Doğum tarihi tam olarak bilinmemektedir. Her ne kadar P. Gayangos kesin tarih vererek onun 432 (1040) yılında doğduğunu söylüyorsa da bu doğru değildir. Çünkü Ebû Ubeyd 487'de (1094) vefat ettiğinde seksen yaşının üzerindeydi. Ayrıca onun 443 (1051) yılında Kurtuba'ya (Cordoba) ilk gelişinde otuz yaşını geçmiş olduğu tahmin edilmektedir. Ebû Ubeyd'in doğum yeri hakkında da ihtilâf vardır. Ancak son araştırmalar onun Kurtuba'da değil İşbîliye'nin (Sevilla) batısında yer alan Şeltîş'te (Saltes) doğmuş olduğunu ortaya koymuştur.
Bekir b. Vâil'in soyundan geldiği için Bekrî nisbesiyle meşhur olan Ebû Ubeyd'in Endülüs'e yerleşen ataları ilimleri ve idarecilikleriyle temayüz etmişlerdi. Büyük dedesi Eyyûb b. Amr el-Bekrî önce mezâlim mahkemesi başkanlığı yapmış, daha sonra Âmirîler döneminde Velbe (Huelva) ve Şeltîş'e vali tayin edilmiştir. Ondan sonra bu görevi kardeşi Ebû Zeyd Muhammed üstlenmiştir. Ebû Ubeyd'in babası İzzüddevle Abdülazîz ise Endülüs Emevî idaresinin son yıllarında ortaya çıkan karışıklıklardan istifade ederek 403'te (1012) bağımsızlığını ilân etmiştir. 443 (1051) yılına kadar bağımsızlığını muhafaza eden İzzüddevle, bu tarihte mülûkü't-tavâifin en güçlüsü olan Abbâdîler'in Velbe'yi istilâ etmeleri, Şeltîş'i de 10.000 miskal altın karşılığında satın almaları üzerine, aralarında Ebû Ubeyd'in de bulunduğu aile fertlerini alarak Kurtuba'ya gitmiş ve Cehverîler'den Ebü'l-Velîd Muhammed b. Cehver'in himayesinde oraya yerleşmiştir.
Ebû Ubeyd Şeltîş'te başladığı tahsil hayatına, başta Kurtuba olmak üzere Endülüs'ün çeşitli ilim merkezlerinde devam etti. Bu sırada Endülüs'te mülûkü't-tavâif arasındaki ihtilâf ve savaşların sebep olduğu siyasî istikrarsızlığa rağmen ilmî ve kültürel hayatta son derece hareketli bir dönem yaşanmaktaydı. Zengin bir aileye mensup olduğu için kendisini sadece ilme veren Bekrî, Kurtuba'da ve Kurtuba dışında meşhur birçok âlimden ders aldı. Ancak hocalarından sadece birkaç tanesinin adı bilinmektedir. Bunlardan biri, "tarihçilerin sultanı" olarak nitelendirilen İbn Hayyân olup öğrencisinden övgüyle söz eder. Bilhassa Endülüs tarihi hakkında İbn Hayyân'dan geniş ölçüde faydalandığı anlaşılan Ebû Ubeyd, dönemin önde gelen âlimlerinden İbn Abdülber en-Nemerî el-Kurtubî'den fıkıh ve hadis okuyup icâzet aldı. Meriye'de (Almeria) bulunduğu sırada ise bir taraftan Emîr Mu'tasım b. Sumâdıh'ın himaye ve desteğine mazhar olurken diğer taraftan İbnü'd-Delâî diye tanınan Endülüslü meşhur coğrafyacı Ebü'l-Abbas Ahmed b. Ömer el-Uzrî ile görüşerek coğrafya bilgisini arttırdı.
Ebû Ubeyd el-Bekrî, aşırı derecede kitap toplama ve okuma meraklısı bir kimse olarak da temayüz etmiştir. Kaynaklar, onun çok sayıda kitap toplayıp okuduğunu ve bunları bez kılıflar içinde sakladığını belirtmektedir. Her ne kadar fıkıh ve hadiste icâzet almış, şiir, edebiyat ve hatta botanikle ilgilenmişse de coğrafyaya daha fazla zaman ayırmıştır. Kendisinden önceki ve sonraki birçok coğrafyacıdan farklı olarak seyahat etmemiş ve Endülüs dışına çıkmamıştır. Bununla beraber eserlerindeki coğrafî mâlûmat son derece zengin, ayrıntılı ve doğrudur.
Bekrî, Endülüs'te daha sonra meşhur olacak birçok kimseye hocalık yapmıştır. Bunlar arasında, edebiyat ve kitâbet alanlarında temayüz eden ve bir süre vezirlik de yapan Ebû Bekir Muhammed b. Abdülmelik el-Lahmî, Ebû Tâlib Abdülcebbâr b. Asbağ el-Kureşî, Sa'd b. Ahmed b. Abdülber ve kendi adını ve künyesini taşıyan bir torunu sayılabilir.
Ebû Ubeyd, zekâsı ve ilmî kapasitesi sayesinde Endülüs'ün meşhur ulemâsı arasına girmiştir. Abbâdîler'in son emîri Mu'temid b. Abbâd'ın, Tuleytula'nın (Toledo) istilâsından sonra Kastilya Krallığı'nın artan baskılarına karşı Endülüs'e yardım etmesi için Murâbıt Hükümdarı Yûsuf b. Tâşfîn'e gönderdiği elçilik heyetinde Bekrî de yer alıyordu. Merakeş'ten döndükten sonra bir süre İşbîliye'de oturan Bekrî, Murâbıtlar'ın Kurtuba'yı yeniden Endülüs'ün idarî merkezi haline getirmelerinin ardından buraya yerleşti ve 487 Şevvalinde (Ekim 1094) vefat etti.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi