
in_file = 'test2_sorted.out'

directory = '/home/mahdi/public_html/consistent_naming/'

files = ['10_0_DAT_Rep_3_Heat_846_CTATCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'10_0_DAT_Rep_3_Heat_846_CTATCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'10_0_DAT_Rep_3_Heat_846_CTATCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'1_0_DAT_Rep_1_Control_846_TGAGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'1_0_DAT_Rep_1_Control_846_TGAGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'1_0_DAT_Rep_1_Control_846_TGAGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'1_0_DAT_Rep_1_Control_846_TGAGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'11_0_DAT_Rep_3_Light_846_AGCGCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'11_0_DAT_Rep_3_Light_846_AGCGCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'11_0_DAT_Rep_3_Light_846_AGCGCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'11_0_DAT_Rep_3_Light_846_AGCGCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'12_0_DAT_Rep_3_UV_846_TAGGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'12_0_DAT_Rep_3_UV_846_TAGGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'12_0_DAT_Rep_3_UV_846_TAGGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'12_0_DAT_Rep_3_UV_846_TAGGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'13_1_DAT_Rep_1_Control_845_GGGGTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'13_1_DAT_Rep_1_Control_845_GGGGTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'13_1_DAT_Rep_1_Control_845_GGGGTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'14_1_DAT_Rep_1_Heat_846_CCGTAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'14_1_DAT_Rep_1_Heat_846_CCGTAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'15_1_DAT_Rep_1_Light_845_CGTGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'15_1_DAT_Rep_1_Light_845_CGTGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'15_1_DAT_Rep_1_Light_845_CGTGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'16_1_DAT_Rep_1_UV_847_TATATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'16_1_DAT_Rep_1_UV_847_TATATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'16_1_DAT_Rep_1_UV_847_TATATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'17_1_DAT_Rep_2_Control_846_ATAGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'17_1_DAT_Rep_2_Control_846_ATAGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'17_1_DAT_Rep_2_Control_846_ATAGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'17_1_DAT_Rep_2_Control_846_ATAGAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'18_1_DAT_Rep_2_Heat_846_AATTAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'18_1_DAT_Rep_2_Heat_846_AATTAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'18_1_DAT_Rep_2_Heat_846_AATTAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'19_1_DAT_Rep_2_Light_847_GGTTTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'19_1_DAT_Rep_2_Light_847_GGTTTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'19_1_DAT_Rep_2_Light_847_GGTTTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'19_1_DAT_Rep_2_Light_847_GGTTTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'20_1_DAT_Rep_2_UV_845_AAGCTA_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'20_1_DAT_Rep_2_UV_845_AAGCTA_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'20_1_DAT_Rep_2_UV_845_AAGCTA_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'20_1_DAT_Rep_2_UV_845_AAGCTA_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'2_0_DAT_Rep_1_Heat_846_GCCATG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'2_0_DAT_Rep_1_Heat_846_GCCATG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'21_1_DAT_Rep_3_Control_847_CAGCAG18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'21_1_DAT_Rep_3_Control_847_CAGCAG18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'21_1_DAT_Rep_3_Control_847_CAGCAG18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'21_1_DAT_Rep_3_Control_847_CAGCAG18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'22_1_DAT_Rep_3_Heat_847_TGGAGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'22_1_DAT_Rep_3_Heat_847_TGGAGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'23_1_DAT_Rep_3_Light_847_CAGGCC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'23_1_DAT_Rep_3_Light_847_CAGGCC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'24_1_DAT_Rep_3_UV_845_GCCTAA_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'24_1_DAT_Rep_3_UV_845_GCCTAA_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'24_1_DAT_Rep_3_UV_845_GCCTAA_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'24_1_DAT_Rep_3_UV_845_GCCTAA_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'25_2_DAT_Rep_1_Control_846_CGCCTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'25_2_DAT_Rep_1_Control_846_CGCCTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'25_2_DAT_Rep_1_Control