Sultan Üçüncü Mehmed 26 Mayıs 1566'da Manisa'da doğdu. Babası Sultan Üçüncü Murad, annesi Safiye Sultan. İsmini, Fatih Sultan Mehmed'e benzemesi için, büyük dedesi Kanuni Sultan Süleyman koydu. Çok kuvvetli bir ilim tahsili yaptı ve Tacüt-Tevarih yazarı Hoca Sadeddin Efendi'den dersler aldı. Sultan Üçüncü Mehmed, 1583'te Manisa sancakbeyliğine tayin edildi. 1595 yılının Ocak ayına kadar görev yaptığı Manisa'dan, babasının ölüm haberi üzerine hareket ederek, 27 Ocak 1595 tarihinde geldiği İstanbul'da Osmanlı tahtına oturdu.
Üçüncü Mehmed'in babası Sultan Üçüncü Murad vefat ettiğinde Osmanlı-Avusurya savaşları devam ediyordu. Sultan Üçüncü Mehmed de tahta çıkar çıkmaz Avusturya ve Eflak sorunlarıyla ilgilendi. 1595 yılında Avusturya kuvvetleri Estergon Kalesi'ni kuşatmışlar, 40 km uzakta olan Mehmed Paşa Estergon kalesine yardıma gitmemişti. Hiçbir yardım alamayan Estergon Kalesi 2 Eylül 1595'te kahramanca direnmesine rağmen, sayıca üstün olan Avusturyalılara teslim olmak zorunda kaldı.
Sinan Paşa, Eflak Prensi Mihai Viteazul üzerine seferler düzenledi. Osmanlı kuvvetleri Bükreş ve Tergovişte'yi ele geçirdiler. Fakat çok geçmeden Mihai karşı saldırıya geçti ve Osmanlı kuvvetleri geri çekilmek zorunda kaldı. Bu sırada bataklıklara düşen Osmanlı askerlerinin büyük bir kısmı şehit oldu. Daha sonra Tuna'dan karşı kıyıya geçilirken gerekli önlemlerin alınmamasından dolayı yeni bir saldırıya maruz kalan Osmanlı akıncıları çok büyük kayıplar verdi.
Durumun kötüye gittiğini anlayan Sultan Üçüncü Mehmed devlet büyüklerini toplayıp sefere çıkma ya kara verdiğini açıkladı ve 20 Haziran'da ordu hareket etti ve kuşatılan Eğri Kalesi 12 Ekim 1596'da padişaha teslim edildi.Estergon Kalesinin düşmesinden sonra Tuna kıyısındaki Vişegrad da düşmanın eline geçti. Birçok önemli kale ve şehirlerin kaybedilmesi İstanbul'da devlet erkanı ve yeniçerilerin tepkisine neden oldu. 20 Haziran'da ordu hareket etti ve kuşatılan Eğri Kalesi 12 Ekim 1596'da padişaha teslim edildi.
Eğri Kalesi'nin fethinden sonra, Osmanlı birlikleri ilerleyerek 15 Ekim 1596 günü Haçova'da Avrupa ordusuyla karşılaştı. Avusturya Arşidükü Maxmilien komutasındaki düşman kuvvetleri ile yapılan savaşta Osmanlı birlikleri, düşman birliklerinin tüfek atışlarına maruz kaldı. Pek çok asker şehit oldu.
Ordu merkezinin ele geçirilip padişahın ayrıldığı haberi yayıldı. Ancak bu gelişmelerden haberi olmayan akıncılar canla başla savaşa devam etti. Yalnızca bu akıncı birliklerinin mücadelesi bile düşman ordusunun dağılmasına yetti ve 26 Ekim 1596 yılında kazanılan Haçova Zaferi ile Osmanlılara Viyana yolu açıldı.
Haçova Savaşı'ndan sonra Sultan Üçüncü Mehmed İstanbul'a döndü. Avusturya Cephesi'ne atanan Satırcı Mehmed Paşa Tata Kalesi'ni geri almayı başardı ancak Budin'in kuzeyindeki Vaç bölgesinde düşman kuvvetleri karşısında başarılı olamadı. Bu arada Avusturya temsilcileri ile bir barış antlaşması yapılmaya çalışıldıysada, olumlu bir sonuç alınamadı. Bir süre sonra Avusturya kuvvetleri Kanuni Sultan Süleyman zamanında fethedilen Yanıkkale'yi (Raab Kalesi) ele geçirdiler.
Satırcı Mehmed Paşa'nı iki yıl boyunca hiçbir askeri başarı kazanamaması ve bazı Osmanlı kalelerinin Avusturyalıların eline geçmesi üzerine, Sadrazam Damat İbrahim Paşa ordunun başına geçti ve Belgrad'a geldi. Bu sırada Avusturya barış istemişti.
Belgrad'da kışı geçiren Damat İbrahim Paşa, Kanije Kalesi'ni kuşatıp sıkıştırmaya başladı. Kuşatma devam ederken, kale içinde esir olan Türklerin canlarını feda etmek uğruna havaya uçurdukları barut deposu kalenin harap olmasına yol açtı. Ancak yine de teslim olmayan Kanije Kalesi'nin yardımına bu seferde Philippe Emmanuel komutasındaki 20.000 kişilik bir ordu geldi. İki ateş arasında kalan Osmanlı ordusu kahramanca savaşmaya devam etti. Yardıma gelen düşman ordusunun geri çekilmesi üzerine, 40 gün süren bir kuşatmadan sonra Kanije teslim oldu.
Beylerbeyliğin merkezi Kanije'ye alındı, Kanije Beylerbeyliği Tiryaki Hasan Paşa'ya verildi. Sultan Üçüncü Mehmed, bu başarısından dolayı 10 Eylül 1601 yılında Damat İbrahim Paşa'ya kendisi padişah olarak yaşadığı sürece sadrazamlıkta kalacağı vaadinde bulundu . Kanije kalesini geri almaya çalışan Arşidük Ferdinand, Kanije'yi büyük bir orduyla kuşattı. Tiryaki Hasan Paşa komutasındaki az sayıda asker iki aydan fazla kaleyi korudu. Yiyecek içecek malzemesi ve cephanesi tükenmeye başlayan 18 Kasım 1601 yılında Osmanlı kuvvetleri beklenmedik bir çıkışla kendisinden kat kat üstün görünen düşman ordusunu Kanije kalesi önünde yendi
İran Şahı I. Abbas, Osmanlı Devleti'nin Avusturya ile savaş halinde olmasını fırsat bildi. Ferhat Paşa Antlaşmasıyla kaybettiği toprakları geri almaya çalışan İran, Osmanlı Devleti'nde çıkan Celali isyanlarından da yararlanmaya çalışarak 25 Ağustos 1603'te savaş açtı.
Şah Abbas Tebriz'i ve Erivan'ı aldı. İran ile savaş devam ederken III. Mehmed 38 yaşında vefat etti.