Nature Scientific Reports dergisinde yayımlanan bir makale, El Sidron Mağarası'ndaki 13 Neandertal'de bulunan doğuştan hastalıkların iç çiftleşmeye (ensest ilişkiye) işaret ettiğini ileri sürmüştü. Yani onlar da akrabalarıyla çiftleştiler ve hasta yavrular ürettiler. Etkileri bizdekiyle yaklaşık olarak aynıydı. Daha önceden de zaten Neandertaller'de mtDNA çeşitliliğinin ve heterozigotluğun çok düşük olduğu görülmüştü. Morfolojik sonuçlar da bunun fiziksel etkilerini gösteriyor. İç çiftleşme nedeniyle Neandertaller'de oluşan anomalileri burada listelemişler:
Altai Neandertalleri'nde yapılan genetik çalışmalarda, yarı-kardeşlerin bile birbiriyle çiftleştiği anlaşılmıştı. El Sidron'daki durum da buna benzer. Bu da doğal olarak gelişimsel problemlere yol açıyor. Örneğin 13 bireyin 4 tanesinin C1 omurunda yarık var.
Hırvatistan'daki Vindija Neandertalleri'nde heterozigotluk daha yüksek, dolayısıyla onlardaki iç çiftleşme muhtemelen Altai ve El Sidron'dakilerden daha az. Ancak orada da daha yakın zamanda yaşamış bireylerde heterozigotluk düşüyor. Yani Neandertaller yok olma sürecine girip, sayıları azalınca, iç çiftleşmeler de ister istemez ve doğal olarak artıyor.