1880 yılında Trabzon´un büyük ve köklü ailelerinden Nemlizade Hikmet Efendi´nin öncülüğünde, Nemlizade Hacı Ahmet ve Nemlizade Mehmet Efendilerin on arkadaşı ile yaptıkları davete uyan, Ali Naki Bey, Trabzon´a gelerek şimdiki Cumhuriyet Mahallesi´nde Reşit Efendi´nin evinde Mekteb-i Hamidiye adı ile, altı sınıflı bir idadi, yani Lise açtı. Lisenin ilk müdürü Ali Naki Bey oldu.
Zamanın Trabzon Valisi Edip ve Şair Sırrı Paşa´nın öncülüğü ile şimdiki Trabzon Lisesi´nin yerine resmi idadi (yeni lise) 1887 yılında tamlandı. Ali Naki´nin müdürlüğünü yaptığı Mekteb-i Hamidiye (öğretmen-öğrenci) bütün kadrosuyla yeni resmi liseye aktarılmış ve Tarihi Trabzon idadisinin ilk müdürü yine Ali Naki Bey olmuştur. 1887-1893 yılları arasında şartlar normal olmadığı için Eğitim-Öğretim de normal olmamıştı. Bütün olumsuzluklara rağmen 1887-1902 Öğretim yılı sonuna kadar dokuz dönem mezun verilmiştir.
Kuruluşundan itibaren 23 yıl idadi adı ve biçimi ile öğrenimini sürdüren okul; 1910-1911 Öğretim yılında Sultani oldu. Okul Trabzon Sultani´si olarak anılmaya başlandı. Savaş yıllarında Trabzon Sultani öğrencilerinden bir kısmı cepheye, bir kısmı iç bölgelere, bir kısmı da batıya doğru dağıldı. Okul tamamen boşaltıldı. 1914-1915 cihan harbi nedeniyle mektep hastane olarak kullanıldı. 1915-1916, 1916-1917 yıllarında Rus işgal nedeniyle öğrenim yapılamamıştır. Çanakkale savaşına giden öğrenciler savaştan geri dönememişlerdir. 1924-1925 ders yılında Sultaniler Liseye döndürülmüştür. Lise olarak öğrenim sürerken 1924´te Mustafa Kemal ATATÜRK Trabzon´u ziyaretlerinde Trabzon Lisesi´ni de ziyaret eder. Şeref defterine "Bedeni İdman. Fikri İdmanla Muvazi Olmalıdır" cümlesini yazar ve okuldan olumlu duygularla ayrılır.
Cumhuriyetten önce 1887´de kurulan idadinin, (sonradan sultani) son müdürü değerli edebiyatçılarımızdan Ali Canip (Yöntem) Bey´dir. Bu müdürle Sultani Liseye dönmüş; 37 yıl devam eden Eğitim-Öğretim biçimi tarihi fonksiyonunu tamamlayarak yerini, Tevhid-t-Tedrisat kanunu gereği Liselere bırakmıştır. 1887 yılında tahminen 5000 altın liraya yaptırılan ve eski ismi ile Mekteb-i idadi yeni ismi ile Lise, aradan geçen 46 yıl içinde öğrenim yapılamayacak duruma gelmiş ve terk edilmiştir.
Eski binada yapılacak onarımın yeterli olmayacağı, okulun ihtiyacı karşılayamayacağı belirtilerek, Milli Eğitim Bakanlığına müracaat edildi. Daha sonra Bakanlığın gönderdiği heyet gerekli incelemelerde bulunduktan sonra, yeni bir Lisenin yapılmasını uygun görmüşlerdir. Okulun planı mimarisinde milletler arası isim yapmış Alman Mimar Bruno Taut tarafından çizilmiştir.
Yeni lisenin temel atma töreni 16 Haziran 1938´de yapıldı. Çok kalabalık ve heyecanlı olan törende; temele ilk harcı üçüncü umum Müfettişi Tahsin Üzen koydu. Törende maarif müşaviri Mustafa Reşit TARAKÇIOĞLU ve Trabzon valisi hazır bulunmuşlardır.
İnşaat 2 yıl sürmüştür. 1940-1941 yılında yeni binada yatılı-gündüzlü olarak Eğitim-Öğretime başlandı. Binanın ayrı bir özelliğin de Trabzondaki ilk kaloriferli binalardan biri olmasıdır. Bu muhteşem okulun ilk müdürü Faik DRANAZ´dır. Trabzon Lisesi uzun süre bölgenin tek okulu olarak hizmet vermiştir. Büyük devlet adamları ve şahsiyetler yetiştirmenin gururunu yaşamış ve yaşamaya devam edecektir. 1972´den sonra diğer liselerin açılması ile tek okul olma özelliğini kaybetmiştir. 1996 yılında da Trabzon Lisesindeki yatılı bölüm Bakanlıktan izin alınarak kapatılıp öğrencileri Atatürk Lisesine aktarılmıştır.
2005-2006 eğitim-öğretim yılında Bakanlığımızın genelgesi doğrultusunda, Trabzon Lisesi adı saklı kalmak kaydı ile Anadolu Lisesi, 07.06.2010 tarihli resmi yazıyla Fen Lisesi statüsünde öğrenci almaya başlamıştır.