Râzî'nin ders usulü de ilgi çekicidir. Kendi etrafında talebeleri bir iç halka oluşturmaktadır. O iç halkadan, en kabiliyetli talebelerinin etrafında ikinci bir halka, ikinci halkanın en seçkinleri etrafında, başka bir üçüncü halka oluşmaktadır. Sorulan bir soruya, üçüncü halkadan cevap verilmezse ikinci halkaya, orada cevap verilmediği takdirde konu bizzat Râzî'ye arzolunmaktadır. Bu tür kademelenme, klasik devir medreselerinde sistematize edilecektir. X. yy.a gelindiğinde; ilim ve fenne olan genel eğilimin fazla oluşu; eğitimin daha tertipli, daha düzenli hale getirilmesini sağlar. Sadece Fıkıh öğrenimi yapılan medrese çekirdeği, X. yy.da Taberan'da, sonra Bağdat'ta açılır. Ardından, fıkıhla birlikte Kelâm, Hadis, Tefsir, Kur'ân ve diğer ilimlerin okutulduğu ilk medrese, Sâid el-Nişabûrî (ö. 960) adına Selçuklu merkezi ve birçok Türk âdet ve geleneklerinin hâkim olduğu Nişapur şehrinde açılır. Nişapur Medresesi'ni, İmam Beyhakî (Beyhak 994-Nişapur 1066)'nin "Medresetü'l-Beyhakiyye”si takip eder. Birkaç medresenin daha kurulduğu kısa bir zamandan sonra, birçok yönde mükemmeliyete ulaşan Nizamiye Medresesi inşa edilir (1067). Yalnız Nizamiye, Selçuklular'ın kurdukları ilk medrese değildir. Tuğrul Bey (Cent yakınları 995-Tahran 1063), Nişapur'u aldığı zaman hemen Saraçlar Pazarı'nın yakınında 1040 yıllarında bir medrese yaptırmıştır. Zira Tuğrul Bey'den önceki İslâm devletlerinde geleneği teşekkül etmiş medrese vardır. Şahısların kurduğu özel teşebbüse ait kurumlar durumundadır. Selçuklularla artık devlet adamlarınca, yüksek rütbeli şahsiyetler tarafından kurulur, teşvik edilir hale gelmiştir. Zaten Nizamiye Medreseleri de Alp Aslan'ın izniyle ve devlet hazinesinden harcama yapılarak kurulmuştur. Sadece Bağdat'taki Nizamiye Medresesi için 60 bin dinar harcanmıştır ki, Alp Aslan zamanında sayıları 12 civarındadır. İsfahan'daki medresenin "Sadriye” adını taşıması müderrisinden dolayıdır. Başka bir farkı bulunmamaktadır. Aynı şekilde Nizamülmülk'ün siyasî rakibi olan Tâcü'1-Mülk (ö. 1093)'ün, Bağdat'ta yaptırdığı medresenin "Medrese-i Tâciya” adını taşıması da yanıltıcı olmamalıdır. Nizamiye Medreseleri'nin öncekilerden farkı; getirdiği külliye anlayışı ile ilgilidir. Sadece ders verilen bir mekân düşünülmemiştir. Aynı zamanda, öğrencileri yedirip-içirip, barındıran mektep tipidir. İskân ve barındırma ile ilgili ihtiyaçlar göz önünde tutularak medrese tipi geliştirilmiştir. Bu arada medrese mimarisinin kurulmasında başlangıç itibariyle "Buda vihârâ (wichara)”larının taklit edildiği iddiası, bulunmaktadır. Bilindiği gibi Budist viharaları (manastır) bir üniversite, eğitim kurumu olarak çalışmışlardır. Tuğrul Bey, Alp Aslan, Melikşah, Sancar vb. Selçuklu devlet başkanlarının ilme, ilim adamına verdikleri değer ve himayeleri ünlüdür. Alp Aslan, kendisine ait gelirin onda birini ilim adamlarına sarfediyordu. Diğerleri ondan hiç de geri kalmıyordu. Melikşah'ın yıllık 300 bin, Sancar'ın 700 bin altın sarfettikleri bilinmektedir. Nizamülmülk'ün Siyasetnamesi'ne, sultanlara öğüt olarak "ilim talipleri için medreseler yapılmasını emretme” tavsiyesini girmesi ve diğer çabalar sebepsiz olmasa gerektir. Nizamiye Medreseleri'nden maksat, sünnî nesiller yetiştirmektir. Her devletin hayatını idame ettirmedeki tercihi, Selçuklularda da vardır. Zira Fatımîler, bekaları için el-Ezher Camii yanında Dârü'l-Hikme'yi (1004); Abbasiler'den Me'mun, Mutezile akımını yerleştirmek için Beytü'l-Hikme'yi (9. yy.) kurmuşlardır. Selçuklular zamanında yaygınlaşan tasavvufi akımların o sıralar genelde Şia etkisi altında olduğu bilinmektedir. Üstelik Mısır Fatımîleri, Selçukluların askerî güçleri ile baş edemeyeceklerini anladıkları için, Dârü'l-Hikme'de yetiştirdikleri dâî (davetçi) adıyla anılan propagandacıları vasıtasıyla Selçuklu Devleti'ni içeriden yıkmayı umuyorlardı. Selçuklular için iki dış tehditten biri olan Bizans İmparatorluğu ardından, akidevi tehdit unsuru olarak Fatımîler geliyordu.