Pestalozzi, Gurnigelbad’dan orta İsviçre'ye bakarken, bu manzaranın güzelliğinden çok, kötü eğitilmiş halkı düşünüyordu. (PSW 13, 191) Ve ıssız köy okullarının durumu da ona o oranda karanlık görünüyordu. «Gertrud Çocuklarını Nasıl Eğitir?» adlı eserinde şöyle yazar:
«Bizim psikolojiden yoksun okullarımızın, doğanın çocukların üzerinde meydana getirdiklerini boğan, güç ve tecrübe ile elde edilmiş yapay soluksuz bırakan makinalardan başka bir şey değiller. […] Ancak bir an için bu cinayetin dehşetini hayal et. Çocukları beş yaşına kadar tadını çıkarmaları için tamamen doğayla baş başa bırakıyoruz, tüm etkilerinin üzerlerine yansımasını sağlıyoruz, güçlerini hissediyorlar, zorlanmamanın ve güdülerin şehevi zevkini yaşıyorlar; vahşi şehvetleri gelişimine dâhil eden doğal süreç onların içinde belirli bir yön bulmuş oluyor. Ve beş yıl boyunca şehvetlerine dayalı bir yaşamın tadını çıkarttıktan sonra, birdenbire doğanın gözlerinin önünden kaybolmasını sağlayıp sonra da mecburiyetsiz ve özgür gidişatlarının çekiciliği zorbaca durdurularak, koyunlar gibi sürü halinde kokan salonlara sıkıştırıyor, onları saatlerce, günlerce, haftalarca, aylarca ve yıllarca acımadan, sefilce gösterişsiz ve tek formlu harflerin seyrine adeta zincirliyor ve hayatlarının o zamana kadarki gidişatından farklı, hızlıca, yoldan çıkarırcasına olumsuz etkileniyorlar. Bir suçlunun boğazını delerek geçen kılıç darbesinin, onu yaşamdan ölüme götürüşünün bedeninde neden olduğu etki, uzun süre tadı çıkarılmış doğal akıştan, acınacak bir eğitim akışına geçiş yapan çocukların ruhlarında neden olduğundan daha büyük bir etki yapabilir mi?» (PSW 13, 198-199)
Bu bakış açısının etkisi altında Pestalozzi – 53 yaşındayken – ağır sonuçları olan öğretmen olma kararını alır. Yani, maaşı düşük olan ve aslında küçümsenen bir mesleği seçmek. Helvetik hükumetinin Eğitim Bakanı olan Stapfer, Pestalozzi’ye yeni kurulacak olan bir öğretmen eğitim kurumu yöneticiliğine getirmeyi çok istiyordu çünkü yeni devletin bir öğretmen eğitimi eksikti. Ama Pestalozzi, ilk başta küçük çocuklarla tecrübe edinmek istiyordu, bundan dolayı Stapfer, sekreteri olan Rudolf Fischer’i yatılı okul direktörü olarak görevlendirmiş ve ona Burgdorf kalesini çalışma yeri olarak hizmetine sunmuştu. Stapfer, Pestalozzi’ye ise Burgdorf’ta ders verme imkânı tanımıştı. Fakat şehir yöneticileri temkinli davranarak, onu ilk başta sınıfta kalmışlara ders vermekle görevlendirmişlerdi. Var olan sınıflarda onun denemeleri için bir köşe ayrılmıştı. Pestalozzi, sahip olduğu tüm enerjiyle öğrencilere doğal ve psikolojik olarak ders vermenin yöntemini arıyordu. Tüm, ders kitaplarını bir tarafa bıraktırıp çocukların somut çevrelerini duyularıyla tecrübe etmelerini sağladı. Okumadan önce düşünme gelmeliydi ve her şey gözleme dayalı tanınmalıydı. Sekiz ay sonra, öğrencileri bir sınava tabi tutuldu ve kaydedilen başarı o kadar belirgindi ki ona şehirdeki daha yüksek bir erkekler sınıfı emanet edildi.
Fischer, bu arada yatılı okulunu açmıştır ama hastalanıp kısa süre sonra vefat etmiştir (4 Mayıs 1800). Pestalozzi, erkekler sınıfını, Fischer’in Burgdorf kalesinde kurduğu okulla birleştirip dışarıdan gelen öğrenciler için bir yurt, öğretmenlik okulu ve yetimhane ya da yoksullar okulundan oluşan bir eğitim kurumunun temel taşını oturtmuştur. Ders, kafa el ve kalbin güçlerinin uyum içerisinde kendilerini geliştirebildiği bir yaşam topluluğunda yeşermeliydi. Pestalozzi, fikirleri için çalışan azimli birçok kişi kazanabildi ve Helvetik hükumeti, girişimi mümkün olabildiğince destekliyordu. Kısa süre içerisinde her taraftan talebeler akın ettiler.
