13 Ocak 1990’da Azeri güruhlar, gruplara bölünerek, belirlenen adreslerde Ermenilerin evlerine baskınlar yaparak insanları balkondan atmaya, demir çubuk ve bıçaklarla öldürmeye, kadınlara tecavüz etmeye, çok sayıda kişiyi yakmaya başladı.
Ermeni nüfusun paralarına, değerli eşyalarına, tasarruf cüzdanlarına ve apartman belgelerine el konuldu. Katliamlar, kolluk kuvvetleri, kamu hizmeti ekonomisi departmanı çalışanları ve ambulans doktorları tarafından desteklendi.
Katliamlar 6 gün sürdü, 20 Ocak gecesi sonunda şehirde olağanüstü hal ilan edilerek Sovyet tankları Bakü’ye girdi.
13-19 Ocak 1990 katliamlarından sonra Bakü Ermenilerden boşaltıldı, öldürüldü, binlerce Ermeni kayboldu. Bakü’den sürülen Ermenilerin sayısı yaklaşık 250 bini bulmaktadır.
17 Ocak 1990’da Avrupa Parlamentosu, Dışişleri Bakanları Komitesi’ni “Avrupa Konseyi’ni Sovyet hükümetinin yasadışı eylemlerine karşı korumaya” ve Ermenistan Cumhuriyeti ile Dağlık Karabağ’a acil yardım talep etmeye çağıran bir kararı kabul etti.