1917 Bolşevik İhtilali sonrasında bütün Kafkasya’da ve bu arada Karaçay-Malkar’da da çok kısa bir süre bağımsızlık heyecanı yaşandı. Fakat bu heyecan Ruslar tarafından kanla bastırıldı. 1920’de Karaçay-Malkar bölgesi “Sovyet” sistemine dahil oldu. Ağustos 1942’de Alman ordusu Karaçay Özerk Vilayeti’ne girdi ve bölgeyi beş ay kadar elinde tuttu. Karaçay-Malkarlılar da 1943 yılı sonlarına kadar Sovyetler’e karşı bağımsızlık mücadelelerini sürdürdüler. Bu arada Kafkaslar’da Ruslara karşı çıkarılan pek çok ayaklanmaya önderlik ettiler. Bu mücadeleler sırasında nüfuslarının büyük bir bölümünü kaybettiler.
Bölge, Ocak 1943‘te Almanlardan kurtarıldı. 2 Kasım 1943 ve 8 Mart 1944‘te güya Alman ordusuyla işbirliği yaptıkları gerekçesiyle Karaçay-Malkar nüfusunun tamamı yurtlarından çıkarılarak topyekün bir sürgüne ve soykırıma maruz kaldılar. Bu sürgün sırasında da toplam nüfuslarının yarısını kaybettiler.
Orta Asya ve Sibirya’daki sürgün yerlerinde 14 yıl kalan Karaçay-Malkar halkı, 1957 yılında itibarları iade edilince Kafkasya’daki eski yurtlarına geri döndüler. Kafkasya’ya geri dönen Karaçay-Malkarlılar, burada Kabardey, Besleney, Abaza ve Nogay halklarıyla birlikte Karaçay-Çerkes Özerk Bölgesi idaresi altına alındı. Malkarlılar ise Kabardey-Balkar Özerk Cumhuriyeti idaresi altına alındılar.