Kendi dönemindeki bir çok imparatorluğun aksine Cengiz Kağan din konusunda özgürlükçü bir insandı. Herkesin din ve vicdan özgürlüğünü koruyan yasalar çıkartmanın yanı sıra, ibadet yerlerine de vergi istisnası getirtti. Kağan'ın bu politikasının bir sebebi belki kendi halkını mutlu tutmasının toplumların isyan etmesini engelleyeceğini düşünmesi ise, diğer sebebi Moğol toplumunun her zaman din konusunda aşırı derecede liberal olmasıdır. Her ne kadar Cengiz Kağan şaman inancına sahip olsa da, etrafında Hristiyanlar, Budistler, Müslümanlar, animistik inançlara sahip olan bir çok insan bulunmaktaydı. Bir çok zamanlar çeşitli dinlerden din adamlarını çağırarak inançları hakkında sohbetler yapıyordu. Yaşlılığında Taocu Qiu Chuji'yı karargahına çağırarak, ölümsüzlük ve felsefe hakkında konuştuğu da biliniyor.