Özel Harekat Dairesi eski Başkanı İbrahim Şahin hakkında 3. Ergenekon iddianamesindeki suçlamalar şöyle:
Açıklanması Yasaklanan Gizli Bilgileri Temin Etme.
Bıçak veya Diğer Aletleri İzinsiz Olarak Satma Satın Alma Taşıma veya Bulundurma.
Devletin Güvenliğine İlişkin Belgeleri Tahrip Etme Amacı Dışında Kullanma Hile İle Alma Çalma.
Devletin Güvenliğine İlişkin Gizli Belgeleri Temin Etme.
Hukuka Aykırı Olarak Kişiler Verileri Kaydetmek.
Hukuka Aykırı Olarak Kişisel Verileri Kaydetmek.
Pek Az Sayıda Mermi Bulundurma veya Taşıma.
Ruhsatsız Ateşli Silahlarla Mermileri Satın Alma veya Taşıma veya Bulundurma.
Sayı ve Nitelik Bakımından Vahim Olan Silah veya Mermileri Satın Alınması Taşınması Bulundurulması.
Silahlı Terör Örgütü Kurma veya Yönetme.
Silahlı Terör Örgütüne Üye Olma.
Tehlikeli Maddeleri İzinsiz Olarak Bulundurma veya El Değiştirme.
Türkiye Büyük Millet Meclisini Ortadan Kaldırmaya veya Görevini Yapmasını Engellemeye Teşebbüs Etme.
Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini Ortadan Kaldırmaya veya Görevini Yapmasını Engellemeye Teşebbüs Etme.
Örgüte Bilerek İsteyerek Yardım Etme.
Özel Hayata İlişkin Görüntü ve Sesleri İfşa Etmek.
Özel Hayatın Gizliliğini İhlal Etmek.