III.Leopold Babasının siyasetini bırakarak tekrar tarafsızlığa döndü. Fakat 10 mayıs 1940’ta ülkesi alman saldırısına uğrayınca, bu saldırıya yiğitçe karşı koydu ve hezimete uğrayacağını anlayınca belçika ordusuna silahlan bırakma emrini verdi (28 mayıs 1940). Bu emir, sonu gelmez bir tartışmaya yolaçtı.
Leopold, Almanların esiri olduğunu bildirerek Laeken’e kapanırken, Paris’e sığınan Belçika parlamentosu onun hükümdarlığa yetkili olmadığını ilân etti. Kasım 1940’ta Leopold savaş esirlerinin serbest bırakılmasını elde etmek için Berchtesgaden’e başvurdu. Ekim 1941’de, Rethy prensesi sıfatını alan Lilian Baels ile evlendi.
7 Haziran 1944’te kral ailesiyle birlikte Almanya’ya götürüldü ve ancak 7 mayıs 1945’te serbest bırakıldı. Hükümet geri dönmesine muhalefet ettiği için İsviçre’ye yerleşti, tahtta naip olarak kardeşi Charles kaldı. Ondan sonra kraliyet meselesi Belçikalılar arasında daima ayrılıklar yarattı; yapılan bir plebisit (12 mart 1950) oyların yüzde 57 si hükümdarın geri dönmesi lehine çıktı.
Fakat Leopold Belçika’ya dönünce (22 temmuz 1950) sol kanatla Wallon’ların saldırılarına uğradı. Oğlu Bau-douin’i krallık yetkileriyle kraliyet prensi tayin ederek istifa etti (16 temmuz 1951). Laeken’de kalması birtakım dedikodulara yolaçtığı için, 1959 nisanında şatodan ayrıldı.