Bilimsel bir hipotezin nihai sınavı deneydir. Deneyin spesifik olarak anlamı, doğanın bir şeyler yapmasını beklememek, neyle bağlantılı olduğunu görmek için o şeyi pasifçe gözlemlemektir. Doğaya gider ve bir şeyler yaparsınız. Manipüle edersiniz. Bir şeyleri sistematik olarak değiştirir ve sonuçları, o değişikliğin noksan olduğu "kontrol" ile veya farklı bir değişiklikle karşılaştırırsınız. Deneysel müdahale inanılmaz önemlidir çünkü o olmadan, gözlemlediğiniz bir bağıntının nedensel bir öneminin olduğundan asla emin olamazsınız. Bu durum "kilise saati mantık hatası" ile örneklendirilebilir. İki komşu kasabanın kulelerindeki saatler saat başlarını vurmaktadırlar ama Aziz A kilisesinin saati Aziz B'ninkinden biraz daha ileridir. Bu durumu gözlemleyen Marslı ziyaretçi, Aziz A'nın saatinin vurmasını Aziz B'nin saatinin vurmasına neden olduğu sonucunu çıkarabilir. Biz tabii ki durumun iç yüzünü biliyoruz ama bu hipotezin tek gerçek sınavı, Aziz A'nın çanını deneysel olarak, saat başlarından ziyade, rastgele zamanlarla çalmak olacaktır. Marslının (elbette yanlışlanacak olan) tahmini, Aziz B'nin saatinin bu durumda da Aziz A'nınkinden hemen sonra vurcağıdır. Gözlemlenen bir bağıntının gerçekten de nedenselliğe işaret edip etmediğini sadece deneysel manipülasyon belirleyebilir.