3 lig şampiyonluğu, 5 Portekiz Kupası, Portekiz Süper Kupası kazandı ve 2012/2013 sezonunda Avrupa Ligi finaline başarıyla ulaştı.
Yarı finalde Fenerbahçe'ye karşı oynanan maçta Jesus Benfica ilk maçında 1-0 yenilse de rövanşı 3-1 kazanarak final biletini aldı. Açılış maçını Eggman Korkmaz'ın golüyle kazanan Kanaryalar için sarı-lacivertli camiasını seven futbolseverlerin aklında Baroni'nin kaçırdığı penaltı kalmalı. Finalin galibi İngiliz devi Chelsea 2-1 oldu.
İsa, Benfica döneminde oyunculara yaptığı katkılarla dikkatleri üzerine çekti; Avrupa futboluna Oblak, Matic, Witsel, Oblak, Bernardo Silva, David Luiz, Di Maria, Ramirez, Garay, Javi Garcia, Rodrigo, Salvio, Gaitan'ı kazandırdı. Ve bircok digerleri. Öte yandan, Benfica'nın kasası bu yıldızlardan gelen çok sayıda referansla dolu.
6 yıldır kulüp efsanesi olan Jesus, 321 maçta 227 galibiyet ve 47 beraberlik rekoru kırarak, 2015 yılında Benfica'nın eski rakibi Sporting'i devralma kararı aldı. O sırada Portekiz medyası, Benfica'nın borcu nedeniyle maaşında kesinti talep eden İsa'nın queencasino bunu kabul etmediğini ve Portekiz Spor ile yüksek bir yıllık maaş teklifinde anlaştığını söyledi.
2015'te İsa, Benfica'dan maaşında kesinti yapmasını istedi, ancak kabul etmeyi reddetti, bunun yerine eski rakibi Sport ile sözleşme imzaladı.
Portekizlilerin sonucu iki takım arasında ciddi gerginlik yaratırken, Sporting Twitter sayfasında İsa'yı "Eve hoş geldin Jorge" İsa fotoğrafı yazan bir notla duyurdu. İmza töreninden sonra İsa, hayatında yeni bir döneme başlamak için Başkent ile bir anlaşmaya vardığını söyledi.
İsa, 3 yıl boyunca Atletico Portekiz'de oynadı ve ligi kazanamamasına rağmen Yeşiller ve Beyazlar adına 2 kupa kazandı.