Malkara ilçesi, Ülkemizin, Trakya bölgesinde yer almaktadır. Trakya bölgesine adını veren kavim Tırak (Trak)'lardır. Kaynaklar, Traklardan pek söz etmemektedir. Ancak son zamanlarda bu konuda yapılan araştırmalarda bunun böyle olmadığı anlaşılmıştır. Thraklar MÖ V. yüzyılda Kralları Adela zamanında Odrys adıyla anılırlar.
Bunların, Yunanlılara ve Romalılara paralı askerlik yaptıkları bilinmektedir. Dünyanın ilk isyanı Roma'da gerçekleştiren (M.0.90) Spartacüs (Spartaküs) Kırklarelili bir Thraktır.
1980 yıllarda Bulgaristan da (Haskova'da) İngiliz araştırmacı James MELLART'ın yaptığı kazılar, 1988'de Tekirdağ Naip köyündeki kazılarda çıkan eserler, Thrakların söylediklerinin aksine, zengin bir kültüre sahip olduğunu kanıtlamıştır.
Malkara'nın kuruluşuna gelince; kaynaklar Pers kralı Kserkes (Kayhüsrev) zamanında Yunan şehirleri ile yapılan savaşlar (Pers savaşları) sırasında, Malkara'ya çok yakın olan Gürgen Bayın denilen yerde bir kalenin yapıldığı söylenmektedir. Bu kale civarında birçok yılan bulunduğundan, bu kaleye Farsça Margar veya Margaar adı verilmiştir. Farsça'da mar yılan, gar veya gaar'da in-mağara anlamına geldiğine göre Malkara sözü, yılanlı mağara veya yılanlı kale anlamına gelmektedir.
Bir söylentiye göre, Makedonya Kralı Büyük İskender (MÖ. 356-323) Trakya'da otuz yıldan fazla kalan Persleri (İranlıları) Trakya'dan uzaklaştırınca, Malkara'da (Malkar'da) Sazan, Malgar ve Kumardaç isimli üç komutanı, edek güçlerin başına bırakmıştır. Kumardaç isimli komutan da bir kale yaptırmıştır (Halen oraya Kumardaş Tepe denilmektedir). Sazan adlı Komutan da yine bir kale yaptırmıştır (Bugün Sazan çiftliği denilen yerde). Bu kaleler dana sonra Romalıların eline geçmiştir. Bizanslılar dönemine kadar savunma amacıyla kullanılmışlardır.
Osmanlılar Rumeli'ye geçtiklerinde, Malkara, surları ile ünlü geniş yerleşim alanı idi. Bu sırada şehrin adı Megalora-Megalhora (Büyükköy), Melagoro (Ulular ulusu) diye anılmaktadır. Bilindiği gibi, Osmanlıların Rumeli'ye geçişi Sırplara karşı Bizans'a yardım amacıyladır. Daha sonra, Gelibolu - Çinpe Kalesinin Osmanlılara Bizanslılar tarafından verilmesiyle, burayı bir üs olarak kullanan Osmanlılar, tetik (ele geçirme) amacıyla, Gazi Süleyman Paşa'nın emrindeki güçlerle Rumeli'ye geçirmişlerdir.(1353- 1356). Bu sırada Hacı İlbey, Lala Şahin, Balaban Bey, Küçükhıdır Bey, Evrenbey, Hacısungur Bey, Müstecep Bey ünlü komutanlar öncülüğünde Tekirdağ, Vize, Keşan, İpsala ve Çorlu şehri hızlı bir şekilde alınmıştır. Bazı kaynaklar bu arada Malkara'nın da alındığını yazmaktadırlar. Ancak, Malkara ve Hayrabolu'nun Gazi Süleyman Paşa ölümünden bir kaç yıl önce alındığı akla daha yatkındır. Süleyman Paşa bir av sırasında (Bolayır ile Seydikavak arasında) kaza ile ölmüştür.
