Hayatının ilk devreleri hakkında kaynaklarda bilgi yoktur. İlk tahsilini İran'da yaptığı ve Seyyid Şerîf el-Cürcânî'nin yanında yetiştiği belirtilir. Osmanlı ülkesine gelişinin Çelebi Mehmed döneminde 820'li (1417) yılların başlarında olduğu sanılmaktadır. Bursa'da kendisi gibi İran'dan gelen Burhâneddin Haydar Herevî'den hadis okuyup icâzet aldı ve Molla Şemseddin Fenârî'nin oğlu Mehmed Şah'ın hizmetine girerek Sultaniye Medresesi'nde onun muîdi oldu. Bazı medreselerde müderrislik yaptıktan sonra 834'te (1430-31) II. Murad tarafından günlük 30 akçe ile başşehir Edirne'ye müftü (müftilenâm, şeyhülislâm) tayin edildi. Görevi sırasında kanaatkâr bir hayat sürerek padişahın yevmiyesini arttırmak istemesine dahi karşı çıktı ve aldığı paranın kendisine yettiğini, ihtiyaç fazlası paranın helâl olmayacağını söyleyerek onun takdirini kazandı.
Fâtih Sultan Mehmed zamanında da müftülük görevine devam eden Fahreddîn-i Acemî, padişahı etkileri altına alan Hurûfîler'in bertaraf edilmesinde önemli rol oynadı. Fazlullah-ı Hurûfî taraftarlarının fikirlerine iltifat etmesinden ve bunların saraya kadar girmelerinden endişeye kapılan Vezîriâzam Mahmud Paşa durumdan onu haberdar ederek fikirlerini dinleyip çürütmesi için bir plan tertip etti. Fazlullah-ı Hurûfî taraftarlarını konağına davet edip salonun bir köşesine gizlediği Fahreddîn-i Acemî'nin Hurûfîler'in fikirlerini bizzat dinlemesini sağladı. Yemek sırasında sapık fikirlerini ortaya koyan Hurûfîler'i dinleyen müftü saklandığı yerden çıkarak onların fikirlerini çürüttü. Hatta Hurûfîler'i saraya kadar takip ederek Fâtih'in huzurunda bir kere daha sert bir şekilde azarladı. Sonra da Edirne'de Üç Şerefeli Cami'de münazaraya davet etti. Halk huzurunda yapılan münazarada bunların sapıklıklarını ve dinsizliklerini ortaya koyarak yakılmak suretiyle idamlarına fetva verdi ve bu hüküm hemen infaz edildi.
Otuz yıldan fazla bir süre müftülük makamında bulunan Fahreddîn-i Acemî ulemâdan olan babasından Ṣaḥîḥ-i Buḫârî'yi nakil ve rivayete icâzetli idi. Pek çok âlim kendisinden hadis dersleri almıştı. Mecdî'ye göre Hayreddin Halil b. Kāsım ondan ders gördüğü gibi Alâeddin Arabî Edirne Dârülhadisi'nde iken onun muîdi olmuş, Taşköprizâde'nin babası Hocazâde yine ondan icâzet almıştı. Edirne'de vefat ettiği anlaşılan Fahreddîn-i Acemî'nin ölüm tarihi kesin olarak bilinmemektedir. Taşköprizâde ve Mecdî biyografisinden bahsederken vefat tarihini vermezler. Ancak Mecdî'nin 870'te (1465-66) onun yerine Molla Abdülkerim'in müftü tayin edildiğini belirtmesi (Şekāik Tercümesi, s. 177) vefat tarihinin 870'e doğru olduğunu düşündürmektedir. Müstakimzâde, Rifat Efendi ve onlardan naklen İ. Hami Danişmend ise bu tarihi 865 (1460-61) olarak gösterirler. Babinger'in verdiği 4 Cemâziyelâhir 873 (20 Aralık 1468) tarihi (Mahomet II, s. 327) herhangi bir kaynağa dayanmamaktadır. Mezarının Dârülhadis Camii mihrabı önünde olduğu belirtilir. Edirne'de Üç Şerefeli Cami'nin yanında Horozlu ve Şeceriye Medresesi denilen bir medresesi vardır. Saraçhane'de Horozlu Yokuşu'ndaki bu medrese daha sonra yıkılmış ve yerine 1295'te (1878) Vali Kadri Paşa tarafından ıslahhâne yaptırılmış, ardından da bir sanayi mektebi inşa edilmiştir.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi