Zi gezegeninde, eski bir ırk, Zoid adı verilen bio-mekanik makineleri bulmuşlardır. Günümüzde bu makinelerden çok fazla kalmamıştır ve birkaçı günlük hayatta kullanılsa da, çoğunluğu savaşlarda kullanılmaktadır.
Van adında bir çocuk, bir gün çölde kaykayı ile gezerken iki Zoid tarafından kovalanmaya başlamıştır. Bu kovalamaca, bir harabede son bulur. Harabenin içine saklanan Van, burada garip bir Zoid bulur. Buna önceleri çok sevinir çünkü Van hep bir Zoid sahibi olmak istemiştir. Ancak bu Zoid, diğer Zoidlerden oldukça farklıdır. Zeke adını verdiği bu Zoid, ilk başta çok güçsüz gibi görünse de, Zeke aslında bir organik Zoid'dir ve başka Zoid'lerle birleşerek, onların potansiyelini maksimuma çıkarma yeteniğine sahiptir. Ancak Zeke yanlız değildir. Zeke'in ardından Fiona adında genç kızı da bu harabelerde bulur. Van, ikisini de köyüne götürür ama kısa bir süre sonra Zeke'in yeteneğini farkeden güçler, Zeke'i elde etmek için köye saldırırlar. Van, Zeke ve Fiona bu olayın ardında köyden ayrılırlar ve Zoid'lerin gerçek tarihini öğrenecekleri maceralarına başlarlar