(1359). Tahtın varisi olan bu şehzadenin ölmesi üzerine yerine kardeşi I. Murat geçmiştir. 1360'Iı yılların başında Bizanslıların saldırılar sonucunda, Trakya da Osmanlıların elinde bulunan bir çok yer gibi Malkara'da elden çıkmıştır. Ancak 1. Murat, bölgede duruma hakim olunca, dana önce elden çıkan yerler, Malkara'da dahil Osmanlıların eline geçti. Bu duruma göre Malkara'nın, Osmanlılara geçtiği son ve kesin tarih 1363'tür. Malkara'yı fetih eden Komutanın da Hacı İlbey olduğu bilinmektedir. Bugün Trakya'da birçok yerde Mezarı ve Hacı İlbey adına yapılmış okullar bulunmaktadır.
Malkara'nın kesin olarak Osmanlılara geçmesinden sonra, Osmanlının is (yerleştirme) politikasına uygun olarak Anadolu'dan getirtilen Yörükler, Malkara ve civarına yerleştirilmişlerdir. Bu arada, Ankara ve Çakırı dolaylarından getirtilen bazı ahi gruplar da Malkara ya yerleştirilmişlerdir. (Ahievren köyünün adı da bu olaydan gelmektedir.) 1. Murat'ın ahiliğe karşı büyük bir sevgisi olduğundan (kendisi de bir ahi'dir.), Malkara'ya getirtilen Yörükler arası ahilik oldukça yaygındır. Malkara ve civarına yerleştirilen Yörüklerin büyük bölümünün 1. Mehmet (Çelebi) döneminde "1402-1421" Saruhan Beyliğinin Yörükleri olduğu bilinmektedir. Bunlar; Konya, Aydın ve Muğla çevrelerinden getirtilerek yerleştirilmişlerdir.
Başlarında da ünlü Paşayiğit (Keşan'ın Paşayiğit kasabası onun adını taşır) bulunmaktaydı.
İstanbul'un Türkler tarafından alınmasından sonra, Malkara'nın Balkanlara yapılacak seferler sırasında önem kazandığı görülür. Latin döneminde Malkara, daha sonraları Evlad-ı Fatihan adıyla anılan akıncıların merkezi olacaktır.
Paşayiğit'in soyundan Turhan Bey (Malkara'nın Hacıevhat Mahallesi'nin ondan fazla sokağı onun adını taşır), yaşadığı dönem içinde Malkara'nın gelişmesini sağlamış, bu dönem de Malkara oldukça gelişmiştir. Zira, akıncı birliklerinin tüm ihtiyaçları buralarda karşılanmaktadır. Bugün Malkara civarında Boyacılar, Enserciler, Ekmekçiler, Yaylagöne gibi isimler bu dönemin izlerini taşır. Akıncı birlikleri için lazım olan her şey buralarda hazırlanıyordu. Turhan Beyin oğulları Atina fatihi Ahmet (ki burada ölmüştür) ve kardeşi Ömer Bey (Türbesi, Malkara'da adıyla anılan caminin avlusundadır. Klasik Osmanlı üslubunu taşıyan yapı, sağlam olarak günümüze kadar gelebilmiştir.) Fatih döneminde önemli bir akıncı Beyidir. Kaynaklarda rastlandığı kadarı ile gözü pek bir komutan olan Ömer Bey, Fatih'in emriyle 1465'ler de Venedik'e 70 km. kadar yakın olan İzanco ırmağına kadar, 1470'lerde Romanya'ya Pleoşti (Bükreş yakınları)'ye kadar uzanan maceralı akınlar yapmıştır. Fatih'in isteği ile 1473 Otlukbeli savaşına katılmış, uzun Hasan'ı İran içlerine kadar kovalamış ve sırada esir düşmüştür. Fatih, bu değerli adamını, bir çok İranlı esiri vererek geri almıştır. Bundan sonra Ömer Bey'in gözden düştüğü ve Malkara'da öldüğü bilinmektedir.(1488)
Yükselme döneminde Edirne-Belgrat önem kazanınca Malkara eski önemini yitirir gibi görünür. Ancak bu sırada, ünlü devlet adamlarının ve komutanlarının sürgün yeri olarak önemini devam ettirir.