Senden bana samanlıkta iğne bulmanı isteseydim, sadece görgü kurallarından dolayı mecbur kalırdın.
O zaman size samanlıkta aslında 10 iğne olduğunu ve hepsinin biraz farklı göründüğünü söyleseydim, dişlerimi çıkarırken öfke sizi tüketirdi.
Bu, biyologların düzenleyici motifleri ararken karşılaştıkları görevdir . Bunlar , genomdaki transkripsiyon faktörlerini (TF'ler) bağlayan kısa DNA parçalarıdır . TF'ler, diğer genlerin transkripsiyon seviyelerini ( ifadesini ) yükselten veya azaltan proteinlerdir .
İğneler gibi düzenleyici motifler de genellikle birbirine benzer ancak aynı değildir. Biyoinformatikçilerin karşılaştığı problem, sahip oldukları tüm genetik verilerde birbirine en çok benzeyen motifler kümesini bulmaktır .
Bunu yaptığımızda, fotosentez veya tüberküloz uyku hali gibi önemli işlevlerin arkasındaki mekanizmaları anlayabiliriz .
Codeacademy'de öğrenebileceğiniz Python kullanarak bunu nasıl yapacağımı öğrendim. Bu şekilde siz de yapabilirsiniz.
Zaten bir motif matrisimiz olduğunu
Motifsve her biri arasındaki benzerliği - koruma düzeyini - ölçmek istediğimizi varsayalım . (Her sütunda en çok korunan nükleotid büyük harfle yazılır.)
Bizim işimiz:
Count())
Motifs. (
Consensus())
Motifsfikir birliği motifi arasındaki benzerliği puanlayın. (
Score())
countAnahtarların nükleotid (
'A', 'C', 'T', ‘G’) ve değerlerin liste olduğu bir sözlük oluşturun . Her liste öğesi, anahtarın nükleotidinin şu dizinde (sütun) meydana gelme sayısıdır
Motifs:
Boş bir sözlük başlatır
countve onu nükleotid anahtarlarıyla doldururuz. Her değer,
0içindeki ilk motif olduğu sürece bir s listesidir
Motifs.
Ardından, içindeki her öğeyi yineleriz
Motifs; bir nükleotid
symbolile karşılaştığımızda , th indeksindeki
Motifs[i][j]o
symbolanahtarın değerini
jarttırıyoruz.
Sayım sözlüğünü şu
Profile(Motifs)işleve sahip bir sıklık sözlüğüne dönüştürün :
Her liste öğesini içindeki
countmotiflerin sayısına bölün
Motifs. Böyle bir şey elde ederiz:
Bu daha sonra kullanışlı olacaktır.
Şimdi
Count()bir alt program olarak çağırabiliriz .
countSözlüğün her dizininde en yüksek sayıya sahip nükleotidi alın ve boş bir dizeye ekleyin
consensus:
Dış döngüde, bir liste değerindeki her öğeyi
count. İç döngüde, her bir nükleotid anahtarı boyunca yineleniriz. Bu,
jinci dizindeki her anahtar/değeri karşılaştırmamızı sağlar . Her
mzaman en yüksek değer olacak şekilde güncelleme yaparız ve let
frequentSymbol= karşılık gelen nükleotit olur
symbol.
Consensus(Motifs) >>'TCGGGGATTTCC'
Motiflerdeki motifler arasındaki koruma düzeyini puanlamak için indeks ile her öğeyi yineleyebiliriz
motif[j].
Dış döngü satırlar arasında, iç döngü her sütun arasında değişir.
'deki nükleotid sembolü
motif[j]uyuşmuyorsa
consensus[j], artırıyoruz
score. Daha yüksek puan = daha az koruma.
Motifler arasındaki korunumu ölçmek için bir yolumuz var. Şimdi, birçok potansiyel matris üretmemiz
Motifsve en aza indiren olanı bulmamız gerekiyor
score.
Bunu açgözlü bir arama algoritması ile yapabiliriz ; bu, algoritmamızın yinelemenin her adımında mevcut olan en iyi seçeneği seçeceği anlamına gelir. Daha fazlası burada .
