Neşe Sümer – DG – Pers kralı I. Serhas zamanında Yunan şehirleri ile yapılan savaşlar (Pers savaşları) sırasında, Malkara'ya çok yakın olan Gürgen Bayırı denilen yerde bir kalenin yapıldığı söylenmektedir. Bu kale civarında birçok yılan bulunduğundan, bu kaleye Farsça Margar veya Margaar adı verilmiştir. Farsça'damar yılan, gar veya gaar da in - mağara anlamına geldiğine göre Malkara sözü, yılanlı mağara veya yılanlı kale anlamına gelmektedir.
Bir söylentiye göre, Makedonya Kralı Büyük İskender Trakya'da otuz yıldan fazla kalan Persleri (İranlılar) Trakya'dan uzaklaştırınca, Malkara'da (Malgar'da) Sazan, Malgar ve Kumardar İsimli üç komutanı, yedek güçlerin başına bırakmıştır. Bunlardan Malgar Gürgen Bayırındaki kalenin benzerini, bugünkü Malkara'nın batısında yeniden kurmuştur. Kumardaç isimli komutan da bir kale yaptırmıştır (Halen oraya Kumardaş Tepe denilmektedir). Sazan adlı Komutan da yine bir kale yaptırmıştır (Bugün Sazan çiftliği denilen yerde). Bu kaleler daha sonra Romalıların eline geçmiştir. Bizanslılar dönemine kadar savunma amacıyla kullanılmışlardır.
Malkara'nın kesin olarak Osmanlılara geçmesinden sonra, Osmanlının iskân (yerleştirme) politikasına uygun olarak Anadolu'dan getirtilen Yörükler, Malkara ve civarına yerleştirilmişlerdir. Bu arada, Ankara ve Çankırı dolaylarından getirtilen bazı ahi gruplar da Malkara'ya yerleştirilmişlerdir. (Ahievren köyünün adı bu olaydan gelmektedir.) I. Murad'ın ahiliğe karşı büyük bir sevgisi olduğundan (kendisi de bir Ahi'dir.), Malkara'ya getirtilen Yörükler arasında ahilik oldukça yaygındır. Malkara ve civarına yerleştirilen Yörüklerin büyük bölümünün I. Mehmed döneminde "1402-1421" Saruhanlı Beyliğinin Yörükleri olduğu bilinmektedir. Bunlar; Konya, Aydın ve Muğla çevrelerinden getirtilerek yerleştirilmişlerdir. Başlarında da ünlü Paşayiğit (Keşan'ın Paşayiğit kasabası onun adını taşır) bulunmaktaydı.
İstanbul'un Türkler tarafından alınmasından sonra, Malkara'nın Balkanlara yapılacak seferler sırasında önem kazandığı görülür
II. Mehmet döneminde Malkara, daha sonraları Evlad-ı Fatihan adıyla anılan akıncıların merkezi olacaktır.
Paşayiğit'in soyundan Turhan Bey (Malkara'nın Hacıevhat Mahallesinin ondan fazla sokağı onun adını taşır), yaşadığı dönem içinde Malkara'nin gelişmesini sağlamış, bu dönem de Malkara oldukça gelişmiştir. Zira akıncı birliklerinin tüm ihtiyaçları buralarda karşılanmaktadır. "Bugün Malkara civarında Boyacılar, Ensericiler, Ekmekçiler, Yaylagöne gibi isimler bu dönemin izlerini taşır.
Akıncı birlikleri için lazım olan her şey buralarda hazırlanıyordu. Turhan Bey'in oğulları Atina fatihi Ahmet (ki burada ölmüştür) ve kardeşi Ömer Bey (Türbesi, Malkara'da adıyla anılan caminin avlusundadır. Klasik Osmanlı üslubunu taşıyan yapı, sağlam olarak günümüze kadar gelebilmiştir.) Fatih döneminde önemli bir akıncı beyidir. Kaynaklarda rastlandığı kadarı ile gözü pek bir komutan olan Ömer Bey, Fatih'in emriyle 1465'lerde Venedik'e 70 km kadar yakın olan İzanco ırmağına kadar, 1470'lerde Romanya'ya Pleoşti (Bükreş yakınları)'ye kadar uzanan maceralı akınlar yapmıştır. Fatih'in isteği ile 1473 Otlukbeli savaşına katılmış, uzun Hasan'ı İran içlerine kadar kovalamış ve orada esir düşmüştür. Fatih, bu değerli adamını, birçok İranlı esiri vererek geri almıştır. Bundan sonra Ömer Bey'in gözden düştüğü ve Malkara'da öldüğü bilinmektedir.(l488)
Malkara, III. Selim zamanında Nizam-ı Cedid'in kuruluşu günlerinde bu yenilik hareketini çekemeyen Yeniçeriler, Malkara'nın Ballı köyünde ayaklanmışlardır. Nizam-ı Cedid kuvvetlerince bastırılmıştır.
Malkara, 1828 Osmanlı - Rus savaşı sırasında, Türklerin elinde ilk defa işgale uğramıştır. 1878 Osmanlı - Rus savaşında da (93 harbi) Tekirdağ işgal edilince, Malkara da önemli göçlere sahne olmuştur. Malkara, tarihinin en kötü günlerini Balkan savaşı sırasında yaşamıştır. 9 Kasım 1912'de Bulgarlar tarafından işgal edilmiştir. Yerli Bulgar ve Rumlarında işbirliği ile 500'den fazla kadın, erkek ve çocuk şehit edilmiştir. Katledilen insanlar, toplu olarak gömülmüşlerdir. Şehitlik denilen bu yerde, bu şehitlerin anısına bir anıt dikilmiştir. İşgal 8,5 ay sürmüş, bu arada şehir yağma edilmiş, yakılmış, yıkılmıştır. 14 Temmuz 1913'te Mustafa ve Enver Paşa'nın birlikleri tarafından şehir harabe halinde kurtarılmıştır.
Malkara son kez, I. Dünya Savaşı sonunda 20 Temmuz 1920'de Yunanlar tarafından işgal edilmiştir. İşgal yıllarında çok kötü günler yaşayan Malkara, 11 Ekim 1922'de sağlanan ateşkes uyarınca 14 Kasım 1922 tarihinde Yunanların şehri boşaltmasıyla kurtulmuş ve özgürlüğüne kavuşmuştur.
II. Dünya Savaşı yıllarında da (1940-1941), Trakya'daki diğer kasabaların halkı gibi, buradakiler de işini, gücünü, yerini terk ederek Anadolu'ya göç etmek zorunda kalmış, türlü maddî, manevî sıkıntılara ve acılara uğramışlardır.
II. Dünya Savaşı sırasında Türkiye'ye sığınan Yunanları da savaş süresince beslemiştir.