Mehmet Mehdi Eker, 1 Ocak 1956 yılında Diyarbakır'da dünyaya geldi. Babasının ismi Abdullah, annesinin ismi Fehime'dir. Ankara Üniversitesi Veterinerlik Fakültesinden mezun oldu. Mehmet Mehdi Eker, İngiltere'de University of Aberdeen'de Tarım Ekonomisi dalında master yaptı.
Ankara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü'nde doktorasını tamamlayan Mehmet Mehdi Eker, Lalahan Hayvancılık Merkez Araştırma Enstitüsü'nde Müdür Yardımcısı, İstanbul Büyükşehir Belediyesi'nde Veteriner İşleri Müdürlüğü, Tarım Bakanlığı'nda Tarımsal Üretim ve Geliştirme Genel Müdür Yardımcılığı ve Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğü ile bakanlık müşavirliği görevlerinde yer aldı.
3 Kasım 2002 seçimlerinde Diyarbakır'dan AK Parti'den milletvekili seçilen Mehmet Mehdi Eker, 2 Haziran 2005'te Tarım ve Köyişleri Bakanlığı görevine atandı. 2007 seçimlerinde yeniden milletvekili seçilen Mehmet Mehdi Eker, 60. Hükümet'te de Tarım ve Köyişleri Bakanlığı görevine atandı.