17 Kasım 1846'da 30 yaşındaki teknisyen Bay Carl Zeiss, Jena şehrinde Neugasse No. 7 adresinde bir atölye ve küçük bir dükkan açtı. Sadece sağlam bir teorik temele sahip olmakla kalmayıp iyi bir tecrübeye de sahip olan Bay Zeiss aynı zamanda Jena Üniversitesi'ndeki bilim insanları ve matematikçilerle de yakın ilişkiler içindeydi. Yalnızca birkaç ay içinde bilimsel alet ve cihazlarını tamir ettiği ya da direktifleri doğrultusunda bunları ürettiği bir müşteri kitlesi kazandı. Ayrıca, gözlükler, hassas teraziler, resim aletleri, teleskoplar, vb. gibi ürünler de satışa sunmaya başladı.
1847 yılında işinde edindiği başarılar sonucu Bay Zeiss kendisine bir asistan ile bir çırak tutmaya ve Wagnergasse No. 34'te yeni iki çalışma atölyesi kiralamaya karar verdi. 1847 yılının yaz aylarında, öğretmeni botanikçi Bay Mattias Jacob Schleiden'in tavsiyesine uyarak tüm ilgisini basit bir mikroskop geliştirmeye verdi. 1847 yılının Eylül ayında, ilk büyüteçli mikroskoplarını üretti.
1850’lerin başında Zeiss atölyelerinde misroskop gibi değişik gözlem cihazlarına olan talepte bir artış söz konusuydu.Zeiss atölyeleri kusursuz işçiliği sayesinde, mikroskop ile çalışan bilim insanları arasında iyi bir şöhrete sahip olmuştu. O dönemde bilim insanları ve tıp uzmanları tarafından bileşik mikroskoplara gösterilen ilgi giderek artıyordu çünkü bu mikroskoplar onların istediği yükseklikte büyütmeyi sağlayan tek cihazdı.
Optik sistemler dizayn etmek için gereken zaman alıcı deneme-yanılma yöntemi başlarda Bay Zeiss'i böyle cihazlar geliştirmekten alıkoydu. Özellikle de Bay Zeiss, optik sistemlerin her bir öğesini belirlemek için belli bir bilimsel yol olduğuna inanmışken, piyasadaki rekabet onu 1857 yılından itibaren geleneksel yollarla bileşik mikroskoplar geliştirmeye zorladı.