Renk Değişimi Kontrolündeki Fonksiyonu
Bazı balık, amfibi ve reptil türlerinde pineal bez renk değişiminde fonksiyoneldir. Pineal bez melanin pigmentinin toplanmasını uyararak renk açılmasını koşullar. Melatonin hipofizer Melanosit Uyarıcı Hormon'u (MSH) baskı altında tutabilir ve Melanosit Uyarıcı Hormon'u baskılayan melatonin de, renk değişimi üzerinde indirekt bir konrol sağlayabilir. Pineal bezi çıkarılmış sıçanın hipofizinde Melanosit Uyarıcı Hormon içeriği artar.
Üremenin Kontrolündeki Fonksiyonu
Termoregülasyon Fonksiyonu
Birçok memelinin termojenik tepkileriyle ilişkili kahverengi yağ dokusu (BAT), pineal bezin kontrolündedir. Melatonin hormonu, bu kahverengi yağ dokusunun total ağırlığını artırır. Kahverengi yağ dokusundaki artış da, özellikle, kış uykusuna yatan memelilerde pineal bezin fonksiyonel önemini belirler.
Antioksidan Savunmadaki Fonksiyonu
Beyindeki en önemli antioksidandır. Evrim süresince korunmuşluğu, melatoninin tüm canlılar için bazal, ama, multifonksiyonel bir molekül olması gerektiğini kanıtlar.