En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında, iki kardeş olan Edward ve AlphonseElric'ten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş, diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir.Edward artık bir hükûmet ajanıdır ve askerî bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak, hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward, başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir.
Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya âdeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşı'nı ele geçirmeye çabalayan düşmanları, kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.
Ed, Alphonse ve arkadaşları Winry, Elric kardeşlere simyayı nasıl kullanacaklarını öğreten hocaları IzumiCurtis'i bulmak için güneye giderler. Ama büyük bir hızla gelişmiş olan Rush Vadisinde Ed'in saatini çalan bir yankesici ile yollarının çakışması sonrasında arayışları bambaşka bir yöne kayar. Winry şimdiye kadar gördüğü en iyi mekanik zırhı yapmış olan demirciyi bir an önce bulmak ister. Ve sonra Ed ve Alphonse'un simyayla ve hocalarıyla ilk tanışmalarının nasıl gerçekleştiğini gösterecek şekilde sahne değişir.