Balotelli, Ganalı göçmen bir ailenin çocuğu olarak Sicilya Adası’nın Palermo kentinde dünyaya geldi. Thomas ve Rose Barwuah çiftinin 4 çocuğundan biriydi. Bilmediği bir ülkeye göç eden ailesinin maddi durumu hayli kötüydü. Bir zamanlar ‘faşizmin kalelerinden’ biri olan Çizme’de bir ‘siyahi’ olarak yaşamak sıkıntılarını bir kat daha arttırıyordu. Sağlığı da pek yerinde değildi minik Mario’nun. Ağır bağırsak sorunları yaşıyordu ve bu yüzden birçok kez ameliyat masasına yatmıştı. Hatta geçirdiği bir ameliyat sonrası hayatını kaybetme tehlikesi bile yaşamıştı.
En sonunda Barwuah ailesi, Mario’ya daha fazla bakamayacaklarına karar vererek 5 yaşındaki çocuklarını İtalya'nın Francesco ve Silvio Balotelli çiftine evlatlık verdi. Bu olayı hiç unutmayan Mario, daha sonra gerçek soyadı olarak Barwuah’ı değil ‘Balotelli’yi tercih etti.
Balotelli’nin evlatlık verildiği çiftin durumu, Barwuah’a ailesine göre daha iyiydi. Mario’nun tüm zamanını futbol oynayarak değerlendirdiğini farkeden anne Francesco, oğlunu bir futbol okuluna yazdırmaya karar verdi onu USO Mompiano’nun alt yapısına gönderdi. Mario’nun buradaki tek siyahi çocuk olması ona büyük
sıkıntılar yaşattı. Takım arkadaşları ve onların aileleri tarafından ırkçı saldırılara maruz kaldı. Hatta Mario’nun takımdan atılması için kulüp yönetimine baskı bile yapıldı.
Futbol yeteneği tartışılmaz olan Mario, 11 yaşından itibaren 4 yıl boyunca Lumezzane’de top koşturdu. 15 yaşında Barcelona seçmelerine bile katıldı, ama olmadı. Ülkesine döndüğündeİnter’in altyapısına seçildi ve kendini göstererek 2007-08’de A takıma kadar yükseldi.