Azınlık vakıflarının sahip olduğu çok sayıda kilisenin yanında artık ilk Türk kilisesi de İstanbul'da yasal bir statüye kavuştu. 1999'da Beyoğlu 4'ncü Asliye Hukuk Mahkemesi kararıyla kurulan İstanbul Protestan Kilisesi Vakfı, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanlığı'nın 25 Ağustos 2005 tarih ve 2559 sayılı kararıyla imar planı değişikliğine kavuştu. İstanbul Valiliği'nin de yaklaşık bir yıl süren incelemesinin ardından, 18 Ağustos'ta 4665 sayılı izin yazısı çıktı. Böylece İstanbul Protestan Kilisesi Vakfı, "Türkiye Cumhuriyeti tarihinde, azınlık kiliseleri dışında, Türk Kilisesi olarak ilk olma özelliğine sahip.
Atina'da camii yapılmazken kiliseye izin verilmesi önemli
İstanbul Protestan Kilisesi Vakfı Başkanı Timur Topuz şunları söyledi: "Çok güçlük olmadı, ama kolay bir karar değil Türkiye için. Ancak demokratikleşme yolunda bence iyi bir işaret. Türkiye'nin değiştiğini gösteren iyi bir işaret bugün AB üyesi Atina'da cami yapılamazken AB'ye aday ve yüzde 99'u Müslüman olan bir ülkede böyle bir izinin çıkması önemli bir olay. Kilisemizin üye sayısı 65 kişi, ama gelen misafirlerle beraber bu sayı bazen 100'e ulaşıyor. Vakfımızın kuruluş amacı Türkiye'deki protestanların dini ihtiyaçlarına hizmet etmektir. İzmit'deki Protestanlar rica etti, oradaki binamızı onlara verdik. Eskişehir Protestanlarına da kiralayarak tahsis ettiğimiz binamız var."