जिन लोगों में टीबी की शुरूआत हो रही होती है उनके लिए त्वरित नैदानिक परीक्षण सुलभ नहीं होता। कम आय वाले देशों में, निदान की प्रभावी पद्धति बलगम की सूक्ष्मदर्शी यंत्र से जाँच करना है, जो ऐसी पुरानी पड़ चुकी पद्धति है जो सभी संक्रमित रोगियों में से तकरीबन आधे में टीबी का पता लगाने में विफल रहती है, छोटे बच्चों और HIV से संक्रमित रोगियों में तो इसकी सफलता की दर और भी कम है। वास्तव में, बलगम की सूक्ष्मदर्शी यंत्र से जाँच के द्वारा टीबी से ग्रस्त दस में से एक बच्चे से अधिक का निदान नहीं हो पाता।
V zemích s nízkými příjmy jako diagnostická metoda převažuje mikroskopie sputa, zastaralý postup, který nákazu asi u poloviny infikovaných pacientů neodhalí, přičemž u malých dětí a pacientů infikovaných zároveň HIV je úspěšnost ještě nižší. Z deseti dětí s TBC stanoví mikroskopie sputa diagnózu jen u jednoho.