बेशक, इस दृष्टिकोण में चुनौतियों का सामना करना पड़ता है। संबंधित यौगिकों के बड़े समूह और साथ ही किए जानेवाले दर्जनों दवा परीक्षणों का प्रबंध करना आसान नहीं होगा। सिमुलेशन से पता चलता है कि मेगाफ़ंड सभी चिकित्सीय क्षेत्रों में, सभी वर्गों की दवाओं के लिए काम नहीं करेंगे। उदाहरण के लिए, अल्ज़ाइमरों के उपचारों के विकास में मेगाफ़ंड मॉडल से लाभ होने की संभावना नहीं है।
Spravovat rozsáhlý fond sloučenin a desítky současně probíhajících klinických zkoušek nebude nic snadného. Simulace ukazují, že megafondy nebudou fungovat u všech tříd léčiv ve všech terapeutických oblastech.