Pontus Rum Cemiyeti, ilk defa 1904 yılında Merzifon Amerikan Koleji'nde gizli olarak kurulmuştu. 1908 yılında Samsun'da Müdafaa-i Meşrute, daha sonra Mukaddes Anadolu Rum cemiyetlerinin kurulmasıyla Pontus teşkilatı genişletilmiş, Batum'dan İnebolu'ya kadar olan bölgede bir çok şube açılmıştı. Pontus Rum Cemiyeti 1909 yılında atina'daki Küçük Asya (Asya-yı Suğra) Cemiyeti'nin emri altına girmiş, ertesi yıl Pontus adlı bir risale yayınlayarak çalışamalarını daha da yoğunlaştırmıştı. Birinci Dünya Savaşı sırasında Rus işgal döneminin himaye ettiği bu faaliyetler ateşkes sonrasında bu kez Yunanistan'ın güdümünde yeniden hız kazanmıştı. Cemiyetin amacı Batum'dan Sinop'a kadar uzanan Karadeniz sahillerinde başkenti Trabzon veya Samsun olan bir Karadeniz Rum Cumhuriyeti kurmaktı. Bu amaçla İstanbul'da Pontus adıyla bir gazete çıkarmaya başlamış, Orta ve Doğu Karadeniz bölgesinde Rum azınlığın yaşadığı yörelerde silahlı çeteler oluşturmuştu.
Diğer taraftan aynı amaç doğrultusunda siyasî faaliyetlerde bulunmak üzere Avrupa'ya heyetler göndermekteydi. Pontusçu Rumlar bir taraftan da Ermenilerle asıl sahiplerini unutmuş göründükleri Trabzon'u paylaşamamak yüzünden rekabet halinde bulunuyorlardı. Bu cemiyetin iç yüzü 16 Şubat 1921'de Merzifon Amerikan Koleji'ne yapılan ani bir baskın sonucunda ortaya çıkarıldı. Ayrıca kolejin Amerikalı yönetiminin ele geçen evrakında, İslam ve Osmanlı devleti Hristiyanlığın en büyük engeli ve düşmanı olarak gösterilmekte, Rum ve Ermeni çocuklarını din ve devlet düşmanı olarak eğitirken amaçları anlaşılmasın diye bir kaç müslüman çocuğa yaptıkları yardımı büyük günah saydıkları ve bunun için Hazreti İsa'dan af diledikleri belirtilmekteydi.
Yine Bakırköy'de kurulan Nea Zoi (Yeni Hayat) Cemiyeti'nin amacı, İstanbul'un Yunanistan'a katılmasını veya Rumlara özerklik verilmesini sağlamaktı. Cemiyet ABD'deki Rum cemiyetleri ile irtibat halinde bulunuyor, onlardan para yardımı alıyordu.
Bilindiği gibi İtilaf devletleri Mondros Ateşkes anlaşmasının 24'üncü maddesini Doğu Anadolu Bölgesi'nde bağımsız bir Ermeni devletinin kuruluşunu çağrıştıracak şekilde düzenlemişlerdi. Oysa bu devletlerin bölgedeki Ermeni varlığının böyle bir devletin kurulabilmesi için son derece yetersiz olduğunu bilmemeleri düşünülemezdi. Bundan amaçlarının Türkiye Ermenilerini hayali bir Ermenistan projesiyle kışkırtıp Yunanistan ve yerli Rumlardan sonra onların gücünden de yararlanmak olduğu anlaşılıyordu. İşte Millî Mücadele döneminde ayrılıkçı Ermeni faaliyetlerinin itici gücünü batılı devletlerinin ortaya attıkları Ermenistan projesi oluşturmuştu. Ayrıca Erivan'daki Taşnak Ermeni Hükümeti, Yunanistan ve onların etkisindeki Ermeni Patriği Zaven Efendi bu faaliyetleri teşvik eden ve örgütleyenlerin başında gelmişlerdi.
Ermeni Taşnak ve Hınçak cemiyetlerine mensup komiteciler, Mondros ateşkes antlaşmasından hemen osnra İstanbul'a dönmüşler, bunlara Rusya'dan gelen bazı komiteciler de katılmıştı. Taşnaklar, İstanbul Tepebaşı'nda Amerikan elçilği karşısındaki bir binada faaliyete geçmişlerdi. Bir yandan günlük bir gazetenin neşrine başlamışlar, diğer yandan da silahlı teröre başvurmuşlardı. Bu terörün kurbanları arasında bazı Ermeniler de yeralmışlardı. Taşnaklar Ermeni yazarlarından Hınçak Cemiyeti Üyesi H. Aramyan'la siyasî şubede birinci sınıf memur A. Mıgırdıç'ı öldürmüşler, ayrıca kamu görevi yapan tüm Ermeni memurları ölümle tehdit etmişlerdi.
Hınçak Cemiyeti de Beyoğlu'nda faaliyet gösteriyordu. Cemiyet, günlük bir gazete çıkarmakta, aynı zamanda Paris'teki Bogos Nubar Paşa'nın kurduğu Vahdet-i Milliye (Millî Birlik) Komitesi'nin İstanbul şubesi temsilciliğini yürütmekteydi. Diğer taraftan Taşnak ve Hınçak cemiyetleri arasında anlaşmazlık ve rekabet hüküm sürmekte, Erivan'daki Taşnak hükümeti kendi yanlısı olan Ermeni Patriği sayesinde Patrikhanenin içişlerine müdahale edebilmekteydi.
Gayrimüslim azınlıkların bütü bu faaliyetlerinde dikkati çeken ortak bir nokta, Rum ve Ermeni kiliselerinin bu faaliyetleri odak noktasını oluşturmalarıydı. Her iki kilisenin önderleri bu faaliyetlerin bayraktarlığını yapıyorlardı. Kiliseler, Türklerin mabetlere olan saygısı istismar edilerek birer silah deposu haline getirilmişlerdi. Dikkati çeken diğer bir nokta da yabancıların kapıtülasyonlardan yararlanmak suretiyle açtıkları okulların bu türden faaliyetler için birer üs ve ihanet yuvası olarak kullanılmalarıydı.
Millî mücadeleye karşı olan cemiyetler arasında bazı Türk ve Müslümanlar tarafından kurulmuş cemiyet ve partiler de bulunmaktaydı. Bunlar düşman işgali altında bulunan İstanbul'da kurulmuşlar, burada ve kısmen de Anadolu'da faaliyet göstermişlerdi. Hemen tümü açık veya gizli İngilizlerin desteğine sahip bulunuyorlardı. Yabancı ve güçlü bir devletin desteğine dayanmak, saltanat ve hilafete bağlı kalmak ortak özelliklerindendi. Bir ortak yanları da o günkü durumun sorumlusu olarak gördükleri İttihatçılara düşmanlık duymalarıydı. Genelde Hürriyet ve İtilaf Fırkası etrafında toplanmış olan bu kuruluşlar gerek savundukları esaslar gerekse İttihatçıların Anadolu'daki ilk direniş hareketlerini başlatmaktaki rolleri nedeniyle millî mücadeleye ters düşmüşlerdi.