Gıda mikrobiyolojisi laboratuvarı malzemelerinden ilk akla gelenler cam malzeme (petri kutuları, pipetler, ölçü silindirleri, balonlar, tüpler, erlenler, drigalski spatülleri, beherler, şişeler vs.), metal malzeme (spatüller, aşı özesi ve iğnesi vs.), plastik malzeme (bir kez kullanılıp atılan petri kutuları vs.), bunzen bekleri, tüp sporları ve sepetleri vb. malzeme ile temizlik ve dezenfeksiyon amaçlı malzeme, çeşitli boya ve çözelti kaplan, çeşitli termometreler, manometreler özel amaçlı kaplardır. Bunlara ilaveten kirli malzemenin konulacağı özel kaplar, besiyeri ve kimyasal madde dolapları, cam malzeme dolapları, steril malzeme dolapları yine gıda mikrobiyolojisi laboratuvarının temel ekipmanı içinde yer almaktadır
Gıda mikrobiyolojisi laboratuvarı,toplam bakteri sayımı,koliform testi ve küf-maya sayımı gibi farklı mikroorganizma gruplarının varlığını araştıran ve/veya sayımını yapan, analiz sonuçlarını genellikle bir kaç gün sonra elde eden, çalışma ortamında (her ne kadar kapalı ortamda olsa da) patojenleri milyarlarca sayıda çoğaltan ve tümüyle kendine özgü bir disiplini olan bir laboratuvardır.
.