Hafiza kaybı geçirmiş olan Bourne, Marie adındaki kız arkadaşı ile birlikte mutlu bir yaşam sürmek için dehşetin hüküm sürdüğü geçmişini eskide bırakmıştır. Ancak bir gün kendisine yapılmış olan bir komplo tüm planlarının altını üstüne çevirir. Medusa Darbesinde Bourne artık kim olduğunu bilmediği bir düşman tarafından takip edilmektedir. Yapabileceği tek şey ise kolay lokma olmadığını ispat etmek ve becerilerini sergilemektir.