itoplazmanın içinde yapıları ve görevleri birbirinden farklı küçük parçacıklar vardır. Bunlara organel denir.
Bu organeller; Ribozom, Endoplazmik Retikulum (E.R.), Plastidler, Sentrozom, Golgi Cisimciği (Golgi Aygıtı), Mitokondri, Koful, Lizozom'dur.
Ribozom: Protein sentezi ile görevlidir. Bütün hücrelerde bulunan en küçük organeldir. Protein ve rRNA'dan oluşur. Çekirdekçikte üretilir. Zarsızdır ve iki birimdir. Üst birim (büyük birim) protein, alt birimse (küçük birim) rRNA'dan oluşur. Protein ve enzim sentezler. Granüllü ER ve çekirdek zarı üzerinde, mitokondri ve kloroplastın sıvısında ve ayrıca sitoplazmada da bulunabilir. Yoğun protein sentezi sırasında yan yana gelerek polizomları oluştururlar. Her canlıda ribozomların farklı olmasının sebebi rRNA' ların farklılığındandır.
Bir hücrenin canlılığını sürdürebilmesi için mutlaka ribozoma ihtiyacı vardır.(Enzimlerden dolayı) Enzim salgılayan bez hücrelerinde sayısı daha fazladır.
Endoplazmik Retikulum: Hücrede madde iletimini sağlar. Hücre zarından çekirdek zarına kadar uzanan zarlı kanallar sistemidir. Memeli alyuvarı hariç bütün çekirdekli hücrelerde bulunur. Hücre içine ve dışına madde taşır. Bazı maddeleri depolar.(Ca ve protein).Çekirdek zarı ve golgiyi yapar. Hücreyi bölmelere ayırarak,sitoplazmadaki asidik ve bazik tepkimelerin birbirini etkilemeden yapılabilmesini sağlar. Üzerinde ribozom bulunanlarına granüllü ER; bulundurmayanlara da granülsüz ER denir. Granüllü ER enzim salgılayan hücrelerde,granülsüz ER yağ sentezleyen hücrelerde çoktur.
Plastitler: Sadece bitki hücrelerinde bulunur.
Plastitler üç çeşittir:
Kloroplast: Yeşil renk pigmenti olan klorofil taşırlar. Bitkilerin yapraklarında, ham meyve ve sebzelerinde, genç dallarında, otsu gövdelerinde bulunur. Kloroplastlar fotosentez olayını gerçekleştirir. Fotosentez sonucu besin ve oksijen üretilir. Bitkiye yeşil renk verir. Sadece bitkilerde bulunur. Hayvanlarda yoktur. Çift zarlıdır. İç zarı katmanlıdır. Bu katmanlara grana, içini dolduran sıvıya ise stroma denir. Kendine has DNA, RNA, ribozom ve ETS'si bulunur. Granalar içinde bitkiye yeşil rengini veren ve fotosentez için gerekli ışığı absorbe eden
klorofil vardır. Bütün bitki hücrelerinde bulunmaz.Örneğin, kökte.
Kromoplast: Sarı, kırmızı ve turuncu renk pigmentlerini taşırlar. Böylece bitki ve meyvelere renk verirler, vitamin üretip depolarlar. Bitkilerde meyve ve çiçeklerin rengini verir. Likopin (kırmızı), ksantofil (sarı) ve karoten (turuncu) olmak üzere üç çeşittir. Bitkilerde diğer renkler koful öz suyunun asit veya baz oluşuna göre renk değiştiren antokyon denen maddeler ile oluşturulur.
Lökoplast: Renksiz plastitlerdir. Bitkinin tohumlarında, kök ve toprak altı gövdesi gibi depo organlarında bulunur. Lökoplastlarda protein, yağ ve nişasta gibi besinler depolanır. Işıkla karşılaşınca kloroplastlara dönüşür.
Sentrozom: Hücrede bölünmede görevlidir. Sadece hayvan hücresinde vardır. Bitki hücresinde sentrozom yoktur. Bazı su yosunu,mantar,hayvan ve insan hücrelerinde bulunur. Sentriol denilen iki alt birimden oluşur. Hücre bölünmesi sırasında kendini eşleyerek zıt kutuplara çekilir ve iğ ipliklerinin oluşmasını sağlar. Hücre dışına uzanan kirpik,kamçı,sil gibi yapıları oluşturur. Sentrioller dikine duran dokuz çift tüpçükten oluşur.
