Genetik faktörler tekrarlayan düşüklerin önemli bir kısmını oluşturur. Doğru teşhisin konulabilmesi için, üç nesli içeren aile hikayesi, anne ve baba adayının veya bir önceki düşük materyalinin genetik tahlilleri yapılmalıdır. Genetik faktörleri kromozomal bozukluklar, radyasyon, kimyasal ve ilaçlar gibi çevresel faktörler, enfeksiyon ve döllenmedeki bozukluklar da etkileyebilir.
Her bireyin her hücresinde 46 adet kromozom vardır. Bu kromozomların 23 tanesi anneden, 23 tanesi babadan gelir. Bireyler otozomlar olarak bilinen 22 çift kromozom ve iki adet seks kromozomu olmak üzere 46 kromozoma sahiptirler. Bir adet X ve bir adet Y seks kromozomu taşıyan bireyler erkek, iki adet X seks kromozomu taşıyan bireyler de kadındır. Döllenmeden önce yumurta ve sperm hücrelerindeki kromozomlar mayoz adı verilen bölünme ile 23 adet kromozom sayısına indirgenir.
Böylece sperm ve yumurtanın birleşmesi ile oluşan embriyo 46 adet kromozom içerir. Bu işlem sırasında oluşan problemler genetik anormalliklere yol açar. Tekrarlayan düşük öyküsü olan çiftlerden % 3-5’inde kadın veya erkek eşte kromozomal bozukluk vardır. Bunlar kendilerini etkilemeyen fakat bir araya geldiğinde bebeğin yaşamasını engelleyen bir bozukluk olabilir.