Cenk'in çok üst düzey bir istihbarat şefi olan amcası, Cenk'e devletin üzerinde çalıştığı gizli bir tedaviden bahseder. Bu tedavide psikolojik sorunlar yaşayan askerler iyileştirilmektedir. Cenk amcasının yardımı ile bu tedaviye girer.
Cenk tedaviden sonra kâbuslarından kurtulmanın yanı sıra bazı yetenekler de kazanır. Çok keskin bir dikkat, eşyaları dokunmadan oynatabilmek ve kilitleri düşünce gücüyle açabilmek bu yeteneklerin başında gelir.
Bu arada İstanbul'da seri cinayetler işlenmektedir. Emniyet Müdürlüğü çok endişelidir. Cenk ve ortağı bu cinayetleri araştırmaya başlar. Her gün bir erkek bir kadın öldürülmektedir. Cenk kırmızı iğnelerle işaretlendirilmiş haritaya bakar ve katillerin satranç oynadığını fark eder. Siyah taşlarla oynayan katil erkekleri, beyaz taşlarla oynayan ise kadınları öldürmektedir. Cenk onların satrançtaki bir sonraki hamlelerini tahmin ederek cinayetlerden önce katilleri yakalamak ister. Ancak karşılarında hiç beklemedikleri bir suç örgütü vardır...
İnsan yeteneklerinin çok azının farkındadır; bir gün çaresiz kaldığınızda ortaya çıkan yetenekleriniz sizi bile şaşırtabilir. Katil kim mi? O hep maktulün koynundaki sevgilidir. Ölüm ise aslını takip eden gölgeden başka nedir?
"Burası Dip Büro ve adını asıl aldığı yer Değiştirilmiş İnsan Projesi değil. Buraya Dip Büro demelerinin sebebi derin devletin en dibinde olması. Biz devletin en dip noktasıyız, bizden daha derinde sadece toprak vardır."