Trabzon'un Of ilçesinde 1949 yılında doğan, İstanbul Devlet Mimarlık ve Mühendislik Akademisi İnşaat Mühendisliği Bölümü mezunu olan Bayraktar, 2000-2001 yıllarında Ankara Büyükşehir Belediyesi Metropol İmar A.Ş'de Genel Müdürlük yaptı.
Genel seçimlerin ardından TOKİ'de 2002 yılında başkanlık görevine getirilen Erdoğan Bayraktar, atama kararnamesi Cumhurbaşkanlığı tarafından onaylanmadığı için 2007 yılı Ekim ayına kadar bu görevi vekaleten sürdürdü. Bayraktar'ın atanmasına ilişkin kararname, Cumhurbaşkanı değişikliğinden sonra onaylandı.
Vatani görevini yerine getirdiği 1977-1979 yılları arasında, Eskişehir-Afyon-Kütahya-Balıkesir'de 6 bin askeri lojman inşaatında kontrol amir vekilliği yapan Bayraktar, daha sonra bazı kooperatiflerde görev aldı. 1989-1999 yılları arasında İstanbul Büyükşehir ve Eminönü belediyelerinde belediye meclis üyeliği yaptı. 1995'te İstanbul Büyükşehir Belediyesinin konut şirketi KİPTAŞ'a genel müdür olan Bayraktar, 1999-2000 yılları arasında ABD'de 10 ay süreyle Yabancı Dil ve İnşaat Teknolojileri Eğitimi aldı. Bükreş Üniversitesinde İnşaat Sözleşmeleri konusunda tez hazırlayan Bayraktar, 2000-2001 yıllarında Ankara Büyükşehir Belediyesi METROPOL İmar AŞ'de genel müdürlük, 2001-2002 yıllarında Ankara Büyükşehir Belediyesi PORTAŞ'ta genel müdür danışmanlığı yaptı.