Manisa'da 16. yüzyıl sonlarında 3. Murat adına inşa ettirilen külliyenin projesi Mimar Sinan'a aittir. İnşası Mimar Mahmut Ağa tarafından başlatılan külliye onun ölümü üzerine Mimar Mehmet efendi tarafından devam ettirilmiştir.
Cami, medrese, imaret, çeşmeler ve dükkânlardan meydana gelen külliye Manisa'nın en önemli mimari eserleri arasında yer alır. Şehrin güneyinde Manisa dağının hemen altında, Sultâniye Camii'nin yakınında bulunur.
Cami enine dikdörtgen planlı yapıdadır. Merkezi kısmının üzeri 10,80 m. çapında bir kubbe ile, bunun iki yanındaki bölümler ise yarım çapraz tonozlarla örtülüdür. Mihrap kısmı güneydoğu cephesinden ileri doğru taşkınlık yapan, üzeri yine bir yarım çapraz tonozla örtülü enlemesine bir mekândır. Beş bölümlü son cemaat yerinin ortası aynalı tonoz, yanları ise kubbe ile örtülmüştür. Altı sütunlu bu revak etrafı duvarla çevrili şadırvan avlusuna açılır.
Medrese, klasik Osmanlı medrese plan ve şekline bağlı kalınarak yapılmıştır. Giriş kapısı batı cephesinde olup revakların gerisinde kuzey, güney ve batı yönlerinde odalar yer almaktadır. Kubbe ile örtülü olan bu odaların içinde ocak ve dolap nişleri bulunmaktadır.
İmarethanenin planı medrese planına benzemekte olup revakların gerisinde avluyu “U” şeklinde saran mutfaklar, yemekhaneler ve erzak depoları yer almaktadır. Mutfak bölümlerinde büyük ocaklar ve bir çeşme bulunmaktadır. Medrese ve imarethane bölümleri günümüzde müze olarak kullanılmaktadır. Medrese ile cami arasındaki avluda yer alan kütüphane 1812 yılında Karaosmanoğulları'ndan Hüseyin Ağa tarafından yaptırılmıştır.