Çelebi Mehmed Haziran 1399’da Amasya, Tokat ve Sivas’ı içine alan bölgeye vali olarak gönderildi. Bu dönemde Amasya ve Tokat civarındaki Türkmenlerle mücadele etti. Kara Devletşah, İnaloğlu, Gözleroğlu, Köpekoğlu, Mezid Bey, Kubadoğlu ve Taşanoğulları gibi Türkmen beyleri, Timur istilasından sonra bölgede kendi hakimiyetlerini kurmaya çalıştılar.
Fakat Çelebi Mehmed hepsini mağlup ederek, hükümranlığını kabul ettirdi. Karşılığında da Türkmen beylerine, topraklarını mülk timar olarak verdi. Orta Anadolu’da hakimiyeti sağladıktan sonra Çelebi Mehmed, diğer kardeşlerine nazaran en zayıf durumda olmasına rağmen, zekası, mücadele azmi ve diplomatik kabiliyetiyle kardeşlerini alt ederek tahta çıktı.