AİHM'in kararında, Anayasa Mahkemesi (AYM) kararından sonra yerel mahkemede yeniden başlayan yargılamanın sonucunun beklenilmesi gerektiği vurgulandı. AYM'nin kararı üzerine tahliye edilen sanıklardan Tümgeneral Atilla Özer, Albay Mehmet Örgen, Albay Ayhan Türker Koçpınar, Albay Dursun Çiçek, Tümamiral Mustafa Ayhan Gürül ve Tuğamiral Mehmet Fatih İlğar ayrı ayrı AİHM'e dava açtı. Hürriyet'in haberine göre 6 askerin başvurusunu 13 Kasım 2014 tarihinde karara bağlayan AİHM, Balyoz davası sanıklarının yaptığı başvurunun kabul edilemez olduğuna hükmetti, şu değerlendirmelerde bulundu:
VAKTİNDEN ÖNCE SUNULMUŞ
"Mahkeme, başvuran hakkında verilmiş nihai bir mahkûmiyet kararı bulunmadığından, başvuran hakkında açılan davayı bütünüyle inceleyecek durumda değildir. Dolayısıyla, yerel mahkemeler önünde yürütülen davanın mevcut aşamasında, başvuranın, Sözleşme'nin 6. maddesinin hükümlerinin ihlal edilmesinden şikâyetçi olması mümkün değildir. Bununla birlikte, şayet başvuran, hakkında açılan ceza davası sonucunda, iddia edilen ihlaller nedeniyle halen mağdur olduğu kanısında ise Mahkeme'ye yeniden başvurma imkânı bulunmaktadır. Dolayısıyla başvurunun bu kısmı vaktinden önce sunulmuştur."