Türbe, Fatih Camisi’nin kıble duvarı önündeki mezarlık alanında bulunmaktadır. Türbe, 1766 depreminde öteki yapılarla birlikte zarara uğramışsa da kısa sürede onarılmıştır. Bu onarım sırasında türbenin ilk yerine göre daha ileriye alındığını ileri sürenler vardır. Bu görüşe göre caminin kıble duvarı eskisine göre ileriye alındığından türbe de eski yerinden kaldırılıp daha ileride yeniden yapılmıştır. Bir başka görüşe göre, caminin kıble duvarı ileri alınmadığından türbe eski yerinde, ilk binanın temelleri üstüne kurulmuştur.
1782’deki Cibali yangınında yanan türbe, I. Abdülhamit döneminde (1774-1789) onarılarak yeni sanduka bir Kabe örtüsü ile örtülmüş, yenilenen kapının üstüne 1784 tarihli bir yazıt konmuştur. Daha sonra Abdülaziz (1861-1876) 1865- 1866’da türbeyi yeniden onartarak iç süslemesini yeniletmiştir. Son onarımlar, V. Mehmet Reşat (1909-1918) döneminde ve 1952-1953 yıllarında yapılmıştır.
Türbe, sekiz köşeli bir plana göre düzenlenmiştir. Üzerini tek bir kubbe örtmektedir. Giriş bölümünde, kapı üstündeki saçağı taşıyan iki sütunlu bir sundurması vardır.
Türbenin içinde yalnızca Fatih’in sandukası bulunmaktadır. Eski bir gravüre göre, sade bir sandukanın dışında kubbesine asılı küçük kan¬diller bulunmaktadır. Abdülaziz tarafından türbe yeniden döşendiğin¬de saraydan getirilen birçok eşya ile süslenmiş, kristal bir avize asılarak pencerelerine perdeler takılmıştır.
Fatih Türbesi, Türk edebiyatına Tacizade Cafer Çelebi’nin 1493’te yazdığı Hevesname’deki “Sıfat-ı Mezar-ı Sultan Mehemmed” adlı man¬zum parça ile Abdülhak Hamid’in 1877’de yazıp 1909’da yayınlanan “Merkad-ı Fatih’i Ziyaret” adlı şiiri ile girmiştir. Bu şiir, dönemin ünlü bir hattatına yazdırılıp şairinin de imzası attırılarak, levha olarak I. Dünya Savaşı’ndan önce törenle türbeye asılmıştır.
Fatih’in türbesinden biraz ileride daha küçük ölçüde, karısı Gülba- har Hatun’un da türbesi vardır. Bu da sekiz köşeli plan düzeninde, üstü kubbe ile örtülü bir yapıdır.
Fatih Camii’nin mezarlığına XIX. yüzyılda II. Mahmut’un anne¬si Nakşıdil Sultan için büyük bir türbe ile bir sebil yaptırılmıştır. Pek çok ünlü kişinin yattığı bu mezarlıkta Plevne kahramanı Gazi Osman Paşa’mn da (1832-1900) türbesi vardır.
Halk arasında türbeyle ilgili kimi söylenceler yaygındır:
Bir söylenceye göre, Fatih, türbesinin olduğu yerde yatmamakta- dır. Gerçek mezarını, camisinden ayrılmak istemediği için, minberin al¬tına kazdırtmış, oraya gömülmesini istemiştir. Bugünkü türbenin altın¬da bulunan bir dehliz minberin olduğu yere ulaşmakta, burada ayrı bir mezar odası bulunmaktadır. Fatih’in kendini gömdürdüğü yer, işte bu mezar odasıdır.
Başka bir söylentiye göre ise, Fatih öldüğünde, külliyenin bir parçası olan önceden yaptırdığı türbesine gömülmüştür. Caminin ikinci yapılı¬şında, kıble duvarı daha ileriye alındığından bu türbe yıkılmış, bu yüz¬den Fatih’in mezarı caminin minberi altında kalmıştır. Bugünkü türbe, yıkılan türbenin yerine yapılan göstermelik türbedir.
Her iki söylenti, Fatih’in mezarının caminin minberi altında oldu¬ğunu doğrular gibidir.
Yaygın bir halk inanışına göre, Fatih Sultan Mehmet, sabah na¬mazında türbesinden minberin altındaki odaya gelmekte, yatsı na¬mazından sonra, türbesindeki yerine çekilmektedir. Böylece camisiyle İstanbul’u düşmanların saldırılarına karşı korumaktadır.