Golgi Cisimciği (Golgi Aygıtı): Salgı maddelerinin üretildiği, depolandığı ve paketlendiği organeldir. Ayrıca yağ sentezinde rol oynar.Çekirdeğe yakın bulunur.Hücre zarı yapımına katılır. Salgı maddelerin yapılması,paketlenmesi ve salgılanmasından sorumludur.Onun için süt bezi, tükrük bezi,ter bezi gibi salgı yapan hücrelerdeki sayısı diğer hücrelerdekilere oranla daha fazladır. Enzimleri paketleyerek lizozomu oluşturur. Glikoprotein, lipoprotein, mukus, bağ dokusu ara maddesi ve ayrıca bitkilerde selülozlu maddeler salgılar. Memeli alyuvarı hariç bütün çekirdekli hücrelerde bulunur.
Mitokondri: Hücre içinde oksijenli solunum yapar. Hücreye gerekli enerjiyi sağlar. Karaciğer, kas ve sinir hücreleri, fazla miktarda enerji kullandığından çok sayıda mitokondri içerir. Çift zarlıdır. İç zar kıvrımlıdır. Kıvrımlara krista, zarların arasını ve içini dolduran sıvıya matrix denir.Oksijenli solunum yaparak enerjinin üretildiği ve depolandığı yerdir. Enerji ihtiyacı fazla olan kas, sinir ve karaciğer gibi hücrelerde sayısı daha fazladır. Bulundukları hücrede enerjiye en çok ihtiyaç olan bölümlerinde toplanırlar. Örneğin, sinirlerin sinaps bölgelerinde, spermlerin kuyruklarında ve kasların kasılma bölgelerinde çok bulunur. Kendine ait DNA, RNA, ribozom ve ETS'si bulunur. Kendi DNA'sı olmasına rağmen hücre DNA'sına bağımlıdır. Bitkilerde mesozom ve klorofil bulunduğundan mitokondri miktarı daha azdır. Prokaryotlarda ve memeli alyuvarında bulunmaz.
Koful: Hücre içinde atık madde, su ve besin depolayan kese şeklindeki yapılardır. Bitki hücrelerinde büyük, hayvan hücrelerinde ise küçüktür. ER'dan, golgiden, hücre zarından ve lizozomdan oluşabilir. Hayvansal hücrelerde az ve küçük, bitkisel hücrelerde ise gençken küçüktür, yaşlandıkça büyürler. Çünkü tuzlu artıklar kofullarda biriktirilir. Hücre içi osmotik basınç ve pH'ı ayarlar. Kofulda bulunan su turgor basıncı oluşturarak hücreye diklik ve direnç verir. Metabolizmanın aktiflik derecesini belirler. Eğer koful büyük ve sitoplazmada miktarı çok ise
metabolizma yavaşlar.
Besin kofulu : Fagositoz ve pinositozla alınan besinlerin bir zarla çevrilmesiyle oluşur. Akyuvarlar mikropları fagositoz ve pinositozla aldığından akyuvarlarda daha fazla sayıda besin kofulu bulunur.
Kontraktil (vurgan) koful : Tatlı su tek hücrelilerinde bulunan daimi kofuldur.Fazla suyu dışarı atar.
Boşaltım kofulu : Artık maddeleri ekzositozla dışarı atar.
Lizozom: İçi sindirim enzimiyle dolu kesecektir. Karbonhidrat, protein ve yağ gibi büyük moleküllerin parçalanmasından sorumludur. Büyük moleküllü besinleri parçalar. Kurbağa larvalarında kuyruğun kopması, salgılama dönemi biten memelilerde süt bezlerinin körelmesi, pasif kalan kasların küçülmesi, harap olmuş dokuların, yaşlı alyuvarların ve vücuda giren mikropların yok edilmesi lizozom sayesindedir. Fagositoz ve pinositoz yapan hücrelerde çoktur.Örneğin, akyuvar hücresi ve tek hücreliler. Lizozom parçalanırsa hücre kendini sindirir. Buna otoliz denir. Lizozomun etrafındaki zar golgiden oluşur. İçerisindeki enzimler ribozomlarda üretilir. Üretilen enzimler ER ile taşınır. ER ile taşınan enzimler golgide paketlenerek lizozom oluşturulur. Yani lizozomun oluşmasında ribozom, golgi ve ER etkilidir.