Ankara Savaşı'nın kaybedilmesi ve Bayezid Han'ın esir düşmesi, henüz Anadolu'da ki birliği ve siyasi hakimiyetini tam anlamıyla tesis edememiş Osmanlı Devleti'nin istikbalini geciktirdi. Bunun yanında itaat altına alınmış olan Anadolu Beyleri, bağımsızlıklarını geri kazanabilmek için Osmanlı'nın içine düşebileceği en küçük zafiyetten istifade etmek üzere beklemekteydi. Kaybedilen Ankara Savaşı bu beylerin beklediği fırsat anlamına geliyordu. Diğer taraftan Anadolu'ya doğrudan hükmetmek yerine itaat altına alma politikası izleyen Timur, bir taraftan Anadolu Beylerinin beklediği isyanın kapısını aralamış, diğer taraftan şehzadeleri saltanat için mücadele etmeye teşvik ederek güçlü bir merkezi idarenin yeniden ortaya çıkmasını da engellemişti. Timur'un bu akıllıca politikası Osmanlı Devletini 11 yıl sürecek elim bir iç karışıklığa sürükledi. Ancak Timur, bu politikasının başarıya ulaştığını görebilecek kadar yaşayamadı. 69 yaşında, Çin'i fethetmek gayesiyle çıktığı seferde, henüz Çin' e ulaşamadan vefat etti (1405). 1402-1413 yılları arasındaki dönem, literatüre Fetret Devri olarak geçse de aslında durum biraz farklıdır. Kardeşler birbirleri ile mücadele etmişlerse de aslında hükümdarlar ve hüküm süreleri bellidir ve tartışmalı değildir. Zira Bayezid Han'dan sonra büyük oğlu Süleyman Çelebi, devleti 9 yıl boyunca tartışmasız hükümdar olarak yönetmiş, ancak literatüre 5. Hükümdar olarak geçmemiş ve hükümdarlığı meşru kabul edilmemiştir. Oysa devlet erkanının en yüksek makamları Sadrazamlık, Subaşılık ve Yeni Çeri Ağalığı kendisine biat etmiş, ordu ve millet onu hükümdar olarak kabul etmişti. Taht kavgaları nedeniyle hükümdarlık makamının ve hükmedilen coğrafyanın bölünmesi ve tek merkezli idari yapının ortadan kalkması 1411-1413 arasına tekabül etmektedir. Süleyman Çelebi tahta oturduğunda diğer kardeşlerinden Mustafa, babası Bayezid Han ile birlikte Timur'a esir düşmüş, diğer kardeşler ise vazifeli oldukları sancaklarına; İsa Karesi ve Mehmed Amasya'ya çekilmişlerdi. Musa'nın sancağı ise Rumeli idi ancak Süleyman'ın Rumeli'ye yerleşmesi nedeniyle sancağının başına geçemeyip Bursa'ya yerleşmeye teşebbüs edecektir. En küçük kardeş olan Kasım ise ablası Fatma ile birlikte ağabeyi Süleyman tarafından yapılacak bir antlaşmanın güvencesi olarak Bizans'a rehin olarak gönderilecektir.
Ordunun yenilmesi, Han'ın esir düşmesi üzerine devlet erkanı en büyük varis olan Süleyman'a biat ettiler. Süleyman, ellerinde kalan kon kuvvetlerle birlikte Sadrazam Candarlı Ali Paşa, Subaşı Eyne Bey ve Yeni Çeri ağası Hasan Ağa ile birlikte Bursa'ya gelip ailesini de yanına alarak Rumeli'ye (Gelibolu) geçti.
