Kolombiya toprakları İnka İmparatorluğu, Musica, Taynana, Sinu gibi tarihin en eski medeniyetlerine ev sahipliği yapmıştır. Her ne kadar Christoph Colomb’un adıyla anılsa da Colomb Kolombiya’ya hiç ayak basmamıştır. 16. yüzyılda İspanyol komutanlar Gonzalo Jimenez de Quesada ve Sebastian de Belaicazar tarafından sömürgeleştirilen ülke 19. yüzyılda Napolyon’un İspanya’yı işgaline kadar sömürge ülkesi olarak yaşamıştır. Bu dönemde başlattığı bağımsızlık savaşını kazanan Kolombiyalılar 1886’da Kolombiya Cumhuriyeti’ni ilan etmişlerdir.
ABD’nin yardımı ile 1903’te Kolombiya’dan ayrılan Panama, Kolombiya ile ABD arasında 1921’e dek süren bir gerginliğe sebep olmuştur. Ülkede bugün hala iç çatışmalar yaşanmaktadır.