Ardından Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nın iktisat bölümünde, uluslararası iktisat alanındaki yüksek lisansını 1977'de tamamlayıp bu bölümde 1977-1980 yılları arasında akademisyen olarak çalıştı.
1980-1996 yılları arasında üst düzey şirketlerde yöneticilik ve kendi kurduğu şirketlerde işadamlığı yapan Mahçupyan, 1996 yılından itibaren entelektüel işlerle uğraşmak üzere ticari işlerini tasfiye etti. 1995–1996 yıllarında Yeni Demokrasi Hareketi içerisinde yer alan yazar, 1997'de Radikal Gazetesi'nde köşe yazarı olarak çalışmaya başladı.
2000 yılında Radikal gazetesinden ayrılıp bir süre Yeni Binyıl gazetesinde yazmıştır. Ardından Mayıs 2001'de Zaman Gazetesi'nde köşe yazarlığına geçti.
Bir fikir adamı olarak Mahçupyan, "Demokrat Zihniyet" adını verdiği, özgün bir post-liberal değerler dizisini eserlerinde işlemektedir, özellikle Ali Bayramoğlu; Mahçupyan'ın bu kuramsal açılımını tümüyle destekleyen ve geliştiren bir başka isimdir. Erol Katırcıoğlu, Kürşat Bumin ve Ferhat Kentel de nispeten Mahçupyan'ın bu fikri-felsefi bölgesinin arkasındaki bulunmaktadırlar.
2005-2006 yılları arasında önde gelen |liberal-demokrat Türk politika düşünürü Atilla Yayla ile girdiği liberalizm/demokratlık polemiği, onun fikrinin daha geniş tanınmasına ve tartışılmasına vesile olmuştur. Radikal-demokrat Fuat Keyman da bu polemikte Etyen Mahçupyan'ı destekleyen yazılar yazmıştır, fakat incelendiğinde Mahçupyan'ın Keyman ve o bölgenin arkasındaki yazarlardan (H. B. Kahraman, Ayşe Kadıoğlu) epey farklı bir zihniyet ve fikir dünyasına sahip olduğu görülmektedir.
Mahçupyan-Yayla polemiği, son dönem Türk fikir hayatının en ciddi ve doğurgan fikri-felsefi tartışmalarından biri olarak kabul görmektedir.
2007 yılında Hrant Dink'in öldürülmesinin ardından bu gazetedeki sürekli yazılarını sonlandırmış ve Agos gazetesinin genel yayın yönetmenliğini üstlenmiştir. Bu görevini 2010 Kasım'da bırakmıştır. Zaman gazetesinde yazmaktadır.
Etyen Mahçupyan Kitapları
2008 Bir Zamanlar Ermeniler Vardı
2008 Batı'yı Anlamak
2008 Türkiye'yi Anlamak
2008 Liberallik Demokratlık Tartışması
2007 Bir Demokratın Gündemi
2005 İçimizdeki Öteki
2004 Bir Zümre, Bir Parti - Türkiye'de Ordu
2003 İkinci Tanzimat
2000 Zihniyet Yapıları ve Değişim/ Batı'dan Doğu'ya, Dünden Bugüne
1998-2000 Radikal Yazılar 1-2-3-4
1998 Türkiye’de Merkeziyetçilik: Devlet ve Din
1997 İdeolojiler ve Modernite
1996 Osmanlı'dan Postmoderniteye
Beyin Fırtınası - Demokrasi, Batılılaşma, Laiklik, Devlet, Yeni Dünya Düzeni
Hrant Dink Cinayeti (Avni Özgürel, Mehmet Altan, Yasemin Çongar ile)