Böbrek biyopsisi, böbrekte saptanan şüpheli bir lezyonun yapısını ortaya koymak amacıyla yapılır. Geçmişte, böbrekte bir kitle saptandığında, klasik uygulama iğne biyopsisi yapmadan böbreğin tamamen (radikal nefrektomi) ya da kısmen (parsiyel nefrektomi) alınması idi. Ancak, böbrekteki kitlelerin bir kısmı iyi huylu olduğundan, bu uygulama bazı hastalarda böbreğin gereksiz yere alınmasına neden olmaktaydı. Birçok sakıncaları olan bu uygulama günümüzde büyük ölçüde terkedilmiştir ve yerini, diğer organlarda olduğu gibi, iğne biyopsisine bırakmıştır.
Böbrekte iğne biyopsisi genellikle tomografi rehberliğinde yapılır, çünkü günümüzde saptanan böbrek kitlelerinin çoğu küçüktür ve küçük kitleler tomografi ile çok daha iyi görülürler. Cilde ve derin dokulara lokal anestezi uygulandıktan sonra, önce bir kılavuz iğne ile tomografi yardımıyla kitleye kadar ilerlenir, daha sonra da bu iğnenin içinden gönderilen bir kesici iğne (trukat, kor biyopsi iğnesi) ile çok sayıda biyopsi alınır.
Böbrek biyopsisi yapıldıktan sonra, kitlenin iyi huylu mu kötü huylu mu olduğu %95 in üzrinde bir doğrulukla anlaşılabilir. Böbrekteki kötü kuylu kitlelerin çoğu renal hücreli kanserdir (RCC). RCC lerde eskiden tek tedavi ameliyat iken günümüzde radyofrekans ve kriyoablasyon gibi perkütan ablasyon yöntemleri gittikçe daha yaygın olarak kullanılmaktadır. Son çalışmalar, perkütan ablasyonun uzun dönem sonuçlarının cerrahi ile aynı olduğunu ancak komplikasyon oranının daha düşük olduğunu göstermiştir.