Latin istilası sırasında kilise-manastır büyük ölçüde yıkıma uğrayıp harap olmuş, XIII. yüzyılda ise gerekli onarımlar yapılıp etrafı kalın duvarlarla çevrilmiştir. XIII. ve XV. yüzyıllarda İstanbul'a gelen gezginler kilisenin süslemelerinden ve görkemli görüntüsünden söz ederler. İstanbul'un fethinden sonra yapı 1486 yılında İmrahor İlyas Bey tarafından camiye çevrilmiştir. Daha sonra çeşitli zamanlarda meydana gelen deprem ve yangın nedeniyle büyük ölçüde zarar gören yapının 1908'de çatısının çökmesiyle birlikte yapı onarılmayarak günümüze bu hali ile gelmiştir. Bazilikanın özgün sütun, başlık ve mimari öğelerinden bir bölümüyle zengin döşeme süslemeleri korunabilmiştir.