1983 yılından itibaren Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu'na bağlı bir kuruluş durumuna gelmiştir.
28 Nisan 1930 tarihinde Türk Ocakları'nın VI. Kurultayı'nın son oturumunda Gazi Mustafa Kemal'in direktifi üzerine Afet İnan 40 imzalı bir önerge sunmuş ve bu önergede Türk tarihini bilimsel olarak araştırmak üzere bir heyet kurulması istenmişti. Aynı gün Türk Ocakları Kanunu da bu konuda bir madde ekledi. Oluşturulan 16 kişilik heyet ilk toplantısını 4 Haziran 1930 tarihinde yaparak yönetim kurulu ve üyelerini belirledi. Bu heyet, Türk Tarih Kurumu'nun temelini oluşturur.
Heyet, "Türk Tarihinin Ana Hatları" adlı bir çalışma yayımlamıştır. Kitap, Orta Asya'da bir Türk uygarlığı ve bu merkezden başlayan göçlerle Türklerin Çin, Hindistan, Mezopotamya, Mısır, İran, Anadolu'ya giderek o bölgelerin halklarını uygarlaştırdıkları tezini işlemekteydi ve hedef, bu kitabın ana fikrine uygun okul kitapları hazırlanmasıydı.
Türk Ocakları 29 Mart 1931 tarihinde kapanma kararı alınca Türk Tarih Heyeti, 12 Nisan 1931 tarihinde "Türk Tarih Tedkik Cemiyeti" adıyla yeniden örgütlenip çalışmalarına devam etti. Kurumun adı 1935 yılında "Türk Tarihi Araştırma Kurumu", daha sonra "Türk Tarih Kurumu" olarak değişti.
Kurum, Türk Tarih Kurumu adıyla faaliyet gösterdiği dönemde dört ciltlik lise tarih kitabını, İsmail Hakkı Uzunçarşılı'nın "Anadolu Beylikleri"'ni, bazı kazı raporlarını, Piri Reis'in "Kitab-ı Bahriye" ve haritasını basmış, 1937 yılından itibaren ise Belleten dergisini yayınlamıştır. 2-11 Temmuz 1932 tarihleri arasında "Türk Tarih Kongresi" adıyla düzenlediği ilk kongrenin ardından düzenli olarak kongre düzenlemeyi sürdürdü. Uluslararası nitelikte İkinci Türk Tarih Kongresi 20-25 Eylül 1937 tarihleri arasında gerçekleşti. 1935 yılında kurumun kendi olanakları ve çalışanı ile Alacahöyük Kazısı başlatıldı.
Kurumun çalışmaları ile cumhurbaşkanı Mustafa Kemal Atatürk bizzat ilgilenmekte ve toplantılarına katılmaktaydı. Mustafa Kemal Atatürk'ten sonra gelen tüm cumhurbaşkanları da bir gelenek olarak kurumun "koruyucu başkanı" oldular.Mustafa Kemal Atatürk, 5 Eylül 1938 tarihindeki vasiyetnâmesi ile, İş Bankası'ndaki hisselerinin gelirinin yarısını Türk Tarih Kurumu'na bağışladı. Kurum, 21 Eylül 1940 gün ve 2/14556 sayılı Bakanlar Kurulu kararnamesiyle kamu yararına çalışan dernekler arasına alındı.
Kurum, çalışmalarına Ankara'daki Türk Ocağı Halk Evleri binasında başlamıştı. 1940 yılı sonunda Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesi Binasına taşınmış, 12 Kasım 1967 tarihinde Turgut Cansever ve Ertur Yener tarafından tasarlanmış kendi binasına geçmiştir.
Türk Tarih Kurumu, tüzel kişiliğe sahip olarak, 7 Kasım 1982 tarihinde kabul edilen Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın 134. maddesi ile kurulan Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu bünyesine dahil edildi.
Türk Tarih Kurumu, ilmî araştırma ve yayınları yanı sıra, birincisi 2-11 Temmuz 1932 tarihleri arasında toplanan ve belli aralıklarla günümüze kadar XVI. kez gerçekleştirdiği milletler arası nitelikte "Türk Tarih Kongreleri" yapmaktadır. 20-25 Eylül 1937 tarihleri arasında Dolmabahçe Sarayı'nda yapılan II. Kongre, uluslararası nitelik kazanmış, yabancı bilim adamları da bu kongreye katılmışlardır. Bu Kongre, Türk tarihinin açıklanması ve belgelenmesi amacını gütmüştür. Ayrıca, Kongre dolayısıyla, tarih öncesinden Cumhuriyet dönemine dek yurdumuzda ve Ortadoğu'da gelişen büyük uygarlıkları, maketler, mülajlar, resimler ve grafiklerle canlandıran bir sergi düzenlenmiş ve bu sergi Mustafa Kemal Atatürk'ün ölümüne dek Dolmabahçe Sarayı'nda kalmıştır.