बेशक, इस दृष्टिकोण में चुनौतियों का सामना करना पड़ता है। संबंधित यौगिकों के बड़े समूह और साथ ही किए जानेवाले दर्जनों दवा परीक्षणों का प्रबंध करना आसान नहीं होगा। सिमुलेशन से पता चलता है कि मेगाफ़ंड सभी चिकित्सीय क्षेत्रों में, सभी वर्गों की दवाओं के लिए काम नहीं करेंगे। उदाहरण के लिए, अल्ज़ाइमरों के उपचारों के विकास में मेगाफ़ंड मॉडल से लाभ होने की संभावना नहीं है।
Es wird nicht einfach sein, eine große Zahl an Wirkstoffkandidaten und Dutzende von parallel ablaufenden Arzneimittelstudien zu managen. Simulationen zeigen, dass Mega-Fonds nicht für alle Wirkstoffklassen in allen Therapiegebieten funktionieren werden.