Bedankt voor je antwoord.
Vanmiddag kon ik de fout reproduceren, maar na een update van zowel QGIS als QuickOSM is het probleem opgelost. De fout lag dus vermoedelijk daar, niet bij OSM.

De query was:
[out:xml] [timeout:25];
 {{geocodeArea:West-Vlaanderen}} -> .area_0;
(
    node["admin_level"="9"](area.area_0);
    way["admin_level"="9"](area.area_0);
    relation["admin_level"="9"](area.area_0);
);
(._;>;);
out body;