Kireçkapısı'nda, yani Kireççiler Mahallesi'nde yer alan bu kilise de bazilika stilindedir. Birer Rus Manastırı olan Aya Panteleimon, Aya Andrea ve Profitis İlias Kiliseleri'nin yakınındadır. Denizcilerin, gezginlerin ve bölge sakinlerinin ibadethanesiydi. Kilisenin içinde Aziz Antonios'a ithaf edilmiş bir ayazma vardı. Kilisenin iç kısmındaki episkopos tahtının karşısında, bugün dua iskemlesinin bulunduğu yerdeki ayazmanın kaynağı, 1903 yılında nartekse, yani kilisenin giriş bölümüne nakledildi. 6 Temmuz 1660'taki büyük yangında tahrip olan kilise, 25 Nisan 1696'daki ikinci bir yangında Galata’nın diğer kiliseleri gibi yandı ve 30 sene sonra yeniden inşa edildi. 1781 yılı yangınından etkilenmediği sanılmaktadır. 19. yüzyılın başlarında yeniden inşa edildi.
1817 senesinde Patrik VI. Kirillos'un döneminde Rum hastanelerine devredildi. Bu karar 1820'de Patrik V. Grigorios zamanında yeniden tasdik edildi ve tamamıyla Rum hastanelerine bağlandı. Daha sonraları Aya Nikola Kilisesi Patrikhane tarafından Galata'nın Meyhaneciler Birliği'ne emanet edildi; ancak 1864 yılında yeniden Rum hastanelerine bağlandı.
1907-1911 yıllarında Galata Aya Nikola Hastane Kilisesi olarak kaydı geçmektedir. III. Yoakim'in patrikliğinde kilise Galata'daki Gemiciler Hastanesi'ne vakfedildi. Bunun sebebi olarak, kilise mütevelli heyetinin kötü idaresi sonucu düşülen son derece kötü iktisadi durum ve daha iyi idarenin sağlanması arayışı gösterilmektedir.
Aralık 1965'te Türk Ortodokslar'a verilen kilisede bugün ibadet yapılmamaktadır. 17 Ağustos 1999 Körfez depreminde binada bazı hasarlar meydana gelmiştir.