Hem selim hem de habis kas-iskelet sistemi tümörlerinin büyük kısmı için ana tedavi yöntemi, tümörün cerrahi olarak çıkarılmasıdır. Kemoterapi ve radyoterapi, tümörün duyarlı olduğu durumlarda, cerrahi tedaviyi tamamlayıcı rol oynar. Bazı tümörlerin kemoterapi ve radyoterapi duyarlılığı yoktur ve cerrahi tek seçenektir. Tümörün davranış şekli, evresi, boyutları, anatomik yerleşimi ve komşuluk ilişkileri, (varsa) daha önceki tedavilere verdiği yanıt, hastanın beklentileri ve genel sağlık durumu, psikososyal faktörler ve tedavi yöntemine özgü olası komplikasyonlar ve planlı kayıplar, tedavinin şeklini belirler. Tümörün evresine göre cerrahi tedavi yaklaşımı, yukarıda “Tedavi Öncesi Evreleme” kısmında özetlenmiştir.
Habis kas-iskelet sistemi tümörlerinde tedavi süreci, ortopedik onkolog, radyolog, patolog, medikal onkolog, radyasyon onkoloğu ve pediatrik onkolog başta olmak üzere değişik branşlardan uzmanların oluşturduğu “multidisipliner” bir ekip tarafından yönetilir. Ekip, ortopedik onkolog tarafından koordine edilir. Cerrahi tedavinin özelliğine göre plastik cerrahi, göğüs cerrahisi, damar cerrahisi, genel cerrahi ve üroloji gibi diğer cerrahi branşlardan destek alınabilir. İyileşme sürecinde ise hem fiziksel hem de psikolojik rehabilitasyon için ilgili klinik branşlarla kooperasyon gerekir.