İyi bir balık yemeğinin ilk adımı, balığı formunu bozmadan temizlemektir. Balıkçılar küçük balıkları genellikle temizlemek istemezler. İstavrit, hamsi, barbun ve tekir gibi balıkları bıçağa gerek olmadan elle temizleyebilirsiniz. Kalın pullu balıklar ve derisinde diken ya da mukus sıvısı bulunan balıklar tulum çıkarılarak alınmalıdır.
Önce balığın kuyruk yüzgeci hariç, diğer yüzgeçlerini kesin. Sonrasında balığı kuyruğundan tutup pulların çıkış yönünün tersine doğru kaşıkla kazıyıp soğuk suyla yıkayın. Kaşık, pulların etrafa dağılmasını önleyecektir. Pullar kolay çıkmıyorsa balıkları iri tuzla ovarak ya da derin dondurucuda 15 dakika beklettikten sonra temizleyin. Eğer balığı buharda ya da fırında pişirecekseniz balığın şeklini korumak için yüzgeçleri üzerinde bırakın ve sadece içini temizleyin.
Hamsi, sardalye ve gümüş gibi küçük balıkları avcunuzda tutup diger elinizin işaret ve baş parmağıyla balığın kafasını koparın.
İstavrit ve tekir gibi balıkların ise kafasını koparmadan sadece solungaçlarını çıkarın. Sonra işaret parmağınızı balığın karnına sokup iç organlarını temizleyin.
Büyük balıkları temizlerken balıgı bir kesme tahtasına, karın kısmı size bakacak şekilde yatırın. Alt tarafından enlemesine küçük bir kesik attıktan sonra balıgın karnını boydan boya keserek açın. İçine parmaklarınızı sokup solungaçlarla birlikte iç organları çekip çıkarın.
İri kılçıklı balıklar kafaları kesilmeden kalmalıdır. Lüfer, sinarit, orfoz ve çipura gibi bazı balıkların yanakları etlidir. Kırlangıç, sudak, lüfer, levrek, orfoz, fener, iskorpit gibi balıkların kafalarından ve sırt kemiklerinden elde edilen balık suyu, çorba yapımında veya çeşitli pişirme uygulamalarında kullanılmak üzere değerlendirilir.
Son olarak, iç organları tümüyle temizlenmiş olan balığın iç kısmındaki kan pıhtılarını ve kafası kesilmeden kafa boşluğunu bol suyla yıkayın ve pişirmeden önce iyice kurulayın .