Cordoba Şehri, 1236 yılında Kastilya Krallığı tarafından işgal edildikten sonra, Kastilya Kralı III. Fernando el Santo tarafından “Cordoba Katedrali"ne dönüştürülmüştür. Kral X. Alfonso zamanında kilise motifleri gotik mimari ile değiştirilmiş ve 14 yy. kadar Kral II.Enrique döneminde kiliseye dönüştürülme işlemi tamamlanmıştır. Kilisede değişiklikler İnigo Manrique tarafından 1486-1496 yılları arasında Gotik Mimarinin örnekleri değiştirilmeye başlanmıştır. Daha sonra Juan Rodriguez Fonseca 1499-1505 ve D. Juan Daza 1505-1510, D. Martin 1510-1516 bu süreci devam ettirmiştir. 1523’de Psikopos Alonso Manrique tarafından Rönesans mimarisine uygun hale getirilmiştir. Caminin minaresi 1593 yılında yıkılarak enkazı üzerine bugün görülen çan kulesi dikilmiştir. Cami katedrale dönüştürüldükten sonra bahçe kompleksi ise değiştirilmemiştir. 15.yüzyıla kadar ekilen portakal ve limon ağaçlarının yanına daha sonra 18. yüzyılda yetiştirilecek zeytin ve servi ağaçları katılarak eski doğulu hava yeniden kazandırılmaya çalışılmıştır.