text: 比較ゲノム解析の中核は、異なる生物における遺伝子間の対応関係（オルソロジー解析）やその他のゲノム上の特徴を確立することである。このようなゲノム間マップを作成することで、2つのゲノムの分岐の原因となった進化過程を追跡することが可能になります。ゲノムの進化は、様々な組織レベルで作用する多数の進化的イベントによって形作られている。最も低いレベルでは、個々のヌクレオチドに影響を与える点突然変異が起こる。最終的には、ゲノム全体がハイブリダイゼーション、ポリプロイド化、エンドシンビオシスなどのプロセスに関与し、しばしば急速な種分化につながる。ゲノム進化の複雑さは、数学的モデルやアルゴリズムの開発者に多くの刺激的な課題を投げかける。アルゴリズム、統計学、数学的手法には、パーシモンモデルに基づく問題の厳密アルゴリズム、ヒューリスティクス、固定パラメータ、近似アルゴリズムから、確率モデルに基づく問題のベイズ解析のためのマルコフ連鎖モンテカルロアルゴリズムまで、幅広いものがある。これらの研究の多くは、配列の相同性を検出し、配列をタンパク質ファミリーに割り当てることに基づいている。