Profesyonel kariyerine Kolombiya takımlarından America de Cali'de başlayan Kolombiyalı futbolcu, 2000 yılında Real Cartagena'ya transfer oldu. Burada geçirdiği iki sezonun ardından eski takımına geri dönen Zapata, 2004 yılında ise yurt dışına çıktı ve Arjantin'e transfer oldu. İlk sezonunu Rosario Central ve Club Atlético Independiente takımlarında geçiren Kolombiyalı kaleci fazla forma şansı bulamadı. Arjantin'deki ilk sezonun ardından Atletico Belgrano'ya transfer olan Zapata, 2006-07 sezonunu ise Cucuta Deportivo'da geçirdi. 2007 senesinde Steaua Bükreş'e transfer olan Zapata, 2008 yılında Romanya'da Yılın Kalecisi, 2009 yılında da Yılın Yabancı Oyuncusu seçildi. 2010-2011 sezonunun ikinci yarısında ise Galatasaray ile 1,5 yıllık sözleşme imzaladı. Sezon sonu ise takımla olan sözleşmesi karşılıklı olarak feshedildi.