Isabella Bay si trova a circa 100 chilometri a sud-sud-est del fiume Clyde, sulla costa nord-orientale dell'isola di Baffin. Designata nel 2010, la Ninginganiq National Wildlife Area non copre solo la baia di Isabella, ma anche le sue isole, le sue coste e l'adiacente mare aperto dello stretto di Davis a 12 miglia nautiche dalla costa.