Büyük tüccar Heinrich Schliemann İliada'yı defalarca okuyup, inceledikten sonra, Homeros'un anlattığı Troia'nın, yani İlios kentinin, Çanakkale Boğazı'nın (Hellespont) güneyinde yer alan, 100x250 metre boyutlarındaki Hisarlık Tepesi'nde aranması gerektiğine inanmıştı. Bu ören yeri, Ege kıyılarından yaklaşık 6 km, Çanakkale Boğazı kıyısından ise 4.5 km uzaklıkta, stratejik açıdan önemli bir noktada, Skamander (Karamenderes) ve Simoeis (Dümrek) vadileri arasında uzanan kireç taşı bir yükseltinin ucundadır. 1863-1865 yılları arasında Troia'da küçük çaplı kazılar yapan Frank Calvert (konsolos, yöreyi iyi tanıyan bir bilimadamı ve eski eser koleksiyoncusu), Hisarlık Tepesi'nin bir höyük olduğunun daha önceleri farkına varmıştı.
1.-9. Kazı Sezonları
Geniş çaplı ilk kazılar (1870 yılındaki sondajlardan sonra) 1871-1874 yılları arasında, dokuz çalışma döneminde tamamlanmıştır. Bu kazılar, 1890'a kadar, bu uğurda servetinin büyük bir bölümünü harcayan Schliemann başkanlığında yapılmıştır. Schliemann, Troia II dönemini İliada'daki Troia olarak kabul eder ve bu döneme ait tabakalarda ünlü "Priamos Hazinesi"ni bulur. Schliemann'ın ölümünden sonra, 1893 ve 1894 yıllarında çalışma arkadaşı mimar Wilhelm Dörpfeld kazı başkanlığını üstlenerek çalışmaları geçici bir sonuca ulaştırır. Dörpfeld, Troia VI döneminin görkemli savunma duvarlarını ortaya çıkarmıştır. Bu dönem "Homeros'un Troiası" olarak tanımlanmıştır.
Schliemann'ın amaçlarını gerçekleştirmedeki inatçılığı, insanlara ve arkeolojik buluntulara karşı olan tutumu, (özellikle "hazine buluntularına") değişik çevreler tarafından çok yönlü suçlanmasına yol açmıştır. Bugünün gözüyle bakıldığında, bu eleştirilerin haklı nedenlere dayandığı söylenebilir; çünkü o, bulduğu eserleri yasal olmayan yollardan yurt dışına kaçıran bir arkeolojik hazine arayıcısıydı ve hep de öyle anıldı.
Arkeolojik kazı yöntemlerinin yeni gelişmeye başladığı bu dönemde Troia, yeni yöntemlerin uygulandığı bir kazı yeriydi. Başlangıçta, bilinçsizce yapılan çalışmalar neticesinde önemli bağlantılar gözden kaçmış ve birçok şey tahrip edilmiştir. Bununla birlikte Schliemann kısa bir sürede Troia'daki farklı katları ayırabilmiş ve çeşitlilik gösteren çanak çömlekleri gruplandırabilmiştir. Frank Calvert, Rudolf Wirchow (patolog, antropolog, tarihöncesi arkeoloğu), Wilhelm Dörpfeld öneri ve çalışmalarıyla kazıya destek olmuştur.
Hisarlık'ta birbiri üstüne yükselen tabakalar aşağıdan yukarıya doğru I-IX olarak adlandırılmıştır. Bu tabakalanmayı Dörpfeld'in dikkatli gözlemlerine borçluyuz.
O dönemdeki çalışmalar sırasında bile çeşitli doğabilim yöntemleri uygulanmıştır. Kazı alanındaki çalışmalara paralel olarak, Troia çevresi de örnek alınacak düzeyde araştırılmıştır. Paşatepe, Beşik-Sivritepe ve diğer mezar tepeleri, Hanaytepe ve Karaağaçtepe gibi yerleşim alanları da kazılmıştır.
Troia kazıları, dünya kamuoyunda arkeolojik çalışmalara karşı büyük bir ilgi uyandırmıştır. Schliemann kazılarındaki deneyimler kazı bilimine öncülük etmiş; bilimsel sonuçları ise, öncelikle Türkiye'nin batısı ve komşu bölgelerinde yapılan daha sonraki araştırmaların temelini oluşturmuştur.