_846_CGCCTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'25_2_DAT_Rep_1_Control_846_CGCCTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'25_2_DAT_Rep_1_Control_846_CGCCTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'26_2_DAT_Rep_1_Heat_846_AAAATG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'26_2_DAT_Rep_1_Heat_846_AAAATG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'26_2_DAT_Rep_1_Heat_846_AAAATG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'27_2_DAT_Rep_1_Light_847_TTGCGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'27_2_DAT_Rep_1_Light_847_TTGCGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'27_2_DAT_Rep_1_Light_847_TTGCGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'27_2_DAT_Rep_1_Light_847_TTGCGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'28_2_DAT_Rep_1_UV_847_CCTTGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'28_2_DAT_Rep_1_UV_847_CCTTGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'28_2_DAT_Rep_1_UV_847_CCTTGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'28_2_DAT_Rep_1_UV_847_CCTTGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'29_2_DAT_Rep_2_Control_846_TCTTCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'29_2_DAT_Rep_2_Control_846_TCTTCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'29_2_DAT_Rep_2_Control_846_TCTTCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'29_2_DAT_Rep_2_Control_846_TCTTCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'30_2_DAT_Rep_2_Heat_845_AGATGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'30_2_DAT_Rep_2_Heat_845_AGATGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'30_2_DAT_Rep_2_Heat_845_AGATGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'3_0_DAT_Rep_1_Light_845_CACTGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'3_0_DAT_Rep_1_Light_845_CACTGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'3_0_DAT_Rep_1_Light_845_CACTGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'3_0_DAT_Rep_1_Light_845_CACTGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'3_0_DAT_Rep_1_Light_845_CACTGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'31_2_DAT_Rep_2_Light_845_TCGCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'31_2_DAT_Rep_2_Light_845_TCGCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'31_2_DAT_Rep_2_Light_845_TCGCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'31_2_DAT_Rep_2_Light_845_TCGCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'32_2_DAT_Rep_2_UV_847_TGTGCC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'32_2_DAT_Rep_2_UV_847_TGTGCC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'32_2_DAT_Rep_2_UV_847_TGTGCC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'33_2_DAT_Rep_3_Control_846_GCCGGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'33_2_DAT_Rep_3_Control_846_GCCGGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'33_2_DAT_Rep_3_Control_846_GCCGGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'33_2_DAT_Rep_3_Control_846_GCCGGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'34_2_DAT_Rep_3_Heat_847_CATGGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'34_2_DAT_Rep_3_Heat_847_CATGGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'34_2_DAT_Rep_3_Heat_847_CATGGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'35_2_DAT_Rep_3_Light_846_AGGAAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'35_2_DAT_Rep_3_Light_846_AGGAAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'35_2_DAT_Rep_3_Light_846_AGGAAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'35_2_DAT_Rep_3_Light_846_AGGAAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'36_2_DAT_Rep_3_UV_847_ATTCCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'36_2_DAT_Rep_3_UV_847_ATTCCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'36_2_DAT_Rep_3_UV_847_ATTCCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'36_2_DAT_Rep_3_UV_847_ATTCCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'37_3_DAT_Rep_1_Control_845_TGCTTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'37_3_DAT_Rep_1_Control_845_TGCTTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'37_3_DAT_Rep_1_Control_845_TGCTTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'37_3_DAT_Rep_1_Control_845_TGCTTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'38_3_DAT_Rep_1_Heat_847_AAGTGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'38_3_DAT_Rep_1_Heat_847_AAGTGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'38_3_DAT_Rep_1_Heat_847_AAGTGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'39_3_DAT_Rep_1_Light_846_TATCGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'39_3_DAT_Rep_1_Light_846_TATCGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'39_3_DAT_Rep_1_Light_846_TATCGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'39_3_DAT_Rep_1_Light_846_TATCGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