Akyaka, Gökova Körfezi'nin cennet bir limanı olarak tarih boyunca çeşitli medeniyetlere hizmet vermiş, 2600 yıldır tarihin izlerini taşımaktadır. Bilinen tarih sürecinde bugün Akyaka'nın bulunduğu bölgede, Karia'lılar Idyma isimli bir kent kurmuştur.
1937 yılında Fransız araştırmacı Louis Robert tarafından kentin Nekropol alanını (Kaya Mezarları) ve Akropolis'i bulunmuştur. İlk çağlarda bugün Muğla ili'nin içinde bulunduğu alanda Karialılar zyaşamaktaydı. Idyma kent ismi Karia dilinden gelmekte ve Orman halkı anlamına geldiği düşünülmektedir.
Idyma, M.Ö. 546 yılında Pers (İran) orduları tarafından işgal edilmiştir. Ancak yörenin geleneksel yaşamına ve inancına karışmamışlardır. Idyma'da sikke (Para) basılmıştır. Bir yüzünde "IAIMION" yazılı incir yaprağı bulunmaktadır. Diğer yüzünde genç bir erkek başı, çobanların tanrısı olarak bilinen "Pan" vardır.
Idyma, M.Ö. 405 yılında Sparta'nın egemenliğine geçer. Sedir adası (Cedrea) Sparta'lı amiral Lysandros tarafından yerle bir edilir. Bugün M.Ö 400 yıllarına ait olduğu bilinen Kozlukuyu mevki, İnişdibi mahallesinin hemen dibinde kaya mezarları yılların verdiği yıpranmaya rağmen ayakta durmaktadır. Mimari planları ve taş oyma işçiliği dikkat çekicidir. Kaya mezarlarının 300 metre yukarısında Idyma kenti'nin Akropolis'i ( Kale'si) yer almaktadır. Hellenistik döneme ait yapıda taş duvarlar, sarnıç ve odaların kalıntıları görülmektedir.
Idyma M.Ö 300 yılarında Rodos yönetimine girmiştir. Kentin ismi "Rhodeian Peraea" (Rodos Karşıyakası) olmuştur. Bu süreç M.S. 100 yıllarına kadar devam etmiştir. Bu dönemde çok canlı bir yaşam olduğu döneme ait yazıtlardan anlaşılmaktadır.
M.Ö. 129 yılında Idyma kenti Roma yönetimi eğemenliğine geçer. Bu dönemden sonra Idyma kenti karanlık bir döneme girer. Idyma'nın depremler sonucu yok olduğu veya terk edildiği düşünülmektedir. Bizans dönemine kadar olan süreç hakkında malesef tarihsel bir bilgiye sahip değiliz. Bizans döneminde Idyma kenti'nin nüfusunun çok azaldığı, yerleşimin eski öneminin kalmadığı görülmektedir. Bizans döneminden sonra 13 yüz yıl sürecinde bölge Türklerin eline geçmiştir. Daha sonra Menteşe Beyliği eğemenliği görülmektedir. 1420 yılında Osmanlı İmparatorluğu'na katılmıştır.
Idyma, Akyaka tarih boyunca iklimi ve doğal kaynakları ile yaklaşık 2600 yıldır insanoğluna kucak açmış, elverişli yaşam koşulları ile çeşitli medeniyetlere ve inançlara mensup insanlara yaşama olanağı sunmuştur.
Akyaka, 1971 yılında muhtarlık, 1992 yılında belde ve 2012 yılında da Muğla ili'nin Büyükşehir olmasıyla Ula'ya bağlı bir mahalle olmuştur.