Yap ı, Amasya şehrinin güney-batı sırtlarında, eskiden Yakub Paşa denilen, Mehmet Paşa/Savadiye Mahallesinde yer almaktadır. Günümüze ulaşan bir inşa kitabesi bulunmayan yapı Vaktiyesi hakkındaki bilgilere dayanılarak1413 (H.815)' e tarihlendirilmektedir.Zaviye, kuzey cephesine çıkıntı yapan tevhidhane mekanıyla birlikte, genel olarak kare bir plana sahiptir.Doğu ve batı yönlerindeki girişlerle, yapıyı ikiye ayıran koridora girilmektedir. Girişlerden batı cephede olanı kemerli derin açıklığıyla bir eyvanlı taç kapı görünümündedir. Doğu yönündeki giriş ise küçük ve sade bir tali kapı mahiyetindedir. Koridorun güney yönünde mescit, bunun iki yanında derviş hücreleri, kuzey yönünde ise tevhidhane yer alır. Tevhidhanenin batısında türbe, doğusunda ise şeyh odası bulunmaktadır. Çeşitli onarımlardan sonra cami olarak ibadete açılmıştır.
Amasya, Yakub Paşa Zaviyesi, Çilehane Camisi, Pir ilyas Zaviyesi