İddiaya göre İstanbul'da, darbe girişiminden önce 2'nci Zırhlı Tugay Komutanlığı, 66'ncı Mekanize Piyade Tugay Komutanlığı ve Harp Okulu Komutanlığı'nda darbeci subaylar tarafından toplantılar yapıldı. Toplantılarda, İstanbul'da o geceki planlamalar yapıldı. 15 Temmuz günü Kara Harp Akademileri'nde 'Baş Hoca' konumunda olan Albay Ahmet Zeki Gerehan da öğretim elemanları ve öğrenci subaylarla toplantı yaptı. Binbaşılar Faruk Şimşek ve Hamza Mermer öncülüğünde öğrenci subaylar gruplandırıldı.
Harbiye'de TRT'deki kanlı işgalde aktif rol alan Kurmay Binbaşı Hamza Mermer'in üzerinde yakalanan not defterinin içinde ikiye katlanmış bir not ele geçirildi. El yazısıyla kalema alınan ve başlığında 'Piyade Kurmay Binbaşı Hamza Mermer. Genelkurmay ve KKK'lığınca görevlendirildiniz' " yazan notun devamında "Yüksek insiyatif, görev komutası. Ne gerekiyorsa yap!. Ateş açmada tereddüt yok. Toparlanmalarına fırsat vermek yok, kararsızlık yok!. Law silahı vs. deyip geri durma! Emir verilmeden görev mahalli terk edilmeyecek.. Telefon kullanımı (önce ve sonra) dikkat... Kontrol altına alınan yerdeki bilgi ve evrak güvenliği...." yazılıydı. Notta 1'den 21'e kadar İstanbul'daki kritik noktalarda görevlendirilen darbeci komutanların isim listesi de bulundu.
İddianamede, kanlı örgüt FETÖ'nün 45 yıl önceden başlayan TSK'ya sızma ve palazlanma sürecine yer verildi. İddianamede şu detaylar aktarıldı:
KİRLİ YAPININ 45 YILLIK HİKÂYESİ DE İDDİANAMEDE
- 1971'den beri TSK'da yapılanmasını hızla sürdüren FETÖ, bunun semeresini misliyle aldı.
- FETÖ'deki talebe imamları aracılığıyla örgüt evlerinde, okullarda, yurtlarda, Askeri Liseler ile Harp Okulları'na yıllarca öğrenciler hazırlandı.
- Zeki ve fakir öğrencileri tespit eden örgüt, bu öğrencileri örgüte kazandırdı ve askeri liselere yerleştirdi.
- Askeri liseler, askeri harp okulları ve harp akademilerinde gerçekleştirilen sınavlarda birçok usulsüzlük yapıldı. Sınav soruları, FETÖ'ye sınav öncesi sızdırıldı.
- İlk zamanlarda TSK'ya sızan örgüt mensuplarının sayısı çok az iken bu sayı yıllar geçtikçe arttı. 1984'ten sonra bu faaliyetler yoğunluk gösterdi. O dönemde TSK'ya yerleştirilen bu öğrencilerin birçoğu, şu anda kurmay albay veya general rütbesine ulaştı..