Hristiyan aleminin baskısı, sonunda papaları Roma’ya dönmeye zorladı. 1377 yılında Papa XI. Gregori Kutsal Kente geri döndü; ertesi yıl da öldü. Bunun üzerine, üyelerinin çoğunluğu Fransızlardan oluşan Kardinaller Koleji, bir jest yapıp, Papa VI. Urban adıyla, bir İtalyanı Papalığa seçti. Urban ise, hemen onlarla tartışmaya girecek, birkaç ay sonra da tekrar bir araya gelen Fransız kardinaller bu kez onun yerine kendi vatandaşları olan VI. Clement’i getireceklerdi. Ama Urban görevi bırakmadı, aksine, tümüyle İtalyanlardan oluşan yeni bir Kardinaller Koleji atadı. Roma’da Urban, Avignon’da da Clement ile Kilisenin kurumsal krizinde yeni bir aşamaya geçilmişti: 1378’de başlayıp 1417’ye kadar sürecek olan Büyük Bölünme dönemine. Bu bölünme sırasında da Fransa ile onun İskoçya, Kastilya ve Aragon gibi siyasal yörüngesindeki ülkeler Clement’i tanırlarken, geriye kalanlar da Urban’ı takip edeceklerdi.
Uluslararası kilise düzeni Roma ve Avignon kamplarına bölünmüştü ve şu ya da bu papanın ölümü bu bölünmeyi sona erdirmeye yeterli değildi. Çünkü, Fransız ya da İtalyan, her iki kampın da yeni papayı seçecek ayrı bir Kardinaller Koleji vardı. Papalığın otoritesi açısından durum oldukça umutsuzdu. 1409’da yüksek derece rahiplerden oluşan Pisa Konseyi her iki papayı da görevden almaya ve yerlerine yeni bir tane atamaya karar aldıysa da, ne mevcut Fransız, ne de İtalyan Papa bu kararı kabul etti.
Büyük Bölünme, 1417’de toplanan ve Orta Çağ tarihinin en kalabalık dinsel toplantısı olan Konstanz Konseyiyle sona erdi. Konseyin V. Martin’i Papa olarak seçmesiyle Avrupa’nın dinsel birliği de yeniden sağlanmış oldu.
Kilisenin uzun süren kurumsal krizinin son dönemi ise, İtalyan yöresel papalığıdır. Yüz yıl sürecek olan bu dönem, Protestan Reformu ile sona erecek ve Avrupa bir daha dinsel birliğe geri dönmemek üzere bölünecekti.