Timur, savaşı kazanmış ama sonrasında herhangi bir antlaşma yapmamış, sulh görüşmesinde dahi bulunmamış, hatta kazandığı savaştan hiçbir beklentisi yokmuş gibi davranmıştı. Bu manevra Timur'un siyasi zekasının bir göstergesiydi elbette. Bir işgalci gibi anılmak, kardeş kavgasının müsebbibi gibi davranmak istemiyordu. Zira Anadolu onun için fethedilecek bir coğrafyadan ibaret değildi. Onun esas amacı Anadolu'da ki Türklerin gönül rızasını kazanarak tebaası yapmak, dolayısıyla hükümdarlığını ve ordusunu güçlendirmekti. Üstelik Çin'e düzenleyeceği sefer öncesinde zaman kaybetmek ve yeni bir cephe açmak istemiyordu. Akıllıca bir hamle ile yumuşak huylu olduğunu bildiği Süleyman Çelebi'ye diplomatik bir nezaket içerisinde hediyeler ve kendisine bağlı bir hükümdar olduğunu ifade eden hilatını gönderdi. Süleyman için bu hilat hükümdarlığının emniyeti anlamına geliyordu. Ancak diğer yandan Osmanlı'nın bağımsızlığını yitirmesi, Timur'un hükümdarlığı altına girmesi demekti. Süleyman için iki yol vardı, ya bu hilatı kabul edecek ve hakimiyetini muhafaza edecek, ya da Timur ile yeniden savaşmayı göze alacaktı. Süleyman, devlet erkanının da tavsiyeleri doğrultusunda hilat giydi ve Osmanlı 100 yıl boyunca koruduğu bağımsızlığından vazgeçerek Timur'a bağımlı bir devlet haline geldi. Süleyman Çelebi, babası Bayezid Han gibi cengaver ve devlet işlerinde maharetli değildi. Yumuşak huylu bir kişiliği vardı ve divan sohbetlerine fazlaca ilgiliydi. Bu sebeple devlet işlerini mahiyetine danışarak idare ediyordu. Daha çok denge politikaları güdüyor, mümkün olduğunca itidalli davranıyordu. Bu politikaları neticesinde Bizans ile önemli tavizler verdiği bir takım anlaşmalar yaptı. Bu anlaşmalar kapsamında; - Bizans vasal olmaktan çıkacak, yani tazminat ödemeyecek ve istendiğinde asker göndermek zorunda kalmayacak. - Selanik (Bulgaristan), Teselya (Orta Yunanistan) ve Silivri'den Varna'ya kadar olan geniş sahil arazisi Bizans'a bırakılacak, - Osmanlı gemileri Çanakkale ve İstanbul Boğazından izin almadan geçmeyecek ve tüm Bizanslı esirler iade edilecek, - Bizans için önemli bir gelir kaynağı olan Venedik ve Cenovalı denizcilere sağlanan imtiyazlar genişletilecek, - Antlaşmanın güvencesi olarak Bayezid Han'ın en küçük oğlu Kasım ve kızı Fatma Bizans'a rehin verilecek, Tüm bunlara karşılık olarak Bizans, Süleyman Çelebi'nin yüksek hükümdarlığını kabul edecekti. Venedik'te bulunan 2. Manuel, adeta zaferle sonuçlanmış bir savaş sonrası yapılan barış antlaşmasını andıran bu şartları tereddüt etmeden kabul etti ve İstanbul'a dönerek antlaşmayı imzaladı (1403). Bu antlaşmanın diğer tarafları Venedik, Cenova, Rodos şövalyeleri, Sırp Despotluğu ve Nakdos Dükü idi. Süleyman Çelebi, bu antlaşmalar çerçevesinde düşmanlarına istediklerini vermiş, böylece Edirne'deki hükümdarlığını olası tehditlere karşı güvence altına almış oldu. Süleyman, bu antlaşmaların verdiği emniyet ile vaktinin çoğunu saltanat makamında geçirdi. Devlet işleri Sadrazam Candarlı Ali Paşa'nın idaresindeydi. Halk ve ordu Ali Paşa'ya büyük sevgi ve saygı duyuyor, devlet de Ali Paşa'nın sadakat ve