इसके अलावा औद्योगिक पशुपालन व उत्पादन का सार्वजनिक स्वास्थ्य पर भी असर पड़ता है. मांस व डेरी उत्पादों की अत्याधिक ऊंची खपत पोषण-संबंधी स्वास्थ्य समस्याएं भी पैदा करती है – जैसे मोटापा और दिल व धमनियों की बीमारियां. और फिर सीमित स्थानों पर ढेर सारे पशुओं को रखने से छूत की अनेक बीमारियों का खतरा रहता है. बर्ड फ्लू जैसी कुछ बीमारियां इनसानों को भी अपना शिकार बना लेती हैं. इस खतरे को कम करने के लिए जो उपाय अपनाए जाते हैं, जैसे कि पशु आहार में रोगाणुओं को खत्म करने तथा पशुओं की वृद्धि के लिए एंटिबायोटिक की कम मात्रा मिलाई जाती है. इससे रोगाणुओं में इन एंटिबायोटिक दवाओं के लिए प्रतिरोधक क्षमता विकसित होती है जिससे सार्वजनिक स्वास्थ्य के लिए नया संकट पैदा हो रहा है.
Dazu fördert die hohe Tierdichte auf engstem Raum die Ausbreitung von Infektionskrankheiten wie der Vogelgrippe, die auf Menschen übergreifen können. Und Maßnahmen zur Beschränkung dieser Risiken wie die Vergabe geringer Dosen von Antibiotika zur Krankheitseindämmung (und Wachstumsbeschleunigung) führen zu einer öffentlichen Gesundheitskrise, indem sie die Resistenz gegen antibakterielle Arzneimittel fördern.