Partizan Futbol Kulübü, 4 Ekim 1945'te Yugoslavya-Partizan Spor Kulübü'nün futbol kolu olarak kuruldu. O günlerde Partizan adı altında 25 ayrı kulüp mücadele ediyordu. Daha sonradan Partizan bir futbol kulübü olarak Yugoslavya-Partizan'dan ayrıldı. Armanın içindeki yıldız zamanın Yugoslavyası'nın bayrağındaki yıldızdır. O da 1966 yılında dönemin Partizan takımı 18 kişilik Yugoslavya millî takım kadrosuna 15 futbolcu vermiş bunun 11i ilk 11de yer alması ve ülkeyi temsilen verilmiştir.
Partizan Futbol Kulübü 20 kere lig şampiyonu oldu. Ayrıca 10 kere de Yugoslavya ve daha sonradan Sırbistan Kupası'nı müzesine götürdü. Partizan tam dört kere hem şampiyon ve hem de kupa galibi olmuştur ve ülkenin bu alanda kupa rekorunu halen elinde bulundurmaktadır.
FK Partizan formasını 791 kere giyen Momcilo Vukotic ve oynadığı zamanlarda 425 gol atan Stjepan Bobek takımlarının tarihine adlarını yazdırdılar.
Partizan tarihi boyunca Sırbistan millî takımına 130 oyuncu verdi ve bu oyuncuların dokuzu millî takım forması ile elliden fazla maça çıktı. Bu oyuncular; Bobek, Zebec, Cajkovski, Jusufi, Galic, Soskic, Jokanovic, Mijatovic ve Milosevic.
Partizan şimdiye kadar 6 maçı 10'un üzerinde gol atarak tamamladı. Ayrıca Partizan'ın lig şampiyonluklarından ikisi 100 golün üzerinde kazanılarak bitti. Partizan hala 111 gol ile bu rekoru elinde bulunduruyor.