der Fehler liegt in der Relation:

https://www.openstreetmap.org/relation/967366

hier sind zwei Dinge miteinander vermischt, die nicht zusammengehören: die PT-Relation für den Darmstädter Hauptbahnhof (public_transport=stop_area), und die Relation für die Außengrenze des Bahnhofsbereichs Darmstadt Hbf (railway=facility).
Dadurch landet dann der Punkt für den Hauptbahnhof sonstwo.

Diese Relation sollte in zwei getrennte Relationen aufgeteilt werden, und railway=facility sollte dann aus der PT-Relation ganz raus.