Paralel yapının Özel Yetkili Mahkemelerin (ÖYM) devamı yönündeki umudu; Anayasa Mahkemesi'nden (AYM) döndü. AYM, ÖYM'leri de kaldıran yasanın iptali için yapılan başvuruyu oybirliği ile reddetti. AYM'nin gündeminde de paralel yapının yargıda en yoğun örgütlendiği ÖYM'leri ilgilendiren bir başvuru vardı. ÖYM'lerin normal ağır ceza mahkemelerine dönüştürülmesine ilişkin yasa yürürlüğe girdikten sonra, Ergenekon davasına da bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, bu düzenlemenin iptali için başvurmuştu. kaldırılan
Özel Yetkili 13. Ağır Ceza Mahkemesi aynı zamanda kendi heyet üyeleri hakkında HSYK'da soruşturma açılmasına neden olan "Gerekçeli kararları 15 gün içinde yazma zorunluluğu"nu içeren yasal düzenlemenin de iptalini istemişti. AYM, başvuruyu oybirliği ile reddetti. Değerlendirmede, hangi tür mahkemelerin kurulup kaldırılacağına ilişkin yasa yapma yetkisinin TBMM'de olduğu, kurulacak mahkeme türlerinden kaçının nerede kurulacağı yetkisinin ise HSYK'da bulunduğu dikkate alındı. AYM, gerekçeli kararların 15 gün içinde yazılması zorunluluğunun yasa hükmü olması ile birlikte kesin olarak bağlayıcılığı olmadığını kaydetti.