COVID-19 salgını, dünyada 2,5 milyondan fazla teyit edilmiş vakaya ve 180 binden fazla ölüme yol açtı.
Potansiyel hastaların erken teşhisi ve ardından izolasyon, mevcut pandemiyi kontrol etmek ve insidans eğrisini hizalamak için kritik öneme sahiptir.
Journal of Molecular Diagnostics dergisinde yayınlanan bu çalışma, merkezi olmayan kurumların daha fazla insana daha hızlı COVID-19 test hizmetleri sunmasına olanak tanıyan yeni bir yöntemi açıklamaktadır.
Viral patojen COVID-19 olan SARS-CoV-2 için tanısal testler, virüsü tespit etmek, epidemiyolojisini anlamak, vakaları bildirmek ve iletimi bastırmak için kritik öneme sahiptir. Tanı şu anda esas olarak RT-PCR (kantitatif ters transkripsiyon PCR) içeren yöntemlere dayanmaktadır, ancak yetenekleri yüksek seviyeli araçların ve aletlerin kullanılabilirliği ile sınırlıdır.
Araştırmacılar SARS-CoV-2 genomik RNA’sını (ribonükleik asit) saptamak için RT-LAMP (ters transkripsiyon döngüsü ile izotermal amplifikasyon) değerlendirdi. RT-LAMP, bakteri veya virüslerin neden olduğu bulaşıcı hastalıkların teşhisinde kullanılan tek adımlı bir nükleik asit amplifikasyon yöntemidir.
Araştırmacılar ilk olarak SARS-CoV-2’ye özgü genomik bölgeler için diğer patojenik insan koronavirüslerine kıyasla LAMP primer setleri geliştirdiler. Daha sonra hassasiyet ve reaksiyon süresi taraması yaparak, ümit vaat eden iki LAMP primeri seti buldular. Daha sonra iki setin her biri için RT-LAMP yanıtlarını optimize ettiler ve diğer koronavirüsler için saptama sınırını ve spesifisitesini değerlendirdiler.
Bu çalışmadaki RT-LAMP analizleri, 100’e kadar SARS-CoV-2 RNA’sını tespit edebilmiştir. RT-LAMP deneylerinin diğer insan koronavirüsleri ile çapraz reaktivitesi gözlenmemiştir. Primer setleri başlangıç noktası olarak ve testin verimini artırabilen kristalin mor kolorimetrik saptama ile birlikte kullanıldı.
Reaksiyon, bir su banyosu da dahil olmak üzere çok basit bir araç kullanılarak gerçekleştirilebilir ve yorumlanabilir. Tahlillerin etkinliği, başka enzim sistemlerinin saptanması ve kullanılması için başka yöntemler benimsenerek daha da değiştirilebilir.
İdeal olarak, tarama testleri sadece duyarlı değil aynı zamanda basit ve hızlı olmalıdır, böylece bakım noktalarında gerçekleştirilebilirler. Bu çalışmanın temel amacı, merkezi olmayan kurumlarda çalışabilecek yüksek teşhis potansiyeline sahip bir yöntem belirlemektir.