Ağız kokusunun %10'u belirli hastalıklardan kaynaklanır. Mide, bağırsak, karaciğer ve bazı böbrek hastalıkları, şeker hastalığı ağız kokusuna neden olmaktadır. Bazı enti-depresan ilaçlar, kanser ilaçları da sistemik hastalıkları oluşturmaktadır. Sistemik hastalıklara en hızlı neden olan hastalık şeker hastalığıdır. Şeker hastalığı tükürük bezlerini etkiler, ağızdaki tükürük miktarı azaldığı için ağızda aseton şeklinde ağız kokusu ortaya çıkmaktadır.
Tedavi edilmeyen bazı böbrek hastalıkları da kadavra gibi bir kokuya neden olur. Anti-depresan ve kanser ilaçları da tükürük bezlerine direkt etki yaptıkları için ağız kokusuna neden olur.