Epigenetiğin oldukça kısıtlı ve şimdilik az anlaşılmış mekanizmaları haricinde, hiçbir fiziksel değişim genlerde doğrudan bir değişime neden olamaz.
Çoğu zaman insanlar, avantajlı olan bir özelliğin nasıl olup da genlere etki edebileceğini anlamakta güçlük çekerler. Örneğin, insanların iki ayak üzerine kalkması nasıl olmuş da genlerimizi değiştirmiş olabilir? Nasıl oldu da iki ayak üzerine kalkan insanlar bu özelliklerini genetik olarak gelecek nesillere aktarabildi? Cevap basit: Bu düşünce tarzı, evrimsel süreci tam tersi yönden okumaktan kaynaklanmaktadır.
Bir farenin kuyruğunu 10.000 nesil boyunca kesseniz de, farenin yavruları yine kuyruklarıyla doğacaktır ve normal şekilde kuyruk sahibi olacaklardır. Çünkü kuyruğu fiziksel olarak kesmek, genlere hiçbir etkisi olmayan bir uygulamadır. Dolayısıyla kuyruğu kesilmiş fare ürediğinde, kuyruğu üreten genleri normal şekilde yavrularına aktaracaktır ve yavrular kuyruklarıyla doğacaktır. Aynı durum saç boyatma, sünnet olma, bronzlaşma, kas yapma, iki ayak üzerine doğrulmaya çalışma vb. fiziksel değişimlerde geçerlidir. 1850'lerin sonlarında çürütülmüş olan Lamarckçı Evrim, bu tür bir hayali değişim mekanizmasına dayanır. Fakat fiziksel değişimin genleri doğrudan değiştirmesi mümkün değildir (yeni yükselen bir alan olarak epigenetiğin etkileri göz ardı edilmektedir).
İşin aslı şu şekildedir: İnsan popülasyonunun ataları içerisinde genetik bir çeşitlilik yelpazesi bulunmaktadır. Bu yelpaze gerek eşeyli üreme sırasındaki crossing-over (gen çaprazlanması) nedeniyle, gerek mutasyonlar, transpozonlar, vb. Çeşitlilik Mekanizmaları sayesinde sürekli olarak yaratılmaktadır. Bu değişimlerin çoğu bir anda müthiş bir gelişme yaratmaz. Yani dört ayak üzerinde yürüyen bir hayvan, 1-2 mutasyona uğrayıp da iki ayak üzerine dikilmez.
Bunun yerine olan şudur: Söz konusu çeşitlilik, bazı insan atası bireylerinin iki ayakları üzerinde daha uzun süre, daha rahat ve sorunsuz bir şekilde durabilmelerini sağlamaktadır (örneğin genetik farklılıklarından ötürü omurgaları biraz daha esnektir, kasları biraz daha esnektir, vs.). Eğer ki bu bireylerin söz konusu bu farklılıkları onlara hayatta kalma ve üreme konusunda avantaj sağlarsa (ki sağlamak zorunda değildir - ama sağlarsa), bu bireyler daha kolay hayatta kalacak ve üreyeceklerdir (buna neden olan Doğal, Cinsel, Yapay, vb. Seçilim Mekanizmaları'dır). Bu sayede, kendilerini "farklı" kılan o genleri de gelecek nesillere daha kolay ve fazla aktaracaklardır. Böylece bir sonraki nesil içerisinde "iki ayak üzerine daha kolay dikilebilen" insan atalarının sayısı daha fazla olacaktır. Bu çeşitlilik yaratımı ve seçilim döngüsü sürekli devam ettikçe, her nesilde diğerlerinden daha "başarılı" olanlar (örneğimiz üzerinden gidersek, iki ayak üzerine daha kolay, sıkıntısız, başarılı dikilebilenler) avantaj sağlayarak çoğalacak, diğerleri ise (dikilemeyenler) elenerek yok olacaktır. Böylece nesiller geçtikçe dört ayak üzerinde yaşayan hayvanlardan, iki ayak üzerinde yaşayan hayvanlar (bu örnekte insanlar) evrimleşebilecektir.