Hussite dönemi, Çek tarihinin belki de en önemli dönemidir, ancak kesinlikle en heyecan vericisidir. Jan Hus, Charles Üniversitesi’nde bir üniversite profesörüydü ve İngiliz teorisyen John Wycliffe’in fikirlerine güçlü bir şekilde inanıyordu. Hus, kilise hiyerarşisi yerine İncil’e dayalı bir inanca sahip olma hareketinin baş kahramanıydı.
Belki de en radikal inancı, tüm Hıristiyanların tam bir komünyona izin verilmesi gerektiğiydi, çünkü o zamanlar sadece din adamlarının Mesih’in kanını içmelerine izin verildi. Aslında, inançlarının bu kısmı o kadar iyi biliniyordu ki, komünyon için kullanılan kadeh, Hussitleri sembolize etmeye başladı. Martin Luther’den tam bir asır önce kilise reformu için yürüdü ve ayrıca hoşgörülerin insanların satın alması için mevcut olmaması gerektiğine olan inancını savundu.
1415’te Hus, bir kilise konseyinin önüne çıkması için Konstanz’a çağrıldı. Sapkınlıktan hüküm giydi ve ceza olarak tehlikede yakıldı.
Hus’un ölümü Husçu hareketini durdurmadı, aslında onu daha da alevlendirdi ve Bohemya kısa sürede dini radikallerle doldu. Bu Hussite Savaşlarına yol açtı. Bu savaşlar, 1419’da Hussites tarafından yapılan bir gösteri kontrolden çıktığında ve göstericiler kendilerini bölgeye girmeye zorlayınca başladı. Yeni Belediye Binası , ondan önce birkaç Katolik meclis üyesini pencereden atarak atıyor – öyle görünüyor ki geleneksel bir Çek insanları öldürme yöntemi. Hussites daha sonra şehrin bazı bölgelerini tahrip ettikten sonra, Bohemya kralı Sigismund, Bohemya sınırlarının dışına yayılan Hussites’e karşı birçok haçlı seferi başlattı. Tek gözü olan Hussite lideri Jan Žižka aracılığıyla Vítkov Tepesi’nde yenildi. Bugün savaşın olduğu yerde Žižka’nın bir anıtı var.
İstikrar, 1458’de bir Hussite kralı seçildiğinde elde edildi, bu adam Poděbrady Kralı George (Jiří z Poděbrad) idi. Ancak onu seçen soylular pek mutlu olmadılar. Öldüğünde, Polonya Jagiellon hanedanını Bohem tahtını almaya davet ettiler, böylece krallığın çok uzun süre sapkınların eline geçmesini engellediler. Polonya Kralı II. Vladislav öldükten sonra – yetkilerinin Bohem soylular tarafından kısıtlanması ve ayrıca 1490’da başkenti Buda’ya taşımasıyla damgasını vuran bir saltanattan sonra – yerine Kutsal Roma İmparatoru Charles’ın kardeşi Habsburglu Ferdinand geçti. V. Habsburg 1918’e kadar Bohemya’yı yönetmeye devam edecekti.