1953 yılında Ankara Devlet Konservatuarı\'nın bale bölümüne girdi. 1958 yılında Devlet Tiyatroları sanatçı kadrosuna girdi. Sinema\'ya 1965\'de Taçsız Kral adlı filmle başladı. Ancak daha sonra sinemadan daha çok tiyatroya önem verdi. Yedi Kocalı Hürmüz adlı müzikalde Hürmüz rolü ile başrolde oynadı.
1988\'de Devlet Sanatçısı olan Ayten Gökçer, pek çok ödül kazandı. 1999 yılında Yılan Hikayesi adlı dizi ile televizyon dizilerinde oynamaya başladı. Ayten Gökçer, sanatçı Cüneyt Gökçer ile evlidir.