Antik Çağda adı "Agrilia" olan Alaçatı, Batı Anadolu tarihinde "İonia" diye adlandırılan, İzmir'in güneyinden başlayıp Menderes Irmağına kadar uzanan bölgenin tam merkezinde yer alır. Beldemize en yakın "ion" kentleri Alaçatı'nın bir köyü ve bugünkü adı Ildırı olan "Erythrai", Sakız adası yani "Chios" ve Urla İskelesi "Klazomenai"dir.Erken Osmanlı tarihinde Alaçatı'ya Evliya Çelebi’nin seyahatnamesi gibi kaynaklarda olarak rastlıyoruz; beldemiz adını bu yıllarda yerleşen "AlacaatAşireti"nden alıyor. 1830 larda Bölgenin ayanı Hacı Memiş Ağa - ki bugün adı Alaçatı'nın bir mahallesinde yaşamaktadır- depremlerle sarsılan Sakız Adasında yoksullaşan Rum nüfusu çeşitli işlerde çalışmak üzere bölgeye davet eder, böylece Alaçatı’nın kaderi değişmeye başlar. Yerli nüfus harpte savaşırken Rum gençleri bağlarda, zeytinliklerde yardımcı olmaya başlarlar.
Bu arada güneyi bataklık olan Alacaat köyünde halk sıtmayla da savaşmaktadır, bataklığı kurutmak üzere Alaçatı Limanına bir kanal açılmasına karar verilir. Kanal inşaatında çalışmak üzere gelen Rum işçilere büyük toprak sahibi Türkler tarlalarını imar edip işlemeleri koşulu ile verirler. Yeni köy de denizden birkaç kilometre içeride kurulur, bugün Alaçatı'nın birer birer restore edilmekte olan taş evlerinin çoğu 1850- 1890 yılları arasında inşa edilmiştir.19. yüzyıl sonunda artık "Alatzata" köyü (Rumlar "Alacaat"ı "Alatzata" yapmışlardır) özellikle bağları ve şarabı ile önemli bir üretim ve ticaret merkezi haline gelmiştir. Çoğu Rum olan nüfus 12.000 e ulaşmıştır.1912 Balkan Savaşıyla Balkanlardan kaçan göçmenler Alaçatı’ya gelmeye, Rumlar da köyü terk etmeye başlar. 1923’te Türkiye ile Yunanistan arasında "mübadele anlaşması" imzalanır; bu uygulama ile 2 milyon insan yerinden yurdundan olur… Bu anlaşma uyarınca İstanbul'daki Ortodoks Rumlar ile Batı Trakya'daki Müslümanlar hariç Yunanistan'da yerleşik Müslümanlar Türkiye'ye, Türkiye'de yerleşik Ortodoks Rumlar da Yunanistan'a gönderilir.Böylece Balkan Savaşı yıllarında Alaçatı'ya Kosova 'dan ve Bosna'dan gelen Arnavut ve Boşnak göçmenlere Selanik, Kavala, Girit ve İstanköy'den gelen mübadiller de eklenir ve Alaçatı nüfusu 10 yıl gibi kısa bir sürede tamamen değişmiş olur.