Oyunun hikâyesi, Kirpi Sonic ve Ekidne Knuckles'ın Angel Island'ı kurtarmak için Dr. Eggman'in yörünge silahı Ölüm Yumurtası'nı yeniden başlatmasını engellemeye çalışmasını konu almaktadır.[3] Oyun, oyuncunun yüzük topladığı ve patronlarla savaştığı altı seviyede geçmektedir.
Sonic & Knuckles, eleştirmenler tarafından Sonic the Hedgehog 3 ile benzerliğine rağmen tekrar değeri ve kilitleme teknolojisinden etkilendi ve olumlu eleştiriler aldı.[3]