old_contents: #!/usr/bin/env python
  from optparse import OptionParser
  import h5py
  
  import numpy as np
  
  import dna_io
  
  ################################################################################
  # hdf5_test_bed.py
  #
  # Extract a BED of test sequences from an HDF5 file with test_headers that
  # specify the region.
  ################################################################################
  
  ################################################################################
  # main
  ############################s####################################################
  def main():
      usage = 'usage: %prog [options] <hdf5_file>'
      parser = OptionParser(usage)
      (options,args) = parser.parse_args()
  
      if len(args) != 1:
          parser.error('Must provide HDF file')
      else:
          hdf5_file = args[0]
  
      # get headers
      hdf5_in = h5py.File(hdf5_file, 'r')
      seq_headers = np.array(hdf5_in['test_headers'])
      hdf5_in.close()
  
      for si, header in enumerate(seq_headers):
          chrom = header[:header.find(':')]
          start = int(header[header.find(':')+1:header.find('-')])
          end = int(header[header.find('-')+1:])
          print '%s\t%d\%d' % (chrom,start,end)
  
  
  ################################################################################
  # __main__
  ################################################################################
  if __name__ == '__main__':
      main()
      #pdb.runcall(main)
  
new_contents: #!/usr/bin/env python
  from optparse import OptionParser
  import re
  import h5py
  
  ################################################################################
  # hdf5_test_bed.py
  #
  # Extract a BED of test sequences from an HDF5 file with test_headers that
  # specify the region.
  ################################################################################
  
  ################################################################################
  # main
  ############################s####################################################
  def main():
      usage = 'usage: %prog [options] <hdf5_file>'
      parser = OptionParser(usage)
      (options,args) = parser.parse_args()
  
      if len(args) != 1:
          parser.error('Must provide HDF file')
      else:
          hdf5_file = args[0]
  
      bed_re = re.compile('(chr\w+):(\d+)-(\d+)\([+-]\)')
  
      hdf5_in = h5py.File(hdf5_file, 'r')
  
      for header in hdf5_in['test_headers']:
          bed_m = bed_re.search(header)
          chrom = bed_m.group(1)
          start = int(bed_m.group(2))
          end = int(bed_m.group(3))
          print '%s\t%d\t%d' % (chrom,start,end)
  
      hdf5_in.close()
  
  
  ################################################################################
  # __main__
  ################################################################################
  if __name__ == '__main__':
      main()
      #pdb.runcall(main)
  
subject: clean up