Bütün dünyada “Noel Baba” adıyla tanınan, Avrupa ülkelerinde çoğunlukla Santa Klaus olarak bilinen Aziz Nikolaos, Anadolu’da yaşamış bir din adamıdır. Günümüz İtalya’sının Sicilya Adası, Napoli, Bari, Almanya’nın Freiburg ve hatta Amerika’da New York kentinin koruyucu azizi olma derecesine varan önemi, her yılın 6 Aralık günü yapılan anma törenleri ile daha da pekişmektedir. Aziz Nikolaos öldüğünde yapılan kilise veya şapel, 529 yılındaki depremde yıkılınca daha büyük belki de bazilika tipinde bir kilise yapılmıştır. Peschlow , büyük apsisin güney tarafında eşit apsisli iki küçük mekan ile bugünkü binanın kuzey yan nefinin büyük kısmının bu ilk yapıya ait olduğunu tahmin etmektedir.
Bu kilise VIII. Yüzyılda deprem veya Arap akınlarıyla yıkılmış , daha sonra tekrar yenilenmiştir. 1034 yılında Arap donanmasının denizden yaptığı akınlarla harap olmuştur. On yıl harap durumda kalan kilisenin 1042 ‘de Bizans imparatoru IX. Konstantin Monomakhos ve eşi Zoe tarafından tamir ettirildiği kitabesinden anlaşılmaktadır. XII. Yüzyılda binaya bazı ekler yapılmış, kilise tekrar onarılmıştır.