John Wendell Thompson (d. 24 Nisan 1949), Microsoft'un Yönetim Kurulu Başkanı olarak görev yapan bir Amerikan işletme yöneticisi. Virtual Instruments'ın CEO'su, IBM'nin Yönetim Kurulu Başkan Yardımcısı ve Symantec'in CEO'su olarak görev yapmıştır. Thompson daha sonra Microsoft Yönetim Kurulunda bağımsız direktör oldu ve 4 Şubat 2014'te Yönetim Kurulu Başkanı seçildi. Microsoft'un bir sonraki CEO'sunu aramaya öncülük etti; sonuç olarak, Satya Nadella seçildi.