İnflamatuar bağırsak hastalığının farklı seyir şekilleri vardır. Bir kısım hastada çok hafif şikayetler ile başlar ve uzun süre veya hayat boyu bu hafif şikayetlerle kalabilir. Bir kısım hastada ise acil ameliyat gerektirecek kadar bağırsak delinmesi gibi çok ciddi bağırsak tıkanıklığı gibi iltihap yoluyla başlayabilir.
Bu hastalara hızlı seyirli denebilir, çünkü çok ciddi bir iltihapla başvurabilir. O nedenle geniş bir spektrum vardır. Çok yavaş başlayıp yıllar içerisinde yerleşen bir hastalıkta olabilir, ani ameliyat gerektiren çok ciddi bir hastalık şeklinde de başlayabilir.
Ama zaman içerisinde yavaş yavaş tedavisiz kalan bütün hastalarda bir ilerleme olur.