Kurumaya dayanıklı bitkiler için genom veritabanı yayınlandı
Kuruma, bitki vejetatif dokuları için genellikle ölümcüldür, ancak az sayıda kara bitkisi, bitkisel kuruma toleransı (VDT) geliştirerek, anhidrobiyoz adı verilen bir süreç yoluyla ölmeden kurumalarına olanak tanır.
Kuruma, bitki vejetatif dokuları için genellikle ölümcüldür, ancak az sayıda kara bitkisi, bitkisel kuruma toleransı (VDT) geliştirerek, anhidrobiyoz adı verilen bir süreç yoluyla ölmeden kurumalarına olanak tanır.
VDT bitkileri, hücrelerinin su potansiyelinin havanınkiyle dengelenmesine izin verir ve -100 MPa ve daha düşük doku su potansiyellerini tolere edebilir. Dizileme teknolojilerindeki ilerlemeler, son on yılda kurumaya dayanıklı bitkiler için genomların araştırılmasına olanak sağlamıştır. Ancak bu bitkilerdeki değerli gen ve genomik kaynakların daha fazla araştırılması gerekmektedir.
Son zamanlarda, Çin Bilimler Akademisi'nin Sincan Ekoloji ve Coğrafya Enstitüsü'nden Zhang Daoyuan liderliğindeki bir araştırma grubu, kurumaya dayanıklı bitkiler için "Ölmeden Kurutma" adlı bir genom veritabanı oluşturdu. Çalışma Bitki Fizyolojisi dergisinde yayınlandı .
Genom veritabanı, toplam 26 VDT ile ilişkili bitki genomu (10 yosun dahil) için genomik ve transkriptomik kaynakları içerir. BLAST, homolog ve fonksiyonel arama, GO/KEGG zenginleştirme istatistiği, ekspresyon profili ve ortak ekspresyon modülü ekstraksiyonu ve JBrowser genomu gibi yaygın olarak kullanılan biyoinformatik analiz araçları veritabanına dahil edilerek VDT bitkileri için genetik bilgilerin gelecekteki analizini ve araştırılmasını kolaylaştırır. .
Araştırmacılar, özelleştirilmiş PFAM ailesi istatistiksel analizleri yürüterek , kuraklığa duyarlı ABA taşıyıcı AWPM-19 ailesinin tüm briyofitlerde önemli ölçüde art arda kopyalandığını, ancak trakeofitlerde nadiren kopyalandığını buldu.
Favonoidlerin biyosentetik genlerinin varlığı ve yokluğu varyasyon analizleri, genomların evrimindeki farklılığı ve kapalı tohumlular ile tohumsuz bitkiler arasındaki metabolik özellikleri gösteren örnek bir ayak izi sağladı. Fonksiyonel analizlerle birleştirilmiş transkriptomik profiller ayrıca VDT'nin briyofitler ve kapalı tohumlular arasındaki farklı evrimini destekledi.
Bu çalışmanın bulguları, bitkilerde VDT'nin olası bir farklılaşmasını ve soya özgü evrimini destekleyen genomik ve transkriptomik kanıtlar sağlamıştır.
Veritabanına buradan ulaşabilirsiniz .
More information: Bei Gao et al, Drying without Dying: a genome database for desiccation-tolerant plants and evolution of desiccation tolerance, Plant Physiology (2023). DOI: 10.1093/plphys/kiad672