17. yüzyılın başlarında nüfusunun büyük çoğunluğunu Ermenilerin oluşturduğu Nahiçevan bölgesi, Ermenistan'ın etnik açıdan homojen bölgelerinden biriydi. 17. yüzyıl Avrupalı gezgin misyoner Villot, yukarıda bahsedilenler hakkında dikkate değer bilgiler aktardı. Ancak 17. yüzyıldaki Türk-İran savaşları bölgedeki Ermeniler için feci sonuçlar doğurmuştur. 1603'te İran Şahı Birinci Abbas istilasına başladı. Ermenistan'ın Nahiçevan'ın doğu sınırlarından Şirak'a kadar uzanan bölgeleri, savaş alanına dönüşmüştü. Din seyyahı Antoine Gouvea'nın ifadesine göre, savaş kapsamına alınan bu bölgelerde Ermeni nüfusu çoğunluktu ve yirmiden fazla şehir ve binlerce köy savaşa maruz kaldı.
Askeri operasyonlar sırasında, kuvvetlerin niceliksel ilişkisinin kendi lehine olmadığına ve açık bir savaşta Türklere direnmenin imkansız olacağına dair ciddi bir yargıya varan Şah Abbas, Türk ordusunun ilerleme yolunda bulunan Nahiçevan'ın şehirlerini ve köylerini harap etmeye ve boşaltmaya karar vererek geri çekilir. Böylece, 1605'te Cuğa şehri neredeyse tamamen boşaltıldı. 1812'de İngiliz diplomat William Suzi, Cuğa ziyareti sırasında şunları kaydetti: "Ben Cuğa harabelerini inceledim: tüm nüfus sadece 45 Ermeni aileden ibaret, ancak büyük mezarlık geçmiş nüfusun sayısına tanıklık ediyor. Bir höyüğün yamacında yer alır ve bir askeri bölük gibi sık dikilmiş çok sayıda mezar taşıyla nehre iner; Bu yüzyılların sonucu, birçok neslin hatırasıdır."
“Batı Ermenistan Trajediler Tarihidir”