Birgöl, uzun süredir sağlık problemleriyle mücadele ediyordu. Birgöl, 7 kuşaktan deniz subayı olan dedelerinin aksine, 15. Fırka 45. Alay'dan Piyade Mülazım (Asteğmen) rütbesi ile Afyon Cephesi'nde Kurtuluş Savaşı'na katıldı. Büyük Taarruz'da da bulunan Mustafa Şekip Birgöl, 9 Ekim 1922'de düşmanın İzmir'e dökülmesinin ardından Samsun'daki kıtasına döndü. 1928 yılına kadar Samsun'da görev yapan Mustafa Şekip Birgöl, daha sonra Sarıkamış, Bayburt ve Muğla'da görev yaparken, Kurtuluş Savaşı'ndan sonra çıkan bazı ayaklanmaların bastırılmasında fiilen görev yaptı.