Omicron'u Keşfeden Botsvana Laboratuvarı
Değişken bulan araştırmacılar, Afrika ülkelerine seyahat yasaklarının bilimsel şeffaflık için bir ceza gibi göründüğünü söylüyor.
Sikhulile Moyo'nun üzüntüyle "Omicron Günü" dediği gün, herhangi bir normal gün gibi ya da küresel bir koronavirüs pandemisinin ortasında bir tıbbi virolog için olabilecek en normal gün gibi başladı.
O 19 Kasım Cuma sabahı, 48 yaşındaki Zimbabweli her zamanki gibi karısı ve çocukları ile dua etti, biraz mısır gevreği yedi ve ardından Botswana'nın başkenti Gaborone'da trafiği geçmek için yarıştı.
Girişken laboratuvar müdürü işe giderken bazen kendi müjde kayıtlarını çalardı, ama o sabah Ganalı bir papazı ve motivasyon konuşmacısını dinledi.
Botsvana Harvard HIV Referans Laboratuvarı'nda (BHHRL), Dr Moyo ve ekibi, laboratuvar koordinatörü Dr Dorcas Maruapula'nın gece boyunca bıraktığı ve tümü Covid pozitif örneklerden alınan PCR testlerini kontrol etti.
Haftalık rutinlerine göre, araştırmacılar daha sonra avuç içi boyutunda bir MinION sıralayıcı kullanarak örneklerden çıkarılan nükleik asidi (virüsün genetik materyalini oluşturan moleküller) işlediler. Cihaz, ekibin virüs bulaşırken herhangi bir evrimsel değişikliği aramasını sağlayan gerçek zamanlı olarak tam genetik veri dizileri üretir.
Zimbabwe'den bir biyoinformatikçi olan 31 yaşındaki Harika Choga, USB bağlantılı Minion genom dizilerini çıkarırken, her zamanki kahvesi hazırken bilgisayara göz kulak oldu.
Ancak o günün ilerleyen saatlerinde ekip eve gitmeye hazırlanırken garip bir şey oldu.
"Daha önce hiç görmediğimiz çok tuhaf desenler gösteren dört dizi vardı. Dr Moyo, artan endişe duygularını hatırlatarak, kalbimde çok fazla duygu hissettim” diyor.
Bilgisayarda, orijinal SARS-CoV-2 virüsüne karşı örneklerin genetik kodundaki uyumsuzluklar, çok renkli harflerden oluşan satırlarda işaretlenmişti.
Tutarsızlıklar o kadar büyüktü ki Dr Moyo bir tür hata olduğundan endişelendi. Ancak ekip kapsamlı kalite kontrolleri yaptıktan sonra yine de aynı sonuçlara ulaştı.
Choga, "Botswana'da hiç böyle bir soy görmediğimiz için bu bizim için oldukça endişe vericiydi," diye ekliyor. "Ağır mutasyona uğramış."
Virüsün insan konakçı hücrelerindeki reseptörlere bağlanan spike proteininde en az 30 mutasyon ve toplamda 50'den fazla - bugüne kadarki diğer varyantlardan çok daha fazla - endişe verici bir bulguya işaret etti.
Dr Moyo, uzun süredir birlikte çalıştığı laboratuvarın diğer kıdemli bilim adamı Dr Simani Gaseitsiwe'ye danıştı ve "bütün hafta sonu çalıştıktan" sonra, sonuçlarını bilinen diğer varyantlarla çapraz referanslamak için Pazartesi sabahı olağandışı diziyi Botsvana Sağlık Bakanlığı'na bildirmeye karar verdi.
Numunelerin 11 Kasım'da COVID-19 için pozitif test eden diplomatları ziyaret eden dört yabancı uyrukludan geldiğini doğruladılar. Yetkililer, diğer ülkeleri damgalamaktan kaçınmak istediklerini söyleyerek diplomatların nereden seyahat ettiğini doğrulamadı, ancak Botsvana cumhurbaşkanı CNN ile en azından bazılarının “Avrupa'ya gitmiş” olduğu bir röportaj.
Kısa bir süre sonra, Dr Moyo yeni genetik verileri, dünya çapındaki laboratuvarların genom dizilerini hızla paylaşmak için kullandığı popüler bir açık erişim veritabanı olan GISAID'e yükledi. Bu arada, Güney Afrika ve Hong Kong'da paralel olarak çalışan bilim adamları da daha sonra B.1.1.529 olarak adlandırılan ve ardından “Omicron” olarak adlandırılan yeni varyantı diziliyorlardı.