Nier Replicant Hikayesi
Canavarları yendikten sonra, kötü bir şekilde öksürmeye başlayan Yonah'yı kontrol eder. Oyun daha sonra 1.412 yıl sonraya, kahramanın ve Yonah'nın şimdi eski bir şehrin kalıntıları üzerine inşa edilmiş bir köyde yaşadığı döneme ilerler. Düşük teknolojili bu köy, alandaki birkaç köyden biridir ve tren rayları ile endüstriyel makinelerin kalıntıları gibi daha modern kalıntılarla çevrilidir. Kasabalar arasındaki alanlar, gezginlere saldıran Gölgeler olarak bilinen canavarlarla doludur.
Yonah'nın hastalığı ölümcül olduğundan, kahraman çareyi aramaya koyulur. İkilinin Weiss'in büyüsünü kullanmak ve Yonah'nın hastalığına bir tedavi bulmak için bir araya geldiklerini öne süren Grimoire Weiss adlı bir kitap bulunur. Aramalarında, öfkeli ve ağzı bozuk bir kılıç ustası olan Kainé ile karşılaşırlar ve gözleri, gördükleri herkesi taşa çeviren, gözleri bağlı bir çocuk olan Emil karşılarına çıkar. Bir süre yolculuk ettikten sonra, köy dev bir gölge tarafından saldırıya uğrar; savaş, Yonah'nın aniden ortaya çıkan ve kendi kitabı Grimoire Noir'i taşıyan bir usta Shade (Gölge lord) tarafından sürüklenmesiyle sona erer.
Oyun daha sonra beş yıl ileriye atlar. Kahraman ve diğerleri, Shadowlord ve Grimoire Noir'i bulmalarına yardımcı olacağına inandıkları bir anahtarın parçalarını bulmaya çalışırlar. Beş Shades'i yendikten ve anahtarı bir araya getirdikten sonra, ekip Shadowlord'u yenmeye gider. Orada, kahramanı arayışında yönlendiren karakterler Devola ve Popola, onları durdurmaya çalışır. 1300 yıldan fazla bir süre önce insanlığın tedavi edilemez bir hastalık nedeniyle yok olma tehlikesiyle karşı karşıya olduğu da ortaya çıkar. Hayatta kalmak için Grimoire Noir ve Weiss kullanarak ruhlarını bedenlerinden ayırırlar. Hastalığa dirençli klonlar, Replikanlar yarattılar ve ruhları veya Gestaltları, hastalık sona erdikten sonra Replikan bedenlerle yeniden birleştirmeyi amaçladılar. Devola ve Popola, projeyi denetlemek üzere ayarlanmış androidlerdi. Zamanla, Replikanlar kendi kimliklerini oluşturmaya başladılar; Gestaltlar veya Gölgeler onlara karşı saldırganlaşmıştı.
Ana karakter çifti yener ve Emil, arkadaşlarının ilerlemesini sağlamak için kendini feda eder. Kalan grup daha sonra Shadowlord'u yener. Shadowlord'un gerçek kimliğinin, prologdaki kahramanın Gestalt formu olduğu ortaya çıkar; oyuncunun oyunun çoğunluğu için kontrol ettiği kahraman, onun Replicant'ıdır. Yonah'sını korumaya çalışan ilk Gestalt'tı ve onu Kopyacı Yonah ile birleştirdi. Ancak orijinal Yonah, Gestalt kahramanına içindeki yeni Yonah'yı duyabildiğini ve Replicant kahramanı sevdiğini, bedeni de en az onun kadar hak ettiğini söyler. Cesedi terk eder; kahraman ve Yonah yeniden bir araya gelir.
Oyuncu oyunu tekrar oynarsa, tüm deneyim beş yıllık atlamadan hemen sonra başlar. Kainé'nin interseks olduğu, ebeveynlerinin ölümüyle birlikte çocukken dışlanmasına neden olduğu ve kısmen bir Gölge tarafından ele geçirildiği de dahil olmak üzere Kainé'nin geçmişini öğrenirler. Oyuncu, oyunda kahramanı Weiss ve Emil'in hala yapamamasına rağmen, Kainé'ye sahip olan da dahil olmak üzere gölgelerin ne dediğini anlama yeteneği kazanır. Ayrıca, savaşan Shade patronlarının arkasındaki motivasyonları, arka planı veren ve onları, arkadaşlarını kahramana karşı savunmaya çalışan duyarlı insanlar olarak gösteren ek ara sahneler de gösterilir. İkinci oynanışın sonu, Emil'in fedakarlığından kurtulduğunu ve Gestalt kahramanı ile Yonah'nın öbür dünyada yeniden bir araya geldiğini gösteriyor.
Üçüncü veya daha fazla kez bu oyunu başlattığınız zaman, oyuncuya sonda acı içinde ölmekte olduğu görülen Kainé'yi kurtarmak için bir seçenek sunulur; kahramanı ya acısını sona erdirmek için onu öldürebilir (üçüncü son), ya da hayatını onun için feda edebilir (dördüncü son). İkinci seçenek, yalnızca son bir ara sahnede gösterilen diğer karakterlerin zihnindeki tüm anılarını silmekle kalmaz, aynı zamanda oyun hiç oynanmamış gibi oyuncunun kaydedilen tüm ilerlemesini de siler. Ayrıca, oyuncu yeni bir oyuna başlamak isterse, başkahraman için önceki oyun için seçilen adı giremez.
NieR Replicant ver.1.22474487139, dördüncü sondan sonra meydana gelen beşinci bir son ekler. Hikaye, kahramanın ortadan kaybolmasından sonra kabuslar görmeye devam eden ve değerli bir şey kaybettiğini hisseden Kainé'nin perspektifinden deneyimlenir. Orada gölgelerin varlığını duyduktan sonra Efsane Ormanı'na gider. Oraya vardığında, ormanın orman ve makinelerin bir karışımı haline geldiğini fark eder. Ormanın merkezinde, kendisini uzak tutmak için Kainé'nin android kopyalarını yaratan belirli veri terminalinden sorumlu yapay bir yaşam formuyla tanışır, ancak sonunda Kainé'nin saflarını kırarak gerekli ögeyi bulur. Unutulmuş kahraman, ilk tanıştığı ve ağacın Efsane Ormanı'na yaptığı ilk ziyaretin anıları ile yeniden yapılandırdığı yaşta, Kainé ile yeniden bir araya gelir. Oyuncunun daha önce kaybettiği kaydedilen ilerlemenin tümü de geri yüklenir.