San Francisco Körfez bölgesindeki en yoğun havalimanı ve Kaliforniya'daki en yoğun ikinci havalimanı olan San Francisco Uluslararası Havalimanı (SFO) San Francisco şehir merkezinin 21 kilometre güneyinde yer alıyor. Dört pisti ve dört terminali olan havalimanından 2014'te 47 milyondan fazla yolcu geçmiştir. SFO'yu bir aktarma merkezi olarak belirleyen United Airlines ve Virgin America'nın da dâhil olduğu yaklaşık 40 havayolu SFO'yu kullanıyor. Havalimanında önemli operasyonları bulunan diğer havayolları arasında Delta Air Lines, American Airlines ve Southwest Airlines yer alıyor. Havayolları, Amerika Birleşik Devletleri, Meksika, Orta Amerika, Asya, Orta Doğu, Avrupa ve Avustralya'da toplamda 115 noktaya aktarmasız uçuşlar yapmaktadır.