Başka alanlara açılmaktan ve uğraştığı alanda kendini geliştirmekten asla vazgeçmedi. Müziğinde duraklama noktaları değil ayrılma noktaları vardı. Bazıları Coltrane’in müziğini 1960’ların kültürel hengâmesinin dışavurumu gibi görür. Bir yere kadar öyle olsa da onun müziğini, 60’ların radikal farklı görünme arzusunun bir esintisi olarak yorumlamak yanlıştır. Böyle düşünmek onun başarılarını küçümsemek anlamına gelir, onu Wavy Gravy* veya Timothy Leary’nin** cazla uğraşan bir muadili haline getirir.
Coltrane hippi değil, müzmin bir araştırıcıydı. Değişim onun müziğinin değişmez özelliğiydi zira böyle yapmaya programlanmış gibiydi. Sürekli yer değiştiriyordu çünkü yerinde duramıyordu. Yapacak çok şey vardı ve keşfettiği gibi bunların hepsini yapmaya vakit yoktu. Doğal olarak, plakları bu sürekli taşkınlık halini yansıtır. Coltrane’in 50’lerde Miles Davis ve Thelonious Monk’la yaptığı plaklar muazzam bir büyüklüğü yansıtsa da, gelişimi gerçek anlamda 1959’da başladı. Bu tarihte kendi topluluğunu kurdu (bu epey deneme-yanılma içeren bir süreçti) ve Atlantic için plak yapmaya başladı. Bu dönem Coltrane için muazzam bir değişim demekti. Atlantic’le ilişkisine son verdiği 1961’de had safhada yenilikçi bir bopçudan cazın sınırlarını yeniden belirlemeye çalışan bir müzisyene dönüşmüştü.
Bu 28 aylık sürede daha kolay akılda kalan işler de başardı. Örneğin tüm zamanların en armonik ve zarif caz parçalarından birkaçını besteleyip kaydetti. İmzası haline gelen ve adeta bir hit parça olan ‘My Favorite Things’i plak yaptı. Bu süreçte caz müziğinin modal çalınması kavramının yaygınlaşmasına katkıda bulundu. Uzun zaman göz ardı edilen bir çalgıyı (soprano saksafon) caza kattı. Free cazın önde gelen trompetçisi Don Cherry ile plak yaparak avangart yönünde önemli bir hamle yaptı. Saksafon çalma tekniğini geliştirerek ondan sonrakilerin çalma tarzını etkiledi. Kendi müziğine dünya müziğinin çeşitli tekniklerini yedirdi.
Atlantic öncesi dönemde Coltrane büyük potansiyele sahip olsa da nispeten gelenekçi bir caz müzisyeniydi. Atlantic sonrası dönemdeyse, tüm zamanların en etkileyici caz müzisyenlerinden biri olma yolunda hızla ilerliyordu. 1959’da Coltrane her bakımdan Miles Davis’in yanından ayrılıp kendi topluluğunu kurmaya hazırdı. Zihinsel ve fiziksel açıdan sağlıklıydı. Gerek eleştirmenler gerek cazsever kitle kendisine büyük saygı duyuyordu. En önemlisi, yalnızca kendi grubuyla geliştirebileceği müzik fikirlerine sahipti. Yine de Prestige firması için birçok kayda girdiği sırada henüz Davis’ten ayrılıp kendi grubunu kurmak gibi hayati bir adım atmamıştı. Elbette caz dünyasının en başarılı küçük grubundan ayrılmak kolayca verdiği bir karar değildi. Davis onun ayrılmasını istemiyordu, Coltrane de muhakkak grubun sağladığı maddî güvencenin keyfini çıkarıyordu. Her halükârda, Davis’le birlikteliğinin sonu Atlantic döneminin başlangıcıyla kesişti.
Coltrane’in Atlantic şirketine yaptığı ilk çalışmalar 15 Ocak 1959’da New York’ta kaydedilen “Bags and Trane” albümüyle sonuçlandı. Coltrane o günkü kayıtları Modern Jazz Quartet’in vibrafoncusu Milt Jackson’la birlikte yönetti. Albüm, daha bilinçli bir inceliğe sahip dörtlü karşısında Jackson’ın daha cesur duyarlılığını yansıtıyordu. Repertuarda çoğunlukla standartlar ve blues parçalarının yanı sıra, Charlie Parker’ın hızlı tempolu ve herkesi coşturan “Bebop”u da vardı. Bu sonuncusu, daha o zamanlar sislerin içine karışmış olan bir caz çağının selamlanışıydı. Liderlere piyanist Hank Jones, basçı Paul Chambers ve davulda MJQ’ten Connie Kay eşlik ediyordu. Albümün kaydı çok canlı ve birinci sınıf müzisyenliğe sahipti. Ancak Coltrane’in içinde bulunduğu dönem itibarıyla geriye dönük bir albümdü. Coltrane o eski müziğe saygısını göstermişti ve Atlantic için yaptığı yeni albümlerde görüldüğü gibi artık açıkça yoluna devam etmeye hazırdı.
“Giant Steps” Coltrane’in Atlantic’ten fiilen çıkan ilk albümü oldu (“Bags and Trane” ancak 1961’de çıktı). Albüm, bir sanatçı olarak nerede bulunduğuna dair daha net bir resim sunuyordu. Aslında albümün kaydı iki aşamada gerçekleşti. İlk kayıt seansı 1 Nisan 1959’da New York’ta yapıldı. Kaydı yapan grupta piyanist Cedar Walton, basçı Paul Chambers ve davulcu Lex Humphries vardı. Dörtlü Coltrane’in üç orijinal parçasını – “Giant Steps”, “Naima” ve “Like Sonny” – birkaç kez tekrarladı ancak hiçbiri Coltrane’i tatmin etmedi. Bu seansın kayıtları Coltrane’in ölümünden sonra uzun süre yayınlanmadı. İkinci kayıt seansı 4 ve 5 Mayıs 1959’da tamamen farklı bir kadroyla gerçekleşti. Paul Chambers yine vardı ancak Walton’ın yerini Tommy Flanagan, Humphries’in yerini Art Taylor almıştı. Grup iki günlük sürede albüme giren altı parçanın yanı sıra, reddedilen ve sonra kaybolan bir parça daha – “Sweet Sioux” – kaydetti.
“Giant Steps” bir dönüm noktasıydı. Bu albüm, Coltrane’in karmaşık armonilerle yaptığı deneyleri (“Countdown” ve “Giant Steps”), önceki albümlerine göre daha çok yüceltirken diğer bestelerinin de vitrini olmuştu. Bunların arasında uzatılmış notalara dayalı (pedal point) bir balad olan “Naima”, dâhice değiştirilmiş bir blues olan “Cousin Mary” ile basçı Chambers’a adanmış, hızlı bir minör blues olan “Mr. P.C.” vardı. Standart caz repertuvarına ait parçaların bulunmayışı çarpıcıydı. Coltrane başkalarının yazdığı parçaları çalmakla pek ilgilenmiyordu. Bu andan itibaren artık, kaçınılmaz biçimde gelişmekte olan doğaçlamalarıyla bağlantılı olarak kendi yazdığı parçaları tercih edecekti.