1964'de ülkesinden sürüldü. Kısa süre Irak ve Türkiye'de kaldıktan sonra geçtiği Fransa'da 1 Şubat 1979'a kadar ikamet etti. 11 Şubat'ta Şah yönetimini deviren ayaklanmaları yönetti.
İran onun sağlığında 1980-1988 arasında 8 yıl Irak'la savaştı. 1989'da Salman Rüşdi hakkında ölüm fetvası yayınladı.
Çevresinde tanınmış Şiilerden olan babasının bir toprak ağası tarafından öldürülmesi üzerine ağabeyi tarafından büyütüldü. Babasının öldürülmesinin gerisinde Şah’ın olduğuna inandığından, küçük yaştan itibaren Şahlık rejimine düşman oldu. Şah’ın Sünni Müslümanlara serbest hareket imkanı sağlaması da bu düşmanlığını arttırdı. İran’da çeşitli medreselerde eğitim gördükten sonra 1950’de Ayetullah Kuşani’nin ölümü üzerine İran Şii topluluğunun başına geçip 1962’de Kum’a yerleşti. 1963’te Şah Rıza Pehlevi’ye karşı girişilen gösterileri düzenleyenlerden olduğu için tutuklandı. 4 Kasım 1964’te sürgün edildi ve Irak’ta Necef’e yerleşti.
6 Ekim 1978’de Irak’ı da terk etmesi istenince Paris’in banliyösü olan Neauple-le-Chateau’ya yerleşti. Oradan Fransa başta olmak üzere çeşitli Avrupa ülkelerinin sağladığı imkanlarla İran’da Şah yönetiminin yıkılması ve Şii inancına dayalı bir devlet kurulması gayesiyle propagandaya girişti. 1978-79 yıllarında İran’da yaygınlaşan kitle gösterileri sonunda Şah Rıza Pehlevi 16 Ocak 1979’da İran’ı terk etmek mecburiyetinde kaldı. 1 Şubat 1979’da İran’a dönen Humeyni ömür boyu dini lider ilan edildi ve Kum’a yerleşti.
İran’da Şii inancına dayalı cumhuriyeti kurduktan sonra muhaliflerini sırasıyla bertaraf eden Humeyni, binlerce kişiyi öldürttü veya hapse attırdı. Sünni Müslümanlara da çeşitli zulümler yaptı. 1980’de başlayan ve 1988’e kadar süren Irak Harbi sırasında barışçı bir çözüm arayışını uzun süre reddetti ve savaşın Saddam devrilinceye kadar sürdürüleceğini ilan etti. Ortadoğudaki çeşitli ülkelerde yaşayan Şii militanları destekleyerek bölgede terörün artmasına sebeb oldu. 1989 yılı başlarında hastalandı ve Haziran ayı başında öldü.