1383 yılında erkek vâris bırakmadan ölen Portekiz Kralı’nın kızıyla evli olan Kastilya Kralı Portekiz tahtında hak iddia edince ortaya çıkan halk ayaklanması 1383-1385 Krizi’ne yol açtı. Sonradan I. João olarak Portekiz tahtına geçen Avizli João ve general Nuno Álvares Pereira yönetimindeki bir kısım soyludan ve halktan oluşan birlikler Aljubarrota Savaşı’nda Kastilya birliklerini yendi. Bu savaş hâlâ komşu İspanya ile olan bağımsızlık mücadelesinin bir sembolü olarak görülmekte ve Portekiz tarihinin en ünlü savaşı olarak değerlendirilmektedir. 1373 yılında İngiltere ile yapılan ittifak günümüzde de devam etmekte ve muhtemelen tarihin en uzun ittifakı sayılmaktadır. Bu ittifakı izleyen yıllarda Portekiz Dünya’nın keşfi için öncülük yapmış ve Keşif Çağı ‘nı başlatmıştır. Kral I. João’nun oğlu Prens Infante Henrique o Navegador (Denizci Henrique), bu çağın başlangıcında büyük rol oynamış ve keşif gezilerinin ana destekleyicisi olmuştur.
1415 yılında bir Portekiz filosunun Kuzey Afrika’daki zengin ticaret merkezi Ceuta’yı ele geçirmesiyle Portekiz İmparatorluğu başlamıştır. Bunu 15. yüzyıl boyunca Atlas Okyanusu’ndaki ilk keşifler izlemiş, Azorlar ve Madeira’nın keşfiyle ilk sömürgecilik hareketleri başlamıştır. Portekizliler 7 Haziran 1494 tarihinde İspanya'yla Tordesillas Antlaşması'nı imzalayarak Avrupa’nın haricindeki dünyayı Portekiz ve İspanya’ya ait iki imtiyazlı bölgeye ayıran bir anlaşmaya vardılar. Cabo Verde Adaları’nı başlangıç noktası alarak, bu noktanın 370 fersah (1550 Km) batısında Kuzey-Güney meridyeni çizildi. Sınırın batısında kalan keşfedilmiş ve keşfedilecek bütün bölgeler İspanya’ya aitti. Sınırın doğusunda kalan keşfedilmiş ve keşfedilecek bütün bölgeler ise Portekiz’e aitti. İspanya antlaşmayı 2 Temmuz 1494’de, Portekiz 5 Eylül 1494’de onayladı.
1498 yılında Vasco da Gama deniz yoluyla Hindistan’a ulaştı ve günümüzün onda biri olan bir milyon nüfusa sahip Portekiz için refah dönemi başladı. 1500 yılında Brezilya’ya ayak basan Pedro Álvares Cabral burayı Portekiz topraklarına kattı. On yıl sonra Afonso de Albuquerque, Hindistan’daki Goa’yı, Basra Körfezi’ndeki Hürmüz’ü ve günümüz Malezya’sındaki Malakka’yı isgal etti. Dolayısıyla Portekiz İmparatorluğu Hint Okyanusu ve Güney Atlas Okyanusu’ndaki ticaret yollarının egemenliğini eline geçirdi.
1580 yılından 1640 yılına kadar Portekiz’in bağımsızlığı bir süre sekteye uğradı. Fas’taki bir savaş sırasında ölen Portekiz Kralı I. Sebastião ardında erkek vâris bırakmayınca İspanya Kralı II. Felipe taht üzerinde hak iddia etti ve Portekiz Kralı I. Filipe olarak tahta geçti. Ancak bundan hoşnut kalmayan Portekiz soylularının desteğiyle ayaklanma başlatan IV. João 1640 yılında kral ilan edilerek Bragança hanedanını başlattı. Aynı dönemde Britanya ve Hollanda, Portekiz İmparatorluğu’nun denizaşırı topraklarını ele geçirmek için saldırmaktaydı ve Portekiz özellikle 1822’de Brezilya’nın bağımsızlığını kazanmasıyla birlikte, 20. yüzyıla kadar sürecek olan bir çöküş dönemine girdi.