Alhoewel de meeste C. auris infecties behandelbaar zijn met een klasse antischimmelmedicijnen genoemd echinocandinen worden hier wisselende niveaus van resistentie tegen waargenomen, net zoals tegen de twee andere klassen antischimmelmedicijnen, azolen en polyenen.
Si bien la mayoría de las infecciones por C. auris se pueden tratar con un tipo de fármaco antimicótico llamado equinocandinas, algunas han demostrado diversos niveles de resistencia a este y a los otros dos tipos de antimicóticos (los azoles y los polienos).