new_contents: # -#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#
  
  # these are system modules
  import math
  import numpy
  import sys
  
  # these are my local ones
  import tsvIO
  
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  NA_VALUE = -999999
  
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  if __name__ == "__main__":
  
      if (1):
          if (len(sys.argv) == 3):
              inFile = sys.argv[1]
              outFile = sys.argv[2]
          else:
              print " "
              print " Usage: %s <input TSV file> <output TSV file> "
              print " "
              print " ERROR -- bad command line arguments "
              sys.exit(-1)
  
      print " "
      print " Running : %s  %s  %s  " % (sys.argv[0], sys.argv[1], sys.argv[2])
      print " "
  
      # read in the input feature matrix first, just in case there
      # actually isn't one yet available ...
      testD = tsvIO.readTSV(inFile)
      try:
          print len(testD['rowLabels']), len(testD['colLabels'])
      except:
          print " --> invalid / missing input feature matrix "
          sys.exit(-1)
  
      # and write it back out ...
      sortColFlag = 1     # sort the sample barcodes
      sortRowFlag = 0     # do NOT sort the feature names
      simpleNamesFlag = 1 # and write out 'simple' names
  
      tsvIO.writeTSV_dataMatrix ( testD, sortRowFlag, sortColFlag, \
                                  outFile, [], [], simpleNamesFlag )
  
  # -#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#-#
  
subject: rewrite the input TSV using 'simple' feature names