Şempanzelerle genlerimiz %1.23 oranında farklılık gösterirken, Neandertaller ile genlerimiz sadece %0.12 oranında farklılık gösterir. Şempanzelerle aramızdaki ciddi miktardaki farklılığa neden olan bu yüzde düşünüldüğünde, Neandertaller'in bizlere ne kadar yakın hayvan (ve insan) türleri oldukları anlaşılabilecektir. Kıyaslama açısından, sizi Dünya'daki herhangi bir diğer insandan ayıran gen farklılığı %0.1'den azdır ve genellikle %0.08-0.02 arasındadır.
Modern genetik veriler, biz modern insanlar ile Neandertaller'in Avrupa'da karşılaşması sonrası çiftleştiklerini net olarak gösteriyor. Asya ve Kafkas toplumlarının genlerinin %4 civarı Neandertal genlerinden oluşmaktadır (buradaki yüzde, spesifik bir genin birebir Neandertaller'den alınma oranını göstermektedir, genetik benzerliği değil). Eğer ki evrim-öncesi tür tanımlarını (liselerde kullanılan "biyolojik tür tanımı" gibi) kullanıyor olsaydık, farklı türlerin birbiriyle çiftleşip verimli döller vermesini bekleyemezdik. Bu nedenle Neandertaller uzun bir süre Homo sapiens neanderthalensis olarak anılmıştır. Ancak bu saçmaydı, çünkü Neandertaller bizden ciddi anlamda farklıdır. Evrimsel biyolojinin daha iyi anlaşılması ve tür tanımlarının daha kapsamlı hale gelmesi sayesinde, farklı türler olup da birbiriyle yakın akraba olanların da verimli döller verebileceğini keşfettik. Türlerin sadece çiftleşme kapasitesine göre ayırt edilemeyeceğini öğrendik. Her ne kadar bu önemli bir ölçüt olsa da, genlerin söylediklerinin çok daha güçlü bilgiler verdiğini fark etik. Böylece bu sorun ortadan kalktı: Neandertaller Homo neanderthalensis, biz modern insanlar Homo sapiens olarak iki gruba ayrıldı.
Neandertaller'den çiftleşme sonucu "çaldığımız" genler, Epstein-Barr gibi ölümcül virüslerle mücadele edebilmemizi sağlamaktadır. Stanford Üniversitesi immünologu Laurent Abi-Rached'in söylediğine göre bu virüs, çeşitli kanserlerin görülme sıklığıyla da ilişkilendirilmiştir. Dolayısıyla bugün hayattaysanız, bunu Neandertaller ile çiftleşmiş atalarınıza borçlu olabilirsiniz.