Her sistemde var olduğu gibi CNC tezgah sistemlerinin de bazı dezavantajları vardır. Bunlar;
Detaylı olan bir imalat planı gerekli olup pahalı olan bir yatırımı gerektirir. CNC tezgahın saat ücreti her daim yüksektir ve konveksiyonel tezgahlara kıyaslandığı zaman titiz kullanım ile bakım isterler. Periyodik bakımları uzman ya da yetkili kişiler tarafından yapılmalıdır.