Mezhep değişmelerin neden olduğu karışıklıkların boyutları, Ermenilerin hangi kiliseye mensup olduklarının tespitinde de hat safhaya ulaşmıştır. Trabzon'daki Ermeniler arasında da görülen bu Katolikleşme ister istemez Gregoryen Ermenilerin tepkisi ile karşılaşmıştı. Trabzon'daki misyonerlik hareketleri içerisinde Katolik misyonerlerin de oldukça aktif oldukları görülmektedir. 1840 yılında Trabzon'a gelen ve bir Ermeni Katolik ailenin yanında misafir olarak kalan Falmerayer, kentte 90 Katolik Ermeni ailesi olmak üzere 600 nüfuslu bir Katolik cemaatinden bahseder ki bu Katolik cemaatinin büyük oranda Ermenilerden oluştuğunu göstermektedir.
Osmanlı idaresinde bulundukları dönemde Ermenilerin din, kültür, eğitim ve hayır işlerini yürütebilmek ve gerekli mali imkânları sağlayabilmek için kendilerine vakıf kurma izni tanınmış, mali imkânlarının yeterli olmaması halinde Osmanlı yönetimi yardımda bulunmuştur. Trabzon ve çevresinde Ermeniler arasında mezhep kavgaları olmuş, Ermeni Patrikliği bu konuda şikâyetlere başlamıştır. Osmanlı Devleti nüfus defterlerindeki kayıtlarda da karışıklığa sebep olduğu için, bu duruma izin vermemiştir. Gregoryen olup da Katolik olmak isteyen Ermenilere izin verilmemesini Trabzon valisine bildirmiştir.
İngiltere, Osmanlı topraklarında bir Protestan cemaati meydana getirmeye teşebbüs etti ve XIX. yüzyılın başından itibaren bu bölgeye çok sayıda Protestan papaz göndererek misyonerlik faaliyetlerine ağırlık verdi. Artık sadece Katolikler değil Protestan misyonerler de Osmanlı toplumu içinde kendi hedeflerini ifa etmeye başlamışlardı. Bu amaçla Osmanlı ülkesine gelen ilk Protestan misyoner İngiliz Church of Missionary Society'e bağlı bir papazdır. Onu, 1820 yılının Ocak ayında İzmir'e ayak basan Pliny Finsk ve Levi Parsons adlı iki Amerikalı misyoner izlemiştir. 1834 yılında Bursa'da ve ondan hemen sonra Trabzon'da birer misyon tesis edildi. Önceleri hedefleri oldukça büyük olan ancak toplumun genelinde huzursuzluk yaşanmadığını gören Protestan misyonerleri, bu hedeflerini zamanla küçültmüşlerdir .
Protestan misyonerler, Ermeniler arasındaki huzursuzlukları iyi bir şekilde değerlendirdiler. Çünkü Ermeni cemaati içerisinde Gregoryen ve Katolikler arasında, Protestanların devreye girmesinden önce bir çekişmenin var olması Protestan misyonerlerin işini kolaylaştırmıştı. Anadolu'da yaşayan Hıristiyanları kendi tarafına çekmek isteyen The American Board'un en üst yönetim organı olan Prudential Committee, 1830 yılında iki misyonerini bir araştırma gezisi için Ermenistan adını verdikleri bölgeye göndermeyi kararlaştırdı. Bu iki misyoner Eli Smith ve H.G.O. Dwigh'tir. Bu misyonerler Anadolu'da yirmiyi aşkın şehir gezmişler ve raporlar tutmuşlardır. Bu raporlardan Trabzon ile ilgili yazdıkları bilgiler incelemeye değer bulunmaktadır. Smith ve Dwight Trabzon'da İngiliz konsolosu Mr. Brandt'da kaldılar. Trabzon'da Rumlar, Erzurum'da bir Ermeni'nin verdiği bilgiye göre, 900 hane; Trabzon'da bir başka güvenilir kaynağa göre ise 500 hanedirler. Bir gramer okulları vardır. Trabzon'da Ermeniler 250 hanedir. 4 dini bölgeye ayrılmış durumdadırlar. 3-4 kiliseleri, bir piskoposları vardır. Gümüşhane Ermenileri de buradaki piskoposa bağlıdırlar. 150 öğrencilik bir okulları vardır. Öğrencilerin hepsi erkektir. Kızlar için bir okulları yoktur. Misyonerler, Sürmene'de mevcut nüfusun 3/4'ünün Rum asıllı Müslüman olduğu ve hala Rumca konuştukları, Hemşin'de Ermeni asıllı Müslümanların bulunduğu bilgilerini dikkatle kaydetmişlerdir. Trabzonlu Katolik bir Ermeni'nin verdiği bilgilere göre, Hemşin'in nüfusu 3.000¬4.000 aileden oluşmaktadır, 70-80 köyde oturmaktadırlar, bu nüfusun büyük bir kısmı yaklaşık 200 yıl önce Müslümanlığı kabul etmiştir, hala Ermenice konuşmaktadırlar. Trabzon'da Katolik Ermeniler 80-90 hanedir, 1 kiliseleri, 2 papazları vardır. Eskiden Gregoryan Ermenilerinin dini yönetimi altında yaşamışlardır. İstanbul'daki Katoliklerin sürgün edilmeleri esnasında Katolik papazlar buradan gönderilmişlerdir. Civar köylerin birine giden bu papazlardan biri daha sonra şehre dönmüştür. Ayinlerini, Katolik Ermenilerde yaygın olduğu üzere, eski Ermenice olarak yapmaktadırlar. Kendi papazları Ermeni'dir; Venedik, Lübnan veya Mardin'de eğitilmektedirler. Trabzon'da ne Avrupalı Katolik papaz, ne de Katolik papaz, ne de Katolik manastırı vardır.