ويواجه هذا النهج تحديات بطبيعة الحال. فلن يكون من السهل إدارة مجمع ضخم من المركبات المرشحة والعشرات من تجارب الأدوية في وقت واحد. وتُظهِر نتائج المحاكاة أن الصناديق الضخمة لن تنجح مع كل فئات الأدوية في كل المجالات العلاجية. فمن غير المرجح، على سبيل المثال، أن يستفيد تطوير علاجات مرض الزهايمر من نموذج التمويل الضخم.
Uit simulaties blijkt dat megafondsen niet zullen werken voor alle soorten geneesmiddelen op alle therapeutische gebieden. De ontwikkeling van therapieën voor Alzheimer zullen bijvoorbeeld naar alle waarschijnlijkheid niet van het megafonds-model kunnen profiteren.