Bosna Hersek'in Bosanski Şamats şehrinde 1925 yılında dünyaya gelen Aliya, İkinci Dünya Savaşı boyunca faşist ideolojiye, sonrasında ise komünist ideoloji ve uygulamalarına karşı verdiği mücadele ile ismini duyurmaya başladı. İkinci Dünya Savaşı yıllarında Boşnaklar'ı yaşanan biyolojik ve manevi soykırımdan korumak için Mladi Müslümani (Genç Müslümanlar) isimli, kolej ve üniversite öğrencilerinden oluşan teşkilatta görev aldı.
İzzetbegoviç, 1946 yılında tutuklandıktan sonra 1949 yılına kadar hapiste kaldı. 1970 yılında kaleme aldığı "İslam Deklarasyonu" isimli bildiriyle dikkatleri üzerine çekti.
"İslam Deklarasyonu" nedeniyle "bölücülük ve İslam devleti kurma" suçlarından beraberindeki 12 Bosnalı aydınla 1983 yılında yargılanan İzzetbegoviç, 14 yıl hapse mahkum edildi. Aliya, 1988 yılı sonunda Yugoslavya hükümetinin "sözlü muhalefet sebebiyle cezalandırılan bütün mahkumların serbest bırakılması" kararının ardından hapisten çıktı ve siyasete ilk adımını attı. Boşnaklar'ı kendi öz vatanlarında aşağılık duygusundan kurtarmayı, siyasi arenada etkili olmalarını sağlamayı ve ülkedeki diğer etnik unsurlarla birlikte bir arada yaşamın en güzel örneğini göstermeyi amaçlayan Aliya, 27 Mart 1990'da Demokratik Eylem Partisi'ni (SDA) kurdu.
Eski Yugoslavya'yı oluşturan altı cumhuriyetten biri olan Bosna Hersek'te, 18 Kasım 1990 tarihinde yapılan ilk çok partili seçimlerde İzzetbegoviç'in genel başkanlığını yaptığı SDA, parlamentodaki 240 milletvekilliğinden 86'sını kazanarak, seçimlerden güçlü çıktı. Aliya, önce Slovenya'nın, ardından Hırvatistan'ın Yugoslavya'dan bağımsızlığını ilan etmesinin ardından, ya bağımsızlığı tercih edip bir bedel ödeyecek ya da o zamanki Yuoslavya'nın devlet başkanı olan Slobodan Miloşeviç'in ırkçı yönetimi altında kalacaktı. İzzetbegoviç, bu zor durumu her zaman büyük saygı duyduğu halkının tercihine bıraktı. 29 Şubat ile 1 Mart 1992 tarihlerinde ülkede referandum yapıldı.