#! /usr/bin/python
import sys, math 
import pdb_lib as pdb 

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# This programs was writen by Trent E. Balius, the Shoichet Group, UCSF, 2012
# edited in 2015.
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def main():
    if len(sys.argv) != 5: # if no input
        print "This function takes as input two pdb files"
        print "read in the low dielectric spheres (pdb1) and the water positions (pdb2)."
        print "calculates distances and writes out a the overlaping atoms from the second file (water positions)"
        print len(sys.argv)
        return
    
    pdb_file1  = sys.argv[1]
    pdb_file2  = sys.argv[2]
    pdb_out   = sys.argv[3]
    val       = float(sys.argv[4])
    print "file 1: " + pdb_file1
    print "file 2: " + pdb_file2
    print "output: " + pdb_out
    print "val (squared distance): "+ str(val) 

    pdb1 = pdb.read_pdb(pdb_file1)
    pdb2 = pdb.read_pdb(pdb_file2)
    pdb2_close = pdb.cal_dists_close_val(pdb1,pdb2,val)
    pdb.output_pdb( pdb2_close, pdb_out) 
    
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main()
