La struttura "sopra" è la cappella dell'ossario, il corpo principale dell'ossario. La struttura a "righe" rosse e bianche che si può vedere in questa foto del sito ufficiale del cimitero.

https://monumentale.comune.milano.it/cimitero-monumentale/ossario-centrale

La struttura sottostante è il "piattaforma" su cui la cappella è costruita. A sua volta, contiene altre tombe. 

Non sono riuscito a trovare una foto che evidenzi la struttura nel suo complesso. Questa foto da wikimedia consente di capire che la cappella è rialzata ma non quanto il "rialzo" sia più grande della cappella. Le scale sono l'unica parte della struttura "sotto" che si riesce a scorgere.

https://commons.wikimedia.org/wiki/Category:Cimitero_Monumentale_(Milan)_-_Ossuary#/media/File:Cimitero_monumentale_Viale_interno.jpg

In ogni caso, direi che la risposta giusta è che va considerata un'unica struttura.