'40_3_DAT_Rep_1_UV_845_ATTGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'40_3_DAT_Rep_1_UV_845_ATTGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'40_3_DAT_Rep_1_UV_845_ATTGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'40_3_DAT_Rep_1_UV_845_ATTGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'4_0_DAT_Rep_1_UV_845_GTCCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'4_0_DAT_Rep_1_UV_845_GTCCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'4_0_DAT_Rep_1_UV_845_GTCCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'4_0_DAT_Rep_1_UV_845_GTCCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'41_3_DAT_Rep_2_Control_846_ATCGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'41_3_DAT_Rep_2_Control_846_ATCGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'41_3_DAT_Rep_2_Control_846_ATCGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'41_3_DAT_Rep_2_Control_846_ATCGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'42_3_DAT_Rep_2_Heat_847_TCTGAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'42_3_DAT_Rep_2_Heat_847_TCTGAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'42_3_DAT_Rep_2_Heat_847_TCTGAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'42_3_DAT_Rep_2_Heat_847_TCTGAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'43_3_DAT_Rep_2_Light_846_GATGCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'43_3_DAT_Rep_2_Light_846_GATGCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'43_3_DAT_Rep_2_Light_846_GATGCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'43_3_DAT_Rep_2_Light_846_GATGCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'44_3_DAT_Rep_2_UV_847_AGCTAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'44_3_DAT_Rep_2_UV_847_AGCTAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'44_3_DAT_Rep_2_UV_847_AGCTAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'44_3_DAT_Rep_2_UV_847_AGCTAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'44_3_DAT_Rep_2_UV_847_AGCTAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'45_3_DAT_Rep_3_Control_846_CTTTTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'45_3_DAT_Rep_3_Control_846_CTTTTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'45_3_DAT_Rep_3_Control_846_CTTTTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'45_3_DAT_Rep_3_Control_846_CTTTTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'45_3_DAT_Rep_3_Control_846_CTTTTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'46_3_DAT_Rep_3_Heat_845_ATGTTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'46_3_DAT_Rep_3_Heat_845_ATGTTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'46_3_DAT_Rep_3_Heat_845_ATGTTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'46_3_DAT_Rep_3_Heat_845_ATGTTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'47_3_DAT_Rep_3_Light_845_TGGTCA_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'47_3_DAT_Rep_3_Light_845_TGGTCA_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'47_3_DAT_Rep_3_Light_845_TGGTCA_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'47_3_DAT_Rep_3_Light_845_TGGTCA_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'48_3_DAT_Rep_3_UV_845_CAAGTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'48_3_DAT_Rep_3_UV_845_CAAGTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'48_3_DAT_Rep_3_UV_845_CAAGTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'48_3_DAT_Rep_3_UV_845_CAAGTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'48_3_DAT_Rep_3_UV_845_CAAGTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'49_7_DAT_Rep_1_Control_847_TAAGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'49_7_DAT_Rep_1_Control_847_TAAGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'49_7_DAT_Rep_1_Control_847_TAAGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'49_7_DAT_Rep_1_Control_847_TAAGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'49_7_DAT_Rep_1_Control_847_TAAGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'50_7_DAT_Rep_1_Heat_846_CGGCCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'50_7_DAT_Rep_1_Heat_846_CGGCCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'50_7_DAT_Rep_1_Heat_846_CGGCCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'50_7_DAT_Rep_1_Heat_846_CGGCCT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'5_0_DAT_Rep_2_Control_845_GATCTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'5_0_DAT_Rep_2_Control_845_GATCTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'5_0_DAT_Rep_2_Control_845_GATCTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'5_0_DAT_Rep_2_Control_845_GATCTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'51_7_DAT_Rep_1_Light_846_ATCAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'51_7_DAT_Rep_1_Light_846_ATCAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'51_7_DAT_Rep_1_Light_846_ATCAