Araplar Mısır’ı fethettikleri zaman birçok Kıpti Müslüman oldu. Kalanı isa’yı Tanrı sayan bir Hıristiyan mezhebinde kaldı. Mısır Müslüman-laştıkça buna paralel olarak zayıflayan bu mezhebe bağlı olanların sayısı da azaldı.
Sonraları 18. yüzyılda bu mezhebe bağlı olanların bir bölümü de Katolikliği benimseyerek Vatikan’a ayrı bir özerk piskoposluk olarak bağlandılar. Günümüzde sayıları 5 milyon dolayında olan Mısırlı Kiptiler, Müslüman yönetimi için zaman zaman sorunlar yaratmaktadırlar.