old_contents: """
  Test SAMS analysis code.
  
  """
  
  __author__ = 'John D. Chodera'
  
  ################################################################################
  # IMPORTS
  ################################################################################
  
  from simtk import openmm, unit
  from simtk.openmm import app
  import os, os.path
  import sys, math
  import numpy as np
  import logging
  from functools import partial
  
  import sams.analysis
  
  ################################################################################
  # TEST SAMPLERS
  ################################################################################
  
  def test_analysis():
      """
      Test analysis.
  
      """
      from sams.tests.testsystems import WaterBoxAlchemical
      netcdf_filename = 'output.nc'
      test = WaterBoxAlchemical(netcdf_filename=netcdf_filename)
      testsystem_name = test.__class__.__name__
      niterations = 20 # number of iterations to run
      test.mcmc_sampler.nsteps = 50
  
      # Test SAMSSampler.
      test.sams_sampler.run(niterations)
  
      # Test analysis
      from sams.analysis import analyze
      analyze(netcdf_filename, test, 'analyze.pdf')
  
  if __name__=="__main__":
      test_analysis()
  
new_contents: """
  Test SAMS analysis code.
  
  """
  
  __author__ = 'John D. Chodera'
  
  ################################################################################
  # IMPORTS
  ################################################################################
  
  from simtk import openmm, unit
  from simtk.openmm import app
  import os, os.path
  import sys, math
  import numpy as np
  import logging
  from functools import partial
  
  import sams.analysis
  
  ################################################################################
  # TEST SAMPLERS
  ################################################################################
  
  def test_analysis():
      """
      Test analysis.
  
      """
      from sams.tests.testsystems import AlanineDipeptideVacuumSimulatedTempering
      netcdf_filename = 'output.nc'
      test = AlanineDipeptideVacuumSimulatedTempering(netcdf_filename=netcdf_filename)
      testsystem_name = test.__class__.__name__
      niterations = 20 # number of iterations to run
      test.mcmc_sampler.nsteps = 5
  
      # Test SAMSSampler.
      test.sams_sampler.run(niterations)
  
      # Test analysis
      from sams.analysis import analyze
      analyze(netcdf_filename, test, 'analyze.pdf')
  
  if __name__=="__main__":
      test_analysis()
  
subject: Speed up testing.