Mali
Maliye Bakanlığına bağlı Türkiye Hazine Müsteşarlığı, Marmaray Projesi ile ilgili finansman işlerinin düzenlenmesinden sorumludur. Yol ücretleri ve ücret ilkelerinin kararlaştırılması ve buna bağlı olarak elde edilen gelir akışının belirlenmesi ile ilgili koşullar, Türkiyenin politik sistemini oluşturan Parlamentonun sorumluluğu altındadır.
Marmaray Projesi gibi ekonomik, sosyal ve çevresel açıdan sağlam bir projenin finansmanı için izlenebilecek birçok yol ve bu yollardan oluşan kombinasyonlar bulunmaktadır. Vergi mükellefinin bakış açısından değerlendirildiğinde izlenebilecek olan en iyi yollardan biri, uluslararası finansman kuruluşlarından alınacak düşük faizli kredilerin kullanımıdır.