Kitabın ikinci bölümünde Prof. Bolay, Emile Boutroux’nun doğa bilimleri ve doğa yasaları hakkında getirdiği eleştirileri incelemektedir. Öncelikle tabiat kanunlarının (doğa yasalarının) tanımını ve tabiat kanunu fikrinin düşünce tarihindeki seyrinin bizlere sunulduğu kitapta müteakiben; Boutroux’nun bu kanunları bir hiyerarşiye tabi tutarak doğa yasalarının gerçekliği ne kadar yansıtabildiğine, zorunluluk belirtip belirtmediklerine, dış dünyada bir nesne-eleman olarak var olup olmadıklarına ve gerçekliği ortaya çıkarmayan, yalnızca onu betimleyen matematiksel semboller olarak kabul edilip edilemeyeceğine ilişkin yürüttüğü felsefi eleştirileri detaylı bir biçimde anlatılmaktadır.
İnsanlar binlerce yıldır şifa bulmak amacıyla iksirler içmiş, buharlar solumuş ve merhemler sürmüşlerdir. Ancak çok az sayıdaki ilaç tıbbın temelini sarsacak derecede devrim yaratmıştır. Bu ilaçlardan yedi tanesi, sizleri şaşırtabilecek bazı gerçeklerle birlikte aşağıda listelenmiştir.
1539’da Padualı bir hâkimin Vesalius’un çalışmalarına ilgi duymaya başlamasıyla birlikte diseksiyon malzemesi desteği artmış ve idam edilmiş suçluların bedenlerini kullanma izni almıştır. Bu durum, dini sebeplerle anatomi çalışma izni yalnızca hayvanlarla -çoğunlukla maymunlarla- sınırlandırılmış olan Galen’le aralarında belirgin bir farka yol açmıştır. Vesalius, gözlemlerinin Galen’le farklılıklar gösterdiğini ve insanların maymunlarla aynı anatomiyi paylaşmadığını fark etmiştir.