İsviçre Bayrağı bugünkü şekli ile 1847'deki Sonderbunds savaşlarında kullanılmaya başlandı. Ondan önce de askeri birlikler yer yer beyaz "haç" ve "kırmızı zemini" kullanıyorladı. Ancak Napoleon1798-1803 dönemlerinde bu sembolleri yasaklamıştı. 1804'den itibaren haç ve kırmızı kare İsviçre ordularının "tabur birliklerinin" sembolleriydi. Taburlarda kullanılan bayraklar "kare" şeklinde olduğu için,resmi İsviçre bayrağı, bugünde -dünyada tek bayrak (Birleşmiş Milletlere üye olan)- olarak kare şeklindedir. İsviçre bu konuda da ciddi bir sorun yaşadı. 2002 yılında Birleşmiş Milletlere üyelik başvurusu yaptı.
Ancak BM yönetmeliklerine göre, BM binası önünde göndere çekilen tüm üye ülkeler bayrakları dikdörtgen şeklinde olması gerekiyor. Bu durumda, İsviçre'nin kare şeklindeki bayrağı için bir sorun oluşturdu. Ancak yönetmelikteki ufak bir değişiklik/ekleme sonucu, bugün İsviçre bayrağı'da New York`da BM binası önünde dalgalanabiliyor.