Zelfs wanneer de medicijnen wel werken zijn ze relatief toxisch; azolen en polyenen zijn nefrotoxisch (beschadigen de nieren), en echinocandinen zijn hepatoxisch (beschadigen de lever).
Incluso cuando los medicamentos funcionan, son relativamente tóxicos: los azoles y los polienos son nefrotóxicos (dañan los riñones) y las equinocandinas son hepatotóxicas (dañan el hígado).