Digimon Adventure serisinden sonra geçen hikayede; Diaboromon isimli virüslerle ilgili gizemli bir Digimon, Digital Dünyayı ve gerçek Dünyayı tehdit etmektedir. Seçilmiş Çocuklar, bu ölümcül yaratığın bütün bilgisayar ağını ele geçirmesine ve gerçek Dünyada bir savaşa neden olmasına engel olmak için ortak Digimonlarıyla birlikte çalışmalıdırlar. Kazanmak için tek yol, daha önceden görülmemiş bir evrim aşaması olabilir.