Bronx'taki St. Nicholas Kilisesi’nde, Rahip Brendan Flynn, korku ve disciplin gücüne yürekten inanan Rahibe Aloysius Beauvier'in ateşli bir şekilde savunduğu katı gelenekleri yıkmak için çaba göstermektedir. 1964 yılındayız ve ülkenin politik iklimindeki değişim rüzgarlarının kilise camiasını da etkilemesi gecikmez. Beyazların yönetimindeki bir okula ilk kez siyahi bir öğrenci olan Donald Miller kabul edilir. Geleceğe umutla bakan genç ve masum Rahibe James, Peder Flynn ile ilgili bir şüphesini Rahibe Aloysius ile paylaşarak Peder Flynn'ın Donald'a karşı aşırı bir yakınlık gösterdiğini anlatır. Bu iddia ve suçlama üzerine harekete geçen Rahibe Aloysius, gerçeği ortaya çıkarmak ve Peder Flynn'ı okuldan uzaklaştırmak için büyük bir mücadele başlatır. Bu mücadele hem kilise hem de okul üzerinde yıkıcı sonuçlara yol açacaktır.