Muhammed Dahlan, 29 Eylül 1961'de Gazze Şeridi'nin güneyinde bir şehir olan Hanyunus'da fakir bir ailenin altı çocuğundan en küçüğü olarak dünyaya geldi. Gazze'de İslam Üniversitesi'nde okudu. İngiltere'de bulunan Cambridge Üniversitesi'nde İngilizce alanında eğitim gördü. Ebu Fadi lakabıyla tanınan Dahlan, El Fetih'in gençlik hareketinin öncüleri arasında yer aldı.
Dahlan, 1981-1986 seneleri arasında İsrail tarafından 11 defa tutuklandı, 5 senelik süre zarfında ara ara hapishanelerde kaldı ve bu süreçte İbranice öğrendi. Hapishaneden çıkınca Gazze İslam Üniversitesi'nde okuyan Dahlan, İşletme bölümünden mezun oldu.
Dahlan, 1987 senesinde başlayan 1. Filistin İntifadasının önde gelen isimlerinden biri oldu. 1988 senesinde Ürdün'e sürgüne gönderilen Dahlan, bu dönemde Amman, Kahire ve Bağdat'a gitti. Sonrasında Libya ve Tunus'a geçerek buradaki Filistin Kurtuluş Örgütü'ne katıldı. Dahlan siyasi ve askeri eğitimini Tunus'da yaptı. 1993 Oslo Anlaşması gereği İsrail güvenlik güçlerinin yeniden konuşlanmasına ilişkin yürütülen güvenlik müzakerelerinde Filistin heyetinde yer aldı Muhammed Dahlan 1994 senesinde Filistin'e döndü.
Dahlan, 11 Kasım 2004'te Yaser Arafat'ın ölümünde Filistin yönetiminin başına geçebilecek 5 isimden biri olarak düşünüldü. İçişleri Bakanı olarak görev yapan Dahlan, Ariel Şaron tarafından 2000 senesi Kasım ayında Gazze'deki yerleşimcilere saldırmakla suçlandı ve ölümle tehdit edildi. 5 Kasım 2001'de Filistin Özerk Yönetimi'nin politikalarında tepki gösterip istifa etti fakat Yaser Arafat istifasını kabul etmedi.
Arafat bir kararneme ile kendisini Ulusal Güvenlik Müsteşarı olarak tayin etti fakat bir süre sonra bu görevden istifa etti. Bu durum Arafat ile arasını açtı. Daha sonra Mahmud Abbas tarafından Güvenlikten Sorumlu Devlet Bakanı olarak görevlendirildi.
Dahlan, 2007 senesinde El Fetih adına Hamas ile Gazze Şeridi'nde bir güç mücadelesine girdi. Fakat mücadele sonucunda kaybeden taraf olarak El Fetih Gazze'den tamamen çekilmek zorunda kaldı. Hamas liderleri Gazze'deki hesaplaşmadan Dahlan'ı sorumlu tuttu.
Hamas'ın Gazze'deki askeri operasyonundan sonra Filistin'i terk etmek zorunda kaldı. Sağlık problemlerini bahane ederek Batı Şeria'dan ayrılan Dahlan, bazı Avrupa ülkelerinde kaldıktan sonra Kahire'ye döndü. Öte yandan Muhammed Dahlan hakkında zaman zaman çeşitli suçlamalar gündeme geldi.
Muhammed Dahlan evli ve üç çocuk babasıdır.