Mora Yarımadası´nın büyük bir kısmı daha önce Osmanlıların idaresine geçmiş olmakla birlikte Venedikliler, buranın güney kıyılarında bulunan Navarın, Moton ve Koron gibi limanlarında hala yönetimi ellerinde bulundurup hüküm sürüyorlardı. Bu arada Kuzey Yunanistan´da bulunan İnebahtı´yı da tasarruflarında bulunduruyorlardı. Osmanlılar, takip ettikleri siyasetleri gereği, stratejik önemleri de bulunan bu ticaret limanlarını elde etmek zorunda idiler. Sultan II. Bayezid, buraların zaptı için donanma hazırlanmasını emretti. Bu gayenin tahakkuku için Osmanlı tersanelerinde yeni ve büyük gemilerin yapılmasına başlandı. Bu durumu öğrenen Venedik, barış için elçi göndermiş ise de donanma, Hammer´in ifadesiyle “yirmi büyük gemi ve altmış yedi kadırgayı havi ve cem´an yüz altmış yelkenden mürekkep olan Osmanlı donanması, Mora sahillerinden Moton ve İnebahtı taraflarına 28 bin Rumeli ve l8 bin Anadolu askeriyle sekiz bin sipahi ve bir o kadar yeniçeriden mürettep 63 bin kişilik bir ordu götürmek üzere yelken açmıstı.” yezid, denizden donanmayı gönderdikten sonra kendisi de 20 Sevval 904 (Haziran l499)´da İstanbul´dan Edirne´ye, oradan da Mora´ya doğru hareket etti. Rumeli Beylerbeyi olan Koca Mustafa Paşa´yı kara tarafından İnebahtı´nın kuşatılması ile görevlendirdi. Ama Osmanlı donanması, fırtına yüzünden üç ay kadar denizde çalkalanıp durdu ve bu yüzden önemli bir gelimse sağlanamadı. Osmanlı donanmasının fırtınaya tutulması, Venediklilerin isine yaradı. Çünkü bunlar, deniz tarafından İnebahtı´yı savunmak için Amiral Antoniyo Grimani komutasında l50 veya l60 parça gemi ile İnebahtı limanını kapattılar. Bu sırada Osmanlı donanması, Navarın limanı ile Brodano adası arasındaki kanala girdi ve düşman tarafından yolunun kesildiğini gördü.
Kara ordusu, İnebahtı çıvarına gelip karadan kaleyi kuşattığı halde, donanmadan henüz bir haber çıkmamıştı. Sonunda donanma Moton önüne geldiyse de Venediklilerin kuvvetli müdafaaları yüzünden limana giremedi. Donanmadaki asker açlık ve susuzluktan dolayı büyük sıkıntılarla karsılaştı. Nihayet donanma Hersekzâde Ahmet Pasa kuvvetleri ile takviye edildikten sonra İnebahti limanına doğru yol alabildi.
Bu esnada Antonio Grimani komutasındaki Venedik donanması da Kemal ve Burak Reis komutasındaki Osmanlı donanmasının Korint körfezine doğru ilerleyişini önlemek üzere harekete geçmişti. İçinde Yenişehir hâkimi Kemal Bey´in kara askerinin bulunduğu Burak Reis´in gemisi, Prodano adası (Burak adası) civarında Venedik donanmasının hücumuna uğradı. Burak Reis´in üzerine saldıran gemilerin sayısı yirmi civarında idi. Her birinde biner kişi olan iki büyük karaka ile her birisinde beşer yüz kişi bulunan diğer iki karaka, Burak Reis´in gemisinin üzerine atılarak Osmanlı gemisini ortaya aldılar. Burak Reis´in gemisine iki taraftan kancalar atılarak rampa yapılmıştı. Çok kalabalık olan düşmana her ne pahasına olursa olsun karşı koymak gerekiyordu. Kıyasıya cereyan eden muharebe devam ederken Burak Reis, Türk denizcileri arasında asırlarca derin bir ihtiramla şanını yüceltecek kahramanca bir harekette bulundu. O, kendi kuvvetlerinden çok daha kalabalık olan düşman kuvvetlerine karşı sayılarının azaldığını görünce, kurtuluş çaresinin kalmadığını anlar ve soğukkanlı bir şekilde son çareye başvurdu. Burak Reis, birbirlerine sıkı sıkıya çengellenmiş olan gemileri neft ile tutuşturdu. Kısa sürede yayılan yangın üç gemiyi birden sararak batmalarına sebep olur. Bu son deniz savaşında başta Burak reis olmak üzere 500´e yakın Türk levendi ile Kara Hasan Reis ve Yenişehir Sancakbeyi Kemal Bey şehit oldular. Göz kamaştıran bu kahramanlık örneği, din ve devlet için isteyerek kendini feda ediş, asırlardan asırlara, nesillerden nesillere nakledildi. Burak Reis, bu hareketiyle Türkleri, Akdeniz hâkimiyetine eriştiren bir “Burak” oldu. Bu savaşta Venedik kaptanlarından Loredano ile Armeniyo da ölmüşlerdir.
Beş yüz mevcutlu Burak Reis´in gemisinden, sadece doksan kadar asker kurtulmuştur. Türk gemicileri bu muharebenin cereyan ettiği Prodano adasına Burak Reis adası ismini vererek bu büyük Türk denizcisinin adini unutturmadılar. Lepanto civarındaki Çatalca ovasında bulunan II. Bayezid, bu olayı öğrenir öğrenmez, 2.000 yeniçeri ile takviye ettiği Anadolu sipahilerini, Hersekzâde Ahmet Paşa komutasında Mora´ya gönderip sıkı tedbirler alma lüzumunu duydu. Nitekim Hersekzâde´nin, Hulumiç´te askerini bindirdiği Osmanlı donanması, süratle ilerleyerek Lepanto Boğazı´na yaklaşmıştı. 22 gemiden meydana gelen Fransız donanmasının yardımıyla boğazın girişini kapamak üzere giriştiği teşebbüste muvaffak olamayan Grimani, rakibi olan Loredano´nun ölümünden memnun olmuştu. Grimani, fazla bir şey yapamayacağını anladı ve İnebahtı yolunu Türk donanmasına açık bırakarak Korfo´ya çekildi. Böylece, takviye birliklerle desteklenen Türk donanması, sahilden kuzeye doğru seyrederek İnebahtı körfezine doğru ilerledi.
Bu deniz savaşlarında fırtına yüzünden büyük hasara uğrayan, aylarca yiyecek ve içecek sıkıntısı çeken Türk donanmasının, Venedik donanmasını yenebilecek dereceye gelmiş olması, artık Osmanlı denizcilerinin Akdeniz hâkimiyetini ele almaya namzet olduklarını göstermektedir. Kara ve deniz kuvvetlerinin ortaklaşa hareketi üzerine sayısız yarma teşebbüslerinde bulunmasına rağmen, her seferinde mağlup olan kale komutanı Zoano Mori, Venedik donanmasının yardımlarından da ümidini kesmiş olduğundan, kalenin anahtarlarını Rumeli Beylerbeyi olan Mustafa Paşa´ya gönderdi. Böylece Lepanto (İnebahtı) Osmanlıların eline geçti.