Kurtuluş Savaşı sırasında Anadolu'daki Kuva-yi Milliyeyi destekledi. Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyetinin Ankara şube başkanlığını yürüttü. Milli Kurtuluş Savaşının meşru olduğuna dair fetva verdi. İlk TBMM'ye Menteşe (Muğla) milletvekili olarak katıldı. Altı ay kadar milletvekilliği yaptıktan sonra Ankara müftülüğü vazifesini üstlenerek milletvekilliğinden ayrıldı.
Halifeliğin kaldırılmasından sonra 30 Mart 1924'te Türkiye Cumhuriyetinin ilk Diyanet İşleri Başkanlığı vazifesine getirildi. Atatürkün düşüncelerine ve inkılablara her yönüyle destek oldu. İlmi kariyere sahip olmamakla birlikte, devrin siyasi şartlarına uygun hareket etmek suretiyle ömrünün sonuna kadar bu vazifede kalan Mehmed Rifat Börekçi 5 Mart 1941'de Ankara'da öldü.