Prostat biyopsisi sırasında ağrı, biyopsi uygulanan kişilerin yaklaşık dörtte biri işleme bağlı orta düzeyde ya da şiddetli seviyede olabilir. Bu kişilerin üçte biri bu ağrı nedeniyle ikinci bir biyopsiyi kabul etmemektedir.
Prostat biyopsisi sırasında duyulan ağrının iki nedeni bulunmaktadır. Bunlardan birisi ultrason probuna bağlı duyulan ağrıdır. Ultrason probunun anüsten geçmesi, rektuma ilerletilmesi ve rektum içinde hareket ettirilmesi ağrıya neden olur. Diğer bir ağrı nedeni ise, biyopsi iğnesinin prostatı saran kapsülünden geçerek prostat dokusu içerisinde ilerlemesidir.
Prostat biyopsisi sırasında duyulan ağrıyı azaltmak için ağız yoluyla alınan ya da makata yerleştirilen ağrı kesiciler, makata sıkılan uyuşturucu jeller, sakinleştirici ilaçlar, prostat çevresindeki sinirlerin uyuşturulması (periprostatik sinir blokajı), bölgesel ya da genel anestezisi uygulanan yöntemler arasında bulunmaktadır.
Günümüzde biyopsiyse bağlı gelişen ağrıyı gidermede en sık kullanılan yöntem intrarektal lokal anestezi yani makata uyuşturucu jel sıkılmasıdır. Ancak intrarektal lokal anestezi ile birlikte periprostatik sinir blokajı yapılması daha etkin bir yöntemdir. Periprostatik sinir blokajının ultrason probu yerleştirilirken ve makatta probun hareket ettirilmesine bağlı hissedilen ağrıyı azaltmada etkisi yoktur. Yapılan bir çalışmada periprostatik sinir blokajı ve intrarektal lokal anestezinin birlikte kullanılmasının, tek başına periprostatik sinir blokajına göre ağrıyı daha çok azalttığı gösterilmiştir. Makata sıkılan uyuşturucu jel ultrason probu yerleştirilirken gelişen ağrıyı azaltmaya, periprostatik sinir blokajı ise biyopsi iğnesinin prostat dokusuna girmesine bağlı gelişen ağrıyı gidermeyi sağlar.