1955 yılında İstanbul'da doğdu, ekonomi öğrenimi gördü. Musikiye Dr. Selahattin Tanur'la tanbur ve eser meşkederek başlayan Murat Bardakçı, Tanur'dan "icazet" aldı, Ekrem Karadeniz'le teori, teori tarihi ve ses sistemi üzerine çalıştı, Fahire Fersan ve Vecdi Seyhun'dan yararlandı, ilgi alanını daha sonra musiki tarihine yöneltti. Abdülbaki Gölpınarlı'dan şarkiyat kaynakları ve metodolojisi alanlarında büyük ölçüde faydalandı. Bu arada Türk ve İslam Müziği'nin tarihiyle ilgili kitap, belge, fotoğraf, film ve ses kaydı gibi arşiv malzemesi topladı, geniş bir nota kolleksiyonu oluşturdu.
Türk Müziği Tarihi'yle ilgili çok sayıda araştırması yayınlandı.Osmanlı İmparatorluğu 'nun yıkılış dönemine ilişkin araştırmalarıyla bilinir. Sultan Vahdettin üzerine Şahbaba kitabını yazmıştır. 2006 yılında Kanal D'de yayınlana 'Son Osmanlılar' dizisini de Murat Bardakçı yazmıştır.