836 yılında Malta Takımadaları'na akın etmeye başlayan Kuzey Afrikalı Araplar, 869 yılında neredeyse adayı ele geçirmeyi başarmışlardı ama Bizanslılar tarafından geri çekilmek zorunda bırakıldılar. Ancak Sicilya'nın hemen yanından filolarını göndererek Hıristiyan kuvvetlerinin üstesinden gelmeyi başardılar ve adalar 870 yılında Arapların eline geçti.
Arapların yaklaşık iki yüzyıl boyunca Malta'da sürdürdükleri hakimiyetleri süresince geliştirdikleri yeni tarım ve sulama sistemleri, pamuk ve narenciye gibi ürünlerle adaya refah ve huzuru getirmiştir. Fakat Arap hakimiyetinden kalan en temel miras, kökleri bakımından Arapça'ya çok yakın olan Maltaca'dır. Bu etki Malta ve Gozo'daki pek çok kasaba ve köyün isminde de görülmektedir: Mdina, Mqabba, Ghajnsiele, Rabat, Xaghra, Zejtun ve Zurrieq.
Arap egemenliği 1090 yılında Normanların istilası ve adayı fethetmesiyle sona ermiş ancak Arap kültürünün etkileri 13. yüzyılın sonlarına kadar devam etmiştir. Norman dönemi nispeten kısa sürmüştür ve bu dönemden sonra Malta ardarda gelen çeşitli devletlerin egemenliği dönemine girmiştir: Almanlar,Fransızlar ve İspanyollar. Bunların tamamı 1530 yılında St.John Şövalyelerinin adaya gelmeleriyle son bulmuştur.