पाकिस्तान में टीकाकरण के प्रयास के विरोध का मूल कारण पश्तून समुदायों द्वारा राष्ट्रीय सरकार का प्रतिरोध करना है। मोटे तौर पर, पाकिस्तानी तालिबान एक पश्तून आंदोलन है जो देश के उत्तर-पश्चिम में अर्द्ध-स्वायत्त संघीय रूप से प्रशासित जनजातीय क्षेत्रों में केंद्रित है। यह पहाड़ी क्षेत्र कभी भी अंग्रेजों द्वारा सीधे रूप से शासित नहीं था, और पश्तूनों ने राज्य द्वारा अपनी शक्ति का विस्तार करने के लिए पाकिस्तानी सरकार के प्रयासों का जमकर विरोध किया है। इस प्रकार, टीकाकरण कार्यक्रम जैसे बाहरी हस्तक्षेप को पश्तूनी इलाकों में सरकार द्वारा भारी अतिक्रमण करने के एक छलावे के रूप में देखा जाता है।
Auch die pakistanischen Taliban, die in den halbautonomen Stammesgebieten unter Bundesverwaltung im Nordwesten des Landes vorherrschen, können als paschtunische Bewegung gesehen werden. Diese bergige Region wurde nie direkt von den Briten regiert, und die Paschtunen haben die Versuche des pakistanischen Staates, seine Macht auszuweiten, heftig bekämpft.