hocam, jquery için gerekli olan dosyaların (.js .css v.b.) hangileri olduğunu bulman gerek. bunları elindeki şablonun index.html sayfasının kodlarına bakarak yapacaksın. daha sonra da kendi istediğin sayfaya alttaki gibi link ve script sayfalarını ilave et.
yüklenecek yer pek önemli değil hepsi bir yerde olsada olur sonuçta kodlarda src="jquery.js" şeklinde yol belirteceksin ama derli toplu olması açısından js leri kendi klasöründe, css leri kendi klasöründe toplayabilirsin.