17. yüzyılda geçen hikayede iki Cizvit rahibinin Japonya’daki sergüzeşti konu ediliyor. Andrew Garfield ve Adam Driver tarafından canlandırılan rahipler, Japonya’nın jungle’larına, iki misyoner olarak giriyorlar. Misyonu aldıklarında söyledikleri söz, ilhamlarını anlatıyor: “Tanrının kelamını bütün yaşayan varlıklara ulaştırmak.” Oldukça geri kalmış bir toplum olarak tasvir ediliyor Japonya o dönemde. Akıldaneleri Liam Neeson ile buluşuyorlar ve Hıristiyanlığı yaymak için köylülerle iletişime geçiyorlar.
Ancak, yerel idarecilerin gazabıyla karşılaşıyorlar. İşkencelere maruz kalıyorlar.
En son bir rahibin fısıltılı duası filmin adına atıf yapıyor. “Dua ettim ve mağlup oldum. Yoksa ancak bu sessizlik için mi dua ediyorum?”