Biyolojik çeşitlilik; toprak yapısının oluşumu ile sürdürülmesinde ve topraktaki nemi ve besin seviyesini tutmaya yardımcı olmaktadır. Bitki örtüsünün temizlenmesi ile biyolojik çeşitliliğin kaybedilmesi; toprağın tuzlanması, (toprağın taşkınlar veya aşırı sulama ile yıkanarak) besinlerin süzülmesi, minerallerin gecikmesi (laterisation) yüzeydeki erozyonun (toprak aşınmasının) hızlanması ve topraktan alınan verimin azalması süreçlerine katkıda bulunmaktadır. Diğer taraftan ağaçlar ise; yeraltısuyu seviyesini düşürür, yüzeydeki toprak katmanında biriken tuzları uzaklaştırır.
Biyolojik çeşitliliğin sürdürülmesi yoluyla gerçekleştirilen toprak koruma işlemleri; toprağın üretkenlik kapasitesini koruyabilir, toprak kaymalarını önleyebilir, sahil çizgisinin ve nehir kıyılarının güvenliğini sağlayabilir, siltasyon dip çökeltileri) nedeniyle kıyı balıkçılığı ve mercan kayalıklarının bozulmasını engelleyebilir.
Ağaçlar ve diğer bitki örtüsü; toprağın oluşumuna da ayrıca yardım etmektedir. Bu örtünün önemli bir katkısı ise; ince ipliksi köklerin çürümesi ile yeniden üretilmesi gibi mikrobik faaliyetleri kolaylaştıran işlemler ve bitki döküntüleri (parçalanmış yapılar) yoluyla organik maddenin ortama sunulmasıdır. Diğer bir katkı ise; kök sistemlerinin, suyun geççisine izin verecek şekilde toprakta/kayalarda oluşturduğu gözeneklerle yarattığı bir etki yoluyla olmaktadır. Kök sistemleri; köklerden emilme yoluyla mineral besinleri yüzeye doğru taşımaktadır. İnce ipliksi köklerin çürümesi ile oluşan organik madde; demir ve alüminyum gibi minerallerle birleşebilir. Bu şekilde, minerallerin bitki örtüsü üzerindeki zararlı etkileri de azaltılmış olur (Bkz, Referanslar: Attiwill et al., 1987) .