Kulüp, 4 Aralık 1989 tarihinde kurulmuş ve São Paulo bölgesel turnuvalarında 3. Lig'i ve 2. Lig'i kazanarak erkenden başarıyı yakalamıştır. 2000 yılında şimdiki Série A yerine düzenlenen Copa João Havelange'de Fluminense, Palmeiras ve Grêmio'yu eleyerek finale yükselmiş, fakat finalde Vasco da Gama'ya elenmiştir. Buna rağmen, ikinci oldukları için Copa Libertadores'e katılma hakkı kazanmışlardır. Ertesi sezonda yine Série A'da mücadele etmişler ve Atlético Paranaense'ye karşı final oynamışlardır. Fakat, 2001 sezonunu da ikinci sırada bitirmişlerdir.
2002 yılında takım, Copa Libertadores'de final oynamış, fakat finalde Paraguay ekibi Club Olimpia'ya karşı penaltılarda kaybetmişler ve ikinci olmuşlardır. 2004'te São Paulo Eyalet Şampiyonası'nda şampiyonluğa ulaşmışlardır. 27 Ekim 2004 tarihinde, São Caetanolu defans oyuncusu Serginho kalp krizi geçirerek ölmüştür. Brezilya Futbol Federasyonu, São Caetano teknik ekibi oyuncuyu kalp sorunları olduğunu bilmesine rağmen oynattığı için kulübe ağır bir ceza vermiştir.
2006 yılının sonunda, Série A'yı düşme hattında tamamlamışlar ve Série B'ye düşmüşlerdir. 2013 yılında ise Série B'den Série C'ye düşmüşlerdir.