Beşiktaş Jimnastik Kulübü'nde basketbol faaliyetleri yılında 1933 başladı. 1936’dan sonra basketbol takımı dağıldığı için bir süre durdu. 1940 yılında Basketbol Şubesi tekrar kuruldu.
1957 yılında Hüdai Budanır, İstanbul Ligi’nde Karagücü maçında tam 110 sayı atarak rekor kırdı ve Beşiktaş maçı 110-46 kazandı. Bu rekor daha sonra Erman Kunter tarafından, bir maçta 153 sayı atarak kırıldı.
1966/1967 ve 1976/1977 sezonları arasında Beşiktaş, basketbolda altın çağını yaşadı. Bu sürede 3 kez Türkiye Basketbol Ligi Şampiyonluğu’nu kaçıran takım, 1974/1975 sezonunda Basketbol Birinci Ligi’ndeki ilk ve tek Şampiyonluğu’nu kazandı.
Bu yıllarda birer defa Gençlik ve Spor Bakanlığı ve Beden Terbiyesi Genel Müdürlüğü ile 2 kez TRT Kupası’nı kazandı. Türkiye Kupası’nda ise 2 kez final oynadı.
1986/1987’de Beşiktaş, Cumhurbaşkanlığı Kupası finalinde oynadı. Ancak 1987/1988 sezonunda 2. Lige düştü. 1 sezon sonra 1. Lige geri dönen Beşiktaş 1970/1987 yılları arasında 1 şampiyonluk ve 5 ikincilik kazandı. 1974/1975’de şampiyonluk, 1971/1972, 1975/1976, 1976/1977, 1980/1981 ve 1981/1982 sezonlarında ikinci olurken, 1986/1987’de Klasman Grubu Birincisi oldu.
1997 yılında çok kötü bir sezon geçiren takım ligi 13. sırada tamamlayarak küme düştü. Ancak Yıldırımspor maddi sorunlar nedeniyle 1.ligden çekilince tekrar 1. ligde oynamaya hak kazandı. Bu sezon takımın başına genç takımın koçu Ahmet Kandemir getirildi ve oldukça mütevazı kadroyla ligin müessese kulüplerinden sonra en başarılı kulüplerinden biri oldu.
Halen Birinci Lig’de yer alan Beşiktaş, 1999’da Avrupa Koraç Kupası’nda Çeyrek Final’e çıktı. 2004/2005 sezonunda play-off yarı finalinde Ülkerspor'u eleyen Siyah-Beyazlılar 30 yıl aradan sonra finale çıktı. Rakibi Efes Pilsen'e seride 4-1 kaybeden Beşiktaş, ligi 2. tamamladı.
1997'deki küme düştüğü sezondan itibaren kadameli olarak her yıl biraz daha yükselen kulüp son iki sezondur normal sezon maçlarını Ülkerspor ve Efes Pilsen'in ardından üçüncü sırada tamamladı.2006-2007 sezonunda normal sezonu beşinci bitirdi, play offlarda çeyrek finalde Galatasaray Cafe Crown 'a yenilerek elendi sezon sonunda antrenörlüğe Ergin Ataman getirildi.