Kaydedildiğine göre Sultan II. Bâyezid Amasya'da vali iken Halvetiyye'den Şeyh Çelebi Halîfe (Cemal Halvetî, ö. 899/1494) ve Bayramiyye’den Şeyh Muhyiddin Yavsî ile çok samimi ilişkiler kurmuş ve her ikisinden de el almıştı. Babası Fatih Sultan Mehmed'in vefatı üzerine İstanbul'da tahta oturduktan sonra II. Bâyezid bu iki Şeyhi başkente davet Etti ve burada teşkilatlanmalarına imkân sağladı. Bu gelişme devlet adamlarının Halvetiyye ve Bayramiyye’den rağbet etmesine ve böylece bu tarikatların öne çıkmasına sebep olmuştu. Ayrıca Lâmiî Çelebi'nin kaydettiği Fâtih Sultan Mehmed devrinde Halvetiyye ile Zeyniyye arasında bir çekişme ve rekabetin yaşandığını gösteren bir olaya da burada işâret edilmelidir. Rivâyete göre Halvetiyye büyüklerinden Şeyh Ali Rûmî'ye İstanbul'da birçok ileri gelen devlet adamı ve dîvân üyeleri mürid olunca Fâtih "arz-ı saltanat" endişesiyle şeyhin başkenti terk etmesini istemiş, o da buradan ayrılıp gitmişti. Bu olayda Zeyniyye şeyhlerinden Abdüllatif Kudsî'nin Bursa'daki halifesi Taceddin İbrahim Karamanî'nin (Taceddin Halîfe. Safer 872/Eylül. 1467) önemli rolü olduğu, Şeyh Ali Rûmî'nin İstanbul'dan uzaklaştırılması için dervişlerini onun aleyhine çalıştırdığı nakledilmektedir. Zeyniyye'nin galibiyeti ile neticelendiği anlaşılan bu olaydan sonra, Fâtih Sultan Mehmed'in ölümü Öncesi ve sonrasında meydana gelen bir kısım olayların ise Zeyniyye ‘yi; özellikle de Şeyh Vefâ ile devam eden silsilesini çok olumsuz etkilediği görülmektedir. Siyasi olarak Fatih’in oğlu Şehzâde Bayezid ile sadrâzâmı Karamânî Mehmed Paşa'nın taraf olduğu bu olaylarda, sadrazama destek olan Şeyh Vefâ ile Şehzâde Bayezid yanında yer alan Halvetiyye şeyhi Çelebi Halîfe de ister istemez karşı karşıya gelmiştir. Olay Mehmed Paşa'nın bertaraf edilmesi ve Bayezid’in tahta oturması şeklinde neticelenince tabiî olarak Şeyh Vefâ ve tekkesi arka plana düşmüş, Halvetîler ise ön plana çıkmıştır. Bununla birlikte şu da belirtilmelidir ki, İstanbul'da Âşıkpaşazâde (ö. 889/1484'ten sonra) ve ardından damadı Seyyid Velâyet'in (ö Muharrem, 929/Aralık 1522) meşihatını üstlendiği Fâtih Haydar'daki Zeyniyye tekkesi Sultan II. Bâyezid dönemde canlılığını korumuş, saray çevrelerinin buraya maddî ve mânevî desteği artarak devam etmiştir. Ne var ki bu tekke de muhtemelen Yavuz Sultan Selim dönemi ile birlikte geri planda kalmaya başlamıştır. Zira Sultan Selim'in babasına karşı giriştiği saltanat mücadelesi sırasında işin akıbetini öğrenebilmek için müracaat ettiği bütün şeyhlerden saltanat müjdesi aldığı halde Seyyid Velâyet'in ona mesafeli durup müracaatına cevap vermediği nakledilmektedir.Seyyid Velâyet daha sonra zorla huzura çıkarılınca Yavuz'a, "Yakında sultan olacaksın, ama ömrün uzun olmayacak" dediği nakledilmektedir Gelişen olaylarla bağlantılı olarak devlet erkânının desteğini büyük ölçüde kaybettiği için Halvetiyye ve Bayramiye’nin gerisinde kalan Zeyniyye, muhtemelen bazı tasavvufî düşünce ve prensipleri sebebiyle de medrese çevrelerinin desteğini yitirmiş ve ilmiye mensuplarının Nakşibendiyye’ ye yönelmesine sebep olmuştur. Nakşibendiyye'nin de Zeyniyye gibi bâtın ilimlerinin yanı sıra zâḫir ilimlerine de değer vermesi ve şeriat-tarîkat birlikteliğine vurgu yapması bu iki tarikatın ortak özellikleri olarak öne çıksa da, medrese çevrelerinin Nakşibendiye’yi Zeyniyye ‘ye tercih etmelerini gerektirecek bazı önemli farklılıkların olduğu görülmektedir. Kanaatime göre Zeyniyye’den benimsenen "semâ ve devrân ile zikir", "zühd anlayışı" ve "evlilikle ilgili tutum(Dervişlik eğitimi bitmeden ve ilim bitmeden bu tarikatta evlenmek uygun görülmüyordu.) bu farklılıkların en önemlileridir. Sesli zikir (zikr-i cehrî) uygulayan tasavvuf ehli ile Ulemâ arasında semâ ve devran sebebiyle zaman zaman ciddî tartışmaların meydana geldiği bilinmektedir. Nakşibendiyye ’de ise gizli zikir (zikr-i hafî) prensibi gereği böyle bir uygulama olmadığı için, âlimler bu tarikatı diğerlerine göre kendilerine daha yakın bulmuşlardır. Diğer yandan tasavvufta ahirete yönelmek için dünyaya ilgi göstermemek anlamında kullanılan zühd prensibi, bazı sûfilerce "Dünya ve nimetlerine hiç sâhip olmama " şeklinde, bazılarınca ise "Dünya nimetlerinin sevgisini gönüle sokmama" şeklinde anlaşılmış ve uygulanmıştır. Zeyniyye tarikatında birincisinin, yâni dünyaya hiç sâhip olmamanın esas alındığı ve bunun müridin mânen yol alabilmesi (seyrü sülük) için temel şartlardan biri olarak kabul edildiği görülmektedir. Oysa Anadolu'da Nakşibendiyye'nin de içinde bulunduğu birçok tarikat zühd prensibini daha çok ikinci anlamıyla uygulamış; sevgisi kalbe sokulmadıkça dünya nimetlerini elde etmenin, makam ve mevki sahibi olmanın zühde mâni olmayacağı belirtilmiştir. Eğer Zeyniyye tarikatında zühd anlayışı tavizsiz bir biçimde uygulandı ise, Ulemâ içinde bulunduğu şartlar -gereği Nakşibendiye’yi kendisi için daha uygun bir tarikat olarak görmüş olabilir.