Tedavi sırasında oluşabilecek yan etkiler genellikle hafif ve geçicidir.
Karşılaşılabilecek bazı yan etkiler şöyle sıralanabilir:
Verilen radyoaktif iyot dozuna bağlı olarak bazen boyunda duyarlılık ve hafif mide bulantısı
Tükürük bezlerinde şişme, uzun dönemde ağız kuruluğu, tat alma duyusunda geçici azalma
Tükürük bezinin zarar görmemesi için limon suyuylala ağız çalkalamak ve sakız çiğnemek gerekir. Vucuttan tiroidin tutmadığı fazla radyasyonu atmak için bol su içilmesi ve sık idrara çıkmak önerilir.