1952'de Konya'nın Aydoğmuş Köyü'nde doğdu.
llköğreniminin ardından girdiği sınav sonucunda altı yıllık Konya İvriz İlköğretmen Okulu'nda yatılı okumaya hak kazandı. Öğretmen okullarının güzel uygulamalarından biri olan yeteneğe yönlendirme uygulamasından yararlanarak öğretmen okulunun üçüncü sınıfından dördüncü sınıfa geçerken; ders notlarının aritmetik ortalamasının yüksek oluşuna paralel resim yeteneğinin öğretmenleri tarafından keşfi ile 1967 yılında yetenek sınavıyla İstanbul Ortaköy İlköğretmen Okulu resim seminerine girdi. Sanat eğitimcileri Selahattin Hüsnü Taran ve Hamdi Dicle'nin öğrencisi oldu. 1970 yılında öğretmen olarak bu okuldan mezun olan Aydoğdu, öğretmenlik yapmayarak aynı yıl şimdiki adıyla Marmara Universitesi Güzel Sanatlar Fakültesi olan dönemin İstanbul Devlet Tatbiki Güzel Sanatlar Yüksek Okulu Dekoratif Resim Bölümü'nün yetenek sınavını kazanarak dört yıl boyunca resim eğitimi gördü. Yedek subay olarak askerlik görevini Mardin'in Nusaybin ilçesinde tamamladıktan sonra, 1987 yılına kadar TRT'de grafikerlik görevinde bulundu.
TRT-2'de yayınlanan ve televizyonların en uzun soluklu kültür-sanat programlarından biri olan Akşama Doğru Programı'nı hazırlayan ve sunan Seynan Levent'in önerisiyle, programda dekor olarak kullanılmak üzere altı panodan oluşan spontane bir çalışma gerçekleştirdi. Dekor, 11 Ekim 2000'de Habip Aydoğdu'nun konuk olduğu programdan itibaren kullanılmaya başlandı. Aynı programda dekor'un yapılışının detaylı görüntüleriyle birlikte Habip Aydoğdu'yla yapılan söyleşiye de yer verildi.
İlk kişisel sergisini 1976 yılında Or-An Sanat Galerisi'de açan Aydoğdu, 30. sanat yıl dönümünde resmiyle ilgili:
Eski resimlerimle yeni resimlerim arasında çok fark var. En son yaptığım resim de bir öncekinden farklı. Bu çok doğal... Çünkü her resimde elde ettiğim tadı bir sonrakinin alt malzemesi olarak kullanıyorum. Öyle daldan dala atlamıyorum, büyük sıçramalar da yapmıyorum, ama, her resimde bütün unsurları yeniden sorguluyorum. Dönüp geriye baktığımda, nereden nereye geldiğimi görüyorum. Her sergide izleyiciler de bunu farkediyorlar. Benim için değişim, kendi rotası içindeki oluşum ve gelişimdir.
Kendisiyle özdeşleştirilen "Habip Kırmızısı" ile ilgili olrak ise, şöyle diyor: İlk sergimi 1976'da açtım. Serginin işlerini de Mardin'in Nusaybin ilçesinde askerdeyken yapmıştım. Askeriyede ıstampa mürekkebi adı verilen bir mürekkep vardır. Kırmızı renklidir ve mühür basmak için kullanılır. Elimde bir tek o mürekkep olduğu için resimlerimde kullandım. Sonra o duygular sanat hayatım boyunca devam etti. Kırmızı benimle bütünleşen bir renk oldu, "Habip Kırmızısı" adı verilen yeni bir renk çıktı ortaya. Kırmızıyı İsyanın rengi gibi kullanıyordum, bilinçaltının, sezgilerin, bastırılmış duyguların dışavurumunu ifade ediyordu.
Sanatçı halen Ankara Batıkent'teki atölyesinde resim çalışmalarına devam etmektedir.
Aldığı ödüller
1967 - Alman Kültür Merkezi - Goethe Institut, İstanbul-Berlin Resimleri Sergisi / II. ve III. Ödül 1973 - Yarımca Belediyesi Resim Yarışması / Mansiyon
1979 - Görsel Sanatçılar Derneği Resim Yarışması / Mansiyon
1984 - 18. DYO Resim Yarışması / Mansiyon
1984 - Vakko Büyük Resim yarışması / Mansiyon
1985 - 2. Talens Resim Yarışması / Mansiyon
1986 - Türkiye Jokey Kulübü Resim Yarışması / Mansiyon
1987 - 4. Yunus Emre Resim Yarışması / Başarı Ödülü
1987 - Uluslararası Bandırma Kuş Cenneti Resim Yarışması / Başarı Ödülü
1987 - 21. DYO Resim Yarışması / Resim Ödülü
1987 - 48. Devlet Resim ve Heykel Sergisi / Resim Ödülü
1997 - 8. Asya Sanat Bienali Şeref Ödülü
2009 - Ankara 5. Sanat Fuarı Sanatçı Onur Ödülü