Daha önemlisi, Coltrane’e albümlerini hazırlamak için gereken zamanı sağlıyordu. Artık çaldığı kayıt başına para almak zorunda olmaması albüm tarihlerini daha ayrıntılı planlamasına imkân vermişti. Bu durum gelişen müzikal kişiliğini eserlerine daha iyi yansıtmasıyla sonuçlandı (bunun en iyi örneği ‘Giant Steps’ idi). Atlantic ile yaptığı sözleşme diskografisinin neden zayıfladığını da açıklar. Coltrane 57 ve 58 yıllarını çoğunlukla stüdyoda geçirdi. 59’da kayıtlara katılması daha da seyrekleşti. Resmî olmayan canlı kayıtları saymazsak bir eşlikçi olarak yalnız iki kere kayda girdi. Şubat’ta Norman Granz’ın Mercury şirketi için Chicago’da Cannonball Adderley Beşlisi’yle kayıt yaptı. Mart ve Nisan’da (ilk ‘Giant Steps’ kaydından hemen önce ve sonra) Miles Davis’in Columbia şirketinden çıkan efsanevî ‘Kind of Blue’ albümünün kaydına katıldı. ‘Giant Steps’ten sonra Coltrane’in Atlantic için bir sonraki kayıt seansları 24 Kasım ve 2 Aralık 1959’da gerçekleşti ve ortaya ‘Coltrane Jazz’ albümü çıktı (son seansta ‘Giant Steps’ten “Naima” da kaydedilmişti). Coltrane ritim bölümü için tercihini Miles’ın topluluğundan yana kullandı: basçı Paul Chambers, piyanist Wynton Kelly ve davulcu Jimmy Cobb.
‘Coltrane Jazz’ın açılış parçası Hoagy Carmichael’ın ‘Little Old Lady’ adlı bestesi, Sonny Rollins’in konserlerinde çok başarılı biçimde gün ışığına çıkarıp dönüştürdüğü hafifmeşrep parçalara benzer. Coltrane de burada aynı derecede güzel bir iş çıkarmıştır. Parçaya hafifmeşrep havasına uygun canlı bir ruh kazandırmıştır. Coltrane’in kendi bestesi olan ‘Like Sonny’ hem parçanın adından dolayı, hem de araya Sonny tarzı hafif melodik bir yapı yerleştirerek Rollins’e gönderme yapar. Coltrane albümde ayrıca üç orijinal blues parçasını güzel bir şekilde yorumlamıştır. Bunlardan en dikkat çekeni 6/4’lük bir melodi olan ‘Harmonique’ti. Bu parçada yoğun biçimde ‘multifonik’ yöntemi kullanılmıştı. Coltrane sahte parmak hareketleri ve ağızlığında yaptığı çeşitli hareketlerle aynı anda çok sayıda ses çıkarabiliyordu. “Coltrane Jazz”, “Giant Steps”in izinden giden, mihenk taşı bir albüm değildi. Göze batan armonik meydan okuyuşlar veya radikal değişimler içermiyordu. Coltrane’in eşlikçilerindeki seçimi, biraz o dönemin dinleyicilerine Miles’ın çalmadığı bir Miles Davis albümü sunmaya benziyordu. Yine de herhangi bir makul standarda göre mükemmel bir eser olup Davis’in o dönemde imzası olan topluluk kavramına Coltrane’in bir tür hoş vedası anlamına geliyordu. Coltrane, Miles’ın ritim grubunu sonraki albüm kayıtlarında kullanmadı. Ancak bir sonraki albüm için yine önemli bir kaynağın eşlikçilerini kullanacaktı.
Coltrane 28 Haziran ve 8 Temmuz 1960’ta stüdyoya girdiğinde kendisine alto saksafoncu Ornette Coleman’ın topluluğu eşlik etmişti: trompetçi Don Cherry, basçı Charlie Haden ve davulcu Ed Blackwell (8 Temmuz’daki seansta Haden’ın yerini basçı Percy Heath aldı). Bir yıl önce, müziği kendi kendine öğrenen dahî Coleman, Atlantic için yaptığı kendi albümü ve Lenox School of Jazz’daki konseriyle caz dünyasını altüst etmişti. Özellikle Cherry, Coleman’ın serbestçe akıp giden yarı modal doğaçlama yönteminde mahirdi. Bu doğaçlama tarzı, bebop ritimlerini epeyce korumasına karşın ağırlık noktasını, önceden belirlenmiş armonik yapılara bağımlı kalmadan neredeyse anında ortaya çıkarılan melodiler oluşturuyordu.
Coltrane bir sonraki albümü “Avant-Garde”da, Coleman’ın yöntemini benimseyerek özellikle eşlikçilerinin istediklerini yapmalarına izin verir. Coltrane ve Cherry birlikte gayet iyi bir şekilde çalarlar. Repertuvarlarında yer alan Coleman, Cherry ve Monk bestelerinin dolambaçlı melodilerini gerektiği gibi, aslına körü körüne uymadan yorumlarlar. “Cherryco”da Coltrane doğaçlama yaparken düşüncesi işe cümlenin ortasından başlayıp aynı anda her iki yönde tamamlamaktır. Klişelerle sınırlamadığı solosu, bebop ritimlerini terk ederek tempodan bağımsız özgür bir tarza yönelir. Diğer bestelerde – örneğin Thelonious Monk’un “Bemsha Swing”i – bu tarzı daha belirgin hale getirmesine karşın, dinleyici yerinde oynatan ritmik dalgalanma unsurunu korur. Cherry Coltrane’le çalmanın zorluğu üstesinden çok iyi gelerek, en yaratıcılık dolu performanslarından birini plağa yansıtır.
