Kariyerine Grasshoppers takımında başlamıştır.Ardından Almanya 'nın yolunu tutarak VfB Stuttgart 'a transfer olmuştur.3 sezon burada oynayan Benaglio, Henrique Hilário 'nun FC Chelsea 'ye transferinden sonra CD Nacional 'e geçmiştir.Burada da 3 sezon oynadıktan sonra 22 Ocak 2008 tarihinde VfL Wolfsburg 'a transfer olmuştur.Halen bu kulüpte oynamaktadır.
Milli takımına ilk kez 2006 FIFA Dünya Kupası 'nda çağrılmıştır.Pascal Zuberbühler 'in yaşlanmasıyla İsviçre Millî Futbol Takımı 'nın birinci kalecisi durumuna gelmiştir.2008 Avrupa Futbol Şampiyonası 'nda takımının kalesini korumaktadır.