Ulaştırma sektöründe, yakıt hücreli arabalar olarak da adlandırılan hidrojenle çalışan FCEV'ler, uzun menzil gereksinimleri, daha ağır taşıma yükleri ve yüksek esneklik ihtiyacı olan uygulamalar için en uygunudur. Taşımacılık sektörünün karbondan arındırılması, toplam enerjinin büyük bir bölümünü tükettiği ve taşımacılık sektöründe hidrojenden kaynaklanan toplam CO2 azaltımının %30'undan fazlasını sağlayabildiği için özellikle önemlidir.
İlk yakıt hücreli binek otomobiller, 1960'larda tanıtım projeleri olarak test edildi. 1990'larda, yakıt hücrelerinin geliştirilmesine yeni bir ivme verildi. Çoğu durumda, yakıt hücresi test araçları, orijinal olarak içten yanmalı bir motorla donatılmış dönüştürülmüş arabalardı. Ancak o zamanlar, ilk test modelleri henüz ne teknik ne de ekonomik olarak rekabetçi değildi.
Alternatif enerji ve düşük emisyonlu yakıt olarak hidrojen kullanan prototip benzinli motorlar da test edilmeye devam edildi. Bunlar, hem benzin hem de hidrojenle çalışabilen modifiye çift değerli motorlara sahip araçlardı. Bu yakıt sayesinde, hidrojenle çalışan içten yanmalı motorlar yalnızca benzinle çalıştığından biraz daha yüksek verim elde etmekle kalmaz, aynı zamanda çok daha düşük düzeyde kirletici madde yayar. Binek otomobiller söz konusu olduğunda, odak noktası artık neredeyse yalnızca bir çekiş gücü kaynağı olarak hidrojenle çalışan yakıt hücrelerine odaklanıyor. Prototip yakıt hücreli binek otomobillerle ilgili artık çok fazla pratik deneyim var
Sunulan yakıt hücresi modellerinin listesinin büyük ölçüde artacağı tahmininde bulunan, halihazırda piyasada satılık Hidrojen araba modelleri sunan üreticiler var