Yeşil hamamını geçtikten sonra sağda Çanlı deresinin yanındadır. Bugün Türk İslam Eserleri Müzesi olarak kullanılmaktadır. Sultaniye Medresesi olarak da bilinen Yeşil Medrese'nin yapımını Çelebi Sultan Mehmed diğer külliye yapıları ile birlikte 1419 yılında başlatmıştır. Medrese Sultan'ın ani ölümü nedeniyle yarım kalmıştır.
Giriş, kuzeydeki çapraz tonozla örtülü eyvandandır. Ortasında geniş bir avlusu, Avlunun merkezinde mermerden bir havuzu vardır. Güneyde yüksek açık eyvanlı bir dershane iki yanda birer ufak eyvan ile on üç hücre yer almaktadır. Geniş eyvan sekizgen kasnak üzerine oturtulmuş, kurşunla kaplı kubbe ile örtülmüştür. Diğer eyvan ve hücreler kiremit damla örtülü ve kirpi saçaklıdır.
Yanlardaki 1,2m genişliğinde iki merdiven ve yarım bırakılan kısımlar bu medresenin başlangıçta iki katlı yapılmak isteğinden doğmuştur.
Bahçedeki revakta onsekiz adet başka yapılardan getirilme mermer ve granit sütunlar vardır. Odaların tavanları çapraz tonozludur. Batısı firüüze ve beyaz çinilerle kaplıdır. Tavanı beyaz, lacivert ve sarı renklerle yapılmış geometrik örgü motifi ile bezenmiştir. Pencere aynaları çinilerle dama motifi şekilde süslüdür.
Yeşil Medrese 1975 yılından beri Türk İslam Eserleri Müzesi olarak hizmet vermektedir. Müze'de XIII. yüzyıldan XX. yüzyıla kadar uzanan Selçuklu, Beylikler ve Osmanlı dönemlerine ait çini ve seramik eserler ile Selçuklu ve Osmanlı sikkeleri, geleneksel Türk el işleri ve giysiler teşhir edilmektedir.