Muhacirlerin kimisi Karadeniz Sahil kasaba ve şehirlerine yani Giresun, Ordu, Samsun, Sinop, Zonguldak'tan İstanbul'a kadar, bir kısmı da Merzifon, Çorum, Ankara, Konya, Niğde gibi İç Anadolu'ya yayılmışlardı. Bu suretle her tarafta bir kaynaşma başlayınca İstanbul'da hükümet "Muhacirler Genel Müdürlüğü" adıyla bir örgüt meydana getirmişti. Bu örgütü kurmaktan maksat, muhacirleri yuvalarına kolaylıkla kavuşturmak, onlara yem ve yiyecek tedarik etmek, hatta giyecek ve konut ihtiyaçlarına yardım etmekti.
Rusların sahil boyunca yaptıkları harekâtı engelleyerek kara ordusuyla buluşmasına karşı koymak isteyen çoğunluğunu gönüllülerin oluşturduğu Türk birlikleri, özellikle Of yöresinde Baltacı istikametinde kahramanca direndiler. Bütün çabalara ve fedakârlıklara rağmen Türk direnişi kırıldı ve 18 Nisan 1916'da Trabzon'a giren Rus ordusu, gizli paylaşımda kendilerine bırakılan Harşit çayına kadar olan bölgeyi işgal etti.
İşgalin ilk aylarında özellikle sakinleri göç etmiş olan Müslüman mahalleleri talan edilmiş, şehrin içme suyu ve kanalizasyon sistemi tahrip edilmiş ve salgın hastalıklar ortaya çıkmaya başlamıştı. Şehirde bulunan ve cepheye gitmeyi bekleyen Rus askerlerinin tecavüz ve talanlarından, en çok şehre yeni dönmeye başlayan Müslüman mülteciler etkilenmekteydi. Ruslar, sınırdan Harşit vadisine kadar olan işgal sahalarında ellerine geçirdikleri binlerce koyun, keçi ve sığırları askerlerine yedirmişlerdir. Kasabalarda ve Trabzon'da hınca hınc dolu bırakılıp çekilmiş olan dükkan ve mağazalardaki her cins mallara el koymuşlardı. Evlerin demir kapı ve parmaklıklarını, her türlü pirinç mamulleri, camilerdeki şamdanları toplamışlardı.
Evlerde bırakılmış halı, seccadeler, eski işlemeler, İmaret Medreselerinde ve Ortahisar kütüphanelerinde bulunan yazma ve basma kitapları, Yavuz Sultan Selim'in Annesi Ayşe Hatun'un tabutunun üstüne serilmiş olan tarihi örtüyü ve o türbede içinde ne bulunduğunu bilinmeyen tarihi ceviz çekmeceyi çalmışlardı.
Şehrin cepheye yakınlığı ve çatışmaların devam ediyor olması sebebiyle işgalin ilk aylarında Rus idaresi hala halk nezdinde geçici olarak görülmekteydi. Bu durumun farkına varan General Schwarz, Rus idaresinin kalıcı olduğunu göstermek amacıyla 30 Temmuz 1916'da bölgenin nihai olarak Rus İmparatorluğu'na ilhak edildiğini ifade eden bir bildiri yayınladı. Trabzon'un Rus toprağı haline geldiğini ve bu bölgede Rus kanunlarının hüküm süreceğini belirten böyle bir resmi bildirinin nihai antlaşmalar beklenmeden yapılmış olması Rus Dış işleri yetkililerini son derece rahatsız etmişti.
The Times gazetesi bu işgale detaylı bir şekilde yer verecektir. Gazetede Trabzon'un tekrar Hıristiyanların eline geçmesi büyük bir sevinçle anlatılmıştır. Trabzon'un Rus hâkimiyetine geçmesinin yarattığı askeri ve stratejik üstünlük savaşan taraflara moral verecek şekilde anlatılmıştır. Yine "Türkler Trabzon'dan sürüldüler, Trabzon alındı" gibi ifadelerle olayı Müslüman karşıtlığı bir propagandaya dönüştüreceklerdir.
Trabzon için iki yıla yakın devam edecek bir esaret evresi, Pontusçu Rumların ve Ermeni çetelerinin mezalim dönemi ve büyük bir kısmı göçen, ancak az bir kısmı şehirde kalan Türk halkı için de çileli bir dönem başlamıştı. Ancak Batı kamuoyu, bu zor dönemde bile Müslümanların, Rum ve Ermenileri yok etme politikası güttüğünü yazmaktadır. Özellikle The Times, 22 Mayıs 1916 tarihli yazısında Ruslar şehre girdiğinde Ermenilerin evlerinin Müslümanlar tarafından talan edildiği, Ermenilerin sürüldüğü ve katledildiği yolunda asılsız haberler yapmıştır. İngiliz gazetesinde olayların bu şekilde sunulması, Trabzon'un Ruslar tarafından elde edilmesiyle, artık Hıristiyanlar tarafından daha adil yönetileceği mesajı da verilmek isteniyordu. Oysa durumun bu gazetede anlatılanların tam tersi olduğunu yaşananlar ve tutulan Osmanlı kayıtları açık bir şekilde ortaya koyacaktır. Aşağıda bununla ilgili verilen detaylı bilgiler bu durumu kanıtlamaktadır: