Günaydın, 29 Ocak 1972 tarihinde Erbaa, Tanoba beldesinde doğdu. İlköğretimi Turhal'da, ortaöğrenimini Erbaa'da tamamlayana Günaydın, Lisede, her sene yapılan okullar arası tiyatro müsamerelerinde aldığı ödül sonrası, jüri üyelerinin Engin Günaydın'ı konservatuvara gitmesi yönündeki baskısıyla oyunculuk hayatına ilk girişi yaptı. Ailesi onu meslek sahibi olsun diye ablasının yanına, yani İzmit'e yollamıştır. Fakat o İzmit'te tiyatroya girdi. Oradan Hacettepe Üniversitesi Ankara Devlet Konservatuvarı'na girdi, daha sonra Mimar Sinan Konservatuvarı'na yatay geçiş yaptı.
Ünlü oyuncu Engin Günaydın profesyonel olarak tiyatroya ilk 1996’da girmiş yaptı. ilk tiyatro deneyimini Otogargara'da yaşayan Günaydın, daha sonra BKM imzalı Demet Akbağ ve Yılmaz Erdoğan gibi oyuncuların olduğu dev kadroya"Bir Demet Tiyatro"'dan teklif almasıyla buraya geçti. Bir Demet Tiyatro"dan sonrasında yine usta sunucu ve oyuncu Mehmet Ali Erbil ve Emel Sayın'ın başrollerini paylaştığı "Aşkım Aşkım" dizisinde Tarık Usta rolünde yer aldı. Aynı sene Zeki Demirkubuz'un Yazgı'sıyla Ankara Film Festivali'nde En İyi Yardımcı Erkek Oyuncu Ödülü'nü aldı.
Günaydın, Yazı Tura adlı filmde de oynadı. 2003 yılında ise "Hadi Uç Bakalım" ve "Alacakaranlık" dizilerinde rol aldı. En büyük çıkışı ise Avrupa Yakası dizisinde "Burhan Altıntop" karakterini canlandırarak büyük ilgi gördü.
Engin Günaydın çok sayıda dizi ve sinema filmlerinde oynarken bir çok kez de en iyi erkek oyuncu ödülüne layık görüldü.