PaRaNoYa7Ninjutsu ustası Hamato Yoshi (Splinter) ve dört evcil kaplumbağası başka bir dünyaya ait bir kimyasal olan bir mutajene maruz kalır ve bunun üzerine fiziksel değişimler geçirirler. Splinter melez bir insan/fareye, kaplumbağalar ise melez insan/kaplumbağalara dönüşürler. Splinter New York lağımlarına çekilir ve kaplumbağaları oğulları gibi büyütür, onlara ninjutsu öğretir. İlk kez yüzeye çıkmaya cesaret ettikten sonra, ergen Kaplumbağalar uzaylı bir ırkın New York’a hakim olduğunu görürler. Splinter’ın eski düşmanı Shredder’ın Splinter ve oğullarını alaşağı edip soylarını bitirmeyi planladığını fark ederler.