सीरिया में टीकाकरण के प्रयास में सबसे बड़ी बाधा केंद्र सरकार रही है। राष्ट्रपति बशर अल-असद के शासन द्वारा विश्व स्वास्थ्य संगठन को विद्रोहियों द्वारा नियंत्रित क्षेत्रों में टीकाकरण कार्यक्रमों को चलाने से मना करने का सीधा प्रभाव यह हुआ कि 2013 में पोलियो का प्रकोप हो गया। मुक्त सीरियाई सेना जैसे उदारवादी विपक्षी समूहों ने तुर्की के प्राधिकारियों और स्थानीय गैर-सरकारी संगठनों की मदद से सीरियाई सरकार के नियंत्रण के बाहर के क्षेत्रों में अपने स्वयं के टीकाकरण कार्यक्रम का आयोजन किया है। इस्लामी राज्य और अल-नुसरा फ्रंट सहित, इस्लामी उग्रवादियों ने अपने नियंत्रण के अधीन क्षेत्रों में भी इन टीकाकरण कार्यक्रमों को चलाने की अनुमति दी है क्योंकि वे असद शासन से संबंधित नहीं हैं।
Umírněné opoziční skupiny, jako je Svobodná syrská armáda, nicméně zorganizovaly s pomocí tureckých úřadů a místních nevládních organizací vlastní vakcinační program v oblastech, které nekontroluje syrská vláda. Rovněž islamističtí radikálové včetně Islámského státu a Fronty an-Nusrá umožnili fungování těchto imunizačních programů v oblastech pod jejich kontrolou, jelikož nejsou spojené s Asadovým režimem.