उद्योग-शैली के पशुधन उत्पादन में एक बड़ी समस्या यह है कि इससे ग्रीन हाउस गैसों का उत्सर्जन बढ़ता है. और ऐसा केवल इसलिए नहीं कि जुगाली करने वाले पशुओं की पाचन प्रक्रिया मीथेन उत्पन्न करती है. इन पशुओं के गोबर व मूत्र तथा उनके चारे के उत्पादन में प्रयुक्त रसायनिक खाद व कीटनाशक भारी मात्रा में नाइट्रोजन आक्साइड उत्पन्न करते हैं.
Velkým problémem továrního způsobu produkce dobytka je skutečnost, že vede ke značným emisím skleníkových plynů – a to nejen kvůli tomu, že při trávicích procesech přežvýkavců vzniká metan. Zvířecí odpad v kombinaci s hnojivy a pesticidy používanými k produkci krmiv zase vytváří velké množství oxidů dusíku.