text: 胞子体は配偶体の2倍の遺伝子セットを持っているが、配偶体とは大きく形が異なっている。コケ植物の胞子体は分枝せず、先端に単一の胞子嚢（）を形成するとそれで成長を終了する。特にコケ植物の胞子嚢は蒴（さく、）と呼ばれる。蒴の内部では減数分裂が行われ、単相の胞子が形成される。ヒメツリガネゴケの胞子体ではクラス2 KNOX遺伝子が機能しており、これをノックアウトすると胞子体の発生が抑制され、配偶体になる。また、重複してできていた遺伝子のもう一方のクラス2 KNOX遺伝子は胞子体分裂組織の形成と維持に関与し、体制形成を調節している。系統関係  による分子系統解析の結果、遺伝子ごとに系統推定を行いその結果を統合するコアレセント法および、全ての遺伝子の配列を繋げて解析を行うコンカテネイト法による様々な系統樹で、次のトポロジーを示すことが分かった。なお、これ以前にも  の葉緑体ゲノムを用いた系統解析や、 の葉緑体の蛋白質をコードする遺伝子の翻訳産物を用いた系統解析でも同様の結果が得られていた。また、その後の 、、 や  などの研究でもこれが正しいことが追認されている。以前の系統推定  これまでには、コケ植物が側系統となる様々なトポロジーの系統樹が提唱されてきた。そのうち、2012年から2017年頃までは  による苔類が最基部で分岐して残りの群と姉妹群をなし、その中でもツノゴケ類と維管束植物が姉妹群をなして冠群を構成するとする考えが最もよく受け入れられてきた。分類史  かつて、リンネの24綱分類ではシダやキノコ、海藻などとともに「隠花植物綱 」に含められた。その後のアイヒラーの分類体系 (1883) においても、現在の種子植物を表す顕花植物に対置された隠花植物に、菌類と藻類からなる葉状植物 およびシダ植物  とともに含められた。アイヒラーの分類体系では、コケ植物は苔類  と蘚類  の2綱が区別された。ギルバート・モーガン・スミスは1938年、隠花植物についての教科書を出版し、そこで用いられた分類体系は Smith system として知られている。この少し前からツノゴケ類が苔類と区別されるようになり、スミスの分類体系 (1955) や  では、コケ植物門 division  は苔綱 、ツノゴケ綱 、蘚綱  の3つの綱に分けられた。今日でもコケ植物はその3系統に分けられている。