Also, die Kurzantwort: Beide Haltestellen sind richtig. 

Die lange Antwort:
Der 5er kommt immer von der Blauen Brücke aus. Tagsüber, wenn die 16 in Betrieb ist, fährt der 5er direkt von der Blauen Brücke zum Hauptbahnhof Süd, entsprechend der Relation 16165702 bzw. 16165704. Dann werden die Haltestellen angefahren, die du markiert hast. 

Abends, wenn die 16 außer Betrieb ist, wird zusätzlich die Haltestelle Hegelstraße angefahren. Diese Kurse (Relationen 104848 und 2179517) bedienen die Haltestellen in der Schellingstraße. 

Der Liniennetzplan will das Ganze wahrscheinlich nicht unnötig verkomplizieren, weshalb dort "Hauptbahnhof Süd" nur 1x vorkommt. 