PKOS lu kadınlarda lipid anormallikleri normal benzer kontrollere kıyasla önemli derecede artmış total kolesterol, LDL kolesterol ve trigliserid ile karakterizedir. Total HDL kolesterol ve HDL2 serum seviyeleri PKOS da normal kadınlardakinden önemli derecede düşüktür. Bir çok risk faktöründen bağımsız olarak PKOS da bu lipid profili mevcut olabilirken lipid metabolizmasında bu faktörlerin etkisi önemli olabilir. Daha önceki çalışmalar açıkca gösterdi ki obezite bozuk glukoz toleransı ters lipid profili ile ilişkilidir. PKOS da lipid metabolizmasında androjen fazlalığının etkisi iyi anlaşılamamıştı. Benzer yaştaki normal kadınlara kıyasla PKOS daki dislipidemi veriler vücut ağırlığı için düzeltildiği zaman daha az ayırtedici olarak gözükür. Lipoprotein-a ve muhtemelen plazminojen activator-inhibitör-1 in serum konsantrasyonu testosterone ile düşer, oysa DHEA insulin sensitivitesini artırır.
PKOS da lipid anormalliklerine predispozisyon oluşturan mekanizmalara bakmaksızın, bu hastalar koroner damarlarda plak gelişmesi için risk altındadırlar. Hepatik trigliserid lipaz etkisiyle çok düşük dansiteli lipoprotein ve orta dansiteli lipoprotein LDL kolesterole dönüşür. Bir diğer lipoprotein, lipoprotein-a da aterojeniktir ve LDL kolesterol yükseldiği zaman en bariz etkiye sahiptir. Hepatik trigliserid lipaz aynı zamanda kolesterolden zengin HDL2 yi kolesterolden fakir HDL3 e dönüştürür. LDL kolesterolün aterojenik özellikleri iyi belirlenmişken, düşük HDL kolesterol ve yüksek trigliseridlerin kadınlarda koroner arter hastalığı için erkeklerden daha prediktif olabileceğini gösteren delil mevcuttur