Fevzi Bey, Rus taarruzlarının yoğunlaştığı bir dönemde -19 Nisan 1916 - Doğu Cephesi'ne bağlı III. Mıntıka K.' lığına atandı. Daha sonra 7 Eylül 1916'da II. Kafkas Kor. K. 'lığında görevlendirildi. Böylece Fevzi Paşa, Ruslara karşı başarılı saldırılarda bulunarak; Rusların İskenderun ve Basra Körfezlerine inme planlarını tamamen ortadan kaldırdı. 5 Temmuz 1917'de Diyarbakır'da II. Ordu K. 'na atanan Fevzi Bey Şark Cephesi'nde harekât kısmen normale dönünce önce Suriye'ye sonrada Sina ve Filistin Cephelerine gönderildi. Daha sonra Fevzi Paşa, Kanal Cephesi'nden saldıran İngilizleri durdurmak üzere Mustafa Kemal'den boşalan Halep'teki VII. Ordu K. 'na tayin edildi. Bu cephede gösterdiği başarılardan dolayı Fevzi Bey'in rütbesi 28 Temmuz 1918'de Ferik (Korgeneral)'liğe yükseltildi. Ancak bir süre sonra Fevzi Bey'in hastalanması üzerine bu göreve Mustafa Kemal Paşa tayin edildi ve Fevzi Bey İstanbul'a döndü.
Mondros Mütarekesi'nin imzalanmasından sonra Fevzi Paşa, Ahmet Tevfik Paşa Kabinesi'nde 24 Aralık 1918'de Erkân-ı Harbiye-i Umumiye Riyaseti'nde (Genel Kurmay Başkanlığı) görev almıştır. Ayrıca Fevzi Bey, Mustafa Kemal'in IX. Ordu Müfettişi olarak Anadolu'ya geçmesini hazırlayanlardan biri olmuştur. Bu dönemde Yunanlıların bir zırhlısının İzmir'e geldiğini ve bazı askerlerin karaya çıktığını haber alan Fevzi Bey, karaya çıkacak askerlere ateş edilmesi emrini vermesi nedeniyle; işgalci devletlerin ve özellikle İngilizlerin hükümete yaptıkları baskı sonucu 14 Mayıs 1919'da görevinden azlettirildi. 28 Nisan 1919'da Rumeli'ye giden Heyet-i Nasiha içerisinde bulundu. Daha sonra 14 Mayıs 1919'da I. Ordu Kıtaatı Müfettişliği 'ne atandı. 3 Kasım 1919'da Meclis-i Vükela kararlarıyla Sivas'a gitmesi karalaştırılan heyete dahil edildi. Ancak Fevzi Paşa'nın Milli Mücadeleyi bastırmak ve Mustafa Kemal'i tutuklatmak üzere geldiği söylentileri Sivas'ta Fevzi Paşa aleyhine bir hareketin doğmasına neden oldu. Fakat Fevzi Paşa ile görüşen Kâzım Karabekir onun böyle bir düşüncesi olmadığını anlamıştır. Fevzi Paşa Sivas'tan döndükten sonra 31 Aralık 1919'da Askerî Şura Üyeliği 'ne atanmıştır. Daha sonra Ali Rıza Paşa ve Salih Paşa kabinesinde, 3 Şubat 1920 'de Harbiye Nazırı olarak görev aldı. 3 Mart 1920'de Ali Rıza Paşa'nın istifasıyla açığa alındı ve 8 Mart 1920 tarihinde kurulan Salih Paşa kabinesinde tekrar Harbiye Nazırı olarak görevlendirildi. Fakat 8 Nisan 1920'de kabinenin istifasıyla Fevzi Paşa'nın görevi son buldu. İngilizler, İstanbul'u resmen işgal edince Fevzi Paşa İstanbul'da yapılacak bir şey kalmadığını düşünerek 27 Nisan 1920 'de gizlice Ankara'ya gitti. 3 Mayıs 1920'de Feke Kazası Belediye ve Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti tarafından TBMM'ne Kozan Milletvekili olarak girdi. Daha sonra kurulan ilk hükümette Milli Müdafaa Veki li, İcra Vekilleri Heyeti Müşirliğe Başkanlığı ve Ankara'da kurulan Meclis hükümetinin ilk başkanlığını yaptı. Fevzi Paşa bu son görevinde iken düzenli ordunun kurulmasında önemli hizmetleri oldu.
Fevzi Paşa hakkında Divân-ı Harp tarafından 24 Mayıs 1920'de verilen idam kararı, 27 Mayıs 1920'de pâdişah tarafından onaylandı. II. İnönü Savaşı'nın kazanılmasından sonra 3 Nisan 1921 'de 1.Ferik'liğe (Orgeneral) terfi eden Fevzi Paşa, İsmet İnönü'nün yerine 5 Ağustos 1921'de Milli Müdafaa Vekilliği'nden istifa ederek Erkân-ı Harbiye-i Umumiye Reisliğine getirildi. Fevzi Paşa gerek II. İnönü gerek daha sonra yapılan Eskişehir-Kütahya, Sakarya ve Başkumandanlık Meydan Savaşları'nda gösterdiği başarılardan dolayı rütbesi 31 Ağustos 1922'de, Müşir liğe (Mareşal) yükseltildi. Fevzi Paşa, 27 Ekim 1922'de Genel Kurmay Başkanlığı'nın yanı sıra Batı Cephesi K. ' lığına atandı. Bu dönemden sonra siyasete de atılan Fevzi Çakmak BMM'nin ikinci döneminde İstanbul Milletvekili seçildi. Ayrıca yeni İcra Vekilleri Heyeti'nde 14 Ağustos 1923 yılında Erkân-ı Harbiye-i Umumiye Vekilliği 'ne seçilerek; 30 Ekimde kurulan ilk Cumhuriyet Hükümeti'nde yerini korudu. Erkân-ı Harbiye-i Umumiye Vekilliği'nin kaldırılmasıyla; Erkân-ı Harbiye-i Umumiye Reisliği 'ne atanan Mareşal Fevzi Çakmak 30 Ekim 1924'e kadar askerlik görevinde bulundu. 31 Ekim 1920'de askerlik görevini, siyasete tercih ederek İstanbul Milletvekilliği'nden istifa etti. Erkân-ı Harbiye-i Umumiye Reisliği görevini 23 yıl yaptıktan sonra 12 Ocak 1944'de Askerî ve Mülkî Tekaüt Yasası'na göre Tahdit-i Sin yani yaş haddinden dolayı emekliye ayrıldı. VIII. Dönemde TBMM'de Demokrat Parti listesinden bağımsız aday olarak İstanbul Milletvekili seçildi. 5 Ağustos 1946'da Meclise katılan Fevzi Paşa, partisinden ayrılarak; 19 Temmuz 1948'de Millet Partisi'nin kurucu üyeleri arasında yer aldı.
Mareşal Fevzi Çakmak sağlam karakterli, dinine bağlı bir komutandı. Geniş bir kültüre sahip olan Fevzi Paşa tarih ve edebiyata meraklıydı. İngilizce, Fransızca, Arapça ve Farsça yanında bazı balkan dillerini de bilmekteydi. Fevzi Paşa, politikadan hoşlanmadığı gibi ordunun da politikadan uzak durması için çaba göstermiştir. Fevzi Paşa'nın Harb Akademisi'nde verdiği konferanslar kitap halinde Garb-i Rumeli'nin Suret-i Ziya ve Balkan Harbinde Garp Cephesi Harekâtı adıyla yayımlanmıştır. Ayrıca Büyük Harpte Şark Cephesi Harekâtı adlı bir eseri de vardır.