Açgözlü algoritmaların üç bileşeni vardır:
Dnamotifler için taradığımız bir DNA dizileri matrisidir.
kmotiflerin uzunluğudur.
tiçindeki DNA dizilerinin sayısıdır
Dna.
Dna. (Dış döngü).
Dna. (İç döngü).
Motifs.
İlk k-mer'i
Dna[0](tekrar) yeni bir listeye ekleyelim
Motifs. Bunu ilk DNA dizisindeki her olası k-mer için yapacağız - bu bizim dış döngümüz.
Geri kalanını,
Motifsçektiğimiz bu ilk k-mer'e dayanarak inşa edeceğiz
Dna[0]. (Bu adım 2, kuraldır).
Onun profili kullanılıyor
Profiledaha önce yapılmış fonksiyonu, bir sonraki DNA dizesinde en benzer k-mer bulmak istediğiniz ,
Dna[1].
Nasıl? Pekala, henüz bunu yapan bir fonksiyonumuz yok, o yüzden bir tane yazalım.
Profil matrisimize bakalım. Her element, o nükleotidin bir motifte o konumda meydana gelme olasılığıdır.
Profil matrisi rastgele motifler üretiyorsa, fikir birliği dizisi en sık meydana gelir.
Ayrıca herhangi bir başka sicim motifinin meydana gelme olasılığını da belirleyebiliriz. Basitçe, her bir bazın kendi konumlarında meydana gelme şansını çarpın:
Daha yüksek olasılık = göre daha iyi eşleşme
Profile .
Argümanlar bir DNA dizisi
Textve bir profil matrisidir
Profile.
Text[i]'deki dizindeki nükleotid ve
iiçindeki
Textbir liste için bir anahtardır
Profile.
Profile[Text[i]][i]aynı indeksteki olasılık değeridir
i.
Şimdi herhangi bir k-mer'in bir motif olma olasılığını bulabiliriz - verilen bir olasılık matrisi
Profile.
Uzun bir DNA dizisindeki tüm k-mer'leri yineleyelim
Textve aşağıdakilere göre en olası olanı (en iyi eşleşmeyi) bulalım
Profile:
k-mer'leri ve olasılıklarını içeren bir sözlük üretiyoruz, ardından en yüksek değere sahip ilk k-mer'i döndürüyoruz. (Özellikler satır içi).
Şimdi, motif için
Profilebir uzunluk
kve
Textk-merler için taranacak daha uzun bir dize verildiğinde , 'ye dönebiliriz
GreedyMotifSearch.
Bir sonraki DNA dizisinde (
Dna[1]) profil açısından en olası modeli buluyoruz ve onu
Motifs. (Bu adım 3, sonuçtur).
PBu yeni matrisin profilini güncelliyoruz ve işlemi her DNA dizisi için tekrarlıyoruz.
Biz iç döngü tamamladık, biz puanlarını karşılaştırabilirsiniz
Motifsve
BestMotifs. Eğer
Motifspuanları daha düşük, biz güncellemek
BestMotifs; mümkün olan her k-mer için bu işleme devam edin
Dna[0].
Henüz tamamen bitirmedik. Puan fonksiyonumuz kusurlu. Bazı sütunların diğerlerinden nasıl daha fazla çeşitliliğe sahip olduğuna dikkat edin, ancak yine de aynı puanı alıyorlar (ikinci ve son sütun).
Her sütundaki koruma düzeyini izlemenin daha iyi bir yolu entropiyi ölçmektir .
Bir profil matrisindeki her sütun bir olasılık dağılımıdır - toplamı 1'e ulaşan pozitif sayılar.
Entropi, bu dağılımın belirsizliğidir , her bir olasılığın ikili günlüğü ile toplanması ve -1 ile çarpılmasıyla bulunur:
Daha düşük entropi = daha az belirsizlik ve daha fazla koruma.
