Yakup Ağa Medresesi Alacamescit mahallesindedir. Yakubağa külliyesi içinde yer alır. Yanındaki cami ile birlikte 1547’de Yakub Ağa tarafından yaptırıldı. Kuzey yönünde bulunan esas cephede mermer sütunlu ve kemerli bir avlusu vardır.
Plan bakımından belirli bir tipe girmeyen medresenin giriş kısmında kubbelerle örtülü dört oda yer alır. Her odada baca ve bazı nişler bulunur. Bu esas kısmın güneyinde üzerleri basık tonozla örtülü sekiz oda daha vardır. Medrese onarım görmüştür.