Avrupa Birliği 2009 İlerleme Raporu'nda, gene Türk Silâhlı Kuvvetleri'ne eleştiri var. Ama elimizi vicdanımıza koyup bir değerlendirme yapınca, İlker Başbuğ'un siyaset ile arasına mesafe koyma hususunda seleflerine göre çok daha hassas davrandığını söyleyebiliriz. Eskiden komutanlar her vesile ile hükûmete çatıp, "cumhuriyeti koruyup kolladıklarını" beyan ederlerdi. Sonra ortaya çıktı ki, ordu bünyesinde bir kadro, darbe hazırlığı içindeymiş ve ekibi istim üzerinde tutmak maksadıyla, iktidara verip veriştiriyorlarmış.
İlker Başbuğ en son konuşmasını Mardin'de yaptı. (21 Eylül 2009) Türkiye'nin üniter yapısını vurgulayan, aynı zamanda demokratik açılımı destekleyen sözler sarf etti. Muhalefetin tepkisi üzerine, o gün bugün, demeç vermiyor.
İlerleme Raporu'nda kastedilen, daha ziyade, Başbuğ'un Nisan ve Haziran aylarındaki değerlendirmeleri. Nisan ayındaki İletişim Toplantısı'nda, Ergenekon üzerinde durmuştu. İtirafçıların ya da gizli tanıkların ifadeleriyle kişilerin suçlanmasını eleştirmişti. İddianamenin ekleri arasına konulan ses bantlarından söz etmişti: "...Türkiye artık her sabah kalktığımız zaman acaba kimin ses bandıyla karşılaşacağımız bir ortama geldi. Ses bantları kanuni bir ortamda mı alınmış? İkincisi, acaba o ses bantları doğru mu? Hayır. Bir kısmı doğru olsa da, diğer bir kısmı belki onun içine ilâve edilmiş. Bu bizi çok rahatsız ediyor... İddianamede yer alan öyle konular var ki, bir tanesini, Türk Silâhlı Kuvvetleri'ni ilgilendirdiği için örnek vereceğim. 1993 yılında Bingöl'de meydana gelen olayla ilgili bir gizli tanığın ifadesi var. Gizli tanık kimdir, ne kadar güvenilir? Bu gizli tanığın vermiş olduğu ifade ile iddianamede geçen kişiler arasında bağlantı kurulması lâzım. Olay var ama, olayın, o iddianamede suçlanan kişilerle organik ilişkisi yok. O zaman niçin koydunuz bunu? Sadece bir gizli tanık, ama onu destekleyen tanık da yok... Bir diğer konu da şu: İddianamelere baktığımız zaman, bazı olayların sadece gizli tanık ve itirafçılara dayandığını görüyoruz. Sadece gizli tanık ve itirafçılara dayanmış olması da, insanı düşünmeye sürüklüyor."
Başbuğ, Dursun Çiçek'e ait belgenin ortaya çıkması üzerine de bir basın toplantısı düzenlemiş, AK Parti ve Fethullah Gülen'i hedef alan "İrtica ile Mücadele Eylem Planı"nı "kâğıt parçası" olarak nitelendirmişti. Askeri mahkemelerin varlığını demokratik bulmayanlara ise, örneklerine, İngiltere, Belçika, İtalya, İspanya, Yunanistan, ABD ve İsrail'de rastlandığını söyleyerek, cevap vermişti.
Eski dönemle mukayese edildiğinde, İlker Başbuğ siyasete karşı mesafeli bir tavır aldı. Ama, bu istikamette daha çok çaba sarf etmek gerekiyor.