Her popülasyonun, yani aynı türe ait bireylerden meydana gelmiş ve belirli bir alana yayılmış canlı topluluğunun kendine özgü bir genetik yapısı bulunur. Bu genetik yapı, popülasyonun içerdiği genotip (bireyin kalıtsal yapısı) ve genlerin frekansı ile belirlenir.
Gen frekansı, gen havuzundaki (bir popülasyonun kalıtsal yapısı) herhangi bir özellikle ilgili genin, toplam genler içindeki yüzde oranına denir. Örneğin bezelye popülasyonlarında düzgün ve buruşuk olmak üzere bu karakter için iki gen bulunur. Popülasyondaki düzgün tohum genlerinin sayısının, toplam sayıya oranı düzgün tohumlu genlerin frekansını verir. (bkz. Gen havuzu)
Bir gen frekansının değerinin yüksek olması, o genin gen havuzunda fazla miktarda bulunduğu, dolayısıyla ortaya çıkan genetik çeşitlenmede (varyasyon) bu özelliğin daha baskın olacağı anlamına gelir. Evrimciler ise, bir türün içindeki çeşitliliğin fazla olmasını teorilerine delil olarak göstermeye çalışırlar. Oysa varyasyon evrime hiçbir delil oluşturmaz, çünkü varyasyon, zaten var olan genetik bilginin farklı eşleşmelerinin ortaya çıkmasıdır ve genetik bilgiye yeni bir özellik kazandırmaz. (bkz. Varyasyon)
Popülasyonlar, gen frekansı bakımından homojen dağılım göstermezler. Onların içerisinde de özellikleri diğerlerine göre birbirine daha çok benzeyen küçük gruplar vardır. Bu gruplar birbirlerinden coğrafi izolasyonla belirli bir süre ayrılmış; fakat aralarındaki gen akışı tam olarak kesilmemiştir. (bkz. Coğrafi izolasyon görüşü)