Osmanlı millet sistemi sık sık kullanılan bir tabirdir. Ancak bu ele alınırken imparatorluğun tarihi gelişimine dikkat edilmelidir. Dini cemaatlerle ilgili olarak XVIII. yüzyıldan itibaren millet tabiri kullanılmaya başlandı. Bu dönemde Avrupalılar’ın Osmanlı gayrimüslim toplulukları üzerinde misyonerlik faaliyetleri artmıştı. Osmanlı yönetimi millet olarak adlandırdığı dinî cemaatlerin liderlerinin yetkilerini artırarak misyonerlik faaliyetlerini azaltmaya çalıştı.
“Millet sistemi” bugün bilinen manasını, XVIII. yüzyıldan itibaren ve özellikle de 1856 Islahat Fermanı’ndan sonra kazandı. Bu kavram, her milletin kendi organizasyonu içerisinde, kendi inanç ve gelenekleri etrafında bir topluluk olarak örgütlenmesini ifade eder. Ancak millet sistemi, esas olarak etnik ve dil aidiyetine değil, din ve mezhep aidiyetine dayanır. Örneğin, Ermeniler tek bir ulus olarak değil Gregoryen, Katolik veya Protestan olmalarına göre üç millete ayrılmışlardı.