1984 yılında, Boğaziçi Üniversitesi, Kimya
Mühendisliği'nde Lisans, 1986'da İstanbul Teknik Üniversitesi, Çevre
Mühendisliği Bölümü'nde Yüksek Lisans, 1990'da ise aynı bölümde Doktora
eğitimini tamamladı. 1986 yılında girdiği İstanbul Teknik Üniversitesi, İnşaat
Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü'nde halen Öğretim Üyesi olarak görev
yapmaktadır. İngilizce ve İtalyanca bilmektedir.
Prof. Dr. Fatoş Germirli Babuna’ya mühendislik
bilimlerinde gerçekleştirdiği bilimsel çalışmaları nedeniyle, 1999 yılında
Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma Kurumu tarafından TÜBİTAK Bilim Teşvik
Ödülü verilmiştir.