इस तरह की जेनेटिक इंजीनियरिंग से बनी खाद्य सामग्रियों से उत्पन्न हो सकनेवाले जोखिमों - जो अन्य प्रकार के ट्रांसजेनिक खाद्य पदार्थों से होनेवाले ज्ञात जोखिमों से भिन्न हैं - के बारे में सही जानकारी अभी भी प्रारंभिक चरण में है। यूरोपीय संघ की वैज्ञानिक समितियों ने हाल ही की एक राय में यह निष्कर्ष निकाला कि हालांकि आनुवंशिक रूप से संशोधित जीवों का मूल्यांकन करने के लिए प्रयुक्त जोखिम मूल्यांकन को कृत्रिम जीव-विज्ञान के पहलुओं पर लागू किया जाना चाहिए, प्रौद्योगिकी की सुरक्षा का मूल्यांकन करने के लिए विशिष्ट मामलों में नए दृष्टिकोणों की आवश्यकता हो सकती है।
Die Erkennung der möglichen Risiken im Zusammenhang mit Lebensmittelbestandteilen, die mit Hilfe dieser Art der Gentechnik hergestellt werden – und die sich von bekannten Risiken anderer transgener Nahrungsmittel unterscheiden – befindet sich noch im Anfangsstadium. In einer jüngst veröffentlichten Stellungnahme der Wissenschaftsausschüsse der Europäischen Union kam man zu dem Schluss, dass die im Falle genetisch modifizierter Organismen eingesetzte Risikobeurteilung zwar auch auf manche Aspekte synthetischer Biologie anwendbar seien, aber in speziellen Fällen möglicherweise neue Ansätze erforderlich sind, um die Sicherheit der Technologie zu bewerten.