İSAM’ın üç ana birimi arasında yer alan bu birim Yönetim Kurulu'nca seçilen Araştırmacılar Kurulu’nun gözetimi altında ilmî faaliyetlerini planlar, araştırma geliştirme programlarını yapar ve uygulanmaları için gerekli girişimlerde bulunur. İlgili çalışmalar Araştırma Birimi bünyesinde kurulan Yayın Kurulu, İslâm Araştırmaları Dergisi Yayın Kurulu, Tahkik Yayın Kurulu gibi çeşitli ilim heyetleri tarafından yürütülür. Bu çerçevede çeşitli ilmî toplantılar düzenlenmekte, misafir araştırmacı programı yürütülmekte, muhtelif yayın dizileri hazırlanmaktadır.