becerisi ile ayakta duruyordu. Süleyman Çelebi ise vaktinin çoğunu kurduğu divanda geçiriyor, ziyafetler ve hoş sohbetler gönlünü eğliyordu. Kareside bulunan İsa Çelebi, devletin ikinci başkenti olan ama Süleyman'ın ehemmiyet göstermekte geciktiği Bursa'ya geçerek devletin eski başkentine konmayı ve Timur'dan alacağı icazet ile hükümdar olabilmeyi ümit ediyordu. Bursaya yerleşirken herhangi bir mukavemetle karşılaşmadı ve kısa bir süre sonra Timur'dan beklediği icazeti aldı. Timur, Süleyman'a hilat göndermiş ancak İsa'ya Bursaya yerleşme izni vererek kardeşlerin arasındaki husumeti körüklemişti. Bu vakalar cereyan ederken Bayezid Han içinde bulunduğu kederli duruma daha fazla dayanamayarak vefat etti. Timur, bu noktada da siyasi zekasını kullanmayı bildi ve Bayezid Han'ın naşını Süleyman'ın Rumeli'ye yerleşmesi nedeniyle eski sancağına geçemeyen Musa Çelebi'ye vererek Bursa'ya defnettirilmesi için yola çıkarttı. Musa Çelebi Bayezid Han'ın naşı ve beraberindeki kuvvetli bir askeri birlik ile Bursa'ya girince İsa Karesi'ye çekilmek zorunda kaldı (Mart 1403). Devlet erkanını yanına alan Süleyman Çelebi'nin meşru hükümdar olması sebebiyle doğrudan Süleyman'a yönelik bir eyleme girişmeyen şehzadelerin amacı Bursa'yı ele geçirmek ve böylece hükümdarlıklarını ilan etmekti. Bu amaçla çekişmelerin merkezi Edirne değil Bursa oldu. İsa Çelebi, belki askeri kuvvetinin yetersiz olması , belki de babasının naşına saygısızlık etmemek için geri çekilmiş, ancak kısa bir süre tertip ettiği ordu ile tekrar Bursa'ya doğru harekete geçmişti. Musa, bu ilerleyişi haber alınca Bursa'yı terk edip Germiyanoğullarına sığındı. Süleyman Rumeli'de devleti idare ediyor, ancak Bursa'da yaşananlara müdahale edemiyordu. Meşru hükümdar olmanın verdiği rehavet ile ziyafetler düzenliyor ve vaktinin çoğunu divan sohbetlerinde geçiriyordu. Mehmed Çelebi, Ankara Savaşı sonrasında sancağı Amasya'ya dönmüş lakin Timur'un bölgeye atadığı Vali Kara Devletşah tarafından ele geçirilmiş olan sancağının başına geçemedi. Timur'a itaat sözü vermemiş olan Mehmed Çelebi, kendisine tabi olan bin kadar asker ile bir gece baskını düzenleyip Devletşah'ı öldürdü ve yeniden sancağının başına geçti. Daha önce Sivas ve Erzincan da bu sancağa bağlıydı, ancak Ankara Savaşının hemen öncesinde kaybedilmişti. Amasya sancağı artık Tokat ve Amasya'dan ibaretti. Mehmed Çelebi'nin işi İsa ve Musa Çelebilerinkinden daha zordu. Onlar Bursa'yı ele geçirmenin ve tahta oturmanın hesaplarını yaparken Mehmed, kaybedilen toprakları geri almanın hesabını yapıyor, sancağındaki topraklara göz diken diğer beylerle mücadele ediyordu. Bu beylerden biri de İsfendiyar Beydi. Mehmed Çelebi, İsfendiyar Beyin yeğeni Kara Yahya'yı Kastamonu'da zapt etmiş olduğu geçitlerden birinde yakalayıp öldürdü ve Bolu'ya yöneldi. Timur'un taarruzu sonrası bölgede hakim olmaya çalışan bir takım Türkmen