Temelinde 3 metreye 1,8 metrelik blok taşlar kullanılmıştır. 8 köşeli ana kubbesi bulunmaktadır. İstanbul'un en eski Bizans Dönemi yapısı olarak bilinir. Bahçesinin güney kısmında 24 odalı geniş bir bahçesi ve ortasında şadırvanı olan Hüseyin Ağa Medresesi yer alır. Medrese Yesevi Vakfı tarafından restore edilmiş ve Türk el sanatlarının hizmetine verilmiştir. Yakınında Kesikbaş Hüseyin Ağa türbesi yer alır.
Yapı 1836 ve 1956 yıllarında iki onarım görmüş, muhtelif kurşun ve sıvaları yenilenmiş, tek minaresi önemli ölçüde onarılmıştır.