Ülkenin yönetim şekli Anayasal Monarşi’dir. İkinci Dünya Savaşı sonrasında ülkeyi 1952 yılına kadar idare eden İşgal Yönetimi tarafından oluşturulan ve 1947 yılında kabul edilen Anayasa çoğulcu parlamenter bir sistem getirmiştir. Anayasa uyarınca, İmparator’un görev ve yetkileri tamamen törensel nitelikte olup, yönetim erkinin başı Başbakan’dır.
Ülkede iki kabineli Meclis sistemi bulunmaktadır. Ulusal Meclis (Diet) Anayasa’da, “en üst devlet kurumu” olarak tanımlanmakta ve 475 sandalyeli Temsilciler Meclisi (Alt Meclis) ile 242 sandalyeli Üst Meclis’ten oluşmaktadır. Ulusal Meclis, Başbakan’ın atanması, Hükümet’in feshedilmesi ve bütçenin onaylanmasında temel belirleyici kurumdur. Temsilciler Meclisi anayasal olarak Üst Meclis’e göre daha güçlü bir konumdadır. Temel konulardaki bazı kararlarda sadece Alt Meclis söz sahibi olup, Üst Meclis tarafından alınan kararları da 2/3 çoğunlukla reddetme yetkisine sahiptir.
Başbakan Shinzo Abe liderliğindeki Liberal Demokrat Parti-Komeito Partisi koalisyonu Aralık 2012’den bu yana iktidardadır. İktidar koalisyonu ortakları Temsilciler Meclisi’nde 326 sandalyeye, Üst Meclis’te ise 138 sandalyeye sahiptir. En büyük muhalefet partisi Demokratik Japonya Partisi ise sırasıyla 71 ve 59 sandalyeye sahiptir. Bir sonraki Temsilciler Meclisi seçimleri Aralık 2016’da, Üst Meclis seçimleri ise Temmuz 2016’da yapılacaktır.
Japonya’nın pasifist güvenlik doktrininin değiştirilmesi ve Japon birliklerinin kriz anlarında deniz aşırı müdahalede bulunmasına imkân tanıyan yasa tasarılarının kabul edilmesi yakın dönemde ülkenin en önemli gündemini oluşturmuştur. Yürürlüğe girdiğinden bu yana hiç değişikliğe uğramamış olan Japonya Anayasası’nda değişiklikler yapılmasına ilişkin tartışmalar ise devam etmektedir.