दरअसल समस्या जीएम विरोधी कार्यकर्ताओं के उस छोटे से समूह के साथ है जो ‘नैतिक’ आधार पर इस तकनीकी पर एतराज जताते हैं. वे आमतौर पर दावा करते हैं कि जीएम फसलें असुरक्षित हैं. पिछले दो दशकों के दौरान वैज्ञानिक समुदाय द्वारा उनके इस दावे को मयसबूत खारिज भी किया जा चुका है. विश्व स्वास्थ्य संगठन भी यह साबित कर चुका है कि ‘ऐसे (जीएम) खाद्य पदार्थों के सेवन से मानव स्वास्थ्य पर कोई प्रतिकूल प्रभाव नहीं दिखाई देता है.’ अवश्य ही प्रत्येक नई जीएम फसल को स्वास्थ्य, पर्यावरणीय और कारगरता के कठोर मानदंडों पर खरा उतरना चाहिए.
Obvykle přitom tvrdí, že GM plodiny nejsou bezpečné – kteréžto stanovisko vědecká komunita v posledních dvou desetiletích striktně odmítla. Rovněž Světová zdravotnická organizace potvrdila, že se „neprojevily žádné dopady na lidské zdraví v důsledku konzumace takových potravin“.