Himura Kenshin'in Shishio Makoto'nun başkaldırısını bastırmasından bu yana 5 yıl geçti. Meiji Dönemi'nin 16. yılında Shishio'nun filizlenen devriminin alevleri söndürülmesine rağmen bıraktığı izler hâlâ Japonya'da hissediliyor. Shishio'nun grubundan geriye kalanlardan bazıları huzuru bulmuşken bazıları da savaşmaya devam ediyor. Geride kalan bir grubun devrimi yeniden canlandırmaya çalışmasının ardından Shishio'nun eski kılıcı öksüz Hasegawa Ashitaro'nun eline geçti. Çatışma, 16 yaşındaki yarı Japon yarı Amerikan olan İnoue Aran'ın ve serbest kalmak için büyük miktarda para ödemesi gereken paralı asker Kubota Asahi'nin gidecek yeri kalmamasına yol açtı. Neyse ki Kamiya Dojosu geçmişlerine bakmaksızın gezginleri kabul eden bir yer. Üçü yeni bir sayfa açmaya istekliler. Asahi'nin eski grubundan olan iki kişi onu geri alma niyetindeyken, Asahi reddediyor ve işler çirkinleşiyor. Kaosun ortasında grup üyeleri, dojonun sahibi Kamiya Kaoru'nun öldüğü zannedilen babasının fotoğrafını ve nerede olduğu -Hakodate - Hokkaido- bilgisini içinde bulunduran bir paket düşürüyorlar. Sadece bu bilgiden yola çıkarak Kamiya Dojosu'ndakiler Kaoru'nun babasını bulma umuduyla denizi aşıp maceraya atılıyorlar.