Ayrı Hayatlar uğursuz bir yaz mevsiminde dağılan McKotch ailesinin hikâyesini anlatıyor. 1976 senesinde ünlü bir bilim adamı olan Frank McKotch, onun soylu eşi Paulette ve üç güzel çocukları her sene yaptıkları tatillerini tekrarlamak üzere Cape Cod'daki aile yadigârı, Kaptan'ın Evi'ne giderler. Bir gün plajda, Frank asla unutamayacağı bir görüntüyle beyninden vurulmuşa döner. On üç yaşındaki kızı Gwen, bikinisinin içinde garip bir şekilde küçük görünmekte, ondan daha küçük olan kuzeni Charlotte'un yanında minicik bir kız çocuğu gibi durmaktadır. İşte o an Frank görmezden gelemeyeceği bir gerçekle karşı karşıya olduğunu anlar. Ortada, biricik kızıyla ilgili yanlış giden bir şeyler vardır ve bundan sonra McKotch ailesi bir daha asla eskisi gibi olamayacaktır.