وحتى النباتات المزروعة بطريقة الزراعة الصيدلانية البيولوجية والتي خضعت للتجارب الميدانية لم تخل من الإشكاليات. ففي عام 2003، أعلنت وزارة الزراعة في الولايات المتحدة عن قواعد جديدة مرهِقة لاختبار المحاصيل المهندسة لإنتاج المستحضرات الصيدلانية. وكان الهدف الظاهري للقواعد التنظيمية تجنب تلويث المواد الغذائية بالعقاقير، وخاصة عندما تستخدم المحاصيل الصالحة كغذاء للبشر لإنتاجها. ولكن مخاوف الصناعات الغذائية من تلويث النباتات المزروعة بيولوجيا لمنتجاتها مبالغ فيها إلى حد كبير. وفي كل الأحوال، يكمن تخفيف المخاطر بطرق عديدة، وأوضح هذه الطرق استخدام النباتات غير الغذائية مثل التبغ.
In 2003 kondigde het ministerie van Landbouw van de VS nieuwe stringente regels aan voor het testen van gewassen geproduceerd om farmaceutica te produceren. Het ogenschijnlijke doel van deze regulering is om besmetting van de voedselvoorziening met medicijnen te voorkomen, vooral wanneer eetbare gewassen worden gebruikt om ze te produceren.