Pokémon film serisinin 9.filmi olan Pokémon Ranger and The Temple of the Sea, adından da anlaşılacağı üzere o yıllar ortaya çıkan ve bazı Pokémon çevreleri tarafından hoş görülmeyen Ranger konusunu ele almaktadır. Pokémon Ranger'lar bazı görevleri yapabilmek için geçici olarak Pokémonların kontrolünü ele geçiren, görevi yerine getirdikten sonra da onları vahşi doğaya tekrar salan insanlardır. Bu mevzu hoş karşılansa bile Ranger'ların Pokémonları yakalama biçimi hoş karşılanmamıştır.
Film belki bu konudan dolayı belki de konusunun ağır dram içermesi nedeniyle fazla ilgi gören Pokémon filmlerinden değildir. Gişe getirisi de diğer filmlerin çok altında kalmıştır. Bu filmde 4. nesil efsanesi olan Manaphy ilk kez görünmüştür. Ayrıca 4.Nesile ait bir kaç Pokémon daha bu filmle ortaya çıkmıştır.
Film, Korsan Phantom'un denizlerde bir yumurta bulması ile başlıyor. Bu yumurta çok önemli bir Pokémona aittir ve Korsan Phantom, Deniz Tacı'nı ele geçirmek için bu Pokémona ihtiyaç duymaktadır. Fakat gemisinde çalışmakta olan bir adamı ona ihanet eder ve yumurtayı ondan çalar. Aslında bu adam bir Pokémon Ranger'dır. Jackie Walker adındaki bu Ranger, Denizin Prensi olarak anılan Manaphy adlı efsane Pokémonun yumurtasını korumakla görevlendirilmiştir. Jackie yumurtayı su insanları dediği kişilere teslim eder.
Ash ve arkadaşları da Pokémon yolculuklarına devam ederken ıssız arazilerde kaybolmuşlardır. Bir damla suya muhtaç kaldıkları anda su ile gösteri yapan bir grup insana rastlarlar. Bu insanlar kendilerine Su insanları demektedirler. Su insanları denizlerde yaşayan Pokémonları kutsal görmektedirler. Manaphy'nin yumurtası da onlarda bulunmaktadır. May, yumurtanın etkisi ile gece rüyasında Samaya adında bir tapınak görür. Daha sonra su insanlarının anlattığına göre bu tapınak Manaphy'nin evidir, ve onların görevi de Manaphy'yi Samaya'ya götürmektedir.
Ash ve arkadaşları bir süre bu yolculukta onlara katılmak isterler. Bu sırada Phantom onların izini bulur. Ranger'dan yumurtayı tekrar çalmak isterken yumurta May'in ellerinde açılır. Manaphy, yumurtadan çıktığında ilk kimi görürse onu annesi olarak görmektedir ve nitekim May'i annesi olarak görür. Su insanları ve kahramanlarımız Phantom'un elinden kaçmayı başarırlar.
Su İnsanları ilginç bir tünele girerek yolculuklarına başlarlar. Bu tünel çok eski zamanlara aittir ve bir labirenti andırmaktadır. Phantom da onların peşine düşer ve hazırlıklıdır.
Yolculuğun gemi kısmında Ash ve arkadaşları ayrılmak zorunda kalır fakat Manaphy, May olmadan gitmeyi reddeder. Heart Swap atağı yaparak Ash ve Jackie'nin ruhlarını değiştirir. Böylece biraz da mecburi olarak kahramanlarımız büyük yolculuğa katılırlar.
Bu yolculuk sırasında May ve Manaphy birbirlerine çok yakınlaşırlar. Manaphy konuşmaya başlar. May ile Manaphy'nin bu yakınlaşması Jackie'yi rahatsız etmektedir. Çünkü yakında Manaphy ondan ayrılmak zorunda kalacaktır. Bunu duyan May, aslında bildiği halde yine de çok üzülür.
Su insanları ay tutulmasını beklemektedir. Ay tutulması ile birlikte Samaya ortaya çıkacaktır. Tapınağın nerede olduğunu kimse bilmemektedir. Sadece Manaphy yolu iç güdüsel olarak bilmektedir. Bu nedenle o nereye isterse oraya gitmektedirler. Denizin Prensi olan Manaphy, uzun bir yolculuğun sonunda Samaya'yı bulur. Ayın tutulması ile birlikte tapınak görünür hale gelir. Samaya dev bir deniz kabuğuna benzemektedir. Su insanları ve kahramanlarımız tapınağa çıkarlar. Manaphy evine geldiği için çok mutludur. Fakat Phantom da onların peşindedir ve tapınağa ulaşır. Deniz Tacı'nın sütunlarını yerinden söktüğü anda tapınağı koruyan kalkan kaybolur ve tapınak batmaya başlar. Herkes oradan uzaklaşmaya çalışırken Ash, May, Pikachu ve Manaphy orada kapan kısılır. Ash'in tek bir seçeneği vardır, o da tapınağı kurtarmakdır.
Ash, May, Manaphy ve Pikachu'yu bir kapsüle hapseder ve tapınak su altında kalmadan Deniz Tacı'nın sütunlarını tekrar yerine koymaya çalışır. Bu sırada boğulma tehlikesi geçirir. Manaphy'nin efsanevi gücü ile tekrar kendine gelir ve sütunları yerleştirir. Sütunların yerleşmesi ile birlikte tapınak yüzeye çıkar. Ash, sarı bir kalkanla kaplanmıştır. Phantom'un Manaphy çalıp götürmesi ile ortaya çıkar. Su insanları onu Denizin Kralı olarak adlandırırlar. Ash tapınağı kurtararak Denizin Kralı olmuştur. Ash, Manaphy'yi Phantom'un elinden kurtarır. Ama Phantom'un dev gemisi supersonik dalgalar yayarak tüm Pokémonları etkiler. burada Denizin Prensi Manaphy ortaya çıkar ve efsanevi gücünü kullanarak tüm Pokémonları kurtarır. Pokémonlar ve efsanevi Pokémon Kyogre, Phantom ve gemisini yok ederler. Böylece tapınak ve Pokémonlar kurtulmuş olur.
May, gerçekten çocuğu gibi sevdiği Manaphy'den ayrılırken duygusal anlar yaşar fakat o da farkındadır ki Manaphy denizlere aittir.