Sikke-i Tasdik-i Gaybî kitabı, Risale-i Nur'un dayandığı manevî dayanakları ve kaynakları izah etmekte ve bu noktada yapılmış bazı eleştiri ve itirazlara da ikna edici cevapları ihtiva etmektedir. Üstad'ın da önemle vurguladığı gibi, Risale-i Nurlar, diğer âlimlerin eserleri gibi yalnız aklın ayağı ve nazarı ile ders vermiyor; ve evliyalar gibi sadece kalbin keşf ve zevkiyle hareket etmiyor. Bilakis akıl ve kalbin birleşmesi ve kaynaşması ve ruh ve sair latifelerin yardımıyla hareket ederek insanı en yüksek noktaya ulaştırmaya çalışıyor. Dolayısıyla Risale-i Nurlar sadece kerametlere ve olağanüstülüklere dayalı bir tasavvuf kitabı olmadığı gibi; manevî dayanaklardan ve kaynaklardan yoksun kuru bir akıl eseri de değildir. Risale-i Nurlarda zikredilen kerametler, tevafuklar Kur'an'ın manevî mucizelerinin sızıntıları ve parıltıları ve birer ikram-ı ilâhî olup, Nur talebelerinin ve müntesiplerinin inkâr ve küfür saldırılarına karşı moral güçlerini takviye etme amacını da güder.
Çok güç şartlar altında hizmet eden Nur talebelerinin maruz kaldıkları maddî ve manevî sıkıntıları, Risale-i Nur'un mazhar olduğu Kur'an'ın manevî mucizeleri ve kerametleri sayesinde hafiflemiştir. Dolayısıyla Üstad'ın, Kur'an'ın otuz üç ayetinden Risale-i Nurlara işaret eden manaları istihrac etmesi ve yine Hz. Ali ile Gavs-ı Geylânî'nin bazı kasidelerinden çıkarmış olduğu manalar bu cümledendir. Cifir ve ebced hesabına dayanarak bu tür anlamlar çıkarma metodu ve geleneği ehl-i hakikat olan ulema ve urefa arasında kullanılagelmiş bir yoldur. Sikke-i Tasdik-i Gaybî kitabında zikredilen istihraclar da bu nevidendir. Yoksa, Risale-i Nurlara işaret eden ayetler için Üstad, "Ayetin sarih manası budur." şeklinde bir iddiada bulunmuyor. Sarih mananın altında birden çok anlam tabakaları olduğunu ve Risale-i Nur'un da bu işarî mana kısmının bütünü içinde bir ferdi olduğunu zikrediyor ki, bunda da garipsenecek bir husus yoktur.