İbn-i Sina'nın son 10-12 yılı Ebu Cafer'in hizmetinde geçti. Burada doktor, bilim danışmanı olarak çalıştı ve hatta savaşlara bile katıldı. Bu yıllarda edebiyat ve filoloji çalışmaya başladı. Bir Hamadan seferi sırasında şiddetli bir kolik atağına yakalandı. Güçlükle ayakta duruyordu. Hamedan'a vardığında önerilen tedavileri uygulamadı ve kendisini kadere teslim etti. Ölüm yatağında mallarını yoksullara bağışladı, kölelerini azat etti ve son gününe dek 3 günde bir Kuran okudu. 1037 Haziranında Ramazan ayında 57 yaşında öldü. Kabri Hamedandadır.