Tunus Beyi`nin ordusunda görev yapmış bir teğmenin 8 çocuğundan en küçüğüydü. Tunus`ta Arapça ve İslam dini konusunda sağlam bir eğitim gördü, ardından Sorbonne`da hukuk ve siyaset bilimi okudu. Ülkesine döndükten sonra avukatlık yapmaya başladı.1934`te bağımsızlık mücadelesine önderlik edebileceğini düşündüğü bazı genç arkadaşlarıyla Yeni Düstur Partisi`ni kurarak önce genel sekreteri, 1948`de de partinin başkanı oldu. Örgütleyici özelliğiyle sivrilerek, parti örgütlerin kırsal kesime yaydı ve o güne kadar kentlerde seçkin bir tabakanın tekelinde olan ulusal hareketin halk kitleleriyle bütünleşmesini sağladı. Öte yandan siyasi faaliyetleri yüzünden kısa sürede Fransız sömürge yönetiminin dikkatini çekti, 1934-1955 yılları arasında 10 yılını hapiste geçirdi.
Milliyetçilerin 1952-54 arasında giderek artan şiddet hareketlerine yönelmeleri üzerine, önce baskıcı önlemlere başvuran Fransız yönetimi, yöntemlerinin etkisiz hale gelmesi üzerine Burgiba ile görüşmelere başladı.20 Mart 1956`da Fransa başbakanı Guy Mollet ile Tunus`a bağımsızlık verilmesini öngören bir antlaşma imzaldı.1957`de krallığın kaldırılmasından sonra cumhurbaşkanlığına seçildi.
1959`da, İslamı devletin resmi dini olarak korumakla birlikte, çokeşliliği yasaklayan, boşanmaya zorlaştıran ve Ramazan ayında iş yaşamanının aksamamasını sağlayan yeni bir anayasayı yürürlüğe koydu.Dış politikada tarafsızlık politikası izledi.Bununla birlikte Tunus`un kültürel ve eğitsel bakımlardan Fransa`ya yakınlığını sürdürdü.Öte yandan iktidarı boyunca Fransa`yla iki büyük kriz yaşadı.1961`de diğer Arap ülkerinden gelen baskıların da etkisiyle 1956 antlaşmasıyla Fransa`ya bırakılan Bizerte`nin Tunus`a iade edilmesi talebinin reddedilmesi üzerine başlattığı askeri saldırı ve Fransız direnişi binden fazla Tunuslunun hayatını kaybetmesine neden oldu, Fransızlar 1963`te Bizerte`den çekildiler.1964`te Fransız göçmenlerinin topraklarını kamulaştırması, Fransa`yla olan ilişkilerin daha da gerginleşmesine yol açtı.
Arap Birliği`nin kararlarına karşı bağımsız bir tutum takındı.Ilımlı bir sosyalizmden yana olan Burgiba`nın Düstur Sosyalist Partisi güçlü konumunu sürdürse de, 1980`lerde muhalefet giderek etkili olmaya başladı.1986`da aldığı ani bir kararla, ardılı olarak seçmiş olduğu Muhammed Mzali`yi başbakanlıktan uzaklaştırarak yerine, Radikal İslamcıları sindiren içişleri bakanı Zeynel Abidin bin Ali`yi atadı.Bin Ali, Burgiba`nın ilerleyen yaşının ülkeyi etkin biçimde yönetmesini engellediğini öne sürerek, Kasım 1987`de cumhurbaşkanlığını elinden aldı. Ölümüne kadar Monastir`deki evinde ev hapsinde tutuldu.