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'51_7_DAT_Rep_1_Light_846_ATCAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'51_7_DAT_Rep_1_Light_846_ATCAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'52_7_DAT_Rep_1_UV_845_CCTATT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'52_7_DAT_Rep_1_UV_845_CCTATT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'52_7_DAT_Rep_1_UV_845_CCTATT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'52_7_DAT_Rep_1_UV_845_CCTATT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'53_7_DAT_Rep_2_Control_845_AGTCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'53_7_DAT_Rep_2_Control_845_AGTCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'53_7_DAT_Rep_2_Control_845_AGTCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'53_7_DAT_Rep_2_Control_845_AGTCTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'54_7_DAT_Rep_2_Heat_846_CCGGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'54_7_DAT_Rep_2_Heat_846_CCGGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'54_7_DAT_Rep_2_Heat_846_CCGGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'54_7_DAT_Rep_2_Heat_846_CCGGTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'55_7_DAT_Rep_2_Light_847_TTCTCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'55_7_DAT_Rep_2_Light_847_TTCTCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'55_7_DAT_Rep_2_Light_847_TTCTCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'55_7_DAT_Rep_2_Light_847_TTCTCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'55_7_DAT_Rep_2_Light_847_TTCTCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'56_7_DAT_Rep_2_UV_847_TCCGTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'56_7_DAT_Rep_2_UV_847_TCCGTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'56_7_DAT_Rep_2_UV_847_TCCGTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'56_7_DAT_Rep_2_UV_847_TCCGTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'57_7_DAT_Rep_3_Control_847_GTATAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'57_7_DAT_Rep_3_Control_847_GTATAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'57_7_DAT_Rep_3_Control_847_GTATAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'57_7_DAT_Rep_3_Control_847_GTATAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'57_7_DAT_Rep_3_Control_847_GTATAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'58_7_DAT_Rep_3_Heat_847_GCGTGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'58_7_DAT_Rep_3_Heat_847_GCGTGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'58_7_DAT_Rep_3_Heat_847_GCGTGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'58_7_DAT_Rep_3_Heat_847_GCGTGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'59_7_DAT_Rep_3_Light_845_CGTACG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'59_7_DAT_Rep_3_Light_845_CGTACG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'59_7_DAT_Rep_3_Light_845_CGTACG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'59_7_DAT_Rep_3_Light_845_CGTACG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'60_7_DAT_Rep_3_UV_845_TCAAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'60_7_DAT_Rep_3_UV_845_TCAAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'60_7_DAT_Rep_3_UV_845_TCAAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'60_7_DAT_Rep_3_UV_845_TCAAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'6_0_DAT_Rep_2_Heat_846_GCTCAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'6_0_DAT_Rep_2_Heat_846_GCTCAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'6_0_DAT_Rep_2_Heat_846_GCTCAT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'61_10_DAT_Rep_1_Control_845_GCATTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'61_10_DAT_Rep_1_Control_845_GCATTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'61_10_DAT_Rep_1_Control_845_GCATTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'61_10_DAT_Rep_1_Control_845_GCATTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'61_10_DAT_Rep_1_Control_845_GCATTT_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'62_10_DAT_Rep_1_Heat_845_CTGATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'62_10_DAT_Rep_1_Heat_845_CTGATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'62_10_DAT_Rep_1_Heat_845_CTGATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'62_10_DAT_Rep_1_Heat_845_CTGATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'63_10_DAT_Rep_1_Light_845_ACATCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'63_10_DAT_Rep_1_Light_845_ACATCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'63_10_DAT_Rep_1_Light_845_ACATCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'63_10_DAT_Rep_1_Light_845_ACATCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'63_10_DAT_Rep_1_Light_845_ACATCG_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'64_10_DAT_Rep_1_UV_845_TACAAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'64_10