Yıl 2093 ve artık dünyanın sonu gelmek üzeredir. Bilim adamları dünyayı kurtarmak için, bir uzay gemisi inşa ederler. Diziye adını da veren nightflyers gemisiyle uzaya açılırlar. Amaçları yeni yaşam formları aramaktadır. Uzayda arayış içinde olan gemi, şüpheli bir uzay gemisinin peşine düşer. O geminin içinde dünyayı kurtaracak bir şeyler olduğundan emindirler.
Karl (Eoin Macken), Roy (David Ajala), Melantha (Jodie Turner Smith) ve Rowan (Angus Sampson) gemi mürettebatıdırlar. Bir yandan uzaylılarla savaşırken bir yandan da kendi iç savaşlarını veriyorlar.
Karl, tespit ettikleri uzay gemisinde kendilerinden daha zeki uzaylıların olduğundan emindir. Onlardan dünyanın kurtuluşu için gerekli yardımı alabilirler. Bu nedenle Güneş sisteminin en uç noktasına kadar giden gemide, mürettebat aklını yitirme noktasına gelir. Artık tehlike dışarıda değil gemidedir.