Coca-Cola Akademi Ligleri'nde bu sezon Akademi ve Elit Akademi olmak üzere iki farklı kategori yer alıyor. Akademi Ligi organizasyonunda takımlar bölgesel olarak gruplandırılırken, Elit Akademi Ligi organizasyonu yurt genelinden takımlardan oluşan gruplarda oynanacak. Her iki lig organizasyonunda da yaş kategorileri U14, U15, U16, U17 ve U18 olmak üzere belirlenirken, katılımcı kulüpler liglere tüm yaş gruplarında katılmak zorunda.
Coca-Cola Akademi Ligi bu sezon Batı A, Batı B, Anadolu ve Doğu Anadolu olmak üzere dört grupta bölgesel olarak oynanacak. Batı A grubunda 12, Batı B grubunda 10, Anadolu Grubu'nda 11, Doğu Anadolu Grubu'nda ise 5 takım yer alacak. Batı A, Batı B ve Anadolu gruplarında müsabakalar çift devreli lig usulüne göre oynanacak. Doğu Anadolu Grubu'nda ise karşılaşmalar üç devreli lig usulüne göre yapılacak. Doğu Anadolu Grubu müsabakaları 29 Eylül 2012 tarihinde başlayacak. Böylelikle Coca-Cola Akademi Ligi heyecanı ilk kez doğuya taşınmış olacak.
Yurt genelinde oynanacak Coca-Cola Elit Akademi Ligi'ne ise 19 takım katılacak. Bu takımlar çift devreli lig usulüne göre bu kategorideki müsabakalarını oynayacaklar.