Yapısal ve kopya sayısı çeşitlilikleri incelenen genomun referans genomundan uzun (>=50bp) diziler halinde farklılık gösterdiği kısımlardır.
Yapısal çeşitlilikler ve kopya sayısı çeşitlilikleri silinme, yeni dizi ekleme, transpozon ekleme, ardarda kopya, ayrışık kopya, çevrilme ve taşınma şeklinde sıralanabilir.
Silinme incelenen genomdan bir baz dizisinin silinmesidir.
Yeni Dizi Ekleme incelenen genoma, referans genomunda başka yerde benzeri bulunmayan bir baz dizisinin eklenmesidir.
Transpozon Ekleme incelenen genomda kendi kendini kopyalama özelliğine sahip DNA parçaları olan transpozon elemanlardan eklenmesidir.
Ardarda Kopya incelenen genomda bir baz dizisinin (>=1kb) ardışık olarak kopyalanmasıdır.
Ayrışık Kopya incelenen genomda bir baz dizisinin (>=1kb) birbirinden ayrı yerlere kopyalanmasıdır.
Çevrilme (Ters Dönme) incelenen genomda bir DNA parçasının ters dönmesidir.
Taşınma incelenen genomda bir DNA parçasının bir kromozomdan başka bir kromozoma taşınmasıdır.
Aşağıda yapısal ve kopya sayısı değişiklikleri görsel olarak gösterilmektedir: