Kurumsallaşmış politik yapının dışında daha fazla vatandaşın kendini sisteme dahil hissetmesini, seslerini duyurabilmelerini, toplumun işlemesinde daha etkin ve gönüllü bir rol alabilmelerini sağlayan Sivil Toplum Kuruluşları demokratikleşmenin simgesidir. Günümüzde gittikçe artan bir öneme sahip olan bu örgütlerin sayısı ülkelerin gelişmişlik düzeyleriyle doğru orantılıdır. Öyle ki Rusya'da 400.000'i aşan örgüt sayısı Hindistan'da 1 milyonu, Amerika'da ise 2 milyonu geçmektedir.
Son derece aktif bir şekilde bugün Amerika'da devlet politikasını şekillendirir hale gelen sivil toplum yapısı hiç şüphesiz ülkede sayısı 7 milyonu bulan Müslüman azınlık için de kendilerini ifade biçimi haline gelmiştir. Politikadan sosyal yardımlaşmaya kadar çeşitli alanlarda faaliyet gösterip üyelerinin toplumsal hareketlere daha etkin biçimde katılmalarını sağlayan Amerikalı Müslümanlar tarafından yürütülen sivil toplum örgütlerinin başlıcaları şunlardır:
ISNA (Islamic Society North America)
Amerika'ya 1960'larda göç eden Müslümanlar tarafından 1981 yılında kurulan Kuzey Amerika Müslüman Topluluğu, ülkede İslam'ı doğru temsil etmeyi ve Müslüman nüfusun ihtiyaçlarını dile getirmeyi hedefleyen ortak bir platform niteliğindedir. Merkezi Amerika'nın Indianapolis şehrinde olan ISNA, Müslüman Mühendisler Derneği, Müslüman Doktorlar Derneği, Müslüman Öğrenciler Derneği gibi birçok küçük sivil toplum örgütünü içine alan şemsiye bir kuruluş.
Düzenlediği imam ve lider yetiştirme programları ile yerel konferanslar dışında senelik ulusal kongresiyle Amerika'da 30.000'i aşan, rekor sayıda Müslümanı bir araya getirmesiyle dikkati çeken ISNA'nın başkanı Prof. Dr. Ingrid Mattson'dır.
CAIR (Center for American Islamic Relations)
Amerikan-İslam İlişkileri Konseyi anlamına gelen CAIR, 1994 yılında kurulmuş olup Kuzey Amerika'da yaşayan Müslümanların sivil haklarını savunan en önemli sivil toplum örgütlerinden biridir. Merkezi Washington D.C'de bulunan ve başkanlığını Nihad Awad'ın yaptığı CAIR, misyonunu "Müslümanların sivil haklarını korumak ve İslam'ın anlaşılmasını desteklemek" olarak belirlemiştir. Bu amaçla birçok Amerikalı Müslümanın hukuki olarak haksız yere taciz edilmesine karşı ulusal kampanyalar yürütmektedir. Bu süreçte medyayı oldukça etkin bir şekilde kullanmaktadır.
CAIR, başta Amerikan Sivil Özgürlükler Derneği, Amnesty International, İspanyol Birliği, Çinli Amerikalılar Derneği, Japon Amerikalı Vatandaşlar Ligi olmak üzere benzer sivil haklar üzerine yoğunlaşan diğer sivil toplum örgütleriyle işbirliği halinde çalışmaktadır.
CAIR'in faaliyetleri çok çeşitlidir; Amerikalı Müslüman toplumu üzerinde araştırmalar yapıp istatistikler yayınlar ve dinler arası diyalog üzerinde çalışır. 11 Eylül'den sonra oluşturduğu "kütüphane projesi" ile Amerika'daki devlet kütüphanelerine İslam ile ilgili eğitim kitapları ve kasetleri dağıtmıştır. Ayrıca İslam'ın masumlara karşı şiddeti kesin olarak yasakladığını açıklayan bir fetvanın yayınlanmasına önayak olmuştur. "Kuran'ı Keşfedin" kampanyası ile ise ilgili her Amerikalıya birer kopya Kur'an dağıtıp toplum içinde anlaşılmasını kolaylaştırmayı hedeflemiştir. 2006 yılında patlak veren karikatür krizi sırasında da CAIR'in tepkisi "Hz. Muhammed'in hayatını keşfedin" başlıklı eğitsel bir program başlatıp siyer ile ilgili DVD'leri aynı sene içinde yaklaşık 16.000 kişiye dağıtmıştır.
CAIR ayrıca Amerikan Başkanlık seçimlerinde Müslümanların oy kullanmalarını sağlamak üzerine çeşitli bilinçlendirme çalışmaları da yapmaktadır.
ICNA (Islamic Circle of North America)
Kuzey Amerika İslami Dairesi anlamına gelen ICNA, Amerika'daki en büyük üçüncü Müslüman sivil toplum örgütüdür. Kendini " herkese açık, bağımsız bir sivil toplum örgütü" olarak tanımlamasına rağmen üyelerinin çoğunu göçmen Müslümanlar oluşturmaktadır. Merkezi New York şehrinde bulunan organizasyon birçok bağımsız caminin birleşmesi ile oluşmuştur. Amacını "Kur'an ve Sünnet'te belirtildiği üzere İslami hayat biçimini uygulayarak Allah'ın rızasını kazanmak" olarak açıklayan ICNA, bireyi İslami hedefler doğrultusunda şekillendirip toplumda reform yapmayı hedefler. Ayrıca ‘Message International" isimli aylık bir yayın organı vardır.
ICNA'nın en önemli tebliğ faaliyetlerinden biri gayrimüslimler için geliştirdikleri 1-877-WhyIslam isimli projedir. Ücretsiz telefon hattının ucunda 7 gün 24 saat bekleyen operatörler, merak edenlere İslam ile ilgili çeşitli bilgileri vermektedir. Aynı zamanda İslam üzerine çeşitli tebliğ malzemelerini camilere, medyaya, hapishanelere ve üniversite kampüslerine dağıtmaktadırlar. "İslam - Bilmeyi hak ediyorsunuz" başlığı altında genel toplumun İslam'la ilgili soru işaretlerini cevaplamayı hedefleyen bu malzemelerin ana başlıkları arasında "İslam'ın 5 şartı", "İbadetin Esasları", "Allah kavramı" vardır.
MSA (Muslim Student Association)
Kanada ve Amerika'daki Müslüman Öğrenci Birlikleri hemen hemen her büyük üniversitede yer alıp farklı ülkelerden ve kültürlerden Amerika'ya gelmiş Müslümanlara dinlerini okul kampüslerinde özgürce yaşama fırsatı veren bir kuruluş. ISNA ile organik bir bağlantısı olan MSA'ler 1963 yılında Amerika'ya gelen ilk Müslüman göçmen öğrenciler tarafından kurulmuştur.
İslam karşıtı kampanyalara karşı gayrimüslim öğrencilere İslam'ı doğru biçimde tanıtmaya çalışan MSA'ler bu amaçla kampüslerde çeşitli paneller düzenlerler. Bunların başında "İslami Farkındalık Haftası" ve "Önyargı değil, Barış..." organizasyonları gelir. "Şehir İçi Projesi" ile ise kendi şehirlerindeki sokaklara inip din farkı gözetmeden ihtiyaç sahibi insanlara yardım eli uzatırlar.
Ayrıca farklı bölgelerin MSA'leri kendi aralarında kaynaşmayı sağlamak üzere yerel ve ulusal kongreler düzenlerler; MSA ulusal kongresi, ISNA ulusal kongresi ile aynı mekan ve zamanda yapılmaktadır. ISNA'nın desteğiyle MSA seviyesinde başlayan Amerikalı Müslüman liderler yetiştirme amacı güdülmektedir.
IANA (Islamic Assembly of North America)
Kuzey Amerika İslam Kurulu anlamına gelen IANA, Amerika'nın en önde gelen Müslüman organizasyonlarından biridir. Hedefleri arasında "Kuzey Amerika'daki çeşitli dava temelli organizasyonların çabalarını birleştirmek ve koordine etmek ve bu toprakların Müslümanlarına rehberlik edip bu insanları doğru bir İslami metodolojiye bağlı olmaya yönlendirmektir." Hedeflerini gerçekleştirmek için, kongreler ve genel toplantılar düzenlemektedir. 11 Eylül sonrası Almaghrib Ensitütüsü adıyla Müslümanlara yönelik İslami bilimlere dair eğitsel seminerler düzenlemeye başlamıştır.
IMAN (Inner-City Muslim Action Network)
Şehir İçi Müslüman Faaliyet Ağı anlamına gelen bu örgüt Amerika'nın önde gelen Müslüman yardım kuruluşlarından biridir. Amacını "şehrin yoksul kesimindeki hayatın zor koşullarına dinamik ve sağlam bir alternatif oluşturmak amacıyla toplumda mevcut olan büyük olanaklara ve fırsatlara yönelmek" olarak tanımlayan IMAN, İslam dinini anlamayı; insanlığın daha iyiye gitmesi için bireyleri ve toplulukları çalıştırmaya yönelik daha büyük bir sürecin parçası olarak görmektedir.
IMAN 1995 yılında Chicago'da kurulmuş ve 1997 yılında şehir içi yoksulluğun ve terk edilmişliğin mevcut belirtilerine tepki veren Müslüman öğrenciler, topluluk üyeleri ve liderler tarafından kurumsallaştırılmıştır. IMAN organizasyonu toplum hizmetinin manevi idealleri, sosyal eşitlik ve insani merhamet tarafından yönlendirilen bir topluluk organizasyonu oluşturmaya çalışmıştır.
"Sokaklara Taşımak" başlıklı projesiyle sosyal adalet uğruna binlerce Chicago'lu Müslümanı meydanlara toplayan örgüt, sosyal hizmet kurumlarıyla dini organizasyonlar arasında beraberlik gerçekleştirip ceza hukukunun reformu için devlet temsilcilerine baskı yapmıştır. Aynı organizasyon, Amerika'nın çeşitli yerlerinden gelen Müslüman ressam, artist ve aktivistlerin sunumlarına ve gösterilerine ev sahipliği yapmıştır. Yine aynı amaçla "Müslüman Koşusu" düzenlemişlerdir. "Göçmen Müslüman hakları" üzerinde çalışan çeşitli komiteler kurmanın yanı sıra, aş evi, sağlık klinikleri ve kariyer geliştirme merkezleri ile toplumun ihmal edilmiş bireylerine yeni fırsatlar tanımaktadırlar.