Buluntuların çoğunluğu İstanbul, Atina ve Berlin müzelerindedir. 10,000'in üzerindeki eserin kopyaları eğitim amacıyla çeşitli üniversite ve müze koleksiyonlarına dağıtılmıştır. İkinci Dünya Savaşı sonunda Berlin'deki kıymetli eserler Moskova ve St. Petersburg'a götürülmüş, diğerleri ise savaş sırasında ya tahrip olmuş ya da kaybolmuşlardır (yaklaşık yarısı). Eski Troia kazılarından çıkan buluntular günümüzde dünyanın farklı ülkelerindeki elliden fazla müzeye dağılmış durumdadır.
Hisarlık/Troia'nın, günümüzde dolmuş olan Ege Denizinin Beşik Koyu'ndaki limanı ve çevresindeki mezar tepeleri Üvecik Tepe ile Beşik-Sivirtepe 1924 yılındaki küçük kazılarla (Wilhelm Dörpfeld, Oscar Mey ve Martin Schede tarafından) araştırılmıştır.
10.-16. Kazı Sezonları
1932-1938 yılları arasında Troia'da yedi sezon daha kazı yapılmıştır. Bu çalışmalar Cincinnati Üniversitesi'nden (ABD) Carl W. Blegen tarafından gerçekleştirilmiştir. Dönemin kazı tekniği ile yapılan çalışmalarda höyükte 46 yapı evresi saptanmıştır. Blegen, Troia VIIa dönemini Troia Savaşı'nın geçtiği kentle özdeşleştirmiştir. Bu araştırmalar sırasında doğal çevre de çalışma kapsamına alınmıştır. Ayrıca Hamit Zübery Koşay'la birlikte Kumtepe, Karatepe, Ballıdağ ve Eski Hisarlık'ta kazılar yürütülmüştür. Buluntular İstanbul ve Çanakkale Arkeoloji müzelerindedir.
1981 yılındaki Beşik koyu yüzey araştırması ve 1982-87 yılları arasında her yıl yapılan, koyun kuzeyindeki kazılar (Beşik-Yassıtepe, Beşik-Sivritepe, Beşik Mezarlığı) Manfred O. Korfmann (Tübingen Üniversitesi) başkanlığında gerçekleştirilmiştir.
17. Kazı Sezonu
Manfred O. Korfmann başkanlığındaki uluslararası (öncelikle Türk, Alman ve Amerikalılar'dan oluşan) bir ekip 1988 yılında, 50 yıllık bir aradan sonra, Troia'da yeniden kazılara başladı. Kazılar her yıl yaz aylarında devam ettirildi. Yeni dönem çalışmalarında Yunan ve Roma Dönemi sonuçları Ch. Brian Rose'un araştırmalarına dayanır. Güncel kazı sonuçlarını her yıl yayınlanan Studia Troica'da yayınlandı. 2003 yılına kadar Troia ve çevresindeki araştırmalara 20 farklı ülkeden 350'nin üzerinde biliminsanı katılmıştır. Yayın çalışmaları yoğun bir şekilde yapılmıştır. Ekip üyesi ve çeşitli araştırmacıların yaptığı yayın sayısı 2004 yılına kadar 180'e ulaşmıştır. 120 bilim insanının kaleminden çıkan bu yayınlar toplam 6000 sayfa civarındadır. Bütün yayınlar şimdiye kadar elde edilen sonuçların ne kadar kapsamlı olduğuna işaret etmektedir. Kazıdan çıkan buluntular Çanakkale Arkeoloji Müzesi'nde korunmakta ve sergilenmektedir.
Prof. Korfmann'ın 2005 yılında vefatından sonra, Tübingen Üniversitesi, Prehistorya ve Protohistorya Bölümünden,Prof. Dr. Ernst Pernicka ve Dr. Peter Jablonka aynı ekiple kazıları sürdürmüşlerdir.
Yeni Kazı Sezonu
Alman Tübingen Üniversitesinin 2012 yılında Troia Kazılarını bırakmasının ardından, 2013 yılından itibaren Prof. Dr. Rüstem Aslan başkanlığında ilk kez bir Türk ekip tarafından Troia Kazılarına devam edilmektedir.
.