Ritim bölümü biraz gergin hatta zaman zaman prova yapıyormuş gibi çalar. Doğruyu söylemek gerekirse, Coltrane de böyle yapmıştır. Sonuç olarak, tamamıyla uyumlu olmasa da birbirini iyi anlayan bir müzisyenler topluluğu olduğunu görürüz. Her şeye rağmen performansları çok yüksek düzeydedir. Albüm ise hiç te göz kamaştırıcı olmaktan aşağı kalmaz. Coltrane’in “free” müziğe karşı filizlenen ilgisinin adeta bir kanıtı gibidir. “Avant-Garde” albümünün kayıtlarıyla aynı sıralarda, Coltrane bir topluluk kurma aşamasındaydı. 1960 yılı boyunca hazırlık aşamasındaki bu toplulukta piyanist olarak Steve Kuhn veya McCoy Tyner, basta Steve Davis, davuldaysa Pete LaRoca (Sims), Billy Higgins veya Elvin Jones olması düşünülüyordu. Atlantic için yeni kayıtlara başlayacağı Ekim sonlarında Coltrane; Tyner, Davis ve Jones’tan oluşan kadroda karar kıldı. Birlikte çaldıkları üç kayıt seansı üçten fazla albüme yetecek kadar malzeme sağladı: My Favorite Things, Coltrane’s Sound ve Coltrane Plays the Blues (“Coltrane Jazz” albümünde yer alan “Village Blues”u da bu seansta kaydetmişlerdi). “My Favorite Things” tıpkı Miles’ın “Kind of Blue” ve Dave Brubeck’in “Time Out” albümleri gibi, genel dinleyici kitlesi içinde popülerliğe kavuşan ender akustik caz albümlerindendi. Bunda en büyük pay, Rogers ve Hammerstein’ın 1959’da yazdığı Broadway müzikali The Sound of Music’ten alınan ve albüme ismini veren parçanın Coltrane tarafından yorumlanış tarzıydı.
Albüme adını veren parça olağanüstü güzel bir müzik olmasının yanı sıra daha sıradan özellikleriyle de dikkat çekiyordu. Her şeyden önce Coltrane, kendi kendine çaldığı halde ticari bir kayıtta daha önce kullanmadığı soprano saksafon çalıyordu (“My Favorite Things”in ardından çıkan “Avant-Garde’daki “The Blessing” hariç). Ayrıca performans bir takım akor değişikliklerinden çok makamlara dayanıyordu. Bu armoni stratejisini Coltrane sonraki yıllarda artan sıklıkta kullanacaktı. Bunların dışında şarkının uzunluğu da dikkat çekiciydi. Neredeyse 14 dakika süren “My Favorite Things” o dönem için alışılmadık bir uzunluğa sahipti. Uzun çalma süresi ve eşlikçilerin adeta monoton armonik desteği Coltrane’e solosunu dramatik bir yapıda kurma imkânı vermişti: hem fikirler hem duygusal yoğunluk bakımından basitten karmaşığa ve tekrar basite.
Bunun dışında “Summertime”ın basit minör armonileri benzer bir düzenlemeye imkan tanımıştır. “But Not For Me” adlı standardın düzenlemesindeyse Coltrane karşıt bir yaklaşım sergileyip “Giant Steps” tarzı değişiklikler kullanarak karmaşık armonik yapı yaratmıştır. “Every Time We Say Goodbye” adlı parçadaysa tekrar soprano saksafona döner. Oysa bu çalgı, sonraki çalışmalarında bir tür kuraldışı olarak kalacak, çoğu zaman tenor saksafon “balad çalgısı” olacaktır.
Albümün son güzel yanı kadrosuyla ilgilidir. McCoy Tyner ile Elvin Jones’un bir araya gelmesi, ileriki yıllarda bu topluluğa hayat verecek olağanüstü dinamizmi ateşlemiştir. Tyner’ın benzersiz seslendirmeleri ve güçlü tarzı o dönemin caz müziğine eşine rastlanmayan bir ses katarken; Jones’un davul çalışı – henüz bir süre sonra görüleceği gibi açık bir yoğunluğa sahip olmasa da – kaynamak üzere olan bir poliritim kazanı gibidir. “My Favorite Things”deki topluluk performansı gelecekteki kavramsal değişikliklerin ipuçlarını verirken (özellikle Coltrane’in free caza karşı duyduğu sevdayı) bir yandan da geçmişle bağlarını açık biçimde muhafaza eder. Geleneği gayretli bir araştırmacılıkla birleştirebilme yeteneği, bu albümü sadece sıkı caz hayranlarının değil caza öylesine ilgi duyan müzikseverlerin de kalıcı gözdesi haline getirmiştir.