1. Yüksek canlılarda yüzlerce, binlerce gen doğrusal olarak birden fazla kromozom üzerinde dağılmış durumdadır. Bu sebeple, bu genlerin fonksiyonlarının kromozom üzerindeki düzenlenmelerinin belirlenmesi ile ilgili deneylerden elde edilen bilgileri değerlendirmek çok zordur. Bakterilerde ise genler bir kromozom üzerinde halkasal olarak dizilmiştir ve bu nedenden bakteri genleri ile ilgili analizleri yapmak ve sonuç almak yüksek canlılardan daha kolaydır.
2. Bakteri ve fajlar haploit organizmalardır. Yüksek organizmalar ise diploittir ve genler dominant ve resesif olarak bulunur. Bir mutasyonun yüksek canlılarda gözlenebilir olması güçken bakterilerde allel genler olmadığından mutasyonlar kolayca gözlemlenebilir.
3. Bakteri ve fajların generasyon süreleri genellikle 20-30 dak’dır. Böylece mutasyonlar yeni kuşaklarda kısa sürede belirlenebilir.
4. Bakterilerle çalışmak yüksek org. çalışmaktan daha az ve ucuz araç gerektirir.
5. Genetik çalışmalarda kullanılan bakteriler patojen değildir, araştıcılara ve çevreye zarar vermez.
6. E. coli, S. typhimurium ve P. aeroginosa’da kromozom belli bir noktadan başlayarak belirli bir yönde aktarılır ki bu özellik gen haritalarının çıkarılmasında çok önemlidir.