beyleriyle mücadeleye girişti. Kubat , Gözler ve Köpek ismindeki bu beyleri mağlup ettikten sonra bölgesine tam anlamıyla hakim oldu. Mehmed Çelebi, önce ağabeyi Süleyman'ın hükümdarlığını kabul etmiş, "Babam gitti ise Emirim sağ olsun, emirim babamın yadigarıdır" diyerek itaatini bildirmişti. Ancak babası Bayezid henüz sağdı ve bir şekilde geri dönme ihtimali vardı. Muhtemel ki babası hayatta iken taht için mücadele etmekten hicap duymuş, emaneti ağabeyi Süleyman'a bırakmakta beis görmemişti. Ancak Bayezid'in vefat haberini alması üzerine ağabeyi Süleyman'ın idareciliğinden de memnun kalmamış olacak ki taht mücadelesine ortak oldu ve "Osmanlıların Büyük Emir'i ve Padişahı" unvanını kullanmaya başladı. Mehmed Çelebi, henüz genç yaştaydı ve ağabeyleri Süleyman ve İsa kadar itibar sahibi değildi. O, itibarını kendisi kazandı ve Amasya'da ki sancağının emniyetini aldıktan sonra Bursa'ya doğru harekete geçti. Bursa'ya hakim olan İsa'nın yanında Bayezid Han'ın deneyimli komutanlarından Timurtaş vardı. Timurtaş, Bursa'ya giden stratejik noktaların emniyetini almıştı. Mehmed Çelebi, Bursa'ya Domaniç üzerinden ani bir baskınla girmeyi planlıyordu ancak Timurtaş komutasındaki birliklerin bu bölgede konuşlanması üzerine strateji değiştirdi. Ani bir baskınla Bursa'ya giremeyeceğini anlayan Mehmed Çelebi, İsa Çelebi'yi üzerine çekmeye karar verdi ve Karesiye geçti. İsa Çelebi'nin ardında bıraktığı Karesi kolayca teslim oldu. İsa, elbette bu duruma sessiz kalamadı. Birliklerini hazırlayarak Karesi'ye doğru yola çıktı. Ulubatta meydana gelen çetin muharebe sonrasında Mehmed Çelebi zorda olsa zafere ulaşmayı başardı. Mağlup olan İsa Çelebi, Bursa'ya dönemeyeceğinden canını kurtarabilmek için Bizans'a sığındı. Mehmed Çelebi Bursa'yı ele geçirince Osmanlı için Anadolu'nun hükümdarı haline gelmiş oldu (1403). Süleyman Çelebi, Mehmed'in Bursa'yı ele geçirmesini elbette kabul etmedi. Bizans'a sığınan İsa imparator 2. Manuel'in müsaadesiyle Süleyman'a sığındı. Süleyman da kendisini Anadolu Beylerbeyi ilan ederek emrine verdiği ordu ile Bursa'ya gönderdi. Mehmed, ihtiyaten Bursa'dan çekilmişti ancak İsa yine de Bursa'ya giremedi. Kenti müdafaa eden kuvvetlere karşı baskın gelemeyince kenti yakmaya kalkıştı ve Mehmed Çelebi'nin gelmesi üzerine geri çekilerek Beyşehir'e geçti. Kışı burada geçiren İsa Çelebi, Bahar gelip savaş hazırlıklarını tamamladığında Bursa'ya değil Karaman'a doğru yöneldi. Ancak Mehmed Çelebi'nin harekete geçtiğini öğrenince geri çekilmek zorunda kaldı. Nihayet Bursa yakınlarında karşı karşıya geldiler ve ağır bir mağlubiyet alan İsa Kastamonu'ya İsfendiyar Bey'e sığınmak zorunda kaldı. Şansını bu kez Ankara üzerine yürüyerek deneyen İsa, Gerede'de karşı karşıya geldiği Mehmed Çelebi ile yeniden savaşa tutuşsa da yine muvaffak olamayarak geri çekilmek zorunda kaldı. Art arda mağlup olan ancak vazgeçmeyen İsa