HSVnin etken olduğu düşünülen ensefalit ve atipik menenjit olgularında BOS örneklerinde ve HSVnin tipik deri ve mukoza lezyonlarının olduğu bölgelerden alınan sürüntü örneklerinden PCR yöntemi ile HSV tanısı koymak mümkündür. HSV Tip1 ve Tip2 nin tanısında en duyarlı yöntem PCR kabul edilmektedir. HSV genomunun ortak ve tipe özgül bölgeleri hedef alan problar kullanılmaktadır. HSV tip1 ve tip 2 ayrımı yapılabilmektedir.