ve başlangıçta iç işleri idare etmekle görevlendirilmişlerdir. Eninde sonunda, bünyesinde 20,000 ninja bulunduran, iç ve dış işler olmak üzere bir sürü işe bakan bir program olarak, bugünkü halini alır. Ve bu ninjalardan biri de Kudo olur. On yedi yaşındaki liseli ezik, artık Tokyo'yu işgal eden yabancı suikastçıların artışına karşı bir sonraki savunma hattı olmaya hazırlanıyordur.