यदि कुछ फसलें संदूषित हो भी जाती हैं, तो भी अंतिम खाद्य उत्‍पाद में मानव स्‍वास्‍थ्‍य पर बुरा असर डालने के लिए पर्याप्त मात्रा में सक्रिय औषधि तत्‍वों के मौजूदगी की संभावना बहुत ही कम होगी। जैवऔषधिकृत पौधों को कटाई के बाद बड़े ढेर में मिलाने के बाद उस ढेर में औषधियाँ की सांद्रता अत्‍यंत कम हो जाएगी। उसके बाद इनके सक्रिय तत्‍व को पिसाई और अन्‍य प्रसंस्‍करणों, और फिर पकाए जाने के दौरान सलामत रहना होगा, और उसे मौखिक खुराक में भी सक्रिय रहना होगा, जबकि प्रोटीन औषधियाँ अकसर सक्रिय नहीं रह पाती हैं, क्‍योंकि वे पेट में जाकर पच जाती हैं।
I kdyby se však některé plodiny měly kontaminovat, pravděpodobnost, že určité aktivní léčivé látky budou obsažené v konečném potravinářském produktu v takovém množství, aby mohly mít nepříznivý dopad na lidské zdraví, zůstane velmi malá. Rostlina použitá k biopharmingu by se v takovém případě stala součástí velké sklizně, v níž by se farmaceutika silně zředila.