Pestalozzi, çalışanlarıyla birlikte yoğun bir şekilde yeni bir ders yönteminin geliştirilmesin üzerinde çalışıyordu. Olabildiğince kısa sürede pedagojik alandaki yeni buluşlarını kamuoyuna takdim etmek istiyordu. Bunu, daha çok kaleme aldığı kısa yazılarla yapıyordu ama en çokta «Gertrud Çocuklarını Nasıl Eğitir?» adlı temel eseriyle. Nasıl yirmi yıl önce Pestalozzi, Avrupa çapında «Lienhard ve Gertrud» adlı romanıyla tanınmışsa, şimdi de bu yeni eser onu büyük bir eğitimci ve temel eğitimin yenileyicisi olarak üne kavuşturmuştu. Tüm ülkelerden yüzlerce bilgin ve politikacı, Pestalozzi ve çalışanlarını işbaşında izlemek ve ders başarılarına hayret etmek için geliyorlardı. İsviçre ve İtalya’da eğitim gezisi yapmak moda olmuş, daha sonra Yverdon’da olacağı gibi, Burgdorf’da bunun için ziyaret edilecek en önemli duraklardan biri haline gelmişti.
15 Ağustos 1801’de Pestalozzi’nin tek çocuğu henüz 31 yaşındayken, vefat etti. Hayatta kalmış olan eşi de Burgdorf’a, Pestalozzi’nin yanına taşındı. Böylece, 1803 yılı ileri yaşlardaki pedagog için, yaşamındaki en mutlu yıllardan biri olmuştur. Ne yazık ki politik olaylar, bu hissiyata gölge düşürmüştür. Napolyon, 1802’de askeri birliklerini İsviçre’den çekmiş ve böylece sonunda Helvetik Birlik Cumhuriyetinin yıkılmasıyla sonuçlanan iç savaş yeniden alevlenmişti. Kısa bir süre sonra Fransız birlikleri geri döndüler ve Napolyon, temsilcilerden oluşan bir heyeti, orada yeni bir anayasa oluşturmak üzere Paris’e çağırdı. Pestalozzi, hem memleketi Zürich, hem de Burgdorf tarafından Paris’e gönderildi. Böylece 1802/03 kışında Paris’te kalan Pestalozzi, erken geri dönmüş ve bu nedenle 19 Şubat 1803’de Tuileries’deki kapanış törenine katılamamıştır. Böylece, Napolyon’la doğrudan karşılaşmak için tek fırsatını da kaçırmıştır. Sonuçta, başarısızlığa uğramış olsa da Pestalozzi, değişik görüş bildirimlerinde acarın yeniden yürürlüğe girmesi ve zensus denilen servete dayalı bir seçme hakkının devreye konmasına karşı çıkmıştır. Bunun dışında adil bir vergi mükellefiyeti ve herkes için temel eğitim hakkı talep etmiştir. Arabulucu Anayasası diye bilinen ve 1803’de yürürlüğe giren anayasa, herhangi bir eğitim kanunu içermemekte idi ve Helvetik Birlik Cumhuriyetinin çoğunlukta kendi kendilerine işleyen kantonlarının birleşmesi olarak gerçekleşmişti. Zürich kanton anayasası mesela; vatandaşlarının politik özgürlüğü ve eşitliğinden bahsetmekteydi ama acarlar ve zensus seçme hakkıyla «Ancien Regime» tabiriyle anılan ve Zürich şehri vatandaşlarının ve taşranın varlıklı, yüksek tabakalarına da tanınan bazı özel hakların devamını öngörmekteydi.
Pestalozzi için yeni anayasa önemli sorunları beraberinde getirmişti. Çünkü kendisinin beraber çalışabildiği ve destek alabildiği, merkezi bir hükumet artık mevcut değildi. Bunun dışında, Bern yönetimi, Yeni Bern Yüksek Yöneticisinin malikânesini kurabilmesi için, 1 Temmuz 1804 tarihinde Burgdorf kalesinin enstitüsüyle birlikte boşaltılmasını istemiştir. Pestalozzi, enstitü için Münchenbuchsee’de harabeye dönüşmüş manastır binasında, geçici bir çözüm bulmuştur. Oranın yakınında Philipp Emanuel von Fellenberg bir örnek çiftlik ve eğitim kurumu işletmektedir. Şüphesiz, bu Bern’li aristokrat, organizasyon ve ekonomi alanında büyük bir beceriye sahipti, kesinlikle Pestalozzi’de eksik olan iki karakteristik özellik. Bundan dolayı Pestalozzi’nin çalışanları, iki kurumun birleştirilmesi fikrini geliştirdiler: Fellenberg organize edecekti, Pestalozzi ise bütün fikirlerini uygulayacaktı. Fakat kısa bir süre içerisinde ikisinin arası açılmıştır. Çünkü Fellenberg, Pestalozzi’nin yoksul çocukları parasız okula almasına tahammül edememektedir. Bunun üzerine Pestalozzi, yeni bir başlangıç için araştırmalara başlamıştır. Devrimden önce Bern’e bağlı olan ve bağımsızlığına yeni kavuşmuş olan Vaud Kantonu fırsatı değerlendirerek, Yverdon kalesini (almanca olarak: Iferten) bedelsiz olarak ünlü pedagoğun hizmetine sunmuştur.