Eski adı Daphne (Defne) olarak bilinen bugünkü Harbiye, antik zamanlarda Antakya’nın ünlü ve zenginlerinin yazlıklarının bulunduğu bir mevkiydi.
Kilise, Aziz Petrus’un Hz. İsa’nın vefatından kısa bir süre sonra kendilerini Hıristiyan olarak adlandıran ilk cemaati topladığı rivayet edilen ve Haçlıların Antakya’yı işgal ettiği dönemde yapılan süslü büyük kapıdan girilen mağarada kuruludur.