Mary hapis tutulduğu süre boyunca bir yaşından beri görmediği İskoçya Kralı olan oğluyla güçlerini birleştirmeyi hayal etmişti. Bunun için son bir plan yapmıştı. İngiltere'yi ele geçirecekti. Bunun için gizli görüşmeler yaptı. Tarihe Babington komplosu olarak geçen olayda Mary'yi kurtarmak ve Elizabeth'i öldürmek isteyen Anthony Babington ve arkadaşları, fikirlerini Mary'ye mektup aracılığıyla ulaştırmıştır.
Fakat ulaşan ve gönderilen tüm mektuplar, Elizabeth'in kurdurduğu istihbarat servisi tarafından incelenmekte olduğu için bu plan başarısızlıkla sonuçlanmıştır. Mektupların şifresini çözen Thomas Phelippes isimli şifre çözücüdür. Onları gizlice hapse sokan ise, çifte ajan olarak görev yapan Gilbert Gifforddur.
Mary'nin mektubu onaylamasıyla Elizabeth de onun idam hükmünü vermiş oldu.