Honduras’a ilk yerleşenlerin M.Ö. 2000 yıllarında Mayalar olduğu ileri sürülmektedir. Honduras’ın batı bölgesindeki kalıntılar ve birleşmiş üç merkezdeki (Copan-Honduras, Tazumal-el Salvador, Qurigua-Guatemala) işâretler bunu doğrulamaktadır. 26 Haziran 1497’de İspanyollar Camerun burnuna çıktılar. 14 Ağustos 1502 yılında Cristof Colom, Cape Gracias a Dios bölgesini buldu. Yerli kabîlelerin hâkimiyeti altında bulunan Honduras’ın ele geçirilmesi işi 1524 yılında Meksika’yı alan Hernan Cortes tarafından Cristobal de Olid’e verildi. Fakat Cristobal de Olid isyân edince 1525 yılında Cortes tarafından öldürüldü. Fakat bu sefer yerli kabîlelerle mücâdele başladı. Kabîlelerin reisi Lempira (sonra para birimine isim olarak verildi) daha şiddetli mukâvemet gösterdi. Gümüş ve diğer mâdenler bakımından zengin bir memleket olan Honduras bir müddet biri Tegucigalpa, diğeri Comayagua olmak üzere iki vâlilik hâlinde kaldı.
On altıncı yüzyılda korsanların saldırıları ve Afrika zencilerinin istilâları başladı. 1740 yılında zenciler İngiliz Hondurasını kurdu. Honduras 1821 yılında İspanyol egemenliğinden kurtuldu.
Bir müddet Meksika’da gelişen Agustin de Hurbide’nin rejimi altında kaldılar. 1821 yılında Hurbide İmparatorluğunun yıkılması üzerine Orta Amerika Federasyonuna katıldılar. 1827 yılında başşehir Comayagua yerine Tegucigalpa îlân edildi. Federasyon dağılınca 26 Ocak 1838 yılında tam bağımsızlığını kazandı.
Honduras Roma Katolikliği ve İspanya aristokrasisi tesiriyle politik bölünmelere uğramaya başladı. Tegucigalpa liberal parti ve Comayagua da muhâfazakar partinin merkezi hâline geldi. Bu bölünme komşu devletlerde de mevcut idi.
Guatemalalı diktatör Rafeal Carrear 1844-1865 yıllarında liberalleri idâresi altına aldı. 1849-1863 yılları arasında Honduras, El Salvador ve Nikaragua üçlü konfederasyon kurmuşlardı. Daha sonra İngilizler, Honduras’ın kereste ticâretine el atarak, San Jan Nehrinin ağzını işgâl ettiler. Cleyton-Bulwer antlaşması yapıldı. 1859 yılında İngiltere Moskito bölgesi için Honduras ile bir antlaşma daha yaptı. 1871-1874 Guatemala ve El Salvador harplerinden sonra önce Ponciano Leiva sonra da Aurelio Soto başkan oldular.Soto, Honduras’a yenilikler getirdi.
1933 ile 1949 yılları arasında Tiburcio Carias başkanlığında bir diktatörlük kuruldu. Tarias 1949 yılında devrilerek Juan Manuel Gölvez başkan oldu. Bu dönemde yol, okul, tesis yapımına, içme suyu ve kanalizasyon sistemlerine ağırlık verildi. 1954 seçimlerini liberal Dr. Ramon Villeda kazandı. Birçok karışıklıklar sonunda 6 yıllık ilk başkan olarak seçildi. 1960’da Nikaragua ile olan toprak anlaşmazlığı İspanya Kralı Onüçüncü Alfonso hakemliğinde, Honduras’a Coca Nehri kuzeyindeki 15.600 km2lik arâzinin verilmesiyle sonuçlandı.
1965 yılında Albay Oswaldo Lopez başkan oldu. 1969 El Salvador harbinden sonra da, 1971 seçimlerini milliyetçi Roman Cruz kazandı. ABD’den Swan adaları devir alındı. Bu arada Fifi kasırgası büyük sıkıntılar getirdi.
1975 yılında Albay Juan Alberto Castro bir askerî darbe ile başa geçti. 1981’de sivil yönetime dönmek üzere seçimler yapıldı ise de ordu perde arkasında kalarak yönetim üzerindeki ağırlığını sürdürdü. Cördava’nın başkanlığı sırasında ABD ile ilişkiler daha da güçlendi. 1985 seçimlerinde anayasaya aykırı olarak en çok oyu alan partinin birinci gelen adayın başkan seçilmesi sistemi uygulandı ve Jose Azcona Hoyo başkan oldu. Hoyo 1987’de Kosta Rika’nın önderliğinde Orta Amerika Barış Plânını imzâlayarak ülke politikasını bir ölçüde değiştirdi. 1990 Ocak ayında yapılan seçimleri muhâlefetteki Ulusal Parti kazandı. Böylece 1932’den bu yana ilk defâ bir muhâlefet partisi seçimleri kazanarak iktidara gelmiş oldu.