Pestisitler doğaları gereği insanlar dahil diğer organizmalar için potansiyel olarak toksiktir ve güvenli bir şekilde kullanılmaları ve uygun şekilde atılması gerekir. Diklorodifeniltrikloroetan (DDT) ve lindane gibi daha eski, daha ucuz (patent dışı) pestisitlerin çoğu yıllarca toprakta ve suda kalabilir. Bunların ekosistemin daha büyük bölümleri üzerinde olumsuz etkileri vardır ve besin zincirinde birikebilir.
Genel popülasyon, yiyecek ve su yoluyla düşük seviyelerde pestisitlere maruz kalmaktadır ve bunlar tipik olarak endişe kaynağı değildir. Olumsuz sağlık etkileri riski daha yüksek olan kişiler, tarım işçileri gibi doğrudan pestisitlerle çalışanlar ve pestisit uygulandığında yakın bölgede bulunanlardır. Pestisit uygulamasına dahil olmayan kişiler, kullanım sırasında ve hemen sonrasında alandan kaçınmalıdır.
Tüketilen gıdalar özellikle maksimum kalıntı limitleri ile pestisit yönetmeliklerine uygun olmalıdır.
Tüketiciler, meyve ve sebzeleri soyarak veya yıkayarak pestisit kalıntılarını daha da sınırlayabilir, bu da zararlı bakteriler gibi diğer gıda kaynaklı tehlikeleri azaltır.
Gıdalarda pestisit kullanımının zararları nedeniyle gıda ürünlerinde pestisit analizi yapılmaktadır. Pestisit analizi akredite laboratuvarlarda gerçekleştirilmelidir.