old_contents: """
  Coverage module example
  =============================
  
  
  """
  #################################################
  #
  from sequana import GenomeCov
  from sequana import sequana_data
  bedfile = sequana_data("virus.bed", "data")
  reference = sequana_data("pKM2-eGFP.fa", "data")
  ################################################
  # Reading input BED file
  gc = GenomeCov(bedfile)
  
  ##############################################
  # Reading reference and computing GC content
  w_gc = 100
  gc.compute_gc_content(reference, w_gc)
  
  
  ##########################################################
  # Select a chromosome (first and only one in that case
  chrom = gc[0]
  
  ##########################################################
  # Compute running median and zscore
  chrom.running_median(n=4001, circular=True)
  chrom.compute_zscore()
  
  ######################################"##################
  # Plotting
  chrom.plot_coverage()
  
  
  
new_contents: """
  Coverage module example
  =============================
  
  
  """
  #################################################
  #
  from sequana import GenomeCov
  from sequana import sequana_data
  bedfile = sequana_data("virus.bed", "data")
  ################################################
  # Reading input BED file
  gc = GenomeCov(bedfile)
  
  
  ##########################################################
  # Select a chromosome (first and only one in that case
  chrom = gc[0]
  
  ##########################################################
  # Compute running median and zscore
  chrom.running_median(n=4001, circular=True)
  chrom.compute_zscore()
  
  ######################################"##################
  # Plotting
  chrom.plot_coverage()
  
  
  
subject: update example with new data set