Nagato (長門, Nagato) Amegakure'den Uzumaki Klanı'nın soyundan gelen bir shinobiydi. Arkadaşları Konan, Yahiko (ve diğer savaş yetimi arkadaşları) şiddetin hakim olduğu shinobi dünyasına barış getirmek için Akatsuki'yi kurdular. Yahiko'nun ölümünden sonra Nagato, Pain (ペイン, Pein) adını kullanarak ne pahasına olursa olsun dünyaya barış getirmek için Konan ile birlikte yeni Akatsuki'yi yönetmeye başladı.
Arka Plan
Nagato, ebeveynleri Fusō ve Ise ile Amegakure'nin eteklerinde yaşıyordu. Çok küçükken Madara Uchiha, onun ve ailesinin haberi yokken Rinnegan'ını Nagato'ya nakletti. Bundan biraz zaman sonra İkinci Shinobi Dünya Savaşı sırasında Nagato ve ailesi, yanıbaşlarındaki savaştan dolayı bir kulübeye sığındılar. Bir gün onların orada olduğunu fark etmeyen, yiyecek ve kalacak yer arayan iki Konoha shinobisi onların evine girdi. Onların geldiklerini fark eden Nagato'nun ebeveynleri, Nagato'nun kaçabilmesi için onlara saldırdı. Kendilerini koruyan Konoha shinobileri, onları öldürdü. Onların sivil vatandaşlar olduklarını gören ninjalar, Nagato'dan özür dilemeyi deneseler de kederlenen Nagato, ebeveynlerinin intikamını almak için Madara'nın Rinnegan'ını kullandı.
Ebeveynlerini gödükten sonra yetim kalan Nagato, evinden ayrılmak ve yiyecek, kalacak bir yer bulmak zorunda kaldı. Savaşın açtığı yaralar yüzünden kimseyle karşılaşmadı. Açlıktan bayılan Nagato'yu kendisi gibi savaş yetimleri olan Konan ve Yahiko buldu. Birlikte yemek bulmaya, ne olursa olsun hayatta kalmaya çalıştılar ve güçlerini dünyadaki savaşı sonlandırmak için kullanmayı hayal ettiler. Yahiko'nun bu konudaki tutkusunu gören Nagato, ondan ilham ederek aynı hayali benimsedi. Hayallerini gerçekleştirmek için üçlünün ninja olmaları gerekti. Pek fazla seçenekleri olmayan üçlü, Konoha'nın Efsanevi Sanninleri'nden kendilerine ninjutsu öğretmelerini rica etti. Orochimaru, acı çekmelerini sonlandırmak için onları öldürmeyi teklif etti fakat Jiraiya, savaşa katılmaktan dolayı duyduğu pişmanlıktan dolayı onlara kendilerine bakmayı öğretmeyi teklif etti.
Jiraiya onlara kalacak bir yer buldu ve nasıl balık tutacaklarını öğretti fakat onlara ninjutsu öğretmedi. Yetimler bir gün dışarıdayken bir Iwagakure chūnini tarafından bulundular ve Iwagakure chūnini onlara saldırdı. Arkadaşlarının hayatı için endişelenen Nagato, Iwa ninjasını öldürmek için Rinnegan'ı kullandı. Jiraiya onlara yardım etmek için geldiğinde Nagato'nun gözlerini ilk kez farketti ve gözleri ona Rinnegan'ın orijinal sahibi efsanevi Altı Yol'un Keşişi'ni hatırlattı. Bundan dolayı Jiraiya fikrini değiştirerek onlara ninjutsu öğretmeye başladı. Iwa ninjasını öldürmekten pişmanlık duyan Nagato'ya Jiraiya, bazen şiddetin ve kişisel acının diğerlerini korumak için gerekli olduğunu söyledi. Aynı zamanda Nagato'nun Altı Yol'un Keşişi'nin reenkarnesi olduğuna ve Keşiş gibi Nagato'nun da Rinnegan'ını barış getirmek için kullanacağına inanmaya başladı.
