Kamikaze pilotu Shikishima, hayatta kalmanın ağırlığı altında ezilirken, kendi ölümünü haksız yere defalarca atlatmış gibi hisseder. Sonunda Odo Adası'nda, birçok savaş uçağı mühendisi ile beraber aniden dev bir canavarın saldırısına uğrarlar. Shikishima, canavarın dikkatini dağıtmak için çabalasa da başarılı olamaz ve sonuçta mühendisler can verirler.
Shikishima, bu olayın ardından evine döndüğünde, evsiz bir kadın ve bebeğin evine yerleşmiş olduğunu görür. Bu durum, onun içinde zaten var olan suçluluk duygusunu daha da artırır ve onu derinden sarar. Artık hayatını bu olaylardan dolayı kendisinde oluşan bu yoğun duyguyu hafifletmeye adar.
Shikishima, dev canavarın yol açtığı bu felaketin sorumluluğunu hisseder ve artık kişisel bir görev üstlenmiş olur. Godzilla olarak bilinen bu korkunç canavarı nihayet mağlup etmek için mücadele eder. Bu uğurda, büyük bir gazi grubuyla işbirliği yapar ve birlikte Godzilla'ya karşı kararlı bir mücadele başlatırlar. Görevlerinin başarısı, sadece kendisinin değil, aynı zamanda tüm ada halkının da can güvenliği için hayati öneme sahiptir. Kendi içindeki suçluluk duygusunu hafifletmek ve ada halkını korumak için bu devasa canavarla savaşmak zorundadır.