Yakın gelecekteki internet ağı, bugünkü internetten bir kaç adım öne geçerek insanların hayatının vaz geçilmez bir parçası olmuştur. İnternet erişimi NAVI adı verilen güçlü donanımsal bilgisayar sistemleri ile gertçekleştirilmektedir. İnternete bağlı insanlar zamanlarının büyük bir çoğunluğunu ağdaki sanal yaşantılarına ayırmaktadır. Orta okul öğrencisi olan Lain Iwakura, babasının bilgisayar sektöründe olmasına rağmen internetten oldukça uzak bir yaşantı sürmektedir. Günün birinde, Lain I
wakura'nın sınıf arkadaşı olan Chisa intihar eder. Chisa'nın trajik ölümününden sonra Lain ve tüm sınıf arkadaşaları, intihar eden Chisa'dan garip bir e-mail alırlar. Chisa mesajında, yalnızca bedeninin öldüğünü, bilincinin sanal ortamda yaşadığını anlatmaktadır. Sınıf arkadaşları olayı son derece garip bir şaka olarak değerlendirir ve yaşantılarına devam ederler. Ancak, Lain'in sanal ortama olan ilgisi gün geçtikçe yavaş yavaş artar ve NAVİ'siyle daha fazla zaman geçirmeye başlar. Lain'in gerçek hayat ile olan bağlantısı zayıfladıkça, bilinen gerçeklikte zamansal ve mekansal kırılmalar meydana gelir. Sanal dünya ile gerçek dünya arasındaki çizginin koptuğu, günümüz zamanında geçen ama günümüz dünyası ile tamamen ilintisiz bir seri.