Einfach die einzelnen Routen und die route_master-Relation löschen. Hat auch schon jemand gemacht, wenn ich das richtig sehe.

In iD kann man Relationen am einfachsten löschen, indem man alle seine Mitgliederobjekte aus der Relation entfernt, was recht viel Aufwand ist. Für größere Änderungen an Routenrelationen würde ich einen anderen Editor, z. B. JOSM, empfehlen.