1933 yılında Adolf Hitler, Almanya'da iktidara geldi. Yahudi düşmanlığını savunan NSDAP'ın (Nasyonel Sosyalist Alman İşçi Partisi) lideriydi. Bu parti, I. Dünya Savaşı'nda yenilgiye uğrayan Almanya'nın gördüğü aşağılayıcı muameleden dolayı birçok Alman'da oluşan hınç ve mutsuzluk hislerinden yararlandı. Hitler, Almanya'yı Avrupa'nın en güçlü ülkesi yapma niyetindeydi. İlk önce, Avusturya, Çekoslovakya ve Polonya'ya saldırdı. Daha sonra, Almanya'nın Batı Avrupa'daki en önemli rakibi Fransa'yı devre dışı bırakmak istedi. Fransa'ya saldırırken Hollanda ve Belçika da işgal edilecekt.
10 Mayıs 1940 Cuma sabahı, birçok Hollandalı, savaş uçağı, patlayan bomba ve tank gürültüsüyle güne uyandı. Alman askerleri sınırı geçmişti ve savaş başlamıştı. Hollanda ordusu, Alman saldırılarına karşılık veremeyecek kadar zayıftı. Almanlar'ın, Rotterdam şehir merkezini bombalamasından ve diğer şehirlere de aynı muameleyi yapacakları tehdidini dile getirmesinden sonra, Hollanda silahlı kuvvetler komutanlığı teslim olma kararı aldı. Hükümet ve Kraliçe, daha önceden İngiltere'ye sığınmıştı.
Başlangıçta işgal çok sıkıntı yaratmıyor gibi görünse de, ilerleyen dönemde özgürlükten yoksun olmanın ne anlama geldiği çok çabuk anlaşıldı. Hollandalı erkekler, zorla Alman fabrikalarında çalıştırıldı. İnsanlar, herhangi bir resmi yargı süreci olmaksızın hapse atılıp toplama kamplarına gönderiliyordu. Özellikle Musevi kökenliler tutuklanıyordu. Alman işgal kuvvetleri, 100.000'den fazla erkek, kadın ve çocuğu, Hollanda'dan yük trenlerine bindirip sonunda birçoğunun öldürüldüğü toplama kamplarına nakletti.
Bu süreçte, benzer ideolojiyi benimsemiş Hollanda Nasyonel Sosyalist Hareketi (Nationaal Socialistische Beweging - NSB) üyeleri, yardakçılar ve fırsatçılar Almanlarla işbirliği içinde oldular. Diğer tarafta ise özellikle savaşın sonuna doğru çok taraftar kazanmaya başlayan direniş hareketi vardı. Halkın büyük bir kısmı Almanlara karşıydı, ama pasif olarak.
1944 sonbaharında ülkenin güneyi, müttefik güç askerleri tarafından Alman işgalinden kurtarıldı. Büyük nehirlerin üzerinde kalan bölge (özellikle de Batı bölgesindeki şehirler), özgürlüğüne kavuşmadan önce müthiş bir açlığın hüküm sürdüğü kış mevsimini (açlık, kıtlık kışı) geçirmek zorunda kaldı. Çok aşırı boyutlara varan gıda kıtlığı, halkı güçsüzleştirdi ve on binlerce insan açlıktan öldü. Mayıs 1945 tarihinde Alman işgal kuvvetleri komutanı, teslim olma anlaşmasını imzaladı ve Hollanda'nın tamamı böylece özgürlüğüne kavuştu. O tarihte, Hollanda sömürgesi Doğu Hindistan (Endonezya), Japon işgal kuvvetlerinin elindeydi. Japonya, 15 Ağustos 1945'te yenilgiyi kabul etti ve teslim oldu.