SARS-CoV-2 gibi virüsler, genomun replikasyonu sırasında meydana gelen genetik koddaki değişikliklerin bir sonucu olarak sürekli olarak gelişir. Bu değişiklikler, genetik mutasyonlar veya viral rekombinasyon tarafından üretilebilir. Ortak bir ataya sahip olan ve genetik olarak birbirine bağlı bir grup virüs varyasyonuna soy denir. Bir virüsün varyant olarak kabul edilebilmesi için, bir virüsün varyantını diğer SARS-CoV-2 varyantlarından ayıran bir veya daha fazla modifikasyon gereklidir. Bir rekombinant, yeni bir çeşit oluşturmak için iki farklı varyanttan gelen genetik kod birleştirildiğinde üretilen bir varyanttır.
Bu salgın sırasında, Amerika Birleşik Devletleri’ndeki ve başka yerlerdeki araştırmacılar, beklendiği gibi birkaç SARS-CoV-2 suşu keşfettiler. Bilim adamları, rekombinantlar da dahil olmak üzere varyantları bulmak için virüsler arasındaki genetik varyasyonları ve yerel salgın araştırmaları bilgilendirmek ve ulusal eğilimleri anlamak için birbirleriyle nasıl bağlantılı olduklarını değerlendirir.
SARS-CoV-2 Sıralamasında Hatırlanması Gereken Noktalar
- COVID-19 pandemisinin başlangıcından bu yana, SARS-CoV-2’nin yeni genetik soyları oluşmakta ve dünya çapında dolaşmaktadır.
- Amerika Birleşik Devletleri’ndeki SARS-CoV-2’nin genetik soyları, epidemiyolojik araştırmalar, virüs genom bilgilerine dayalı izleme ve laboratuvar çalışmaları yoluyla sürekli olarak izlenmektedir.
- Omicron’a 30 Kasım 2021’de Amerika Birleşik Devletleri hükümetinin SARS-CoV-2 Kurumlar Arası Grubu (SIG) tarafından “Endişe Türü” adı verildi. (VOC).
- Amerika Birleşik Devletleri hükümetinin SARS-CoV-2 Kurumlar Arası Grubu (SIG), 14 Nisan 2022’de Delta’yı “Endişe Varyantı” kategorisinden “İzlenen Varyant” türüne taşıdı.
- SIG Varyant sınıflandırma şeması, dört SARS-CoV-2 varyantı sınıfını tanımlar: İzlenen Varyant (VBM), İlgi Varyantı (VOI), Endişe Varyantı (VOC) ve Yüksek Sonuç Varyantı (VOHC).
- Amerika Birleşik Devletleri Sağlık ve İnsan Hizmetleri Departmanı (HHS) tarafından kurulan SARS-CoV-2 Kurumlar Arası Grup (SIG), ilgili çeşitli kuruluşlar arasındaki koordinasyonu geliştirmekti.
- SIG, Amerika Birleşik Devletleri’nde dolaşan SARS-CoV-2 varyasyonlarının oluşturduğu tehlikeyi değerlendirmek ve varyantların sınıflandırılmasıyla ilgili tavsiyelerde bulunmak için sık sık toplantılar yapar.
SARS-CoV-2 dizileme Anahtar Terimleri
varyant
Bir veya daha fazla mutasyona uğramış bir viral genom (genetik kod) bir varyasyondur. Bir veya daha fazla mutasyon geçirmiş bir viral genom (genetik kod) bir varyasyondur. Belirli durumlarda, halk sağlığı kuruluşları, İzlenen Varyant (VBM), Endişe Varyantı (VOC) veya İlgi Varyantı olarak benzer değişiklikleri paylaşan bir genetik varyant koleksiyonunu sınıflandırabilir. Bu sınıflandırmalar, koleksiyondaki (VOI) varyantlar tarafından paylaşılan genetik değişikliklere dayanmaktadır. Ortak bir dizi özellik ve nitelik, halk sağlığı sisteminin müdahalesini gerektirebilir.
mutasyon
Bir virüsün genomundaki tek bir değişiklik, mutasyon (genetik kod) olarak adlandırılır. Mutasyonlar yaygın olsa da, virüsün özellikleri sadece bazen bunlara bağlı olarak değişir.
rekombinant
İki SARS-CoV-2 varyantının genomlarının, viral replikasyon süreci sırasında, her iki ebeveyn soyundan farklı olan ve diğer insanları enfekte etme potansiyeline sahip yeni bir varyant oluşturmak için birleştiği bir süreç.
soy
Ortak bir ataya sahip olan yakından ilişkili bir virüs grubuna soy denir. SARS-CoV-2’nin birden çok soyu vardır; hepsi COVID-19’u tetikler.
