Joseph H. Pilates 8 Aralık 1883'te, Manchengladbach, Almanya'da doğdu. Joseph dört çocuktan biriydi. Raşitizm, astım ve romatik ateş rahatsızlıkları olan bir çocuktu. Joe'nun babası ödüllü bir cimnastikçi ve annesi ise natüropat (fiziksel metodla tedavi usulü) idi.
Muhtemelen ailesinin alt yapısı yaşam tarzına, hareket alanına ve iyi oluşa olan ilgisini etkiledi. Joe'nun ölen ilk eşinin adı Maria ve ondan sahip olduğu 1913'te ölen kızının adı ise Helen idi.
Pilates ve erkek kardeşi I. Dünya savaşı patlak verdiği sırada İngiltere'de yaşayan Alman vatandaşlarıydılar. Bundan dolayı Lancaster İngiltere'de bir kampta düşman olarak ilan edildiler. İşte bu dönemler, Joe'nun kendi egzersiz sistemini geliştirmeye başladığı zamanlardı.
Lanchester kampından, savaş zamanındaki hastalık ve yaralanmalar yüzünden acı çekenlere, gözaltına alınanlara ve askerlere kadar bir çok kişiye bir çeşit hemşirelik yaptığı Man adasına transfer edildi. Savaştan sonra Joseph Pilates Almanya'ya geri döndü ve Hamburg Askeri Polisi ile çalıştı.
1925'te hükümet tarafından yeni Alman ordu'sunu eğitmesini istendi. Bu sıralarda neler olduğuna dair Joe'yu Amerika'ya taşınmaya karar verdirten bir kaç açıklama olmuştur.
Amerika'ya yolculuğu sırasında Joe, partneri olacak ve ileride onun metodunu geliştirmesi ve öğretmesi için yardım edecek olan genç bir kadın olan Clara Zuener ile tanışmıştır.
Clara ve Joe'nun evlendikleri söyleniyordu fakat evliliklerine dair hiç bir kayıt olmamasına dayanılarak şu anda aslında hiç evlenmemiş olduklarına inanılıyor. Genel kanı ise, Joseph Pilates'in 1926 yılında, Clara bir akrabası ile yaşamak üzere Brooklyn'e geldiğinde, kardeşini St. Luis'de ziyaret etmek ve ABD'yi görmek üzere New York'a geldiğidir.
Kayıtlar Joe'nun New York şehrine 1929 yılında geldiğini göstermektedir. Sonrasında 8. Cadde'de bir kondisyon stüdyosu açmıştır.
Joe'nun stüdyosu New York'un dans topluluklarından yüksek sosyeteye kadar oldukça farklı kesimlerini etkilemiştir. Gimbel ve Guggenheim aileleri üyelerinden; Vivien Leigh, Sör Lawrence Oliver, Katherine Hepburn, dansçılardan; Ted Shawn, George Balanchine, Ruth St. Denis, Martha graham, Hanya Holm bu kesimlere birer örnek olmuştur.
Dançıların yanı sıra, şimdilerde birinci nesil eğitmenler olarak andığımız, Eve Gentryi Romana Kryzanowska, Ron Feletcher, Kathleen Standford Grant, Bruce King, Carola Trier, Lolita San Miguel ve diğer birinci nesil eğitmenlerden Jerome Andrews, Bob Seed, Nadja Cory ve Mary Bowen'ı da kapsar. Ayrıca şüphesiz Pilates'in gözdelerinden olan yeğenleri Mary Pilates Lerich ve Irene Zeuner Zelonka bu isimler arasındadır.
Joe ve Clara 1939-1951 yılları arasında yazlarını Berkshire Dağları'nda oldukça bilinen bir dans kampı olan Jacob Pillow'da Joe'nun en iyi yaptığı işi olan "yöntemi"ni öğreterek geçirmişlerdir.
Pilates, "Your Healt" (Sağlığın,1934) ve "Return to Life Through Contrology" (Kontroloji ile hayata dönüş, 1945) adlarında, "Pilates"i değil de kendi yöntemini anlatan ve kendi egzersiz felsefesini ortaya koyan iki kitap yazmıştır. Joseph Pilates çalışmalarını yaymak için yıllarca çok uğraş vermiş fakat yine de 1950'lerde bu çaba tıp ve eğitim camiası tarafından başarısız olarak nitelendirilmiştir. Bu durum onu ilkenin fiziki kültürüne küskün bırakmıştır.
Sonunda, 1960'ların ortalarında yöntem sessizce hem ABD hem de denizaşırı yerlerde kök salmaya başlamıştır. Jerome Robbins Paris'e, Eve Gentry Santa Fe'ye, NM ve Ron Fletcher ise Los Angeles'a gitmişlerdi.
Joseph Pilates, 1967 yılında, 83 yaşında hayata gözlerini yummuştur. Clara ise 1976 yılında hayata gözlerini yumana kadar NeW York'ta kalıp stüdyoyu işletmeye devam etmiştir. Tüm bunların sonunda Pilates'in yöntemi daha geniş bir görünürlük kazandı. Bu durum 1980'lerde birinci nesil eğitmenlerin yeni eğitmenleri yetiştirmeye başlamasıyla hız kazandı.
1995 yılına gelindiğinde Pilates kelimesi artık Webster Sözlüğü'nde yerini almıştı. Ancak 1996'da tarihsel bir dönüm noktası olan Pilates adının telif hakkı için yargı süreci başlamıştır. Mahkeme en sonunda kararını Ekim 2000 tarihinde açıkladı ve Pilates kelimesi, Joseph ve Clara tarafından üretilmiş özgün bir terim ve egzersiz yöntemi olarak tescillendi.
Ayrıca mahkeme "Pilates" kelimesinin kendine has aletleriyle yapılan özel bir egzersiz modeli ve kontrollü bir egzersiz serisi olarak her yerde bu isimle uygulanmasına ve başka bir isim ve hak sahibi olamayacağına hükmetmiştir.