Hashimato vücudun kendi organı olan tiroid bezini yabancı bir madde olarak görmesi ve yok etmeye çalışması ile ortaya çıkan otoimmün bir hastalıktır. Bu amaçla vücut sürekli antikor üretir (antiTPO, antiTG) ve tiroid bezi de daha çok çalışmak zorunda kalır, daha hızlı yorulur yıpranır, atrofi oluşur zamanla tiroid bezi yok olur. Sonuçta tiroid bezinin ürettiği TSH hormonu yetersiz kalır. Başlangıçta sadece antikor seviyelerinin artışıyla tesbit edilebilirken ilerleyen safhalarda TSH, T3, T4 seviyelerinde de değişiklikler olur. Tiroid yetmezliği oluşur.