Arap Baharı'nın ardından görevden alınan Mübarek'in yerine gelen Mursi, başında Sisi'nin olduğu ordu tarafından yapılan bir darbe ile yönetimden uzaklaştırılmıştı.
Türkiye'nin bu darbeye tepkisi çok sert olmuş ve ilişkiler sonlanma noktasına gelmişti.
Cumhurbaşkanı Gül, aralarında Obama ve Putin'in de olduğu birçok dünya liderinin ardından teamüllere göre tebrik mesajı gönderme kararı aldı.
NTV'ye açıklama yapan Köşk kaynakları, bu mesajın hükümetin aldığı tavrın karşısında bir yaklaşım olmadığını bildirdi.
Mısır Cumhurbaşkanı Muhammed Mursi, 12 Ağustos 2012'de Mısır Silahlı Kuvvetleri Genelkurmay Başkanı Muhammed Hüseyin Tantavi'nin yerine Sisi'yi getirmişti.
Ancak 1 Temmuz 2013'te Mısır ordusu, Muhammed Mursi'ye ülkedeki siyasal krizi 48 saat içinde çözmesi için ültimatom verdi. 3 Temmuz 2013'te ise, Mursi yönetimini darbe ile devirdi. Sisi, komutanlıktan ayrılarak Cumhurbaşkanı adayı oldu.
29 Mayıs 2014'te katılımın %40 olduğu seçimlerden %97 oy alarak Cumhurbaşkanı seçildi.