Mahajanga, Afrika kıtasına bağlı ada konumunda olan Madagaskar devletinde bir şehirdir.
Şehir ülkenin kuzeybatı kesiminde Boeny bölgesi içerisinde yer almaktadır. Şehirde 2013 tahmini verilerine göre 220.600 nüfus yaşamaktadır. Mahajanga ülkenin başkenti Antananarivo'unu yaklaşık olarak 570 km kuzeybatısında yer almaktadır.
Şehrin ismi Malgaşça'da çiçekler şehri anlamına gelmekte olup, Madagaskar'ın en büyük ikinci limanına sahiptir. Mahajanga, 2004 yılında yaşanan şiddetli fırtınalarda Komorlar ile birlikte önemli oranda zarar görmüştür.