

Bundan sonra çeşitli Kızılbaş klikleri Safevi Devleti içinde kendi kliklerinin başa gelmesi birbirleriyle kıyasıya rekabete başladılar. Safevi Devleti'nin idaresindeki birlik beraberlik bozuldu. Şah Muhammed'in saltanatı kliklerin birbirine rekabeti ve aralarında dalaşmalar yapmaları ile geçmeye başladı.
Önce Şah Muhammed'in hayatta en büyük erkek çocuğu olan Hamza Mirza, daha yetişkin yaşta değilken, veliaht olarak ilan edildi. Hamza Mirza devletin Büyük Veziri olan ve kendini Hayrulnisa Hanım suikastından zor kurtaran Mirza Salman ile işbirliği yapmaya başladı. Hayrulnisa Hanım'ın Kızılbaşları merkez bağlama stratejisinin başmimarı olan ve kendine bağlı bir ordu kurmaya heveslenen Mirza Salman ve ona bağlı veliaht Hamza Mirza, Kızılbaşların hışmına uğradı. 1583'de Kızılbaşlar Şah Muhammed'de baskı yaparak vezir Mirza Salman'ın idam edilmesini sağladılar. Bundan sonra Hamza Mirza devlet işlerini tek başına üzerine aldı. Ama 6 Aralık 1586'da Hamza Mirza da [[Gence]]'de nedeni çok gizemli bir suikaste kurban gitti ve öldürüldü.
Şah Muhammed'in pek iradesiz içişleri yönetimi ülkede bir sıra, özellikle Kızılbaşlar tarafından iç isyanların çıkmasına da neden olmuştu. Bu Kızılbaş iç isyanlarının en önemlisi 1581'de en son isyan olup bu isyan sonucu olarak Şah Muhammed Hüdabende Safevi Devleti şahliğından atılmıştır. Bu isyan Horasan'da bulunan en önemli Kızılbaşlardan olan Samlu Emir Alikuli Han tarafından başlatılmış ama sonra Mürşid Kuli Han tarafından devam ettirilmiştir.
Muhammed Mirza, daha şah olarak tahta çıkmadan once, Horasan'da Herat valiliğinden Şiraz'da Fars eyaleti valiliğine nakledildiğinde üçüncü erkek oğlu olan (Şah olmadan kullandığı adla) Abbas Mirza 4 yaşında idi. Horasan eyaletinin Safevi sülalesinden bir valisi olması geleneği üzerine küçük Abbas Mirza Herat valisi olarak atandı. Ama Horasan'da gerçek iktidar Abbas Mirza'nın lalası olan Kızılbaş lideri Samlu Emir Alıkuli Han elinde idi. Samlu Emir Alıkuli Han birkaç yıl sonra kendini Horasan da bağımsız emir olarak ilan etti. 1581'de şahın oğlu ve Horasan'ın nominal valisi olan Abbas Mirza'ya bağlığını ilan ederek onu Kazvin'e bağlı olmayan Safevi Şahı olarak ilan etti. Fakat Samlu Emir Alikuli Han'ın bu isyanı bastırıldı ve Alikuli Han Herat'ta kaldı. Horasan'da
{{Ana}}