Asıl adı Cevat Şakir Kabaağaçlı olan Balıkçı 17 Nisan 1890'da doğdu. İlköğrenimini Büyükada Mahalle Mektebi'nde, ortaöğrenimini Robert Koleji'nde yaptı (1904). Oxford Üniversitesi'nde dört yıl Yakın Çağlar Tarihi okudu, üniversiteyi orada bitirdi. İstanbul'a dönünce Resimli Ay, İnci vb. dergilerde yazılar yazdı, kapak resimleri ve süslemeler yaptı, karikatürler çizdi (1910-1925). Cumhuriyetten sonra asker kaçaklarıyla ilgili bir yazısı yüzünden üç yıl kalebentlikle Bodrum'a sürüldü. Cezasının son yarısını İstanbul'da çektikten sonra yeniden döndüğü Bodrum'da kaldı; Anadolu ve Akdeniz kültürünün tanınması için çalıştı, kapsamlı araştırmalar yaptı. Araştırma sonuçlarını denemeleriyle dünya okuruna sundu. Serveti Fünun, Cumhuriyet ve daha sonra Demokrat İzmir gibi dergi ve gazetelerde yazdığı yazı, hikâye ve romanlarla uluslararası bir üne ulaştı. Hedefi Yunan uygarlığının kökeninin Anadolu uygarlığı olduğu düşüncesini yaygınlaştırmaktı. Bodrum’un uluslararası düzeyde tanınmasını sağladı. Neredeyse Bodrum’la özdeşleşti; bu nedenle, Bodrum’un eski adı Halikarnassos’tan kaynaklı, “Halikarnas Balıkçısı” adıyla anıldı. 1947'de İzmir'e yerleşen Halikarnas Balıkçısı, 13 Ekim 1973'te bu kentte öldü. Çok sevdiği Bodrum'a gömüldü.