Bütün savaşlarda olduğu gibi İran savaşlarında da Osmanlı'nın karşılaştığı en önemli mesele, binlerce askerin erzakının ve ordunun ağırlıklarını taşıyan hayvanların yeminin zamanında temini ve ulaştırılmasıydı.
Bu da ancak harekatın finansmanını sağlayacak güçlü bir ekonomi ile mümkündür. Sefer yolu üzerinde belli noktalara menzilhaneler kurularak, gerekli ihtiyaç maddeleri, mahalli kadılar aracılığıyla buralardaki ambarlarda depolanırdı. Menzillerde toplanan maddeler orduya gerekli değilse satılır veya kıtlık gibi acil durumlarda bölge halkına dağıtılırdı. Devlet, hareket halindeki ordunun zahire ihtiyacının karşılanmasında başlıca üç yöntem kullanırdı.
Bunlardan ilki, belli bir miktardaki zahirenin Avarız-ı Divâniye ve Tekâlif-i Örfiye adı verilen vergiler karşılığında halktan teminiydi. 1579’da yirmi hanelik her avarız hane birimi 25 kilogram civarında tahıl vermekle mükellef tutulmuştu. İkinci yöntem, bölge halkının önceden belirlenen konaklama merkezlerine erzak getirip, buralarda devletin belirlediği fiyat üzerinden askerlere satmakla yükümlü tutulmasıydı.
Bir diğer yöntem ise erzakın sefer yolu üzerindeki bölgelerden yerel piyasa fiyatlarıyla satın alınmasıydı. Eğer sefer yolu üzerindeki bölgelerde kıtlık varsa gerekli yiyecek maddeleri imparatorluğun diğer bölgelerinden satın alınarak orduya ulaştırılırdı. Örneğin 1578’deki İran seferi sırasında, sefer yolu üzerindeki Erzurum ve Halep gibi yerlerde yaşanan kıtlık yüzünden gerekli zahire Boğdan’dan satın alınmıştı. Yine de Gürcistan’da ilerleyen orduda şiddetli bir kıtlık baş göstermiş, geri dönmek isteyen sipahiler ve yeniçeriler güçlükle sakinleştirilebilmişti.
Koyun Geçidi (Kür) kenarına gelindiğinde askerler bir türlü çare bulunamayan kıtlık yüzünden nehri geçmeyi reddetmiş, bir grup açıkça isyan etmiş, ordunun karşıya geçirilmesi ancak Serdar Lala Mustafa Paşa’nın çabalarıyla mümkün olabilmişti. Seferin başından beri askeri perişan eden kıtlık, Şirvan’a girilip, bol miktarlarda zahireye ulaşılmasıyla önlendi.
XVI. yüzyılın sonlarından itibaren Osmanlı zirai ekonomisinin temeli olan timar sisteminde meydana gelen sarsıntılar ve Anadolu’yu kasıp kavuran Celali isyanları İran savaşlarındaki ordunun erzak teminini büsbütün zorlaştırdı. Nitekim Kuyucu Murad Paşa’nın 1610’lara kadar sert tedbirlerle Celalileri ortadan kaldırmasından sonra Anadolu’da zahire fiyatları önemli miktarda düşmüş ve Osmanlı ordusu İran cephesine giderken eskiye oranla daha rahat bir şekilde zahire temin edebilmişti.
Fakat sefer sırasında kış erken gelmiş ve Erzurum’daki zahire de zamanında getirtilemeyince ordu büyük bir kıtlıkla yüz yüze kalmıştı. XVI. yüzyılın sonları, Osmanlı askeri sisteminde büyük bir değişimin ve dönüşümün yaşanmaya başladığı bir dönemdi.
Osmanlı ordusunun temel direği olan timarlı sipahi ordusunun, özellikle batı askeri sistemlerinde meydana gelen gelişmeler sonucunda savaşlarda yetersiz kalmaya başlaması devleti yeni arayışlara yöneltti. Geleneksel silahlarıyla ve geleneksel usullerle savaşan timarlı sipahilerin sayısı azaltılarak, Avrupa’da olduğu gibi tüfek kullanan ve merkezi hazineden ücret alan birliklerin sayısı arttırıldı.
1578-1590 savaşlarında değişimin etkisi nispeten az hissedildi. Ancak daha bu savaşların ekonomik yükü tam olarak giderilemeden 1593’te bu defa batıda Avusturya ile yeni bir mücadeleye girişildi. 1603 yılında korkulan oldu. Şah Abbas’ın da saldırıya geçmesiyle Osmanlılar aynı anda hem batıda hem de doğuda mücadele etmek zorunda kaldı.
1604’te ordunun yarısı Veziriazam Malkoç Ali Paşa idaresinde Avusturya cephesine, diğer yarısı da Ciğalazade Sinan Paşa idaresinde İran taraflarına gönderildi. Bu sırada Anadolu’da etkisini gittikçe şiddetlendiren Celali isyanları adeta devleti üçüncü bir cephede daha mücadele etmek zorunda bıraktı.
Doğuya gönderilen serdarlar daha ziyade askerleri arasındaki isyanları önlemek ve yol üstündeki Celalileri ortadan kaldırmakla uğraştılar. Osmanlılar’ın doğuya düzenledikleri seferlerde en büyük eksiklikleri, bu bölgelerde imparatorluğun batıdaki topraklarında olduğu gibi iyi bir lojistik altyapının kurulamamasıdır. Devletin en güçlü dönemi olarak gösterilen Yavuz ve Kanuni dönemlerinde dahi, İran taraflarına düzenlenen seferlerde ordunun erzak ihtiyacının karşılanmasında büyük zorluklarla karşılaşılmıştı.
Uzun süre Avrupalılar’ı kendisine hayran bırakan Osmanlı ikmal sisteminin doğuda tesis edilememesinin en önemli sebepleri bölgenin coğrafi yapısı ve doğu savaşlarının nitelik itibariyle batıdakilerden farklı olmasıdır. Doğu Anadolu tarafları dağlık arazisi ve sert iklimiyle tarımsal üretim açısından imparatorluğun batı topraklarına nazaran daha geriydi.
İran savaşları sırasında, birçok defa ordunun ihtiyaç duyduğu zahire Tuna deltası, Mısır gibi zengin tarım alanlarından getirilmişti. Nakil vasıtalarının yavaş ve pahalı olduğu bir zamanda bu durum, savaşların başarılı bir şekilde yürütülebilmesinin önünde ciddi bir engeldir.
Daha ziyade süvarilerden oluşan ve Çaldıran’da yediği ağır darbeden sonra bir meydan muharebesinden özenle kaçınan Safevi ordusu da Osmanlılar’ın işini hayli zorlaştırmaktaydı. Askeri düzenini meydan muharebelerine göre şekillendiren Osmanlı ordusu, vur-kaç taktiğini benimseyen düşmanın ani saldırılarıyla yıpranıyor ve ıssız topraklarda aylarca yürümekten bezgin düşüyordu.
Safeviler, geri çekilirken, her yeri harabeye çevirerek Osmanlı ordusunun yerel kaynaklardan faydalanmasını imkansız hale getiriyorlardı. Sefer mevsimin geçmesi nedeniyle Osmanlı ordusunun geri dönmesi veya kışlaklara çekilmesi üzerine ortaya çıkan Safevi ordusu kaybettiği yerleri geri almakta fazla zorlanmıyordu.