Uzun vadeli enfeksiyona bağlı olarak pankreas dokusu tahrip olur. Oluşan tahribat sonucunda pankreasın fonksiyonlarında bozulmalar meydana gelir. Pankreas enzimi eksikliği nedeniyle sindirim bozuklukları, insülin eksikliği nedeniyle kan şekeri hastalığı, bu tahribatın sonucudur. Kronik pankreas enfeksiyonun nedenleri ortasında; çok alkol tüketimi, genetik yatkınlık, kronik safra taşı rahatsızlığı, ilaçlar ve metabolik bozukluklar sayılabilir.