_DAT_Rep_1_UV_845_TACAAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'64_10_DAT_Rep_1_UV_845_TACAAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'64_10_DAT_Rep_1_UV_845_TACAAG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'65_10_DAT_Rep_2_Control_846_TAGTTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'65_10_DAT_Rep_2_Control_846_TAGTTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'65_10_DAT_Rep_2_Control_846_TAGTTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'65_10_DAT_Rep_2_Control_846_TAGTTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'65_10_DAT_Rep_2_Control_846_TAGTTG_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'66_10_DAT_Rep_2_Heat_847_CTAAGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'66_10_DAT_Rep_2_Heat_847_CTAAGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'66_10_DAT_Rep_2_Heat_847_CTAAGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'66_10_DAT_Rep_2_Heat_847_CTAAGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'66_10_DAT_Rep_2_Heat_847_CTAAGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'67_10_DAT_Rep_2_Light_846_CTGGGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'67_10_DAT_Rep_2_Light_846_CTGGGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'67_10_DAT_Rep_2_Light_846_CTGGGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'67_10_DAT_Rep_2_Light_846_CTGGGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'67_10_DAT_Rep_2_Light_846_CTGGGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'68_10_DAT_Rep_2_UV_845_GTAGCC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'68_10_DAT_Rep_2_UV_845_GTAGCC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'68_10_DAT_Rep_2_UV_845_GTAGCC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'68_10_DAT_Rep_2_UV_845_GTAGCC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'69_10_DAT_Rep_3_Control_845_GTTTGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'69_10_DAT_Rep_3_Control_845_GTTTGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'69_10_DAT_Rep_3_Control_845_GTTTGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'69_10_DAT_Rep_3_Control_845_GTTTGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'69_10_DAT_Rep_3_Control_845_GTTTGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'70_10_DAT_Rep_3_Heat_846_GAGAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'70_10_DAT_Rep_3_Heat_846_GAGAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'70_10_DAT_Rep_3_Heat_846_GAGAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'70_10_DAT_Rep_3_Heat_846_GAGAGT_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'7_0_DAT_Rep_2_Light_847_TTATTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'7_0_DAT_Rep_2_Light_847_TTATTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'7_0_DAT_Rep_2_Light_847_TTATTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'7_0_DAT_Rep_2_Light_847_TTATTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'71_10_DAT_Rep_3_Light_847_CCACTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'71_10_DAT_Rep_3_Light_847_CCACTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'71_10_DAT_Rep_3_Light_847_CCACTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'71_10_DAT_Rep_3_Light_847_CCACTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'71_10_DAT_Rep_3_Light_847_CCACTC_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'72_10_DAT_Rep_3_UV_847_TGTTGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'72_10_DAT_Rep_3_UV_847_TGTTGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'72_10_DAT_Rep_3_UV_847_TGTTGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'72_10_DAT_Rep_3_UV_847_TGTTGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'72_10_DAT_Rep_3_UV_847_TGTTGG_18_24BP_summary.smaller.cons.part5',
'8_0_DAT_Rep_2_UV_847_AGCATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'8_0_DAT_Rep_2_UV_847_AGCATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'8_0_DAT_Rep_2_UV_847_AGCATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'8_0_DAT_Rep_2_UV_847_AGCATC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4',
'9_0_DAT_Rep_3_Control_847_CGCGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part1',
'9_0_DAT_Rep_3_Control_847_CGCGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part2',
'9_0_DAT_Rep_3_Control_847_CGCGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part3',
'9_0_DAT_Rep_3_Control_847_CGCGGC_18_24BP_summary.smaller.cons.part4' ] 

chosen = [ line[:-1] for line in open(in_file,'r')  ]

for file in files:
  print file
  handle = open (directory + file , 'r')
  w_handle = open (file + '.10' , 'w')
  for line in handle:
    sp = line.split(',')
    name = sp[1]
    if ('species' in name):
      species_number = name.split('_')[0] 
      if (species_number in chosen):
        w_handle.write(line)
    else:
      w_handle.write(line)
  handle.close()
  w_handle.close()
