İsa'nın havarilerinden Tarsus'lu Pavlus (Sen Paul) ve yine Tarsus'ta yaşamış Hıristiyanlığın öncülerinden Barnabes, M.S. 41 yılında Hıritiyanlığı yaymak için Anadolu’da çeşitli yolculuklar yapmışlardır. Bu azizlerin gezileri sırasında konakladıkları hemen her yerde anılarına tapınaklar yapılmıştır. Fakat, o tarihte Hıristiyanlık henüz resmi din olmadığından ve ibadet gizli olduğundan tapınakların da gözden uzak ve ulaşımı güç yerlerde olması tercih edilmiştir. Alahan Manastırının olduğu yerde de böyle bir tapınağın yapıldığı anlaşılmaktadır.
Ancak bu günkü manastır öreni Hıristiyanlığın resmen kabul edilişinden sonra, beşinci yüzyılda inşa edilmiştir. Manastırı yaptıran kişi manastırda lahdi ve bir kitabesi olan Tarasis adlı bir rahiptir.Ancak finansman büyük ölçüde Bizans imparatoru tarafından sağlanmıştır. Kimi kaynaklar manastırın M.S. 440-442 yılları arasında, kimi kaynaklar da M.S. 474 ten sonra inşa edildiği görüşündedir. İmparator 440-442 döneminde II. Theodosius (401-450), 474 ten sonra ise ise Flavius Zeno'ydu (425-491). (Belki de manastırın farklı bölümleri farklı imparatorlar döneminde inşa edilmişti).
Manastırın parlak döneminin Arap akınları başlayınca, yani 7. yüzyılda sona erdiği anlaşılmaktadır. Bununla birlikte manastırın uzun süre ayakta kaldığı bellidir. Nitekim 17. yüzyılda ünlü gezgin Evliya Çelebi (1611-1683 ?) manastır için Usta elinden yeni çıkmış gibi duruyor tanımlamasını yapmıştır.