YAKUP BEY tarafından, 1598 yılında yaptırılan ve günümüzde İzmir'in en büyük camisi olan Hisar Camisi'nin batı yanının birkaç metre yakınma inşa edilmiştir. Bu kesim Han'ın doğu tarafını oluşturmaktadır. Batı cephesi, Halimağa çarşısının karşısında, eski keresteciler, bugünkü 871. sokak üzerindedir. Vaktiyle deniz kenarında inşa edilen Han zamanla denizin dolması veya doldurulması sebebiyle sahilden 200 metre kadar uzak kalmıştır.
Han daha sonraki yıllarda da deprem ve yangın badireleri atlatmıştır. Kızlarağası Han'ının diğer Osmanlı hanlarıyla başlıca benzerliği, çarşılı ve avlulu hanlar düzeninde olmasından ibarettir. Üst katta avluya bakan, 5 sütunlu, 6 sıra kemerli, yegâne revakı ve cephesindeki bindirme konsollar üzerindeki çıkma cumbalı şahnişinleri sebebiyle Osmanlı han mimarisi arasında sayılmaktadır. 4000 metre karelik, kareye yakın dikdörtgen planlı,2 katlı, kuzey bölümdeki bedestenleri tek katlı, yaklaşık 600 metre karelik büyük avlusu olan görkemli bir yapıdır.
İlk yapıldığı yıllarda genellikle bedestene kofracı (hasırcı) esnafı hakimdi. Daha sonraları Han'ın üst katındaki çuhacı esnafının aşağıya inmesiyle Çuha Bedesteni ismini almış ve Han'ın en önemli bedesteni durumuna gelmiştir. Bakır Bedesteni ile tam orta yerlerindeki bir kapı ve geçit ile birbirlerine bağlanmaktadırlar. Koridorlar, (Bedesten
ektedir. Bu koridor da tam ortasından bir geçitle avluya bağlanmıştır. Restorasyondan önce; revak sıra kemerleri ile birlikte batı galerisini örten beşik tonozlar tamamiyle yıkılmış bulunuyordu. Sütunlar, onları birbirine ve binaya bağlayan gergi demirleri sayesinde restorasyon öncesine kadar ayakta kalabilmişlerdir. Sütunlar sade taş silindirlerden ibarettir. Sütun başlıkları, üçgen - baklava geometrik Türk motifleriyle tezyin edilmişlerdir. Üst katta 73 adet oda bulunmaktadır. Kuzey koridorunda bulunanların dışında diğer iki koridorda bulunan odaların önemli bir bölümü, restorasyon öncesinde tamamen veya kısmen yıkılmış, bir kısmı da niteliğini yitirmis derecede, çok harap bir durumda bulunmaktaydı.
Cephenin ortasındaki ana kapıdan avluya girilmektedir, yüzümüzü Han'ın cephesine verdiğimizde, sol tarafta kuzeyde iki (Bakır ve Çuha Bedestenlerinin kapıları) sağ tarafta güneyde ise bir kapı (Cevahir Bedesteni kapısı) görülmektedir. Bugün binayı içten ve dıştan, kurşun örtünün bitiminden itibaren çepeçevre, tuğladan yapılmış, iki sıralı bir kirpi saçak dolanmaktadır. Çatıda oda sayısı kadar baca mevcuttu. Günümüze kadar gelmiş iki orjinal baca örnek alınarak, tüm bacalar aslına uygun olarak yeniden yapılmıştır. 1740’lı yıllarda Hacı Beşir Ağa’nın İzmir’le ticari ilişkileri olması sebebiyle İzmir’de bulunması, buradaki ticari potansiyeli yakından bilmesi ve önünde Büyük Vezir Han gibi olumlu bir örneğin bulunması, KIZLARAĞASI Hanı’nın yapılmasına etken olmuştur.
KIZLARAĞASI HANI’nın zemin katı depolama ve ticaret amacıyla kullanılmaktaydı. Han’a inen kervanların yükleri burada boşaltılır, ihraç edilmek, dükkanlarda satılmak veya depolanmak üzere ayrılır, alışverişler yapılırdı. Deve, katır, eşek, at gibi kervan hayvanları yükleriyle girdikleri Han avlusuna yüklerini indirdikten sonra burada gecelemekteydi. Mallar, han depo ve mahzenlerinde muhafaza altına alınırdı. Han’ın kapıları, bütün hanlarda olduğu gibi havanın kararmasıyla kapanırdı. Han’ın üst katında geceleme amaçlı kullanılan ocaklı, nişli, bodrumlu, ahşap tabanlı odalar bulunmaktaydı. Odaların içlerinde ihtiyaca cevap verebilecek yer döşekleri, toprak lazımlık, testi, toprak kandil ve tütün lülesi gibi araç ve gereçler de bulunmaktaydı.
Kızlarağası Hanı şimdi Kemeraltına inen herkesain uğradığı nefes aldığı kahvesni yudumladığı güzel bir yer dir .. sizlere tavsiyem gittiğinzide hanı iyi gezmeniz özellikle ikinci katında sanat eserlerinin yapıldığı küçük atölyeleri bulabilirsiniz.