CIP ünitelerinin önemli bir amacı, kontaminasyon riskini azaltmaktır. Bu nedenler, CIP ünitelerinin tasarımı ve çalışması, üretim ekipmanlarının temizlenmesi ve dezenfekte edilmesi sırasında oluşabilecek herhangi bir kontaminasyon riskini en aza indirmek için dikkatli bir şekilde planlanmalıdır.
CIP ünitelerinde kullanılan ekipmanlar ve malzemeler, üretim hatlarında kullanılan malzemelerden farklı olmalı ve temizleme işlemlerinde kullanılan kimyasalların uygunluğu sağlanmalıdır. Ayrıca, CIP tesisleri doğru bir şekilde tasarlanmalı ve işletilmeli, temizleme işlemlerinin yanı sıra, sonrasında da kalıntı bırakmadan çalışan bir sistem olmalıdır.
CIP üniteleri, temizleme işlemlerinde manuel müdahale gerektiren ekipmanları otomatikleştirerek, kontaminasyon riskini azaltabilir. Örneğin, doğru bir şekilde tasarlanmış CIP ünitesi, birçok üretim hattında kullanılan sıvı işlem ekipmanları tamamen otomatik olarak temizleyebilir.
Ayrıca, CIP ünitelerinde sık sık bakım ve kalibrasyon işlemleri yapılması da önemlidir. Bu işlemler, ekipmanların doğru çalışmasını sağlar ve daha güvenilir ve daha güvenilir bir temizleme işlemi gerçekleştirilmesine yardımcı olur.