Çelebi, şansını bir kez daha deneyebilmek için Aydınoğulları Beyliğine sığındı. Ancak Mehmed Çelebi'nin vazifelendirdiği adamları İsa Çelebi'yi Eskişehir'de bir Hamamda yakalayıp öldürdüler. Mehmed Çelebi, Süleyman Çelebi'nin ilk taarruzunu püskürtmüştü. Ancak Bursa'nın hükmü altında olmaması Süleyman Çelebi'nin hakimiyetine gölge düşürüyordu. Bu durumu daha fazla göz ardı edemeyen Süleyman Çelebi, daha fazla beklemedi ve Bursa'yı geri almak üzere bizzat harekete geçti. Bu durumu haber alan Mehmed Çelebi, Amasya'ya geri çekilmek zorunda kaldı. Süleyman Çelebi Bursa'da coşkuyla karşılanmıştı. Buradan önce Karesiye oradan da Ankara'ya doğru harekete geçti (1404). Diğer taraftan kendisine biat etmeyen bazı Türk beylerine karşı harekete geçme kararı aldı. Osmanlı'ya karşı ittifak eden bu beylerin amacı Süleyman Çelebi'nin ilerleyişini durdurmak ve tekrar dolayısıyla bağımsız kalabilmekti. Ancak bu ittifak kalıcı olamadı. Süleyman Çelebi daha önce sancak beyliği yaptığı bu bölgeyi çok iyi biliyordu. Önce İzmir'e doğru yola çıktı. Aydınoğulları Beyi Cüneyt, Süleyman Çelebinin geleceği haberini alınca ittifak kurduğu beylerin yanına sığındı. Ancak beyler, sulh etmek için Cüneyt'i vermeyi düşünüyorlardı. Bunu haber alan Cüneyt Bey bizzat teslim olmayı istikbali açısından yeğledi ve boynunda bir zincir ile Süleyman Çelebi'den af dilendi. Bunun üzerine ittifak ettiği diğer beyler geri döndüler. Süleyman Çelebi, Cüneyt'i affederek buradan eski Efes kentine geçti. Artık adet edindiği üzere her sefer sonrasında sefahat sürmek üzere burada bir süre konakladı. Bazı yabancı kaynaklar Süleyman Çelebi'nin burada geçirdiği zamanda büyük bir ayyaş olarak ünlendiğinden bahseder. Süleyman Çelebi, kendisine karşı ittifak eden Türkmen beyleri bertaraf etmiş, Bursa'yı Mehmed'ten geri almaya muvaffak olmuş böylece iktidarını pekiştirmişti. Hatta Sakarya nehrinde karşı karşıya geldiği Mehmed Çelebi'yi ve sonrasında taarruza yeltenen Karamanoğullarını mağlup ederek düşmanlarına göz dağı vermişti (1405). Ancak Anadolu halen kahır ekseriyetle Mehmed Çelebi'yi hükümdar olarak görüyor, bu genç kumandanı desteklemeye devam ediyorlardı. Süleyman Çelebi, son olarak Ankara'ya, oradan da Anadolu'nun emniyetini aldığı düşüncesiyle tekrar Rumeli'ye geçti. Burada uzun bir süre kalan Süleyman Çelebi, Balkanlardaki yerel gelişmelerle meşgul oldu. Diğer taraftan olan biteni bir köşede oturup seyretmekten daha fazlasını yapamayan Musa Çelebi, Mehmed Çelebi'nin yanına vararak kendisini Osmanlı Hanedanının başı olarak gördüğünü söyleyip biat etti. Süleyman Çelebi'ye karşı desteğe ihtiyacı olan Mehmed Çelebi, biadını kabul edip kendisini Kastamonu'ya İsfendiyar Beye gönderdi. Buradan Balkanlara geçerek Süleyman Çelebiye karşı bir ayaklanma başlatmaya hazırlandı. Balkanlardaki despotluklar ve vasallıklar Osmanlı'nın içinde bulunduğu iç karışıklığı