Ich schlage nach einiger Recherche vor, die Überschneidungen einfach zu ignorieren. In der Regel entstehen die in iD
 angezeigten Fehlern an Punkten, an denen einmündende und/oder abzweigende Straßen und Wege mit der "Haupt"-Straße verbunden sind und die als eigene Linie eingezeichneten Tram-Gleise schneiden. Hier ist also kein Übergang im Sinne von https://wiki.openstreetmap.org/wiki/DE:Tag:railway=level_crossing, somit habe ich begonnen, die Übergänge zu entfernen.