Tra Villa San Giovanni e Sesto Marelli ci sono tre binari. Quello a destra (verso Nord) è a livello ribassato, quello a sinistra (verso Sud) e quello al centro (di servizio) sono più in alto. Dal binario al centro partono i due raccordi per il deposito, che passano sopra al binario che va verso nord. 

Appena prima di Villa S.G. e Sesto M. il binario centrale si raccorda sia al binario nord che al binario sud