Hz. Ali askerlerine çatışmayı başlatan taraf olmamaları, kaçanları ve yaralıları öldürmemeleri, evlerine girmemeleri, kadınlara asla dokunmamaları tâlimatını verdikten sonra gönderdiği bir kişiyle Muâviye’yi bir defa daha isyandan vazgeçmeye çağırdı. Teklif kabul edilmedi ve safer ayının ilk günü (19 Temmuz 657) çatışmalar başladı. Çeşitli kabilelere ait birlikler altı gün boyunca savaş alanına çıkarak birbirleriyle savaştılar. Nihayet Hz. Ali askerini toplu taarruz için hazırladı. İki gün daha şiddetli çatışmalar meydana geldi. Son çatışmalar sırasında Ammâr b. Yâsir, Muâviye’nin askerleri tarafından şehid edildi. “Ammâr’ı isyancı bir topluluk öldürecek” meâlindeki hadisi (Müslim, “Fiten”, 72-73) Muâviye ordusunda da bilenler bulunduğu için bu durumun onları olumsuz yönde etkilediği zikredilmiştir. Hz. Ali’nin ordusu aynı gün isyancı birliklere karşı kesin bir üstünlük sağladı, hatta Muâviye’nin çadırına kadar yaklaşıldı. Bu sırada Hz. Ali’nin Muâviye’yi mübârezeye davet ettiği, ancak onun bunu göze alamadığı belirtilmektedir (Nasr b. Müzâhim, s. 274-276; Dîneverî, s. 170-171).
Gittikçe şiddetlenen ve sabaha kadar devam eden çatışmalar, savaşın şiddeti dolayısıyla “leyletü’l-harîr” diye isimlendirilen 9-10 Safer 37 (27-28 Temmuz 657) Cuma sabahına kadar sürdü. Cuma günü Hz. Ali, âsilere son darbeyi indirmek niyetiyle Eşter’i kalabalık birliklerin başında taarruzla görevlendirdi. Eşter başarılı bir taarruz gerçekleştirmiş, savaşı kazanmaya çok yaklaşmıştı. Ancak Muâviye’nin danışmanı Amr b. Âs, ihtilâfın Kur’an’ın hakemliği ışığında çözülmesi teklifini gündeme getirerek bu sırada kaçmayı düşündüğü söylenen Muâviye ve ordusunu yenilgiden kurtardı. Teklifi uygulamaya koyan Muâviye, askerlerine Kur’an sayfalarını mızraklarının ucuna takıp karşı tarafı Kur’an’ın hükmüne çağırmalarını emretti. Bunun üzerine Suriyeli askerler mushafları mızraklarının ucuna takarak, “Ey Iraklılar! Artık savaşı bırakalım, aramızda Allah’ın kitabı hakem olsun” diye bağırmaya başladılar. Ayrıca büyük Şam mushafı da askerlerin mızraklarının ucunda havaya kaldırıldı.
Bu teklif, savaştan yorulmuş ve çoğu aynı zamanda akrabaları olan dindaşlarına kılıç çekmekte tereddüt eden Hz. Ali’nin ordusundaki askerleri birbirine düşürdü. Büyük bir kısmı, bilhassa kurrâ savaşın derhal durdurulmasını istedi. Hz. Ali onlara bunun bir savaş hilesi olduğunu, Muâviye’nin Kur’an’ın hükmüne uymak değil kendi bütünlüklerini bozmak amacıyla bu işe giriştiğini söyleyip savaşa devam etmelerini istedi. Fakat savaşın durdurulmasını isteyen askerler onu dinlemedikleri gibi savaşı durdurmadığı takdirde kendisini Muâviye’ye teslim etmek veya öldürmekle tehdit ettiler. Bunun üzerine Hz. Ali savaşı durdurmak zorunda kaldı. Ardından halifeye karşı direnenlerden Eş‘as b. Kays karşı tarafın niyetini öğrenmek için onların yanına gitti. Muâviye de maksatlarının aralarındaki anlaşmazlığı Kur’an’ın hakemliğine başvurmak suretiyle çözmek olduğunu söyledi. Buna göre iki tarafı temsil etmek üzere seçilecek iki hakem halifelik meselesini Kur’an’ın hükmüne uygun olarak çözecekti.
Muâviye taraftarları hakem olarak Amr b. Âs’ı seçtiler. Hz. Ali ise bunun için Abdullah b. Abbas’ı veya Mâlik b. Hâris el-Eşter’i düşünüyordu. Ancak başta Eş‘as b. Kays olmak üzere onu tahkimi kabule zorlayanlar bu defa Ebû Mûsâ el-Eş‘arî’den başkasının hakemliğini kabul etmemekte direndiler. Hz. Ali bu isteklerini de kabul etmek zorunda kaldı. Ardından iki taraf arasında hakemlerin uyacağı kuralların belirlendiği metin (tahkimnâme) hazırlandı. İki tarafın verilecek hükme uymayı taahhüt ettiği metne göre bir araya gelecek iki hakem halifelik meselesini Kur’an’a, Kur’an’da bir hüküm bulamazlarsa sünnete başvurarak âdilâne çözecekti (13 veya 17 Safer 37 / 31 Temmuz veya 4 Ağustos 657). Bu sırada Hz. Ali’nin ordusunda yeni bir bölünme ortaya çıktı. Eş‘as b. Kays tahkimnâmeyi okurken Temîmliler’den bazıları “lâ hükme illâ lillâh” sözüyle halifelik meselesinin iki hakemin takdirine bırakılmasına itiraz etti. Çoğu Temîm kabilesinden yaklaşık 12.000 asker Kûfe’ye dönüş sırasında ordudan ayrılıp Kûfe yakınındaki Harûrâ’ya çekildi ve ilk Hâricî zümresini oluşturdu.