Jupiter Jones dünyaya geldiğinde ileride sıra dışı olaylar yaşayacağına dair birçok işaret vardır. Aradan yıllar geçer ve artık genç bir kadındır. Bir gün genetik mühendislik ürünü eski asker Caine dünyaya iner, amacı ise Jupiter'i bulmaktır. Zira evrenin tek hakimi olan ölümsüz Kraliçe, çıkartılan genetik haritalara göre bu genç kadının kendi hükümdarlığının sonunu getireceğini düşünmektedir.