Viral filodinamik, epidemiyolojik, immünolojik ve evrimsel süreçlerin viral genomları şekillendirmek için nasıl hareket ettiğini ve potansiyel olarak etkileşime girdiğinin incelenmesidir.
Viral filodinamiğe ilişkin çalışmalar, aktarım dinamiklerinin viral genetik varyasyonu nasıl etkilediğine ışık tutmayı amaçlamaktadır.
SARS-CoV-2 bir konakçıdan diğerine her aktarıldığında, az sayıda rastgele nokta mutasyonu elde edilir. Bu mutasyonlar, viral filogenetik ağaç olarak adlandırılan, gelişen virüslerin dallanma yapısını anlamak için kullanılabilir. Viral dizi verilerinden çıkarılan filogenetik ağaçlar, bir salgının dinamikleri hakkında çok fazla fikir verebilir; bu, filodinamik adı verilen bir araştırma alanının odak noktasıdır.
Bununla birlikte, bu sıralama verilerinin farmasötik olmayan COVID yanıtının yararlı bir parçası olması için, filodinamik çıkarımın hesaplama maliyeti günler veya haftalar şeklinde olabileceğinden, mevcut filodinamik yazılım araçlarında önemli hesaplama iyileştirmelerine ihtiyaç vardır. Bu proje, bu modellerin gerçek zamanlı olarak çalıştırılmasını sağlamak için son gelişmeleri uygulamayı amaçlamaktadır.
SARSCoV-2’nin kalıtsal olarak şiddetli akut solunum sendromu benzeri (SARS benzeri) virüsleriyle bağlantılı olduğunu gösteren filogenetik ve genomik analiz, insanların kalabalık yerlerde etkileşimi ile bu salgın enfeksiyonun kaynağı olabileceğini göstermektedir. Bu analizler ile salgının gidişatını tahmin etmek mümkün olabilecektir.