Antibiyotikler ve bağışıklık sistemi arasındaki ilişki anlaşılması önemli olan karmaşık bir ilişkidir. Birçok vakada, tedavi edilmezse ölümcül olabilen çeşitli bakteriyel hastalıklar ve enfeksiyonları tedavi etmek için antibiyotikler gereklidir. Ama gereksiz antibiyotiklerin sürekli kullanılması, hatta meşru kullanımlar için sık kullanımı aslında bağışıklık sistemini zayıflatabilir. Sonuç olarak, antibiyotikler ve bağışıklık sistemi arasındaki bağ genelde iki tarafı keskin kılıçtır; insanlar onlara hayatta kalmak için ihtiyaç duyabilirler ama sonunda bağışıklık sistemlerini zayıflatıp uzun vadede daha büyük sorunlara neden olma potansiyelleri de vardır.
Bağışıklık sistemi vücutta ince bir dengede kalır; bunun bir yönü sinirime yardım eden sağlıklı bakteriler üretmektir. Antibiyotikler kullanıldığında vücudunun hedeflenen bölgesinde sadece zararlı bakterileri değil bütün bakterileri öldürürler. Bu bakteri dengesizliği denilen bir şeye yol açabilir ve aşırı kandida büyümesine neden olabilir, buna maya enfeksiyonu adı verilir. Bu, ağzı, genital organları veya vücudun başka yerlerini etkileyebilir. Bu, antibiyotiklerin ve bağışıklık sisteminin etkilendiği yollardan sadece bir tanesidir ama en yaygın olanlarındandır.
Antibiyotiklerle bağışıklık sisteminin başka bir bağlantısı, bakterilerin antibiyotiğe dirençli hale gelmesidir. Eğer kişi antibiyotik alırsa ve bakterilerin hepsi yeterince öldürülmezse veya bir bakteri ilaçlara direnebilirse bu bakteri çoğalıp yayılarak daha agresif antibiyotik tedavi gerektirebilir. Sonra yolu takip edip bazı hastalıkların veya enfeksiyonların nasıl antibiyotiğe dirençli hale geldiğini ve nüfus genelinde hızla yayıldığını takip etmek kolaydır. Bu, bugün aşırı antibiyotik kullanımındaki en büyük korkulardan biridir; benzer şekilde, bir kere reçete edildiğinde belirtiler daha erken yol olsa bile, hasta ilacı her zaman tam kullanmalıdır.
Sadece bireysel bazda bile, sık sık antibiyotik gerektiren enfeksiyonlar geçiren biri hastalığı öldürmek için daha güçlü, daha uzun süreli antibiyotikler almak zorunda kalacaktır, bu da yavaş yavaş bağışıklık sistemini zayıflatır. Antibiyotik ve bağışıklık sistemi arasındaki bağlantı ayrıca bir endişe kaynağıdır çünkü antibiyotikler besin kaynaklarına katılırlar, fabrika operasyonlarında çiftlik hayvanlarına sık sık verilir; sonra insanlar günlük bazda az dozda antibiyotiği tüketip fark etmezler bile. Antibiyotikler tıbbi teknolojide kesinlikle harika bir ilerleme olsa da, birçok kişinin yaşamını kurtarsa da bu tedavinin hem artılarını hem de eksilerini anlamak ve onları sadece gerçekten ihtiyaç duyulduğunda kullanmak önemlidir.