Avusturya birlikleri, savaşın başlangıcında Estergon ve Hatvan’ı kuşatmışlardı. Koca Sinan Paşa, bunun üzerine oğlu Mehmed Paşa ile Budin Beylerbeyisi Sokolluzade Hasan Paşa'yı Hatvan’a yardıma gönderdi. Hatvan’a gelen Mehmed Paşa, Avusturya birliklerinin çok iyi mevzilenmiş olduğunu gördü.
Ancak nasıl bir çare bulunması gerektiğini bilmiyordu. Sokolluzade Hasan Paşa, düşman birliğini oyuna getirerek mevzilerinden çıkardı ve iki ordu arasında şiddetli bir mücadele başladı. Mehmed Paşa ise ordunun bozulduğunu zannederek, Budin’e kaçmıştı. Fakat babası veziriazam olduğu için III. Murad’a zaferi Mehmed Paşa’nın kazandığı söylendi. Osmanlı birlikleri, uzun süren kuşatmalardan sonra Yanık ve Papa kalelerini fethetti. Bu başarılar üzerine kendine güveni artan Osmanlı ordusu Komorn Kalesi’ni de kuşatma altına aldı.
Komutan yine Koca Sinan Paşa’nın oğlu Mehmed Paşa'ydı. Komorn kuşatması, soğuğun şiddetini arttırması ve Mehmed Paşa’nın yine kaçması üzerine kaldırıldı. Savaşın ilk iki yılında Osmanlılar’ın siyasi başarılar elde etmesi üzerine Avusturya, Avrupa’daki diplomatik faaliyetlerine ağırlık vererek yeni bir Haçlı ittifakı meydana getirmeye çalıştı. 1592’de papa seçilen Papa VIII. Clement’in, Venedik, İspanya, Rusya ve Lehistan ile bir Haçlı ordusu kurma çabası başarısızlıkla sonuçlandı. Ancak Papa, küçük de olsa bir ittifak toplayabilmişti. Erdel Kralı, Eflak-Boğdan voyvodaları ve Avusturya İmparatoru Rudolf, Osmanlı’ya karşı ortak hareket etme kararı almışlardı.
Antlaşma uyarınca ilk harekete geçen Eflak Voyvodası Mihail, Kasım 1594'de topraklarındaki Müslümanlar’ı öldürdü. Mihail, Yergöğü ve Rusçuk’a saldırdı. Eflak, hem ekonomik, hem de stratejik açıdan Osmanlı yönetimi için oldukça önemliydi.