İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'ni 1927'den 1932'ye kadar Musevi sporculardan kurulu Makkabi şampiyon bitirmiş, Türkiye İdman Cemiyetleri İttifakı'nın 1932 yılında bu sporu ele alma kararının ardından dönemin voleybol şampiyonu Fenerbahçe de İstanbul'un büyük takımları Beşiktaş, Galatasaray ve İstanbulspor ile birlikte bir basketbol takımı kurmayı taahhüt etmiştir. 1913 yılında başlayan ve dönemin İdman spor dergisinde kayıtlı olan girişim Balkan Savaşı (1912-1913) ve I. Dünya Savaşı (1914-1918) nedeniyle akim kaldı. II. Dünya Savaşı sırasında ve ardından geçen yıllarda yaşanan ekonomik darboğaz nedeniyle A takımına gerekli tahsisatı ayıramayan Fenerbahçe, 1952-53 sezonunda futbol takımının İstanbul Profesyonel Ligi'nde kazandığı namağlup şampiyonluğun getirdiği ekonomik ferahlama sonucunda basketbola ayırdığı bütçeyi 2.250 TL'den 14 bin TL'ye çıkarınca başta Altan Dinçer gibi skorer bir yıldızın da transferiyle güçlü bir kadro kurabilmeyi başardı. Daha sonra Fenerbahçe başkanı da olacak Ali Şen'in basketbol şube kaptanlığı döneminde 1975-76 sezonunda geçici bir atılım yaparak dördüncülüğe yükselen sarı-lacivertli takım, başta o sezondan sonra yedi sezonda altı şampiyonluk kazanarak voleybol gibi basketbolda da büyük hakimiyet kuran Eczacıbaşı olmak üzere Efes Pilsen, Tofaş SAS ve Şekerspor gibi müessese kulüplerinin sözde amatör olan basketbolda oyuncu fiyatlarını kulüp takımlarının altından kalkamayacakları düzeye taşımaları nedeniyle, güçlü altyapısıyla ayakta kalmaya çalıştı.
Bu sezondan itibaren yaklaşık çeyrek yüzyıl süresince galibiyet ibresi Fenerbahçe'den yana seyretti. Büyük çöküşü bir sezon erteleyebilen Galatasaray 2003-04 sezonunda 1 galibiyet farkla küme düşmekten son anda kurtuldu; 2004-05 sezonunda ise kulübün 100. yılında sarı-kırmızılılar küme düşme hattında yer aldılar, ancak play-out karşılaşmaları sonucunda kümede kalmayı başardılar. Buna rağmen 2009-10 sezonunda basketbol şube sorumlularının yolaçtığı Cemal Nalga skandalı nedeniyle beş maçta hükmen yenik sayılması ve puan silinme czası nedeniyle 2004 ve 2005 yıllarından sonra bir kez daha küme düşme tehlikesiyle karşı karşıya kaldıysa da son maçlarda durumunu kurtardı. Fenerbahçe sadece 1996 yılındaki finalin ikinci maçında galibiyete yaklaştı, bir ara 13 sayı öne geçtiği maçta rakibine yakalandı ve normal süre 91-91 bitti. Bu nedenle, fikstür gereği 1 Nisan'da oynaması gereken Galatasaray maçında hükmen yenik sayıldı. Fenerbahçe'nin 2-0'lık skorla tescil edilecek hükmen yenilgisi Modaspor'u şampiyon yapacakken, Fenerbahçe'nin sahadan kasten çekilerek bu şekilde Galatasaray yerine Modaspor'u şampiyon yapmayı hedeflediği öne sürülerek Federasyon Başkanı Faik Gökay tarafından Galatasaray da şampiyon ilan edildi. Fenerbahçe 1960 Türkiye Şampiyonası'ndan ikinci devre maçları için yabancı hakem getirilmesi talebi yerine getirilmediğinden çekildi. 25 Nisan 1955 tarihinde Türkiye Şampiyonası'nda tüm maçlarını kazanarak son maçta tek mağlubiyetli Galatasaray'ın karşısına şampiyonluk için çıkan Fenerbahçe rakibine karşı 40-27 gerideyken maçın bitimine 40 saniye kala sahadan çekildi.
