Apple, iOS 10'la birlikte gelen uygulamaları kaldırmanın mümkün olacağını destek sayfasında doğrulamıştı. Ancak firmanın bahsetmediği bir detay, bu uygulamaları gerçekten silmenin mümkün olmadığı, sadece simgelerini giriş ekranından kaldırmanın mümkün olduğuydu.
iOS 10'la ön-yüklü olarak gelen herhangi bir uygulamayı kaldırdığınızda, uygulamanın yapılandırma bilgilerini ve ona verdiğiniz tüm verileri kaybetmiş olacaksınız. Ancak uygulamaya ait ikili (binary) veriler, Apple'a göre sisteminizde saklanmaya devam edecek.
Tüm bunlar Apple'ın stok uygulamalarından nefret edenleri kızdırabilir. Ancak Apple, ön-yüklü uygulamaların toplamda 150MB'tan az yer kapladığını söylüyor; yani bu uygulamalar depolama alanının çok az bir bölümünü kaplıyor. Bununla birlikte sildiğiniz uygulamaları tekrar kullanmak isterseniz, dosyalar cihazınızda olmasına rağmen, onları iTunes'tan tekrar yüklemeniz gerekiyor.
Apple'ın ön-yüklü uygulamaları cihazdan tamamen kaldırmamasının bir nedeni var. Bu uygulamaların kaldırılması halinde sistemde bazı uyumsuzluklar oluşabiliyor. Örneğin Watch uygulamasını bir saatle eşleşmiş durumdayken kaldırırsanız, iOS öncelikle saatle olan eşleşmeyi kaldırmanızı istiyor. CarPlay uygulamasını kaldırmanız halinde ise onu Müzik uygulamasıyla kullanamıyorsunuz. Benzer şekilde hava durumu uygulamasını kaldırmanız, hava durumu uyarılarını görmeyeceğiniz anlamına geliyor.