Motiejūnas, amatör kariyerine doğduğu şehrin en güçlü takımı olan Kaunas kentinin Žalgiris Kaunas ekibinin genç takımı Arvydas Sabonis okulunda 14 yaşında oynamaya başlayarak ilk adımını attı. 2 sene geçirdiği deneyimden sonra 2007 yılında Žalgiris'in A takımına yükselmeyi başarmıştır.
Kaunas ekibinde A takıma yükseldikten sonra ilk maçına Baltık Ligi'nde ASK Riga takımına karşı çıkmış ve bu maçta 22 dakika süre alıp 15 sayı atarak başarılı bir performans sergilemiştir. Motiejūnas, ilk sezonunda takımının Litvanya Basketbol Ligi ve Litvanya Kupası kazanmasına katkı sağlamıştır. 2007–08 sezonunda maç başına 10.5 dakika süre alıp 5.6 sayı ortalaması ile oynamıştır.
2008 yılında bir başka Baltık Ligi takımı Aisčiai Kaunas takımıyla sözleşme imzaladı. 22 Mart 2009 tarihinde oynanan Nevėžis maçında 29 sayı atarak sezondaki en verimli performansını sergilemiştir. 2008–09 sezonunda maç başına 29.3 dakika süre alıp 19.9 sayı ve 7 ribaund ortalamalarıyla oynamıştır.
Ağustos 2009'da İtalyan ekibi Benetten Treviso takımına transfer oldu. İlk sezonundaki en iyi performansını Pallacanestro Cantù karşılaşmasında 21 sayı atarak göstermiştir. İlk sezonunda maç başına 20.3 dakika süre alıp 9.2 sayı ve 4.7 ribaund ortalamalarıyla oynamıştır.
İtalya'daki ikinci sezonunda Vanoli-Braga CR'ye karşı 31 sayı atarak kariyer rekorunu kırmıştır. 2010–11 sezonunda maç başına 25.6 dakika süre alıp 12.8 sayı ve 4.4 ribaund ortalamalarıyla başarılı bir sezon geçirmiştir. Eurocup'ta takımının Dörtlü Final oynamasında büyük rol üstlenmiş ve Eurocup Yükselen Yıldız ödülünü kazanmıştır.
Eylül 2011'de Polonya Ligi ekiplerinden Asseco Gdynia ile 1 yıllık sözleşme imzalamıştır. 21 Aralık tarihinde Union Olimpija ile oynanılan Euroleague maçında 21 ribaund alarak kariyer rekorunu kırmıştır. PLK Finalleri 7. maçında Trefl Sopot'a karşı 23 sayı ve 11 ribaund ile oynayarak double-double yapmış ve takımıyla beraber PLK şampiyonluğu yaşamıştır.