Felsefeci ve matematikçi Theon’un kızıydı. İskenderiye’deki Yeni-Platoncu felsefe okulunun yöneticisi oldu. Düşünsel yeteneği, konuşma ustalığı, az bulunur alçakgönüllülüğü ve güzelliğiyle çok sayıda öğrenciyi okula çekti. Sonradan Ptolemais piskoposu olan (y. 410) Kyreneli Synesios da öğrencileri arasındaydı. Synesios’un Hypatia’ya yazdığı birkaç mektup günümüze ulaşmıştır.
Hypatia, o dönemde ilk Hristiyanlarca büyük ölçüde putperestlikle özdeşleştirilen öğrenim ve bilimi simgeliyordu. Bu nedenle İskenderiye’de Hristiyanlar ile Hristiyan olmayanlar arasındaki gerginliğin ve çatışmaların odak noktasıydı. 412’de Kyrillos’un İskenderiye patriği olmasından sonra, kentin putperest valisi Orestes’le yakınlığı öne sürülerek, Nitrialı keşişlerle Kyrillos’un yandaşlarının oluşturduğu fanatik bir kitle tarafından linç edildi. Bu olaydan hemen sonra pek çok araştırmacının kentten ayrılması üzerine İskenderiye ilkçağın büyük bilim merkezlerinden biri olma özelliğini yitirmeye başladı.
Suda sözlüğüne göre, Hypatia, İskenderiyeli Diophantos’un Arithmetika’sı, Pergeli Apollonios’un Konikler’i ve Ptolemaios’un astronomi sistemi üzerine yorumlar kaleme aldı. Bu yapıtları kayıptır. Ama yapıtlarının başlıkları ve usturlapla hidroskopun yapımı konusunda ona danışan Synesios’un mektupları, Hypatia’nın özellikle astronomi ve matematikle ilgilendiğini gösterir. Yalnızca felsefe üzerine kaleme alınmış bir yapıtının olup olmadığı bilinmemektedir. Hypatia’nın İskenderiye Yeni-Platonculuğunu yansıtan felsefesi, yaklaşımı bakımından Atina okuluna göre daha araştırmacı ve bilimsel nitelikteydi. Ayrıca Atina okulu kadar mistik eğilimler taşımıyordu.
"Hayat bir keşiftir ve ne kadar çok seyahat edersek o kadar çok gerçeği anlayabiliriz. Kapımızdaki şeyleri anlamak, ötesinde olanları anlamak için en iyi hazırlıktır."