GROMACS Uygulamaları¶
Bu kılavuzda MD ve Coarse-Grained MD uygulamaları hakkında bilgi verilecektir. Örneğin, atomistik SPC (simple point-charge water) model suyunu kaba taneli temsiline bağlayan bir uyarlamalı çözünürlük simülasyonunun kurulumu yapılabilir. Simülasyonu kurmak için aşağıdaki adımlar takip edilecektir:
Referans olarak bir tüm atom simülasyonu gerçekleştirin.
Kaba taneli bir temsil oluşturun (coarse-grained) ve tablolaştırılmış etkileşim işlevi olarak kaydedin.
SPC modelinde su için hibrit bir topoloji oluşturun.
Atomistik koordinat dosyasını kaba taneli gösterimi içerecek şekilde değiştirin.
Grompp girdi dosyasında uyarlanabilir simülasyonun geometrisini tanımlayın.
Bir dizin dosyası oluşturun.
Etkileşimin kaba taneli temsili, tablolaştırılmış etkileşim işlevi olarak saklanır. Kural, C (12) sütunlarını katsayısı 1 olarak ayarlanmış C:sup:(12) kolonlarıyla kullanmaktır. Diğer tüm kolonlar sıfır olmalıdır. Burada kaba taneli etkileşimi CG olarak adlandırılmıştır, dolayısıyla karşılık gelen tablolaştırılmış dosya
table_CG_CG.xvg dir. Atomistik topoloji dosyasından (örneğin,
share/gromacs/top/oplsaa.ff/spc.itp) başlayabileceğiniz topolojiyi oluşturmak için burada sert suyu varsayıyoruz. VOTCA programı kılavuzunda, çeşitli teknikler kullanılarak etkileşimin nasıl iri taneli hale getirileceği konusunda SPC suyu için ayrıntılı talimatlar ve bir örnek bulunmaktadır. Daha detaylı bilgi için lütfen kılavuzu inceleyiniz [https://manual.gromacs.org/documentation/5.1/manual-5.1.pdf (Erişim tarihi:26.06.2021)].