Eser, altı bölümden oluşmaktadır.
Birinci bölümde, İslam bilginlerinin din kavramından ne anladıkları ortaya konmuş, ikin bölümde fıtrat kavramının İslam düşüncesindeki yeri gösterilmiştir. Üçüncü bölümde, bir fıtrat tavrı olarak dua tetkik edilmiş; dördüncü bölümde, büyük ölçüde parelellik arzeden din ve fıtrat kavramlarının bu paralelliklerinden çıkan sonuçlar ele alınmıştır. Beşinci bölümde, bir fıtrat dini olarak tesbit edilen İslam'ın, evrensel ve karakteristik niteliklerine açıklık getirilmiştir. Altıncı ve son bölüm, Fıtrat Dini'nin temel inançlarına ayrılmıştır.