Şirket 1866 yılında alman eczacı ve şekerlemeci Henri Nestlé tarafından İsviçre'de kuruldu. Henri'nin kendi işini kurduğu zamanda 1866 yılda 2 Amerikalı kardeş Charles Page ve George Page, Avrupa'da ilk kez kondense süt (yoğunlaştırılmış süt) üreten "Anglo-İsviçre şirket" fabrikasını kurdu.
Eylül 1866 yılında Henri Nestlé Vevey süt, un ve şeker kombinasyonlarından oluşan ve anne sütü karışımı olmayan, bebeklerin suni beslenmesini sağlayan bebek maması üretti ve bu ürün "Farine Lactée Henri Nestlé" adını aldı.
Birkaç yıl sonra ürün İsviçre ve birçok Avrupa ülkesinde satışa çıktı.Başka İsviçreli çikolata mucidi Daniel Peter çikolata üretimi için çaba sarf ediyordu, fakat süt ile suyu birbirinden ayırmada güçlük çekiyordu. Bu sorun Henri Nestlé'nin yardımıyla çözülmüş ve ürün 1875'te satışa sunulmuştur. Böylece onların işbirliği yarandı ve Nestlé çikolata üretimine başladı.
Henri Nestlé, 1875 yılında emekli oldu ama şirket, yeni mülkiyet altında, Société Farine Lactée Henri Nestlé olarak onun adını korudu. Henri Nestlé, şirketine soyadı olan ve aynı zamanda Almanca’da “küçük kuş yuvası” anlamına gelen ‘Nestlé’ ismini verdi, logosunu “yuvada yavrularını besleyen kuş” görseliyle tamamladı.
1877 yılında, Anglo-İsviçre ürünlerine süt karışımlı bebek gıdaları eklendi, Nestlé Şirketi de buna cevap olarak kendi portföyüne yoğunlaştırılmış süt ekledi. Böylece, iki şirket arasında amansız ve şiddetli rekabet yaşandı. Her iki şirket kendi ürünlerinin çeşitlerini artırmak ve dış pazarlara çıkmak için mücadele ettiler. 1882 yılında, "Anglo-İsviçreli şirket" ABD pazarına çıktı, ama George Page'in ölümü şirketin tüm planları erteledi. Şirket ABD'deki işini bitirip Avrupa'ya döndü ve 1905 yılında rakibi Nestlé ile birleşerek "Nestlé ve Anglo-Swiss Milk Company" adını aldı.
1900'lü yılların başında Nestlé'nin ABD, Birleşik Krallık, Avustralya, Almanya ve İspanya'da fabrikaları açıldı ve dünyanın en büyük çikolata üreticisi haline geldi.
1904 yılında şirket "İsviçre Milli Çikolata Şirketi" ile bir anlaşmaya imzalayarak, çikolata üretmeye başladı. Ancak, üretim tesislerinin çoğu Avrupa'da bulunan şirkete Birinci Dünya Savaşı başlarda ciddi bir darbe oldu. Ancak, her şeye rağmen savaş nedeniyle hükûmet siparişlerinde büyük ölçüde artım oldu süt ve çikolata ürünleri için büyük bir talep başladı. Onlarla başa çıkmak için, Nestlé ABD'de birkaç fabrika daha satın aldı. Savaşın sonunda şirket 40 fabrika sahibiydi ve 1914 ile karşılaştırıldığında üretim hacmi neredeyse iki katına çıkmıştı.
1930 yılında Nestlé, Brezilya hükümetinin çağrıları ile kahve araştırmasına girişti ve sekiz yıllık araştırma sonucunda kahve tozu keşif edildi. Hazır kahve markası gelişmeye başladı ve dünyada çok hızlı bir şekilde popülerlik kazanan yeni kahve ürünü Nescafé tanıtıldı.1940'ların başında şirket Nestea çayını üretimine başladı.
İkinci Dünya Savaşı başlangıcında Nestlé'nin üretimi hızla düştü. Avrupa ve Asya'daki ürünlerin üretim sorununu aşmak için, şirket Latin Amerika'daki gelişmekte olan ülkelerde yeni fabrikalar açtı.
Nescafé, Avrupa ve Asya'da hizmet taşıyan Amerikan askerlerinin ve subaylarının ana içeceği haline geldi. Ayrıca savaş, Nescafé ürününün yayılmasını hızlandırmıştır.
1943'te Nescafé'nin üretim hacmi yılda bir milyon kutuya ulaştı. Birinci Dünya Savaşı sırasında olduğu gibi üretim ve satış seviyesi yükseldi, toplam ciro arttı. Buna ek olarak şirket, küresel kahve sektöründe lider konumunu aldı.
İkinci Dünya Savaşı sonu Nestlé için dinamik bir fazın başlangıcı oldu. Hızla büyüyen şirket çok sayıda şirketi satın alarak bünyesine kattı.
1947 yılında Nestlé, baharat ve kuru çorba üreticisi Maggi'yi, 1963 yılında Findus'u, 1971 yılında Libby'i, 1973 yılında Stouffer'ı, 1977 yılında Alcon'u satın aldı. 1974 yılında Nestlé, kozmetik üretiminde dünya liderlerinden biri olan L'Oréal'in en büyük hissedarı oldu. 1984 yılında Carnation'u, 1988 yılında Kit Kat, Smarties ve Aero gibi markaları üreten Rowntree Mackintosh'u satın aldı. Satın almalar 1990 yılından sonra da devam etti. 1996 yılından bu yana şirket, San Pellegrino (1997), Spillers Petfoods 998), ve Ralston PurinaD(2002),reyer's (2002), Gerber (2007) gibi çeşitli satın almalar yaptı.
Şu an Nestlé dünyanın en büyük çikolata ve süt ürünleri üreten şirketi olup, dünyanın 190 ülkesinde 500‘e yakın fabrika ve 330.000 çalışan sayısına sahiptir.