Pasifik savaşından sonra Tokyo 'da Tsuchimikado Yako'nun yaptığı bir ayinin başarısızlıkla sonuçlanması sebebiyle şehir kötülcül ruhsal varlıkların saldırısına uğrar. Bu ruhsal varlıkları görebilen ve savaşabilen tek insanlar Onmyoji'lerdir. Uzun süredir devam eden bu savaşlar sonucunda yetenekli öğrenciler seçilip Onmyoji okullarında yetiştirilmektedir.
Tsuchimikado Harutora ülkenin en köklü Onmyoji ailesinden gelmektedir ama ne varki ruhsal varlıkları göremediği için sıradan hayatını sakince sürdürür. Harutora ana ailenin kollarından birinin çocuğudur.Ana ailenin varisi ise Harutora'nın çocukluk arkadaşı Natsume'dir. Herkes Natsume'nin en ünlü Onmyoji olan Abe no Seimei'nin reankarnasyonu olduğunu düşünmektedir. Bu yüzden ülkenin en seçkin Onmyoji okuluna gitmekte olup kendisini herkesin erkek olarak bilmesini sağlamıştır. Ailesi dışında kimse onun cinsiyetini bilmemektedir. Harutora çocukken beraber oynadığı Natsume'ye sen Onmyoji olursan bende senin shikigamin olacağım diye söz vermiştir. Gerek aile farklılıkları gerekte yetenekleri onları farklı yollara süreklemiştir.
Harutora ilk okuldan itibaren 3 kişilik arkadaş takımıyla gününü geçirmektedir. Bunlar Touji ve Hokuto (Hokuto, Harutora'yı sürekli azarlasada onu sevmektedir)'dur. Bir gün Onmyoji birliğine ihanet eden en genç 12 Cennet Genarelinden Dairenji Suzuka ölen abisini geri getirmek için Tsuchimikado ailesinin yasak tekniğini öğrenmek amacıyla Festival dönüşü Harutora ve arkadaşlarına saldırır. Harutora'yı ailenin varisi Natsume sanmıştır.Harutora shikigami tarafından öldürülecekken Hokuto önüne atlar ve shikimanin dokunacı kıza saplanır. Yıllardır tanıdığı arkadaşı aslında insanımsı bir shikigamidir. Arkadaşından geriye sadece yırtık bir shikigami kağıdı ve kulaklarında onu sevdiğini söyleyen veda sözleri kalır. Bunun üzerine Natsume'ye gider ve küçükken verdiği sözü hatırlatır ve shikigamisi olmak istediğini söyler böylece intikam almak ve göremediği bu dünyanın kapılarını açmak için hayatının en önemli kararını verir. Asıl amacı arkadaşını yapan Onmyoji ustasını bulmak olsada artık oda seçkin öğrencilerin gittiği Onmyoji okuluna efendisi Natsume'nin yanında kendide öğrenci olarak katılır.