1402 Ankara Savaşı'nda Yıldırım Bayezid’in Timur’a mağlup ve esir düşmesinden sonra Aydınoğlu Beyliği tekrar canlanmıştır. Aydınoğlu hanedanının başında bulunan Aydınoğlu İsa Bey ölmüş bulunduğundan, beyliğin başına Timur Han'ın emriyle, İsa Bey'in oğlu Aydınoğlu Musa Bey geçti. Musa Bey'in de ertesi yıl vefatı üzerine, 1403'de yerine Aydınoğlu II. Umur Bey geçti. Fakat, Aydınoğlu İbrahim Bahadır Bey'in oğlu ve o sırada Timur tarafından Cenevizlilerden tamamen alınmış bulunan İzmir'in valisi olan Cüneyd Bey buna karşı çıkarak, saltanat iddiasında bulundu. II. Umur Bey'in üzerine yürüyerek payitahtı Ayasluğ’u (Selçuk) zapteden Cüneyd Bey, Umur’un 1405’te ölümüyle de, Aydınoğlu topraklarına tek başına hakim oldu ve bu hakimiyetini aralıklarla 1425’e kadar sürdürdü.
Cüneyd Bey, konumunu sağlamlaştırmak için, Osmanoğlu hanedanı içinde Fetret Devri boyunca cereyan eden taht kavgalarına karıştı, ve her defasında şehzadelerden birini tutarak, zaman zaman kendisine müttefik bulmak veya mevcut ittifaklara katılmak yolunu tuttu. Birçok kereler başarısızlığa uğramasına rağmen, kendini bağışlatmayı bildi ve her seferinde yeni vazifeler almaya muvaffak oldu.
İzmiroğlu Cüneyd Bey'in karıştığı başlıca gaileler şunlardır:
- 1404 yılında I. Mehmed Çelebi'nin Bursa'ya girerek hükümdarlığını ilan etmesinden sonra Ulubat'ta yendiği kardeşi İsa Çelebi, önce Bizans'a, sonra Edirne'deki diğer kardeş Süleyman Çelebi'ye, I. Mehmed'e ikinci defa yenilmesinden sonra da İsfendiyar Bey'e, üçüncü yenilgisinden sonra ise İzmiroğlu Cüneyd Bey'e sığınmıştır. Onun aracılığıyla Saruhan ve Menteşe Beyleriyle anlaşarak talihini bir kere daha denemek istedi, ancak yine mağlup oldu ve bu defa Karamanoğlu Beyliği'ne iltihak etti. Ancak bir süre sonra yakalanarak ortadan kaldırıldı.
- Anadolu'da yalnız kalarak kuvvetlenen I. Mehmed'in bu kez karşısına çıkan Edirne'deki kardeşi Süleyman Çelebi'nin hakimiyetini İzmiroğlu Cüneyd Bey ve Menteşeoğlu İlyas Bey kabul ettiler. Ancak I. Mehmed'in diğer kardeş Musa Çelebi'yi Rumeli'ye göndermesiyle geri çekilmek zorunda kalan Süleyman Çelebi, Musa Çelebi'nin bir baskını ile ortadan kaldırıldı.
- Süleyman Çelebi'yi bertaraf eden Musa Çelebi Edirne’de bu kez kendi hükümdarlığını ilan edince İzmiroğlu Cüneyd Bey bu defa da onun tarafına geçti. Musa Çelebi I. Mehmed'in Anadolu’da kuvvetli olduğunu bildiği için daha ziyade Bizans'la meşgul oldu ve İstanbul'u bir kez kuşattı. Bu arada sonradan büyük bir isyan çıkaracak Şeyh Bedreddin’i kazasker yaparak, nüfuzunu artıracağı bir mevki edinmesini sağladı. Bizans İmparatoru'nun Musa Çelebi'ye karşı yardım istemesiyle I. Mehmed 1411’de İnceğiz mevkiinde kardeşi ile savaşa girişti ve kaybetti. Gemilerle Anadolu tarafına geçerek yaralı bir halde Bursa’ya geldi. Bir yıl sonra Musa Çelebi’yle yaptığı ikinci savaşta da yenildi. Musa Çelebi’nin sert yönetiminin ahaliyi I. Mehmed tarafına meylettirmesiyle I. Mehmed kardeşine karşı üçüncü defa Rumeli’ye geçti. Kendisine katılan Sırp despotu ve bazı ümera ile birlikte, Tuna’ya çekilmekte olan Musa Çelebi üzerine yürüyen I. Mehmed, Çamurlu Derbend mevkiinde meydana gelen savaşta Musa Çelebi’yi nihayet yendi. Musa Çelebi, yaralı olarak kaçarken yakalanıp boğduruldu ve Bursa’ya nakledilip, babasının türbesine defnedildi. İzmiroğlu Cüneyd Bey ise Ohri'ye sürüldü.
