Hastalık ve yaşlılık gibi nedenlerle koyunların bir bölümünün sürüden uzaklaştırılması işlemine ayıklama denir. Sürüde seçimle birlikte, her yıl ayıklama yapılmalıdır. Kuzu, koyun ve koçların ayıklanmasında göz önüne alınan noktalar aşağıda sıralanmıştır;
• Topallık, ayak bozukluğu, alt ya da üst çenenin kısa olması gibi kalıtsal kusurlara sahip olan kuzular ile zayıf doğan ve hızlı gelişmeyen kuzular damızlık dışı bırakılır.
• Bir yıl kısır kalmış koyunlar, canlı ağırlığı yüksek ise bunlara bir yıl daha üreme şansı verilebilir. Bununla birlikte, iki yıl üst üste kısır kalan koyunlar damızlıktan çıkartılır.
• Doğum yaptığı halde kuzularına iyi bakmayan, kuzuları zayıf doğan ve hızlı gelişmeyen koyunlar sürüden çıkartılır.
• Çabuk kuruya çıkan ve/ya da süt verimleri düşük olan koyunlar ayıklanır.
• Çabuk hastalanan ve düşük yapan koyunlar damızlıkta tutulmaz.
• Yaşlanan koyunlar sürüden ayıklanır. Bu yaş sınırı ırka göre değişmekle birlikte 6-8 yaş olarak kabul edilir. Dişlerin de dökülmüş olması ayıklama nedenidir.