Normalizasyon, geçerli ayarlar veya yeni baz malzemeler için ölçüm görevinin ayarlanmasını gerektirir. Bu, birincil filtrelerde veya anot akımlarında veya kolimatörlerde değişiklik yapılması durumunda da yapılmalıdır. Numunenin alaşım elementleri veya baz malzemenin değişmiş olması önemli bir gerekliliktir.
Burada, WinFTM baz malzemeleri sorar. Cihaz, kalibrasyon setinin bazını sorduğunda kalibrasyon setinde kullanılan baz malzeyi, ürün bazını sorduğunda ölçüm yapacağınız kendi baz malzemenizi koyup ölçün. Bu baz malzemeler bazen farklı bazen aynı olabilir. Dikkat: yanlış parçalar cihaza yerleştirilirse, bu sonuçların doğruluğunu ciddi şekilde etkileyebilir!