Stand Alone Kompleksi, 2030 yılında kurgusal Japon şehri New Port'ta geçer. Hikaye, eski askeri görevliler ve polis dedektiflerinden oluşan bir özel harekat görev gücü olan Kamu Güvenliği Bölüm 9 üyelerini takip ediyor. Manga, Bölüm 9'un araştırdığı bireysel vakaların yanı sıra seri katil ve hacker hakkında sadece "Gülen Adam" olarak bilinen daha ciddi bir soruşturma sunuyor.