pekiştirmekten geri kalmadılar. Bizans İmparatoru Manuel de elçisi aracılığıyla Musa Çelebi ile görüşüyor, olası bir ayaklanma girişimi için kendisine destek veriyordu. Ayrıca kayın pederi olan Eflak Prensi Mirça da Musa Çelebi'nin safında yer alıyordu. Nihayetinde Venedik ve Bizans'ın desteğini alarak toplam 10 kadırga temin etti ve beklenmedik bir şeklide Tuna boylarına indi. Burada eski Bulgar Kralı İvan Şişman'ın oğlu Frujin Musa Çelebi'yi Osmanlı'nın yasal mirasçısı olarak kabul edip kendisine itaat edeceğini bildirdi. Bunun yanında Süleyman Çelebi ile arası açılan Sırp Destopu Lazareviç de kendisine itaat yemini edince Musa Çelebi için tahtı ele geçirmenin zamanı gelmiş oldu. Süleyman Çelebi ve Mehmed Çelebi, Çatalca bölgesinde karşı karşıya geldiler. Musa Çelebi, aldığı desteklere rağmen galip gelemedi. Musa Çelebiyi ve dolayısıyla Mehmed Çelebi'yi bir kez daha mağlup etmiş olan Süleyman Çelebi, Edirne'ye dönerek yine adet edindiği üzere kendisini harem, içki ve sohbet safahatına vermişti. Ancak Musa Çelebi vazgeçmedi. Elinde kalan kuvvetleri dağıtmayıp ordusunu yeniden hazırlayarak bu kez doğrudan Edirne'ye taarruz etti. Süleyman Çelebi, defakez mağlup ettiği düşmanından böyle bir taarruz beklemiyordu. Musa Çelebi, ağabeyinin bu gafletinden faydalanarak Edirne'yi ele geçirmeyi başardı. Süleyman Çelebi, yakalanmamak için ticaret yolları üzerinden kaçmaya çalışsa da Musa Çelebi'nin peşine taktığı askerler tarafından Düğüncüili adlı bir köyde ele geçirildi. Devrik hükümdarı ele geçiren askerler, Musa Çelebi'nin emrini beklemeden Süleyman Çelebi'yi orada boğarak öldürdüler. Bu duruma hiddetlenen Musa Çelebi, müsebbibi olan askerlerini öldürüp yakalandığı köyü ateşe verdi ve ağabeyi Süleyman Çelebi'nin naşını Bursa'ya göndererek babası Bayezid'in yanına gömdürdü (14 Şubat 1411).
Musa Çelebi, ağabeyi Mehmed Çelebi'nin idaresi altında vazifeli olarak çıktığı seferde muvaffak olunca saltanat mücadelesinin bir yansıması olarak sözünden caydı ve ele geçirdiği idareyi ağabeyine teslim etmedi. Hükümdarın en çok desteğine ihtiyaç duydukları Sancak Beyleri ve tımar erleri Musa Çelebi'ye itaat edince tahta kolayca oturdu. Musa Çelebi'nin tahta geçmesi balkanlardaki gayrimüslim kitleler tarafından nahoş karşılanmadı. Macaristan Musa Çelebi'nin idaresini tanıdı. Eski kayın pederi olan Eflak Voyvodası Mircea zaten seferin en başından beri Musa Çelebi'ye destek veriyordu. Sırp despot Lazareviç de Süleyman Çelebi'ye sadakat gösterdiği gibi Musa Çelebi'ye de sadakatini iletti. Musa Çelebi, Balkanlarda ki bu sulh haline rağmen hükümdarlığını taçlandıracak fetihler yapmaktan geri durmadı. Tımar olarak verilmek üzere yeni araziler peşine düşen Musa Çelebi, Köprülü, Akçabolu ve Provadi'yi ele geçirdi. Bununla da yetinmeyip Nobirda'da ki gümüş madenlerini ele geçirerek ileride başına bela olacağını hesap etmeden buradan gelecek