Uzunköprü'nün kuruluşu, 1427 yılında II.Murad Han emriyle Ergene Nehri üzerinde Mimar Muslihiddin tarafından bir köprü yapılmaya başlanmasına dayanır. Bunun öncesinde Uzunköprü'nün bu gün bulunduğu yerde ERGENE nehrinin bataklıkları ve ormanlık arazi bulunduğu bilinmektedir.
Avrupa'ya sefer yapan Osmanlı ordusunun toplanma yeri olan Edirne'ye geçiş güzergahı üzerinde bulunan bu arazide ordu geçişi için daha önceden yapılan köprülerin Ergene nehrindeki taşkınların sonucu yıkılması ile kalıcı bir köprü inşaasına karar verilmiştir. Ormanlık ve bataklık arazide haramilerin dolaşması bölgeyi güvensiz hale getirdiğinden dolayı köprünün korunması için bir kasaba kurulmasıda verilen kararlar arasındadır. Osmanlı'nın son dönemlerinde "Uzunköprü" adını alacak bu kasabanın o zamanlarda kayıtlarda Cisr-i Ergene kasabası olarak geçtiği görülmektedir.
Uzunköprü, Osmanlıların Rumeli'de kurdukları ilk yerleşim yeridir. Daha önce varolan bir kasaba değil, tamamen Türklerce oluşturulmuş bir şehirdir. Uzunköprü'nün inşaası 4 yıl sürecek ve dünyanın en uzun taş köprüsü olarak tarihte yerini alacaktır. II. Murad tarafından köprü yakınına kurulan kasaba da Osmanlıların Avrupa kıtasında ilk kurdukları yerleşim merkezi (diğer yerleşim merkezleri tarihte önceden var olan yerlerdi ve fetihlerle ele geçirilmişlerdi) olarak tarihe geçecektir. Kuruluşu sırasında Cisr-i Ergene Kasabası'na II.Murad'ın emri ile Muradiye Camii ve bir de hamam yapılmıştır.
Uzunköprü, Osmanlı'nın son döneminde yaşanan savaşlar sırasında hem Yunan hem de Bulgar istilası altında kalmıştır. 1920-22 Yunan işgali sırasında ismi Makrifere olarak değiştirilmiştir. Uzunköprü'nün ilginç bir özelliği de, köprünün başında, Osmanlı ülkesinin ilk Hürriyet anıtının 1909 yılında dikilmiş olmasıdır. Bugün Yunanistan sınırına 6 km uzaklıkta yeralan Uzunköprü ilçesi geçimini tarım ve tarımsal sanayii üzerinden sağlamaktadır. Ergene Ovası'nın bereketli topraklarında çeltik, ayçiçeği ve buğday başta olmak üzere tarımsal ürünler, diğer bölgelere nazaran yüksek verimlilikle üretilmektedir. Ancak son 20 yılda Trakya'da gelişen kontrolsüz sanayii ile birlikte çevre problemleri Ergene Nehri'ni kullanılamaz hale getirmiştir. Sanayii atıklardan dolayı hergün farklı renkte akan Ergene Nehri kokusu ve içerdiği kimyasallar nedeniyle tüm bölge halkını ve ekonomisini olumsuz yönde etkilemektedir.