Ich glaube hier liegt immer noch ein Misverständnis vor, was OpenStreetMap ist:

OSM ist in erster Linie eine Datenbank mit kartographischen Objekten, die Darstellung dieser in Form einer Karte kommt erst danach!
In den "Notes" hier werden Kommentare und Fehler zu Eintragungen in der Datenbank behandelt, Bemerkungen zur Darstellung in einer speziellen Karte (z.B. "OSM deutscher Stil) bitte an die Entwickler*innen des jeweiligen Stils richten.

Um das noch klarer zu machen, kurz die Frage aufgegriffen:
"Was ist denn das Problem, wenn man den groß zu sehenden Text rauslöscht und nur noch irgendwie als Notiz einträgt?"
--> man kann nicht einfach den "groß zu sehenden Text" löschen, sondern müsste das Objekt in der Datenbank löschen. Also die kompletten Informationen über das entsprechende Natura2000-Gebiet (die entsprechende Fläche, genauere Informationen zum Schutzstatus, die Referenz zum Wikidata-Objekt, usw.).

Und ja, es gibt auch anderswo Quellen und Kopfeichen, aber hierbei handelt es sich um die Bezeichnung des Natura2000-Gebietes und das gibt es eben nur einmal und wird nur einmal "genannt".

In der Datenbank ist also alles vollkommen in Ordnung, lediglich die Darstellung des Objektes ("großer alleinstehender Text") misfällt.
(es werden übrigens auch die Grenzen des Gebietes angezeigt und der Marker ist vermutlich in der Mitte des Polygons)
Die Lösung dieses "Problems" wäre es bei den Entwickler*innen des deutschen Stils um einen Änderung zu bitten, ihr github ist unter https://github.com/giggls/openstreetmap-carto-de zu finden. Natura2000-Gebiete werden im "Hauptstil" (also dem englischen) seit zwei Jahren nicht mehr angezeigt (siehe https://github.com/gravitystorm/openstreetmap-carto/pull/4113 ), ich weiß nicht warum das der deutsche Stil noch tut.

Ich hoffe damit habe ich klar gemacht, warum die Diskussion hier nicht an der richtigen Stelle ist und eine Möglichkeit zur Lösung eures Problems aufgezeigt.

Grüße
pbnoxious