gelirleri akıncılarına bağışladı. Ardından Makedonya içlerine akın müsaadesi verip Balkanlardaki askeri kuvvetlere yağma imkanı tanıyarak sadakatlerini tazeledi. Tüm bunlar olurken Mehmed Çelebi Anadolu'nun hükümdarı olarak Bursa'da oturuyordu. Artık Rumeli Musa'nın, Anadolu ise Mehmed Çelebinin topraklarıydı. Musa Çelebi Bursa'yı ele geçirmeye pek niyetli değildi. Ancak Mehmed Çelebi elbette gözünü Rumeli'ye dikecektir. Musa Çelebi, Süleyman Çelebi ile çatışırken durumdan istifade etmeye çalışan Bizans, stratejik öneme sahip olan Gelibolu limanını ele geçirmeye teşebbüs etmişti. Musa Çelebi için Balkanlar da her şey istediği gibi gitmişti ancak Bizans'a bir ders verilmeliydi. Şehri kuşatmak üzere Bizans surlarına dayandı. Amacı elbette kenti fethetmek değildi ancak giriş çıkışları engelleyerek tıpkı babası Bayezid'in 10 yıl süren kuşatmayla Bizans'ı buhrana sürüklediği gibi yeni yeni bir Buhran yaratmaktı (1412). Kuşatmanın başladığında Bizans'ta panik havası hemen kendisini gösterdi. Musa Çelebi şehri giriş-çıkışlara kapatmış, ticaret gemilerinin durması doğrudan şehirdeki sosyal hayatı ağır bir sekteye uğratmıştı. Surların dışında bir askeri muharebeye giremeyen İmparator 2. Manuel, deniz yoluyla direniş göstermeye çalışmış, hatta küçük bir Osmanlı kuvvetini denizde mağlup etmeyi başarmıştı. Ancak bu galibiyet kuşatmanın sona ermesi için yeterli olmadı. Bunun üzerine sulh teminatı olarak Bizans'a gönderilen Süleyman Çelebi'nin oğlu Orhan Çelebi'yi Selanik'e göndererek burada bir isyan başlattı. Ancak Musa Çelebi kuşatmayı devam ettirmekte kararlıydı. Emrindeki kuvvetlerin bir kısmını Selanik'e yollayarak hem isyanı bastırdı hem de daha önce Bizans'a hibe edilen Teselya'yı geri alarak Manuel'e ağır bir ders verdi. Bizans, tüm bu gelişmelerin karşısında Mehmed Çelebi ile iyi ilişkiler içerisine girerek Musa Çelebi'ye karşı kendisiyle ittifak kurdu. Bursa'dan yola çıkan Mehmed Çelebi, ordusu ile İnceğiz (Çatalca) dolaylarında Mehmed Çelebi ile karşı karşıya geldi. Ancak Mehmed Çelebi, bu mücadelede yaralanınca geri çekilmek zorunda kaldı (Ekim 1412). Mehmed Çelebi, mağlup olmasına rağmen vazgeçmedi. Kış gelmeden Musa Çelebi'yi bertaraf etmek arzusundaydı. Bizans'dan destek alıyor ancak bu yeterli gelmiyordu. Daima Osmanlı'nın resmi hükümdarına itaat eden Lazareviç'i ikna etmeyi başardı. Anadolu'dan gelip kendisine tabi olan Türkmen kuvvetleriyle birlikte Sırp ve Bizans desteğini de alarak tekrar taarruza geçti. Çatışma devam ederken Rumeli Beylerbeyi Mihaloğlu Mehmed, Musa Çelebi'ye sırtını dönerek Mehmed Çelebi'nin saflarına geçti. Bu ihanet Musa Çelebi'nin galibiyetine mani olmadı. Mehmed Çelebi'nin emrindeki 15.000 Türkmen kuvvetleri Sipahileri ve Yeni Çerileri geçemedi. Mehmed Çelebi yine acı bir mağlubiyet yaşayıp Bursa'ya dönmek zorunda kalmıştı. Rumeli Beylerbeyi Mihaloğlu Mehmed Bey'in ihaneti