Makedonya'nın 1992 yılında Yugoslavya'dan ayrılmasından bu yana Yunanistan ile Makedonya arasında isim krizi yaşanıyordu. Zira Yunanistan'ın kuzey bölgesinin adı da Makedonya. Yunanistan, Makedonya’nın isminin yanısıra ,ilk bayrağında yer alan ve bir Yunan sembolü olan “Vergina Güneşi”nin kullanılmasına da karşı çıkıyor, anayasasındaki bazı maddelerin de Yunanistan topraklarında hak iddia edildiği anlamına geldiğini savunuyordu. Bayrak sorunu ve Makedonya anayasasındaki yayılmacı maddeler meselesi, 13 Eylül 1995 yılında imzalanan geçici anlaşma ile Makedonya bugünkü bayrağını kullanmaya başlaması ve anayasasındaki bazı maddeleri kaldırması ile geçici çözüme kavuştu. İsim krizi ise devam ediyordu.
Türkiye’nin Makedonya ismi ile tanıdığı ülke, bugüne kadar Yunanistan’ın baskıları sonucu Birleşmiş Milletler tarafından Eski Yugoslav Makedonya Cumhuriyeti adıyla tanındı. Ülke uluslararası organizasyonlarda Former Yugoslav Republic Of Macedonia ismi ve FYROM kısaltmasıyla anılıyordu.
Bu süreçte Yunanistan'da anlaşma için fazla taviz verildiği, Makedonya isminin kabul edilmesinin hata olduğuna dair itirazlar yükseldi, Hükümet ise Meclis'te güvenoyu isteyerek anlaşmaya destek çıktı. Makedonya'da da milliyetçiler, isim değişikliğine itiraz etmiş, hatta Cumhurbaşkanı bu anlaşmanın ihanet olduğu suçlamalarını yöneltmişti.
11 Ocak 2019 itibariyle Makedonya Meclisi, ülkenin adının Kuzey Makedonya Cumhuriyeti olarak değiştirilmesini öngören anayasa değişikliğini onayladı böylece Ülkenin adı resmen değişmiş oldu ancak Prespa Anlaşması Yunanistan Meclisinde anlaşma henüz onaylanmadı.