Olasılık değeri 0'ın üzerindeyse, içindeki her öğeyi yineleyin
profileve güncelleyin
entropy(aksi takdirde ikili günlüğünü alamayız). Bu tür formül pratikte daha sık kullanılır, ancak basitlik adına burada bir dipnot.
Bu bebeği bir tur atalım:
Bilmeden verem olabilirsiniz . Mycobacterium tuberculosis bakterisi (MTB), herhangi bir etki göstermeden önce vücudunuzda yıllarca uykuda kalabilir.
Biyologlar hipoksiyi (oksijen eksikliği) MTB gecikmesine bağladılar ve bakterinin düşük oksijen koşullarında hayatta kalmasına yardımcı olan transkripsiyon faktörünü (DosR) buldular.
Bağlayabileceği bazı motifleri bulmak ve denemek için DosR'nin etkilediği bazı genlerin yukarı akış bölgelerine bakacağız. ( yerine
GreedyMotifSearchkullanmak için değiştirdim .)
Entropy()
Score()
Baktığımız DNA dizileri burada bulunabilir ve ben onları adlı bir listede topladım
DosR.
Sonuçlarınız:
['ATGACCAGCGAGCTG', 'CCGATCGGCATCACT', 'ACCGTCGATGTGCCC', 'GGGTCAGGTATATTT', 'GTGACCGACGTCCCC', 'CCGCTGGCGACGCTG', 'GTGTCCGGCATGATC', 'CGGCCAGACAAGCTT', 'GCGATAGGTGAGATT', 'CTCATCGCTGTCATC'] 18.492751844642765 CCGACCGGCATGCTC
Sağ?
Literatüre bakarsanız aradığınız motifler bunlar değil.
Kullandıkları algoritmalar ve veriler daha iyidir - açgözlü algoritmaların hızı ne ise , doğruluktan yoksundurlar.
Pratikte, bugün geliştirdiğimiz algoritma asla kullanılmayacak - zihinsel çöküşün ortasında satın aldığım merdaneler gibi.
Yazdığım diğer biyoinformatik parçaları:
Ortalama Hassasiyet (AP) ve ortalama Ortalama Hassasiyet (mAP), diğerleri arasında Daha Hızlı R_CNN, Maske R-CNN, YOLO gibi nesne algılama modellerini değerlendirmek için kullanılan en popüler ölçümlerdir. Aynı ölçüler, COCO ve PASCAL VOC yarışmaları gibi yarışmalarda başvuruları değerlendirmek için de kullanılmıştır.
Doğrusal regresyonda herhangi bir Aykırı Değeri ve Olağandışı Gözlemleri anlamak için, Doğrusal regresyonun resmi ve temel bir tanımını anlamak önemlidir. “Doğrusal regresyon, bağımlı bir yanıt değişkeni ile bir veya daha fazla bağımsız/açıklayıcı değişken arasındaki ilişkiyi modellemek için doğrusal bir yaklaşımdır.
2 yıldır kodda bir UI oluşturuyorum ve bu süre zarfında keşfettiğim önerilerimi ve ipuçlarını sizlerle paylaşmak istiyorum. 1.
Swift programlama dilinde veri depolamak ve davranışı modellemek için iki ana seçenek vardır: Her ikisi de oldukça benzer görünebilen Sınıflar ve Yapılar, ancak bilmeniz gereken önemli farklılıklar da vardır. Bu konu aynı zamanda röportajlarda en sık sorulan sorulardan biridir.
Girişimimiz sadece üç ay sonra bir tuğla duvara çarptı. 100 potansiyel müşteriyi aradık ve onların sevgi dolu geri bildirimlerini ve beğenilerini toplamaya başlamak istedik.
Jetpack Compose, açık ve koyu temalar arasında geçiş yapmak için mükemmel destek sağlar. Boş Oluşturma Etkinliği eklemek için Android Studio iletişim kutusunu kullanırsanız, IDE'nin sizin için eklediği ortak kodda ücretsiz olarak gelir.
