Danıştay 10. Dairesi, vakıf üniversiteleri de dahil, üniversite hastanelerinin, özel muayene farkı dışında, Sağlık Bakanlığınca belirlenen fiyat tarifesine uymasına ilişkin ''Tedavi Ücretleri'' konulu Başbakanlık Genelgesinin yürütmesini ''vakıf üniversiteleri'' yönünden durdurdu.
26 Mayıs 2007 tarihli genelge, vakıf üniversiteleri de dahil üniversite hastanelerinin, bilimsel çalışma ve eğitim faaliyetleri dışında halka sundukları sağlık hizmetleri bakımından kamu hastanesi niteliğinde olduğu, verdikleri sağlık hizmetleri için özel muayene olmak isteyen hastalardan talep edilebilecek ''özel muayene farkı'' dışında ücret alamayacaklarını öngörüyordu.
Başken Üniversitesi Rektörlüğünce, vakıf üniversitelerinin Anayasa'ya göre özerk oldukları için devlet hastaneleri ve devlet üniversite hastaneleri ile aynı statüde kabul edilemeyecekleri öne sürülerek genelgenin iptali ve yürütmesinin durdurulması istemiyle Danıştay'da dava açıldı.
Danıştay 10. Dairesi, söz konusu Başbakanlık Genelgesinin yürütmesini, vakıf üniversiteleri yönünden oy çokluğuyla durdurdu.
Kararda, Başkent Üniversitesinin, kamu tüzel kişisi olduğu, Anayasa'nın, devletin ve vakıfların yükseköğretim açmaları arasında farklılık gözetmediği ifade edildi.
Farklılığın, yalnızca vakıf üniversitelerinin mali ve idari yönden kendilerine özgü bir sistem içinde bulunmalarından kaynaklandığı belirtilen kararda, ilgili mevzuat hükümlerine göre, vakıf üniversitelerinin idari ve mali özerkliğe sahip kamu tüzel kişisi olduğu kaydedildi.