इसी तरह, दक्षिणी सोमालिया में बाहरी लोगों द्वारा एक स्थिर केंद्रीकृत सरकार थोपने के प्रयासों ने पोलियो टीकाकरण कार्यक्रमों के प्रति असंतोष उत्पन्न किया है। 1990 के दशक के आरंभ से, सोमालिया में संयुक्त राष्ट्र और अफ्रीकी संघ द्वारा किए गए हस्तक्षेपों के फलस्वरूप संयुक्त राज्य अमेरिका और इस देश के मुख्य रूप से ईसाई पड़ोसियों, केन्या और इथियोपिया से सैनिकों को शामिल किया गया है। इसके फलस्वरूप व्यापक असंतोष फैला है और इस्लामी उग्रवादियों के लिए समर्थन बढ़ गया है, जिन्हें बहुत से सोमाली विदेशी हस्तक्षेप के विरुद्ध मुख्य सुरक्षा कवच के रूप में देखते हैं। हाल के वर्षों में, अल-शबाब उग्रवादियों ने एड्स कार्यकर्ताओं पर हमले किए हैं, जिससे उपद्रव नियंत्रित क्षेत्रों में सार्वजनिक स्वास्थ्य के कार्यक्रम चलाना बहुत मुश्किल हो गया है। उदाहरण के लिए, मेडिसिन्स सैन्स फ्रंटियर्स को 2013 में अपने सोमाली कार्यक्रमों को बंद करना पड़ गया था।
Od počátku 90. let tvoří součást intervencí Organizace spojených národů a Africké unie v Somálsku mimo jiné vojáci ze Spojených států a ze sousední Keni a Etiopie, což jsou převážně křesťanské státy. To má za následek rozsáhlou nespokojenost, která přiživila podporu islamistických milicí – řada Somálců je totiž pokládá za hlavní hráz proti zahraničnímu vměšování.