Cizre'nin kadim tarihçesi, M.Ö.4500-5000 yıllarında vuku bulduğu rivayet edilen Nuh Tufanı sonrasına kadar dayanmaktadır. Tufan; Gılgameş Destanında, başta Tevrat olmak üzere Kutsal Kitaplarda da geçmektedir.
Nuh Peygamber'in ilk yerleşim yerinin Cudi Dağı'nın güney eteğindeki “Heştan-Heştiyan-Semanin" köyü olduğu, ancak esas yerleşimin Cizre olduğu rivayet edilmektedir. "Semanin" sözcüğünün arapça "seksen" anlamına gelen ve Tufandan kurtulan Nuh kavminin kişi sayısına tekabül eden bir mecaz olması, bu rivayeti güçlendiriyor. Heştan ve Heştiyan ise, Hepimizin bildiği gibi Kürtçede 8 veya 80 demektir. Nuh Nebi'ye inananların ve gemiye binebilenlerin sayısına işarettir.
Nuh Tufanı, Tevrat ve Kur'ân'da geniş yer bulmuş bir doğal ve toplumsal afettir.Dini inançlara göre Âdem ve Havva'dan sonra gelişen insanlığın tarihinin en büyük felaketi Nuh Tufanıdır. Tufan da bütün insanların yok olduğu söylenmekte ise de bunun doğru olmaması gerekir. Zaten Kur'ân, Peygamberler neslinin Nuh'dan devam ettiğini ima ediyor, tüm insanlığın değil!...
Nuh Peygamberin tek bir ümmete gelmiş olması, sadece o ümmetin yok edilmiş olacağını gösterir. Kaldı ki Irak'da Sir Leonard WOLLEY’in yüzyıldır geride kalan araştırmaları ve kazılarına göre, Mezopotamya'daki Tufan izlerinin Basra'dan ancak Yukarı Mezopotamya'ya kadar taştığı gerçeği karşısında tüm dünyanın ve insanlığın değil, sadece belirli bir coğrafyanın su taşkını ve baskını altında kalmış olması gerektiği ortaya çıkmaktadır.Hz. Nuh (A.S.)`la birlikte 8 (sekiz) veya seksen kişi kurtulmuş ve bunlar da Nuh`un gemisinde kalarak kurtulmayı başarmıştır.
Nitekim Gılgameş de, XII nci Tablette gemi ve içindekilerin kurtuluşu açık şekilde uzun uzadıya anlatılmaktadır. Tufan bitince Nuh`un gemisi Cudi Dağı (tarihteki adıyla Gudi dağı-Nissir Dağı) zirvesine oturmuş ve Nuh’un ümmeti buradan çoğalarak yeryüzüne dağılmışlardır. (Bu bapta Şırnak’ın “Şehrinuh” sözcüğünden türeme olduğunu iddia eden kaynakları hiç de ciddi bulmuyoruz. Heştan-Semanin’in yeri şu anda bile belli olduğu gibi Şırnak sözcüğünün “Şehr ve Nuh” bileşik kelimelerinden türeme olduğunu söylemek abartılı ve desteksizdir. Bu kelime büyük ihtimalle yüzyıllardır Şırnak'da yaşayan katolik hristiyanlardan kalma bir sözcük olmalıdır.Böyle önemli bir tarihi konu, bu tür bilimdışı söylemlerle bulandırılmamalıdır) Cizre’nin bundan binlerce sene sonra Kardu Gazarta'sı (Kazarta Kardey-Gerrz u Bakartda) olarak tarih sahnesine çıkmış olması gerekir. Zaten Xenofon'un "Onbinler'i buradan geçerken Anabasis, Karduklar’dan çok ızdırap çekmişti… Onun askerleri, dağlardan gerilla savaşı yapar gibi saldırıp saldırıp kaçan ve kayalar arkasında kaybolan Kardukilerden perişan olmuşlardır.Cizre daha sonra muhtelif kavimlerin kâh hakimiyetinde , kâh çeşitli kavimlerin tepesinde egemen olarak Romalılara kadar gelmiş, Romalılar zamanında önemli bir üs olarak kullanılmış, Yüzyıllar sonrasında da Cizre İslamiyetin egemenliğine geçmiştir. Dicle nehrinin hemen kenarında bulunması ve Dicle Nehrinin her taşmada Cizre`yi çevrelemesinden dolayı şirin bir ada görünümü alması nedeniyle Arapçada “ada” anlamına gelen “el-Cezire” adını almıştır.(Ama bu bapta da söylenecek çok şey var: Cizre adının Hz Ömer veya Ömer bin abdulaziz ile de bir alakası yoktur)
Nesturi, Süryani, Hristiyan, Yahudi, İslami tüm dini inançların burada toplanmasından ötürü de tarih boyunca büyük bir ilgi toplamıştır. Ceziret-ibni Ömer adını ise M.S. 9 ncu yüzyılda Hristiyan asıllı Ömeroğullarından almıştır. Yani uzun zamandan beri iddia edildiği gibi, Ömer İbn-i Abdulaziz ile bir alakası yoktur Daha sonra gelişen Cizre`nin Bohtan-Botan-Buhti beyliğinden dolayı da “Cizir a Bohtan” yani “Bohti Adası” denilmiştir. Cizre de İslamiyet’in gelişinden sonra büyük bilimsel ve ilmi bir inkişaf başlamış, o zamanın üniversiteleri olan Medreseler kurulmuş, bu baptan olmak üzerer Kırmızı Medrese-"Medresa Sor" kurulmuş ve yüzyıllarca ilim ve irfan saçmıştır.
Aşkın büyük mutasavvufu Şeyh Ahmed el-Cezeri, Kırmızı Medrese hocalarından olup bu medresenin bodrum katında medfundur. Keza ünlü İslam Tarihçisi ve müfessiri İbn-ül Esir ve Dünyada ilk robot prototipleri icad edip Artuklu sarayına armağan eden ve tüm makinaları birebir çalışan Dünya sibernetik Biliminin öncüsü İsmail bin Rezzaz Ebul-iz el-Cezeri de Cizre’li olup Nuh Peygamber camiinde medfundur. Batı ve ilim dünyası kendsini "Gazari" olarak tanımaktadır.
Ayrıca Kürtlerin en büyük aşk destanı olan “Mem u Zin”ın kahramanları Mem û Zîn ve onların can düşmanı münafık Beko’nun türbeleri de Cizre`de Mir Avdel Kültür Merkezi içerisinde bulunmaktadır.