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A script to fix some problem I have long since forgotten about
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import csv
import sys
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filein = sys.argv[1]
fileout = sys.argv[2]
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with open(filein, 'rb') as csvfile:
	spamreader = csv.reader(csvfile, delimiter='\t')
	row = spamreader.next()
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start = int(row[1])
old_coords = row[11]
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if old_coords[-1] == ',':
	old_coords= old_coords[:-1]
new_coords = []
for loc in old_coords.split(','):
	new_coords.append(str(int(loc)-start))
new_row = row[:11] + [','.join(new_coords)]
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str_out = '%s\t'*len(new_row)%tuple(new_row)+'\n'
phial = open(fileout, 'w')
phial.write(str_out)
phial.close()

