Mass Effect 2 Hikayesi
Bir ihlalden sonra Shepard, vücutları yakındaki bir gezegenin yörüngesine çekilirken boğularak ölür. Ceset, tek amacı Shepard'ı hayata döndürmek olan Lazarus Projesini başlatan Cerberus tarafından kurtarılır. İki yıl sonra, Shepard bir ameliyat masasında hayata döndürülür ve Jacob, Taylor ve Miranda Lawson ile birlikte kendi güvenlik mekanizmalarının saldırısına uğrayan bir araştırma istasyonundan kaçar. Shepard, insan kolonilerinin tüm popülasyonlarının galaksinin her yerinde yok olduğunu ortaya çıkaran Illusive Man ile tanışmak için getirilir. Cerberus ile birlikte çalışan Shepard, yakın zamanda saldırıya uğrayan bir koloniyi araştırmak için gönderilir ve kayıp meslektaşlarını arayan Tali ve bir grup Quarian ile karşılaşır. Shepard'ın ekibi tarafından ortaya çıkarılan ve Reaper'ların kolonicileri kaçırmış olan Collectors adlı bir böceksi uzaylı ırkı aracılığıyla vekaleten çalıştıklarına dair ipuçları da bulunur.
Illusive Man, Koleksiyoncuların hiçbir geminin geri dönmediği bir yer olan Omega-4 Relay'in ötesinde ikamet ettiğini açıklar ve Shepard'ı onları durdurmak için bir ekip kurmakla görevlendirir. Shepard'a ayrıca Joker tarafından bir kez daha pilotluk yapılan ve EDI adlı yerleşik bir AI ile donatılmış yeni bir yıldız gemisi olan Normandy SR-2'nin komutası verilir. Shepard, Illusive Man ona başka bir insan kolonisinin saldırı altında olduğunu bildirmeden önce Mordin Solus, Garrus Vakarian, Jack ve (isteğe bağlı olarak) Grunt'u işe alır. Mordin'in toplayıcı biyolojisi üzerine yaptığı çalışmaların yardımıyla, Shepard koloniyi savunur, ancak nüfusun büyük bir bölümünün yakalanmasını engelleyemez. Shepard daha sonra, sözde engelli bir koleksiyoncu gemisini keşfetmeye gönderilmeden önce Tali'Zorah, Thane Krios ve Samara'yı (isteğe bağlı olarak Morinth ile değiştirilebilir) işe alabilir. Orada Shepard, Koleksiyoncuların orijinal olarak Reaper'ların kölesi haline getirilmiş Protheans olduğunu öğrenir. EDI'nin yardımıyla Shepard, Koleksiyoncular tarafından pusuya düşürülmeden önce Omega-4 Relay'ını nasıl atlayacağını da öğrenir. Shepard'ın ekibi kaçmasına rağmen, tuzak hakkında önceden bilgisi olduğu için Illusive Man ile ilişkileri gergindir.
Shepard, terk edilmiş bir Reaper'ı ziyaret eder ve Omega-4 Relay'de güvenli bir şekilde seyahat etmek için gerekli IFF'yi edinir. Shepard ayrıca, etkinleştirilirse kadroya Legion olarak katılan engelli bir Geth alır. Shepard ve ekip, bir mekikle ayrılırken Normandy SR-2, IFF'yi sistemlerine entegre eder. Onların yokluğunda, Koleksiyonerler Normandiya SR-2'ye binerler. Sadece Joker yakalanmayı önler ve EDI'nin yardımıyla Normandy SR-2'yi güvenli bir yere çıkarır. Shepard'ın ekibi geri döndüğünde, ekip Galaktik Merkez'de bulunan Koleksiyoncu üssüne ulaşmak için Omega-4 Relay'i kullanır. Ekip, hayatta kalan mürettebat üyelerini kurtarır ve merkezi odaya doğru savaşır. Takım üyeleri Normandy SR-2'ye yapılan yükseltmelere, Shepard'a bağlılıklarına ve savaşta kendilerine verilen görevlere bağlı olarak ya hayatta kalacak ya da yok olacaklar.
Merkezi odada Shepard, Koleksiyonerlerin kaçırılan kolonistlerin genetik materyalinden yapılmış yeni bir İnsan-Orakçı inşa ettiğini keşfeder. Shepard, ona güç veren makineyi yok eder ve Koleksiyoncu üssünü yok etmeye hazırlanır. Bununla birlikte Illusive Man, Orakçılara karşı kullanılabilmesi için tabanın zamanlanmış bir radyasyon darbesiyle sterilize edilmesini önerir. Üssün kaderine karar verdikten sonra Shepard, uyanan İnsan-Orakçı'yı yok eder ve hayatta kalan ekip üyeleriyle birlikte kaçar. Hiçbir takım üyesi hayatta kalmazsa, Shepard kaçmayı başaramaz ve ölür. Normandy SR-2'ye geri dönersek, Illusive Man ile son bir kez konuştuktan sonra Shepard, kargo bölümünde hayatta kalanlarla tanışır. Orada, Joker ona bir Reaper'ın şemalarını verir. Son sahne, karanlık uzayda uyanan ve galaksiye inen Orakçıları gösterir.