Prof.Dr Aydoğan Aydoğdu, Gülhane Askeri Tıp Akademisi'nde başlamış olduğu lisans eğitimini başarı ile tamamlayarak Tıp doktoru unvanı almıştır. İhtisasını ise, Gülhane Askeri Tıp Akademisi'nde tamamlayıp Dahiliye-İç Hastalıkları Uzmanı olmuştur. Yine aynı fakültede Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıkları Bilim Dalı' nda yan dal uzmanlık eğitimini de tamamlamıştır.
Mesleki çalışmalarına Liv Hospital'de devam etmektedir.