Bu laboratuvarlarda yapılan analiz örnekleri içme suyu, yeraltı suyu ve atıksularda bulunan bakteri,mantar,alg,maya ve protozoaların tanıları,aktif çamur sistemlerinde bulunan flok ve ipliksi bakterilerin tanıları, çamur ve kompostta bulunabilecek tüm mikrobiyal gurupların tanı ve sayımları,bakteri,balık,mantar,alg ve protozoalarla ilgili klasik ve zenginleştirilmiş tüm toksisite testleri ile balıkların kullanıldığı toksisite testleri ve Zehirlilik Seyrelme Faktörü analizleri olarak sıralanabilir.
Çevre mikrobiyoloji laboratuvarları analiz ve testleri; toplam koliform tanısı ve sayımı,fekal koliform tanısı ve sayımı,toplam hücre sayımı,toplam aerobik bakteri sayımı,spor oluşturan bakteriler,spor oluşturmayan bakteri sayıları,demir bakterileri,mantar tayini ve sayımı,alg tayini ve sayımı,sülfür oksitleyici bakteri tayini ve sayısı,sülfat redükleyen bakteri sayısı ve tanısı,proteolitik mikroorganizma tayini ve sayısı, maya tayini ve sayımı, asit oluşturan bakteri tayini,nitrit oluşturan bakteri tayini, nitrat oluşturan bakteri tayini, selülolitik mikroorganizma tayini,protozoa tayini,atık sularda toksisite tayini (balık ve bakteri biyo-deneyleri),atık sularda toksisite tayini (bakteri toksisitesi),aktif çamurun mikrobiyolojik incelenmesi,zenginleştirilmiş bakteri toksisite testleri ve metan çıkış oranlarının tespitidir.