M.S. 57 yılına kadar uzanan ve tarihi zenginliği barındıran Meryem Ana Kilisesi'nin ilk adı Mor Yuhan olarak kayıtlara geçmiştir. Bölgeye ilk gelen havarilerden Mor Yuhan ve Maria Magdalena gibi öncü misyonerlerin, Hristiyanlık müjdesini yayarak halkın Hristiyanlığı kabul etmesiyle, bugünkü Meryem Ana Kilisesi Mor Yuhan adıyla inşa edilmiştir.
M.S. 57'de kurulan Meryem Ana Kilisesi, Antakya'da bulunan ve Hıristiyanlığı kabul eden ilk kilise olan Mor Petrus Kilisesi'nden sonra, Hıristiyanlığı kabul eden ikinci en eski kilise olarak tarihe geçmiştir. Kilisenin adı ise 1710 yılında Meryem Ana Kilisesi olarak değiştirilmiştir.
3 bölümden oluşan kilise, günümüzde 2 bölümüyle ayakta durmaktadır. Ancak, geçmişteki yıkımlar, savaşlar ve doğal afetler nedeniyle bir bölümü maalesef kaybolmuştur. Bu, kilisenin hüzünlü geçmişine tanıklık ederken, diğer yandan burayı ziyaret edenleri tarihi atmosferiyle büyüleyen bir hikayeye davet eder. Meryem Ana Kilisesi, İdil'in zengin tarihini ve kültürel mirasını yansıtan önemli bir turistik noktadır.