Yüksek lisans programına, mülakat yapılarak öğrenci alınır. Yüksek lisans kontenjanları, son başvuru tarihi, başvuru koşulları, istenen belgeler, var ise diğer açıklayıcı bilgiler her yarıyıl başında ilan edilir.
Yüksek lisans programına başvurabilmek için adayların; Yurt içi en az dört yıllık veya Yükseköğretim Kurulunca eş değerliği kabul edilen yurt dışı fakülte veya yüksekokuldan mezun olmaları gerekir. ALESden fen bilimleri için sayısal veya eşit ağırlıklı puan türünde en az 55 puan veya eşdeğeri bir sınavdan buna denk puan almış olmaları gereklidir. Yurt dışından alınmış lisans diplomalarının denklikleri Yükseköğretim Kurulunca onaylanmış olmalıdır. Ayrıca adaylar ilanda yer alan diğer koşulları da sağlamak zorundadırlar.
Yüksek lisans programına başvuruda, adayların son başvuru tarihine kadar sağlaması gereken belgeler şunlardır: Lisans diplomasının aslı veya Üniversite tarafından onaylı örneği. Lisans not ortalaması ve not dökümü. ALES/TUS veya eşdeğer sayılan ve uluslararası düzeyde kabul gören sınavların sonuç belgesi. Yabancı dil şartı isteyen enstitü anabilim dallarında, tezli yüksek lisans programına başvuracak adayların, ÜDS veya KPDSden en az 40 veya eşdeğeri bir yabancı dil sınavından buna denk bir puan veya Üniversitenin Yabancı Diller Yüksekokulu tarafından yapılacak olan yabancı dil yeterlik sınavından yüksek lisans başvurusu için en az 40 puan, hazırlık sınıfından muaf olmak için en az 70 puan aldıklarını gösteren belge ve başvuru formu.
Yüksek lisans programına başvuran adayların değerlendirilmesi ve programa yerleştirilmesi ALES veya TUS puanının %50si, lisans diploma notunun %20si ve mülakat değerlendirmesinin %30u toplanarak yapılır. Adayın başarılı sayılabilmesi için her üç değerlendirmeden alınan toplam puanın 100 tam not üzerinden en az 60 olması gerekir.