Mustafa Armağan, Urfalı bir anne ve babanın çocuğu olarak 24 Şubat 1961 yılında Cizre Şırnak'ta dünyaya gelmiştir. İlk ve orta öğrenimini Bursa'da tamamladıktan sonra İstanbul üniversitesi Türk Dili ve Edebiyatı bölümünü 1985 yılında bitirmiştir.
Mustafa Armağan, 1989 ve 1997 yılları arasında Fritjof Capra'dan yapmış olduğu Batı Düşüncesinde Dönüm Noktası adlı çevirisi ile Türkiye Yazarlar Birliği Tercüme Ödülü ve Şehir ey Şehir adlı kitabı ile Türkiye Yazarlar Birliği Deneme ödülünü almıştır.