Kimya alanında Cabir b. Hayyan el-Kûfi uzmanlaşmıştı. Varlık hikmeti alanında Mufaddal b. Ömer uzmandı.
Münazara alanında Hişam b. Hakem öne çıkmaktaydı. İmam Câfer onun münazaralardaki başarılarından dolayı büyük sevinç duymaktaydı.
Hişam, Mutezile mezhebinin liderlerinden Amr b. Abid ile yaptığı tartışmayı anlatıp sonunda ona karşı üstünlük kazandığını haber verince, İmam, "Ey Hişam! Bunu sana kim öğretti?" diye sormuş, Hişam da, "Ey Resulûllah'ın oğlu! Bu bilgiler kendiliğinden dlimden aktı" diye karşılık verince İmam şöyle buyurdu: "Allah'a yemin ederim ki, bu, İbrahim'in ve Musa'nın Suhuf'unda yazılıdır."
İmam'ın öğrencileri uzmanlık alanlarına göre elde ettikleri sonuçları telif ve münazara şeklinde değerlendirirlerdi. Seyyid Hasan el-Sadr'ın tespitine göre, İmam Câfer döneminde kaleme alınan Ehl-i Beyt
kaynaklı eserlerin sayısı altı bin yüz civarındaydı.
Bu medresenin en belirgin özelliği, İmam'ın öğrencilerinin hadis, fıkıh ve fıkıh usulü ilimleri ile ilgili eserler kaleme almaları ve bu eserleri yazarken de kişisel görüş yerine Ehl-i Beyt fıkıh ve fetvasını esas kabul etmeleri idi.
İmam Câfer şöyle buyurmuştu:
"Benim sözüm babamın sözüdür. Babamın sözü dedemin sözüdür. Dedemin sözü Hüseyin'in sözüdür. Hüseyin'in sözü Hasan'ın hadisidir. Hasan'ın sözü Emirü'l-mü'minin Ali'nin sözüdür. Emirü'l-mü'mininin sözü Resulûllah'ın sözüdür. Resulûllah'ın sözü ise yüce Allah'ın sözüdür."
Yine şöyle buyurmuştur: "Eğer biz kişisel görüşümüze ve hevâmıza göre fetva verseydik, kesinlikle helak olanlardın olurduk. Bilakis biz, insanlara Resulûllah'tan gelen hadislere dayanarak fetva verdik. İlmin temelleri bizim yanımızdadır. Bunları babadan oğula miras alırız ve şunların altınlarını ve gümüşlerini korudukları gibi biz de ilmi saklayıp koruruz."
İmam Câfer'e göre hadislerin sıhhat derecesi Kur'an ile çelişip çelişmediğine bakılarak anlaşılabilir. Bu konuda şöyle buyurmaktadır: "Hadislerin Kur'an'a uymayanları uydurmadır."
"Her hakkın üzerinde kendini belli eden bir hakikat vardır. Her doğrudan bir nur yansır. Allah'ın Kitabı'na uyanı alın, Allah'ın Kitabı'na muhalif olanı ise terk edin."
"Size bir hadis aktarıldığı zaman Allah'ın Kitabı'nda veya Resulûllah'ın Sünnetinde buna dair bir şahit bulursanız onu kabul edin. Aksi taktirde, size bu hadisi getiren kimse ona uymak, onu benimsemek bakımından sizden daha önceliklidir."
Ayrıca, İmam, hadislerin birbirleriyle çelişmeleri durumunda hangisini alıp hangisini bırakacaklarını, hangi hadise öncelik vereceklerini de öğrencilerine açıklamıştır. (Prof. Dr. Haydar Baş
İmam Cafer eserinden)