Bei tunnel=yes war es ein Tunnel gerendert, bei tunnel=flooded nicht mehr. Eigentlich ein Rendering-Problem, das carto lösen sollte. 

Ich kenne derweil keine Alternative, auch auf https://wiki.openstreetmap.org/wiki/DE:Cave#Die_H%C3%B6hle,_Objekte_und_Wege_in_der_H%C3%B6hle steht "Wege in Höhlen werden oft zusätzlich mit tunnel=yes (Tagging für den Renderer)." Das kann man wohl auf Bäche übertragen, außer es kennt jemand ein Tagging für natürliche Stollen.