Flores 1824’te albaylığa yükseltildi ve Pasto bölgesi (bugün Kolombiya’da) yöneticisi oldu. Daha sonra Quito’nun yöneticiliğine atandı ve 1830’a dek bu görevde kaldı. 1830’da ülkesinin Büyük Kolombiya Cumhuriyeti’nden ayrılıp bağımsızlığını ilan etmesiyle devlet başkam seçildi.
Başkent Quito’daki’dindar toprak sahipleri Flores’i desteklerken, ülkenin en önemli liman kenti Guayaquil’de serbest ticaret, özgür .girişim, pazar genişlemesi gibi istekleri olan tüccarların tepkileri artıyordu. Liberaller, gazeteci ve hatip Vicente Roca-fuerte önderliğinde ayaklandılar. Ayaklanma bastırıldı, Rocafuerte tutuklandı. Flores, Rocafuerte’nin Guayaquil’deki gücünü göz önüne alarak kendisine başkanlık önerdi. Yaptıkları anlaşma gereğince Flores ve Rocafuerte sırayla başkanlık yapacaklar, ancak ordunun komutası her zaman Flores’te olacaktı.
Flores 1839-1843 arasındaki başkanlık döneminin ardından 18435te yeniden kendini seçtirince Rocafuerte ayaklandı. Ayaklanmayı bastıramayan Flores, ailesinin, mal varlığının ve rütbesinin güvenceye alınması koşuluyla sürgüne gitmeyi kabul etti. Yönetimi yeniden ele geçirmek için girişimlerde bulunduysa da başarılı olamadı.
1860’ta Peru istilası Ekvador’da iç savaşa yol açtı. Gabriel Garcio Moreno önderliğindeki muhafazakâr grup Flores’i ordunun başına çağırdı. Flores döndü ve Eylül 1860’ta savaş sona erdi. 1861’de Garcia Moreno yönetimini resmen tanıyan Kurucu Meclis’e başkanlık yaptı. Garcia Moreno’nun izlediği dış politika sonucu ülke Yeni Granada ile savaşa girdi. Guaspud’ ta yenilen Flores, Guayaquil’e dönerken gemide öldü.
Türk ve Dünya Ünlüleri Ansiklopedisi