Camilerin bombalanması, Türk jetinin düşürülmesi gibi kanlı eylemler içeren Balyoz planıyla ilgili yargı sürecine yapılan müdahaleler soruşturmanın ilerlemesini engelledi.
Bu durum, Anayasa Mahkemesi Başkanı Haşim Kılıç'ın, "Hukuk, yargılanan kişilerin itibarı, makamı ve rütbesi ile asla ilgilenemez. Ancak uygulamalar bunu teyit etmiyor." sözleriyle de örtüştü. Üç ay içinde 4 savcı değiştiren Balyoz soruşturması, en son 5 Nisan 2010'da muvazzaflara yönelik operasyonların durdurulmasından sonra ilerlemedi. Söz konusu tarihte, 25'i general, 53'ü subay ve 20'si de emekli asker olmak üzere 98 şüpheli hakkında gözaltı kararı alınmış, eski MGK Genel Sekreteri Şükrü Sarıışık'la birlikte 6 emekli asker tutuklanmıştı. Ancak İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin, operasyonu durdurmuştu. Aradan geçen 3 haftaya rağmen, 25'i general 78 muvazzaf askere ilişkin herhangi bir işlem yapılmadı.
Dönemin Birinci Ordu Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan tarafından hazırlandığı ileri sürülen 'Balyoz' kod adlı darbe planı ilk olarak 20 Ocak 2010'da Taraf gazetesinde yayımladı. Plan, toplumda kaos ortamı oluşturabilmek için camileri bombalamayı, Türk jetini düşürmeyi, Hava Müzesi'ni basmayı öngörüyordu.
Aynı gün soruşturma başlatıldı. İstanbul Başsavcı Vekili Turan Çolakkadı tarafından görevlendirilen özel yetkili savcılar Bilal Bayraktar, Mehmet Berk ve Ali Haydar, 22 Şubat 2010 tarihli ilk operasyon kapsamında emekli Orgeneral Çetin Doğan'la birlikte çok sayıda emekli ve muvazzaf askerin gözaltına alınması talimatını verdi. Bu arada, İstanbul Başsavcısı Aykut Cengiz Engin de harekete geçti. Doğan'ın tutuklanmasından bir gün sonra 27 Şubat 2010'da İstanbul Emniyet Müdürlüğü ve İstanbul Merkez Komutanlığı'na yazı yazarak 'Balyoz' soruşturmasını yürüten savcıların talimatlarının başsavcı vekillerinin izni olmadan işleme konulmamasını bildirdi. Engin, bir hafta sonra bu talimatını geri aldı ve soruşturmaya yeni koordinatör savcı olarak Selim Berna Altay'ı atadı. Altay bu görevi istemeyince bu kez Süleyman Pehlivan görevlendirildi. Pehlivan'ın koordinatörlüğünde savcılar bu kez 5 Nisan 2010'da Balyoz soruşturmasında üçüncü bir operasyonla 98 şüpheli hakkında gözaltı kararı verdi. İstanbul Merkez Komutanlığı'nın, Engin'in talimatı geri almasına rağmen gözaltı kararlarını uygulamadığı ortaya çıktı. Gözaltı kararı uygulanmadığı gibi Başsavcı Engin iki balyoz savcısını görevlerinden aldı. Murat Yönder ve Mehmet Ergül dosyada görevlendirilen yeni savcılar oldu. Dosya dördüncü kez el değiştirdi. Başsavcı Vekili Turan Çolakkadı, soruşturmanın devam ettiğini ve gerekli görülmesi halinde 25'i muvazzaf olan 98 şüphelinin ifadesinin alınacağını açıkladı. Ancak aradan 20 gün geçmesine rağmen herhangi bir işlem yapılmadı.
5 Nisan 2010'daki operasyonda İstanbul Nöbetçi 10. Ağır Ceza Mahkemesi'nce sorgulanan eski Milli Güvenlik Kurulu Genel Sekreteri emekli Orgeneral Şükrü Sarıışık, emekli Tümgeneral Nuri Ali Karababa, Kurmay Albay Mümtaz Can, emekli Tümgeneral Behzat Balta, emekli Tuğgeneral Halil Kalkanlı ve emekli Tümgeneral Tuncay Çakan "cebir ve şiddet yoluyla Türkiye Cumhuriyeti hükümetini ortadan kaldırmak" suçundan tutuklanmıştı.
5 Nisan'da haklarında gözaltı kararı verilen 25 generalden bazılarının isimleri şöyle: Nejat Bek (Korgeneral), Kadir Sağdıç (Koramiral), Mehmet Otuzbiroğlu (Koramiral), Levent Görgeç, Ahmet Yavuz (Tümgeneral), Gürbüz Kaya (Tümgeneral), E.Caner Bener (Tuğamiral), Ali Aydın (Tuğgeneral), Tevfik Özkılıç (Korgeneral), Korcan Polatsu (Tümgeneral). (Aktif Haber)