Portekizli rahip Rodrigues, misyoner yoldaşı Francisco Garrpe ile birlikte çıktığı zorlu bir yolculuğun ardından Japonya'ya varır. Bir Hristiyan, üstüne üstlük bir rahip için akıl almaz tehlikelerle dolu bu ülkeye gelmelerinin iki amacı vardır: Birincisi, türlü işkencelere maruz kalan Japon Hıristiyanların başıboş kalıp savrulmalarını engellemek; ikincisi ise hayranlık duydukları öğretmenleri Ferreira'nın, inancına ihanet etmesinin ardındaki gerçeği öğrenmek... Zulüm onlara hiç de uzak olmayan, eli kulağında bir gerçektir. Bir süre sonra Garrpe ile yolları ayrılır. Rodrigues artık bir başınadır. Onun Ferreira ile yüzleşmek üzere çıktığı bu yolculuk, sonraları kendisiyle, inancıyla ve Tanrı'sıyla yüzleştiği bir yolculuğa dönüşecektir, inananlar zulme uğrarken Tanrı neden hâlâ sessizdir?