'Vanderpump Kuralları' yıldızlarının kavga ettiği biliniyor. Son zamanlarda, Lala Kent, Scheana Shay'in nişanlısına karşı bazı ciddi iddialarda bulundu.
'Chicago PD' Sezon 9 muhtemelen Kim Burgess ile ilgili güncellemelerle başlıyor. Ve yönetici yapımcı yaraları hakkında bir uyarı verdi.
'Soho'da Son Gece' İngiliz psikolojik korku filmi Ekim 2021'de sinemalarda gösterime girecek, ancak izleyiciler onu yayınlayabilir mi?
2021 Emmy tahminleri, 'Last Week Tonight with John Oliver'ın Olağanüstü Çeşitlilik Konuşmaları Serisi kupasını eve götüreceğini gösteriyor.
Şabat, her Cuma gün batımından Cumartesi gecesine kadar gerçekleşen, Yahudi yaşamının merkezinde yer alan tatildir. Ama nedir ve nasıl gözlemlenir?
Amerika Birleşik Devletleri Başkanı olmak için en az 35 yaşında olmalısınız. Peki buna yaklaşan var mı?
Colorado, Granby'deki 2004 olayı, kasabanın yarısını yok etti. Şimdi 17 yıl sonra, kütüphaneyi ve belediye binasını çökerten tankın pilotu olan Marvin Heemeyer, hükümet karşıtı aşırılık yanlılarının kahramanı oldu.
HowStuffWorks'teki eğlenceli matematik oyunumuzla kayıp sayıyı bulabilecek misiniz bir bakın!
İşte Gizmodo'nun en iyi ve en çok okunan İspanyolca özetini burada bulabilirsiniz. Dikkat etmedin mi? İşte kaçırdığın şey bu.
Stephen Totilo'nun bir videosundan ekran görüntüsü 2012'nin eski günlerinde, dünyanın dört bir yanındaki uzmanlar ve analistler, falcı şapkalarını taktılar ve iPhone'ların ve iPad'lerin konsol oyunlarını öldüreceğini tahmin ettiler. Ardından, PS4 çıktı ve kabaca 40 milyar adet sattı ve hepsinin yanlış olduğunu kanıtladı.
Bu Pazar, üçlü astronomik fenomenimiz var ve Ay, süper ayın tamamen tutulması sayesinde bize çok sıra dışı bir yüz sunacak. Uydumuzun güzel bir fotoğrafını çekmek için geç saatlere kadar ayakta kalacaksanız, burada size diğer geceler için de geçerli olan en iyi yüzünüzü elde etmeniz için bazı ipuçları bırakıyoruz.
Bu görüntü yasal nedenlerle kaldırıldı. Harvey Kasırgası'nın rekor kıran yağışları sırasında beş gün boyunca bir benzin istasyonunda mahsur kaldıktan sonra kurtarıldıysanız, hayatta kalmaktan yararlanan bir kablolu haber ağının istediğiniz son şey olduğunu hayal ediyorum.
Cumartesi günü Las Vegas'taki iHeartRadio Müzik Festivali'nde PEOPLE'a konuşan Adams, "Oldukça zor oldu, ama aynı zamanda birbirimizi seviyoruz ve çalışmasını sağlamak istiyoruz" dedi.
Hunt, Cumartesi günü Las Vegas'taki iHeartRadio Müzik Festivali'nde PEOPLE'a verdiği demeçte, "Müzikteki bu mutlu, hüzünlü duyguyu seviyorum. Gerçekten ilgimi çekiyor. Biraz yazarken ortaya çıkıyor" dedi.
Vanessa Hudgens, Los Angeles'taki Knott's Scary Farm'da Cadılar Bayramı sezonunu açarken, Penélope Cruz İspanya'daki San Sebastian Film Festivali'nde Marion Cotillard'ı kutluyor. En sevdiğiniz yıldızların neler yaptığını görün
Amy Schumer, kocası Chris Fischer tarafından hastaneden çekilen bir videoda endometriozis nedeniyle rahminin ve apandisinin alınmasını detaylandırdı.