Jiraiya yetimleri üç yıl boyunca eğitti. Rinnegan'ından dolayı Nagato, öğrettiği her şeyde kolayca ustalaştı. Yetimler Jiraiya'nın gölge klonlarından birini yenmeyi başardıktan sonra Jiraiya kendi başlarının çaresine bakabileceklerini ve bir gün köye büyük bir reform getireceklerini düşünerek Konoha'ya döndü. Üçlü savaşa son vermek için Yahiko'nun liderliğinde Akatsuki adını verdikleri bir organizasyon kurdu. Bu istekleri çok popülerleşti ve birçok destekçi kazandılar, Jiraiya bile bazen onların yaptıklarının haberlerini alıyordu. Üçüncü Shinobi Dünya Savaşı sırasında kendini Madara Uchiha diye tanıtan Obito Uchiha onlara yaklaşarak onlara isteklerini gerçekleştirmelerinde ve Nagato'nun Rinnegan'ını tamamen kullanabilmesi için yardım etmeyi teklif etti. Tobi'nin kendilerini kullanacağından şüphelenen Yahiko, bu teklifi reddetti.
Barış arayışları devam ederken Amegakure'deki Akatsuki'nin üyeleri ve ünleri artmaya başladı, öyle ki köyün lideri Semender Hanzō, Akatsuki'nin iktidarı için tehdit oluşturduğunu hissetmeye başladı. Akatsuki'ye yaklaşarak onlara diğer savaşan köylerle uzlaşmalarında yardım etmelerini istedi. Ertesi gün anlaşmayı tamamlamak için görüştüklerinde Konohagakure'den Danzō Shimura'nın desteğiyle Yahiko ve Nagato, Hanzō ve adamlarının kurduğu pusuya düştü. Konan'ı rehine olarak kullanan Hanzō, Nagato'ya Yahiko'yu öldürmezse Konan'ı öldüreceğini söyledi. Nagato'nun böyle bir seçim yapmasını istemeyen Yahiko, Nagato'nun dünyayı değiştireceğine olan inancını göstermek için onun kunaisine atlayarak hayatına son verdi. Yahiko'nun ölümüne öfkelenen Nagato, Hanzō'dan Konan'ı geri aldı fakat alırken bacakları ciddi hasar aldı. Daha sonra Dış Yol'un Şeytanı Heykeli'ni çağırdı ve onunla bağlantı kurarak Hanzō ve adamlarına saldırdı. Hanzō'nun kendisi kaçmayı başarsa da adamları hayatını kaybetti. Daha sonra Nagato, artık Hanzō'nun köyüne bağlı olmak istemediği için alın koruyucusundaki Amegakure sembolünün üzerini çizdi.
Yahiko'nun ölümü Nagato'nun barış hakkındaki düşüncelerinin aptalca olduğuna inanmasına yol açtı; dünya asla ölüm ve nefret döngüsüne son vermeyecektı. Sadece doğrudan savaş deneyimi ve savaşın getirdiği kayıp ve ıstıraplarla beraber barış getirilebilirdi. Dünyaya bu acıyı ve ümitsizliği getirmek isteyen Nagato, "Pain" takma adını aldı. Hanzō ile olan karşılaşmalarından dolayı aldığı hasarlar ve Şeytani Heykel ile bağlantısı Nagato'yu zayıf ve hareketsiz bıraktığından Nagato Pain'in Altı Yolu'nu yaratarak cesetleri uzaktan kontrol etmeye başladı. Deva'nın Yolu için hala örgütü ruhen yönetmesini istediği için Yahiko'nun cesedini kullandı. Diğer beş ceseti de Jiraiya ile yaşarken tanışmış olan shinobilerin cesetleriydi. Pain, Obito'nun daha önceki destek teklifini kabul ederek Akatsuki'ye yeni bir yön vermeye başladı. Akatsuki'ye birkaç S-Düzey kayıp-nin alarak paralı hizmet veren bir ninja grubu olarak bilinmesini sağladı ve uzun vadeli planları için gereken parayı kazandı.