Erkekler Basketbol Ligi'nde de iki takım final oynarken, yine Galatasaray'ın evsahipliğindeki dördüncü maçta çıkan olaylar nedeniyle sarı-kırmızılı takım kendi sahasındaki bir sonraki maçı seyircisiz oynama cezasına çarptırıldı. 30 Nisan 1955 tarihinde İTÜ salonunda oynan ilk maçta Galatasaray Fenerbahçe'yi uzatmada 20-19 yendi. 1956 Nisan ayına kadar sekiz maçın yedisini Fenerbahçe kazanırken, bu dönemde Galatasaray'ın aldığı tek galibiyet ise ezeli rekabetin tarihine geçen maçlardan birine sahne oldu. Basketboldaki ilk karşılaşma ise 21 Ocak 1945 tarihinde Teşvik Turnuvası vesilesiyle gerçekleşmiştir. 1911'den itibaren iki kulüp bünyesinde basketbol çeşitli tarihlerde olmasına rağmen Türk sporunun iki ezeli rakibi Fenerbahçe ve Galatasaray 1945 yılına kadar hiç karşı karşıya gelemediler. Fenerbahçe Türkiye Ligi'ne yükseldiğinde ezeli rakibi Galatasaray son üç sezondur ligde mücade etmekte olup, iki şampiyonluk kazanmıştı ve Türkiye'nin n güçlü kadrosuna sahipti. II. Dünya Savaşı'nın (1939-1945) Türkiye'nin ekonomisine getirdiği sıkıntılar spor faaliyetlerinin de alabildiğine daralmasına neden olmuş, İstanbul Erkekler Basketbol Ligi de zaman zaman oynanamamıştır. Fenerbahçe genç ve yıldız takımlarının İstanbul ve Türkiye şampiyonlukları 1975'e kadar devam ederken, A takım ezeli rakibi Beşiktaş'ın diğer ezeli rakibi Galatasaray'ın önünde ilk Türkiye ligi şampiyonluğuna ulaştığı 1974-75 sezonunda dokuzunculuğa kadar geriledi. Bu tarihte, ezeli rekabette kırılma anlarından biri gerçekleşti.
Fenerbahçe camiasının görüş açısına göre bu şekil Fenerbahçe’nin aleyhine idi, zira Fenerbahçe Galatasaray'a oranla daha yaşlı sporculardan oluştuğundan üst üste ve aralıksız 4 maçtan sonra ezeli rakibinin karşısına dezavantajlı çıkmış olacaktı. Bu sonuçla Beşiktaş da Galatasaray'a karşı 1986-87 sezonunun rövanşını almış oldu. İlk yarıyı 12-9 önde bitiren Fenerbahçe ikinci yarı Galatasaray'a yakalandı; uzatmada gülen taraf sarı-kırmızılılar oldu. Buna karşılık Fenerbahçe de 1966-67 sezonunda ilk kez düzenlenen Türkiye Kupası'nda şampiyon oldu. Bu süre içinde ise Fenerbahçe 1993-94 sezonunda kadrosunu gençleştirdi. Buna karşılık Fenerbahçe ise NBA takımı Denver Nuggets'ta forma giymiş Pete Williams ile başarılı bir transfer gerçekleştirdi. Ligin organize edildiğine dair bir kayda ulaşılamamıştır. 31 Mart 1958 tarihinde oynanan Fenerbahçe-Galatasaray maçı öncesi şöyle bir dört olasılıklı tablo vardı: (1) Galatasaray kazanırsa şampiyon, (2) Fenerbahçe Galatasaray'ı 6 farkla yenerse şampiyon, (3) Fenerbahçe Galatasaray'ı 4 ya da daha az farkla yenerse Modaspor şampiyon, (4) Fenerbahçe Galatasaray'ı 5 farkla yenerse bu üç takım birbirleriyle birer kez daha oynayacaklar. Galatasaray müteakip sezonlarda 2 kez final oynayıp bir kez şampiyon olurken Fenerbahçe'yi altı kez daha yendi. Müteakip iki sezon Fenerbahçe kadın basketbol takımı kendisini kapanma tartışmalarının ortasında buldu. Bu ilk dönemde 1904 yılından beri bu sporun oynandığı Robert Kolej'de basketbol diğer kulüplerle ölçülemeyecek derecede ileridir. Kulübün 100. yılında futbol, basketbol ve voleybolda kadınlarda ve erkeklerde Galatasaray'a karşı oynanan 16 maçın tamamını Fenerbahçe kazanırken; 4 galibiyet de erkek basketboldan gelmişti.