X-Men anime serisi, Marvel ile Madhouse'un ortaklaşa olarak hazırladığı anime projelerinden üçüncüsüdür. İlki Iron Man, ikincisi Wolverine ve son dördüncü anime projesi de Blade olacaktır. X-Men animesi Jean Grey'in ölümü ile başlıyor. X-Men'ler ve Mastermind liderliğindeki Inner Circle adlı grubun çarpışması sonucu Jean'in güçleri doruğa ulaşmıştır (phoneix olmuştur) ve arkadaşlarına zarar vermemek uğruna kendisini yok etmiştir. Bu olayların ardından Xavier Enstitüsü çalışmalarına ara verir. Ta ki, bir sene sonra Japonya'nın Tohuku bölgesinde kayıp mutant olayları boy gösterene kadar. Üstelik Profesör Charles Xavier bu bölgedeki mutantları tespit edememektedir. Bunun üzerine Profesör X, X-Men ekibini (Wolverine, Cyclops, Storm, Beast) tekrar bir araya toplar ve Japonya'ya yollar.