6 Farklı SARS-CoV-2 Suşu ve Coğrafik Dağılımları
Belli mutasyonlarının dışında çok büyük değişiklikler göstermeyen SARS-CoV-2 virüsünün altı farklı suşu bulunuyor.
SARS-CoV-2 virüsü mutasyonları geçtiğimiz aya kadar gerçekleştirilen çalışmalarda beklenenden az sayıda çıkmaya devam etti. Avrupa genelinde ve İtalya'da G suşu en yaygın görülen koronavirüs soyu iken Wuhan'dan çıkan ve yayılan L suşu aşamalı olarak sayısal çoğunluğunu kaybetmeye devam ediyor. Yakın zamanda tükenmesi de muhtemel görülüyor.
Az sayıda olmakla birlikte bahsi geçen mutasyonların sürmekte olan aşı çalışmalarına olumsuz bir etki yaratmayacağı da öngörülüyor. Çünkü bu mutasyonlar üzerinde aşı çalışması olan proteinleri veya o proteinleri üreten RNA dizilimlerini etkilemedi veya çok önemsiz düzeyde etkiledi diyebiliriz.
Ağustos ayının ortasına kadar yürütülen çalışmalar ile COVID-19 pandemisine neden olan SARS-CoV-2 virüsünün 6 farklı ana suşu yani soyu olduğunu gösterdi. Bu konuda en kapsamlı genom dizileme metaanalizini yürüten Bolonya Üniversitesi araştırmacıları 48,635 koronavirüs genomu -Dünya'nın her yerindeki hastane ve araştırma merkezlerinde yapılan genom analizlerinden alarak- analiz etti.
Frontiers in Microbiology'de yayımlanan çalışmada virüsün tüm kıtalara yayılırken geçirdiği mutasyonları ve dağılımının haritalaması da yapıldı. Elde edilen ilk sonuçlar, koronavirüsün benzer tipte virüsler ile karşılaştırıldığında beklenenden daha az çeşitlilik gösterdiği ve örneklem başına 7 mutasyon geçirdiğini gösterdi. Yaygın influenzanın bilinen mutasyon oranı bunun iki katından biraz daha fazla.
SARS-CoV-2 koronavirüsün insanları etkileyen yapısı, başka memeli türlerini dolaşıp insanlara geri gelmemesi bu oranda etkili ve aynı zamanda geliştirilen aşıların da bilinen suşların tamamı üzerinde etkili olmasını sağlayacak unsurlardan biri. Koronavirüsün de bu bağlamda 6 ana suşu bulunuyor. Ana akım L suşu 2019 Aralık'ta Wuhan'da ortaya çıkan soydu ve ilk mutasyonu ile S suşu 2020'nin henüz başlarında ortaya çıktı.
2020 yılının Ocak ayının ortalarından sonra da V ve G suşları ortaya çıktı ve Ağustos ayının ortalarına kadarki çalışmalarda halen G suşu en yaygın suş olarak kayıtlardaki yerini korudu. G'nin mutasyonları olan GR ve GH altsuşları ise Mart ayından önce ortaya çıkmıştı bile. Çalışmada kullanılan analiz edilen genomların yüzde 74'ü G, GR ve GH suşlarına ait genomlardı.
Peki mutasyonlar nelerdir? Üretilecek olası bir aşıyı etkileyecek mi?
4 temel mutasyonun ikisi virüs genomunun RNA polimeraz ve S 'spike' proteini sekanslarında ortaya çıkmış durumda. RNA polimeraz virüs RNA'sının çoğaltılmasını sağlayan ana protein olarak ve S proteini ise konak hücreye tutunmayı sağlayan protein olarak virüs yayılmasının iki başrol oyuncusudur. Bu anlamda Avrupa ve İtalya genelinde bu mutasyonlara sahip olan G ve GR suşlarının en yaygın görülenler olması daha iyi anlaşılıyor. Buna karşılık haritalara göre GH suşu İtalya'da yok seviyesinde iken Kuzey Amerika, Fransa ve Almanya'da yaygın.
Wuhan'da L suşunun ortaya çıkması ile Asya'da yaygın olması beklenirken G, GH ve GR suşları artmaya devam ediyor. Bu soylar ise avrupa'da ortaya çıkmalarına müteakiben bir ay sonra Asya'da görülmeye başlandı. S suşu ise Amerika ve İspanya'nın bazı karantina bölgelerinde görülüyor. L ve V suşları ise yok olma aşamasında.
Bunların dışında bir takım önemsiz görülme sıklığı çok düşük mutasyonlar keşfetti. Bu grubun ise risk oranı çok düşük iken yine de takip edilmesi gerektikleri rapor edildi. Nadir genomik mutasyonların görülmes sıklığı rapora göre yüzde 1 civarında seyrederken bu da geliştirilmekte olan başta aşı olmak üzere diğer terapi ve tedavi yöntemlerinin gidişatını büyük oranda olumsuz etkilemeyeceği yönünde yorumlandı.
Baran Bozdağ
Kaynak ve İleri Okuma
Alma Mater Studiorum Universita di Bologna, The six strains of SARS-CoV-2, 3 Ağustos 2020, https://www.unibo.it/en/notice-board/the-six-strains-of-sars-cov-2
Daniele Mercatelli, Federico M. Giorgi. Geographic and Genomic Distribution of SARS-CoV-2 Mutations. Frontiers in Microbiology, 2020; 11, https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2020.01800/full
BilimFili.com: "6 Farklı SARS-CoV-2 Suşu ve Coğrafik Dağılımları "