sürpriz değildi. Zira Balkanlardaki akıncılar yağmalardan fevkalade bir kazanç sağlıyor, bu kazanç onları pervasızlığa ve şımarıklığa sürüklüyordu. Bu durum karşısında gaza akınlarını durdurma emri vermiş, kendilerine hediye ettiği bir takım kazançları da ellerinden alarak bir anlamda aşağılamıştı. Bu durum karşısında Rumeli'deki akıncılar izin almadan taarruz ediyor, yağma yapıyordu. Bu gerginlik zamanla Musa Çelebi ile Rumeli'de ki Sancak Beylerinin, dolayısıyla disiplin altına alınmamış dağınık askeri kuvvetlerle arasının açılmasına sebep oldu. Bu ayrılığın bir parçası olarak veziri olarak atadığı Kör Şahmelik Bizans'a yaptığı taciz saldırıları sırasında gizlice Surlardan içeri girdi. Şahmelik de Musa'ya ihanet edip saf değiştirmişti. Bizans üzerinden Bursa'ya geçip Mehmed Çelebi'ye sığındı. Askerlerin Musa Çelebi'nin aşağılayıcı tavırlarından usanan askerlerin Mehmed Çelebi'nin merhamet ve adaletini beklediğini söyleyerek emrine girdi. Bu durumdan istifade eden Mehmed Çelebi, yeni bir taarruz planı yaparak Bizans'ın sağladığı gemilerle boğazı geçip bu kez kuzeyden, Trakya üzerinden Musa Çelebi'nin üzerine yürüdü. Nihayet Vize yakınlarında karşı karşıya gelen iki ordu burada sonucu belirleyecek mücadeleye giriştiler. Her iki tarafta savaş pozisyonu almışken Mehmed Çelebi'ye bağlı olan Yeni Çeri Ağası Hasan Ağa, kendisine bağlı olan yeni çerileri adaletli bir hükümdar olan Mehmed Çelebi'ye itaat etmeye davet edince, Musa Çelebi pervasızca bir harekette bulunup doğrudan ve bizzat Hasan Ağa'nın üzerine taarruz etti. Ancak bu taarruzu esnasında yakınlarındaki bir kapıcı başı (Yeniçeri Subayı) tarafından yaralanıp geri çekilmek zorunda kaldı. Hükümdarlarının yaralı halde geri geldiğini gören ordu savaş düzenini bozup geri çekilmeye başladı. Bu geri çekilme, aslında daha kuvvetli olan Osmanlı Ordusunun dirliğini bozdu ve Mehmed Çelebi bu durumdan istifade ederek doğrudan taarruza kalktı. Mehmed Çelebi, nihayetinde yine kendisine hizmet edecek olan Osmanlı Ordusuna karşı daha fazla kan dökmek istemedi. Nihayetinde bu mücadelede pek de fazla zayiat verilmeden galip ve mağlup belirlenmiş oldu. Musa Çelebi, mağlubiyetin ardından yaralı olarak geri çekildi. Ancak Edirne'ye geçemezdi. Kendisine bağlı küçük bir kuvvetle birlikte Sofya'ya doğru kaçmaya başladı. Ancak Mehmed Çelebi onu ortadan kaldırmadan hükümdarlık makamına oturamayacağını biliyordu. Uzun süren takipler sonunda nihayet Sofya yakınlarında bulundu. Burada kendi askeri tarafından (Derzi Saruca) atından alınıp Mehmed Çelebi'ye teslim edildi. Tarih yine tekerrür etti ve Musa Çelebi boğdurulup kardeşleri İsa ve Süleyman'ın yanına defnedildi. (5 Temmuz 1413) Böylece Mehmed Çelebi uzun ve kanlı mücadeleler sonunda tek başına tartışmasız hükümdar olarak tahta oturdu ve tarihe Fetret Devri olarak geçen bu karanlık dönem sona ermiş oldu.
Her Hakkı Mahfuzdur