Pers kralı I. Serhas zamanında Yunan şehirleri ile yapılan savaşlar (Pers savaşları) sırasında, Malkara'ya çok yakın olan Gürgen Bayırı denilen yerde bir kalenin yapıldığı söylenmektedir. Bu kale civarında birçok yılan bulunduğundan, bu kaleye Farsça Margar veya Margaar adı verilmiştir. Farsça'da mar yılan, gar veya gaar da in - mağara anlamına geldiğine göre Malkara sözü, yılanlı mağara veya yılanlı kale anlamına gelmektedir.
Bir söylentiye göre, Makedonya Kralı Büyük İskender Trakya'da otuz yıldan fazla kalan Persleri (İranlılar) Trakya'dan uzaklaştırınca, Malkara'da (Malgar'da) Sazan, Malgar ve Kumardar İsimli üç komutanı, edek güçlerin başına bırakmıştır. Bunlardan Malgar Gürgen Bayırındaki kalenin benzerini, bugünkü Malkara'nın batısında yeniden kurmuştur. Kumardaç isimli komutan da bir kale yaptırmıştır (Halen oraya Kumardaş Tepe denilmektedir). Sazan adlı Komutan da yine bir kale yaptırmıştır (Bugün Sazan çiftliği denilen yerde). Bu kaleler daha sonra Romalıların eline geçmiştir. Bizanslılar dönemine kadar savunma amacıyla kullanılmışlardır.