Bugünkü Ugandalılar, iki grup halinde ülkeye göç edenlerin soyundan gelmektedir. İlk grup olarak, 15. yüzyılda güneye doğru gelenler ülkenin bugünkü Bantu halkını oluştururlar. Ardından Nil çevresinden ve Sudan’dan gelen ikinci grup kuzey ve doğudaki kabileleri kurdular.15.yüzyıldan itibaren bölgenin özellikle de güney kesimlerinde pek çok krallık kurulmuştur. Bunlar içerisinde Buganda Krallığı önemli bir yere sahipti. Ayrıca Ankole Krallığı, Bunyoro Krallığı ve Toro Krallığı da bu yüzyıl içerisinde bu bölgede kurulan krallıklardır.
19. yüzyılda Arap tüccarların fildişi ve köle ticareti yapmak için bölgenin göl kıyısı kesimlerine gelmesi ile bölge nüfusu İslamiyet ile tanışmış ve İslam dini önem kazanmaya başlamıştır.
1860’ta bölgeye ilk gelen Avrupalılar olan Britanyalı John Hanning Speke ve John Hanning Speke, Nil Nehri’nin kaynağını da aynı zamanda ilk keşfeden Avrupalılar olmuştur. Bu dönemde Afrika kıtasının doğusunda Avrupalıların sömürgeleştirme süreci de başlamış, bu süreçte buraya gelen grup içerisinde yer alan hem Katolik hem de Protestan misyonerler kısa sürede misyonerlik faaliyetlerinde başarı göstererek halk gruplarını kendi dinlerinin mensubu yapmışlardır.
Uganda 1894’te Britanya himayesi altına girmiş, bu süreçte sömürge ekonomisi pamuk ve kahve ekimine öncelik verdirtmiştir. 1950'lerde sömürgelikten kurtulmak için uğraşılmış, partiler kurulup bir meclis oluşturulmuştur. Yerel temsilciliklerde siyahi yerliler beyaz Avrupalılar kadar temsil hakkı elde ederek bölgede söz sahibi olmuşlardır. Uganda 9 Ekim 1962’de bağımsızlığını ilan etmiştir.
Devlet Başkanı Milton Obote döneminde pek çok zorbalık yaşanmıştır. Birçok işletme kamulaştırılmış, gizli polis teşkilatı vasıtası ile karşıt görüşlülere işkenceler uygulanmıştır. Obote'nin İngiliz Milletler Topluluğu toplantısı için Singapur'da olduğu bir dönemde ordu komutanı İdi Amin 25 Ocak 1971’de askeri darbe ile Obote'yi görevden uzaklaştırarak devlet yönetimini ele geçirmiş ve kendisini devlet başkanı ilan etmiştir. İdi Amin diktatör olarak ülkeyi yönettiği 1971 ile 1979 yılları arasında muhalifler başta olmak üzere birçok kişi takip edilmiş, işkence görmüş ve öldürülmüş toplamda da bu süreçte 300.000 kişi cinayetlere kurban gitmiştir.
Tanzanya, 11 Nisan 1979 yılında başkent Kampala'yı ele geçirmiştir. Bu gelişmenin ardından ülkeden kaçan Amin önce Libya'ya sonra Irak'a son olarak da Suudi Arabistan'a kaçarak sürgün hayatı yaşamıştır. Yoweri Kaguta Museveni az sayıda National Resistance Army birliği ile birlikte başarılı bir gerilla savaşı yürüterek Ocak 1986'da başkent Kampala'yı ele geçirmiştir. Bundan sonra Uganda’da çoklu parti dönemi başlamıştır.