old_contents: #!/usr/bin/env python
  from optparse import OptionParser
  
  ################################################################################
  # name
  #
  #
  ################################################################################
  
  
  ################################################################################
  # main
  ################################################################################
  def main():
      usage = 'usage: %prog [options] arg'
      parser = OptionParser(usage)
      #parser.add_option()
      (options,args) = parser.parse_args()
  
      ############################################################
      # prepare data
      ############################################################
      os.chdir('data')
  
      # download and arrange available data
      cmd = './get_dnase.sh'
      subprocess.call(cmd, shell=True)
  
      # preprocess
      cmd = 'preprocess_features.py -y -m 200 -s 600 -o encode_roadmap -c /Users/davidkelley/research/common/data/genomes/hg19/assembly/human.hg19.genome sample_beds.txt'
      subprocess.call(cmd, shell=True)
  
      # make a FASTA file
      cmd = 'bedtools getfasta -fi $HG19/sequence/hg19.fa -bed encode_roadmap.bed -s -fo encode_roadmap.fa'
      subprocess.call(cmd, shell=True)
  
      # make an HDF5 file
      cmd = 'seq_hdf5.py -c -r -t 71886 -v 70000 encode_roadmap.fa encode_roadmap_act.txt encode_roadmap.h5'
      subprocess.call(cmd, shell=True)
  
      os.chdir('..')
  
  
  ################################################################################
  # __main__
  ################################################################################
  if __name__ == '__main__':
      main()
  
new_contents: #!/usr/bin/env python
  from optparse import OptionParser
  import os
  import subprocess
  
  ################################################################################
  # install.py
  #
  # Download and arrange pre-trained models and data.
  ################################################################################
  
  
  ################################################################################
  # main
  ################################################################################
  def main():
      usage = 'usage: %prog [options] arg'
      parser = OptionParser(usage)
      #parser.add_option()
      (options,args) = parser.parse_args()
  
      os.chdir('data')
  
      ############################################################
      # download pre-trained model
      ############################################################
      os.chdir('models')
  
      cmd = 'wget https://www.dropbox.com/s/rguytuztemctkf8/pretrained_model.th.gz?dl=0'
      subprocess.call(cmd, shell=True)
  
      cmd = 'gunzip pretrained_model.th.gz'
      subprocess.call(cmd, shell=True)
  
      os.chdir('..')
  
  
      ############################################################
      # download and prepare public data
      ############################################################
      # download and arrange available data
      cmd = './get_dnase.sh'
      subprocess.call(cmd, shell=True)
  
      # preprocess
      cmd = 'preprocess_features.py -y -m 200 -s 600 -o encode_roadmap -c /Users/davidkelley/research/common/data/genomes/hg19/assembly/human.hg19.genome sample_beds.txt'
      subprocess.call(cmd, shell=True)
  
      # make a FASTA file
      cmd = 'bedtools getfasta -fi $HG19/sequence/hg19.fa -bed encode_roadmap.bed -s -fo encode_roadmap.fa'
      subprocess.call(cmd, shell=True)
  
      # make an HDF5 file
      cmd = 'seq_hdf5.py -c -r -t 71886 -v 70000 encode_roadmap.fa encode_roadmap_act.txt encode_roadmap.h5'
      subprocess.call(cmd, shell=True)
  
  
  ################################################################################
  # __main__
  ################################################################################
  if __name__ == '__main__':
      main()
  
subject: install pre-trained model