SARS-CoV-2 Sıralama Sonuçları Rapor Kılavuzu
Varyant virüsler de dahil olmak üzere SARS-CoV-2’nin genetik çeşitliliğini, yayılmasını ve evrimini anlamak, ülkenin COVID-19 pandemik yanıtı için son derece önemlidir. Bu, varyant virüsleri içerir.
Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezleri (CDC), SARS-CoV-2 pozitif örnekleri işleyen ve sıralayan laboratuvarların bu tür verileri eyalet, yerel, kabile veya bölgesel halk sağlığı departmanlarına göndermesini talep eder. Teknik yönergelere göre, SARS-CoV-2 sıralama sonuçları, kesin talimatlara ve örneklere göre uygun eyalet, yerel, kabile veya bölge halk sağlığı makamına bildirilmelidir.
Medicare & Medicaid Services (CMS) Merkezleri, hizmetlerin yürütülmesini sağlayan bilgiler yayınladı. SARS-CoV-2 dizilimi Hastaya özel sonuçları yerel, eyalet, kabile veya bölgesel halk sağlığı departmanlarına bildirmek için tanınan örnekler üzerinde. Bu tesisler, CLIA sertifikalı olabilir veya Klinik Laboratuvar İyileştirme Değişiklikleri (CLIA) tarafından onaylanmamış olabilir. Halk sağlığı departmanı herhangi bir sıralama verisi hakkında rapor alabilir. Laboratuvarlar aşağıdaki durumlarda sonuçları hastalara bildirmelidir:
- Sıralamayı gerçekleştirmek için kullanılan yöntemler CLIA gereksinimlerini karşıladığında.
- Performans spesifikasyonları oluşturduğunuz ve Amerika Birleşik Devletleri Gıda ve İlaç İdaresi’nden Acil Kullanım İzni (EUA) verildiği için.
Test, CLIA sertifikası verilmiş bir laboratuvarda veya başka bir tesiste yapılmalı ve aşağıdaki durumlarda ilgili tüm CLIA ve FDA kurallarına uymalıdır:
- SARS-CoV-2 dizilimi sipariş sağlayıcıya sağlanır.
- Hastaya iletildi
- Bu, hastanın tıbbi dosyasında bulunabilir.
- Bir kişinin sağlığını teşhis etmek, önlemek, tedavi etmek veya değerlendirmek için kullanılmak üzere tasarlanmıştır.
15 Kasım 2021’de Halk Sağlığı Acil Durumunda Coronavirüs Hastalığı-2019 Testleri Politikasında bir değişiklik yayınlandı. Tanı amaçlı kullanım için bir test sağlamadan veya bir sağlık çalışanına, bir hastaya veya bir tıbbi kayda test bulgularını açıklamadan önce , FDA, COVID-19 tanı testleri üreticilerinin önce değerlendirme ve yetkilendirme için bir EUA talebi göndermesini zorunlu kılar. Ve bu nedenle, örneğin, test hala geçerli olduğunda ve 15 Kasım 2021 güncellemesinden önce kullanımdayken, FDA, EUA’sız bir COVID-19 tanı testinin sürekli kullanılabilirliğine karşı çıkmayı veya protesto etmeyi planlamamaktadır.
SARS-CoV-2 Sıralama Sonuçları ve Halk Sağlığı Birimleri
Bu kılavuz, eyalet, yerel, kabile veya bölgesel sağlık yetkililerinin bu verileri alabilmesi için SARS-CoV-2 genetik dizileme sonucunun halihazırda mevcut bir elektronik laboratuvar raporuna nasıl dahil edileceğini açıklamaktadır. Pozitif bir virüs testi sonucu rapor edildiğinde, SARS-CoV-2 için sıralama sonuçları da aynı halk sağlığı kurumuna bildirilmelidir. Sıralama verilerinin elektronik iletiminde, viral test raporunun materyali ve viral kan hattını tanımlaması gereken sipariş edilen ikinci testin sonuçları ile birlikte hastanın tüm ilk demografik bilgileri dahil edilmelidir.
Dizi verileri, SARS-CoV-2 pozitif örnekleri olan laboratuvarlar veya kurumlar tarafından halka açık bir veri tabanına yüklenmeli ve varyasyonlar da dahil olmak üzere SARS-CoV-2 soylarını yayınlamayı planlamalıdır.
Kaynak : https://healthsdigest.com/sars-cov-2-sequencing-explained/