- Ancak İzmiroğlu Cüneyd Bey kısa süre sonra Ohri’den kaçarak Aydın’a geldi ve Ayasluğ’u (Selçuk) kuşatarak şehri aldı ve sancakbeyini öldürttü. I. Mehmed, Anadolu’ya dönünce önce Cüneyd Bey üzerine yürüyüp, Çandarlı İbrahim Paşa eliyle Menemen, Kayacık ve Nif kalelerini aldı. Bu arada İzmir de temelli olarak Osmanlı Devleti idaresine alındı. İzmiroğlu Cüneyd Bey'in sürekli istikrarsızlık unsuru oluşturması, ailesinin ve kuvvetlerinin içinde bulunduğu Kadifekale kuşatmasını uluslararası bir hadise haline getirmişti. Rodos, Midilli ve Sakız Hıristiyan donanmalari gibi, Menteşe Beyliği donanmasi da Osmanlılarla işbirliği yaparak İzmir'in zaptında rol oynamislardı. Rodos Şövalyeleri yardımları karşılığında Timur tarafından yıktırılan İzmir Okkale'yi (Avrupalılar için St. Peter Kalesi; bugün Hisar Camii'nin bulunduğu noktadaydı, nitekim Hisar Camii'nin adı da bu kaleden gelir) yeniden inşa etme talebinde bulunmuşlarsa da, I. Mehmed ısrarlara karşı direnmiş, ancak ilişkileri büsbütün bozmak istemediği için Bodrum Kalesi'ni inşa etmelerine izin vermiştir. Ancak Çelebi Mehmed, Cüneyd’in annesinin ricası üzerine İzmiroğlu Cüneyd Bey'i affederek 1414’te Niğbolu Sancakbeyliğini verdi, Aydın sancakbeyliğine de Bulgar kralı Şişman'ın müslüman olan oğlu Süleyman'ı atadı.
- İzmiroğlu Cüneyd Bey, affedilip Niğbolu sancakbeyi tayin edilmişken, Düzmece Mustafa'nın ("Mustafa Çelebi" veya, daha sonra isyan eden II. Murad'ın kardeşi Küçük Mustafa Çelebi'den ayırmak için, "Büyük Mustafa Çelebi" de denilir) ortaya çıkmasıyla bu sefer onunla birlik oldu ve padişaha tekrar baş kaldırdı. Harekete Eflak voyvodası Mirçe'yi de dahil edip Tesalya ve Selanik tarafında büyük karışıklıklar çıkardılar. Bu bölgeyi seçmelerinin sebebi, yenilgi halinde, o dönemde hem Bizans İmparatorlu'na hem de Osmanlı Devleti ile bağımlılık anlaşmaları olmakla birlikte özerk bir konumda olan Selanik'e sığınabilme düşüncesiydi. Nitekim I. Mehmed Düzmece Mustafa ordusunu Selanik mıntıkasında yendi ve isyancılar Selanik valisi Dimitrios Laskaris'in himayesine sığındılar. Uzun müzakerelerden sonra I. Mehmed Bizans İmparatoru Manuel'i isyancıların Selanik'te tutuklanmalarına ve Bizanslıların yıllık üçyüz bin akçe karşılığında kayd-ı hayat şartıyla Düzmece Mustafa, Cüneyd Bey ve otuz üç maiyetinin Limni adasında sürgün edilmelerine ikna etti.
