Bir CIA haininin NOC listesinin yarısı var. İki parçayı bir araya getirirsek, liste gizli çalışan ajanların tüm kimliklerini ortaya çıkarır. Bahsi geçen hain şimdi NOC listesinin diğer yarısını Prag’dan çalmak istiyor. IMF, Jim Phelps ( Jon Voight ) ve Ethan Hunt ( Tom Cruise ) liderliğindeki ekibe hırsızlığı önleme ve arkasındaki kişileri ifşa etme talimatı verir.
Görevde her şey korkunç bir şekilde ters gidiyor ve neredeyse tüm ajanlar öldürülüyor. Sadece Ethan Hunt kaçabilir. Bir süre sonra müşterisi Eugene Kittridge ( Henry Czerny ) ile tanışır . Ona tüm işin bir köstebeği açığa çıkarmak için olduğunu söyler. Hunt, hayatta kalan tek kişi olduğu için şüphenin hemen üzerine düşebileceğini fark eder. Daha fazla uzatmadan kaçar ve saklanmaya başlar. Şimdi iyi ismini geri getirme zamanı. Eski ajanlar Luther Stickell ( Ving Rhames ) ve Franz Krieger ( Jean Reno ) ile birlikte gerçek köstebek için tehlikeli bir ava çıkar.