İkisi arasında çoğu durumda göz ardı edilebilecek kadar az fark var:
- Agnostik ateistler, tanrıların var olmasının imkansız olmadığını düşünmelerine rağmen, herhangi bir tanrıya inanmayan ve tanrıların var olup olmadığını bilemeyeceğimizi savunan insanlar.
- Negatif ateistler ise tanrıların varlığına inanmamakla birlikte, herhangi bir tanrının var olmadığını aktif olarak iddia etmeyi seçmeyen kişiler.
İkisi arasındaki en önemli sayılabilecek fark, negatif ateistlerin daha genel bir kategori olması. Mesela tanrılar üzerine hiç kafa yormamış, konuyu umursamayan veya konuyu bilmeyen kişiler de negatif ateist yelpazesi altında değerlendirilebilir (tabii ki negatif ateistlerin çoğu konu üzerine kafa yoran insanlar). Ama agnostik ateist olmak için, tanrı sorusu üzerine biraz olsun kafa yormak gerekiyor - ki o baştaki "agnostik" sıfatına erişilebilsin.