- 1421 Mayısında tahta geçen II. Murad padişah değişikliklerinin karışıklıklara gebe olduğunu bildiğinden ve daha bir yıl öncesinde, şehzadeliğinde, Rumeli'de Şeyh Bedreddin İsyanı'nın, Ege Bölgesi'nde Börklüce Mustafa ve Torlak Kemal (Samuel) isyanlarının bastırılmasına bizzat nezaret ettiğinden, gönül alıcı mektuplar ve çok değerli hediyeler göndermek suretiyle herhangi bir kargaşa çıkmasını baştan önlemek istiyordu. II. Murad zamanında da mevkiini koruyan Amasyalı Beyazıd Paşa, Çelebi Mehmed'in ölümünün duyulmasından sonra serbest bırakılan ve meşru hükümdarla mücadeleye başlayan Düzmece Mustafa'nın üzerine gönderildi. Edirne'nin Sazlıdere mevkiinde Şehzade Mustafa'nın kuvvetleriyle karşılaştı. Emri altındaki askerlerin büyük çoğunluğu Mustafa tarafına geçince teslim olmak zorunda kaldı ve ertesi gün İzmiroğlu Cüneyd Bey'in tahrikleriyle katledildi. Sazlıdere zaferinden sonra bir süre boyunca eli güçlenen ve Edirne'de saltanat sürmeye başlayan Mustafa'ya bağlı birlikler ile karşı tarafın avantajını değerlendirmekte geç kalmasından istifade eden II. Murad'ın birlikleri Ocak-Şubat 1422'de Ulubat Çayı kenarında karşı karşıya gelirler. II. Murad'ın maiyetindeki Hacı İvaz Paşa ve Mihaloğlu Mehmed Bey gibi şahısların Rumeli beylerini sözlü ve yazılı olarak etkilemesi üzerine, herhangi bir çarpışma olmaksızın Mustafa'nın kuvvetlerinde bir moral çöküntüsü yaşandı. Bunu farkeden ve Mustafa'nın sonunu iyi görmeyen İzmiroğlu Cüneyd Bey de değerli eşyaları ve kendisine bağlı yetmiş kişi ile birlikte gece vakti karargahtan kaçarak Aydın yöresine sığındı.
- Ancak Mustafa Çelebi olayı Osmanlı Devleti açısından bardağı taşıran son damla olmuştu. Döndüğü Aydın yöresinde Beyliğinin eski topraklarını elde etmek, Bizanslılar ve Venediklilerle ilişkiler kurmak çabası içine girer. Aydin ili beyi Yahşi Bey ve Anadolu Beylerbeyi Oruç Bey'in üstesinden gelemedikleri Cüneyd'i yeni Anadolu Beylerbeyi Hamza Bey, Akhisar civarında yenilgiye uğratır. Sıkıştırılan Cüneyd Bey Sisam adası karşısındaki İpsili kalesine sığınmış, ancak Osmanlıların Anadolu'daki en önemli hasmı konumunda olan Karamanoğlu Beyliği'nden beklediği yardımı göremeyince (gizlice Karamanoğlu İbrahim Bey'in yanına kadar gidip bir miktar Karaman askeri ile döndüğü, ancak bu yardımcı kuvvetlerin İpsili'ye varışta Cüneyd'i terkettiği belirtilmektedir), teslim olmuş ve yanındaki oğlu Beyazıd ile birlikte öldürülmüştür. Çanakkale hapishanesinde bulunan diğer oğlu Kurt Bey ve kardeşi Hamza Bey de öldürülerek soyuna son verilmiştir.
Bu bir türlü rahat durmayan tarihi şahsiyetin ortadan kaldırılmasıyla Aydınoğlu Beyliği toprakları tamamıyla Osmanlı Devleti'nin hakimiyeti altına girmiştir (1425).
Beylik hanedanının torunlarından Aydınoğlu Molla Yakup Bey 1597 yılında İzmir'in en büyük camii olan Hisar Camii'ni yaptıracaktır. Bu da, Aydınoğlu ailesinin Osmanlı idaresinde de uzun süre ön planda kaldığına işaret etmektedir. Ancak 17. yüzyıldan itibaren İzmir'in giderek yabancı tacirler ve azınlıkların ağır bastığı bir evrime girmesiyle ailenin önce nüfuzu azalmış, sonra da fertleri kaybolmuş olmalıdır.