Kolonoskopi işleminde uygun bir inceleme için kalın bağırsağın iyi temizlenmiş olması gerekmektedir. Genellikle işlemden 3 gün öncesinde sebze, meyve, yapraklı, çekirdekli, posalı ve lifli gıdaların tüketilmemesi gerekir. Bunların yerine çorba, tanesiz komposto, muhallebi, yoğurt gibi posasız ve lifsiz gıdalar tüketilmelidir. İşlem öncesindeki akşam doktorunuzun önerdiği sıvı veya tablet şeklinde müshil ilaçları içilir. Beraberinde bol miktarda su (en az 3-4 lt) içilir. İşlem sabahı doktorunuz önerisine bağlı olarak lavman denilen ve anüsten uygulanan barsak boşaltıcıları da müshil ilaçlarına ek olarak uygulanabilir.