Mimar Fatih, aile yadigârı bir evrak çantasında bulduğu eski belgelerle birlikte, tarihe ait bir sırrı ortaya çıkarıyor. Fatih, kızkardeşi Zeynep ile Yunanlı eşi Alkis'in evliliğiyle birbirine bağlanmış iki ailenin tarihine ışık tutacak belgelerin sırrını çözmeye çalışırken, iki komşu ulusun iç içe geçmiş, gizlenmiş, çarpıtılmış tarihinin içine çekiliyor. Fatih, resmi tarihlerin çarpıttığı olayların sahnesi olan Sakız Adası'nda cesur bir tarih yazımı projesine ön ayak olur. Gün ışığına çıkardığı gerçeklerin kimleri rahatsız ettiğini öğrendiğinde, ailesinin ve arkadaşlarının hayatlarının tehlike altında olduğu kesinleşir. Sakız'ın Gözyaşları, geçmişten geleceğe bırakılan mirası tam olarak kavrama çabasını, hayatları pahasına sürdüren ve hiç şüphesiz büyük resmi görebilen insanların hikâyesidir.
"İlyas ya da İlias olarak doğmak senin seçimin miydi? Yaptığın tek seçim işkencede konuşmak olmuş, ama öldürttüğün adamın oğlu sana düşman değil. Seçmediklerinle suçlanırken seçtiğin hatadan bağışlanmışsın. Ne yaşam ama!"