Gül Cami, hayata 11. yüzyılda bir kilise olarak başladı. Ayia Theodosia adındaki kilise, Roma döneminde inşa edilmişti. İstanbul’un fethinden sonra, 1499 yılında camiye dönüştürülen kilise, Gül Camii adını aldır.
Efsaneye göre, İstanbul’un fethinden bir gece önce halk kiliseyi doldurmuş ve Aziz Theodosia için yerlere gül yaprakları dökmüştür. Osmanlı ordusu kiliseye girdiklerinde yerlerde bulduğu bu gül yaprakları nedeniyle dönüştürdükleri bu camiye Gül Cami adını vermişlerdir.