Önce Hıristiyanlık daha sonra İslam dininin doğuşu ile birlikte felsefe tektanrıcı dinlerin etkisi altına girdi ve bu dönemde, özellikle ortaçağda ve onu takip eden yüzyıllarda filozoflar ve teologlar bu soruya şöyle yanıt verdiler: Tanrı insanı özgür bir irade ile iyilik ve kötülük arasında seçim yapacak biçimde yaratmıştır. Ruh ölümsüzdür, bu dünya ise geçicidir. Bu dünya ve yaşam bir sınavdır. Seçimlerimizin kötü olması durumunda Tanrı bizi cezalandırıp cehenneme gönderir, iyi olması durumunda ise cennete gönderir. Bazı doğal afetlerde söz konusu olduğu gibi, insanların eylem ve seçimleri sonucunda ortaya çıkmayan kaçınılmaz acılara ise yine kötü gözle bakmamalıyız. Tanrı mükemmel olduğuna göre, bunlar kötülük göstergesi olamaz, bunlar bize kötü görünse de, ilahi ve nihai boyutta bunlar da Tanrı’nın iyi niyeti kapsamında olan şeylerdir.
Ortaçağda, Tevrat, İncil ve Kuran’a dayanarak karşımıza çıkan bu anlayış ne kadar geçerlidir, ne kadar ikna edicidir, bu elbette felsefe alanında hala bir tartışma konusudur. Tanrı mükemmelse ve evreni, yaşamı, insanı istediği gibi yaratma gücüne sahipse, neden böyle bir model tasarladı ve yarattı? İnsanlar, Tanrı’nın bir öğretmen olmak ve sınav yapmak hevesi için bu kadar çok acı çekmek zorundalar mı? Doğal afetler, savaşlar, katliamlar, cinayetler, tecavüzler, sömürüler, baskılar sonucunda milyarlarca masum insan neden ölüyor, neden acı çekiyor? Küçük çocuklar, kadınlar, yaşlılar ve onlarla birlikte her cinste ve yaşta masum insan neden ölmek ve acı çekmek zorunda kalıyor? Tanrı istese bunları önleyemez mi? Tanrı evreni, yaşamı ve insanı farklı bir biçimde yaratamaz mıydı? Tanrı’nın mükemmel varlık olarak tanımlanması, yaşamdaki kötülüklerin varlığını ilahi boyutta haklı çıkartmaktan ziyade, Tanrı’nın yokluğunun göstergesi değil midir? Üstelik Tanrı’nın varlığını nereden biliyoruz? Bu konuda bir kanıt var mı? Bu konuda bir deneyim var mı? Deneyim ve akıl Tanrı’nın varlığını bize gösteriyor mu? Evrim kuramında söz konusu olduğu gibi, bilimsel tezler ile Tevrat, İncil ve Kuran’ın tezleri çeliştiğinde, bu kitapların herhangi bir inandırıcılığı ve güvenilirliği kalır mı? Peygamberlik var mı, vahiy ve mucizeler gerçekleşmiş mi, ruh ölümsüz mü, Tanrı var mı, bunları nasıl ve nereden bileceğiz? Tanrı’nın olduğu yerde insan özgür olabilir mi?