Tokyo Metropolitan alanına hizmet veren iki uluslararası havaalanından biri olan Tokyo Uluslararası Havaalanı (HND), Tokyo İstasyonu'nun yaklaşık 15 kilometre güneyinde yer almaktadır. Haneda Havaalanı olarak da bilinen bu havaalanı, 2014 yılında 72.8 milyon yolcuya hizmet vererek, Asya'daki ikinci ve dünyadaki dördüncü en yoğun havaalanı olmuştur. Japan Airlines, All Nippon Airways, Skymark Airlines, Air Do ve Skynet Asia Airways, Tokyo Uluslararası Havaalanını transfer merkezi olarak kullanmaktadır. Toplamda 35 taşıyıcı, HND ile Asya, Orta Doğu, Avrupa ve Kuzey Amerika'daki noktalar arasında uçmaktadır. Haneda Havaalanının dört pisti ve üç yolcu terminali vardır. Terminal 1 ve Terminal 2 tüm iç hat uçuşlarını gerçekleştiren ana terminalken, Terminal 1 ve 2 ye ücretsiz otobüs ile bağlı Dış Hatlar Terminali, tüm uluslararası uçuşları gerçekleştirir.